Yarık el/ayak yapısal bozukluğunun genomik teknikler ve biyoenformatik yaklaşımlar ile incelenmesi

Yarık el/ayak bozukluğu, gelişim sırasında el ve ayaklardaki orta parmakların eksikliği ile meydana gelen nadir genetik bir bozukluktur. Akraba evliliği oranının yüksek olduğu bölgelerde Mendelyen otozomal resesif (OR) kalıtım modeline göre kalıtılan hastalıkların görülme sıklığının artmasına sebep olmaktadır. Yeni nesil dizileme ve dizilim teknolojileri ile OR kalıtım gösteren birçok genetik hastalığın altında yatan gen ve bölge belirlenebilmiştir. Tez kapsamında OR kalıtım modeline uygun 4 aileye mensup toplam 41 birey incelenmiştir. Ailelerde SNP dizilimi, homozigot haritalama, bağlantı analizi ve ekzom dizileme yöntemlerinin farklı kombinasyonları kullanılarak ilişkili aday varyantların tespiti amaçlanmıştır. MA134 ailesinde daha önce hastalık ile ilişkilendirilmiş WNT10B geninde NM_003394.4::c.994C>G:p.Arg332Gly patojenik varyantı belirlenmiştir. MA136 ailesinde yine WNT10B geninde NM_003394.4:c.343C>T:p.Arg115Ter patojenik varyantı belirlenmiştir. MA154 ailesinde kromozom 10q24 bölgesinde kopya sayısı varyasyonu açısından tek kopya bir patojenik artış tespit edilmiştir. MA135 ailesinde yapılan çalışmalar sonucu patojenik bir varyant ya da bölge tespit edilememiştir. Çalışma kapsamında yukarıdaki 4 ailenin analizinin yanı sıra yeni nesil dizileme veri analizlerinin basamak basamak yapılandırarak akış hattı oluşturan ve ham veri analizleri sonrası elde edilen VCF formatının nitelendirilmesini, filtrelenmesini ve aile içi analizlerin yapılmasını sağlayan iki yazılım geliştirilmiştir. Bağlantılar: https://pypi.org/project/seq-pigeon/ ve https://pypi.org/project/seq-dove/ Anahtar Kelimeler : Yarık El/Ayak Yapısal Malformasyonu, Gelişim Genetiği, Biyoenformatik, Yeni Nesil Dizileme, SNP dizilimi, WNT10B