Medical Microbiology

Kütle spektrometri yöntemi ile pozitif kan kültürü şişelerinden direkt bakteri identifikasyonunun araştırılması

Giriş ve amaç: Kan dolaşımı enfeksiyonlarında etken mikroorganizmanın hızlı ve doğru bir şekilde tespit edilmesi tedaviye erken başlanılmasına olanak sağlayacağından hayati önem taşımaktadır. Bu çalışmada kütle spektrometri yöntemi ile pozitif kan kültürü şişelerinden çeşitli ön hazırlıklar yapıldıktan sonra direkt bakteri identifikasyonunun araştırılması amaçlanmıştır. Materyal ve Metot: Bu çalışmada hazırlayıp cihaza yüklediğimiz 40 spike örnek pozitif sinyal verdikten sonra 5 ml kan jelli tüplere alındı. Çeşitli süre ve hızda santrifüj aşamasından geçirilen örnek peletleri ince tahta çubuk yardımıyla MALDI-TOF MS slaytlarında ki kuyucuklara inoküle edilip kuruması beklendi. Kuruduktan sonra üzerlerine 1 µl matriks ilave edildi. Bu karışım da kuruduktan sonra slaytlar cihaza yüklenerek identifikasyon sonuçları değerlendirildi. Bulgular: E. coli suşlarında %80, K. pneumoniae suşlarında %100, A. baumannii suşlarında %66, E. cloacae suşlarında %50, S. aureus suşlarında %66, S. epidermidis suşlarında %66, S. hominis suşlarında %50, S. haemolyticus suşlarında %25, E. faecalis suşlarında %100 koloniden identifikasyon ile uyumlu sonuç elde edilmiştir. Bu sonuçlar doğrultusunda gram negatif bakterilerde %80 uyumlu sonuç görülürken; gram pozitif bakterilerde %45 uyumlu sonuç görülmüştür Sonuç: MALDI-TOF MS ile pozitif kan kültürlerinden yapılan direkt identifikasyon sonucunda gram-negatif bakterilerde %80 başarı elde edilirken farklı yöntemler denenmesine rağmen gram-pozitif bakterilerde bu oran %45 olmuştur. Bu konuda özellikle gram-pozitif bakteriler için geniş ve kapsamlı çalışmalara ihtiyaç vardır. Anahtar Kelimeler: sepsis, kan kültürü, direkt identifikasyon, MALDI-TOF MS,

Sakarya ilinde izole edilen onikomikoz etkenlerinin octenidin dihidroklorid ve hipokloröz asite duyarlılıklarının belirlenmesi

GİRİŞ VE AMAÇ: Bu çalışmada Sakarya ilinde izole edilen onikomikoz etkenlerinin Octenidin Dihidroklorid ve Hipokloröz Asite duyarlılıklarının agar dilüsyon, tüp dilüsyon ve akış sitometrisi ile incelenmesi amaçlanmıştır. GEREÇ VE YÖNTEM: Çalışmada kültür koleksiyonunda bulunan onikomikoz etkeni olan dermatofitlerin (Trichophyton, Microsporum, Candida vb.) ve ikincil etken olan Aspergillus niger ve Fusarium soloni'nin çalışmaya hazır hale getirmek için SDA besiyerinde kültürü yapılmışır. Türlerine göre isimlendirmek için MALDI-TOF MS kullanılmıştır. Üreme olan plaklardaki dermatofitlerin Oktenidin Dihidroklorür (OCT-D), Hipokloröz Asit (HOCl) ve Terbinafin için minimum inhibitör konsantrasyon (MİK) değerleri agar dilüsyon yöntemi ve Avrupa Antimikrobiyal Duyarlılık Testi Komitesi (EUCAST) tarafından belirtilen sıvı mikrodilüsyon yöntemi referans alınarak tüp dilüsyon yöntemi ile belirlenmiştir. MİK değerlendirmelerinden sonra minimum fungisidal konsantrasyon (MFK) değerlendirilmiştir. MFK sonuca göre OCT-D, HOCl ve Terbinafin'in fungisidal etkisinin incelenmesi için SYTO 9 ve PI boyaları kullanılarak akış sitometrisi analizi yapılmıştır. BULGULAR: Onikomikoz etkenleri üzerinde yapılan antifungal duyarlılık testlerinin sonucunda agar dilüsyon testi için yaklaşık MİK değeri OCT-D, HOCL ve Terbinafin için sırası ile 250 mg/l, 128 mg/l ve 0,064 mg/l olarak bulunmuştur. Tüp dilüsyon testinin sonucunda yaklaşım MİK değerleri OCT-D, HOCL ve Terbinafin için sırası ile 62,5 mg/l, 64 mg/l ve 0,032 mg/l olarak bulunmuştur. Akış sitometrisi ile yapılan canlılık analizleri neticesinde ise tüp dilüsyon testi kullanılarak bulunan değerlerin daha tutarlı olabileceği görülmüştür. SONUÇ: OCT-D ve HOCl'nin ticari olarak satılmakta olan konsantrasyonlarının çok daha altında MİK değerlerine sahip olması ve öldürücülük oranlarının fazla olmasından dolayı yapılacak olan testler ile topikal tedavi için güçlü bir alternatif olabileceğini düşündürmektedir.

Karbapenem dirençli enterik bakterilere yeni antibiyotiklerin in vitro etkinliği

GİRİŞ VE AMAÇ: Karbapenem dirençli Enterobacterales tedavisinde yeni ve etkili antibiyotiklere ihtiyaç duyulmaktadır. Bu çalışmada yeni bir siderofor sefalosporin olan sefiderokolün Klebsiella pneumoniae (K.pneumoniae) ve Escherichia coli (E.coli) suşlarına in vitro etkinliği araştırılmıştır. GEREÇ VE YÖNTEM: Daha önce klinik örneklerden izole edilmiş, Karbapenemazlardan OXA-48, NMD, KPC, VIM, IMP, (genişlemiş spektrumlu beta laktamaz (GSBL)'lardan CTX-M-1, CTX-M2, CTX-M9, CTX-M8/25, TEM, SHV, OXA-1-benzeri, PER, VEB, GES ve AmpC'lerden FOX, MOX, DHA, CIT, EBC, DHA enzimlerinin varlığı multipleks ve monopleks PZR temelli yöntemlerle, efluks-aracılı direnç ise karbonil siyanid m-klorofenil hidrazon (CCCP) yöntemiyle fenotipik olarak araştırılmıs, 50 E. coli ve 50 K. pneumoniae izolatı ve Gene-Xpert yapılarak karbapenem direnç genlerine (VIM, NDM, OXA-48, KPC, IMP) bakılmış ve boncuklu besiyerinde saklanmış 21 K. pneumoniae olmak üzere toplamda 121 suş çalışmaya dahil edilmiştir. Sefiderokol antimikrobiyal duyarlılık testinin sınuçları, EUCAST kılavuzuna göre değerlendirilmiştir. Antimikrobiyal duyarlılık testinin gerçekleştirildiği demir uzaklaştırılmış katyon ayarlı Mueller Hinton Broth besiyeri, CLSI önerileri doğrultusunda şelatlayıcı reçine ile manyetik karıştırıcıda 6 saat inkübe edilerek hazırlanmıştır. BULGULAR: Tüm izolatlarda karbapenemaz genleri mevcuttur. Çalışmaya dahil edilen toplam 121 izolatın 51'inde (% 42) sefiderokole direnç belirlenmiş olup karbapenem dirençli (KD) E. coli izolatlarının 25'i (% 50), KD K. pneumoniae izolatlarının ise 26'sı (% 36,61) sefiderokole dirençli bulunmuştur. Sefiderokol direnci E. coli izolatlarında K. pneumoniae izolatlarına göre daha yüksek saptanmıştır. SONUÇ: Sefiderokol, K. pneumoniae ve E. coli'ye tüm suşlar için toplamda % 57 (121/70) oranında etkilidir. Ancak CLSI kılavuzuna göre değerlendirildiğinde bu oran % 74'e yükselmektedir. Çalışmamızda bulunan suşlar birçok β- laktamaz genini de birlikte taşımaktadır. Bu nedenle KD suşların neden olduğu ciddi enfeksiyon durumlarında sefiderokolün önemli bir antimikrobiyal tedavi olabileceği yorumu yapılmıştır. Anahtar Kelimeler: Sefiderokol, K. pneumoniae, E. coli, Antibiyotik direnci, Siderofor

İnhale steroid ilaç kullanan hastaların ağız sürüntüsü örneklerinde maya mantarların araştırılması

Giriş ve Amaç: Ağız boşluğu dış ortam ile sürekli temas durumundadır ve bebeklikten itibaren enfeksiyon etkenleriyle kolonize olmaktadır. Candida türleri insan mikrobiyotasında bulunan mikroorganizmalardır, fakat uygun koşullar oluştuğunda fırsatçı patojenler haline dönüşerek enfeksiyonlara sebep olabilmektedirler. Bu çalışmanın amacı; inhale steroid kullanan hastalarda maya kaynaklı enfeksiyon oranlarının, bu kişilerde izole edilen maya türlerinin çeşitliliğinin ve antifungal direnç oranlarının saptanmasıdır. Yöntem: İnhale steroid kullanan 51 hasta ve kontrol grubu olarak inhale steroid kullanmayan 30 sağlıklı kişi çalışmaya dahil edildi. Bakterilerin üretilmesi amacıyla Sabouraud Dekstroz Agar, Kanlı agar ve çikolata agar kullanıldı. İzole edilen maya mantarlarının tanımlanması amacıyla VITEK MS System (bioMérieux, Inc.), antifungal duyarlılık tespiti amacıyla VITEK 2 Compact System (bioMérieux, Inc.) kullanıldı. Bulgular: Çalışmaya katılan bireylerin %54,9 KOAH, %21,6 astım, %15,17) akciğer dışı hastalıklar, %3,9 dispne, birer tanesinin bronşektazi ve plörezi hastası olduğu saptandı. Çalışmada en sık izole edilen tür %75,8 ile C. albicans olarak saptandı. Diğer türler için oranlar %9,1 ile C. kefyr, %6,1 ile C. tropicalis ve C. glabrata saptanırken en az izole edilen türün ise %3 ile C. dubliniensis olduğu gözlendi. C. albicans suşlarının %28'inin, flukonazole ve vorikonazole dirençli olduğu saptandı. C. albicans suşlarının tamamı flusitozine karşı duyarlı olarak saptandı. C. glabrata suşlarının tamamı flukonazole orta duyarlı, diğer antifungallere duyarlı bulundu. C. kefyr, C. dubliniensis ve C. tropicalis suşlarının antifungallere duyarlı olarak belirlendi. Sonuç: Çalışmamızda oral kandidiyazdan sorumlu en sık etkenin C. albicans olduğu görüldü. En yüksek direnç oranı flukonazol ve vorikonazole karşı tespit edildi. Genel olarak antifungallere karşı anlamlı bir direnç paterni tespit edilmedi. Belirli hasta gruplarında uygun ve etkili antifungal tedaviyi seçmek ve direnç gelişimini izlemek amacıyla in vitro antifungal duyarlılık çalışmaları yapılmalıdır.

HBsAg pozitif kan donörlerinde hepatit delta varlığının değerlendirilmesi

İtalyan b3l3m 3nsanı Mar3a R3zzetto ve ek3b3 tarafından 1970'ler3n ortalarında keşfed3lm3ş olan Hepat3t Delta v3rüsü (HDV), 3nsanlara parenteral yolla bulaşan, Hepat3t B v3rüsü (HBV) varlığında Hepat3t B yüzey ant3jen3n3 (HBsAg) kullanarak karac3ğer hücreler3 3çer3s3nde çoğalab3len ve enfeks3yona neden olab3len küçük ve defekt3f b3r r3bonükle3k as3t (RNA) v3rüsüdür. İnsanlarda var olan HBV enfeks3yonu sonrası süperenfeks3yon veya HBV 3le aynı anda koenfeks3yon yaparak hastalık oluşmasına katkı sağlayab3l3r veya HBV'n3n oluşturduğu karac3ğer hasarını daha da ş3ddetlend3reb3l3r. Yapılmış olan bu çalışmada HBV varlığı HBsAg saptanması sonucu göster3lm3ş kan bağışçılarınının kanlarında HDV'n3n b3r bel3rtec3 olan Ant3-HDV'n3n taranması ve bu 3k3 v3rüsün b3rl3ktel3ğ3n3n araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmaya Ş3şl3 Ham3d3ye Etfal Eğ3t3m ve Araştırma Hastanes3 Kan Merkez3'ne kan bağışı yapmış donörler arasından HBsAg poz3t3fl3ğ3 saptanmış olan 88 bağışçının kan örneğ3 dah3l ed3lm3ş ve yarışmacı ELISA prens3pl3 t3car3 test k3t3 3le Ant3-HDV taraması yapılmıştır. Ant3-HDV S/Co değer3 şüphel3 çıkan k3ş3lerde 3se doğrulama amaçlı olarak reverse transkr3ptaz pol3meraz z3nc3r tepk3mes3 (RT PCR) metoduyla HDV RNA araştırılmıştır. Uygulanan tarama test3 sonucu tüm kan örnekler3nde Ant3-HDV nonreakt 3f (negat3f) olarak saptanmıştır. Bu test sonrasında sonucu negat3f olarak yorumlansa da okuma değer3 poz3t3fl3k sınırına yaklaşmış olan değerler şüphel3 olarak kabul ed3lm3ş ve HDV RNA test3yle doğrulama 3şlem3ne tab3 tutulmuştur, fakat bu doğrulama test3nde de tüm örneklerden negat3f sonuç alınmıştır. Bu çalışmaya dah3l ed3len örneklerde tüm sonuçlar negat3f bulunsa da HDV'n3n kanla bulaşab3len b3r etken olduğunun göz önüne alınması ve özell3kle HBV poz3t3fl3ğ3 bulunmuş k3ş3lerde HDV taramasının da yapılmasının ülkem3zde endem3k b3r hastalık olan HDV'n3n seroprevalansında öneml3 b3r etk3s3 olacağı düşünülmekted3r. Anahtar Kelimeler: Hepatit B, Hepatit Delta, Kan Bankacılığı, Viral Hepatit

Metisilin dirençli staphylococcus aureus (MRSA)'larda daptomisin ve linezolid direncinin retrospektif olarak değerlendirilmesi

Hastane kökenli ve de toplum kökenli en önemli infeksiyon etkenlerinden biri de bilinmektedir ki Staphylococcus aureus bakterisidir. Ciddi infeksiyonlara neden olan bu bakteri, deri ve yumuşak doku infeksiyonlarına, bakteriyemiye, solunum sistemi infeksiyonlarına, üriner infeksiyonlara neden olmaktadır. MRSA infeksiyonlarında uzun yıllar vankomisin antibiyotiği başarılı bir şekilde kullanılmıştır. 1996 senesinde ise ilk defa vankomisine orta duyarlılık gözlenmiştir. Bir yıl sonra da Japonya'da ilk vankomisin dirençli S.aureus'un heterojen izolatı tanıtılmıştır. MRSA suşları bilinmektedir ki bütün β-laktam grubu antibiyotiklere dirençlidir. Aminoglikozid, tetrasiklin, linkozamid, kinolon gibi antibiyotiklere de direnç gösterirler. Son yıllarda glikopeptidlere de direnç geliştiği görülmektedir. Dolayısıyla daptomisin, linezolid, tigesiklin gibi antibiyotiklerin de tedavide kullanımı başlamıştır. Görülmektedir ki S.aureus bakterisi kazanmış olduğu dirençler ile yeni yeni birçok antibiyotik arayışına götürmektedir. Biz de bu çalışmamızda, Afyonkarahisar Sağlık Bilimleri Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesinde 2012/2015 yılları arasında görülen MRSA suşlarının daptomisin ve linezolid antibiyotiklerine olan direnç durumlarını retrospektif olarak değerlendirilmesini amaçladık. Geçmişe yönelik olarak çalıştığımız bu bakteri suşlarından MRSA olarak tanımlananların, hangi klinik ve yoğun bakımdan, hangi klinik materyalden, hangi cinsiyetteki hastalardan izole edildikleri ve daptomisin ve linezolid antibiyotiklerine olan direnci incelendi. Toplamda 618 hasta çalışılmıştır. Bu 618 hastadan 130 tanesinde MRSA gözlemlenmiştir. Bu MRSA suşları 26 klinik ve yoğun bakımdan gelen numunelerdendir. Diğer 488 hastadan alınan numuneler ise çeşitli stafilokok türleridir. Buna göre MRSA'nın diğer etkenlere göre görülme durumu % 21,035 olarak hesaplanmıştır. Bu numunelerden MRSA durumları ise; 2 apse, 3 balgam, 2 burun, 1 diyabetik ayak, 1 doku, 9 idrar, 53 kan, 1 kulak, 26 trakeal aspirat ve 32 yara şeklindedir. MRSA görülen 130 hastadan 83 tanesi erkek, 47 tanesi kadın hastadır. Buna göre %63,84 erkek, %36,15 kadın hasta profili görülmüştür. 130 hastada görülen MRSA üzerinde yapılan çalışmada 4 tanesinde Linezolid dirençliyken 126 tanesinde duyarlı görülmüştür. 77 tanesinde daptomisin dirençliyken 53 tanesinde duyarlı görülmüştür. Daptomisin duyarlı olan 53 hastada aynı zamanda linezolid de duyarlıdır. Linezolid dirençli olan 4 hastada ise aynı zamanda daptomisin de dirençli görülmüştür. Daptomisin ve Linezolid antibiyotiklerinin her ikisine de dirençli olan 4 hastaya ait numunelerden 1 tanesi yara, 3 tanesi de kan numunesidir.

Gram negatif basillerde indüklenebilir beta laktamaz (ıbl) aktivitesinin ve antibiyotiklere direnç profilinin araştırılması

Amaç: Bu çalışmada; kliniklerde yatan hastalardan izole edilen Gram negatif basillerin indüklenebilir beta-laktamaz aktivitelerini belirlemek ve antibiyotik direnç profilini ortaya çıkarmak amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Bu çalışmada Afyonkarahisar Sağlık Bilimleri Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi' nin farklı kliniklerinde tedavi olan hastalara ait idrar, kan, balgam, beyin omurilik sıvısı (BOS), yara yeri ve abse lavajından alınan kültür örnekleri steril şartlarda hastadan alınıp, laboratuvar şartlarında çalışma gününe kadar -80 °C'de muhafaza edilen izolatlar sıvı buyyon besi yerinde 37°C etüvde 48 saat enkübe edilerek canlandırıldı. Canlandırılan bakteriler Gram boyama yöntemi uygulandı. Gram negatif görünümündeki örnekler kanlı agar, çikolata agar, EMB agar ve saboroud dekstroz agar besiyerlerine ekimleri yapılan bakteriler, 37°C etüvde 16-24 saat enkübe edildi. EMB agar besiyerinde üreyen bakteriler çalışmaya dahil edildi. EMB agar besiyerinde üreyen suşların, VITEK-2 tam otomatize cihazı ileri biyokimyasal testlerini 4-6 saatte yaparak identifikasyon sağlandı.Aynı cihaz 16-24 saat içerisinde çalışmaya dâhil edilen P. aeruginosa, E.cloacae complex, P. mirabilis, S.marcescens, M.morganii, S.liquefaciens group ve P.rettgeri türü basillerin antibiyotik duyarlılık sonuçlarını otomatik olarak vermiştir. İndüklenebilir Beta-laktamaz araştırması için ise Müeller-Hinton agara ayrı ayrı ekimleri yapılmıştır. İndükleyici ajan olarak imipenem (10 μg) kullanılmış ve disklerin aralarındaki uzaklık 20 mm olacak şekilde besiyerinin yüzeyine yerleştirilmiştir. Bulgular: Çalışmaya dâhil edilen 104 izolatın 92 tanesinde indüklenebilir beta-laktamaz aktivitesi tespit edilmiştir. Beta-laktamaz aktivitesi en fazla olan bakteri türü P.aeruginosa, en azbeta-laktamaz aktivitesi olan ise S.marcescens olarak tespit edilmiştir. P.aeruginosa türü bakteri en çok PIP/Tazo'ya, S.marcescens türü bakteri kolistin' e, P.mirabilis türü bakteri ampisilin, sefrazidim, seftriakson, sefuroksim ve sefuroksim-aksetil' e, E.cloacae complex türü bakteri ampisilin, sefoksitin ve amoxicillin' e, diğer türler de ampisilin, kolistin, amoxicillin, sefuroksim ve sefuroksim-aksetil' e direnç göstermiştir. P.aeruginosa türü bakteri en çok cerrahi kliniklerde, S.marcescens ve P.mirabilis türü bakteriler dâhili kliniklerde, E.cloacae complex türü bakteri pediatri kliniğinde yatan hastalardan izole edilmiştir.

Pseudomonas aeruginosa ve acinetobacter baumannii izolatlarında imipenem-edta/meropenem-edta disk yöntemi ve motifiye hodge testi ile metallo beta-laktamaz varlığının araştırılması

Metallo beta-laktamaz (MBL)'lar aztreonam dışında karbapenemler de dahil olmak üzere tüm betalaktam grubu antibiyotikleri hidrolize ederler. Antibiyotiklerdeki direncin yayılmasını sınırlamak ve tedaviye yön vermek amacıyla karbapenem direnç tiplerinin tespit edilmesi gerekmektedir. Bu çalışmanın amacı, giderek artan imipenem ve meropenem dirençli Pseudomonas aeruginosa ve Acinetobacter baumannii klinik izolatlarında MBL üretimini iki farklı fenotipik yöntem kullanarak incelenmesidir. Karbapenem dirençli 54 A.baumannii ve 40 P.aeruginosa klinik suşlarına MBL tespiti için Kombine disk difüzyon testi(KDDT) ve Modifiye Hodge testi(MHT) uygulanmıştır. KDDT: 0.5 McFarland bakteri süspansiyonu müller hinton agara ekildi. İki imipenem diski (10μg) aralarında en az 22 mm olacak şekilde besiyeri yüzeyine yerleştirildi, imipenem disklerinden bir tanesinin üzerine 10 μl EDTA eklendi. Aynı yöntem meropenem/EDTA için de uygulandı. İmipenem ve meropenem diskleri zon çapları, EDTA'lı disklerin zon çaplarından 7 mm'den daha az ise pozitif kabul edildi. MHT: Müller Hinton Agar besiyerine E.coli ATCC 25922 standart suşu yayıldı, meropenem 10 μg diski plağın ortasına yerleştirildi. İzolatlar imipenem diskinden perifere doğru ekildi. Duyarlılık zon çapının yonca yaprağı şeklinde bozulması durumunda test pozitif kabul edildi. Bu çalışmada, 40 P.aeruginosa suşunun 5 (%12.5)'i MHT ile, 21 (%52.5)'i imipenem/EDTA disk testi ile 23 (% 57.5)'ü meropenem/EDTA disk testi ile pozitiflik verdi. 54 A.baumannii suşunun 43 (% 84.3)'ü MHT ile, 35 (% 68.6)'i imipenem/EDTA disk testi ile 46 (% 90.2)'sı meropenem/EDTA disk testi ile pozitiflik olarak tespit edildi. Çalışmamızdaki KDDT ve MHT ile elde edilen MBL oranları ülkemizde ve yurt dışında yapılan çalışmalar ile uyumlu bulunmuştur. Sonuç olarak, antibiyotiklere karşı hızla gelişen direnç probleminin önüne geçebilmek için yöresel olarak antibiyotik duyarlılık profilleri belirlenmeli ve direnç yayılımını önlemek için MBL varlığı birden farklı yöntemle taranmalıdır. A.baumannii ve P.aeruginosa'nın etken olduğu enfeksiyonların tedavisinde antibiyotik duyarlılık test sonuçlarına göre antibiyotik reçete edilmelidir. Anahtar Kelimeler: Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter baumannii, Metallo beta-laktamaz

Enterobacteriaceae üyelerinde plazmid aracılı (mcr-1, mcr-2) ve kromozomal kolistin direnç genleri (phop/phoq, pmra/pmrb) varlıklarının araştırılması

Çoklu ilaç direnci gösteren Gram negatif bakterilerin global yükselişi, hasta güvenliği için artan bir tehdit oluşturmaktadır. Son dekatta, karbapenemlere dirençli Enterobacteriaceae (CRE) hastane enfeksiyonlarında, özellikle yoğun bakım ünitelerindeki en önemli patojenlerden biri olmuştur. CRE, aminoglikozitler, florokinolonlar, sefalosporinler ve karbapenemler gibi çoklu antibiyotik direnci gösteren bakterilere karşı tedavinin seçilmesinde sorun yaratmaktadır. Geniş spektrumlu antimikrobiyal aktiviteleri olan polimiksinlere ait olan kolistin, CRE'in neden olduğu enfeksiyonların tedavisi için kullanılabilecek son seçenek antimikrobiyal ajanlardan biri olmuştur. Kolistinin kullanılmasıyla birlikte kolistin dirençli bakteri prevalansının da arttığı görülmektedir. Birçok bakteriyel patojen, özellikle de K. pneumoniae, çeşitli antibiyotiklere yapısal olarak direnç göstermektedir. 2015 yılına kadar, polimiksin dirençli genlerin kromozomal iki-bileşenli sistemler pmrA/pmrB, phoP/phoQ ve negatif düzenleyici mgrB geninin kodlanması aracılığı ile olduğu bilinmekteydi. Ancak Kasım 2015'te ilk plazmid aracılı kolistin direnç geni mcr-1 tanımlanmıştır. 2016'da mcr-1 geninin hayvanlardan insanlara bulaştığı tespit edilmiş ve takip eden süreçte diğer mcr genlerinin varlıklarının ortaya konulması ve hızla yayılması soruna farklı bir boyut kazandırmıştır. Direncin önlenmesinde, bir antibiyotiğe karşı geliştirilen direncin doğru tanımlanması ve moleküler mekanizmaların bilinmesi oldukça önemlidir. Bu çalışmada, Enterobacteriaceae üyelerinde plazmid aracılı mcr-1 ve mcr-2 ile kromozomal kaynaklı direnç genlerinin (phoP/phoQ, pmrA/pmrB) varlıklarının araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmaya dahil edilen izolatlarda pmrA, pmrB, phoP ve phoQ genlerinin ekspresyon seviyelerinde, dirençli suşlarda duyarlı suşlara oranla anlamlı bir artış saptanmamıştır. Bunun yanı sıra plazmit aracılı direnç mekanizmalarından olan mcr-1 geni varlığına rastanmamışken, 2 adet K.pneumoniae suşunda ise mcr-2 geni tespit edilmiştir. Anahtar Kelimeler: Klebsiella pneumoniae, kolistin, mcr-1, mcr-2, pmrA/B, phoP/Q

E.coli ve klebsiella spp. suşlarında genişlemiş spektrumlu beta laktamazların 3 farklı yöntem ile araştırılması

E. coli K. pneumoniae suşlarında genişlemiş spektrumlu beta laktamazların farklı Yöntemlerle Araştırılması Amaç: Afyonkarahisar Sağlık Bilimleri Üniversitesi Tıp Fakültesi Araştırma ve Uygulama Hastanesinde hastalardan izole idilen E. coli K. pneumoniae suşlarında genişlemiş spektrumlu beta laktamazların Kombine Disk Yöntemi, Çift Disk Sinerji Yöntemi ve Üç Boyutlu Test Yöntemleri ile tespiti amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Çalışmamızda hastalardan izole edilen 125 E. coli ve 25 K. pneumoniae suşlarına 3 yöntem uygulanmıştır. Suşlar konvansiyonel yöntemlerle tür düzeyinde tanınmıştır. Çift disk sinerji yöntemi ile GSBL üretimini 125 E. coli izolatı için 85 (%68,00) ve 25 K. pneumoniae izolatı için 9 (%76,00), üç boyutlu test ile E. coli için 125 izolatta 105 (%84,00) K. pneumoniae için de 25 izolatta 17 (%68,00), kombine disk difüzyon yöntemi ile E. coli için 125 izolatta 77 (%61,60) K. pneumoniae için 25 izolatta 17 (%68,00) tespit edilmiştir. Enterobacteriaceae suşlarında farklı direnç genleri sebebiyle fenotipik yöntemlerle GSBL saptanması genellikle yanlış sonuçlara neden olmaktadır. Çalışmamızda E. coli izolatları için fenotipik yöntemlerden, üç boyutlu test , K. pneumoniae izolatı için ise çift disk sinerji yöntemi en yüksek GSBL saptama yöntemi olarak bulunmuştur. Çalışmamızın sonucuna göre moleküler testler ile fenotipik testlerin bir arada çalışılması önerilmektedir. şartlarına uygun olmayan merkezlerde GSBL araştırılmasında en etkili yöntem E. coli için üç boyutlu test , K. pneumoniae için çift disk sinerji testi uygulanmalıdır.

Ocak 2014- ocak 2019 arasında gebelerde toksoplazmozis seropozitivitesinin araştırılması ve ıgm pozitifliği tespit edilenlerde klinik takip ve sonuçları

Ocak 2014-Ocak 2019 Arasında Gebelerde Toksoplazmozis Seropozitivitesinin Araştırılması ve IgM Pozitifliği Tespit Edilenlerde Klinik Takip ve Sonuçları Bu çalışmada Afyonkarahisar Sağlık Bilimleri Üniversitesi Tıp Fakültesi Kadın Hastalıkları ve Doğum Anabilim Dalı ve Enfeksiyon Hastalıkları Anabilim Dalı'na başvuran gebelerin Toksoplazma gondii etkeni ile karşılaşma durumlarının araştırılması ayrıca klinik ve laboratuvar bulguları ile Toksoplazmozis ön tanısı alan gebelerde enfeksiyonun takibi ve bebeklerinde konjenital toksoplazma enfeksiyonu varlığının değerlendirilmesi amaçlandı. Ocak 2014-Ocak 2019 tarihleri arasında normal gebelik takibi amacıyla 15-49 yaş arasındaki 4231 gebenin T. gondii enfeksiyonuna ilişkin klinik ve laboratuvar bulguları ile akut toksoplazma şüphesi ile tedavi alanların fetüs ve yenidoğanlarının enfeksiyona ilişkin durumlarını gösterir kayıtlar değerlendirildi. ELISA yöntemi kullanılarak toksoplazma IgG ve toksoplazma IgM seropozitiflikleri ve IgG avidite sonuçları tespit edildi. Çalışmaya dahil edilen bütün gebeler incelendiğinde toksoplazma IgG ve toksoplazma IgM için seropozitiflik oranları sırasıyla %25.5 ve %2.3 olarak saptandı. Yaş arttıkça toksoplazma IgG ve IgM prevalansının arttığı saptandı. Otuz dokuz gebede avidite test sonucu düşük, 9 gebede avidite sonucu orta ve 50 gebede yüksek avidite olarak saptandı. Düşük ve orta avidite değerlerine sahip tüm gebeler ile yüksek aviditeye sahip elli gebeden reaktivasyon düşünülen on beşi olmak üzere toplam 63 gebe tedavi grubunu oluştururken yüksek avidite değerleri saptanan 35 gebeye tedavi başlanmayarak gebelik sonuna kadar izlendi. Tedavi alan gebelerin 45 (%71.4)'i tedaviye uyum gösterirken 18 (%28.6)'i tedaviye uyum sağlamadı. Tedavi uyumlu gebelerin fetüs veya yenidoğanlarının alttı (%13)'sı IUGG ve/veya abortus ile neticelendi. Buna karşın tedavi uyumsuz gebelerin fetüs veya yenidoğanlarının 8 (%44.4)'i IUGG ve/veya abortus ile sonuçlandı. Gebelerin yapılan ultrasonografik incelemesinde 13'ünde IUGG, ikisinde plasental değişiklikler, birinde bağırsak anomalisi, dördünde kardiyak ritim bozukluğu, birinde perikardiyal efüzyon, ikisinde kardiyak anomali, dördünde hidrosefali, ikisinde spina bifida, ikisinde meningomyelosel, ikisinde ventrikülomegali saptandı. Sonuç olarak düşük veya ölü doğumlara sebep olabilen Toksoplazma gondii etkeninin bölgemizdeki gebe hastalarda halen önemini koruyan sağlık sorunları arasındadır. Serolojik yöntemlerin bu enfeksiyonların teşhisinde ve IgG avidite testi yapılarak şüpheli durumların netleştirilmesinde hekime yol gösterici bir yöntem olabileceğini düşünmekteyiz. Bununla beraber toksoplazma enfeksiyonu sonucunda IgM pozitifliğinin ve düşük avidite değerlerinin uzun süre devam edebilmesi gebelik döneminde akut toksoplazmozun ekarte edilebilmesini güçleştirdiği için serolojik olarak IgM ve IgG ile beraber aviditenin değerlendirilmesi doğru tanı açısından önemlidir. Anahtar Kelimeler: Toksoplazmozis, Seroprevalans, Toksoplazma gondii, Avidite, Spiramisin

COVİD- 19 pandemisi döneminde solunum yolu enfeksiyonuna neden olan etkenlerin araştırılması

Solunum yolu enfeksiyonları tüm dünyada önemli bir morbidite ve mortalite nedenidir. Özellikle pandemi potansiyeli olan etkenlerin yakından izlenmesi olası pandemilerin erken tanısı ve kontrolü için önemlidir. 2019 yılının sonunda tanımlanan SARS CoV 2 etkeni ve neden olduğu COVID-19 pandemisinin ilk başlangıcı da ILI sürveyansı sırasında vaka sayısında görülen artış ile ortaya çıkmıştır. Yeni tanımlanan bir virüs olması nedeniyle SARS CoV-2 ve COVID-19 pandemisinin diğer solunum yolu virüsleri ile birlikteliği ve bu virüslerin yıl içindeki aktivitesine olan etkisi araştırılmaktadır. Bu çalışmada COVID-19 pandemisi döneminde benzer klinik semptomları olan hastalarda şiddetli akut solunum sendromu koronavirüs 2 (SARS CoV-2) ile solunum yolu enfeksiyonlarının gelişmesine en sık neden olan virüslerden, İnfluenza A/İnfluenza B; İnfluenza A H1/H3/H5/H7; İnsan MetapneumoVirüs (HMPV), İnsan respiratuar sinsityal virüsü (HRSV) A / B, İnsan rinovirüsü (HRV); İnsan bocavirüsü (HBoV); İnsan enterovirüsü (HEV), İnsan parechoVirüs (HPeV), İnsan adenovirüsü (AV), İnsan koronavirüsü (HCoV) HKU/NL63/OC43/229E; Parainfluenza (PIV) 1/2/3/4 virüslerinin eş zamanlı olarak varlığı araştırıldı. Aralık 2020-Nisan 2021 tarihleri arasında Afyonkarahisar Sağlık Bilimleri Üniversitesi Tıp Fakültesi klinik ve polikliniklerinde viral solunum yolu infeksiyonu ön tanısı konulan 0-90 yaş arasında 100 hastadan alınan nazofaringeal sürüntü örnekleri multipleks tek basamaklı ters transkripsiyon polimeraz zincir tepkimesi (Multiplex RT qPZR) yöntemi ile incelendi. Çocuk hastalardan alınan 50 örneğin ikisinde (%1) SARS-CoV-2 ve birinde (HCoV) OC43 pozitif olarak saptandı. Erişkin hasta grubunda 14 örnek (% 28) SARS-CoV-2 pozitif olarak saptanırken diğer solunum yolu virüsleri saptanmadı. Mevsimsel grip sezonu aktivitesinin ve COVID-19 vakalarının yüksek olması beklenen bir dönemde yapılan çalışmada, SARS CoV-2 virüsü ve diğer solunum yolu virüslerinin düşük oranda saptanması, bu sonuçlara COVID-19 pandemisi için alınan kişisel önlemlerin ve karantina önlemlerinin etkili olduğu şeklinde yorumlandı. SARS CoV-2 aktivitesinin ve mevsimsel influenza ile diğer solunum yolu virus aktivitelerine olan etkisinin önümüzdeki yıllarda yakından takip edilmesi gerektiği düşünüldü.

Karbapenemaz üreten klebsıella spp. suşlarında oxa-48-lıke genlerinin araştırılması

GİRİŞ VE AMAÇ: Son yıllarda karbapeneme dirençli Enterobacteriaceae izolatlarının dünya genelinde giderek arttığı bilinmektedir. Bu çalışmanın amacı, OXA-48 benzeri karbapenemaz üreten Klebsiella pneumoniae izolatlarında OXA-232, OXA-181, OXA-162, OXA-204, OXA-244, OXA-163, OXA-245 gen bölgelerini tespit etmektir. GEREÇ VE YÖNTEM: Çalışmamız için kullanılan izolatlar, SEAH Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı kültür koleksiyonundan alınmıştır. İdentifikasyon ve antibiyotik duyarlılık analizleri VITEK 2 otomatize sistemi ile değerlendirilmiştir. Karbapeneme dirençli olan izolatların karbapenemaz üretimleri Modifiye Hodge Testi ile saptanmıştır. Her bir suşa ait MİK (Minimum İnhibitör Konsantrasyonu) değerleri sıvı mikrodilüsyon yöntemi ile belirlenmiştir. Daha sonra bu izolatlardan, Real time PCR (qPCR) yöntemi ile OXA-48 gen bölgesini içerenler tespit edilmiştir. Sonrasında High Resolution Melting Analysis (HRMA) yöntemi ile OXA-48 varyantları olduğundan şüphelenilen suşlar hangi varyant olduğunu tespit etmek için Sanger dizi analizi yöntemi ile irdelenmiştir. BULGULAR: Karbapenemaz üreten K. pneumoniae suşlarında imipenem için VITEK 2 ve mikrodilüsyon yöntemi arasında %82, meropenem için %77, ertapenem için %90 uyum saptanmıştır. qPCR yöntemi ile 100 K. pneumoniae suşunun 45 tanesinde OXA-48 gen bölgesi pozitif olarak tespit edilmiştir. OXA-48 varyantlarını belirlemek için PCR ile pozitif bulunan 45 suş HRMA metodu ile yorumlanmıştır. Sonrasında dizi analizi ile 41 suşun OXA-48/OXA-245 gen bölgelerini içerdiği, 2 suşun OXA-181 ve 2 suşun da OXA-244 gen bölgelerini içerdiği tespit edilmiştir. SONUÇ: Çalışmamız sonucunda OXA-48 pozitifliği %45 olarak bulunmuştur. Bu suşların da %4.4'ünün OXA-181, %4.4'ünün de OXA-244 bölgelerini içerdiği bulunmuştur. Ülkemizde OXA-48 varyantlarının geniş kapsamlı olarak irdelendiği ilk çalışma olması, epidemiyolojik çalışmalara katkı sağlaması, karbapenemaz tespiti ile ilgili yerli tanı kitlerinin yapımına zemin oluşturması, kliniklere doğru ve etkin sonuçların iletilmesi nedeniyle çalışmamız önem arz etmektedir.

Hastane içme ve kullanma sularının mikrobiyolojik analizi; Sakarya

GİRİŞ VE AMAÇ: Bu çalışmada hastane içme ve kullanma su ve sürüntü örnekleri mikrobiyolojik yönden incelenerek, hastane içme ve kullanma sularının hastalar ve hastane personeli sağlığı açısından risk oluşturup oluşturmadığı araştırıldı. GEREÇ VE YÖNTEM: Araştırmamızda 40 farklı içme ve kullanma suyu başlıklarından alınan su ve sürüntü örnekleri materyal olarak kullanıldı. Su örneklerinin mikrobiyolojik analizleri için membran filtrasyon yöntemi ve sürüntü örnekleri için tek koloni düşürme ekim yöntemi kullanıldı. Ayrıca çalışmada kullanılan besiyerlerinde üreyen mikroorganizmaların identifikasyonu MALDI-TOF MS (BioMerieux, Fransa) cihazı ile yapıldı. BULGULAR: Alınan su ve sürüntü örneklerinin kültürü neticesinde; koliform grubu bakteriler, E. coli, Enterokok ve Legionella spp. üremesi saptanmadı. İncelenen sürüntü örneklerinde MALDI-TOF MS ile identifiye edilen mikroorganizmaların üreme oranları sırası ile; % 22,5 Staphylococcus spp., % 5 Bacillus spp., % 10 Micrococcus luteus, % 10 Küf ve maya ve % 2,5 Pseudomonas oryzihabitans'tır. İncelenen su örneklerinde MALDI-TOF MS ile identifiye edilen mikroorganizmaların üreme oranları sırasıyla; %15 Staphylococcus spp., % 15 Bacillus spp., % 5 Acinetobacter spp., % 5 Delftia acidovorans, % 2,5 Ralstonia insidiosa, % 2,5 Pseudomonas aeruginosa, % 2,5 Corynobacterium durum, % 2,5 Shingonomas yonoikuyae ve % 2,5 Elizabethkingia meningoseptica şeklindedir. SONUÇ: Araştırmamzda hastanemiz içme ve kullanma sularının bakteriyolojik analizinde; patojen bakteri üremesi saptanmadığı ve ilgili yönetmeliklere uygun olduğu görüldü. Fakat hastanemiz içme ve kullanma suyu ve sürüntü örneklerinde fırsatçı patojen bakterilerin izole edilmesi önem arz etmektedir. Hastane içme ve kullanma sularında da periyodik olarak patojen veya fırsatçı patojenlerle ilgili mikrobiyolojik analizler yapılmalıdır. İmmün düşkün hastaların risk altında olabileceği akılda tutulmalı ve kısa süreli sonuç veren dezenfeksiyon işlemleri yapılmalıdır.

Karbapenemaz üreten enterobacterıaceae kökenlerinde çeşitli antibiyotik kombinasyonlarının in vitro etkinliklerinin araştırılması

Giriş ve Amaç: Karbapenemaz üreten Enterobacteriaceae kökenleri, karbapenem dirençli ve mortalitesi yüksek enfeksiyonlara neden olmakta ve her geçen gün bu bildirimlerin sayısı artmaktadır. Yeni antibiyotik çalışmalarının istenilen etkinlikte olmaması ve karbapenem gibi son seçenek ilaçlara karşı direnç gelişimi tedavideki alternatifleri oldukça daraltmıştır. Öyle ki endikasyon ve toksisite endişesi ile sık kullanılmayan tedavi rejimleri gündeme gelmiştir. Çalışmamızda, karbapenemaz üreten Enterobacteriaceae suşlarında etkili olabilecek antibiyotikler ve kombinasyonlarının in vitro etkinliği araştırılarak, tedavideki bu çıkmazlar için yol gösterici verilerin eldesi amaçlanmıştır. Bu doğrultuda karbapenemaz üreten Klebsiella pneumoniae suşlarında; aztreonam, avibaktam, apramisin, seftolozan/ tazobaktam ve kolistin gibi antibiyotikler ile bunların bazı kombinasyonlarının in vitro etkinliği araştırılmıştır. Gereç ve Yöntem: Sakarya Üniversitesi Eğitim ve Araştırma Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı'nda yapılan rektal sürüntü tarama kültürlerinden ve çeşitli klinik örneklerden izole edilen suşlar içerisinden karbapenem dirençli olup karbapenemaz ürettiği saptanan ve yaygın ilaca dirençli olan Enterobacteriaceae ailesine ait 38 K. pneumoniae suşu çalışmaya dahil edildi. Bakteri tanımlama ve antibiyotik duyarlılık çalışmaları VITEK 2® (bioMerieux, Fransa) otomatize sistemi ve broth mikrodilusyon yöntemi ile yapıldı. Karbapenemaz üretimi, fenotipik olarak Modifiye Hodge Testi ile genotipik olarak da real-time Polimeraz Zincir Reaksiyonu yöntemi (Gene Xpert Carba-R kiti, Cepheid, ABD) ile belirlendi. Suşların tümünde aztreonam+avibaktam kombinasyonu ve kolistin dirençli 26 suşta ise kolistin/apramisin kombinasyonu checkerboard yöntemi ile çalışıldı. Seftolozan/tazobaktam kombinasyonunun etkinliği gradiyent strip test (Liofilchem®, İtalya) ile belirlendi. Bulgular: Aztreonam ve avibaktam, tek başlarına tüm suşlarda yüksek MİK değerlerine sahip olup, tüm suşlar aztreonama dirençli saptandı. Buna rağmen aztreonam-avibaktam kombinasyonunun tüm suşlarda sinerjik etkinliğinin olduğu belirlendi. Aynı zamanda aztreonamın kombinasyon MİK değerlerinin EUCAST sınır değerine göre %94.7 oranda duyarlılık sınır aralığında olduğu gözlendi. Seftolozan/tazobaktam kombinasyonuna karşı sadece 2 suş duyarlı iken 36 suş dirençli bulundu. Apramisin tek başına, suşların 30/38'unda (%79) etkili iken 8 suş (%21) dirençli bulundu. Kolistin dirençli 26 suşun Checkerboard yöntemi ile yapılan sinerji çalışmasında kolistin ve apramisin kombinasyonu, suşların 4'ünde sinerjik (%15.3), 8'inde antagonist (%30.7), 14'ünde ise aditif (%54) etkili olarak tespit edildi. Sonuç: Aztreonam-avibaktam kombinasyonunun, metallo-beta-laktamaz da dahil olmak üzere karbapenemaz üreten K. pneumoniae suşlarında in vitro sinerjik etkinliğinin yüksek ve tedavide oldukça umut vaadedici olduğu görülmüştür. Kolistin dirençli suşlarda denenen kolistin/apramisin kombinasyonunun sinerjik etkinliği düşük bulundu. Buna rağmen apramisinin tek başına bu suşlarda düşük MİK değerlerine sahip olması, klinik araştırmalar ve tedavi için potansiyel oluşturmaktadır. Bu ilaçlar, kısıtlı tedavi seçeneklerine sahip olduğumuz karbapenenemaz üreten Enterobacteriaceae suşlarında yeni tedavi seçenekleri olabilir. Anahtar Kelimeler: Karbapenemaz üreten Enterobacteriaceae, Klebsiella pneumoniae, aztreonam-avibaktam, seftolozan/tazobaktam, apramisin, kolistin

Rosacea hastalarında bağırsak mikrobiyomunun metagenomik DNA profili

Giriş ve Amaç: Yeni nesil sekans analiz sistemlerinin kullanıma girmesi ile bağırsak mikrobiyomunun hemen hemen tamanını tespit etme olanağı sağlandığı için, mikrobiyomun öneminin daha iyi anlaşılmasına olanak sağlanmıştır. Yapılan çalışmalarda bağırsak mikrobiyomu diyabet, hipertansiyon, depresyon gibi birçok hastalıkla ilişkilendirilmektedir. Aynı şekilde diğer vücut bölgeleri için de kullanılan bu ileri teknoloji akne vulgaris, sedef hastalığı ve atopik dermatit gibi bazı dermatolojik hastalıkların patogenezini ortaya koymak için de kullanılmıştır. Dermatolojik hastalık mekanizmaları sadece deri mikrobiyomundan değil, aynı zamanda bağırsak mikrobiyomundan da etkilenmektedir. Kronik inflamatuar bir dermatoz olan rosacea hastalığının patofizyolojisi tam olarak aydınlatılamamış olup, tanısı klinik olarak konulabilmektedir. Bu çalışmanın amacı; rosacea hastalığı ile bağırsak mikrobiyomu arasındaki ilişkileri belirleyerek rosacea patogenezine ışık tutmak, yeni tanı ve tedavi yaklaşımlarına yardımcı olmaktır. Gereç ve Yöntem: Bilinen bir sistemik ve / veya dermatolojik hastalığı olmayan, 18-49 yaş aralığında olan, en az 4 hafta ve daha kısa süre antibiyotik, proton pompası inhibitörü ve / veya probiyotik, prebiyotik kullanmamış olan 20 rosacea tanılı gönüllü hasta ve aynı şartları taşıyan 10 sağlıklı gönüllü bu çalışmaya dahil edilmiştir. Gönllülere ilaç kullanımı dışında beslenme alışkanlıkları, sigara, alkol kullanımı sorularını kapsayan mini bir anket uygulanmıştır. Hastalardan steril olan numune kapları ile, taze gaita örneği hastane şartlarında alınmıştır. Tüm örneklerde Bristol dışkı skorlaması yapılmıştır. Toplanan gaita örneklerinden indikatör şeritleri ile (Merck, NJ, ABD) pH ölçümleri sonrası hasta ve kontrol grubundan alınan yaklaşık 1gram gaita örnekleri, stabilizasyon tamponuna (DNA/RNA Shield™ Collection Tube, Zymo Research, CA, ABD) konularak -20°C'de birkaç gün saklanmıştır. Daha sonra nükleik asit izolasyonu (ZymoBIOMICS DNA Mini kiti, Zymo Research, CA, ABD) yapılmıştır. Bakteriyel 16S ribozomal RNA (rRNA) geni hedef dizilemesi, universal bakteri 16S primerleri 16S rRNA geninin V3-V4 bölgesini hedefleyen 341f (CCTACGGGNGGCWGCAG) ve 805r (GACTACHVGGGTATCTAATCC) kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Final kütüphane Illumina MiSeq ile oluşturulmuştur. Uygun amplikon dizi tanımları ve düzenlemeleri yapılarak takson ve numunelerin hiyerarşik kümelenmesiyle taksonomik haritalar hazırlanmıştır. Biyoinformatik işlemlerden sonra istatistiksel analizler yapılmıştır (LefSe). Varsayılan ayarlarla (p < 0.05 ve LDA etki boyutu > 2) gruplar arasında önemli farklılık gösteren taksonlar belirlenmiştir. Bulgular: Rosacea tanılı hastaların, kontrol grubu olan sağlıklı gönüllülere göre gaita pH ortalamaları ve Bristol skorları daha yüksek bulunmuştur. 16S rRNA sekans analizleri sonuçlarına göre rosacea tanılı hastalarda sağlıklı kontrol grubuna göre düşük alfa çeşitlilik ve beta çeşitlilikte farklılık görülmüştür. Metagenomik DNA analizleri sonuçlarına göre rosacea hastalarında; Lachnospira, Lachnoclostridium, Roseburia ve Roseburia intestinalis daha yüksek oranda, sağlıklı gönüllülerde ise Prevotellaceae, Prevotella copri, Coriobacteriaceae, Desulfovibrio, Ruminococcaceae, Ruminococcus, Clostridiales, Clostridiales Family 13, Selenomonadales, Succinivibrio, Hungatella, Mollicutes, Butyricimonas virosa, Alisitipes, Oscillospira ve Erysipelotrichaceae gibi cins, tür, aile, takım bazında etkenler istatistiki olarak daha yüksek oranda saptanmıştır. Sonuç: Rosacea hastalığı ile bağırsak disbiyozisi arasında ilişki olduğu saptanmıştır. Bu çalışmada sağlıklı gruba göre rosacea hastalarında; Lachnospira, Lachnoclostridium, Roseburia ve Roseburia intestinalis daha yüksek oranda, Prevotellaceae, Prevotella copri, Coriobacteriaceae, Desulfovibrio, Ruminococcaceae, Ruminococcus, Clostridiales, Clostridiales Family 13, Selenomonadales, Succinivibrio, Hungatella, Mollicutes, Butyricimonas virosa, Alisitipes, Oscillospira ve Erysipelotrichaceae daha düşük oranda içerdiği tespit edilmiştir. Ancak literatürde rosacea ve bağırsak mikrobiyomu ile yapılmış çok az çalışma (sadece bir çalışmaya ulaşılabilmiştir) olduğu için öne çıkan mikroorganizların anlamlandırılabilmesi için daha çok sayıda ve daha fazla örnekleme sahip çalışamalara ihtiyaç vardır. Anahtar Kelimeler: Rosacea, bağırsak mikrobiyomu, 16S rRNA, Roseburia, yeni nesil sekans

HIV pozitif hastalarda hepatit E seroprevalansı

Giriş ve amaç: Hepatit E virüsü (HEV) enfeksiyonu genellikle akut kendi kendini sınırlayan bir hastalıktır, hematolojik malignitesi olan, kemoterapi gerektiren hastalarda ve HIV'li bireylerde hızla ilerleyen siroza ve kronik enfeksiyona neden olur. Bu çalışmada ülkemiz için bir ilk olduğunu düşündüğümüz HIV pozitif hastalarda HEV seroprevelansının araştırılması amaçlanmıştır. Gereç ve yöntem: Çalışmada Ekim 2017-Aralık 2018 tarihleri arasında HIV pozitifliği nedeniyle Sakarya Üniversitesi Eğitim Araştırma Hastanesi Klinik Mikrobiyoloji laboratuvarına başvuran hastaların serum örnekleri Anti-HEV IgG ve IgM açısından değerlendirilmiştir. Çalışma grubunu HIV enfeksiyonu olan 126 hasta oluşmuştur. Hastaların serum örneklerine ulaşarak öncelikle Anti-HEV IgG antikorları, Anti-HEV IgG pozitif saptanan hastalarda da Anti-HEV IgM ELFA (enzyme linked fluorescent assay) kitleri ile (bioMerıeux, Fransa) araştırılmıştır. Ayrıca hastaların kayıtları taranarak ALT, AST, CD4, CD8, HIV RNA viral yük değerleri ve Anti-HCV, HBsAg ve VDRL sonuçları değerlendirilmiştir. Bulgular: Çalışma grubunun 114'ü (%90.5) erkek, 12'si (%9.5) kadın olup yaş ortalaması 38.11 ± 13.32 (min: 18, max: 80) yıl idi. Çalışmada HIV pozitif hastalardan 5'inde (%4.0) Anti-HEV IgG pozitif saptanmıştır. Anti-HEV IgG pozitif hastalardan 1'inde HIV tanısı yeni olup diğer 4 hastanın ise HIV pozitifliği nedeniyle takipte olduğu tespit edilmiştir. Anti-HEV IgM ise hiçbir hastada pozitif olarak saptanmamıştır. Anti-HEV IgG pozitifliği olan hiçbir hastada Anti-HCV ve HBsAg pozitifliği yoktu. Çalışmada 77 (%61.1) hastada Anti-HAV IgG pozitif olup AntiHAV IgM ise tüm hastalarda negatifti. Anti-HCV pozitifliği 2 (%1.6) hastada, HBsAg pozitifliği 8 (%6.3) hastada, VDRL pozitifliği ise 18 (%14.3) hastada saptanmıştır. Anti-HEV IgG pozitif olan bireylerde ALT, AST, CD4 ve CD8, HIV Viral yük değerleri açısından istatistiksel anlamlı bir fark saptanamadı (Her biri için p>0.05). Sonuç: Çalışmada HIV pozitif bireylerde Anti-HEV IgG pozitifliği %4 saptanmış olup HIV-HEV birlikteliği olan hiçbir hastada HCV ve HBV ko-enfeksiyonu belirlenmemiştir. HEV enfeksiyonları, HIV ile enfekte kişiler arasında öncelikli ortaya çıkmaz ancak, belirsiz etiyolojili karaciğer anormallikleri olan HIV'li bireylerde HEV de araştırılmalıdır. Anahtar kelimeler: Hepatit E, HIV enfeksiyonu, seroprevalans

Hemovijilans hemşireliği ve transfüzyon güvenliğine katkısı

GİRİŞ VE AMAÇ: Hemovijilans, kan ve ürünlerinin elde edilmesinden son alıcıların takibine kadar bütün transfüzyon basamaklarını eksiksiz izleme prosedürüdür. Hemovijilansın ana hedefi, transfüzyonun güvenliğini arttırmaktır. Bu çalışmada Sakarya Eğitim Araştırma Hastanesi sağlık personelinin transfüzyon güvenliği hakkında bilgi düzeyi, eğitim sonrası değerlendirmeler ve hemovijilans hemşireliğinin transfüzyon güvenliğine katkısının irdelenmesi amaçlanmıştır. GEREÇ VE YÖNTEM: Çalışma, gerekli etik ve yasal izinler sonrası, Ocak-Temmuz 2018 tarihlerinde Sakarya Eğitim Araştırma Hastanesi'nde çalışmakta olan ve araştırmaya katılmayı kabul eden 432 sağlık personeli ile gerçekleştirilmiştir. Katılımcılara, transfüzyon güvenliği eğitimi öncesi ve eğitimi sonrası durumu değerlendiren literatürden yararlanılarak oluşturulmuş 20 soruluk bir anket uygulanmıştır. Veriler SPSS 20.0 istatistik paket programı kullanılarak değerlendirilmiştir. BULGULAR: Çalışma grubunu oluşturanların 329'u (%76.2) kadın, 103'ü (%23.8) erkek olup yaş ortalaması 29.1±8.7 yıl idi. Katılımcıların meslek dağılımına bakıldığında 48'i (%11.1) doktor, 256'sı (%59.3) hemşire ve 128'i (%29.6) diğer yardımcı sağlık personeli idi. Çalışanların meslekteki çalışma yılı ortancası 5.5 (1-43 yıl) iken bulunduğu klinikte çalışma yılı ortancası 2.0 (1-42 yıl) olarak bulunmuştur. Çalışma grubunun bilgi sorularından aldığı puan 1 ile 19 arasında değişirken ortalaması 9.7±4.2 olarak hesaplanmıştır. Çalışmada cinsiyet ile bilgi puan ortalamaları arasında anlamlı bir fark bulunmamıştır. Eğitim sonrası test grubunun bilgi puan ortalaması 13.3±5.2 olup eğitim öncesine göre anlamlı düzeyde yüksektir (p<0.001). SONUÇLAR: Çalışmalarda eğitimin etkisi net bir şekilde görülmekte olup transfüzyon güvenliğinin sağlanması ve reaksiyonların azaltılmasında ilgili sağlık personelinin farkındalığının arttırmasının önemi yadsınamaz. Ayrıca bu tür çalışmalarla sağlık çalışanlarında hemovijilans takibi ve transfüzyon güvenliğinin hangi süreçlerinde aksama olduğunun tespit edilerek o konuya yönelik çalışmalar yapılması faydalı olacaktır. Anahtar Kelimeler: Hemovijilans Hemşireliği, Kan Transfüzyonu, Transfüzyon Reaksiyonu, Transfüzyon Eğitimi, Transfüzyon Bilgi Düzeyi

Gastroenterit etkeni virüslerin immünokromatografik ve moleküler yöntemlerle saptanması

GİRİŞ VE AMAÇ: Bu tez çalışmasında Sakarya'da Rotavirus, Adenovirus ve Norovirus enfeksiyonunun tanısında immünokromatografik ve gerçek zamanlı PCR yöntemleri ile elde edilen sonuçlar analiz edilerek bu testlerin mukayesesi ve tanıdaki yerinin incelenmesi amaçlanmıştır. GEREÇ VE YÖNTEM: Hastanemize ishal şikayetiyle başvuran hastalardan alınan 84 örnek çalışmaya dahil edilmiştir. Bunlardan 67'si, immünokromatografik test (ICT) ile Rotavirus ve Adenovirus'tan en az biri pozitif örneklerdir. Rota/Adenovirus ve bakteri/parazit yönünden negatif bulunan 17 örnekte alınmıştır. Tüm örnekler mültipleks-RT-PCR yöntemi kullanılarak test edilmiştir. BULGULAR: ICT yöntemi ile 84 örneğin 62'si (%74) Rotavirus pozitif, 22'si (%26) negatif iken; 5'inde Adenovirus (%6) pozitif, 79'unda (%94) negatif bulunan örnekler idi. Tüm örneklerden yapılan gerçek zamanlı PCR analizlerinde; 49'unda (%58.5) Rotavirus pozitif, 35'inde (%41.5) negatif, 40'ında (%48) Adenovirus pozitif, 44'ünde (%52) negatif olarak tespit edilmiştir. Gerçek zamanlı PCR ile Norovirus için 11(%13) pozitif, 73(%87) negatif sonuç alınmıştır. Rotavirus ve Adenovirus için ICT ve PCR yöntemleri arasında anlamlı, orta ve düşük düzeyde uyum olduğu gözlenmiştir (Rotavirus-ICT/Rotavirus-PCR; r:0.540, p<0.001, Adenovirus-ICT/Adenovirus-PCR; r:0.264, p<0.016). RT-PCR referans yöntem kabul edildiğinde; Rotavirus ICT duyarlılığı; %93, özgüllüğü; %54.3, PPD;%74, NPD;%76.4 ve Adenovirus ICT duyarlılığı; %12.5, özgüllüğü; %100, PPD;%100, NPD;%55.7 olarak hesaplanmıştır. SONUÇ: Rotavirus ve Adenovirus için ICT ve gerçek zamanlı RT-PCR yöntemleri arasında anlamlı ve orta ve düşük düzeyde uyum olduğu saptanmıştır. ICT; ucuz, hızlı sonuç alınan, kullanışlı, pratik, donanım gerektirmeyen, küçük laboratuvarlara ve kitle taramalarına uygun bir testtir. Gerçek zamanlı PCR daha duyarlı ve özgül bir yöntem olsa da pahalı, daha yavaş, donanım gerektiren ve her laboratuvarda kullanılamayan bir yöntemdir. Anahtar kelimeler: Gastroenterit, Rotavirus, Adenovirus, Norovirus, PCR.

Çay ağacı ve portakal yağlarının antibakteriyel ve antifungal etkinliğinin araştırılması

GİRİŞ VE AMAÇ: Bu çalışmada çay ağacı ve portakal esansiyel yağlarının hem ayrı ayrı hem de bu iki yağ kombinasyonunun %10-100 aralığında 10 farklı dilisyon hazırlanarak bazı mikroorganizmalar üzerindeki antimikrobiyal etkinliğinin incelenmesi amaçlanmıştır. GEREÇ VE YÖNTEM: Çalışmada mikroorganizmalardan bakteri grubunda Escherichia coli ATCC 8739, Salmonella typhimurium ATCC 14048, Pseudomonas aeruginosa ATCC 9027, Staphylococcus aureus ATCC 6538, Bacillus subtilis ATCC 6633; patojen mantar grubundan ise Candida albicans ATCC 10231, Aspergillus brasiliensis ATCC 16404 kullanılmıştır. Bu çalışma için bakterilerde disk difüzyon yöntemi ve sıvı besiyeri makrodilisyon testi, mantarlarda ise yayma plak yöntemi kullanılmıştır. BULGULAR: Disk difüzyon testinde çay ağacı yağının tüm bakteriler üzerinde çalışılan dilisyonların neredeyse tamamında inhibisyon zonu oluşmuştur. Portakal yağı ve çay ağacı-portakal yağı kombinasyonunda zon oluşumu daha azdır. Yayma plak çalışmasında, çay ağacı esansiyel yağının %70 ve üstü konsantrasyonlarda daha iyi antifungal etki göstermiştir. Portakal yağında antifungal etki gözlenmemiştir. Portakal- çay ağacı yağı kombinasyonunun %60'lık konsantrasyonundan itibaren antifungal etki gözlenmiştir. Yapılan makrodilisyon testinde ise çay ağacı yağının MİK bulguları çalışılan tüm bakteriler %0,78 olarak, Portakal yağının ise E.coli'de % 25, S. aureus'da % 1,562'dir. Portakal-çay ağacı kombinasyonunun E. coli, S. typhimurium ve S. aureus üzerindeki MİK değeri % 0,78, P. aeruginosa'da ise %12,5'tir. SONUÇ: Bu sonuçlar çay ağacı ve portakal yağının çeşitli enfeksiyon hastalıklarına neden olan bazı mikroorganizmalar üzerinde inhibe edici etkisi olduğu göstermiştir.

Tarçın yağının ve karanfil yağının antimikrobiyal etkinliğinin mikrobiyolojik miktar tayini yöntemi ile araştırılması

GİRİŞ VE AMAÇ: Bu çalışmada tarçın ve karanfil esansiyel yağlarının ayrı ayrı ve kombinasyonlarının bazı mikroorganizmalar üzerinde antimikrobiyal etkinliğini, etkinlik görülen en uygun doz miktarını araştırmak ve çalışılabilecek alanların belirlenmesinde yol gösterici olabilmek amaçlanmıştır. GEREÇ VE YÖNTEMLER: Çalışmamızda antimikrobiyal etken olarak tarçın ve karanfil esansiyel yağları kullanıldı. Bazı mikroorganizmalardan bakteri grubunda Escherichia coli ATCC 8739, Salmonella typhimurium ATCC 14048, Pseudomonas aeruginosa ATCC 9027, Staphylococcus aureus ATCC 6538, Bacillus subtilis ATCC 6633, mantar grubunda ise Candida albicans ATCC 10231, Aspergillus brasiliensis ATCC 16404 araştırıldı. Esansiyel yağlardan 10 farklı dilüsyon hazırlanarak bakterilerde disk difüzyon yöntemi ile mantarlarda yayma plak yöntemi ile antimikrobiyal etki incelendi. BULGULAR: Tarçın ve karanfil yağlarının ayrı ayrı ve birlikte 10 farklı dilüsyon uygulanmasında, tüm mikroorganizmalar üzerinde en etkili sonuçlar, %50 ve üzerindeki dilüsyon oranlarında gözlendi. Sıvı besiyeri makrodilüsyon testinde karanfil yağının MİK bulguları çalışılan tüm bakterilerde %0,78, tarçın yağının ise E. coli ve P. aeruginosa'da %3,125, S. aureus ve B. subtilis'te %0,78, S. typhimurium'da %6,250 olarak belirlendi. Tarçın ve karanfil yağı kombinasyonunun E. coli, S. typhimurium, P. aeruginosa'da ve S. aureus üzerindeki MİK değeri %0,78, B. subtilis'te ise %6,25'tir. C. albicans ve A. brasiliensis ile yapılan yayma ekim çalışmasında, esansiyel yağların ayrı ayrı ve birlikte kombinasyonlarının 10 gün boyunca yapılan gözlem sonucunda üremeyi engellediği belirlendi. SONUÇ: Çalışmada kullandığımız esansiyel yağların, çalışmada kullanılan mikroorganizmalar üzerinde önemli derecede inhibe edici etkiye sahip olduğu saptandı. Elde edilen nominal değerler, kullanılan yağların ve çalışmaya alınan mikroorganizmların kullanımının amaçlandığı farklı çalışmalarda yol gösterici olacaktır. Anahtar Sözcükler: Antibakteriyel, Antifungal, Antimikrobiyal aktivite, Esansiyel yağlar, Karanfil yağı, Tarçın yağı

Flow sitometri yöntemi ile bakterilerin antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi

Giriş ve Amaç: Bu çalışmasında gram pozitif ve gram negatif bakterilerin in vitro antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi amacıyla flow sitometri yöntemi kullanımı ve sonuç verme süresinin kısaltılması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Altı standart suş ile 11 klinik izolat bu çalışmada incelenmiştir. Tüm suşların antibiyotik duyarlılıkları; VITEK 2 otomatize sistemi, sıvı mikrodilüsyon ve flow sitometrik yöntem ile test edilmiştir. Antibiyotik dilüsyonları güncel EUCAST kılavuzuna göre belirlenmiştir. Flow sitometrik analiz öncesi mikroplaktaki bakteri süspansiyonları, 120 rpm ve 35-37°C'de 2 saat inkübe edildikten sonra 100μl okuma tüplerine alınmıştır. Daha sonra her tüpe 10μl Syto 9 ve 10μl Propidium iodid boyası eklenerek karanlık ortamda 15 dk bekletilmiştir. Flow sitometrik analizde, üreme kontrol kuyucuğu ile antibiyotikli kuyucuklar FL1-H grafiğinde üstü üste getirilerek karşılaştırılmış ve antibiyotikli kuyucuklarda en az %55 oranında bakteri sayısında azalma duyarlılık kriteri olarak kabul edilmiştir. Bulgular: Flow sitometrik yöntemle belirlenen antibiyotik duyarlılık ile BMD ve VITEK 2 sistemi arasında saptanan uyum oranları sırasıyla; iki E. coli suşu için (%92.3, %84.6), dört K. pneumoniae suşu için (%88.7, %81.8), iki P. aeruginosa suşu için (%73, %73), iki A. baumannii complex suşu için (%81.8, %81.8), iki S. aureus suşu için (%86.1, %81.2), üç Enterococcus spp. suşu için (%81.8, %88.8) olarak saptanmıştır. Sonuç: Flow sitometrik yöntemle yapılan antibiyotik duyarlılık çalışmaları ile BMD ve VITEK 2 sistemi arasında yüksek düzeyde uyum saptanmıştır. Gram negatif bakterilerde gram pozitiflere göre flow sitometri ve diğer yöntemlerin uyumunun daha yüksek oranda olduğu tespit edilmiştir. Antibiyotik duyarlılık testlerinin sonuç verme süresini 12-14 saat kısaltmaktadır. Ancak henüz tüm laboratuvarlarda kullanılabilecek şekilde standardize edilememiştir. Antibiyotik duyarlılıklarının flow sitometri ile belirlenmesi konusunda daha detaylı ve kapsamlı çalışmalara ihtiyaç vardır. Anahtar Kelimeler: Flow sitometri, antimikrobiyal duyarlılık, MİK, EUCAST

Donörlerde kan subgrupları dağılımı ve çoklu transfüzyon alanlarda alloimmünizasyon

GİRİŞ VE AMAÇ: Bu çalışmada, bölgemizin kan subgrupları profilinin çıkarılması, çoklu eritrosit transfüzyonu almak zorunda kalan hasta grubunda oto/alloimmün duyarlanma prevelansını ortaya konulmasıyla majör ve minör subgruplar taranarak duyarlanma profilinin belirlenmesi amaçlanmıştır. GEREÇ VE YÖNTEM: Çalışmada Sakarya Üniversitesi Sakarya Eğitim Araştırma Hastanesi (SEAH) Kan Bankasına gelen 100 donör kan torbasında, ABO ve Rh sistemi majör alt grup dağılımı ve SEAH Onkoloji, Hematoloji ve Çocuk Hematolojisi-Onkolojisi bölümüne başvuran en az 3 ve daha fazla eritrosit (RBC) transfüzyon almış 50 hastada, Rh sistemi majör alt grup ve Kell (Kel 1), Lewis (Lea, Leb), Duffy (Fya, Fyb), Kidd (Jka, Jkb), MNS (M, N, S, s) sistemi minör alt grupları dağılımı jel santrifügasyon (kolon aglütinasyon) yöntemli mikro kuyucuklu test kartlarıyla araştırılmıştır. Ayrıca hasta grubunda, alloimmünizasyon prevelansını belirlemek için İndirekt Antiglobülin testi (IAT) jel santrifügasyon ile çalışılmıştır. BULGULAR: Donörlerin ABO sistemine göre %35'i O, %33'ü A, %17'si AB ve %15'i B grubunda; Rh sistemine göre ise %75'i Dvı pozitif bulunmuştur. Rh sistemi majör alt gruplarında %99 oranla e (Rh5), %33 oranla E (Rh3) pozitif olup Kel 1 pozitifliği %8'dir. Hasta grubunda Rh kan grubuna göre %22 Dvı (-) saptanmıştır. Rh majör alt gruplarından, C (Rh 2) %68, E (Rh 3) %14, c (Rh 4) %76 ve e (Rh5)'de %100 oranında pozitiflik saptanmıştır. Kel 1 negatiflik oranı %96'dır. En yüksek negatiflik Lewis sisteminde %86 Lea antijeninde, MNS sisteminde %36 oranla S antijeninde, Duffy sisteminde %34 oranla Fyb antijeninde, Kidd sisteminde ise %24 oranla Jka antijeninde saptanmıştır. Rh sisteminde (E) %18, Kell sisteminde (Kel 1) %2, MNS sisteminde (S) %18, Duffy sisteminde (Fya) %8 ve Kidd sisteminde (Jkb) %22 çift popülasyon görülmüş olup hasta grubunun tamamında IAT negatiftir. SONUÇ: Hasta grubunun hepsinin IAT negatifliği, bize alloimmünizasyon gelişmediğini ancak çift popülasyon oranlarının yüksek olması, alloimmünizasyon riskinin yüksek olduğu fikrini düşündürmektedir. Anahtar Kelimeler: Transfüzyon Tıbbı, Donör, RBC antijenleri, Güvenli kan, Alloimmünizasyon.

Biyobelirteçlerin yeni tanılı HIV (+) bireylerin prognozunu tahmin etmedeki rolü

Antiretroviral tedavi (ART), Human Immunodeficiency Virus (HIV) ile enfekte bireylerde viral yük ve immün sistem hücrelerini olumlu yönde etkileyerek yaşam beklentisini arttırmaktadır. Bu çalışmada yeni tanı almış HIV (+) hastalarda ART sonrası CD4 ve viral yük değişimleri ile PD-1 (Programmed death-1), IFN gama-induced protein 10'un (IP-10), interlökin 17 (IL-17) ve soluble cluster of differentiation 14 (sCD-14) molekül düzeylerinin irdelenmesi amaçlanmıştır. Çalışmamıza Sakarya Üniversitesi Eğitim Araştırma Hastanesi Enfeksiyon Hastalıkları Polikliniğine başvuran, başka bir kronik hastalığı olmayan, yeni tanı almış ve ilk kez bu çalışma ile tedavisine başlanacak olan 30 ardışık HIV hastası dahil edilmiştir. Tüm hastaların izlem ve tedavi takibinde, tedavi öncesi ve tedavinin ilerleyen dönemlerinde (1. ve 3. aylarda); kantitatif HIV RNA düzeyleri ve CD4 (+) ve CD8 (+) T hücre seviyeleri belirlenmiştir. Çalışmamızda değerlendirilecek olan biyobelirteçlerden CD4 (+) ve CD8 (+) T hücrelerinden eksprese edilen PD-1 düzeylerinin akım sitometrisi kullanılarak, serum IP-10, IL-17 ve sCD-14 düzeylerinin ise ELISA yöntemi kullanılarak belirlenmiştir. CD4T hücrelerinden eksprese edilen PD-1 oranı ile viral yük değerleri arasında pozitif yönlü, orta düzeyde korelasyon ve istatiksel olarak anlamlı bir ilişki (n=80, rs = 0.49614, p<0.001) bulunmuştur.CD8T'lerden eksprese edilen PD-1 oranı ile viral yük değerleri arasında pozitif yönlü, orta düzeyde korelasyon ve istatiksel olarak anlamlı bir ilişki (n=80, rs = 0.50954, p<0.001) bulunmuştur. Hastaların hem tedavi almadığı hem tedavi altında olduğu dönemlerdeki IP-10, sCD-14 ve IL-17 düzeylerinin viral yük ile korele olduğu tespit edilmiştir. Sonuç olarak PD-1'in viral yükün bir belirteci olabileceği; viremi ve tedavi yanıtındaki değişiklikleri izlemek için yararlı olabileceği sonucuna varılmıştır. IP-10, IL-17, sCD14'ün de viral yükün bir belirteci olabildiği ve viremideki değişiklikleri izlemek için yararlı olduğu düşünülmüştür.

Anaerobik bakterilerin tanımlanmasında matriks aracılı lazer dezorpsiyon iyonizasyon uçuş zamanı kütle spektrometrisinin (maldi-tof MS) değerlendirilmesi

GİRİŞ VE AMAÇ: Bu çalışmada MALDI-TOF MS yöntemi kullanılarak hem koloniden hem de kan kültürü şişesinden direkt anaerop bakterilerin identifikasyonunun konvansiyonel ve otomatize ticari yöntemlerle karşılaştırılarak araştırılması amaçlanmıştır. GEREÇ VE YÖNTEM: Çalışmada 67 klinik izolat ve 2 standart suş incelenmiştir. Konvansiyonel yöntemler, Vitek 2 identifikasyon sistemi, üremiş kolonilerden ve direkt olarak kan kültür şişelerinden MALDI-TOF MS ile tanımlanmaları test edilmiştir. MALDI-TOF MS yöntemiyle direkt olarak kan kültürü şişelerinden tarafımızdan optimize edilen yöntemle bakteriler tanımlanmıştır. Bu yöntemde birkaç santrifüj ve ekstraksiyon işleminden sonra elde edilen süpernatant kısımdan alınan örnek MALDI-TOF MS cihazında okutulmuştur. BULGULAR: Toplam 69 anaerop bakteriden konvansiyonel yöntemlerle 6'sı (%8,7) tür düzeyinde, 49'u (%71) cins düzeyinde; Vitek 2 sistemiyle 36'sı (%52,1) tür düzeyinde, 54'ü (%78,2) ise cins düzeyinde; MALDI-TOF MS kullanılarak koloniden yapılan işlemle bakterilerin tamamı (%100) tür düzeyinde; MALDI-TOF MS kullanılarak direkt kan kültürü şişesinden 43'ü (%62,3) tür düzeyinde, 47'si (%68,1) cins düzeyinde doğru olarak tanımlanmışlardır. SONUÇ: Bu çalışmada MALDI-TOF MS yönteminin anaerop bakterilerin gerek koloniden gerekse de kan kültür şişesinden direkt olarak identifikasyonunda büyük başarıyla kullanılabileceği ve sonuç verme süresini oldukça kısalttığı tespit edilmiştir. Elde edilen sonuçlar, daha yüksek oranda gram negatif anaerop bakterilerde olmak üzere, konvansiyonel ve otomatize ticari yöntemlerle büyük ölçüde uyumludur. Ancak yöntem henüz tüm laboratuvarlarda kullanılabilecek şekilde standardize edilememiştir. Bu konuda daha detaylı ve kapsamlı çalışmalara ihtiyaç vardır.

Kolistin dirençli karbapenemaz üreten klebsiella pneumonıae'da antibiyotiklerin sinerjistik aktivitelerinin MALDI-TOF MS ile belirlenmesi

GİRİŞ VE AMAÇ: Bu çalışmada karbapenemaz üreten Klebsiella pneumoniae izolatlarında matriks aracılı lazer dezorpsiyon/iyonizasyon uçuş zamanı kütle spektrometrisi (MALDI-TOF MS) kullanılarak meropenem, kolistin ve rifampisin antibiyotikleri için duyarlılık ve kombinasyon sinerjik etkilerinin Checkerboard mikrodilüsyon yöntemi ile karşılaştırılması ve ayrıca MALDI-TOF MS'in bir hızlı sinerji belirleme yöntemi potansiyelinin belirlenmesi amaçlanmıştır. GEREÇ VE YÖNTEM: : Sakarya Üniversitesi Eğitim ve Araştırma Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı'nda 2014 ile 2020 yılları arasında izole edilen ve genotipik olarak da real-time Polimeraz Zincir Reaksiyonu yöntemi (Gene Xpert Carba-R kiti, Cepheid, ABD) ile belirlenmiş 20 adet kolistin dirençli K. pneumoniae izolatı çalışmaya alınmıştır. İn-vitro şartlarda her bir suşun kolistin+meropenem ve kolistin+rifampisin kombinasyonu, kalitatif sonuç veren checkerboard (dama tahtası) mikrodilüsyon ve kantitatif sonuç veren MALDI-TOF MS (bioMerieux, France) yöntemi ile sinerjik etki araştırılmıştır. Elde edilen verilere göre sinerjik etki gösteren izolatlar, referans yöntem olan Checkerboard mikrodilüsyon yöntemi sonuçları ile karşılaştırılmıştır. BULGULAR: Checkerboard yöntemi ile kolistin+meropenem kombinasyonunun etkinliğinin araştırıldığı 20 suşun 9'unda ve kolistin+rifampisin kombinasyonu için 20 suşun 17'sinde sinerjik etki saptanmıştır. MALDI-TOF MS yönteminde ise kolistin+meropenem kombinasyonu için 20 suşun 14'ünde ve kolistin+rifampisin kombinasyonu için 20 suşun 12'sinde sinerji tespit edilmiştir. SONUÇ: Dirençli suşlarda antibiyotik kombinasyonlarının sinerjik etkilerinin araştırıldığı MALDİ-TOF MS yöntemi ile referans olan Checkerboard mikrodilüsyon metodu karşılaştırıldığında, her iki sistemde kolistin+meropenem kombine ilaç etkileşiminde 9 suşun 6'sında (%66,6) sinerjik uyum gözlenirken, kolistin+rifampisin kombine ilaç etkileşiminde 17 suşun 12'sinde (%70,5) sinerji gözlenmiştir. Sinerji belirleme için MALDİ-TOF MS yöntemi hızlı ve güvenilir bir yöntem gibi görünmektedir. Daha ileri ve kapsamlı çalışmalara gereksinim vardır.

2019-2020 sezonunda solunumsal enfeksiyon etkeni virüslerin dağılımı ve saptanan influenza virüslerinin oseltamivir direncinin belirlenmesi

GİRİŞ VE AMAÇ: Bu çalışmada üst solunum yolu enfeksiyonu semptomlarıyla başvuran hastalardaki viral etkenlerin sezonal dağılımının multipleks PCR yöntemi ile irdelenmesi ve İnfluenza A (H1N1) pozitif bulunan örneklerde Oseltamivir ilaç direncinin araştırılması amaçlanmıştır. GEREÇ VE YÖNTEM: Sakarya Üniversitesi Sakarya Eğitim ve Araştırma Hastanesi'ne 12 Eylül 2019- 19 Şubat 2020 tarihleri arasında üst solunum yolu enfeksiyonu semptomları ile başvuran 0-94 yaş arasındaki 354 hastanın multipleks PCR yöntemiyle (Qiastat-Dx Respiratory panel-Qiagen, Almanya) çalışılmış nazofaringeal sürüntü ve bronkoalveoler lavaj örneklerinin verileri retrospektif olarak irdelenmiştir. Sonuçta, İnfluenza A (H1N1) pozitif örnekler arasından seçilen 11 numunede, Sağlık Bakanlığı Halk Sağlığı Genel Müdürlüğü Mikrobiyoloji Referans Laboratuvarları ve Biyolojik Ürünler Daire Başkanlığı, Ulusal Viroloji Referans Laboratuvarında Sanger sekans analizi ile Oseltamivir direnci araştırılmıştır. BULGULAR: İncelenen 354 örneğin 233'ünde bir ya da daha fazla solunum yolu viral etkeni tespit edilmiştir. Bunlardan 64'ü İnfluenza A/H1N1, 4 İnfluenza A/H3N2, 24 İnfluenza B, 64 Respiratuvar Sinsityal Virüs A/B (RSV A/B), 58 Rhinovirüs/Enterovirüs, 18 Adenovirüs, 12 Human Metapneumo Virüs (hMPV), 10 Bocavirüs, 4 Parainfluenza 1, 7 Parainfluenza 3, 3 Parainfluenza 4, 5 Coronavirüs HKU1 ve 13 Coronavirüs NL63 olarak bulunmuştur. İnfluenza A/H1N1 pozitif olan suşlardan seçilen 11 numunenin hiçbirinde Oseltamivir direnci saptanmamıştır. SONUÇ: Bu çalışmada incelenen İnfluenza A/H1N1 pozitif örneklerinde Oseltamivir direnci saptanmamıştır. İnfluenza A/H1N1 suşlarının Oseltamivir direnci açısından belirli aralıklarla analizinin yapılması ampirik tedavinin yönlendirilmesinde önemlidir. Anahtar Kelimeler: Solunum yolu virüsleri, İnfluenza, Oseltamivir, Direnç, Sekans.

Detection of biofilm formation incarbapenamase resistance Klebsiella spp.

INTRODUCTION AND AIM: Carbapenem resistant Klebsiella pneumoniae (CR-Kp) become major public health concern due to harboring resistance genes and virulence factors like biofilms. The aim of this study was to detect biofilm formation among (CR-Kp) strains and to determine correlation between carbapenem resistance genes and biofilm formation in K. pneumoniae. MATERIALS AND METHOD: 58 (CR-Kp) involved in this study, identification of the isolates and antibiotic susceptibility testing was performed by using Maldi-TOF MS and VITEK 2 ® system and resistant gene detection held by Gene X-pert system. Microplate method used to detect biofilm formation. The ratio of biofilm formation related to the source of infection and harboring resistance genes were investigated statistically. RESULTS: 98.2% of (CR-Kp)s were positive biofilm producers. 46.5% isolates were moderately biofilm-producer, 37.9% fully established biofilms, 13.7% weak biofilms, 1.72% were non-biofilm producers. Biofilm formation according to infection site: 60.30% surveillance rectal swabs, 27.50% blood, 1.72% sputum, 5.17% wound, 3.44% Urine, 1.72% catheter. KPCs harboring resistance Gene biofilm formation ratio: 42.2% NDM-1, 28.80% OXA 48, 13.30% KPC, 15.5% NDM-1 +OXA 48. DISCUSSION AND CONCLUSION: Almost all CR-Kp isolates are biofilm producers. Surveillance rectal swabs and blood infection source strains, resistance genes NDM-1, OXA 48 KPCs had higher ability forming moderate to fully established biofilms These results indicates that ICU patients and patients who have blood stream infections are at higher risk with high mortality rate. KEY WORDS: Klebsiella pneumonia, Biofilm formation, Resistance Genes, Antibiotic Resistance.

Evaluation of urine cultures of adult patients; data from erbil

Introduction Urinary tract infections (UTIs) are a common infectious disease and a public health problem that imposes a large economic burden. The main cause of UTI in humans is gram-negative bacteria, especially Escherichia coli. The aim of this study was to determine the prevalence of gram-negative uropathogens in urine samples of patients referred to Erbil clinics and hospitals and to evaluate their antimicrobial susceptibility. all urine cultures result of patients referred to Erbil hospitals in the last 5 years (2015-2020) were included in the census method. Microorganisms were identified by standard culture method and their susceptibility was assessed by VITEK 2 automated system. the data were analyzed using SPSS version 26.0 software. The results of descriptive analysis were reported by tables and graphs. Chi-square test was used to examine the relationship between variables. A significance level of 0.05 was considered. The results of urine culture of 3380 suspected UTI cases were examined, of which 69.1% were female and 30.9% were male. Out of 3097 positive cultures observed, a total of 1961 (63.3%) isolates were gram-negative bacteria and 1136 (36.7%) were gram-positive pathogens. The most common gram-negative urinary pathogen determined in this study was Escherichia coli. The highest resistances of gram-negative urinary pathogens were against the antibiotic ampicillin, Trimethoprim / Sulfamethoxazole and ceftriaxone, and the lowest resistances were for amikacin, meropenem, ertapenem and imipenem. Keywords: Urine Culture; Urinary Tract Infections; Antimicrobial Resistance

Effect of different environmental conditions on biofilm formation in staphylococci isolated as the causative agent of bacteriemia

INTRODUCTION AND AIM: Staphylococcus aureus and coagulase-negative staphylococci are common cause of bacteriemia and catheter-related infections and they frequently produce biofilm. Biofilm production is a serious virulence factor and it causes treatment failure especially in patients who have indwelling catheters. The aim of this study is to determine the biofilm production in staphylococci that are isolated from clinical blood samples of the bacteriemic patients and to evaluate the effect of different aerial conditions (normal, CO2, anaerobic) on biofilm production. MATERIALS AND METHOD: 63 clinical isolates of different types of staphylococci were enrolled in the study. The isolates were firstly identified by MaldiTOF-MS, then antimicrobial susceptibility testing was carried out by using VITEK System. The biofilm production was evaluated in the 96-well flat-bottom microplates. E. coli ATCC 25922 was used as positive control and uninoculated broth was used as a negative-control. The CO2 condition was achieved in a candle jar while anaerobic gas pack was used in a closed jar to create anaerobic condition. All tests were done three times and the mean values were determined. Biofilm production were divided into four categories which were None (0), Weak (+), Moderate (++), and Strong (+++). The results were evaluated with scientific statistics software with appropriate statistics methods and the data with a p value ≤0.05 was accepted as significant. RESULTS: The number of types of staphylococci is 63 samples divided as follows: Staphylococcus aureus 17 samples, Staphylococcus haemolyticus 3 samples, Staphylococcus epidermidis 22 samples, Staphylococcus hominis 16 samples, and Staphylococcus capitis 5 samples. The distribution of biofilm production was as follows: under normal condition and CO2 condition 61 of the isolates (97%) produced biofilm, while under anaerobic condition, 48 of the isolates out of 63 (76%) were positive for biofilm production. Under anaerobic condition, the ability of biofilm production of the isolates was decreased (p≤0.05). There was no significant difference between normal and CO2 conditions in terms of capacity to produce biofilm (p>0.05). Under different conditions, the capacity of biofilm formation among S. aureus was not affected. But there was a significant difference among coagulase negative staphylococci (p≤0.05). DISCUSSION AND CONCLUSION: Staphylococci are highly pathogenic opportunistic pathogens and they are significant cause of hospital and community-acquired infections. They have an extraordinary ability to encase themselves in a protective environment called a biofilm, where they can survive and cause serious and hard-to-treat infections. In this study, production of biofilm in Staphylococci was determined as a serious virulence factor evaluated under different environmental conditions. Although these data are derived from relatively small number of samples, with the evaluation of the larger sample groups and other environmental and nutritional conditions, understanding of biofilm production in Staphylococci can be clarified and new alternative treatment modalities can be developed. KEY WORDS: Staphylococci, Staphylococcus aureus, Biofilm formation, Bacteriemia, Methicillin resistance.

Diş protezlerinde alkalin bazlı dezenfeksiyonun etkinliğinin araştırılması

GİRİŞ VE AMAÇ: Oral cavite, sert ve yumuşak dokularla mikroorganizmaların yoğun olduğu vücut bölgesidir. Normal flora kompozisyonu bozulduğunda enfeksiyon etkenleri hızla gelişebilmektedir. Protez kullanımıyla, protezin kimyasal ve mekanik olarak etkin dezenfekte etme yöntemlerinin seçimi mikroorganizma tür çeşitliliğinde oldukça değişkenlik göstermektedir. Bu çalışmanın amacı, protezin kimyasal yöntemle uygulanan alkalen bazlı dezenfeksiyon yöntemlerinin süreye bağlı etkinliğini saptamaktır. GEREÇ VE YÖNTEM: 05.04.21-07.05.21 tarihleri arasında Diş Hekimliği fakültesine diş protez tedavisi için başvuran 20 hasta dahil edildi. Alkalen peroksit bazlı kimyasal ticari bir protez temizleyici tabletin etkinliğini belirlemek için protezin ön ve arka kısımlarından sıfır, üç, onuncu dakikalarda mikrobiyolojik değerlendirme için numune alındı. Bu süreçte anket ile demografik veriler elde edildi. Tüm hastalardan numunenin kurumaması için transport besiyerinde saklanan sürüntü örneği alındı. İn vitro çalışmaların identifikasyonuna bağlı, dezenfektan firmasının etkin bulduğu protokol süresinde 0 dakikada belirlenen tülerin 3 ve 10 dakikalık dezenfeksiyon etkinliği ve farkının varlığı araştırılmıştır. BULGULAR: Protez kullanıcılarından alınan protez örneklerinde hastaların %100'ünde üreme tespit edilmiş, istatistiksel olarak ANOVA yöntemiyle doğrulanmıştır. Sıfır dakikadaki türlerin üçüncü dakikada kolonizasyonun devamı izole edilirken, 10 dakikada mikroorganizmaların %35'inde kimyasal dezenfeksiyona bağlı inaktivasyon gözlemlenmiştir. Arka sol ve sağ çeneden alınan örneklerde zamana bağlı olarak bakteri yoğunluğu azalmış ve istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur (p=0.000). Anlamlılık düzeyi protez tipine ve kullanım yılına göre de devam etmiştir. Buna göre dezenfeksiyon süresinin; temizleme yöntemine, protez yaşına ve protez tipine bağlı olduğu belirlenmiştir. SONUÇLAR: Çalışmamızda 3 dakika alkalen bazlı dezenfeksiyonun diş protezleri için yeterli olmadığı görülmüştür. Etkili sonuç için 10 dakikadan fazla sürenin gerektiği belirlenmiştir. Çalışmamız literatür dahilindeki diğer çalışmalarla da uyumlu bulunmuştur. Anahtar Kelimeler: Ağız hijyeni, Alkalen peroksit, Protez temizliği.

COVID-19 hastalarında sars COV-2 virüs saçılımı ve nötralizan antikor düzeyleri

GİRİŞ VE AMAÇ: Bu çalışmada COVID-19 hastalarından alınan çeşitli klinik örneklerde SARS CoV-2 RNA'sının varlığı, virüsün saçılım profili ve enfeksiyonu geçiren hastalarda anti SARS CoV-2 IgG ve nötralizan antikor yanıtlarının araştırılması amaçlanmıştır. YÖNTEM: Çalışmaya toplumdan 47 COVID-19 hastası (TCH, Mayıs-Haziran 2020) ve 30 sağlık çalışanı COVID-19 hastası (SCH, Kasım-Aralık 2020) dahil edildi. SARS CoV-2 RNA'sının araştrılması için TCH grubundan 0, 3, 7, 14 ve 28. günlerde orofareks, nazofarenks, balgam, kan, dışkı ve idrar örnekleri alındı. Anti SARS CoV-2 IgG ve nötralizan antikorların (NAb) belirlenmesi için TCH ve SCH grubundan ardışık günlerde serum örnekleri alındı. Virüsün RNA'sı; RT-PCR, anti SARS CoV-2 IgG antikor düzeyleri; ELISA, NAb düzeyleri; hücre kültürü ve temsili nötralizasyon testi yöntemleri ile belirlendi. BULGULAR: SARS CoV-2, en yüksek oranda sırasıyla nazofarenks (%100), dışkı (%65,8), balgam (%45,7), orofarenks (%41,3), kan (%5,3) ve idrar (%2,2) örneklerinde saptanmıştır. Viral saçılımın solunum yolu örneklerinde 14 gün, dışkı örneklerinde 60 güne kadar devam ettiği gözlenmiş, kan örneklerinde 3. günden sonra virüs saptanmamıştır. Viral yükün solunum yolu örneklerinde tanı anında en yüksek düzeyde olduğu, dışkı örneklerinde 7. günde pik yaptığı görülmüştür. Dördüncü ayda TCH grubu hastaların tümünde IgG pozitifliği bulunmuş, SCH grubu hastaların sadece %82,1'inde seropozitiflik saptanmıştır. İlk ay sonunda TCH grubu hastaların tümünde (%100) NAb tespit edilmiştir. NAb titrelerinin 28. günde pik yaptığı ve sonrasında düşüş gösterdiği belirlenmiştir. SCH grubu hastaların %26,1'nin düşük, %47,8'inin orta, %26,1'nin yüksek titrede temsili NAb oluşturduğu belirlenmiştir. SONUÇ: Sonuç olarak; balgam, dışkı, kan ve idrar gibi birçok örnekte SARS CoV-2 RNA'sı saptanmış, dışkı örneklerinde viral saçılımın aylarca devam edebildiği gözlenmiştir. Hastalarda büyük oranda 4. ayda anti SARS CoV-2 IgG antikor pozitifliği gözlenmiştir. Koruyucu antikor düzeylerinin hastalığın geçirildiği ilk ayda en yüksek düzeye ulaştığı belirlenmiştir. Bu bulgular, aşılama stratejileri ve pandemi ile mücadelede önemlidir. Ancak, virüs saçılım ve antikor titre çalışmaları için daha detaylı ve kapsamlı araştırmalara ihtiyaç vardır.

Hepatit B aşısına cevapta bağırsak mikrobiyotasının rolünün araştırılması

GİRİŞ VE AMAÇ: Bu çalışmada Hepatit B aşısına cevap alınan ve alınmayan sağlıklı bireylerin bağırsak mikrobiyom analizleri yapılarak, Hepatit B aşısına cevapta bağırsak mikrobiyotasının rolünün araştırılması amaçlanmıştır. GEREÇ VE YÖNTEM: Çalışmaya aşı takvimine uygun şekilde (O.,1., ve 6.) 3 doz Hepatit B aşısı ve 3 doz rapel yapıldığı halde Anti-HBs <10 IU/ml olan 20 hasta ile aşılamadan sonra antikor yanıtı oluşan (Anti-HBs >100 IU/ml) 20 sağlıklı gönüllü olmak üzere 18-65 yaş arası toplam 40 kişi (Mart 2020 – Şubat 2022) dahil edildi. Alınan gaita örnekleri en geç 2 saat içerisinde laboratuvara ulaştırıldıktan sonra pH ölçümü ve Bristol skorlama yapıldı. Mikrobiyom analizleri yapılana kadar taze dondurularak -80°C'de saklandı. Nükleik asit izolasyonu, 16S rRNA PCR, yeni nesil dizileme işlemi, biyoinformatik ve istatistiksel analizler yapıldı. BULGULAR: Hasta grubunda gaita pH'sı yüksek iken, Firmucites/Bacteroidetes oranı (hasta grubunda 1.31, kontrol grubunda 3.28 ) daha düşük saptandı (p<0.05). Hasta grubunda filum düzeyinde; Bacteroidetes sınıf düzeyinde; Gammaproteobacteria, Bacteroidia, Negativicutes takım düzeyinde; Selenomonadales, Veilloonellales, Bacteroidales aile düzeyine; Selenomonadaceae, Rikenellaceae, Veilllonellaceae cins düzeyinde; Massiliprevotella, Alistipes daha yüksek oranda bulunmuştur. Kontrol grubunda ise; filum düzeyinde; Firmucutes sınıf düzeyinde; Clostridia takım düzeyinde; Clostridiales aile düzeyinde; Lachnospiraceae, Peptostreptococcaceae, Hungateiclostridiaceae daha yüksek oranda bulunmuştur SONUÇ: Hasta grubunun gaita pH değerleri düşük, Firmucites/Bacteroidetes oranı ise yüksek bulundu. Hasta grubunda filum düzeyinde; Bacteroidetes sınıf düzeyinde; Gammaproteobacteria, Negativicutes takım düzeyinde; Selenomonadales, Veilloonellales, aile düzeyinde; Selenomonadaceae, Rikenellaceae, Veilllonellaceae cins düzeyinde; Massiliprevotella, Alistipes daha yüksek oranda bulunmuştur. Kontrol grubunda ise; filum düzeyinde; Firmucutes sınıf düzeyinde; Clostridia takım düzeyinde; Clostridiales aile düzeyinde; Lachnospiraceae, Peptostreptococcaceae, Hungateiclostridiaceae daha yüksek oranda bulunmuştur. Bu veriler Hepatit B aşısına cevap alınamayan grupta bağırsak disbiyozisi varlığını göstermektedir. Ancak bağırsak mikrobiyom analizi sonuçlarının coğrafi bölge, iklim koşulları, diyet ve genetik farklılıkları ile değişkenlik gösterebileceği göz ardı edilmemelidir. Bu konuda daha kapsamlı araştırmalara ihtiyaç vardır. Anahtar Kelimeler: Mikrobiyota, Hepatit B, mikrobiyom ve aşı, bağışıklık sistemi, bağırsak mikrobiyomu.

Timol, eugenol ve karvakrol eklentili yeni oksipropanolamin bileşiklerinin antibakteriyel etkilerinin araştırılmasıx

GİRİŞ VE AMAÇ: Timol, karvakrol ve eugenol çeşitli aromatik bitkilerin uçucu yağlarından ekstrakte edilen bileşikler olup, potansiyel antimikrobiyal ajan olarak kabul edilmişlerdir. Bu çalışmada; timol, eugenol ve karvakrol eklentili yeni oksipropanolamin bileşiklerinin antibakteriyel etkilerinin araştırılması amaçlanmıştır. MATERYAL VE YÖNTEM: Bu çalışmada test edilen standart suşlar ve klinik izolatlar (S. aureus, E. faecalis, E. coli, K. pneumoniaee ve P. aeruginosa), Sakarya Üniversitesi Eğitim ve Araştırma Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı kültür koleksiyonundan alındı. Kimyasal ajanlar, Sakarya Üniversitesi, Fen Edebiyat Fakültesi, Kimya Bölümünden hazır olarak temin edildi. Hazırlanan dört bileşiğin (timol, eugenol, s-perillil alkol ve karvakrol eklentili oksipropanolamin bileşikleri) seçilen bakterilere karşı etkisi mikrodilüsyon yöntemi ile araştırıldı. BULGULAR: Standart suşlara karşı eugenol ve timol eklentili oksipropanolamin bileşiklerinin MİK değeri; S. aureus ve E. faecalis için 0.187 mg/ml, E. coli, K. pnömoniae ve P. aeruginosa için 0.375 mg/ml iken s-perillil alkol eklentili bileşiğin MİK değeri tüm standart suşlarda 0.375 mg/ml saptandı. Karvakrolün K. pneumoniaee, S. aureus ve E. faecalis için MİK değeri; 3,75 mg/ml ve E. coli ve P. aeruginosa için 15 mg/ml saptandı. Klinik izolatlara karşı test edilen dört bileşik E. coli, K. pneumoniaee ve P. aeruginosa'ya karşı aynı MİK değerine (0.375 mg/ml) sahipti. S-perillil alkolün S. aureus'a karşı MİK değeri; 0.046-0.093 mg/ml iken E. faecalis'e karşı 1.07 mg/ml, karvakrolün S. aureus ve E. faecalis'e karşı MİK değeri; 1.875 mg/ml, olarak saptandı. TARTIŞMA VE SONUÇ: Bu çalışmada timol, karvakrol, s-perilil alkol ve eugenol eklentili oksipropanolamin bileşiklerinin hem gram negatif hem de gram pozitif bakterilere karşı antibakteriyel etkinliğinin olduğu tespit edilmiştir. Yeni antibiyotikler geliştirilirken söz konusu ajanların bu özelliklerinden yararlanılabilir. ANAHTAR SÖZCÜKLER: Antibiyotik, antibiyotik duyarlılık testi, MİK, eugenol, timol, karvakrol.

Böbrek transplant alıcılarında Human Herpesvirus 8 (Kaposi sarkomu ilişkili Herpesvirus) seroprevalansının araştırılması

Ferbil nötropenik hastalarda invazif aspergilloz tanısında galaktomannan antijeninin saptanmasında enzim immünassay ve lateks aglütinasyon yöntemlerinin kullanılması

Hematolojik malignensili febril nötropenik hastalarda, kandidemi tanısının PCR yöntemi ile araştırılması

İdrar örneklerinden izole edilen genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz (GSBL) pozitif Escherichia coli suşlarındaki GSBL enzim tiplerinin İzoelektrik odaklama ve PCR yöntemleri ile araştırılması

Genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz (GSBL) enzimlerinin klinik izolatlarda yaygın olmaları, plazmid aracılığı ile yayılmaları, sağaltım başarısızlığı, mortalite artması gibi ciddi klinik problemlere neden olmaları ve rutin duyarlılık testleri ile tanımlanmalarının güç olması nedeni ile doğru saptanmaları gerekmektedir. Çalışmamızda Nisan 2004-Mart 2005 tarihleri arasında Akdeniz Üniversitesi Hastanesi Merkez Laboratuvarı Mikrobiyoloji Birimi'nde idrar örneklerinden izole edilen ve fenotipik tarama-doğrulama testleri ile GSBL pozitif olduğu saptanan 56 E. coli suşunda, GSBL enzim tipleri izoelektrik odaklama ve polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) yöntemi ile araştırılmıştır. İzoelektrik odaklama yöntemine göre, izolatların 1-3 ayrı bant içerdiği; bunların arasında pI değeri 8.0-8.4 (%78.5) ve 5.0-5.4 (%50) olan bandın en sık olduğu görülmüştür. Onbir suşta (%19.6) herhangi bir bant oluşumu gözlenmemiştir. PCR yöntemi ile suşların 52'sinde (%92.8) CTX-M; 36'sında (%64.2) TEM; 6'sında (%10.7) SHV, 29'unda (%51.7) CTX-M ve TEM enzimleri birlikte saptanmıştır. IEF yönteminde, CTX-M, TEM ve SHV enzimleri ile uyumlu bant oluşumu gözlenen 43 suşun tümünde ve bant oluşumu görülmeyen 11 suşta PCR yöntemi ile bu enzim genlerinin bir veya birden fazlası pozitif olarak bulunmuştur. GSBL enzimlerini kodlayan plazmidlerin aynı zamanda beta-laktam antibiyotikler dışında pek çok antibiyotiğe ait direnç genlerini de taşımalarından dolayı GSBL üreten bakterilerde enzim tiplerinin doğru olarak saptanması, tedavide uygun antimikrobiyal seçimine yön vermesi açısından önemlidir.

Sefoksitin Dirençli ya da Az Duyarlı Saptanan Klebsiella pneumoniae, Escherichia coli ve Proteus mirabilis Suşlarındaki Plazmid Aracılı AmpC Beta Laktamaz Enzim Tiplerinin PCR Yöntemi ve Dizi Analizi ile Araştırılması

Plazmid aracılı AmpC beta laktamazlar Enterobacteriaceae ailesi üyelerinde dünyanın farklı bölgelerinden artan sıklıkla rapor edilmektedirler. Bu mikroorganizmalarla infekte ve aynı zamanda geniş spektrumlu sefalosporinlerle tedavi edilen hastalarda olumsuz klinik sonuçlar da ortaya çıkabilmektedir. Çalışmamızda, Klebsiella spp., E. coli izolatlarında plazmid kaynaklı AmpC beta laktamazların varlığını araştırmak amaçlanmıştır. Ocak 2005-Ocak 2006 tarihleri arasında Akdeniz Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Merkez Laboratuvarı'na gelen tüm klinik örneklerden izole edilen ve disk difüzyon ile sefoksitin dirençli ya da az duyarlı saptanan 14 tanesi Klebsiella spp. ve 27 tanesi E. coli olmak üzere toplam 41 suş çalışmaya alınmıştır. Sefoksitin duyarlılıkları daha önceden belirlenmiş olan suşların IEF yöntemi ile pI değerleri saptanmış ve izolatlar multipleks PCR, dizi analizi yöntemleriyle incelenmiştir. E. coli izolatlarından yalnızca 2 tanesinde PCR ile CMY-2 benzeri AmpC beta laktamaz varlığı saptanmış, bu suşların aynı zamanda CTX-M tipi ve TEM tipi GSBL da ürettikleri belirlenmiştir. Aktarılabilen AmpC beta laktamazlar çoklu ilaç direnci ile ilişkilendirilmişlerdir. Bu nedenle Gram negatif bakterilerde sınıf C beta laktamazların saptanması, tedavide uygun antimikrobiyal seçiminde klinisyenleri yönlendirmesi açısından önemlidir. Anahtar kelimeler: Klebsiella spp., E. coli, plazmid kaynaklı AmpC beta laktamazlar

İdrar örneklerinden izole edilen Candida türlerinin antifungal duyarlılığı, virulans faktörleri ve biyofilm genlerinin analizi

Amaç: Bu çalışmada, idrar örneklerinden izole edilen Candida türlerinin sıklığı, virülans faktörleri, biyofilm oluşumu ve antifungal duyarlılık profillerinin incelenmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: İdrar örneklerinden izole edilen 100 Candida türünün antifungal duyarlılıkları için VITEK 2 cihazı, tanımlamaları için ise geleneksel yöntemler ve VITEK 2 cihazı kullanılmıştır. Virülans faktörlerini değerlendirmede hemoliz aktivitesi için %5 koyun kanlı SDA, fosfolipaz aktivitesi için yumurta sarılı agar, proteinaz aktivitesi için %1 sığır serum albumin agar, esteraz aktivitesi için tween 80 agar kullanılmıştır. Fenotipik biyofilm oluşumu modifiye tüp aderans yöntemiyle; ALS1, ALS3 ve HWP1 gen ekspresyon düzeyleri real time PCR yöntemi ile genotipik olarak saptanmıştır. Bulgular: Candida izolatlarının %53'ü yoğun bakımlar, %24'ü poliklinikler ve %23'ü yataklı servislerden gönderilen idrar örneklerinden izole edilmiştir. İzolatların %61'i kadın, %39'u erkek hastalardan elde edilmiştir. En sık tür olarak Candida albicans (C. albicans) (%57) saptanırken bunu Candida tropicalis (%17), Candida glabrata (%12) ve diğer non-albicans Candida (NAC) (%14) türleri izlemiştir. C. albicans izolatlarında hemoliz (%100), esteraz (%98,2), fosfolipaz (%92,9) ve proteinaz (%73,6) aktiviteleri yüksek oranlarda görülmüştür. NAC türlerinde hemoliz C. albicans ile aynı (%100) proteinaz ile benzer (%69,7) oranda saptanırken fosfolipaz (%67,4) ve esteraz (%62,7) aktiviteleri daha düşük oranlarda bulunmuştur (p=0,001). Fenotipik biyofilm değerlendirmesinde, NAC izolatlarında güçlü aderans (%44,1) C. albicans izolatlarına göre yüksek bulunmuştur (p<0,001). C. albicans izolatlarında NAC izolatlarına göre HWP1 (%94,7) ve ALS3 (%96,4) gen ekspresyonları yüksek bulunurken (p<0,001) ALS1 gen ekspresyonu açısından fark görülmemiştir. Biyofilm oluşumu ile gen ekspresyonu arasında C. albicans izolatlarında anlamlı ilişki saptanmazken, NAC izolatlarında HWP1 ve ALS3 gen ekspresyonları biyofilm oluşumu ile ilişkili bulunmuştur (p=0,048). Antifungal duyarlılık testlerinde, C. albicans izolatlarında flukonazol ve mikafungine karşı %2, Candida tropicalis izolatlarında mikafungine %6; Candida parapsilosis izolatlarında flukonazol ve vorikonazole %50, amfoterisin B'ye %40, mikafungine %20; Candida krusei izolatlarında ise amfoterisin B'ye %33 direnç saptanmıştır. Sonuç: Candida enfeksiyonlarında tür düzeyinde doğru tanılama, virülans faktörlerinin hem fenotipik hem de genotipik olarak değerlendirilmesi ve antifungal duyarlılık testlerinin rutin uygulamaya dahil edilmesi etkin klinik yönetime katkı sağlayacaktır. Ayrıca daha fazla çalışmaya ihtiyaç duyulmakla birlikte HWP1 ve ALS3 genleri idrar yolu enfeksiyonlarında C. albicans için moleküler tanıda potansiyel biyobelirteç olarak değerlendirilebilir.

Ambulans hijyeni; mevcut durum ve olması gerekenler

GİRİŞ VE AMAÇ: Ambulans personelinin ve taşınan hastanın herhangi bir sağlık uygulaması sırasında her türlü enfeksiyon etkeni ile karşılaşma olasılığı vardır. Alanında ilklerden olan bu araştırma ile, Sakarya il merkezi ve ilçelerinde acil hizmeti veren ambulanslarda ve acil müdahaleler sırasında kullanılan aletlerde, enfeksiyon kaynağı olabilecek MRSA ve Karbapenemaz dirençli Enterobacteriae varlığının araştırılması ve bu ambulanslarda görevli personelin, ambulans hizmeti sırasında ve sonrasındaki hijyen uygulamalarına yönelik bilgi tutum ve davranışlarının değerlendirilmesi amaçlanmıştır. GEREÇ VE YÖNTEM: Araştırmaya Sakarya Bölgesinde acil hizmeti veren 25 ambulans ve 104 ambulans çalışanı dahil edilmiştir. Katılımcılara 30 sorudan oluşan anket uygulanmış, belirlenen riskli bölgelerden sürüntü örnekleri alınarak, tarama kültürlerinde, hastaların ve ambulans personelinin maruz kalabileceği etkenler değerlendirilmiştir. Örnekler Kanlı Agar, Eozin Metilen Blue, Çikolata Agar ve Saboraud Dextroz Agar besiyerlerine ekilerek 35-37°C'de inkübe edilmiştir. Üreyen bakterilerin tanımlanması ve antimikrobiyal duyarlılıkları otomatize sistem ile yapılmıştır. Karbapenem dirençli Enterobacteriacea izolatlarında karbapenemaz varlığı fenotipik ve moleküler testlerle, izole edilen stafilokoklarda direnç geni varlığı moleküler ticari test ile araştırılmıştır. BULGULAR: Çalışmada, metisilin dirençli stafilokoklar, fenotipik olarak karbapenemaz üreten karbapenem dirençli Klebsiella suşları ve hastane enfeksiyonlarına neden olabilen Sphingomonas paucimobilis izole edilmiştir. Yapılan anket sonucunda ise ambulans çalışanlarının %36.5'inin ambulans hijyeni konusunda eğitime ihtiyaç duyduğu belirlenmiştir. SONUÇ: Ambulanslarda kontaminasyonun önlenmesi için enfeksiyon kontrolü ve izleme protokolleri uygulanmalı, eksikliklerin giderilmesi ve farkındalık oluşumuna yönelik eğitimler düzenlenmelidir. Anahtar Kelimeler: Ambulans, hastane enfeksiyonları, karbapenemaz, , sürüntü örnekleri

Yoğun bakım ünitesinden izole edilen çoğul dirençli mikroorganizmalara karşı dezenfektanların etkinliğinin araştırılması

Yoğun bakım üniteleri sağlık bakımı ile ilişkili enfeksiyonların neredeyse dörtte birlik bir kısmının gözlendiği birimlerdir.Bu birimlerde invaziv girişimler nispeten daha fazla olmakta ve mikroorganizmalar için önemli bir giriş kapısı oluşturmaktadır.Bazı mikroorganizmalar canlı ortamlar ve kateter sonda gibi hasta bakımında kullanılan malzemeler üzerinde biyofilm oluşturarak konak immün sistemindan kaçabilirler ve antibiyotik tedavisi için de direnç oluşturarak bu biyofilm tabakası içinde varlıklarını sürdürürler.Bu çalışmada hastanemizin yoğun bakım ünitelerinden izole edilen ve çoğul dirençli olduğu belirlenen mikroorganizmalar tarafından oluşturulan biyofilm tabakasına ve içinde yerleşen mikroorganizmalara karşı farklı dezenfektan ve antiseptiklerin etkinliği araştırılmıştır. Çalışmaya 11'er adet Acinetobacter baumannii, Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus ve Candida albicans suşu dahil edilmiştir. Bu suşlar kullanılarak paslanmaz çelik ve mikropleytler üzerinde biyofilm tabakası oluşturulmuştur. Oluşan biyofilm tabakasına ortofitaldehit (%0.55), %10'luk iyot, 500 ve 5000 ppm'lik klor, %10 ve %30'luk sitrik asit ile %60 ve %70'lik etil alkolün hazırlanan konsantrasyonlarının 3, 5, 10, 15, 30, 60 dakika ve 24 saatlik maruziyet sürelerinde etkisi araştırılmıştır. Çalışmaya dahil edilen mikroorganizmalara ve oluşturdukları biyofilm tabakası üzerine OPA, etil alkol ve klor 3, 5, 10, 15, 30, 60 dakika ve 24 saatlik maruziyette etkin bulunmuştur. İyot 3 ve 5 dakikada etki etmezken 10, 15, 30, 60 dk ve 24 saatlik temas süresinde etkin bulunmuş; sitrik asitin %10 ve %30'luk solüsyonlarının çalışılan temas sürelerinde etkinliğinin olmadığı saptanmıştır. Çalışmamızda en etkili antibiyofilm etki OPA (%0.55), etil alkol (%60, %70) ve klor (500 ve 5000 ppm)'dan elde edilmiştir. Güçlü bir antiseptik olarak kullanılan iyot (%10) 3 ve 5 dakikalık temas sürelerinde biyofilme etki etmezken 10 dakika ve üzerindeki temas sürelerinde etkin bulunmuştur. %10 ve %30'luk sitrik asitin etkinliği için en az 24 saatlik temas süresine gereksinim vardır.

HIV pozitif olgularda immün yetmezlik süreçlerini öngörü testleri

Kazanılmış immun yetmezlik sendromuna (AIDS) neden olan HIV (Human immunodeficiency virus) günümüzde dünya genelinde en önemli sağlık problemlerinden birisidir. Akut enfeksiyondaki sitokin fırtınası esnasında üretilen bazı sitokinler, sonraki klinik gelişme için biomarker adayları olarak görülebilir. IFN-γ inducible protein 10'un (IP-10), enfeksiyon başlangıcından 2 yıl sonraki düşük CD4 hücre sayıları ile güçlü ilişki göstermesi hastalık seyri açısından kullanışlı bir akut faz biomarker'ı olabileceğini düşündürmektedir. Bu çalışmada, IP-10, tedavi öncesi ve/veya tedavinin ilerleyen dönemlerinde, rutin kontrollerde izlenerek CD4 hücre sayısı ve viral yük ile korelasyonunun değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Bilgilendirilmiş Gönüllü Olur Formunu okuyup imzalayan 30 hastadan (0-3-6. aylarda) ve 20 sağlıklı gönüllüden alınan venöz kan numuneleri, flow sitometri, nükleik asit testleri (NAT) ve ELISA testi çalışmaları için Sakarya Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarına gönderilerek çalışmaya alınmış, veriler SPSS programı ile analiz edilmiştir. Hastaların IP-10 konsantrasyonu ortalaması 344 ng/mL olarak hesaplanmıştır. Tedavi almamış olan grup ve tedavi alan gruplara ait IP-10 değerleri ortalaması sırasıyla 422 ng/mL ve 210 ng/mL, kontrol grubunun IP-10 değerleri ortalması ise 68 ng/mL olarak belirlenmiştir. Hasta ve kontrol grubu IP-10 değerleri arasında istatistiksel olarak anlamlı fark bulunmuştur (p=0.006). IP-10 ile viral yük değerleri arasında pozitif yönlü, orta düzeyde (r= 0.59, p<0.001); IP-10 ile CD4 hücre sayısı karşılaştırıldığında negatif yönlü, orta düzeyde (r= -51, p<0.001) anlamlı bir ilişki saptanmıştır. Yapılan yayınlarda, erken dönem HIV-1 hastalarındaki IP-10 düzeylerinin, CD4 düzeyleri ve viral replikasyon ile yakından ilişkili olduğu bildirilmiştir. Viremideki değişiklikler ve antiretroviral tedaviye yanıtı izlemde daha pahalı viral yük ölüçümlerine bir alternatif ya da destek olabileceği düşünülmektedir.

İshalli dışkı örneklerindeki son beş yıllık campylobacter jejuni prevalansı (2015-2019)

Campylobacter jejuni, dünya çapında bakteriyel gastroenterite sebep olan önemli patojen mikroorganizmalardan biridir. Campylobacter gastroenteriti genellikle ateş, karın ağrısı ve sadece birkaç gün süren sulu / kanlı ishal semptomları ile ilişkili akut ve kendi kendini sınırlayan bağırsak enfeksiyonu olarak görülür. Nadiren bakteriyemi ve ekstraintestinal enfeksiyonlarla ilişkili olabilecek şiddetli ve uzun süreli hastalık tablolarına neden olabilir. Sıklıkla sporadik vakalar şeklinde gözlenmekle birlikte birçok su ve gıda kaynaklı Campylobacter jejuni salgınları da bildirilmiştir. Campylobacter izolatlarında dünya çapında terapötik amaçlar için yaygın olarak kullanılan antibiyotiklere karşı artan direnç akut gastroenterit enfeksiyonların ampirik tedavisinde başarısızlıklara neden olabilmektedir. Bu çalışmanın amacı, Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi'ndeki ishalli dışkı örneklerindeki Campylobacter jejuni prevalansını saptamak ve akut gastroenterit etkenleri arasında önemli bir yeri olan bu patojen mikroorganizma enfeksiyonlarının mevsimsel dağılımı, etkilediği yaş ve cinsiyet grupları hakkında bilgi sahibi olabilmektir.

Matriks destekli lazer dezorpsiyon/iyonizasyon-uçuş zamanı kütle spektrometresi ile tüberküloz dışı mikobakterilerin tür düzeyinde tanımlanması

Tüberküloz dışı mikobakteriler (TDM), genelde çevresel kaynaklarla bulaşan, kronik enfeksiyonlara yol açan mikroorganizmalardır. Günümüzde 190'dan fazla mikobakteri türü tanımlanmıştır. Bunların çoğunluğu henüz enfeksiyon etkeni olarak gösterilmemiştir. TDM'lerin tedavisi türe göre değişkenlik göstermektedir. Tür düzeyinde tanımlama yapmak için uygulaması kolay, ucuz ve hızlı bir yönteme ihtiyaç duyulmaktadır. Son yıllarda kullanılan matriks destekli lazer dezorpsiyon/iyonizasyon-uçuş zamanı kütle spektrometresi (MALDI-TOF MS) bu özelliklere sahiptir. Bu amaçla, çalışmada Dokuz Eylül Üniversitesi Merkez Laboratuvarı'na 2013-2019 yılları arasında gönderilen hasta örneklerinden yapılan kültürlerde üremiş ve nükleik asit hibridizasyon yöntemiyle tür düzeyinde tanımlanmış olan 22 Mycobacterium abscessus, 4 Mycobacterium chelonae, 37 Mycobacterium fortuitum, 5 Mycobacterium gordonae, 9 Mycobacterium intracellulare, 4 Mycobacterium kansasii, 1 Mycobacterium lentiflavum, 3 Mycobacterium szulgai izolatı MALDI-TOF MS yöntemi ile çalışıldı. 83/85 (%97.6) izolat MALDI-TOF MS ile tür düzeyinde tanımlandı. 81/85 (%95.2) izolat için iki testin sonuçları uyumlu kabul edildi. Gerek doğru epidemiyolojik veri elde etmek, gerekse uygun antimikrobiyal yönetimi sağlamak için TDM'lerin tür düzeyinde tanımlaması büyük önem taşımaktadır. MALDI-TOF MS, TDM tür tayini için kullanılması uygun bir yöntem olarak görünmektedir. Çalışmamızda moleküler bir yöntemle yüksek uyum gösterdiği saptanmıştır. Uygulaması kolay, maliyet etkin ve yaklaşık 90 dakikada sonuç veren bir yöntemdir. Bununla beraber kütüphanesinde bazı iyileştirmelerin yapılmasıyla daha iyi sonuçlar alınacağı düşünülmüştür. Anahtar kelimeler: Tüberküloz dışı mikobakteri, tür düzeyinde tanımlama, kütle spektrometresi, MALDI-TOF MS

Dental hasta protezlerinde helicobacter pylori varlığının araştırılması ve protez materyallerinde biyofilm oluşumunun incelenmesi

Helicobacter pylori dünyada en sık rastlanan enfeksiyon etkenlerinden biridir. H. pylori enfeksiyonlarının kronik gastrit, peptik ülser, mide adenokarsinomu ve mukoza ile ilişkili lenfoid doku lenfoması gibi çeşitli gastroduodenal hastalıkların gelişmesinde rol oynadığının kesinleşmesi ile birlikte H. pylori'yi konu alan çalışmalar önem kazanmıştır. H. pylori'nin oral kavitede diş plağında, tükürükteki varlığı ve bu durumun peridontal enfeksiyon, gastrik enfeksiyon, reenfeksiyon ve tedaviye etkisi birçok araştırmacının ilgisini çeken bir konu olmuştur. Çalışmamızda da oral kavitede H. pylori için enfeksiyon/reenfeksiyon açısından kaynak olabilecek tükürük, diş plağı, vb. dışında başka bir niş olabileceği düşünülerek sabit dental protezlerin iç yüzeylerinde H. pylori varlığı araştırılmış ayrıca H. pylori'nin dental protez materyallerinde biyofilm oluşturup oluşturmadığı incelenmiştir. Çalışmamızın ilk aşamasında 200 hastanın dental protezlerinde H. pylori varlığı real-time PCR yöntemiyle araştırılmıştır. İkinci aşamada ise taramalı elektron mikroskobu (SEM) yardımıyla dental protez baz materyallerinden krom-kobalt, krom-nikel, zirkonyum, titanyum dental seramik ve akrilikte ayrıca polistrende H. pylori'nin biyofilm oluşturma potansiyeli incelenmiştir. Real-time PCR ile 200 hastaya ait protezin 19'u H. pylori açısından pozitif bulunmuştur. SEM analizi sonucunda H. pylori'nin en yoğun olarak dental seramikte ve daha sonra titanyumda biyofilm oluşturduğu saptanmıştır. Biyofilm oluşumu krom-kobalt, zirkonyum, ve akrilik materyallerinde düşük yoğunlukta, krom nikel materyalinde ise en düşük yoğunlukta gözlenmiştir. Kontrol materyali olarak kullanılan polistrende orta yoğunlukta saptanmıştır. Elde ettiğimiz sonuçlar oral kavitede tükürük ve diş plağında bulunduğu bildirilen H. pylori'nin dental protezlerde de bulunabileceğini ve protezlerin kolonizasyon için uygun bir ortam oluşturabileceğini göstermiştir. Bu nedenle, H. pylori'nin dental protezlerin iç yüzeylerinde biyofilm oluşturma potansiyelinin, bakterinin antibiyotik tedavisinden etkilenmeyerek tedavide başarısızlığa/reenfeksiyona yol açabileceği düşünülmüştür. Dental protezlerle yapılan ilk araştırma niteliğindeki bu çalışmadan elde edilen verilerin, H. pylori'nin oral kavitede biyofilm oluşturma potansiyeli, eradikasyonu ve tedaviye direncini araştıracak olan sonraki çalışmalara katkı sağlayacağını düşünmekteyiz.

Karbapeneme fenotipik olarak dirençli saptanan Klebsiella spp. suşlarında Multipleks PCR ile karbapenem direnç genlerinin araştırılması

Son yıllarda hastane enfeksiyonu etkeni olan Klebsiella spp. suşlarında karbapenem direncinin artması yüksek morbidite ve mortaliteye sebep olmaktadır. Yenidoğan yoğun bakım üniteleri, bu bakterilerin yayılımı için uygun ortamlardır. Klebsiella spp. bakterilerinde karbapeneme karşı en önemli direnç mekanizması, ilacı inaktive eden karbapenemaz enzimlerinin üretimidir. Bu enzimleri üreten genler bakteriler arasında aktarılarak direncin yayılmasından sorumludurlar. Genlerin prevalansı, ülkeler hatta bölgeler arasında bile farklılıklar göstermektedir. Bu sebeple, direnç profillerinin ortaya konup gen analizlerinin yapılması, hem bölgesel hem de dünya çapında yayılımın önlenmesi için büyük önem taşımaktadır. Çalışmamızda, hastane enfeksiyonu kontrolü kapsamında alınan rektal sürüntü örneklerinden izole edilen ve karbapeneme fenotipik olarak dirençli saptanan 50 Klebsiella spp. suşunda karbapenem direnç genlerinin araştırılması amaçlanmıştır. Klebsiella spp. suşlarının tür tanımlanması API20E stripleri ile yapılmıştır. Sıvı mikrodilüsyon yöntemi kullanılarak karbapenemlerin minimal inhibitör konsantrasyon (MİK) değerleri ve Multipleks Real Time PCR ile beş büyük karbapenem direnç geni (OXA-48, NDM, VIM, KPC, IMP) analiz edilmiştir. Yapılan tür tanımlanmasında 50 Klebsiella spp. suşun 44'ü Klebsiella pneumoniae ve 6'sı Klebsiella oxytoca olarak belirlenmiştir. İzole edilen suşların 49 (%98)'unun imipeneme ve ertapeneme, 47 (%94)'sinin ise doripeneme ve meropeneme dirençli olduğu görülmüştür. Gen analizi sonucuna göre, izolatların %42'sinde NDM, %16'sında OXA-48, %36'sında NDM + OXA-48 genleri birlikte bulunmuştur. Ayrıca, bir (%2) K. oxytoca suşunda VIM tespit edilmiştir. KPC ve IMP genlerine rastlanmamıştır. Çalışmamızın sonucu, İstanbul Tıp Fakültesi Hastanesi Çocuk Hastalıkları Yenidoğan ve Yoğun Bakım Servisi'nde NDM'nin çok yaygın ve epidemik olduğunu göstermektedir. Buna ek olarak, NDM + OXA-48 prevalansının yüksek olması endişe vericidir. Bu durum ülkemizde NDM'nin endemik seviyelere gelebileceğini işaret etmektedir.

Prenatal enfeksiyon şüpheli fetüslerde cytomegalovirus enfeksiyonlarının araştırılması

Cytomegalovirus (CMV) enfeksiyonları tüm dünyada yaygın olarak görülmektedir. CMV vücut sekresyonlarıyla bulaşmakta ve enfeksiyon sıklıkla asemptomatik seyretmektedir. Bununla birlikte bağışıklık sisteminde defekti olan kişilerde ve konjenital enfeksiyonlarda mortalite ve morbiditenin önemli bir nedenidir. Konjenital CMV enfeksiyonları nörogelişimsel bozukluklarla, gebelikte ve yenidoğanlarda görülen anomalilerle ilişkilendirilmektedir. Çalışmamızda, İstanbul Tıp Fakültesi, Kadın Hastalıkları ve Doğum Anabilim Dalı Polikliniklerine başvuran 19-45 yaş aralığında ve konjenital anomali saptanan 141 gebe kadından alınan serum ve amniyotik sıvı örneklerinin değerlendirilmesi ve CMV enfeksiyon prevalansı ile birlikte enfeksiyonun akut veya kronik olarak ayrımının saptanması amaçlanmıştır. ELISA yöntemi ile serum örneklerinde CMV IgM, CMV IgG ve CMV IgG avidite testleri değerlendirilmiştir. CMV DNA'nın varlığı ise amniyotik sıvı örneklerinde Real-Time PCR (RT-PCR) yöntemi ile araştırılmıştır. Gebelere ait serolojik test sonuçları değerlendirildiğinde 141 (%100) gebede CMV IgG pozitif ve 2 (%1,41) gebede CMV IgM şüpheli pozitif bulunmuştur. Şüpheli pozitif örneklerde CMV IgG avidite testi sonucunda maternal serumda düşük avidite saptanmıştır. Kantitatif viral yük sonuçları değerlendirildiğinde ise 17 (%12,05) gebede CMV DNA saptanmıştır. Kadın doğum uzmanlarının gebelik döneminde oluşabilecek konjenital enfeksiyonların belirlenmesinde serolojik yöntemlerin yetersiz kalması nedeniyle klinik bulguları PCR testleri ile birlikte değerlendirmesi akut enfeksiyon veya reaktivasyonun belirlenmesi açısından önem taşımaktadır.

Adenovirüs 36'nın bir risk faktörü olarak obezitedeki rolünün araştırılması

Bu tez çalışmasının amacı; vücut kitle indeksi 30'dan büyük olan ve obezite teşhisi konmuş hastaların ve vücut kitle indeksi 18,5'ten büyük ve 25'ten küçük olan sağlıklı kiloluların kan serumlarında Adenovirüs-36'ya karşı oluşmuş İmmunglobulin G varlığını ve yine aynı iki grupta leptin seviyelerini belirleyip karşılaştırmaktır. Bu amaçla hasta ve sağlıklı gönüllülerden alınan kan örnekleri serumlarına ayrılmış ve ELISA yöntemi ile antikor varlığı değerlendirilmiş ve leptin konsantrasyon düzeyi saptanmıştır. Çalışma sonucunda, 85 gönüllüden oluşan hasta grupta 30 birey (%35,3) Adenovirüs-36 IgG antikor pozitif olarak saptandı. AdV-36 seropozitivitesi açısından karşılaştıldığında "hasta ve kontrol grupları arasında anlamlı farklılık bulundu (p<0.05)." Hasta grubunun leptin düzeyleri (3,02ng/dl ± 0,22), kontrol grubundan (3,87 ng/dl ±0,28) düşük değerde bulundu (p<0.01). Hasta grubu içerisinde AdV-36 açısından seropozitif olanların leptin düzeyleri (4,86ng/dl ± 0,43), negatif olanlardan (2,01ng/dl ± 0,12) yüksek olarak bulundu (p<0.001). Hasta (2,01ng/dl ± 0,12) ve kontrol (3,39 ± 0,26) gruplarında AdV-36 seronegatif olanların "leptin konsantrasyon seviyeleri arasında anlamlı fark saptandı" (p<0.001). Son olarak; hasta grubunda AdV-36 IgG pozitif olan bireylerin VKI'leri (35,15± 10,81), negatif olan bireylerin VKI'lerinden (41,52 ± 9,30) düşüktür (p<0.01). Literatürle parallel olarak, AdV36 seropozitivitesi obez bireylerde sağlıklı kilolu bireylerden daha yüksekti. Bu durum obeziteyle AdV36 arasındaki ilişkiyi vurgulamaktadır. Obez bireylerde leptin konsantrasyon düzeyinin, sağlıklı kilolulardan daha düşük olması leptinin iştahın düzenlenmesinde önemli bir hormon olduğunu göstermektedir. Obez grupta AdV-36 IgG açısından pozitif olan bireylerde leptin konsantrasyon düzeyinin yine aynı grupta IgG açısından negatif olanlara göre daha yüksek olması da AdV-36 ile leptin konsantrasyonu arasında pozitif bir ilişki olduğu fikrini desteklemektedir.

Ticari olarak satılan yoğurtlarda aflatoksin M1 varlığının araştırılması

Aflatoksinler (AF) en sık Aspergillus flavus ile Aspergillus parasiticus olmak üzere Aspergillus türleri tarafından sentezlenen ve çeşitli gıda maddelerinde bulunabilen toksik ikincil metabolitlerdir. Önemli AF çeşitlerinden biri olan AFM1, AFB1'in hidroksillenmiş metaboliti olup, AFB1 ile kontamine olmuş yemlerle beslenen hayvanlardan elde edilen süt ve süt ürünlerinde bulunabilmektedir. Süt ve süt ürünleri her yaştan insanın günlük beslenmesinde önem taşıyan gıdalar olduklarından, karsinojenik ve hepatotoksik etkiler gösteren AFM1 içermesi sağlık için tehlike oluşturmaktadır. Bu nedenle çoğu ülke AFM1'in besinlerde bulunabileceği en yüksek yasal değerleri belirlemiştir. Türk Gıda Kodeksi (TGK) ve Avrupa Birliği (AB)'nin kriterlerine göre süt ve süt ürünlerinde bulunabilecek en yüksek AFM1 konsantrasyonu 50 ng/kg'dır. Bu çalışmada İstanbul'daki marketlerde satılan 35'i normal, 19'u organik, 15'i meyveli ve 15'i süzme olmak üzere toplam 84 adet yoğurt örneği AFM1 varlığı ve düzeyi açısından ELISA yöntemiyle incelenmiştir. Yoğurt örneklerinin tamamının (%100) 5,08 ng/kg ile 77,48 ng/kg arasında değişen konsantrasyonlarda AFM1 içerdiği belirlenmiş, AFM1 konsantrasyonlarının ortalaması 23,99±14,67 ng/kg olarak hesaplanmıştır. Örneklerin 24'ünün (%28,57) 15 ng/kg'ın altında, 41'inin (%48,81) 15,01-30 ng/kg arasında ve 14'ünün (%16,67) ise 30,01-50 ng/kg arasında AFM1 ile kontamine olduğu tespit edilmiştir. İncelenen yoğurt örneklerinden beşinin (%5,95) TGK'ye ve AB kriterlerine göre belirlenmiş limit değerin üzerinde AFM1 içerdiği saptanmıştır. Hepsi organik yoğurt olan bu örneklerin AFM1 konsantrasyonları sırasıyla 54,78; 59,30; 69,98; 77,09 ve 77,48 ng/kg olarak tespit edilmiştir. Örneklerin tamamının AFM1 ile kontamine olmasının bir halk sağlığı problemi oluşturduğu, bunun önlenmesi için gerekli tedbirlerin alınması ve kontrolünün sağlanmasının önem taşıdığı düşünülmektedir.