4,736
Archived Theses
2
DOIs Assigned
0%
DOI Rate
Discipline
Staphylococcus spp. izolatlarında antiseptik direnç genlerinin incelenmesi
Hastane ve veteriner uygulama alanları dahil tüm sağlık kurumları, ev ortamı ve gıda üretim sektöründe, enfeksiyonları ve kontaminasyonları önlemek için antiseptik ve dezenfektanlar çok sık kullanılmaktadır. Günümüzde, kuaterner amonyum bileşiklerinden benzalkonyum klorür ve divalent katyonlardan klorhekzidin diglukonat gibi kimyasallar en fazla kullanılan antiseptik ve dezenfektanlardandır. Ancak biyositlerin yaygın kullanımı antiseptiklere/dezenfektanlara dirençli bakterilerin ortaya çıkışını gündeme getirmiştir. Bakterilerin antibiyotiklere olduğu gibi, dezenfektanlara karşı da direnç mekanizmaları geliştirdiği bilinmektedir. Antiseptik duyarlılığı ve direnç genlerinin dağılımı ile ilgili epidemiyolojik veriler, nozokomiyal enfeksiyonlar açısından oldukça önemlidir. Staphylococcus cinsine dahil bazı türler, insan ve hayvanlarda deri ve yumuşak doku ve ameliyat bölgesi enfeksiyonları, endokardit, mastitis, pnömoni ve bakteriyemi gibi çeşitli klinik enfeksiyonlara ve gıda kaynaklı zehirlenmelere neden olmaktadır. Staphylococcus suşlarında kuaterner amonyum bileşiklerine (QAC) direnç sağlayan plazmid kaynaklı qacA/B ve qacC genleri bulunabilmektedir. Bu çalışmada tavuk karkası, sığır tank sütü, çeşitli peynirler ve sığır klinik mastitis örneklerinden izole edilmiş 90 Staphylococcus spp. suşunda antiseptik direnç genlerinin (qacA/B ve qacC) varlığı simplex polimeraz zincir reaksiyonu ile belirlenmiştir. Çalışılan izolatların %18.8'de qacA/B ve %2.2'de qacC tespit edilmiştir. Antiseptik direnç genlerinden qacA/B peynir ve sığır klinik mastitis örneklerinde, qacC ise tavuk karkasında saptanmıştır.
Kuraklık stresinde hidrojen peroksit (H2O2) ön uygulamasının buğday fidelerinde, büyüme ve katalaz üzerine etkileri
Bu araştırmada, buğday (Triticum monococcum L. cv. Siyez, Triticum aestivum L. cv. Ahmetağa) fidelerinde üzerine; kuraklık (K), hidrojen peroksit (H2O2) ve kuraklık + hidrojen peroksit uygulamalarının, fidelerin büyüme ve antioksidant enzimler üzerine etkileri araştırılmıştır. Sürgün boyu, sürgün taze ağırlığı, sürgün kuru ağırlığı, klorofil–a ( kl-a) miktarı, klorofil b ( kl-b) miktarı, toplam klorofil (klorofil a+b) miktarı, klorofil a/b miktarı, katalaz enzim aktivitesi (CAT) ve antosiyanin miktarları incelenmiştir. Çalışmamızda K ve K + H2O2 uygulaması hem atasal buğday çeşidi olan Siyez hem de Ahmetağa çeşidindede sürgün boyu, sürgün taze ağırlığı ve sürgün kuru ağırlığında önemli derecede azalmaya neden olduğu belirlenmiştir. Siyez çeşidi buğday fidelerinde kuraklık ve K + H2O2 uygulamalarının buğday fidelerinde klorofil-a, klorofil-b ve klorofil (a+b) miktarında önemli derecede azalma meydana gelmiştir. Ahmetağa çeşidi buğday fidelerinde kuraklık uygulamaları klorofil-a ve toplam klorofil miktarında önemli derecede azalmaya, K+ H2O2 ve sadece H2O2 uygulaması klorofil a ve klorofil b oranında bir miktar artışa neden olmuştur. Çalışmamızda Siyez çeşidinde yapılan tüm uygulamalarda CAT enzim aktivitesi üzerinde kontrole göre azalmalar tespit edilmiştir. Ahmetağa çeşidinde K ve H2O2 uygulamalarında bir miktar azalma meydana gelmiştir. Serbest antosiyanin miktarında sadece Siyez çeşidi buğday fidelerine yapılan kuraklık uygulamasında bir miktar artış meydana gelirken Ahmetağa çeşidinde bütün uygulamalarda önemli bir değişiklik gözlenmemiştir. H2O2, süperoksit, hidroksil vb. radikallerin yok edilmesinde de görev aldığı bilinen antosiyaninlerin miktarının Siyez çeşidinde arttığı saptanmıştır. Bu durumda Siyez genotipinde antosiyaninin kuraklıkta oluşan oksidatif strese karşı korumada rol oynayabileceği düşünülmektedir.
Kadınlarda düşük etkeni zoonotik bakterilerin identifikasyonu için simpleks ve multipleks pzr protokollerinin geliştirilmesi
Zoonotik bakteriler kadınlarda düşüğe neden olabilen önemli enfeksiyon ajanları olarak kabul edilmektedir. Kadınlarda düşüğe neden olan mikrobiyal ajanların diğer hastalıklarda görülen benzer semptomlara sahip olması, hastalık etmeni olduğu düşünülen mikroorganizmaların birlikte değerlendirmeye alınması gerekliliğini ortaya koymaktadır. Etkenlerin tek tek araştırılmasının zor, zaman alıcı ve yüksek maliyetli olmasının yanısıra yüksek düzeyde biyogüvenlik ve teknik gereksinimlerinin bulunması ve serolojik testlerin yanlış pozitiflik verme olasılığı nedeniyle çoklu, aynı anda ve yüksek doğrulukta analiz olanağı sağlayan moleküler metotları tercih edilir kılmaktadır. Bu çalışmada spontan düşüklere neden olduğu bilinen zoonotik bakterilerden Brucella abortus, Coxiella burnetii, Chlamydia abortus ve Listeria monocytogenes tanısı için simpleks/multipleks PZR protokolü geliştirilmesi amaçlanmıştır. Brucella abortus (IS711, omp2b), Coxiella burnetii (com1, IS1111a), Chlamydia abortus (ompA, pmp 90/91) ve Listeria monocytogenes (hly, iap)'in gen bölgelerine spesifik tasarlanan ve ilk kez bu çalışmada kullanılan primer çiftleri ile önce simpleks PZR çalışmaları gerçekleştirilmiştir. Sonrasında her bir organizma için seçilen primer çiftleri ile farklı ikili ve üçlü kombinasyonlarda dubleks ve tripleks olmak üzere multipleks PZR'ler yapılmıştır. Farklı DNA konsantrasyonları ile yapılan amplifikasyon çalışmaları sonucunda seçilen primerlerin hassasiyet ve spesifiteleri kalitatif olarak belirlenmiştir. B. abortus için BaısF2/BaısR2 (304 bp), C. burnetii için CbısF3/CbısR3 (430 bp), C. abortus için CapmpF3/CapmpR3 (588 bp) ve L. monocytogenes için LmhlyF1/LmhlyR1 (526 bp) primer çiftlerinin yüksek hassasiyet ve spesifite gösterdiği belirlenmiştir. Bu primer çiftleri ile tüm kombinasyonlar göz önüne alınarak yapılan dubleks ve tripleks PZR çalışmaları sonucunda ilgili bölgelerin 10-1 konsantrasyondaki kalıp DNA varlığında net amplifikasyonu gözlenmiştir. Çalışmamıza özgün tasarlanmış primerlerle gerçekleştirilen multipleks PZR protokolü, Brucella abortus, Coxiella burnetii, Chlamydia abortus ve Listeria monocytogenes türlerinin aynı anda tanısına olanak sağlayacaktır.
Göl ekosistemlerinde ağır metal kirliliğinin incelenmesi: Gölbaşı gölü örneği (Kırıkhan-Hatay/Türkiye)
Bu çalışmada 10 lokalitede Nymphaeaceae familyasına ait Nymphaea alba L. ve Nuphar lutea (L.) Sm. türleri ağır metal kirliliği açısından incelenmiştir. Sediment ve su örnekleri ile birlikte, bu türlerin rizom, yaprak sapı ve yapraklarında toplam kadmiyum, kobalt, krom, bakır, mangan ve kurşun miktarları araştırılmıştır. Su ve bitki numunelerinde tespit edilen ağır metal konsantrasyonları sonbahar mevsiminde daha yüksek iken, sediment örneklerinde ise bahar mevsiminde daha yüksektir. Tüm lokasyonlardan alınan su örneklerinde ağır metal konsantrasyonları mangan > bakır > krom > kurşun > kobalt > kadmiyum olarak sıralanmıştır. Su numunelerinde tespit edilen değerler, ulusal ölçekte izin verilen sınır değerlerle karşılaştırıldığında, kadmiyum, krom, bakır ve kurşun konsantrasyonları sınır değerleri aşmıştır. Sediment numunelerindeki ağır metal konsantrasyonları, mangan > kurşun > bakır > krom > kobalt > kadmiyum olarak sıralanmıştır. Sediment numunelerinde tespit edilen değerlerin ulusal ölçekte izin verilen sınır değerler ile karşılaştırıldığında, kadmiyum ve kurşun konsantrasyon değerlerinin sınır seviyeyi aştığı görülmektedir. Her iki türde de tespit edilen ağır metal konsantrasyon değerleri bitkilerde kabul edilebilir referans sınır değerlerle karşılaştırıldığında, mangan tüm bitki kısımlarında kabul edilebilir sınır değerler arasındadır. Diğer tüm ağır metal değerleri, toksik bir birikim düzeyi sergileyerek sınır seviyelerini aşar.
Denizhıyarı özütünün anti-tümör etkileri ve geleneksel kemoterapik ilaçlarla sinerjistik etkileşiminin araştırılması
Kanser, hücrelerin kontrolsüz bir şekilde çoğalması ile karakterize edilen ve dünyadaki başlıca sağlık problemlerinin başında gelen hastalıklardan biridir. Bu nedenle, hem güvenli hem etkili antikanser ajanlarının geliştirilmesi kaçınılmazdır. Kanser tedavisindeki temel problem geliştirilen ilaçların toksik etkisidir. Bunun için girişimlerin çoğu anti-kanser ilaçlarla kombinasyonunda sinerjistik etkili olan besin kaynaklarının ve fitoterapik ajanların araştırılmasına yönelmiştir. Bitki veya denizel organizmalardan elde edilen özütlerin geleneksel kemoteröpatik ajanlarla kombinasyonu kanser tedavisinde etkiyi arttırmaktadır. Farklı coğrafik bölgelerden ve farklı denizhıyarı türlerinden yeni anti-kanser bileşiklerin tanımlanması için önemli bir potansiyel bulunduğu bilinmektedir. Bu nedenle, bu çalışmada, Gökova körfezinden toplanan Holothuria sanctori türünden elde edilen özütlerin anti-tümör etkilerinin çeşitli kanser hücreleri üzerinde etkisinin araştırılması ve bu özütlerin kullanımda olan ticari kanser ilaçları (cisplatin, docetaxel) ile sinerjistik etkilerinin incelenmesi amaçlanmıştır. Holothuria sanctori'nin aseton (HSA) ve metanol (HSM) ile hazırlanan özütlerinin A549 ve PC-3 hücreleri üzerinde sitotoksik etkileri ve mekanizmaları araştırılmıştır. HSM ve HSA özütlerinin 24, 48 ve 72 saatlerdeki inkübasyon sürelerinde doz ve zamana bağlı olarak sitotoksik aktivitelerine bakıldığında; Holothuria sanctori aseton ve metanol özütlerinin A549 hücreleri üzerindeki sitotoksik etkisinin doza ve zamana bağlı olarak değiştiği; en etkili doz –zaman ikilisinin 72 saat ve 20 mg/ml'lik dozlar olduğu belirlenmiştir. Ayrıca, her iki özütün de en etkili olduğu 72 saat inkübasyon sonrasında IC50 değerleri karşılaştırıldığında, HSA'nın (1.7 mg/ml) daha düşük dozlarda daha yüksek etki gösterdiği gözlenmiştir. PC-3 hücre hattı için ise; HSM ve HSA ile hazırlanan özütlerin zamana bağlı olarak sitotoksik etkilerinin arttığı söylenebilir. Aynı zamanda, HSM ve HSA özütlerinin sitotoksik etkilerinin PC-3 ve A549'a kıyasla sağlıklı hücre hattı olan HEK293 üzerinde daha az olduğu görülmüştür. Farklı konsantrasyonlardaki HSM özütüne maruz kalan A549 ve PC-3 hücrelerinde apoptotik hücre ölümü, Annexin-V kullanılarak gerçekleştirilen flow sitometri yöntemi ile belirlenmiştir. A549 hücrelerinde kaspaz-3 aktivitesinin kontrol hücreleri ile kıyaslandığında yaklaşık 2.1 kat; PC-3 hücrelerinde ise 1.9 kat arttığı belirlenmiştir. HSM özütünün A549 ve PC-3 hücre hattında apoptozu indüklediğini flow sitometri ve kaspaz-3 analizleri ile gösterilmiştir. Holothuria sanctori' ye ait HSA ve HSM özütlerinin kanser tedavisinde yaygın olarak kullanılan cisplatin ve docetaxel ile kombinasyonlarının, etkileşimlerine bakıldığında, tüm etkileşimlerin antagonistik olduğu saptanmıştır. HPLC analizi ile HSM özütünün içeriğindeki fenolik bileşikler incelendiğinde, HSM özütünde en fazla bulunan fenolik bileşiklerin ellagic asit ve epicatechin olduğu tespit edilmiştir. Gelecek çalışmalar bu bireysel bileşiklerin kanser hücreleri üzerindeki etki mekanizmalarını belirleyecektir. Sonuç olarak, bu çalışma ile ekonomik değeri oldukça yüksek olan ve ülkemiz denizlerinde de yayılış gösteren bir denizhıyarı türü olan Holothuria sanctori'nin sitotoksik etkileri ve bu etkiye neden olan mekanizmalar aydınlatılmaya çalışılmıştır.
Cordyceps militaris (L.) link mantarının A549 akciğer kanseri, C6 glioma kanseri ve DU-145 prostat kanseri hücre hatları üzerindeki sitotoksik aktivitelerinin belirlenmesi
Kanser, çağımızın önemli bir sağlık sorunudur. Hedefe yönelik araştırmalarda terapotik potansiyeller, pek çok farklı hücrelerde bulunan mutasyon ve vakanın genel sağlık durumuna göre değişebilmektedir. Kansere karşı bir bağışıklık tepkisi oluşturan hücrelerin farklı metabolik gereksinimlerinin anlaşılması, bilim insanlarını ana hedeflere yöneltmiştir. Modern fitokimyasal ve farmakolojik araştırmalar, mantar polisakkaritlerinin başlıca biyoaktif bileşiklerden biri olduğunu göstermiştir. Bu nedenle yeni antikanser ajanların geliştirilmesinde bu bileşikleri kapsayan alternatif terapötik çalışmaların ortaya çıkması gerekmektedir. Bu tez çalışmasında; Cordyceps militaris (L.)'ten elde edilen DMSO ekstraktlarının A549 akciğer, DU-145 prostat ve C6 glioma kanser hücre hatları üzerindeki sitotoksik aktivitesi in vitro olarak belirlenmiştir. Çalışmada İstanbul, Şile, Kömürlük mevkiinden alınan A6848 nolu mantar örnekleri kullanılmıştır. Sitotoksik aktivite 3-(4,5-dimetiltiyazol-2-yl)-2,5-difeniltetrazolyum-bromür (MTT) yöntemi ile belirlenmiştir. Mantar ekstraktlarının sitotoksik IC50 değerleri istatistiksel olarak hesaplanmıştır. Ekstratların sitotoksik aktiviteleri doza bağlı olarak değişiklik göstermiştir. A549 akciğer kanser hücre hattı üzerinde, C. militaris ekstraktında en yüksek sitotoksik aktivite 2400 µg/ml konsantrasyonda % 60.61 olarak belirlenmiştir. DU-145 prostat kanser hücre hattı üzerinde 2400 µg/ml konsantrasyonda aktivite % 85.27 olarak tespit edilmiştir. C6 glioma kanser hücre hattı üzerinde en yüksek sitotoksik aktivite 2400 µg/ml konsantrasyonda % 83.21 olarak belirlenmiştir. A549 akciğer, C6 glioma ve DU-145 prostat kanser hücre hatları üzerindeki IC50 değerleri sırasıyla 1343 µg/ml, 833,4 µg/ml ve 723,2 µg/ml olarak hesaplanmıştır. Mantar ekstraktının en yüksek etkiyi DU-145 prostat kanser hücre hattı üzerinde gösterdiği tespit edilmiştir. Sonuçlar bu mantarın etanolik ekstraktlarının A549, DU-145 ve C6 kanseri hücre hatlarına karşı sitotoksik aktiviteye sahip olduğunu göstermektedir. Çalışmada elde edilen veriler kullanılan mantar ekstratlarının akciğer, prostat ve glioma kanserinin tedavisinde ve önlenmesinde kullanılabilecek ilaçların geliştirilmesindeki potansiyelini ortaya koymaktadır.
Escherichia coli'de trans-sinnamik asit ve p-kumarik asit ile ilgili genlerin ve metabolitlerin araştırılması
Fenolik bileşikler doğada oldukça yaygın olarak bulunan, insan diyetinde geniş bir yere sahip olan ve geniş spektrumlu biyolojik aktiviteye sahip doğal bileşiklerdir. Tez çalışmamızda kullandığımız trans-sinnamik asit ve p-kumarik asit fenolik asitler sınıfının birer üyesi olup fenolik bileşikler grubuna aittirler. Yapılan literatür taramalarında trans-sinnamik asit ve p-kumarik asitin antibakteriyel, antibiyofilm, antifungal, antikanser gibi çok çeşitli biyolojik aktivitelere sahip olduğu tespit edilmiştir ancak bu aktivitelerini hücre içerisindeki hangi yolaklar ile ilişkili olarak gerçekleştirdiği henüz aydınlatılmamıştır. Bu tez çalışmasında Escherichia coli'de trans-sinnamik asit ve p-kumarik asit ile ilgili genler ve metabolitlerin araştırılması hedeflenmiştir. Bu tez çalışmasında öncelikle ASKA klon seti plazmid kütüphanesi kullanılarak, gradient ekim yöntemi ile kontrole kıyasla toleranslı klonlar tespit edilmiştir. Kontrole kıyasla göreceli olarak, Trans-sinnamik asitten 99, p-kumarik asitten 100 adet suş seçilmiştir. Ardından ilk seleksiyon için artan fenolik asit konsantrasyonu içeren besi ortamlarında, çizgi ekim deneyleri gerçekleştirilmiştir. Çizgi ekim deneylerinde kontrole kıyasla göreceli olarak toleranslı suşlar tespit edilmiştir. Seçilen suşların içerdikleri plazmidlerdeki insertlerin varlığının ve büyüklüğünün tespiti için koloni PCR deneyleri gerçekleştirilmiştir. Koloni PCR deneylerinde farklı insert büyüklüğüne sahip klonlardan plazmid izolasyonu yapılmıştır. İzole edilen plazmidlerin içerdikleri insertlerin nükelotid dizileri Sanger Sekanslama yöntemi ile aydınlatılmış ve ardından elde edilen nükelotid diziler biyoinformatik analizlere tabi tutulmuştur. Yapılan biyoinformatik analizler sonucunda trans-sinnamik aside toleranslı suşların, prpE, yddL, flhD, sbmC, p-kumarik aside toleranslı suşların, pgaB, prpE, dinI, bax ve yadI olduğu tespit edilmiştir. Tez çalışmasının son aşamasında, NMR (Nükleer Manyetik Rezonans) Teknolojisi kullanılarak, Escherichia coli BW25113 suşunun, trans-sinnamik asit ve p-kumarik aside cevabında rol oynayan metabolitler araştırılmıştır. BW25113 suşu artan konsantrasyonlarda trans-sinnamik asit ve p-kumarik aside maruz bırakılarak metabolit ekstraktları elde edilmiş ve 1H-NMR analizleri gerçekleştirilmiştir. Trans-sinnamik asit maruziyeti sonrası BW25113 suşunun pantotenat, pridoksin, adenin, sellobiyoz ve nikotinat metabolitlerinde artış, piroglutamat, etilen glikol, gliserol, IMP, UMP ve sükroz metabolitlerinde azalış olduğu tespit edilmiştir. Pathway (Yolak) analizlerinde ise, Pentotenat ve CoA biyosentezi, Gliserolipid Metabolizması, Galaktoz Metabolizması, Primidin Metabolizması, Pürin Metabolizması, Glioksilat ve Dikarboksilat Metabolizması, Glutatyon Metabolizması ve Vitamin B6 Metabolizmasının etkilendiği tespit edilmiştir. p-kumarik asit maruziyeti sonrası BW25113 suşunun ADP, sitozin, dTTP, fumarat, etanol, inozin metanol, oksipurinol ve UMP metabolitlerinde artış, asetamid, kolin, cis-akonitat, hidroksiaseton, hipoksantin, süksinat ve pantotenat metaboliterinde azalış olduğu tespit edilmiştir. Pathway analizlerinde ise, Pürin Metabolizması, Primidin Metabolizması, Pirüvat Metabolizması, Pentotenat ve CoA Biyosentezi, Gliserolipid Metabolizması, Beta-Alanin Metabolizması, Glioksilat ve Dikarboksilat Metabolizması, Glutatyon Metabolizması, TCA Cycle, Nikotinat ve Nikonamid Metabolizması ve Butanoat Metabolizmasının etkilendiği tespit edilmiştir.
Metabolomik ve genomik yaklaşımlarıyla Escherichia coli'de benzoik asit ve ferulik asit ile ilgili genlerin araştırılması
Fenolik bileşikler, başta bitkiler olmak üzere farklı canlı gruplarında biyosentezi gerçekleşen sekonder metabolitlerdir. Bu bileşiklerin, bitkilerin UV'ye karşı korunması, patojenlere karşı savunması gibi çevresel streslere karşı yanıtta üretilmeleri, antibakteriyel, antioksidan, antikanser, antiviral gibi birçok önemli aktiviteye sahip olmaları dikkat çekmektedir. Fenolik bileşiklerin biyoaktif özelliğe sahip olmaları ve diyet alımı ile insan sağlığı üzerinde gösterdikleri olumlu etkilerinden dolayı, bu bileşiklerden sağlık sektörü dahil birçok sektörde doğal bileşikler olarak yararlanılmaktadır. Ancak hücre içerisinde hangi genler ve metabolitler ile etkileşim içerisinde oldukları tam olarak bilinmemektedir. Bu bileşiklerin daha etkin bir şekilde kullanılabilmeleri için, canlılar ve insan sağlığı üzerindeki potansiyel rolleri hakkında bilgilerin arttırılması, çalışmaların hücrede gen/genom düzeyinde detaylandırılması, hücre içerisinde etkileşimde olduğu yolakların belirlenmesi gerekmektedir. Bu tez çalışmasında, fenolik bileşiklerden benzoik asit ve ferulik asitin Escherichia coli bakterisinde ilişkili olduğu gen ve metabolitlerin belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışmalarda genomik, gen ekspresyon ve metabolomik analizlerinin yanı sıra, çeşitli mikrobiyoloji deneyleri ve istatistiksel analiz yöntemleri uygulanmıştır. Tezin ilk kısmında, ASKA klon setindeki 4123 adet klonun bir araya getirilmesiyle oluşturulan ASKA plazmit genom boyu kütüphanesi ile genomik çalışmalar yürütülmüştür. ASKA plazmit genom boyu kütüphanesi, gradient ekim yöntemi kullanılarak farklı konsantrasyonlarda benzoik asit ve ferulik asit stresine maruz bırakılmıştır. Benzoik asit gradient ekim seleksiyonundan 91 adet ve ferulik asit gradient ekiminden ise 132 adet göreceli olarak yüksek tolerans seviyesine sahip suş belirlenmiştir. Bu suşların toleranslı olduklarının onaylanması ve ek bir seleksiyon yapılması için çizgi ekim yöntemi kullanılmıştır. Bu bileşiklerle yapılan seleksiyon çalışmaları sonucu toleranslı olduğu onaylanan suşlardan seçilerek koloni PCR yapılmış ve insert büyüklüklerine bakılmıştır. Benzoik asit ile ferulik asit'ten 6'şar adet suş seçilerek plazmit izolasyonu ve sekans analizi gerçekleştirilmiştir. Sekans analizi sonrası insert bilgilerine ulaşılan klonlar, yjtD, yabQ, ydfB, yegP, osmE, hisS (benzoik asit) ile prpE, sbmC ve fliS (ferulik asit) genlerini taşımaktadır. Tez çalışmasının diğer bir kısmında her bileşik için klonlardan seçilerek, yabanıl tip Escherichia coli'de gen ekspresyon analizi yapılmıştır. Real-Time PCR deneylerinde osmE ve prpE genlerinin ekspresyon seviyelerinde artış olduğu gözlenmiştir. Tez çalışmasının son kısmında, benzoik asit ve ferulik asit stresi ile ilgili metabolitlerin belirlenmesinde 1H-NMR analizi kullanılmıştır. 1H-NMR analizi için metabolit ekstraktları, 4 konsantrasyon, 3 tekrar olacak şekilde her bileşik için ayrı ayrı olarak E.coli BW25113 suşu kullanılarak hazırlanmıştır. Benzoik asit'in E.coli BW25113 suşu ile yapılan 1H-NMR analizi sonucu 80 adet metabolit profiline ulaşılmıştır. 80 adet metabolit ile yapılan istatistiksel analizlerde kontrol grubuna kıyasla, 24 adet metabolitin konsantrasyonlarında, en az bir benzoik asit konsantrasyon uygulamasında, anlamlı değişim olduğu gözlenmiştir. Benzoik asit ile E.coli BW25113 suşu NMR analizi sonrası istatistiksel analizlerde Sükroz, IMP, Pantotenat, Kreatin, Mannitol, Uridin, Glisin, Adenozin, Sitidin, Histamin, Putresine, N6-Acetillizin, 2-Aminobutirat, dTTP, Ksantin, 2-Oksoizokaproat, Asetamid, Inozin, Hydroksiaseton, Glikolat, Guanozin, Kreatin fosfat, Betain ve Malat metabolit konsantrasyonlarında kontrol grubuna kıyasla anlamlı değişimler olmuştur. Benzoik asit ile E. coli BW25113 suşunun NMR analizinde "Galaktoz (Galactose)", "Nişasta ve sükroz (Starch and sucrose)", "Pürin (Purine)", "Pirimidin (Pyrimidine)" ve "Glisin, serin ve treonin (Glycine, serine and threonine)" metabolik yolaklarının etkilendiği görülmüştür. Ferulik asit ile yapılan NMR analizi sonucu 71 adet metabolit profiline ulaşılmıştır. 71 adet metabolit ile yapılan istatistiksel analizler sonucu 41 adet metabolit konsantrasyonunda, en az bir ferulik asit uygulamasında kontrol grubuna kıyasla değişim olduğu görülmüştür. Anlamlı değişim gözlenen metabolitler, Asetamid, Fumarat, Urasill, Oksipürinol, N-Asetilornitin, Glikolat, Eritritol, Süksinat, Trimetilamin N-oksit, Hidroksiaseton, N-Asetilglukozamin, Piroglutamat, Betain, Izositrat, Malat, dTTP, Niasinamid, Etilen glikol, Piruvat, Fruktoz, Adenozin, AMP, Kreatin fosfat, Inozin, Histamin, O-fosfokolin, Sitidin, Sitozin, Maleat, Piridoksin, Metiyonin, Glutamat, Malonat, Kadaverin, Guanozin, Alanin, Tartarat ve Sebakat' dır. Ferulik asit ile E.coli BW25113 suşunun NMR analizinde etkilenen metabolik yolaklar , "Trikarboksilik asit döngüsü (TCA cycle)", "Glutatyon (Glutathione)", "Propanoat (Propanoate)", "Sülfür (Sulfur)", "Metan (Metan)", "Bütanoat (Butanoate)", "Arjinin biyosentesi (Arginin biosynthesis)", "Nikotinat ve nikotinamid (Nicotinate and nicotinamide)", "Lizin degredasyonu (Lysin degradation)", "Alanin, aspartat ve glutamat (Alanin, aspartate and glutamate)", "Piruvat (Pyruvate)", "Glioksilat ve dikarboksikat (Glyoxylate and dicarboxylate)", "Glikoliz/glikoneogenez (Glycolysis/gluconeogenesis)", "Pürin (Purine)", "Glisin, serin ve treonin (Glycin, serine ve threonine)", "Pirimidin (Pyrimidine)", "Fruktoz ve mannoz (Fructose ve mannose)" ve "Nişasta ve sükroz (Starch and sucrose)"'dur. Bu tez çalışmasıyla, benzoik asit ve ferulik asit'in E. coli bakterisinde doğrudan veya dolaylı ilişkili olabileceği gen ve metabolitler önerilmiştir. Anahtar kelimeler: Benzoik asit, Ferulik asit, ASKA, Escherichia coli, gen, metabolit
Dipsiz–Çine Çayı'nın makrozoobentik organizmalara göre ve fizikokimyasal yöntemlerle su kalitesi tayini
Bu çalışma 2015-2016 ve 2020 tarihleri arasında Dipsiz- Çine (Muğla-Aydın) Çayı su kalitesinin makrozoobentik organizmalara göre ve fiziko-kimyasal parametrelerle elde edilen analiz sonuçlarına göre belirlenmesi amacıyla gerçekleştirilmiştir. Dipsiz- Çine Çayı üzerinde belirlenen 6 istasyondan su örnekleri ve makrozoobentik örnekleri alınmıştır. Suyun fiziko-kimyasal özelliklerinin belirlenmesi amacıyla amonyum azotu, nitrit azotu, nitrat azotu, orto-fosfat fosforu, toplam sertlik, sülfat sertliği, karbonat sertliği, kalsiyum iyonu ve magnezyum iyonu ölçülerek değerlendirilmiştir. Su sıcaklığı, elektriksel iletkenlik, pH, çözünmüş oksijen parametreleri arazi çalışmaları esnasında ölçülmüştür. Araştırma bölgesinden Mollusca, Annelida ve Arthropoda şubelerine ait örnekler toplanmıştır. Toplanan makrozoobentik örnekler cins veya tür seviyesinde teşhis edilmiştir. Gastropoda, Bivalvia, Oligochaeta, Hirudinea, Arachnida, Crustacea ve Insecta sınıflarına ait 88 takson belirlenmiştir. İstasyonlarda belirlenen makrozoobentik organizmaların sıklık, baskınlık, çeşitlilik değerleri ve bu canlılara göre istasyonların benzerlikleri saptanarak, su kalitesi sonuçları ile birlikte değerlendirilmiştir. Su kalitesinin belirlenmesinde ASPT, BMWP, Belçika Biyotik İndeksi, Saprobi İndeksi, Kirlilik Tolerans İndeksi ve Familya Biyotik İndekslerinde kullanılmıştır ve elde edilen sonuçlara göre su kalitesi belirlenmiştir. Fizikokimyasal veriler Klee (1991)'ye göre yorumlanarak, 1. ve 3. istasyonların I-II. kalite sınıfında, 2. , 5. ve 6. istasyonların II. kalite sınıfında, 4. istasyonun ise II-III. kalite sınıfında olduğu belirlenmiştir. Yerüstü su kalitesi mevzuatına (2012) göre istasyonların su kalite sınıfları, 1., 2. ve 3. istasyonların I. Sınıf (yüksek kaliteli) su kalite sınıfına dahil olduğu, 4., 5. ve 6. istasyonların ise II.Sınıf (az kirlenmiş) su kalite sınıfına dahil olduğu belirlenmiştir. Dipsiz Çine Çayı, FBI'ya göre kritik kirlenmiş su sınıfına, BBI'ya göre hafif kirli su sınıfına, SI'ya göre az kirlenmiş su sınıfına, ASPT'ye göre az kirlenmiş su sınıfına ve BMWP'ye göre orta derecede kirlenmiş su sınıfına dahil olduğu belirlenmiştir. ASPT, BMWP, Belçika Biyotik İndeksi, Saprobi İndeksi, Kirlilik Tolerans İndeksi ve Familya Biyotik İndekslerinden elde edilen değerler ortak bir tabloda irdelenmiş ve indeksler arasında su kalite sınıflarında farklılıklar olduğu görülmüştür.
Dipsiz–Çine Çayı'nın epilitik ve epifitik alg türlerine göre ve fizikokimyasal yöntemlerle su kalitesinin belirlenmesi
Bu çalışma 2015-2016 tarihleri arasında ve 2020 Eylül-Ekim aylarında Dipsiz- Çine (Muğla-Aydın) Çayı üzerinde Epilitik ve Epifitik alg türlerine ve fizikokimyasal parametrelerle elde edilen analiz sonuçlarına göre su kalitesinin belirlenmesi amacıyla gerçekleştirilmiştir. Dipsiz- Çine Çayı üzerinde belirlenen istasyonlardan su örnekleri ve alg örnekleri alınmıştır. Su sıcaklığı, elektriksel iletkenlik, pH, çözünmüş oksijen parametreleri arazi çalışmaları sırasında ölçülmüştür.Suyun fiziko-kimyasal özelliklerinin tespiti için amonyum azotu, nitrit azotu, nitrat azotu, orto-fosfat fosforu, toplam sertlik, sülfat sertliği, karbonat sertliği, kalsiyum iyonu ve magnezyum iyonu ölçülerek değerlendirilmiştir. Bacillariophyta, Chlorophyta, Dinophyta, Euglenophyta ve Cyanobacteria'ya ait toplam 71 takson teşhis edilmiştir. Bacillariophyta en baskın grubu temsil etmiştir. Bacillariophyta grubu içerisinde Pennales ordosuna ait taksonların, Centrales ordosuna ait taksonlara göre birey sayısı ve takson zenginliği bakımından baskın olduğu tespit edilmiştir. Diatoma vulgaris, Melosira varians, Amphora ovalis, Navicula gracilis, Cymbella helvetica, Diploneis ovalis ve Cyclotella meneghiniana en çok gözlenen türlerdir. Tüm istasyonlarda en baskın türün Melosira varians olduğu tespit edilmiştir. İstasyonlarda belirlenen epilitik alglerin sıklık, baskınlık, çeşitlilik değerleri ve istasyonların benzerlikleri saptanarak, su kalitesi sonuçları ile birlikte değerlendirilmiştir. Biyolojik yönden teşhis edilen örnekler Saprobi İndeksi ve Trofik Diyatome İndekslerinde kullanılmıştır ve elde edilen sonuçlara göre su kalitesi belirlenmiştir. Dipsiz Çine Çayı'nın su kalitesinin YSKY (2012)'ye göre; II. kalite (iyi), Klee (1991)'ye göre; II. kalite (vasat kirlenmiş) ve epilitik alglere göre belirlenen Saprobi indeks değerlerine göre; II. kalite (orta derecede kirlenmiş) su sınıflarına dahil olduğu belirlenmiştir. Trofik Diyatome indeksi sonuçlarına göre, 1. istasyonun Mezotrofik olduğu, 2. , 3. ve 5. İstasyonların Ötrofik olduğu, 4. ve 6. istasyonların ise Hipertrofik olduğu tespit edilmiştir.
Kitlesel ölüm gözlenen bal arıları ve ballarında modifiye edilmiş QuEChERS ekstraksiyon yöntemi kullanılarak LCMS/MS ve GC-MS/MS kütle spektrometresi ile pestisit kalıntılarının belirlenmesi
Dünya'nın birçok bölgesinde son yıllarda gözlenen toplu arı ölümlerinin artması ve bu ölümlerin sebeplerinin araştırılması dikkat çeken konuların başında gelmektedir. Bu konuda yapılan çalışmalar, ölümlerin arılarda pestisit maruziyetinden kaynaklı olabileceğini göstermektedir. Arılarda yüksek toksisite gösteren pestisitlerin, yapılan risk değerlendirmeleri sonucunda bazılarının Dünya'da kullanımının yasaklanması zorunluluğu doğmuştur. Dünya ile birlikte ülkemizde de toplu arı ölümleri görülmesi ile yaşanan koloni kayıpları hem ekosistem açışından hem de ekonomi açısından ciddi zararlar doğurabilmektedir. Bu sebeple kitlesel ölüm gözlenen kolonilerde pestisit kalıntı analizlerinin yapılarak risk değerlendirmelerinin sunulması büyük önem arz etmektedir. Gerçekleştirilen bu tez ile de Dünya'da örnekleri olmasına karşın, Türkiye'de yapılan çalışmalar incelendiğinde örneği bulunmayan, pestisit analizlerinde evrensel bir metot olan QuEChERS ekstraksiyon metodu modifiye edilerek, Türkiye'de ilk kez arılarda pestisit kalıntılarının saptanabilmesi için metot validasyon çalışmaları yapılması amaçlanmıştır. Böylece arılarda yapılacak çoklu pestisit kalıntı analizlerinde bu metodun kullanılması hedeflenmiştir. Yine balda da çoklu pestisit kalıntılarının analizi için metot validasyon çalışmaları yapılarak, balda da pestisit kalıntıların tespiti amaçlanmıştır. Bu amaçlarla yoğun tarımsal uygulamaların olduğu ve Türkiye bal üretiminin yarısından fazlasının yapıldığı Marmara, Ege ve Akdeniz Bölgeleri'ndeki kitlesel arı ölümleri takip edilerek, ölmüş arı ve onlara ait kovanlardan bal örnekleri toplanmıştır. Yine toplu ölüm söz konusu olmadığında da belirlenen lokasyonlarda kovan önlerinden ölü arılar toplanarak örneklemeler yapılmış ve metodun kullanılabilirliği test edilmiştir. Öncelikle arı analizleri için QuEChERS yöntemi baz alınarak farklı modifikasyonlar denenmiş ve en iyi metot performans kriterlerini sağlayan metot seçilerek ve bu metodun validasyonu gerçekleştirilmiştir. Valide edilen modifiye QuEChERS yöntemi ile ekstrakte edilen arı ve bal örnekleri LC-MS/MS ve GC-MS/MS kütle spektrometresi cihazları ile toplamda 600 adet pestisit etken maddesi yönünden analiz edilmiş ve pestisit kalıntıları belirlenmiştir. 2020 ve 2021 yıllarında toplamda 42 adet arı ve 56 adet bal örneği analiz edilmiştir. Analiz edilen arı numunelerinin 29 tanesinde en az bir tane pestisit etken maddesi saptanmıştır ve bu numunelerde 0,002 ile 3,66 mg/kg arasında değişen değerlerde, 56 farklı pestisit etken maddesi tespit edilmiştir. Analiz edilen bal numunelerinin ise 22 tanesinde en az bir tane pestisit etken maddesi saptanmıştır. Bu numunelerde 0,002 ile 0,052 mg/kg arasında değişen değerlerde 16 farklı etken maddeye rastlanmıştır. Arılarda pestisit maruziyetinin görülebilmesi için tehlike katsayıları (HQ-Hazard Quotient) hesaplanmış ve pozitif sonuçlanan 29 arı numunesinin HQ puanlarının %34'ü HQ<50, %7'si HQ>50 ve %59'u HQ>1000 olduğu belirlenmiştir. Pestisit maruziyeti risklerin HQ>50 parametresi yani belirgin pestisit yüküne göre kıyaslandığı zaman pozitif numunelerin %66'sında kendini göstermektedir. Tespit edilen pestisitlerin HQ puanları 0 ile 1.016.667 arasındaki değişirken numunelerin HQ puanları 0,02 ile 1.016.670 arasında değişim göstermektedir. HQ puanının 1000'in üzerinde olması sebebi ile numuneleri tek başlarına yüksek pestisit yükü altına sokan pestisitlerin tamamı insektisitlerden meydana gelmektedir. Yapılan bu çalışmanın sonucunda valide edilen, pestisit gruplarında ayrım yapmaksızın, arılarda çoklu kalıntı analizlerine kantitatif olarak olanak sağlayan modifiye QuEChERS metodu ile hızlı ve güvenilir sonuçlar alınması mümkündür. Homojenizasyon işleminden sonra iki saatten daha kısa bir sürede analizlerin tamamlanabilmesi, tüm kontrol laboratuvarlarında bulunabilecek altyapıyla rahatlıkla çalışılabilmesi, analiz maliyetlerinin düşük olması, kolay ve güvenilir olması gibi kendini ön plana çıkaran özellikleri ile bu modifiye QuEChERS metodunun arılarda pestisit kalıntı analizlerinde kullanılması önerilmektedir. Ayrıca bu çalışmada sunulan pestisit maruziyetine karşılık yapılan risk değerlendirme hesaplamalarının da ülkemizde arılarda kalıntı analizlerinin gerçekleştirilmesinin ardından pestisit maruziyetini yorumlamak için rehber olarak kullanılması tavsiye edilmektedir.
Mastitisli ineklerden izole edilen staphylococcus aureus suşlarının moleküler tiplendirmesi
Bu çalışmada Afyonkarahisar bölgesinde bulunan 6 farklı yerleşim yerindeki 16 çiftlikten toplanan mastitisli süt örneklerinden izole edilmiş 104 adet bakteri ribotiplendirme yöntemi ile identifiye edilmiş ve Staphylococcus aureus olarak tanımlanan 77 izolat arasındaki genetik akrabalık ilişkisi moleküler tiplendirme yöntemleri ile araştırılmıştır. Ribotiplendirme yönteminde EcoRI restriksiyon enzimi kullanılmış ve 8 ribogrup belirlenmiştir. Atılımlı alan jel elektroforez (Pulsed Field Gel Electrophoresis=PFGE) yöntemi ile 77 izolatın makrorestriksiyon profili SmaI restriksiyon enzimi kullanılarak belirlenmiş ve 19 pulsotip tanımlanmıştır. Ribogruplar ve pulsotipler birbirleriyle çakışmasa da dominant pulsotip olan G11'de yer alan izolatların bir kısmının ribotiplendirmede birbirleriyle %98 benzerlik gösteren ribogrup 2, ribogrup 7 ve ribogrup 8'de yer alan izolatlarla aynı olduğu gözlenmiştir. Benzer şekilde ribogrup 7 ve 8'de yer alan izolatların bir kısmının da PFGE analizinde %98 ve %97 benzerlik oranı gösteren G5, G7 ve G8 pulsotiplerinde yer aldığı belirlenmiştir. Türkiye'de sığırlarda mastitis etmeni S. aureus için ribotiplendirme yöntemi ilk kez bu çalışmada kullanılmış olup, Afyonkarahisar bölgesinde mastitisli sütlerden izole edilen S. aureus izolatlarının gerek ribotiplendirme gerekse de PFGE ile genotipik analizi de ilk kez uygulanmıştır.
Rubus L. cinsi glandulosı subseksiyonunun ekolojik genetiği
Bu araştırmada Rubus L. cinsi Glandulosi subseksiyonunda yer alan dört taksonun (Rubus tereticaulis, Rubus hirtus, Rubus platyphyllos ve Rubus caucasicus) anatomik, morfolojik, palinolojik, fitokimyasal, sitogenetik, genetik ve ekolojik özellikleri incelenmiştir. İklimsel veriler incelendiğinde Rubus caucasicus ve Rubus platyphyllos'un, yayılış alanlarında, diğer taksonlara kıyasla daha yüksek nem miktarına ihtiyaç duyduğu tespit edilmiştir. Bitkisel örneklerde sabit yağ içeriğinin en yüksek % 3.3, ham selüloz miktarının ise en yüksek % 67.65 olduğu belirlenmiştir. Bitkisel örneklerin element içeriklerinin toprakta belirlenen miktarlar ile bağlantılı olduğu ve potasyum içeriği bakımından zengin, bakır içeriği bakımından fakir olduğu tespit edilmiştir. ISSR tekniği ile yapılan DNA parmakizi analizleri ile Rubus hirtus ve Rubus platyphyllos taksonları arasındaki genetik uzaklık belirlenmiştir. Rubus hirtus'un Rubus tereticaulis'e genetik olarak daha yakın olduğu, Rubus platyphyllos ile aynı tür adı altında kabul edilmesi gerektiği tespit edilmiştir. SEM yardımı ile Rubus caucasicus taksonuna ait polen görüntüleri elde edilmiş ve bu taksonun trikolporat yapıda tipik Rosaceae polenlerine sahip olduğu teyit edilmiştir. Morfolojik incelemeler sonucunda taksonların özellikleri ayrıntılı olarak incelenmiş ve ölçümler yapılmıştır. Taksonlar arasındaki sistematik açıdan önemli olan, bilhassa generatif organlara ait karakterlerin durumu ayrıntılı bir şekilde ortaya koyulmuştur. Bu çalışma ile Rubus hirtus ve Rubus platyphyllos arasındaki farklılıkların gerek morfolojik gerekse genetik bakımdan ortaya koyulmuştur. Glandulosi subseksiyonu için teşhisi kesinleştiren ve kolaylaştıran yeni bir anahtar ve herbir takson için yeni deskripsiyonlar hazırlanmıştır. Yapılan fitokimyasal analizler sonucunda türlere ait meyvelerde bulunan glikozit türevlerinin miktarları belirlenmiş ve karşılaştırılmıştır.
Süt ve süt ürünlerinden izole edilen laktik asit bakterilerinin ekzopolisakkarit üretim yeteneklerinin araştırılması
Laktik asit bakterileri (LAB); gram-pozitif, fakültatifanaerob, katalaz negatif, hareketsiz, sitokromdan yoksun ve spor oluşturmayan bakterilerdir. Planlanan çalışmada süt ve süt ürünlerinden izole edilen 163 LAB' sinin ekzopolisakkarit üretme yetenekleri taranarak seçilen izolatlarda optimum EPS üretimi için kültür koşulları belirlenmeye çalışılmıştır.Çalışmamızda izolatların antimikrobiyal aktivitesi SandvicOverlay Yöntemi ile incelenerek biyokimyasal testlerle özellikleri belirlenmiş ve seçilen izolatlar riboprinter ile tanımlanmıştır. İzolatların antimikrobiyal aktivitelerinin yüksek olduğu bulunmuştur. İzolatların EPS üretimleri mikrotitre plaka yöntemi ve kongo kırmızılı ortamda belirlenmiştir. Son olarak izolatlarınoptimum EPS üretim değerleri optimum azot, karbon kaynakları ve sıcaklıkta cevap-yüzey metodu ilebelirlenmiştir.İzolatların EPS değerleri 46,65 mg/L – 53,17 mg/L arasında bulunmuştur.
Stiktik asit, salazinik asit ve atranorin'in biyolojik aktivitelerinin kültür hücrelerinde araştırılması
Likenler yüzyıllardır geleneksel tedavi yöntemleri için kullanılan canlılardır. Likenler primer ve sekonder metabolitler sentezlerler. Liken sekonder metabolitlerinin; antioksidan, antibiyotik, antienflamatuar, antimikrobiyal, allelopatik, antifungal, herbisit, antimutajenik, antitümor, antimikobakteriyel, antiviral, antioksidan, hücre bölünmesini düzenleyici, analjezik, antiproliferatif, sitotoksik etkileri bilinmektedir. Bu tez çalışmasında likenlerden elde edilen sekonder metabolitlerin (Stiktik asit, Salazinik asit ve Atranorin) sitotoksik etkileri (MTT ve LDH testleri ile) ve hücre içi reaktif oksijen seviyelerine (ROS testi) etkileri tek başlarına ve ikili kombinasyon şekline A549 (insan akciğer adenokarsinoma hücresi) ve HUVEC (insan göbek kordonu toplar damarı endotel hücresi) hücreleri kullanılarak araştırılmıştır. Antitümöral etki A549 hücrelerinde koloni oluşum deneyi uygulanarak belirlenmiştir. Anjiyojenez üzerine etkileri HUVEC hücreleri ile yapılan tüp oluşum deneyi sonucunda saptanmıştır. Atranorin'in tek başına ve ikili kombinasyon şeklinde diğer liken sekonder metabolitlerine göre daha sitotoksik, antitümöral ve antianjiyojenik etkilerinin olduğu belirlenmiştir.
Metal katkılı hidroksiapatit nanokaplama malzemeleri üzerinde büyütülen yağ dokusu kaynaklı mezenkimal kök hücrelerin adezyon, canlılık ve osteojenik farklılaşma kapasitelerinin in vitro yöntemlerle değerlendirilmesi
Bu tez çalışmasında değişik kimyasal ve yüzey özelliklerine sahip metal katkılı (Zn, Ag ve Cu) hidroksiapatit (HAP) nanokaplama malzemeler üzerinde büyütülen insan yağ dokusu kaynaklı mezenkimal kök hücrelerin (MKH) canlılığı ve osteoblastik farklılaşma potansiyelleri ile substrat-materyal arasındaki ilişki ve hücre davranışı incelenmiştir. Bu amaçla biyomalzemeler üzerindeki hücre canlılığı MTT, LDH ve DNA miktar tayin yöntemleri ile belirlenmiştir. Biyomalzemeler üzerinde büyütülen MKH'lerin osteoblastik farklılaşma kapasiteleri, Alizarin Kırmızısı (AK) Boyama, Alkalen Fosfataz Spesifik Aktivitesinin (ALP) biyokimyasal olarak ölçülmesi ve Osteopontin gen ekspresyon seviyesi rt-PCR ile değerlendirilmiştir. Ayrıca MKH'lerin biyomalzemeler üzerindeki adezyonları ve hücre adezyonunun malzemelerin biyouyumluluğu üzerindeki etkisi; hücre adezyon deneyi, vinkülin ve f-aktin hücre iskelet elemanlarının immunofloresan boyanması ve ekstrasellüler matriks proteinleri ve hücre adezyon yolağında yer alan 84 adet geni içeren rt-PCR array ile incelenmiştir. Sonuçlar genel olarak Zn, Ag ve Cu metal iyonları içeren HAP nanokaplama yüzeyler üzerinde büyütülen MKH'lerde canlılığın, herhangi bir osteojenik uyaran içermeyen ortamdaki hücrelerde osteoblastik farklılaşmanın ve hücre adezyon yeteneğinin, ticari olarak kullanılan ve hiçbir metal iyonu içermeyen HAP'e göre daha yüksek olduğunu, bu metal iyonlarının malzemenin biyouyumluluğuna katkıda bulunduğunu göstermektedir.
Bazı arpa ve buğday varyetelerinde morfolojik ve biyokimyasal yanıtlar üzerine toksik metallerin etkisi
Toprakta ağır metallerin (HM) birikimi besin zinciri yoluyla hayvan ve insan sağılığı üzerinde önemli etkilere sahiptirler. Ayrıca, hücreler enzimatik veya enzimatik olmayan antioksidan savunma mekanizmalarının yardımıyla ağır metallerin oluşturduğu serbest oksijen radikallerinin (ROS) zararlı etkilerini detoksifiye edebilirler. Glutatyon S-transferaz (GST), tripeptit glutatyon (GSH) ile elektrofilik ksenobiyotik substrastların konjugasyonunu katalizleyen bir enzim grubudur. Öte yandan GSH, ROS kaynaklı oksidatif hasara karşı hücresel savunmada için en önemli metabolitlerden biri olarak kabul edilir. Bu çalışmada Triticum aestivum L. cv. İzgi-2001, Triticum aestivum L. cv. Alpu-2001, Hordeum vulgare L. cv. Kalaycı-97 ve Hordeum vulgare L. cv. Bilgi-91 türlerinin radikula ve hipokotillerinde GST aktivitesi, protein ve GSH içerikleri, çimlenme yüzdeleri, radikula ve hipokotillerin uzunlukları ile su içeriği üzerindeki kadmiyum klorür (CdCl2) ve kurşun klorürün (PbCl2) farklı konsantrasyonlarının etkisi değerlendirilmiştir. Uygulanan ağır metaller GSH içeriğinde kontrol gruplarına göre farklılıklar göstermiştir. GST aktivite ölçümlerinin sonucunda, ağır metal uygulamalarının 1,5 mM Pb konsantrasyonunda Bilgi-91 ve Kalaycı-97 türlerinin hipokotillerinin kontrol gruplarına göre önemli bir artışa olmuş ve bu artış sırasıyla %502 ve %308 iken, 1,5 mM Cd konsantrasyonunda bu türlerin radikulalarındaki aktivite artışı kontrol grubuna göre sırasıyla %558 ve %478 olarak bulunmuştur. Bu sonuçlara göre, farklı konsantrasyonlardaki ağır metal uygulamalarının bitki türlerinde fizyolojik ve biyokimyasal süreçleri olumsuz etkilediği ve ağır metal stresine daha dayanaklı buğday ve arpa türünün Alpu-2001 ve Bilgi-91 olduğu saptanmıştır.
Sıçan akciğerinde bleomisin ile indüklenen oksidatif stresin önlenmesinde piceatannol'un etkileri
Bu çalışmada, bleomisinin neden olduğu oksidatif strese karşı piceatannolun etkileri sıçan akciğerinde incelenmiştir. 200-250 gr ağırlığındaki erkek Wistar cinsi sıçanlar 4 grup halinde oluşturulmuştur. Deney grupları; kontrol grubu (serum fizyolojik uygulanmış i.p), bleomisin uygulanan grup (tek doz i.p 10 mg/kg), bleomisin (10 mg/kg i.p) ve piceatannol (4mg/kg i.p) uygulanan grup, son grup ise piceatannol (4 mg/kg i.p) uygulanmış sıçanlardan oluşmaktadır. Deneylerde biyokimyasal teknikler kullanılmıştır. Akciğer dokusundaki toplam protein düzeyleri belirlenmiştir. Lipid peroksidasyonunun bir belirteci olarak malondialdehit (MDA) seviyeleri ölçülmüştür. Lipid peroksidasyonu bulgularını desteklemek ve oksidatif stresi belirleyebilmek amacıyla, antioksidan enzimlerden süperoksit dismutaz, glutatyon peroksidaz ve katalaz enzim aktiviteleri belirlenmiştir. Piceatannolun, akciğerlerde bleomisin maddesinin indüklediği oksidatif stresin azalmasını hücrelerdeki serbest radikalleri yakalama yoluyla yaptığını ve ayrıca bu hücrelerde hücrelerin antioksidan kapasitesini arttırdığı biyokimyasal testlerin sonunda gözlemlenmiştir. Artan antioksidan kapasite sayesinde, lipid peroksidasyonu azalmakta ve hücredeki zarlı yapılar korunmaktadır. Biyokimyasal bulgular, piceatannolun 4.0 mg/kg dozu bleomisin ile meydana gelen oksidatif strese bağlı hücre hasarının önlenmesinde etkili olduğunu ortaya koymaktadır. Bu çalışma ile bleomisinin, piceatannol ve hücrenin başlıca antioksidan bileşenleri arasındaki in vivo etkileşimleri ilk defa ortaya konulmuştur.
Odunpazarı ve Tepebaşı ilçelerinin (Eskişehir) liken çeşitliliği
Bu çalışmada, likenlerin izlenmesiyle hava kalitesinin belirlenmesine ilişkin araştırmalar için bir veritabanı oluşturmak amacıyla; Odunpazarı ve Tepebaşı ilçeleri içinde yer alan liken ve likenikol mantar çeşitliliği belirlenmiştir. Ayrıca tespit edilmiş olan 203 taksonun yaşama ortamlarına göre dağılımları irdelenmiş ve değerlendirilmiştir.
Gümüş nitrat, titanyum oksit ve demirli bileşikler ile nanopartikül formlarının kanser hücreleri üzerindeki apoptotik, nekrotik ve biyokimyasal etkileri
Metal bileşikler ve metal nanopartiküller kanser tedavisinde büyük öneme sahiptir. Sisplatin en başarılı antikanser metal bileşiklerinden birisidir. Ancak onun yan etkilerinden dolayı farklı metal bileşiklere yönelme olmuştur. Bu tezde gümüş nitrat, titanyum dioksit ve demir oksit nanotozlarının A549 hücre hattı üzerindeki sitotoksik, antiproliferatif etkileri ve bunlardan sorumlu genlerle hücre ölümü mekanizmalarının (apoptoz, nekroz, otofaji gibi) aydınlatılması hedeflendi. Sitotoksisite, MTT (3-(4,5-dimetiltiazol-2-il)-2,5-difenil tetrazolyum bromür) analizi ile belirlendi. Flow analizlerinden Anneksin V-FITC /PI (Propidyum iyodid) boyama ile erken/geç apoptotik-nekrotik hücre sayısı belirlendi. Kaspaz-3 ve mitokondriyal membran potansiyeli (JC-1) analizi ile apoptotik etki saptandı. Hematoksilen/eozin, TUNEL (Terminal deoksinukleotidil transferaz deoksiüridin trifosfatbiyotin işaretleme), BrdU (Bromodeoksiüridin), Bcl-2 ve Bax boyama ile hücrelerdeki apoptotik miktar skorlandı. Hücre ölüm yolları, geçirimli elektron ve konfokal mikroskobu ile morfolojik olarak gösterildi. Mikroarray analizi ile hücre ölüm yollarında (apoptoz vb) görevli genlerin aktivite miktarı, ekspresyon artış ve azalışları belirlendi. AgNO3, TiO2 ve Fe3O4 nanotozları, potansiyel sitotoksik ve apoptotik ajanlardır ve alternatif kanser kemoterapötikleri olarak kullanılabilir.
Eskişehir ilinde (Merkez ilçe) leş üzerindeki Calliphoridae (Diptera) faunasının tespiti ve mevsimsel süksesyonlarının belirlenmesi
Bu çalışmada 2011 Kasım ayından başlamak üzere Eskişehir ili Yunus Emre Kampüsü'nde Japon bahçesine yerleştirilen et tuzakları, pitfall tuzakları ile Eskişehir ili merkezine 26 km uzaklıktaki Sulu Kara Ağaç Köyü sınırları içerisinde konumlandırılan domuz leşi üzerindeki Calliphoridae (Diptera) türlerinin ve bu türlerin mevsimsel süksesyonlarının belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu kapsamda bir yıl boyunca çalışma alanlarına bırakılan 12 adet domuz (Sus scrofa L.) leşi üzerinden Calliphoridae familyasına ait yumurta, larva, pupa ve ergin örnekleri toplanmış ve bölüm laboratuvarında tanı anahtarları yardımı ile tür teşhisleri yapılarak morfolojik karakterler fotoğraflanıp çizimleri yapılmıştır. Çalışmada yedi adet Calliphoridae türü tespit edilmiştir. Calliphorinae alt familyasına ait Calliphora vicina ve Calliphora vomitoria; Lucilinae alt familyasına ait Lucilia sericata ve Lucilia illustris; Chrysomyinae alt familyasına ait Chrysomya albiceps; Polleniinae alt familyasına ait Pollenia rudis ve Pollenia libialis olmak üzere belirlenmiştir.
Halofilik mikroorganizmaların elektron mikroskopi ile görüntülenmesi
Elektron mikroskopları, mikrobiyolojik alanda çok kullanılan ve geliştirilmiş mikroskop türleridir. Bunlar sayesinde her türlü mikroorganizmayı ve hücreyi incelemek ve ince yapısı hakkında bilgi edinmek mümkündür. Elektron mikroskopları yüksek resolüsyon görüşleri ile ışık mikroskoplarına oranla çok ince detaylara ulaşmayı sağlarlar. Ekstremofilik mikroorganizmaların yüksek tuz konsantrasyonlarında yaşayan üyeleri halofilik mikroorganizmalar olarak adlandırılmaktadır. Bir diğer tanımıyla bu mikroorganizmalar, Sodyum klorür'ün doyma noktasına yakın ya da doyma noktasında olduğu ortamlarda yaşayan mikroorganizmalardır. Halofilik mikroorganizmalar hipersalin ortamlarda bulunurlar. Bu çalışmada izole ettiğimiz halofilik mikroorganizmalar ve hipersalin çevre örnekleri elektron mikroskobu ile incelenmiştir.
Down sendromlu hastalarda MEF2C ve CREB1 gen polimorfizm ilişkisinin araştırılması
Down Sendromu veya diğer adıyla trizomi 21, insanda mental retardasyonun en fazla görülen genetik nedeni ve 21. kromozomla ilgili en iyi bilinen anomalidir. İnsidansı 1/600~1/1000 canlı doğumdur. Çalışma için seçilen genlerden CREB'e ait gen CREB1 2q32.3-q34 üzerinde ve 69 kbp uzunluğundaki bir transkripsiyon faktörüdür. MEF2'ye ait MEF2C, 5q14.3 üzerinde bulunur ve bant uzunluğu 200,723 kbp dir. Çalışmamızda, Down Sendromlu çocuklarda CREB1 ve MEF2C gen polimorfizmlerinin araştırılması, sağlıklı kontrollere göre sıklıklarının karşılaştırılması ve Down Sendromuyla anlamlı oranda ilişkili olduğu saptanan allellerle, Down Sendromunda sık rastlanan kardiyak malformasyonlar arasındaki muhtemel ilişkilerin ortaya çıkarılması amaçlanmıştır. Çalışmamıza 100 Down Sendromlu çocuk olgu ve 100 sağlıklı çocuk dahil edilmiştir. Kontrol ve Down Sendromu olgularında CREB1 ve MEF2C gen polimorfizmleri belirlenerek frekansları karşılaştırıldı. Aynı zamanda Gen polimorfizmleriyle Down Sendromu ile ilişkili anatomik patolojiler (konjenital kalp anomalileri) arasında neden-sonuç ilişkisi araştırılmıştır. Çalışmamızda, Down Sendromlu olguların 58'i (% 58) kız, 42'si (% 42) ise erkek cinsiyette olup, yaş ortalaması 3.19±3.79 ay idi. Olguların anne yaş ortalaması 36.86±6.67 olarak tespit edildi. Olguların %18'inde VSD, %18'inde ASD, %11'inde PDA, %7'sinde AVSD tespit edilmiştir. CREB1 üzerinde rs4675690, rs2551640, rs10932201, rs2709376, rs7594560, MEF2C üzerindeki rs11951031, rs12521522, rs17421627 gen bölgelerine ait allellerinin hasta ve kontrole göre frekans karşılaştırılması neticesinde gruplar arasında istatistiksel açıdan anlamlı farklılık olduğu belirlenmiştir (p<0.05). CREB1 ait olan rs4675690 gen bölgesi için, hasta ve kontrol grubu allel frekansları ile kardiyak malformasyonlar arasında ilişki analizinde, ASD'si olan hastalar ile olmayan hastalar arasında allel dağılımı açısından anlamlı farklılık olduğu belirlenmiştir (p<0.05). Sonuç olarak, çalışma evrenimizin kapsadığı Elazığ ve çevresi Down Sendromlu olgularından oluşan populasyonda, ASD ve VSD'nin en fazla rastlanılan patolojiler olduğu ve saptanan malformasyonlar arasında AVSD oranlarının en düşük olduğu ve CREB1 rs4675690 gen bölgesinde 3 farklı allel için Down Sendromu vakalarında kontrol grubuna göre anlamlı frekans dağılımı farklılığı oluştuğu ve Down Sendromlu olgularda ASD olan vakalarda bu allel dağılım farklılığının anlamlı rolü olabileceği sonucuna varılmıştır.
Stratonikeia Antik Kenti'ndeki kazı çalışmalarından elde edilen hayvan kemiklerinin morfolojik ve dna dizi analizi ile tür teşhislerinin yapılması
Zooarkeoloji ilk kez 1800'lü yıllarda Lubback tarafından ortaya atılmış, arkeolojik kazı alanlarındaki faunal kalıntı çalışmaları için kullanılan terimdir. Zooarkeoloji bilimi antik dönem insanlarının hayvanlardan yararlanma biçimleri, beslenme alışkanlıkları, hayvanların nasıl öldükleri ya da öldürüldükleri, hangi tür hayvanları ne zaman evcilleştirildikleri, eti dışında nelerinden yararlanıldığı ve insanlarla birlikte hangi türlerin daha çok aynı ekolojik ortamı paylaştığı gibi birçok soruya yanıt verir. Bu çalışmada Stratonikeia antik kenti kazı çalışmalarından elde edilen kemikler morfolojik ve moleküler yöntemler ile incelenmiş ve morfolojik inceleme de ele geçen kemiklerin % 46,3'ü aile bazında; % 16,6'sı cins-tür seviyesinde teşhis edilmişlerdir. Moleküler yöntemle yapılan inceleme ile Coun alpinus (%79) ve Capra ibex (%75) türleri teşhis edilmiştir.
Balıkesir ve Kütahya bölgesindeki bazı termal kaynakların prokaryotik çeşitliliğinin incelenmesi
Bu çalışmada Balıkesir-Sındırgı, Güre, Havran ve Kütahya-Eynal termal kaynaklarının prokaryotik çeşitliliği kültür bağımlı ve kültür bağımsız yöntemler ile araştırılmıştır. İnkübasyon sonucunda izole edilen 66 izolat için 16S rRNA bölgesi spesifik primerler ile çoğaltımış ve amplifikasyon ürünleri MboI restriksiyon enzimi ile kesilerek ARDRA işlemi uygulanmıştır ve dizi analizi sonucunda Geobacillus, Bacillus, Aeribacillus, Anoxybacillus, Brevibacillus, Chelatococcus ve Aneurinibacillus cinsine ait izolatlar elde edilmiştir. Ayrıca farklı ARDRA profiline sahip izolatlardan bazılarına FAME analizi uygulanmıştır. Kültür bağımsız yöntemler kapsamında 16S klon kütüphanesi oluşturulmuş ve FISH çalışması yapılmıştır. Klonlama çalışması sonucunda 20 farklı ARDRA profile elde edilmiştir ve dizi analizinden sonra Bacillus, Geobacillus, Anoxybacillus, Meiothermus, Rosemonas, Aneurinibacillus ve Brevibacillus cinslerine ait klonlar elde edilmiştir. FISH çalışması sonucunda Bakteria domaini üyelerinden sinyaller alınırken Arkea sinyali alınamamıştır.
Farklı bitki çeşitliliğine sahip yapay sulak alanların bor (B) maden atık sularının biyoremediasyonu için kullanılma potansiyeli
Bu çalışmanın temel amacı, farklı bitki çeşitliğine sahip yapay sulak alanların Bor (B) maden atıkları ile kirlenmiş suların biyoremediasyonu için kullanılma potansiyelinin belirlenmesi ve bitki çeşitliğinin B giderimi üzerine olan etkilerinin ortaya çıkarılmasıdır. Çalışma için Kırka B rezerv alanı içerisinde 9 adet bitkilendirilmiş, 1 adet bitkisiz kontrol olmak üzere toplamda 10 adet yapay sulak alan kurulmuştur. Yapay sulak alanlar üzerinde 154 gün boyunca gerçekleştirilen biyoremediasyon deneyleri sonucunda yapay sulak alanların % 38 ile % 64 arasında bir arıtım performansı ile çalıştığı belirlenmiştir. En yüksek arıtım veriminin Typha latifolia ile bitkilendirilen mono-kültür yapay sulak alanda olduğu saptanmıştır. Bor'un yapay sulak alanlardaki temel biyoremediasyon mekanizmasının B'un sedimentte alı konulması olduğu ortaya çıkarılmıştır. Yapay sulak alanlarda bitkiler arasında meydana gelebilecek rekabetin B giderim performansını azaltabileceği tespit edilmiştir. Ayrıca, yapay sulak alanlardaki bitkilerin hasat edilmesi durumunda elde edilebilecek tahmini biyogaz ve elektrik enerjisi teorik olarak hesaplanmıştır.
Hepato-protective and therapeutic effect of ellagic acid on D-galactosamine-induced liver damage
Polyphenol-rich dietary foodstuffs, consumed as an integral part of vegetables, fruits, and beverages have attracted attention due to their antioxidant properties. Ellagic acid (EA), a polyphenolic compound widely distributed in fruits and nuts, has been reported to scavenge free radicals and protect cellular membranes. This study examined the protective mechanism of EA against D-galactosamine (D-GalN)-induced liver damage. A little is known about the influence of EA on D-GalN toxicity in vivo. D-GalN, a well-known hepatotoxicant, causes severe hepatocellular inflammatory damage and clinical features similar to those of human viral hepatitis in experimental animals. A little is known about the influence of EA on D-GalN toxicity in vivo. Thirty-five healthy male Wistar rats were equally divided into five groups. First and second groups were used as controls. The control groups received 0.5 ml of normal saline and 0.2% (0.5 ml of DMSO), respectively. The third group received D-GalN (700 mg/kg). Fourth and fifth groups were recieved D-GalN (700 mg/kg) plus EA (25 mg/kg) and EA (25 mg/kg) plus D-GalN (700 mg/kg), respectively. The rats were killed at the end of the treatment period. The level of ALT, AST, ALP, and LDH were determined in liver tissue. Administration of D-GalN increased the level of these liver enzymes when compared to the control group. The administration of EA to D-GalN-treated rats decreased the ALT, AST, ALP, and LDH levels in these samples. D-GalN caused marked damages in the histopathological status of liver tissues. These damages were ameliorated by EA administration. In conclusion, EA may be used in combination with D-GalN in chemotherapy to improve D-GalN-induced liver damages. Key words: Ellagic acid, D-Galactosamine, Hepatoprotective effect, Liver damage, antioxidant
Paraben ve türevlerinin insan lenfosit DNA'sı üzerindeki genotoksik etkilerinin RAPD-PCR ve comet teknikleri ile araştırılması
Paraben ve esterleri ilaç, gıda, bakım ve kozmetik ürünlerinde sıklıkla kullanılan koruyucu katkı maddeleridir. Genel olarak güvenli kabul edilen ancak çok düşük seviyede östojenik etkiye sahip parabenlerin maling meme tümöründe metabolize edilmemiş halde tespit edilmesi bu maddelerin karsinojenik potansiyellerinin yeniden değerlendirilmesi gereğini ortaya koymuştur. Bu tez çalışmasında paraben ve esterlerinin (metil, etil, propil, izopropil, butil, izobütil) insan lenfosit hücrelerinin DNA'sı üzerindeki genotoksik etkileri RAPD-PCR ve Comet teknikleri ile araştırılmıştır. RAPD yönteminde lenofosit kültüründe 24 ve 48 saatlik uygulamalarda parabenin 500, 250, 100 ve 50 µg/ml ve paraben esterlerinin 100, 50, 25 ve 10 µg/ml'lik dozları kullanılmıştır. PCR'lar 10 nüklotitlik 3 rastgele primerle yapılmıştır. Pareben esterlerine maruz kalan grupların RAPD profillerinde kontrole göre polimorfik bantlar oluştuğu yani bu maddelerin genomik stabiliteyi etkileyebilme potansiyelleri olduğu tespit edilmiştir. Oluşan genomik instabilite yüzdesinin doz ve maruziyet süresi ile ilişkisini hesaplayabilmek için daha fazla primerle daha fazla çalışma yapılması önerilmektedir. Comet testi için izole lenfositler 1 saat süre ile parabenin 1000, 750, 500 ve 250µg/ml'lik; metil parabenin 750, 500, 250 ve 125 µg/ml'lik; etil parabenin 500, 250, 125 ve 50 µg/ml'lik; propil ve isopropil parabenin 250, 125, 50 ve 25 µg/ml'lik; bütil ve isobütil parabenin ise 125, 50, 25 ve 10 µg/ml'lik dozlarına maruz bırakılmıştır. Comet testinde comet kuyruk uzunluğunun doza ve alkil zincir uzunluğuna bağlı olarak artış gösterdiği tespit edilmiştir. Anahtar Sözcükler: İnsan lenfositleri, Parabenler, Comet testi, RAPD-PCR.
Cistus laurifolius bitkisinin allelopatik etkisi ve agroekosistemlerde biyoherbisit olarak ekolojik önemi
Bu tezde, Cistus laurifolius bitkisinin Pinus nigra (Karaçam) orman ekosisteminde yangına karşı geliştirdiği uyumsal mekanizmalar ve süksesyonel kademelerdeki dominant etkisinden sorumlu allelopatik özelliğinden yararlanılarak biyoherbisit olarak kullanılma potansiyeli ele alınmıştır. Bu amaçla ilk aşamada, populasyon dinamiği büyük ölçüde yangına bağımlı olan C. laurifolius bitkisinin çimlenmesi üzerindeki yangın sırasında oluşan yüksek sıcaklıkların rolü incelenmiştir. Yangın sonrası süksesyonel rolünü açıklamaya çalıştığımız bitkinin çimlenmesi için optimum sıcaklığın 100 °C olduğu tespit edilmiştir. Allelopatik etkisi ve yüksek sıcaklarda çimlenme başarısının süksesyonel kademelerde sağladığı avantaja rağmen C. laurifolius, karaçam orman ekosisteminin klimaks birliği değildir. Bu bağlamda P. nigra bitkisinin refakatçisi olarak değerlendirilen C. laurifolius bitkisinin hem kendi tohumları hem de P. nigra tohumları üzerindeki allelopatik etkisi araştırılmıştır. P. nigra tohumları üzerinde allelopatik etki gözlenmezken, bitkinin kendi tohumları üzerinde artan populasyon yoğunluğuyla toprakta biriken allelokimyasal miktarı ile ilişkili bir ototoksik etkisinin bulunduğu tespit edilmiştir. İkinci aşamada, sentetik herbisitlerin insan ve ekosistem üzerinde yarattığı tehditler yönünde oluşan toplumsal farkındalık ve bilim insanlarının tarımsal üretimin sürdürülebilirliğini sağlamak için ekolojik yaklaşımlara yönelmesi dikkate alınarak, C. laurifolius bitkisinin biyoherbisit olarak kullanılma potansiyeli ele alınmıştır. Bu amaçla C. laurifolius bitkisinden elde edilen ekstraktın biyoherbisit etkisi, dört tarla yabancı ot tohumu (Amaranthus retroflexus, Melilotus alba, Rumex crispus ve Papaver rhoeas) ve buğday (Triticum aestivum) kültür bitkisinin tohumları üzerinde test edilmiştir. C. laurifolius bitkisinden elde edilen ekstrakt A. retroflexus tohumlarının çimlenmesi tamamen, P. rhoeas tohumlarının çimlenmesini büyük oranda inhibe ederken diğer bitkilerin tohumlarının çimlenme miktarlarında önemli bir değişim yaratmamıştır. Anahtar Kelimeler: Allelopati, Biyoherbisit, Cistus laurifolius, Süksesyon
Parsiyal hepatektomi yapılmış sıçanlarda punıcalagın'in karaciğer üzerindeki apoptotik etkilerinin değerlendirilmesi
Bu çalışmada, punicalaginin, parsiyal hepatektomi (PH) deney modeli ile karaciğer dokusundaki apoptotik etkileri araştırılmıştır. Deneysel uygulamalarda, 200±20 g ağırlıkta, 3-4 aylık, Wistar albino cinsi erkek sıçanlardan rastgele seçilimle 6 grup oluşturuldu. Grup I, II sırasıyla 3. ve 6. saatlerde disekte edilen sham kontrol gruplarını ifade etmektedir. Grup III, IV %70 PH sonrası serum fizyolojik (SF) uygulanan sırasıyla 3. ve 6. saatlerde disekte edilen grupları ifade etmektedir. Grup V, VI ise %70 PH sonrası, % 98 saflıkta intra peritonal punicalagin enjeksiyonu yapılan sırasıyla 3. ve 6. saatlerde disekte edilen grupları ifade etmektedir. Parsiyal hepatektomi yöntemiyle rejenerasyonun indüklendiği sıçan karaciğerinden; RT-PCR, Q-PCR ve TUNEL analizi için doku örnekleri alındı. RT-PCR, Q-PCR, TUNEL analizi bulguları kontrol grupları ile karşılaştırmalı olarak değerlendirildi. Kaspaz-3 gen bölgesine ait RT-PCR (p<0.05), Q-PCR (p<0.05) ve apoptotik indeks (p<0.05) bulgularına göre, V. ve VI. gruplarda NF-κB gen ekspresyonu, zamana bağlı olarak baskılandı. Kaspaz-3 gen ekspresyonu ise zamana bağlı anlamlı artış gösterdi. VI. Grupta parsiyal hepatektomiden 6 saat sonra, 15mg/kg punicalaginin apoptozu indüklediği görüldü. 15mg/kg punicalagin PH sonrası zamana bağlı olarak dokuda rejenerasyonu baskıladı ve apoptozu indükledi.
Lemna cinsine ait bazı bitki türlerinin bor (B)'a karşı oluşturdukları morfolojik ve enzimatik tepkilerinin belirlenmesi ve biyoremediasyon potansiyellerinin araştırılması
Bu çalışmada, 2, 4, 8, 16, 32, 64 ve 128 ppm B konsantrasyonuna sahip sulara maruz bırakılan Lemna minor L. ve Lemna gibba L. (Lemnaceae) bitkilerinin büyüme parametreleri, antioksidan enzim aktiviteleri ve biyoremediasyon potansiyelleri laboratuvar koşulları altında araştırılmıştır. Bu amaçla L. gibba ve L. minor, 7 günlük deney periyodu boyunca OECD, 2002 test protokolüne göre kültüre alınmış ve çeşitli B konsantrasyonlarında büyütülmüştür. Elde edilen sonuçlara göre, her iki bitki türünün B birikimlerinin başlangıç konsantrasyonuna göre kademeli olarak arttığını göstermektedir. Bitkilerin kuru ağırlığının B konsantrasyonu L. minor ve L. gibba için en az (kontrol grubu) sırasıyla 700,6 ve 859,6 mg kg-1 iken en yüksek değerler 128 ppm B deney setinde sırasıyla 4007,5 ve 5091,7 mg kg-1 olarak bulunmuştur. Ancak, nisbi büyüme oranları bu artışın tersine 16 ppm'den itibaren azalış göstermiştir. Bor'un remediasyon sonuçlarına göre su kaplarındaki en fazla azalış 16 ppm ve üzeri konsantrasyonlarda görülmüştür. Bu nedenle, sonuçlar 16 ppm B konsantrasyonlarındaki B ile kirletilmiş sularda bu bitkilerin kritik biyoindikatör seviyesinde hassas bir nokta olarak kullanılabileceğini göstermektedir. Son olarak, özellikle B kirliliğinin bulunduğu alanlarda, B düzeylerinin biyolojik olarak izlenmesi veya temizlenmesi için yerel halkında kullanabileceği basit, etkili ve çevre dostu bir model ortaya koymuştur.
Vajenden probiyotik bakterilerin izolasyonu ve bunların antikanserojen etkisinin araştırılması
İnsan mikrobiyomu, insan vücudunda kolonize olan trilyonlarca mikroorganizmadan oluşmuştur. Farklı mikrobiyal topluluklar vajina, ağız, deri, gastrointestinal bölge, burun, üretra ve vücudun diğer bölgelerinde yerleşim göstermektedir. Sağlıklı kadınlarda vajinal mikrobiyotanın büyük bir kısmı laktik asit bakterileri tarafından oluşturulmakta olup, bu bakteriler vajinal mikrobiyotanın dengesini sağlamaktadır. Son zamanlarda dikkat, laktik asit bakterilerinin, kanser riskini azaltması üzerine çekilmektedir. Laktik asit bakterilerinin antikanser aktiviteleriyle ilgili literatürde çalışmalar yer almaktadır. Çalışmamızda, sağlıklı kadınların vajinasından izole edilen laktik asit bakterileri, diğer bakteriler ve mayalar, API CHL-50, VITEK II, 16s rRNA dizi analizi ve MALDI-TOF Kütle Spektrometre Tekniği'yle tanımlanmıştır. Tanımlanan laktik asit bakterilerinden yüksek hidrojen peroksit ve laktik asit üretim miktarına sahip 2 izolat seçilmiş; bu izolatlardan ekzopolisakkarit elde edilmiştir. Sonrasında, 2 izolatın (Enterococcus faecalis 3M2 ve Enterococcus faecalis 8M10) ekzopolisakkaritlerinin, HeLa hücreleri (serviks karsinoma hücreleri) ve HUVEC hücreleri (insan göbek kordon ven hücreleri) üzerindeki sitotoksik etkileri MTT testi (tetrazolyum tesi) uygulanarak araştırılmıştır. Bu sitotoksik aktiviteyi belirlerken HeLa ve HUVEC hücreleri üzerine, farklı konsantrasyonlarda (20mg/mL, 15mg/mL, 10mg/mL, 7.5mg/mL, 5mg/mL ve 2.5mg/mL) laktik asit bakteri ekzopolisakkaritleri uygulanmıştır. Yapılan çalışmada uygulanan 2 bakterinin ekzopolisakkaritlerinin doza bağlı olarak, hücre sayısında farklı etki gösterdiği saptanmıştır. İstatistiksel sonuçlardan elde edilen veriler, Enterococcus faecalis 3M2 ekzopolisakkaritinin en yüksek dozunun (20mg/mL), 24 saatte hücre sayısının azaltılmasında en etkili olduğu sonucunu ortaya koymuştur. Anahtar kelimeler: Ekzopolisakkarit, HeLa hücreleri, laktik asit bakterileri, MTT testi, vajina florası.
Erzincan'da yayılış gösteren bazı endemik bitki türlerini tehdit eden ekolojik ve genetik faktörlerin belirlenmesi
Onosma discedens Hauskkn. & Bornm. (Boraginaceae) , Teucrium leucophyllum Montbret & Aucher ex Bentham (Lamiaceae), Verbascum calycosum Hauskkn. ex Murb. (Scrophulariaceae) ve Verbascum alyssifolium Boiss. (Scrophulariaceae) Erzincan yöresinde oldukça dar yayılış alanına sahip nadir endemik bitki türlerindendir. İlk 3 tür Türkiye Bitkileri Kırmızı Kitabında nesli tükenmiş (EX) olarak kayıt edilmişlerse de son yıllarda bölgede yapılan arazi çalışmalarında orijinal lokalitelerinden yeniden toplanmıştır. Bugüne dek bu 4 türün korunmasına yönelik herhangi bir çalışma bulunmamaktadır. Bu çalışma kapsamında O. discedens, T. leucophyllum, V. calycosum ve V. alyssifolium'un genetik çeşitlilik seviyeleri ISSR belirteçleri kullanılarak belirlenmiştir. Ayrıca, bölgede yapılan kapsamlı arazi çalışmalarıyla türlerin yayılış gösterdikleri olası yeni lokaliteler kaydedilmiştir. Her bir tür için üretilen sağlıklı tohum sayısı belirlenmiş, bu tohumların doğal ortamında ve laboratuvar koşullarında çimlenme başarısı araştırılmıştır. Bunun yanında, türlerin yayılış alanlarının toprak özellikleri ile toprak-bitki ilişkileri incelenmiştir. Bu çalışma, O. discedens, T. leucophyllum, V. calycosum ve V. alyssifolium'un türlerinin yok olma risklerini oluşturan genetik ve ekolojik faktörleri aydınlatmak ve türlerin korunmalarına yönelik önerilerde bulunmak için önemli veriler sağlamaktadır.
Vanadil sülfat ve nano formlarının kanser hücrelerinin canlılığı, morfolojisi ve hücre içi lokalizasyonuna in vitro çok yönlü etkileri
Vanadyum bileşikleri kanser araştırmalarında ideal kanser tedavi ajanı olarak çokça yer almaktadır. Kanser tedavisinde kullanılan metal bazlı kemoterapötiklerin birçok ağır yan etkileri bilinmektedir. Bu sebeple yan etkili olmayan ve düşük dozlarda sitotoksisite gösteren yeni ilaçların geliştirilmesine ihtiyaç vardır. Kanser tedaviside yeni yaklaşımlar, kanserli hücrelere tedavi ajanının daha çok sokulması, en az yan etkiye sahip ajanların seçilmesi ve geliştirilmesini amaçlamaktadır. Bu çalışmada meme kanserinin tedavisi için vanadil sülfatın ve yeni sentezlenen vanadil sülfat yüklü katı lipid nanoformulasyonun potansiyel sitotoksik, antiproliferatif, proapoptotik etkileri, sebep olabileceği morfolojik ve ince yapısal değişiklikler insan meme kanseri hücre hattı (MCF-7) üzerinde araştırılmıştır. Sitotoksisite MTT kolorimetrik testi ile, çekirdek, membran ve hücre iskeletindeki morfolojik değişiklikler ve hücre içi kalsiyum derişimi değişiklikleri konfokal, ince yapı değişiklikleri ise geçirimli elektron mikroskobunda (TEM), apoptoz indükleme özelliği akış sitometrisinde, hücre döngüsü ve antiproliferatif etkisi ise immünhistokimyasal olarak değerlendirilmiştir. Vanadil sülfatın, nano formu daha fazla olmak üzere MCF-7 hücrelerinde sitotoksik etkiyle, hücre morfolojisinde ve ince yapısında hasar oluşturduğu, Siklin D1 ve B1 ve de E-kaderin ekspresyonunu arttırdığı ve apoptozu tetiklediği tespit edilmiştir. Bu bulgular vanadyum tuzlarının ve nano formlarının kanser tedavisinde kullanımı için ileri araştırmalara ilham verici özelliktedir.
Isolation, screening, partial purification and characterization of halophilic protease from different samples
In this research the protease producing bacteria were screened from Indonesian traditional fermented food and saline soil sample from Indonesia. The purpose of this research was to partially purify and characterize microbial protease from halophilic bacteria. During the study, 4 halophilic protease producers were isolated from tauco and terasi. Among these isolates, halophilic bacteria isolate TANN 4 was recorded as the best protease producer. The isolate TANN 4 was grown in 18 % MGM (Modified Growth Medium) agar and broth containing 1% skim milk. Extracellular protease from isolate TANN 4 was partially purified using amonium sulfate precipitation and dialysis. The protease was partially purified with final yield of 72.87 % and also with 25.41 fold purity. This moderate thermoactive and alkaliphilic protease showed a pH optimum of 8.0 and temperature optimum was 50 °C. The enzyme also was active at salt concentrations ranging from 1 to 15 % (w/v), with optimum activity at 1 % NaCl (w/v). Ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA) completely inhibited the enzyme activity suggesting that it was a metalloprotease. Among metal ions, the Ca2+, K+ and Mg2+ ions enhanced the activity of enzyme. The KM and Vmax values exhibited by partially purified protease were 0.0649 mM and 216.45 U mg−1 using casein as substrate. The molecular weight was estimated to be 19.8 kDa on SDS PAGE. The enzyme also fairly stable in Triton X-100 (1 and 5 %), SDS (0.1 and 0.5 %), 1 % commercial detergents (OMO and Ariel) and 25 % methanol. In addition, this enzyme was capable of hydrolyzing casein, hemoglobin and bovine serum albumin (BSA). Automated ribotyping analysis revealed that 3 isolate (TANN 4, TR 2 and TR 4) resembled Halobacillus trueperi that exhibited 71, 68 and 69 % similarity respectively, and isolate (TR 1) resembled Virgibacillus pantothenticus with 64 % similarity. To improve this study, further protein purification, bacterial identification and media optimization are needed.
Doksorubisin'in hepatoselüler karsinoma(HCC)'daki antitümör etkisinde kaempferol'ün rolü
Hepatoselülerkarsinoma (HCC), genel olarak kronik karaciğer hastalığında görülen bir tümörüdür. Dünyada yaygın beşincisi, kansere bağlı ölümlerin üçüncü önemli nedenidir. Günümüzde, antrasiklinler, kanser tedavisinde önemli bir yer tutmaktadır vealternatifsiz gibi görünmektedir.HCC gibi çoğu tümörün tedavisinde ve yan etkilerinin azaltılmasına yönelik çalışmalar oldukça önemlidir.Bu çalışmada, bir flavonoidKaempferol (Kaem)'ün,Doksorubisin'in (Dox) anti-tümör etkisini arttırıcı ve yan etkilerini azaltıcı etkileriHep-G2 hücre hattındaaraştırılmıştır. Bu amaçla, Dox, Kaem ve kombinasyonların hücrelerdeki sitotoksik etkileri MTT testiyle belirlenmiştir. Ayrıca, bazı biyolojik aktiviteleri de çeşitli yöntemlerle analiz edilmiştir. Morfolojik apoptotik etkileri AkridinOranj/EtidiumBromid (AO/EB) çift boyamayla, apoptotik etkiler;erken apoptozdamembrandeğişikliğiAnnexin V-FITC Flowsitometrik analizle,hücre döngüsü analiziflowsitometrikyöntemle ve Kaspaz 3-9 enzim aktivasyonları da kolorimetrik ölçümleyapılmıştır. Hep-G2 canlılığında doza ve zamana bağlı azalma gözlenmiştir. 48. saatteki IC50değerleri,Dox için 0,5µM,Kaempferol için 100 µM olarak belirlenmiştir. Test bileşenlerinin uygulanmasının ardından, her iki bileşen ve kombinasyonun etkisiyle apoptotikindeksde anlamlı artış gözlenmiştir. Hücre döngüsü analizinde,Dox ve Kaempferol tek başına uygulandığında G2'de tutuklu hücre oranı nispeted düşük olmasına karşın kombine uygulandığında,hücrelerin G2 evresinde yüksek oranda tutuklandığı tespit edilmiştir.Anneksin sonuçlarında ise 1µM Dox ve 150 µM Kaempferolkombinasyon dozunda erken apoptotik hücre sayısı oldukça dikkat çekmiştir. Son olarak; kombinasyon dozlarının Kaspaz 3 enzim aktivitesini arttırdığı saptanmıştır. Kaempferol'ün hücreyi Doksorobisin'in yan etkilerinden koruduğu, aynı zamanda anti-tümör etkiyi de arttırdığı düşünülmüştür. Sonuç olarak, HCC'nin etkin tedavisinde Kaempferol potansiyel bir ilaçtır. Anahtar Kelimeler: Hepatosellüler Karsinoma, Doksorubisin, Kaempferol, sitotoksisite, apoptoz
Gaziantep yöresi Nur Dağı'nda Kuşburnu (Rosa canina L.)'nun ekolojik özellikleri ile potansiyel dağılım modellemesi ve haritalanması
Bu çalışma, Gaziantep yöresi Nur dağında doğal yayılış gösteren kuşburnu (Rosa canina L.) türünün potansiyel dağılım modellemesini yapmak amacıyla gerçekleştirilmiştir. Çalışmada 79 örnek alandan elde edilen veriler kullanılmıştır. Kuşburnu türünün gösterge türlerini belirlemek için nitelikler arası ilişki analizi (NIT) uygulanmıştır. Bu analiz sonucunda Abies cilicica Carr., Pinus nigra Arnold. ve Rubus caesius L. türleri kuşburnu türü ile pozitif birliktelik gösterirken, Pinus brutia Ten. türü negatif gösterge tür olarak belirlenmiştir. Türün dağılım modellemesi için sınıflandırma ağacı tekniği ve maksimum entropi yaklaşımından faydalanılmıştır. Bağımlı değişken olarak sınıflandırma ağacı tekniğinde (SRAT) var-yok verileri, Maximum entropi (MAXENT) yaklaşımında ise sadece var verileri kullanılmıştır. Modelleme sürecinde iklim, topoğrafik ve anakaya değişkenleri açıklayıcı değişkenler olarak kullanılmıştır. SRAT sonucunda elde edilen model yükselti, bakı ve sıcaklık indeksi değişkenleri tarafından yapılandırılmıştır. MAXENT modelinde yer alan değişkenler yükselti, eğim ve topoğrafik pozisyon indeksi olmuştur. Her iki modelin 10 katlı çapraz geçerlilik sonuçlarına göre 0,80 değerinin üstünde ROC değerleri elde edilmiştir. Modeller coğrafi bilgi sistemleri kullanılarak yaygınlaştırılmıştır. Elde edilen model tabanlı haritalar, kuşburnu türünün yetişme ortamı olarak en uygun olduğu yerlerin, Nur dağının yüksek kesimlerinde bulunan vadilerin orta ve alt kesimleri olduğunu göstermektedir. Bu çalışma ile elde edilen sonuçlar, Nurdağı bölgesinde ve yakın çevresinde kuşburnu türüne yönelik her türlü planlama ve uygulama çalışmaları için temel teşkil etmektedir.
Küçük molekül yapılı doğal bileşiklerin tümör gelişimi ve yayılımında yeni damar oluşumu hedefli tedavi potansiyellerinin epigenetik yaklaşım ve moleküler mekanizmalarla incelenmesi
Likenler; mantar ve alglerin birliktelikleri sonucu oluşmuş simbiyotik ortaklıklardır ve bu birliktelik içinde kurulan ileri seviyeli metabolik ilişki sayesinde, 1000'den fazla özgün liken bileşiği sentezlenmektedir. Liken bileşiklerinin; anti-inflamatuar, anti-pretik, analjezik, ultraviyole koruyucu, enzim baskılayıcı, sitotoksik vb. aktiviteleri hakkında çok sayıda çalışma bulunmasına rağmen, anjiyojenez üzerine aktiviteleri hakkında az sayıda çalışma bulunmaktadır. Bununla birlikte, mevcut kan damarlarından yeni kılcal damarların oluşması olarak tanımlanan anjiyojenezin; kanser tedavisinde ve tümör hücrelerinin büyümesi, gelişmesi, doku oluşturmaları ve metastaz olgularında önemli bir hedef olduğu değerlendirilmektedir. Bu nedenle, alektoronik asit, kollatolik asit ve kaperatik asit isimli liken bileşiklerinin sağlıklı ve kanserli hücre hatları üzerine sitotoksik aktiviteleri; MTT ve Alamar Blue hücre canlılığı, LDH hücre membran bütünlüğü ve PicoGreen dsDNA miktar ölçümü testleri kullanılarak belirlenmiş ve zamana bağlı sitotoksik aktiviteleri xCELLigence Gerçek Zamanlı Hücre Analiz MP (RTCA-MP) cihazı kullanılarak aydınlatılmıştır. Anjiyojenez ve endotel hücre göçü üzerine aktiviteleri ise sırasıyla; endotel hücre tüp formasyon testi ve RTCA DP cihazı kullanılarak belirlenmiştir. Ayrıca; reaktif oksijen türleri birikimi, oksidatif DNA hasarı, hücre adezyonu, tümör hücre invazyonu ve DNA metilasyonu üzerine aktiviteleri de araştırılmıştır. Kaperatik asit; düşük toksik aktivitesi ve yüksek anti-anjiyojenik aktivitesi nedeniyle en etkili bileşik olarak ön plana çıkmaktadır. Bununla birlikte, sağlıklı ve kanserli hücrelerin kullanılmasıyla gerçekleştirilen deneyler sonucunda, izole edilen bileşiklerin tamamının kanser tedavisi için umut vaat edici özelliklere sahip oldukları belirlenmiştir.
Klinik örneklerden izole edilen candida'ların karakterizasyonu ve antifungal duyarlılıkları
Klinik örneklerden izole edilen maya türlerinin tanımlanarak, antifungal duyarlılık profillerinin belirlenmesi, hızlı ve doğru tedavi için önemlidir. Bu çalışmanın amacı; vajinal sürüntü ve idrar örneklerinden izole edilen Candida cinsi maya türlerinin klasik yöntemler, kromojenik besiyerleri, otomatize sistemler kullanılarak tanımlanması; tanıda moleküler yöntemlerin yerinin araştırılması; ayrıca Candida infeksiyonlarının tedavisinde kullanılan çeşitli ajanlara karşı antifungal duyarlılıkların izolatların minimum inhibisyon konsantrasyonu (MİK) düzeylerinin saptanarak belirlenmesidir. Çalışmamızda toplam 100 izolat; germ tüp oluşumu, mısır unlu (corn meal) - tween 80 agar morfolojisi; kromojenik besiyerlerinden CHROMagar Candida, Candida ID, Brillance Candida Agar, BIGGY Agar ile tanımlanmış ve identifikasyonları VITEK 2-YST kart ile karşılaştırılmıştır. İzolatların fenotipik akrabalık ilişkileri yağ asidi metil esterleri (FAME) analizi ile cluster analizi yapılarak belirlenmiştir. Ayrıca farklı türlerin DNA dizi analiziyle türler arası yakınlık veya uzaklıkları izolatların ITS ve 26S D1/D2 bölgeleri PCR-Restriksiyon Enzim Analizi (REA) ile kesilerek oluşan farklı profillerden tespit edilmiş ve izolatlar; Candida albicans, C. glabrata, C. kefyr, C. krusei, C. lusitaniae ve C. dubliniensis olarak tanımlanmıştır. İzolatların in vitro antifungal duyarlılık profilleri, Mikrodilüsyon Yöntemi (MDY) ve VITEK 2 AST-Y06 kart yöntemleri ile çalışılmış, sonuçlar karşılaştırılmıştır. Flukonazol dışındaki tüm antifungallerde %100 duyarlılık tespit edilmiş; ancak flukonazol için izolatlarda %5,1 oranında direnç belirlenmiştir. Ayrıca bazı antifungallerde MİK değerlerinin kullanılan yönteme göre daha farklılık gösterdiği görülmüştür. Çalışmada elde edilen sonuçlar, moleküler yöntemlerin Candida türlerinin tanımlanmasında alternatif oluşturabileceğini göstermekle birlikte, bu konuda daha fazla çalışmaya gereksinim bulunmaktadır. İzolatların test edilen antifungal ajanlara çoğunlukla duyarlı olmasına rağmen, flukonazol direncinin saptanması mayaların tür düzeyinde tanımlanmasının ve antifungal duyarlılık testi yapılmasının önemini bir kez daha ortaya koymaktadır.
Türkiye'de geliştirilen bazı çeltik çeşitlerinde peroksidaz gen polimorfizminin belirlenmesi
Çeltik (Oryza sativa L.) en önemli besin kaynaklarından biridir. Bu çalışmada, 46'sı Türkiye'de geliştirilmiş 50 pirinç çeşidi arasındaki genetik çeşitliliğin POGP (Peroksidaz gen polimorfizm) işaretleyicileri kullanarak belirlenmesi amaçlanmıştır. PCR reaksiyonlarında on üç farklı peroksidaz gen primer (POX) kombinasyonu kullanılmıştır. İstatistiksel analizler POPGENE, FİGTREE ve NTSYS, STRUCTURE yazılımları kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Primerler, 146'sı polimorfik (% 91,25) olan toplam 160 net ve tekrarlanabilir (150 ila 2500 bp arasında değişen) bant üretmiştir. UPGMA dendrogramı ve PCoA analizine göre 50 pirinç çeşidi 2 ana küme halinde gruplanmıştır. Genetik benzerliği en yüksek çeşitler Trakya ve Durağan (0,869) olurken en düşük genetik benzerliğin ise Aromatik I ile Küplü (0,631) çeşitleri arasında olduğu tespit edilmiştir. STRUCTURE analizi, 50 çeltik çeşidini üç gen havuzunu temsil eden farklılaşmış üç gruba ayırmıştır. POGP belirteçlerinin ayırımcı gücü, polimorfik bilgi içeriği (PIC) ve ayırma gücü (Rp) hesaplanarak değerlendirilmiştir. Ortalama PIC değerinin 0,661 olup sıfırdan (POX14F / POX14R) 0,877'ye (POX4F / POX4R) kadar değiştiği ve primerlerin ayırma gücünün ise 0 ile 8,585 arasında değiştiği (POX11F / POX11R) bulunmuştur. Bu çalışma Türkiye'de geliştirilen çeltik çeşitlerinde, genetik çeşitliliğin belirlenmesinde peroksidaz gen polimorfizmini kullanan ilk çalışma olmasıyla birlikte elde edilen veriler ülkemizdeki pirinç ıslahı programları için önemli bilgiler sağlayacaktır.
Farklı kaya tuzu örneklerinde prokaryotik çeşitliliğin belirlenmesi
Bu çalışmada, Çankırı, Nevşehir, Kırşehir, Yozgat, Erzurum, Kars illerine ait kaya tuzu maden ocaklarından elde edilen kaya tuzlarındaki, kültüre edilebilir prokaryotik çeşitliliğin ortaya çıkarılması amaçlanmıştır. Kaya tuzu örneklerinden, farklı besiyerleri kullanılarak, 16 adet halofilik prokaryotik izolat elde edilmiştir. Bunlardan 11'inin DNA'sı izole edilmiş ve Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) ile Archaea ve Bacteria domain ayrımı yapılmıştır. 3 izolatın Archaea, 8 izolatın ise Bacteria domain'lerine ait olduğu belirlenmiştir. 16S rDNA analizi ile Archaea domain'ine ait izolatların Halobacterium cinsine ait olduğu, Bacteria domain'ine ait izolatların ise Oceanobacillus sp. ve Oceanobacillus iheyensis oldukları tespit edilmiştir. Örneklerdeki mikrobiyal komünite, Fluoresan In Situ Hibridizasyon (FISH) yöntemi ve DAPI boyama yöntemleri incelenmiştir.
Tuz stresi koşulları altında buğdayın ürün verimini ve gelişimini artırmak için ACC deaminaz içeren bakterilerin izolasyonu tanılanması ve etkinliğinin saptanması.
Bu çalışmada Eskişehir ve çevresinde tuzlu alanlarda yetişen buğday bitkilerinin kök bölgelerinden ACC Deaminaz enzimini içeren bakteri türlerini izole edip tür tanılamalarını yapmak, laboratuar koşullarında etkinliklerini saptayıp etkin oldukları saptanan bakteri türleri buğday bitkisine aşılanarak buğdayın tuza dayanımındaki artışı belirlemek amacıyla yürütülmüştür. Çalışma kapsamında izolasyonu yapılan bakteri izolatlarının tuzlu koşullarda etkinliğinin araştırılması amacıyla petri denemeleri kurulmuş ve petri denemeleri sonucunda etkin oldukları saptanan 23 bakteri izolatı ile kavanoz testleri kurulmuştur. Kavanoz testleri sonucunda Bacillus cereus, Serratia odorifera, Lelliottia amnigena, Arthrobacter arilaitensis ve Pseudomonas putida izolatları ile saksı denemelerinin kurulmasına karar verilmiştir. Saksı denemeleri 4 tuz dozunda 4 tekerrürlü olarak yürütülmüştür. Tuz konuları T0: Kontrol (0,95 dS/m ), T1: 3,98 dS/m, T2: 7,80 dS/m, T3: 11,05 dS/m olarak belirlenmiştir. Saksı denemelerinde her saksıya bakteriler ile aşılanmış 4'er buğday tohumu ekilmiş ve buğday gelişimi izlenmiştir. Yapılan analizler sonucunda saksı başına verim, biyomas, karoteneoid, MSİ ve K miktarlarının artan tuz konsantrasyonlarına bağlı olarak azalma gösterdiği saptanmıştır. ACC deaminaz içeren bakteri ile aşılanan buğdaylarda kontrole göre daha yüksek değerler elde edilmiştir. Benzer şekilde artan tuz konsantrasyonlarına bağlı olarak buğday yapraklarında Na, prolin ve MDA miktarlarında artış görülürken ACC deaminaz içeren bakteriler ile aşılanan buğdaylarda kontrole göre artışın daha az olduğu belirlenmiştir.
Juglonun büyük balmumu güvesi Galleria mellonella L. (Lepidoptera:Pyralidae)'da oksidatif ve genotoksik etkilerinin belirlenmesi
Bu çalışmada, önemli bir fitokimyasal bileşen olan juglonun, bal mumu zararlısı ve model böcek olan Galleria mellonella (Lepidoptera: Pyralidae) üzerindeki oksidatif ve genotoksik etkilerinin araştırılması amaçlanmıştır. Çalışma kapsamında değerlendirilen tüm parametrelerin araştırılması böceğin zararlı olduğu larva evresi üzerinde yapıldı. Bu amaçla G. mellonella türünün birinci evre larvalarının besinlerine farklı dozlarda saf juglon uygulanarak, juglonun insektisidal etkisi probit analizi kullanılarak belirlendi. Zararlı türün larval dönemi üzerinde insektisidal etki gösterdiği belirlenen juglonun, letal (LD99) ve ortalama letal dozu (LD50) sırasıyla 6,1 ve 2,3 mg/ 2g besin olduğu tespit edildi. Letal dozlara bağlı kalarak çalışma kapsamında hedeflenen ekotoksik ve genotoksik analizler için LD50'nin altında kalan etkin dozlar 0,5, 1 ve 2 mg/ 2g besin olarak belirlendi. Besinsel juglon uygulanan ve uygulanmayan G. mellonella son evre larval hemolenflerinde antioksidan enzim aktiviteleri (SOD, CAT ve GST) ile MDA miktarı doza bağlı değişimler gösterirken, GPx enzim aktivitesinde herhangi bir değişimin olmadığı belirlendi. Larval dönem üzerinde juglonun genotoksik etkilerinin olup olmadığı ise COMET yöntemi ve mikronükleus analizi ile belirlendi. Bu analizler sonucunda da doz artışına bağlı olarak genomda önemli hasarın ortaya çıktığı tespit edildi. Çalışma sonuçları juglonun etkin dozlarının zararlı ve model böcek olan G. mellonella'nın larval evresi üzerinde ekotoksik ve genotoksik etkili olduğunu göstermektedir.
Ekolojik yakıt hücresi entegre yapay sulak alan sistemlerinde bitkilerin biyoelektrik üretme ve atık su arıtma performanslarına etkisinin araştırılması
Bu çalışmada, mikrokozm ölçekli tasarlanmış yapay sulak alan entegre ekolojik yakıt hücresi modülleri içerisindeki bitki örtüsünün atık suyun arıtım sürecine etkisi ve biyoelektrik üretim potansiyellerinin belirlenmesi amaçlanmaktadır. Çalışma için arazi koşulları altında farklı türde bitki türlerine (Typha latifolia L., Typha angustifolia L. (Typhaceae), Phragmites australis (Cav.) Trin. ex Steud. (Poaceae), Juncus gerardii Loisel. subsp. gerardii (Juncaceae) ve Carex divisa Hudson. (Cyperaceaea))sahip iki tekrarlı olarak 4 adet bitkili ve 1 adet bitkisiz kontrol modülü olmak üzere 5 adet (toplamda 10 adet) YSA-EYH modülü kurulmuş ve araştırmalar bu modüller üzerinden gerçekleştirilmiştir. YSA-EYH modülleri üzerinde 88 gün boyunca gerçekleştirilen biyoremediasyon ve biyoelektrik üretim potansiyeli deneyleri sonucunda, bitkili YSA-EYH modüllerinin bitkisiz YSA-EYH modülüne kıyasla daha yüksek arıtım verimliliğine sahip olduğu ve bitkili YSA-EYH modüllerinde ortalama KOİ, NH4+ ve toplam fosfor arıtım verimliliği sırasıyla, % 85-88, % 95-97 ve % 95-97 arasında değiştiği bulunmuştur. Bununla birlikte, en yüksek NO3- giderimi (% 63), bitkisiz kontrol modülünde olduğu saptanmıştır. Modüllerin ortalama çıkış voltajı, güç yoğunluğu ve kolumbik verimliliği sırasıyla 1,01±0,14 V, 7,47±13,7 mWatt/m2 ve % 8,28±10,4 olan Typha angustifolia bitkisine sahip yapay sulak alan ekolojik yakıt hücresi modülünde tespit edilmiştir. Sonuçlar, YSA-EYH matrisinde bitki örtüsünün varlığının arıtım verimliliği ve biyoelektrik üretimi için yararlar sağladığını göstermektedir. Ayrıca, organik bileşiklerin biyolojik olarak parçalanmasından sorumlu olan ve anottan, katotta doğru elektron akışını katalize olan mikrobik etkenleri arttırdığını tespit edilmiştir. Sonuç olarak, bu tür sulak alan sistemleri tasarlayacak mühendislerin, arıtım verimliliğini ve biyoelektrik üretimini en üst düzeye çıkarmak için YSA-EYH modülünde bitkili yapay sulak alan ekolojik yakıt hücresi dizayn etmeleri önerilmektedir.
Antalya ili dysderınae (Araneae, dysderıdae) faunası
Bu çalışma kapsamında Ocak 2015-Kasım 2016 tarihleri arasında Antalya il ve ilçelerinden toplanmış olan örnekler ile önceki tarihlerde oluşturulmuş kolleksiyon örneklerinin de eklenmesi ile Dysderinae alt familyasına ait toplamda 158 örnek incelenmiş, bu örneklerden daha önce ülkemizden bilinen Dysdera erythrina Walckenaer, 1802, Dysdera rubus Deeleman-Reinhold, 1988, Dysdera westringi O. Pickard-Cambridge, 1872, Dysdera lata Reuss, 1834, Dysdera crocata C. L. Koch, 1838, Hycrocrates deelemanus Kunt & Yağmur, 2011 ve Hygrocrates lycaoniae Brignoli, 1978 türleri gözden geçirilmiştir. Bu türlere ek olarak Dysdera cinsine ait 10, Dysderocrates cinsine ait 2 yeni tür belirlenmiştir. İncelenen örneklerin erkek ve dişi bireylerine ait üreme organlarının fotoğrafları ve ayrıntılı betimlemeleri sunulmuştur. Çalışma alanına ait habitat bilgisi ve coğrafik haritası detaylı olarak verilmiştir.
Türkiye Dasypogon cinsinin (Diptera: Asilidae) filogenisi ve filocoğafyası
Bu çalışmada ülkemizde yayılış gösteren Dasypogon (Asilidae) cinsi türlerinin filogenetik ilişkileri ve filocoğrafik durumları COI ve ITS gen bölgelerinden yararlanılarak araştırılmıştır. Ülke genelinde 29 farklı lokaliteden 2018-2022 yılları arasında toplanan cinsin beş farklı türüne ait toplam 110 birey değerlendirilmiştir. COI ve ITS-1,2 gen bölgeleri çoğaltılmış, Sanger sekanslama yapıldıktan sonra veri setleri oluşturulmuştur. Bu veri setleri kullanılarak Maksimum olasılık, Bayesian filogeni, haplotip ağı, tür sınırları belirleme ve moleküler saat analizleri yapılmıştır. Çalışmada ülkemizdeki varlığı bilinen Dasypogon cinsinin 4 türü (D. diadema Fabricius, 1781; D. gerardi Weinberg, 1987; D. irinelae Weinberg, 1986 ve D. octonotatus Loew, 1869) ile ilk kez bu çalışmada kaydedilen D. kugleri Weinberg, 1986 değerlendirilmiştir. Morfotaksonomik olarak tanımlanmış olan bu türlerin COI gen bölgesi verilerine göre genetik olarak da ayrı türler olduğu teyit edilmiştir. Buna karşın ITS-1,2 gen bölgesi ile yapılan filogenetik analizlerden sonuç alınamamıştır. Haplotip ağı analizleri D. diedema'nın Anadolu'daki en yaygın ve en yaşlı tür, buna karşın D. octonotatus ve D. kugleri türlerinin filogenetik olarak genç türler olduğunu ortaya koymuştur. Moleküler saat analizi sonuçları türlerin Anadolu'da Pleistosen döneminde yaşanılan buzullar arası dönemlerde çeşitlendiğine işaret etmektedir. Çalışma sonucunda Dasypogon cinsi içerisinde tanımlanmış türlerini taksonomik statülerinin aydınlatılmasında total genom çalışmalarının daha etkin sonuçlar doğuracağı kanaatine varılmıştır.
Haloalkalotoleran/haloalkalofilik fungusların izolasyonu, identifikasyonu ve biyoteknolojik potansiyelleri
Bu çalışmada fungus izolasyonu için ekstrem koşulların hâkim olduğu, hipersalin ve aynı zamanda alkali özellikte tektonik bir göl olan Acıgöl (Çardak / Denizli /Türkiye) seçilmiştir. Mevsimsel olarak iki istasyondan toplam 8 su örneği alınmış ve membran filtrasyon yöntemiyle mikrofungus izolasyonları yapılmıştır. Halotolerans ve alkalotolerans testleri sonucunda ılımlı halofil olduğu belirlenen izolatlar, antimikrobiyal ve antioksidan aktivite, ekzopolisakkarit üretimi açısından taranmıştır. İzolatların antimikrobiyal aktivitesi E. coli, St. aureus, C. albicans kullanılarak agar blok yöntemi ile belirlenmiştir. Antioksidan aktivite için DPPH yöntemi kullanılmıştır. Ekzopolisakkarit üretimi çalışmalarında besiyerinde oluşan EPS etil alkol ile çöktürülerek fenol-sülfürik asit yöntemiyle karbonhidrat miktarı belirlenmiştir. Su örneklerinden toplam 199 mikrofungus izole edilmiş ve bu izolatlar geleneksel ve moleküler yöntemlerle tanılanmıştır. İzolatların %31 Penicillium, %28 Aspergillus, %11 Cladosporium, %6 Alternaria cinslerine ait olduğu belirlenmiştir. İzolatlar arasında A. alternata (8), A. flavus (19), A. tubingensis (10), C. cladosporioides (12), P. chrysogenum (15), P. allii (10) daha yaygın gözlenen türler olarak değerlendirilmiştir. Aspergillus urmiensis, Cladosporium limoniforme ve Neocamarosporium obiones türlerinim Türkiye için yeni kaydolduğu belirlenmiştir. A. dimorficus AG2B-4-1 izolatı C.albicans'a karşı aktivite göstermiştir. E. coli'ye karşı A. tubingensis AG1X1-6 izolatı 10 mm, karşı P. heteringtonii AG1-50-3 izolatı ise S. aureus'a 21 mm inhibisyon zon çapı ile en yüksek aktivite göstermiştir. BHT kontrolü eşliğinde yapılan antioksidan aktivite değerlendirmesinde P. chrysogenum AG2X2-7 izolatının % 77 ile en yüksek radikal süpürücü aktivite gösterdiği belirlenmiştir. A. tubingensis AG1X1-3 izolatı en yüksek miktarda (7,79 mg) EPS üretmiştir. Halotoleran/halofilik ve alkalotoleran/alkalofilik fungus metabolitleri çoklu ve benzersiz özellikleri ile biyoteknoloji ve endüstrideki uygulamalar için büyük umut vaat etmektedir. Anahtar Kelimeler: Acıgöl, Ilımlı halofil, Haloalkalotoleran, Penicillium, Aspergillus
Kahramankazan (Ankara) ve çevresi heteroptera faunası üzerine araştırmalar
Bu çalışma, Kahramankazan ve çevre alanlarının Heteroptera çeşitliliğini belirlemek amacıyla Ankara'nın Kahramankazan ve yakın çevre ilçelerinde belirlenen lokalitelerinde, 2022 yılının Nisan-Eylül ayları arasında haftada bir yapılan arazi çalışmalarında toplanan örneklerle gerçekleştirilmiştir. Örnekleme istasyonları belirlenirken farklı habitat özelliklerine sahip olan alanlar seçilmeye özen gösterilmiştir. Örnekler kısa boylu otsu bitkiler üzerinden atrap kullanılarak, ağaç üzeri, taş altları ya da zeminde görülenler ise elle ya da pens kullanılarak toplanmıştır. Sucul alanlarda ise çelik süzgeç kullanılmıştır. Arazide toplanan örnekler % 70'lik alkol çözeltisine konularak öldürülmek suretiyle laboratuvara getirilmiştir. Laboratuvara getirilen örnekler uygun böcek iğneleri ile iğnelenip doğal duruş şekli verilerek müze materyali haline getirilmiş, ardından stereo mikroskop ve teşhis anahtarları yardımı ile tür tayinleri gerçekleştirilmiştir. Çalışmada 972 adet ergin birey incelenmiş ve tür teşhisleri yapılmıştır. Bölgede Heteroptera'nın 14 familyası, 60 cinsi ve 83 türünün var olduğu tespit edilmiştir. Tespit edilen türlerden Codophila maculicollis (Dallas, 1851), Apodyphus amygdali (Germar, 1817) ve Oncotylus (Oncotylus) punctipes (Reuter, 1875) Ankara ili için yeni kayıt niteliğindedir. Türlere ait Türkiye ve dünya dağılış bilgileri, kısa taksonomik bilgiler ve habitus görsellerine yer verilmiştir.
Çeyrek asır sonra kampüs florası: Eskişehir Osmangazi Üniversitesi bitki biyoçeşitliliği
Bu çalışma, Eskişehir Osmangazi Üniversitesi Meşelik Kampüsü florasını belirlemek ve kayıt altına almak amacıyla yapılmıştır. Yapılan arazi çalışmaları sonucunda toplanan bitki örneklerinin teşhisinde klasik flora çalışması yöntemleri kullanılmıştır. Araştırma bölgesinde 2022 ve 2023 yıllarının Mart ayından Kasım ayına kadar yapılan arazi çalışmaları sonucunda 60 familya, 204 cins ve 310 tür ve tür altı takson olduğu tespit edilmiştir. Bu taksonlardan 14 tür Gymnopermae ve 296 tür ise Angiospermae'ye aittir. Teşhis edilen taksonların 26'sı İran - Turan, 17'si Avrupa - Sibirya, 15'i Akdeniz elementi ve 252 takson ise geniş yayılışlı ya da bölgesi bilinmeyen türlerdir. Araştırma alanında 8 takson endemiktir ve bölgenin endemizm oranı %2,58'dir.
Simulium (Simuliidae, Diptera) cinsi Angustipes tür gurubu Türkiye populasyonlarının genetik çeşitliliğinin araştırılması
Bu çalışmada Anadolu'da yayılışı gösteren Simulium angustipes tür grubu popülasyonlarının filogenileri ve taksonomik durumları COI gen bölgesi kullanılarak araştırılmıştır. Anadolu'nun 35 farklı lokalitesinden 2016-2022 yılları arasında toplanan 8 farklı populasyona ayrılarak değerlendirilmiştir. Toplamda 103 bireyden DNA eldesi gerçekleştirilmiştir. COI gen bölgesinin çoğaltılması ve Sanger sekanslama yapıldıktan sonra veri bilgileri oluşturulmuş ve Maksimum olasılık, SVD Quarted, Bayesian filogeni, haplotip ağı analizleri ile tür sınırları belirleme testleri uygulanmıştır. Çalışma sonucunda elde edilen tüm veriler değerlendirildiğinde; S. angustipes gruba ait morfotaksonomik teşhisi yapılan 3 tür genetik olarakta tespit edilmiştir. S. petricolum türünün Anadolu'da yayılış alanın geniş olduğu ve gurubun baskın türü olduğu görülmektedir. S. flexibranchium türüne ait haplotipler beklenildiği gibi yüksek dal destek değeri ile ayrı bir haplogrup oluşturmuştur. Bununla birlikte, Artvin ilinden tespit edilen S. angustipes gruba ait yeni tür olabileceği öngörülen bir 3. Tür tespit edilmiştir. Haplotip ağı analizleri de bu bulguları desteklemiştir. Çalışmada tek bir gen bölgesi kullanılarak elde edilen verilerin türlerin taksonomik statüsünün belirlenmesine katkı sağlamak ile birlikte yeterli olmadığı sonucuna varılmıştır. Tür gurubu ile ilgili hem ülkemiz hem de tür gurubunun yayılış gösterdiği Palearktik bölge genelinde morfotaksonomik, sitotaksonomik ve DNA temelli verilerin birlikte kullanıldığı geniş bir taksonomik revizyon çalışması yapılması gerektiği düşünülmektedir. Anahtar Kelimeler: Simulium,angustipes, DNA barkodlama,COI, Filogeni