Department of Microbiology

Alabalıklarda görülen streptokkosis vakaları ile ilişkili bakteriyel patojenlerin multipleks polimeraz zincir reaksiyonu (MPCR) ile tanımlanması

Araştırma için alabalık yetiştiriciliği yapılan 4 farklı çiftlikten alınan 220 adet 50-60 g ağırlığındaki Gökkuşağı alabalığı (Oncorhynchus mykiss Walbaum 1792) örnekleri multipleks PCR (mPCR) yöntemi ile incelenmiştir. Multipleks PCR çalışması sonucunda identifiye edilen hedef patojenlerin toplam örneklerin % 62,71?inden Streptococcus spp. ve Lactococcus spp. identifikasyonu gerçekleştirilmiştir. 220 adet örnekten yapılan Multipleks PCR identifikasyonu sonucundaki tür bazındaki yüzde dağılımları, L. garvieae % 52,17, S. parauberis % 27,54 ve S. difficilis % 20,29?dir Multipleks PCR ile yapılan identifikasyonlarda hedef patojen türlerinin çiftlik bazındaki % dağılımları incelendiğinde, L. garvieae?nin % 45,45 oranı ile 1. çiftlikten en çok izole edildiği görülmektedir. Çiftlik bazında genel bir değerlendirme yapıldığında, 1. çiftlikten % 38,41; 2. çiftlikten % 25,36; 3. çiftlikten % 16,67 ve 4. çiftlikten % 19,56 oranlarında izolasyon gerçekleşmiştir. Araştırmamızda, Gökkuşağı alabalıklarında (Oncorhynchus mykiss Walbaum 1792) Lactococcus garvieae, Streptococcus parauberis ve Streptococcus difficilis?in multipleks PCR ile varlığı belirlenmiştir. Araştırmamızda, Gökkuşağı alabalıklarında (Oncorhynchus mykiss Walbaum 1792) ölümlerle ekonomik kayıplara neden olan Streptokokkosis hastalığının bilinen başlıca etkenlerinden Streptococcus ineae idendifiye edilmemiştir. Bunun yanında, Streptokokkosis vakalarında Lactococcus garvieae, Streptococcus parauberis ve Streptococcus difficilis?in rol oynadığı multipleks PCR ile ortaya konulmuştur. Anahtar Kelimeler: S. difficilis, S. parauberis, L. garvieae, S. iniae, gökkuşağı alabalığı, identifikasyon, mPCR

Mastitisli sığır sütlerinden izole edilen enterococcus faecalis suşlarının virülens genlerinin incelenmesi

Mastitisli Sığır Sütlerinden İzole Edilen Enterococcus faecalis Suşlarının Virülens Genlerinin İncelenmesi Bu çalışmada, mastitisli sığır süt örneklerinden izole edilen Enterococcus faecalis suşlarının potansiyel virülens geninin (jelatinaz [gelE]), adezyonla ilgili protein [EfaAfs], enterokokal yüzey proteini [esp] sitolizinler [cylA, cylM, cylB], cinsiyet hormonları [cpd, cob, ccf], agregasyon faktörü [aggA], hormon salınımını arttıran yüzey proteini [eep]) polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ile incelenmesi amaçlandı. Çalışmada materyal olarak, 600 mastitisli sığır sütünden izole edilen 56 E. faecalis izolatı kullanıldı. Enterokok izolasyonu, selektif besiyerinde gerçekleştirildikten sonra, cins ve tür düzeyinde identifikasyon yine PZR ile gerçekleştirildi. Virulens geni taşımayan enterokok izolatı mevcut değiliken, izolatların % 1.8'inin sekiz, % 3.6'sının yedi virülens genine sahip olduğu belirlendi. efaAfs geninin en yüksek oranda görülen (% 94.6) virülens geni olduğu ve bunu cpd (% 91.0), gelE (% 87.5), esp (% 51.7), ccf (% 42.8), cob (% 10.7), eep (% 8.9), aggA (% 7.1), cylA ve cylM (% 1.78) takip ettiği saptandı. İzolatlarının hiçbirinde cylB geni belirlenmedi. Sonuç olarak bu çalışma, mastitisli sığır sütlerinden izole edilen E. faecalis suşlarının yüksek patojenite potansiyeline sahip oldukları, bu suşların hayvansal kaynaklardan insanlara bulaşma ve bulaştıklarında ise infeksiyon oluşturabilme potansiyellerinin olduğunu gösterdi. Enterokokların invazifliği ve hastalığın şiddeti ile ilişkili virulens faktörlerin tanımlanması ve bu virulens faktörlerinin antibiyotiklerle ilişkilerinin ortaya konması, konusunda daha geniş kapsamlı araştırmaların yapılması gerektiği düşünülmektedir.

Sağlıklı ve otitis eksternalı köpeklerden izole edilen Staphylococcus İntermedius 'un eksfoliatif toksininin belirlenmesi

S. intermedius'un köpeklerde otitis eksternaya neden olan türler arasında yer aldığı ve sık izole edildiği bilinmektedir. Ayrıca sağlıklı köpeklerin mukoz membranlarında kommensal olarak bulundukları için ağız, kulak, burun, farenks ve anüslerinden de izole edilebilirler. S. intermedius'un toksin üretimi ve süperantijen olma özelliği ile zoonotik öneme sahip bir bakteri türü olduğu bilinmektedir. S. intermedius'un ürettiği toksinlerden en önemlisi, epidermolitik bir toksin olan eksfoliatif toksindir. Bu çalışmada, S. intermedius'un eksfoliatif toksinini kodlayan siet geninin Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) tekniğiyle belirlenmesi ve sağlıklı köpeklerle otitis eksternalı köpekler arasındaki oranının karşılaştırılması amaçlanmıştır. Çalışmamız için farklı ırk, yaş ve cinsiyetteki 52 otitis eksternalı ve 48 sağlıklı köpeğin kulaklarına ait toplam 100 örnek alınmıştır. Otitis eksternalı köpeğe ait izole edilen suşlardan 46 tanesinde bakteriyolojik üreme gözlenirken, yapılan fenotipik ve biyokimyasal testler sonucunda 22 örneğin koagulaz pozitif stafilokok olduğu belirlenmiştir. 22 suşun: 16 tanesinin otitis eksternalı köpeklerin kulaklarına, altı tanesinin ise sağlıklı olanlara ait olduğu tespit edilmiştir. Çalışmaya dahil edilen 22 koagulaz pozitif stafilokok suşun, Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) tekniğiyle nuc genleri belirlenmiş ve suşların beş tanesinin S. intermedius olduğu genotipik olarak doğrulanmıştır. Sonrasında, bu suşlarda eksfoliatif toksinini kodlayan siet geni PZR tekniğiyle beş örnekte belirlenmiştir. siet geni: 16 otitis eksternalı köpekten izole edilen suşların dört tanesinde bulunurken, altı sağlıklı köpekten izole edilen suşlarda ise bir tanesinde saptanmıştır. Sonuç olarak; köpeklerden izole edilen suşlarda eksfoliatif toksini kodlayan siet geninin saptanması, S. intermedius'un eksfoliatif toksininin köpeklerde otitis eksternaya yol açtığını kanıtlamaktadır. Çalışmada sağlıklı köpeklere ait bir suştada siet geni saptanmış olması ise hastalığın asemptomatik seyrinden ileri geldiği düşünülmektedir. Köpeklerde otitis eksternaya sebep olan stafilokokların ve bu stafilokokların virulens özelliklerinden siet geninin hızlı ve güvenilir olarak belirlenmesi, tedavi ve korunma anlamında hastalıkla daha etkili mücadele için klinik olarak önemli bilgiler sunacaktır.

Köpeklerden izole edilen enterokok suşlarının antibiyotik duyarlılıkları

Enterokoklar, insan ve hayvanların sindirim florasınında bulunan ve hem insanlarda hem de köpeklerde infeksiyonlara neden olabilen bakterilerdir. Köpeklerde otitis media, idrar yolu infeksiyonları gibi hastalıklara yol açmaktadır. İnsanlarda birçok infeksiyonlara yol açmalarının yanında özellikle hastane infeksiyonları olmak üzere vankomisine dirençli enterokokların önemli sağlık sorununa yol açtığı bilinmektedir. Bu çalışmada insanlarla yakın temas halinde bulunan köpeklerden izole edilen enterokok suşlarının türleri ve bu türlerin antibiyotik duyarlılıkarının araştırılması ve hem köpekler için hemde insanlar için öneminin ortaya konması amaçlanmıştır. Mart 2012-Kasım 2013 tarihleri arasında İzmir İlinde pet hayvan kliniklerine başvuran sağlıklı köpeklerin oral, nasal ve rektal floralarından toplanan 300 sürüntü örneği alınmıştır. Bu örneklerden üreyen toplam 51 enterokok cinsi klasik ve otomatik yöntemlerle tanımlanmıştır. Toplam 51 enterokok kökeninin 35'i E.faecalis, 13'ü E.faecium, 3'ü Enterococcus spp. olarak tanımlanmıştır. Enterococcus faecalis kökenlerinin %43 oranında rectal, %31 oranında oral ve %26 oranında ise nazal bölgeden alınan örneklerden izole edilmiştir. Bu oran E.faecium'da ise sırasıyla; %69, %8 ve %23'tür. İzole edilen 51 suşun eritromisin, tetrasiklin, kloramfenikol siprofloksasin, penisilin ve ampisilin ve vankomisin duyarlılıkları disk difuzyon ve otomatik yontemlerle araştırıldı. 51 suşun direnç oranları; eritromisine % 51, tetrasikline % 37, kloramfenikole % 20, siprofloksasine % 14, penisiline % 14 ve ampisiline % 14 oranında olup vankomisine karşı direnç saptanmamıştır. Enterococcus faecalis izolatlarında eritromisin, tetrasikline, kloramfenikol ve siprofloksasin dirençleri oranları sırasıyla; %51, %37, %20, %9 bulunmuştur. Vankomisin, penisilin ve ampisiline ise direnç saptanmamıştır. Enterococcus faecium izolatlarının test edilen antibiyotiklere direnci ise; eritromisin, ampisilin, penisiline, tetrasikline, siprofloksasin ve kloramfenikol sırasıyla; %54, %54, %54, %31, %31 ve % 15 bulunmştur. Vankomisine ise direnç saptanmamıştır. Bu çalışmada köpeklerin özellikle oral ve rectal florasında başta E.faecalis olmak üzere enterokok türlerinin taşındığı belirlenmiştir. Ayrıca köpeklerin infeksiyonlarında da kullanılan bazı antibiyotiklere karşı enterokok türlerinde yüksek oranda direnç saptanmıştır. Bu hem köpeklerdeki enterokok infeksiyonlarının tedavisi açısından hem de temas halinde olan insanlara bulaşma riski açısından önemli olduğu düşünülmektedir.

Sağlıklı ve otitis externalı köpeklerden Staphylococcus pseudintermedius izolasyonu ve antibiyotik dirençliliğinin belirlenmesi

Stafilokoklar, doğada, insan ve hayvanların derisinde ve muköz dokularında yaygın olarak bulunmaktadır. Fırsatçı patojendirler. Hayvanların ve insanların çeşitli infeksiyonlarından sorumludurlar. Staphilococcus pseudintermedius Stafilokoklarla pek çok yönden aynı özelliklere sahiptir. Özellikle köpeklerin kulak kanalında bulunmaktadır. Köpeklerde pyoderma ve otitis externa vakalarının çoğundan Staphilococcus pseudintermedius sorumludur. Köpeklerden ve diğer hayvanlardan insanlara geçiş söz konusudur. Nadiren de olsa ciddi hastane infeksiyonlarından izole edilmiştir. Son yıllarda artan metisilin direnci nedeniyle halk sağlığı açısından önemli bir bakteridir. Çalışmamızda, farklı ırk, yaş ve cinsiyetteki toplam 100 adet sağlıklı ve otitis externa olduğu düşünülen köpeklerin kulaklarından S. pseudintermedius'un izolasyonu ve identifikasyonunun yapılması, metisilin, mupirosin ve vankomisin direncinin belirlenmesi amaçlanmıştır. İzolasyonu yapılan Stafilokok suşlarına PCR-RFLP yöntemi uygulanarak 19 koagulaz pozitif Stafilokok suşundan 6 tane S. pseudintermedius suşu identifiye edilmiştir. S. pseudintermedius pozitif bulunan suşlara antibiyotik duyarlılık testi yapılmıştır. Vankomisin direncine rastlanırken metisilin ve mupirosin direnci gözlenmemiştir. S. pseudintermedius' un özellikle sağlıklı köpeklerde bulunduğu anlaşılmıştır.

Sığırların yaz mastitislerinden Trueperella pyogenes'in identifikasyonu ve antibiyotiklere dirençliliklerinin belirlenmesi

Bu çalışmada Aydın ilinde görülen sığırların yaz mastitislerinden Trueperella pyogenes'in identifikasyonu ve antibiyotiklere dirençliliklerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışmada Aydın ili ve çevresinde bulunan çeşitli odaklardan yaz aylarında (Haziran-Temmuz-Ağustos) toplanan 150 adet mastitisli süt örneği incelenmiştir. Alınan örnekler soğuk zincir altında Adnan Menderes Üniversitesi Veteriner Fakültesi Mikrobiyoloji Rutin Teşhis laboratuarına getirilmiş ve besiyerlerine ekimleri yapılmıştır. Daha sonra 37 ºC'de 24 saat inkubasyona bırakılmıştır. Daha sonra yapılan Gram boyama sonrası Gram pozitif bakteriler ayırt edilmiş ve izole edilen bu bakterilerin biyokimyasal yöntemlere göre identifikasyonu yapılmıştır. Araştırmada kullanılan toplam 150 mastitisli süt örneğinden 12 (% 8) adet P. aeruginosa suşu izole ve identifiye edilmiştir. İzole ve identifiye edilen T. pyogenes suşlarına yapılan antibiyotik duyarlılık testleri sonucunda 12 adet suşun tamamı Penisilin/Novobiosin, Danofloksasin, Oksitetrasiklin, Kanamisin/Sefaleksin ve Sülfamethaksasol-Timethoprim'e dirençli bulunmuştur. Sefaperazon ve Kolistin sülfat'a 9 ar suş dirençli, 3'er suş duyarlı, Linkomisin'e 3 suş dirençli, 3 suş orta düzey duyarlı ve 6 suş duyarlı, Amoksisilin klovulanik asit'e 3 suş dirençli, 6 suş orta düzey duyarlı ve 3 suş duyarlı, Eritromisin'e 9 suş dirençli, 3 suş orta düzey duyarlı, Seftifor'a 6 suş dirençli, 6 suş duyarlı ve Florfenikol'e ise 6 suş dirençli, 3 suş orta düzey duyarlı ve 3 suş ise duyarlı olarak tespit edilmiştir. Sonuç olarak Aydın ilinde görülen yaz mastitislerinden T. pyogenes'in izolasyonu ve identifikasyonları yapılmıştır. Yapılan antibiyogram testleri sonucu etkenin bir çok antibiyotiğe karşı direnç geliştirdiği tespit edilmiştir. Bu tip mastitis olgularında sağaltımda başarı elde edilebilmesi için antibiyogram testlerinin yapılıp, bilinçli bir antibiyotik seçimine gidilmesinin doğru bir yaklaşım olacağı sonucuna varılmıştır.

Sığırların klinik mastitislerinden Pseudomonas aeruginosa'nın izolasyonu ve antibiyotiklere duyarlılıkları

Bu çalışmada Aydın ilinde görülen sığırların klinik mastitislerinden çevresel mastitis etkeni olan Pseudomonas aeruginosa'nın izolasyonu ve izole edilen etkenlerin antibiyotiklere duyarlılıklarının saptanması amaçlanmıştır. Çalışmada Aydın ili ve çevresinde bulunan çeşitli odaklardan toplam 200 adet klinik mastitisli (CMT +3) süt örneği incelenmiştir. Alınan örnekler soğuk zincir altında Adnan Menderes Üniversitesi Veteriner Fakültesi Mikrobiyoloji Rutin Teşhis laboratuarına getirilmiş ve besiyerlerine ekimleri yapılmıştır. Daha sonra 37 ºC'de 24 saat inkubasyona bırakılmıştır. Pseudomonas türlerinin ayrımında etkene yönelik selektif besiyerleri kullanılmış ve izole edilen bakterilerin biyokimyasal yöntemlere göre identifikasyonu yapılmıştır. Araştırmada kullanılan toplam 200 mastitisli süt örneğinden 7 (% 3,5) adet P. aeruginosa suşu izole ve identifiye edilmiştir. İzole ve identifiye edilen P. aeruginosa suşlarına yapılan antibiyotik duyarlılık testleri sonucunda 7 adet suşun tamamı Danofloksasin, Linkomisin/Neomisin, Sefaperazon ve Kolistin sülfat'a duyarlı (% 100), Penisilin/Novobiosin, Amoksisilin klovulanik asit, Kanamisin/Sefaleksin ve Eritromisin'e dirençli (% 100) bulunmuştur. Florfenikol'e 2 suş dirençli (% 29), 3 suş orta düzeyde duyarlı (% 42) ve 2 suş ise duyarlı (% 29), Sülfamethaksasol-Timethoprim'e 5 suş orta düzeyde duyarlı (% 71), 2 suş dirençli (% 29) ve Oksitetrasiklin açısından ise 2 suş orta düzey duyarlı (% 29) 5 suş dirençli (% 71) olarak tespit edilmiştir. Sonuç olarak Aydın ilinde görülen çevresel mastitis vakalarında P. aeruginosa'nın izolasyonu ve identifikasyonları yapılmış ve bu tip mastitis olgularında Danofloksasin, Linkomisin/Neomisin, Sefaperazon ve Kolistin sülfat kullanımının sağaltımda başarı getireceği ortaya konmuştur.

Mastitisli sığır sütlerinden izole edilen Enterococcus faecalis suşlarının plazmit profillerinin incelenmesi

Plazmitler, bakteriden bakteriye antimikrobiyal direnç genlerini ve virülans faktör genlerini aktarabilen ekstrakromozomal genetik elementlerdir. Suşlardaki plazmit sayısının artması, suşun patojenitesinin arttığını göstermektedir. Aynı zamanda plazmit profil analizi klonal yayılımı belirleyebilmek için iyi bir moleküler tiplerndirme yöntemi olarak kullanılmaktadır. Bu çalışmada mastitisli sığır sütlerinden izole edilen Enterococcus faecalis suşlarının plazmit profillerinin incelenmesi amaçlandı. Çalışmada materyal olarak, 600 mastititsli sığır sütünden izole edilen 56 Enterococcus faecalis izolatı kullanıldı. Enterokok izolasyonu, selektif besiyerleri kullanılarak gerçekleştirildikten sonra, tür düzeyinde identifikasyon polimeraz zincir reaksiyonu ile yapıldı. Ellialtı izolattan plazmit izolasyonunda alkali liziz yöntemi modifiye edilerek kullanıldı. Plazmid izolasyonu sonucunda, izolatların 19'unun 1 ile 7 arasında plazmit taşıdığı, plazmit boyutlarının da yaklaşık olarak 41 kb ile 1,7 kb arasında değiştiği tespit edildi. Çalışmada, 5 izolat tek plazmit,14 izolatın ise birden fazla plazmit taşıdığı belirlendi. Benzer plazmit profilinde olan, iki veya daha fazla suş içeren 6 küme oluşturuldu. Plazmid izolasyonunu takiben, profil içerikleri kontrol edilerek, benzer ve aynı plazmitler arasında kümeleme analizi yapıldı. Klonal yayılıma ilişkin ipuçları elde edildi. Bu çalışmada Türkiye'deki mastitisli sığırların sütlerinden izole edilen E. faecalis suşlarının plazmit profilleri ilk kez incelenmiştir. Yöredeki saha izolatları arasındaki plazmit yayılımı belirlenerek, izole edilen enterokok suşlarının patojenitesi ve klonal yayılımı hakkında bilgi sahibi olunmuştur

Aydın ilinde tüketime sunulan marullarda E. colı O157-H7 varlığının araştırılması

Escherichia coli O157:H7 halk sağlığı için önem taşıyan gıda kaynaklı patojen mikroorganizmalardan biridir. Bu çalışma ile Aydın ilinde bulunan semt pazarları ve marketlerden alınan marul numunelerinde ilk kez E. coli O157:H7 varlığı araştırılmış ve etkenin izolasyon ve identifikasyonu yapılmıştır. Böylelikle sözkonusu patojenin yaygınlığı ve kontaminasyon durumu ve tayini ile benzer iklime sahip olan Türkiye'nin birçok bölgesi için çok önemli bir veri kaynağı oluşturulması hedeflenmiştir. Bu çalışmada kullanılan taze marul örnekleri Aydın ilinde bulunan semt pazarlarından ve marketlerden 100 adet satın alınarak toplanmıştır. Toplanan numuneler, Adnan Menderes Üniversitesi Veteriner Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalına soğuk zincirde getirilmiştir. Marul örneklerinde E. coli O157:H7 bakterisinin var olup olmadığının tespit edilmesi amacıyla 25 g örnek 225 ml MTSB (O157 Broth) ile homojenize edilerek 37±0,5°C' de 24 saatlik inkübasyon ile ön zenginleştirme yapılmıştır. İnkübasyon sonunda öze vasıtasıyla SMAC Agar (Sorbitol MacConkey Agar,) besiyerine geçilerek 35-37°C'de 18-24 saat inkübe edilmiştir. CT-SMAC agarda üreyip sorbitol negatif sonuç veren kolonilerden öze ile Fluorocult E. coli O157:H7 agara ekimleri yapılmıştır. Şüpheli görülen koloniler ise, indol içeren besiyerinde 35- 37°C'de 24-48 saat inkübasyondan sonra üzerine 1 ml Kovaks ayracı dökülüp karıştırılarak doğrulama yoluna gidilmiştir. Doğrulama için aynı zamanda lateks aglütinasyon testi ile de yapılmıştır. Yapılan izolasyon ve identifikasyon prosedürleri sonucunda örnek alınan marulların tümünden toplam 17 (% 17) adet E. coli O157:H7 izole ve identifiye edilmiştir. E. coli O157:H7 patojenlerinin 12 (% 12) adedi semt pazarlarından alınan marul numunelerinden, 5 (% 5) adedi ise marketlerden alınmış olan marul numunelerinden elde edilmiştir. Alınan sonuçlara göre semt pazarlarından ve marketlerden temin edilen marulların E. coli O157:H7 varlığı açısından risk teşkil ettiği ve bu konu çerçevesinde gübreleme, yetiştirme, sulama ve depolama noktalarında kontaminasyonu önleyici tedbirlerin alınması gerektiği ortaya konulmuştur.

Aydın İli ketem'den toplanan vaginal örneklerde gardnerella vaginalis'in izolasyon, identifikasyon ve antibiyotiklere duyarlılıklarının incelenmesi

Çalışmamızda Aydın ili KETEM'den alınan vajinal örneklerde üreyen G. vaginalis bakterisinin identifikasyonu, sık kullanılan antibiyotiklere karşı direnç durumunun değerlendirilmesi ve bu değerlendirmeler neticesinde G. vaginalis bakterisine karşı uygulanan ampirik tedavide uygun antibiyotik seçeneklerinin sunulması amaçlandı. Araştırmamızda toplam 220 adet vajinal svap örneği kullanıldı ve 26 (% 12) adet G. vaginalis suşu izole ve identifiye edildi. Antibiyotik duyarlılık testlerinde Metronidazol, Tetrasiklin, Eritromisin, Amoksisilin/Klavulanik asit, Doksisiklin, Kolistin, Klindamisin ve Penisilin etken maddelerini içeren antibiyotik diskleri kullanıldı. İzole ve identifiye edilen G. vaginalis suşlarına yapılan antibiyotik duyarlılık testleri sonucunda 26 adet suşun tamamı Metronidazol, Kolistin ve Penisiline karşı tam dirençli (% 100), Tetrasikline 20 suş duyarlı (% 77), 2 suş orta düzey duyarlı (% 8), 4 suş dirençli (% 15), Eritromisine 8 suş duyarlı (% 31), 18 suş orta düzey duyarlı (% 69), Amoksisilin/Klavulanik asite 16 suş duyarlı (% 62), 6 suş orta düzey duyarlı (% 23), 4 suş dirençli (% 15) , Doksisikline 24 suş duyarlı (% 92), 2 suş dirençli (% 8), Klindamisine ise 14 suş duyarlı (% 54), 10 suş orta düzey duyarlı (% 38), 2 suş dirençli (% 8) olarak tespit edildi. Yapmış olduğumuz çalışmada, literatür bilgiye benzer şekilde bakteride oluşan antibiyotik dirençlilik ve duyarlılık değerlerinde değişiklikler göze çarpmaktadır. Bakteriyel Vajinozis hastalığında vajinal svap alınarak kültür yöntemi ile rol alan G. vaginalis'in tespitinin yapılması ve identifiye edilen bakterilerin antibiyotik duyarlılık testleri yapıldıktan sonra tedavi uygulanmasının gerekliliği ortaya konmuştur.

Kanatlı kan serumlarında Mycoplasma gallisepticum ve Mycoplasma synoviae antikorlarının ELISA ile tespiti

Bu çalışmada Denizli, İzmir, Manisa ve Aydın İlleri'ndeki broyler civciv ve yumurtacı tavuklarda M. gallisepticum ve M. synoviae infeksiyonlarının serolojik olarak varlığının ve yaygınlığının tespit edilmesi amaçlandı. Çalışma materyalini, aşısız Ross 308 broyler ve Brown Nick yumurtacı tavuklardan, tesadüfi örnekleme yolu ile 60 kümesten alınan toplam 1060 kan örneği (700 broyler ve 360 yumurtacı ) oluşturdu. Serum örneklerinde M. gallisepticum ve M. synoviae'e karşı spesifik antikor varlığı ve antikor titreleri ayrı ayrı olarak ELISA kiti (M. gallisepticum Kit ve M. synoviae test Kitleri, BioChek, Gouda, Hollanda) ile incelendi. Antikor titreleri ELISA kitini üreten Biochek Firması'na ait yazılım programı ile hesaplandı. İzmir, Manisa ve Aydın İlleri'ndeki 700 broyler tavukta M. gallisepticum ve M. synoviae seropozitiflik oranlarının gruplar arası istatistiksel karşılaştırılması için Ki-Kare testi kullanıldı. Her üç ildeki 700 broylerin %26,4'ü M. gallisepticum, %60,2'si M. synoviae antikorları yönünden pozitif olarak tespit edildi. İllere göre M. gallisepticum ve M. synoviae'ye ait seropozitiflik oranları arası fark istatistiksel olarak önemli (P<0,001) bulundu. M. gallisepticum ve M. synoviae yönünden incelenen iller arasında seropozitiflik açısından en yüksek değere sahip ilin Manisa olduğu belirlendi. Çalışma sonuçları alınan serumlara göre değerlendirildiğinde: broyler ve yumurtacılardan alınan toplam 1060 serum örneğinin 419'u (%39,5) M. gallisepticum, 720'si (%67,9) M. synoviae seropozitif olarak belirlendi. Bu sonuçlar, işletmelerde özellikle M. synoviae infeksiyonlarının yaygın olarak görüldüğünü ortaya koydu. İşletmelerde mikoplazma negatifliğinin belirlenmesi amacı ile tarama testlerinin belirli aralıklarla yapılması ve "Mikoplazma Kontrol Programları"nın oluşturulması gerektiği sonucuna varıldı.

Mastitisli sığır sütlerinden izole edilen enterococcus faecıum suşlarında gele, ESP ve efaafm genlerinin varlığının incelenmesi

Bu çalışmada, mastitisli sığır süt örneklerinden izole edilen Enterococcus faecium suşlarının potansiyel virülens genlerinden olan jelatinaz (gelE), enterokokal yüzey proteini (esp) ve adezyonla ilgili protein (EfaAfm)'in polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ile incelenmesi amaçlandı. Çalışmada materyal olarak 600 mastitisli sığır sütü kullanıldı. Enterokokların izolasyonu, klasik konvansiyonel yöntemlerle selektif besiyerleri kullanılarak gerçekletirildi. İzolatların cins ve tür düzeyinde identifikasyonları PZR ile yapıldı. Doksan altı Enterococcus sp. izolatı içerisinde 13 E. facium (%13,5) belirlendi. Toplam 13 E. faecium izolatının virulens genlerinin incelenmesi sonucunda sırasıyla 9 (%69,2) suşun efaAfm, 4 (%30,7) suşun gelE, 4 (%30,7) suşun esp genlerini taşıdıkları tespit edildi. Herhangi bir virulens geni taşımayan üç (%23,0) izolat bulunmaktaydı. Toplamda beş virulens genotipi mevcuttu. Sonuç olarak bu çalışma, mastitisli sığır sütlerinden izole edilen E. faecium suşlarının yüksek patojenite potansiyeline sahip oldukları gösterdi. Bu suşlar hayvansal kaynaklardan insanlara bulaşabilir ve bulaştıklarında ise infeksiyon oluşturabilirler. E. faecium ile ilişkili diğer virulens faktörlerin tanımlanması, bu virulens faktörlerinin antibiyotiklerle ilişkilerinin ortaya konması konusunda daha geniş kapsamlı araştırmaların yapılması gerekmektedir.

Kedilerden izole edilen enterococcus faecalis suşlarında esp geni varlığının araştırılması

Bu çalışmada 130 kediden elde edilen rektal svap örneği, Adnan Menderes Üniversitesi Veteriner Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Rutin Teşhis Laboratuarı'nda enterokok izolasyonuna tabi tutulmuştur. İzole edilen enterokok suşları tür bazında PCR ile identifiye edilmiştir. İdentifikasyonları yapılan suşlarda çoklu ilaç direnç genleri ve enterokokal yüzey proteini (Esp) varlığı araştırılmıştır. İzolasyon çalışmaları sonucunda 130 adet numuneden 38 (% 29) Enterococcus faecalis ve 26 (% 21) Enterococcus faecium olmak üzere toplam 64 (% 50) adet enterokok saptanmıştır. 8 (% 21) adet E. faecalis suşunda fosforilasyon enzimini kodlayan gen taşıyıcılığı saptanmış, suşların hiçbirinde esp geni taşıyıcılığı belirlenmemiştir. Bu çalışma ile birlikte insanlarla yakın temas halinde bulunan kedilerin, enterokok taşıyıcılığı bakımından risk teşkil ettiği, muayene ve rutin laboratuvar analizlerinde bu durumun da göz önüne alınması gerekliliği ortaya konmuştur.

Subklinik mastitisli sığırlardan staphylococcus aureus, streptococcus uberis ve streptococcus dysgalactiae etkenlerinin izolasyonu ve antibiyotiklere duyarlılıklarının belirlenmesi

Bu çalışmada, subklinik mastitisli sütlerden S. aureus, S. uberis ve S. dysgalactiae türlerinin izolasyonu mastitis etiyolojisindeki rollerini klasik kültür yöntemi ile belirlemek, ayrıca izole edilen suşlarının antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi amaçlanmıştır. Aydın ili ve çevresindeki süt sığırcılığı işletmelerinde bulunan hayvanlardan Kaliforniya Mastitis Test ile subklinik mastitis problemi gösterdiği belirlenen hayvanlara ait sütler steril koşullarda alınan, toplam 100 adet süt örneği biyokimyasal yöntemlerle S. aureus, S. uberis ve S. dysgalactiae yönünden incelenmiştir. Çalışmamızın sonucunda S. aureus türlerinin izolasyon yüzdesi % 28 ve S. uberis ve S. dysgalactiae türlerinin izolasyon yüzdesi ise sırasıyla % 21 ve % 8 oranında gerçekleşmiştir. Süt örneklerinin % 43'ünde bakteriyel üreme görülmemiştir. Çalışmamızda izole edilen suşların antibiyotik duyarlılıkları incelendiğinde bakteriyel izolatlarının Amoksisilin- Klavulanik asit'e duyarlılık oranı % 65, Ampisilin ve Sefuroksim'e duyarlılık oranı % 60, Trimetoprim-Sulfometoksazol'e duyarlılık oranı % 100, Florfenikol'e duyarlılık oranı % 100 olarak belirlenmiştir. İzole edilen bakteriyel suşlar Penisilin'e ve Neomisin'e 100 dirençli, Oksitetrasiklin'e % 85 dirençli, Enrofloksasin'e ve Danofloksasin'e ise % 70 oranında dirençli saptanmıştır.

Kedilerde bartonella henselae ve bartonella clarrıdgeiae prevalansının araştırılması

Araştırmamızda İzmir'deki özel bir veteriner kliniğine gelen 50 ev ve sokak kedisinden alınan kan örnekleri PCR yöntemi ile incelenmiştir. PCR çalışması sonucunda toplam örneklerin % 12'sinden Bartonella spp. identifikasyonu gerçekleştirilmiştir. 50 adet örnekten yapılan PCR identifikasyonu sonucundaki tür bazındaki yüzde dağılımları, B. hensela % 8 ve B. clarridgeiae % 4'tür. PCR pozitifliği elde edilmiş Bartonella türlerinin cinsiyet bazındaki yüzde dağılımları incelendiğinde, dişi kedilerde % 7.4 oranında B. henselae ve % 3.7 oranında B. clarridgeiae (2 adet B. henselae ve 1 adet B. clarridgeiae) belirlendiği görülmektedir. Erkek kedilerde ise % 8.6 oranında B. henselae ve % 4.3 oranında B. clarridgeiae (2 adet B. henselae ve 1 adet B. clarridgeiae) saptandığı görülmektedir. PCR pozitifliği elde edilmiş Bartonella türlerinin yaşam şekli bazındaki % dağılımları incelendiğinde, ev kedilerinden % 7.4 oranında B. henselae ve % 3.7 oranında B. clarridgeiae (2 adet B. henselae ve 1 adet B. clarridgeiae) belirlendiği görülmektedir. Sokak kedilerinden ise % 8.6 oranında B. henselae ve % 4.3 oranında B. clarridgeiae (2 adet B. henselae ve 1 adet B. clarridgeiae) saptandığı görülmektedir. PCR pozitifliği elde edilmiş Bartonella türlerinin yaş bazındaki dağılımları incelendiğinde, B. henselae tespit edilen kedilerin yaş aralığının 1 ile 6 yaş arasında (1, 3, 5, 6) değiştiği görülmektedir. B. clarridgeiae tespit edilen kedilerde ise yaş aralığı 1 ile 2 (1 ve 2) arasında değişmektedir. Araştırmamızda, zoonotik önemi de olan Bartonella türlerinin İzmir bölgesinde varlığı tespit edilmiştir. Özellikle kedi pirelerinden insana taşınan B. henselae türünün yaygınlığı, koruyucu pire ilaçlamaları konusunda hasta sahiplerinin bilgilendirilmesi gerektiğini doğrulamaktadır.

Mastitisli sütlerden izole edilen stafilokokların biyofilm üretme yeteneğinin fenotipik ve genotipik yöntemlerle araştırılması

Bu araştırmada 2015 Temmuz ayında, Aydın ili ve çevresinde bulunan işletmelerden ve köylerden laktasyon döneminde olan 100 ineğin her birinden süt örnekleri tekniğine uygun olarak alınıp Adnan Menderes Üniversitesi Veteriner Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Rutin Teşhis Laboratuarına soğuk zincirde getirilerek biyofilm oluşturan stafilokoklar fenotipik ve genotipik yönden araştırılmıştır. Bu çalışmada toplanan 100 örneğin, 77 tanesinde bakteriyolojik üreme gözlenmiş bu 77 örneğin Gram pozitif oldugu gözlenmiştir. CRA 'da yapılan değerlendirmeler sonrasında 77 örneğin 13'ünde (%16.8) biyofilm oluşumu negatif bulunurken, 64'ünde (%83.1) biyofilm oluşumu pozitif bulunmuştur. PCR çalışmalarında, biyofilm pozitif olarak değerlendirilen bu 64 izolatın 28'inde (%43.7) icaA ve icaD geni bulunmuştur. Biyofilm negatif olarak değerlendirilen 13 izolatın tamamında ise her iki gende saptanamamıştır.

Köpeklerde lyme hastalığı prevalansının elısa ile araştırılması

Lyme hastalığı Amerika ve Avrupa'da en sık görülen kene kaynaklı multisistemik hastalıktır. Ülkemizde de yaygın olduğu düşünülmekte bununla birlikte yapılan seroprevalans çalışmaları oldukça az sayıdadır. Bu çalışmada, İzmir ve çevresinde Lyme borreliyosis seroprevalansının tespit edilmesi ve hastalığın yerleşim yerleri, cinsiyet, yaş grupları, ırksal yatkınlığın belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışmaya İzmir ve çevresinden toplanan 92 adet serum dahil edilmiştir. Örnekler anti-Borrelia IgG antikorlarının belirlenmesi amacıyla ELISA yöntemi ile test edilmiştir. ELISA ile, örneklerin 5 adedinde (% 5,4) IgG pozitifliği bulunmuştur. Elde edilen bulgular, İzmir ilinde bulunan genç ve ırk köpeklerin Lyme hastalığına yakalanma riskinin bulunduğunu, hastalığın engellenmesi ve halk sağlığının korunması için gerekli tedbirlerin alınması gerektiğini ortaya koymuştur.

Mastitisli sütlerden izole edilen escherichia coli suşlarında virülens genlerin araştırılması

Ülkemizde ve dünyada mastitise birçok bakterinin neden olduğu yapılan çalışmalarla gösterilmiştir. Bunların başını Staphylococcus ve Streptococcus gibi Gram pozitif bakteriler çekmektedir, bunları Gram negatif bakterilerden Escherichia coli izlemektedir. Bu çalışmada özellikle yetiştiriciliği çok yapılan süt sığırları örnekleme materyali olarak kullanılmıştır. Böylece yetiştiricilere rehber olunması, ayrıca moleküler metotların etkin olarak uygulanması amaçlanmıştır. PZR kullanılarak ineklerin klinik mastitis vakalarından izole edilen E. coli suşlarında bazı virulens faktör genlerinin araştırılması amaçlandı. Aydın ve İzmir çevresindeki bazı süt çiftliklerinden toplanan 100 adet süt numunesinden 12 adet E. coli suşu izole edildi. Bunlardan 1 tanesinde eaeA geni, 2 tanesinde traT geni tespit edilmiştir fakat izolatların hiçbirinde aer genine rastlanamamıştır.

Allerjik rinit patogenezinde IL-21 ve IL-33'ün rolünün araştırılması

Allerjik rinit nazal mukozanın enflamatuar bir hastalığıdır. Allerjik rinit; allerjenlere karşı gelişen immünglobülin E (IgE) aracılığıyla ortaya çıkan, Tip I aşırı duyarlılık reaksiyonuna bağlı gelişmektedir. Allerjik reaksiyonlar Th2 (T helper/yardımcı hücresi) hücrelerince kontrol edilir. Allerjik rinit patogenezinde birçok sitokinin rol oynadığı gösterilmektedir. Th2 hücreleri IL-4 (interlökin-4), IL-5, IL-9, IL-13 ve GM-CSF (Granülosit makrofaj koloni uyarıcı faktör) gibi sitokinleri salgılar. Bu sitokinler IgE sentezi, eozinofil ve mast hücreleri gibi hücrelerin aktifleşmesini sağlar. Bu çalışmada allerjik rinit sıçan (rat) modeli oluşturularak patogenezini etkileyen faktörlerden IgE, Ova sIgE, IL-33 ve IL-21'in araştırılması amaçlanmıştır. Bu çalışmada 20 Mart 2014 tarihinde onaylanan 64583101/2014/028 sayılı "Allerjik Rinit Deneysel Hayvan modelinde Thymoquinon'un etkisi'' adlı çalışmadaki sıçanların burun doku parçaları ve çalışmadan artan serum örnekleri kullanıldı. Çalışmaya allerjik rinit oluşturulmuş grupları ile adjuvan ve SF (serum fizyolojik) verilen kontrol grubu alındı. Adnan Menderes Üniversitesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalında serum örneklerinde IgE, OVA sIgE, IL-21 ve IL-33; doku örneklerinde IL-21 ve IL-33 seviyeleri ise 'Enzym Immun Assay' (EIA) yöntemiyle belirlendi. Bu çalışmada IL-33'ün dokuda allerjik rinitli (p=0,048) ve kortikosteroid+allerjik rinitli (p=0.035) gruptaki seviyeleri kontrol grubuna göre istatistiksel olarak yüksek bulundu. Ancak IL-21 ve IL-33'ün serum seviyelerinde gruplar arasında anlamlı bir fark bulunmamıştır. Diğer taraftan IL-21'in doku seviyelerinde gruplar arasında istatistiksel bir fark bulunmamasına rağmen allerjik rinitli grubun doku ve serum örnekleri kendi içinde karşılaştırıldığında dokudaki IL-21 seviyesi serum örneklerine göre istatistiksel olarak daha yüksek bulundu. Serumdaki IgE seviyesi kontrol grubu hem allerjik rinitli grup (p=0,009) hem de kortikosteroid+allerjik rinitli gruba (p=0,011) göre istatistiksel olarak yüksek bulundu. Bu çalışmada sonuç olarak IL-33 ve IL-21' in allerjik rinit patogenezinde rolünün olduğu ve allerjik rinitli dokuda daha yüksek seviyelerde sentezlendiği belirlenmiştir. Ayrıca IL-21'in IgE serum seviyesinin aşağı regülasyonu yönünde etkisi olduğu düşünülmektedir. Anahtar Kelimeler: Allerjik rinit, İnterlökin-21, İnterlökin-33, IL-21, IL-33

Kedi ve köpeklerde deri lezyonlarından dermatofit etkenlerinin izolasyonu

Bu çalışmada deri lezyonu bulunan kedi ve köpeklerden alınan deri kazıntısı ve kıl örneği materyallerin dermatofitozis yönünden etken izolasyonu sonrasında direkt mikroskobik incelenmesi, kültür yöntemiyle makroskobik ve mikroskobik identifikasyon yapılması amaçlanmıştır. Araştırmamızda İzmir ilinde bulunan özel veteriner kliniklerine getirilmiş olan ve deri lezyonu bulunan 50 adet kedi ve 50 adet köpek olmak üzere 100 hayvandan deri kazıntısı ve kıl örneği alınmıştır. Alınan numuneler, Adnan Menderes Üniversitesi Veteriner Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Laboratuvarında dermatofit etkenleri yönünden incelenmiştir. Direkt mikroskobik incelemede, incelenen 100 materyalin 24 (% 24)'ünde, mantar hifa ve/veya sporları görüldü. Kültür işlemi sonrasında 24 (% 24) materyalden dermatofit izolasyonu gerçekleştirildi. İncelenen materyallerin orjinleri dikkate alındığında, kedi materyallerinde % 34 köpek materyallerinde % 14 oranında dermatofit izole edildi. İzolasyon amacıyla kullanılan Dermatofit selektif besiyeri (DTM)'nde, Sabouraud dekstroz agar (SDA)'a göre daha fazla oranda etken izole edildi. İzole edilen etkenlerin hayvan türlerine dağılımı, kedilerde % 53'ü Microsporum canis, % 12'si M. gypseum, % 35'i Trichophyton mentagrophytes; köpek materyallerinden ise, % 28.5 M. canis, % 28.5 T. mentagrophytes, % 28.5 T. rubrum, % 14 M. gypseum olarak belirlenmiştir. Sonuç olarak, dermatofitozis şüphesiyle kliniğe getirilen kedi ve köpeklerden M. canis dominant etken olarak üremiştir. İzolasyon amacıyla DTM'nin SDA'ya göre daha etkin olduğu ve pratisyen veteriner hekimler tarafından dermatofit şüpheli olgularda kullanılabileceği ortaya konulmuştur. Ayrıca Microsporum ve Trikofiton etkenlerinin zoonotik önemi göz önüne alındığında, hayvan sahipleri ve veteriner hekimlerin dermatofit şüpheli hayvanlara muayene veya hobi amaçlı yaklaşımlarında dikkatli olmaları gerektiği kanısına varılmıştır.

Köpeklerin üriner sisteminden izole edilen vankomisin dirençli enterokok türlerinin antimikrobiyal duyarlılıkları

Bu araştırmada köpeklerden alınan idrar örneklerinden izole edilen vankomisin dirençli Enterococcus faecalis ve Enterococcus faecium suşlarının antimikrobiyal duyarlılıklarının ortaya konulması amaçlandı. Bu kapsamda Aydın Adnan Menderes Üniversitesi Veteriner Fakültesi Araştırma ve Uygulama Hastanesi İç Hastalıkları ve Cerrahi kliniklerine getirilen dişi ve erkek köpeklerden sistosentez yoluyla alınan 100 adet idrar örneğinden toplam 22 adet Enterococcus spp. izole ve identifiye edildi. İzolatların multipleks PCR tekniği ile tür spesifik primerler kullanılarak yapılan identifikasyonlarında idrar orijinli Enterokok suşlarının 22 (% 100) adedi E. faecium olarak identifiye edilirken; izolatlarda E. faecalis'e rastlanmadığı belirlendi. Araştırmada, vanA ve vanB primerleri kullanılarak yapılan PCR çalışması sonucunda izole edilen 10 (% 45) adet E. faecium suşunda vankomisin direncine rastlandı. E-test antibiyogram çalışması sonucunda ise izolatlarının ampisilin ve tigesikline karşı % 100, tetrasikline %36, klindamisine % 18 oranında duyarlı, seftriaksona karşı ise % 100 oranında dirençli olarak saptandı.

Mastitisli sığır sütlerinde lısterıa monocytogenes varlığının araştırılması

Araştırmamızda Aydın ili ve yöresinde bulunan çiftliklerdeki mastitisli sığırlardan alınan süt örneklerinde L. monocytogenes etkeni varlığının fenotipik ve genotipik yöntemlerle araştırılması amaçlanmıştır. Araştırma materyalini Aydın ili ve çevresinde bulunan sığır işletmelerinde bulunan mastitis semptomu gözlenen 200 adet sığır oluşturmuştur. Sığırlardan alınan toplam 200 adet mastitisli süt örneği soğuk zincir altında Adnan Menderes Üniversitesi Veteriner Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı laboratuvarlarına getirilmiştir. Süt örneklerinden fenotipik yöntemlerle L. monocytogenes identifikasyonları yapılmıştır. L. monocytogenes olarak identifiye edilen izolatlar genotipik olarak PCR ile doğrulanmıştır. İncelenen 200 adet süt örneğinin 11 (% 5.5) L. monocytogenes izolasyon ve identifikasyonu gerçekleştirildi. L. monocytogenes spesifik primerler kullanılarak gerçekleştirilen PCR sonrasında incelenen toplam 11 adet L. monocytogenes izolatının hepsi (% 100) inlB geni açısından pozitif olarak saptanmıştır Sonuç olarak araştırmamızda mastitisli sığırlardan alınan süt örneklerinden fenotipik ve genotipik yöntemlerle % 5.5 oranında L. monocytogenes identifiye edilmiş ve Aydın ili süt sığırcılığı işletmelerinde L. monocytogenes varlığı ortaya konulmuştur.

Buzağı ishallerinde rol oynayan enterotoksijenik escherichia coli türlerinin araştırılması ve antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi

Araştırmamızda Aydın ili, buzağı işletmelerinde bulunan ishal gibi klinik bulguları mevcut olan buzağılardan enterotoksijenik Escherichia coli identifikasyonunun fenotipik ve genotipik yöntemlerle tespiti, izole edilen suşların antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi amaçlandı. Araştırma materyalini Eylül-Aralık 2015 tarihleri arasında, Aydın ili ve çevresinde bulunan sığır işletmelerinde bulunan ishal semptomu gözlenen 50 adet buzağı oluşturmuştur. İshalli buzağılardan alınan toplam 50 adet dışkı svabı soğuk zincir altında Adnan Menderes Üniversitesi Veteriner Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı laboratuvarlarına getirilmiştir. Svap örneklerinden fenotipik yöntemlerle E. coli identifikasyonları yapılmıştır. E. coli olarak identifiye edilen izolatlar genotipik olarak PCR ile doğrulanmış ve enterotoksijenik E. coli varlığı da PCR ile araştırılmıştır. Araştırmanın son aşamasında identifiye edilen E. coli suşlarının disk difüzyon yöntemi ile antibiyogramları yapılmıştır. İncelenen 50 adet rektal svap örneğinin 47 (% 94) adedinden E. coli izolasyon ve identifikasyonu gerçekleştirildi. E. coli spesifik primerler kullanılarak gerçekleştirilen PCR sonrasında incelenen toplam 47 E. coli izolatının hepsi (% 100) uidA geni açısından pozitif olarak saptanmıştır. Moleküler olarak doğrulanan E. coli suşları, ETEC spesifik est1B gen varlığı açısından araştırıldığında sadece 1 (% 2) adet suş enterotoksijenik E. coli olarak saptanmıştır. Antibiyogram testleri sonucunda E.coli izolatlarının Gentamisin'e % 89, Sefoperazon'a % 61, Amoksisilin- Klavulanik asit'e % 51, Danofloksasin'e % 44, Enrofloksasin'e % 42 oranlarında duyarlı ve Penisilin G'ye ve Eritromisin'e % 100, Tetrasiklin'e ve Trimetoprim-Sulfometoksazol'e % 80, Kanamisin'e ise % 76.5 oranlarına dirençli olduğu saptanmıştır. Sonuç olarak araştırmamızda ishalli buzağılardan alınan rektal svap örneklerinden fenotipik ve genotipik yöntemlerle % 94 oranında E. coli ve bu izolatların % 2'sinden ETEC identifiye edilmiştir. E. coli izolatların antibiyogram testleri sonucunda çoklu antibiyotik direnci geliştiği gözlemlenmiştir.

Mastitisli sütlerden izole edilen enterokokların biyofilm üretiminin araştırılması

Mikrobiyal kökenli mastitis, tüm dünyada sığırcılığın en çok ekonomik kayba neden olan hastalığı olarak kabul edilmektedir. Klinik ve subklinik karakterde, akut ve kronik seyirli olabilen mastitisler, sığırlarda verim düşüklüğü, ürün kaybı ve tedavi masrafları nedeniyle ekonomik kayıplara yol açabildiği gibi, insan sağlığı açısından da risk oluşturabilmektedir. Enterokoklar, biyofilm yapısına katılan çeşitli virulens faktörler sayesinde insanları ve evcil hayvanları enfekte ederler. Enterokok türlerinin çoğu en az bir antibiyotiğe karşı dirençlidir ve biyofilm yapısının bu dirence katkıda bulunduğu düşünülmektedir. Biyofilm oluşturan bu türlerde meydana gelen yüksek dirençliliğin insan sağlığı için de risk teşkil edebileceği düşünülmektedir. Bu nedenle konu ile ilgili olarak daha detaylı araştırma ve denemelerin yapılması gerekmektedir. Çalışmamızda Enterococcus spp. izolasyonu için Aydın bölgesinden sağlıklı ve mastitisli sığırlardan alınan 100 adet süt örneğinden, 9 (% 9) adet örnek Enterococcus spp. olarak izole edildi. Bu 9 adet suş biyofilm yapısı incelenmek üzere Congo Red Agara (CRA) ekildi. 6 (% 66) suş biyofilm oluşumu yönünden pozitif olarak değerlendirilirken,3 (% 33) suşta ise biyofilm oluşumu gözlenmemiştir.

Mastitisli sığır sütlerinden E. durans ve E. hırae'nin izolasyon ve identifikasyonu

Bu çalışmada, mastitisli süt örneklerinden izole edilen ve çok yüksek 16S rRNA benzerliği nedeniyle sıklıkla birbiriyle karıştırılan Enterococcus durans ve Enterococcus hirae'nin moleküler yöntemler kullanılarak identifikasyonlarının yapılması amaçlandı. Çalışma materyalini 620 klinik veya subklinik mastitisli süt örneği oluşturdu. Fenotipik yöntemlerle 96 enterokok şüpheli izolat elde edildi. Bu izolatların cins spesifik primerler kullanılarak gerçekleştirilen polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) sonucu hepsinin Enterococcus spp. olduğu doğrulandı. Tür spesifik primerler kullanılarak uygulanan PZR sonucunda izole edilen 96 enterokokun 9 (%9.3)'unun E. hirae ve 5 (%5.2)'inin E. durans olduğu belirlendi. İzolatların 16S rRNA fragmentleri üniversal 16S primerleri kullanılarak çoğaltıldı ve sekans analizi ile identifikasyonlar doğrulandı. 16S rRNA benzerliği yüksek olan bu iki türün geleneksel fenotipik yöntemler kullanılarak birbirinden ayırt edilmeleri oldukça zor olup, bu çalışmayla türe özgü primerler kullanılarak uygulanan moleküler yöntemlerle bu gibi türlerin kolayca ayırt edilebileceği gösterilmiştir. Özellikle mastitisli sığır sütlerinden sık izole edilen enterokokların tanımlanmasıyla ilgili kesin sonuç veren, kolay ve zaman tasarrufu sağlayan yöntemlerin laboratuvarlarda uygulanmasının faydalı olduğu sonucuna varılmıştır. Bu iki enterokok türünün virulens faktörleri ve antibiyotik dirençliliklerinin belirlenmesi üzerine yapılacak olan çalışmaların bu mikroorganizmaların patogenezlerinin daha iyi anlaşılmasına katkı sağlayacağı düşünülmektedir.

İdrar kültürlerinden izole edilen escherichia coli suşlarında p fimbria varlığı ve antibakteriyellere karşı duyarlılıklarının incelenmesi

Üriner sistem enfeksiyonlarından (ÜSE) sıklıkla izole edilen patojenler arasında yer alan Escherichia coli'nin en önemli virulans faktörlerinden birisi piyelonefrit ile ilişkili fimbria (pap) olan P fimbrialardır. Bu çalışmada; ÜSE'li hasta idrarlarından E. coli'nin izolasyonu, izolatların antibiyotik dirençliliklerinin, genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz (GSBL) enzimlerinin ve P fimbria varlıklarının incelenmesi amaçlandı. Çalışmada materyal olarak idrar örneklerinden bir yıl boyunca izole edilen 133 E. coli kullanıldı. Bakterilerin izolasyonları konvansiyonel yöntemlerle yapıldıktan sonra, identifikasyonları polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ile doğrulandı. Fenotipik olarak 7 antimikrobiyal aileye ait 20 antibiyotiğe karşı direnç profilleri disk difüzyon yöntemi (DDT) ile, GSBL enzim varlığı ise çift disk sinerji testi (ÇDST) ile araştırıldı. Genotipik olarak GSBL genlerinin (blaTEM, blaCTX, blaOXA, blaSHV) ve P fimbria genlerinin (papA, papG) varlığı incelendi. Ki Kare testi; i. GSBL üreten ve üretmeyen ii) papA ve papG taşıyan ve taşımayan izolatlarda antibiyotik duyarlılık ve dirençlilik durumları arasındaki ilişki karşılaştırmak için kullanıldı. DDT sonucunda izolatların %50.30'ünün siprofloksasine, %42.10'inin trimetoprim sulfametaksazole, %13.55'inin sefazoline dirençli oldukları belirlenirken, kullanılan diğer 17 antibiyotiğe karşı direnç oranlarının %0.75 ile %9.80 arasında değiştiği tespit edildi. İzolatların %49.7'si fenotipik, %59.4'ü genotipik olarak GSBL pozitif olduğu belirlendi. İzolatlarda blaTEM %32.3, blaCTX %31.6, blaOXA %21.0, blaSHV %2.3 oranında saptandı. İzolatların %27.0'sinde toplam 51 pap geni (%12.0 papA, %26.3 papG) belirlendi. Ki Kare testi neticesinde i) GSBL üreten ve üretmeyen izolatlarda siprofloksasin ve trimetoprim-sülfametaksazol antibiyotikleri açısından ii) siprofloksasin direnci ile papG varlığı açısından gruplar arasında anlamlı farklılık saptandı. Bundan sonraki çalışmalarda, ÜSE'larından izole edilen GSBL pozitif E. coli'lerin plazmitleri araştırılıp, bu plazmitlerin GSBL üretimine katkıları incelenebilir.

Mastitisli Anadolu mandaları ve süt ineklerinden Candida türlerinin izolasyonu, moleküler tiplendirilmesi, virülens faktörleri ve antifungal dirençliliklerinin araştırılması

Bu Tezde, mastitisli Anadolu mandaları ve süt ineklerinden Candida türlerinin izolasyonu, moleküler düzeyde tiplendirilmesi, Candida albicans olarak identifiye edilen izolatlarda aglutinin-benzeri sekans (ALS1), salgısal aspartil proteinaz (SAP1) ve fosfolipaz enzimi (PLB1) virülens genlerinin varlığının araştırılması ve Candida izolatlarının antifungal duyarlılık/dirençlilik profillerinin belirlenmesi amaçlandı. Çalışmada, Afyonkarahisar ili'nde ve ilçelerinde bulunan 301 Anadolu mandasına ait 1188 meme lobu ve 332 sağmal ineğe ait 1321 meme lobu süt örneği kullanıldı. Örneklerden Candida türlerinin fenotipik izolasyonunu takiben, şüpheli izolatlara ilk kez bu çalışmada tasarlanan cins-spesifik ITS primerleri kullanılarak PZR uygulandı. PZR ile Candida olarak belirlenen izolatlar, tek yön Sanger sekans analizi ile identifiye edildi. Anadolu mandası izolatlarının %79,59'u Pichia kudriavzevii (Candida krusei, n=74), %11,82'si Kluyveromyces marxianus (Candida kefyr, n=11), %4,3'ü Suhomyces xylopsoci (Candida xylopsoci, n=4), %2,15'i Candida albicans (n=2), %1,07'si Candida glabrata (n=1) ve %1,07'si Candida rugosa (n=1) olarak tiplendirildi. Süt ineklerinden izole edilen türlerin ise %54,54'ü P. kudriavzevii (C. krusei, n=54), %39,4'ü K. marxianus (C. kefyr, n=39), %4,04'ü C. xylopsoci (n=4), %1,01'i Candida parapsilosis (n=1) ve %1,01'i C. rugosa (n=1) olarak identifiye edilirken, süt ineklerinden C. albicans identifiye edilemedi. Çalışmada, hem mandalar hem de süt ineklerinden en yüksek oranda izole edilen türler P. kudriavzevii (C. krusei) ve K. marxianus (C. kefyr) olarak belirlendi. Çalışmada, Anadolu mandalarından izole edilen iki C. albicans'ta ALS1, SAP1 ve PLB1 genlerinin varlığı PZR ile araştırıldı. Türlerden ikisinin de SAP1 genini taşıdığı belirlenirken, türlerde ALS1 ve PLB1 genleri bulunamadı. Bu Tezde, Anadolu mandaları ve süt ineklerinden izole edilen Candida türlerinin antifungal dirençlilikleri disk difüzyon yöntemi kullanılarak araştırıldı. Anadolu mandalarından izole edilen türlerin tamamı flusitozine dirençli iken, türlerde ii itrakonazol (%98,9; n=92), amfoterisin B (%88,2; n=82), kaspofungin (%86; n=80) ve flukonazole (%83,9; n=78) karşı da yüksek direnç oranları elde edildi. Süt ineklerinden izole edilen 99 türün tamamı itrakonazol ve flusitozine dirençli iken, türlerin 96'sında (%97) amfoterisin B'ye, 75'inde (%75,8) kaspofungine ve 63'ünde flukonazole (%63,6) karşı direnç belirlendi. Manda izolatlarının %90,3'ü vorikonazole ve ketokonazole duyarlıyken, inek izolatlarının %97'si ketokonazole ve %92'si vorikonazole duyarlı bulundu. Sonuç olarak bu tez çalışmasında, örneklenen hayvanlarda mayalara bağlı mastitis etiyolojisinde non-albicans Candida türlerinin daha yaygın olduğu gösterildi. Candida türlerine karşı mastitis tedavi planlarının belirlenmesinde ve hastalığın etkili bir şekilde kontrol edilmesinde antifungal duyarlılık testlerinin önemli bir yol gösterici olabileceği düşünüldü. Ayrıca, bu tez, Türkiye'de Anadolu mandalarından izole edilen Candida türlerinin moleküler yöntemlerle tiplendirildiği ve manda orijinli C. albicans izolatlarında SAP1 virülens geni varlığının gösterildiği ilk araştırmadır. Tez sonucunda elde edilen bulguların, daha sonra konu ile ilgili yapılacak araştırmalar için önemli epidemiyolojik veri kaynağı olabileceği düşünülmektedir.

Afyonkarahisar'da satışa sunulan afyon kaymağında escherichia coli O157:H7 varlığının araştırılması

Bu çalışmada, Afyonkarahisar'da satışa sunulan Afyon kaymaklarından E. coli O157:H7/H- serotipinin izolasyonu, izole edilen suşlarda Stx1, Stx2, ehlyA ve eaeA genlerinin PZR ile araştırılması ve suşların Türkiye'de yaygın olarak kullanılan bazı antibiyotiklere dirençliliklerinin belirlenmesi amaçlandı. Bu amaçla, Afyonkarahisar merkez ve köylerdeki halk pazarlarında satılan toplam 100 adet kaymak örneği toplandı. Konvansiyonel kültür yöntemleri ve serolojik doğrulama testleri kullanılarak 100 örneğin 3'ünden E. coli O157 izole edildi. İzole edilen 3 suşta Stx1, Stx2, ehlyA ve eaeA genlerinin varlığı PZR ile araştırıldı. Stx1, Stx2 ve ehlyA genlerinin belirlenmesinde çoklu PZR, eaeA virulens geni için ise tekli PZR kullanıldı. Üç suşun tamamı Stx1 ve ehlyA genine sahipken, suşlarda Stx2 ve eaeA geni bulunamadı. Kaymak örneklerinden izole edilen 3 E. coli O157 suşunun çeşitli antibiyotiklere dirençlilikleri Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemi kullanılarak araştırıldı. Suşların tamamı sefazolin, sefoksitin ve seftiofura karşı dirençli iken, suşlarda ampisilin (%66,7), sefalothin (%66,7), seftriakson (%33,3), nalidiksik asit (%33,3) ve trimetoprim/sulfametoksazola (%33,3) karşı da direnç belirlendi. Bizim bilgimize göre, bu çalışma Türkiye'de kaymak örneklerinde E. coli O157 ve virulens genlerinin varlığını gösteren ilk çalışmadır. Anahtar Sözcükler: E. coli O157, enterohemolizin, intimin, kaymak, Şiga toksin

Afyonkarahisar ve Kütahya illerindeki mezbahalarda kesilen koyun, keçi, sığır karaciğerleri ile koyun aborte fetüslerinden campylobacter türlerinin izolasyonu ve identifikasyonu ile antibiyotik dirençliliklerinin tespit edilmesi

Bu çalışmada, Afyonkarahisar ve Kütahya illerinden Ocak 2016 – Mayıs 2016 döneminde mezbahalarda sağlıklı olarak kesilen koyun, keçi ve sığırlardan alınan 50'şer adet karaciğer örneği ile yine aynı bölgeden Nisan 2015 – Mayıs 2016 döneminde temin edilen 44 aborte koyun fetüsünde, Campylobacter spp. varlığı arandı. Kültür tekniğiyle izole edilen suşlar, API Campy (Biomerieux, France) test kitleriyle identifiye edildi. İdentifikasyonun ardından, disk difüzyon yöntemiyle suşların antibiyotik dirençlilikleri belirlendi. İncelenen 44 aborte koyun fetüsünden, 7 adet (%15,91) Campylobacter spp. izole edildi. İdentifikasyonları yapıldığında, örneklerin 5'inin C. fetus subsp. fetus (%71,43), 2'sinin C. jejuni (%28,57) olduğu tespit edildi. Ellişer karaciğer örneğinden, 3 koyun karaciğerinde (%6) ve 1 keçi karaciğerinde (%2) Campylobacter spp. izole edildi. İzolatların 3'ünün C. jejuni (%75), 1'inin C. coli (%25) olduğu tespit edildi. Sığır karaciğerlerinden ise Campylobacter spp. izole edilemedi. Elde edilen 11 adet Campylobacter izolatının analizinde siprofloksasin ve tetrasikline %45,5, eritromisine %27,3, ampisiline %9,1 oranında dirençlilik tespit edildi. Gentamisin, kloramfenikol ve streptomisine karşı ise dirençlilik gözlenmedi. Kullanılan antibiyotikler için tespit edilen duyarlılık oranları, ampisiline %72,7, eritromisine %54,5, gentamisine %90,9, kloramfenikole %100, streptomisine %72.7, siprofloksasin ve tetrasikline %27,3 olarak bulundu. Sonuç olarak; Campylobacter türlerinin çalışma bölgemizde de abort nedenleri arasında önemli düzeyde olduğu görüldü. Ortaya konulan antibiyotik dirençlilik profili, Campylobacter türlerinin coğrafi bölgelere göre değişen oranlarda dirençlilik gösterdiğini düşünüldü. Bilinçsiz antibiyotik kullanımının önüne geçilmesi için, yetiştiricilerde farkındalık oluşturacak faaliyetler geliştirilip uygulanmalıdır. Epidemiyolojik harita çıkarılması amacıyla, bu tür izolasyon ve identifikasyon çalışmaları artırılarak ülke geneline yayılmalıdır

Isparta ve Afyonkarahisar yöresinde koyun ve keçilerde bulaşıcı agalaksi hastalığı varlığının araştırılması

Küçükbaş hayvan yetiştiriciliğinin önemli sorunlarından biri olan Bulaşıcı agalaksi hastalığı yüksek morbidite oranına sahiptir ve önemli ekonomik kayıplara yol açmaktadır. Isparta ve Afyonkarahisar Yöresinde Bulaşıcı agalaksi hastalığı ile ilgili yeterli çalışma yoktur. Bu çalışmada Isparta ve Afyonkarahisar Yöresinde Bulaşıcı agalaksi hastalığının varlığıyla ilgili araştırma yapılması amaçlandı. 220 adet küçükbaş hayvan işletmesinde bulunan 45.500 adet küçükbaş hayvan Bulaşıcı agalaksi hastalığı yönünden tarandı. 21 adet küçükbaş hayvan işletmesinden 139 adet keçi, 56 adet koyun, 3 adet oğlak, 2 adet teke, 2 adet kuzu olmak üzere toplam 202 adet hayvandan numune alındı. 91 adet süt numunesi, 28 adet burun sıvabı, 101 adet göz sıvabı, 8 adet eklem sıvısı, 61 adet kulak sıvabı olmak üzere toplam 289 adet numune alındı. . 28 adet burun sıvabının 3'ünden Mycoplasma spp. izole edildi. Mycoplasma spp. izole edilen 3 izolata Mycoplasma agalactiae PCR uygulandı ve izolatlar M. agalactiae yönünden negatif bulundu. Koloni morfolojileri incelendi ve yapılan biyokimyasal testler, üreme inhibisyon testi ile 1 (% 0,49) etkenin M. arginini olduğu tespit edildi ve 2 (% 0,99) etkenin merkezsiz koloni morfolojisine sahip M. ovipneumoniae olduğu belirlendi. Bulaşıcı agalaksi'ye neden olan dört etkenden hiçbiri izole ve identifiye edilemedi.

Afyonkarahisar, Antalya ve Eskişehir'den temin edilen balıklardan aeromonas salmonicida etkeninin izolasyonu ve identifikasyonu ile antibiyotik duyarlığının saptanması

Bu çalışmada farklı balık türlerinden Aeromonas salmonicida izolasyonu ve izole edilen türlerin çeşitli antibiyotiklere duyarlılıklarının belirlenmesi amaçlandı. Bu amaçla, Afyonkarahisar, Antalya ve Eskişehir illerinden farklı balık türlerinden toplam 100 adet örnek toplandı. Alınan numunelerden bakteri izolasyonu standart kültürel yöntemler kullanılarak gerçekleştirildi. Üreyen etkenlerin identifikasyonu VITEK® 2 Compact otomatize sistemi ile yapıldı. Toplam 100 numunenin hiçbirinde A. salmonicida bulunmadı.

Türkiye'nin Akdeniz (Antalya, Mersin, Adana, Osmaniye ve Hatay) ve İç Anadolu bölgelerindeki (Konya, Aksaray, Niğde, Karaman) bazı illerde yaşayan Apodemus spp., Microtus spp., Rattus spp. ve Talpa davidiana türlerinde Hantavirus varlığının ve dağılımının araştırılması

Amaç: Orthohantavirüsler, renal sendromlu kanamalı ateş ve hantavirüs pulmoner sendrom gibi klinik tablolar oluşturması nedeniyle tüm dünyada önemli bir halk sağlığı sorunudur. Orthohantavirus enfeksiyonlarında virüse karşı etkili bir antiviral ajanın bulunmaması nedeniyle, enfeksiyondan korunma önem taşımaktadır. Saha çalışmaları, kemirici populasyonlarında enfeksiyonun takibinin sağlanması, alandaki Orthohantavirus prevalansının belirlenmesi ve olası salgın bölgelerinin öngörülebilmesi konusunda önemli veriler sağlamaktadır. Akdeniz ve İç Anadolu Bölgeleri'nin, Akdeniz Havzası'nda bulunan bazı buzul dönem sığınaklarını barındırması, farklı vejetasyon tiplerinin görülmesi ve bazı endemik türlerin yayılım alanları olması nedeniyle bu bölgelerde olası yeni Orthohantavirus türlerinin görülebileceği düşünülmüştür. Ayrıca Akdeniz ve İç Anadolu Bölgeleri'ndeki kemirici populasyonları bilinen Orthohantavirus türlerinin varlığı açısından şimdiye kadar taranmamıştır. Bu çalışma ile Akdeniz ve İç Anadolu'nun Akdeniz'e komşu bölgelerindeki Orthohantavirus prevalansının, kemirici populasyonları arasında dolaşmakta olan Orthohantavirus tür/türlerinin ve taşıyıcı kemirici türlerinin saptanması amaçlanmıştır. Yöntem: Antalya, Mersin, Adana, Osmaniye, Hatay, Konya, Aksaray, Niğde ve Karaman illerinde Nisan 2015- Kasım 2017 tarihleri arasında yapılan saha çalışmaları ile Orthohantavirus taşıyıcısı olarak bilinen Apodemus spp., Microtus spp. ve Rattus spp. türlerinden kemiriciler yakalandı. Örneklem, saha temsiliyeti göz önünde bulundurularak yapıldı. Yakalanan kemiricilere ait serum ve doku örnekleri, Orthohantavirus enfeksiyonları açısından serolojik ve moleküler yöntemler ile tarandı. Bulgular: Hedef türlerden 429 kemirici yakalandı. Bu kemiricilere ait akciğer dokuları Orthohantavirus varlığı açısından PZT ile tarandı ve virüse rastlanmadı. Kemiricilerden 175 tanesine ait serum örnekleri orthohantavirüse karşı antikor varlığı açısından ELISA ve immünoblot yöntemleri ile tarandı ve hiçbir kemiricide seropozitiflik saptanmadı. Sonuç: Çalışma kapsamında, uzun süreli ve mevsimlere göre dağılmış şekilde örneklem yapılmasına rağmen Orthohantavirus varlığına rastlanmadı. Türkiye'nin güneyinde yer alan buzul dönem sığınaklarının bulunduğu yerler ve bitki örtüsü ile Orthohantavirus varlığı arasında doğrudan bir bağıntı da tespit edilemedi. Türkiye'nin kuzeyi ile güneyi arasında coğrafi bariyerlerin bulunması ve virüsün doğadaki canlılığını etkileyen iklim özelliklerinin iki bölge arasında farklılık göstermesi, virüsün Türkiye'nin güney bölgelerinde saptanamaması ile ilişkilendirildi.

Afyonkarahisar'da insan ve hayvanlarda metisiline dirençli Staphylococcus aureus'un (MRSA) nazal taşıyıcılığının araştırılması

Sunulan çalışmada, Afyonkarahisar'da ilk kez insan ve insanlarla yakın temas halindeki sığırlarda moleküler teknikler kullanılarak metisiline dirençli Staphylococcus aureus'un (MRSA) nazal taşıyıcılık oranları ve izole edilen MRSA izolatlarının çeşitli antibiyotiklere karşı dirençlilik oranları araştırıldı. Örneklenen 150 insan (85 kadın, 65 erkek) ve 250 sığırda (175 dişi, 75 erkek) MRSA nazal taşıyıcılık oranları sırasıyla %8,7 (n=13) ve %1,2 (n=3) olarak belirlendi. İnsanlar ve hayvanlardan izole edilen MRSA suşları örneklemenin yapıldığı aynı hanelerden sağlanmadı. Bu nedenle, insanlar ve hayvanlar arasında bulaşmanın olmadığı düşünüldü. İnsanlardan sağlanan 13 MRSA izolatının tümü sefoksitin ve penisilin G'ye karşı dirençliydi. İzolatlarda klindamisin (%46,1), kanamisin (%46,1), mupirosin (%46,1), eritromisin (%38,5), fusidik asit (%38,5), oksasilin (%38,5), tetrasiklin (%38,5) ve vankomisine (%38,5) karşı da yüksek direnç oranları belirlendi. Sığır nazal sıvap örneklerinden izole edilen 3 MRSA izolatının tamamında sefoksitin, klindamisin, eritromisin, fusidik asit, mupirosin, oksasilin, penisilin G, rifampisin, teikoplanin ve vankomisine karşı direnç tespit edildi.

Sığır mastitislerinden izole edilen Stafilokoklarda metisilin direnci ve Panton-Valentine lökosidin varlığının araştırılması

Bu çalışmada, mastitisli ineklerden Stafilokok türlerinin izolasyonu, izole edilen türlerde mecA ve pvl genlerinin PZR ile araştırılması ve metisilin direnci belirlenen suşların veteriner sahada yaygın olarak kullanılan çeşitli antibiyotiklere dirençliliklerinin belirlenmesi amaçlandı. Sunulan çalışmada, İzmir ili Ödemiş ilçesi merkez ve köylerinde bulunan 34 farklı küçük (aile tipi), orta ya da büyük ölçekli işletmelerden, laktasyonun farklı dönemlerinde olan 251 baş sağmal inekten alınan 972 meme lobu süt örneği kullanıldı. Her bir meme lobuna uygulanan CMT sonrasında, 757 meme lobu süt örneğinin CMT'ye pozitif reaksiyon verirken, 215 meme lobu süt örneğinin ise negatif reaksiyon verdiği belirlendi. CMT pozitif ve negatif 972 meme lobu süt örneğinden toplam 182 (%18,72) Staphylococcus suşu izole ve identifiye edildi. Örneklenen 251 adet ineğin 120'sinin (%47,8) en az bir Stafilokok türü ile infekte olduğu belirlendi. İdentifiye edilen 182 adet Stafilokok suşunun 137'sinin (%75,27) KPS türü, 45'inin (%24,73) ise KNS türü olduğu belirlendi. Çalışmada toplam 11 farklı Stafilokok türü izole edildi. Türler arasında en yüksek izolasyon oranına sahip tür S. intermedius (%42,30) olarak belirlenirken, bunu; S. aureus (%32,97) ve S. saprophyticus'a (%10,99) ait izolasyon oranları izledi. 182 adet Stafilokok izolatından 4'ünün (%2,2) ise mecA geni taşıdığı belirlendi. mecA genine sahip 4 Stafilokok türünün dördü de S. intermedius'tu. PVL toksin varlığının da araştırıldığı çalışmada, suşların hiç birinde pvl toksin genine rastlanmadı. Metisiline dirençli 4 S. intermedius suşunun, veteriner sahada yaygın olarak kullanılan çeşitli antibiyotiklere dirençlilikleri Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemi kullanılarak araştırıldı. Buna göre; mecA pozitif 4 S. intermedius suşunun tümü penisilin G, oksasilin ve sefoksitine dirençli idi. Ayrıca izolatlarda eritromisine %50, rifampisin, gentamisin, tetrasiklin ve trimetoprim/sulfametaksazole karşı ise %25 oranlarında direnç tespit edildi.

Afyonkarahisar ilinde satılan dondurmaların mikrobiyolojik kalitesi üzerine çalışmalar

Bu çalismada, Afyonkarahisar merkezinde bulunan dondurma satis yerlerindenalinan, 50 adet sade dondurma örneginde bulunan toplam mezofil, toplam psikrofil,koliform grubu bakteriler ve S. aureus sayilari saptanmistir.Dondurma örneklerinde belirlenen, toplam aerobik mezofil bakteri sayisi,psikrofil bakteri sayisi, koliform grubu bakteri sayisi ve S. aureus sayisi sirasiyla1.7 x 106adetlg ile <10 adetlg (ortalama; 2.6 xl 05 adetlg), 2.9 x 106adetlg ile <10adetlg (ortalama;4.0 xlOs adetlg), 5.6 x 103adetlg ile <10 adetlg (ortalama; 2.5 x 105adetlg) ve 4.4 xi02 adetlg ile Oadetlg (ortalama; 1.6 x102 adetlg) olarak belirlenmistir.Arastirmada mikrobiyolojik kaliteleri incelenen dondurmalarin % 22'sinintoplam aerobik mezofil bakteri sayisi, % 44'ünün kolIform bakteri sayisi ve% 22 'inin S. aureus sayisi yönünden TS 4265 Dondurma Standardinda ve Türk GidaMaddeleri Tüzügü Sade Dondurma Tebliginde belirtilen sinir degerlerini astigigözlendi. Dondurma numuneleri total olarak incelendiginde ise; 50 adet dondurmanumunesinden 23 (% 46) adedinin sinir degerlerinin üzerinde oldugu belirlendi.Sonuç olarak, Afyonkarahisar ilinde yapilan bu arastirmada elde edilen verilerdegerlendirildiginde, incelenen dondurma numunelerinden açikta satilan örnekleringenellikle hijyenik kalitelerinin istenilen düzeyde olmadigi, üretimde ilkel ve hijyenikolmayan yöntemler kullanildigi ve bu nedenle de bu dondurmalann halk sagligiaçisindan potansiyel bir tehlike olusturabilecegi kanaatine varildi. Paketlenmis olaraksatilan dondurma numunelerin ise hijyenik yönden standartlara uygun oldugu ve halksagligi açisindan herhangi bir risk teskil etmedigi saptandi.

Candida türlerinde subinhibitör konsantrasyonda antifungal ilaç uygulamalarının slime faktör oluşumuna etkileri

ÖZETCandida Türlerinde Subinhibitör Konsantrasyonda Antifungal İlaçUygulamalarının Slime Faktör Oluºumuna EtkileriCandida'lar insanların normal florasının bir üyesi olup, doðada yaygın olarakbulunurlar. Konaðın hücresel immünitesinin bozulması, floralı bölgelerdekifizyolojik koºulların veya floradaki mikroorganizma içeriðinin deðiºmesi ile fırsatçımantar enfeksiyonlarına yol açabilirler.Candida'larla oluºan enfeksiyon sıklıðı giderek artmaktadır. Kullanılanantifungal ajanlara direnç görülmesi de önemli bir problem oluºturmaktadır.Bu çalıºmada, klinik örneklerden izole ettiðimiz maya türü mantarlardanCandida'ların tür düzeyinde tanımlanması, slime oluºturanların tesbit edilmesi,antifungal duyarlılık paternlerinin belirlenmesi ve slime oluºumuna subinhibitörkonsantrasyonlarda antifungallerin etkisini amaçladık.Çalıºmada, hastanemiz Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Laboratuvarına01.01.2005 ile 01.09.2006 tarihleri arasında gönderilen çeºitli örneklerden izoleedilmiº toplam 250 Candida suºunun tanımlaması yapılmıºtır. Slime oluºturan 64(%25,6) Candida türü saptanmıºtır. Slime oluºturan türler modifiye tüp adherensmetodu ile belirlenmiºtir. Bunların 41'i C.albicans (%64,1), 13'ü C.glabrata(%20,3), 3'ü C.tropicalis (%4,6), 5'i C.kefyri (%7,8), 1'i C.krusei (%1,6), 1'i C.sake(%1,6) olarak tanımlanmıºtır.Slime oluºturan türlerin Amfoterisin B (Amp-B), Vorikonazol, Itrakonazol veFlukonazole karºı duyarlılıkları mikrobuyyon dilusyon yöntemi ile araºtırılarakincelenmiºtir. Antifungallere duyarlılıkları; Amp-B'ye %98.4, Vorikonazol'e%68.7, Itrakonazol'e % 51.6, Flukonazol'e %53 saptanmıºtır.Ayrıca çalıºmamızda slime oluºturan suºlar için MİK deðerleri ile birlikte ikialt dilüsyonlar da hazırlanmıº ve bu subinhibitör konsantrasyonların slimeoluºumuna etkileri araºtırılmıºtır.Sonuçta; çalıºmamızda antifungallerin subinhibitör konsantrasyonlarında 64Candida türünden Amp-B ile 41 (%64,1)'inin, vorikonazol ile 41 (%64,1)'inin,itrakonazol ile 47 (%73,4)'sinin, flukonazol ile ise 35 (%54,7)'inin inhibe edildiðisaptanmıºtır. Çalıºmamıza göre antifungaller subinhibitör konsantrasyonlarda slimeoluºumunu % 64,1 oranında inhibe etmiºtir.Candida,Slime faktör,Anahtar Sözcükler: Antifungal Duyarlılık,Flukonazol, Vorikonazol, Itrakonazol, Amfoterisin B

Afyonkarahisar bölgesindeki risk gruplarında Cryptosporidium parvum araştırılması

IXAFYONKARAH SAR BÖLGES NDEK R SK GRUPLARINDACRYPTOSPOR D UM PARVUM ARAŞTIRILMASIÖZETBu çalışmada Afyonkarahisar bölgesindeki risk gruplarında Cryptosporidiumparvum'un araştırılması amaçlanmıştır.Çalışma Afyonkarahisar Kocatepe Üniversitesi Araştırma ve UygulamaHastanesi Parazitoloji Laboratuarı'nda 2006-2007 döneminde yapılmıştır.Çalışmada, Afyonkarahisar Çocuk Esirgeme Kurumu'nda kalan 114 çocuk vehastanemizin farklı birimlerine çeşitli şikayetlerle başvuran 136 hastadan elde edilentoplam 250 dışkı örneğinin parazitolojik incelemesi yapıldı. Toplanan örneklereçoklaştırma için formol-etil asetat çöktürme yöntemi uygulandı. Daha sonraCryptosporidium ookistlerinin teşhisi için, Kinyoun asit-fast yöntemi ile boyandı vemikroskopta incelendi. ncelenen dışkı örneklerinin 10 (%4)'unda C. parvumookistlerine rastlanmıştır.Sonuç olarak, C. parvum semptomatik ishal olgularında önemli bir etkendir.Bu yüzden risk grupları bu parazit yönünden dikkatle incelenmelidir. Asit-fastboyama tanı için yeterli olabilir ancak çalışmalar dikkatle yapılmalıdır.Anahtar kelimeler: Cryptosporidium parvum, Risk gruplarıSayfa adedi : 55Tez yöneticisi : Doç. Dr. Orhan Cem AKTEPE

Helicobacter pylori tanısında floresan in situ hibridizasyon ile diğer hızlı tanı yöntemlerinin karşılaştırılması ve eşlik eden klaritromisin direncinin araştırılması

Helicobacter pylori, insanların midesine yerlesen spiral seklinde, Gram negatif, mikroaerofilik bir bakteridir. Gelismis ülke populasyonlarında eriskinlerin % 50'si, gelismekte olan ülkelerde ise toplumun % 90'ı H. pylori ile infekte olmaktadır. Gastrik ülser, duodenal ülser, gastrik MALT lenfoma, distal gastrik kanserde H. pylori'nin major etyolojik rolu açıkça gösterilmistir. Uygun tedavi protokollerinin belirlenmesi ve özellikle bakterinin eradikasyonu için etkenin doğru saptanması önemlidir. H. pylori tanısında invaziv (histopatolojik tanı, kültür, üreaz testi, moleküler metodlar) ve non-invaziv (üre nefes testi, serolojik testler, H. pylori gaita antijen testi) testler vardır. Semptomatik hastaların primer tanısı için invaziv testler halen kabul görmesine rağmen noninvaziv metodlar daha çok kullanılmakta ve uygulanması da oldukça kolay olmaktadır. Çalısma 147 hastadan alınan ( % 61.9 kadın ve yas ortalması 45.2+14.9) antral biyopsi örnekleriyle gerçeklestirildi. FISH ve HpSA çalısmaları sırasıyla 133 ve 122 örneğe uygulandı. Klaritromisin direnci varlığı FISH ve agar dilüsyon metodlarıyla arastırıldı. Kültür ile 61 (% 41.5) hastada, HpSA ile 67 (% 54.9) hastada pozitiflik saptandı. FISH ve PCR ile sırasıyla 82 (% 61.7) ve 108 (% 73.5) hastada pozitiflik bulundu. Klaritromisin direnci incelemesinde ise agar dilüsyon yöntemiyle % 11.6, FISH yöntemiyle % 24.4 pozitiflik gösterildi. Bu çalısmada FISH için duyarlılık % 72.5, özgüllük % 74.1 olarak bulundu. Çalısmamıza göre FISH metodu H. pylori infeksiyonu tanısında ve klaritromisin direncinin tespit edilmesinde, diğer tanı yöntemlerini destekleyen hızlı, duyarlı ve basit bir metod olarak kullanılabilir.

Afyon bölgesinde saptanan HBV ve HCV etkenlerinde genotip belirlenmesi, mutasyon ve ilaç direncinin araştırılması

Bu çalışma, Eylül 2007-Mart 2008 tarihleri arasında, Afyon Kocatepe Üniversitesi Hastanesi polikliniklerine ve Kan Merkezine başvuran ya da rutin taramalarda hepatit saptanan bireylerden, toplam 74 hastada yapılmıştır. Bunların 44'ü HBV (25'i LAM tedavisi hiç almamış) 30'u ise HCV'li hastalardan seçilmiştir. HBV DNA açısından pozitif bulunan 44 serum örneğinde genotipleme, mutasyonel analiz ve antiviral ilaç direnci araştırmaları yapılmıştır. Hepatit B'de DNA Polimeraz geninin 80-260. kodonları arasındaki bölge PCR ile çoğaltılarak dizi analizi yapılmıştır. Hastaların tamamı genotip D olarak belirlenmiştir. Aynı dizilerde yapılan mutasyonel analiz ve ilaç direnci araştırmalarında ise;6 hastada (%13.6) M204I mutasyonu (LAM direnci), 2 hastada (%4.5) Q215S mutasyonu (LAM direnci), birer hastada (%2.3) V214A mutasyonu (ADV direnci), L80I+M204I mutasyonu (LAM direnci), A181T+N236T mutasyonu (ADV direnci), V84M+V173L mutasyonu (ADV ve LAM direnci), L80V+M204I mutasyonu (LAM direnci), Q215S+M204I mutasyonu (LAM direnci), ve M204I+L180M mutasyonu (LAM direnci) saptanmıştır. Geri kalan 29 hastada (%65.9) ise mutasyon ya da ilaç direnci saptanmamıştır. HCV RNA açısından pozitif bulunan 30 serum örneğinde ise dizi analizi yöntemi ile genotipleme yapılmıştır (ABI 310, AB). Genotipleme için HCV genomunun 5'NCR bölgesindeki genotip belirleyici dizileri analiz edilmiştir. HCV RNA'sı pozitif toplam 30 hastanın 19'unda (%63.3) subtip 1b, 6'sında (%20) subtip 1a, 4'ünde (%13.3) subtip 4a, 1'inde (%3.3) subtip 1c bulunmuştur. Toplam 26 hastada (%86.6) genotip 1 baskın olan genotip olarak belirlenmiştir. Sonuçta, HCV'li hastaların çoğunluğunda genotip 1b, HBV'li hastaların da tamamında genotip D saptanmış olup; belirlenen genotip, antiviral ilaç dirençleri ve mutasyonların, bölgemizdeki kronik hepatitli hastaların takip ve tedavisinde yol gösterici olacağı düşünülmektedir.

İzmir yöresinde değişik kaynaklardan izole edilen patojen staphylococcus'ların değişik kemoterapötik ajanlara karşı duyarlılık durumları

- 53- Ö2BI Dokua Bylill üniversitesi Tıp fakültesi Mikrobiyoloji Ânabilim Dalı Bakteriyoloji Iıaboratuvarıaa klinik ve polikli niklerden 1984 yılında gelen- basta örneklerinden (burun § ?bo- ğas9' idrar 5 gUz9 kulaks balgam^ vagan9 iiretra9 yaraf abşe,-'..akne yb*.) soyutulan ;288 stafilokok susunun antibiyotiklere duyarlılık durumları ' in -vitro araştırılmıştır!, Bunların 37 si Staphylococcus- aureus olup gerisi Cifi) hastalık etkeni olarak kabul.edilen Staphylococcus epidermi- dis (aUraa)" tir* Sonuotsf a) Oefopera^one^ oephalothinf methi© illin s ©arbenieillias tobramycins amoxicillin^ gentamicin en etkili* b) Erythromycin^ kanas^ycin^ gabromyoin.t ampicillin* penioîülıs-G -'trimethoprim-* sulfaıðazâ&ale, lincomyoin orta.derecede et--:, kili ? c) tetracycline rifampicin^ geopen ve- çeliştin ise en a^ etkili antibiyotikler, olarak.. saptanmıştır i

Alt solunum yolları enfeksiyonlarında moraxella catarrhalisin prevalansı ve beta laktamaz aktivitesinin saptanması

Çalışmamızda Mart 1992-Temmuz 1992 tarihleri arasında Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Laboratuvarına alt solunum yolu enfeksiyonu kuşkusu ile gönderilen 375 balgam örneğinden hücresel kriterlere göre 25 1 balgam örneği uygun bulunmuş ve kültüre alınmıştır. Bu kültürlerin 99'undan patojen mikroorganizma izole edilmiştir. Klinik tanıya bakılmaksızın M.catarrhalis; S. pneumoniae, S. aureus, P.aeruginosa, Klebsiella türlerinden sonra en yaygın patojen olarak bulunmuştur. Kültürü pozitif bulunan 99 hastadan 29'u KOAH'lı olup bu hastalardan en sık izole edilen patojen M.catarrhalis'dir. Balgam kültürlerinden M.catarrhalis izole edilen 11 hastanın yaş ortalaması 51.5 olup, bu hastaların %72.7'sinde sigara kullanma alışkanlığı, %81.8'inde KOAH bulunmaktadır. M.catarrhalis izolatlarının %81.8'i beta laktamaz üretmekte olup penisilin ve ampisili- ne dirençli bulunmuştur. Kolonizasyon oranını araştırmak amacıyla toplam 100 sağlıklı kişiden orofaringeal sekresyon (tükürük) alınmış ve 0-10 yaş grubunda kolonizasyon oranı en yüksek 14 (%48.3), 10-60 yaş grubun da 4 (%8.9) ve 60 yaşın üstündeki grupta 6 (%23.1) olmak üzere toplam 100 kişide 24 (%24) olarak saptanmıştır. Sağlıklı populasyondan izole edilen M.catarrhalis izolatlarının beta laktamaz aktivi- tesi 0-10 yaş grubunda %42.9, 10-60 yaş grubunda %25, 60 yaşın üstündeki grupta ise %33.3 bulunmuş olup toplam 100 kişiden elde edilen 24 M.catarrhalis izolaünda betalaktamaz üretim oranı 9/24 (%37.5) olarak saptanmıştır. Bu izolatlar penisilin ve ampisiline dirençli bulunurken betalaktamaz üretmeyen izolatlar test edilen tüm antibiyotiklere duyarlı bulunmuştur. -52-

Yüzey dezenfektanlarının bakterisidal etkinliğini belirlemede kapasite, taşıyıcı ve süspansiyon yöntemlerinin karşılaştırmalı değerlendirilmesi

ÖZET Anahtar Sözcükler : Dezenfektan, bakteri, test yöntemleri Bir çok araştırmada, dezenfektan etkinliğinin belirlenmesinde kullanılan kapasite, taşıyıcı ve süspansiyon yöntemlerinin sonuçları arasında bir uyumun bulunmadığı gösterilmiştir. Bu çalışmada, sodyum dikloroizosiyanurat, aldehit ve dideçil dimetil amonyum klorür içeren 3 ayrı dezenfektanın etkinliği; yukarıdaki yöntemleri temsil eden Modifiye Kelsey-Sykes, DGHM ve EST ile belirlenmiştir. Tüm deneylerde; test bakteri kökenleri, organik madde ve nötralizan karışım parametreleri standardize edilerek, sonuçlar arasındaki uyumsuzluğun nedenleri irdelenmeye çalışılmıştır. Modifiye Kelsey-Sykes yöntemi, sonuçlarının kalitatif olması nedeniyle istatiksel karşılaştırmaya alınmamış ve ayrı incelenmiştir. Modifiye Kelsey-Sykes yönteminin yeterince kontrol içermemesi, kullanılan malzeme miktarının fazla olması ve yoğun işgücü gerektirmesi nedeniyle rutin çalışmalar için uygun olmadığı sonucuna varılmıştır. Kantitatif sonuç veren DGHM ve EST yöntemleri ile elde edilen sonuçların istatistiksel değerlendirilmesi Mann-Whitney U testi ile yapılmıştır. Kullanılan dezenfektana ve bakteri türüne bağlı olarak, her iki yöntem ile elde edilen sonuçlar arasındaki uyumun değişebildiği gözlenmiştir. Ayrıca, bakterilerin soğukta saklanmaları sırasında dezenfektanlara olan duyarlılıklarında değişme olduğunu düşündüren veriler elde edilmiş ve bunun sonuçların yinelenebilirliği açısından önemi tartışılmıştır. Uygulama kolaylığı açısından, denenen yöntemler arasında en uygun olanın EST olduğu görülmüştür. III

Endoservikal sürüntü örneklerinde chlamydia trachomatis hücre kültürü sonuçlarının direk floreson antikor (DFA) ve enzim immunoassay (EIA) yöntemleri ile karşılaştırılması

1. ÖZET Cinsel ilişki ile geçen hastalıklardan en sık sorumlu patojen bakterinin Chlamydia trachomatis, olduğu bilinmektedir. Halen dünyada her yıl 50 milyon yeni C.trachomatis infeksiyonu oluştuğu tahmin edilmektedir. İnfeksiyonun Türkiye'deki durumu ise henüz yeterince bilinmemektedir ve yeni, kapsamlı verilere gereksinim vardır. Çalışmamızda, hızlı tanıda uygulanan antijen arama yöntemlerinden direkt floresan antikor (DFA) ile enzim immunoassay'a (EIA) dayalı bir teknik olan optik immunoassay (OIA) kullanarak sonuçlarını doğrulama yöntemi olan siklohekzimid uygulanmış McCoy hücrelerinin shell vial hücre kültürü sonuçları ile karşılaştırdık. 75 ivegen veya süreğen servisitli kadından 24 tanesinde (%32) hücre kültürü olumluluğu saptadık. İki tarama yöntemini duyarlılık, özgüllük, pozitif ve negatif prediktif değerleri yönünden karşılaştırdık. Bu değerleri aynı sıra ile DFA için, %71, %100, %86, %100, OIA için %75, %86, %72, %88 olarak bulduk. Sonuç olarak laboratuvarımızdaki C.trachomatis taramasında OIA yöntemi ile belirgin olarak fazla hatalı pozitif sonuç bulduğumuzdan ve OIA ile elde edilen sonuçların referans yöntemle doğrulanması gerektiğinden DFA yönteminin OlA'den daha etkin olduğunu bulduk ve DFA yönteminin C.trachomatis taranmasında OIA yöntemine yeğlenmesi görüşüne ulaştık.

Dermatomikoz olgularından izole edilen dermatofitlerin tiplendirilmesi ve antifungal ajanlara duyarlılıkları

1. ÖZET DERMATOMİKOZ OLGULARINDAN İZOLE EDİLEN DERMATOFİTLERİN TİPLENDİRİLMESİ VE ANTİFUNGAL AJANLARA DUYARLILIKLARI Aydan özkütük. Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi, Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim dalı, İnciraltı, İzmir, Türkiye Anahtar Sözcükler: Dermatofitler, dermatofitoz, antifungal ajanlar, antifungal duyarlılık testleri Dermatofitler, deri, saç ve tırnaklara yerleşerek dermatofitoz olarak adlandırılan infeksiyonları yaparlar. Dermatofitozlar sıklıkla kronikleşme eğiliminde olan bir hastalık grubudur. Bu nedenle de; toplumun sağaltımı sorunlu olan infeksiyonları içinde yer almaktadırlar. Çalışmamızda bölgemizde bulunan kişilerdeki dermatofit infeksiyonlarında en sık etken olan dermatofitler araştırılmış ve izolatların sık kullanılan antifungal ajanlardan Griseofulvin, Mikonazol, Bifonazol ve Oksikonazol'e karşı yanıtlan antifungal duyarlılık testiyle minimum inhibe edici konsantrasyon (MİK) olarak incelenmiştir. İncelenen 770 örnekten 106'sında (%13.7) dermatofit izole edilmiş, bunların çalışmaya alınan 100' ü Trichophyton rubrum (%70), Trichophyton mentagrophytes (%24), Microsporum cam's (%3) ve Epidermophyton floccosum (%3) olarak identifiye edilmiştir. Yapılan antifungal duyarlılık testlerinin sonuçlarına göre izolatlarımızın duyarlılık oranları Griseofulvin için 0.19-6|xg/ml, Mikonazol için 0.06-4jig/ml, Oksikonazol ve Bifonazol için ise ^0.03-4|ig/ml olarak saptanmıştır.

Çocukluklarda Helicobacter Pylori'ye karşı oluşan IgG antikorlarının serolojik yöntemlerle araştırılması

Bu çalışma Haziran, 1993 - Haziran, 1994 tarihleri arasında Karadeniz Teknik üniversitesi, Tıp Fakültesi, Mikrobiyoloji Anabilim Dalında yapıldı. KTÜ. Tıp Fak. Pediatri polikliniğine başvuran hastalar arasından 96 (kıs erkek karışık) çocuğun serum örnekleri klinik tanıya bakılmadan rastgele seçilerek çalışmaya alındı. Yaşları 1-10 arasında olan her yaş grubundan 10 kadar serum örneğinin alınmasına dikkat edildi. Serum örnekleri IFA yöntemi ile Helicobacter pylori' ye karşı IgG antikorları açısından incelendi (EK i). Serolojik olarak çalışılan 9& hastanın 31 <# 32, S9) ' in de Helicobacter pylori IgG antikorları belirlendi. Yaşa bağlı olarak Helicobacter pylori antikor pozitiflik oranındaki artışın istatistiksel değerlendirmesi anlamlı bulundu . Plyrıca okul öncesi dönemden okul çağına geçildi ğinde Helicobacter pylori pozitiflik oranında belirgin bir artış olduğu ve bu artışın istatistiksel açıdan ileri derecede anlamlı bulunduğu belirlendi .

Doğal alkol uzantılı yeni kurkumin türevlerinin antibakteriyel etkilerinin araştırılması

GİRİŞ VE AMAÇ: Bu çalışmada, yeni sentezlenen doğal alkol uzantılı kurkumin türevlerinin antibakteriyel özellikleri araştırılmıştır. Bu türevler standart bakteri suşlarına (Staphylococcus aureus, Enterocoocus faecalis, Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa ve Acinetobacter baumannii) karşı değerlendirildi. Bu bileşiklerin minimum inhibitör konsantrasyonlarını (MİK'ler) belirlemek için mikrodilüsyon yöntemi kullanıldı. Çalışmanın amacı, bu kurkumin türevlerinin antimikrobiyal ajanlar olarak potansiyel kullanımı hakkında değerli bilgiler sağlamaktır. GEREÇ VE YÖNTEM: Bu çalışmada test edilen standart suşlar S. aureus, E. faecalis, E. coli, K. pneumoniae, P. aeruginosa, ve A. baumannii), Sakarya Üniversitesi Eğitim ve Araştırma Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı kültür koleksiyonundan alındı. Kimyasal ajanlar, Sakarya Üniversitesi, Fen Edebiyat Fakültesi, Kimya Bölümünden Temin edildi. Hazırlanan on bileşiğin (Doğal alkol uzantılı kurkumin türevleri) seçilen bakterilere karşı etkisi mikrodilüsyon yöntemi ile araştırıldı. BULGULAR: Bu çalışmada, bakteri suşlarına karşı yapılan kurkumin varyantlarının CUR 3-3, gram-pozitif bakteriler (S. aureus ve E. faecalis) karşı en düşük MİK değerini (3.750 µg/mL) gösterdi. Ancak, Gram-negatif bakterilere karşı etkinlik genellikle daha düşüktü ve çoğu varyant bu suşlar için 15.000 µg/mL'yi aşan MİK değerleri saptandı. TARTIŞMA VE SONUÇ: Tez çalışmamızda incelenen kurkumin varyantlarına yönelik yapılan araştırmalar, özellikle CUR 3-3 varyantının gram-pozitif bakteriler (S. aureus ve E. faecalis) karşı diğerlerine kıyasla daha düşük MİK değerleri ve daha güçlü bir etki gösterdiğini ortaya koymuştur. Bu karşılaştırmalar, literatürdeki genel eğilimleri ve bulguları tez çalışmamızın sonuçları ile karşılaştırarak daha kapsamlı bir bakış açısı sunmaktadır. Anahtar Kelimeler: Antibiyotik, Antibiyotik Duyarlılık Testi, Doğal Alkol Uzantılı Kurkumin Deriveleri, MİK, Standart Bakteri Suşları

2020-2021 kış sezonunda SARS COV-2 ve diğer solunumsal virüslerin sürveyansı

GİRİŞ VE AMAÇ: Bu çalışmada; küresel COVID-19 salgını yeni mutasyonları ile toplumu ciddi anlamda tehdit etmeye devam ederken Sakarya ili 2020-2021 kış sezonunda solunum yolu örneklerinde SARS CoV-2 ve diğer solunumsal virüslerin sürveyansının araştırılması amaçlanmıştır. GEREÇ VE YÖNTEM: Bu çalışma 2020-2021 kış sezonunda Sakarya Eğitim ve Araştırma Hastanesine ÜSYE veya ASYE semptomları nedeniyle başvuran hastaların saklanmış solunum yolu örneklerinden gerçekleştirilmiştir. Hastaların demografik bilgileri kayıtlardan ve bu çalışma için planlanmış veri toplama formundan elde edilmiştir. Çalışmaya alınan örnekler Influenza A/B, SARS CoV-2, RSV multiplex Real Time PCR kiti (Diagnovital, TR) ile BIO-RAD CFX-96 C1000 Touch Real-time system (Bio-Rad Laboratories) cihazında çalışılmıştır. BULGULAR: ÜSYE/ASYE tanıları konulan 200 hastanın 109'si (%54,5) erkek, 91'i (%45,5) kadındır. Örneklerin 57'sinde (%28,5) SARS CoV-2, 3'ünde (%1,5) RSV PCR pozitif bulunmuştur. Çalışmada Influenza A/B PCR pozitifliği tanımlanmamıştır. Hastalarda yapılan istatiksel analiz sonucuna göre anlamlı bulunan COVID-19 klinik bulguları sırasıyla en sık nefes darlığı 63 (%31,8), ateş 62 (%31,0) ve hapşırık 56 (35,9) olarak bulundu. SONUÇ: Çalışmada koşullar gereği sadece 3 ana viral etken araştırılabilmiştir. RSV sıklıkla çocuk hastaların önemli etkeni olarak belirlenmiş, influenza ise -alınan toplumsal ve bireysel önlemlerle (maske, mesafe, hijyen) ilintili olabilir- hiçbir örnekte saptanamamıştır. Verilerin ileri çalışmalar ile desteklenmesi anlamlı olacaktır. Anahtar Kelimeler: Solumumsal virüsler, SARS CoV-2, İnfluenza, RSV, PCR.

Renal transplantasyon yapılan hastalarda Chlamydia Trachomatis infeksiyonu görülme sıklığının gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu testi ile idrar örneklerinde araştırılması

Akdeniz Üniversites Tıp Fakültesi Hastanesinde yoğun bakım ünitelerinde hastane kaynaklı kan dolaşımı infeksiyonlarının değerlendirilmesi

Santral sinir sistemi enfeksiyonu ön tanılı hastaların beyin omurilik sıvısı örneklerinin konvansiyonel ve moleküler yöntemlerle incelenmesi

Santral sinir sistemi enfeksiyonlarından biri olan menenjit, çeşitli mikroorganizmaların neden olduğu beyin zarlarının enflamasyonu sonucu oluşur. Menenjitin klinik tablosu hızlıca ilerleyebildiğinden dolayı ölüme ya da ciddi kalıcı sekellere yol açtığı için menenjitte erken ve hızlı tanı oldukça önemlidir. Günümüzde menenjitin varlığını ortaya çıkarmak için Beyin Omurilik Sıvısının (BOS) kültürü ve Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) gibi spesifik yöntemler kullanılmaktadır. Bu çalışmada, Bolu Abant İzzet Baysal Üniversitesi Eğitim ve Araştırma Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarına santral sinir sistemi enfeksiyonu ön tanısı ile gönderilen 90 BOS örneği bakteriyel ve viral etkenleri tespit etmek için konvansiyonel (kültür vb) ve moleküler yöntemlerle (Multipleks PCR) incelendi. 90 adet BOS örneğinin 10'unda kültürde üreme gözlenirken, yedisinde PCR yöntemi ile bakteriyel ve viral etkenler tespit edildi. Kültür üremelerinin birinde Acinetobacter baumannii, birinde Nocardia spp, üçünde Metisiline Duyarlı Koagulaz Negatif Stafilacoc (MSKNS), üçünde Metisiline Dirençli Koagulaz Negatif Stafilacoc (MRKNS) ve kalan ikisinde Metisiline Dirençli Stafilacoccus aureus (MRSA) tespit edildi. PCR pozitif yedi örneğin; üçünde S. pneumoniae DNA'sı, üçünde HSV-1 DNA'sı ve birinde VZV DNA'sı saptandı. Kültür; bakteriyel menenjitin teşhisi ve tiplendirilmesi için altın standarttır. PCR yöntemi günümüzde kültür yöntemi ile tespit edilemeyen bakteriler, virüsler gibi menenjit etkeni mikroorganizmaların tespitinde hızlı ve güvenilir sonuç vermesinden dolayı daha çok tercih edilir olmuştur. Fakat PCR yöntemi istenen ajan için bir primer varsa bu ajanı saptayabilen bir tanı yöntemidir, aksi halde zaten istenen etken bulunamaz. Bu nedenle PCR ve kültür yönteminin bir bütün halinde hastanın klinik durumuyla beraber değerlendirilmesi kanaatindeyiz.