Kutanöz mantar enfeksiyonu şüphesi olan hastalardan alınan deri kazıntı örneklerinde dermatofit ve diğer mantar etkenlerinin konvansiyonel ve PCR yöntemleriyle saptanması

Dermatofitoz, dermatofit adı verilen patojenik keratinolitik mantarların neden olduğu küresel öneme sahip bir hastalıktır. Dermatofitler morfolojik özellikleri temel alınarak; Microsporum, Epidermophyton ve Trichophyton olmak üzere üç cinse; doğal kaynaklarına göre de; antropofilik (insan kökenli), zoofilik (hayvan kökenli) ve geofilik (toprak kökenli) olmak üzere üç gruba ayrılırlar. Keratinize dokuların mantar enfeksiyonlarında en kolay, en hızlı ve en pratik inceleme yöntemi örneklerin direkt mikroskobik incelemesidir. Direk mikroskobik inceleme örnekleme kalitesine, mikrobiyoloğun tecrübe ve becerisine bağlı olduğu için duyarlılığı değişkenlik gösterir. Kültür direk mikroskobiye yardımcıdır ve tüm yüzeyel mantar enfeksiyonları ile herhangi bir sistemik tedavi gerektiren dermatofit enfeksiyonlarının tanısında kullanılmalıdır. Ancak dermatofitoz tanısında kullanılan mikolojik kültür ve ileri tür düzeyi identifikasyon yöntemlerinin kullanılması tanıyı geciktirir. Bu çalışmada dermatoloji polikliniğine kutanöz mantar enfeksiyonu şüphesi ile başvuran hastalardan alınan deri kazıntı örneklerinde dermatofit ve diğer mantar etkenlerinin konvansiyonel ve PCR yöntemleriyle saptanması amaçlanmıştır. Çalışmaya Mayıs 2020-Temmuz 2020 tarihleri arasında Fırat Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Dermatoloji Polikliniğine dermatofit ön tanısıyla başvuran 130 hastaya ait alınan saç, saçlı deri, deri kazıntısı ve tırnak örnekleri dahil edilmiştir. Her klinik örnek, öncelikle direk mikroskobik inceleme için %20'lik KOH ile preparatları hazırlanıp ışık mikroskobunda önce küçük (10x) sonra büyük büyütmeli (40x) objektiflerle incelenmiştir. Yapılan incelemede mantar hif/miçel ve sporları aranmıştır. Klinik örneklerin mikolojik kültürü için steril petri kutusuna alınan örneklerin SDA, antibiyotikli SDA, PDA besiyerlerine ekimleri yapılmıştır. Ekimi yapılan besiyerleri 4 haftalık süre sonunda makroskobik olarak SDA ve/veya PDA besiyerinde üreyen kültürdeki koloniler; koloni örgüsü, koloni yüzeyi, yüzey ve taban pigmentasyonu açısından değerlendirilmiştir. PDA besiyeri, koloninin taban ve yüzeyde pigmentasyon oluşturma özelliği için değerlendirilmiştir. Kültürde üreme gözlenen kolonilerden DNA izolasyonu için CTAB metodu uygulanmıştır. Çalışmada ITS (ITS1/ITS4) gen bölgelerini hedefleyen primerlerle PCR uygulanmıştır. Konvansiyonel yöntemlerle küf ya da maya olarak tanımlanan kültürlere PCR analizi sonrası dizi analizi uygulanmıştır. Elde edilen dizilere göre tanımlama nükleotid BLAST programı (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/) ile gen bankasındaki nükleotid dizilerinin karşılaştırılması ile yapılmıştır. Dermatofit ön tanılı hastalardan alınan 130 klinik örneğin 102 (%78,4)'sinin direk mikroskobik incelenmesinde mantar hif ve/veya sporlarına rastlanmıştır. Direk mikroskobide pozitif olarak değerlendirilen 99 (%76) ve negatif olarak değerlendirilen 7 (%25) örnek olmak üzere toplam 106 (%81,5) örneğin mikolojik kültürlerinde üreme gözlenmiştir. Üreme olan kültürlerden yapılan ileri identifikasyon değerlendirmelerinde tanımlanan dermatofitlerin dağılımında en sık T. rubrum (%49) türünün ürediği saptanmıştır. Kültürde üreyen suşların konvansiyonel yöntemler ile tanımlanan türlerinin ITS gen bölgelerinin hedefleyen primerlerle yapılan PCR ile identifikasyon sonuçları aynı (sadece konvansiyonel yöntemle T. mentagrophytes olarak tanımlanan 36 nolu suş PCR ile T. rubrum olarak tanımlanmıştır) tanımlanmıştır. Çalışmamızda kültürden izole edilen dermatofitoz etkenleri ileri identifikasyon yöntemleri uygulanmadan önce moleküler tanı yöntemleri kullanılarak hızlı bir şekilde tür düzeyinde tanımlanabilmiştir. Alt yapısı uygun olan laboratuvarlarda dermatofitozların rutin tanısında moleküler yöntemlerin uygun bir tanı aracı olabileceği sonucuna varılmıştır. Anahtar Kelimeler: dermatifoz, Trichophyton, Epidermophyton, Microsporum, PCR