Su kaynaklarından karbapenem dirençli acinetobacter baumannii izolatlarına etkili bakteriyofaj izolasyonu ve karakterizasyonu

Acinetobacter baumannii, birçok hastane enfeksiyonundan sorumlu Gram-negatif non- fermenter bir bakteriyel patojendir. A. baumannii keşfinden itibaren hem intrinsik mekanizmaları hemde kazanılmış direnç geliştirebilme yetenekleri nedeniyle birçok antibiyotiğe dirençli hale gelmiştir. Karbapenem dirençli A. baumannii (KDAB) suşlarının dünya çapında artan prevelansı, alternatif bir antimikrobiyal tedavi arayışına ve yeni terapötik stratejilerin gerekliliğini ortaya çıkarmıştır. Bakteriyofajlar (faj) da çoklu ilaç dirençli (ÇİD) bakterilerin neden olduğu enfeksiyonların tedavisi için umut verici adaylardır. Bu çalışmada atık su ve göl gibi çeşitli su kaynaklarından, KDAB izolatlarını enfekte eden faj izole etmek, bu fajların klinik izolatlardaki litik aktivitesini araştırmak ve izole edilen fajları karakterize etmek amaçlanmıştır. A. baumannii, Başkent Üniversitesi Ankara Hastanesi Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobioloji Laboratuvarında çeşitli klinik numunelerden izole edilmiştir. İzolatların karbapenem direnci disk difüzyon yöntemi ile saptanmıştır. Çalışmamızda, blaOXA-23, blaOXA-24 ve blaOXA ve kromozomal blaOXA-51 karbapenem direnç genleri polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) yöntemi ile saptanmıştır. Klinik A. baumannii izolatları arasındaki klonal ilişki Pulsed-Field Jel Elektroforezi (PFGE) ile belirlenmiştir. Faj izolasyonu için çeşitli su kaynaklarından periyodik olarak su örneği alınmıştır. İzole edilen fajlar zenginleştirilip saflaştırıldıktan sonra litik aktiviteleri "spot test" ile belirlenmiştir. Fajların, "One-step growth" eğrileri "multiplicity of infection" (MOI) değerleri, ısı ve pH stabiliteleri değerlendirilmiştir. Fajların morfolojilerini ve taksonomik ailelerini belirlemek üzere transmisyon elektron mikroskop (TEM) görüntüleri alınmıştır. Fajların moleküler karakterizasyonu ve proteom analizleri için restriksiyon profilleri karşılaştırılmış ve Sodyum Dodesil Sülfat-Poliakrilamid Jel Elektroforezi (SDS-Page) uygulanmıştır. Klinik KDAB izolatlarının hepsinde kromozomal blaOXA-51 geni saptanırken, 73'ünde (n=73/96, %70) blaOXA-23, 12'sinde (n=12/96, %12.5) blaOXA-24 geni olduğu bulunmuştur. İzolatların hiçbirinde blaOXA-58 genine rastlanmamıştır. PFGE analizine göre izolatlar 1 major olmak üzere 5 pulsotipe ayrılmıştır. Klinik KDAB izolatlarına karşı litik aktivite gösteren dört A. baumannii fajı Başkent Üniversitesi Ankara Hastanesi atık suyu, Kütahya atık suyu, Kızılırmak ve Kırıkkale at harası atık suyundan izole edilmiştir. φAb65'nın latent periyodu 5 dk, φAb31 ve φAb69'nın 10 dk, φAb59'nın ise 15 dk olarak bulunmuştur. φAb31, φAb59, φAb65 ve φAb69'larının patlama boyutları ise sırasıyla, 3500, 1699, 2600 ve 118 PFU/CFU olarak hesaplanmıştır. Bütün fajların termal olarak stabil oldukları ve farklı pH aralıklarına toleranslı oldukları belirlenmiştir. TEM analizi sonucunda, fajlar, Myoviridae ailesine ait olarak teşhis edilmiştir. Restriksiyon analizi, bütün fajların birbirinden farklı restriksiyon profilinin olduğunu göstermiştir. Bu çalışmada değerlendirilen fajların, daha ileri in vivo çalışmalar ve ÇİD bakterilerin tedavisinde terapötik bir ajan olarak kullanılmaya uygun olduğu ortaya konmuştur.