Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı

Kronik hepatitis b virüsü (HBV) enfeksiyonu olan ve HBV'ye karşı doğal bağışık bireylerde stimulator of ınterferon genes (STING) ekspresyon düzeylerinin araştırılması

Tüm dünyada yaklaşık 350-400 milyon kişinin kronik olarak enfekte olduğu ve her yıl yaklaşık bir milyon kişinin de HBV ile ilişkili hastalıklardan dolayı hayatını kaybettiği tahmin edilmektedir. Enfeksiyonun kronikleşmesinde virüse ve konağa ait faktörlerin özellikle de konağın bağışıklık sisteminin rol oynadığı ileri sürülmektedir. Stimulator of Interferon Genes (STING) hücre içindeki DNA varlığını algılayan, bir dizi ikinci haberci kullanıp özgül transkripsiyon faktörlerini aktifleştiren, buna bağlı olarak interferon (IFN) alfa, IFN beta, tümör nekroz faktörü (TNF) alfa ve interlökin (IL)-6 gibi sitokinlerin sentezini arttıran bir ''patern tanıma reseptörü (PRR)'' üyesi olup, HBV'ye karşı bağışıklık sisteminin önemli bir elemanı olabileceği düşünülmektedir. Bu çalışma HBV'ye karşı doğal bağışık bireylerde, kronik hepatit B hastalarında ve HBV virüsü ile karşılaşmamış normal popülasyondaki bireylerde STING gen ekspresyon düzeyinin araştırılması amacı ile yapılmıştır. Çalışmaya 18-65 yaş aralığında HBV'ye karşı doğal bağışık 30 kişiden oluşan birinci grup, kronik hepatit B hastası 30 kişiden oluşan ikinci grup, ve HBV virüsü ile karşılaşmamış normal popülasyondaki 30 kişiden oluşan üçüncü grup olacak şekilde üç gruptan toplam 90 kişi dahil edilmiştir. Her bir katılımcıdan tam kan örneği alınıp periferik kan mononükleer hücrelerinin (PKMNH) izolasyonu gerçekleştirildi. Elde edilen PKMNH'den total RNA izolasyonu gerçekleştirildi. İzole edilen total RNA'dan cDNA sentezi gerçekleştirildikten sonra STING gen ekspresyon düzeyi Real Time Polymerase Chain Reaction (RT PCR) yöntemiyle belirlenmiştir. RT PCR işleminden sonra 2^(-∆∆CT) formülü uygulanarak normalizasyon işlemi gerçekleştirilmiştir. Çalışmaya katılan HBV'ye karşı doğal bağışıklardan oluşan grubun STING ekspresyon düzeyi ortalama 0,084±0,026, HBV ile karşılaşmamış gönüllü grubunun STING ekspresyon düzeyi ortalama 0,082±0,032, kronik hepatit B hastalarından oluşan grubun STING ekspresyon düzeyi ise ortalama 0,075±0,022 şeklindedir. Çalışmamız HBV enfeksiyonunun kronikleşmesinde STING ekspresyon düzeyinin araştırıldığı bildiğimiz ilk çalışmadır. Doğal bağışıkların ortalama STING ekspresyon düzeyi kronik hepatit B hastalarından yaklaşık %10 daha fazla bulunmasına rağmen istatistiksel olarak anlamlı fark bulunamamıştır.

Ağız mikrobiyotasında bulunan canlı fakat kültür edilmeyen bakterilerin üretilmesinde quorum sensing inhibitörlerinin kullanılması

Quorum sensing (QS), bakterilerin çeşitli sinyal moleküllerini kullanarak hem kendi türleri arasında hem de farklı türler arasında iletişim kurması olayıdır. İnsanların ağız boşluğunda bulunan 700'e yakın bakteri türünün yaklaşık 220 tanesi moleküler teknikler ile gösterilmesine rağmen henüz kültür edilememiştir. Bunların kültür edilememesinde bakterilerin doğal ortamlarında QS mekanizması ile popülasyon yoğunluklarını kontrol altında tutmaları ve laboratuvar koşullarında da bu kontrolü devam ettiriyor olmaları neden olarak düşünülmektedir. Bu çalışmada ağız mikrobiyotasında bulunan canlı fakat kültür edilmeyen bakterilerin QS sinyal moleküllerini QS inhibitörü olduğu bilinen maddeler ile keserek popülasyon yoğunluklarını kontrol etme yeteneklerinin ortadan kaldırılması ve kültür edilmeleri amaçlandı. Çalışmaya dahil edilen QS inhibitörlerinin kombinasyonu ile beş ana grup oluşturuldu. Grupların QS inhibitör etkileri biyoindikatör suşlara karşı test edildi. Sağlıklı altı bireyden alınan ağız boşluğu örneklerinden QS inhibitörlü ve inhibitörsüz (kontrol) agar besiyerlerine ekimler yapıldı. Kültürler 35 gün inkübe edildi ve periyodik olarak incelendi. Sadece QS inhibitörlü besiyerlerinde üreyen suşlar potansiyel ilk defa kültürü gerçekleşmiş suşlar olarak değerlendirildi. Sadece inhibitörlü besiyerlerinde izole olan 121 suş inhibitörlü ve kontrol besiyerlerinde subkültür edildi. İçlerinden seçilen 28 suşun tanımlanmak üzere 16S rRNA dizilemesi yapıldı. 16S rRNA dizi analizlerine göre bu suşların Actinobacteria, Firmicutes ve Proteobacteria şubelerine ait taksonlar ile homoloji gösterdikleri tespit edildi. Üç suşun kültür edilmiş fakat adlandırılmamış Streptococcus türleri ile homoloji gösterdikleri, bunlardan birisinin de kültür statüsünün gen bankasında kayıp olarak geçtiği görüldü. Diğer 25 suşun resmi olarak adlandırıldığı ve daha önce kültür edilmiş oldukları tespit edildi. Ancak sonuçlar, QS inhibitörlerinin ağız mikrobiyotasının popülasyon yoğunluğunu değiştirdiğini gösterdi. QS inhibitörlü ve kontrol besiyerlerinin birlikte kullanıldığında tek başına kontrol besiyerine göre izole olan bakteri çeşitliliğinde artışa olanak sağladığını gösterdi. Sonuçlar, bu yöntemin herhangi bir ekosistemden ve farklı vücut bölgelerinden yapılacak bakteri izolasyonu çalışmalarında bakteri tür çeşitliliğini artırmak adına uygulanabilir olduğunu ortaya koymuştur.

Kan kültürlerinden izole edilen Escherichia coli suşlarında integron gen kasetlerinin moleküler karakterizasyonu

Antibiyotiklerin insan sağlığında çok önemli rol oynadıkları bilinmektedir. Fakat yanlış ve aşırı kullanılmaları sonucu dirençli bakterilerin artışına ve direnç genlerinin hızlı bir şekilde yayılması ile beraber pek çok bakterinin çoklu antibiyotik dirençli olmasına yol açmaktadır. Kazanılan bu direnç plazmid, transpozon ve integron gibi çeşitli hareketli genetik elemanlarla bakteriler arasında yayılmaktadır. İntegronlar birçok antibiyotik direnç determinantını kodlayan, belirli gen kasetlerini taşıma veya entegre olma yeteneğine sahip genetik elemanlardır. Bu çalışmada Karadeniz Teknik Üniversitesi Tıp Fakültesi Farabi Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Eğitim ve Hizmet Laboratuvarı'na Ocak - Aralık 2014 tarihleri arasında gönderilen kan kültüründen izole edilen 112 E. coli izolatında integron gen kaset varlığı ve içerdiği direnç paternlerinin belirlenmesi, ayrıca integronların aktarılmalarında rol oynayan konjugatif plazmidlerin varlığının belirlenmesi ve bu plazmidlerin incompatibility (Inc) gruplarının replikon tiplendirme yöntemiyle gruplandırılması amaçlanmıştır. Bu amaçla 112 E. coli izolatında sınıf 1 integrona ait integraz gen bölgesinin belirlenmesi için intI1 genine özgü primerler kullanılarak polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) işlemi gerçekleştirildi. Buna göre 112 E. coli izolatının 51'i (%45.5) intI1 pozitif olarak saptandı. Sınıf 2 integrona ait integraz gen bölgesinin belirlenmesi için intI2 genine özgü primerler kullanılarak yapılan PZR işlemi sonucu 112 E. coli izolatının 7'si (%6.3) intI2 pozitif olarak belirlendi. Sınıf 1 ve sınıf 2 integron varlığının belirlenmesi amacıyla yapılan PZR reaksiyonu sonucu 112 izolatın 38'inde (%33.9) sınıf 1 integron varlığı belirlenirken 13 izolatın boş integron içerdiği belirlendi. Sınıf 2 integron için 112 izolatın 7'sinde (%6.3) sınıf 2 integron varlığı belirlendi. Sınıf 1 integron içeren 38 izolata yapılan sekans analizi sonucu trimetoprim ve streptomisin-spektinomisin direncinden sorumlu dfrA7, dfr17-aadA5, dfrV, dfrA1-aadA1 ve dfrA12-aadA2 olarak adlandırılan 5 tip gen kaseti belirlendi. Sınıf 2 integron amplifikasyonu sonucunda pozitif bulunan 7 izolatın yapılan sekans analizi sonucu dfrA1-sat2-aadA1 ve dfrA1-sat2-aadA30 olarak belirtilen 2 tip gen kaseti bulundu. 14 izolatın sekans analiz sonuç verileri elde edilemedi. Konjugasyon deneyleri sıvıda çiftleşme yöntemiyle gerçekleştirildi. Sınıf 1 ve sınıf 2 integron içeren 45 izolatın donor olarak kullanıldığı konjugasyon deneylerinde 35 E. coli J53-2 transkonjugantı elde edildi. Konjugasyon etkinliklerinin 10-6 ve 10-10 arasında oldukları belirlendi. Otuzbeş transkonjuganttaki plazmitlerin Inc gruplarının belirlenmesi amacıyla yapılan PZR reaksiyon sonucuna göre 6 plazmidin (%17) IncN, 1 plazmidin de (%3) IncQ pozitif olduğu belirlendi. Hiçbir transkonjugantta IncP ve IncW gruplarına ait plazmide rastlanmadı.

2014-2019 yılları arasında Diyarbakır ili Mycobacterium tuberculosis suşlarında primer antitüberküloz ilaçlara direncin araştırılması

Tüberkülozun Dünya Sağlık Örgütü tarafından yıllık raporlandırılan, geçmişten bugüne önemini koruyan önemli bir bulaşıcı hastalık olması yanında son yıllarda kullanılan primer antitüberküloz ilaçlara karşı direnç gelişimi hastalığın kontrol altına alınmasına engel oluşturmaktadır. Tüberküloz etkeni Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC) tir. DSÖ'nün son raporlarına göre tüberküloz, enfeksiyon hastalıklarının en zahmetli olanı kabul edilmektedir, dünya çapında ilk on ölüm nedeninden biridir ve tek bir enfeksiyöz ajandan kaynaklanan ölümlerin başlıca nedenidir (HIV/AIDS'in üzerinde sıralanmıştır). Dünya nüfusunun yaklaşık dörtte biri M. tuberculosis ile enfektedir, bu nedenle TB hastalığına ilerleme riskleri vardır. Antitüberküloz ilaç direnci değerlendirmeleri; toplumdaki ilaca karşı dirençli suşların belirlenmesi, uygun tedavi protokollerinin seçilmesi ve tüberküloz kontrol programlarına katkı sağlaması açısından önemlidir. Bu retrospektif çalışmada Diyarbakır ilinde, Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Mikobakteriyoloji Laboratuarında 2014-2019 yılları arasında izole edilmiş MTBC suşlarında direnç oranlarının belirlenmesi amaçlanmıştır. İlaç duyarlılık testleri BACTEC MGIT 960 (BD Diagnostic,ABD) sistemi ile değerlendirilmiştir. İlaç duyarlılık testleri, 640'ı (%89) solunum sistemi ve 77'si (%11) solunum sistemi dışı örneklerden MTBC izole edilen toplam 717 örnekte çalışılmıştır. Toplam 717 örneğin 525'i (%73,2) her dört antitüberküloz ilaca duyarlı bulunmuşken, 192'si (26,8) ise bir veya birden çok ilaca dirençli bulunmuştur. Streptomisin, izoniazid, rifampisin ve etambutol için direnç oranları sırasıyla %5,6, %6,3, %1, %2 olarak ve çoklu ilaç direnci oranı %4 olarak bulunmuştur. Bu çalışmada saptanan tekli ve çoklu ilaç direnci oranlarının daha önce bölgemizde yapılan çalışmalarda elde edilen oranlara göre daha düşük, Sağlık Bakanlığı verilerinde belirtilen ülkemiz ortalamaları ile benzer olduğu görülmüştür. Bölgesel düzeyde ilaç duyarlılık testi takiplerinin ülkemizde başarılı bir şekilde tüberküloz sürveyans programının uygulanmasına katkı sağlayacağı görüşüne varılmıştır.

Enfeksiyon etkeni olarak izole edilen Candida albicans suşları ile kolonize suşlar arasındaki genotipik farklılıkların pulsed field gel electrophoresis ve arbitrarily primed PCR yöntemi ile araştırılması

-98- OZET Mantar enfeksiyonlarının klinik önemi bilinmesine rağmen mantar ile kolonizasyon, enfeksiyonun patogenezi, geçiş şekli ve epidemiyolojisi hakkında bilinenler oldukça sınırlıdır. Moleküler tiplendirme yöntemleri Candida enfeksiyonlarının epidemiyoloj isinin değerlendirilmesinde önemlidir. Çalışmamızın amacı; enfeksiyon etkeni olarak izole edilen C. albicans suşlan ve kolonizasyon suşlanndaki genotipik farklılık oranlarını, enfeksiyonun kaynağının endojen mi veya ekzojen mi olduğunu araştırmaktır. Bir diğer amacımız da flukonazol dirençli ve duyarlı suşlar arasında klonal ilişki olup olmadığını araştırmaktır. Bu amaçla Hematoloji-Onkoloji hasatlarından enfeksiyon etkeni olarak izole edilen 5 1 C. albicans susu ve Yoğun bakım hastalarından izole edilen ve etken kabul edilmeyen 32 kolonizasyon susu çalışmaya alınmıştır. C. albicans'm tiplendirilmesinde AP-PCR ve PFGE-EK analizi metodlan kullanılmıştır. 51 Hematoloji-Onkoloji izolatı AP-PCR ile 24 genotipe, EK ile 45 genotipe ayrılmıştır. Yoğun bakım hastalarından izole edilen 32 kolonizasyon susu AP-PCR ile 16 genotipe, PFGE-EK ile 28 genotipe ayrılmıştır. Sonuçlar karşılaştırıldığında PFGE-EK ve AP-PCR' in ayrlabilirlik indeksleri yüksek bulunmuştur. Ancak PFGE-EK ile daha fazla genotip tanımlanmıştır. Enfeksiyon etkeni suşlarm tiplendirilmesi sonucunda, enfeksiyonların endojen kaynaklı olduğu görülmüştür. Bunun yanında çapraz bulaşla ilgili bulgular da vardır. Çapraz geçişin ve ekzojen kaynaklı bulaşın tespiti-99- için çevre ve sağlık personelinden örnekler alınmış ancak C. albicans üretilememiştir. Kullandığımız tiplendirme yöntemleriyle flukonazol dirençli ve duyarlı suşlar arasında klonal bir ilişki ya da baskın bir genotip bulunamamıştır. Sonuç olarak AP-PCR ve PFGE-EK analizi C. albicans'm tiplendirilmesinde başarılı bulunmuştur. Enfeksiyonların çoğunun endojen flora kaynaklı olduğu görülmüş ancak hastalar arasında yada hastalarla sağlık personeli arasında çapraz geçişin olabileceği düşünülmüştür.

Klebsiella pneumoniae klinik izolatlarında agar dilüsyon yöntemi ile intravenöz fosfomisin direncinin saptanması ve meropenem, imipenem, amikasin antibiyotikleri ile sinerjist etkisinin araştırılması.

Bu çalışmada yoğun bakım ve klinikte yatan hastaların çeşitli numunelerinde üremiş karbapenem dirençli K. pneumoniae izolatlarının agar dilüsyon yöntemi ile fosfomisin disodyum direnç durumu ve amikasin, meropenem, imipenem antibiyotikleriyle sinerjist etkisi araştırılmıştır. Böylece karbapenem dirençli K. pneumoniae suşlarının etken olduğu invaziv enfeksiyonlarda en etkin ampirik tedavi modellerinin oluşturulması amaçlanmıştır. Çalışmaya Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Bakteriyoloji Laboratuvarı Birimi'ne 20.03.2021-31.12.2021 tarihleri arasında yoğun bakım ve kliniklerden gönderilen çeşitli hasta örneklerinde üreyen 71 adet K. pneumoniae izolatı dahil edilmiştir. Suşlar MALDI-TOF MS (bioMerieux, Fransa) ile tanımlandı. İzolatların antimikrobiyal duyarlılık testleri, Phoenix NMİC-400/ID paneli kullanılarak BD Phoenix 100 (Becton Dickinson, A.B.D) otomatize sistemi sistemi ile çalışılmıştır. Otomatize sistemde karbapenem dirençli olarak tespit edilen izolatların karbapenem direnci; ertapenem, meropenem ve imipenem antibiyotik diskleri ile disk difüzyon yöntemi kullanılarak teyit edilmiştir. Disk difüzyon yönteminde de karbapenem direnci saptanan suşlar çalışmaya dahil edilmiştir. Karbapenem dirençli K. pneumoniae izolatlarının fosfomisin disodyum direnç durumu ve fosfomisinin amikasin, meropenem, imipenem antibiyotikleriyle sinerjist etkisi agar dilüsyon yöntemi ile araştırılmıştır. Agar dilüsyon yöntemi sonucunda izolatların %97,2'si fosfomisine, %69'u amikasine, %84,5'i meropeneme ve %94,4'ü imipeneme dirençli bulunmuştur. İzolatların %25,35'inde fosfomisin-amikasin, %45,07'sinde fosfomisin-meropenem ve %21,12'sinde fosfomisin-imipenem kombinasyonu sinerjist etki gösterdi. Tüm izolatlar ve tüm kombinasyonlar içerisinde sadece tek bir suşta fosfomisin-amikasin kombinasyonunda antagonist etki tespit edilmiştir. Fosfomisin disodium, Multi Drug Rezistans (Çoklu İlaç Dirençli) MDR ve karbapenem dirençli K. pneumoniae suşlarının etken olduğu invaziv enfeksiyonlara karşı amikasin, meropenem ve imipenem ile kombine olarak kullanılabilir.

Karbapenem dirençli Klebsiella pneumoniae ve Escherichia coli izolatlarında bd phoenix CPO yöntemi ile karbapenemaz üretiminin tespiti

Amaç:Karbapenemaz üreten organizmalar (KÜO), içerdikleri karbapenemaz enzimleri ile antibiyotiklerin bir çoğuna, bazen tamamına dirençli Gram negatif bakterilerdir. Karbapenemazların hızlı ve doğru saptanması dirençli hastane enfeksiyonlarının erken tespiti ve yayılımının önlenmesi için elzemdir. Gereç ve Yöntem:Çalışmaya Dicle Üniversitesi Hastanesi Merkez Laboratuvarı bakteriyoloji birimine Ocak 2020 – Aralık 2020 tarihleri arasında gönderilen çeşitli klinik örneklerden izole edilen, 64'ü Oxa-48, 6'sı NDM, 2'si NDM+Oxa-48 içeren 72 izolat ile karbapenemaz içermeyen 16 izolat dahil edilmiştir. Klebsiella pneumoniae ve E. coli İzolatlarında BD Phoenix CPO Detect (Becton Dickinson, ABD) kiti ile karbapenemaz gen grupları araştırılmıştır. Bulgular:CPO Detect testinin PCR ile uyumu Oxa-48 geni bulunan izolatlar için %95,3, NDM geni bulunanlar için %100 olarak bulunmuştur. Testin negatif prediktif oranı tüm izolatlarda %88,8, K. pneumoniae izolatlarında %83,3, E. coli izolatlarında %100,0 olarak saptanmıştır. Sonuç: Enterobakteriales, P.auroginosa, A.baumanii karbapenemaz enzimlerini saptayabilen BD CPO Detect testinin rutin tanı laboratuvarlarında kullanılması dirençli bakterilerin erken tanı ve doğru tedavisine katkı sağlayacaktır. Anahtar Sözcükler:CPO Detect, Karbapenemaz, Oxa-48, Klebsiella pneumominae, Escherichia coli

Erişkin yoğun bakım ünitelerinden izole edilen metisiline dirençli staphylococcus suşlarında E-test ile farklı antibiyotik mik değerlerinin araştırılması

Hastane enfeksiyonları morbidite ve mortalitesinin yüksek olması, hastanede kalış süresini uzatması ve yüksek tedavi maliyeti nedeniyle önemli bir sağlık sorunudur. Son yıllarda özellikle yoğun bakım üniteleri başta olmak üzere hastane enfeksiyonlarında en sık izole edilen etkenlerin başında metisiline dirençli stafilokok (MRS) türleri gelmektedir. Antibiyotiğin minimum inhibisyon konsantrasyon (MİK) değeri, enfeksiyon bölgesinde bakteriyi inhibe etmek için gereksinim duyulan antibiyotik konsantrasyonudur. Metisilin dirençli Staphylococcus aureus (MRSA) ve Metisilin dirençli Koagulaz Negatif Stafilokok (MRKNS) enfeksiyonlarında, özellikle uzun süreli tedaviler esnasında MİK değerlerinin dikkatle izlenmesi gereklidir. Metisiline dirençli stafilokoklarda gittikçe artan antibiyotik direnci, farklı antibiyotiklere ihtiyaç duyulmasına neden olmuştur. Bu çalışmada Dicle Üniversitesi Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarı'na Nisan 2013-Mart 2014 tarihleri arasında erişkin yoğun bakım ünitelerinden gelen metisiline dirençli 60 stafilokok suşu bu çalışmada kullanılmıştır. Konvansiyonel ve otomatize sistem ile tür tayini yapıldıktan sonra E-test yöntemi ile vankomisin, teikoplanin, daptomisin, linezolid, kinopristin/ dalfopristin, tigesiklin, seftarolin antibiyotiklerine duyarlılıkları E-test ile araştırılmıştır. Göğüs Hastalıkları ve Tüberküloz yoğun bakım ünitesi, en fazla örneğin (%26.7) gönderildiği klinik, kan örnekleri mikroorganizmaların en sık izole edildiği materyal (%80) olmuştur. Çalışmamızdaki tüm stafilokok suşlarının vankomisin, daptomisin, linezolid, teikoplanin ve tigesikline karşı duyarlı bulunmuştur. Bir (%1.6) MRKNS, kinupristin/dalfopristin'e, 11(%36.6) MRSA izolatının seftaroline dirençli olduğu bulunmuştur. MRSA ve MRKNS suşlarının MİK değerleri karşılaştırıldığında sadece tigesiklinde anlamlı fark bulunmuştur. 30 MRSA suşu, makro E-test yöntemi ile Vankomisine orta duyarlı S. aureus/ heterojen vankomisine orta duyarlı S. aureus (VISA/hVISA) açısından değerlendirilmiş, VISA/hVISA suşu tespit edilmemiştir.

Agar dilüsyon yöntemi ile escherichia coli klinik izolatlarında intravenöz fosfomisin direncinin saptanması ve meropenem, gentamisin, seftriakson antibiyotikleri ile sinerjist etkisinin araştırılması

Karbapenem dirençli Enterobacterales üyelerinde tedavi için kullanılabilecek antibiyotiklerin kısıtlı olması nedeniyle son dönemlerde kombinasyon tedavi rejimleri gündeme gelmiştir. Bu çalışmada karbapenem dirençli Escherichia coli izolatlarında agar dilüsyon yöntemi kullanılarak fosfomisine direnç oranları ile meropenem, gentamisin ve seftriakson antibiyotiklerinin kombinasyon etkileşimleri incelenmiştir. Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastaneleri Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarına klinik ve yoğun bakımlarda yatan hastalardan gönderilen çeşitli örneklerden (idrar, kan, aspirat, yara, beyin omurilik sıvısı, endotrakeal aspirat) izole edilen karbapenem dirençli 60 adet Escherichia coli suşu çalışmamıza dahil edilmiştir. Tür tanımlamaları için matris destekli lazer desorpsiyon iyonizasyon uçuş süresi kütle spektrofotometresi MALDI Biotyper 3.1 (Bruker Daltonics, ABD ) kullanılmıştır. Suşların antibiyotik duyarlılık testleri ve karbapenem direnç durumu BD Phoenix (Becton Dickinson Diagnostics) ile çalışılmıştır. Karbapenem direncinin doğrulanması amacıyla ertapenem, imipenem ve meropenem disk difüsyon testleri kullanılmıştır. Agar dilüsyon yöntemi ile suşların %76.6' sı fosfomisine, %61.6'sı meropeneme, %85' i gentamisine, %98.3' ü seftriaksona dirençli olarak saptanmıştır. İzolatların %35' i fosfomisin ve meropenem kombinasyonuna, %33.4' ü fosfomisin ve gentamisin kombinasyonuna, %1.7' si fosfomisin ve seftriakson kombinasyonuna karşı sinerjistik etkili olarak saptanmıştır. Yalnızca bir suşta fosfomisin ve meropenem kombinasyonuna karşı antagonist etki tespit edilmiştir. Çalışmamızda meropenem ile gentamisin antibiyotiklerinin sinerji oranı yüksek saptanmıştır. Kombinasyon çalışmasında kullanılan antibiyotiklerin klinik olarak kombinasyon biçiminde kullanılabilmesi için daha fazla araştırmaya ihtiyaç vardır.

Diyarbakır yöresinde tularemi seroprevalansının araştırılması

Tularemi hastalığı, küçük, hareketsiz, aerop ve gram negatif bir kokobasil olan Francisella tularensis'in etken olduğu zoonotik bir hastalıktır. Dünyada, kuzey yarım kürede 30-71 enlemleri arasında bulunan ülkelerde endemik olarak görülebilmektedir. Türkiyede ilk 1936 Lüleburgaz'daki epidemiden sonra birçok salgın bildirimi olmuştur. Biz, araştırmamızda etkenin bölgedeki seroprevalansını bulmayı amaçladık. Çalışmaya Diyarbakır ve çevre illerden 1503 kişi dahil edilmiştir. Serumlar 1/20'lik dilüsyonlarda, mikroaglütinasyon yöntemi ile tularemi tarama protokolünden geçirilmiştir. Taramada pozitif saptanan serumlarda, Bruselloz ile çapraz reaksiyonu belirlemek için Rose Bengal lam aglütinasyon testi çalışılmıştır. Tarama pozitif ve Rose-Bengal testi negatif 19 seruma titrasyon işlemi yapılmıştır. Çalışmamızda kadın erkek arasında anlamlı bir fark bulunmamıştır(p=0.108). Yaş grupları arasında da anlamlı bir fark bulunmamıştır(p=0,053). Bölgemizdeki tularemi seroprevalansını %1,3 olarak saptanmıştır. Bu oran Türkiye'de yapılan bazı çalışmalara benzemektedir. Daha kapsamlı çalışmalar etken hakkında daha fazla epidemiyolojik verilerin elde edilmesini sağlayacaktır.

İnsan ve hayvanlarda rastlanan blastocystis sp.'nin genotiplendirilmesi ve subtiplerinin belirlenmesi

Blastocystis sp. insan ve hayvanlardan izole edilen patojen bir etken olup günümüze kadar tespit edilebilmiş 17 subtipi bulunmaktadır. Bu subtiplerden 9 tanesi insanda görülmekte ve Blastocystis hominis olarak isimlendirilmektedir. Blastocystis hominis'in bulaş kaynakları ve patojenliği üzerinde en fazla tartışılan konulardan biriydi. Son yapılan çalışmalar sonucu Blastocystis hominis'in patojen bir etken olduğu kabul edilmektedir. Özellikle gastrointestinal (GİS) şikâyetleri ve ürtiker gibi hastalıklarla ilişkili olduğu yönünde fikir birliği sağlanmış ise de bu etkenin patojen ve apatojenliğini etkileyen faktörlerin ayrımında tartışmalar devam etmektedir. Günümüzde subtiplerin ve morfolojik formların Blastocystis hominis'in patojenliğini etkileyen faktörler olabileceği ifade edilmektedir. Çalışmaya, Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Gastroenteroloji, Dermatoloji ve Onkoloji polikliniklerinden toplanmış Blastocystis hominis yönünden pozitif 51 hasta dışkı örneği, kontrol grubu olarak herhangi bir şikayeti olmayan sağlıklı bireylerden toplanmış 18 dışkı örneği; sığır, koyun, at ve tavuklardan toplanan Blastocystis hominis yönünden pozitif 27 hayvan dışkı örneği dahil edildi. Çalışmaya dahil edilen örnekler nativ-Lugol ve trikrom boyama yöntemi ile değerlendirildi. Pozitif bulunan örnekler kültür yöntemi ile çalışıldı. Kültürde pozitif çıkan örneklerin subtip tespiti PCR yöntemi ile yapıldı. PCR işleminde insanda enfeksiyon yapabilen 9 subtipin tayini için Sequence-Tagged Site (STS) primerleri kullanıldı. Bu çalışmada direk bakıda pozitif bulunan bütün örnekler Jones medium kültür yöntemiyle de pozitif olarak tespit edildi. Kültür yöntemi, içerisinde çok sayıda hücresel yapı ve artefakt bulunduran hayvan dışkı örneklerinin tanımlanmasında daha güvenilir bir yöntem olarak değerlendirildi. Çalışmamızda, ST3 en yaygın subtip olarak belirlendi. ST3'ten sonra en sık görülen subtipler sırasıyla ST1, ST2, ST7, ST6 ve ST5 olarak tespit edildi. Bu çalışmada, ülkemizde ilk defa koyunlarda ST5 ve ST6 tespit edildi. Çalışmamızda insanlarda Blastocystis sp. genel primerleri pozitif olarak tespit edilen 12 hastada hiçbir subtip belirlenemedi. Bu durum bizlere, insanda enfeksiyon yapan subtiplerin 9'dan daha fazla olduğu ve ileride yapılan moleküler dizi analiz çalışmalarıyla başka subtiplerin de tespit edilebileceği fikrini verdi.

Yoğun bakım hastalarında rektal sürüntü örneklerinden izole edilen karbapenem dirençli klebsiella pneumoniae escherichia coli suşlarının araştırılması

Hastane enfeksiyonları morbidite ve mortalitesinin yüksek olması, hastanede kalış süresini uzatması ve yüksek tedavi maliyeti nedeniyle önemli bir sağlık sorunudur. Son yıllarda özellikle yoğun bakım üniteleri başta olmak üzere hastane enfeksiyonlarından karbapeneme dirençli Enterobacteriaceae (KRE) ve özellikle de Klebsiella pneumoniae sık izole edilmeye başlanmıştır. KRE enfeksiyonlarında, özellikle uzun süreli tedaviler esnasında minimum inhibisyon konsantrasyon (MİK) değerlerinin dikkatle izlenmesi gereklidir. Bu çalışmaya, Dicle Üniversitesi Tıp fakültesi Hastaneleri Tıbbi Mikrobiyoloji Kültür Laboratuvarı'na Mart 2014-Mart 2015 tarihleri arasında yoğun bakım ünitelerinden gelen 462 rektal sürüntü örneği dâhil edildi. Ertapenemli EMB besiyerinde üreyen laktoz olumlu bakteriler BD Phoenix (Becton Dickinson, A.B.D) otomatize sisteminde tanımlanarak antimikrobiyal duyarlılık testleri çalışıldı. İzolatlarda genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz (GSBL) varlığı ve karbapenem grubu antibiyotik duyarlılıkları Kirby Bauer disk difüzyon testi (DDT) ile test edildi. E-test yöntemi ile de Ertapenem, Meropenem, İmipenem ve Doripenem antibiyotiklerinin MİK değerleri araştırıldı. Toplam 462 rektal sürüntü örneğinin 107'sinde (%23.2) Ertapenemli EMB besiyerinde laktoz olumlu üreme saptandı. Phoenix otomatize sistemi ile 107 örneğin 100'ünde ertapenem, 35'inde meropenem direnci saptanırken DDT yönteminde 106'sı ertapenem, 83'ü meropeneme dirençli olarak belirlendi. Referans yöntem olarak alınan gradiyent strip test yönteminde ise izolatların 91'inde ertapenem, 49'unda da meropenem direnci saptandı. Perianal kültür sürveyansı, KRE infeksiyon/kolonizasyon takibinde önemli bir infeksiyon kontrol yöntemidir. Karbapenem direncinin moleküler epidemiyolojisinin ve risk faktörlerinin tespiti için ileri araştırmalara ihtiyaç vardır.

Klinik örneklerden izole edilen anaerop bakterilerin konvansiyonel yöntem ve maldi-TOF Ms ile tiplendirilmesi ve antibiyotik duyarlılıkları

Bu çalışmada hastanemizde değişik kliniklerden anaerop enfeksiyon şüphesiyle gelen 359 klinik örnek işleme alınarak, anaerop bakterilerin izolasyonu, identifikasyonu ve antimikrobiyal duyarlılıklarının belirlenmesi hedeflenmiştir. Bu 359 klinik örneğin 2'si laboratuvar reddetme kriterlerine göre işleme alınmamış, geri kalan 357 klinik örnekten 95 anaerop bakteri izole edilmiştir. Çalışmamızda 95 anaerop bakterinin 94'ünün cins veya tür düzeyinde identifikasyonu yapılmıştır. 1 anaerop bakterinin tanımlanması ise Gram boyama düzeyinde yapılarak kliniğe bildirilmiştir. Bakterilerin identifikasyonunda klinik örneğin makroskopik ve mikroskopik incelemesinin yanı sıra, identifikasyon diskleri ve MALDI-TOF MS (Matrix aracılı lazer desorpsiyon-kütle spektrofotometrisi) kullanılmıştır. 95 anaerop bakterinin 36'sı pasaj ve antibiyogram aşamasında tekrar üretilememiştir. Bu yüzden kalan 59 anaerop bakteri için antibiyogram yapılabilmiştir. İzolatların antimikrobiyal duyarlılıklarının belirlenmesi için E-test yöntemi kullanılmış, antibiyogram sonuçları sefoksitin için CLSI'a göre, diğer antibiyotikler için EUCAST'e göre değerlendirme yapılmıştır. İzolasyon oranı düşük bulunduğundan istatistiksel değerlendirme yapılmamıştır. Anahtar Sözcükler: Anaerop, E-test, MIK, MALDI-TOF MS, Konvansiyonel

Çoğul dirençli Acinetobacter baumannii suşlarına çeşitli antibiyotik kombinasyonlarının in vitro sinerjistik etkisi

ÖZET Amaç: Acinetobacter baumannii, özellikle yoğun bakım ünitelerinde, ventilatör ilişkili pnömoni, bakteriyemi vb. sağlık hizmetleri ile ilişkili ciddi enfeksiyonlara neden olan bir bakteridir. Ayrıca geniş spektrumlu antibakteriyel ilaçların yoğun şekilde kullanılması sonucu, Acinetobacterler birçok antibiyotiğe karşı dirençli hale gelmiştir. Özellikle yeni antimikrobiyallerin geliştirilmesinin çok uzun zaman alması ve bakteriyel direncin hızlı gelişmesi, bu bakteriyle savaşta başka stratejiler geliştirilmesini zorunlu kılmaktadır. Son yıllarda buna çözüm olarak, kombinasyon tedavileri gündeme getirilmektedir. Bu amaçla 4 farklı kombinasyonun etkinliği test edilerek, in vitro sinerji araştırıldı. Gereç ve Yöntem: Şubat 2017-Temmuz 2017 tarihleri arasında, Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi ve Memorial Dicle Hastanesi yoğun bakım ünitelerinden mikrobiyoloji laboratuvarına gelen hasta örneklerinden izole edilen, çoğul dirençli 30 adet A.baumannii suşu, çalışma kapsamına alındı. İzolatların identifikasyonu konvansiyonel yöntemler ve Vitek-2 Compact (bioMérieux, Fransa) otomatize sistemle yapıldı. Antibiyotik duyarlılık testleri yine Vitek-2 Compact otomatize sistem kullanılarak "European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST)" önerilerine göre yapıldı. Antibiyotik kombinasyon testleri mikrodilüsyon checkerboard (dama tahtası) metoduyla yapıldı. Bulgular: Toplam olarak dört farklı antibiyotik kombinasyonunun test edildiği bu çalışmada sinerji oranları; meropenem-sulbaktam kombinasyonunda %26,6, siprofloksasin-amikasin'de %26,6, kloramfenikol-rifampisin'de %10, meropenem-rifampisin'de %6,6 olarak gözlendi. Sonuç: Bu çalışmada çoğul dirençli A.baumannii suşlarına karşı,in vitro olarak meropenem-sulbaktam ve siprofloksasin-amikasin kombinasyonlarında saptanan sinerji oranları ümit verici olmakla birlikte, in vivo yanıtla birlikte değerlendirilmesi gerektiği, yapılan çalışmalara bakıldığında aynı kombinasyonlarla farklı sonuçlar alındığı, dolayısıyla kombinasyon testlerini her hastanenin kendi suşlarıyla, belli periyotlarla yapmasını önermekteyiz. Anahtar Sözcükler: Acinetobacter baumannii, çoğul direnç, sinerji testleri, mikrodilüsyon checkerboard

Vajinal akıntısı olan 18 – 50 yaş arası kadınların vajinal ve endoserviks sürüntü örneklerinde; Bakteriyel vajinoz c. trachomatis, n. gonorrhoeae, T. vaginalis, M. genitalium, M. hominis, U. urealyticum ve C. albicans araştırılması

Amaç: Bu çalışmada, vajinal akıntı şikayeti ile başvuran kadınlarda başta bakteriyel vajinoz (BV) ve vajinit etkenlerinin kültür, mikroskobik inceleme ve moleküler yöntemlerle araştırılması amaçlandı. Gereç ve Yöntem: 04 Temmuz 2018 – 30 Ağustos 2018 tarihleri arasında Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi (DÜTF) Kadın Hastalıkları ve Doğum Anabilim Dalı Polikliniğine vajinal akıntı şikayetiyle başvuran 18-50 yaşları arası 100 kadın hastadan üç steril eküvyon çubuğu ile alınan sürüntü örnekleri çalışmaya dahil edilmiştir. Sürüntü örneklerinden iki tanesi ile Gram boyama ve kültür yapılmış. Örneklerin Gram boyama ile incelenmesinde polimorf nüveli lökosit (PNL), ipucu (Clue Cell) hücreleri ve farklı görünümdeki bakterilerin varlığı araştırılmıştır. Kültürde üreyen etkenler MALDI TOF-MS ile cins veya tür düzeyinde tanımlanmıştır. Diğer eküvyon çubuğu, kültürde zor üreyen etkenlerin multipleks PCR ile araştırılması için kullanılmıştır. Bulgular: Çalışmaya vajinal akıntı şikayetiyle başvuran 100 kadın hasta dahil edilmiştir. Bu hasta örneklerinin 63'ünde en az bir mikrobiyal etkene rastlanmıştır. Tüm yayma örneklerinin Nugent skoru değerlendirilmiş ve 27'si BV pozitif, 39'u ara değer ve 34'ü negatif tespit edilmiştir. Kültür yöntemi ile 29(%29) Candida spp., 9(%9) S. agalactiae, 3(%3) S. aureus, 2(%2) S. anginosus, 1(%1) G. vaginalis, 1(%1) S. disgalactia, 1(%1) S. haemolyticus izole edilmiştir. Çoklu PCR yöntemi ile 23(%23) M. hominis, 13(%13) U. urealyticum, 9(%9) T. vaginalis ve 3(%3) C. trachomatis DNA'sı edilmiştir. Sonuç: Çalışmamızda, Candida spp. kültür yöntemi ile en sık izole edilen ajanlardı. Aynı örneklerin multipleks PCR yöntemi ile yapılan değerlendirilmesinde M. hominis, U. urealyticum, T. vaginalis ve C. Trochomatis DNAları sırasıyla 23, 13, 9, 3 örnekte tespit edilmiştir. Vajinal akıntı şikâyeti ile gelen hastaların tanısında Gram boyama ve kültür yöntemleri çoğu zaman tek başına yeterli olmamaktadır. Moleküler tanı yöntemleri, vajinoz ve vajinit etkenlerinin tespitinde önemli katkı sağlar. Anahtar Sözcükler: Bakteriyel Vajinoz, Vajinit, Candida spp., Multipleks PCR

Anti-HCV pozitif hemodiyaliz hastalarında hepatit g virus prevalansı

HGV, 1995 yılında moleküler klonlama ile tanımlanmış, Flaviviridae ailesi içerisinde yer alan bir RNA virusudur. Tüm dünyada yaygın olarak bulunan HGV, temel olarak parenteral yolla bulaşır. Virus nedeni bilinmeyen hepatit olguları, kan aktarımı yapılan hastalar, damar içi uyuşturucu kullananlar ve hemodiyaliz tedavisi alan hastalarda yüksek sıklıkta saptanmaktadır. Bu çalışmada, Anti-HCV pozitif hemodiyaliz hastalarında HGV prevalansı araştırıldı. Bu amaçla Anti-HCV pozitif 100 hemodiyaliz hasta grubu, Anti-HCV negatif 50 hemodiyaliz hastadan oluşan kontrol grubuyla karşılaştırıldı. Çalışmamızda gerçek HGV prevalansının belirlenebilmesi için HGV RNA ve HGV Anti E2 antikor düzeyleri birlikte değerlendirildi. Anti-HCV pozitif grupta HGV RNA ve HGV Anti E2 oranları sırasıyla %30 ve %1 olarak bulundu. Gerçek prevalans %31 olarak değerlendirildi. Kontrol grubunda ise HGV RNA oranı %12 ve HGV Anti E2 oranı %2 olarak saptandı ve prevalans oranı %14 olarak bulundu. Anti-HCV pozitif hemodiyaliz hasta grubunda HGV prevalansı, Anti-HCV negatif kontrol grubuna göre anlamlı olarak yüksek bulundu (P=0.040). Ayrıca hemodiyalize giriş süresi, ALT düzeyi ve yaş faktörleriyle HGV prevalansı arasında anlamlı ilişki saptanmadı (P>0.05).

Farklı gruplardaki immün-süprese bireylerde Cryptosporidium'un ELISA ve Modifiye asit-fast boyama yöntemi ile araştırılması

GİRİŞ VE AMAÇ: Gastroenterit etkenlerinden birisi de, özellikle çocuklarda ve immunitesi yetersiz hastalarda etkili olan Cryptosporidium cinsi protozoonlardır. Klora dirençli olması, içme suyu süzgeçlerinden geçebilmesi dolayısıyla parazitin kaynak sularındaki prevalansının yüksek olması ve çok az sayıda parazitin bile enfeksiyona neden olabilmesi su kaynaklı epidemilerin nedenleri olarak gösterilmektedir.Bu çalışmada, Diyarbakır, Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Araştırma Hastanesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Laboratuvarı'na; risk grubundaki immunsuprese hastalardan (Onkoloji ve diyaliz hastaları, malnütrisyonlu çocuklar) ve ishal şikâyeti nedeniyle, farklı yaş grubundaki non immunsuprese hastalardan gönderilen dışkılarda, Cryptosporidium sp. antijenleri ELISA yöntemiyle araştırılmış ve modifiye asit-fast boyama yöntemiyle Cryptosporidium ookistleri aranmıştır.MATERYAL VE METOD: Çalışmada; onkoloji (n=156), diyaliz (n=98) ve malnütrüsyonlu çocuklardan (n=21) oluşan toplam 275 immunsüprese hasta ve non-immunsuprese ancak gastroenterit şikayeti ile laboratuarımıza gönderilen gastroenteroloji hastaları (n=22) ve pediatri hastaları (n=178) olmak üzere 200 hastadan alınan dışkı örnekleri çalışıldı. Ayrıca farklı kliniklerden gönderilen, ishal şikayeti olmayan non-immunsuprese 55 hasta dışkı örneği kontrol grubu olarak çalışmaya dahil edildi. Dört farklı yaş grubundan oluşan toplam 530 hastadan alınan dışkı örnekleri çalışıldı. Çalışmada, 1. grup 0-5 yaş , 2. grup 6-15 yaş ,3. grup 16-40 yaş, 4. grup 40 yaş üstü kişilerden oluşturuldu. Makroskobik olarakta incelenen her dışkı örneğine lam-lamel arası preparasyon, modifiye asit-fast boyası ile boyama yapılarak Cryptosporodium ve diğer barsak parazitleri açısından incelendi. Ayrıca dışkı örneklerinde Prospect Cryptosporidium ELISA kiti (OXOID) ile Cryptosporidium sp. antijenleri arandı.BULGULAR VE SONUÇ: Çalışmada, toplam 530 dışkı örneğinin 17'sinde %(3. 2) modifiye asit-fast boyama yöntemi ile Cryptosporidium ookistleri saptandı. Cryptosporidium ookistleri en fazla immün süprese bireylerde tespit edildi (%70. 5). 530 dışkı örneğinin ELISA yöntemi ile yapılan çalışmasında toplam 31(%5. 8) hastanın dışkısında Cryptosporidium sp. antijeni tespit edildi. ELISA yöntemi ile, 40 yaş üstü immün süprese hastalar, asit-fast boyama yönteminde olduğu gibi Cryptosporidium ' un en fazla pozitif olduğu hastalardı. Modifiye asit-fast boyama yönteminin duyarlılığı %54. 83, Özgüllüğü %100; ELISA yönteminin duyarlılığı %100, Özgüllüğü de %100 olarak bulundu. Nativ- lugol preparasyon yöntemiyle örneklerin 61'inde (% 11,5) çeşitli protozoon kistleri ve 3'ünde de (%0. 5) Hymenolepis nana yumurtaları görüldü. En fazla parazit saptanan grup pediatri grubu idi. Sonuç olarak hem immun süprese hastalarda hem de gastroenterit şikayeti ile gelen normal hastalarda Cryptosporidiumun da araştırılması ve boyama yönteminin negatif olduğu durumlarda ELISA gibi ikinci bir yöntemin rutinde kullanılmasının uygun olacağı kanaatine varıldı.

Yoğun bakım ünitelerinde yatan hastalarda Metisilin Rezistan Staphylococcus Aureus'un hızlı test (Moleküler yöntem) ile araştırılması

Giderek artan oranlarda görülen MRSA'ların özelikle yoğun bakım ünitelerinde ciddi bir sorun haline gelmiştir. Bununla birlikte, hastaların hastanede kalma süresinin uzaması, hastane maliyetlerinin artması ve uygun olmayan antibiyotiklerin kullanımı sonucu meydana gelen antibiyotik direnci sorunlarını beraberinde getirmiştir. Bu çalışmada; gün geçtikçe daha fazla mortalite ve morbidite etkeni olan MRSA'larda metisilin direncinin daha güvenilir bir şekilde ve kısa sürede tespit edilmesi amaçlanmıştır.Yoğun bakım ünitelerine yatan hastalarda hastaneye yatışlarının ilk 24 saati içersinde alınan nazal sürüntü örnekleri alındı. MRSA'nın hızlı tesbiti için GeneXpert real-time PCR yöntemi kullanıldı. Bu yöntemle elde edilen sonuçlar Vitek2, Phoenix, Sefoksitin DDT ve Chrom ID agar yöntemleriyle elde edilen sonuçlarla karşılaştırıldı.Çalışmada 90 hastadan 3 nazal swabla örnek alındı. Birinci swap, GeneXpert real-time PCR yöntemi için kullanıldı. İkinci swap, kanlı besiyerine ekildi. Kanlı besiyerinde üreyen kolonilerden gram boyama yapıldı.Gram pozitif kok morfolojisinde olanlar Vitek2 ve Phoenix'le identifikasyon ve duyarlılıkları belirlendi. Üçüncü swap, Chrom ID agar'a ekildi.90 örneğin 14'ü ( % 15 ) GeneXpert ile, 4'ü ( % 4.4 ) Vitek2 ve Phoenix ile, 5'i ( % 5.5 ) Chrom ID agar testi ile MRSA olarak tespit edildi. 1 örnekte GeneXpert testi negatif olduğu halde otomatize sistemlerle MRSA olarak tespit edildi. GeneXpert ile sonuçlar 70 dakikada elde edildi.Stafilokoklarda heterojen dirençli suşlar nedeniyle metisilin direncini fenotipik yöntemlerle gösterilmesi sıklıkla yanlışlıklara neden olmaktadır. Çalışma sonucunda, GeneXpert real-time PCR testinin MRSA'yı tespit etmede hızlı ve güvenilir bir test olduğu sonucuna vardım.

Doğu karadeniz bölgesi propolis'inin anti-influenza virüs aktivitesinin in vitro ve in vivo değerlendirimesi

Propolis, farklı bitki kaynaklarından toplanan maddelerin işlenmesi ve arılar tarafından zenginleştirilmesi sonucu elde edilen reçinemsi bir maddedir. İnfluenza, akut, bulaşıcı ve epidemiler şeklinde görülen bir solunum sistemi hastalığıdır. Küçük çocuklardan yaşlılara kadar uzanan geniş bir yaş bölümünü etkiler. Propolisin özel olarak influenza virüsüne karşı, in vitro ve in vivo etkinliği üzerinde, literatür araştırması ile ortaya çıkarılabilen sınırlı sayıda çalışma bulunmaktadır. Bu çalışmada Doğu Karadeniz Bölgesi Propolisi'nin etanollü ve sulu ekstraktlarının 100 ? 0.78µg/ml konsantrasyonlarının in vitro anti-influenza aktivitesi, 10mg/kg konsantrasyonunun ise in vivo anti-influenza aktivitesi incelendi. Sulu ve etanollü propolis ekstraktlarının in vivo ve in vitro anti-influenza aktivitelerinin farklı olduğu gözlemlendi. Propolisin sulu ekstraktı in vitro anti-influenza etkinliği göstermezken, etanollü ekstraktının 100µg/ml ve 50µg/ml konsantrasyonlarında anti-influenza etkisi gözlemlendi. Sulu ve etanollü ekstraktları farelere 10mg/kg dozda oral yoldan verilerek in vivo non-letal ve sub-letal (sağ kalım deneyi) deneylerde anti-influenza aktivitesi değerlendirildi. Sulu ekstraktının non-letal deneyde, Balb/c farelerin 4. gün burun yıkantılarındaki virüs titresini düşürdüğü gözlendi. Etanollü ekstraktının oral yoldan verildiği grupta ise titrede düşme görülmedi. Bu sebepten sub-letal deneyde farelere etanollü ekstrakttan verilmesi tercih edilmedi. Sulu ekstraktın anti-influenza etkisi sub-letal deneyde sınandı. 11 fare içeren kontrol grubundan 3 fare sağ kalırken sulu ekstraktın 10mg/kg dozunun oral yoldan verildiği grupta 11 fareden 8'inin hayatta kaldığı gözlendi.

Karaciğerde kitle oluşturan paraziter etkenlerin tanısındaki serolojik sonuçların retrospektif incelenmesi

Karaciğer Retikulo Endoteliyal Sistemin önemli bir organı olduğu için, parazitlerde dâhil olmak üzere pek çok mikroorganizmaya karşı bağışık yanıtta rol almaktadır. Çok sayıda paraziter etken karaciğeri etkileyerek hastalık oluşturmaktadır. Parazitlerin hayat döngülerinin, enfeksiyon yerlerinin bilinmesi, doğru örnek alınması ve doğru tanı için gereklidir. Özellikle iç organ yerleşimli parazitlerin tanısında kullanılan yöntemlerin başında serolojik testler gelmektedir. Bu yöntemlerle parazitin direkt olarak saptanamadığı durumlarda parazite karşı oluşan antikorlar veya parazitin antijenleri araştırılır. Serolojik tanı yöntemlerinden IHA IFA ELISA gibi testler, parazit hastalıklarının tanısında en fazla kullanılan yöntemler olup, %90' ların üzerinde pozitif güvenirlik ve özgüllük sağlayabilmektedirler.Bu çalışmada radyolojik tetkiklerle karaciğerde parazitik kitle ön tanısı ile gelen hastalarda serolojik yöntemlerle (ELISA, IHA, IFA) parazite ait antikorların saptanması amaçlandı. 100 hasta serumu çalışma kapsamına alındı. Hastaların serumunda IHA yöntemiyle E. histolytica antikoru, IFA yöntemiyle E. granulosus antikoru ve ELISA yöntemiyle de F. hepatica antikoru araştırıldı. 100 hastanın 27'sinde (%27) pozitif sonuç bulundu. Hastaların 1' de E. histolytica, 13' de E. granulosus ve 13'de ise F. hepatica seropozitifliği saptandı.Karaciğerde yer kaplayan kitlelerin parazitik enfeksiyon açısından ayırıcı tanısında sadece radyolojiyle tanının konulamayacağı, beraberinde mutlaka bir serolojik yöntemle tanının doğrulanması gerektiği kanaatine varılmıştır.

Trabzon ili erişkin yaş gruplarında borrelia burgdorferi sensu lato seroprevalansının belirlenmesi

Lyme borreliyoz (veya Lyme hastalığı), Amerika ve Avrupa'da en sık görülen, multisistemik, kene kaynaklı hastalıktır. Ülkemizde de yaygın olarak bulunduğu düşünülmekle birlikte yapılan seroprevalans çalışmaları oldukça sınırlıdır. Bu çalışmada, Trabzon ilinde Lyme borreliyoz seroprevalansının tespit edilmesi ve hastalığın Trabzon ilindeki yerleşim yerleri, cinsiyet, yaş grupları, medeni durum, meslek grupları, gelir düzeyi ve eğitim seviyeleri ile ilişkisininin belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışmaya il ve ilçe merkezlerinden toplanan toplam 884 serum örneği dahil edilmiştir. Örnekler anti-Borrelia IgG antikorlarının belirlenmesi amacıyla ELISA yöntemi ile test edilmiştir. ELISA ile pozitif sonuç veren örnekler WB ile doğrulanmıştır. Örneklerin 128'inde (%14.5) IgG pozitifliği bulunmuştur. Elde edilen veriler istatistiksel olarak ki-kare testi ile değerlendirilmiş, anti-Borrelia IgG antikorları pozitifliği ile yerleşim yeri, yaş grubu, eğitim seviyeleri, medeni durum, meslek grupları, gelir düzeyi arasındaki ilişki anlamsız bulunmuşken, cinsiyet arasındaki ilişki anlamlı bulunmuştur (sırasıyla p=0.516, p=0.541, p=0.062, p=0.217, p=0.147, p=408, p<0.001). Elde edilen bulgular Trabzon ilinde Lyme borreliyoza yakalanma riskinin yüksek olduğunu, hastalığın engellenmesi için gerekli tedbirlerin alınması gerektiğini ortaya koymuştur.

Solunum yolu örneklerinde pneumocystis jirovecii varlığının araştırılması

ÖZETP.jirovecii bağışıklık sistemi baskılanmış hastalarda önemli fırsatçı pnömoni etkenidir. Bu çalışmada, Mayıs 2011-Ocak 2012 tarihleri arasında Karadeniz Teknik Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Hasta Hizmetleri Laboratuvarına farklı klinik ve polikliniklerden atipik pnomoni bulguları ile gönderilen solunum yolu örneklerinde Pneumocystis varlığı araştırılmıştır. Toplam 35 hastanın solunum örneği çalışmaya dahil edilmiştir. Bu çalışmada immun sistemi baskılanmış hastalardan izole edilen örneklerde Giemsa boyama, indirekt floresan antikor (İFA), iki turlu polimeraz zincir reaksiyonu (nPZR), yöntemleri kullanılarak P.jirovecii'nin varlığı araştırılmıştır. Örneklerin 3'ü (%8.6) nPZR ile 4'ü (%11) İFA yöntemiyle pozitif bulunmuştur. Giemsa boyama yöntemiyle boyanarak mikroskobik olarak incelendi. P.jirovecii görülemedi..Sonuç olarak hastalığın erken tanı konulması ve tedaviye zamanında başlanması amacıyla hızlı ve güvenilir tanı yöntemi olan İFA ve PZR'ın rutin uygulanması gerektiği düşünülmüştürAnahtar sözcükler: Pneumocystis jirovecii; tanı yöntemleri; Giemsa boyama, PZR, İFA.

Klinik örneklerden izole edilen çoklu ilaç dirençli Acinetobacter baumannii suşlarında bazı karbapenemazların genotipik yöntemlerle araştırılması

Son yıllarda karbapenemlerin de dahil olduğu çoklu ilaç direnci, Acinetobacter baumannii'ye bağlı enfeksiyonların tedavisini oldukça zorlaştırmıştır. Çalışmamızın amacı, A. baumannii'nin antimikrobiyal duyarlılık paternini belirlemek ve karbapenem direncinin en önemli nedeni olan OXA tipi beta laktamaz genlerinin varlığını araştırmaktır. Ekim 2012- Şubat 2013 tarihleri arasında Dicle Üniversitesi Hastaneleri yoğun bakım ünitelerinde yatan hastalardan izole edilen 80 A. baumannii izolatı konvansiyonel metodlar ve otomatize sistemle -BD Phoenix (Becton Dickinson, A.B.D)- tanımlandı; izolatların antimikrobiyal duyarlılıkları otomatize sistem ve Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemiyle çalışıldı. Moleküler yöntem olarak hyplex® CarbOxa ID (Amplex, Almanya) test sistemi kullanıldı. Bu sistem ile blaOXA-51-like, blaOXA-23-like , blaOXA-58-like ve blaOXA-58-like gen kümelerinin polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ile amplifikasyonu ve elde edilen PZR ürünlerinin enzim bağımlı immünosorbent testi (ELISA) temelli bir sitemde spesifik oligonükleotid problarla hibridizasyonunu sağlandı. İzolatların tamamı kolistine duyarlıydı. Tigesiklin, netilmisin, amikasin, trimetoprim-sulfametoksazol, gentamisin ve sefaperazon sulbaktam duyarlılıkları sırasıyla %27.5, %22.5 %16.25, %12.5, %8.75 ve %5 olarak saptandı. İki izolatın levofloksasine orta duyarlı olduğu, izolatların tamamının ise test edilen diğer antibiyotiklere (ampisilin-sulbaktam, piperasilin-tazobaktam, seftazidim, sefepim, seftriakson, sefotaksim, imipenem, meropenem, siprofloksasin) dirençli oldukları belirlendi. A. baumannii'ye özgü olduğu kabul edilen blaOXA-51-like genleri 77 (%96) izolatta, bla-OXA-23-like, blaOXA-58-like ve blaOXA-40 like gen grupları sırasıyla 48 (%60), 12 (%15) ve 8 (%10) izolatta gösterildi. Kırk yedi (%21.25) izolatın blaOXA-51-like ile blaOXA-23-like genlerini, 10 (%12.5) izolatın ise blaOXA-51-like ile blaOXA-58-like gen gruplarını bir arada taşıdığı saptandı.

Trabzon ili erişkin yaş gruplarında anti nükleer antikor seroprevalansının belirlenmesi

Anti nükleer antikor (ANA) deoksiribonükleik asit (DNA), histon komplekslerine ya da nükleer ve sitoplazmik ribonükleer proteinlere karşı gelişen otoantikorlara verilen genel isimdir. Serumda ANA varlığının belirlenmesi birçok sistemik otoimmün hastalığın tanısının konulmasında, hastalıkların evrelendirilmesinde ve prognozunun belirlenmesinde en önemli laboratuvar bulgusudur. Görülme sıklığı değişken olmakla birlikte, farklı toplumlarda ANA seroprevalansı %5?15 arasında bildirilmiştir. Toplumdaki ANA seroprevalansının araştırılması o toplumda bulunan otoimmün hastalıkların belirlenmesinin yanı sıra, hastalık öncesi subklinik durumların ortaya çıkarılmasında, erken tedavi ve izlemde, ayrıca bu hastalıklar için risk faktörlerinin belirlenmesinde önemlidir.Çalışmamızda Trabzon'da yaşayan erişkin yaş grubunda ANA seroprevalansının belirlenmesi ve bu otoantikorların varlığı ile bireylerin sosyodemografik özellikleri arasındaki ilişkinin araştırılması amaçlanmıştır.Çalışmaya Trabzon ili ve dokuz ilçesinde yaşayan, 20 yaş ve üzeri bireylerden elde edilen toplam 884 serum örneği dahil edilmiştir. Örneklerde ANA belirlenmesi amacıyla Antibodies against cell nuclei (IgG) (Euroimmun, Lübeck, Almanya) kitleri kullanılmıştır. İndirekt immünflouresan (IF) yöntemi ile 1:80 ve üzerindeki dilüsyonlardaki ANA pozitiflikleri ve boyanma paternleri belirlenmiştir. Benekli boyanma paterni gösteren 53 örnekte ekstrakte edilebilir nükleer antijen (anti-ENA) antikorları varlığı Anti-ENA profile Plus1 (IgG) (Euroimmun, Lübeck, Almanya) kitleri kullanılarak araştırılmıştır. Elde edilen veriler ki kare testi ile karşılaştırılmıştır.Çalışmaya alınan 884 bireyin 132'sinde (%14.93) 1:80 ve üzerindeki dilüsyonlarda ANA pozitifliği belirlenmiştir. En sık görülen boyanma paterni 53 örnekte (%6.00) belirlenen benekli boyanma paternidir. ANA pozitifliği ile yerleşim yeri, cinsiyet, sigara kullanımı, gelir düzeyi, medeni durum, eğitim düzeyi beden kitle indeksi ve yaş arasında istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki bulunamamıştır (sırasıyla p=0,987, p=0,312, p=0,054, p=0,887, p=0,826, p=0,787, p=1,000, p=980).Bu bulgular Trabzon ilinde ANA seroprevalansının oldukça yüksek düzeylerde olduğunu göstermektedir. Bu nedenle özellikle klinik bulguları olan bireylerde ANA tarama testlerinin yapılması gerektiği düşünülmüştür.

Klinik örneklerden izole edilen Stenotrophomonas maltophilia kökenlerinde Trimetoprim-Sulfametoksazol (SXT) antibiyotik direnç genlerinin varlığının moleküler yöntemlerle araştırılması

Sağlık çalışanlarında nazal metisilin-rezistan staphylococcus aureus (MRSA) taşıyıcılığının araştırılması

Stafilokokların önemli infeksiyon etkenleri oldukları 100 yıldan uzun süredir bilinmektedir. Staphylococcus cinsi içerisinde insanlarda enfeksiyon etkeni olarak en sık izole edilen tür S.aureus' tur. Gerek toplum gerekse hastane kökenli infeksiyonlarda önemli morbidite ve mortaliteye neden olurlar.MRSA, penisilinaz enzimine dirençli tüm penisilinlere, sefalosporinlere, ayrıca klindamisin, eritromisin, tetrasiklin ve aminoglikozidler gibi daha birçok antibiyotiğe dirençli bir S.aureus suşudur. MRSA infeksiyonlarında tedavi seçeneği oldukça sınırlıdır. MRSA enfeksiyonu gelişen hastalarda genellikle taşıyıcılardan bulaş ile infeksiyon meydana gelmektedir.MRSA'da, hassas S.aureus'tan farklı olarak SCCmec (staphylococcal casette chromosome mec) olarak isimlendirilen bir direnç adası ve içinde mecA adlı bir gen içermektedir. SCCmec, mec ve ccr gen komplekslerine göre tiplere ve J bölgelerindeki farklılıklara göre alt tiplere ayrılır. Son çalışmalarda 8 tip tanımlanmış olsa da çoğu MRSA suşunun beş SCCmec tipinden (SCCmec tip I, II, III, IV, V) birini taşıdığı ve bunların birbirlerinden genetik içerik ve büyüklük bakımından farklılıklar gösterdiği belirlenmiştir. Hastane kaynaklı MRSA (HK-MRSA) klonlarının çoğunluğu tip I, II veya III SCCmec taşırken toplum kaynaklı MRSA (TK-MRSA) suşları çoğunlukla tip IV SCCmec taşımaktadır.S. aureus'un tiplendirilmesi, salgınların araştırılması, nazokomiyal bulaşın önlenmesi ve aynı zamanda enfeksiyon kontrol önlemlerini desteklemede önemli veriler sunmaktadır.Bu çalışmada, Karadeniz Teknik Üniversitesi (KTÜ) Farabi Hastanesi çalışanlarında nazal MRSA taşıyıcılığının araştırılması amaçlandı. Çeşitli klinik ve yaş gruplarındaki toplam 414 sağlık çalışanından alınan nazal sürüntü örneklerinden izole edilen S.aureus suşları içerisinden MRSA olanlar belirlendi ve SCCmec tipleri polimeraz zincir reaksiyonu yöntemiyle araştırıldı.Dört yüz on dört sağlık çalışanından 34'ünde (%8.2) S. aureus suşu izole edildi. S. aureus taşıyıcılığı; doktorlarda %9.9 (10/101), hemşirelerde % 6.2 (11/176), yardımcı sağlık personelinde ise %9.4 (13/137) olarak bulundu. Otuz dört S. aureus suşunun 11'inin MRSA olduğu saptandı. MRSA nazal taşıyıcılığı ise, toplamda % 2.6 olarak saptanırken bu oran doktorlarda %2.9, hemşirelerde %2.2, yardımcı sağlık personelinde ise %2.9 olarak belirlendi. Bu 11 MRSA suşunun 7'si (%63.6) tip IV olarak belirlenirken diğer 4 (%36.3) suş tiplendirilemedi.Sonuç olarak, sağlık personelinde çoklu ilaç direnci taşımayan ve toplum kökenli SCCmec tipi olan tip IV taşıyan MRSA suşlarının bulunduğu belirlendi.Anahtar sözcükler: Sağlık çalışanları, MRSA, SCCmec tipleri

Metallo-beta-laktamaz üreten klinik pseudomonas aeruginosa izolatlarının epidemiyolojik analizi

Kazanılmış metallo beta laktamazların (MBL?lerin) özellikle P. aeruginosa?da ortaya çıkışı, bu enzimlerin tespit edilmesinde kullanılan yöntemlerin standardizasyonunun henüz sağlanamamıştır ve epidemiyolojik veri ve klinik deneyimin yetersiz olması nedeniyle artan bir endişe kaynağıdır. Bu çalışmada MBL üreten P. aeruginosa izolatlarının mikrobiyolojik ve epidemiyolojik özelliklerinin araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmaya hastanemizde 2008 ve 2010 yılları arasında toplanmış olan karbapenemlere orta duyarlı/dirençli bulunan P. aeruginosa izolatları dahil edilmiştir. MBL varlığı çeşitli fenotipik testler ve Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) ile araştırılmıştır. MBL pozitif izolatların klonal ilişkisi Pulse Field Jel Elektroforezi (PFGE) ile incelenmiştir. Hastaların çeşitli klinik özellikleri, MBL pozitif P. aeruginosa varlığına göre istatiksel olarak değerlendirilmiştir. Üç yüz otuz dört izolatın, Modifiye Hodge testi (MHT) 21?inde (%6.3), imipenem/imipenem-EDTA kombine disk testi (KDT) 109?unda (%32.6) ve PZR ise 32?sinde pozitifti. PFGE analizi sonuçlarına göre, pediatrik yaş hastalarda izole edilmiş üç VIM pozitif izolat klonal ilişkili saptandı. Erişkin yaş yatan hastalardan izole edilmiş 11 VIM pozitif izolat klonal ilişkiliydi. Poliklinik hastalarından izole edilmiş iki VIM pozitif izolat klonal ilişkiliydi. MBL pozitif P. aeruginosa saptanan erişkin yaş yatan hastalarda hastanede kalış süresinin daha uzun olduğu saptandı (p değeri=0.049). Sonuç olarak MBL?lerin toplumda ve hastane içinde yayılabildiği ve MBL pozitif P. aeruginosa saptanan erişkin yaş yatan hastalarda hastanede yatış süresinin uzadığı görülmüştür. Türkiye?de VIM ve IMP birlikte pozitif P. aeruginosa?nın rapor edildiği ilk çalışmadır.

Mycobacterium tuberculosis kompleks ve rifampisin direncinin saptanmasında hızlı moleküler yöntemle konvansiyonel yöntemlerin karşılaştırılması

Bu çalışmada, Dokuz Eylül Üniversitesi Hastanesi Merkez Laboratuvarı'nda kullanılan GeneXpert MTB/RIF (GX) testinin Mycobacterium tuberculosis kompleks (MTK) tanısı ve rifampisin (RIF) direncinin saptanmasındaki performansının mikroskobi ve kültür yöntemleri ile karşılaştırılarak değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Dokuz Eylül Üniversitesi Hastanesi Merkez Laboratuvarı Mikobakteriyoloji Birimine, Haziran 2012 ile Kasım 2016 tarihleri arasında, tüberküloz (TB) ön tanısı ile 12086 klinik örnek gönderilmiştir. Bunlardan 1361'i solunum yolu, 2838'i solunum yolu dışı olmak üzere toplam 4199 örneğe klinik istem doğrultusunda Kinyoun boyalı mikroskobik inceleme ve kültür yöntemleri ile birlikte GX testi de çalışılmış ve elde edilen sonuçlar retrospektif olarak değerlendirilmiştir. GX testi ve Kinyoun boyalı mikroskobik inceleme sonuçları, kültür sonuçları (BACTEC MGIT 960 sistemi ve Löwenstein-Jensen besiyeri) ile karşılaştırılarak değerlendirilmiştir. GX testi ile elde edilen RIF direncini belirleyen mutasyon sonuçları ile kültürde MTK üremesi saptanan izolatların RIF duyarlılığı MGIT 960 yöntemi ile karşılaştırılmıştır. MTK saptanmasında kültür yöntemleri referans alındığında; GX testinin duyarlılığı %74.5, özgüllüğü %99.1, pozitif öngörü değeri (PÖD) %68.9 ve negatif öngörü değeri (NÖD) %99.3 olarak bulunmuştur. GX testinin duyarlılığı ve özgüllüğü sırasıyla; solunum yolu örnekleri için %82.7 ve %98.7; solunum yolu dışı örnekler için ise %67.2 ve %99.3 olarak hesaplanmıştır. GX testinin mikroskobik incelemede ARB pozitif örneklerde duyarlılığı %100 ve özgüllüğü %64.3; ARB negatif örneklerde ise duyarlılığı %69.6 ve özgüllüğü %99.2 olarak belirlenmiştir. Mikroskobik incelemenin duyarlılık ve özgüllüğü sırasıyla; tüm örnekler için %16.4 ve %99.7; solunum yolu örnekleri için %28.8 ve %99.2; solunum yolu dışı örnekler için %5.2 ve %99.9 olarak hesaplanmıştır. Tüm örneklerde ve solunum yolu ile solunum yolu dışı örneklerde GX testi ile mikroskobik incelemenin duyarlılıkları arasındaki fark istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur (p<0.001). MGIT yöntemi ile elde edilen RIF duyarlılık sonuçları referans alındığında, GX testinin RIF direncini saptamadaki duyarlılığı %100, özgüllüğü %95.8, PÖD %25 ve NÖD %100 olarak hesaplanmıştır. Sonuç olarak, GX testinin özellikle mikroskobik incelemede ARB görülen örneklerde güvenilirliği yüksek olup, kolay uygulanabilirliği, iki saat içinde doğrudan klinik örnekten MTK DNA'sı ve RİF direncini birlikte saptayabilmesi, mikroskobik incelemeye göre duyarlılığının daha yüksek olması göz önünde bulundurulduğunda TB hızlı tanısında yararlı bir yöntem olduğu sonucuna varılmıştır. Ancak, test sonuçlarının daima kültür ve fenotipik ilaç duyarlılık testi sonuçlarıyla doğrulanması önerilmektedir.

Kronik aktif hepatit B enfeksiyonu olan hastalar ile hepatit B virusuna karşı doğal bağışıklık geliştiren bireylerin sitokin gen polimorfizmlerinin karşılaştırılması

Hepatit B virusunun kronik enfeksiyon oluşturmasının nedenleri bilinmemektedir ancak muhtemelen bu durum konak immün faktörleri ile ilişkilidir. Bunlardan sitokinler immün yanıtta önemli bir rol oynamaktadır. Bu çalışma, HBV enfeksiyonu ve interlökin (IL)-1?, IL-1ß, interlökin-1 reseptör (IL-1R), interlökin-1 reseptör antagonist (IL1-RN), IL-4?, IL-2, IL-4, IL-6, IL-10, IL-12, interferon (IFN)-?, tümör gelişim faktörü (TGF)-ß, tümör nekrozis faktör (TNF)-? gen polimorfizmleri arasındaki ilişkiyi araştırmak amacı ile yapılmıştır. Çalışma, kronik HBV enfeksiyonu bulunan 33 hasta ve HBV enfeksiyonundan iyileşerek doğal bağışıklık geliştiren 34 sağlıklı kişiye ait toplam 67 kişinin periferik kanından elde edilen mononükleer hücrelerde gerçekleştirilmiştir. Sitokin genotipleri polimeraz zincir reaksiyonuna dayalı ticari bir kit (Invitrogen, USA) kullanılarak belirlenmiştir. Kronik HBV enfeksiyonu bulunan grupta doğal bağışıklık geliştiren gruba göre, IL-1??nın -889 promotor gen bölgesinde bulunan CT genotipi (%73.4 ve %19.2, p= 0.000044), IL-4?ün -1098 promotor gen bölgesinde bulunan GT genotipi (%66.7 ve %11.5, p= 0.001328), IL-10?un -1082 promotor gen bölgesinde bulunan GA genotipi (%72.0 ve %45.7, p= 0.014), IL-10?un -819 promotor gen bölgesinde bulunan CT genotipi (%63.5 ve %31.3, p= 0.023) ve IFN-??nın +874 gen bölgesinde bulunan TA genotipi istatistiksel olarak anlamlı derecede yüksek bulunmuştur. Diğer taraftan, IL-1??nın -889 promotor gen bölgesinde bulunan CC genotipi (%65.4 ve %13.3, p= 0.0003579), IL-4?ün -1098 promotor gen bölgesinde bulunan TT genotipi (%73.1 ve%29.6, p= 0.0015), IL-10?un -1082 promotor gen bölgesinde bulunan GG genotipi (%22.9 ve%3.1, p= 0.015) ve IL-10?un -819 promotor gen bölgesinde bulunan CC genotipi (%59.3 ve %31.2, p= 0.023) doğal bağışıklık geliştiren grupta kronik HBV enfeksiyonu bulunan gruba göre istatistiksel olarak daha yüksek oranda bulunmuştur. Sonuç olarak, bu çalışmada araştırılan on üç sitokinden IL-1?, IL-4, IL-10 ve IFN-??nın promotor gen bölgelerindeki polimorfizmlerin HBV enfeksiyonunun seyri ile ilişkili olduğu ortaya konmuştur. Bu sitokinlerdeki polimorfizmlerin ortaya konmasının HBV ile enfekte olan bireylerin iyileşerek enfeksiyona karşı doğal bağışıklık mı geliştireceği veya enfeksiyonun kronikleşmesi ile mi sonuçlanacağının tespitinde önemli belirteçler olarak kullanılabileği gösterilmiştir.

Sifiliz tanısında kemilüminesan yönteminin performans değerlendirmesi

Cinsel yolla bulaşan hastalıklar ciddi komplikasyonlara ve ölümlere neden olarak toplum sağlığı için halen önemli bir sorun olmaya devam etmektedir. Bu hastalıklardan biri, etkeni Treponema pallidum olan sifilizdir. Hastalığın tanısında genellikle nontreponemal ve treponemal serolojik testler kullanılmaktadır. Son yıllarda kemilüminesan yöntemler kullanarak özgül treponemal antikorları saptayan otomatize sistemler geliştirilmiştir. Bu sistemler çok sayıda örnek ile sifiliz taraması yapan laboratuvarlarda yaygın olarak kullanılmaya başlanmıştır. Ancak bu testlerin değerlendirildiği sınırlı sayıda çalışma bulunmaktadır. Bu çalışmanın amacı, otomatize testlerden biri olan ve kemilüminesan immuno assay yöntemini kullanan ?Liaison® Treponema Screen? (CLIA) testinin performansını değerlendirmektir.Çalışma örnekleri Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Merkez Seroloji Laboratuvarı ve Kan Merkezi'ne Temmuz 2006-Temmuz 2011 tarihleri arasında sifiliz taranması amacı ile gönderilmiş serumlar arasından seçildi. Çalışmada CLIA testinin doğruluğu, duyarlılığı, özgüllüğü ve tekrarlanabilirliği değerlendirildi. Ayrıca, CLIA testinin düşük antikor seviyelerini saptamadaki performansının gözlenmesi amacıyla dilüsyon çalışması yapıldı. Buna ek olarak Kemilüminesan Mikropartikül Enzim İmmünolojik Testi (CMIA) ve CLIA testlerinin her ikisinde de pozitif saptanan örneklerin S/Co oranları arasında istatistiksel olarak bir uyum olup olmadığı araştırıldı.Çalışma sonucunda, CLIA testinin doğruluğu, duyarlılığı ve özgüllüğü sırasıyla %100, %100, %100 olarak saptandı. CLIA'nın gün içi ve günler arasında tekrarlanabilir sonuçlar verdiği belirlendi. Dilüsyon çalışmasında özellikle düşük antikor seviyelerini saptamada ?Architect® Syphilis TP? (CMIA) test performansının daha başarılı olduğu gözlendi. Ayrıca, CMIA ve CLIA S/Co oranları arasında orta düzeyde bir korelasyon olduğu saptandı.Sonuç olarak bu çalışmanın verilerine göre; CLIA yüksek doğruluk, duyarlılık ve özgüllük değerlerine sahip bir testtir. Çalışma içi ve çalışmalar arası tekrarlanabilirlik değerleri testin kendi prospektusunda ve FDA değerlendirme raporlarında bildirilen değerlerle uyum içindedir. Bu özellikleri ile CLIA testinin rutin seroloji laboratuvarlarında sifiliz taraması amacıyla kullanılmasının uygun olduğunu düşünmekteyiz. Ancak, antikor düzeyinin düşük olduğu ileri dilüsyonlarda CLIA'nın CMIA'ya göre daha kötü bir performans göstermesi, antikor seviyesi düşük olan hastaların yakalanmasında sorun oluşturabilir. Bu hipotezin gerçek hasta örnekleri ile yapılacak çalışmalarla desteklenmesi gereklidir.

Keratokonjonktivit yapan adenovirusların genotip prevalansı

Adenoviruslar insanda solunum sisteminde, gözde, üriner sistemde ve gastrointestinal sistemde enfeksiyonlara neden olabilmektedirler. Bunlar arasında en sık rastlanan keratokonjonktivitlerdir. Keratokonjonktivite sıklıkla genotip 3, 4, 8, 19 ve 37 neden olur. Adenovirus keratokonjonktivitleri çok bulaşıcıdır ve epidemilere neden olabilir. Bu yüzden tanının hızlı ve doğru yapılması önemlidir. Tanıda sıklıkla hızlı, duyarlı ve özgül bir yöntem olan PCR kullanılmaktadır. Genotipin belirlenmesi, spesifik tiplerle klinik tablo arasındaki ilişkiyi belirlemek ve virusun coğrafi dağılımını takip edebilmek açısından önemlidir. Bu konuda başta A.B.D ve Japonya kökenli olmak üzere yapılmış bir çok çalışma olmakla birlikte Türkiye ile ilgili veriler sınırlıdır. Bu çalışmada 2006-2010 yılları arasında Dokuz Eylül Üniversitesi Hastanesi'ne başvuran keratokonjonktivitli olgulardaki adenovirusların genotip prevalansının belirlenmesi amaçlanmıştır.Dokuz Eylül Üniversitesi Hastanesi Moleküler Mikrobiyoloji Laboratuvarı'na, 2006 Ocak ve 2010 Ağustos ayları arasında viral konjonktivit / keratokonjonktivit ön tanısı ile gönderilen 488 konjonktiva sürüntüsünden PCR ile adenovirus DNA pozitif bulunan 213 örnek (%44) çalışma grubunu oluşturmuştur. Bunlardan 101 tanesi (%47) randomize olarak seçilerek DNA dizi analizi ile genotiplendirilmiştir. Genotiplendirme için viral hexon geninin ?Hypervariable Region 7? (HVR-7) bölgesini de içeren ve genotipe göre farklılık gösteren 605-629 nükleotidlik fragman PCR ile saptanmış, elde edilen amplikonların sekans analizi yapılarak, referans ?Gen-Bank? dizileriyle birlikte filogenetik ağaç yardımıyla değerlendirilmiştir. Genotiplendirme çalışmaları Erasmus Üniversitesi Viroloji Departmanı'nda gerçekleştirilmiştir.Örneklerde 3, 4, 8, 11, 19, 22 ve 37 olmak üzere 7 adenovirus genotipi saptanmıştır. 101 örneğin %66.3'ünde genotip 8 ve %24.7'sinde genotip 4 bulunmuştur. Diğer beş genotip, örneklerin %8.9' unu oluşturmuştur. Genotip 8, 2008 dışındaki tüm yıllarda en sık saptanan genotip olurken, 2008 yılında en sık genotip 4'e rastlanmıştır.Genotip 8, 2006 ve 2010 yılları arasında merkezimizde en sık rastlanan genotip olmuştur. Daha önce yapılan çalışmalarda da genotip 8'in birçok ülkede hem sporadik enfeksiyonlar hem de salgınlar sırasında en sık rastlanan genotip olduğu bildirilmiştir. Türkiye'de oküler örneklerde adenovirus genotiplerini belirleyen iki adet çalışma vardır. Bu çalışmalarda incelenen örnek sayıları azdır ve çalışmalardan biri salgın incelemesidir. Her iki çalışmada da genotip 8 en sık saptanan genotip olmuştur.Çalışmamız bu konuda Türkiye'de yapılan ve yaklaşık 5 yıllık bir dönemde değişiklikleri inceleyen ilk kapsamlı çalışmadır. Çalışmanın kısıtlılıkları, tek merkezli olması ve hastaneye başvuran olguları değerlendirmesidir. Türkiye'de adenoviruslara bağlı göz enfeksiyonlarının epidemiyolojisini değerlendirmek için daha geniş kapsamlı çalışmalara ihtiyaç vardır.Anahtar Kelimeler: adenovirus, genotip, keratokonjonktivit

Dispeptik yakınmalı hastalarda helicobacter pylori varlığı, direnç ve virulans faktörlerinin moleküler yöntemler ile değerlendirilmesi

H. pylori'de klaritromisin direncinin tedavi başarısızlığının en önemli nedeni olduğu düşünülmektedir. Çalışmamızda H. pylori'yi saptamak ve 23S rRNA geninin A2142G (A2146G), A2142C (A2146C), A2143G (A2147G), A2143C ve A2144G pozisyonlarındaki nokta mutasyonlarına bağlı oluşan klaritromisin direncinin floresan in situ hibridizasyon (FISH) yöntemi, real-time PCR yöntemi, geleneksel kültür ve antimikrobiyal duyarlılık testleri ile belirlenmesi, cagA gen varlığının ve vacA genotiplerinin araştırılması amaçlanmıştır. Dokuz Eylül Üniversitesi Hastanesi Gastroenteroloji Polikliniği'ne dispeptik yakınmaları ile başvuran endoskopi endikasyonu konulan 234 (65 E, 169 K; yaş ortalaması 43.8±14.0) hasta çalışmaya alındı. Antrum ve korpus biyopsi örneklerine uygulanan hızlı üreaz testi, histopatoloji ve kültürün en az ikisinin pozitif olduğu olgular H. pylori enfeksiyonu olumlu olarak değerlendirildi. H. pylori suşlarının cagA pozitifliği PCR ile ürün uzunluğu 370-570 bp olarak saptandı. H. pylori suşlarının vacA genotipleri PCR ile ürün uzunlukları m1 bölgesi için 290 bp, m2 bölgesi için 350 bp, s1 bölgesi için 176 bp, s2 bölgesi için 200 bp olarak saptandı. Dört yüz altmış sekiz antrum ve korpus formalin-fikse-parafine-gömülü biyopsi kesitlerine FISH (BACTfish, Hungary) (23SrRNA gen bölgesinde 2143 ve 2144 pozisyonunda) yöntemi uygulandı. Dört yüz altmış sekiz antrum ve korpus biyopsi örneğinin DNA'ları QIAamp DNA mini kit ile ekstrakte edildi ve Real-time PCR (23SrRNA gen bölgesinde A2142G,A2142C,A2143G üç nokta mutasyonu) yöntemi uygulandı. İzole edilen H. pylori suşlarında klaritromisin duyarlılığı E-test ile değerlendirildi. En az iki test pozitifliğinde, 164 (%70.1) hasta H. pylori enfeksiyonu olumlu saptandı. Yüz altmış dört hastanın 114 (%69.5)'ü kültür olumlu, 137 (%83.5)'si FISH olumlu, 157 (%95.7)'si real-time PCR olumlu saptandı. Kültür duyarlılığı (%69.5) ve özgüllüğü (%100) ile karşılaştırıldığında, H. pylori'nin saptanmasında FISH yönteminin duyarlılığı (%83.5) daha iyi, özgüllüğü ise (%91.4) daha düşük saptandı. Real-time PCR yönteminin ise duyarlılığı %95.7, özgüllüğü %70 saptandı. H. pylori olumlu hastalarda antrum ve korpus birlikte değerlendirildiğinde; FISH ile klaritromisin direnci %20.2, E-test ile %28.0, real-time PCR ile %34.4 olarak saptandı. E-test ile, FISH arasındaki uyum %89.5, real-time PCR arasındaki uyum ise %75.4 saptandı. H. pylori kültür olumlu 114 hastadan 53 (%46.5)'ü cagA olumlu saptandı. Klaritromisin direnci ile cagA pozitifliği arasında ilişki saptanmadı. Yirmi-dokuz (%25.4) hastada vacA m1s1 genotipi (21 CagA+); bir (%0.9) hastada m1s2 genotipi; 40 (%35.1) hastada m2s2 genotipi (4 CagA+), 35 (%30.7) hastada m2s1 genotipi (25 CagA+), 9 hastada ise miks suş saptandı ve vacA genotipleri ile klaritromisin duyarlılığı arasında bir ilişki saptanmadı. vacA m1s1 ve m2s1 genotipi CagA pozitifliği ile, vacA m2s2 genotipi ise CagA negatifliği ile ilişkili saptandı. Sonuç olarak, FISH yöntemi geleneksel kültür yöntemi ile karşılaştırıldığında H. pylori'nin saptanmasında duyarlılığı belirgin şekilde arttırmaktadır. FISH dispeptik yakınmalı hastaların tanı ve tedavisinin belirlenmesinde hızlı karar verilmesi gerekliliği açısından kullanışlı, güvenilir ve yüksek duyarlılığa sahip bir tekniktir.

Flukonazol dirençli Candida albicans suşlarında atım pompalarını kodlayan genlerin ekspresyon düzeylerinin gerçek zamanlı polimeraz zincir tepkimesi ile araştırılması

Flukonazol Dirençli Candida albicans Suşlarında Atım Pompalarını Kodlayan Genlerin Ekspresyon Düzeylerinin Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Tepkimesi ile Araştırılması ÖZET Flukonazolün profilaksi ve sağaltımda yaygın ve tekrarlayan kullanımı, Candida albicans suşlarında direnç gelişimine yol açmıştır. Çalışmamızda, flukonazole dirençli ve duyarlı C. albicans izolatlarında atım pompalarını kodlayan CDR1, CDR2 ve MDR1 genlerinin ekspresyonu araştırılarak flukonazol direncinde bu mekanizmanın rolünün belirlenmesi amaçlanmıştır. Türkiye?de üç üniversite hastanesinde çeşitli klinik örneklerden soyutlanan beş flukonazol dirençli, altı duyarlı ve dört kısmi inhibisyon etkisi gösteren duyarlı C. albicans suşu çalışmaya dahil edildi. Suşların flukonazol, itrakonazol, ketokonazol, vorikonazol, mikonazol, klotrimazol, 5-flusitozin ve amfoterisin B MİK değerleri CLSI M27-A3 standartlarına göre uygulanan mikrodilüsyon yöntemi ile belirlendi. Flukonazole dirençli suşların duyarlılıkları siklosporin A içeren ve içermeyen ?yeast extract peptone dextrose? agarda flukonazol E-test ile de incelendi. CDR1, CDR2 and MDR1 genlerinin ekspresyonu gerçek zamanlı polimeraz zincir tepkimesi ile belirlendi. Bu genlerin ekspresyonu ?housekeeping? gen (ACT1) seviyeleri ile normalize edildi ve duyarlı C. albicans ATCC 14053 kontrol suşu ile karşılaştırıldı. Gruplardaki gen ekspresyonu verileri SPSS versiyon 15.0 yazılımı kullanılarak ?Mann-Whitney U? testi ile karşılaştırıldı. Flukonazole dirençli/kısmi inhibisyon etkisi gösteren duyarlı, dokuz suşun altısı 5-flusitozine dirençli ve duyarlı suşların ise biri hariç tümü 5-flusitozine orta duyarlı olarak bulunmuştur. Tüm suşların amfoterisin B?ye duyarlı ve bir izolat hariç tümünün klotrimazole de duyarlı olduğu görülmüştür. Flukonazole dirençli/kısmi inhibisyon etkisi gösteren duyarlı dokuz suşun yedisinin itrakonazol ve ketokonazole dirençli, mikonazol için ise ?64µg/ml MİK değerlerine sahip oldukları belirlenmiştir. Flukonazole duyarlı tüm suşlar ketokonazole duyarlı, itrakonazole doza bağımlı duyarlı bulunmuştur. Flukonazole dirençli ve duyarlı suşların vorikonazole duyarlı olduğu belirlenmiştir. C. albicans ATCC 14053 kontrol suşuna göre, flukonazole dirençli beş suşun ikisi yüksek, üçü ılımlı düzeylerde CDR1/2; biri yüksek, üçü ise düşük düzeylerde MDR1?i fazla eksprese etmiştir. Kısmi inhibisyon etkisi gösteren duyarlı suşlardan birinde görülen yüksek MDR1 ekspresyonu dışında, ılımlı düzeylerde CDR1, CDR2 ve MDR1 fazla ekspresyonu gözlenirken, duyarlı izolatlar üç suş dışında atım pompalarını düşük düzeylerde eksprese etmiştir. CDR1 ve CDR2 ekspresyon düzeylerinin aynı suş için tüm izolatlarda paralel olduğu belirlenmiştir. Çalışmamızda atım pompa genlerinin ekspresyonlarının flukonazole dirençli, kısmi inhibisyon etkisi gösteren ve duyarlı C. albicans suşları arasında farklı olduğu gözlenmesine rağmen, yapılan istatistik analizine göre gruplar arasında anlamlı bir fark saptanmamıştır (p>0.05). Sonuç olarak, çalışmamıza alınan flukonazole dirençli C. albicans suşlarında ERG11 mutasyonları ile birlikte atım pompalarının fazla ekspresyonunun dirençten sorumlu önemli mekanizmalar olduğu belirlenmiştir. Anahtar kelimeler: C. albicans, flukonazol direnci, atım pompaları

Klinik örneklerden izole edilen corynebacterium suşlarında antibiyotik dirençliliğinin moleküler karakterizasyonu

Amaç: Bu çalışmada, Karadeniz Teknik Üniversitesi, Tıp Fakültesi Farabi Hastanesi, Tıbbi Mikrobiyoloji laboratuvarına Ocak 2017- Şubat 2020 tarihlerinde değişik kliniklerden gönderilen çeşitli örneklerden klinik etken olarak izole edilmiş Corynebacterium cinsine ait 117 suşun antibiyotik dirençliliğinin moleküler karakterizasyonunun yapılması amaçlanmıştır. Metod: Bakteri identifikasyonu MALDI-TOF MS ile gerçekleştirilmiştir. Antibiyotik direnç genlerinin moleküler karakterizasyonu için tüm suşlarda EUCAST önerileri doğrultusunda KirbyBauer disk difüzyon yöntemiyle eritromisin, klindamisin, penisilin, siprofloksasin, gentamisin ile tetrasiklin, rifampisin, vankomisin ve linezolid dirençliliği fenotipik olarak gösterilmesini takiben bu antibiyotiklere dirençten sorumlu genlerin (ermB, ermX, ermA, ampC , mefA/E, gyrA, tetM, acc(3)-XI) varlığı polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ve kinolon direncinden sorumlu gyrA geni mutasyonları DNA dizi analizi ile saptandı. Sonuç: Şusların 46'sı (%39,3) solunum yolu örneklerinden, 38'i (%32.4) yoğun bakım ünitelerinden izole edilmiş ve 95'i (%81) C. striatum olarak tanımlanmıştır. Şusların 114'ü (%97,4) penisilin ve siprofloksasin, 112'si (%95,7) klindamisin, 105'i (%90,5) tetrasiklin 89'u (%76) gentamisin, ve 68'i (%58,1) eritromisin dirençli olup vankomisin ve linezolide duyarlılık %100 saptanmıştır. Şusların 116'sında (%99,1) ermX, 10'unda (%8,5) ermB ve 103'ünde (%88,1) acc(3)-XI gen varlığı gösterilmiş olup ermA, tetM, ampC ve mefA/E genleri saptanmamıştır. Şusların 50'sinde (%42,7) gryA genlerindeki mutasyonlar taranmış ve 17'sinde (%33,3) 87-fenilalanin ve 91-alanin mutasyonu; 22'sinde (%43,1) ise 87-fenilalanin ve 91-glisin mutasyonu tespit edilmiştir. Bir C. striatum ile beş C. aurimucosum suşunun gyrA genlerinin 99-prolin mutasyonu literatürde ilk kez bu çalışmada tespit edilmiş olup, bu mutasyonla beraber 87-izolösin mutasyonunun, tek başına 99-prolin mutasyonuna göre siprofloksasin ve moksifloksasin MİK değerini arttırdığı gözlenmiştir. Bu mutasyon 87-valin mutasyonu ile meydana geldiğinde ise tek başına 99-prolin mutasyonuna göre siprofloksasin ve moksifloksasin MİK değerini düşürdüğü saptanmıştır.

Phenotypic and genotypic biofilm formation characteristic of acinetobacter baumannii isolated from intensive care units

Acinetobacter baumannii is a significant pathogen commonly associated with nosocomial infections. Its ability to form biofilms enables it to survive in hospital settings and poses challenges for eradication. This study aimed to investigate the structural characteristics of biofilm formation in imipenem, meropenem, amikacin, gentamicin, levofloxacin, ciprofloxacin, trimethoprim/sulfamethoxazole, tigecycline and colistin resistant A. baumannii isolates from intensive care units (ICUs) and identify the genetic backgrounds contributing to biofilm formation. A total of 52 clinical A. baumannii isolates obtained from ICUs at Baskent University Ankara Hospital were included in the study. Antibiotic susceptibilities were tested, and biofilm formation ability was assessed using the crystal violet staining method. Additionally, biofilms were visualized under scanning electron microscope (SEM). Biofilm viability was measured using the MTT assay, and the presence of biofilm-related genes, including blaCsuE, blaOmpA, blaabaI, blapgaA, blabap, and blaPer1, was detected using PCR. Among the 52 A. baumannii isolates, 96.1% demonstrated biofilm formation ability. The biofilm-related genes blabap and blaabaI were detected in 98% of the isolates. Following these, blaOmpA and blaCsuE were present in 96.1% and 94.0% of the isolates, respectively. The presence of blapgaA and blaPer1 was observed in 50.0% and 40.3% of the isolates, respectively. The MTT assay revealed varying viability percentages ranging from 13.5% to 112.4%. Understanding the presence and relationships between these factors is crucial for developing novel approaches to prevent and manage A. baumannii infections. Attention should be directed towards the genes involved in biofilm formation to devise effective strategies for combating this pathogen

Susceptibility of acinetobacter baumannii to several disinfectants

Acinetobacter baumannii is a Gram-negative bacterium known for its ability to cause severe nosocomial and community acquired infections. In recent years, the rise in multidrug-resistant strains of A. baumannii has posed significant challenges to infection control and patient management. Disinfection plays an important role in preventing the transmission of A. baumannii within healthcare settings. However, the susceptibility of this pathogen to commonly used disinfectants depend on several factors such as the specific disinfectant, concentration, contact time, and the presence of biofilms. The susceptibility of A. baumannii to disinfectants is often influenced by its intrinsic characteristics, such as the production of efflux pumps, outer membrane impermeability, and the presence of resistance mechanisms. These factors can contribute to reduced susceptibility or resistance to disinfectants, rendering traditional disinfection methods less effective. This study aimed to evaluate the susceptibility of A. baumannii strains to two kinds of disinfectants (Oxivir excel foam®, chlortab®) that are currently in use at Başkent University Hospital Ankara, by determining minimum inhibitory concentrations (MICs) and minimum bactericidal concentrations (MBCs) using broth microdilution method. According to our results all strains were susceptible to tested disinfectants. According to the MBC/MIC ratio which were less than 4, both of disinfectants showed bactericidal activity. The susceptibility of A. baumannii to biocides which are currently used at hospitals should be determined periodically, this strategy will be successful in the management of infection control, and it will allow us to identify whether there is resistance to disinfectants or not, allowing change the disinfectants if there are decreases in susceptibility.

Phenotypic and genotypic analysis of macrolide-lincosamide-streptogramin B resistance among methicilin-resistant staphylococcus aureus and methicilin-susceptible staphylococcus aureus isolates

Methicillin-resistant Staphylococcus aureus strains pose a serious treatment problem because of their multidrug resistance. The rapid transmission of the erm gene leading to macrolide lincosamide streptomycin B (MLSB) resistance severely limits the clinical application of traditional macrolides such as erythromycin. In this study, we aimed to characterize the MLSB phenotype and genotypic resistance genes of MRSA and MSSA isolates from Baskent University Hospital, and resistance rates of MSSA and MRSA isolates were compared. The study included 50 MSSA and 50 MRSA isolates collected between 2016 and 2022 from Baskent University in Ankara and Adana Hospitals. First, the S. aureus isolates were confirmed by catalase and coagulase tests, and the MRSA and MSSA isolates were confirmed by cefoxitin disc diffusion test. To determine the MLSB resistance, isolates were tested for clindamycin and erythromycin resistance using the disk diffusion (D test) test. According to D test, resistance phenotypes were detected and resistant phenotypes were screened for resistance genes using polymerase chain reaction (PCR). PCR amplification was made using primers specific for ermA, ermB, ermC, and msrA genes. Among 50 MRSA isolates, 25 (50%) isolates were resistant to erythromycin with D zone positivity and susceptible to clindamycin indicating inducible iMLSB phenotype. And 2 (4%) isolates were resistant to clindamycin and erythromycin without the D zone indicating constitutive cMLSB phenotype. Twenty-two (44%) isolates were susceptible to clindamycin and erythromycin with D-zone negative indicating S phenotype. Only one isolate (2%) was susceptible to clindamycin and has erythromycin resistance with absence of D-zone indicating MSB phenotype. Among all 50 MSSA isolates, 8 (16%) isolates showed iMLSB phenotype which were resistant to erythromycin with D zone positivity. Two (4%) isolates showed cMLSB phenotype which were resistant to both antibiotics without D zone. There were 40 (80%) isolates that were susceptible to clindamycin and erythromycin without D zone indicating S phenotype. We examined resistance genes in 28 MRSA and 10 MSSA isolates out of a total 38 isolates for resistance genes. For MRSA, ermC was positive in 25 isolates (89.3%) and positive for 4 MSSA isolates (40%). The second common gene was ermA; it was detected in 4 MSSA isolates (40%) and was not detected in MRSA isolates. msrA gene was positive in one MRSA isolate with MSB phenotype. All samples were negative for the ermB gene. In conclusion, iMLSB phenotype was the most common phenotype and it was more common in MRSA isolates in the present study that were carried out in the isolates from Ankara and Adana, Turkey. Among resistance genes for MLSB resistance, the most frequent gene was ermC. ermA positivity was less and ermB was not detected. Therefore, we can say that the ermC gene is more common in this region.

Bruselloz ve atipik pnömoni şüpheli hastalarda coxıella burnetıı antikor varlığının ELISA ve IFA yöntemleri ile araştırılması

Q ateşi, asemptomatikten, akut ve öldürücü kronik enfeksiyonlara kadar değişebilen klinik formlarda seyredebilen zoonotik bir enfeksiyondur. Klinik bulgularının özgül olmaması, tanının konulabilmesi için laboratuvar testlerine gereksinim olması, veterinerler ve hekimler arasında hastalığa karşı farkındalık eksikliği gibi pek çok faktör nedeniyle, hastalığın yeterli oranda tanısı konulamamaktadır. Bu çalışmada, Ocak 2013 ile Ağustos 2013 tarihleri arasında Dokuz Eylül Üniversitesi Hastanesi Seroloji Laboratuvarı?nda çalışılan ve Brucella, Mycoplasma ve Chlamydia enfeksiyonları açısından negatif saptanan, Q ateşi ile uyumlu klinik ve laboratuvar bilgileri olan 84 hastanın serumunda, ELISA ve IFA yöntemleriyle C. burnetii?ye ait antikor varlığı araştırılmıştır. 1-67 yaşları arasındaki (yaş ortalaması: 30.00±21,764 yıl ) çalışma grubunda 46 kadın (%54.8) ve 38 erkek (%45.2) hasta bulunmaktadır. C. burnetii IgM ve IgG antikor varlığı ELISA ve IFA yöntemlerinin her ikisi ile de sırasıyla üç (% 3.6) ve dokuz (%10.7) hastada pozitif bulunmuştur. ELISA yöntemiyle, IgG antikorlarında iki hastada (%2.4) yalancı pozitiflik saptanmıştır. Kadınlarda IgM ve IgG tipi antikorların pozitiflik oranı sırasıyla % 2.2 ve % 8.7 bulunurken, erkeklerde bunlar sırasıyla % 5.3 ve % 13.2 olarak bulunmuş olup farklılıklar istatistiksel yönden anlamsız bulunmuştur (p>0.05). C. burnetii?ye karşı oluşan antikorların çocuk ve erişkin hastalara göre dağılımı incelendiğinde, IgM antikorları açısından çocuk ve erişkin hastalarda istatistiksel olarak anlamlı bir fark saptanmazken (p>0.05), IgG antikorlarına sadece erişkinlerde ve %16.1 oranında rastlanmıştır ve bu durum istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur (p<0.05). IgM antikoruna en fazla 21-40 yaş arasında (%14.3) rastlanırken, IgG antikoruna ise en fazla 41-60 yaş arasında (%19.2) rastlanmıştır. Çalışmamızda sekiz hastada geçirilmiş enfeksiyon ile uyumlu IgG tipi antikorlara rastlanırken, iki hastada yalnızca IgM tipi antikorlara rastlanmıştır. Faz II IgM >1:50 ve faz II IgG >1:200 olan bir hastada ise, antikardiyolipin antikorlarının eşlik ettiği akut Q ateşi ile uyumlu klinik ve serolojik bulgular mevcuttur. Sonuç olarak, farklı klinik tablolara yol açabilen bu hastalığın tanısını atlamamak için, hayvanlarla teması olan riskli grupların yanı sıra nedeni bilinmeyen ateş olgularında, bruselloz şüpheli klinik bulguları olanlarda, influenza benzeri hastalıklarda, atipik pnömonide, hepatitte ve endokarditli olgularda Q ateşinin araştırılması gerektiğini düşünmekteyiz. Anahtar kelimeler: Q ateşi, ELISA, IFA, bruselloz, atipik pnömoni

Klinik örneklerden izole edilen tüberküloz dışı mikobakterilerin dizi analizi ile tanımlanması

Geçmişte hastalık etkeni olarak değerlendirilmeyen Tüberküloz dışı mikobakterilerin (TDM), günümüzde bağışıklık sistemini baskılayan hastalık ve tedavilerin artmasına bağlı olarak giderek artan sıklıkta enfeksiyon etkeni olarak izole edildiği görülmektedir. TDM?lerin oluşturdukları klinik tablolar ve tedavi protokolleri çok çeşitlilik gösterdiğinden tür düzeyinde tanımlanmaları gerekmektedir. Çalışmamızda, TDM?lerin tanımlanmasında altın standart olarak kabul edilen DNA dizi analizi ile izolatların tür düzeyinde identifiye edilmesi amaçlanmıştır. 2004-2010 yılları arasında Dokuz Eylül Üniversitesi Hastanesi Merkez Laboratuvarında solunum yolu örneklerinden izole edilmiş olan 156 adet TDM izolatı LJ besiyerine pasajlanarak üretildi. DNA ekstraksiyonlarının ardından 65-kDa luk ısı şok proteinini kodlayan hsp65 gen bölgesinin 441 bp uzunluğundaki parsiyel bölgesi polimeraz zincir tepkimesi ile çoğaltıldı. hsp65 gen sekanslaması hizmet alımı ile gerçekleştirildi. Elde edilen DNA dizileri Genbank?tan indirilen referans mikobakteri hsp65 gen bölgesi dizileri ile karşılaştırılarak hizalandı. Hizalanmış DNA dizileri, BLAST programı ile analiz edilerek 156 adet izolat tür düzeyinde tanımlandı. Referans diziler ile karşılaştırılan izolatlardan 37?si %100, 111?i %99, dördü %98 ve birer tanesi ise %97, %95, %93 %90 uyumluluk ile tanımlandı. Çalışmaya alınan 156 izolatın tamamı hsp65 gen bölgesi sekans analizi ile belirlendi. Çalışmada 13 farklı TDM türü ve 2 farklı Nocardia türü olmak üzere, toplam 15 farklı tür saptandı. En fazla izole edilen TDM türü 69 (%44,2) adet ile M.abscessus oldu. Bunu sırasıyla 26 (%16,7) izolat ile M. xenopi, 17 (%10,9) izolat ile M.peregrinum, 13 (%8,3) izolat ile M. fortuitum, 6 (%3,8) izolat ile M. intracellulare, 5 (%3,2) izolat ile M.simiae, 5 (%3,2) izolat ile M. lentiflavum, 3 (%1,9) izolat ile N.cyriacigeorgica, 3 (%1,9) izolat ile M.avium, 2 (%1,3) izolat ile N. abscessus, 2 (%1,3) izolat ile M. chelonae, 2 (%1,3) izolat ile M. bolletii ve birer (%0,6) adet olmak üzere M. senegalense, M. porcinum ve M. kansasii?nin takip ettiği belirlendi. Sonuç olarak TDM türlerinin tanımlanmasında hsp65 gen bölgesinin parsiyel DNA dizi analizinin yeterli ve başarılı olduğu kanaatine varıldı.

Streptococcus salivarius K12 kullanımının ağız sağlığına etkisinin değerlendirilmesi

Probiyotik mikroorganizmaların, sistemik hastalıklar üzerinde iyileştirici etkisi ve bağışıklık sistemini desteklemesi çalışmalarla gösterilmiştir. Oral mikrobiyotadaki etkisine yönelik ise dişler ve çevresindeki yumuşak dokular üzerinde biyofilm tabakanın oluşumunun önlenmesine yönelik tartışmalı sonuçlar bulunmaktadır. Bu nedenle, bu tez çalışmasının birincil amacı karyojenik diyet sonrası değişen oral mikrobiyotada Streptococcus salivarius K12 diye bilinen oral probiyotiğin kullanımının Streptococcus mutans ve Lactobacillus türlerinin sayısı üzerindeki etkisinin değerlendirilmesidir. Ayrıca, ikincil amacı da probiyotik bırakıldıktan sonra da benzer etkinin sürüp sürdürmediğinin değerlendirilmesidir. Çalışma randomize, kontrollü, takip süreli ve kesitsel tasarlanmış bir hayvan çalışmasıdır. Çalışmaya 3-5 aylık dişi Sprague-Dawley türünden 32 adet sıçan dahil edilmiş ve karyojenik diyet ile probiyotik değişkenlerine göre 4 gruba dağıtılmıştır. Bu gruplar: (G1) Karyojenik diyet ve probiyotik uygulanan grup, (G2) Karyojenik diyet uygulanan, probiyotik uygulanmayan grup, (G3) Karyojenik diyet uygulanmayan, probiyotik uygulanan grup, (G4) Karyojenik diyet ve probiyotik uygulanmayan gruptur. Çalışma dahilinde karyojenik diyet uygulanan gruplarda sıçanlar, 2 ay boyunca sükroz ağırlıklı yem ile beslenmiştir. Probiyotik uygulanan gruplarda ise S. salivarius K12 içeren probiyotik tablet çözünmüş suları 1 ay boyunca içmeleri sağlanmıştır. İki aylık takip sürecinde, dahil edilen tüm sıçanlardan deney başlamadan önce (T0), 1 aylık (T1) ve 2 aylık (T2) takip süreci sonunda pipetaj yöntemi ile ağız içi örnekler alınmıştır. Alınan tüm örneklerden DNA izolasyonu yapılarak elde edilen DNA izolatlarındaki S. mutans, S. salivarius ve Lactobacillus türlerinin nicel miktarları gerçek zamanlı kantitatif polimeraz zincir reaksiyonu (kPZR) ile analiz edilmiştir. Gerçek zamanlı kPZR analizi sırasında kullanılacak olan S. mutans, S. salivarius ve Lactobacillus türlerine özgü primer ve prob tasarımları yapılmış ve 'TaqMan' problarının kullanıldığı standart örnekler de dahil bütün reaksiyonlar 2 tekrarlı olarak çalışılmıştır. Gerçek zamanlı kPZR analizinden elde edilen verilerin gruplar arası karşılaştırmasında Lactobacillus türlerine ait veriler 'Friedman' sıralamalı iki yönlü varyans analizi, S. salivarius verileri de 'Kruskal-Wallis' varyans analizi ile test edilmiştir. S. salivarius verilerinin grup içi değerlendirilmesinde de 'Friedman' sıralamalı iki yönlü varyans analizi ve Bağımlı Örneklem T-testi ile istatistiksel analizler yapılmıştır. Tüm sonuçlar için istatistiksel anlamlılık düzeyi p<0.05 olarak kabul edilmiştir. İstatistiksel analiz sonucunda, Lactobacillus türlerine yönelik T0 (p=0.131; p≥0.05), T1 (p=0.676; p≥0.05) ve T2 (p=0.435; p≥0.05) dönemlerinde alınan örneklerde gruplar arasında ve her grupta kendi içerisinde zamana bağlı değişimi açısından değerlendirildiğinde G1 (p=0.430; p≥0.05), G2 (p=0.325; p≥0.05), G3 (p=0.882; p≥0.05) ve G4 (p=0.368; p≥0.05) istatistiksel fark görülmemiştir. S. salivarius verilerinin istatistiksel analizi sonucunda T0 (p=1; p≥0.05) döneminde istatistiksel fark görülmezken; T1 (p<0.05) ve T2 (p<0.05) dönemlerinde gruplar arasında istatistiksel fark görülmüş ve probiyotik uygulanan tüm gruplarda (G1-G2: p=0.002, G1-G4: p=0.002, G2-G3: p=0.001, G3-G4: p=0.001; p<0.05) istatistiksel olarak anlamlı fark görülmüştür. Grup içi karşılaştırma sonuçlarına göre, S. salivarius için probiyotik uygulanan G1 ve G3 gruplarında sırasıyla T0-T1 (p=0.018; p<0.05), T0-T2 (p=0.003; p<0.05) ve T0-T1 (p=0.03; p<0.05), T0-T2 (p=0.043; p<0.05) için farklı takip sürelerinde alınan örnekler arasında istatistiksel fark görülürken, yine sırasıyla G1 ve G3 gruplarında T1-T2 (p=1; p≥0.05) ve T1-T2 (p=0.448; p≥0.05) arasında istatistiksel fark görülmemiştir. S. mutans verileri incelendiğinde gruplarda kolonizasyon gözlenmemiştir. Hayvanlar üzerinde yürütülen bu çalışmanın sonuçlara göre, probiyotik kullanan gruplarda ise S. salivarius kolonizasyonunun anlamlı derecede yüksek olduğu ve probiyotik bırakıldıktan sonra bile etkisinin devam ettiği görülmüştür. Ayrıca, Lactobacillus sayısının da hem karyojenik diyet hem de probiyotik uygulanmasından etkilendiği ve anlamlı derecede olmasa da artış gösterdiği görülmüştür. Sonuç olarak, bu çalışma S. salivarius K12 probiyotik mikroorganizmanın oral mikrobiyota kolonizasyonunu gösterdiğinden, klinik çalışmalar için öncü çalışma olma niteliği taşımaktadır.

Atılım pompalarını fazla eksprese eden flukanazol dirençli/doza bağımlı duyarlı candida albicans suşlarında bu genlerin transkripsiyon faktörlerindeki mutasyonların araştırılması

Günümüzde, bağışık yanıtı bozulmuş hastaların sayısı ve bu hastalarda görülen Candida albicans infeksiyonlarının sıklığı artmaktadır. Buna paralel olarak, yan etkisi az ve iyi tolere edilen bir antifungal olan flukonazolün kullanımında artış ve direnç görülmektedir. C. albicans'da en sık görülen flukonazol direnç mekanizması CDR1, CDR2 ve MDR1 genlerinin aşırı ekspresyonu ve bu genlerin kodladığı Cdr1, Cdr2 ve Mdr1 pompaları ile ilacın hücre dışına atılmasıdır. Bu genlerde görülen aşırı ekspresyona, transkripsiyon faktörleri olan Tac1p ve Mrr1p'yi eksprese eden TAC1 ve MRR1 genlerinde görülen nokta mutasyonların neden olduğu bildirilmektedir. Bu çalışmada flukonazole duyarlı altı, kısmi inhibisyon etkisi gösteren duyarlı dört ve dirençli altı adet olmak üzere toplam 17 C.albicans suşunun TAC1 ve MRR1 gen bölgelerinin polimeraz zincir tepkimesi ve dizi analizi ile mutasyonlar açısından incelenmesi amaçlanmıştır. Araştırmanın sonucunda çalışılan suşlardan flukonazole dirençli olup Cdr1 ve Cdr2 pompalarını aşırı eksprese ettiği gösterilen iki tanesinde, TAC1 geninde aşırı ekspresyona neden olduğu bildirilmiş R673Q ve A736V mutasyonları saptanmıştır. Çalışılan suşlardan flukonazole dirençli olup Mdr1 pompasını aşırı eksprese ettiği bilinen bir tanesinin MRR1 gen bölgesinde ise yine fazla ekspresyona neden olduğu saptanmış P683H mutasyonu belirlenmiştir. Sonuç olarak, çalışmamıza alınan flukonazole dirençli C. albicans suşlarında, atılım pompalarını kodlayan genlerin transkripsiyon faktörlerinde görülen nokta mutasyonlarının, flukonazol direncinde önemli rol oynadığı belirlenmiştir. Anahtar kelimeler: Candida albicans, flukonazol direnci, atılım pompaları, transkripsiyon faktörleri, TAC1, MRR1, cdr1, cdr2, mdr1

Gastroenteroloji kliniğine başvuran hastalardan alınan mide biyopsi örneklerinde helicobacter pylori sıklığının ve virulans genlerinin araştırılması

Dünya nüfusunun yarıdan fazlası Helicobacter pylori (H.pylori) ile enfektedir ve non-ülser dispepsi, peptik ülser, gastrik kanser ve MALT lenfoma gibi çeşitli mide-duedonum hastalıklarının gelişimi ile doğrudan ilişkilidir. H.pylori enfeksiyonları özellikle gelişmekte olan ülkelerde olmak üzere önemli bir sağlık sorunudur. Bakteri ve konak faktörleri ile çevresel faktörler arasındaki etkileşimlerin, kişilerdeki farklı klinik sonuçların belirlenmesinde önemli rol oynadıkları düşünülmektedir. H.pylori enfeksiyonlarının patogenezinde önemli rol oynayabilen vacA ve allelleri, cagA, cagE, iceA ve allelleri ve babA2 gibi çeşitli virulans genleri tanımlanmıştır. Bu çalışmada, 176 hastanın [ endoskopik olarak gastrik/duodenal mukozal hasarı olan (gastrik/duodenal ülser, gastrik/duodenal erozyon, duodenit, gastrit, özefajit; Grup1, n=89) ve olmayan (Grup2, n=87)] mide biyopsi örneklerinde H.pylori sıklığının ve başlıca virulans genlerinin Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile belirlenmesi amaçlandı. Hastaların yaş ortalamaları 37.93 ± 15.31 idi ve %59.7'si kadındı. H.pylori sıklığının kadınlarda %52.4 ve erkeklerde %50.7 olmak üzere hastaların tamamında %51.7 olduğu görüldü. 93 izolatın 70'inde (%75.3) vacA s1a alleli, 58'inde (%62.4) m2 alleli bulundu. Suşların hiçbirinde s1c genotipi bulunamadı. Çalışılan izolatlar arasında cagA, cagE, iceA1, iceA2 ve babA2 genotiplerinin sıklığı sırasıyla %88.2, %96.8, %33.3, %35.5 ve %88.2 idi. Grup1 hasta izolatlarında en yaygın görülen vacA allellik kombinasyonunun 29 (%53.7) suş ile s1a/m2, Grup2 hasta izolatlarında ise 12 suş ile (%30.8) s1a/m1a olduğu görüldü. Sonuç olarak vacAs1a/m2 allellik kombinasyonu Grup1 hastalarında Grup2'ye göre istatistiki olarak anlamlı şekilde yüksek bulundu. En baskın genotip kombinasyonu vacAs1, cagA, cagE, babA2 ve iceA1 birlikteliği olarak bulundu.

Farklı primerler ve DNA izolasyon yöntemleri kullanarak polimeraz zincir reaksiyonu yöntemiyle dışkı örneklerinde helicobacter pylori varlığının araştırılması ve sonuçların immünokromatografik yöntemle karşılaştırılması

H. pylori, kronik gastrite, gastroduodenal ülsere, gastrik adenokarsinoma ve lenfomaya neden olabilen karsinojenik bir bakteri olarak değerlendirilmektedir. Helicobacter pylori tanısında kesin olarak belirlenmiş altın standart bir test olmayışı nedeniyle günümüzde hala tanıda ve tedavi başarısının izlenmesinde endoskopi gerektiren testler referans olarak kullanılmaktadır.Bu çalışmada hastalardan Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Hasta Hizmetleri Laboratuvarı'na gönderilen ve antijen aranması esasına dayalı bir immunokromatografik yöntemle H. pylori açısından incelenen gaita örneklerinde, farklı primerler ve DNA izolasyon metotları kullanarak, konvansiyonel PCR ve real time PCR yöntemleriyle H. pylori varlığının araştırılması ve sonuçların karşılaştırılması amaçlandı.DNA izolasyonunda, fekal DNA izolasyon kiti (Epicentre) ve fenol kloroform ekstraksiyonu ve etanol presipitasyon yöntemi kullanıldı. Fekal DNA izolasyon kiti ile DNA izolasyonunda başarı sağlanamadı. Fenol-kloroform ekstraksiyonu ve etanol presipitasyonu yöntemiyle başarılı bir şekilde DNA izole edildi.vacA, ureA, ureC gen bölgelerine özgül primerler ile yapılan konvansiyonel PCR çalışmalarında, ureA geninin 411 bp uzunluğundaki fragmentini hedef alan HPU1-HPU2 primer çiftinin başarılı olduğu belirlendi.Çalışmaya dahil edilen 54 örnekten 43'ü HpSA testi ile, 42'si ureA PCR ile, 34'ü real time PCR ile H. pylori pozitif olarak belirlendi.Mide biyopsi örneğinin mikrobiyolojik inceleme sonuçlarını standart olarak kabul ettiğimizde duyarlılık ve özgüllükleri sırasıyla HpSA testinin %100 ve %46.15, ureA PCR'ın %92.86 ve %53.85, real time PCR'ın ise %92.86 ve %46.15 olarak hesaplanıştır.HpSA ile ureA PCR sonuçları arasındaki uyum %76, HpSA ile real time PCR sonuçları arasındaki uyum ise %80 olarak bulunmuştur.Çalışma sonucunda, H. pylori tanısında noninvaziv yöntem olarak gaita örneklerinde H. pylori DNA'sının gösterilmesinin antijen testi kadar tanı değerine sahip olduğu görülmüştür. Bununla birlikte avantajları nedeniyle HpSA testinin kullanılmasının daha mantıklı olduğu yargısına varılmıştır

Karbapenem dı̇rençlı̇ Klebsı̇ella pneumonı̇ae izolatlarında profaj izolasyonu ve karakterı̇zasyonu

Karbapenem dirençli Klebsiella pneumoniae (KDKP), hem intrinsik mekanizmaları hem de kazanılmış direnç geliştirme yetenekleri nedeniyle dünya genelinde ciddi bir halk sağlığı tehdidi oluşturmaktadır. Bu tez çalışmasında, Başkent Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı kültür koleksiyonunda yer alan ve çeşitli klinik örneklerden izole edilen 20 KDKP suşu, profaj varlığı açısından değerlendirilmiştir. UV, mitomisin C, levofloksasin ve siprofloksasin ile yapılan geleneksel indüksiyon işlemlerinde çift katmanlı teknikle plak oluşumu gözlenmemiş; MTT boyama yöntemiyle plak benzeri yapılar saptanmış ancak yeterli miktarda faj elde edilememiştir. Bu nedenle farklı sekans tiplerine sahip dört izolat seçilerek tam genom sekanslamaya alınmış ve toplam 19 profaj dizisi tespit edilmiştir. Profajların 14'ü "tam", 2'si "şüpheli", 3'ü ise "kısmi" olarak sınıflandırılmış; kısmi profajlar değerlendirme dışı bırakılmıştır. Seçilen izolatlara daha önce izole edilen litik fajlarla yeniden indüksiyon yapılmış ve 13 profajın aktif hale geçtiği in silico analizlerle doğrulanmıştır. Böylece bazı profajların klasik yöntemlerle tespit edilemese de moleküler düzeyde indüklenebilir olduğu gösterilmiştir. Tam genom analizlerinde, profajlarda doğrudan antibiyotik direnç genlerine rastlanmamış; ancak virülans faktörleri, stres yanıtı proteinleri, regülasyon ve savunma ile ilişkili çeşitli genlerin bulunduğu belirlenmiştir. Ayrıca bazı profajlarda anti-CRISPR proteinleri, tRNA genleri ve yatay gen transferiyle ilişkili mobil genetik elemanlar tespit edilmiştir. Bu öğelerin, doğrudan direnç geni taşımamasına rağmen, bakterinin çevresel streslere ve antibiyotik baskısına karşı adaptasyonunu kolaylaştırarak direnç gelişimine dolaylı yoldan katkı sağlayabileceği düşünülmüştür. Pangenom analizleri ise bu profajların yüksek genetik çeşitlilik gösterdiğini ve çoğunlukla esnek gen havuzunda yer alan kabuk genleri taşıdığını ortaya koymuştur. Elde edilen bulgular, KDKP genomlarında bulunan profajların moleküler düzeyde aktif, klasik yöntemlerle her zaman tespit edilemeyen ancak konak bakterinin evrimsel başarısına çok yönlü katkılar sunabilen mobil genetik elemanlar olduğunu göstermiştir

Kandan izole edilen enterokok suşlarının antimikrobiyal duyarlılıkları ve biyofilm oluşturma yeteneklerinin karşılaştırılması: Üç merkezli çalışma

Enterokoklar enfektif endokardit ve kateter ilişkili kan dolaşımı enfeksiyonları gibi mortal enfeksiyonlarda önemli patojenlerdir. Bu enfeksiyonların tedavisinde, sinerji koşullarının sağlanması halinde, beta-laktam/glikopeptit ve aminoglikozit kombinasyonu önemli bir tedavi seçeneğidir. Çalışmamızda kan kültürlerinden elde edilen, 3 farklı merkezden toplam 90 enterokok izolatı (45 Enterococcus faecalis ve 45 Enterococcus faecium) çeşitli demografik özellikler, kan kültürü sinyal pozitifleşme süreleri, antibiyotik duyarlılık profilleri ve bazı antibiyotik direnç genleri, biyofilm oluşturma kabiliyetleri ve biyofilm oluşumu-antibiyotik direnç ilişkisi açısından değerlendirilmiştir. Demografik açıdan E. faecalis izolatları kadın hastalara kıyasla erkek hastalardan anlamlı şekilde daha fazla izole edilmiştir. İzolatların %27,8'i cerrahi bölümlerdeki hastalardan %72,2'si dahili bölümlerdeki hastalardan elde edilmiştir. Dahili branşlardan onkoloji (%16,7) ve nefroloji (%13,3) başı çeken branşlar iken cerrahi branşlardan en sık kardiyovasküler cerrahi (%11,1) ve genel cerrahi (%8,9) branşlarından gelen izolatlara rastlanılmıştır. Antibiyotik duyarlılık profilleri değerlendirildiğinde E. faecalis izolatlarında glikopeptit direncine rastlanmazken E. faecium izolatlarının %31,1'inde glikopeptit direnci gözlenmiştir. Yüksek düzey gentamisin ve streptomisin direnç oranları E. faecalis için sırasıyla %24,4 ve %26,7 iken E. faecium için sırasıyla %66,7 ve %77,8'dir. Özellikle yüksek düzey gentamisin ve streptomisin direnç oranları açısından merkezler arasında da önemli farklılıklar gözlenmiştir. Bu farklılıklar beta-laktam/glikopeptit-aminoglikozit sinerjisi açısından tedavi rejimi seçimlerini etkileyebilecek olmasından ötürü önemlidir. Araştırılan direnç genleri açısından ise belirgin bir homojenite gözlenmiştir. Fenotipik glikopeptit direnci gösteren izolatların tümünde vanA geni izlenirken, fenotipik yüksek düzey gentamisin direnci gösteren izolatların %92,7'sinde aac(6')-Ie-aph(2'')-Ia genine ve fenotipik yüksek düzey streptomisin direnci gösteren izolatların ise %95,6'sında ant(6')-Ia genine rastlanmıştır. Bu bulgu bakteriyemi etkeni enterokoklarda yüksek düzey gentamisin direncinden çoğunlukla aac(6')-Ie-aph(2'')-Ia; yüksek düzey streptomisin direncinden ise çoğunlukla ant(6')-Ia geninin sorumlu olduğunu düşündürmüştür. Biyofilm oluşturma oranları açısından E. faecalis ve E. faecium izolatları arasında anlamlı farklılık (sırasıyla %100 ve %55,6) gözlenmiştir. Bu farklılık biyofilm oluşumunun gücünde de gözlenmiş ve E. faecalis izolatlarının %35,6'sı güçlü biyofilm oluştururken E. faecium izolatlarında güçlü biyofilm oluşumu gözlenmemiştir. Biyofilm oluşumunun çeşitli yollarla antimikrobiyal dirence yol açabileceği bilinmektedir. Çalışmamızda güçlü biyofilm oluşturan E. faecalis izolatları arasındaki YDGD oranı (%50), orta düzeyde biyofilm oluşturan izolatlar arasındaki YDGD oranından (%10) istatistiksel olarak anlamlı şekilde yüksek bulunmuştur. Biyofilm oluşturan ve oluşturmayan izolatlarının antibiyotik duyarlılıkları arasındaki farklar istatistiksel olarak anlamlı bulunmamıştır. Bununla birlikte, kinupristin-dalfopristin duyarlılıkları (biyofilm oluşturan ve biyofilm oluşturmayan E. faecium izolatları için sırasıyla %52 ve %80) arasındaki fark istatistiksel anlamlılık sınırına yakın bulunmuştur (p=0.051). İstatistiksel olarak anlamlı olmamakla birlikte siprofloksasin, kinupristin-dalfopristin ve yüksek düzey gentamisin direnç oranları orta güçte biyofilm oluşturan E. faecium izolatlarında, zayıf veya hiç oluşturmayan E. faecium izolatlarına kıyasla daha yüksek görülmüştür. Enterokoklarda özellikle E. faecalis'te feromon aracılı konjugasyonun özel ve önemli bir gen aktarımı mekanizması olduğu, biyofilm oluşumunun ise bu mekanizmanın gelişme ihtimalini artırdığı düşünülmektedir. Nitekim literatürde bu yolla gen aktarımı yapan plazmitlerde tetrasiklin, vankomisin ve yüksek düzey gentamisin direnç genlerinin taşınabildiği belirtilmiştir. Bizim çalışmamızın sonuçları bazı izolatların bu mekanizma aracılığı ile -ve belki de bu plazmitler aracılı- bazı antibiyotiklere karşı direnç kazanmış olabileceğini düşündürmektedir. Eravasiklin; linezolid ve vankomisin dirençliler de dahil olmak üzere enterokoklar üzerine oldukça etkili, yeni geliştirilmiş florosiklin türevi antimikrobiyaldir. Global bir çalışmada enterokoklarda eravasiklin direnci sırasıyla E. faecalis ve E. faecium için %0,6 ve %2,3 olarak gözlenmiştir. Ülkemiz literatüründe bildirilmiş eravasiklin dirençli enterokok izolatı bulunmuyor oluşu ve bizim çalışmamızda 2 adet E. faecium izolatında bu duruma rastlamış olmamız önemlidir. Bu durum bu konuda çok merkezli araştırmaların yapılmasının ve direnç mekanizmalarının araştırılmasının önemini göstermektedir.

Su kaynaklarından karbapenem dirençli acinetobacter baumannii izolatlarına etkili bakteriyofaj izolasyonu ve karakterizasyonu

Acinetobacter baumannii, birçok hastane enfeksiyonundan sorumlu Gram-negatif non- fermenter bir bakteriyel patojendir. A. baumannii keşfinden itibaren hem intrinsik mekanizmaları hemde kazanılmış direnç geliştirebilme yetenekleri nedeniyle birçok antibiyotiğe dirençli hale gelmiştir. Karbapenem dirençli A. baumannii (KDAB) suşlarının dünya çapında artan prevelansı, alternatif bir antimikrobiyal tedavi arayışına ve yeni terapötik stratejilerin gerekliliğini ortaya çıkarmıştır. Bakteriyofajlar (faj) da çoklu ilaç dirençli (ÇİD) bakterilerin neden olduğu enfeksiyonların tedavisi için umut verici adaylardır. Bu çalışmada atık su ve göl gibi çeşitli su kaynaklarından, KDAB izolatlarını enfekte eden faj izole etmek, bu fajların klinik izolatlardaki litik aktivitesini araştırmak ve izole edilen fajları karakterize etmek amaçlanmıştır. A. baumannii, Başkent Üniversitesi Ankara Hastanesi Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobioloji Laboratuvarında çeşitli klinik numunelerden izole edilmiştir. İzolatların karbapenem direnci disk difüzyon yöntemi ile saptanmıştır. Çalışmamızda, blaOXA-23, blaOXA-24 ve blaOXA ve kromozomal blaOXA-51 karbapenem direnç genleri polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) yöntemi ile saptanmıştır. Klinik A. baumannii izolatları arasındaki klonal ilişki Pulsed-Field Jel Elektroforezi (PFGE) ile belirlenmiştir. Faj izolasyonu için çeşitli su kaynaklarından periyodik olarak su örneği alınmıştır. İzole edilen fajlar zenginleştirilip saflaştırıldıktan sonra litik aktiviteleri "spot test" ile belirlenmiştir. Fajların, "One-step growth" eğrileri "multiplicity of infection" (MOI) değerleri, ısı ve pH stabiliteleri değerlendirilmiştir. Fajların morfolojilerini ve taksonomik ailelerini belirlemek üzere transmisyon elektron mikroskop (TEM) görüntüleri alınmıştır. Fajların moleküler karakterizasyonu ve proteom analizleri için restriksiyon profilleri karşılaştırılmış ve Sodyum Dodesil Sülfat-Poliakrilamid Jel Elektroforezi (SDS-Page) uygulanmıştır. Klinik KDAB izolatlarının hepsinde kromozomal blaOXA-51 geni saptanırken, 73'ünde (n=73/96, %70) blaOXA-23, 12'sinde (n=12/96, %12.5) blaOXA-24 geni olduğu bulunmuştur. İzolatların hiçbirinde blaOXA-58 genine rastlanmamıştır. PFGE analizine göre izolatlar 1 major olmak üzere 5 pulsotipe ayrılmıştır. Klinik KDAB izolatlarına karşı litik aktivite gösteren dört A. baumannii fajı Başkent Üniversitesi Ankara Hastanesi atık suyu, Kütahya atık suyu, Kızılırmak ve Kırıkkale at harası atık suyundan izole edilmiştir. φAb65'nın latent periyodu 5 dk, φAb31 ve φAb69'nın 10 dk, φAb59'nın ise 15 dk olarak bulunmuştur. φAb31, φAb59, φAb65 ve φAb69'larının patlama boyutları ise sırasıyla, 3500, 1699, 2600 ve 118 PFU/CFU olarak hesaplanmıştır. Bütün fajların termal olarak stabil oldukları ve farklı pH aralıklarına toleranslı oldukları belirlenmiştir. TEM analizi sonucunda, fajlar, Myoviridae ailesine ait olarak teşhis edilmiştir. Restriksiyon analizi, bütün fajların birbirinden farklı restriksiyon profilinin olduğunu göstermiştir. Bu çalışmada değerlendirilen fajların, daha ileri in vivo çalışmalar ve ÇİD bakterilerin tedavisinde terapötik bir ajan olarak kullanılmaya uygun olduğu ortaya konmuştur.

Kateter ilişkili hastane enfeksiyonlarında sık karşılaşılan biyofilm oluşturan bakterilerde, biyofilm ilişkili antibiyotik direncinin araştırılması

Hastaneye yatıs sürecinde tanı ve tedavi amaçlı kullanılan yabancı cisimlerden kateterlerin, en önemli komplikasyonları arasında lokal ve sistemik enfeksiyon riski yer almaktadır. Bu çalısma kateter yüzeylerinde mikroorganizmalar tarafından olusturulan biyofilm yapısının tedaviye direnci artıran ve tedavi sürecini zorlastıran önemli bir etken olduğuna dayanılarak yapılmıstır. Çalısmada Baskent Üniversitesi Tıp Fakültesi Ankara Hastanesi'nde 2006-2009 yılları arasında çesitli servislerde ve yoğun bakımlarda yatarak tedavi gören hastaların kateterlerinde üremis metisilin dirençli S.aureus (MRSA), metisilin dirençli koagülaz negatif stafilokok (MRKNS) ve P.aeruginosa izolatlarının planktonik hücre asamasında ve in vitro kosullarda biyofilm yaptırıldıktan sonra sesil hücrelerinin çesitli antibiyotiklere duyarlılıkları arastırılmıstır. Antibiyotiklerin seçiminde MRSA ve MRKNS susları için vankomisin, siprofloksasin, rifampisin, gentamisin, meropenem, tigesiklin, linezolid, seftazidim ve sefazolin tercih edilirken, P.aeruginosa susları için de siprofloksasin, gentamisin, meropenem, tigesiklin, piperasilin, seftazidim ve amikasin çalısmaya alınmıstır. Seçilen bu antibiyotikler ile önce planktonik hücrelerde duyarlılık arastırılmıs, böylece minimal inhibitör konsantrasyonları (MĐK) ve minimal bakterisidal konsantrasyonları (MBK) belirlenmistir. Daha sonra her bir sus ile biyofilm olusturulup sesil hücrelerde aynı antibiyotikler ile yine MĐK ve MBK değerleri belirlenmistir. Ardından ikili ve üçlü antibiyotik kombinasyonları olusturulup, çoklu kombine bakterisidal test (ÇKBT) yöntemi ile hem planktonik hem de biyofilmde etkinlikleri belirlenmistir. Her bir antibiyotik ile planktonik ve biyofilm hücrelerinde elde edilen veri seti istatistiksel olarak iki oran z testi ile analiz edilmistir. Sonuç olarak; sesil hücrelerde planktonik forma göre genel olarak duyarlılıklarda anlamlı azalmalar tespit edilmistir. Hem ikili hem de üçlü kombinasyonlar ile yapılan çalısmaların sonucunda da sesil hücrelerin kombinasyonların çoğuna duyarlılıklarında anlamlı azalma olduğu görülmüstür. Planktonik ve sesil hücrelere kombinasyonların etkinliğinin karsılastırılmasında, susların % 90'ından fazlasını inhibe etme açısından, ikili kombinasyonlar ile üçlüler arasında anlamlı bir fark tespit edilmemistir.

Kandan izole edilen candida albicans suşlarında biyofilm oluşumunun, antifungal ajanlarla inhibisyonun ve biyofilm duyarlılığının araştırılması

Son yıllarda artan tıbbi gereç kullanımından dolayı Candida albicans biyofilmine bağlı enfeksiyonların artması ve bu biyofilmlerin antifungal ajanlara yüksek direnç gösterebilmesi nedeni ile yeni tedavi protokollerine ve özellikle riskli hastalarda biyofilm oluşumunu engelleyen profilaktik ilaç rejimlerine ihtiyaç duyulmaktadır. Bu çalışmada sıklıkla hastane enfeksiyonlarına neden olabilen Candida albicans'ın biyofilm oluşturma oranlarını görmek ve özellikle yoğun biyofilm yapan suşlarda antifungal duyarlılık paternlerini planktonik ve sesil hücre karşılaştırmalı olarak incelemek hedeflenmiş, ayrıca bu suşlarda antifungallerin biyofilm oluşumunu önlemedeki etkinliğini araştırmak amaçlanmıştır. Başkent Üniversitesi Ankara, Adana ve İstanbul hastanelerinde yatan hastaların kan kültürlerinden elde edilmiş, germ tüp oluşumu ve Corn Meal Tween 80 besiyerindeki morfolojilerine göre tiplendirilmiş, 162 Candida albicans izolatı çalışmaya dahil edilmiştir. Tüm suşlarda Modifiye Christensen 96 kuyucuklu plak yöntemi ile biyofilm oluşumu araştırılıp derecelendirilmiştir. Randomize seçilen 30 yoğun biyofilm yapan klinik izolat, C.albicans ATCC 10231 ve C.albicans ATCC 90028 standart suşu, toplam 32 suş ayrıca iğne kapaklı mikroplaklarda biyofilm yapma yetenekleri XTT yöntemi ile araştırılmıştır. Bu suşların kaspofungin, mikafungin, anidulafungin flukonazol,voriconazol, posakonazol, itrakonazol, ve amfoterisin B'nin standart toz formları ile CLSI standartlarına uygun olarak mikrodilüsyon yöntemi (M27-A3) ile antifungal duyarlılıkları çalışmıştır. Sesil formların antifungal duyarlılıkları ise aynı antifungal ajanlara karşı Modifiye Calgary biyofilm yöntemi ile minimum biyofilm inhibisyon konsantrasyon (MBİK) değerleri spektrofotometrik olarak belirlenmiştir. Ayrıca iğne kapaklı mikroplaklarda antifungal ilaçların planktonik hücreleri üzerinde biyofilm oluşumunu inhibe etme etkisi spektrofotometrik olarak ve spot ekimler ile araştırılmıştır. Çalışmamızda Modifiye Christensen yöntemi ile 162 suştan %38'i (n=61) orta düzeyde biyofilm yaparken, %29'unun (n=47) zayıf ve %23'ünün (n=37) ise yüksek düzeyde biyofilm oluşturduğu saptanmıştır. Biyofilm duyarlılık test sonuçlarına göre ekinokandinler en düşük MBİK değerlerine sahip olarak terapötik konsantrasyon aralığında bulunmuştur. Azoller ve amfoterisin B' ye karşı suşların tümü dirençli olarak saptanmıştır. Amfoterisin B'nin en düşük MBİK/ MİK oranı ile sesil hücrelere karşı en etkili olduğu görülse de, MBİK50 ve MBİK 90 değerleri CLSI'ın duyarlılık aralığında bulunmamıştır. Biyofilm oluşumunda inhibisyon etki sonucuna göre itrakonazolün diğer ajanlara göre daha çok suşta inhibisyon (26/32 suş; %81,3) yaptığı saptanmıştır. Sonuç olarak çalışmamızda ekinokandinler biyofilmlere karşı en etkin grup olarak bulunmuştur. İtrakonazol ise biyofilm oluşumu inhibisyonunda en etkili antifungal olarak görülmüştür. Biyofilm antifungal duyarlılık testleri için, gerece bağlı enfeksiyonların tedavi ve profilaksisinde, standardize yöntemlere ihtiyaç duyulmaktadır.

Helicobacter pylori CagA EPIYA motifleri ile klaritromisin direnci, gastropatolojik ve klinik ilişkinin araştırılması

Helicobacter pylori (H. pylori)'de CagA'nın tirozin fosforilasyonu CagA proteininin C-terminal bölgesinde çeşitli sayılarda bulunan beş aminoasit sekansından (Glu-Pro-Ile-Tyr-Ala) oluşan EPIYA tekrar sekansları ile gerçekleşir. H. pylori suşlarımızdaki CagA EPIYA motiflerinin sayısı ve tiplerinin saptanması, histopatolojik korelasyonun ve ayrıca bu motiflerin klaritromisin direnci ile ilişkisinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Endoskopi endikasyonu konulan dispeptik yakınmalı 124 hasta çalışmaya alındı. H. pylori suşlarının cagA pozitifliği PCR ile ürün uzunluğu 370-570 bp olarak saptandı. Amplifiye edilen PCR ürünleri QIAquick PCR kiti ile purifiye edildi ve sekans analizi için Macrogen'e gönderildi. Anti-H. pylori IgG ve CagA IgG antikorları ELISA yöntemi ile çalışıldı. Yüz yirmi dört hastanın 89 (%71.8)'u HUT, histopatoloji ve kültürün en az ikisinin olumluluğunda H. pylori enfeksiyonu olumlu saptandı. Altmış iki (%50) H. pylori kültür pozitif hasta suşlarından; 30 (%48.4)'u cagA pozitif, 32 (%51.6)'si cagA negatif saptandı. cagA pozitif hastalarımızda; 21 (%70)'i EPIYA-ABC, yedi (%23.3)'si EPIYA-ABCC ve iki (%6.7)'si ise hem EPIYA-ABC hem de -ABCC olmak üzere miks enfeksiyon saptandı. Ayrıca, 89 H. pylori pozitif hastanın 77 (%86.5)'si anti-H. pylori IgG antikoru; 14 (%46.6)'ü anti-CagA IgG antikoru olumlu bulundu. Sonuç olarak, cagA pozitif H. pylori suşlarının antrum ve korpus pitlerde enflamasyon (aktif enflamasyon) ve korpus atrofi ile ilişkisi olduğu saptandı. EPIYA motifleri ile histopatoloji ve klaritromisin direnci arasında bir korelasyon gözlenmedi.

İshalli hastalarda entamoeba histolytica 'nın saptanmasında kullanılan yöntemlerin karşılaştırılması

Entamoeba histolytica'nın neden olduğu amibiyaz tüm dünyada paraziter enfeksiyona bağlı üçüncü ölüm nedenidir. İnvaziv amibiyaz tanısında yaygın kullanılan tanı yöntemi direkt ve boyalı mikroskobik bakıdır. E.histolytica'ya benzer morfolojide olup, patojen olmayan Entamoeba türlerinin varlığı anlaşılınca, dışkıda E. histolytica'ya özgü antijen varlığını araştıran ELISA ve PZR gibi yöntemler tanıda kullanılmaya başlanmıştır. Bu çalışma ile, ishal şikayeti ile başvuran ve intestinal amibiyaz ön/ayırıcı tanısı için E. histolytica araştırılması istenen hastaların dışkı örneklerinde, direkt ve boyalı mikroskobik inceleme, dışkıda E. histolytica'ya özgü adezin antijeni saptanmasına yönelik ELISA testi ve PZR testinin çalışılması ve bu testlerin tanı değerlerinin araştırılması amaçlanmıştır. Toplam 546 dışkı örneği çalışmaya alınmıştır. Direkt mikroskobik inceleme ile örneklerin %36,3'ünde şüpheli E. histolytica/dispar/moshkovskii kist ve/veya trofozoiti görülmüştür. Bu örneklere trikrom boyama yapılmış ve 49 örnek E. histolytica/dispar/moshkovskii kist ve/veya trofozoiti varlığı açısından şüpheli bulunmuştur. Trikrom boyama ile şüpheli bulunan örneklerde PZR ve ELISA testleri çalışılmıştır. ELISA yöntemi ile örneklerin hiçbirinde pozitiflik saptanmamıştır. PZR yöntemiyle 49 örnekten 44'ü negatif bulunmuş, beş örnekte geçersiz test sonucu elde edilmiştir. Sonuç olarak amibiyaz tanısında E. histolytica'ya özgü antijen aranması veya PZR gibi daha özgül bir yöntem kullanılmalıdır. Sadece mikroskobik inceleme ile sonuç verilmesi, hatalı tanıya ve gereksiz tedaviye neden olacaktır.