Theses supervised by Prof. Dr. Mehmet Oğuz Öztürk
11 theses · Afyon Kocatepe University
Molecular description of medicinal leech (Hirudo verbana carena, 1820) based on DNA sequences
In this study, 641-736 bp partially distinctive nucleotide sequences belonging to the mtCOI and 18S rRNA gene locus from Hirudo verbana samples were identified as identical and registered in GenBank (OM010329, OM010332-37, OM033510, OK091623-32). Among the mtCOI nucleotide sequences of 6 of these isolates (OM010329, 32, 33, 35, 37, OM033510), 1 variation (A > G) was observed at nucleotide 431. The nucleotide percentages in the mtCOI gene sequences of Hirudo verbana samples are (A 24.5-26.0%; T 24.3-25.2%; G 28.1-29.6%; C 20.9-21.6%). The nucleotide percentages in the 18S rRNA gene sequences are (26.9-27.2% A; 26.7-26.8% T; 28.3-28.6% G; 17.4-17.9% C). According to the mtCOI sequence dataset distance matrix obtained by the Pairwise comparison method, there was a complete agreement between the H.verbana isolates identified in this study and the H.verbana isolate registered in the GenBank. mtCOI gene sequence results of the isolates confirmed the taxonomic position of H.verbana, which was defined according to its anatomical and morphological features. As a result, mtCOI and 18S rRNA gene sequences were defined for the first time in this study on the samples belonging to H.verbana species in Karamık Lake, and it contributed to the determining the genetic characteristics of this species on a local and global scale.
Eğirdir gölü'nden Sander lucioperca'daki Eustrongylides excisus larvalarının (NEMATODA) DNA dizisi tabanlı olarak moleküler tanımlaması
Bu çalışmada, 3 Eustrongylides excisus örneğinden 18S rDNA ve 28S rDNA gen lokusuna ait 926-954 bp kısmi belirgin nükleotid dizileri özdeş olarak tanımlanmış ve GenBank'ta kayıt altına alınmıştır (OP480437-39). Eustrongylides excisus örneklerinin 18S rDNA gen dizilerindeki nükleotid değerleri tanımlanmıştır: % 26,94-27,26 A; %26,78-26,84 T; % 28,30-28,62 G; % 17,39-17,92 C. Pairwise comparison metodu ile elde edilen 18SrDNA dizi veri kümesi mesafe matrisine göre, bu çalışmada tanımlanan Eustrongylides excisus izolatları (OP480437-39) ile GenBank'ta kayıtlı Eustrongylides excisus izolatları (MK007967, MT415236, MK545494) arasında tam bir uyum görülmüştür (%0,0). Bu Eustrongylides excisus izolatları Maximum likelihood filogram analizinde aynı kümede toplanmıştır. İzolatların internal transkripsiyonlu ayırıcı (ITS) bölgesi 18S rDNA ve28S rDNA gen sekansı sonuçları, Eustrongylides excisus'un anatomik ve morfolojik özelliklerine göre tanımlanan taksonomik konumunu doğrulamıştır. Ayrıca, Eğirdir Gölü'ndeki Eustrongylides excisus türüne ait 3 örnek üzerinden 18S rDNA ve 28SrDNA gen dizileri ilk defa bu çalışmada tanımlanmış ve bu türe ait genetik özelliklerin belirlenmesi çalışmalarına katkı yapılmıştır.
Caryophyllaeus laticeps'in (Cestoda) DNA tabanlı moleküler tanımlaması
Bir balık sestodu olarak Caryophyllaeus laticeps üzerine yapılan bu çalışmada, Türkiye'de sazan (Cyprinus carpio) balıklarından izole edilen Caryophyllaeus laticeps türünün COX1 ve 18s rDNA dizileri ilk defa tanımlandı. Çalışmada BM-COX-F, BM-COX-R, 18s-C, 18s-Y primerleri kullanıldı. C. laticeps örneklerinin COX1 gen dizilerindeki nükleotid değerleri %26,93-27,24 A; %26,71-26,89 T; % 28,32-28,61 G; % 17,32-17,91 C idi. Pairwise ikili analiz sonucuna göre, mevcut araştırma örneklerinin COX1 dizi verileri ile GenBank'ta kayıtlı C. laticeps izolatları (KF051117, KF051131, KF051104, KF051093, KF051127, KF051129, KF051130, JQ034070, JQ034066, KY617009, KY617001, KT781573, KT781574) arasında tam bir uyum görüldü. Tüm C. laticeps izolatları Maximum Likelihood filogram analizinde aynı kümede toplandı. Morfolojik ve moleküler verilerin kombinasyonu gibi entegre bir yaklaşım metodu ile C. laticeps örneklerinin COX1 dizi verileri ve morfolojik özellikleri birlikte değerlendirildi. Bu verilere göre araştırma alanındaki C. laticeps örneklerinin morfotip 3 kladında oldukları rapor edildi. Çalışma sonucunda, Caryophyllaeus cinsinin yedi türünden biri olan ve beş morfotipin ayırt edildiği C. laticeps türünün morfolojik esnekliğini belirleme ve bu morfotiplerin coğrafik dağılışlarını tanımlama çalışmalarına katkıda bulunuldu.
Molecular identification and antimicrobial resistance profiles of Escherichia coli isolated in urine cultures from Shamiya State Hospital (Iraq)
In this study, Escherichia coli strains isolated from urine samples of patients admitted to Shamiya State Hospital (Iraq) were identified by conventional and automatic microbiological methods. Escherichia coli by percentage 29%, Staphylococcus aureus by percentage 21%, Klebsiella pneumoniae by percentage 18%, Proteus mirabilis by percentage 12%, Enterococcus faecalis by percentage 16% and Pseudomonas aeruginosa by percentage 4%. In our study, we used 11 Antibiotics (CFM, AM, AK, CN, CTX, ATM, CIP, LEV, IPM, TET, MRP) to show resistant, intermediate and susceptibility of Escherichia coli. The presence of Tet-A, Qnr-B, Ctx-M, TEM resistance genes in the identified E. coli strains was investigated by PCR. The CTX gene is a resistant gene compared to other genes in the total of bacterial isolates. The TET-A and TEM genes are a weakly resistant genes compared to the CTX gene. The QNRB gene is the weakest resistant gene compared to the CTX gene among the total isolates of bacteria. Demographic characteristics of individuals from whom E. coli strains were isolated were determined. The results obtained contributed to the development of clinical strategies for the prevention and management of E. coli infections causing UPEC in the Shamiya region.
Ödemiş (İzmir) ilçesinde kırmızı et ürünlerinin menşeinin DNA-bazlı belirlenmesi
Et ve et ürünleri, yüksek kaliteli protein maddeleri kaynağı olmaları nedeniyle değerli gıda kaynaklarıdır. Et ürünlerinde yanlış etiketleme ve tağşiş, bu gıda grubu için önemli zorluklar teşkil etmektedir. Et ve et ürünlerinin tür kökeninin tespit edilmesi, tüketicileri korumak için önemlidir. Et ve et ürünlerinin menşeini tanımlamak için hızlı ve basit yöntemler, kimlik doğrulaması için önemlidir. Polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) gibi moleküler yöntemler, et türlerindeki tağşiş maddelerini tespit etmek ve miktarını belirlemek için geliştirilen güçlü tekniklerden biridir. Yöntemler arasında, TaqMan gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (qPZR) testi, et tür tayini için araştırılan güncel yöntemlerden biridir. Bu çalışmada, et ürünlerinde sığır, koyun ve tavuk bileşenlerin tespiti için TaqMan qPZR yöntemi ve türe özgü primer ve problarla analiz amaçlanmıştır. Numunelere ait et karışımlarından DNA izolasyonu, Eurofins GeneSpin DNA Isolation Kit ile üretici firmanın protokol önerileri takip edilerek yapılmıştır. Standart özellikli analiz kitleri yardımıyla, et ürünlerini meydana getiren tür menşeinin 0.01 ng gibi düşük yoğunlukta bile ayırt edilebileceği belirlenmiştir. Çalışma sonuçları, et ürünlerinde taklit ve tağşişlerin tespit edilmesi ve caydırma olgusu için TaqMan GZ-PZR yönteminin başarıyla uygulanabileceğini göstermiştir.
DNA dizisi tabanlı olarak Raphidascaris acus'un moleküler tanımlaması
Bu araştırmada, müze materyali olarak etil alkol ortamında korunan Raphidascaris acus türünün (Nematoda, Ascarididae) 5.8S gen dizisi üzerinden moleküler tanımlaması yapılmıştır. 5.8S rRNA gen bölgesi dizi verileri, anatomik ve morfolojik yapılarına göre tanımlaması yapılan R. acus türünün taksonomik konumunu doğrulamıştır. Bu süreçte, özel olarak tasarlanan AcusF ve AcusR primerleri kullanılmıştır. gDNA (5.8S rRNA) geninin 750 bp kısmi belirgin nükleotidleri, her numuneden doğrudan dizilenmiştir. Araştırmada incelenen 12 R.acus örneğine ait 5.8S gen dizilerinde hiçbir nükleotid varyasyonu tespit edilmedi. 5.8S hizalı nükleotid dizileri bakımından, bu araştırmanın Raphidascaris acus izolatları (MK271779-MK271790) ile iki R.acus izolatı (KT633862, KM047505) arasında minimum varyasyon görülmüştür. Buna karşın, AY603537 R.acus izolatı ile %4.11 farklılık bulunmuştur. R.acus izolatlarımız, dört Raphidascaris türü ile (JN102362.1 Raphidascaris longispicula, FJ009682.1 Raphidascaris trichiuri, JF809816.1 Raphidascaris lophii, KR232377.1 Raphidascaris macrouri) %13.03-14.97, GQ215514.1 Eustrongylides sp. dış grubu ile %26 farklılık göstermiştir. Ayrıca bu çalışma sonuçları ile etanolde fikse edilen ve uzun süre etanolde korunan R.acus gDNA'larının hasar görmediğini ve rutin olarak çoğaltılabildiği gösterilmiştir.
DNA dizisi tabanlı olarak Ligula intestinalis L.'in moleküler tanımlaması
Bu çalışmada, müze meteryali olarak etil alkol ortamında korunan Ligula intestinalis (Pseudophyllidea, Cestoda) türünün, COI gen dizisi üzerinden moleküler tanımlaması yapılmıştır. Elde edilen genetik veriler, anatomik ve morfolojik özelliklerine göre teşhisi yapılan Ligula intestinalis türünün taksonomik konumunu doğrulamıştır. Bu süreçte COIA2 ve COIB2 primerleri kullanılmıştır. COI geninin 480 bp kısmi belirgin nükleotidleri, her örnekten doğrudan dizilenmiştir. Bir örnekteki bir C nükleotidi hariç, COI gen dizilerinde hiçbir nükleotid varyasyonu tespit edilmemiştir. COI geni hizalı nükleotid dizileri bakımından, bu araştırmanın L.intestinalis izolatları (MK286929-MK286934) ile bir AF153910.1 L.intestinalis izolatı arasında %7 farklılık bulunmuştur. Bu çalışma sonuçları ile etanolde fikse edilen ve uzun süre etanolde korunan L.intestinalis gDNA'larının hasar görmediği ve rutin olarak çoğaltılabildiği gösterilmiştir.
Karamık Gölü'ndeki turna balıkları (Esox lucius L.)'nın DNA dizileme yöntemiyle moleküler tanımlanması
Çalışmanın amacı, Karamık Gölü'nde (Afyonkarahisar) turna (Esox lucius L.) türlerinin mitokondriyal sitokrom oksidaz (COI) gen lokus sekanslarının belirlenmesi ve DNA sekanslama yöntemi ile turna balıklarının moleküler tanımlamasının yapılmasıdır. Bu amaç için evrensel FishF1 ve FishR1 primerleri kullanılmıştır. mtCOI geninin 653 bp kısmi belirgin nükleotidleri, her örnekten doğrudan dizilenmiştir. 3 Esox lucius örneğine ait mtCOI gen dizilerinin tam özdeş olduğu tanımlanmış ve dizilerde hiçbir nükleotid varyasyonu tespit edilmemiştir. COI gen dizilerindeki nükleotid yüzdesi %23.1 (A) ve %32.1 (T) dir. PAUP ile elde edilen COI dizi veri kümesi mesafe matrisine göre, bu çalışmada tanımlanan Esox lucius izolatları (MW315200-MW315202) ile genbankta kayıtlı Esox lucius izolatları (KT716353, KT124233, MG951592, KC500713) arasında minimum varyasyon görülmüştür (%0.1). UPGMA analizinde, Esox lucius izolatları COI gen dizi verilerine göre aynı küme altında gruplanmıştır. Sonuç olarak, Karamık Gölündeki turna balıklarının COI gen dizileri ilk defa bu çalışmada tanımlanmış ve bu türe ait genetik özelliklerin küresel ölçekte belirlenmesi çalışmalarına katkı yapılmıştır. COI gen dizi sonuçları, anatomik ve morfolojik özelliklerine göre tanımlanan Esox lucius'un taksonomik konumunu doğrulamıştır.
DNA dizilerine dayalı olarak Argulus foliaceus (Linnaeus, 1758)'un moleküler tanımlanması
Bu çalışmada, 4 Argulus foliaceus örneğinden 28S rRNA gen lokusuna ait 712-721 bp kısmi belirgin nükleotid dizileri özdeş olarak tanımlanmış ve GenBank'ta kayıt altına alınmıştır (OM721927-30). Çalışmada OM721927 ve OM721928 izolatlarında nükleotit varyasyonu görülmemiştir. Bununla birlikte OM721929 nolu izolatta %0,2 ve OM721930 nolu izolatta %0,4 varyasyon kaydedilmiştir. Argulus foliaceus örneklerinin 28S rRNA gen dizilerindeki nükleotid değerleri tanımlanmıştır: %20,9 T (U), %25,1 A, %29,3 G, %24,3 C. Maksimum benzerlik (ML) metodu ile elde edilen 28S rRNA dizi veri kümesi mesafe matrisine göre, bu çalışmada tanımlanan Argulus foliaceus izolatları (OM721927-30) ile GenBank'ta kayıtlı Argulus foliaceus izolatı (EU370442) arasında tam bir uyum görülmüştür (%0,0). Bu Argulus foliaceus izolatları UPGMA filogram analizinde aynı kümede toplanmıştır. Sonuç olarak, Anadolu'daki Argulus foliaceus türüne ait 4 örnek üzerinden 28S rRNA gen dizileri ilk defa bu çalışmada tanımlanmış ve bu türe ait genetik özelliklerin yerel ve küresel ölçekte belirlenmesi çalışmalarına katkı yapılmıştır. Ayrıca, 28S rRNA gen dizi sonuçları, anatomik ve morfolojik özelliklerine göre tanımlanan Argulus foliaceus türünün taksonomik konumunu doğrulamıştır.
Çıldırım Kaynağı (Emirdağ, Afyonkarahisar)'daki Cobitis simplicispinna Hanko, 1924 'nın metazoon parazit faunası üzerine bir araştırma
Bu çalışmada, Eylül 2009 ile Ekim 2011 tarihleri arasında Pınarbaşı su kaynağından temin edilen 49 Cobitis simplicispinna Hanko, 1924'nın parazitleri üzerinde incelemeler yapılmıştır. Konak balıklarda 3 parazit türü tespit edilmiştir. Konak balık bireylerinin solungaç lameli ve yüzgeçlerinde 267 adet Gyrodactylus cobitis (%58.0, 9.2±10.1); bağırsak boşluğunda 116 adet Crowcrocoecum skrjabini (%58, 4.0±3.7) ve 198 adet Acanthocephala sp. (%86, 4.6±3.5) bulunmuştur. Bu türlerden C. skrjabini Türkiye parazit faunası, diğer türler ise mevcut araştırma alanı için yeni kayıt özelliği taşımaktadır. Böylece çalışma sonuçları ile ilgili parazit türlerinin coğrafik yayılışlarına yeni bir lokalite eklenmiştir. Ayrıca her bir parazit türüne ait enfeksiyon yaygınlığı ile ortalama, minimum ve maksimum enfeksiyon yoğunlukları, mevsimlere, balık boy ve eşey gruplarına göre değerlendirilmiştir. Anahtar Kelimeler: Cobitis simplicispinna, Crowcrocoecum skrjabini, Gyrodactylus cobitis
An investigation on metazoan parasite fauna of squalius recurvirostris from Düzağaç-Akdeğirmen dam lake (Sincanli, Afyonkarahisar)
In this study, the parasite presences of parasites on 66 Squalius recurvirostris from Düzağaç-Akdeğirmen Dam Lake were investigated between February 2012 and March 2013. Three parasite species were determined in the host fishes: Gyrodactylus scardiniensis (%10.6, 2.6±1.7) was found on fins of the host fish specimens; Dactylogyrus naviculoides (%89.4, 24.1±27.1) and Dactylogyrus vistulae (%63.6, 4.5±29.3) were found on gill branches of the host fish specimens; Caryophyllaeides fennica (%24.2, 2.3±1.4) was found in intestine; Paradilepis scoleciana (%43.9, 10.2±7.6) was found of mesentery of body cavity; Dilepis unilateralis (%25.8, 4.7±5.1) was found of gall bladder of the host fish specimens. Among these species, Dilepis unilateralis is a new record for parasite fauna of Turkey, and the other two species are new records for the present study area. In addition, minimum-maximum and mean intensity of parasites and infection prevalence were determined using seasonal data, size and sex distribution of the host fish. 2013, viii + 43 pages Key Words: Caryophyllaeides, Dactylogyrus, Dilepis, Gyrodactylus, Paradilepis, Squalius recurvirostris