186
Arşivlenen Tez
0
DOI Atanmış
0%
DOI Oranı
Anabilim Dalı
Nikotin maruziyetinin fare embriyonik kök hücrelerinde nöronal farklılaşma üzerine etkisi
Günlük hayatımızın her evresinde birçok biyolojik, fiziksel ve kimyasal ajanlara maruz kalmamız ciddi sağlık problemlerine yol açmaktadır. Hatta bu ajanlara maruziyetimiz, belki de yaşamımızın en önemli evresi diyebileceğimiz organizmanın temelinin atılıp oluşturulduğu fetal dönemden başlamaktadır. Nikotin de, bu kimyasal ajanlardan biridir. Fetal gelişim sırasında nikotine maruz kalmanın hem anne hem de fetüs için zararlı etkilerinin olduğu ileri sürülmüş ancak bu etkilerin hücresel düzeyde anlaşılabilmesi için bu konudaki çalışmaların artırılması gerekmektedir. Biz de bu tez çalışmasında gelişim sürecinde nikotine maruz kalmanın etkilerini incelemeyi amaçladık. Bu amaçla fare embriyonik kök hücrelerini in vitro ortamda nikotine maruz bırakarak farklılaştırdık. Farklılaşma sırasında ve sonunda kültürdeki hücreleri toplayarak Gfap, Nestin, O4, β-3 Tubulin ve Map2 proteinlerine immünohistokimyasal boyama (İHC) ile baktık. Real Time PCR analizi ile de NEUROG2, RBFOX3, TUBB3, GSK3B ve PAX6 genlerinin ekspresyonlarına baktık. Çalışmamızın sonunda; nikotine maruz kalan grubumuzda gen ekspresyonlarının değiştiği, kontrol grubuna nazaran gen ekspresyonlarında azalma olduğu görüldü. İHC sonuçlarında Map2, β-3 Tubulin ve O4 ekspresyonlarında nikotinli gruplarda nikotinsizlere nazaran azalma olduğuGfap ve Nestinde ise 21. gün hariç diğer günlerde azalma olduğu görülmüştür.
MEFV mutasyonları ve hastaların klinik korelasyonu
Ailesel Akdeniz Ateşi (FMF-AAA), MEFV genindeki mutasyonlardan kaynaklanan ve 1/8–1/16 taşıyıcı sıklığı ile Doğu Akdeniz popülasyonunda en sık görülen otozomal resesif geçişli hastalıklardan biridir. Türk ailesel Akdeniz ateşi (AAA) hastalarında Akdeniz ateşi (MEFV) gen mutasyonlarının dağılımı Türkiye'nin coğrafi bölgelerine göre değişkenlikler gösmektedir. Bu nedenle Türk FMF hastaları için farklı coğrafi bölgelerden olmak üzere fazla sayıda veriye ihtiyaç vardır. Bu çalışmanın bölgemizdeki Türk FMF hastalarında yaygın MEFV mutasyonlarının dağılımını ve klinikle ilişkisini ortaya koymaktır. Bu çalışmada Tıbbi Genetik Anabilim Dalı poliklinğine sevk edilen ve FMF klinik semptomları tespit edilen 300 hastanın moleküler test sonuçları ve kilnik bulgularla ilişkisi değerlendirildi.
Borik asit ve epıgallocatechın gallate (EGCG)'ın serviks kanseri hücre hatlarında telomeraz enzim aktivitesinin değerlendirilmesi
Serviks kanseri; dünya üzerinde her 2 dakikada bir kadının ölümüne neden olan ve meme kanserinden sonra en sık görülen ikinci kanserdir. 1980 yılından beri iz element olarak tanımlanan bor, 1996 yılında epidemiyolojik verilerin eksikliği de dikkate alınarak Dünya Sağlık Örgütünce (DSÖ) ?insan sağlığı için olası temel elementler? sınıfına alınmıştır. Bor bakımından zengin bölgelerde yapılan bir çalışmada serviks kanseri riskinin düşük olabileceği yönünde bulgular tespit edilmiştir. Yeşil çayın en önemli polifenol bileşeni olan EGCG (Epigallocatechin gallate) ile muamele sonucu serviks kanseri karsinojenezini engellediği,apoptozu indüklediği ve telomeraz aktivitesini inhibe ettiği bildirilmiştir. Telomeraz çok sayıda farklı insan kanserinde aktif durumdadır. Bu çalışmada serviks kanseri hücre hattında (HTB-32) EGCG ve Borik asitin telomeraz enzim aktivitesi belirlenecektir. Bu bağlamda HTB-32 hücre hattına EGCG nin 50 µM ve 100 µM dozlarının uygulanması sonucu 1. ve 3. günlerin sonunda alınan örneklerle Borik asitin 500 µM ve 1000 µM dozlarının uygulanması sonucu 3. ve 5. günlerin sonunda alınan örnekler çalışmanın birinci grubunu oluşturmuştur. İkinci grubta ise yine aynı hücrelere 50µM +500µM, 100µM +500µM sırasıyla EGCG ve Borik asit dozlarının kombinasyonları uygulanmış olup 3. gün sonunda değerlendirmeye alındı. Telomeraz aktivitesi HTB-32 hücrelerine doz uygulamaları ardından toplam izole edilen RNA dan h-TERT mRNA ekspresyonu düzeyinin eş zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu yöntemiyle tayin edildi. Elde edilen verilerin t-testi aracılığı ile istatistiki değerlendirilmesinde; HTB-32 hücrelerine uygulanan tüm doz ve sürelerinde telomeraz aktivesinde anlamlı bir fark saptanamamıştır (P>0,05). Bu sonuçlar Borik asit ve EGCG'nin gerek yalnız gerekse birlikte uygulanması sonucu farklı hücre tiplerinde aynı etkiyi göstermeyebileceğini düşündürmektedir.
Hematopoetik kök hücre yaşlanmasında cinsiyet farklılıklarının fare modelinde araştırılması
Biyolojik cinsiyet; insan sağlığını, hastalıkları, yaşlanma kalitesini ve ortalama yaşam süresini etkileyen en önemli değişkenlerden biri olarak kabul edilmektedir ve giderek artan kuvvetli kanıtlar, yaşa bağlı hastalıklarda ve yaşam süresinde güçlü bir cinsel dimorfizm olduğunu ortaya koymuştur. Vücutta pek çok doku ve organda bulunan erişkin kök hücreler; ait oldukları dokunun yenilenmesinden ve doku bütünlüğünün korunmasından sorumludur ve bu nedenle, yaşlanma sürecinde merkezi bir mekanizma olarak kök hücrelerde tükenme gündeme gelmiştir. Kan ve immün sistem hücrelerinin üretiminden yaşam boyu sorumlu olan hematopoetik kök hücreler (HKH), yaşlanma araştırmalarında en kapsamlı çalışılan erişkin kök hücre tipi olmasına ve yaşa bağlı hematolojik/onkolojik hastalıklarda cinsiyete özgü önemli farklılıklar rapor edilmiş olmasına rağmen, HKH yaşlanmasında cinsiyetin rolü araştırılmamıştır. Çalışmamızda, hematopoetik sistem yaşlanmasının cinsiyete özgü farklılıkları; C57BL/6J fare modelinde ve periferik kan, kemik iliği ve dalak kompartımanlarında araştırılmıştır. Cinsiyetin; periferik kandaki olgun kan ve immün sistem hücrelerinin sayı ve sıklığında, salgıladıkları sitokinlerin düzeyinde, ek olarak, kemik iliği ve dalaktaki hematopoetik kök ve progenitör hücrelerin (HKPH) frekansında, transplantasyonda sergiledikleri fonksiyonel kapasite ile kendini yenileme potansiyelinde, mitokondri miktarında ve transkripsiyonel profilinde, yaşa bağlı değişiklikleri nasıl etkilediği incelenmiştir. Verilerimiz; biyolojik cinsiyetin, tüm hematopoetik kompartımanlarda, HKPH'lerden olgun kan hücrelerine kadar, hematopoetik sistemin her aşamasında ve HKH'lerin global gen ekspresyonu profilinde yaşlanma paternini önemli şekilde etkilediğini göstermiştir. Ek olarak çalışmamız, yaşlı dişi ve erkek HKH'lerinin; farklılaşma potansiyeli, kendini yenileme kapasitesi, metabolik gereksinimler, immün yanıt ve kemik iliği mikroçevresi açısından önemli farklılıklar sergilediğini ortaya koymuştur (P< 0,05). Sonuçlarımız, hedefe yönelik tedaviler ve yaşlanma önleyici çalışmalar dahil, hematopoetik sistemle ilişkili preklinik ve klinik araştırmalara her iki cinsiyetin de dahil edilmesinin zorunluluğunu çarpıcı şekilde vurgulamaktadır.
Manisa'da kronik şizofren tanısı konmuş bireylerde catechol-o-methyltransferase (COMT) Val158Met polimorfizminin araştırılması
Amaç: Manisa'da Kronik ŞizofrenTanısı Konmuş Bireylerde Catechol-O-Methyltransferase (COMT) Val158Met Polimorfizminin Araştırılmasıdır. Gereç ve Yöntem: Araştırma kronik şizofreni teşhisi konmuş 100 birey ve ailesinde ve kendisinde psikiyatrik herhangi bir rahatsızlık bulunmayan 100 sağlıklı kontrol ile yürütülmüştür. Hasta grubu bireyler; Manisa Ruh Sağlığı Hastalıkları Hastanesinde tedavi gören ve kronik şizofren tanısı konmuş bireylerden oluşturulmuştur. Örneklem grubundaki her birey için DNA izolasyonunu takiben COMT genindeki Val158Met polimorfizmine bağlı yüksek veya düşük aktiviteli alleller PCR-RFLP metodu kullanılarak belirlenmiştir.Veriler Ki-Kare Testi ve Çapraz Tablo kullanılarak elde edilmiştir. Bulgular: Araştırmaya katılan hasta grubu bireylerin %64'ü erkek; %36'sı kadındı. Hasta grubu bireylerin genotipleri cinsiyet gözetmeksizin değerlendirildiğinde % 44'ünün LL genotipli bireylerden, %10'unun HH genotipli bireylerden ve %46'sının HL genotipli bireylerden oluştuğu görüldü. Allel frekansları hesaplandığında ise Hardy Weinberg Eşitliğinde çıktı. Hasta grubu için Val alleli (yüksek aktiviteli) frekansı % 33, Met alleli ( düşük aktiviteli) frekansı % 67; kontrol grubu Val alleli frekansı % 67, Met alleli frekansı % 33 olarak saptandı. Sonuçlar: Genotip bulgularına göre Çapraz Tablo ve Ki-Kare testi sonuçlarına göre HH ve LL allelleri için p =0,001 olarak bulunduğundan COMT geni Val158Met polimorfizminin şizofreni üzerine etkisi olduğu sonucuna varılmıştır. Anahtar Kelimeler: Catechol-O-Methyltransferase (COMT) , PZR-RFLP Val158Met Polimorfizmi
UII/UTR yolağının A549 hücre hattında hücre ölümü üzerine etkisinin araştırılması
UII, nörohormon benzeri aktiviteye sahiptir. UII/UTR yolağı başlıca RhoA/ROCK, MAPK'ler ve PI3K/AKT yolaklarını uyarmaktadır ve bu yolaklar aracılığıyla kardiyak fibrozisini, tümör büyümesini ve hücre proliferasyonunu uyarmaktadır. UII/UTR yolağı antagonisti olan SB657510`un tümör büyümesini bloke etmektedir. UII/UTR yolağının NFκB ve MAPK yolaklarını aktive etmesi ve antagonistinin tümör büyümesini bloke etmesi bu yolağın ayrıca apoptoz ile ilişkili olabileceğini düşündürmektedir. UII/UTR yolağının apoptoz ile ilişkisini doğrudan araştıran herhangi bir çalışma mevcut değildir. Bu nedenle çalışmamızda UII/UTR yolağının apoptozise etkisini A549 hücre hattı kullanılarak araştırdık. A549 hücre hattı UT/UTR yolağı agonisti UII ve antagonisti SB657510 ile uyarıldı. UII`nin A549 hücre canlılığını etkilemediği, ancak SB657510`nun hücre canlılığını azalttığı MTT yöntemi ile tespit edildi. UII uyarımı sonucu CASP3, CASP8, CASP9 mRNA ekspresyonu değişmemektedir. Anti-apoptotik gen olan BCL2 mRNA ekspresyonunu artmaktadır ancak ekspresyon artışı istatiksel olarak anlamlı değildir. SB657510 uyarımı ile CASP3, CASP8 ve CASP9 mRNA ekspresyonu artmaktadır. Flow sitometri yöntemi ile SB657510 apoptotik hücre sayısını UII' ye göre daha fazla arttırdığı tespit bulundu. Çalışmamız UII`nin hücre canlılığını ve kaspaz ekspresyonunu değiştirmediği, ancak UII antagonistinin hem hücre canlılığı azalttığı hem de apoptozda görev alan kaspazların gen ifadesini arttırdığını göstermektedir. Elde ettiğimiz veriler UII yolağının apoptoz ile ilişkili olduğunu göstermektedir. Bu nedenle UII/UTR yolağının apoptoz ile ilişkili olarak akciğer kanserinde kullanılabilecek yeni tedaviler için alternatif bir yolak olabileceğine işaret etmektedir. Anahtar sözcükler: UT/UTR yolağı, UII, SB657510, Apoptoz, A549
Otozomal resesif geçişli retinitis pigmentosa' nın patolojisinden sorumlu rpe65 geni' nin moleküler analizi
Kalıtsal retina distrofilerinden biri olan Retinitis pigmentosa (RP), gece körlüğüne, periferik görme alanının ilerleyen kaybına ve son aşamada merkezi görüşün tamamen ortadan kalkmasına neden olur. Kliniği ve genetiği oldukça heterojen olan bu hastalık grubu ile ilgili ülkemizde yapılan temel bilimsel çalışmalar yurt dışına kıyasla oldukça azdır. Türk hastalarda kalıtsal göz hastalıklarının moleküler açıdan değerlendirilmesi, toplumumuza ait genetik bilgilerin elde edilmesi ve veri tabanı oluşturulabilmesi için oldukça önemlidir. Retina pigment epitelinde ifade olan, 14 ekzonu bulunan RPE 65 geni mutasyonları otozomal resesif çocukluk çağı retina distrofilerine (%2) ve Leber congenital amaurosis (LCA)' e (%16) neden olur. Bu çalışmanın amacı, Ege Bölgesi'nde Manisa ve yöresinde, otozomal resesif kalıtıma sahip Retinitis pigmentosa' lı bireylerde, DNA dizi analizi ile, en sık mutasyon rastlanan 4,5,10,11 ve 13. ekzonlarının taranmasıdır. Çalışmamızda, 2010-2013 yılları arasında, klinik tanısı Manisa Devlet Hastanesi Göz Hastalıkları Kliniği'nde onaylanmış, otozomal resesif geçişli olduğu saptanan 50 RP'lı birey çalışma grubunu oluşturmuştur. RP öyküsü, RP tanısı raporu olmayan, sağlıklı gönüllü 50 birey kontrol grubunu oluşturmuştur. Kandan genomik DNA izolasyon kiti ile izole edilen DNA'lar PZR işlemine alınmış, daha sonra ABI Prism Genetik Analizör 310 cihazı ile dizi analizi yapılmıştır. Çalışmamızın sonucunda 1 hasta bireyde (% 2) RPE65 geninin Ekzon 4'ünde G>A R91Q heterozigot mutasyonu, 7 hasta bireyde (% 14) RPE65 geninin Ekzon 10'unda G>A E352E polimorfizmi saptanmıştır. Sonuçlarımız Ege Bölgesi Manisa ve yöresinde, bu konuda araştırılmış ilk kaynaktır.
Koroner arter hastalarında adm (adrenomedullin) gen dizi değişimlerinin belirlenmesi
Koroner arter hastalığı damar duvarında ateroskleroz oluşumu ile karakterizedir. Bu çalışmada aterogenezde temel mekanizmalardan biri olan vasküler düz kas hücrelerinin proliferasyonunu baskıladığı bilinen ADM' nin gen dizi değişimlerinin ateroskleroz gelişimi ile olan ilişkisinin tespit edilmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla aterom plak tespit edilen 62 olgu ile 46 kontrol olgusu çalışmaya dahil edilmiştir. ADM gen dizi değişimleri için olguların venöz kan örneklerinden DNA izolasyonu sonrasında Sanger sekanslama yöntemi ile ADM geni dizi değişimleri belirlenmiştir.Yapılan çalışmada ADM geninin promotor (rs3814700T>C) ve 5'UTR bölgesinde (rs545190978 T>G) iki polimorfizm, ekson bölgesinde 2 farklı polimorfizm (rs5005 C>G (ekson 3) ve rs767028428 C>T (ekson4) ) saptanmıştır. ADM gen polimorfizmleri allel frekansları rs3814700 (T>C) T: %93 ve C: %7; rs5005 (C>G) C: %99,2 ve G: 0,08; rs545190978 (T>G) T; %99,2 ve G; %0,08; rs767028428 (C>T) C; 99,2 ve T; 0,08 olarak saptandı.Olgularda polimorfizm bölgelerinin genotip ve allel sıklıkları açısından hasta ve kontrol grupları arasında anlamlı fark olmadığı görülmüştür. ADM serum düzeyini etkilediği bilinen promotor bölge (rs3814700-C) polimorfizmi hasta grubunda daha yüksek oranda saptanmıştır. Adrenomedullinin ateroskleroz patogenezindeki rollerini değerlendirmek için büyük vaka grubunda serum düzeyleri ile birlikte yapılacak çalışmalara ihtiyaç bulunmaktadır.
Bor türevlerinin benign prostat hiperplazisi (bph) üzerine etkilerinin araştırılması
Benign prostat hiperplazisi (BPH) erkeklerde en sık görülen benign adenom olup mesane çıkımında tıkanıklığa neden olmaktadır. BPH, prostat büyümesi ve kronik enflamasyon ile ilişkili önemli klinik semptomlara yol açan kompleks bir sendromdur. Erkeklerin yaklaşık % 40'ı hayatları boyunca bu hastalığa yakalanma riski taşımaktadırlar. BPH histolojik olarak prostat epitel ve stromal hücrelerin aşırı derecede çoğalması ile tanımlanmaktadır ve proliferasyonda, farklılaşmada, apoptoz ve senesensteki değişiklikleri içeren kompleks hücresel değişimler sonucu meydana gelmektedir. Bor ve türevlerinin anti-enflamatuvar ve immün yanıt düzenleyici özellikleri nedeniyle, kronik enflamasyon ve hücre proliferasyonu ile karakterize edilen BPH gibi hastalıkların tedavisinde potansiyel olarak kullanılabileceği öngörülebilir. Bununla birlikte gerek epidemiyolojik gerekse hayvan ve laboratuvar çalışmalarından borun anti-proliferatif etkilerine ek olarak anti-kanserojen bir özelliğe de sahip olduğu görülmektedir. Bu bağlamda çalışmanın en önemli çıkarımlarından birisi BPH–Bor maruziyeti ilişkisinin daha ileri boyutta irdelenmesi gerekliliğidir. Bor ve türevlerinin hücre sinyalizasyon sistemini etkilemesi ya da birçok biyokimyasal süreçte rol oynayan bir olayın oluşumunu ve/veya aktivitesini etkilemesi, BPH hücrelerinin büyümesini ve enflamasyonu engelleyecek bir hedef molekül olma olasılığını artırmaktadır. Dolayısıyla epidemiyolojik çalışmaların yanısıra, ilginin bor bileşiklerinin BPH hücrelerinin çoğalmasını engelleyecek, anti-proliferatif etkisini gösterecek hücresel ve moleküler çalışmalara çevrilmesi gerekmektedir. Bu kapsamda çalışmamızda BPH-1 hücre hattında bor türevlerinin apoptoz ve DNA hasarı üzerine etkilerinin moleküler açıdan değerlendirilmesi amaçlanmıştır. İlk olarak BPH-1 hücre hattının üreme kinetiğine bakıldı ve BO (Bor Oksit), BA (Borik Asit) ve DPB (Disodyum Pentaborat Dekahidrat) maddelerinin sitotoksisite denemeleri yapıldı. DPB etkin sonuç verdiği için bu kimyasalla diğer denemelere devam edildi. En iyi sonucu DPB verdiği için bu kimyasalla devam edildi. Daha sonra DPB'ın DNA hasarı üzerine etkisi, Western Blot yöntemi ile pH2AX, pATM ve ATM antikorları aracılığıyla değerlendirildi. Aynı zamanda immunofloresan yöntemiyle de pH2AX ve pATM odak sayıları ile DNA hasarı miktarları ölçüldü. Bor ve türevlerinin BPH-1 hücre hattinda apoptoz üzerine etkileri ise, yine Western Blotlama yöntemiyle, p53, p-P53, PARP, kaspaz-3, kaspaz-9 antikorlarının düzeylerine bakıldı. Bu tez çalışmamız çerçevesinde ilk kez DPB uygulamasıyla BPH-1 hücre hattında apoptotik hücrelerin ve DNA hasarına uğramış hücrelerin zamana ve doza bağımlı olarak arttığı belirlenmiştir.
Glı̇omasferlerde tı̇yorı̇dazı̇n aracılı hücre ölüm çeşı̇tlerı̇nı̇n araştırılması
Klasik in vitro çalışmalarında kullanılan monolayer (2B) hücre kültür yöntemi in vivo araştırmalara ön veri elde etmede yetersiz kaldığı öne sürülmektedir. Son yıllarda kullanılmaya başlanan sferoid (3B) hücre kültür yöntemi, hücrelerin in vivo koşullarındaki mikroçevre ve hücre-hücre etkileşimini oluşturmayı hedefleyen bir yöntemdir. Bu sayede in vitro koşullarda elde edilen veriler in vivo koşullara daha fazla benzerlik sağlayacağı düşünülmektedir. Yetişkinlerde gözlenen malign beyin tümörlerinden biri olan glioblastoma multiforme (GBM) IV Evre Astrositomdur. Cerrahi operasyon, kemoterapi ve radyoterapi tedavilerine rağmen sağ kalım oranı 12-15 aydır. Anti-psikotik bir ajan olan Tiyoridazin (THZ)' in yapılan çalışmalar doğrultusunda anti-kanser özelliği olduğu ortaya konmuştur. Buradan yola çıkarak monolayer ve sferoid hücre kültürlerinde karşılaştırmalı olarak THZ' nin GBM hücre hatları T98G ve U-87 MG üzerindeki sitotoksik etkileri ve tetiklediği ölüm mekanizmaları ortaya konulması amaçlanmıştır. Sferoid hücre kültürlerini oluşturmak amacıyla asılı damla yöntemi kullanılmıştır. THZ' nin monolayer ve sferoid kültürlerdeki sitotoksik etkisi MTT yöntemi ile ölçülmüştür. Ölüm mekanizmasının belirlenmesi amacıyla da Muse hücre analiz cihazıyla uyumlu testler ve ölüm yollarına spesifik inhibitörler kullanılmıştır. Monolayer ve sferoid hücre kültürlerine ayrı ayrı yapılan sitotoksisite deneyleri sonucunda IC50 değerleri sırasıyla 12,67 µM (monolayer T98G 24 saat), 29,30 µM (sferoid T98G 24 saat), 12,80 µM (monolayer U-87 MG 24 saat), 28,68 µM (sferoid U-87 MG 24 saat) olarak bulunmuştur. THZ' nin monolayer ve sferoid hücre kültürleri üzerindeki sitotoksik etkisinin otofaji mekanizması üzerinden tetiklendiği Muse hücre analiz yöntemi ve ölüm yoluna özgü inhibitörler aracılığıyla belirlenmiştir. Çalışmamızda THZ' nin hücresel etkisinin monolayer ve sferoid GBM kültürlerinde farklılık gösterdiği ilk kez ortaya konuldu. Bu çalışmanın bulguları ışığında ileride yapılacak in vitro sitotoksisite çalışmalarının sadece monolayer kültürlerde değil aynı zamanda in vivo' ya benzerliği açısından sferoid kültürlerde de yapılması önerilmektedir. Bununla birlikte, GBM hücre hatlarında THZ' nin sitotoksik etkisinin otofaji yolağı üzerinden etkili olduğunun tespit edilmiş olması bu ilacın, apoptozu uyaran kemoterapötiklere karşı dirençli olan GBM tedavisinde kullanılabilecek bir ajan olduğunun düşünülmesine neden olmaktadır. Anahtar kelimeler: Sferoid (3B) hücre kültürü, Monolayer (2B) hücre kültürü, Glioblastoma, Tiyoridazin, Sitotoksisite, Apoptozis, Otofaji.
TLR4 agonistinin M1, M2 makrofaj polarizasyonundaki rolünün belirlenerek hepatoselüler karsinomadaki immünoterapik etkilerinin araştırılması
Amaç: Hepatoselüler karsinoma (HSK) kansere bağlı ölümlerin en önemli nedenlerinden biridir. HSK hastalarına yönelik tedavi seçeneklerinin bulunabilirliği ve etkinliği sınırlıdır. Bu nedenle ileri evre HSK tedavisi için immünoterapi çalışmalarının sayısı her geçen gün artmaktadır. Bu çalışma ile TLR4 agonisti ile uyarılan HSK hücre kültüründen elde edilen solubl faktörlerin makrofaj polarizasyonuna etkilerinin araştırılarak HSK tedavisinde kullanılabilecek yeni immünoterapik hedeflerin ortaya çıkarılması amaçlanmıştır. Yöntem: TLR4 agonisti (Lipopolisakkarit, LPS) ile uyarılmış HuH7 hücrelerinden ve kontrol gruplarından elde edilen süpernatanlar THP1 hücre hatlarına verilerek makrofaj polarizasyonunun hangi yönde olacağı incelendi. M1 makrofaj için NOS2 ve M2 makrofaj için ARG1 genlerinin ekspresyonları RT-PCR yöntemi ile tespit edildi. Elde edilen sonuçlar istatistiksel analizler ile değerlendirildi. Bulgular: THP1 Kontrol ve THP1+HuH7 Süpernatan grupları karşılaştırıldığında HuH7 Süpernatanı ilave edilmiş THP1 hücrelerinde ARG1 ekspresyonun istatistiksel olarak anlamlı derecede artarken NOS2 ekspresyonunun istatistiksel olarak anlamlı derecede azaldığı tespit edildi. LPS ile indüklenmiş HuH7 Süpernatanı ilave edilmiş THP1 hücrelerinde (THP1 HuH7+LPS Süpernatan) ARG1 ve NOS2 ekspresyonun istatistiksel olarak anlamlı derecede arttığı tespit edildi. Sonuç: LPS'nin TLR4'ü uyararak tümör ortamının değişmesine ve bu değişikliğin de makofajların öldürücü şekli olan M1 makrofajlara dönüşmesine olanak sağladığını gördük. Makrofajlarda NOS2 ifadesinin artması tümöre karşı öldürücü özelliğin arttığını, tümör tarafından oluşturulan immün süpresif etkinin azalacağını gösterebilir. Hedefe yönelik tedaviler için TLR4'ün iyi bir aracı olduğunu düşünmekteyiz. Anahtar Kelimeler: Kanser, Karaciğer, Lipopolisakkarit, Makrofaj, Toll Like Reseptör.
Faktör II, faktör V Leiden ve MTHFR C677T mutasyonlarının tespitine yönelik multipleks real time PCR kit geliştirilmesi
Son yıllarda gelişen teknolojik ilerlemeler ile birlikte özellikle virus-bakteri tanısına yönelik testler başta olmak üzere, Real Time PCR metodu ile birçok mikroorganizma ve genetik hastalık tanıları kantitatif ve tam otomatize cihazlarla yapılabilir olmuştur.Mutasyona yönelik genetik ve mikrobiyolojik Real Time PCR test sistemleri ise genellikle Melting curve analiz temeline dayanan ve spesifik bilinen mutasyonu/mutasyonları hedeflemeyen random (rastlantısal) sistemlerdir. Ancak, bu mutasyon analiz sistemi, spesifik mutasyon/mutasyonlar bulunan gen bölgelerini tespit edemediği gibi, sanki mutasyon varmış gibi başka alanları analiz etmeleri nedeni ile, güvenilir testler sınıfında kabul edilmemektedir.Temeldeki bu dezavantajı sebebi ile melting curve? analizine dayanan mutasyon tespitine yönelik Real Time PCR test sistemi dünyada yaygın kullanım alanı bulamamaktadır. Ayrıca, mutasyon analizi için RFLP ve DNA dizi analizi yönteminden başka güvenilir yöntemler olmaması nedeni ile TaqMan ve Scorpion prob kullanan Real Time PCR sistemindeki yeni uygulamaya sokulacak olan bu yöntem çok önem kazanmaktadır.Test sistemi temel olarak, TaqMan ve/veya Scorpion primer-problarının kullanıldığı ve herhangi bir örnekte bulunan bildiğimiz-hedeflediğimiz spesifik DNA dizisinin/nükleotidinin tespit edilmesini hızlı ve güvenilir bir biçimde multipleks olarak sağlayacaktır.Proje; yukarıda çerçevesi çizilen ana hatlar ile ülkemizde yeni teknolojiler geliştirerek, biyoteknoloji alanında know how kazandıracaktır.
Sıçanlarda doğum zamanını belirlemek için serviks Matriks Metalloproteinaz-2 (MMP-2), Matriks Metalloproteinaz-8 (MMP-8) ve matriks metalloproteinaz doku inhibitörü-1 (TIMP-1) enzimlerinin gen ekspresyonlarının topografik olarak QF-PCR ile incelenmesi
Doğumun zamanında gerçekleşmesi, gebelik sürecinde üreme sistemindeki bütün organlarda meydana gelen fizyolojik değişimlerin normal sürecinde ve koordinasyonlu ilerlemesiyle olmaktadır. Bu fizyolojik değişimlerin anormal gelişmesi preterm veya postterm doğumların meydana gelmesi ile sonuçlanabilmektedir. Serviks, doğuma dek kapalı kalarak fetüsün anne rahminde tutulmasına destek olurken, aynı zamanda doğumun gerçekleşebilmesi için yeniden şekillenme süreci geçirmelidir. Serviks dokusu, hücrelerden ve daha çok bağ doku elemanlarından oluşan heterojen yapıdadır. Servikal ekstraselüler matrikste (ESM) en çok bulunan protein olan kolajenin gebelik süresince metabolik aktivitesinin anlaşılması doğum zamanının belirlenmesinde önemli olduğu düşünülmektedir. Bu çalışmada daha önce deneye girmemiş ve çiftleşmemiş, 90 günlük, ortalama ağırlıkları 200-250g olan Rattus norvecigus türü, wistar albino cinsi, 10 adet gebeliğin 15. gününde, 10 adet gebeliğin 20. gününde olmak üzere toplamda 20 adet sıçan kullanılmıştır. Elde edilen serviks örneklerinin bölgesel olarak araştırmak üzere her örnek Portio Vaginalis ve Portio Supravaginalis bölgelerine ayrılarak deney grupları oluşturuldu. Her örneğin, MMP-2, MMP-8, TIMP-1 ve ACTB genlerinin ekpresyon düzeyleri QF-PCR ile belirlenerek istatiksel analizi yapıldı. Sonuç olarak, MMP-2 gen ekspresyon seviyesi 15. gün Portio Vaginalis bölgesine kıyasla, 20. gün Portio Vaginalis bölgesinde 4,63 kat artarak istatiksel olarak anlamlı bulunmuştur (p=0,024). Bu çalışmadan elde edilen bulgular gebelik sürecinde MMP-2 geninin servikal yeniden şekillenme sürecinde önemli bir rol oynayabileceğini göstermektedir.
Fenretinide molekülünün anjiyogenez ile ilişkili mikroRNA'lar üzerindeki etkisinin araştırılması
Anjiyogenez çeşitli fizyolojik ve patolojik koşullarda rol oynayan yeni damar oluşum prosesidir. Bu süreç organizmadaki pro-anjiyogenik ve anti-anjiyogenik mediatörler arasındaki denge ile kontrol edilmektedir. Solid tümörün büyümesi ve metastazı için anjiyogeneze ihtiyaç duyulmaktadır. Bu nedenle, kanserlerde anti-anjiyogenik tedavi yaklaşımı ilgi çekici bir seçenek olarak görülmektedir. Fenretinide sentetik bir retinoik asit analoğu olup anjiyogeneze karşı etkileri birkaç çalışmada bildirilmesine rağmen moleküler mekanizmasının aydınlatılması yönünde eksikler bulunmaktadır. Bu nedenle, bu çalışmada fenretinide molekülünün anjiyogenez ile ilişkili bazı miRNA'lar ve CDH5, FOXM1 ve eNOS genleri üzerindeki etkilerini araştırmak amaçlanmıştır. Ayrıca bu molekülün HUVEC hücre proliferasyonuna, hücre migrasyonuna ve kapiller benzeri tüp oluşumuna etkileri gösterilmiştir. Çalışmamızda 24 ve 48 saatlik sürelerde hücrelere uygulanan fenretinide molekülünün doza bağlı olarak hücre proliferasyonunu, hücre migrasyonunu ve tüp oluşumunu baskıladığı görülmüştür. Fenretinide'nin miRNA'lar ve belirtilen genler üzerine etkilerini incelemek için, 1 µM ve 5 µM konsantrasyonlar ile muamele edilen hücrelerden total RNA izolasyonu yapıldı. Bu RNA'lar ile gerçekleştirilen eş zamanlı PCR analizi sonucunda, miR-10b'nin anlamlı olarak azaldığı, miR-126'nın ise arttığı tespit edilmiştir. Ayrıca, çalışmamızda fenretinide ile muamele edilen endotel hücrelerinde CDH5, FOXM1 ve eNOS genlerinin seviyelerinde anlamlı bir düşüş olduğu görülmüştür. Yaptığımız bu çalışma, fenretinide molekülünün anjiyogenez üzerine gösterdiği baskılacıyıcı rollerinin moleküler mekanizmasını aydınlatmak için literatüre destek olabilecektir.
Trachystemon orientalis (L.) G. don bitkisinin gastrointestinal sistem kanser hücreleri üzerine etkisinin araştırılması
Bu çalışmada, Düzce'de yetişen Trachystemon orientalis (L.) G. Don bitkisinin gastrointestinal sistem kanser hücreleri üzerine etkinliği araştırılmıştır. Bu kapsamda, antikanser etkinliği HCT-116 kolon kanseri, HepG2 hepatoselüler karsinom hücrelerinde ve AGS mide kanseri hücre hatlarında çalışılmıştır. Kanser hücrelerinin antiproliferasyon düzeyi WST-1 kiti ile incelenmiş olup anlamlı sonuçlar elde edilmiştir. Apoptozun önemli bir ölçütü olan Kaspaz aktivasyonu ise Kaspaz 3, Kaspaz 8, Kaspaz 9 Elisa kitleri ile belirlenmiştir. Antiproliferasyon düzeylerindeki değişimler ve Kaspaz aktivitelerindeki artışlar göze alındığında Trachystemon orientalis'in potansiyel olarak kanser araştırmalarında kullanılabilecek bir bitki olduğu gözlemlenmiştir. Hepatoselüler karsinom ve kolorektal kanser hücrelerine nazaran AGS mide kanseri hücrelerinde antiproliferasyon seviyeleri ve özellikle kaspaz 8 aktivasyon seviyeleri arasında farklar görünmüştür. Trachystemon orientalis'in mide kanseri üzerine etkileri detaylıca araştırılmalıdır. Bulunan sonuçların daha fazla gözlem ve deney ile desteklenmesi gerekmektedir.
Kolorektal kanser hücrelerinde LNCRNA MEG3'ün CDKN2A ve hedef genleri üzerindeki etkisi
Kolorektal kanser (KRK) uzun yıllardır tüm dünyada önemli bir sağlık sorunu olmaya devam etmektedir. Uzun kodlanmayan RNA'lar (lncRNAs), 200 nükleotidten daha uzun olan ve genellikle bir proteine çevrilmeyen RNA molekülleridir. Son yıllarda yapılan çalışmalar çeşitli lncRNA'ların KRK oluşumu ve metastazında önemli rollere sahip olduğunu göstermiştir. Bu çalışmanın amacı, KRK'de henüz tam olarak işlevleri aydınlatılamamış olan lncRNA MEG3 ve izoformu MEG3b'nin, hücre döngüsü kontrolünde kilit rol oynayan CDKN2A'nın ve hedeflerinin üzerindeki rolünü değerlendirmektir. Bu amaç doğrultusunda kolon dokusu ve HCT-116 ve HT-29 KRK hücre hatlarında lncRNA MEG3'ün ve olası hedef genlerinin ekspresyon seviyeleri qRT-PCR yöntemi ile belirlenmiştir. KRK hücrelerinde MEG3 ekspresyonunun düşük olduğu tespit edilmiştir. Bu hücre hatlarında MEG3 ekspresyonunu arttırmak için hücreler plazmid ile transfekte edilmiştir. KRK hücre hatlarında, MEG3 ve MEG3b tarafından hedeflenen CDKN2A ilişkili düzenlemeyi tespit edebilmek için, CDKN2A ve hedefi olan 17 genin ifade düzeyleri MEG3 ve MEG3b transfeksiyonundan önce ve sonrasında qRT-PCR yöntemiyle belirlenmiştir. Transfeksiyon sonrasında MEG3 overekspresyonu 17 hedef genden 14'ünde, MEG3b overekspresyonu ise 17 genden 15'inde anlamlı değişime yol açmıştır (p0.05). Bununla beraber MEG3 ve MEG3b transfeksiyonu HT-29 hücre hattında CDKN2A'nın ekspresyonunu anlamlı düzeyde arttırmıştır (p0.05). Ayrıca transfeksiyon sonrasında KRK hücrelerinde MTT ile hücre proliferasyonu; yara iyileştirme deneyi ile migrasyon; koloni oluşum deneyi ile koloni oluşturabilme yeteneği tayin edilmiştir. MEG3 ve MEG3b'nin KRK hücrelerindeki aşırı ekspresyonu, kontrol ve boş plazmide kıyasla migrasyon, hücre proliferasyonu ve koloni oluşturabilme yeteneğini anlamlı düzeyde baskılamıştır (p0.05). Elde ettiğimiz bu veriler literatürde lncRNA MEG3 ile CDKN2A hedef genleri arasındaki ilişkiyi ilk defa ortaya çıkarmaktadır. Bu nedenle yaptığımız çalışma lncRNA MEG3 ile CDKN2A arasındaki moleküler etkileşimin tanımlanmasına katkı sağlayabilecektir.
Prostat kanserinde LNCRNA MEG3'ün RB1 ile ilişkili genler üzerindeki rolü
Prostat kanseri, dünya çapında erkeklerde kansere bağlı ölümlerin ikinci önde gelen nedeni olarak sıralanan heterojen bir hastalıktır. Prostat kanserinin ilerlemesi diğer kanser türlerine göre nispeten daha yavaştır. Ancak yine de erkeklerde kansere bağlı ölümlerin %10'undan fazlasını oluşturmaktadır. Bu nedenle, prostat kanserinin gelişmesindeki temel moleküler mekanizmaların kapsamlı bir şekilde anlaşılması, etkili tedavi stratejilerinin geliştirilmesine yardımcı olabilir. Yapılan son çalışmalar uzun kodlamayan RNA'ların (lncRNA'lar) prostat kanseri patogenezinin anlaşılmasında yeni bakış açıları sağladığını göstermiştir. MEG3 (Maternally Expressed Gene 3) tümör baskılayıcı bir lncRNA'dır ve MEG3b dahil 12 farklı izoformu vardır. RB1 (Retinoblastoma Transcriptional Corepressor 1), kodladığı protein prostat kanseri dahil birçok kanserde fonksiyonsuz olan ve DNMT1 (DNA Metil Transferaz 1) ifadesini etkileyerek MEG3 ifadesini değiştirebilen başka bir tümör baskılayıcı gendir. Hem MEG3 hem de RB1, ana hücresel süreçlerde rol oynar ve p53, Mdm2 gibi bazı ortak hedefleri paylaşırlar. Çalışmamızda 30 farklı kanser ve normal hücre hattı ile 20 farklı tipte normal insan dokusu kullanılarak MEG3 gen ifade profillemesi yapılmıştır. MEG3 gen ifadesinin kanser hücrelerinde düşük olduğu görülmüştür. Gen ifadesinin en düşük olduğu PC-3 ve DU 145 prostat kanser hücrelerinde plazmid transfeksiyonuyla MEG3 ve MEG3b ifadesinin artırılması sağlanmıştır. Artan MEG3 ve MEG3b ifadesi, prostat kanser hücrelerinin çoğalmasını, koloni oluşumunu ve göçünü baskılarken RB1 ve hedeflerinin de ifadesini değiştirmiştir.
Çeşitli kanser hücre dizilerinde CCT3 genini hedef alan miRNA'ların terapötik etkilerinin araştırılması
Moleküler şaperon proteinleri ve hatalı protein katlanması kanser patogenezinde kritik bir rol oynamaktadır. Ökaryotik şaperonların sekiz alt ünitesinden biri olan CCT3, hücre bölünmesi, proliferasyon ve apoptozis yolağında görevli proteinlerin doğru katlanmasını katalizler. Ayrıca, CCT3 ifadesi karsinogenez ile uyumlu bir biçimde artmaktadır. Bununla birlikte, CCT3'ün kanserleşme sürecine nasıl etki ettiği henüz bilinmemektedir. Bu çalışmada, CCT3'ün apoptotik yolaklar ve hücre stresörleri ile arasındaki mekanistik ve fonksiyonel ilişki araştırılmıştır. İlk olarak, 16 farklı hücre hattının CCT3 gen ekspresyonu seviyeleri belirlenmiş ve CCT3 ifadesinin CRL-2329 ve PC-3 hücre hatlarında anlamlı olarak arttığı bulunmuştur. Daha sonra, miR-24-3p, miR-128-3p ve miR-149-5p mimikleri aracılığı ile CRL-2329 ve PC-3 hücre hatlarının CCT3 gen ekspresyonu baskılanmış ve acridin orange/ethidium bromide (AO/EB) ve AnnexinV/PI boyaması, hücre döngüsü ve mitokondri membran potansiyeli (MMP) analizi, hücre içi reaktif oksijen seviyesi (ROS) ölçümü ve apoptotik modülatör gen ekspresyon analizleri ile hücrelerin CCT3 baskılanmasına karşılık gelişen apoptotik yanıtlar ölçülmüştür. CCT3'ün baskılanmasından sonra, hücre döngüsünün G0/G1 fazında tutulduğu, MMP'nin bozulduğu ve hücre içi ROS seviyesinin arttığı görülmüştür. Bu apoptotik akış işaretleri morfolojik görüntülerle, apoptotik genlerin (FADD, CAS8, CAS3, P53, BAX, BCL-2, NOXA, CAS9, APAF1 ve CYCS) istatistiksel olarak artan ifadeleri ile ve hücre içi serbest amino asit profilindeki değişimlerle doğrulanmıştır. Çarpıcı bir şekilde, CCT3'ün baskılanması, enerji metabolizmasında rol alan glutamin, beta-alanin, glisin, serin, asparagin ve sarkozin aminoasit seviyelerinde değişikliğe yol açmıştır. Sonuç olarak, CCT3'ün miRNA mimik transfeksiyonu ile baskılanması, hücre içi ROS homeostazını ve enerji metabolizmasındaki serbest aminoasit profilini değiştirerek apoptozisi tetiklemiştir. Birlikte ele alındığında, CCT3'ün miRNA-aracılı baskılanmasının, ROS-aracılı geleneksel hücre toksisitesi yaklaşımının yanında enerji yoksunluğu etkisiyle "ikili terapötik strateji" sağlayabileceği ön görülmektedir.
Peynir ve insan örneklerinden elde edilen lactobacillus cinsi bakterilerin antibiyotik dirençliliklerinin araştırılması
PEYNİR ve HASTA ÖRNEKLERİNDEN ELDE EDİLEN LACTOBACILLUS CİNSİ BAKTERİLERİN ANTİBİYOTİK DİRENÇLİLİKLERİNİN ARAŞTIRILMASI Arş. Gör. Bülent GÖGEBAKAN Yüksek Lisans Tezi Gaziantep Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü Tıbbi Biyoloji Anabilim Dalı Tez Yöneticisi: Yrd. Doç Dr. Osman ÇATALOLUK Aralık 2003, 65 sayfa ÖZET Süt ürünlerinde ve insanda bulunan ve Laktik Asit Bakterileri (LAB) ailesinin bir üyesi olan Lactobacillus türü bakterilerde erm (ermA, ermB, ermC, erm, ermGT), tetM, cat-TC ve van (van A, H, R, S, X, Y, Z, van B, X, Y, Z) antibiyotik direnç genlerinin varlığı PZT yöntemi kullanılarak araştırıldı. Bu amaçla, 14 ağız, 32 dışkı, 36 vajina olmak üzere toplam 82 insan kökenli örnek ve 20 ticari, 50 yerel peynir, 10 yoğurt, 1 ağız sütü, 15 çökelek ve 15 tereyağı olmak üzere 111 süt kökenli örnek kullanıldı. MRS sıvı (broth) ve MRS katı (agar) besiyerlerinde üretilen örneklere Gram boyama ve mikroskopi uygulanarak morfolojik çeşitliliklerine göre ağarda seyreltme yöntemiyle ortalama her örnekten 4 tek koloni alınarak tekrar MRS ağara ekimi yapıldı. Sıvı besi yerinde, ağara ilk ekimde üreyen bakterilerin ve tek koloni bakterilerinin DNA' lan bütün olarak (total DNA isolation) elde edildi, erm (ermA, ermB, ermC, erm, ermGT), tetM, cat-TC ve van (van A, H, R, S, X, Y, Z, van B, X, Y, Z) genlerine özgün primerler kullanılarak yapılan çalışmalar sonucunda ağız kökenli örneklerin % 68'inde, dışkı örneklerinin % 75'inde ve vajinal örneklerin % 80'inde ermB ve/veya tetM genlerine rastlandı. Buna karşılık süt kökenli örneklerin % 18'inde ermB ve/veya tetM genlerine rastlanılmıştır. Hiç bir örnektevan ve cat-TC genlerine rastlanmamıştır. Ayrıca ham sütte, tereyağda, ve ağız sütünde hiçbir direnç genine rastlanılmamıştır. erniB ve/veya tetM genlerine yoğunlukla insan kökenli numunelerde rastlanılmış süt ve süt ürünlerinden sadece yerel peynirlerde, ticari peynirde ve yoğurtta rastlanılmıştır. Örneklerde yapılan tiplendirme çalışmalarında Lactobacillus (L.) acidophilus (48), L. casei (5), L. plantarum (44), L. rhamnosus (33), L. jonsonii (13), türleri bulunurken L. delbrueckii, L. zeae, L. reuteri, ve L. sharpeae türlerine hiç bir örnekte rastlanılmadı. Her bir tür üzerinde yapılan PZT çalışmaları ile direnç taşıyan tür profilleri elde edilmiştir. Sonuç olarak süt ürünlerinde antibiyotik dirençliliğin pek büyük bir çapta olmamakla birlikte önlem alınması gereken boyutlarda olduğu anlaşılmaktadır. Ağız, dışkı ve vajinal florada bulunan laktobasillerin baskın bir biçimde direnç genlerine sahip olması dirençliliğin sindirim sistemi içinde elde edildiğine veya edilebileceğine işaret etmektedir. Anahtar Kelimeler: Lactobacillus, ermB, van, tetM, ve cat-TC direnci, PZT, moleküler tiplendirme
Mesane kanserlerinde kromozom 13q33-34 bölgesinin mikrosatellit haritalaması, ING1 geninin mutasyon analizi ve gen ifade düzeyinin araştırılması
Ülkemizde mesane kanseri sık kar?ıla?ılan kanserler arasında üçüncüdür. Kanser çe?itli genetik ve epigenetik deği?ikliklerin hücrede birikmesiyle ortaya çıkmaktadır. Bu genetik deği?iklikler onkogenlerin etkinliğinde artı?a veya tümör baskılayıcı genlerin etkinliğinde azalmaya neden olabilir. Tümör baskılayıcı genlerin kaybı veya etkinliğinin bozulması tümör olu?umuna yol açabilmektedir. ING ailesi genlerinin çe?itli kanser tiplerinde önemli rol alan tümör baskılayıcı genler olduğu bilinmektedir. Bu çalı?mada mesane kanseri 30 hastadan alınan normal ve tümörlü dokular kullanılarak, kromozom 13q33-34 bölgesinde mikrokayıp analizi, ING1 geni ifade analizi ve ING1 geninde dizin analizi ile mutasyon taraması gerçekle?tirilmi?tir. Yanısıra ING1 geninin özendirici bölgesi hakkında bilgi bulunmadığı için TFSEARCH ve Genomatix-MatInspector gibi çevrimiçi programlarla buraya bağlanan transkripsiyon faktörleri ara?tırılmı?tır. 13q33-34 bölgesi için seçilen DS belirleyiciler D13S285, D13S1315, D13S796, D13S278, D13S158 ve D13S779?dur. Elde edilen heterozigotluk kaybı oranları ise sırası ile %23.3, %20, %6.7, %3.3, %6.7 ve %0 ?eklindedir. En fazla heterozigotluk kaybı ING1 genini çevreleyen D13S285 ve D13S1315?te gözlenmi?tir. Gen ifade analizleri neticesinde ise 30 hastadan 7?sinin ING1 gen ifadesinde deği?iklik gözlenmi?tir. Fakat dizin analizi yöntemiyle incelenen ING1 geninin ekzonlarında mutasyona rastlanmamı?tır. Deği?ik kanser tiplerinin baskılanmasında rol alan ING1 geninin mesane kanserinde önemli bir tümör baskılayıcı gen olmadığı görülmektedir. Heterozigotluk kaybı bulgularından yola çıkarak mesane kanserinde 13q33-34 bölgesinin farklı ?aday? tümör baskılayıcı gen veya genler barındırdığı dü?ünülebilir. ??levsel özellikleri dikkate alındığında bu genlerin COL4A1, COL4A2 veya SOX1 olabileceği söylenebilir. Transkripsiyon faktörü analizleri ise ING1 geni özendirici bölgesine bağlanan faktörlerden bazılarının, ING1 i?levi ile ili?kili olabilecek, c-Rel, c-Ets gibi çe?itli faktörler olduğunu göstermi?tir. ING1 özendirici bölgesinin moleküler açıdan incelenmesinin gerekliliği görülmektedir.
Dizel Egzoz Parçacıklarının (DEP) solunum yolu epitel hücrelerinin çoğalımını ve ölümünü düzenleyen proteinlerin gen ifadesi ve bu hücrelerden inflamatuar sitokin salınımına etkisi
Kentsel alanlarda havada uçuşan partiküler maddenin çok önemli bir kısmını dizel yakıtlarının yanması ile dışarıya salınan dizel egzoz partikülleri (DEP) oluşturmaktadır. DEP'e maruziyetle, kronik obstrüktif akciğer hastalığı (KOAH), şiddetli astım, solunum enfeksiyonlarına hassasiyetin artması ve pulmoner inflamasyonlar gibi çok ciddi sağlık problemleri arasında yakından ilişki vardır. Bununla birlikte DEP'e bağlı oluşan akciğer hastalıklarının mekanizması tam olarak açıklanamamıştır. Bu çalışmada DEP'in insan primer bronş epitel hücreleri ve akciğer alveol hücre dizileri olan A549 hücrelerinin hücre döngüsü ve apoptozisini düzenleyen genlerin mRNA ekspresyon seviyelerine olan etkisi araştırılmıştır. KOAH'lı, sigara içen ve sigara içmeyen hastalardan elde edilen primer bronş epitel hücrelerine; Serumsuz kültür vasatı, 10 ? g/ml DEP ve 100 ? g/ml DEP olmak üzere üç farklı çalışma grubu maruz bırakılmıştır. Akciğer alveol hücre dizileri olan A549 hücreleri serumsuz kültür vasatı, serumlu kültür vasatı (%10FCS) ve 50 ? g/ml DEP'e maruz bırakılmıştır. Ayrıca 5O ? g/ml DEP varlığında JNK ve ERK inhibitörleri (10 ?M, 33 ?M,) ve n-asetil sistein ( NAC33 mM) içeren çalışma grupları eklenerek bu maddelerin DEP'in etkilerini nasıl etkileyeceği de araştırılmıştır. Bu hücrelerden elde edilen cDNA örnekleri ile bu hücrelerdeki hücre döngüsü ve apoptozisini düzenleyen siklinE, siklin bağımlı kinaz2, siklin-siklin bağımlı kinaz inhibitörü P21, transkripsiyon faktörü NF-?B, proto onkogen c-MYC, MAPK yolağı düzenleyicileri Jnk2 ve Erk2 genlerinin mRNA ekspresyon seviyeleri RT-PCR yöntemiyle çalışılmıştır. Ayrıca hücrelerin DEP maruziyeti sonrasında enzyme linked immunosorbent assay (ELISA) yöntemi ile interlökin (IL)-8 ve granulosit makrofaj koloni stimule edici faktör (GM-CSF) salınımı araştırılmıştır. Çalışma sonucunda DEP'in insan primer bronş epitel hücreleri ve akciğer alveol hücre dizileri olan A549 hücrelerinin hücre döngüsü ve apoptozisini düzenleyen genlerin mRNA ekspresyon seviyelerinde önemli değişiklikler meydana getirebileceğini destekleyen sonuçlar bulunmuştur.
Pankreas kanserli hastalarda kaspaz 10 geninin analizi ve cDNA seviyesinde gen ifade düzeyinin incelenmesi
Pankreas kanseri, ölüm oranı en yüksek olan kanser tiplerinden biridir. 5 yıllık sağ kalım oranı %5'den azdır. Pankreas kanserinde kazanılmış veya kalıtılmış gen mutasyonları vardır. K-ras onkojeninin tetiklenmesi ile beraber tümör baskılayıcı genlerin (p53, DPC4, p16 ve BRCA2) etkinliğinin kaldırılması pankreas kanseri gelişiminde önemlidir. Hücrenin işlevsel farklılaşmış halde kalması, yaşlanma sonunda ölüme gitmesi veya farklılaşmış hücrenin hücre döngüsüne girerek çoğalma seyri p53 tarafından kontrol edilir. Özellikle farklılaşmış hücrenin değişen ortamı sebebiyle (bazı gen ürünlerinin gereğinden fazla sentezlenmesi veya ortamda bulunması gibi) normal olmayan bir durum sözkonusu ise hücre döngüsü p53 gen ifadesi artar ve hücre döngüsü duraksatılmaya çalışılır. Pankreas kanserinde tümör baskılayıcı geni p53'ün %50'den fazla mutasyona uğradığı sıkça rapor edilmiştir. Pankreas kanserinde %10-20 oranında ailesel bir geçis olduğu tahmin edilmektedir. p53 hücre dışı uyarımlı apoptotik yolağı Fas, DR5 ve PERP gibi zarlararası proteinlerinin genlerini tetikleyerek işlevsel hale getirir, hücre içi apoptotik yolakta mitokondriya ile ilşkili olup, proapoptotik ve antiapoptotik genleri sırasıyla işlevsel hale getirir veya çalıştırır. Hücre dışı ve hücre içi programlı hücre ölümünde etkin rol alan kaspazlar büyük bir proteaz enzim ailesidir. Başlatıcı kaspazlardan olan Kaspaz 10 proapoptotik hücre dışı uyarı ile yolaktaki diğer kaspaz üyelerinin işlevsel hale gelmesini sağlar. Kaspaz 10 zarlararası almaçları veya sitotoksik etkiye sahip maddeler ile etkileşerek etkin hale geçerler. Pankreas kanserinde 2q33 kromozom bölgesinde bulunan caspase 10'un mRNA genomik yapısı ve gen ifade seviyesi belirlenmiş ve kanser gelişimi arasındaki olası ilişki ortaya konulmaya çalışılmıştır.
Böbrek taşı hastalıklarında bikunin gen çok yapılılığı ve mutasyon taraması
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
Toll benzeri alıcı proteinlerinden tlr-2 (arg677trp) ve tlr-4(asp299gly ve thr399ıle) geni üzerindeki mutasyonların behçet hastalığı ile ilişkisi ve sıklıkları
Behçet hastalığı nedeni tam olarak anlasılamamıs, ağız yaraları, genital bölge ülserleri, eritema nodozum, ve buna eslik eden üveitle karakterize edilen kronik iltihabı bir hastalıktır. Hastalığı bir bakterinin veya bir virüsün tetiklediği düsünülmektedir. Toll benzeri alıcı proteinlerin fonksiyonların anlasılmasıyla beraber doğustan gelen immun sistemin bakteri ve virüs antijenlerini toll benzeri alıcı proteinlerle algıladığı ortaya çıkmıstır. Toll benzeri alıcı proteinlerin bu bakteri ve virus antijenlerini tanımasıyla baslayan sinyal iletim mekanizması doğustan gelen immün cevabı uyaran genlerin ifade edilmesini sağlar. Öte taraftan bu uyarı iletim sitemindeki bir bozukluk asırı immün cevabın olusmasına ve immun cevabın olusmamasına neden olabilmekde ve buda Behçet hastalığının etyolojisinde rol oynayabilmektedir. Bu arastırmanın amacı Toll benzeri alıcı proteinlerde olan mutasyonların Behçet hastalığıdaki önemini arastırmaktır. Bu nedenle TLR 2 ve TLR 4 üzerinde bulunan TLR2 Arg677Trp, TLR4 (Asp299Gly , THR399Ile) mutasyonlarının Behçet Hastalığı ile iliskisi ve mutasyonların Behçet hastalarında sıklığını kontrol etmek için bu mutasyonları içeren gen bölgeleri Polimeraz zincir reaksiyonu ile çoğaltılmıs ve bu çağaltılan bölgeler Restriktion enzimi uzunluk polimorfizmleri yöntemi ile kontrol edilmistir. Herhangi bir mutasyona rastlanmamasına rağmen THR399Ile için çoğaltılan bölgede hasta ve kontrol grubunda hem uzun(124 bç) hem kısa allele rastlanmıstır. Bu kısa allelin aranılan mutasyonla iliskisi yoktur fakat daha önce böyle bir durum rapor edilmediği için bu kısa allelin sekans analizi yapılması gerekmektedir.
Matriks GLA protein (MGP) gen çok yapılılığının böbrek taşı hastalarında araştırılması
Taş oluşumu; kristal çekirdekleşmesi, büyüme, kümelenme ve böbrek epiteline tutunma aşamalarından oluşan bir işleyiştir. İdrar bu süreci değiştiren ve böbreği taş oluşumuna karşı koruyan çeşitli makromolekülleri ihtiva etmektedir. Bunlardan matriks Gla protein (MGP) doku kalsifikasyonunun önlenmesinde oldukça etkin olduğu ve taş oluşumunun da önleyicisi olabileceği düşünülmektedir. Matriks Gla Protein geninin yapısal ve özendirici gen bölgelerinde saptanan nükleotid değişimlerinin taş hastası ve normal bireyler arasındaki dağılımının taş oluşumu ile ilişkisinin belirlenmesi için bu çalışma planlanmıştır. Klinik olarak böbrek taşı oluşturduğu tespit edilen, ailesel hikâyeye sahip 88, kendiliğinden taş oluşumu gözlenen 111 böbrek taşı hastası ile 94 sağlıklı bireyden DNA analizi yapmak amacıyla kan örneği alındı. Elde edilen DNA'lar, MGP geninin kodlayıcı ve özendirici (promoter) bölgesindeki çeşitli nükleotid değişimlerini kapsayan, 3 çift primer seti kullanılarak Polimeraz Zincir Tepkimesi'ne (PZT) tabi tutuldu. Çoğaltılan gen bölgeleri RFLP yöntemi ile gen çokyapılılığı (polymorphism) yönünden analiz edildi. MGP geni özendirici bölgesinde yer alan T-138C ve G-7A değişimi ile genin 4. ekzonunda rastlanan Thr83Ala değişiminin incelendiği çalışmamızda her 3 gen çokyapılılığının da gruplar arasındaki dağılımları belirlenmiştir. Yapılan ki-kare analizlerinde her 3 bölge için gruplar arasındaki dağılımda anlamlı bir fark görülmemiştir. Hardy-Weinberg eşitliğine uygunluğu açısından değerlendirilen her 3 nükleotid değişiminde G-7A normal bir dağılım sergilerken diğer iki değişimin (T-138C, Thr83Ala) sapma gösterdiği belirlenmiştir. Bunlardan Thr83Ala için hasta grubunda farklı bir dağılım görülürken, T-138C için hem hasta hem kontrol grubunda sapma gözlenmiştir. Ayrıca yapılan haplotip analizleri T-A-Thr ve C-A-Ala gibi iki haplotip öbeğinin taş oluşum riski ile ilişkili olduğu göstermiştir. Bu çalışma böbrek taşı oluşum mekanizmasında etkin rol oynayan diğer proteinlerin de gen bölgelerinin çalışılması gereğini ortaya çıkarmıştır.
SOCS geni özendirici bölgesi gen çokyapılılığının metastatik kolorektal kanserli hastalardaki sıklığı
Bu çalışmada kolorektal kanserli hastalarda SOCS geninin özendirici (promoter) bölgesindeki gen çok yapılığı ortaya konulmaya çalışılmıştır. SOCS proteinleri hücre uyarı-ileti yolağının kontrolünde önemli belirleyici proteinlerdir. Metastatik korolektal kanserli 103 ve 76 sağlıklı bireyden elde edilen DNA'lardan SOCS3 geninin promoter bölgesine uygun primerler kullanılarak SSCP yöntemi ile analiz edildi. SOCS3 geni promoter bölgesine uygun tasarlanan 5 çift primer ile yapılan SSCP sonucunda korolektal kanserli hastalarda SOCS3 geni promoter bölgesi ile korolektal kanseri gelişimi arasında ilişkinin olmadığını destekleyen sonuçlar bulunmuştur.
Menenjitli hastalarda iltihabi cevabın şiddetini etkileyen moleküler mekanizmaların gen ifade seviyeleri ve genomik bakımından incelenmesi
Menenjit, çeşitli mikroorganizma ve virüslerin neden olduğu, beyin zarlarını ve beyin dokusunu zedeleyen, beyin omurilik sıvısında hücresel ve biyokimyasal değişikliklere sebep olan, klinikte çeşitli nörolojik bulgular gösteren iltihabi bir hastalıktır. Menenjit çok sık olmamasına rağmen, halen normal konakta gelişen en ciddi bulaşmadır. Hastalığın seyrinde ölüm ve tedavi sonrası kalıcı hasar olasılığı yüksektir. Her on hastadan biri kaybedilmekte ve yedi olgudan birinde sağırlık veya çeşitli beyin zedelenmeleri sonucu kalıcı hasarlara yol açmaktadır. Hayvan deneyleri ile geliştirilen menenjitlerde, bakterilerin sebep olduğu iltihap nedeni ile beyin omurilik sıvısına sızan lökositlerin, beyin dokusunda zedelenme gelişimine katkıda bulunduğu, beyin ödemini ve kafa içi basıncı arttırdığı gösterilmiştir. Bu çalışmada, menenjit geçiren kişilerde, iltihabın şiddetini etkileyen moleküler mekanizmaların, genomik ve gen ifadesi seviyeleri açısından önemi araştırıldı. İltihabi yanıt şiddetinin artmasında etkili iNOS, nNOS, eNOS, COX2 genlerinin ifade seviyeleri çalışmaya dahil edilmiştir. Ayrıca bu çalışmada SOCS3 ve IL-10 gibi bağışıklık yanıtı baskılamada etkili genlerin ifadeleri ve IL-10 geninin özendirici bölgesindeki gen çok yapılılığınının hastalıkla ilişkisi araştırıldı. Çalışmanın sonucunda hasta kan ve BOS örneklerinde özellikle IL-10 gen ifadesinin kontrol grubuna göre belirgin bir şekilde arttığı bulundu. Ancak IL-10 özendirici bölge gen çok yapılılığında, kontrol grubuna göre bir farklılık tespit edilmedi. Yaptığımız çalışma insan beyin omurilik sıvısına sızan lökositlerin gen ifadesi düzeyinde araştıran ilk çalışmadır. Bu ön çalışma sonuçlarına göre SOCS3, COX2, iNOS ve nNOS gen ifadeleri kontrol grubuna göre farklılık göstermedi. Menenjitli hastalarda, eNOS ve IL-10 gen ifadesinin anlamlı bir şekilde artması, iltihabi cevabın şiddetinin çok sıkı kontrol altında olduğu anlaşılmaktadır. Bu ön bulgular ile menenjit tedavi ve tanısında daha ileri moleküler çalışmaların devamının gerekliliği ve iltihabi gelişimin baskılanmasında görevli genlerin ifadelerinin yüksek oluşunun önemi anlaşılmıştır.
Kronik myelositer lösemide (KML) endotelyal nitrik oksit sentaz gen polimorfizmlerinin sıklığı ve KML'de kromozom düzensizliklerinin (10-22 no'lu kromozomlar ve cinsiyet kromozomları) MLPA yöntemi ile araştırılması
Bu çalışmada; Kronik Myelositer Lösemi'deki (KML) kromozomal düzensizliklerin MLPA (Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification) yöntemi ile özellikle onkogen (EMS1, CRK, ERBB2, HRAS vb.), transkripsiyon faktörü (RENT2, NFKBIA, RELA vb.), sinyal iletimi (CDKN1B, SPG3A vb.), sitokin (TNFRSF7 vb.), tümör süpresör (BRCA1, MDM2, BRCA2, RB1) ve apoptozis regülasyonu (MOAP1, BAX, PDCD8 vb.) ile ilgili 34 genin yeraldığı kromozom bölgelerindeki düzensizliklerin araştırılması (BCR-ABL pozitif 48 hasta ve 15 sağlıklı kontrol) amaçlanmıştır. Ayrıca BCR-ABL pozitif 60 hasta ve 60 kontrol ile NOS3 geni -894 ve intron 4 VNTR polimorfizmleri çalışılmıştır. Elde edilen sonuçlar hem kendi içinde hem de klinik parametrelerle karşılaştırılarak analiz edilmiştir. MLPA analizleri sonucunda; 5 KML hastasının Nükleer Faktör Kappa B (NFKBI) geninde ve 1 KML hastasının T-Hücre Translokasyon Geni 2 (LMO2) geninde duplikasyon saptanmıştır. Değerlendirmeye alınan tek değişkenli analizde 7 yıllık olaysız sağkalımı etkileyen ve p değeri< 0,010 bulunan yaş, sokal risk sınıflaması, splenomegali, lökositoz (>50000) ve NOS3 gen polimorfizmi çok değişkenli analizde değerlendirildiğinde parametrelerin tümü anlamını kaybetmiş fakat NOS3 (-894) p= 0,084 olarak değerlendirmeye alınan diğer prognostik parametrelerin içinde anlama en yakın olarak bulunmuştur. Sokal risk sınıflandırması ve ELN kriterlerine göre GT/TT ve GG alel dağılımları arasında sıklık bakımından istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki bulunmuştur. NOS3 polimorfizmleri analizinde; Hardy-Weinberg Eşitsizliği (HWE) için kontrol ve KML hasta grubu karşılaştırıldığında KML grubunda HWE'den sapma gözlenirken kontrol grubunda sapmanın olmadığı belirlenmiştir. Sonuç olarak; bu tez KML'de, 11. ve 14. kromozomda saptanan duplikasyonlar ile NOS3 gen polimorfizmlerinin klinik parametrelerle karşılaştırıldığı ilk çalışma olup NOS3 polimorfizmleri ile KML arasında anlamlı bir ilişkinin olduğu gösterilmiştir.
PPP1R16A geni ve papiller tiroid karsinom arasındak ilişkinin araştırılması
Tiroid kanserleri, tüm insan kanser tiplerinin yaklaşık olarak % 1'ini oluşturmaktadır. Foliküler hücrelerden köken alan, tiroid kanserinin farklılaşmış tipi olan papiller tiroid karsinom, tiroid kanserinin en yaygın histolojik tipidir ve tüm tiroid malignitelerinin yaklaşık olarak %85'ini temsil etmektedir. PPP1R16A geni, serin/treonin fosfataz-1 proteininin alt ünitelerinden birini kodlamaktadır. Protein fosfataz 1'in glikojen metabolizmasının kontrolü, kas kasılmasındaki sinirsel etkinlikler, RNA'nın düzenlenmesi, hücre döngüsü, programlı hücre ölümü, protein sentezi ve kanal ile membran almaçlarının düzenlenmesinde görev aldığı bilinmektedir. Yapılan çalışmalarda, PPP1R16A geni ve papiller tiroid karsinom arasında bir ilişki olduğu ve bu genin ifadelenmesinin papiller tiroid karsinomda düştüğü gösterilmiştir. Bu çalışmada, Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Patoloji Anabilim dalında incelenmiş ve papiller tiroid karsinom tanısı konmuş 17 hastadan alınan tümör ve normal doku örnekleri çalışılmıştır. Tiroid kanserinin papiller tiroid karsinom alt tipi ile ilişkilendirilen PPP1R16A geninin ekzonları ve 5' yukarı bölgesinde bulunan yaklaşık 3000 baz çiftlik bir kısmı polimeraz zincir reaksiyonu ile çoğaltılmış ve farklılıkları ortaya koymak amacıyla, SSCP (tek zincir konformasyon polimorfizmi) yöntemi ve DNA dizin analizi yapılmıştır. Çalışılan bu örneklerin 16'sında taranan bölgelerde ait herhangi farklılığa rastlanmaz iken, 1 tanesinin 5'upsteram bölgesinde 111830432 SNP referans numaralı C nükleotidinin G nükleotidine dönüştüğü saptanmıştır. İlerde farklı tekniklerle yapılması planlanan çalışmalarda, papiller tiroid kanseri ve PPP1R16A geni arasındaki ilişkinin daha iyi ortaya konulacağı, hastalığın tanı ve tedavisine farklı bir bakış açısı kazandıracağı düşünülmektedir.
Meme kanserlerinde HtrA gen ailesinin gen ifade seviyelerinin incelenmesi ve HtrA proteinlerinin arşiv materyallerinde immunohistokimyasal olarak tesbit edilmesi
Meme kanseri kadınlarda en çok görülen kanser olmasının yanında, bir çok ülkede kadınlardaki kanser ölümlerinin de başlıca nedenidir. Meme kanserlerinin büyük çoğunluğu sporadik olmakla birlikte yaklaşık %20'si kalıtsal nedenlidir. High temprature requirement factor A family (HtrA) protein ailesi bir serin proteaz ailesi proteinlerdir. Bilinen HtrA ailesi proteinleri HtrA1, HtrA2, HtrA3 ve HtrA4'dür. HtrA gen ailesi gelişme ile ilgili olup, yüksek seviyedeki ifadeleri organizmanın canlılığının ve gelişmesinin muhafaza edilmesinde önemli bir role sahiptir. Memeli HtrA protein üyelerinden bazıları apoptosis düzenleyicileri ve kemoteropotik hücre sitotoksitesinin tetikleyicileri olarak tanımlanırlar. Bu çalışmadaki amacımız, meme kanserli hastaların cerrahi olarak alınmış tümörlü ve normal dokularında, HtrA gen ailesinin mRNA ifade seviyesini ve protein seviyesini sırasıyla RT-PCR ve uygun antikorlar kullanarak immunohistokimyasal yöntemlerle tanımlamaya çalışmaktır. Çalışma için meme kanserli 53 hastanın kanserli ve ona komşu normal dokusu alındı ve kullanılana kadar -80 0C'de saklandı. Kanserli bölgeler sağlıklı dokulardan ayrılarak moleküler ve immünohistokimyasal analizler için kullanıldı. Elde edilen sonuçlarla HtrA gen ailesinin kanserli ve normal dokulardaki mRNA ifade ve protein ifade seviyeleri ile kanserin evreleri arasındaki ilişkiler istatiksel olarak değerlendirildi. HtrA2 va.1 ve HtrA2 mRNA ifade seviyelerinin sırasıyla G1'den G3 evrelerine ve menopoz öncesinden sonrasına doğru gidildiğinde anlamlı bir şekilde azaldığı görülmüştür. Ancak bu bulgular tek başına, HtrA ailesi protein seviyelerinin düşüklüğüne bağlı olarak apoptotik mekanizmaların işlevsizliğini göstermez. Bu nedenle IAP ailesi engelleyicileri gibi diğer metabolitlerinde tayin edilerek meme kanserlerinde apoptotik yolağın işlevsel özelliği hakkında bilgi sağlanabilir. Sonuç olarak kanser hücrelerinin kontrol edilemeyen çoğalımının yol açtığı, kanserin kötü huylu gelişiminin tanımı hala çözüm beklemektedir.
Düzce ilinde akraba evliliği sonuçları
Düzce populasyonunda akraba evliliği oranı ve tıbbi etkilerini saptamak amacıyla yapılan çalışmada rastgele seçilim yöntemi ile şehir merkezinde, ilçe, belde ve köylerde 1000 aile ziyaret edilerek evli kadınlara birer anket formu dolduruldu. Anket formunda kadınlara yaşı, eğitim durumu, nerede yaşadığı, akraba evliliği yapıp yapmadığı, etnik kökeni, düşük, ölü doğum, konjenital anomalili çocuğu olup olmadığı sorulmuş, elde edilen bilgiler değerlendirilmiştir.Düzce ilinde akraba evliliği oranı %11,5 olup, bu oranın %8,1'i 1.kuzen evliliği,%2,7'si 1,5.kuzen evliliği,%0,2'si 2.kuzen evliliği olduğu saptandı. Ortalama soyluluk katsayısı a=0,00471 olarak hesaplandı.Akraba evlilikleri kadının yaşına göre değerlendirildiğinde 30 yaş ve altı kadınlarda %17, 31-40 yaş arası kadınlarda %11,6, 41-50 yaş arası kadınlarda %37,50 yaş ve üstündeki kadınlarda %18 olarak bulunmuştur.Kadının eğitim durumu ile akraba evliliği arasındaki ilişki incelendiğinde üniversite mezunu kadınların diğer kadınlardan belirgin olarak daha az akraba evliliği yaptığı tespit edildi.Akraba evliliği ile kadının yaşadığı yer arsındaki ilişki incelendiğinde anlamlı bir fark saptanmamıştır.Etnik köken ile akraba evliliği arasındaki ilişki incelendiğinde, etnik kökeni Doğu Karadeniz olanların en yüksek oranda akraba evliliği yaptığı görülmüştür. Daha sonra sırasıyla Doğu Anadolu, Gürcü, İç Anadolu ve yerli halk gelmektedir.Akraba evliliği ile spontan abortus ilişkisi incelendiğinde akraba evliliği yapan kadınlarda sportan abortus sıklığının yaklaşık 2 kat yüksek olduğu saptanmıştır. Ölü doğumla akraba evliliği arasında bir ilişki bulunamamıştır.Akraba evliliği yapan kadınların çocuklarında zeka geriliği ve gelişme geriliği sıklığı akraba evliliği yapmayanlara göre anlamlı olarak fazla bulunmuştur.
RHO-kinaz (ROCK) inhibitörlerinin moleküler modelleme yöntemiyle incelenmesi
Rho-kinaz (ROCK), serin/treonin protein kinaz ailesinin bir üyesi olup yaklaşık 160 kDa ağırlığındadır. Bu enzimin ROCKI ve ROCKII olmak üzere iki izoformu bulunmakta olup, her iki enzimde tüm hücrelerde eksprese edilmektedir. ROCKI'in akciğer, karaciğer, dalak, böbrek ve testiste, ROCKII'nin ise beyin ve kas hücrelerinde daha fazla eksprese edildiği bilinmektedir. Rho ile etkileşerek aktive olan ROCK, düz kas kasılması, hücre büyümesi, adezyonu, migrasyonu, motilitesi, gen ekspresyonu ve apoptozu de içeren birçok farklı hücresel fonksiyonlarda etkili olmaktadır. Bu etkileri ile kanser hücrelerinin invazyon ve metastatik aktivitelerini düzenlemektedir. ROCK inhibitörleri ile bu hücresel fonksiyonların azaltıldığı ve kanser hücrelerinde metastazın baskılandığı gösterilmiştir. Bu çalışma ile ROCKI ve ROCKII enzimlerine karşı deneysel çalışmalar sonucunda terapötik potansiyel gösteren 156 adet inhibitör yapının moleküler doking çalışması ile atomik seviyede etkileşim mekanizmalarının belirlenmesini amaçlanmıştır. Bu analiz sonucunda, her iki enzime özgü etkileşim bölgeleri belirlenmiş olup, ROCKI için Val90, Lys105, Val137, Asp160, Asp202, ROCKII için ise Arg100, Ala119, Lys121, Ala213 ve Asp218 aminoasitlerinin daha yaygın etkileşimde bulunduğu gözlemlenmiştir. Bu bilgiler doğrultusunda, enzimlerin belirlenen etkileşim bölgesine yönelik daha etkin ve spesifik ROCK inhibitörlerinin geliştirilmesiyle ROCK'ın görev aldığı hastalıkların tedavi edilmesine imkan sağlanabilecektir.
İnfertil erkeklerin semen örneklerinde otofaji ilişkili genler ve uzun kodlamayan ribonükleik asit (RNA) gen ifadelerinin araştırılması
Son zamanlarda yapılan çalışmalarda, uzun kodlamayan RNA (long non-coding RNA; lncRNA)'ların spermatogenez sürecinde görev aldıkları ortaya konmuştur. Mevcut çalışmada testis dokusunda ve sperm örneklerinde varlığı saptanan bazı lncRNA'ların ifadelerinin normospermik ejakulat örnekleriyle infertil bireylerden elde edilen belirli anomalilere sahip ejakulat örneklerinde karşılaştırılması amaçlamıştır. Çalışmaya 30 sağlıklı kontrol, 30 astenospermia, 30 teratospermia ve 30 oligoastenoteratospermia'lı birey dahil edildi. Bu bireylerden rutin spermiogram analizleri sırasında elde edilen ejakulat örnekleri toplandı. Ejakulat örneklerinde qRT-PCR yöntemi ile 8 tane otofaji ilişkili lncRNA ve 4 tane otofaji ilişkili gen olmak üzere totalde 12 genin ifade profilleri analiz edildi. Kontrol grubuna göre analiz edilen gen ifadelerinin asteno ve teratospermia gruplarında anlamlı olarak değişmediği ancak oligoastenoteratospermia grubunda H19, HOTAIR, MALAT1, NBR2, HULC, ROR, ATG7 ve LC3 gen ifadelerinin anlamlı olarak arttığı; TGFB2, MEG3, Beclin1 ve ATG5 gen ifadesinin ise değişmediği gözlendi. LC3 ifadesinin kontrole göre oligoastenoteratospermia grubunda anlamlı olarak arttığı gözlendi Otofaji indükleyici lncRNA ve genlerin oligoastenoteratospermi hastalarda yüksek miktarda ifade edildiği belirlendi. Bu veri özellikle oligoastenoteratospermia etyopatogenezinde otofajide görevli lnc-RNA'ların ve genlerin ifade artışlarının önemli roller oynayabileceğini ve otofajik düzenlenmenin ciddi bir şekilde bozulduğunu göstermektedir. Özellikle oligoastenoteratospermia hastalarında otofajik baskılayıcıların terapotik birer hedef olabileği öngörülmektedir.
Prematür over yetmezlik sıçan modellerinde mitokondrial biyogenez yolaklarının araştırılması
Prematür over yetersizliği (POY) 40 yaşından önce ovaryan fonksiyonların durması nedeni ile oluşan amenore durumu olarak tanımlanmaktadır. Bu süreçte reaktif oksijen türleri (ROS) ve mitokondrial biogenezin önemli roller oynadığı ifade edilmektedir. Projede sisplatin ve stresin over dokusu ve öğrenme üzerine olan kötü etkilerinin önlenmesinde AP39'un rolü olup olmadığının ve POY gelişiminde mitokondrial biyogenez yolaklarının rolünün belirlenmesi amaçlanmıştır. Spraque Dawley cinsi 60 adet dişi sıçan her grupta 10 hayvan olacak şekilde kontrol, AP39, sisplatin, sisplatin+AP39, stres ve stres+AP39 grubu olarak ayrılmıştır. POY 10 gün süreyle 10mg/kg sisplatin veya immobilizasyon stresi ile oluşturulmuştur. 55 günlük çalışma süresi sonunda son 5 gün boyunca Moris su tankı testi yapılarak POY'un bellek üzerine etkisi incelenmiştir. Sıçanlar dekapite edilerek hormon seviyeleri, boy, kilo, over ağırlığı, siklus takibi, mitokondrial biogenez gen ifadeleri gibi parametreler kontrol grubuyla karşılaştırılarak araştırılmıştır. Kontrol grubuna göre sisplatin ve stres gruplarında boy, kilo, over ağırlığı ve serum E2 düzeylerinde anlamlı azalma, siklus döngüsünde bozulma, serum FSH ve LH değerlerinde artma olduğu belirlendi. Mitokondrial biyogenez ve over ile ilişkili genlerin kontrole göre hem sisplatin hemde stress gruplarında anlamlı olarak değiştiği saptandı. Hipokampus ve hipotalamus dokularında öğrenme ilişkili gen ifadelerinin anlamlı olarak değiştiği bulundu. Moris'in su tankı test verileri stres ve sisplatine maruz kalan sıçanlarda kontrole göre öğrenme güçlüğünün oluştuğunu ortaya koydu. Sisplatinin ve stresin benzer şekilde POY'a yol açtığı, öğrenme sürecini bozduğu ve over dokusunundaki normal mitokondrial biogenez ve folikülogenez süreçlerini bozduğu ancak AP39'un iyileştirici etkisinin sınırlı düzeyde olduğu gösterilmiştir.
Meteorin benzeri olarak bilinen yeni bir hormonun kalp iskemi reperfüzyon hasarındaki rolünün araştırılması
Miyokart infarktüsü (MI), yüksek mortalite ve morbidite oranına sahip bir kalp rahatsızlığıdır (KR). Egzersizin MI üzerinde koruyucu etkileri olduğu bilinmesine rağmen bu süreçte görev yapan aracı moleküller tam olarak bilinmemektedir. Çalışmamızda kalp ve kas dokuda sentezlendiği bilinen METRNL'nin kalp iskemi hasarındaki rolünün araştırılması amaçlanmıştır. İnsan kontrol ve MI serum örneklerinde (n=200) METRNL düzeyi ELİSA analizi kullanılarak değerlendirildi. Wistar albino sıçanlar; kontrol, I\R, egzersiz (E), I\R+E, I\R+M ve I\R+E+M olmak üzere her grupta 6 sıçan olacak şekilde 6 gruba ayrıldı (n=6). Egzersiz için 6 hafta treadmill koşu uygulaması yapıldı. Sıçan in vivo iskemi/reperfüzyon modeli oluşturuldu. Kalp, kas, beyaz yağ (BY) doku ve damar dokusunda mitokondriyal biyogenez (MB) ile ilişkili genlerin ifadelenme düzeyleri qRT-PCR ile yapıldı. Kalp, kas ve serum örneklerinde METRNL, IL-4, CK-MB ve ATP düzeyleri ELİSA ile değerlendirildi. METRNL'nin damar kasılmaları üzerine etkisinin belirlenmesi için izole organ banyosu uygulandı. Kontrol ile karşılaştırıldığında insan serum METRNL düzeylerinin MI hastalarında değişmediği tespit edildi. Kontrol grubuna göre, I/R grubunda kalp METRNL ifadesinin anlamlı olarak azaldığı gözlendi. Kalp METRNL düzeylerinin egzersiz yapan tüm gruplarda normalleştiği belirlendi. Kontrole göre diğer gruplarda, kalp ve kas dokularında MB ile ilişkili gen ifadelerinin anlamlı olarak değişim gösterdiği saptandı. METRNL verilen gruplarda TFAM düzeylerinin anlamlı olarak arttığı gözlendi. İzole organ banyosu deneyinde METRNL'nin 12,5 µg/ml dozunda vasküler kontraksiyonları önemli ölçüde arttırdığı bulundu. Mevcut çalışmanın, egzersizin I/R'deki koruyucu özelliğinin MB ile ilişkili olduğu gözlenmiştir. METRNL'in I/R hasarında azaldığı ve egzersizin bu azalmayı normalleştirdiği bulundu. METRNL'in sıçan kalp I/R modelinde TFAM seviyelerini artırarak, EKG bulguları iyileştirerek ve vasküler kontraksiyonları artırarak koruyucu özelliklere sahip olabileceği düşünülmektedir.
Elabela hormonunun sıçan böbrek hasarındaki rolünün araştırılması
Böbrek hasarı uzun dönem kalıcı izler bırakan hala etyopatogenezi tam olarak bilinmeyen bir süreçtir. Böbrek fibrozisinde asıl hedef, sürecin yavaşlatılması durdurulması ve nihayetinde doku hasarının geriye döndürülmesidir. Bu süreçten sorumlu olan moleküllerin tanımlanması bu açıdan oldukça önemlidir. Son zamanlarda tanımlanmış ve renal sistemde sentezlendiği bilinen yeni bir hormon olan Elabela (Ela) (Ela-32, Ela-21, Ela-11) adlı proteinin bu yolaklarda görevli olabileceği düşünülmektedir. Çalışmada sıçanlarda Doksorubisin (Dox) ile oluşturulacak böbrek fibrozis hasarında bu hormonun değişiminin ve muhtemel etkisinin değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Toplam 28 adet wistar albino erkek sıçan; kontrol, Ela-21, Dox ve Dox+Ela-21 olmak üzere, her grupta 7 hayvan olacak şekilde ayrıldı. Kan ve böbrek dokularında Elabela, KIM-1, NGAL, IL-6, Smad3, Kollojen I ve III gen ifadelerinin belirlenmesi için qRT-PCR, ELİSA ve immünohistokimya analizleri kullanıldı. Kontrol grubuyla karşılaştırıldığında; Ela-21 uygulamasının Dox grubunda artan serum IL-6, NGAL, Kim-1, MDA ve biyokimyasal parametreleri normalize ettiği histolojik olarak böbrek tübül ve glomerül hasarını azalttığı gösterilmiştir. Mevcut çalışma, temel olarak Ela-21 peptidinin, Dox ile oluşturulan sıçan böbrek hasarı modelindeki etkilerinin moleküler, histolojik ve biyokimyasal olarak gösterildiği ilk çalışmadır. Bu çalışmadan elde edilen veriler, Ela'nın sıçan böbrek hasarının onarılması için potansiyel aday olabileceğini göstermektedir. Çalışma verilerinden yola çıkılarak, Ela-21 peptidinin etkinliğinin başka sıçan böbrek hasar modellerinde çalışılarak, mevcut verilerin desteklenmesine ve doğrulanmasına gereksinim vardır. Anahtar Kelimeler: Fibrozis, Apela/Elabela/Toddler, böbrek hasarı, Doksorubisin
Kronik hafif stres ile oluşturulan sıçan depresyon modelinde iyon kanal inhibitörlerinin tedavi etkinliğinin belirlenmesi
Majör depresif bozukluk (MDB), yaygın bir ruh sağlığı problemidir. Hastalığın patofizyolojisinde iyon kanallarının ve miRNA'ların fonksiyonu olduğu bilinmektedir. Mevcut çalışmamızda, kronik hafif stres (KHS) MDB modelinde, beynin hipokampus ve prefrontal korteks dokularında sentezlenen 115 iyon kanalının ifadesinin değerlendirilmesi ve artış yönünde değişimi tespit edilen 3 iyon kanalına spesifik inhibitörlerin tedavi etkinliğinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışmada, Wistar albino erkek sıçanlar; Kontrol, KHS, Sham ve KHS+ inhibitör grupları şeklinde ayrıldı. MDB, 7 haftalık KHS uygulamasıyla oluşturuldu. Kontrol ve KHS gruplarında qRT-PCR ile iyon kanallarının ifadeleri belirlendi. İfadesi yüksek olan 3 iyon kanalına (TRPC1, CHRNA6, TRPM4) spesifik inhibitörlerle (Pico145, BpiDl, 9-Phenanthrol) deneklere tedavi uygulandı. Bu iyon kanallarını hedefleyen miRNA'ların ifadeleri değerlendirildi. KHS'nin ve tedavilerin etkisi, davranış deneyleriyle ve nörotransmitter düzeylerinin ölçülmesiyle belirlendi. Sonuçlarımıza göre KHS, hipokampusta 13, prefrontal kortekste 16 iyon kanalının ifadesinde anlamlı artışa neden olmuştur. Zorunlu yüzme testinde ve yükseltilmiş artı labirent testinde Pico145, BpiDl ve 9-Phenanthrol'ün, açık alan testinde Pico145'in antidepresan benzeri etkisinin olduğu belirlenmiştir. Tüm grupların beyinlerinin serotonin ve noradrenalin seviyelerinde değişim olmazken dopamin seviyelerinin arttığı, KHS ve KHS+Pico145 gruplarında ise asetilkolin seviyelerinin azaldığı görülmüştür. Değerlendirilen iki dokuda da miRNA'lardan 6'sının KHS'de ifadesinin anlamlı değiştiği belirlenmiştir. İnhibitörlerden BpiDl'nin miR-6334'ün ve Pico145'in de miR-875'in ifadesini değiştirdiği görülmüştür. Bulgularımız, iyon kanallarının ve miRNA'ların depresyon patofizyolojisinde rol oynadığını, özellikle TRPC1/4/5 inhibitörü Pico145'in tedavi etkinliğinin yüksek olduğunu ayrıca asetilkolin ve dopaminin nörotransmitter ağdaki önemini ortaya koymuştur. Çalışmamızın, MDB patofizyolojisiyle ilişkili farklı mekanizmaların aydınlatılmasına ve hastalığın tedavisinde iyon kanallarının kullanımına ilişkin yapılacak farmasotik çalışmalara önemli katkılar sağlayacağı düşünülmektedir.
İnsan prostat kanser PC-3 hücre hattında TRPM2 iyon kanalının otofajik yolaklardaki rolünün araştırılması
Prostat kanseri, dünyada erkekler arasında önde gelen sağlık problemlerinden biridir. Son zamanlarda etyopatogenezine otofajik yolakların da katkıda bulunduğu gösterilmiştir. Otofajinin kilit düzenleyicisi olarak tanımlanan hücre içi kalsiyum düzeyleri kalsiyum kanalları tarafından düzenlenmektedir. Bir kalsiyum kanalı olan TRPM2'nin oksidatif stres aracılı apoptozda görevlidir. Reaktif oksijen türlerinden biri olan H2O2'in hem TRPM2'yi hem de otofajiyi aktive ettiği gösterilmesine rağmen oksidatif stress aracılı otofajik yolaklarda TRPM2'nin rolünün olup olmadığı bilinmemektedir. Bu çalışmada, prostat kanseri PC-3 hücre hattında, otofajik yolaklarda TRPM2'nin rolünün araştırılması amaçlanmıştır. PC-3 hücre hattında, otofajik ve apoptotik yolaklar ve TRPM2'nin aktivasyonu için H2O2 uygulandı. TRPM2, otofajik ve apoptotik aktiviteler sırasıyla; siRNA, 3-MA ve z-VAD-fmk uygulamalarıyla engellendi. Yapılan her uygulama sonucunda TRPM2, otofaji ve apoptoz ile ilişkili genlerin mRNA ekspresyon profilleri kantitatif RT-PZR ile ortaya konuldu. Otofajik aktiviteyi belirlemek amacıyla AO-EB boyaması yapıldı. H2O2 uygulamasının hücre canlılığını azalttığı ve z-VAD-fmk+H2O2 uygulamasının, 3-MA+H2O2 uygulamasına kıyasla daha fazla hücre ölümüne neden olduğu belirlendi. H2O2 uygulaması kaynaklı hücre ölümünün TRPM2-siRNA+H2O2 uygulamasından az da olsa fazla olduğu tespit edildi. BAX ve TP73 gibi apoptotik genlerin ekspresyonlarının H2O2, TRPM2-siRNA+H2O2, 3-MA+H2O2 ve TRPM2-siRNA+3-MA+H2O2 uygulamalarında kontrole kıyasla arttığı belirlendi. z-VAD-fmk+H2O2 uygulamasının otofajik süreçlerde yer alan genlerin ekspresyonlarını arttırdığı bulundu. TRPM2-siRNA+z-VAD-fmk+H2O2 uygulaması sonucu, otofajik gen ekspresyonlarının kontrole benzer olduğu belirlendi. Verilerimiz, H2O2'in genel olarak hem otofajik hem de apoptotik yolaklar için aktivatör olduğunu ve bu etkisini TRPM2 aracılı olarak gerçekleştirdiğini göstermektedir. Ayrıca TRPM2-siRNA uygulamasının H2O2 indüklü otofajik yolakları baskılarken apoptotik yolakları aktive ettiğini vurgulamaktadır. Sonuç olarak; TRPM2'nin, otofajik yolaklardaki rolünün tam olarak aydınlatılabilmesi için daha detaylı moleküler genetik çalışmalar yapılmalıdır.
Farklı kanser hücre hatlarında glukoz, glutamin ve kolesterol kısıtlamalarına duyarlılığın araştırılması
Kanser metabolizması son yıllarda yeni anti-kanser tedavilerin geliştirilebilmesi adına önemli bir araştırma konusu olmuştur. Kanser hücrelerinin hızla çoğalan hücreler olmaları besin ihtiyaçlarını artırmaktadır. Glukoz, glutamin ve kolesterol metabolizmaları kanser gelişiminde ve tümör büyümesinde önemli rol oynamaktadır. Çalışmamızın temelini oluşturan ön veriler, YÖK Doktora araştırma bursu kapsamında 1 yıl süre ile görevlendirildiğim Amerika Birleşik Devletlerinde bulunan Whitehead Enstitüsünde, Dr. Kıvanç BİRSOY'un danışmanlığında yaptığım çalışmalardan 29 farklı hücre hattının glukoz, glutamin ve kolesterol besin kısıtlamalarına duyarlılıklarının araştırılmasından elde edilmiştir. Bu çalışmalarımız kapsamında hücreler besin kısıtlamalarına gösterdikleri dirence göre duyarlı veya dirençli olarak sınıflandırılmıştır. Bu tez çalışmasının amacı ise yurt dışında yaptığım çalışmalarla besin duyarlılıkları test edilen kanser hücre hatlarının, besin eksikliğine karşı gösterdikleri direncin moleküler mekanizmasının anlaşılmasına katkı sağlayabilecek genetik varyasyonların in silico analizler kullanılarak belirlenmesi ve elde edilen bu verilerin literatür eşliğinde tartışılmasıdır. Çalışmalarımız sonucunda, SS18L1 gen mutasyonlarının kanser hücrelerinin glukoz duyarlılığında, LRP1 gen mutasyonlarının ise kanser hücrelerinin kolesterole olan bağımlılıklarında rolü olabileceğine dair bulgular elde ettik. Glutamin kısıtlaması için duyarlı veya dirençli bulunan hücreler arasında farklı genetik değişimler tespit edilemedi. LRP1 ve SS18L1 gen mutasyonlarının hücre metabolizmasındaki rolleri ileri çalışmalarla doğrulanmalıdır. Bu nedenle bulgularımız gen mutasyonlarının kanser hücre metabolizmasındaki etkilerini araştırmak adına yapacağımız ileri ki çalışmalara destek olacak niteliktedir.
Fare ince bağırsak kriptlerinden elde edilen hücrelerden 3-boyutlu kültü ile organoid oluşturulması
İnce bağırsak epiteli, basit yapısı ve sürekli yenilenme yeteneği sayesinde memeli yetişkin kök hücre çalışmalarında kullanılabilecek en uygun dokulardan biridir. İnce bağırsağın epitel yapısını kript ve villus yapıları oluşturmaktadır. Villuslar, alt mukozada bulunan kript adı verilen yapıda yerleşik kök hücre popülasyonundan sürekli olarak yenilenmektedir. Bu tez kapsamında, kök hücrelerin sürekli çoğalıp farklılaşma özelliğinden dolayı ince bağırsak epiteli şeçilmiştir. Kriptin yapısında bulunan kök hücreler etraflarındaki niş (mikroçevre) hücrelerinin desteğiyle fonksiyonlarını yerine getirmektedir. Bu nedenle, doku kültürü çalışmalarında, tek bir hücre tipi yerine doku oluşumunda rol alan farklı hücre gruplarıyla çalışılması gerekmektedir. Bilim adamları bu gibi durumlarda canlı model organizmalara yönelmektedirler. Canlı organizmalar üzerinde çalışma zorluklarının aşılmasına yönelik arayışlar, 3-boyutlu (3D) kültürler ile elde edilebilen organoid sistemlerinin oluşturulmasına yol açmıştır. Hedef organdan köken alan ve stroma oluşturma yeteneğine sahip kök hücrelere, gerekli koşulların sağlanmasıyla oluşturulan, minyatür organ benzeri yapılar, organoid olarak adlandırılır. Organoid sistemi ile çalışılacak dokunun yapısını oluşturan tüm hücrelerin aynı kültür ortamında üretilmesi sağlanmaktadır. Bu çalışmayla, 3-boyutlu kültür sisteminin kurulması ve organoid oluşturulması amaçlanmıştır. Organoid sisteminin kurulması ileride yapılacak, kript biyolojisi, kök hücre çalışmaları, markır gen arama ve anti kanser tedavilerinin geliştirilmesi gibi çalışmalar için, in vitro ortamda organın fizyolojik ortamının taklit edilebilmesi ve genetik dengesizlik oluşmadan uzun süre çoğaltılabilmesi gibi önemli avantajlar sağlayacağını düşünmekteyiz. Bu çalışmada, fare ince bağırsak kript yapısından izole edilen hücrelerden 3-boyutlu kültür ile in vitro ortamda organın minyatür hali olan, ince bağırsak organoidi oluşturulmuştur. Organoidlerin oluşturulması ve yeni çalışmaların planlanması, ülkemize ve üniversitemize dünyada son zamanlarda üzerinde çokça çalışmaların başlatıldığı ve gelişme gösteren bir konuya dahil olma şansı verecektir.
Kafeik asit fenetil ester (CAPE)'in farklı kolorektal kanser hücre hatları üzerindeki apoptotik etkileri ve survivin ekspresyonundaki değişimler
Günümüzde yaygın kanser türlerinden biri olan kolorektal kanserde, kemoterapötiklere karşı gelişen direnç ve kemoterapötiklerin sağlıklı hücreler için toksik olması bu kanserlerin tedavisinde karşılaşılan en önemli sorunların başında gelmektedir. Tezin amacı; kafeik asit fenetil ester (CAPE)'in, farklı kolorektal kanser hücre hatları üzerindeki apoptotik etkilerinin ve bir anti apoptotik protein olan survivin ekspresyonu üzerindeki etkilerinin incelenmesidir. Bu bağlamda; farklı kolorektal kanser hücre hatları ve normal kolorektal hücre hattı kullanılarak, CAPE'in hücreler üzerindeki anti tümöral etkileri araştırıldı. Bu amaçla, CAPE ile bir kemoterapötik ajan olan 5-Fluorourasil (5-FU), hücrelere ayrı ayrı ve birlikte muamele edilerek oluşturdukları etki hücre canlılık analizleri yapılarak incelendi. CAPE'in canlılığı doza bağlı olarak RKO, HCT-116 ve DLD-1 hücre hatlarında anlamlı oranlarda azalttığı gösterildi. Bununla birlikte; CAPE ve 5-FU'nun birlikte kullanılmasının, tek başlarına kullanılmalarına kıyasla hücre canlılıkları üzerinde anlamlı bir fark oluşturmadıkları gözlendi. CAPE muamelesinin hücre morfolojisi üzerinde oluşturduğu apoptoza özgü değişimler akridin oranj/etidyum bromür boyama tekniği kullanılarak tespit edildi. Flow sitometri çalışmaları ile CAPE muamelesinin; RKO, HCT-116 ve DLD-1 hücre hatlarında apoptotik hücre yüzdesini ve kaspaz-3 aktivasyonunu artırdığı gözlendi. Ayrıca bütün hücre hatlarında CAPE muamelesinin, survivin ekspresyonu ve p53 proteininin Ser-46 ve Ser-15 rezidüleri üzerinden fosforilasyonuna etkisi western blot yöntemiyle incelendi ve her hücre hattında farklı sonuçlar elde edildi. Survivinin mRNA düzeyindeki ekspresyon analizleri kantitatif real time PCR (qRT-PCR) ile araştırıldığında, CAPE'in yalnızca DLD-1 ve RKO hücre hatlarında ekspresyonu anlamlı derecede azalttığı gözlendi.
Akut miyokard infarktus hastalarında serum irisin düzeylerinin ve genetik varyantlarının araştırılması
Amaç: Akut Miyokard İnfarktusu (AMI) Koroner Arter Hastalıklarının (KAH) en sık görülen tipidir. İrisin hormonu yeni keşfedilen FNDC5 geni tarafından kodlanan kalpta dahil kas ve yağ dokudan sentezlenen bir miyokindir. Çalışmamızda AMI hastalarının serum irisin düzeylerinin ve Türk toplumundaki genetik varyantların kontrolle karşılaştırılarak araştırılması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Çalışmaya AMI tanısı alan 225 hasta ve 225 sağlıklı birey alındı. AMI sonrası ilk 12-24 içinde hasta ve kontrol bireylerinden kan örneği alınarak serumları ayrıldı. Serum irisin konsantrasyonları ELİSA ile ölçüldü. FNDC5 genindeki rs16835198, rs3480 ve rs726344 varyantları DNA izolasyonu sonrası RT-PCR ile genotiplendi. Bulgular: Serum irisin konsantrasyonlarının kontrolle karşılaştırıldığında hasta grubun da anlamlı düzeyde azaldığı belirlendi (p=0.001). FNDC5 genindeki rs16835198, rs3480 ve rs726344 genotip ve allel sıklıkları açısından hasta ve kontrol grubu arasında anlamlı bir farklılık bulunmadı. Ancak hasta grubu içinde hipertansiyonlu hastalarla kontrol grubu karşılaştırıldığında rs16835198 ve rs726344 varyant allellerinin hipertansiyonlu hastalarda anlamlı düzeyde arttığı belirlendi (p=0.00 ve p=0.00). Sonuç: Çalışmamız FNDC5 gen varyantlarının AMI hastalarında kontrolle karşılaştırılarak araştırıldığı ilk çalışmadır. FNDC5 gen varyantlarının ve irisin düzeylerinin AMI dahil KAH'ın etyopatogenezinde önemli roller oynadığı düşünülmektedir. Verilerimizin doğrulanması için daha geniş kapsamlı araştırmalara ihtiyaç vardır.
Reseptörle etkileşen serin treonin kinaz 4 (RIPK4) ve pleimorfik adenomagen benzeri 2 (PLAGL2) proteinlerinin etkileşimlerinin araştırılması
Epidermis, çoğalabilen tek kat bazal keratinositlerden ve bazal katmandan ayrılarak farklılaşma sürecine girmiş suprabazal keratinosit katmanlarından oluşmaktadır. Epidermiste bulunan bu tabakalaşma TGF-beta, WNT, Notch, PI3K ve NF-κB gibi gelişim biyolojisi için önemli yolaklar tarafından düzenlenmektedir. Daha önce Aslan Tip Multiple Pterygium sendromu ile ilişkilendirilen ve epidermal farklılaşmada yer aldığı gösterilen RIPK4'ün moleküler mekanizması tam olarak bilinmemektedir. RIPK4'ün epidermal farklılaşma sürecindeki rolünü aydınlatmaya yönelik olarak, yürütücülüğünü Tıbbi Biyoloji Anabilim Dalı Öğretim Üyesi Yrd. Doç. Dr. Tuba DİNÇER'in yapmış olduğu KTÜ BAP tarafından desteklenen 9749 nolu proje kapsamında RIPK4 ile insan keratinosit cDNA kütüphanesi büyük ölçekli maya ikili hibrit ile taranmış ve sonucunda 16 proteinin RIPK4 ile etkileştiğine dair bilgi elde edilmiştir. Tespit edilen proteinlerden biri PLAGL2 isimli bir trankripsiyon faktörüdür. RIPK4 ve PLAGL2' nin WNT yolağında rol aldığının daha evvel gösterilmiş olması bu iki proteinin hücresel olaylarda birlikte çalışabileceğine dair ipucu vermektedir. Tezin amacı, RIPK4- PLAGL2 etkileşimini in-vivo koşullarda küçük ölçek maya ikili hibrit ile, sonrasında ko-immünopresipitasyon ve ko-immunofloresan yöntemleri ile doğrulamak ve bu etkileşimden sorumlu domainleri analiz etmektir. Bu doğrultuda, küçük ölçek maya ikili hibrit ile insan RIPK4 ve PLAGL2 proteinlerinin etkileştiği doğrulandı. İki proteinin memeli hücrelerinde de etkileştiği ve bu etkileşimin RIPK4 ün N terminal kinaz domaini ile PLAGL2' nin C terminal domaini üzerinden olduğu ayrıca, RIPK4'ün kinaz aktivitesinin etkileşim için gerekli olduğu gösterildi. İlaveten, RIPK4'ün hücrede PLAGL2 ile birlikte ekspresyonunun PLAGL2'nin çekirdeğe lokalizasyonunu engelleyerek PLAGL2'yi sitoplazmada, hücre iskelet filamanları ve nokta benzeri yapılarda sabitlediği ve bu ko-lokalizasyondan RIPK4'ün kinaz aktivitesi ve C-terminalinin sorumlu olduğu gösterildi.
Farelerde alzheimer tip sporadik demans modelinde asit duyarlı iyon kanal ekspresyonlarının araştırılması
Alzheimer hastalığı (AH); nöron ve sinaps kayıpları nedeni ile ortaya çıkan progresif nörodejeneratif bir hastalıktır. Hastalığın etyopatogenezinde özellikle nöronlardaki sodyum iyonlarına geçirgen bazı iyon kanallarının önemli roller oynadıkları belirtilmektedir. Asit Duyarlı İyon Kanalları (ADİK) amilorid duyarlı degenerin/ epitelyal Na+ kanal (DEG/ENaC) gen ailesinin üyesidir. ADİK'lerin ortak özelliği pH değişimlerine duyarlı olmalarıdır. ADİK1a, 2a, 2b ve 4 özellikle beyinde eksprese olmaktadır. Çalışmada amiloid beta ile indüklenen Alzheimer fare modelinde ADİK'lerin ekspresyonlarının beyin dokularında belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışma için Balb C ırkı fareler kullanıldı. Fareler beta-amiloid grubu (n=10), sham grubu (n=10), tedavi grubu (beta-amiloid +amilorid grubu; n=10) ve kontrol grubu (n=8) olmak üzere 4 ayrı gruba ayrıldı. ADİK1, 2, 3 ve 4'ün ekspresyonlarının belirlenmesi için bu kanallara spesifik olarak immünohistokimya, western blot ve Real Time Polimeraz Zincir Reaksiyon (RT-PZR) yöntemleri uygulandı. Beta amiloidin indüklediği apoptozisin tespiti için Tunel yöntemi kullanıldı. RT-PZR analizi sonuçlarına göre kontrol grubu ile diğer gruplardaki ADİK 1,2 ve 3 gen ekspresyonları karşılaştırıldığında ekspresyondaki azalmanın istatistiki olarak anlamlı düzeyde olmadığı belirlendi (p>0.05). Western Blot analizlerinde kontrol ve sham grupları karşılaştırıldığında ADİK1 ve ADİK2 açısından gruplar arasında istatistiki olarak anlamlı bir farklılık gözlenmezken, ADİK4 açısından Beta amiloid ve Beta amiloid+Amilorid gruplarında anlamlı bir artış olduğu belirlendi. İmmünohistokimyasal boyama sonuçlarına göre, ADİK1 ve ADİK2 açısından gruplar arasında istatistiki olarak anlamlı farklılık bulunmamasına rağmen (p>0.05) ADİK4'ün kontrol ile karşılaştırıldığında Beta amiloid grubunda anlamlı olarak arttığı belirlendi. Gruplarda ADİK1 ekspresyonu açısından farklılık bulunmamasına rağmen AH'daki pH = 6.6 değerinde ADİK1'in aktive olabileceği gösterilmiştir. Sonuç olarak, ADİK4'ün ekspresyonundaki artış ve ADİK1'in aktive olmasıyla, hücre içerisindeki sodyum iyon düzeylerindeki artışla bu kanalların Alzheimer etyopatogenezinde önemli bir rol oynayabileceği düşünülmektedir. Anahtar Kelimeler: Alzheimer Hastalığı, Asit Duyarlı İyon Kanalları, Beta-amiloid peptit (1-42)
Konakçı çeşitinin Anopheles Sacharovi Favre'nin yumurta verimi ve ömür uzunluğunun etkisi
oz Bu çalışmaca sıtma vektörü An. sacharovi ' nin Adana yöresi populasy onlarına ait dişilerin beslendikleri kan kay naklarına bağlı olarak, yaşamı boyunca geliştirdikleri total yumurta sayısı ve ömür uzunluğu he sap landie Çalışmamızda,beş farklı konakçıdan kan emen An. sacharovi dişilerinin yumurta verimi ve ömür uzunluğuna emilen kan çeşidinin etkisi incelen di. Değişik zamanlarda, aynı günde popadan çıkan sineklerden toplam 2341 i insan, tavşan, kobay, koyun ve civcivden kan emdirilerek beslendi. Bunlardan 270 (% 11.53) nin.yumurtladığı, bu bireylerden 225 birey (% 84<>33) in yumurtalarının açıldığı ve bunlardan da 30 (% 13.33) in ikinci kez yumurtladığı sap tandı. Her konak için ayrı ayrı elde edilen bulguların istatis tiksel analizleri yapıldı. Sonuç olarak yumurta verimi bakımın dan konaklar arasında farklılıklar bulundu. Buna göre, tavşan kanının sırası ile kobay, civciv, insan ve koyun kanlarından üstün olduğu gözlendi. Yine sineklerin ömür uzunluğu bakımından da tavşan ve kobay kanının civciv, insan ve koyun kanlarından üstün oldukları saptandı. Konak kanlarının di silerin incele nen biyolojik özellikleri üzerine olan farklı etkilerinin emilen ka nın miktarı ve içeriğine bağlı olabileceği tartışıldı.
Elazığ ili ve çevresinde tip 2 diyabet ve haşimato hastalarında PTPN22 C1858T gen polimorfizminin araştırılması
Tip 2 diabetes mellitus (T2DM) ve Haşimato tiroiditi (HT) toplumlarda yaygın olarak görülen ve farklı toplumlardan pek çok insanı etkileyen küresel hastalıklardır. Son zamanlarda HT'nin T2DM ile birlikte görüldüğünü öne süren birçok çalışma yapılmıştır. Protein Tirozin Fosfataz, Reseptör olmayan Tip 22 (PTPN22; Protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 22) genindeki C1858T polimorfizmi ise, HT ve T2DM hastalıklarının ikisi ile de ilişkili bulunmuştur.Çalışmamızda Elazığ ili ve çevresinde, Endokrinoloji ve Dahiliye Anabilim Dallarına başvuran 135 T2DM'li hasta, 102 T2DM ve HT birlikte bulunan hasta, 71 HT hastasından ve 135 sağlıklı kontrolden EDTA'lı tüplere 3 cc periferal kan örnekleri alınarak DNA izolasyonu yapıldı. PTPN22 geninde C1858T polimorfizmi PZR-RFLP analizi yapılarak belirlendi.T2DM, T2DM+HT, HT ve kontrol gruplarında CC ve CT genotiplerinin görülme oranları sırasıyla 135'de 5 (%3.8), 102'de 7 (%6.86), 71'de 5 (%7.04) ve 135'de 3 olarak tespit edildi. Grupların hiçbirinde TT genotipi bulunmadı. İstatistiki değerlendirmeler sonucunda hasta ve kontrol grubundaki bireyler arasında PTPN22 genotip ve allel frekansları açısından anlamlı bir farklılık saptanmamıştır.Sonuç olarak, çalışma verilerimize göre PTPN22 geninin C1858T polimorfizmi, bizim toplumumuzda T2DM ve HT hastalıkları için yatkınlık oluşturmamaktadır.Anahtar Kelimeler: Tip 2 diyabet, haşimato tiroiditi, PTPN22, polimorfizm
Examining the interaction partners of essential chromatin regulators in triple- negative breast cancer
Triple Negative Breast Cancer (TNBC) is a highly invasive breast cancer subtype, which occurs with the absence of HER2, Estrogen and Progesterone receptors. The lack of specific hormone receptors causes the conventional targeted therapies to fail. The absence of such therapeutic options and the complexity of the genetic pathways led us to study the epigenetics of TNBC. From our previous studies, a novel epigenetic regulator SS18L2 was identified to be affecting TNBC cell viability and cell cycle. SS18L2 (Synovial Sarcoma Translocation Gene on Chromosome 18- Like Protein 2) is a homolog of SS18 and SS18L1, chromatin regulators found in BAF (SWI/SNF) complex. There is limited knowledge on SS18L2 and the roles of SS18L2 in cancer are elusive. To decipher the roles of SS18L2 in TNBC cell survival, we aimed to reveal the interaction partners of SS18L2 in a TNBC cell line model. To examine the interactome of SS18L2, BioID (Proximity Dependent Biotin Identification) method was utilized. The BioID fusion proteins were engineered for SS18L2 and its homologs, SS18 and SS18L1; which were all further examined with cell-based assays. First, western blot experiments revealed efficient and specific production of engineered BioID fusion proteins. The SS18L2, SS18L1, and SS18 fusion proteins were mainly localized to nucleus, as gauged by immunofluorescence staining. Biotinylation efficiencies of the cell lines overexpressing the fusion proteins and the pull-down efficiency were all tested; and N-BioID fusion constructs were chosen for further experiments. To identify the unique interaction partners of SS18L2, different than its homologs, SS18 and SS18L1, mass spectrometry was performed for all three homologs. The results showed 169 interacting partners of SS18L2, with LogFC higher than 2 and 15 hit proteins with LogFC higher than 5 and p value smaller than 0.001. These interactions were mainly from the BAF (SWI/SNF) complex, such as SMARCC1, SMARCD1, SMARCA2/4, ARID1B, GLTSCR1, DPF2, ARID1A, SMARCB1, SMARCC2 and BCL7. The interactomes of SS18 and SS18L1 were similar to that of SS18L2, although a higher number of proteins were identified (374 and 267 respectively). There were 17 unique interacting proteins for SS18L2, however the significance values for these interactions were low, prompting further studies. Overall, the study shows that SS18L2 forms complexes within BAF complex in TNBC cells. The mechanisms behind the selective cell survival regulatory role of SS18L2 remains unanswered, prompting more studies with different approaches. This thesis provides a strong groundwork for deciphering the role of SS18L2 in cancer.
BRCA pozitif bireylerde MYC geninin rolü
Amaç: Meme ve yumurtalık kanserleri, dünya genelinde kadınlarda en sık görülen kanser türleri arasında yer almaktadır. Her iki kanser türüde belirgin heterojenliğe sahip karmaĢık hastalıklardır. ÇalıĢmamızda, meme veya over kanseri ön tanısıyla incelenen ve BRCA(Breast Cancer Susceptibility) mutasyonu pozitif saptanan bireylerde MYC(MYC proto-onkogen) geninin olası rolünü araĢtırmayı amaçladık. Gereç ve Yöntemler: Dicle Üniversitesi Tıbbi Biyoloji Anabilim dalımıza meme veya over kanseri ön tanısı ile baĢvuran hastalardan alınan kan örneklerinden NGS(Next-Generation Sequencing) yöntemi ile BRCA1/2 mutasyonu analizine bakıldı. BRCA mutasyonu pozitif saptanan olguların DNA materyallerinden RTPCR (Real-Time Polymerase Chain Reaction) yöntemi ile MYC gen bölgesinde bulunan ve potansiyel olarak iĢlevsel iki SNP (Tek Nükleotid Polimorfizmi)'nin rs4645943, rs2070583 gen polimorfizmi analiz edildi. Veriler arasındaki iliĢkiler istatistiksel yöntemlerle değerlendirildi. Bulgular: MYC genindeki rs2070583 lokusundaki genotip dağılımları, kontrol grubunda %100 AA, %0 AG ve %0 GG; hasta grubunda ise %97,8 AA, %2,2 AG ve %0 GG olarak belirlenmiĢ olup, bu polimorfizmin BRCA geni ile anlamlı bir iliĢkisinin olmadığı gözlemlenmiĢtir (p>0,05). Diğer çalıĢılan rs4645943 polimorfizmin genotip dağılımları ise, kontrol grubunda %15,6 CC, %84,4 CT ve %0 TT; hasta grubunda %0 CC, %100 CT ve %0 TT olarak belirlenmesi rs 4645943 tek nükleotid polimorfizmin BRCA geni ile iliĢkili olabileceğini düĢündürmektedir (p<0,05). Sonuç: ÇalıĢmamızda BRCA mutasyonu taĢıyan bireylerde MYC genindeki rs4645943 C> T tek nükleotid polimorfizminde (p<0,05) anlamlı bir fark saptanmıĢtır. Bu çalıĢma rs4645943 C> T polimorfizmi ile BRCA arasında bir iliĢki olabileceğini düĢündürmektedir. Anahtar Kelimeler: BRCA1/2, NGS, Meme kanseri, Yumurtalık kanseri
2007-2020 tarihleri arasında infertilite taraması yapılan erkek hastaların kromozom analiz sonuçlarının değerlendirilmesi
Amaç: Bu çalışmada Tıbbi Biyoloji bölümüne erkek infertilitesi tanısıyla yönlendirilen hastalarda, sitogenetik ve moleküler incelemeler yapılarak elde edilen karyotip ve moleküler verilerin analiz sonuçlarının değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Ocak 2007 ile Aralık 2019 yılları arasında erkek infertilitesi tanısı ile gelen hastaların karyotip analizi ve Y kromozomu mikrodelesyonu analizi yapıldı. Bu hastaların üzerinde yapılan genetik analizler sonucunda Y kromozomu mikrodelesyonu, Klinefelter sendromu ve farklı kromozomal anomaliler araştırıldı. Ayrıca hastaların yaş ve infertilite süreleri kaydedildi. Bulgular: Çalışma kapsamında 309 hasta değerlendirildi. Bu hastaların 235'inde azospermi, 21'inde oligospermi, 13'ünde oligoastenospermi tespit edildi. Hastaların 89'unda birinci derece akraba evliliği hikâyesi olduğu saptandı. Olguların 46'sında 47,XXY (KS), iki olguda 46,XX (erkek sendromu), bir olguda ise 45,X (aspermi) genotipleri tespit edildi. Ayrıca, 31 farklı kromozomal bozukluk belirlendi. Akraba evliliği ile anormal karyotip arasında Ki-kare testi ile anlamlı farklılık saptanmadı (p=0.845). Seks kromozomu anomalisi olan bireylerin tamamı azospermik iken, farklı karyotip anomalilerinde oligospermik ve oligoastenospermik olgular görüldü. 16 olguda Y mikrodelesyonu mevcut iken bu olguların 15'inde azospermi, bir olguda ise oligoastenospermi saptandı. Sonuç: Olgu sayısı yüksek tutulan çalışmamızın Türkiye'deki infertil bireylerin kromozomal ve mikrodelesyon anomalilerinin ortaya çıkarılmasında faydalı olacağı kanaatindeyiz. Ayrıca erkek infertilitesi için kullanışlı bir kaynak olabileceğini düşünmekteyiz. Elde edilen düşük oranlar; genetik analiz yapılan hasta 2 popülasyonuna, taramada kullanılan gen bölgelerine ve farklı bölgelerde farklı demografik özellikler olmasına bağlı olabilir. Anahtar Sözcükler: Azospermi, genetik analiz, infertilite, karyotip, Klinefelter sendromu, Y kromozomu mikrodelesyonu.
2003-2018 yılları arasında koryon villus, kordosentez ve abortus yapılan 317 olgunun sitogenetik açıdan değerlendirilmesi
Amaç: Çalışmamız koryon villus, kordosentez ve abortus materyallerinin retrospektif olarak sitogenetik analizleri değerlendirilip, ortaya kapsamlı bir veri çalışması koymayı ve elde edilen verileri istatistiklerle desteklemeyi amaçladık. Gereç ve Yöntem: Bu çalışmada 2003-2018 yılları arasında Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Genetik Tanı Laboratuvarına gelen 317 koryon villus, kordosentez ve abortus materyalleri kromozom analiz yöntemi ile incelenmiştir. Bulgular: Çalışmamızda yapılan sitogenetik analiz sonuçlarına göre 317 hastanın örnek materyallerinin 264 (%83)'sinde normal kromozom, 53 (% 13)' ünde kromozomal anomali saptandı. Bu analiz değerlendirmelerinde trizomik anomalilerin sayıca fazla olduğu tespit edildi. İncelediğimiz 317 hastanın yaş, sigara kullanımı, akrabalık, ilaç kullanımı, tekrarlayan düşük sayısı ve ölü doğum sayısı parametreleri ile kromozomal analiz sonuçları arasında istatiksel olarak herhangi bir anlamlılık olmadığı sonucu tespit edildi (p>0,005). Sonuç: Analiz sonuçlarına göre, trizomik anomalileri literatür ile uyumlu olarak bizim çalışmamızda da sık görülen anomalilerdir. İncelediğimiz parametreler ve kromozomal analiz sonuçları arasında herhangi bir ilişki saptanmadı.