Theses supervised by Prof. Dr. Canan Can
20 theses · Gaziantep University
Şeftali anacı olarak prunus melezlerinde kök ur nematodu (Meloidogyne spp.:Nemata) dayanıklılığının moleküler markır sistemleri ile incelenmesi
Kök-ur nematodları şeftali ve badem gibi Prunus cinsi meyve ağaçlarının aktif gelişimini yavaşlatarak ağaçların direncini azaltmakta ve verim kaybına neden olmaktadır. Bu nedenle Prunus türlerinde nematodlar ile mücadelede kök-ur nematodlarına dayanıklı anaç kültürlerinin kullanılması önem kazanmıştır. Prunus türlerinde kök-ur nematodlarına karşı dayanıklılığı sağlayan genlere (RMia, Ma ve RMja genleri) sıkı bağlantı gösteren DNA markör sistemleri geliştirilmiş ve bu sistemlerin marker assisted selection (MAS) ile kullanılabileceği rapor edilmiştir. Bu çalışmada Ferragnes × GN22, Nemaguard × Ferragnes, GN22 × AB3, Nemaguard × AB3, Ferragnes × Nemaguard, Nemaguard × GN22 kroslarından elde edilen F1 melez bireylerin kök-ur nematodlarına karşı dayanıklılık durumları belirlenmiştir. Ebeveyn bireylerde [Nemaguard, GN22, Ferragnes, AB3 (Amygdalus orientalis Mill.) ve GF677] polimorfik ayrım sağlayan dolayısı ile F1 bireylerin seleksiyonuna imkân tanıyan üç markır belirlenmiştir. Bu markırlar ile gerçekleştirilen PCR analizleri sonucunda; AMPP117 primeri ile 82 melez birey test edilmiş; bunlardan 64 bireyin dayanıklı, 18 bireyin ise hassas profil sergilediği tespit edilmiştir. LRR65 primeri ile 77 melez birey test edilmiş; bunlardan 29 bireyin dayanıklı, 48 bireyin ise hassas profil sergilediği tespit edilmiştir. SSRO5I12 primeri ile 86 melez birey test edilmiş; bunlardan 34 bireyin dayanıklı, 52 bireyin ise hassas profil sergilediği tespit edilmiştir.
Akdeniz ve Ege bölgeleri'nde nohutta yanıklık hastalığına neden olan Didymella rabiei'nin patojenik karakterizasyonu ve eşey tipi analizleri
Ülkemizde ekonomik öneme sahip olan baklagil türü olan nohut (Cicer arietinum L.) bitkisinde fungal hastalık etmenleri verim ve kalitede önemli derecede düşüşlere neden olmaktadır. Bu tez çalışmasında, Akdeniz ve Ege Bölgeleri'nde Ascochyta yanıklığı etmeni Didymella rabiei (Kovachevski) vonArx [anamorph: Ascochyta rabiei (Passerini) Labrousse]'nin hastalık şiddetinin belirlenmesi, patotip tanımlamaları ve eşey tipi dağılımlarının saptanması amaçlanmıştır. Akdeniz ve Ege Bölgeleri'nde 2014-2016 yılı Haziran-Temmuz ayları arasında 14 ilde yapılan survey çalışmaları sonucunda en yüksek hastalık şiddeti İzmir, Denizli ve Adana illerinde saptanmıştır (sırasıyla % 48,60, 39,60 ve 33,76). Toplamda 494 izolat elde edilerek uzun süreli muhafaza altına alınmıştır. Patotip belirlemede 108 izolat değerlendirilmiş, bu izolatların 1 tanesi Patotip-I, 4 tanesi Patotip-II, 6 tanesi Patotip-III, 29 tanesi Patotip-IV ve 68 tanesi ise düşük virülense sahip olan izolatlar olarak belirlenmiştir. D. rabiei izolatlarının eşey tipi analizleri 476 izolat ile yapılmış, %59,03 Mat 1.1 ve %40,97 Mat 1.2 oranları saptanmıştır. Akdeniz ve Ege Bölgeleri'nde Patotip-IV ilk defa bu tez çalışması ile rapor edilmiştir.
Vigna radiata ekotiplerinde genetik çeşitlilik ve filogenetik ilişkilerin belirlenmesi
Maş fasulyesi, dünyada tropik ve subtropik iklim koşullarında yetiştirilen önemli bir baklagil bitkisidir. Bu tarım bitkisinin besin içeriği açısından zenginliği ve kısa dönem içerisinde hasata hazır olması bitki rotasyon sistemlerinde önemli tane baklagil haline gelmesini sağlamaktadır. Türkiye'de mercimek, nohut ve fasulye gibi tane baklagillerin tarımı yaygın olarak yapılmaktadır. Bundan dolayı genetik ve moleküler çalışmalar ağırlıklı bu bitkilerde yapılmaktadır. Maş fasulyesi diğer baklagil bitkilerinden araştırma açısından geride kalmasına rağmen Güneydoğu ve Doğu Anadolu Bölgeleri'nde tarımı yapılmaktadır. Türkiye'de maş fasulyesinin moleküler karakterizasyonu ve genetik çeşitliliği çalışmalarına literatür taraması sırasında rastlanmamıştır. Maş fasulyesinde bu zamana kadar yapılan çalışmalarda genel olarak fenotipik ve zirai önemi üzerinde durulmuştur. Bu durum genetik çeşitlilik açısından değerlendirilme yapılabilmesi bilgi eksikliğinden dolayı genetik kaynakların doğru değerlendirilmesini ciddi ölçüde sınırlamaktadır. Bu çalışmanın amacı; morfolojik olarak birbirine benzer olanların toplandığı maş fasulyesi tohumlarında DNA barkodlama yapılarak filogenetik analiz ile teşhisler sonrasında RAPD ve ISSR markır sistemleri yardımıyla genetik çeşitliliği belirlemektir. Çalışmamızda Gaziantep, Kahramanmaraş, Adıyaman, Ankara ve Malatya illerinde tarımı yapılan tohumları toplanan maş fasulyesi külti-genlerinin RAPD, ISSR ve DNA barkod markır sistemleri kullanılarak genetik çeşitlilik ve filogenetik analizler gerçekleştirilmiştir. Çalışmamız Türkiye'de tarımı yapılan maş fasulyesi popülasyonunun ilk genetik karakterizasyonu çalışması olma özelliğini taşımaktadır.
İç Anadolu bölgesinde nohutta yanıklık hastalığına neden olan Didymella rabiei'nin patojenik karakterizasyonu ve eşey tipi analizleri
Ülkemizde ekonomik öneme sahip olan baklagil türü olan nohut (Cicer arietinum L.) bitkisinde fungal hastalık etmenleri verim ve kalitede önemli derecede düşüşlere neden olmaktadır. Bu tez çalışmasında, İç Anadolu Bölgesi'nde Ascochyta yanıklığı etmeni Didymella rabiei'nin hastalık şiddetinin belirlenmesi, simptomlu bitkilerin kapsül, gövde ve yapraklardan etmen izolasyonu, izolatların patotip belirlemeleri ve eşey tipi karakterizasyonu amaçlanmıştır. İç Anadolu Bölgesi'nde 2014 yılı Haziran-Temmuz ayları arasında 10 ilde yapılan survey çalışmaları sonucunda en yüksek hastalık şiddeti Ankara ve Yozgat illerinde saptanmıştır. Toplamda 271 izolat elde edilerek uzun süreli muhafaza altına alınmıştır. Patotip belirlemede 62 izolat değerlendirilmiş, bu izolatların 17 tanesi Patotip-I, 6 tanesi Patotip-II, 11 tanesi Patotip-III, 15 tanesi Patotip-IV ve 13 tanesi ise düşük virülense sahip olan izolatlar olarak belirlenmiştir. D. rabiei izolatlarının eşey tipi analizleri 189 izolatta yapılmış, %35,98 Mat1.1 ve % 64,02 Mat1.2 oranları saptanmıştır. İç Anadolu Bölgesi'nde Patotip-IV ilk defa bu tez çalışması ile rapor edilmiştir. Anahtar Kelimeler : Cicer arietinum L., Ascochyta rabiei, eşleşme tipi analizi, patotip.
Karadeniz Bölgesi'nde nohutta ascochyta yanıklığının hastalık şiddeti, eşleşme tipi ve patotip gruplarının belirlenmesi
Ülkemizde Karadeniz Bölgesi'nde kültürü yapılan nohutta (Cicer arietinum L.) verimliliği kısıtlayan en önemli sorunlardan biri olan Ascocchyta yanıklık etmeni Didymella rabiei (Kovachevski) von Arx [anamorph: Ascochyta rabiei (Passerini) Labrousse] 'nin bölge genelinde hastalık şiddeti, patojenik karekterizasyonu ve eşleşme tipi analizleri çalışılmıştır. Karadeniz Bölgesi'nde 2014 yılında Temmuz ayında yapılan survey çalışmaları sonucunda, hastalık şiddeti (%) en yüksek Samsun ilinde (% 58, 86), en düşük ise Giresun ilinde (% 0,75) saptanmıştır. Survey çalışmaları sonucunda toplamda 176 adet D. rabiei izolatı elde edilmiştir. Farklı lokasyonlardan 114 adet izolat eşleşme tipi analizlerinde kullanılmıştır. Elde edilen veriler doğrultusunda 56 izolat Mat 1.1 ve 58 izolatın Mat 1.2 olduğu görülmüştür. Mat 1.1/ Mat 1.2 oranında mendelin 1:1 oranından sapma göstermediği görülmüştür. Patotipleme çalışmalarında kullanılan izolatların eşleşme tipi dağılımları ve örnekleme alanının hastalık şiddeti dikkate alınarak yapılan çalışmada toplamda 58 izolat içerisinde, Patotip-I %1,72, Patotip-II %10,34, Patotip-III %27,60, Patotip-IV % 43,10 ve Düşük-V %7,24 olarak belirlenmiştir. Bu tez çalışması kapsamında, patotip belirleme çalışmalarında Karadeniz Bölgesine ait Patotip-IV ilk kayıt olarak belirlenmiştir.
Marmara Bölgesi'nde nohutta yanıklık hastalığına neden olan Didymella rabiei'nin genetik karakterizasyonu ve patojenisite analizleri
Nohut (Cicer arietunum L.) dünyanın pek çok ülkesinde yetiştiriciliği yapılan protein bakımından oldukça zengin baklagil bitkisidir. Nohut veriminde ve kalitesinde ciddi kayıplara yol açan bir çok abiyotik ve biyotik stres faktörleri bulunmaktadır. Bu faktörlerden en önemlisi Didymella rabiei' dir ve nohutta %100'e varan ürün kayıplarına neden olmaktadır. Bu çalışmada, Marmara Bölgesi'nde hastalık şiddetinin belirlenmesi, D. rabiei izolatlarında eşleşme tipi ve patotip karakterizasyonunun tespit edilmesi amaçlanmıştır. En yüksek hastalık şiddeti Tekirdağ ve Çanakkale illerinde saptanmıştır. Alınan 87 izolatın 55 tanesinin eşleşme tipi dağılımı belirlenmiştir. Eşleşme tiplerine göre izolatların 23 tanesi MAT1-1, 32 tanesi MAT 1-2 olarak tespit edilmiştir. Elde edilen sonuçlara göre eşleşme tipleri Mendel' in 1:1 oranına göre sapma gösterdiği belirlenmiştir. Marmara Bölgesi' nin 5 farklı ilinden elde edilen 27 Didymella rabiei izolatlarının patojenik karakterizasyonu 5 farklı nohut çeşitlerinden (ILC482, ILC1929, ICC12004, ICC3279, SARI) oluşan bir set ile belirlenmiştir. Çalışmada kullanılan izlolatlar düşük virülenslik göstermiştir. Marmara Bölgesi'nde Ascochyta yanıklığına karşı entegre kontrol sistemlerinin uygulanması gerekmektedir.
Yabani nohutlarda (Cicer spp.) ascochyta yanıklık etmeni didymella rabiei'nin patojenik karakterizasyonu ve eşey tipi analizleri
Didymella rabiei (Kovachevski) vonArx [anamorph: Ascochyta rabiei (Passerini) Labrousse], hem kültürü yapılan nohutta hem de yabani nohut türlerinde (Cicer spp.) konukçu özgüllüğü gösteren, "Ascochyta Yanıklığı" olarak bilinen ve bitkinin tüm toprak üstü aksamını etkileyen hastalığa neden olan nekrotrofik bir fungal fitopatojendir. Bu çalışmada tek yıllık yabani Cicer türlerinin (C. reticulatum, C. echinospermum, C. pinnatifidum, C. bijugum ve çok yıllık C. anatolicum ile C. isauricum) bazı morfolojik ve ekolojik özellikleri belirlenerek. C. reticulatum, C. pinnatifidum ve C. anatolicum türlerinden izole edilen Didymella rabiei'nin patojen karakterizasyonu ve eşleşme tipi analizleri yapılmıştır. Çalışmada C. pinnatifidum orijinli 200 adet D. rabiei izolatı için Mat-spesifik primerler kullanılarak yapılan PCR analizleri ile izolatların Mat tipi dağılımları belirlenmiştir. Mat1-1/Mat1-2 dağılım oranları popülasyonlar arasında farklılık göstermeyip izolatların tamamının Mat1-2 olduğu tespit edilmiştir. Yabani Cicer türlerinden C. reticulatum C. pinnatifidum ve C. anatolicum ile kültür nohudu C. arietinum orijinli D. rabiei izolatları kullanılarak yapılan virülenslik çalışmalarında yabani Cicer spp. (C. pinnatifidum C. reticulatum ve C. anatolicum) orijinli izolatlar ile C. arietinum orijinli izolatların virülenslik dereceleri karşılaştırılmıştır. C. reticulatum orijinli izolatların (%42.11), C. arietinum orijinli izolatların (%32.53) C. pinnatifidum orijinli izolatların (%22.76) ve C. anatolicum orijinli izolatlar (%10.72) ile düşük virülenslik gösterdikleri tespit edilmiştir. Ayrıca gerçekleştirilen arazi çalışmalarıyla yabani Cicer türlerinin yayılış gösterdiği toprakların genel özellikleri nin belirlenmesi amacıyla 5 farklı popülasyondan 3 farklı Cicer türünü temsil edecek şekilde toprak materyali alınarak doygunluk, tuz, pH, kireç, organik madde ve iyon içeriği gibi çeşitli toprak analizleri gerçekleştirilmiştir. Çalışma kapsamında belirtilen C. reticulatum ve C. anatolicum orijinli D. rabiei izolatları dünya literatüründe ilk defa bu çalışma ile rapor edilmiştir. Anahtar kelimeler: Yabani Cicer spp., Didymella rabiei, eşleşme tipi, virülenslik seviyesi
Antepfıstığında fusarium spp. mücadelesinde bazı fungusitlerin in vitro etkinlikleri üzerine araştırmalar
Yeni tesis edilen Antepfıstığı alanları ve fidanlıklarda görülen solgunluk ve kurumalara neden olan etmenlerden Fusarium oxysporum ile Fusarium solani izolatlarına karşı seçilen yedi adet fungusitin in vitro etkinlik düzeyleri çalışılmıştır. Prothioconazole + Spiroxamine etkili madde içeren bitki koruma ürünü, miseliyal gelişim denemelerinde F. oxysporum izolatlarında 20 ppm'den itibaren, F. solani (K.2.5.1)'de ise 100 ppm'den itibaren artan tüm dozlarda %100 etkili bulunmuştur. Fosforoz asidi içeren fungisit, tavsiye dozunun 2,5 katında her iki tür üzerinde %18,3 - %33,3 oranlarında etkili bulunmuştur. Metalaxyl-M + Mancozeb etkili maddeli bitki koruma ürünü, F. solani izolatında 100 ppm dozunda gelişmeyi %100 düzeyinde engellerken, F. oxysporum'un Fidan.1 nolu izolatında, 500 ppm dozunda gelişmeyi %100 engellemiş ve F. oxysporum'un 63.111 nolu izolatında ise tavsiye dozunda (250 ppm) gelişmeyi %43,65 oranında engellediği belirlenmiştir. Promocarb + Cymoxonail etkin maddeli fungusit, F. oxysporum izolatları üzerinde miseliyal gelişim denemelerinde herhangi bir etki göstermezken. F. solani izolatında en yüksek dozda (350 ppm) %55,04 oranında etkili olduğu saptanmıştır. Konidiyal çimlenme üzerinde Prothioconazole + Spiroxamine ve Captan etkin madde içeren fungusitler denemeye alınan tüm izolatlarda en düşük dozlarda bile %100 inhibisyon sağlamıştır. Miseliyal gelişim ve konidi çimlenmesinde en etkili kimyasal olarak belirlenen Prothioconazole + Spiroxamine'nin EC50 değerleri sırasıyla 63.111 nolu izolatta 3,67 ml, Fidan.1 nolu izolatta 3,72 ml ve K.2.5.1 nolu izolatta 56,83 ml olarak tespit edilmiştir.
Mercimekte fusarium solgunluğu etmeni Fusarium oxysporum f.sp. lentis'in biyolojik kontrolü üzerinde araştırmalar
Mercimek (Lens culinaris Medikus subsp. culinaris) Güney ve Batı Asya, Kuzey ve Doğu Afrika'da yetiştirilmekte olup, özellikle gelişmekte olan ülkelerde ekonomik öneme sahiptir. Bu kapsamda mercimek üretim ve verimini etkileyen biyotik ve abiyotik faktörlerin belirlenmesi önem taşımaktadır. Mercimek yetiştiriciliğinde küresel bir fungal patojen olan Fusarium oxysporum f.sp. lentis'in neden olduğu Fusarium solgunluğu mücadelesi için bitki gelişimini teşvik edici alternatif yolların bulunması gerekmektedir. Bu tez çalışması kapsamında, Güneydoğu Anadolu Bölgesi yabani mercimek nodüllerden elde edilmiş 30 rizobiyal bakterinin PGPR olarak kullanılabilirlikleri araştırılmıştır. Bakteri izolatlarının in vitro antagonistik etkisi ve fenotipik özellikleri belirlenmiştir. Bakterilerin in vitro antagonistik etkileri açısından istatistiki farklılıklar gösterdiği saptanmıştır (p≤ 0.05). ayrıca bakteri izolatlarının IAA, HCN, siderofor üretimi ve fosfat çözme aktivitelerinde farklılıklar belirlenmiştir. Çalışma sonuçları F. oxysporum f.sp. lentis'in biyolojik kontrolunda kullanılabilecek veriler içermektedir.
Türkiye'de nohut yetiştiriciliği yapılan bölgelerde solgunluk ve sararmaya neden olan Fusarium oxysporum f. sp. ciceris'in patojenik karakterizasyonu ve vejetatif uyum grupları'nın belirlenmesi
Nohutun solgunluk ve sararma hastalığı ajanı olan Fusarium oxysporum f. sp. ciceris'in (FOC) patojenik karakterizasyonu amacıyla 2015 ve 2016 yıllarında nohut yetiştirilen 37 ilde survey çalışmaları yapılmıştır. Ortalama hastalık şiddeti, insidansı ve yaygınlığı sırasıyla %3,24, %4,04 ve %53,90 olarak belirlenmiştir. Survey çalışmaları sırasında Mersin, Isparta, Aksaray ve Eskişehir illerinde solgunluk ve diğer illerde ise sararma semptomları gözlemlenmiştir. Sararma tipinde hastalık şiddeti ile bağıl nem (r=-0,25; p<0,01) ve yağışlı günler sayısı (r=-0,23; p<0,01) arasında negatif korelasyon; sıcaklık arasında pozitif korelasyon saptanmıştır (r=0,383; p<0,01). Solgunluk tipinde istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki bulunmamıştır (p>0,05). Patojenisite testlerinde solgunluk ve sararma izolatlarının virülenslik seviyeleri farklı olmasına rağmen hastalık semptomları benzer olmuştur. Solgunluk izolatları (%49,43 DSI) sararma izolatlarına göre (%29,39 DSI) daha virülenttir. FOC ve patojenik olmayan F. oxysporum izolatlarının tek VCG'de bulunduğu Türkiye'den ilk kez rapor edilmektedir. Bu çalışma, FOC'in kompleks yapısını açıklamakta ve bu yıkıcı patojene karşı dayanıklı/tolerant nohut çeşitlerinin geliştirilmesine acil bir ihtiyaç olduğunu vurgulamaktadır.
Determination of sunflower (Helianthus annuus) ve soybean (Glycine max) variety reactions to macrophomina phaseolina and characterization of the agent
Macrophomina phaseolina is a polyphagous phytopathogenic fungus and it can cause serious yield losses on economically important crop plants and the most appropriate control measure is utilization of resistance sources. To achieve this, an efficient, fast, and reliable screening method is prerequisite. The aim of this study was to apply widely used inoculation methods and test effect of inoculum maturity on disease development under fully controlled conditions and to define the phylogenetic analysis of M. phaseolina population collected from maize, sunflower and soybean. Fastest disease development on sunflower was observed for cut-stem and stem-tape inoculation methods applied using young hyphal inoculum and both applications had high repeatability rate. However, cut-stem can be applied only for pathogenicity studies due to high predisposition of sunflower seedlings after application of cut-stem inoculation method while opposite situation was observed for stem-tape inoculation method. Cut-stem inoculation technique was proven to be repeatable method for pathogenicity and variety reactions studies on soybean. The 11 TR 077 variety was found moderately resistant among sunflower cultivars tested and no complete resistance was observed for soybean varieties. phylogenetic analysis of ITS region formed 3 clusters with 1 cluster containing only sunflower originated isolates, 1 cluster containing only maize originated isolates and 1 cluster comprised of soybean and maize isolates.
Determination of reactions of chickpea (Cicer spp.) genotypes against fusarium wilt agent Fusarium oxysporum f.sp. ciceris
Chickpeas supply high quality protein to the South and West Asia and the Mediterranean Basin. Chickpea Fusarium wilt disease caused by Fusarium oxysporum f. sp. ciceris is one of the fundamental yield-limiting factor of chickpea in these areas. The most efficient control measure of F. oxysporum f. sp. ciceris is to breed resistant varieties requiring efficient population characterization of the causal agent. This study was conducted to investigate the races of F. oxysporum f. sp. ciceris in chickpea cultivating areas in Turkey and to screen wild (C. reticulatum) and cultivated (C. arietinum) genotypes with race 0 and 2 to define resistant/tolerant lines. Eighteen isolates were screened by using C-104, JG-62, JG-74, GPS-1, BG-212, WR-315, L-550, GHAFFA, K-850, ANNIGERY, ILC482, and BG-215 genotypes to define the races. Pathogen isolates showed differences in symptoms of the disease. Among the isolates used in the study, the lowest virulence level was found with FDK6 (race 0) and the highest virulence level was in FAKM 25 (race 2). The BG-215 genotype was found to have the highest level of resistance in all isolates, while C-104 was determined as the most susceptible genotype. Among the genotypes tested in C. reticulatum and C. arietinum resistance genetic resources against race 0 and 2 of F. oxysporum f. sp. ciceris were identified. The data obtained would support breeding studies in chickpea against F. oxysporum f.sp. ciceris.
Gaziantep'te doğal yayılış gösteren bazı yabani baklagil türlerinden rhizobial bakterilerin fenotipik ve genotipik karakterizasyonu
Yabani atalarının bulunduğu ve olası gen merkezini kapsayan çalışma alanımızda doğal yayılış gösteren tane baklagillerden Cicer pinnatifidum, Lens culinaris subsp. orientalis ve Pisum sativum subsp. yem bitkilerinden ise Lathyrus subsp. ve Vicia subsp. türlerini nodüle eden rhizobial bakterilerin fenotipik ve genotipik çeşitliliği belirlenmiştir. Fenotipik açıdan stres koşullarına karşı oldukça dayanıklı olduğu belirlenen rhizobial izolatların PCA sonuçları bu bakteriler üzerinde özellikle pH ve tuz konsantrasyonlarının önemli bir etkiye sahip olduğunu göstermiştir. 16S rRNA'ya dayalı filogenetik analizler sonucunda bu yabani türlerin Rhizobium ve non-Rhizobium olmak üzere en az 8 grup tarafından nodüle edildiği belirlenmiştir. En büyük grubu Rhizobium sp. ve Rhizobium leguminosarum olarak belirlen izolatlar oluştururken daha önce non-simbiyotik olarak belirlenen Rhizobium pusense'nin ise C.pinnatifidum ve L.culinaris subsp. orientalis'i nodüle ettiği tespit edilmiştir. Son yapılan çalışmalarda farklı türleri nodüle ettiği belirtilen Klebsiella sp.'nin bu çalışmada C.pinnatifidum'u; Pseudomonas sp.'nin de C.pinnatifidum, P. sativum subsp. ve Lathyrus subsp.'yi nodüle edebileceği belirlenmiştir. Ayrıca bu türlerin yanı sıra Burkholderia sp., Serratia sp. ve Phyllobacterium sp. ile ilişkili izolatlar da belirlenmiştir.
Güneydoğu Anadolu Bölgesi Antepfıstığı yetiştiriciliğinde tarımsal uygulamaların toprağın fiziksel, kimyasal bileşenleri ve Bacillus spp. dağılımına etkisi
Güneydoğu Anadolu Bölgesi Antepfıstığı bahçeleri ve uzun yıllardır mayın döşeli olan sınır bölgesi çalışma alanı olarak belirlenmiştir. Mayınlı alanlardan (Alan I), doğal yetiştiriciliğin yapıldığı Antepfıstığı bahçelerinden (Alan II) ve tarımsal uygulamaların (pestisit uygulama, gübreleme ve toprak işlemenin) yapıldığı (Alan III) alanlardan alınan toprak örneklerinin fiziksel, kimyasal, biyolojik ve ağır metal içerikleri açısından karşılaştırılmıştır. Araştırma sonuçlarına göre topraklar kil, killi tın, siltli tın, kumlu killi tın ve tınlı, hafif alkali reaksiyonlu ve kireçli bulunmuştur. Toprak örneklerinin tuzsuz, organik madde ve toplam N'un yetersiz, K ve Mg içeriğinin yüksek ve ağır metal Pb içeriğinin ise toksik düzeyde olduğu belirlenmiştir. Bölgeler arasında toplam aerobik mezofilik canlı bakteri sayısı bakımından anlamlı (p<0.05) bir fark olduğu belirlenmiştir. Alternaria sp., A. flavus, P. pistacina ve Septoria sp. türlerine karşı en yüksek antagonistik etkiye sahip suşun MH323438 (B4) olduğu belirlenmiştir. Toprağın, fiziksel ve kimyasal değişkenlerinin Bacillus taksonunun dağılımında önemli rol oynadığı ve özellikle toprak Mn, Zn ve pH değerlerinin Bacillus dağılımı üzerinde önemli bir etki gösterdiği belirlenmiştir.
Badem anaçlarında kök-ur nematodu (Meloidogyne spp.: Nemata) dayanıklılığının moleküler markır sistemleri ile incelenmesi
Badem (Prunus dulcis Mill.) ülkemizin ekonomik gelir getiren önemli bir sert çekirdekli meyve türüdür. Kök-ur nematodları (Meloidogyne spp.) birçok meyve ve sebze türünde verim kayıplara neden olmaktadır. Prunus türlerinde kullanılan anaçlar kök-ur nematodlarına karşı hassastır, dolayısı ile anaç ıslahı çalışmalarında nematod dayanıklılığı önemli bir karakterdir. Myrobalan eriği (Prunus cerasifera) kök-ur nematoduna (Meloidogyne spp.) dayanıklıdır. Nematodlara karşı dayanıklığı sağlayan genlere sıkı bağlantı gösteren markır sistemleri geliştirilmiştir. Markıra dayalı seleksiyon ile hastalık ve zararlılara karşı dayanım izlenebilmektedir. Bu sayede zamandan ve masraftan tasarruf ederek kısa sürede istenilen özelliğe sahip bitkileri saptamak ve gerektiğinde bunları ıslah çalışmaları başlangıcında ebeveyn olarak kullanmak gibi avantajlar sağlanabilmektedir. Badem ve erik F1 melezlerinin DNA markır sistemleri ile nematod dayanıklılık genleri açısından değerlendirilmesine yönelik ülkemizde çalışma bulunmamaktadır. Bu çalışma, ülkemizde, bademde ilk kez yapılmıştır. Badem anaçlarında kök-ur nematodlarına karşı dayanımı belirlemek amacıyla 7 adet ebeveyn birey ve bu ebeveynlere ait 353 adet F1 bireyleri test edilmiştir. Markıra dayalı seleksiyonlarda, SSR (plgms8, plgms9, plgms17 ve plgms19), STS (STS-OPS14a, STS-834b) ve SCAR (SCAL19, SCAFLP2, SCAFLP3, SCAFLP4, SCAFLP5) markırları kullanılmıştır. Ki-kare testi sonuçlarına göre, plgms19 markırının kök-ur nematodlarına karşı dayanıklılığın belirlenmesinde, STS-OPS14a markırının ise kök-ur nematodlarına karşı hassaslığın belirlenmesinde kullanılabileceği saptanmıştır.
Antep fıstığında (Pistacia vera L.) aflatoksin oluşturan aspergillus türlerinin belirlenmesi
Antep fıstığı (Pistacia vera L.) Türkiye pazarında önemli bir yer almaktadır. Aspergillus türleri aflatoksin üretmekte ve fıstığı kontamine ederek, ürün kalitesini azaltmaktadır. Antep fıstığında Aspergillus spp. infeksiyonlarının ne zaman başladığı, hasat öncesi, işleme ve depolardaki popülasyonu hakkında detaylı bilgi bulunmamaktadır. Bu amaçla; Antep fıstığında aflatoksin üreten Aspergillus cinsinin Flavi grubuna bağlı türlerin belirlenmesi üzerinde araştırmalar yapılmıştır. Bu çalışmada Flavi grubunda bulunan ve aflatoksin oluşumunu sağlayan Aspergillus flavus ve Aspergillus parasiticus türlerinin tanımlanması yapılmıştır.Toplanan örneklerin analizi sonucunda, Antep fıstığının çiçeklenme döneminden hasat öncesi döneme kadar Aspergillus popülasyonun düşük olduğu, hasat döneminde ve depolarda ise popülasyonunun artığı belirlenmiştir. Şanlıurfa ve Adıyaman illerinde A. flavus' un yoğun olarak bulunduğu tespit edilmiştir. Ayrıca çalışmada, A. flavus ve A. parasiticus türlerinin PCR-RFLP yöntemi ile de moleküler tanımlanması yapılmıştır. aflR gen bölgesine göre izolatlardan 32'si A. flavus ve 1'i ise A. parasiticus olarak belirlenmiştir. Ancak ITS gen bölgesinin bu iki türü ayırmada farklılık göstermediği düşünülmektedir. Çalışma sonucu elde edilen veriler değerlendirildiğinde; A. flavus ile A. parasticus'un birbirinden ayırımında aflR gen bölgesinin ITS gen bölgesinden daha güvenilir sonuçlar verdiği düşünülmektedir.Anahtar Kelimeler: Pictacia vera L., Aspergillus parasticus, Aspergillus flavus, PZR-RFLP, Aflatoksin
Güneydoğu Anadolu Bölgesi'nde yetiştiriciliği yapılan antepfıstığında (Pistacia vera L.) alternaria yanıklık hastalığının karakterizasyonu
Antep fıstığı ticari değeri yüksek olan bir üründür ve üretimi en çok Güneydoğu Anadolu Bölgesi'nde yapılmaktadır. Bununla birlikte ülkemizde antep fıstığında hastalık oluşturan birçok fitopatojen tespit edilmiştir. Bu çalışmada meyvelerde hastalık oluşturan Alternaria yanıklık hastalığı etmenin patojenik karakterizasyonun ve eşey tipi dağılımının belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu nedenle, Güneydoğu Anadolu Bölgesi'nde antep fıstığı Alternaria yanıklık hastalığı simptomlarına sahip meyvelerden Alternaria spp. izolasyonları yapılmıştır. Bu bölgede hastalık, sıcaklıkların artmasıyla Mayıs ayından başlayıp hasadın yapıldığı Eylül ayına kadar devam etmektedir. Mayıs – Eylül aylarında bu bölgeden toplanan hastalıklı meyvelerin yaklaşık % 51'i Alternaria spp. tarafından infekte edildiği belirlenmiştir. Patojenisite çalışmaları antep fıstığının Ohadi çeşidine inokule edilmesiyle 83 Alternaria spp. izolatı üzerinde gerçekleştirilmiş ve tümünün patojenik olduğu belirlenmiştir. Patojenin eşleşme tipi analizleri yapılmış ve MAT1.1 ve MAT1.2 oranlarının birbirine yakın olduğu belirlenmiştir. Türkiye'de antep fıstığında Alternaria yanıklığı üzerinde yapılmış detaylı çalışmalar bulunmamaktadır. Bu nedenle bu tez çalışması gelecekte bu konuda çalışacak araştırmacılara ışık tutacaktır. Anahtar Kelimeler: Antep fıstığı, Alternaria spp., patojenisite, PCR-MAT.
Akdeniz ve Ege bölgesinde Pistacia türlerinde alternaria yanıklık hastalığının karakterizasyonu ve eşleşme tipi analizleri
Ülkemiz ekonomisinde önemli bir paya sahip olan antepfıstığında (Pistacia vera L.) ve yabani Pistacia sp. türlerinde verim ve kalitesini etkileyen fitopatolojik etmenler bulunmaktadır. Bu çalışmada, özellikle son yıllarda meyvelerde kararma şeklinde meydana gelen ve verim kaybı ile beraber ürün kalitesinde azalmaya neden olan Alternaria spp. probleminin ortaya koyulması amacı ile çalışmalar yapılmıştır. Meyvelerde kararmaların Mayıs-Haziran ayları itibarı ile başladığı ve Pistacia sp. hasat dönemi olan Eylül ayına kadar artan şekilde devam ettiği gözlemlenmiştir. Alternaria Yanıklık Hastalığı simptomları bulunduran meyve dış kabuklarından ve yapraklardan yapılan izolasyonlarda ağırlıklı olarak Alternaria spp. elde edilmiştir. Patojenisite denemelerinde 164 adet Alternaria spp. izolatı Ohadi çeşidinin meyvelerine inokule edilmiş ve virülens oldukları belirlenmiştir. Alternaria spp. izolatlarının eşleşme tipi bölgelerinin sekans analizleri yapılmış, Mat1.1 ve Mat1.2 oranları birbirine yakın bulunmuştur. Pistacia sp. türlerinde Alternaria yanıklığı hastalığı üzerinde ülkemizde yapılmış detaylı bir çalışma bulunmamaktadır. Bu tez çalışması ile ilk kez ele alınan Alternaria yanıklığı hastalık etmenleri üzerinde bundan sonra yapılması planlanan çalışmalara temel teşkil edecektir. Anahtar Kelimeler: Pistacia spp., Alternaria spp., Karakterizasyon, Eşleşme Tipi.
Pistacia vera'dan izole edilen aspergillus türlerinin PCR-RFLP analizleri
Pistacia vera L. Batı Asya ve Orta Doğu Bölgelerinde yetişen Anacardiaceae familyasına ait yaprağını döken bir ağaçtır (Woodroof, 1967; Tous & Ferguson, 1996). Antepfıstığı Avrupanın Akdeniz Bölgelerinde, Kuzey Afrika, Orta Doğu, Kalifornia ve Çin'in geniş alanlarında yetişen iki evcikli bir bitki türüdür (Onay vd., 2004). Başlıca antepfıstığı üreten ülkeler İran, Türkiye, Suriye ve Amerka Birleşik Devletleridir (FAO, 2004). Antepfıstığı üretimi Türkiyede çoğunlukla Güneydoğu Anadolu Bölgelerinde Gaziantep, Şanlıurfa ve Siirt yörelerinde geniş bahçelerde yapılmaktadır. Antepfıstığında tespit edilen çoğu hastalıklar önemli hasarlara yol açmaktadır. Antepfıstığı meyvesini enfekte eden fungal hastalıkların en önemlilerinden biri olan Aspergillus sp. ekonomik zarar veren bir cinstir. Aspergillus türleri dünya çapında çeşitli habitatlarda, yiyecekleri çürüten mikotoksinleri üretir, insan ve hayvan patojeni olarak da bilinmektedir. Aspergillusbüyük miktarda Aflotoksin ürettiğinden Orta Doğu ülkelerinde yetiştirilen antepfıstıklarında büyük tehlike oluşturmaktadır. Bu çalışma Türkiyenin farklı klimatik bölgelerinden toplanan antepfıstığı meyvelerinde izole edilen Aspergillus spp.'lerin DNA polimorfizmlerini belirlemek amacıyla yapılmıştır. Toplam 27 Aspergillus türleri izole edilmiş ve PCR çalışmaları Aspergillus türlerini tespit ve teşhis için geliştirilmiştir. ITS, Aktin ve βTubilin gibi markerler nükleer ribozomal dizayn edilmiş spesifik primerler kullanılmıştır. PCR ürünleri RFLP analizlerini çeşitli restriksiyon enzimleri (HindIII, PstI, TaqI ve EcoRI). RFLP analizlerinde Aspergillus izolatlarında, ITS, Aktin ve βTubilin'lerle PCR ve RFLP'da kullanılmıştır. Düşük oranda polimorfizm tespit edilmiştir.
Pistacia vera'dan izole edilen alternaria türlerinin moleküler arakterizasyonu
Antepfıstığı (Pistacia vera L.) Türkiyede önemli ekonomik gelir getiren bir ürün bitkisidir. Antepfıstığında ve diğer birçok öemli tarım bitkilerinde Alternaria spp.. verim kaybına neden olmaktadır. Antepfıstığında Alternaria yanıklık hastalığına karşı dayanıklılıkta, populasyonun yapısıyla ilgili bilgiler önem taşımaktadır. Bu çalışmada, Alternaria spp.. izolatlarını karakterize etmek için PCR-RFLP yöntemi kullanılmıştır. Alternaria spp.. izolatları Türkiye'nin antepfıstığı yetiştiriciliği yapılan farklı alanlarından elde edilmiştir. Alternaria spp.. tanımlanması için ITS (Internal Transcribed Spacer), Aktin ve TEF (Translaton Elongation Factor) bölgelerine özgü spesifik primerler kullanılarak PCR analizleri yapılmıştır. ITS, Aktin ve TEF bölgeleri için sırası ile yaklaşık olarak 600 bp, 250 bp ve 280 bp amplikonlar elde edilmiştir. PCR ürünleri Hind III, Pst I, Taq I, Hinf, Hah I ve EcoRI endonükleaz kesim enzimleri ile kesilmiştir. Alternaria spp. izolatlarında, ITS, Actin ve TEF bölgelerinin restriksiyon enzim kesimleri ile polimorfizm saptanmamıştır.