368
Arşivlenen Tez
0
DOI Atanmış
0%
DOI Oranı
Anabilim Dalı
İndirekt immünofloresan yöntemi ile değerlendirilen otoantikor pozitifliklerine SARS-COV-2 pandemi etkisinin araştırılması
Amaç: Çalışmamızın amacı, SARS-CoV-2 enfeksiyonu ile sistemik ve organ spesifik otoimmün hastalıklar arasındaki olası ilişkinin belirlenmesidir. Gereç ve Yöntem: Çalışmamıza, Mart 2018-Mart 2022 tarihleri arasında Düzce Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı'na çeşitli kliniklerdeki hastalardan otoimmün hastalık şüphesi ile gönderilen serum örnekleri dahil edildi. İndirekt immunofloresan antikor parametreleri ve aynı hastalardan bu süreçte laboratuvarımızda COVID-19 PCR testi çalışılan örneklerin sonuçları, hastanemizin otomasyon sisteminden elde edilerek retrospektif olarak değerlendirildi. Bulgular ve sonuç: Çalışmaya, COVID-19 pandemi öncesi iki yıl ve pandemi dönemindeki iki yılda otoimmun hastalık şüphesiyle IIFA testi için mikrobiyoloji laboratuvarına serum örnekleri gönderilen 8325 hastadan herhangi bir otoantikoru pozitif saptanan 2448 hasta dahil edildi. ANA pozitifliği, toplam 2256 hastada saptanmış olup bunlardan 2038'inin tekli (1363'ü benekli patern), 218'inin çoklu patern olduğu görüldü. ANA testi çalışılmış ve COVID-19 PZR pozitifliği saptanmış olan hastaların 41'inde ANA pozitifliği tespit edilmiş olup patern olarak en sık benekli (%74) patern saptandı. Otoantikor pozitifliğinin zamana göre değişimini incelendiğinde ANA, anti-dsDNA, anti-ICA, anti-Gliadin otoantikorlarının pozitiflik oranlarında pandemi dönemini içeren iki yıllık sürede istatistiksel olarak anlamlı artışın olduğu tespit edildi. AMA, ASMA, anti-Endomisyum, ANCA otoantikorlarının pozitiflik oranlarında ise COVID-19 pandemi öncesi ve pandemisini içeren tüm dönemlerde fark olmadığı görüldü. Otoantikor pozitifliğine sahip hastaların, hastanemiz Mikrobiyoloji Laboratuvarı'nda çalışılmış COVID-19 PZR sonuçları incelendiğinde 323 hastanın COVID-19 PCR testinin pozitif, 306 hastanın ise negatif olduğu görüldü. ANAHTAR SÖZCÜKLER: İndirekt immunofloresan antikor yöntemi, otoantikor, otoimmün hastalıklar, SARS-CoV-2, COVID-19
Klinik örneklerden izole edilen candıda albıcans suşlarında flukonazol duyarlılığı, proteinaz aktivitesi ve ERG11-SAP2 ekspresyonu ilişkisinin araştırılması
Amaç: Bu çalışmada amacımız, C. albicans suşlarındaki flukonazol direncinin, suşların proteinaz aktiviteleriyle ve ERG11/ SAP2 genleri ile ilişkisi incelemektir. Gereç ve Yöntem: Çalışmamıza, 01.08.2021- 01.08.2022 tarihleri arasında Düzce Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı'na gönderilen örneklerden, Candida albicans üremesi olan 127 örnekten izole edilen suşlar dahil edildi. İzolatların flukonazol MİK değerleri, EUCAST önerilerine göre sıvı mikrodilüsyon yöntemi ile belirlendi. Flukonazol MİK değerlerinde 48. saatte yükselme durumu ve proteinaz aktiviteleri incelendi. Çalışmaya alınan 44 adet suşun ERG11 ve SAP2 gen ekspresyon seviyeleri real time qPCR ile ölçüldü. Relatif ekpresyon seviyeleri ΔΔCT yöntemi ile hesaplandı. Bu seviyelerin birbirleri ile, flukonazol direnci ile, 48. saat MİK yükselmesi ve proteinaz üretimi ile ilişkileri incelendi. Bulgular ve Sonuç: Çalışmamızda saptanan C. albicans'ta flukonazole direnç oranı, dünyada yakın tarihte yapılan çalışmalar ile benzerdir (%3,14). ERG11 VE SAP2 gen ekpresyon seviyeleri arasında pozitif bir lineer korelasyon saptanmıştır (p<0,001). İzolatların SAP2 ve ERG11 ekpresyon seviyeleri ile flukonazol dirençleri arasında ilişki bulunmamıştır. ERG11 ekpresyon seviyeleri ve 48. saat MİK yükselmesi arasında istatiksel olarak anlamlı bir bağlantı varken (p=0,037), SAP2 seviyeleri ve 48. Saat MİK yükselmesi arasında ise istatiksel olarak anlamlı bir ilişki bulunmamıştır. Aynı şekilde izolatların proteinaz aktiviteleri ve SAP2/ERG11 ekspresyon düzeyleri arasında da istatiksel olarak anlamlı bir ilişki yoktur. Flukonazol 48. Saat MİK değerleri yükselmesinin proteinaz aktivitesiyle ilişkisiz olduğu belirlenmiştir. Çalışmamız PCR yapılan suş sayısı arttırılarak ve dirençli duyarlı suş eşitliği sağlanarak tekrarlanabilir. Gelecekte, Candida enfeksiyonlarının önlenmesi ve kontrolü, SAP ailesi gibi virülans faktörlerini inhibe etmek için özel olarak modüle edilmiş farmakolojik veya immünolojik araçlarla sağlanabilir.
Borik Asit'in antimikrobiyal ve dezenfektan etkinliğinin araştırılması
Borik asit doğada bileşikler halinde bulunan ve birçok alanda etkinliği gösterilmiş olan bir elementtir. İnsan için ve çevre için toksik olmaması ve doğal yollardan elde edildiğinden ekonomik olması dikkat çeken başlıca özelliklerindendir. Bu çalışma borik asitin invitro olarak antibakteriyel etkinliğinin ve kontamine edilmiş yüzeylerde dezenfektan etkinliğinin araştırılması amacı ile yapılmıştır. Borik asitin farklı konsantrasyonlarda (%1, 2, 4, 6) S. aureus ATCC 29213, E. coli ATCC 25922, P. aeruginosa ATCC 27853, E. faecalis ATCC 29212, S. mutans ATCC 25175 izolatları ve kan kültürü örneklerden izole edilen farklı direnç paternine sahip 20 farklı mikroorganizma (A. baumannii, P. aeruginosa, K. pneumoniae, E. coli, S. aureus, S. epidermidis, E. faecalis C. albicans, C. parapsilosis, S. mitis/oralis) olmak üzere toplam 25 izolata karşı kalitatif süspansiyon yöntemi ve yüzey kontaminasyonu yapılarak dezenfektan etkinliği araştırıldı. Kalitatif süspansiyon yönteminde farklı konsantrasyondaki bor maddesi (%1, 2, 4, 6) ile seçilen bakteriler 1, 2, 5, 10, 30 dakikalık ürelerde temas ettirildi. Temas süreleri sonunda, ekimlerden önce maddelerin etkilerinin durdurulması için nötralizan çözeltisi ilave edildi ve ardından %5 koyun kanlı agara ekim yapıldı. 24 saat inkübasyon sonunda bakterilerin üreyip üremedikleri değerlendirildi. Yüzey kontaminasyonu için fayans yüzeye 0.5 MacFarland konsantrasyonda hazırlanmış bakteri süspansiyonundan 100 µL steril eküvyon çubuğu ile yayıldı. 15 dakika kuruması için beklendi. Kuruyan yüzeyler borik asitin %1, 2, 4, 6'lık süspansiyonları ile eküvyon çubuğu kullanılarak temizlendi. 1-2 dakika yüzeyin kuruması beklendikten sonra steril serum fizyolojik ile ıslatılmış eküvyon çubuk tüm yüzeye sürüldükten sonra %5 koyun kanlı agara ekim yapıldı. Plaklar 37 °C'de 24 saat inkübe edildi. Her çalışmada negatif kontrol yüzeyi (bakteri ekimi yapılmamış yüzey), pozitif kontrol yüzeyi (bakteri ekimi yapılmış, borik asit ile muamele edilmemiş yüzey) ve etkinlik kontrol yüzeyi (bakteri ekimi yapılmış ve %70'lik etil alkol ile muamele edilmiş yüzey) kullanılarak bu yüzeylerden de işlem sonrası ekim yapıldı. Kalitatif süspansiyon yönteminde borik asitin %1 konsantrasyonda ve test edilen sürelerde etkinliği saptanmadı. %2 konsantrasyonda 5 dakikalık temasla bakterilerin çoğuna ve 10. dakikada tümüne, %4 konsantrasyonda 5. dakikadan itibaren tümüne ve %6 konsantrasyonda 1. dakikadan itibaren tümüne karşı etkin olduğu bulundu. Candida türlerinde %1 konsantrasyonda etkinlik saptanmazken, %2'lik konsatrasyonda 1. dakikadan itibaren tümüne etkin bulundu. Yüzey kontaminasyonunda; borik asitin %2 konsantrasyonda test edilen Candida türlerinin tümüne ve %6 konsantrasyonda test edilen tüm bakterilere karşı dezenfektan etkinliğinin olduğu saptandı. Borik asit düşük konsantrasyonda dahi bakteri ve Candida türlerine karşı etkili antimikrobiyal bir kimyasal madde olup, dezenfektksiyon amacı ile kullanımına yönelik ileri çalışmalarının yapılması uygun olduğu sonucuna varılmıştır.
Obezite ve bakteriyel vajinoz ilişkisinin mikrobiyolojik yöntemler ve antropometrik ölçümler kullanılarak araştırılması
Anormal vajinal akıntının en sık nedenlerinden biri olan bakteriyel vajinoz (BV) doğurganlık çağındaki kadınlarda en sık görülen vajinal sendromdur. BV'li hastalarda vajinal flora değişiminin nedeni bilinmemekle beraber halen patogenezi tam olarak açıklanamamıştır. Bu çalışmada, Nugent skoru ve antropometrik ölçüm olarak beden kütle indeksi (BKİ) kullanılarak obezite ile bakteriyel vajinoz ilişkisini araştırmak amaçlanmıştır. Veriler ilimizdeki devlet eğitim ve araştırma hastanesi kadın hastalıkları ve doğum polikliniğine 1 Mayıs 2019 – 1 Kasım 2019 tarihleri arasında vajinal akıntı, kaşıntı şikâyeti ile başvuran doğurganlık çağındaki hastalardan elde edilmiştir. Gebe kadınlar, kanaması olanlar, jinekolojik kanser öyküsü olanlar, önceki üç hafta boyunca kontraseptif/antibiyotik/vajinal ilaç kullananlar, kronik hastalığı olanlar ve son iki günde cinsel ilişkide bulunanlar çalışma dışı bırakılmıştır. Toplam 106 cinsel aktif kadın araştırmaya dahil edilmiştir. Araştırmaya dahil edilen hastaların diyetisyen tarafından antropometrik ölçüleri yapılmış BKİ'leri hesaplanmıştır. İleri mikrobiyolojik inceleme için Kadın Hastalıkları ve Doğum Uzmanı tarafından steril eküvyon ile vajinal sürüntü örnekleri alınıp lama yaymaları yapılmıştır. Havada kurutulan preparatların gram boyaması yapılıp BV değerlendirilmesi için Tıbbi Mikrobiyoloji Uzmanı tarafından Nugent skorlaması yapılmıştır. Nugent skoruna göre hastalar BV, ara değer flora ve normal flora olarak sınıflanmıştır. BKİ kullanılarak ise obez (% 36,8), fazla kilolu (% 34,9), normal (% 28,3) olarak sınıflandırılmıştır. Nugent skorlama yöntemiyle 106 hastanın 33'ünün (% 31,1) ara değer flora, 45'inin (% 42,5) BV, 28'inin (% 26,4) de normal floraya sahip olduğu tespit edilmiştir. Amsel Kriterleri, Nugent skorlaması ile kıyaslandığında; Amsel kriterlerinin özgüllüğü, duyarlılığı, PPD, NPD sırasıyla % 9.84, % 100, % 45, % 100 olarak saptanmıştır. Yapılan biyoistatistik inceleme sonucunda hastaların BKİ ile BV arasında anlamlı bir ilişki olmadığı saptanmıştır.
Anne sütünde bulunan lactobacillus türlerinin PCR yöntemi ile araştırılması
Bu çalışmada anne sütünde bulunan Lactobacillus türlerinin PCR yöntemiyle araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmaya yaşları 18-45 arasında olan, tekil, sağlıklı, tam süreli bir bebek doğurmuş olan, laktasyon periyodu 0-240 gün arasında olan toplam 72 kadın dahil edilmiştir. Normal doğum (n:36) ve sezaryen doğum (n:36) yapmış annelerden alınan süt örnekleri kolostrum (n:12), geçiş (n:12) ve olgun süt (n:12) şeklinde üç gruba ayrılmıştır. Süt örneklerinden real time PCR ile Lactobacillus türleri araştırılmıştır. DNA izolasyonu Qiagen Stool Fast Kit (Qiagen,Hilden) kullanılarak ve amplifikasyon Primer Design Genesig (UK) marka tür tanımla kitleri ile Rotor gene (Qiagen, Germany) cihazında yapılmıştır. Çalışmada örneklerin 70'inde (%97.2), Lactobacillus saptanırken, sezeryan doğum olan kadınlardan alınan örneklerin 2'sinde (%2.8) saptanmamıştır. Normal doğum yapan kadınların geçiş süt örleklerinin tümünde L. acidophilus ve L. rhamnosus aynı anda saptanmış olup 84 Lactobacillus türü tespit edilmiştir. Saptanan türler sırası ile 33 (%39.3), 25 (%29.8) Lactobacillus spp. ve 24 (%28.6) L. acidophilus olarak bulunmuştur. Normal doğum yapan kadınlardan alınan süt örneklerindeki L. acidophilus tespit edilme oranının sezaryen doğum yapan kadınlardan alınan süt örneklerinde saptanan göre anlamlı şekilde yüksek olduğu görülmüştür (p<0.05). Anne sütü bebeğin immune sisteminin gelişimi ve barsak florasının oluşumunda önemli bir fonksiyona sahiptir. Probiyotik bakterilerden biri olan Lactobacillus türlerinin anne sütünde yoğun olarak bulunduğu saptanmıştır.
Pneumocystis jiroveci tanısında giemsa, toluidine blue o (TBO), direk floresan antikor (DFA) ve gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) yöntemlerinin karşılaştırılması
Pneumcystis jiroveci bağışıklık sistemi baskılanmış hastalarda özellikle akciğer tutulumu ile seyreden fırsatçı bir patojendir. Son yıllarda AIDS hastalarındaki artış ile birlikte sıkça karşılaşılan etkenin in vitro üretilmesi mümkün olmadığı için tanısı zordur. Hastalığın tedavisi uzun ve yan etkileri fazladır. Tanı konulmadan ampirik tedavi uygulamalarında problemler yaşanabilmektedir. Tedavinin gecikmesi ise hasta için ölümcül olabilmektedir. Sonuç olarak PCP tanısında hızlı ve güvenilir yöntemlere ihtiyaç vardır.Çalışmamızda risk grubundaki 57 hastanın 57 klinik örneğinde Giemsa, TBO, DFA ve GZ-PZR ile etken araştırılmıştır. Giemsa ile beş (%8.7), TBO ile dört (%7), DFA ile yedi (%12.3) ve GZ-PZR ile 57 hastadan yedisinde (%12.3) P. jiroveci gösterilmiştir. Örneklerden sadece bir tanesi GZ-PZR ile negatif, DFA ile pozitif olarak bulunmuştur. Bu örnekte DFA boyamasında yoğun olmayan ve içi boş kistler görülmüştür. Klinik bulgularla doğrulandığında gerçek zamanlı PZR ile en fazla pozitif sonuç elde edilmiştir. Giemsa, TBO ve DFA'nın GZ-PZR ile kıyaslandığında duyarlılığı ve özgüllüğü sırasıyla %72 - %100, %57 - %100, %86 - %98 olarak bulunmuştur.Sonuç olarak PCP tanısı ve tedavisi zor olan ölüm ve sakatlık riskinin yüksek olduğu fırsatçı bir pnömoni etkenidir. Hızlı ve doğru tanısında GZ-PZR yönteminin kullanılmasının uygun olacağı düşüncesindeyiz.
Vulvovajinal infeksiyonlarda tanı yöntemlerinin karşılaştırılması ve predispozan faktörleri incelenmesi
Çalısmamızın amacı vulvovajinal infeksiyonların tanısında kullanılanyöntemleri karsılastırarak, infeksiyon prevalansını ve predispozan faktörlerinetkilerini belirlemektir. Kadın Hastalıkları ve Doğum polikliniklerine vajinal akıntısikayetiyle basvuran 250 hasta ile akıntı sikayeti olmayan 50 hastanın vajinalörneklerinde pH, KOH bakılmıs olup, direkt bakı, Gram ve giemsa boyama, kültüryapılmıstır. Predispozan faktörlerin etkilerinin incelenmesi amacı ile hastalarınkisisel bilgileri, eğitim durumları, hijyenik durumları, doğum kontrol durumları veyakınmaları ile ilgili bilgileri içeren anket formu yüz yüze görüsülerekdoldurulmustur.Vulvovajinal infeksiyonlar üreme çağındaki kadınlarda daha sık saptanmıstır.Hastaların eğitim, çalısma ve medeni durumlarının, bazı hijyen özelliklerinin,haftalık cinsel iliski sayılarının infeksiyon etkeni varlığını değistirmediğibelirlenmistir. Kontrasepsiyon yöntemlerinin genel olarak vajinal infeksiyonlar içinrisk faktörü olabileceği düsünülmüstür. Çalısmamızda 106 hastada (% 35.3) G.vaginalis, 85 hastada (% 28.3) T. vaginalis, 84 hastada ( % 28) Candida türleri tespitedilmistir. G. vaginalis için Gram boyama yöntemi referans test olarak alındığındadirekt bakının duyarlılığı % 72.6, T. vaginalis için direkt bakı yöntemi referans testolarak alındığında Gram boyamanın duyarlılığı % 95.2; giemsa boyamanınduyarlılığı % 68.2, Candida türleri için kültür yöntemi referans test olarakalındığında direkt bakının duyarlılığı % 42.8; Gram boyamanın duyarlılığı % 60.7olarak belirlenmistir. Kültür ile 185 (% 61.6) potansiyel patojen saptanmıstır. Üreyenmikroorganizmalar % 30.2 C. albicans, % 30.2 G. vaginalis, % 15.6 E. coli, % 8.64non albicans candida, % 1 S. aureus, % 1 enterokok ve % 0.5 grup B streptokokolarak tespit edilmistir.Sonuç olarak, klinik belirtilerin güvenilir diagnostik parametreler olmadığı velaboratuar arastırmasının vajinal infeksiyonların doğru tanısı için gerekli olduğudüsünülmüs olup, etkenleri arastırmaya yönelik hiçbir testin tek basına yeterliolmadığı sonucuna varılmıstır.Anahtar Sözcükler: G. vaginalis, T. vaginalis, Candida türleri, kültür, KOH, pH
Üriner sistem infeksiyonlarının tanısında kullanılan mikrobiyolojik yöntemlerin karşılaştırılması
Bu çalışmada, üriner sistem infeksiyonu (ÜSİ)'nun hızlı ve güvenilir tanısında, gram boyama, thoma lamında lökosit sayımı, nitrit testi ve lökosit esteraz testinin etkinliği, ÜSİ tanısında altın standart olan idrar kültürü ile karşılaştırılmıştır. Ayrıca, üriner infeksiyonu etkeni olan mikroorganizmaların sıklığı, antibiyotiklere direnç profili ve genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz (GSBL) oranı belirlenmiş olup, bazı predispozan faktörlerin ÜSİ görülme sıklığı üzerine etkisi araştırılmıştır.Çalışmamızda, Düzce Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı'na Mayıs 2010?Kasım 2010 tarihleri arasında, polikliniklerden başvuran ya da yatan, 0?106 yaş aralığındaki, ÜSİ'yi düşündüren semptomları olan ve klinik bilgilerine ulaşılabilen hastalardan gönderilen 658 idrar örneği incelenmiştir. Üreyen mikroorganizmalar klasik yöntemler ve APİ idendifikasyon sistemleri kullanılarak saptanmış olup, antibiyotiklere direnç durumunun değerlendirilmesi için Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemi uygulanmıştır.Örneklerin 137 (% 21.7)'sinde üreme tespit edilmiş, 143 (% 21.7)'ü ise kontaminasyon olarak değerlendirilmiştir. Kültürde en sık E.coli (% 67.2) üremiş olup, Gram negatif bakterilerdeki GSBL oranı % 19 olarak değerlendirilmiştir. Diyabetik hastalarda ÜSİ sıklığı % 32.9, gebelerde % 16; 66 yaş ve üzerindeki hastalarda % 31.4 olarak bulunmuştur. Gram boyamanın sensitivitesi % 82.2, spesifitesi % 96.8, yanlış pozitifliği % 32, yanlış negatifliği % 17.8 olarak saptanmış olup, bu oranlar sırasıyla thoma lamında lökosit sayımı için, % 40.1, % 95.8, % 18.5, % 21.2; nitrit testi için, % 40.1, % 95.8, % 42, % 59.9; lökosit esteraz testi için, % 88.1, % 34.1, % 65.9, % 11.9 olarak tespit edilmiştir.Gram boyamanın, sensitivite ve spesifitesinin oldukça yüksek, yanlış pozitif ve yanlış negatifliklerinin diğer yöntemlere oranla düşük, uygulanabilirliğinin de kolay olması nedeniyle, üriner sistem infeksiyonunun hızlı tanısında kullanılabilecek en uygun yöntem olduğu sonucuna varılmıştır. Ayrıca, ileri yaş, diyabet ve gebeliğin ÜSİ'ye zemin hazırlayan faktörler olduğu görüldüğünden, bu hastalarda tedavi ve takiplerin düzenli olarak yapılması gerektiği düşünülmüştür.
Antimikrobiyallerin subinhibitör konsantrasyonlarının Pseudomonas aeruginosa virülansı üzerine etkilerinin moleküler düzeyde incelenmesi
Pseudomonas aeruginosa hastane enfeksiyonlarına yol açan fırsatçı patojenlerin başında yer almaktadır. P. aeruginosa'ya ait bazı virülans faktörlerinin salınımı Quorum Sensing (QS) olarak adlandırılan hücre yoğunluğuna bağımlı bir mekanizma ile kontrol edilmektedir. Bakterinin önemli virülans faktörlerinden biri olan biyofilm oluşturması ve antimikrobiyalerin biyofilme penetrasyonundaki zorluklar P. aeruginosa enfeksiyonlarının tedavisini güçleştirmektedir.Bu çalışma ile Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Laboratuvarı'nda çeşitli klinik örneklerden izole edilen P. aeruginosa suşlarının biyofilm yapma yeteneklerinin antimikrobiyallerin subinhibitör konsantrasyonları varlığındaki değişimin ortaya konması, biyofilm oluşumu ile ilişkili QS genlerinin varlığının araştırılması ve biyofilm yapım şiddeti ile QS genleri arasında ilişki olup olmadığının gösterilmesi amaçlanmıştır.Çalışmaya dahil edilen 24 P. aeruginosa suşunun 2 tanesi balgam örneklerinden (%8.3), 2 tanesi trakeal aspirat örneklerinden (%8.3), 5 tanesi idrar örneklerinden (%20.9), 6 tanesi yara örneklerinden (%25) ve kalan 9 tanesi de (%37.5) çeşitli klinik örneklerden (kan, biyopsi, gaita v.b.) izole edildi. Kontrol olarak P. aeruginosa ATCC 27853 suşu kullanıldı.P. aeruginosa ATCC 27853'ün biyofilm absorbans değerlerine göre, suşlardan 5 tanesinin (%20.8) %50 ve altında (zayıf), 6 tanesinin (%25) %50-%100 arasında (orta kuvvetli), 13 tanesinin (%54.2) %100'ün üzerinde (kuvvetli) biyofilm yaptıkları saptandı.Çalışmaya alınan 24 suşun MİK değerleri, mikrodilüsyon yöntemiyle, siprofloksasin için 0.125-32 ?g/ml, piperasilin/tazobaktam için ise 2-256 ?g/ml aralığında saptandı. Her iki antibiyotiğin de, sub-MİK konsantrasyonlarında, (MİK/2, MİK/4, MİK/8) antibiyotiksiz durum ile karşılaştırıldığında, biyofilm yapımını doz bağımlı olarak azalttığı saptandı. Sub-MİK dozlarda antibiyotik uygulamaları sonrasında her iki antibiyotik için en fazla biyofilm oluşumunun azaldığı konsantrasyon MİK/2 olarak tespit edildi. Bu sonuç taramalı elektron mikroskobu kullanılarak da doğrulandı.Quorum sensing'de rol alan lasI, lasR, rhlI ve rhlR genlerinin varlıklarını göstermek amacıyla kullanılan polimeraz zincir reaksiyonu yöntemi ile P. aeruginosa ATCC 27853'e göre kuvvetli ve orta kuvvetli biyofilm yaptığı saptanan suşların hepsinde (%100) lasI/lasR genlerine rastlanırken zayıf biyofilm yapan 5 suşun 4'ünde (%80) lasI/lasR genleri saptandı. Çalışmaya dahil edilen tüm suşlarda (%100) rhlI gen varlığı tespit edildi. Kuvvetli biyofilm yapan suşların 6 tanesinde (%46.2) rhlR geni saptanırken orta kuvvetli biyofilm yapan suşların 4 tanesinde (%66.7), zayıf biyofilm yapan suşların 3 tanesinde (%60) rhlR geni tespit edildi. RhlR geninin bazı suşlarda gösterilememesi; bu gende meydana gelen mutasyonlara bağlanmıştır. Bu suşlardaki mutasyon varlığının ileri moleküler incelemelerle aydınlatılmasının yararlı olacağı düşünülmektedir.Sonuç olarak; antimikrobiyallerin subinhibitör konsantrasyonlarının yeni tedavi stratejileri açısından dikkate alınması ile P. aeruginosa enfeksiyonlarının iyileşme sürecinde olumlu sonuçlar alınacağı düşünülmektedir. Ayrıca P. aeruginosa'da QS sisteminin biyofilm oluşumu ile önemli ilişkisi olduğu ancak biyofilm yapımının tek başına QS gen varlığına bağlı olmadığı, çevresel ve suşa ait özelliklerin de biyofilm oluşum mekanizmalarını etkilediği düşünülmektedir.
Fungal enfeksiyonlarda dendritik hücrelerden ifadelenen toll-lıke ve kemokin reseptörlerinin rolü
Bağışıklık sistemi baskılanmış hastaların her geçen gün artış göstermesi, geniş spektrumlu antibiyotiklerin daha yaygın kullanımı, organ nakillerinin çok daha sık yapılması gibi nedenler bu tür hastalarda Candida enfeksiyonlarının gelişiminde artışa neden olmaktadır.Candida enfeksiyonlarına karşı immün cevapta nötrofil, makrofaj ve DH' ler ile bu hücrelerin aktive ettiği Th1 hücreler rol oynamaktadır. Bu nedenle, mayalara karşı doğal ve kazanılmış immünite birlikte görev alır. Doğal bağışıklık, kandidoza karşı koruyucu mekanizmadır. Nötrofiller ile monosit ve türevlerinin fonksiyonel bozuklukları sistemik kandidoz ile ilişkilidir. Doğal bağışıklığın elemanları, mayanın fagosite edilmesi, öldürülmesi ya da T hücrelere sunumu ile görevlidir. Kazanılmış bağışıklık, doğal savunmadan daha sonra gelişen ikinci ve daha önemli olan koruyucu mekanizmadır. Doğal bağışıklık aşıldığı takdirde kazanılmış bağışıklık vücudu korumak üzere devreye girer. Candida enfeksiyonlarından korunmada sorumlu immün mekanizmalar hem hücresel hem de sıvısal cevabı içerir. Candida' ya karşı hücresel ve sıvısal bağışıklık gelişir fakat hücresel bağışıklığın rolü daha fazladır.Bu çalışmada, Candida türleri ile uyarılan dendritik hücre kültürlerinde PCR ve ELISA yöntemleriyle Toll-like ve kemokin reseptörlerinin ifadelenmesi ve sekresyonu araştırılarak, Candida enfeksiyonlarında bu reseptörlerin rolünün belirlenmesi amaçlanmıştır.Çalışmamızdaki enfeksiyon modeli, invitro olarak C. albicans ve C. krusei ile uyarılan dendritik hücre kültürü ile oluşturulmuştur. Ayrıca maya içermeyen ve sadece maya içeren kuyucuklar da kontrol grubu olarak138belirlenmiştir. İnkübasyon sürelerinin ardından hücreler ve üst sıvılardaki TLR ve kemokin düzeyleri incelenmiştir.Çalışmamızın sonuçlarına göre, kontrol grupları ile kıyaslandığında Candida türleri DH' lerden yüksek oranda TLR2, TLR4, TLR6 ifadelenmesi ve sekresyonuna neden olmaktadır. Kemokin reseptörleri değerlendirildiğinde, enfeksiyonla birlikte CCR5 ve CXCR4 üretimi artarken, CX3CR1 üretiminde değişiklik oluşmadığı görülmüştür. Ayrıca, C. albicans, C. krusei' ye oranla TLR sekresyonunda daha belirgin artışa neden olurken, C. krusei daha etkin kemokin artışına neden olmuştur.Sonuç olarak, Candida enfeksiyonu sırasında ilk olarak antijen sunucu hücrelerden dendritik hücrelerin görev aldığı, maya ile etkileşim sonucunda çeşitli reseptörleri aktive ederek immün sistem cevabını yönlendirdiği sonucuna varılmıştır.
Hipopigmente veya hiperpigmente deri lezyonlarıyla başvuran hastalardan alınan örneklerden malassezia cinsi mayaların izole edilmesi ve tür tanımı
Malassezia türleri, normal cilt florasında bulunan lipofilik mantarlardır. Bunun yanında, pityriasis versicolor, seboreik dermatit, follikülit, atopik dermatit gibi birçok yüzeyel deri hastalığında etken olarak saptanmaktadır. Malassezia mantarlarının tür ayrımı, kültürü yapılarak, morfolojik, fizyolojik ve biyokimyasal özellikleri kullanılarak yapılabilir. Bu konvansiyonel metodlarla beraber, son yıllarda uygulanan moleküler yöntemlerle tür adı kesin olarak konulabilmektedir.Çalışmamızda Gazi Üniversitesi Hastanesi'ne hipopigmente veya hiperpigmente deri lezyonlarıyla başvuran hastalardan alınan örneklerden Malassezia cinsi mantarların üretilmesi ve moleküler yöntemlerle kesin tür ayrımının yapılması amaçlanmıştır. Çalışmamıza pityriasis versicolor'lu 35 hasta dahil edilmiştir. Hastalardan alınan bütün örneklerin (n=35) direk mikroskobik incelemesinde Malassezia cinsi mantarlara ait maya hücreleri ve hif yapıları görülmüştür (%100). Örneklerin 26'sında Leeming Notman agarda Malassezia spp. üremesi olmuştur (%74,28). Hastalardan izole edilen suşların tümünün PZR ile tür tanımı yapılmıştır. En sık saptanan tür M.globosa (17; %65,38) iken bunu M. sympodialis (6; %23,08) ve M. furfur (3; %11,54) takip etmektedir.Çalışmamızın en önemli sonucu hipopigmente veya hiperpigmente deri lezyonları ile karakterize olan pityriasis versicolor etkeni olarak en sık M. globosa türü mayaların izole edilmiş olmasıdır. Ayrıca, moleküler yöntemlerden PZR ile tür tanımının kolaylıkla yapılabildiği, zahmetli ve uzun süre alan tween deneylerine gerek kalmadan tür tanımının yapılabildiği gösterilmiştir.
Metisiline dirençli stafilokoklarda azalmış vankomisin duyarlılığının araştırılması
Stafilokoklar, insan normal florasında bulunmakla birlikte nozokomiyal ve toplumdan kazanılmış enfeksiyonların en önemli etkenlerindendir. Özellikle metisilin dirençli S.aureus suşlarının neden olduğu enfeksiyonların tedavisinde büyük sıkıntılar yaşanmaktadır. Metisilin dirençli S.aureus suşları beta-laktam ve beta-laktam dışı antibiyotiklerin çoğuna karşı dirençlidir. Bu nedenle, glikopeptit antibiyotikler metisilin dirençli S.aureus'un neden olduğu ciddi enfeksiyonların tedavisinde ilk seçenektir. Metisilin dirençli stafilokoklarda vankomisin direncinin araştırılmasının amaçlandığı bu çalışma, Ocak 2010-Kasım 2013 tarihleri arasında yapıldı. Düzce Üniversitesi Tıp Fakültesi Araştırma ve Uygulama Hastanesi Mikrobiyoloji laboratuvarına gönderilen çeşitli klinik örneklerden (idrar, balgam, kan, yara sürüntüsü, bronş lavaj sıvısı, katater... vb.) izole edilen edilen toplam 331 stafilokok suşu incelemeye alındı. Sadece metisilin dirençli S.aureus'lar ve metisilin dirençli koagülaz negatif stafilokoklar çalışmaya dahil edildi. Metisilin direncini tespit etmede oksasilin agar tarama, sefoksitin disk difüzyon testi; vankomisin direncini saptamada vankomisin agar tarama, standart e test, makro e test ve PAP yöntemleri kullanıldı. S. aureus izolatlarının 115 (% 54,2)'i metisilin dirençli S.aureus; koagülaz negatif stafilokok izolatlarının 66 (%51,2)'sı metisilin dirençli koagülaz negatif stafilokok olarak bulundu. Kullanılan vankomisin agar besiyerine ekilen 181 metisilin dirençli stafilokok suşunun ilk 24 saatte sadece ikisinde üreme saptandı. Üreme saptanan suşların her ikisi de S. aureus idi. Bu metisilin dirençli S.aureus suşları standart E Test ve Makro E Test incelemelerinde vankomisine duyarlı olarak bulundu. PAP yöntemi ile hiçbir suşta üreme saptanmadı. Bu veriler sonucunda hastanemizde VIS ve h/VIS olmadığı kanaatine varıldı. Metisilin dirençli S.aureus enfeksiyonu düşünülen hastalarda tedavide glikopeptid kullanımının ileride hVISA ve VISA gelişimine sebep olabileceği akılda tutulmalı ve tedaviye yanıt vermeyen hastalarda vankomisin direnci için tarama mutlaka yapılmalıdır. Sonuç olarak bu seçkin antibiyotiğin kullanımında özenli olunması ve gerek tedavi öncesi, gerekse tedavi sırasında hastaların mikrobiyolojik yönden yakın izleminin önemli ve gerekli olduğu düşünülmüştür. Anahtar Kelimeler: Staphylococcus aureus, koagülaz negatif stafilokok, metisilin, vankomisin, direnç, hVISA, VISA.
Trıchosporon türlerinde bazı virulans faktörlerinin araştırılması
Trichosporon türlerinin birçoğu doğada (toprak, su ve bitki) yaygın olarak bulunur. Ayrıca insanda deri, solunum yolları, gastrointestinal ve genitoüriner sistemde normal flora üyesi olarak da yer alabilir. Trichosporon türlerinin duyarlı hasta gruplarında, özellikle immunsuprese, sitotoksik kemoterapi alan ve organ transplantasyonu uygulanan hastalarda yaşamı tehdit eden ciddi enfeksiyonlara yol açmaları ve antifungal tedaviye göreceli olarak daha dirençli olmaları nedeni ile önemi giderek artmaktadır. Trichosporon kökenlerinin enfeksiyon patogenezinde rol oynayan olası virulans faktörlerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. 2010 - 2012 yılları arasında Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesinde Mikoloji laboratuvarına maya tiplendirme için gelen kültür örneklerinden, Trichosporon spp. olarak sonuçlanan 20 köken ve Dr Takashi Sugita?dan temin edilen 20 köken çalışmaya alınmıştır. 40 Trichosporon kökeninde salgısal asit proteaz, fosfolipaz, esteraz, hemolitik aktivite ve koagülaz enzim aktivite varlığı araştırılmıştır Çalışmaya alınan 40 Trichosporon kökeninin; 24 tanesi (%60) Trichosporon asahii, altı tanesi (%15) Trichosporon inkin, bir tanesi (%2,5) Trichosporon aquatile, bir tanesi (%2,5) Trichosporon asteroides, bir tanesi (%2,5) Trichosporon coremiiforme, bir tanesi (%2,5) Trichosporon cutaneum, bir tanesi (%2,5) Trichosporon dermatis, bir tanesi (%2,5) Trichosporon faecale, bir tanesi(%2,5) Trichosporon japonicum, bir tanesi (%2,5) Trichosporon montevideense, bir tanesi (%2,5) Trichosporon mucoides, bir tanesi (%2,5) Trichosporon ovoides dir. Çalışmaya alınan 40 kökenin hiçbirinde salgısal asit proteinaz ve fosfolipaz enzim aktivitesi tespit edilememiştir. Tüm kökenlerde esteraz enzim aktivitesi pozitif olarak tespit edilmiştir. Hemolitik enzim aktivitesi 15 kökende (%37,5) pozitif olarak bulunmuştur. T. asahii türü ile Trichosporon non-asahii türleri arasında hemolitik aktivite varlığı açısından anlamlı bir fark bulunamamıştır. Koagülaz enzim aktivitesi, insan plazması kullanılarak yapılan testlerde iki kökende (%5), tavşan plazması kullanılarak yapılan testlerde ise 11 kökende (%27,5) pozitif olarak bulunmuştur. Sonuç olarak Trichosporon türlerinin hastalık oluşturma patagenezinde esteraz, hemolizin ve koagülaz enzimlerinin rol alabileceği düşünülmüştür. Anahtar kelimeler:Trichosporon, virulans faktör, patogenez
Süper antijen niteliğindeki stafilokok toksinlerinin ve protein A'nın kronik sinuzit etiyolojisindeki rolünün incelenmesi
Süper antijen niteliğindeki stafilokok toksinlerinin ve protein A?nın kronik sinüzit etyolojisindeki rolünün incelenmesi Kronik sinüzit, 12 haftadan uzun süren nazal ve paranazal mukozanın semptomatik inflamasyonudur. Kronik sinüzit, hastanın yaşam kalitesini düşüren ve tedaviye direnci nedeniyle yüksek maliyetlere yol açan bir hastalıktır. Kronik sinüzitin oluş mekanizması tam bilinmemekle beraber bakterilerin bu olayda en önemli rolü oynadıkları düşünülmektedir. Son yıllarda nazal mukozaya kolonize olmuş S.aureus tarafından oluşturulan süper antijen özelliği gösteren toksinlerin sinüzit ile ilişkili inflamasyonun gelişiminde rol oynadığı konusunda hipotezler ileri sürülmüştür. Ayrıca S.aureus?ta bulunan protein A (SpA)?nın nazal dokuda histamin salınımına yol açması lokal allerjik reaksiyonlara neden olmaktadır. Bu etkileri nedeniyle S.aurues?un kronik sinüzit gelişiminde en önemli rolü oynadığı düşünülmektedir. Bu çalışmada, kronik sinüzitli hastalardan ve kontrol grubundan alınan endoskopik sinus biyopsi örnekleri ile burun sürüntüsü örneklerinde S.aureusbulunma sıklığı, izole edilen bakterilerde süper antijen niteliği gösteren toksin genlerinin varlığı, ayrıca bu bakterilerde SpA bulunma sıklığı ve düzeylerinin incelenmesi ve bu parametrelerin kronik sinüzit gelişimindeki rollerinin değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Kronik sinüzitli hastalardan alınan 30 biyopsi örneğinden 6?sında (%20) S.aureus üretilmişken, kontrol grubu örneklerinin hiçbirinde S.aureus üretilememiştir. Kronik sinüzitli 210 hastanın burun sürüntü örneğinin 44?ünde (%21), kronik sinüziti olmayan 442 hasta örneğinin ise 50?sinde (%11) S.aureus üretilmiştir. Hasta grubunda kontrol grubuna göre daha yüksek sayıda bakteri izole edilmiş ve aradaki fark önemli bulunmuştur. Realtime PCR yöntemiyle kronik sinüzitli hastalardan soyutlanan 50 S.aureus suşunun 27?sinde (%54) enterotoksin A, 16?sında (%32) enterotoksin B, 8?inde (%16) enterotoksin C ve 8?inde (%16) enterotoksin D geni saptanmışken, kontrol grubundan soyutlanan 50 S.aureus suşunun 23?ünde (%46) enterotoksin A, 12?sinde (%24) enterotoksin B, 7?sinde (%14) enterotoksin C ve 7?sinde (%14) enterotoksin D geni bulunmuştur. Hasta grubunda dört enterotoksin tipide daha fazla bulunmuş ancak kontrol grubu değerlerine göre bu fark istatistiksel anlamda önemli bulunmamıştır. Hasta grubundan izole edilen bakterilerde TSST-1 gen varlığı % 20 oranında bulunurken bu oran kontrol grubu bakterilerinde % 46 oranında bulunmuş ve bu fark önemli görülmüştür. Enzim immuno assay yöntemiyle hasta grubundan soyutlanan S.aureus suşlarının % 88?inin, kontrol grubundan soyutlanan S.aureus suşlarının ise % 90?ının SpA yaptığı saptanmış ve aradaki farkın önemsiz olduğu bulunmuştur. Hasta grubu stafilokoklarının üst sıvılarında ortalama 1171 pg/ml SpA bulunmuşken, kontrol grubu bakterilerinde bu değer 1248 pg/ml olarak belirlenmiş ve aradaki farkın önemli olmadığı görülmüştür. Sonuç olarak kronik sinüziti olan hastaların endoskopik sinus biyopsisi ve burun sürüntüsü örneklerinden kontrol grubuna göre daha yüksek sayılarda S.auerus üretilmiş ancak hastaların çoğundan bu bakteri soyutlanmadığı için bu bakterinin çok sayıdaki etken mikroorganizmadan sadece biri olduğu sonucuna varılmıştır. Hasta ve kontrol grubundan izole edilen stafilokoklarda saptanan enterotoksin ve TSST-1 geni bulunuş sıklığına göre bu ekzotoksinlerin de kronik sinzuit gelişimi için mutlaka gerekli olmadıkları anlaşılmıştır. Aynı şekilde bu bakterilerde belirlenen SpA bulunma oranları ve düzeylerine göre, SpA?nın kronik sinüzit gelişimi için mutlak bir şart olmadığı görülmüştür. Süper antijen niteliğindeki ekzotoksinlerin ve SpA?nın ortamda bulunması durumunda fizyolojik etkileri ile hastalık tablosunun alevlenmesine ve tablonun ağırlaşmasına neden olabilecekleri düşünülmüştür.
İshalli olgularda Microsporidia sıklığının calcofluor beyazı ve Uvitex 2B kemilüminesans boyama yöntemleriyle araştırılması ve moleküler tiplendirilmesi
Zorunlu hücre içi paraziti olan Microsporidia, ilk kez 1857? de Nageli tarafından tanımlanmıştır. Microsporidia şubesinde 170 cins ve 1.400 tür bulunmaktadır. Microsporidia? nın böcekler, balıklar ve memeliler gibi geniş bir konak yelpazesi vardır. Hayvanlar dışında insanları da enfekte edebildiği ve insanlarda hem semptomatik hemde asemptomatik olarak bulunabildiği gösterilmiştir. İnsanı enfekte eden sekiz cins bulunmaktadır. Bu cinsler; Anncaliia (Brachiola, Nosema), Encephalitozoon, Entrocytozoon, Microsporidium, Nosema, Pleistophora, Trachipleistophora ve Vittaforma? dır. Yapılan çalışmalarda HIV pozitif, immün süpresif, homoseksüel olan bireyler, seyahat edenler ve sağlıklı bireyler araştırma grubunu oluşturmaktadırlar. İnsanlarda en sık enfeksiyon oluşturan türler Encephalitozoon intestinalis ve Enterocytozoon bieneusi ` dir. Çalışmada iki farklı kemilüminesans boya olan Uvitex 2B ve Calcofluor ile Microsporidia sıklığının belirlenmesi ve moleküler olarak tiplendirilmesi amaçlanmıştır. Bu çalışmada 2011- 2012 yılları arasında Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarı? na ve Ankara Numune Eğitim ve Araştırma Hastanesi Mikrobiyoloji Labaratuvarı? na gönderilen 200 hastanın ishalli dışkı örnekleri ile çalışılmıştır. Dışkı örnekleri kemilüminesan boya olan Uvitex 2B ve Calcofluor yöntemleri ile boyanmış ve microsporidia sıklığı %38.5 (77/ 200) olarak saptanmıştır. Kemilüminesans boya olan Uvitex 2B ve Calcofluor arasında Microsporidia saptanma açısından istatistiksel olarak mükemmel bir uyum olduğu belirlenmiştir (Kappa= 0.881) Uvitex 2B ile Calcofluor? un mikroskop sahasındaki Microsporidia sporların sayısal yoğunluğuna ( az, çok) ve sporların parlaklıklarına ( soluk, parlak ) göre uyumlulukları istatistiksel olarak belirtilmiştir. İki boya arasında sayısal yoğunluğu açısından orta düzeyde uyum belirlenirken (Kappa= 0.354), sporların parlakları açısından herhangi bir uyuma saptanmamıştır (Kappa= 0.001). Çalışmada microsporidia sıklığının yaş grupları ve kliniklere göre anlamlı bir fark saptanmamıştır (p > 0.05). Cinsiyete göre microsporidia sıklığının kadınlarda (%50) erkeklere (%30.8) göre daha fazla olduğu saptanmıştır (p ? 0.05). Çalışmamızda Uvitex 2B ve Calcofluor ile pozitif saptanan 77 örnekte multipleks nested PZR yapılmış ve ilk basamakta cins ayrımı yapabilmek için E. bieneusi ve Encephalitozoon spp. olarak sınıflandırılmıştır ve yedi (%9.1) tane E. bieneusi, 70 (%90.9) tane Encephalitozoon spp.olarak belirlenmiştir. Microsporidia cinsleri göz önüne alındığında yaş, cinsiyet ve gönderilen kliniklere göre Microsporidia sıklığında istatistiksel olarak anlamlı bir fark saptanmamıştır (p ? 0.05) Çalışmamızda saptanan 70 adet Encephalitozoon spp. cinsi tür ayrımı yapabilmek için ikinci tur multipleks nested PZR ile E. intestinalis, E. cuniculi ve E. hellem olarak tiplendirilmiştir. Buna göre 70 adet Encephalitozoon spp.? de; 44? ü (%62.9) E. intestinalis, 22? si (%31.4) E. cuniculi, ve dördü ise (%5.7) E. hellem olarak belirlenmiştir. Encephalitozoon türlerinin yaş, cinsiyet ve kliniklerine göre sıklığında istatistiksel olarak anlamlı bir fark saptanmamıştır (p ? 0.05) Dışkı örneklerin Microsporidia tanısında kemilüminesans boya olan Uvitex 2B ve/ veya Calcofluor boyama yöntemlerinin ilk tarama testi olarak kullanılmasının yararlı olacağı sonucuna varılmış ve multipleks nested PZR yönteminin cins ve tür tayininde yararlı olduğu belirlenmiştir. Ülkemizde Microsporidia ile ilgili az sayıda çalışma bulunmaktadır. Yapılan çalışmalarda mikroskobik yöntemler kullanılmıştır. Bu çalışma ülkemizde multipleks nested PZR ile microsporidia tanısı tür tayininin yapıldığı ilk çalışmadır. Tedavi seçeneklerinin belirlenmesi ve Microsporidia epidemiyolojisi açısından türlerinin tespiti için moleküler yöntemlerin yaygınlaşması gerekmektedir. Anahtar sözcükler: Microsporidia, kemilüminesans boya, multipleks nested PZR
Farede oluşturulan Leishmaniasis modelinde konvansiyonel yöntemlerle enfeksiyon takibinin yapılması
Leishmaniasis, Dünya Sağlık Örgütü Tropikal Hastalıkları Araştırma Merkezi'nin önemli kabul ettiği altı hastalıktan birisidir. Bu hastalıkta; Visseral Leishmaniasis (VL), Kutanöz Leishmaniasis (KL) ve Mukokütanöz Leishmaniasis (MKL) olmak üzere üç farklı klinik tablo ortaya çıkmaktadır. VL; öldürücü leishmaniasis parazit hastalığı olup, tropikal ve subtropikal bölgelerde görülür. L.donovani Batı Afrika ve Hindistan?da, L.infantum ise Avrupa, Kuzey Afrika ve Latin Amerika?da yaygın suş olarak görülmekte olup, ilaca direncin giderek artması nedeniyle erken tanı, tedavide büyük önem taşımaktadır. VL tanısı zor ve invazivdir. Dalak aspirasyonu tanıda duyarlılığı yüksek olmasına rağmen hayati riski taşımakta, lenf ve kemik iliği aspirasyonu ise invaziv yöntemlerdir. Dünya Sağlık Örgütünün yayınladığı (Leishmaniasis Worldwide and Global Estimates of Its Incidence) raporunda her yılı yaklaşık 0.2 - 0.4 milyon VL vakası rapor edilmektedir. VL vakalarının %10 kadarı ölümle sonuçlanmaktadır. Tahmini olarak yılda 20.000 - 40.000 VL nedeniyle kişi hayatını yitirdiği bildirilmektedir. Çalışmamızda Leishmania infantum (MONI/EP126) suşu ile BALB/C farelerde VL fare modeli oluşturmak ve enfekte farelerdeki enfeksiyonun mikroskobik, kültür ve serolojik olarak ELISA yöntemiyle üç aylık sürede takibinin yapılması amaçlandı. Parazitin farklı promastigot formlarının immun yanıt üzerine etkisi, farelerdeki anti-leishmania IgG yanıtının ELISA yöntemiyle spektrofotometrik olarak saptanan OD düzeylerinin ölçümleriyle yapıldı.Enfektif fare grupları prosiklik promastigot (PP), metasiklik promastigot (MP) ve her iki formu içeren total promastigotlarla (TP) enfekte edildi. Aynı zamanda kontrol grubu olarak sağlıklı fareler kullanıldı. MP ile enfekte edilen grupta Geimsa boyama ve mikrokültür yöntemiyle PP formla enfekte edilen gruba göre daha erken enfeksiyon oluşturduğu tespit edilmiştir. Çalışmamızda aynı anda kan örneklerine uyguladığımız direkt mikroskobinin duyarlılığı %25 - 81.8 mikrokültür yönteminin ise duyarlılığı %72.5 - 100 arasında saptanmıştır. Mikrokültür yöntemi leishmaniasis tanısında kısa sürede sonuçlanan, pratik, güvenilir ve düşük maliyeti olan bir yöntem olup, direk mikroskobik incelemeye ve klasik kültür yöntemine göre daha üstündür. ELISA sonuçlarında birinci ayda üç grupta da kontrol grubuna göre antikor yanıtının yüksek olduğu, ancak birinci PP ve TP gruplarının OD düzeylerinin MP grubundan yüksek olduğu gözlenmiştir. İkinci ayda MP grubunun OD düzeyinin diğer iki gruptan da yüksek olduğu, üçüncü ayda ise MP ve TP gruplarının OD düzeylerinin PP grubundan daha yüksek olduğu saptandı. MP ile enfekte grupta ilk ayda diğer enfekte gruplara göre antikor düzeyinin daha düşük saptanması, enfeksiyon sonrasındaki ilk dönemde MP?in immun sisteminden kaçış mekanizmaları ve makrofaj içerisinde sinyal yolaklarını, gen ekspresyonu gibi fonksiyonları inhibe etmesinden kaynaklandığı düşünülmektedir. Deneysel çalışmalarda aşı üretimi için parazitin formlarının eldesi ve aşı hedefi olarak aday gen bölgelerinin belirlenmesi amacıyla faklı promastigot formların üzerinde çalışmaların sürdürülmesi faydalı olacaktır.
Klinik örneklerden izole edilen candida suşlarının planktonik ve biyofilm formlarında, melatoninin antifungal duyarlılığa etkisi
Son yıllarda, biyofilm varlığında antifungallere dirençli Candida türlerinin izolasyonunda belirgin biçimde artış olması, bu enfeksiyonların tedavisi için alternatif ajanların geliştirilmesini zorunlu hale getirmiştir. Bu çalışmada, Düzce Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarına gönderilen klinik örneklerden izole edilen Candida suşlarının planktonik ve biyofilm formlarında, melatoninin antifungal duyarlılığa etkisi araştırıldı. Suşların identifikasyonu germ tüp testi, Mısır unu-Tween 80 agarda morfolojik değerlendirme ve otomatize sistem ile yapıldı. Modifiye mikroplak yöntemi ile biyofilm formasyonu araştırıldı. Biyofilm oluşumu gözlenen suşlarda antifungal duyarlılığını belirlemek için planktonik formda sıvı mikrodilüsyon yöntemi ile MİK, biyofilm formunda Calgary biyofilm yöntemi ile MBEK değerleri saptandı. Duyarlılık testleri melatonin varlığında tekrarlandı. Çalışmaya dahil edilen 350 adet suşun % 64,8'i C. albicans, % 15,7'si C. glabrata, % 8,6'sı C. tropicalis, % 5,4'ü C. parapsilosis, % 5,5'i diğer türler (C. kefyr, C. guilliermondii, C. dubliniensis, C. krusei, C. lusitaniae) olarak saptandı. Suşların % 9,7'sinde biyofilm oluşumu gözlendi; tür düzeyinde incelendiğinde C. albicans'ta biyofilm oluşumu % 2,6, Non-albicans Candida türlerinde ise % 22,7 olarak belirlendi. Planktonik formda antifungal duyarlılığı araştırılan bütün suşlar, amfoterisin B MİK değeri ≤0,25 μg/ml olduğu için duyarlı olarak değerlendirilirken; C. tropicalis suşlarından biri flukonazole karşı doza bağımlı duyarlı, bir C. albicans suşu da vorikonazole karşı doza bağımlı duyarlı ve kaspofungine dirençli, birer adet C. tropicalis ve C. kefyr suşu ise kaspofungine karşı dirençli olarak tespit edildi. Biyofilm formunda antifungal duyarlılığı araştırılan bütün suşlar, amfoterisin B MBEK değeri ≥16 μg/ml olduğu için dirençli olarak değerlendirilirken; flukonazole suşların üçü doza bağımlı duyarlı (C. albicans, C. parapsilosis, C. guilliermondii), diğerleri dirençli; vorikonazole sadece C. guilliermondii duyarlı, diğerleri dirençli; kaspofungine ise tüm suşlar dirençli olarak saptanmıştır. Antifungallerle melatonin kombine edilerek tekrar edilen antifungal duyarlılık testleri sonucu hem MİK hem de MBEK değerlerinde düşüş gözlendi. Ancak planktonik formda dirençli veya doza bağımlı duyarlı olan suşlar duyarlı hale gelirken, biyofilm formunda MBEK değerinde düşüş olsa da suşların direnç profilinde değişiklik gözlenmedi. Sonuç olarak antifungal ajanlarla kombine edilmesi sonucu MİK ve MBEK değerlerinde görülen düşüş, melatoninin Candida enfeksiyonlarının tedavisinde yeni bir alternatif olabileceğini düşündürmektedir. Anahtar Kelimeler: Antifungal duyarlılık, biyofilm, Candida, melatonin.
Klinik örneklerden izole edilen enterokokların antibiyotik direnç özellikleri
Enterokoklar insan ve hayvanların normal barsak florasında yaygın olarak bulunan gram pozitif bakterilerdir. İnsanlarda en sık idrar yolları enfeksiyonlarına neden olurlar. Son yıllarda giderek artan sıklıkta hastane enfeksiyonlarına da neden oldukları gözlenmektedir. Enterokoklar antibiyotiklere direnç özellikleri bakımından en çok sorun yaratan bakterilerdendir. Enterokoklar doğal olarak sahip oldukları intrensek direnç nedeniyle birçok antibiyotiğe dirençli olmalarının yanı sıra, enfeksiyonlarında kullanılabilecek antibiyotiklere karşı hızla direnç geliştirebilmeleri ve bu direnci yaybilmeleri açısından da büyük bir problem haline gelmişlerdir. Konvansiyonel mikrobiyolojik yöntemlerle klinik örneklerden izole edilen enterokok suşları biyokimyasal özelliklerine göre tanımlanmıştır. Daha sonra tür düzeyindeki tanımlanmaları Vitek-2 GP Sistemi yöntemiyle tür düzeyinde tanımlanmıştır. Beta-laktamaz yapımları nitrosefin kromojenik substrat yöntemi ile araştırılmıştır.Yüksek düzeyli aminoglikozit dirençlilikleri 120 µg?lık gentamisin ve 300 µg?lık streptomisin diskleri kullanılarak disk diffüzyon tekniği ile incelenmiştir. Değişik antibiyotiklere karşı duyarlıkları CLSI önerileri doğrultusunda Kırby Bauer Disk Diffüzyon Tekniği kullanılarak araştırılmıştır.İncelenen enterokok suşlarının % 15.3?ü yatan hasta örneklerinden, % 84.7?si ise poliklinik hasta örneklerinden izole edilmiştir. İncelenen 72 enterokok suşundan 58 tanesi (%80.5) E.faecalis, 14 tanesi (%19.5) ise E.faecium olarak tanımlanmıştır. Bu bakterilerden sadece ikisinde (%2.8) nitrosefin yöntemiyle beta-laktamaz yapımı belirlenmiştir. İncelenen enterokokların % 47?sinde streptomisin için, % 43?ünde ise gentamisin için yüksek düzeyli aminoglikozit direnci belirlenmiştir. İncelenen enterokok suşlarının tamamı vankomisin ve teikoplanine duyarlı bulunmuştur. Sadece bir suşta linezolide karşı direnç bekirlenmiştir. Fosfomisine karşı % 4 oranında dirençli suş bulunmuştur. Ampisiline karşı % 22, penisiline karşı ise % 20 oranında dirençli enterokok belirlenmiştir. Levofloksasşne karşı % 43, siprofloksasine karşı % 47 ve tetrasikline karşı % 50 oranında dirençli enterokok belirlenmiştir.İncelenen enterokok suşlarında VRE belirlenmemiştir. Bu çalışmada incelenen enterokok suşları içinde VRE saptanmamıştır. İncelenen enterokoklar büyük ölçüde idrar örneklerinden ve poliklinik hastalarından izole edilmişlerdir. Bu nedenle bu çalışmada enterokok antibiyotik direnç problemi beklenen büyüklükte saptanmamıştır. Buna karşılık, enterokoklarda antibiyotik direncinin gelişip yayılmasının önüne geçilebilmesi için, hastane enfeksiyon komiteleri ve mikrobiyoloji laboratuvarlarının işbirliği içinde olması, enterokok enfeksiyonlarının tedavisinde yüksek düzeyli aminoglikozit direnç özelliği ve antibiyotiklere duyarlılık test sonuçları göz önüne alınarak tedavinin planlanması gerekmektedir. VRE olduğu belirlenen ciddi antibiyotik direnç profiline sahip enterokoklarla enfeksiyon geçiren hastaların izole edilmesi ve bu hastalardan diğer hastalara bakterilerin yayılmasının önlenmesi büyük önem taşımaktadır.
Düzce ili orman köylerinde Hantavirus ve Borrelia burgdorferi seroprevalansının ve bölge halkının farkındalığının araştırılması
Bu çalışmada Düzce ili orman köylerindeki Hantavirus ve B. burgdorferi seroprevalansı ile riskli bölgede yaşayan insanların bu virus ve bakterinin sebep olduğu hastalıklar konusundaki farkındalıkları araştırılmıştır. Anket formu ile çalışmaya katılanların sosyodemografik özellikleri, meslekleri, Hantavirus ve B. burgdorferi'nin bulaşında rol oynayabilecek faktörler araştırılmış ve bu faktörlerin Hantavirus ve B. burgdorferi seroprevalansı ile ilişkileri irdelenmiştir. Araştırmaya, 28.06.2016 ile 10.07.2016 tarihleri arasında yapılan saha çalışması ile Düzce iline bağlı orman içi köylerde yaşayan 18-70 yaş arasındaki kişilerden alınan serum örnekleri dahil edilmiştir. Çalışmada serum örneklerinde Hantavirus ve B. burgdorferi IgM ve IgG tipinde antikorların tespitinde Enzyme-Linked Immuno Sorbent Assay (ELISA) yöntemi kullanılmış, Hantavirus IgG ile B. burgdorferi IgM ve IgG pozitiflikleri Western blot (WB) yöntemi ile doğrulanmıştır. Düzce iline bağlı orman içi köylerden toplanan 193 adet serum örneği ilk aşamada ELISA yöntemi ile çalışılmış, 11 (% 5.7)'inde Hantavirus IgM, 13 (% 6.7)'ünde Hantavirus IgG, 27 (% 13.9)'sinde B. burgdorferi IgM ve 21 (% 10.9)'inde B. burgdorferi IgG pozitif olarak bulunmuştur. WB sonuçlarına göre ELISA yöntemi ile B. burgdorferi IgM pozitif bulunan 27 örneğin üçü (% 11.1) pozitif, B. burgdorferi IgG pozitif bulunan 21 örneğin 12 (% 57)'si pozitif olarak saptanmıştır. Yine ELISA yöntemi ile Hantavirus IgG pozitif bulunan 13 örneğin WB yöntemi ile altısı (% 46.1) pozitif olarak bulunmuştur. Araştırmamızda kerpiç evde yaşamanın ve 61-70 yaş grubunda olmanın B. burgdorferi IgG seroprevalansını artıran faktörler olduğu tespit edilmiştir. Ayrıca bölge halkının kene ve kemirgenler yoluyla bulaşan hastalıklar konusunda bilinçli olmadığı gözlenmiş, konu ile ilgili halkı bilgilendirici eğitimlerin yapılması gerektiği düşünülmüştür. Anahtar Kelimeler: Borrelia burgdorferi, Düzce, Hantavirus, orman köyleri, seroprevalans.
Hepatit B enfeksiyonlu hastalarda otoantikor sıklığı ve serum sitokin düzeyi
Giriş ve Amaç: HBV, Hepadnaviridae ailesinin orthohepadnavirus cinsinde yer alan hepatotropik, zarflı ve kısmen çift sarmallı bir DNA virusudur. Enfeksiyon etkenleri otoimmüniteyi başlatmak veya sürdürmek için çeşitli mekanizmalar kullanırlar.Bu mekanizmalar arasında, moleküler benzeşme, konak doku ve hücreleri hasar gördüğünde korunmuş gizli antijenlerin salınımı, konak hücre proteinlerinin değişimi ve otoreaktif T lenfosit aktivasyonu gibi çeşitli mekanizmalar yer alabilir. HBV enfeksiyonunda da diğer birçok enfeksiyon gibi otoimmüniteyi tetikleyebileceği gibi immün sistem mediatörlerinde de çeşitli değişiklikler meydana getirebilir. Bu nedenle çalışmamızda kronik hepatit B hastalarında otoantikor oluşumunu ve serum sitokin düzeylerindeki değişiklikleri belirlemeyi hedefledik. Materyal ve Metod: Çalışmamızda örnekler 18 yaş üstü, erişkin gruptan HBsAg?si ve HBV DNA?sı pozitif olan 50 adet kronik Hepatit B hastası, HBsAg (+) 25 adet inaktif HBsAg taşıyıcı hasta grubu ve HBsAg (-) ve HBV DNA (-)?sı negatif olan 25 adet sağlıklı kontrol grubundan seçilmiştir. HBV DNA, kantitatif real-time polimeraz zincir reaksiyonu ile belirlenmiştir. ANA, ASMA, AMA, LKM otoantikorları indirek floresan Ab yöntemi (IFA) ile incelenmiştir. IFA yöntemi ile ANA pozitif olarak bulunan örneklerde daha sonra immünoblot yöntemi ile otoantikorların tanımlanması yapılmıştır. RF, Anti-CCP, antifosfolipid G, antifosfolipid M, antikardiolipin otoantikorlarına ise ELISA yöntemi ile bakılmıştır. Serum sitokin düzeyleri ELISA yöntemi ile İncelenmiştir. Bulgular: Kronik hepatit B?li hasta örneklerinde ANA, AMA, ASMA ve LKM otoantikorlardan en az birinin pozitifliği, inaktif HBsAg taşıyıcı ve kontrol gruplarına göre istatistiksel olarak anlamlı düzeylerde farklı bulunmuştur. Kronik hepatit B?li hasta serum örneklerinde %44 ANA, %10 AMA, %16 ASMA, %2 LKM oranlarında pozitiflik tespit edilmiştir. İnaktif HBsAg taşıyıcısı serum örneklerinde %28 ANA, %20 ASMA pozitifliği saptanırken, AMA ve LKM antikor pozitifliği tespit edilmemiştir. Kontrol grubu örneklerde ise %40 ANA pozitifliği belirlenirken; ASMA, AMA ve LKM antikor pozitifliği belirlenmemiştir. HBV DNA viral yük açısından ANA pozitif ve ANA negatif kronik hepatit B grubu örnekleri arasında anlamlı bir fark tespit edilmemiştir. Bu üç grupta RF pozitifliği sırasıyla %30, %24 ve %8 oranında RF pozitifliği tespit edilmiştir. RF pozitifliği açısından kronik hepatit B grubu ile kontrol grubu arasında istatistiksel olarak anlamlı fark belirlenmiştir. Anti-CCP sadece kronik hepatit B grubu örneklerden 2?sinde (%4) pozitif olarak belirlenmiştir. Çalışmamızda kronik hepatit B grubunda %4 oranında antifosfolipid G pozitifliği, %12 oranında antifosfolipid M pozitifliği tespit edilmiştir Antikardiyolipin antikorları kronik hepatit B grubu örneklerde %14 olarak saptanmıştır. Kronik hepatit B grubu örneklerde, inaktif HBsAg taşıyıcı grup ve kontrol grubu örneklere göre serum IL-17,IL-22, IL-23 düzeyleri düzeylerinde istatistiksel olarak anlamlı düzeylerde artış meydana gelmiştir. Sonuç:HBV ile infekte hastalarda otoantikor ve sitokin yanıtının incelenmesinin, HBV ile birlikte bulunan otoimmün hastalıkların, HBV enfeksiyonuna bağlı olarak gelişen otoantikor yanıtından ayırımını sağlamada ve hastalıkların tedavisinde yeni yöntemlerin bulunmasına yardımcı olabilir.Bununla birlikte, HBV infeksiyonu ve konak immün yanıtı ve HBV?nin oluşturduğu otoimmünite mekanizmalarının daha iyi anlaşılması için daha geniş kapsamlı çalışmalara ihtiyaç vardır.
Kronik hepatit ve siroz tanılı hastalarda hepatit E virüs enfeksiyonunun sıklığı
Hepatit E virüsü; Hepeviridae ailesinin Hepevirus cinsinde yer alan RNA virüsüdür. Hepatit E virüs enfeksiyonu klinik olarak genellikle çocuklarda asemptomatik, erişkin yaş grubunda ise semptomatik seyreder. İyi pişmemiş enfekte hayvanların etlerinin tüketilmesi ve kan transfüzyonu ile bulaşabilse de temel bulaş yolu fekal-oral yoldur. Kronik hepatit ve siroz tanılı hastalarda hepatit E enfeksiyonu akut alevlenmeler, akut karaciğer hasarı, dekompansasyon ve ölüm gibi kötü sonuçlara neden olmaktadır. Hepatit E enfeksiyonu varlığını araştırmak için; 30 otoimmün hepatit, 30 siroz ve 40 kronik HBV tanılı hasta çalışmaya dahil edildi. Bu hastalardan elde edilen serum örneklerinde mikro ELISA ile anti HEV IgM ve anti HEV IgG, RT-PCR ile HEV RNA araştırıldı. Otoimmün hepatit grubunda %13 oranında anti HEV IgM ve anti HEV IgG pozitifliği görüldü. Siroz grubunda %33 anti HEV IgM, %50 anti HEV IgG pozitifliği görüldü. Kronik HBV grubunda ise %7,5 anti HEV IgM, %17,5 anti HEV IgG pozitifliği görüldü. Her üç hasta grubunda da beklenenden yüksek HEV seropozitifliği saptandı. Hastaların hiçbirinde HEV RNA saptanamadı. Kronik hepatit ve siroz tanılı hastalarda klinik yaklaşımlarda HEV enfeksiyonu göz ardı edilmemeli ve HEV bulaşının önüne geçilmesi için hastaların temiz içme suyu ve iyi pişmiş et tüketimi açısından bilinçlendirilmesi gerekmektedir. Anahtar kelime: Hepatit E virüsü, Siroz, Kronik hepatit, Hepatit B virüsü, Otoimmün hepatit
Zonguldak Bülent Ecevit Üniversitesi Sağlık Uygulama ve Araştırma Merkezinde 2015-2017 yıllarında izole edilen karbapenem dirençli escherıchıa coli ve klebsiella pneumonıae izolatlarının değerlendirilmesi
Amaç: Bu çalışmada, Temmuz 2015-Aralık 2017 tarihleri arasında laboratuvarımızda elde edilen karbapenem dirençli E. coli ve Klebsiella pneumoniae izolatlarının incelenmesi, bu izolatların elde edildiği hastaların değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Yöntem: İzolat bilgileri ve hastaların demografik özellikleri hastane bilgi işletim sisteminden yararlanılarak belirlendi. Bakteri tanımlaması konvansiyonel yöntemler ve gerektiğinde otomatize sistem kullanılarak, antimikrobiyal duyarlılık testleri Kirby-Bauer disk diffüzyon yöntemi ve/veya tam otomatize sistem kullanılarak yapıldı. İmipenem ve/veya meropenem duyarlılık doğrulaması için gerek duyulduğunda gradiyent test uygulandı. İzolatların epidemiyolojik analizi için Arbitrarily primed PZR (AP-PZR) yöntemi uygulandı. Bakterilerde karbapenemaz enzim tipleri PCR ile gösterildi. Bulgular: Belirtilen tarihler arasında değerlendirilen 4354 izolatta (%70,9 E. coli, %29 Klebsiella spp.) karbapenem direnci % 2,8 (% 93,4 Klebsiella spp.), E. coli ve Klebsiella spp. izolatlarında ise sırasıyla %0,25 ve %9 bulundu. İzolatlarda imipenem ve meropenem direnci sırasıyla %30,5 ve %84,61 idi. Bakterilerin elde edildiği hastaların yaşlarının 5-94 (Mean 63 ve SD±17), erkek/kadın oranının 56/41 olduğu belirlendi. Hastaların %39'u yoğun bakım, %16'sı hematoloji-onkoloji ve gerisi muhtelif servislerde tedavi almıştı. Hastalarda altta yatan hastalık olarak kanser (%36,6), diabetes mellitus (%28,7), yüksek tansiyon (%19) ve KOAH (%11) bulunduğu, %41,23'ünün tedavi sırasında öldüğü belirlendi. Hastaların %44'ü üç veya daha fazla grup antibiyotik tedavisi aldığı gözlendi. Karbapenem dirençli izolatların AP-PCR ile kümeleşme oranı oldukça yüksek olarak bulundu. Benzerlik gösteren 21 farklı kümeden seçilen temsili 32 izolata en sık görülen karbapenemaz gen bölgeleri araştırıldı. Çalışılan izolatların biri dışında tümünde OXA-48 enzimi belirlendi. Sonuç: Bölgemizde E. coli ve Klebsiella spp. için karbapenem direnci sırasıyla %0,25 ve %9 bulunmuştur. İzolatların elde edildiği hastaların genel olarak ileri yaşlı, altta yatan ciddi hastalığı bulunan ve daha önce hastane yatış ve birden fazla antibiyotik grubu kullanım öyküsü olan hastalar olduğu gözlenmiştir. İzolatlarımızda OXA-48 enziminin bulunduğu belirlenmiştir. İzolatlarda belirlenen yüksek kümeleşme oranı enfeksiyon kontrol önlemlerinin önemine dikkat çekmiştir. Anahtar Kelimeler: Enterobactericeae, karbapenem direnci, karbapenemaz
Kolistin dirençli klebsiella pneumoniae izolatlarında plazmid aracılı direnç mekanizmalarının araştırılması
Amaç: Bu çalışmada, Ekim 2017- Ağustos 2020 tarihleri arasında laboratuvarımızda kolistin dirençli olduğu tespit edilen K. pneumoniae izolatlarındaki plazmid aracılı direnç mekanizmalarının araştırılması amaçlanmıştır. Yöntem: Klinik örneklerden elde edilen bakterilerin tanımlanmasında, konvansiyonel yöntemler ve gereği durumunda otomatize sistemler kullanıldı. Antibiyotik duyarlılık sonucu otomatize sistemlerle belirlenen izolatların kolistin duyarlılığı sıvı mikrodilüsyon yöntemiyle doğrulandı. İzolatların ait olduğu hastaların demografik özellikleri hastane bilgi yönetim sisteminden elde edildi. İzolatların filogenetik ilişkisi Arbitrarily primed PCR (AP-PCR) ile değerlendirildi. Plazmid aracılı direnç genlerinin (mcr 1-5) varlığı multipleks PCR ile araştırıldı. Bulgular: Belirtilen tarih aralığında, izole edilen 2567 K. pneumoniae izolatlarının %1,7'si (44 izolat) otomatize sistemle kolistin dirençli bulundu. Sıvı mikrodilüsyon yöntemiyle bu izolatların üçünün kolistine duyarlı olduğu tespit edildi. İzolatların elde edildiği hastaların yaşlarının 20-92 (Mean 63 ve SD ± 18) olduğu saptandı. Hastaların %56'sının yoğun bakım ünitesinde tedavi aldığı ve %31'inin yoğun bakım ünitesinde yatış öyküsünün olduğu belirlendi. AP-PCR sonucuna göre, izolatların iki farklı genotipte toplandığı, en büyük genotip olan genotip 1 içinde 37 izolatın yer aldığı ve kümeleşmenin %100 olduğu saptandı. Genotip 1 ve 2 arasında %83,6 oranında benzerlik bulundu. Çalışılan izolatların hiçbirinde mcr 1-5 genleri tespit edilmedi. Sonuç: İzolatlarımızda kolistin direnci %1,6 olarak belirlendi. Bu süreç içerisinde izolatların ön filogenetik incelemesi büyük oranda aynı genotip içinde kümeleştiğini, dolayısıyla horizontal taşınım olduğunu gösterdi. Hastaların %87'sinin yoğun bakım öyküsünün mevcut olduğu belirlendi. Plazmid aktarımlı kolistin direnci tespit edilmedi. Anahtar Kelimeler: Klebsiella pneumoniae, kolistin direnci, plasmid, mcr
Diyabetik hastalarda enfekte kök kanallarındaki mikroorganizmaların PCR yöntemi ile tespit edilmesi
Amaç: Bu tezin amacı diyabetik hastaların birincil ve ikincil/ısrarcı enfeksiyona sahip kök kanallarından alınan örneklerde Enterococcus faecalis, Prevotella intermedia, Fusobacterium nucleatum, Porphyromonas gingivalis, Peptostreptococcus micros, Streptococcus spp. ve Candida albicans varlığının polimeraz zincir reaksiyonu kullanılarak değerlendirilmesidir. Yöntemler: Birincil (15) ve ikincil/ısrarcı (15) enfeksiyona sahip 30 kök kanalından mikrobiyal örnekler alındı. Altı bakteri ve bir mantar türünün belirlenmesi içinPolimeraz Zincir Reaksiyonu tekniği kullanıldı. Örneklerden ekstrakte edilen Deoksiribonükleik asit, bakteriler için önce 16S Ribozomal Ribonükleik asid ve ardından türe özgü primerler kullanılarak hedef türlerin varlığı açısından analiz edildi. Yaş bakımından gruplar arasındaki farklılık iki ortalama arasındaki farkın önemlilik testi ile analiz edildi. Sözel yapıdaki değişkenler bakımından gruplar arasındaki farklılıklar Pearson Ki-kare, Yates Düzeltmeli Ki-kare ve Fisher Kesin Ki-kare testleri ile incelendi. Anlamlılık düzeyi %5 kabul edildi. Bulgular: Örneklerin tümünde 16S Ribozomal Ribonükleik asid belirlendi. 21 örnekte, 6 spesifik bakteri primer çiftinden 1 veya daha fazlası için amplikon tespit edildi. Ribozomal Ribonükleik asid tespit edilen 9 örnekte spesifik primerlerin hiçbiriyle amplikon gözlenmedi. Çalışma hedefi olan mikroorganizmalar bakımından birincil ve ikincil/ısrarcı enfeksiyonlarda görülme sıklığı arasında fark bulunmadı (p>0.05). Streptococcus spp. hem birincil (%53.3) hem de ikincil/ısrarcı enfeksiyonlarda (%46.7) en çok saptanan tür oldu. Çalışmaya dahil edilen örneklerin hiçbirinde C. albicans tespit edilmedi. Sonuç: Diyabetik hastalarda birincil ve ikincil/ısrarcı kök kanal enfeksiyonlarının benzer polimikrobiyal içeriğe sahip olduğu bulundu.
Kutanöz mantar enfeksiyonu şüphesi olan hastalardan alınan deri kazıntı örneklerinde dermatofit ve diğer mantar etkenlerinin konvansiyonel ve PCR yöntemleriyle saptanması
Dermatofitoz, dermatofit adı verilen patojenik keratinolitik mantarların neden olduğu küresel öneme sahip bir hastalıktır. Dermatofitler morfolojik özellikleri temel alınarak; Microsporum, Epidermophyton ve Trichophyton olmak üzere üç cinse; doğal kaynaklarına göre de; antropofilik (insan kökenli), zoofilik (hayvan kökenli) ve geofilik (toprak kökenli) olmak üzere üç gruba ayrılırlar. Keratinize dokuların mantar enfeksiyonlarında en kolay, en hızlı ve en pratik inceleme yöntemi örneklerin direkt mikroskobik incelemesidir. Direk mikroskobik inceleme örnekleme kalitesine, mikrobiyoloğun tecrübe ve becerisine bağlı olduğu için duyarlılığı değişkenlik gösterir. Kültür direk mikroskobiye yardımcıdır ve tüm yüzeyel mantar enfeksiyonları ile herhangi bir sistemik tedavi gerektiren dermatofit enfeksiyonlarının tanısında kullanılmalıdır. Ancak dermatofitoz tanısında kullanılan mikolojik kültür ve ileri tür düzeyi identifikasyon yöntemlerinin kullanılması tanıyı geciktirir. Bu çalışmada dermatoloji polikliniğine kutanöz mantar enfeksiyonu şüphesi ile başvuran hastalardan alınan deri kazıntı örneklerinde dermatofit ve diğer mantar etkenlerinin konvansiyonel ve PCR yöntemleriyle saptanması amaçlanmıştır. Çalışmaya Mayıs 2020-Temmuz 2020 tarihleri arasında Fırat Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Dermatoloji Polikliniğine dermatofit ön tanısıyla başvuran 130 hastaya ait alınan saç, saçlı deri, deri kazıntısı ve tırnak örnekleri dahil edilmiştir. Her klinik örnek, öncelikle direk mikroskobik inceleme için %20'lik KOH ile preparatları hazırlanıp ışık mikroskobunda önce küçük (10x) sonra büyük büyütmeli (40x) objektiflerle incelenmiştir. Yapılan incelemede mantar hif/miçel ve sporları aranmıştır. Klinik örneklerin mikolojik kültürü için steril petri kutusuna alınan örneklerin SDA, antibiyotikli SDA, PDA besiyerlerine ekimleri yapılmıştır. Ekimi yapılan besiyerleri 4 haftalık süre sonunda makroskobik olarak SDA ve/veya PDA besiyerinde üreyen kültürdeki koloniler; koloni örgüsü, koloni yüzeyi, yüzey ve taban pigmentasyonu açısından değerlendirilmiştir. PDA besiyeri, koloninin taban ve yüzeyde pigmentasyon oluşturma özelliği için değerlendirilmiştir. Kültürde üreme gözlenen kolonilerden DNA izolasyonu için CTAB metodu uygulanmıştır. Çalışmada ITS (ITS1/ITS4) gen bölgelerini hedefleyen primerlerle PCR uygulanmıştır. Konvansiyonel yöntemlerle küf ya da maya olarak tanımlanan kültürlere PCR analizi sonrası dizi analizi uygulanmıştır. Elde edilen dizilere göre tanımlama nükleotid BLAST programı (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/) ile gen bankasındaki nükleotid dizilerinin karşılaştırılması ile yapılmıştır. Dermatofit ön tanılı hastalardan alınan 130 klinik örneğin 102 (%78,4)'sinin direk mikroskobik incelenmesinde mantar hif ve/veya sporlarına rastlanmıştır. Direk mikroskobide pozitif olarak değerlendirilen 99 (%76) ve negatif olarak değerlendirilen 7 (%25) örnek olmak üzere toplam 106 (%81,5) örneğin mikolojik kültürlerinde üreme gözlenmiştir. Üreme olan kültürlerden yapılan ileri identifikasyon değerlendirmelerinde tanımlanan dermatofitlerin dağılımında en sık T. rubrum (%49) türünün ürediği saptanmıştır. Kültürde üreyen suşların konvansiyonel yöntemler ile tanımlanan türlerinin ITS gen bölgelerinin hedefleyen primerlerle yapılan PCR ile identifikasyon sonuçları aynı (sadece konvansiyonel yöntemle T. mentagrophytes olarak tanımlanan 36 nolu suş PCR ile T. rubrum olarak tanımlanmıştır) tanımlanmıştır. Çalışmamızda kültürden izole edilen dermatofitoz etkenleri ileri identifikasyon yöntemleri uygulanmadan önce moleküler tanı yöntemleri kullanılarak hızlı bir şekilde tür düzeyinde tanımlanabilmiştir. Alt yapısı uygun olan laboratuvarlarda dermatofitozların rutin tanısında moleküler yöntemlerin uygun bir tanı aracı olabileceği sonucuna varılmıştır. Anahtar Kelimeler: dermatifoz, Trichophyton, Epidermophyton, Microsporum, PCR
Çoklu ilaca dirençli gram negatif bakterilerde kolistin duyarlılığının saptanmasında sıvı mikrodilüsyon ve ticari mikrodilüsyon yöntemlerinin karşılaştırılması
Dirençli Gram negatif bakteri enfeksiyonlarıyla mücadelede son antibiyotik seçeneklerinden olan kolistine direcin giderek atması, insan sağlığı üzerine ciddi tehdit oluşturmaktadır. İzolatların kolistin duyarlılığının doğru ve hızlı bir şekilde belirlenmesi, tedavinin başarısı için çok önemlidir. Avrupa Antimikrobiyal Duyarlılık Testi Komitesi (EUCAST) ve Klinik ve Laboratuvar Standartları Enstitüsü (CLSI)'nün, kolistin duyarlılığının tespiti için ortak önerisi, sıvı mikrodilüsyon (BMD) yöntemidir. BMD, hazırlanması yoğun emek ve zaman isteyen bir duyarlılık test yöntemi olduğundan laboratuvarlarda rutin kullanımı zordur. Günümüzde bu amaçla geliştirilmiş, uygulaması kolay birçok ticari mikrodilüsyon testi bulunmaktadır. Laboratuvarlarda sıklıkla kullanılan otomatize sistemler ve diğer test yöntemlerinin kolistin duyarlılığını belirlemedeki güvenilirliğini araştıran çok sayıda çalışma mevcut olmakla birlikte, BMD dışındaki yöntemler halen tartışmalıdır. Phoenix™ M50 otomatize sistemiyle çoklu ilaca dirençli (MDR) saptanan ve kolistin MİK değeri ≤1 µg/mL belirlenen, 25 adet P. aeruginosa, 25 adet E. coli, 25 adet A. baumannii ve 25 adet K. pneumoniae çalışmaya dahil edilmiştir. Toplam 100 izolatta kolistin duyarlılığı Sensititre™ testiyle de çalışılmış ve sonuçlar BMD yöntemiyle karşılaştırılarak bu testlerin performansları araştırılmıştır. Tüm izolatlar için, Phoenix™ otomatize sisteminin sonuçları BMD yöntemiyle kıyaslandığında 4 izolatta çok büyük hata (ÇBH) saptandı. Kategotik uyum (KU) %96 ve ÇBH %100 olarak belirlendi. Tüm izolatlar için Sensititre™ ticari mikrodilüsyon yönteminin sonuçları BMD yöntemiyle kıyaslandığında 1 büyük hata (BH) bulundu, KU %99, esansiyel uyum (EU) %69, ÇBH %0 ve BH %1,04 olarak hesaplandı. Bu çalışmada kolistin duyarlılığını belirlemede referans BMD yöntemi ile karşılaştırılan iki duyarlılık test yönteminin de kabul edilebilir antimikrobiyal duyarlılık testi performansı kriterlerini karşılamadığı gözlenmiştir. Buna göre kolistin duyarlılığının, uygulaması zor da olsa, BMD ile belirlenmesi gerekmektedir. Anahtar kelimeler: Sıvı mikrodilüsyon, Antimikrobiyal duyarlılık testi, Kolistin
Klinik örneklerden izole edilen Candida albicans kökenleri arasında antifungal direnç genlerinin aktarımı
Candida albicans insan deri ve mukoza florasında bulunan bir organizmadır. Bu organizma invazif olmayan yüzeyel infeksiyonlardan başlayarak derin dokuları tutan infeksiyonlara kadar değişen bir hastalık spektrumuna sahiptir. Bu etkenin tedavisinde flukonazol gibi geniş spektrumlu antifungal ilaçların uzun süreyle veya profilaktik olarak kullanılması, dirençli suşların ortaya çıkmasına neden olmuştur. Antifungal ilaçlara direnç gelişmesinin temelinde hücre içi hedeflerin değişmesi rol oynamaktadır.Bu çalışmada, Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı'na gönderilen klinik Candida albicans kökenlerine antifungal dirençten sorumlu atım pompası genlerinin aktarımı yapılmıştır. Dirençli kökenlerin DNA ve plazmid DNA moleküllerinde direnç genleri PZR yöntemi ile araştırılmıştır. Direnç geni gösterilen örneklerden elde edilen ve direnç geni taşıdığı öngörülen plazmidler duyarlı olan kökenlere aktarılmıştır. Duyarlı kökenlerde de direnç genlerinin aktarıldığı PZR yöntemiyle gösterilmiştir.Aktarılabilen genetik materyalin antifungal direnç genlerini taşıyabileceği böylece gösterilmiştir.
Hastane çalışanlarında latent tüberküloz infeksiyonu tanısında tüberkülin cilt testi ile quantiferon-tb gold testinin karşılaştırılması
Tüberküloz (TB), geçmişten günümüze infeksiyon hastalıklarında daima önemli bir yere sahip olmuştur. Son zamanlarda giderek artan küresel çabalara rağmen TB olgularının sayısı hızla artmaktadır. Tüberküloz için bilinen ilk tanı testi tüberkülin cilt testi (TCT)'dir. Fakat TCT, tanıda bazı yönleriyle kısıtlılık göstermektedir. Son yıllarda, TCT'ne oranla daha spesifik sonuç veren çalışmalar yapılmaktadır. Çalışmamızda, latent tübeküloz infeksiyonu tanısında TCT ile Quantiferon-TB Gold in Tube (QFT-G) testinin tanısal değeri hastane çalışanlarında araştırılarak bu iki testin etkinliğinin karşılaştırılması amaçlanmıştır. Latent tüberküloz infeksiyonu tanısında TCT ile QFT-G testini karşılaştırmak amacıyla hastane çalışanlarında yapmış olduğumuz bu çalışmamıza, Fırat Üniversitesi Hastanesinde çalışan 71 gönüllü sağlık çalışanı dahil edilmiştir. Çalışmaya alınan tüm sağlık çalışanlarına anket formu düzenlenmiştir. Çalışma grubuna, daha önce TCT yaptırıp yaptırmadıkları sorgulanmış ve Bacille Calmette-Guerin (BCG) aşısı skar sayıları ile birlikte anket formuna kaydedilmiştir. Ayrıca akciğer filmleri çektirilmiştir. Bu çalışma grubundan, QFT-G testi için üretilmiş yüzeyi antijenle kaplanmış özel tüplere kan örnekleri alındıktan sonra, TCT olan Purifeid Protein Derivative (PPD) uygulanmıştır. Çalışmamızda TCT'leri, 0-4 mm, 5-14 mm, 15 mm üzeri olmak üzere üç gruba ayrılarak değerlendirilmiştir. TCT'nin 15 mm üzerindeki QFT-G pozitiflik oranı %12,67 olarak bulunmuştur (p<0.01). Bu sonuç, TCT endurasyon çapının, QFT-G testi pozitif olma olasılığı ilgili bir bağlantısının olmadığını gösteriyor. Quantiferon-TB Gold testinin, avantajları ve dezavantajları dikkate alındığında, BCG aşılaması ile TCT sonucuna göre ülkemizde olduğu gibi rutin aşılanmaların uygulandığı topluluklarda, numune toplama kolaylığı, sonuçların kısa sürede elde edilmesi ve hastayla bir kez karşılaşılması gibi avantajları dikkate alınarak hastane çalışanlarında olduğu gibi TCT'ne alternatif olarak kitle taramalarında kullanılabilir olacağı sonucuna varılmıştır. Aktif hastalık oluşturma olasılığı yüksek olan vakaların tespit edilmesinde QFT-G testi ile TCT pozitif kontrol gruplarının karşılaştırıldığı uzun süreli çalışmalara ihtiyaç vardır. Anahtar Kelimeler: Tüberkülin cilt testi, QuantiFERON-TB Gold testi, latent tüberküloz infeksiyonu, tüberküloz.
Dışkı örneklerinde Blastocystis'in mikroskobik, kültür ve moleküler yöntemlerle araştırılması
ÖZETDIŞKI ÖRNEKLERİNDE BLASTOCYSTİS'İN MİKROSKOBİK, KÜLTÜR VE MOLEKÜLER YÖNTEMLERLE ARAŞTIRILMASIB lastocystis memeliler, kuşlar, sürüngenler ve artropodlar gibi çok geniş konak populasyonuna sahiptir. Blastocystis türleri blastosistozis adı verilen ishal, karın ağrısı, karında şişkinlik, hazımsızlık, bulantı, kusma gibi gastrointestinal sistem şikayetlerine neden olan klinik tablo oluşturmaktadır. Patojenitesi henüz tam olarak aydınlatılmamış olan parazitin genomunun geniş polimorfizm göstermesinden dolayı günümüzde 13 alttürü tespit edilmiştir.Bu çalışmada, Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı ve Numune Eğitim ve Araştırma Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarları'na gönderilen 350 hastanın dışkı örneğinde Blastocystis protozoonu mikroskobik ve kültür yöntemleri ile araştırılıp, PZR yöntemiyle alttür tayininin belirlenmesi amaçlanmıştır.Çalışmada mikroskobik yöntemlerde NL, trikrom boyama ve DFA yöntemi değerlendirilmiştir. Ringer solüsyonunda yapılan kültür yöntemi altın standart olarak kabul edilmiştir. PZR yönteminde ise STS primerleri kullanılarak alttür tayini yapılmıştır.Çalışmaya dahil edilen 350 örneğin % 19' unda kültür yöntemi ile Blastosystis elde edilmiştir. Alttür tayini yapıldığında ülkemizde ve yurtdışındaki çalışmalarda olduğu gibi en sık alttür 3 belirlenmiştir. Bunu sırasıyla alttür 1, alttür 4, alttür 2, alttür 6 izlemiş olup, miks enfeksiyon oranı % 29 olarak saptanmıştır. Ülkemizde ilk defa alttür 6 bizim çalışmamızda tespit edilmiştir. Mikroskobik yöntemlerden DFA yönteminin kültür yöntemiyle uyumlu olduğu belirlenmiş olup pratik ve hızlı bir yöntem olması nedeniyle rutin tanıda kullanılabileceği görüşüne varılmıştır.Anahtar kelimeler: Blastocystis, Polimeraz Zincir Reaksiyonu, kültür
Antifungal ajanların candida türleri ile uyarılmış periferal kan mononükleer hücrelerinden sitokin salınımına etkisi
Geniş spektrumlu antibiyotiklerin daha yaygın kullanımı, organ nakillerinin daha sık yapılması gibi nedenler bağışıklık sistemi baskılanmış hastaların sayısının ve bu tür hastalarda kandidoz varlığının her geçen gün artış göstermesine neden olmaktadır. Candida infeksiyonuna karşı oluşan bağışıklıkta, sitokinler de dahil olmak üzere, pek çok faktör rol oynamaktadır. Antifungal ajanlar immün hücrelerele etkileşime girebilmektedir. Bu çalışmamızda; vorikonazol, kaspofungin ve itrakonazol gibi antifungal ajanların. C.albicans ve C. krusei ile uyarılan insan periferal mononükleer hücrelerinden (MNH) sitokin salınımında oluşturduğu değişikliklerin belirlenmesi amaçlanmıştır.İnsan MNH izolasyonu Ficoll-hypaque density gradient centrifugation yöntemi ile yapıldı. İnsan MNH kültür üst sıvılarında IL-2, IL-6, IL-10, IL-17, IL-22, IL-23, IFN-? ve TGF-ß sitokin düzeyleri ELISA yöntemi kullanılarak belirlendi.Çalışmamızın sonuçlarına göre vorikonazol, itrakonazol ve kaspofungin varlığında IL-2, IL-6, IL-22, IL-23, IFN-? düzeylerinde istatistiksel olarak anlamlı artış, IL-10 ve IL-17 düzeylerinde istatiksel olarak anlamı bir değişiklik gözlenmemiş olup, TGF-ß düzeyinde ise azalma gözlenmiştir.Çalışmamızın sonuçları, Candida türleri ile uyarılmış insan MNH'leri üzerine antifungal ajanların immunomodülatör etkisi olduğunu düşündürmektedir. Antifungal ajanlarla MNH etkileşimi Th1 tip sitokin yanıtı oluşumuna neden olmuştur. İmmün hücrelerden sitokin salınımı da fungal patojenlerin yok edilmesinde önemlidir. Bu nedenle, sitokinler özellikle Candida infeksiyonlarının tedavisinde antifungal ajanlarla beraber kullanılabilecek yeni tedavi yaklaşımı olarak önem taşımaktadır.
Non-fermantatif gram negatif bakterilerde biyofilm oluşumu ve antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi
Nonfermentatif Gram-negatif bakteriler (NFGNB) immün sistemi baskılanmış ve özellikle ilaç tedavisi alan hastalarda, artan oranlarda, fırsatçı patojenler olarak infeksiyonlara neden olmaktadırlar. NFGNB'den Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter baumannii, Stenotrophomonas maltophilia ve Burkholderia cepacia önemli hastane infeksiyonlarına yol açmaktadırlar. Mikroorganizmaların virulans özelliklerinden olan biyofilmler, kateterler, eklem ve kalp protezleri gibi kalıcı ya da kalıcı olmayan tıbbi araçları veya kistik fibrozis gibi bazı hastalıklarda solunum yollarını kolonize eden bakterilerin bakteri yüzeylerinde glikokaliks özellikte mukoid bir yapı olup, bakteriyi antibakteriyel ajanlar ile konak bağışıklık sisteminden koruyarak kronik infeksiyonlara zemin hazırlayabilirler. Çalışmamızda çeşitli klinik örneklerden izole edilen Pseudomonas aeruginosa (P.aeruginosa), Acinetobacter baumanii (A.baumanii), Stenotrophomonas maltophilia (S.maltophilia) ve Burkholderia cepacia (B.cepacia) izolatlarının biyofilm üretimi ve antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi amaçlandı. Biyofilm oluşumunun belirlenmesinde Kongo Kırmızılı Agar (KKA), Standart Tüp (ST) Yöntemi ve Mikropleyt (MP) Yöntemi kullanıldı. 150 adet non-fermentatif Gram-negatif bakteri izolatının CRA yöntemine göre izolatların 71'i(%47,33) biyofilm pozitif iken 79'u(%52,67) biyofilm negatif olarak tespit edildi. Kristal viole boyar madde kullanılarak yapılan ST yöntemine göre izolatların 57'si(%38), biyofilm pozitif iken 'u(%52,67) biyofilm negatif olarak tespit edildi. Safranin boyar madde kullanılarak yapılan ST yöntemine göre ise 65'i(%43,33) biyofilm pozitif olarak tespit edilirken 85'i(%56,67) biyofilm negatif olarak belirlendi. Kristal viole boyar madde kullanılarak yapılan MP yöntemine göre izolatların 61'i(%40,66), biyofilm pozitif iken 89'u(%59,34) biyofilm negatif olarak tespit edildi. Safranin boyar madde kullanılarak yapılan MP yöntemine göre ise 83'ü(%55,33) biyofilm pozitif olarak tespit edilirken 67'si(44,67) biyofilm negatif olarak belirlendi. Farklı klinik örneklerden izole edilen mikroorganizmalarda biyofilm varlığı oranı konu ile ilgili yapılan diğer çalışmalarla uyumlu bulunmuştur. Biyofilm oluşumunun belirlenmesine yönelik yapılan test yöntemleri arasında gold test olarak ifade edilen mikropleyt yöntemi, yaptığımız çalışmada da en yüksek biyofilm pozitiflik oranına sahip olarak bu durumu desteklemiştir. Biyofilm pozitif olan Acinetobacter baumanii (A.baumanii)'suşlarının disk diffüzyon yöntemine göre belirlenen antimikrobiyal duyarlılık sonuçlarına göre en çok direnç Amoksisilin-Klavunat(AMC) ve Trimetroprim- Sülfometoksazol(SXT)'e iken bu durum Pseudomonas aeruginosa (P.aeruginosa)'da ciprofloxasin(CİP) ve Trimetroprim- Sülfometoksazol(SXT) şeklinde gerçekleşti. Sonuç olarak, non-fermentatif Gram negatif suşlarında biyofilm üretiminin belirlenmesinde kullanılan yöntemler arasında biyofilm poziflik oranı en fazla safranin boyası kullanılarak yapılan MP yöntemi olmuştur. Bunun yanısıra antimikrobiyallere karşı direnç gelişiminde biyofilm oluşumunun önemli rol oynadığı sonucuna ulaşıldı.
Akut gastroenteritli 0-5 yaş arası çocuklarda norovirus sıklığının araştırılması
Noroviruslar, özellikle beş yaş altı çocuklarda hastane yatışı gerektiren ağır gastroenterit olgularına neden olmaktadır. Çalışmamızda Ankara'daki iki hastaneye akut gastroenterit tanısı ile başvuran 0-5 yaş arası çocuklarda norovirus sıklığının araştırılması amaçlanmıştır.Dışkı örnekleri, Eylül 2004-Haziran 2011 tarihleri arasında S.B. Ankara Eğitim Araştırma Hastanesi ve Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi'ne başvuran akut gastroenteritli 0-5 yaş arasındaki 1000 çocuktan alınmıştır. Dışkı örneklerinde norovirus GI ve GII antijen pozitifliği ELISA yöntemi ile (RIDASCREEN® Norovirus (C1401) 3rd Generation, r-biopharm, Darmstadt, Almanya) araştırılmıştır.Norovirus GI ve GII antijeni toplam 141 (%14.1) örnekte pozitif saptanmıştır. ELISA pozitifliği ile yaş arasında istatistiksel olarak anlamlı fark bulunmamıştır (p>0.05). Norovirus prevalansı ilkbahar, yaz, sonbahar ve kış mevsimlerinde sırasıyla %13.8, %17.7, %14.7 ve %11.2 olarak saptanmış ve virus ile mevsimsel dağılımı arasında istatistiki fark bulunmamıştır (p>0.05). Ancak aylara göre NoV prevalansı incelendiğinde, istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulunmuştur (p<0.05). Bu farkı, Temmuz (%24.2) ve Kasım (%4.1) aylarının oluşturduğu görülmüştür. Norovirus pozitif hastaların %51'inin kusması olduğu saptanmış, ancak istatistiki olarak anlamlı fark bulunamamıştır (p>0.05). Norovirus pozitif hastaların %3.3 `ünde parazit tespit edilmiştir. Norovirus ile enfekte dışkı örneklerinin hiçbirinde diyareye neden olan bakteriyel enfeksiyon ajanı bulunamamıştır.Diyareli örneklerde norovirus, %14 gibi yüksek bir oranda tespit edilmiştir. Ülkemizde rotavirus aşısının kullanılmaya başlanmasının bir sonucu olarak norovirus prevalansının artacağını ve 0-5 yaş ishalleri arasında daha sık rastlayacağımız bir etken olacağını düşünmekteyiz. Bu nedenle, norovirus testlerinin rutin laboratuvarlardaki gerekliliğinin artacağını öngörmekteyiz. Sonuç olarak, norovirusun rutin tanısının, norovirus ile enfekte olmuş akut gastroenteritli hastaların gereksiz antibiyotik kullanmasını da önleyerek ülke ekonomisine bir katkı sağlayacağını düşünmekteyiz.
Çocuklarda hepatit B seroprevalansı ve rutin hepatit B aşılama programının etkinliği
Giriş ve Amaç: Hepatit B virusu karaciğerde kronik hasar meydana getiren ve kronik taşıyıcılığa neden olabilen bir virustur. Enfeksiyonun kronikleşmesinde özellikle enfeksiyonun alındığı yaş büyük önem taşımaktadır. Yenidoğan döneminde etkenle karşılaşılması %80-90 gibi yüksek oranda kronikleşmeye neden olmakta, ayrıca enfeksiyonun yayılmasında ve topluma bulaşta önemli bir sağlık problemi olmaktadır. Bu nedenle yenidoğan ve çocukluk döneminde hepatit B enfeksiyonunun önlenmesi gerekmektedir. Bu açıdan hepatit B aşısı büyük önem taşımaktadır çünkü çocuklarda enfeksiyonu önlemede en etkili yöntem aşılamadır. Bundan dolayı Sağlık Bakanlığımız 1998 yılından itibaren hepatit B aşısının tüm yenidoğanlara rutin olarak uygulanmasına karar vermiştir. Bu çalışmanın amacı; ülkemizde hepatit B aşılama programı rutin uygulanmaya başladıktan sonraki dönemde hepatit B seroprevelansını saptayarak aşılama programından önceki dönemle karşılaştırmak ve böylece rutin hepatit B aşılama programının etkinliğini göstermektir.Materyal ve Metod: Çalışmaya Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Merkez İmmünoloji Laboratuvarına Ocak 2009-Ocak 2010 tarihleri arasında başvuran, tüm hepatit B serolojik markırları (HBsAg, AntiHBs, HBeAg, AntiHBe, AntiHBc IgM ve AntiHBc total) istenmiş 0-18 yaş arası 461 çocuk hastaya ait serum örnekleri dahil edildi. Hepatit B aşısı rutin programa dahil edilmeden önce doğan (1992-1997) 198 çocuk kontrol grubu, sonra doğan (1998 ve sonrası) 263 çocuk ise çalışma grubu olarak değerlendirildi. Bu iki grupta hepatit B seroprevelansı değerlendirildi ve birbiri ile karşılaştırıldı.Bulgular: Çalışmaya 169 kadın, 292 erkek olmak üzere 461 hasta dahil edildi. 461 hastanın yaş ortalaması 9,94±5,08 yıl idi. Aşı rutin programa dahil edilmeden önce doğan çocuklarda HBsAg seropozitifliği ve taşıyıcılık oranı %14,3 iken rutin programa dahil edildikten sonra doğan çocuklarda bu oran %2,7 olarak bulundu ve istatistiksel olarak anlamlı kabul edildi (p<0,05). Aşı rutin programa dahil edilmeden önce doğan çocuklarda virusla karşılaşma oranı %18,3 iken rutin programa dahil edildikten sonra doğan çocuklarda bu oran %5,7 olarak bulundu ve istatistiksel olarak anlamlı kabul edildi (p<0,05). Aşı rutin programa dahil edilmeden önce doğan çocuklarda aşılanma oranı %62,4 iken rutin programa dahil edildikten sonra doğan çocuklarda bu oran %74,1 olarak bulundu ve istatistiksel olarak anlamlı kabul edildi (p<0,05). Aşı rutin programa dahil edilmeden önce doğan çocuklarda geçirilmiş enfeksiyona bağlı bağışıklık oranı %4,5 iken rutin programa dahil edildikten sonra doğan çocuklarda bu oran %3 olarak bulundu. Aşının rutin programa dahil edilmesiyle geçirilmiş enfeksiyon arasında istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki bulunmadı (p>0,05). Aşı rutin programa dahil edilmeden önce doğan çocuklarda virusla karşılaşmamış aşısız çocuk oranı %17,7 iken rutin programa dahil edildikten sonra doğan çocuklarda bu oran %19,8 olarak bulundu. Aşının rutin programa dahil edilmesiyle virusla karşılaşmamış aşısız çocuk oranı arasında istatistiksel olarak anlamlı fark bulunmadı (p>0,05).Sonuç: Çocuklara yapılan rutin hepatit B aşılama programının etkili olduğu ve aşı rutin programa dahil edilmeden önce de ailelerin çocuklarına hepatit B aşısı yaptırdığı saptandı. HBV enfeksiyonunun olumsuz etkilerinden gelecek nesilleri korumak açısından aşılama programına halkımızı bilinçlendirerek etkili şekilde devam edilmesinin gerekli olduğu gösterildi.
Acinetobacter baumannii `de biyosid duyarlılığında rol oynayan AdeB, AdeJ, QacE efluks genlerinin pyrosekans yöntemi ile araştırılması
Biyosit ve dezenfektanlar genellikle hastane ve laboratuvar ortamlarında yaygın olarak kullanılmakta olduğu için dirençli patojenlerin seçilerek ortaya çıkmasına neden olabilirler. Nitekim laboratuvar koşullarında, antibiyotiklere direnci artmış Acinetobacter baumanii gibi bakterilerin çoğalmasına neden olan dezenfektanlar gösterilmiştir.Son yıllarda yapılan çalışmalar bu mikroorganizmanın direncinde, aktif ilaç pompa sistemlerinin etkin rol oynadığına dikkat çekmektedir.Bu çalışmada 2009-2011 yılları arasında hastanemizde izole edilen 50 A. baumanii izolatının AdeB, AdeJ ve QacE efluks gen bölgelerinin varlığını ve dezenfektan direncinde bu pompa sisteminin etkinliğini araştırmayı hedefledik.Bu amaçla, izolatlarda 2 dezenfektan maddenin (Klorhekzidin ve Benzalkonyum klorid) minimum inhibitör konsantrasyonları (MİK), pompa inhibitörleri `phenylalanyl-arginyl-ß-naphtylamide' (PAßN) ve `1-(1-naphythylmethyl)-piperazine' (NMP) varlığında ve yokluğunda sıvı mikrodilüsyon yöntemiyle araştırılmış ve pompa inhibitörleri varlığında antibiyotik MİK'lerindeki değişimler kaydedilmiştir. Öte yandan, AdeABC, AdeIJK çoklu ilaç direnç pompasının esas transport proteini olan AdeB ve AdeJ'yi kodlayan adeB ve adej geni ve dezenfektan direncinde etkisi olan qacE geni pyrosekans yöntemi ile araştırılmıştır.İzolatların PAßN ve NMP varlığında, klorhekzidin MİK'lerinde sırayla yaklaşık %40 (4-8 kat) ve %78 (4-16 kat) düşüş gözlenmiştir. İzolatların PAßN ve NMP varlığında, Benzalkonium klorid MİK'lerinde ise sırayla yaklaşık %43 (4-8 kat ) ve %68 (4-8 kat) düşüş gözlenmiştir. Bu bulgular izolatlarımızın önemli bir bölümünün dezenfektan direncinde, RND tipi bir aktif ilaç pompasının etkin rol oynadığını göstermektedir.İzolatlarımızın adeB, adeJ ve QacE varlığının saptandığı pyrosekans çalışma sonuçlarında, bu genlerin her 3'üde tüm izolatlarda bulundu ve bu genlerde herhangi bir mutasiyon saptanmadı.Bu sonuçlara bağlı olarak, A.baumannii izolatlarımızın dezenfektan direncinde, RND tipi bir aktif pompanın önemli katkısı olduğuna ve pompa inhibitorlerinin varlığında dezenfektan etkinliğinin artacağı ve bunun da ek tedavi seçeneklerine olanak sağlayacağı düşünülmektedir.
Otomatik kan kültürü sistemlerinde negatif çıkan kan kültürlerinin inkübasyon süreleri uzatılarak hacek grubu bakterilerin araştırılması
Kanda herhangi bir enfeksiyon etkeninin bulunup bulunmadığını saptamak için yapılan teste kan kültürü denir. Kan kültürünün amacı, kanda hangi tür de mantar veya bakteri bulunduğunu tespit etmektir. Bu yöntem özellikle menenjit, osteomiyelit, artrit, endokardit, peritonit, zatürre ve nedeni bilinmeyen ateş gibi hastalıkların tanısında kullanılır. Kanda bulunan enfeksiyon; titreme, düşük veya yüksek ateş, hızlı nefes alma, artan nabız veya çarpıntı, kas ağrılar ile kendini göstermektedir. Bu sepsis sonucu zihinde bulanıklık, azalmış idrar, baş dönmesi, baş ağrısı, ciltte döküntü ve hatta organ yetmezliğine kadar ilerleyen olaylar meydana gelebilir. Bu bulguların bulunduğu hastanın tedavi edilebilinmesi için tanının doğru ve hızlı birşekilde tesbit edilmesi gerekir. Bu tanıyı koymak için, zaman kaybetmeden hekimler kan kültürü istemi yapması zorunludur. Zamanında ve uygun şartlarda alınan kan kültürlerinin hızlı bir şekilde raporlanmasıyla, sepsis tanısı koyulan hastanın tedavisi yönlendirilir ve hastanın hayatta kalması sağlanır. Bu nedenle kanın rol oynadığı enfeksiyonlarının saptanmasında, kan kültürü en önemli ve kolay bir yöntemdir. Kan kültürü yöntemi bakteriyel veya fungal mikroorganizmaların saptanması sağlanır. Aynı zamanda tespit edilen patojenlerin antimikrobiyal duyarlılıklarının belirlenmesine avantaj sağlar. Çalışmamızda, standart kan kültürü yöntemlerinde negatif sonuç için belirlediği 5 günlük inkübasyon süresi uzatılarak; Haemophilus spp., Aggregatibacter actinomycetemcomitans, Cardiobacterium hominis, Eikenella corrodens ve Kingella spp. (HACEK) gibi zor üreyen bakterileri tespit edilmesi amaçlanmıştır. Fırat Üniversitesi Hastanesi çeşitli kliniklerinde yatan hastalardan Mikrobiyoloji Laboratuvarına gelen 500 aerop ve/veya anerop kan kültürü şişesi, otomatik kan kültürü cihazına (BD, Bactec Fx, USA) yüklendi. Kan kültürü şişelerinin otomotik kan kültürü cihazına yüklenmesinden sonra cihazın inkübasyon döneminde standart pozitif sinyal verme süresi olan beş (5) günün sonunda negatif olarak sonuçlanan 500 aerop ve/veya anaerop kan kültürü şişesi HACEK grubu bakteriler yönünden değerlendirmeye alındı. Negatif kan kültür şişelerinden preparatları hazırlanarak Gram boyamaları yapıldı. Gram boyama sonucuna göre bakteri saptanmayan kan kültür şişeleri 35-37°C de etüvde72 saat ek bir inkübasyon süresine tabi tutuldu. Bu süre sonunda kan kültürlerinin beş (5) (%1)'inde örnekte üreme saptanırken 495'inde (%99) üreme saptanamadı. Üreme saptanan beş örnekte birer tane olmak üzere; Kingella kingae, Pseudomonas aeruginosa, Escherichia coli, Staphylococcus epidermitidis, Candida glabrata üredi. Bu sonuç standart klavuzlarda belirlenen 5 günlük üreme süresinin bazı durumlarda (zor üreyen bakteriler, kandaki mikroorganizma miktarının azlığı v.s. gibi nedenlere bağlı olarak) yetersiz olduğunu göstermektedir. Dolayısıyla negatif sonuç için belirlenen inkübasyon süresinin yeniden gözden geçirilmesi için uzun çalışmalara ihtiyaç vardır. Anahtar Kelimeler: HACEK, Kan kültürü
Kronik inflamatuar barsak hastalarında ASCA, pANCA ile maya veya kandida kolonizasyonunun araştırılması
İnflamatuvar barsak hastalığı (İBH), gastrointestinal sistemin çeşitli yerlerinde tutulum gösteren, inflamasyonla seyreden kronik bir hastalıktır. İnflamasyonun yerine göre en sık görülen türleri, ülseratif kolit (ÜK) ve Crohn hastalığı (CH)'dır. İBH'nın daha az oranda görülen diğer bir türü ise, indetermine kolit (İK)'tir. İBH'nın doğru teşhisi; özellikle CH ve ÜK'in ayrımı, tedavisi ve prognozu açısından oldukça önemlidir. Bu türlerin ayrımında ve İK'in saptanmasında, Anti-Saccharomyces cereviciae antikor (ASCA) ve perinükleer anti-nötrofilik sitoplazmik antikor (pANCA) serolojik değerleri birlikte kullanılmaktadır. Ayrıca, özellikle CH'nın gelişiminde maya veya kandida kolonizasyonu sık görülmektedir. İnsan gastrointestinal sisteminde, en fazla izole edilen tür Candida albicans (C.albicans)'tır. Bunu Candida tropicalis (C.tropicalis) ve Candida glabrata (C.glabrata) izlemektedir. Bu çalışmada, kronik inflamatuar barsak hastalarında serumda ASCA ve pANCA antikorlarının, dışkıda kandida kolonizasyonunun tespit edilerek korelasyonunun incelenmesi amaçlanmıştır. Çalışmamızda, gastroenteroloji kliniğinde ve polikliniğinde İBH tanısı konan 120 hasta ile aynı yaş aralığında olan 30 sağlıklı kontrol grubunun, serumlarından indirect immunofluorescence assay (IIFA) yöntemi ile ASCA ve pANCA antikorları ve dışkı örneklerinden mikolojik tanı yöntemleri ile kandida kolonizasyonunun varlığı tespit edilerek, kandida türleri belirlendi. Çalışmamızda, ÜK hastalarında %51,9 oranında pANCA pozitifliği, CH'da ise %60 oranında ASCA pozitifliği istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur (p<0,05). İBH tanısı konan 120 hastadan alınan dışkı örneklerinin 76(%63,3)'sında, 30 kontrol grubundan alınan dışkı örneklerinin ise 16(%53,3)'sında kandida türleri üremiştir. Ancak, 5 ve üzeri koloni sayıları olan 49 İBH ile kontrol grubunun 9'unun kültürü değerlendirilmeye alınarak maya veya kandida türleri tanımlanmıştır. 49 İBH'dan 24(%20,0)'ünde C.albicans, 7(%5,8)'sinde C.glabrata, 4(%3,3)'ünde Saccharomyces cerevisiae (S.cerevisiae), 4(%3,3)'ünde Candida kefyr (C.kefyr), 3(%2,5)'ünde Candida firmetaria (C.firmetaria), 3(%2,5)'ünde Candida krusei (C.krusei), 3(%2,5)'ünde Candida dubliniensis (C.dubliniensis) ve 1(%0,8)'inde Candida melibiosica (C.melibiosica) tanımlanmıştır. 9 sağlıklı bireyin ise 4(%13,3)'ünde C albicans, 2(%6,7)'sinde C.glabrata, 2(%6,7)'sinde C.krusei ve 1(%3,3)'inde C.kefyr tanımlanmıştır. İBH ve kontrol grubunda, maya veya kandida türleri istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur (p<0,05). Her iki grubun da dışkı kültüründe; benzer türler üremiş olup, en çok üreyen tür C.albicans olmuştur. ASCA ve pANCA antikorları ile kandida türleri arasında anlamlı bir sonuç bulunamamıştır. Ancak, ASCA ve pANCA pozitifliklerinde, negatifliklerine oranla daha fazla oranda maya veya kandida kolonizasyonu görülmüştür. Ayrıca, İBH'da ASCA ve pANCA floresan şiddeti ile üreyen maya veya kandida türlerinin koloni sayıları arasında istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki bulunmuştur (p<0,05). Günümüzde İBH'nda, ÜK ve CH'nın kesin olarak birbirinden ayrımını sağlayacak ve tanı koyduracak test yoktur. Ancak, ASCA ve pANCA serolojik testleri hastalığın ayrımında ve tanısında kullanılabilecek yardımcı testler olabileceği gibi; bu testlerdeki otoantikorlar ile çapraz reaksiyon veren enfeksiyöz ajanların, özellikle de mayaların araştırılması, bu serolojik testlerin özgüllüğünü ve tanıdaki önemini arttırabilir. Anahtar Kelimeler: İBH, Ülseratif Kolit, Crohn, Anti-Saccharomyces cereviciae (ASCA), pANCA, Candida spp.
Sjögren, romatoid artrit ve behçet hastalarında BK virüsün real time PCR yöntemiyle sero-epidemiyolojik olarak araştırılması
BK virüs ve JC virüs izole edilen ilk insan polyomavirüsleridirler. BK virüs ilk olarak 1971 yılında İngiltere'de bir virüs araştırma laboratuvarında (Dr. S. Gardner) böbrek transplant hastalarında Cytomegalovirus (CMV) enfeksiyonunun epidemiyolojisi ile ilgili bir çalışmada saptamıştır. BK virüsünün primer enfeksiyonu genelde asemptomatiktir, bazen hafif ateş, belirgin olmayan üst yolunum enfeksiyonu ve akut sistite sebep olabilir. Çoğunluk erken çocukluk döneminde görülür, %65-90 arasında değişen bir seroprevalansı vardır. Romatoid artrit, en sık rastlanan sistemik otoimmün, simetrik erozif sinovyal eklem tutulumu yapan kronik inflamatuar bir hastalıktır. Romatoid artritin etyolojisi halen tam olarak ortaya çıkarılamamıştır. Romatoid artritte enfeksiyöz ajanlar kesin olarak gösterilememiş olsa da bazı enfeksiyöz ajanların primer etken olabileceği ileri sürülmüştür. BK virüs, Mikoplazma, Epstein-Barr virüsü (EBV), CMV ve rubella virüs gibi ajanlar suçlanmış olsa da hiçbiri kesin olarak kanıtlanamamıştır. Sjögren sendromu, sebebi tam olarak bilinmeyen egzokrin bezlerin lenfositik infiltrasyonu ile karakterize, yavaş ilerleyen kronik, sistemik, otoimmün bir hastalıktır. Sjögren sendromunun etyopatogenezi tam olarak bilinmemekle birlikte genetik, hormonal ve viral nedenler araştırılmıştır. Hastalığın patogenezinde 2 teori ileri sürülmüştür; genetik yatkınlık ve virüslerin yol açtığı otoimmunite. Behçet hastalığı (BH), Türk dermatolog Prof. Dr. Hulusi Behçet tarafından (1937) oral ve genital ülserasyonlara hipopiyonlu üveitin eşlik ettiği üç semptomlu kompleks olarak tanımlamıştır. Behçet hastalığı hakkında yapılan çalışmalarda etyopatogenez tam olarak açıklığa kavuşturulamamıştır. Söz konusu üç hasta grubundan toplanan örnekler Real-Time PCR ile BK virüs yönünden çalışıldı. Romatoid artrit ve Sjögren sendromu hasta grupları ile kontrol grubu arasında anlamlı fark saptandı. BK virüs patogenezinin ortaya çıkması için daha geniş hasta gruplarında çok yönlü çalışmaların yapılması gerektiği sonucuna varıldı. Anahtar sözcükler: BK virüs, Romatoid artrit, Sjögren sendromu, Behçet Hastalığı, Real-Time PCR
Klinik örneklerden izole edilen candida, trichosporon, geotrichum ve rhodotorula kökenlerinin dna dizi analizi yöntemli ile tanımlanması
İmmunsupresif hastalarda en sık rastlanan fungal patojenlerin mayalar olduğu, bunlar arasında da en sık Candida'ların saptandığı bildirilmektedir. Candida'lara ek olarak son yıllarda Trichosporon, Geotrichum, Rhodotorula, Saccharomyces gibi maya benzeri mantarlara bağlı enfeksiyonlarda artış görüldüğü belirtilmektedir. Cins düzeyinde tanımlama birçok maya mantarı için yeterli olabilirken, özellikle antifungal ajanlara dirençli olan bazı mayaların tür düzeyinde identifikasyonu önemli bir gereksinimdir.Çalışmamızın amacı klinik örneklerden izole edilen ve klasik yöntemler ile tanımlanan Candida, Trichosporon, Geotrichum ve Rhodotorulatürlerinin daha hızlı ve güvenilir identifikasyonu amacıyla DNA dizi analizi yönteminin uygulanması ve sonuçların karşılaştırılmasıdır.Bu amaçla çalışmaya 2010-2012 yılları arasında Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Mikoloji Laboratuvarı'na gönderilen klinik örneklerden izole edilen 45 maya kökeni ile beş referans köken dahil edilmiştir. ITS ve D1-D2 bölgesinin DNA dizi analizi sonuçları ile konvansiyonel metodlardan ID 32C ve mısır unu-tween 80 agar sonuçları kıyaslandığında C.krusei, C.parapsilosis, C.lusitaniae, C.kefyr, T.asahii, C.pelliculosa, C.tropicalis, G.capitatum, T.inkin ve R.muciloginosa türüne ait kökenler tüm yöntemlerle aynı tanımlanmıştır.ID 32 C metodu ile tanımlanan dokuz C.glabrata kökeninin ise ikisi hariç yedi kökeni tür düzeyinde doğru tanımlandığı saptanmıştır. ID 32 C yöntemi ile C.glabrata olarak tanımladığımız iki köken dizi analizi sonucuna göre sırasıyla Candidapelliculosa ve Pichiakluyveri olarak tanımlanmıştır. Mısır unu tween 80 agar'da iki kökenin C.glabrata ile uyumsuz morfoloji gösterdiği gözlenmiştir.Klasik yöntemler ile tanımlamada sorun yaşanan ve nadir rastlanan maya türlerinin identifikasyonunda veya çok hızlı tanımlama gerektiren durumlarda DNA dizi analizi yönteminin kullanabileceği sonucuna varılmıştır.
Fırat Üniversitesi Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarı'na gönderilen diyareli dışkı örneklerinde enfeksiyon etkenlerinin araştırılması
Normal dışkılama günde üç ile üç günde bir arasında değişen 200-300 gram ağırlığında kıvamlı ve şekillidir. İshalle seyreden hastalıklar az gelişmiş ve gelişmekte olan ülkelerde kardiyovasküler hastalıklardan sonra ölüme neden olarak 2. sırada yer alır. 5 yaş altı çocuklarda ise ana ölüm nedenidir. İshal çoğunlukla gastrointestinal sistemin özellikle incebağırsak ve kalınbağırsak bölümünün bakteri, virüs ve parazitler gibi etkenlerle karşılaşmasıyla gerçekleşir. Bunlar arasında Salmonella spp. , Shigella spp. , Campylobacter jejuni (C. jejuni), Clostridium difficile (C. difficile), Shiga like toksin üreten Escherichia coli (E. coli), Entamoeba histolytica (E. histolytica), G. intestinalis, Rotavirüs, Astrovirüs, Norovirüs, Adenovirüs ve Cryptosporidium parvum (C. parvum) yer alır. Bu çalışma, Fırat Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Merkez Laboratuvarı'nda dışkı örneklerinde bakteriyel, viral, paraziter diyare etkenlerinin belirlenmesi amacıyla tetkik istenen 100 hastanın dışkı örneği incelenerek yapılmıştır. Kabul edilen dışkı örneklerinde, C. parvum, E. histolytica, G. intestinalis, C. difficile, Rotavirus, Adenovirüs, Astrovirüs, Norovirüs, C. difficile antijenleri immünokromatografik yöntem esasına dayanan kaset testi ile değerlendirilmiştir. Bakteriyel diyare etkenleri Real Time PCR ile çalışılmıştır. Bu çalışmamızda alınan 100 dışkı örneğinden 1 hastada Salmonella spp. , 1 hastada Shigella spp. , 12 hastada C. jejuni. , 9 hastada Shiga like toksin üreten E. coli, 27 hastada C. difficile, 16 hastada Rotavirus, 8 hastada Adenovirüs,5 hastada Astrovirüs, 6 hastada Norovirüs, 1 hastada C. parvum, 1 hastada G. intestinalis tespit edilmiştir. Çalışmamızda E. histolytica etken olarak tespit edilememiştir.
Baş-boyun ve serviks kanserli hastalarda polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile human papillomavirus pozitifliği tespit edilen sonuçların DNA dizi analizi ile doğrulanması, prevalansının belirlenmesi ve filogenetik analizlerinin yapılması
Human papillomavirus enfeksiyonu cinsel yolla geçen enfeksiyonlardan en sık rastlanılandır. Serviks kanseri ile HPV enfeksiyonu arasındaki kesin ilişki ortaya konmuştur. Öte yandan HPV enfeksiyonları ile deri, oral kanserler, nazofarinks, larinks, baş ve boyun kanserleri arasında da bir ilişki olabileceği gösterilmiştir. Bu çalışmada serviks ve baş-boyun kanseri hastalarında polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ve DNA dizi analizi ile human papillomavirus tiplerinin bölgemizdeki prevalansının belirlenmesi ve filogenetik analizinin yapılması amaçlanmıştır.Çalışmamıza, Gazi Üniversitesi, Tıp Fakültesi Kadın Hastalıkları ve Doğum polikliniğine Ocak-Ekim 2010 tarihleri arasında başvuran ve kolposkopi önerilen 77 hastanın servikal sürüntü örnekleri ve Kulak Burun Boğaz Anabilim Dalı'nda baş-boyun kanseri tanısı alan 45 hastanın parafine gömülü doku örnekleri dâhil edilmiştir. HPV DNA tespiti için MY09/11 ve GP5+/GP6+ (Cy5.0 işaretli) primerleri ile yapılan Real Time PCR testi kullanılmıştır. Sonuçta, serviks örneği alınan bireylerin %52'sinde HPV tip 16, %4'ünde HPV tip 16+11, %1'inde HPV tip 16+6 ve %4'ünde tiplendirilemeyen HPV DNA tespit edildi. Baş-boyun kanseri hastalarında ise %47 oranında HPV tip 16 ve %9 oranında tiplendirilemeyen HPV DNA'sı belirlenmiştir.Bölgemizde servikal kanser ve prekanseröz lezyonu olan kadınlarda HPV genotiplerinin dağılımının araştırılması önemlidir. Gelişen teknolojik yöntemler kullanılarak HPV'nin erken teşhisi, prekanseröz lezyonların invaziv kanser dönmesini engellemede anahtar rol oynamaktadır. Baş ve boyun kanserlerin de ise HPV pozitifliği, hastalığın prognozunun şekillenmesine katkı sağlamaktadır. Bu yüzden larinksle ilgili lezyonlarda da HPV varlığının belirlenmesi önemlidir ve larinks lezyonlarının rutin inceleme şemasına HPV pozitifliğinin araştırılması da eklenmelidir.
Allojenik nakil olan akut lösemili hastalarda nakil öncesi ve sonrası HEV prevalansı
Bu çalışmada hastanemize başvuran nakil öncesi ve sonrası akut lösemili 4 ay-64 yıl yaş arasındaki hastalarda HEV enfeksiyonunun prevalansı amaçlanmıştır. Çalışma 2011 tarihinde 42 hastanın serum örnekleri alınarak ELISA (Dia.Pro Diagnostic Bioprobes, Milano, İtalya) kiti ile çalışma gerçekleştirilmiştir.Çalışmaya alınan örneklerden 1'i (%2.3) anti-HEV IgG nakil öncesi pozitif bulunrken, nakil sonrası (58. ay) negatif saptanmıştır. seronegatif grubun erkeklerde yaş ortalaması 30.8, kadınlarda ise 33.1 olarak saptanmıştır. Seropozitif olan olgunun seronegatif olan olgularla karşılaştırıldığında anti-HEV IgM pozitifliği ve anti-HEV IgG pozitifliği yönünden istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulunmamıştır.
Tüberküloz tanısında mikroskopi, kültür ve moleküler yöntemlerin karşılaştırılması
Çalışmamızda tüberküloz ön tanısı ile Fırat Üniversitesi Tıp Fakültesi Klinik Mikrobiyoloji laboratuvarına gönderilen, her biri farklı hastalardan alınmış 100 klinik örnek mikobakteriyolojik inceleme amacıyla çalışmaya dahil edilmiştir. Bu çalışmada tüberküloz tanısı alan hastaların örneklerinde kültür altın standart kabul edilerek Asido Rezistan Boyama (ARB), kültür ve Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) yöntemi ile tüberküloz basili varlığını araştırıp, bu üç yöntemin özgüllüğünü ve duyarlılığının karşılaştırılması amaçlanmıştır. Örneklerin 50 tanesi kültür altın standart kabul edilerek kültür pozitif hastalardan; diğer 50 örnek ise kültür negatif hastalardan mikroskopi ve moleküler yöntemler ile karşılaştırılmak üzere çalışmaya dahil edilmiştir. Asido Rezistan Boyama yöntemlerinden Ehrlich Ziehl Neelsen yöntemi, kültürde MGIT 960 Sistemi ve moleküler yöntem olarak da GeneXpert MTB/RIF cihazı kullanılmıştır. Kültür pozitif 50 örneğin mikroskopik değerlendirmesinde 39 örneğin ARB pozitif, 11 örneğin ise ARB negatif olduğu görülmüştür. ARB negatif olan 11 örneğin 10'unun PZR pozitif olduğu görülmüştür. Bu örneklerin 49'u PZR pozitif, sadece 1'i PZR negatif olarak saptanmıştır. Kültür negatif 50 kontrol hasta örneğinin değerlendirmesinde ARB veya PZR pozitif örnek saptanmamıştır. ARB ve PZR'nin duyarlılıkları sırasıyla %76 ve %98, her iki yöntemin özgüllüğü ise %100 olarak saptanmıştır. Kültür pozitif 50 örneğin ilaç duyarlılık testinde RİF direnci görülmemiştir. Aynı örneklerin GeneXpert MTB/RIF cihazıyla değerlendirilmesinde benzer şekilde RİF direnci görülmemiştir. Sonuç olarak, tüberküloz kültürü altın standart kabul ederek yaptığımız bu çalışmada PZR ve ARB'nin özgüllük oranlarının eşit olduğu fakat PZR'nin ARB'ye göre daha yüksek duyarlılık oranına sahip olduğu görülmüştür. Kısa sonuç verme süresi, yüksek duyarlılık ve özgüllük oranları nedeniyle GeneXpert MTB/RIF cihazının rutin kullanıma girmesinin tüberküloz tanısı ve ilaç direnci tespitine olumlu yönde katkı sağlayacağı düşünülmüştür. Anahtar Kelimeler: Tüberküloz, PZR, Kültür, Mikroskopi, ARB.
Hastane kökenli pseudomonas aeruginosa ve acinetobacter baumaniii̇ suşlarında karbapenem direncine neden olan beta laktamazların fenotipik ve genotipik yöntemlerle belirlenmesi
Çoklu direnç gösteren enfeksiyonların tedavisinde, iyi bir seçenek oluşturan karbapenemlere dirence neden olan karbapenemazların önemi, son yıllarda giderek artmıştır. Çalışmamızda, Fırat Üniversitesi Hastanesinde yatan hastalardan izole edilen P. aeruginosa ve A. baumannii suşlarında karbapenem direnç genlerinin varlığının araştırılması amaçlamıştır. Bu amaçla, Mart 2011-Mart 2012 tarihleri arasında, çeşitli klinik örneklerden izole edilen, 50 P. aeruginosa, 50 A. baumannii suşu, klasik yöntemler ve BD Phoneix bakteri identifikasyon cihazı kullanılarak identifiye edilmiştir. İmipenem dirençli suşlarda, kombine disk, çift disk sinerji, modifiye Hodge fenotipik testleri yapılarak, karbapenemaz enzimi araştırılmıştır. İmipenem dirençli suşlarda, blaOXA grubu, blaKPC, blaIMP ve blaVIM direnç genleri, PZR yöntemiyle çalışılmıştır. PZR sonuçlarına göre A. baumannii şuşlarında karbapenem direnç genlerinden blaOXA-51 %98, blaOXA-58 %14, blaOXA-23 %14 ve blaKPC %8 oranında pozitif bulunmuştur. Çalışmaya alınan suşlarda OXA-24, VIM ve IMP enzimleri için kodlayan genler bulunmamıştır. P. aeruginosa'da ise çalışılan genlerin varlığı tespit edilememiştir. Gen pozitif suşlardan elde edilen amplikonların sekans analizi yapılmış ve gen bankasındaki sekanslarla karşılaştırılmıştır. Sekanslar arasında filogenetik ilişki araştırılmış ve dizilim farklılıkları 0.75'e göre hesaplanmıştır. Elde edilen dizilimlerin gen bankasındaki dizilimler ile BLAST programında belirlenen benzerliği 5 OXA-23 sekansı için %97-99, 8 OXA-51 sekansı için %95-98 ve 7 OXA-58 sekansı için ise %99-100 olarak tespit edilmiştir. Sonuç olarak; Bu çalışma bölgemizde yapılan ilk çalışma olması ve karbapenamaz genlerinin yaygın olarak saptanması açısından önem taşımaktadır. Direnç genlerinin ve mekanizmalarının bilinmesi hem hastaların tedavilerinin yönlendirilmesi hem de epidemiyolojik verilerin oluşturulmasından dolayı önemlidir. Anahtar kelimeler: A. baumannii, P. aeruginosa, OXA-51, OXA-58, OXA-23, OXA-24, VIM, IMP.
Duodenal ülserli hastalarda helicobacter pylori klaritromisin ve florokinolon ilaç direncinin moleküler yöntemler ile belirlenmesi
Mikrobiyoloji ve gastroenterolojinin birlikte çalışmalarıyla keşfettikleri Helicobacter pylori (H. pylori), 20. yüzyılda tıp alanında en önemli keşiflerden biridir. Bakteri üreaz enzimi ile üreden amonyak sentezleyerek midenin asit ortamını nötralize eder ve böylece kolonizasyonu sağlar. Helicobacter pylori enfeksiyonu insanlarda en yaygın görülen bakteriyel enfeksiyonlardan biridir. Başlıca rezervuarı insanın midesidir. Helicobacter pylori mide mukoza tabakasında bulunan, gram negatif, spiral, 4-6 flagellalı, 2.5-5 μm uzunluğunda, 37 oC'de mikroaerofilik koşullarda üreyebilen üreaz, katalaz, oksidaz pozitif bir bakteridir. İlk defa 1997'de H. pylori'nin tüm genomu açıklanmıştır. Buna göre H. pylori'nin genom uzunluğu 1,6-1,73 Mb arasında değişir. H. pylori izolatlarının % 40'ı uzunluğu 1,5-23,3 Kb arasında değişen plazmidler içerirler. Ülkemizin % 85-90'ının dünya nüfusununda yarısından fazlasının enfekte olduğu H. pylori'nin eradikasyonu bu nedenle büyük önem taşır. Ancak tedavide kullanılan bazı antimikrobiyal ajanlara karşı bakterinin direnç geliştirmesi, eradikasyonda başarısızlığa yol açmaktadır. H. pylori zor ürediği için kültür ve antibiyogramındaki teknik zorluklar nedeni ile ucuz ve kolay uygulanabilen yöntemlere ihtiyaç vardır. Bu zamana kadar yapılan çalışmalarda, tedaviden önce direnç varlığının belirlenmesinin önemli olduğu belirtilmiştir. Bu çalışmada 48 adet duodenal ülserli 25 kadın (%53) 23 erkek (%47) hastaların biyopsi numunelerinden elde edilen H. pylori bakterisinin Florokinolon ve Klaritromisin antibiyotiklerine olan direnci moleküler yöntemler ile test edilmiştir. Yapılan çalışma neticesinde 48 duodenal ülserli hastanın 40'ında (%83) Klaritromisin direnci, 33'ünde (%69) Florokinolon direnci toplamda 32 hastada da (%67) hem Klaritromisin hem de Florokinolon direnci GenoType® HelicoDR yöntemi ile kısa sürede tespit edilmiştir. Moleküler testlerin kısa sürede sonuç vermesi dikkate alındığı zaman, yapılan çalışma ile gereksiz ilaç kullanımının ve zaman kaybının önüne geçilmiştir.
Metisilin dirençli staphylococcus aureus ve vankomisin dirençli enterokok suşlarında daptomisine duyarlılıklarının invitro e-test yöntemiyle araştırılması
Gram pozitif mikroorganizmaların hem toplumda hem de hastanede yol açtığı pek çok ciddi infeksiyon vardır. Aynı zamanda çok ilaca direnç sadece birkaç tedavi seçeneği bırakacak kadar artmaktadır. Gram pozitiflerin yol açtığı infeksiyonlar metisiline dirençli Staphylococcus aureus (MRSA), vankomisine dirençli enterokok (VRE) gibi tedavisi zor etkenlerle gelişir. Vankomisine direnç gelişimi; duyarlılıkta azalma ve klinik başarısızlık raporları artarak ortaya çıkmaktadır. Daptomisin son zamanlarda geliştirilmiş, MRSA ve VRE suşları dahil olmak üzere geniş bir aerobik ve anaerobik Gram pozitif etki alanına sahip antimikrobiyal bir ajandır. Dirençli Gram pozitif patojenlerin neden olduğu enfeksiyonlarda yeni bir tedavi seçeneğidir. Çalışmamıza Ekim 2011-Haziran 2013 tarihleri arasında Fırat Üniversitesi Hastanesi Merkez Laboratuvarı Mikrobiyoloji Bölümüne gönderilen çeşitli örneklerden, izole edilmiş 81 adet MRSA ve 11 adet VRE suşu dahil edilmiştir, gönderilen klinik ve gelen örnek tipi ayırt edilmeksizin rastgele toplanmıştır. Bu suşların daptomisine karşı duyarlılığı E-test (Biomerieux S.A. France) yöntemi ile CLSI önerileri dikkate alınarak Mueller Hinton Agarda (Oxoid UK) belirlendi. Bu sonuçlar BD Phoenix (Becton Dickinson U.S.A.) tam otomatik bakteri identifikasyon cihazı kullanılarak doğrulandı. Çalışmamızda da Biomerieux S.A.-France'in E-testleri kullanılmış ve daptomisinin MIK değerleri, S.aureus için MIK50: 0.5 μg/ml, MIK90: 1 μg/ml, E. faecium için MIK50: 2.5 μg/ml, MIK90: 3 μg/ml olarak belirlenmiştir. Bakterilerin hepsi daptomisine duyarlı bulunmuştur. Bu çalışmada elde edilen sonuçlara göre daptomisin; MRSA ve VRE suşları tarafından meydana gelen enfeksiyonlarda alternatif olarak kullanılabilecek en önemli antibiyotiklerden biri olduğu görülmüştür. Daptomisin gibi yeni ajanlar pek çok ciddi Gram pozitif izolata etkili olmakla birlikte direnç sorunu devam etmektedir. Farmakokinetik profilleri ve güvenlik profilleri uygun olan Gram pozitiflere karşı yeni ajanlara klinik ihtiyaç vardır. Anahtar Kelimeler: Daptomisin, Metisilin dirençli Staphylococcus aureus, Vankomisin dirençli Enterokok
Santral sinir sistemi enfeksiyonu ön tanılı hastaların kan ve beyin omurilik sıvısı örneklerinde Batı Nil Virüsü'nün araştırılması ve sonuçların karşılaştırılması
Dünyada en sık görülen arbovirüslerden biri olan Batı Nil Virüsü (BNV); ilk defa 1937 yılında Uganda'nın Batı Nil kesiminde izole edilmiştir. Batı Nil Virüsü (BNV), Flaviviridae ailesi, Flavivirüs cinsi ve Japon ensefaliti virüsu (JEV) serokompleksi içerisinde sınıflandırılan, 45-50 nm büyüklüğünde, zarflı ve ikozahedral yapılı bir RNA virüsüdür. Bu virüsün asıl önemi, santral sinir sistemi(SSS)'ni tutarak ensefalit ve menenjite ve ölüme sebep olmasından ileri gelir. Batı Nil Virüsü'nün virolojik tanısı, kan ve/veya beyin-omurilik sıvısı (BOS)'nda BNV'ye özgü antikorların veya viral nükleik asidin gösterilmesi ile konur. Yapılan bu çalışmada, SSS enfeksiyonu ön tanılı olup herhangi bir patojen mikroorganizma tespit edilemeyen 47 hastanın, Fırat Üniversitesi Hastanesi Merkez Laboratuvarına gönderilen rutin BOS ve kan örneklerinde, ELISA yöntemi ile BNV IgG ve IgM antikoru negatif olarak saptanmıştır. Sadece bir hastanın kan örneğinde BNV IgM şüpheli pozitif saptanmıştır. Bu şüpheli örneğin BOS'u ve kanı Real Time-Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) yöntemi ile negatif bulunmuştur. Bu sonuç ELISA yönteminde görülebilen çapraz geaksiyonlara bağlanmıştır. Benzer şekilde tüm örnekler RT-PCR yöntemi ile de çalışılmış BNV'ye ait RNA tespit edilememiştir. Bizim çalışmaya aldığımız hastaların yaş ortalaması 19 olup, diğer çalışmalara oranla oldukça düşük bulunmuştur. Yapılan çalışmalarda BNV seropozitifliği yaş ortalaması ile doğru orantılı olarak artmış bulunmaktadır. Bizim çalışmamızda BNV seronegatifliği büyük ölçüde yaş ortalamasının küçük olmasına bağlanmıştır. Ayrıca PCR ve ELISA'yı beraber dikkate aldığımızda çalışmamızda elde ettiğimiz verilere göre, bölgemizde BNV sirkülasyonu aktif olmayıp, ekolojik koşulların değişmesi durumunda daha kapsamlı çalışmalara ihtiyaç olacaktır. Çalışmamızın bu konuda ülkemiz BNV veri tabanına fayda sağlamasını ümit etmekteyiz. Anahtar Kelimeler: BNV, BOS, ELISA, RT-PCR
Yanık ve yara örneklerinden izole edilen mikroorganizma türlerinin belirlenmesi ve antimikrobiyal duyarlılıklarının araştırılması
Yanık hastalarında enfeksiyonlar, cilt bariyerinin bozulmasına bağlı olarak önemli bir morbidite ve mortalite nedenidir. Pek çok mikroorganizma yanık ve yara enfeksiyonlarına yol açar. Enfeksiyon etkeni olarak; normal florayı oluşturan mikroorganizmaların dışında aerop ve anaaerop Gram pozitif ve/veya Gram negatif bakteriler ve mantarlar sorumludur. Yanık hastalarında dirençli hastane enfeksiyonları ile sık karşılaşılmaktadır. Hasta yatış süresi uzadıkça Gram negatif bakterilerle enfeksiyon şansı artmaktadır. Yanıklı hastalarda enfeksiyonların kontrolü için öncelikle yanık alanının kontaminasyonu engellenmeli, tam izolasyon sağlanmalıdır. Kültür ve antibiyogram testleri tedavi protokolünün belirlenmesinde önemli bir yol göstericidir. Bu tez çalışmasında Fırat Üniversitesi Tıp Fakültesi Plastik, Rekonstrüktif ve Estetik Cerrahi Kliniği'nde yanık ve yara enfeksiyonu teşhisi ile yatan hastalardan alınan yanık ve yara yeri sürüntü örneklerinden izole edilen etken mikroorganizmalar ile bu mikroorganizmaların antibiyotiklere karşı duyarlılık ve dirençlilik durumlarının belirlenmesi amaçlandı. Çalışma, Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalında Şubat 2012-Şubat 2013 tarihleri arasında yapıldı. Örnekleri Merkez Mikrobiyoloji Laboratuvarına gönderilen ve üreme saptanan 100 olgu (90'ı yara ve 10'u yanık) incelemeye alındı. İzole edilen bakterilerde disk difüzyon yöntemi kullanılarak antibiyotik duyarlılığı araştırıldı. İncelenen 100 yanık ve yara olgusunda ekimi yapılan örneklerden 24 ayrı cins/tür bakteri izole edildi, 2 olguda Candida spp. üredi. Yanık ve yaralarda, üreme olan örnekler arasında en sık Acinetobacter baumannii (%17) izole edildi, bunu ikinci sırada Koagülaz Negatif Stafilokok (%15) ve üçüncü sırada ise Staphylococcus aureus (%12) ve Escherichia coli (%12) izledi. Sonuç olarak ekimi yapılan yara ve yanık yeri örneklerinde birinci sıklıkta üreyen mikroorganizma Acinetobacter baumannii oldu. Anahtar kelimeler: Yara enfeksiyonları, yanık enfeksiyonları, antibiyotik duyarlılık testi.
Otolog hematopoietik kök hücre nakli yapılan hastalarda anti-hav antikoru serokonversiyonu
Hematopoietik kök hücre nakli sonrasında bakteriyel ve özellikle viral enfeksiyonlara karşı daha önceden gelişmiş antikorların kaybolduğu bilinmektedir. Hepatit A virüsüne karşı gelişen antikorların kaybı ile ilgiliyayınlar da mevcuttur.Çalışmamızda otolog hematopoietik kök hücre nakil hastalarında anti-HAV antikoru seroprevalansının belirlenmesi, antikor kaybında muhtemel risk faktörlerinin (yaş, cinsiyet, tanı, hazırlama rejimi, ortalama takip süresi) belirlenmesi amaçlanmıştır.Çalışmada 153 hasta geriye dönük olarak taranmış, % 98?inde anti-HAV antikoru pozitifliği saptanmıştır. 125 hasta anti-HAV antikoru kaybı araştırmasına dahil edilmiştir. Bu hastaların 7?sinde (% 5,6) anti-HAV antikoru kaybı ortalama 7,9 ayda (1-18 ay) tespit edilmiştir.Hastaların yaklaşık % 30?u 40 yaş altındadır ve kayıp gözlenen hasta sayısı bu yaş grubunda çok daha fazladır. Anti-HAV antikoru kaybı ve erken yaş arasında anlamlı bir ilişki bulunmaktadır (p: 0,015).Cinsiyet, tanı, kök hücre kaynağı ve hazırlama rejimi ile anti-HAV antikoru kaybı arasında istatistiksel bir ilişki saptanmamıştır.Nakil sonrası anti-HAV antikoru takip sürelerine bakıldığında takip süresinin uzamasıyla kayıp yüzdelerinde azalma olduğu görülmektedir.Nakil sonrasında bazı enfeksiyöz etkenlere karşı bağışıklığın takibi gerekli ve önemlidir. Hepatit A enfeksiyonunun ilerleyen yaşla beraber daha ağır seyretme ihtimalinin olması ve aşı ile önlenebilirliği antikor takibini gerekli kılmaktadır. Başka çalışmalarla kayıpta etken olabilecek başka risk faktörleri ve kayıba yol açma mekanizmaları incelenmelidir. Bu kayıplar dikkate alındığında aşı ile önlenebilen başka etkenler için de benzer çalışmalar yapılabilir.Anahtar kelimeler: Anti-HAV, otolog, risk faktörleri
Genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz üreten Escherichia coli suşlarında CTX-M enzimlerinin genomik değerlendirilmesi ve plazmid transformasyonu yoluyla aktırımının incelenmesi
Genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz üreten Escherichia colisuşlarında CTX-M enzimlerinin genomik değerlendirilmesi ve plazmidtransformasyonu yoluyla aktarımının incelenmesi.Genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz (GSBL) üreten suşlarhastanelerde sınırlı kalmayıp toplumda da sorun oluşturmaya başlamıştır.Bu nedenle, uygun antimikrobiyal tedavinin seçilebilmesi için GSBL pozitifbakterilerde enzim tiplerinin belirlenmesi önemlidir.Bu çalışmanın amacı Gazi Üniversitesi Tıp FakültesiHastanesi'ne başvuran hastalardan izole edilen Escherichia coli suşlarındaGSBL varlığının araştırılması, CTX-M gen bölgesinin genomik incelenmesive CTX-M pozitif bulunan suşlarda direncin aktarılabilirliğininaraştırılmasıdır.Test edilen 280 suşun antibiyotiklere direnç oranları sefalotiniçin %89, amoksisilin/klavulonik asit için %79.7, siprofloksasin için %71.1,trimetoprim/sulfametaksazol için %67.3, aztreonam için %65.2,seftriakson için %62.2, gentamisin için %42, sefepim için %36.5,seftazidim için %26.8 ve piperasilin/tazobaktam için %5.0 olarak bulundu.Tüm suşlar imipenem duyarlı, ampisiline dirençli bulundu. En etkili betalaktam-beta-laktamaz inhibitör kombinasyonu piperasilin-tazobaktamolarak bulundu.PZR ile 280 suşun 205'i CTX-M pozitif bulundu ve CTX-M-15(89.2%) dizi analizi ile en baskın genotip olarak belirlendi. Bunu sırasıylaCTX-M-1, (6.8%) CTX-M-3 (3.4%) ve CTX-M-33 (0.4%)'ün izlediğigörüldü.CTX-M pozitif bulunan 205 suştan plazmid izolasyonu vetransformasyon ile direncin aktarılabilirliği incelendi. Elde edilen 169transformant PZR ile CTX-M pozitif bulundu. Bu suşlarda direncinplazmidler üzerinde taşındığı gösterildi.Sonuç olarak dünyada olduğu gibi ülkemizde de CTX-M tipiGSBL'lerin prevalansı yüksektir. Özellikle bu gruptaki GSBL'ler plazmidlerüzerinde beta-laktam antibiyotiklerin yanısıra pek çok antibiyotiğe karşıdirenç genlerini de taşımaktadır. Bu nedenle, sadece hastane kaynaklıdeğil, toplum kaynaklı enfeksiyonlarda da gerekli korunma ve kontrolönlemlerinin alınması, tedavide uygun antimikrobiyal seçimine yönverebilmesi açısından bu gibi çalışmalara gerek duyulmaktadır.Anahtar kelimeler: Genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz, CTX-M,Escherichia coli, plazmid
Kronik hepatit c hastalarında; HCV RNA düzeyi ile karaciğerdeki steatoz ve histolojik aktivite indeksi ilişkisinin araştırılması
Hepatit C virüsü karaciğerde kronik hasar meydana getiren ve persistanenfeksiyon yapan bir virüstür. HCV enfeksiyonunun önemli ölçüde kronikleşerekciddi karaciğer yetmezliği ve hepatoselüler karsinoma (HSK)?ya yol açması vekaraciğer nakli gerektirmesi değil, hastalığın sinsi seyretmesi, klinik belirtivermemesi ve enfekte kişilerin toplumda bir rezervuar oluşturması da onu farklıve önemli kılmaktadır. Kronik kepatit C hastalarında kantitatif HCV RNAdeğerinin ve serum transaminaz yüksekliğinin, karaciğer histolojisi ile ilişkisihenüz net bir şekilde açıklanamamıştır. Karaciğerde görülen steatozun fibrozisprogresyonuna yol açıp açmadığı bilinmemektedir. Bu çalışmanın amacı; HCVRNA viral yük ve ALT değerlerinin karaciğerdeki steatoz, histolojik aktiviteindeksi ve fibroz ile arasındaki ilişkiyi araştırmak ve steatozun karaciğerfibrozisine etkisinin olup olmadığınının araştırılmasıdır.Kronik hepatit C tanısı almış ancak herhangi bir tedavi uygulanmamış 100hasta çalışma kapsamına alındı. Hastaların serum HCV RNA ve ALT değerlerikaraciğer biyopsisinden elde edilen steatoz, nekroinflamatuar aktivite indeksi vefibrozis skoru ile karşılaştırıldı.Çalışmaya alınan hastaların 63?ü kadın, 37?si erkek hastaydı. Yaşortalaması 55.48 ±11.04 yıl idi. Steatoz değerlendirilmesi Kleiner?e göre yapıldı.131Hastaların % 42?sinin steatoz evresi 0, % 41?inin steatoz evresi 1, %10?ununsteatoz evresi 2, % 7?sinin steatoz evresi 3 olarak saptandı. Nekroinflamatuaraktivite indeksi; Ishak?a göre (0-18) üzerinden değerlendirildi ve hastalar bu skorüzerinden 4 gruba ayrıldı. (1-4) Minimal Kronik Hepatit, (5-8) Hafif KronikHepatit, (9-13) Orta Aktiviteli Kronik Hepatit, (13-18) Ağır Aktiviteli KronikHepatit. Çalışmamızda, Hafif Kronik Hepatit C Hastalığı % 70.7 ile en çokgörülen karaciğer hastalığı idi. Minimal Kronik Hepatit C Hastalığı% 14.1, OrtaAktiviteli Kronik Hepatit C Hastalığı % 14.1, ve Ağır Aktiviteli Kronik Hepatit CHastalığı % 1 oranında görülmüştür. Hastaların karaciğer fibrozis skorlamasıIshak?a göre yapıldı ve hafif fibrozis % 74.7 ile en çok görülen fibrozis idi. %18.2 oranında hastada orta şiddette fibrozis görüldü, % 7.1 oranında hastada ağırşiddette fibrozis görüldü. Çalışmamızda; HCV-RNA viral yük ile steatoz evresiarasında negatif korelasyon bulundu ( p<0.05). HCV-RNA ile ALT,nekroinflamatuvar aktivite indeksi ve karaciğer fibrozisi arasında istatistikselanlamlı ilişki bulunmadı. Çalışmamızda; ALT ile nekroinflamatuar aktiviteindeksi ve karaciğer fibrozis skoru arasında pozitif korelasyon bulundu (p<0.05).ALT ile HCV RNA ve steatoz arasında istatistiksel olarak anlamlı bir ilişkibulunmadı. Çalışmamızda; steatoz ile nekroinflamatuar aktivite indeksi vekaraciğer fibrozisi arasında istatistiksel anlamlı bir ilişki bulunmadı.Serum ALT düzeylerinin karaciğer hasarının (nekroinflamatuar aktivite vefibroz skoru) önemli bir göstergesi olduğunu, serum ALT değerlerinin karaciğerbiyopsisine karar verme ve kronik C hepatitli hastalarda tanı ve tedavi ihtiyacıkonusunda yönlendirici olabileceğini düşünmekteyiz. HCV RNA viral yükünkaraciğer histolojisini etkileyen bir parametre olmadığını düşünmekle birlikte bukonuda daha geniş çalışmaların yapılmasının patogenez açısından önemliolacağını düşünmekteyiz. Steatozis kronik hepatit C hastalarında sıklıkla görülenbir histopatolojik bulgudur ancak karaciğer fibrozisine ilerlemesinde steatozun birkatkısının olmadığı görüşündeyiz. Ancak steatoz ile karaciğer fibrozisi arasındakiilişkinin değerlendirildiği çalışmalara daha fazla ihtiyaç vardır.Anahtar kelimeler: HCV RNA viral yük, ALT, steatozis, fibrozis