Biyoistatistik Anabilim Dalı

Akdeniz Üniversitesi bilgisayar bilimleri araştırma ve uygulama merkezinin bina içi veri iletişim ağını kontrol eden, arızaları yorumlayıp değerlendiren uzman sistem

Bu çalışmada Akdeniz Üniversitesi Bilgisayar Araştırma ve Uygulama Merkezinin bilgisayar ağını denetleyen, hata ve arızaları belirleyen bunların giderilmesi için uygun çözümler sunan bilgi tabanlı bir uzman sistem geliştirilmiştir. COMEX(Communication Expert) adı verilen uzman sistem, Xi Plus uzman sistem kabuğu üzerinde ileriye doğru zincirleme çıkarım mekanizması kullanılarak oluşturulmuştur. Bu uzman sistem sayesinde network yapısında ortaya çıkacak herhangi bir problem ya da arızaların network uzmanına gerek duyulmadan çözümlenmesi sağlanacaktır. Anahtar kelimeler: Veri iletişimi, Bilgisayar Ağı, Uzman Sistemler

Akdeniz Üniversiytesi Tıp Fakültesi Hastanesi için geliştirilen hastane otomasyon sisteminin dağıtık veritabanı modeli ile tasarlanması

Bu çalışmada, Akdeniz Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi için geliştirilen Hastane Otomasyon Sisteminin, istemci/sunucu mimarisi çerçevesinde dağıtık veritabanı modeli ile gerçekleştirilmesi için gerekli olan tasarım yapılmıştır. Ayrıca yapılan sistem çözümleme çalışmalarına göre, global bir veritabanı oluşturulmuştur ve bu global veritabanının dağıtık veritabanı modeline nasıl uyarlanacağı tartışılmıştır. İstemci/sunucu arayüzleri performans, bakım ve gerçekleştirim'gibi kriterlere göre geliştirilmiştir. Anahtar Kelimeler: Dağıtık Veritabanı, İstemci,Sunucu, Hastane Bilişim Sistemi 59

Çokluortam (Multimedia) olanakları kullanılarak tıp eğitiminde kullanuılmak üzere eğitim CD`si hazırlanması

ÇOKLUORTAM (MULTİMEDİA) OLANAKLARI KULLANILARAK TIP EĞİTİMİNDE KULLANILMAK ÜZERE ETKİLEŞİMLİ EĞİTİM CD'Sİ HAZIRLANMASI ÖZET Bu çalışmada çeşitli olanaksızlıklar ve kısıtlamalar nedeniyle Tıp Fakültesinde yeterince verimli yapılamayan teorik ve pratik derslerin çokluortam (multimedia) teknolojileri kullanılarak verimli ve etkili hale getirilmesi planlanmış, öğrenci ve akademik personel için eğitim CD'lerinin hazırlanmasına yönelik prototip tasannu yapılmıştır. Bu amaca yönelik seçilen "Artroskopik Diz Cerrahisi" konusunda prototip uygulama geliştirilmiştir. Anahtar Kelimeler: Tıp Eğitimi, Çokluortam, Etkileşim

Kanser kaydı ve onkoloji hastalarının bakımına yönelik yazılım

ÖZET Hastaların tıbbi bilgilerinin elektronik ortama aktarılmasının pek çok avantajları vardır. Ülkemizde, bir çok büyük merkezde hastane bilişim sistemleri için çalışmalar olmakla birlikte, tıbbi verilerin kaydı konusunda gelişmeler yavaştır. Hastanelerde tedavi gören hastalar içinde kanser hastalarının özel bir önemi vardır. Hastane Bilgi Sistemimiz'de hastaların ayrıntılı tıbbi bilgisinin tutulması için öncü bir çalışma olarak kanser hastalarına yönelik bir modül hazırlamaya karar verdik. Bilgisayarda saklanacak verilerin neler olduğuna, varolan hasta kayıt sistemi ve Dünya Sağlık Örgütünün yayınlarından yola çıkarak ve oluşturulan bir komisyonda tüm değişkenler üzerine teker teker tartışılarak karar verildi. Bu değişkenler ile uygun bir veritabanı yapısı oluşturuldu. Hangi verilerin kodlanacağına karar verildi, bazı değişkenler için bilinen kodlama sistemleri kullanıldı, bazı değişkenler için kendimiz kodlama sistemi oluşturduk. Daha sonra bu veritabanının rahatça kullanılabilmesi için dördüncü kuşak bir programlama dili ile arayüzler yazıldı. Bu çalışmada, Akdeniz Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesinde bakım gören kanser hastalarının tıbbi kayıtları için bir yazılım modülü geliştirilmiş ve varolan Hastane Bilgi Sistemine entegre edilmiştir. Bu modül, hastanemizin kanser kayıt merkezi için de yazılım desteği sağlayacaktır. Anahtar Kelimeler: Veritabanı, Hastane Bilişim Sistemi, Onkoloji, Kanser, Kanser kayıtları iv

Hastane merkezi laboratuar sistemindeki veri tabanında gerekli istatistiki analizin yapılabilmesi için laboratuar sistemine SPSS paket programının entegre edilmesi için bir ara yüz yazılımı geliştirmek

ÖZET Bu çalışmada, Akdeniz Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi merkezi laboratuarında bulunan veritabanı üzerinden çekilen belirli özellikteki verilerin, SPSS paket programının anlayabileceği bir veri dosyası haline getirilmesi ve bu modülün geliştirilebilmesi için kullanılan hastane bilişim sistemi elemanları açıklanmıştır. Oluşturulan bu veri dosyası üzerinde SPSS 'in nesne otomasyonu kullanılarak istenen istatistiklerin uygulanması için gereken bir ara yüz yazılımı geliştirilmiştir. SPSS'in nesne otomasyonu bu uygulama içerisindeki açıklanmıştır. Anahtar Kelimeler: Veri Madenciliği, Veritabanı, Hastane Bilişim Sistemi, SPSS, OLE otomasyonu, Nesne tabanlı programlama, SQL iv

Hipotez testlerinin seçimi için geliştirilen WEB tabanlı karar destek yazılımı

ÖZET Bilimsel araştırmalarda en önemli noktalardan biri deney ve gözlemler ile toplanan verilerin istatistiksel analizidir. Doğru istatistiksel çözümleme yöntemleri uygulanmadığı taktirde araştırma sonuçları geçerli ve güvenilir olmaz. Araştırmacıların istatistik çözümleme aşamasında en sık karşılaştıkları sorun uygun istatistik yönteminin seçiminde görülmektedir. Araştırmacılar, istatistik uzmanlarının yardımına erişemediklerinde eksik bilgiden kaynaklanan yanlış uygulamalarda bulunabilirler. Bu durumun engellenebilmesi için hipotez testlerinin seçimine ilişkin bir karar destek sistemi oluşturulmuştur. Sistem, kolay ulaşılabilmesi için web tabanlı tasarlanmıştır. Bu sisteminin bir diğer amacı da istatistik ve araştırma yöntemleri konusunda öğrenim gören yada bu konulara merak duyan kişiler için bir eğitim aracı olabilmektir. Sitenin oluşturulmasında HTML dili kullanılmıştır. Site içeriğinde bazı temel istatistik tanım ve kavramları ile konulara yönelik şema ve resimler kullanılmıştır. Kullanıcılara yöneltilen sorular ve bu sorulara onlar tarafından verilen cevaplar ile araştırma için uygun olan istatistiksel çözümleme yöntemi seçilmektedir. Seçilen bu yöntemin en çok kullanılan istatistik paket programlarından biri olan SPSS (Statistical Package for Social Sciences) ile nasıl uygulanabileceğini gösteren görsel öğeler sunulmaktadır. Site ayrıca JavaScript ile yazılmış ve biri tanımlayıcı istatistiklerin hesaplanmasına yardımcı olan, diğeri ise dağılımlara normallik testi uygulayan iki adet uygulama da barındırmaktadır. Bu uygulamalar hem sitenin amacına yönelik doğru sonuçlar almak hem de bazı hesapları yaparak kullanıcılara yardımcı olmak amacıyla eklenmişlerdir. Sonuç olarak, araştırmacılara ve öğrencilere yönelik, hipotez testlerinin seçilmesinde kullanılması hedeflenen bir site oluşturulmuştur. Anahtar kelimeler: hipotez testleri, parametrik testler, parametrik olmayan testler, istatistik çözümleme teknikleri, karar destek sistemi, internet. iv

Sağlık alanında maliyet etkililik analizi ve bir uygulama

Bu çalışmada, benign prostat büyümesi (BPB) hastalığının tedavisinde kullanılan açık ve kapalı ameliyatın maliyet ve etkililiklerinin veri madenciliği yöntemleri kullanılarak ortaya konması, bir ekonomik değerlendirme yöntemi olarak sağlık alanında çok sık kullanılan maliyet etkililik analizi (MEA) ile karşılaştırılması ve hastane açısından maliyet etkili olan tedavi yönteminin belirlenmesi amaçlandı. 2013 yılında BPB tanısı almış toplam 86 erkek hasta olduğu belirlendi ve tüm hastalar çalışmaya dahil edildi. Hastaların 2013 yılını içeren veri dosyaları taranarak demografik, klinik ve laboratuvar verileri ile hastaneye olan maliyetleri kaydedildi. Hastaların yaşı (yıl), boy uzunluğu (cm), vücut ağırlığı (kg), ameliyat türü, kronik hastalık varlığı, sigara içme durumu, operasyon süresi (dk), prostat spesifik antijen düzeyi (PSA) (ng/mL), prostat ağırlığı (gr), rektal tuşe (RT) muayene sonucu, hastanede kalma süresi (gün) ve hastane açısından doğrudan tıbbi maliyetlerinin toplamı (TL) incelendi. Tedavilerin etkililiğini ölçmede, hastaların hastanede kalma süreleri dikkate alındı. Toplam maliyet, değişkenlerin grupları arasında normal dağılmadığından; değişkenlerin grupları arasındaki karşılaştırmasında Mann Whitney U testi kullanıldı. Sınıflandırma ve regresyon ağacı yöntemi (SRA) ile her bir ameliyat türünün maliyetine etki eden değişkenler bulundu. Bu yöntemler dikkate alınarak BPB için karar ağacı çizildi ve MEA gerçekleştirildi. Değişkenlerin grupları arasında maliyet karşılaştırma sonucuna göre ileri yaş, yüksek PSA düzeyi, uzun operasyon süresi, yüksek prostat ağırlığı ve sert prostat dokusunun toplam maliyeti yükselttiği belirlendi. SRA yöntemine göre açık ameliyatın maliyetini, çalışmaya aldığımız değişkenler içerisinde etkileyen bir faktörün olmadığı; kapalı ameliyat olanların toplam maliyetini ise yaş, RT ve operasyon süresi değişkenlerinin etkilediği bulundu. MEA yöntemine göre ameliyat olanların hastanede bir gün kalmasını önleme maliyeti; kapalı ameliyat olanlarda 177,28 TL/gün; açık ameliyat olanlarda ise 987,12 TL/gün olarak bulundu. BPB tedavisinde kullanılan kapalı ameliyatın maliyet-etkili olduğu ve dolayısıyla hastanenin kaynak ayırması gereken bir tedavi seçeneği olduğu sonucuna ulaşıldı. Ayrıca yaşlı ve uzun operasyon süreli kapalı ameliyat geçiren hastalar ile 64 yaşından küçük olup prostat dokusu yumuşak olan hastaların maliyetlerinin daha yüksek olduğu sonucuna varıldı. Anahtar Kelimeler: Benign prostat büyümesi, maliyet etkililik analizi, sınıflandırma ve regresyon ağacı

Sağkalım analizinde kantil regresyon ve parametrik regresyon modellerinin performanslarının karşılaştırılması

Sağkalım Analizinde Kantil Regresyon ve Parametrik Regresyon Modellerinin Performanslarının Karşılaştırılması. Bu çalışmada, farklı örneklem büyüklüklerine göre simülasyon ile türetilen sağkalım veri setleri ile homojen, heterojen yapıdaki sağkalım verilerinde KR ile PR modellerinin sağkalım sürelerini tahmin etmedeki performanslarının karşılaştırılması ve minimum hataya sahip modelin belirlenmesi hedeflendi. Ayrıca çalışmanın uygulama aşaması için R yazılım programı kullanılarak simülasyon uygulaması için bir algoritma oluşturuldu. Bu algoritma yardımıyla, heterojen yapıda türetilmiş veri setleri ve gerçek veri setleri üzerinde hem PR modellerinin hem de KR modelinin sağkalım analizindeki performansları, HKOK ve OMH kriterlerine göre karşılaştırıldı. Yapılan simülasyon çalışması sonunda, farklı örneklem büyüklüklerinde KR modelinin hatalarının, her iki kritere göre minimum olduğu gözlendi. PR modelleri arasında, HKOK kriterine göre minimum hata değerine sahip olan modelin log-normal regresyon; OMH kriterine göre minimum hata değerine sahip olan modelin log-lojistik regresyon; her iki kritere göre maksimum hata değerine sahip olan modelin Weibull regresyon modeli olduğu belirlendi. Homojen ve heterojen yapıdaki meme kanseri veri setlerinin uygulamasında, KR yönteminin performansının PR yöntemlerinden daha iyi olduğu gözlendi. Homojen yapıdaki meme kanseri veri seti ve heterojen yapıdaki gbcs veri seti için HKOK ve OMH kriterlerine göre minimum hatanın KR modelinde olduğu belirlendi. PR modelleri arasında, homojen yapıdaki meme kanseri veri setinde HKOK ve OMH kriterleri bakımından minimum hataya sahip olan modelin log-lojistik regresyon modeli olduğu; heterojen yapıdaki gbcs veri setinde ise her iki kritere göre minimum hataya sahip olan modellerin sırasıyla log-normal ve log-lojistik regresyon modelleri olduğu sonucuna ulaşıldı. Sonuç olarak, sağkalım analizinde KR yöntemi, hem homojen hem de heterojen yapıdaki veri setleri için PR yöntemlerine göre daha iyi performans göstermektedir. Anahtar Kelimeler: Kantil regresyon, Parametrik regresyon, Sağkalım analizi, Simülasyon.

EEG sinyallerinde farklı boyut indirgeme ve sınıflandırma yöntemlerinin karşılaştırılması

Bu çalışmada, epileptik ve epileptik olmayan EEG sinyallerinden elde edilen özniteliklerin boyutlarının Temel Bileşenler Analizi (TBA) ve Bağımsız Bileşenler Analizi (BBA) yöntemleri ile indirgenmesinin sınıflandırma başarısı üzerine etkilerinin belirlenmesi ve Lineer Diskriminant Analizi (LDA) ile Destek Vektör Makinesi (DVM) yöntemlerinin sınıflandırma performanslarının karşılaştırılması hedeflendi. Çalışmaya 10 kontrol ve uzman hekim tarafından epilepsi tanısı konmuş 10 hasta olmak üzere toplam 20 kişi dahil edildi. Epilepsi tanısı konmuş hastalardan alınan EEG kayıtları nöbet geçirmedikleri sırada alınan kayıtlardı. Epileptik ve epileptik olmayan sinyalleri sınıflandırmak için Ayrık Dalgacık Dönüşümü (ADD) ile sinyallerinin spektral analizi gerçekleştirildi ve sınıflandırmada kullanılacak olan öznitelikler elde edildi. Öncelikle özniteliklerin boyutu indirgenmeden, daha sonra TBA ve BBA ile indirgenerek sınıflandırma yapıldı. Sınıflandırma LDA, lineer ve radyal tabanlı çekirdek fonksiyonlarının kullanıldığı DVM yöntemleri ile gerçekleştirildi. Sonuç olarak, en yüksek sınıflandırma başarısı %92,2 duyarlılık %85,6 özgüllük ve %88,9 doğruluk oranlarıyla özniteliklerde boyut indirgenme yapılmadan ve radyal tabanlı çekirdek fonksiyonunun kullanıldığı DVM yöntemi ile elde edildi. BBA ve TBA ile boyutu indirgenen özniteliklerle yapılan sınıflandırmalarda benzer sonuçlar elde edildi.

Aşamalı ve aşamalı olmayan bulanık modellerin sınıflandırma performanslarının karşılaştırılması

Bu çalışmada, simülasyon verisi ve gerçek veri seti ile farklı üyelik fonksiyonları kullanılarak aşamalı ve aşamalı olmayan bulanık modellerin sınıflandırma performanslarının karşılaştırılması hedeflendi. Çalışmanın uygulama basamağında MATLAB yazılım programı kullanılarak simülasyon uygulaması için algoritmalar oluşturuldu. Hem bu algoritmalar yardımıyla türetilmiş veri setleri hem de gerçek bir veri seti kullanılarak oluşturulan aşamalı ve aşamalı olmayan bulanık modellerin sınıflandırılma performansları; duyarlılık, özgüllük, doğruluk yüzdeleri ve HKOK kriterlerine göre karşılaştırıldı. Simülasyon uygulaması sonunda aşamalı olmayan bulanık modellerin duyarlılık, özgüllük ve doğruluk yüzdelerinin aşamalı bulanık modellerden daha yüksek; HKOK değerlerinin ise daha düşük olduğu belirlendi. Kural tabanının ise aşamalı bulanık modelde aşamalı olmayan bulanık modellere göre daha geniş olduğu görüldü. En iyi sonuç veren üyelik fonksiyonlarının ise üçgen ve çan üyelik fonksiyonları olduğu sonucuna ulaşıldı. Gerçek uygulamada da simülasyon sonuçlarına paralel olarak farklı üyelik fonksiyonları ile oluşturulan aşamalı olmayan bulanık modellerin aşamalı bulanık modellere göre duyarlılık, özgüllük, doğruluk yüzdelerinin daha yüksek, HKOK değerlerinin ise daha düşük olduğu belirlendi. Sınıflandırma bakımından en iyi sonuç veren modellerin Gauss ya da yamuk üyelik fonksiyonu ile oluşturulduğu sonucuna ulaşıldı. Sonuç olarak aşamalı olmayan bulanık mantık yöntemi, aşamalı bulanık mantık yöntemine göre daha iyi sınıflandırma yapmaktadır. Verinin yapısı, değişkenlerin dağılımı, birbiri ile ilişkisi, bulanıklaştırma adımında değişkenlerin alt kategorilere nasıl ayrılacağı ve hangi yöntemin kullanılacağı hususlarının ayrıntılı irdelenmesi gerektiği için mutlaka konuyla ilgili bilgi ve tecrübeye sahip uzman desteği alınmalıdır. Anahtar Kelimeler: Aşamalı Bulanık Model, Aşamalı Olmayan Bulanık Model, Sınıflandırma, Simülasyon.

Tıp eğitiminde öğretim teknolojileri: e-öğrenme ve probleme dayalı öğrenme entegrasyonu

Bu çalısmanın amacı, tıp egitiminde probleme dayalı ögrenmeyi destekleyen E-ögrenme ortamı gelistirmek ve web tabanlı ögrenme ortamları ile desteklenmis bir probleme dayalı ögrenme modülü ile klasik PDÖ modülü sınav puanları arasında bir fark olup olmadıgını ve ögrencilerin bu E-ögrenme uygulaması ile ilgili memnuniyetlerinin saptamaktır. Bu amaçla ögrencilere bagımsız çalısma sürecinde kullanabilecekleri ve PDÖ de yer alan konu ile ilgili ögrenme hedeflerini genis bir biçimde içeren bir web ögrenme sayfası olusturulmustur. Arastırmanın evrenini Akdeniz Üniversitesi Tıp Fakültesi 2006-2007 egitim ögretim yılında ögrenim gören Dönem-1 ögrencilerinin tümü (174 ögrenci) olusturmustur. Örnek seçimi yapılmamıstır. Anket sorularına Dönem I ögrencilerinin 165'i yanıt vermistir (ulasma oranı %94.8). Arastırma sonucunda ögrencilerin %66.0'ının E-ögrenme uygulamasından memnun oldukları, %15.0'inin kararsız, %19.0'ının ise memnun olmadıkları saptanmıstır. 2006-2007 egitim ögretim döneminde uygulanan bes PDÖ sınav puan ortalamaları arasında en yüksek sınav puanının 5. PDÖ de (E-ögrenme ile desteklenen PDÖ) alındıgı ve klasik PDÖ sınav puan ortalamaları ile anlamlı bir fark oldugu saptanmıstır (p=0.000). Sonuç olarak E-ögrenme uygulamasının ögrencilerin basarıları üzerine olumlu bir etkisi oldugu ve ögrencilerin büyük çogunlugunun uygulamadan memnun oldugu saptanmıstır. Anahtar kelimler: Tıp Egitimi, E-ögrenme, Probleme Dayalı Ögrenim.

Solunum sistemi hastalıklarının sınıflandırılmasında makine öğrenmesi yöntemlerinin kullanımı

En sık görülen solunum yolu hastalıkları olan astım, KOAH ve pnömoni (zatürre) gibi hastalıkların tanısı ve sınıflandırılması hayati öneme sahiptir. Son zamanlarda, bu önem nedeniyle sağlık verilerinin işlenmesine büyük ilgi gösterilmiştir. Makine öğrenmesi algoritmaları, bu amaç için önemli bir yere sahiptir. Önceki çalışmaların odağı astım, KOAH ve pnömoni hastalıklarının teşhisinde en öngörücü algoritmayı elde etmektir. Ancak, en önemli değişkenlerin belirlenmesi çok az ilgi görmüştür. Bu çalışmanın temel amacı, en önemli makine öğrenmesi algoritmalarını değişken önemine sahip sonuçlarla ayrıntılı olarak sunmaktır. Makine öğrenme algoritmalarına ve değişken önemi değerlendirmelerine dayalı kapsamlı bir karşılaştırma çalışması, doğruluk, precision(kesinlik), recall(duyarlılık), Kappa istatistikleri, F-ölçüsü, ROC eğrisi ve AUC değeri gibi farklı performans kriterleri dikkate alınarak yapılmıştır. Sağlıklı grup ile hastalıkların sınıflandırılmasında, astım hastalığı için rastgele orman (CART öğrenen ile) ve C5.0, KOAH için SVM (doğrusal olmayan çekirdek ile) ve GBM ve pnömoni hastalığı için Bagging ve Random Forest (CART öğrenen ile) en iyi algoritmalar olarak bulunmuştur. Ayrıca, tüm gupların birlikte sınıflandırılmasında en iyi test edilen algoritma GBM'dir. Değişken önemlilikleri dikkate alındığında sağlıklı grup ile hastalıklar arasında astım vakası sınıflandırma sonuçlarına göre, en önemli değişkenler FEV3, FVC, FEV1, MEF50 dır. KOAH'da MEF50, FVC, FEV3, PIF ve FEV1, pnömonide ise FVC, FEV3, MEF50 ve FEV1 dikkate değer değişkenlerdir. Tüm grupların birlikte sınıflandırmasında ise neredeyse tıbbi değişkenlerin hepsi büyük öneme sahiptir. Önemli değişkenlerin sırası, korelasyon analizi ve istatistiksel anlamlılık testleriyle desteklenmiştir. Ek olarak, ROC eğrileri ve AUC değerleri görsel olarak benzer ve destekleyici sonuçlar vermiştir. Sonuç olarak, bu çalışma sağlık bilimleri ve makine öğrenimi uygulamaları konusunda uzman sistemler üzerinde çalışan uygulayıcılar ve araştırmacılar için değerli olacaktır. Anahtar Kelimeler: astım, KOAH, pnömoni, hastalık tahmini, makine öğrenmesi, özellik seçimi.

ROC (Receiver operationg characteristic) eğrisi altı alan hesaplama yöntemlerinin karşılaştırılması

Sağlık alanında, koruyucu tıp veya klinik çalışmalarda doğru ve erken tanı konması, başta ilgili hastalığın toplumsal seyri ve tedavi uygulamaları olmak üzere, olası tüm etkileşimleri ve sonuçlarının kontrolünü sağlayacaktır. Tanı testi (diagnostik test) şüphelenilen hastalığın varlığı/yokluğunun belirlemesi amacıyla kullanılan değerlendirme kurguları veya özgün gereçlerin kullanımıyla elde edilen ölçüm veya hesaplama sonuçlarıdır.Yeni bir tanı test önerildiğinde, onun insan sağlığı üzerine olan etkisinin araştırlmasının amacı yalın uygulamalar ile risksiz, ekonomik olarak uygun ve yeterince doğruluğa sahip ve karalı sonuçlar verebiliyorsa kullanılacaktır. Tanı testi performans belirlenmesi ve kıyaslamalarda Receiver Operating Characteristic (ROC) eğrisi çözümlemesi kullanılır. ROC eğrisi altındaki alan (Area Under Curve) tanı testinin doğruluk düzeyinin en iyi göstergesi kabul edilir. Bu çalışmada,ROC eğrisi analizinin örneklem ve değişkenin sahip olduğu dağılım özelliklerine (parametrik/nonparametrik) bağlı olarak değişebildiği için, eldeki veriye en uygun çözümleme yaklaşımları ve özellikleri ele alınacaktır. Sürekli sonuçlu ölçütlerde altın standarda göre hasta ve sağlamların tanı testi sonuçlarının ve normal dağılımlı (parametrik) olduğu veya olmadığı (nonparametric) durumda kullanılan hesaplama yöntemlerinin sonuç bulgusu olan eğri altı alanların (AUC) birbirleri arasındaki farklılıklar incelenmiştir.Ayrıca, bir tanı testinin sürekli bir ölçütken bunun iki sonuçlu hale dönüştürmenin eğri altı alanların özelliklerine olan etkileri de örneklenmeye çalışılmıştır. Örnek veri seti üzerinde yapılan değerlendirmeler sonucunda, normal dağılıma sahip tanı testi sonuçlarının parametrik hesaplama yöntemlerinin daha uygun (yansız) olduğu sonucuna varılmıştır.Varyansın geniş olduğu ve/veya çarpık dağılımlı verilerde, parametrik olmayan yönteminlerin (Mann Whitney) kullanılması daha uygun olacaktır.Eldeki sürekli değişkenin iki biçimli (dikotom) hale dönüştürülmesi ve kesim noktası (cut-off point) seçimi de (yüksek/düşük) neden olduğu bilgi kaybı nedeniyle, hesaplama sonuçlarını çok önemli ölçülerde etkileyecektir. Bu çalışmada Binormal, Binomial exact_De Long ve Nonparametric (Mann-Whitney) çözümleme yöntemleri belli düzeylerde farklılıklar göstermesine ragmen,aralarında gözlenen farkların anlamlı olmadığı gözlenmiştir.

Sürekli ölçümlerin uyum değerlendirmesinde kullanılan istatistiksel yöntemlerin irdelenmesi

Günümüzde tasarlanan yeni çalışmalar, geliştirilen yeni yöntemler veya var olan çalışmalara getirilen yeni bakış açıları ile klinik çalışmalar her geçen gün güncellenmektedir. Çalışma alanının önemi, çalışmaların ölçümünden tasarımına kadar olan süreci çok değerli kılmaktadır. Bu çalışmalarda kullanılacak verilerin ölçümü, ölçüm şekli ve bu ölçümlerin karşılaştırılabilir olması çalışmanın güvenilirliği için önemlidir. Metod karşılaştırma çalışmaları bu aşamada önemlidir. Karşılaştırma yapılırken çeşitli korelasyon ve regresyon yöntemlerine başvurulmaktadır. Biz bu çalışmada, klinisyen görüşüne açık olan, çeşitli hesaplama ve grafiklerle yorumlanan Bland-Altman Yöntemini, doğrusal regresyondan farklılaşarak hesaplanırken hata payını dikkate alan Deming Regresyon, tekrarlı ölçümlerin sistematik değişikliklerine duyarlı Sınıfiçi Korelasyon Katsayısını (SKK) ve SKK'da da göz önüne alınan sistematik hatanın yanı sıra rastgele hataya da duyarlı Concordance Correlation Coefficient (CCC) yöntemlerini inceledik. Anahtar Kelimeler; Sınıfiçi Korelasyon Katsayısı (SKK), Bland-Altman Yöntemi, Deming Regresyon, Concordance Correlation Coefficient (CCC)

Probit çözümlemesi ve sağlık alanında uygulanması

Bugün tıp ve daha birçok alanda çeşitli kimyasalların üretiminde klinik deneyler yapılmaktadır. Bu deneylerde öldürücü doz (LD50) hesaplanır. Biyolojik deneme, biyolojik bir canlıya uygulanan etkili maddelerin farklı doz düzeylerinin oluşturduğu cevapların incelenmesidir. Bahsedilen LD50 değeri, bir etkin maddenin öldürme, zarar verme kapasitesi olarak tanımlanabilir. Denemelerde canlının farklı dozlara verdiği cevaplar kullanılarak öldürücü hesabının yapılması olayına ise probit analizi adı verilir. Bu çalışmada genel anlamda, probit analizinin hangi alanlarda ne tür problemleri çözmeye yönelik bir yöntem olduğu, sağlık alanındaki yeri, kullandığı olasılık dağılımı, bu analizin matematiksel temellerinin incelenmesi irdelenecektir. Bu temel başlıkların altında araştırmanın amacı olarak, bu yöntemin sağlık alanında uygulanmasına dönük hesaplama şekilleri incelenecek ve bulgular kısmında daha önce 2015 yılında yapılan bir toksisite deneyine ait verilerden yararlanılarak, bu analiz türünün verilere uygulanması gösterilecektir. Uygulama kısmında verilerin teorik analizi yapılacak ve bu hesaplamalarda probit çözümlemesinin teorik özelliklerine de değinilecektir. Aynı veriler bilgisayar ortamında da hesaplanarak bulunan sonuçlar birbiri ile karşılaştırılacak ve birbirlerine göre olan farklılıkları, avantajları ve dezavantajları incelenecektir. Anahtar Kelimeler : probit analiz, letal doz, LD50, doz-tepki, biyolojik deneme, doğal ölüm

Meme kanserli hastalarda ölüm riskinin birleşik zayıflık modelleri ile incelenmesi

Meme kanseri, kadınlarda en sık görülen kanser türleri arasında yer almaktadır ve hastalığın görülme oranı gün geçtikçe artmaktadır. Dolayısıyla bu alanda yapılan çalışmalarda artmaktadır. Yapılan çalışmaların birçoğunda olguların sağkalım sürelerini etkileyen risk faktörleri araştırılırken, bireyler arasındaki heterojenlikler dikkate alınmamaktadır ve nüks,ölüm olayları birbirinden bağımsız değerlendirilmektedir. Ancak ölüm, nüks ve metastaz olaylarının birbirinden bağımsız değerlendirerek klasik sağkalım analizlerinin yapılması elde edilen parametre tahminlerinin yanlı olmasına neden olacaktır. Bu durumda birleşik zayıflık modellerinin kullanımı önerilmektedir. Birleşik zayıflık modelleri ile bireyler arasındaki heterojenlikler dikkate alınmakta ve bireylerin ölüm riskleri modellenirken tekrarlayan olaylar da değerlendirilmektedir. Yapılan bu çalışmanın amacı, meme kanserli hastalarda nüks ile ölüm arasındaki ilişkiyi, bireyler arasındaki heterojenliği araştırarak ve dikkate alarak, ölüm ve nüks üzerine etkili olan faktörleri birleşik zayıflık modeli ile incelemektir. Çalışmanın ikincil amacı ise, dinamik tahmin yöntemleri yardımıyla hastanın tüm hikayesini değerlendirerek ölüm risklerini tahmin etmektir. Çalışmada 2009-2016 yılları arasında İstanbul Tıp Fakültesi Onkoloji Enstitüsünde ameliyat olan 465 hastanın verileri kullanılmıştır. Çalışmanın sonucunda, nüks ve ölüm arasında pozitif ilişki gözlenmiştir. Ayrıca bireyler arasında heterojenlik gözlenmiştir. Nüks için tümör tipi, ameliyattan sonraki lenf nodu sayısı, neoadjuvan kemoterapi alma durumu, klinik evre, ameliyat tipi faktörlerinin etkileri istatistiksel olarak anlamlı bulunurken, ölüm için ise Cerb-B2, tümör tipi, ameliyattan sonra lenf nodu sayısı, neoadjuvan kemoterapi alma durumu faktörlerinin etkileri anlamlı bulunmuştur. Dinamik tahmin yöntemi ile elde edilen tahminlerin değerlendirilmesinde kullanılan Brier skorlarının değerleri 0,30'un altında bulunmuştur. Sonuç olarak, zayıflık etkisi anlamlı olduğu durumlarda, aynı özelliklere sahip bireylerin dahi ölüm riskleri birbirinden farklılık göstermektedir.Nüks ve ölüm olaylarının birbiri ile ilişkili olduğu ve heterojenlik etkilerinin saptandığı durumlarda birleşik zayıflık modellerinin kullanımı önerilmektedir.

Klinik denemelerde örneklem büyüklüğü hesaplanmaları ve klasik hesaplama yöntemleri ile karşılaştırılması

Clinical trials are well-planned studies. One of the earlier steps in clinical trials is the determination of sample size. The question "how many subjects should be used?" must be answered carefully by considering many important aspects of the study. Some of the clinical trials might be too expensive. Besides, in some of them, finding subjects may be difficult to include clinical trials. For such these reasons, it is not efficient including either too few or too many subjects in clinical trials. Therefore, sample size calculation is an important issue in clinical trials due to ethical, economic and scientific reasons. There are several factors that affect the sample size such as study design, trial objectives or clinical important difference. In this thesis, we give an overview of sample size calculation in clinical trials. Parallel group and cross-over study designs are taken into account. We also considered equality, superiority, non-inferiority and equivalence trials for two samples. First, we gave proofs of sample size calculations with both known and population variance. Then, we show numeric examples to clarify sample size calculation. Additionally, we share how these calculations are carried out RStudio. We also create simulation scenarios under different distributions, trial objectives, sample size with the clinical important difference and specified effect sizes to compare observed power. We show that the observed power is highest in non-inferiority trials compared to superiority and equality trials based on same clinical important difference, Type I error, study design and sample size. The observed power is higher in cross-over design compared to parallel group design with same clinical important difference, Type I error, trial objective and sample size. The responses are created under different distributions, however; there is no considerable effect of different distributions on observed power.

Kısmi ilişkili verileri incelemekte kullanılan parametrik ve parametrik olmayan yöntemler ve benzetim çalışması

Kısmi ilişkili veri bağımlı iki gruplu veride kayıp değerlerin ortaya çıkmasıyla oluşan bir durumdur. Bağımlı gruplu veride aynı bireyler üzerinde tekrarlı ölçümler yapılır. Kısmi ilişkili veri iki alt gruptan oluşur. Bunlar eşli veri ve eşli olmayan veridir. Eşli veride iki grupta da kayıp veri gözlenmez. Eşli olmayan veride ise iki gruptan birinde kayıp veri oluşur. Kısmi ilişkili veri eşli ve eşli olmayan verinin kombinasyonudur. Yapılan literatür taraması sonucunda kısmi ilişkili veriyi incelemekte kullanılan sekiz adet parametrik ve on bir adet parametrik olmayan yöntem bulunmuştur. Bu çalışmanın amacı geleneksel yöntemlerle çalışmada tanıtılan yöntemleri karşılaştırmak ve performansı en iyi olan yöntemi belirlemeye çalışmaktır. Bu çalışmada parametrik ve parametrik olmayan yöntemler için iki uygulamaya yer verilmiş ve geleneksel yöntem olarak seçilen liste boyunca silme yöntemi ile çalışmada tanıtılan yöntemler karşılaştırılmıştır. Ayrıca parametrik ve parametrik olmayan yöntemler için iki adet benzetim çalışması yapılmıştır. Parametrik yöntemler ile ilgili benzetim çalışmasında kayıp veri içermeyen bir veri setinin rastgele %10, %30 ve %50'si silinmiş ve geleneksel yöntem olarak liste boyunca silme yöntemi alınmıştır. Benzetim çalışması sonucunda sekiz yöntemden dördünün liste boyunca silme yönteminden üstün olduğu ve en güçlü yöntemin ise ağırlıklı t testi olduğu belirlenmiştir. Parametrik olmayan yöntemlerle ilgili benzetim çalışmasında tüm bir veri setinin rastgele % 25'i silinmiş ve geleneksel yöntem olarak liste boyunca silme yöntemi seçilmiştir. Benzetim çalışması sonucunda on bir yöntemden altısının liste boyunca silme yönteminden üstün olduğu ve en güçlü yöntemin yeni işaret sıra testi olduğu belirlenmiştir. Anahtar Kelimeler : Eşli veri, eşli olmayan veri, kısmi ilişkili veri, kayıp veri, tamamen rastgele kayıp

GMDH türünde sinir ağı algoritması ile ikili sınıflandırma

Group Method of Data Handling (GMDH) - type neural network algorithms are the self organizing algorithms for modeling complex systems. GMDH algorithms are used for different objectives; examples include regression, classification, clustering, forecasting, and so on. In this thesis, we propose a new algorithm named as diverse classifiers ensemble based on GMDH (dce-GMDH) algorithm for binary classification. Also, we develop an R package, GMDH2, to make our proposed algorithm available. The package offers two main algorithms, GMDH and dce-GMDH algorithms. GMDH algorithm performs binary classification and returns important variables. dce-GMDH algorithm performs binary classification by assembling classifiers based on GMDH algorithm. The package also provides a well-formatted table of descriptives in different format (R, LaTeX, HTML). Moreover, it produces confusion matrix and related statistics, and interactive scatter plot (2D and 3D) with classification labels of binary classes to assess the prediction performance. All properties of the package are demonstrated on Wisconsin Breast Cancer data. A Monte Carlo simulation study is also conducted to compare GMDH algorithms to the other well-known classifiers under the different conditions. Moreover, a user-friendly web-interface of the package is developed especially for non-R users. This web-interface is available at http://www.softmed.hacettepe.edu.tr/GMDH2.

Riboşalterlerin insan genomunda aranması ve bilgisayar ortamında vaka çalışmaları ile potansiyel bir ilaç hedefi olarak tahmin edilmesi

Riboşalterler genellikle mRNA'nın 5' ucu bölgelerinde bulunan genetik düzenleyici yapılardır. Riboşalterlerin en belirleyici özelliği, doğrudan bir fizyolojik sinyali tanımaları ve RNA yapısında ortaya çıkan kaymalar ile spesifik genlerin regülasyonunu etkilemeleridir. Mevcut Rfam veri tabanı 40 riboşalter ailesi içermektedir. Riboşalterler, belirli efektörleri bağlamak için farklı moleküler belirleyiciler geliştirdiklerinden, sadece ideal geri bildirim mekanizmaları için değil, aynı zamanda yeni ilaç hedefleri olarak hizmet etme potansiyelleri için de ilgi toplamışlardır. Diğer taraftan, riboşalterlerin, geri besleme mekanizmaları yoluyla hücrede hayati yolların düzenlenmesinde önemli rolleri vardır. Bu özelliklerinden dolayı riboşalterler, çoklu ilaç direncine (MDR) bir çözüm bulmak amacıyla, teorik ve pratik olarak antibiyotik tasarımı için potansiyel yeni hedefler olarak kabul edilmiştir. Bu çalışmada iki amaç yer almaktadır. Birinci amacımız insan genomunda literatürde mevcut olan riboşalter yapılarıyla anlamlı derecede uyumluluk gösteren gen sekanslarının tespit edilmesi ve bu gen sekanslarının bilinmeyen fonksiyonlarının ortaya çıkarılmasıdır. Bu doğrultuda lizin (lysine) riboşalteri ile insan genomunun belirli bölgelerinde anlamlı kabul edilebilecek sınıra yakın eşleşmeler elde edilmiştir. Çalışmamızın ikinci amacı ise, "Rfam" biyolojik veri tabanında yer alan erişime açık verileri kullanarak, riboşalter RNA aile üyelerinin potansiyel bir ilaç hedefi olarak düşünüldüğü sanal tarama analizi süreçlerini organize eden bir ardışık düzen oluşturmaktır. Çalışma sonucunda oluşturduğumuz ardışık düzen "V. vulnificus" genomuna ait sanal tarama analizi sonuçlarını elde etmeyi başarmıştır. Elde edilen sanal tarama analizleri Lipinski kuralı dikkate alınarak incelendiğinde "ZINC000040394717" erişim kimliğine sahip molekülün "Ceftazidime"; "ZINC000004097280" erişim kimliğine sahip molekülün ise "Ciprofloxacin" ile benzer moleküller olduğu söylenebilir. Ceftazidime ve Ciprofloxacin "V. vulnificus" organizması kaynaklı hastalıkların tedavisinde kullanılan ilaçlar arasındadır. Benzerlik bulduğumuz ZINC erişim kimliğine sahip moleküllerin literatürde henüz bilinen bir kullanımı yoktur. Bu açıdan literatüre katkıda bulunulmuştur.

Gebelerde anemi görülme sıklığı ve günlük demir tüketimi arasındaki ilişkilere ait araştırmaların meta analizi ile deerlendirilmesi

Hiyerarşik bağlanım (loglinear regresyon) yöntemlerinin tanıtılması ve çağdaş hekimlik eğitiminde kullanılan teknikler ile ilgili bir uygulama

ÖZET HİYERARŞİK BAĞLANIM (LÎNEAR REGRESYON) YÖNTEMLERİNİN TANITILMASI VE ÇAĞDAŞ HEKİMLİK EĞİTİMİNDE KULLANILAN TEKNİKLER İLE İLGİLİ BİR UYGULAMA Bu çalışmanın amacı Dicle Üniversitesi tıp fakültesindeki öğretim elemanları, intörn doktor ve tıp fakültesi beşinci sınıf öğrencilerinin almış oldukları tıp eğitimi ve uygulamaları esas alınarak çağdaş hekimlik eğitiminde kullanılan tekniklerle ilgili anket formu hazırlanmış olup 370 kişiden alman bu bilgilere Hiyerarşik Bağlanım (Loglinear) analizi yöntemini uygulamaktır. Loglinear modeller kategorik değişkenler arasındaki ilişkiyi incelemeye yarayan bir yöntemdir. Loglinear modeller yardımıyla çapraz tabloların analizi sürekli değişkenler için doğrusal modeller olan varyans analizi ve çoklu regresyon analizine karşılık gelir. Öğretim üyelerine sorulan sizce en iyi tıp eğitim yöntemi hangisidir? sorusuna deneklerin % 45.7 si (169 kişi) "Mevcut entegre sisteme" ilaveten "interaktif tıp eğitim uygulamasının" eklenmesini önermiştir. "Mevcut uygulanan entegre sistemin" devam etmesini isteyenler örneklemin % 4.6 (17 kişi) sı kadardır. Ayrıca "Türkiye'de tıp eğitiminde hangi görüş öncelik taşımalıdır?" sorusuna; örneklemin %2.2 si fikir bildirmezken, % 71.6 sı (26S kişi) "Koruyucu hekimlik eğitimine önem verilmesini" gerektiği belirtilmiştir. Son olarak değişkenlerin hiyerarşik bağlanım çözümlemesi ile X10 - X12 - X13 değişkenleri kullanılmıştır. Bu çözümleme sonunda önerilen son model sınıflaması; X10 - X12 ve X10 - X13 ikili çaprazlanması olmuştur. Elenen çaprazlama ise X12 - X13 ikilisi olmuştur. Çağdaş hekimlik eğitimi ile ilgilenen konunun uzmanlarına önereceğimiz sonuçlar şunlar olacaktır. Çağdaş hekimlik eğitimi ve üniversitemizde uygulanan entegre tıp eğitim uygulaması ile ilgili sübjektif değerlendirmelere girmeden, yukarıda belirttiğimiz değişkenlerin sonuçlarına ait değerlendirmeler olacaktır. Anahtar kelime : loglinear modeller, backword elemination, Tıp Eğitim Sistemleri

Hastane bilgi sistemleri ve Dicle Üniversitesi Araştırma Hastanesi ile ilgili bir uygulama

ÖZET Hastane Bilgi Sistemleri ve Dicle Üniversitesi Araştırma Hastanesi İle İlgili Bir Uygulama Bu çalışmada, günümüz hastane bilgi sistemleri incelenmiş olup, ilgili sorunlar belirlenerek, Dicle Üniversitesi Araştırma Hastanesi Otomasyon Merkezinde çalışmakta olan Hastane Bilgi Sistemi ve bu sistemler için en önemli husus olan sistem güvenliğini tehdit eden unsurları kontrol amacıyla yazılan triggerler tanıtılmaktadır. Ayrıca araştırmalara katkı sağlamak ve hastanemiz hizmetleri hakkında bilgi sunmak amacıyla, istatistik menüsünde yer alan bazı istatistiklerin bir yıllık sonuçlan verilerek yorumlanmıştır. Trigger, belirli bir tablo üzerindeki kayıtlar üzerinde değişiklik yapıldığı zaman çalışan özel bir saklı işlem (stored procedure) türüdür. Trigger' lar izin verilmeyen ya da tutarsızlığa neden olacak işlemleri engelleyerek veri bütünlüğünün korunmasına yardımcı olurlar. Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi gerçek bir otomasyon projesinin gerektirdiği bütün donanım ve yazılım koşullan ile uyumlu, stratejik olarak genişleyebilen Açık-Hat Gerçek-Zamanlı (On-Line Real-Time) bir otomasyon sistemine sahip bulunmaktadır. Bundan dolayı triggerler yazılarak veri tabanı üzerinde ihtiyaç duyulan bilgilere ulaşılması gerçekleştirilmiştir. Sonuç olarak, Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi bilgi sistemi tanıtılmış, sistemde yer alan istatistikler aracılığıyla hastanemizin kapasitesi hakkında bilgi sunulmuş, yazılan triggerler sayesinde hastane bilgi sistemi programının güvenliği kontrol altına alınmıştır. Anahtar Sözcükler : Hastane Bilgi Sistemi, Trigger, İstatistik. II

Çok değişkenli istatistiksel yöntemlerden kümeleme yöntemi ve kronik sigara içiciler üzerine bir uygulama

Ill ÖZET Çok Değişkenli İstatistiksel Yöntemlerden Kümeleme Analizi ve Kronik Sigara İçiciler Üzerine Bir Uygulama Halil Coşkun ÇELİK Çalışmamızın amacı, sigara ile ilgili ele alınan çok değişkenli bir yapıyı kümeleme yöntemleriyle çözümlemektir. Kümeleme yöntemleri bu tür çok değişkenli yapılarda başarılı kümeler oluşturmaktadır. Bu çalışmada sigara ile ilgili değişkenleri incelemek amacıyla öğrenciler, öğretmenler, sağlık personelleri, polisler, esnaflar ve işsizler olmak üzere altı grupta toplam 1 133 kişiye ait 64 değişken incelenmiştir. Bu değişkenlere ilişkin ilginç gözlenme oranlan ile birlikte küme yapılarım ortaya çıkaran ward kümeleme yöntemi uygulanmıştır. Altı gruba ait veriler dikkate alınarak değişkenlerle ilgili dendogramlar elde edilmiştir. Dendogramlar yoluyla, sigarayla ilgili değişkenlerden kişilerin cinsiyetini, değişik alışkanlıklarını, sosyal ve psikolojik durumlarını ortaya çıkaran kümeler elde edilmiştir. Bunların görsel olması yorumlamalarda daha somut sonuçlara ulaşmayı sağlamıştır. Sonuç olarak sigarayla ilgili değişkenlere uygulanan ward kümeleme yöntemi, konuyla ilgili beklenen kümelerden başarılı ve anlamlı sonuçlar elde edileceğini göstermiştir.. Anahtar Kelimeler : Kümeleme analizi, aşamalı ve aşamalı olmayan kümeleme yöntemleri, sigara.