Prof. Dr. Yasemin Zer danışmanlığındaki tezler
16 tez · Gaziantep University
Gaita kalprotektin düzeyinin gastroenteritlerin tanısında kullanımı
Kalprotektin bir kalsiyum bağlayıcı sitoplazmik nötrofil proteinidir ve nötrofilin immünomodülasyonunu ve antibakteriyel etkilerini uyarır. Dışkıda kalprotektin düzeylerinin varlığı inflamasyonun iyi bir göstergesidir. Bakteriyel enterit ve inflamatuar barsak hastalığı gibi bir dizi enflamatuar durumda yükselir. Viral gastroenteritlerde inflamasyon olmadığı klasik anlamda kabul edilmekle birlikte, bu çalışma hassas bir parametreyle viral gastroenteritlerde inflamasyon bulgusunun araştırılması amacıyla yapılmıştır. Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarına Haziran-Kasım 2020 Tarihleri arasında Adenovirus, Rotavirus ve Norovirus tanısı amacıyla gönderilen gaita örnekleri çalışmaya dahil edilmiştir. Dışkı örneklerinde viral etkenleri saptanmasında immünokromatografik yöntem prensibi ile çalışan kaset testler üretici firma önerileri doğrultusunda çalışılmıştır. Rotavirus, Adenovirus testleri (Biomedica Diagnostic, Spain) ve Norovirus testi (Biopharm, Germany) immünokromatografik olarak çalışılmıştır. Güç analizi yapılarak çalışmaya dahil edilmesi gereken minumum örneklem sayısı 73 olarak bulunmuştur. Çalışmaya 73 örnek viral parametrelerinde pozitiflik saptanan (test grubu), 73 örnek de viral parametreleri negatif saptanan örnekler (kontrol grubu) dahil edilmiştir. Örneklerin tümünde kalprotektin düzeyi, test kasetlerindeki reaksiyonun bir okuyucuda okutulması ile kantitatif sonuç alınan immünokromotagrafik Call Fast (Eurospital, Italy) kiti ile çalışılmıştır. Test sonucu <70 µg/gr negatif olarak değerlendirilmiştir. Grup I ve Grup II arasında cinsiyet ve yaş dağılımı istatistik olarak benzer bulunmuştur. Test grubunda 33 örnekte (%45.2) ve kontrol grubunda 12 örnekte (%17.8) kalprotektin pozitif bulunmuştur. Test grubu ve kontrol grubu arasında kalprotektin düzeyinin pozitif ve negatif saptanması arasında istatistiksel anlamlı fark bulunmuştur. Kalprotektin düzeyi, bu çalışmada viral gastroenterit etkeni saptanan hastalarda yüksek bulunmuş olup, viral gastroenteritlerde inflamatuar cevabın irdelenmesine yönelik daha fazla sayıda çalışmanın yapılmasının faydalı olacağı düşünülmektedir.
Ticari olarak satılan paket tavuklarda Salmonella Spp. ve Camyplobacter Spp. varlığının araştırılması
Salmonella ve Campylobacter türleri tüm dünyada en sık rastlanılan önemli gıda kaynaklı patojenler olup, tavuk etiyle insanlara bulaşabilmektedir. Kanatlıların barsak florasında bulunan bu bakteriler hayvanın kesim ve paketlenme işlemi sırasında etin kontamine olmasıyla insana bulaşarak gastroenterit nedeni olmaktadır. Bu çalışma ticari olarak satılan farklı tavuk ürünlerinde bu iki bakteriyel etkenin varlığının araştırılması ve saklama koşullarına bağlı olarak bakteriyel yükün değişiminin moniterize edilmesi amacıyla yapılmıştır. Piyasada satılmakta olan 8 ulusal (Grup I) ve Gaziantep'de satılan 8 yerel markaya (Grup II) ait tüm tavuk ve but örnekleri alınmıştır. Alınan örnekler 2-8 °C'de saklanmıştır. Alınan örneklerden paketlenme tarihleri baz alınarak 1., 8. ve 15. günlerde örnek alınmıştır. Örnekler ön zenginleştirme ve homojenizasyonunun ardından, CHROMagar Campylobacter kromojenik agar besiyeri, xsiloz lysine deoxicholate agar, koyun kanlı agar, eosine metilen blue agara inoküle edilmiştir. Üremiş olan bakterilerin tanımlanması konvansiyonel yöntemler ve Vitek2 bakteri tanımlama sistemiyle yapılmıştır. Grup I'de 8 farklı markanın 4'ünde (%50), Campylobacter, 2'sinde (%25) Salmonella saptanmıştır. Örnek bazlı bakıldığında 48'örneğin 17'sinde (%35.4) Campylobacter izole edilmiş olup, bunların 9'unun termofilik Campylobacter olduğu saptanmıştır. Örneklerin 3'ünde (%6.3) Salmonella saptanmıştır. Örneklerin tümünde Salmonella dışı enterik bakteri (SDEB) izole edilmiştir. Grup II'de 8 farklı markanın tümünde (%100)Campylobacter, 3'ünde (%37.5) Salmonella saptanmıştır. Örnek bazlı bakıldığında 48'örneğin 22'sinde (%45.8) Campylobacter tespit edilmiştir. Bunlardan 15'inin (%68.9) termofilik Campylobacter grubunda yer aldığı saptanmıştır. Örneklerin 7'sinde (%14.6) Salmonella saptanmıştır. Çalışmaya alınmış olan tüm markalarda Campylobacter ve/veya Salmonella üremesi olmuştur. Salmonella ve Campylobacter saptanması açısından iki grup arasında istatistiksel fark bulunmamıştır. Buzdolabı koşullarında bekletilen örneklerde süre geçtikçe bakteriyel yükün artığı saptanmıştır. Bu patojenlerin tavuk etlerinde eliminesi için, tüm üretim prosedürlerine uyularak çapraz kontaminasyon engellenmesi ve personel hijyenini sağlanmasının bu etkenlerle oluşan enfeksiyonlardan korunma açısından önemli olduğu düşünülmektedir
Gram negatif bakterilerde demir ve demir metabolizmasının antimikrobiyal duyarlılık üzerine etkilerinin araştırılması
Bakteriyel etkenler gerek toplum ve gerekse hastane kökenli enfeksiyonlarda en sık rastlanan mikroorganizmalardır. Özellikle hastane kökenli izolatlarda yaygın antibiyotik kullanım gerekliliği, bakterilerin de kullanılan antibiyotiklere direnç geliştirmesi ile sonuçlanan bilindik bir süreç yaşanmaktadır. Bunun sonucu yeni antibiyotiklerin kullanıma girmesi ve bir süre kullanılması şeklinde olmaktadır. Bu çalışma başka bir bakış açısı ile, gram negatif bakterilerin enerji üretimi, oksijen taşınması ve gen ekspresyonunun regülasyonu gibi birçok önemli fizyolojik fonksiyonu için esansiyel bir element olan demirin antibiyotikler ile kombinasyonunun bakteriler üzerindeki etkinliğinin araştırılması amacı ile yapılmıştır. Çalışmaya Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD. arşivindeki standart bakteri suşları ve 11'er adet E. coli, K. pneumoniae, P. aeruginosa, A. baumannii ve P. mirabilis klinik izolatı olmak üzere toplam 55 izolat dahil edilmiştir. İzolatların tümüne sefepim, amikasin, meropenem, tigesiklin, seftriakson, kolistin ve levofloksasin için EUCAST standartlarına uygun olarak disk diffüzyon ve mikrodilüsyon testleri çalışıldı. Bu antibiyotiklerin etkinliğinin demir şelatörleri deferasiroks (DFX) ve deforaksamin (DFO) ve ortam demir konsantrasyonu ile ilişkisi disk diffüzyon, dama tahtası sinerji testi ve sıvı mikrodilüsyon yöntemleri kullanırak ayrıca test edildi. Test edilen antibiyotiklerde E. coli, K. pneumoniae, P. aeruginosa ve A. baumannii izolatlarında antibiyotik duyarlılık sonuçları ile, antibiyotiklerin demir şelatörleri ve ortam demir konsantrasyonu ile kombinasyonlarında etkinlik değişmesi saptanmadı. P. mirabilis izolatlarında DFO ilavesiyle sefepim, amikasin, meropenem, tigesiklin ve levofloksasin antibiyotiklerinin zon çapları istatistiksel olarak anlamlı bir şekilde artmış olduğu saptandı. Dama tahtası sinerji testi ile P. mirabilis izolatları için tigesiklin, sefepim, amikasin ve kolistin antibiyotikleri ile DFO arasında sinerjistik etki saptandı. Patojenlerle mücadelede yeni stratejilerin geliştirilmesi gerektiği, bu çalışmada saptanmış olduğu gibi bakterileri demirden mahrum bırakmanın bu yöntemlerden biri olabileceği sonucuna varılmıştır.
Metformin ve çeşitli antibiyotik kombinasyonlarının pseudomonas aeruginosa izolatlarına karşı etkinliğinin in-vitro olarak araştırılması
Bakteriyel enfeksiyonlar insanlarda ciddi mortalite ve morbiditeye yol açmaktadır. P. aeruginosa kistik fibrozis hastaları, diyabetik hastalar ve yoğun bakımda yatan hastalar gibi özellikli hasta gruplarında sıklıkla enfeksiyon oluşturmaktadırlar. P. aeruginosa enfeksiyonları antibiyotiklere sık direnç geliştirmeleri, biyofilm oluşturmaları gibi özellikleri nedeniyle yeni tedavi alternatiflerinin odağındadırlar. Son dönemlerde antibiyotiklerin, farklı endikasyonlarda kullanılan ilaçlarla kombinasyonları üzerinde durulmaktadır. Bu çalışmada, Diabetes mellitus hastalığının tedavisinde kullanılan antidiyabetik bir ilaç olan metforminin; imipenem, seftazidim, sefepim, siprofloksasin ve levofloksasin ile kombine etkisi araştırılmıştır. Çalışmaya Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji laboratuarına gelen kistik fibrozisli hastalardan izole edilen 50 adet P. aeruginosa izolatı dahil edilmiştir. İzolatların antibiyotiklere duyarlılıkları sıvı mikrodilüsyon yöntemiyle metforminle antibiyotiklerin kombine etkisi dama tahtası sinerji testiyle araştırılmıştır. Çalışmamızda dama tahatsı sinerji testi sonucunda; seftazidim ile metformin arasında 3 izolatta (%6) sinerjistik, 11 (%22) izolatta parsiyel sinerjistik; sefepim ile metformin arasında hiçbir izolatta sinerjistik etki saptanmazken, 23 izolatta (%46) parsiyel sinerjistik; imipenem ile metformin arasında 2 izolatta (%4) sinerjistik, 5 izolatta (%10) parsiyel sinerjistik; siprofloksasin ile metformin arasında 3 (%6) izolatta sinerjistik, 3 izolatta (%6) parsiyel sinerjistik, 1 izolatta (%2) antagonist etki; levofloksasin ile metformin arasında ise 1 izolatta (%2) sinerjistik, 6 izolatta (%12) ise parsiyel sinerjistik etki saptanmıştır. Çalışmamızda, metforminle antibiyotikler arasında farklı oranlarda sinerji ve parsiyel sinerji saptanmıştır. Metforminin antibiyotiklerin etkisini ne oranda arttıracağı, antimikrobiyal bir molekül olarak kullanılıp kullanılmayacağı ile ilgili yeni in-vitro çalışmalar ve hayvan deneylerinin yapılmasına ihtiyaç olduğu sonucuna varılmıştır.
Paketli ve geleneksel yöntemlerle kaynatılmış sütlerdeki endotoksin miktarının saptanması
Süt, oldukça kompleks yapıya sahip olan bir besin kaynağıdır. Mikroflorasında bulunan başta Lactobacillus olmak üzere probiyotik bakteriler barsak florası ve mukozal immünitenin düzenlenmesinde önemli role sahiptir. Sütün dezenfeksiyon işlemlerinde temel amaç, probiyotik bakterilere zarar vermeksizin, kontaminan bakterilerin varlığının ortadan kaldırılmasıdır. Isıl işlem görmüş gıda kaynaklarında bakterilerin öldürülmesi mümkün olmakla birlikte, bakteriyel yıkım ürünleri barındırabilir. Bu ürünlerden biri insanda endotoksik etkiye yol açabilen lipid-A'dır. Bu çalışma UHT yöntemi ve geleneksel yöntemlerle dezenfeksiyonu yapılmış olan sütlerde endotoksin düzeylerinin araştırılması amacı ile yapılmıştır. Sütler şarküteri, marketler ve köylerden toplanmıştır. Açık olarak temin edilen çiğ süt örnekleri kaynatılıp soğutulduktan sonra -20 °C'de dondurulmuştur. Paketli süt örnekleri kapağı açılır açılmaz çalışılmıştır. Çalışmada 40 paketli süt örneği ile şarküteri ve köylerden toplanan 40 açık süt örneği alınmıştır. Örnekler kanlı agar ve EMB agara ekimleri yapılarak 36±1 °C'de 20-24 saat inkübe edildi. Üremiş olan bakterilerin tanımlanması konvansiyonel ve biyokimyasal yöntemler kullanılarak yapıldı. Endotoksin düzeyi; kantitatif olarak ELİSA testi ile saptandı. Çalışmaya 40 paketli, 40 açık olarak pazarlanmakta olan toplam 80 örnek dahil edilmiştir. Örneklerden paketli süt ve açık sütlerde sırası ile 35'inde (%87.5) ve 39'unda (%97.5) Lactobacillus spp. üremesi saptanmıştır. Lactobacillus izolasyanu açısından iki grup arasında istatististel olarak anlamlı fark bulunmamıştır (p = 0.09). Açık sütlerin 9'unda (%22.5), paketli sütlerde bir bakteri kontaminasyonu saptanmıştır. Kontaminan bakteri saptanma oranları açısından iki grup arasında istatististel olarak anlamlı fark bulunmuştur (p<0.05). Paketli sütlerde 9.5-35.48 pg/mL (ortalama 18.66±5.28) ve açık sütlerde 3.67-15.27 pg/mL (ortalama 9.34±2.45) oranında endotoksin saptanmıştır. Ortalama endotoksin saptanma oranları açısından iki grup arasında istatistiksel olarak anlamlı fark bulunmuştur (p<0.05).
Hamburger etlerindeki hastalık oluşturan 'escheria coli ve salmonella ' bakterilerinin var olup olmadığının araştırılması
Hamburger köfteleri genellikle hızlı ısıl işleme tabi tutularak tüketilmekte olup, köftenin yapıldığı hayvansal kaynaklara bağlı önemli bazı bakteriyel etkenlerin bulaşına neden olabilmektedir. Bu çalışma hamburger etlerinden geçişi olan önemli zoonotik etkenlerden "EHEC ve Salmonella" bakterilerinin araştırılması amacı ile yapılmıştır. Çalışmada Gaziantep'te 60 farklı hamburgerciden normal müşteri olarak bir et ve bir tavuk hamburger siparişi yapılıp, istenen yemeğin içindeki etin farklı alanlarından (kenar ve orta kısmın), kürdanla parçalar alınarak, içerisinde 2 mL steril serum fizyolojik bulunan ependorf tüplerine konuldu. Toplam 240 numune (120 et, 120 tavuk) toplandı. Alınan örnekler 1 saat içerisinde laboratuara ulaştırıldı. Örnekler vorteksle homojenize edildikten sonra, 1 öze dollusu alınarak EMB agar ve Sorbitollü Mac Conkey agara ekimi yapıldı. 37 °C'de 24-48 saat inkübasyon sonunda üremiş olan bakteriler konvansiyonel olarak tanımlandı. Kenar ve orta alan olmak üzere kültürü yapılan 120 et örneğinin 40'ında (%33.3), tavuk örneklerinin 47'sinde (%39.2) üreme saptanmazken, et örneklerinin %66.7'sinde, tavuk örneklerinin %60.8'inde en az bir bakteri üremesi saptandı. Örneklerin hiçbirinde EHEC ve Salmonella spp. saptanmadı. Et ve tavuk örneklerinde sırasıyla; 50'sinde (%41.7) ve 29'unda (%24.2) Bacillus spp., 30'unda (%25) ve 42'sinde (%35) E.coli, 11'inde (%9.2) ve 11'inde (%9.2) Klebsiella spp, 3'ünde (%2.5) ve 4'ünde (%3.3) Proteus spp. üremesi tespit edildi. Et örneklerinde Bacillus spp. üreme oranının tavuk örneklerine oranla anlamlı şekilde daha yüksek olduğu saptanmıştır. Çalışmamızın sonuçları tüketime hazır hamburger köftelerinin patojen mikroorganizmalarla kontaminasyonunun bir halk sağlığı riski olmaya devam ettiğini göstermektedir. Bu nedenle, tüketicilerin ve bir bütün olarak halkın sağlığını korumak için etkili gıda hijyeni ve güvenliği sistemleri gereklidir. Anahtar Sözcükler: Hamburger, gıda zehirlenmesi, zoonoz, Enterohemorajik E. coli, Salmonella
Bakteriyel gastroenterit etkenlerinin araştırılması
Gastroenterit tüm dünyada, özellikle az gelişmiş ve gelişmekte olan ülkelerde önde gelen morbidite ve mortalite nedenlerindendir. Birçok etken gastroenterite yol açabilir. Bu etkenlerin tümünün rutin testlerle araştırılması hem pratik hem de ekonomik değildir. Genellikle epidemiyolojik amaçlı ya da tarama amaçlı elde edilen sonuçlarla tedavi yaklaşımı uygulanmaktadır. Tedavinin doğru yönlendirilmesi, mortalite ve morbiditeyi azaltmakla beraber gereksiz antibiyotik kullanımına engel olması açısından da önemlidir. Bu çalışma hastanemize başvuran hastalarda bakteriyel gastroenterit etkelerinin saptanması ve gastroenteritlerin tanısında kullanılan tanı yöntemlerinin irdelenmesi amacıyla yapılmıştır. Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarına 15.02.-31.05.2015 tarihleri arasında, gaita kültürü yapılması amacıyla gönderilen 115 örnek çalışmaya dahil edildi. Gaita örneklerinde direk mikroskobi, kültür ve PCR testleri ile etken patojenler araştırıldı. Kültür için eosin metilen blue agar ve xsiloz lysin deoksicolat agar kullanıldı. Üreyen bakterilerin tanımlaması Phoenix (Becton Dickinson, USA) cihazı ile yapıldı. PCR testi BD Max Enterik Bakteriyel Paneli ile multipleks olarak yapıldı ve Salmonella spp., Campylobacter spp. (jejuni ve coli), Shigella spp./Enteroinvaziv E. coli (EİEC), Shiga toksin 1 (stx 1)/ Shiga toksin 2 (stx 2) varlığı araştırıldı. Örneklerin 35'inde (% 30.4) her sahada 3 ve üzerinde lökosit saptandı. Kültür ile 10 (% 8.7) hastada enterik bir patojen saptandı. Kültürde 7 örnekte (% 6.1), Salmonella group, 3 örnekte (% 2.6) Shigella spp. saptandı. PCR ile örneklerin 7'sinde (% 6.1) Salmonella spp., 4'ünde (% 3.5) Shigella spp. ve 4'ünde (% 3.5) Campylobacter spp. olmak üzere 15'inde (% 13.1) bir etken patojen saptandı. Gastroenteritlerde tüm etkenlerin aynı anda saptanması zor olduğundan bölgesel olarak saptanacak olan verilerin sık rastlanılan bu tür hastalıklarda tanı ve tedaviyi yönlendirmede faydası olacağı sonucuna varılmıştır.
Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi'nde saptanan hıv-1 izolatlarında sekans analizi yöntemi ile alt grupların saptanması
Keşfedileli çok az zaman olmuş olmasına rağmen Human Immunodeficiency Virus(HIV) günümüzde enfeksiyon hastalıkları etkenleri içerisinde önemli bir yere oturmuştur. Özellikle CD4+T lenfositleri hedef alan virüsün, sahip olduğu bazı enzimatik mekanizmalarla konak hücre DNA'sına integre olmasıyla seyreden süreç, virüsün tüm bağışıklık mekanizmalarını yetersiz hale getirmesi, ardından gelişen malignite ve enfeksiyonlar ile hastanın ölümüne kadar giden bir seyir göstermektedir. Virüsün HIV-1 ve HIV-2 olarak iki alt türü tanımlanmış olup, coğrafik olarak dünya üzerindeki dağılımları farklılık göstermektedir. Gaziantep ili son yıllarda göçmen hareketliliğinin sık rastlandığı illerden biri olup, bu çalışma ilimizde saptanan HIV izolatlarının alt-tür dağılımının belirlenmesi ve HIV enfeksiyonlarındaki epidemiyolojik bulguların (bulaş kaynağı, yaş dağılımı, vb.) irdelenmesi amacıyla yapılmıştır. Mart-Kasım 2015 tarihleri arasında laboratuarımıza HIV RNA testi çalışılması amacıyla gönderilen ve RNA testi >1000 kopya/mL olarak saptanan 35 hasta çalışmaya dahil edildi. HIV-1 RNA testi real-time PCR ile QIAsymphony SP/Artus HIV-1 QS-RGQ Kit (QIAGEN GmbH, Almanya), kiti kullanılarak yapıldı. Çalışmaya dahil edilen hastalardan 2'sinde amplifiye edilen RNA dizileri, sekans için uygun olmadığından 33 örnekte sekanslama yapılarak subtip analizi ve filogenetik değerlendirme yapıldı. HIV-1 (ters transkriptaz domaini, kodon 41-232) dizilenmesinde, TheFrench ANRS (National Agency for AIDS Research) AC11 Direnç Grubu'nun PCR ve dizileme algoritmasından yararlanıldı. Filogenetik analiz çalışmaları sonucunda HIV-1 subtiplendirmesi sonucunda 33 hastanın 22'si (% 66.6) subtip B olarak saptanmıştır. Hastaların 7'sinde (% 21.21) subtip A1 saptanmıştır. Hastaların 3'ünde (% 9.09) CRF02_AG olarak saptanmıştır. Bir (% 3.03) hastada ise subtip C olarak saptanmıştır. Dünya üzerinde eskiye oranla sık yaşanan insan hareketliliğinin, enfeksiyon etkenlerinin dağılımına da etkisi olacağından, HIV'in subtip analizlerinin yapılması virüsün yayılımını gözlemlemek açısından önemlidir.
Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesinde izole edilen enterokoklarda yüksek düzey aminoglikozid direncinin araştırılması ve moleküler analizi
Enterokoklar son yıllarda hastanelerde en sıklıkla izole edilen patojenler olup, sahip oldukları doğal direnç mekenizmaları yanı sıra, kazanılmış direnç genleri ile de en dirençli bakterilerden biridir. Aminoglikozid grubu antibiyotiklerin enterokok enfeksiyonlarında tek başına kullanımı bakterinin metabolik aktivitesine uygun olmadığından, genellikle bir hücre duvar sentezini inhibe eden antibiyotikle kullanımı gereklidir. Bununla birlikte eğer bakteride yüksek düzey aminoglikozid direnci de bulunuyorsa bu sinerjik etkili kombinasyon tedavide kullanılamamaktadır. Yüksek düzey aminoglikozid direnci kazanılmış bir direnç olup, genellikle aminoglikozid modifiye edici enzimler ile oluşmaktadır. Bu çalışma bir moleküler epidemiyolojik çalışma olarak, hastanemizde izole edilen enterokoklarda rastlanan aminoglikozid modifiye edici enzimlerin, yada bunları sentezleten genlerin neler olduğunun saptanması amacıyla yapılmıştır. Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji Laboratuvarına sürveyans amacıyla gönderilen rektal sürüntü örneklerinden izole edilen vankomisin dirençli enterokoklar (VRE) ile bu çalışma yapıldı. Sürveyans için gönderilen örnekler vankomisin selektif agar besiyerine ekildi. Üreme olan enterokok izolatlarının vankomisin için MİK değeri E test ile belirlendi. Bakterilerin tanımlaması, Bruker (BD, ABD) ile yapıldı. İzolatların 120 µg gentamisin içeren disk kullanılarak yüksek düzey aminoglikozid direnci belirlendi. Yüksek düzey aminoglikozid direnci saptanan izolatların multiplex PCR ile; [aac(6_)-Ie-aph(2_)-Ia, aph(2_)-Ib1, aph(2_)-Ic, aph(2_)-Id, aph(3_)-IIIa] gen bölgeleri çalışıldı. Gen dizaynı için literatür kullanıldı. Dizayn edilen bölgeler, Light Cycler (Roche) cihazı ile çalışıldı. Çalışmaya alınan, vankomisine ve, yüksek düzey aminoglikozid direçli 100 enterokok suşunun 82'si (% 82) E. feacium, 11'i (%11) E. faecalis, 7'si E. gallinarum olarak tanımlandı. Suşların 67'sinde (% 67) aph(3_)-IIIa gen bölgesi, 2'sinde (% 2) aph(2_)-Id gen bölgesi ve 1 izolatta aph(2_)-Ib1 bölgesinde pozitiflik bulundu. aac(6_)-Ie-aph(2_)-Ia ve aph(2_)-Ic bölgeleri hiçbir izolatta saptanmadı. İzolatların % 30'unda hiçbir gen bölgesinde pozitiflik saptanmadı. Enterokoklardaki aminoglikozid direncinden hastanemizde de çoğunlukla aminoglikozid modifiye edici enzimlerin sorumlu olduğu bulunmuştur. Bakteriler arasında bu enzimleri taşıyan ve kodlayan genler aktarılabileceğinden direnç gelişiminin kontrol altında tutulabilmesi için rasyonel antibiyotik kullanımı önemli olduğu görülmüştür.
Vajinal akıntı şikayeti olan kadın hastalarda saptanan etkenlerin değerlendirilmesi
Vajinal enfeksiyonlar da servikal enfeksiyonlar gibi üst genital sistem enfeksiyonlarına zemin hazırlaması açısından önemlidir. Bu çalışma, vajinal akıntı-kaşıntı şikayeti olan hastalarda ve şikayeti olmayan kontrol grubunda etken dağılımının irdelenmesi amacıyla yapılmıştır. Vajinal akıntı ve/veya kaşıntı şikayeti olan, gebe olmayan, son 10 gün içerisinde antibiyotik kullanım öyküsü olmayan, yeterli örneğin alınabildiği (en az 2 sürüntü örneği) ve örnek vermeyi kabul eden hastaların servikal kanalından alınan sürüntü örnekleri çalışmaya dahil edildi. Çalışma 18-56 yaşları arasında, 105 hasta ile yapıldı. Çalışmada vajinal akıntı/kaşıntı şikayeti olmayan, farklı şikayetlerle polikliniğe başvurmuş olan ve diğer özellikleri çalışma grubuna benzer olan 40 hasta da kontrol grubu olarak alındı. Alınan örneklerden direk mikroskopik inceleme, Gram boyama, kültür yapıldı. BDMAX (Becton-Dickinson, USA) PCR cihazında genital panel kartuşları kullanarak, Chlamydia trachomatis, Neisseria gonorrhoeae, Trichomonas vaginalis moleküler olarak araştırıldı. Kültür için koyun kanlı besiyeri, çikolata agar, Sabouraud Dekstroz agar ve eosin-metilen blue agara ekim yapıldı. Üreyen mikroorganizmaların tanımlanmasında Broker MS (Becton-Dickinson, USA) kullanıldı. Laktobasil, difteroid, alfa hemolitik streptokok, koagülaz negatif stafilokok (KNS) varlığı normal flora olarak değerlendirildi. Plakta bu bakteriler dışında baskın olarak saptanan bakteriler tanımlandı. Çalışmada hasta ve kontrol grubunda yer alan mikroorganizmaların dağılımı sırasıyla şu şekilde bulundu; normal flora 44 (% 41.9), 23 (% 57.5); Candida spp. 43 (%41.0), 10 (%25); Gardnerella vaginalis 17 (%16.2), 1 (%2.5); Escherichia coli 10 (%9.5), 4 (%10); Streptococcus agalactiae 11 (%10.5), 0; Trichomonas vaginalis 6 (%5.7), 0; Klebsiella pneumoniae 3 (%2.9), 2 (%5); Staphylococcus aureus 4 (%3.8), 0; Neisseria gonorrhoeae 2 (%1.9), 0 olarak saptandı. Alt genital sistem enfeksiyonları yol açabileceği komplikasyonlar gereği rasyonel olarak ve hızla değerlendirilmelidir.
Kistik fibrozlu hastaların solunum yolu örneklerinden izole edilen mikroorganizmaların değerlendirilmesi
ÖZET Kistik Fibrozlu Hastaların Solunum Yolu Örneklerinden İzole edilen Mikroorganizmaların Değerlendirilmesi Müzeyyen Selin BÜDEYRİ SAYIN Yüksek Lisans Tezi, Gaziantep Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Tez Danışmanı: Prof. Dr. Yasemin ZER 84 sayfa, Temmuz 2018 Kistik fibrozis (KF) beyaz ırkın en sık rastlanan, otozomal resesif geçiş gösteren genetik hastalığıdır, sıklığının 2.500 canlı doğumda bir olduğu bilinmektedir. Türkiye'de yapılan az sayıdaki çalışmada insidansın 1/3000 olduğu ifade edilmekle birlikte, akraba evliliğinin sık olduğu dikkate alınırsa bu oranın daha yüksek olabileceğitahmin edilmektedir. Geçen yüzyılın başlarında,"ilk yıl içinde ölümcül seyreden bir çocukluk hastalığı" olarak tanımlanırken, hastalıkla ilgili bilgilerin artması ile birlikte hastaların yaşam süresinde belirgin uzama sağlanmış ve erişkinleri de ilgilendiren bir hastalık haline geldiği görülmüştür. KF hastalarında başlıca mortalite nedeni sık tekrarlayan akciğer enfeksiyonlarıdır. Mukozal genetik defekt, çeşitli mikroorganizmaların önce üst solunum yolu, daha sonrada alt solunum yoluna kolonizasyonuna neden olur. Bu çalışma KF'li hastalarda solunum yolu patojenlerinin saptanması ve bu bakterilerde gözlenen fenotipik değişikliklerin irdelenmesi amacı ile yapılmıştır. Gaziantep Üniversitesi Şahinbey Araştırma ve Uygulama Hastanesi Pediatrik İmmünoloji Polikliniğine Mayıs 2016-Mayıs 2017 tarihleri arasında gelen, takip altında olan ve yeni tanı alarak takip edilmeye başlanan KF hastalarından rutin olarak alınan solunum yolu örnekleri değerlendirildi. Çalışmada 123 hastaya ait 500 solunum yolu örneği (boğaz veya balgam) alındı. Alınan örneklerin 282'sinde (% 56.4) normal boğaz florası saptandı. 218 (% 43.6)'inde en az bir patojen mikroorganizma (232 farklı bakteri) izole edildi. En sık izole edilen mikroorganizmalar; S. aureus (96 izolat, % 18.3) P. aeruginosa (62 izolat, % 11.8) olarak bulundu. İzole edilen bakterilerden 16 S. aureus ve 24 P.aeruginosa'da fenotipik farklılık saptandı (Staphylococcus'da küçük koloni varyantı, Pseudomonas'da mukoid koloni). Fenotipik farklılık saptanan tüm izolatların saptandığı hastaların en az 2 yıl önce tanı almış hastalar olduğu görüldü. KF hastalarında hastalık süresi uzadıkça solunum yoluna kolonize olan bakterilerde immün sistemi yanıltan, yada immün sistemden kaçmasını sağlayan fenotipik değişiklikler meydana gelmektedir. Bu değişikliklerin saptanması kolonizasyondan koruyucu medikal yaklaşımların oluşturulabilmesi açısından önemlidir. Anahtar Kelimeler: Kistik fibrozis, solunum yolu enfeksiyonu, P.aeruginosa, S.aureus
Spontan abortus/ölü doğum yapmış olan kadınlarda brucella antikorlarının araştırılması
Bruselloz dünya genelinde yaygın görülen zoonotik bir hastalıktır. Bruselloz Türkiye dahil bir çok ülkede endemiktir. Hayvanlarda yavru atımı ve infertilite nedeniyle önemli ekonomik kayıplara neden olmaktadır. Hayvanlarda özellikle salgı bezleri ve salgısal fonksiyonları olan hücrelerde replike olan bakteri, insanda genellikle RES hücrelerinde replike olmaktadır. Bu fark nedeniyle de insanda abort, infertilite, asemptomatik taşıyıcılık gibi hayvanlarda gözlenen klinik seyir görülmemektedir. Bununla beraber, bakteriyemi sırasında bakterinin plesantaya ulaşması ve bebek kaybına neden olabilmesi mümkündür. Bu çalışma, spontan abortus veya ölü doğum yapan hastalarda brusellozisin etyolojik nedenlerden biri olup olmayacağının sorgulanması amacıyla yapılmıştır. Kadın Hastalıkları ve doğum kliniğine başvuran, düşük yapan veya ölü bebek doğuran hastalardan 8-10mL kan örneği alınarak uygun koşullarda saklandı. Hastalar klinik ve demografik özellikler açısından sorgulandı. Hasta örneği alınan kliniklerden, normal gebelik seyrinde olan kadınlardan da kontrol grubu olarak kan alındı. Tüm serum örneklerinde brusella antikorları Brucellacapt testi kullanılarak araştırıldı. Çalışma süresinde 120 kadın ve 40 kadın kontrol grubu olarak belirlenen gebe kadından kan örneği alınarak, çalışma yapıldı. Hasta ve kontrol grubunda yaş ortalamaları benzer olarak saptandı. Düşük, canlı doğum ve ölü doğum yapma açısından, hasta grubunda bu oranların kontrol grubuna göre anlamlı oranda yüksek olduğu bulundu (p<0.05). 1/160 titre baz alındığında hasta grubunda 10 gebede (%8.3 oranında) brusella antikoru saptanırken, kontrol grubunda pozitiflik saptanmadı. Anlamlı düzeyde antikor saptanması açısından iki grup arasında istatistiki anlamlı fark bulundu(p<0.05). Ülkemizde sık rastlanan zoonoz etkenlerinden olan brusellanın insanlarda da düşük nedeni olabileceği akılda tutulmalıdır. Tekrarlayan düşüklerde brusellosisin endemik olduğu yerlerde brusella antikorlarına karşı tarama testleri yapılmalıdır.
İshal etiyolojisinde bakteriyel etkenlerin ve enterotoksinlerin araştırılması
Bakteriyel gastroenteritler, birçok etken ve etkenlere ait çeşitli enterotoksinler tarafından oluşabilen, özellikle de çocukluk yaş grubunda sık rastlanan klinik tablolardır. Salmonella, Campylobacter, toksijenik Escherichia coli suşları en sık rastlanan bakteriyel patojenlerdir. Bu çalışma laboratuarımıza gaita kültürü amacıyla gönderilen örneklerden ishal etkeni olabilecek patojenler ve rutin testlerde araştırılması henüz yaygınlaşmamış olan toksijenik E.coli izolatlarının araştırılması amacıyla yapılmıştır. Çalışma, Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi'nden ve Gaziantep Cengiz Gökçek Kadın-Doğum ve Çocuk Hastalıkları Hastanesi'nden Kasım 2017-Kasım 2018 tarihleri arasında laboratuara kültür amacıyla gönderilen gaita örnekleri ile yapıldı. Gaita örnekleri seçici besiyeri olarak selenit F besiyerinde muamele edildikten sonra, ayırt edici olarak, %5 koyun kanlı agar, EMB agar, XLD agar ve Campylobacter agara subkültürleri yapıldı. Patojen olarak değerlendirilen bakterilerin tanımlanması konvansiyonel yöntemler ve Maldi-Tof MS (Becton Dickinson, ABD) kullanılarak yapıldı. E. coli saptanan örneklerde aglütinasyon testi ile ETEC-LT (MKL Diagnostics, İsviçre) araştırıldı. Hemorajik nitelikteki gaita örneklerinde saptanan E. coli izolatlarından aglütinasyon testleri ile EHEC (E. coli O157:H7 serotipi (BD, USA)) araştırıldı. Çalışmanın yapıldığı süre içerisinde 240 hastaya ait gaita kültür örnekleri incelendi. Hastalar 3 ay-92 yaş aralığında olup hastaların 69 (%28.75)'u erişkin (≥16 yaş), 171 (%71.25)'i çocuk hastalardı. Cinsiyet dağılımı olarak 98 (%40.8)'i kadın, 142 (%59.2)'si erkek olarak bulundu. Hastaların 30 (%12.5)'unda ETEC, 14 (%5.8)'ünde Salmonella spp. saptandı. Salmonella ve ETEC izolasyonu sırasıyla erişkin hastalarda 8 (%11.6) ve 6 (%8.7), çocuk hastalarda 6 (%3.5) ve 24 (%14) olarak bulundu. Hemorajik nitelikteki 17 (%7.1) gaita örneğinde E. coli O157:H7 serovarı araştırıldı. Örneklerin hiçbirinde EHEC ve Campylobacter spp. izolatı saptanmadı. Erişkinlerin 55 (%79.7)'inde ve çocukların 141 (%82.5)'inde bakteriyel bir patojen saptanmadı. Gastroenteritler özellikle çocukluk yaş grubunda sık rastlanan klinik tablolardır. Bakteriyolojik etkenlerin saptanmasında kültür önemli olmakla birlikte özellikle E. coli'nin toksijenik formlarının tanımlanmasının faydalı olacağını düşünüyoruz.
Çevreden toplanan su örneklerinden saptanan bakterilerde tetrasiklin, makrolid, sülfametoksazol ve trimetoprim direncinden sorumlu genlerinin araştırılması
Su, dünyadaki en önemli bakteri habitatlarından biridir.Ayrıca bakterilerin farklı çevrelerde yayılmasının ana yollarındandır.Bakterilerin su gibi çevre şartlarına olan dayanıklılığı ve bu ortamda çoğalabilmeleri, bakteriler arasında çeşitli gen transferlerine de kaynak oluşturmaktadır. Bu çalışma Varşova'da bulunan 7 çevresel su örneğinden (nehir ve nehir çevresindeki kar suyu) izole edilen bakterilerin plasmid aracılı antibiyotik direnç genlerine sahip olup olmadığı, eğer bu genleri taşıyorsa bu genlerin transferinin mümkün olup olamacağının araştırılması amacıyla yapıldı. Su örneklerinde tetrasiklin,makrolid, sülfametoksazol ve trimethoprim direncinden sorumlu gen (tet A, tet W, tet O, tet Q ve tet C,erm A, erm B, ermC, sul1 geni, DHFR I gen) bölgelerine özgü primer dizileri kullanıldı. Ayrıca lateral gen transferinden (konjugasyon) sorumlu gen bölgesi int I geni olmak üzere hedef bölge araştırıldı. Gen bölmeleri real-time PCR yöntemi ile Varşova Medikal üniversitesinde araştırıldı.Tür ve cins düzeyinde tanımlanması konvasyonel yöntemler ve Vitek2 cihazı (bioMeriux,Fransa) kullanılarakGaziantep Üniversitesi'nde yapıldı.Direnç geni bulunan suşların doğrulanması amacıyla DNA sekans analizi (Sanger) yapıldı. Plazmid veya gen transfer elementleri içeren örneklerden elektroporasyon yöntemiyle dirençsiz E.coli suşlarına direnç aktarımı yapıldı. Susic nehrinde test edilen direnç genlerinden hiçbirine rastlanmazken, Vistula nehrinde test edilen tüm direnç gen bölgeleri saptandı. Kar örneğinde (snow) erm C dışındaki tüm gen bölgeleri saptandı. Nehirlerde en fazla oranda bulunan gen ise tet C olup, 5 farklı nehirde saptandı.Vistula nehri ve kar suyu örneğine yapılan sekans analizinden sonra Vistula Nehrinde konjugasyon kolaylaştırıcı 'mob' proteinleri,kar suyu örneğinde ise 2 adet plazmid bulundu. Transfer proteini taşıyan bu iki örnekten elektroporasyon sonucunda dirençsiz E.coli suşlarında direnç geni aktarımı ile direnç gelişimi gözlendi.Araştırmamız çevrede bulunan dirençli bakterilerin diğer bakteriler içinde gen rezervuarı oluşturabileceği saptandı. Anahtar kelimeler: Antibiyotik direnci, plazmid,PCR, çevre
Borik Asit'in antimikrobiyal ve dezenfektan etkinliğinin araştırılması
Borik asit doğada bileşikler halinde bulunan ve birçok alanda etkinliği gösterilmiş olan bir elementtir. İnsan için ve çevre için toksik olmaması ve doğal yollardan elde edildiğinden ekonomik olması dikkat çeken başlıca özelliklerindendir. Bu çalışma borik asitin invitro olarak antibakteriyel etkinliğinin ve kontamine edilmiş yüzeylerde dezenfektan etkinliğinin araştırılması amacı ile yapılmıştır. Borik asitin farklı konsantrasyonlarda (%1, 2, 4, 6) S. aureus ATCC 29213, E. coli ATCC 25922, P. aeruginosa ATCC 27853, E. faecalis ATCC 29212, S. mutans ATCC 25175 izolatları ve kan kültürü örneklerden izole edilen farklı direnç paternine sahip 20 farklı mikroorganizma (A. baumannii, P. aeruginosa, K. pneumoniae, E. coli, S. aureus, S. epidermidis, E. faecalis C. albicans, C. parapsilosis, S. mitis/oralis) olmak üzere toplam 25 izolata karşı kalitatif süspansiyon yöntemi ve yüzey kontaminasyonu yapılarak dezenfektan etkinliği araştırıldı. Kalitatif süspansiyon yönteminde farklı konsantrasyondaki bor maddesi (%1, 2, 4, 6) ile seçilen bakteriler 1, 2, 5, 10, 30 dakikalık ürelerde temas ettirildi. Temas süreleri sonunda, ekimlerden önce maddelerin etkilerinin durdurulması için nötralizan çözeltisi ilave edildi ve ardından %5 koyun kanlı agara ekim yapıldı. 24 saat inkübasyon sonunda bakterilerin üreyip üremedikleri değerlendirildi. Yüzey kontaminasyonu için fayans yüzeye 0.5 MacFarland konsantrasyonda hazırlanmış bakteri süspansiyonundan 100 µL steril eküvyon çubuğu ile yayıldı. 15 dakika kuruması için beklendi. Kuruyan yüzeyler borik asitin %1, 2, 4, 6'lık süspansiyonları ile eküvyon çubuğu kullanılarak temizlendi. 1-2 dakika yüzeyin kuruması beklendikten sonra steril serum fizyolojik ile ıslatılmış eküvyon çubuk tüm yüzeye sürüldükten sonra %5 koyun kanlı agara ekim yapıldı. Plaklar 37 °C'de 24 saat inkübe edildi. Her çalışmada negatif kontrol yüzeyi (bakteri ekimi yapılmamış yüzey), pozitif kontrol yüzeyi (bakteri ekimi yapılmış, borik asit ile muamele edilmemiş yüzey) ve etkinlik kontrol yüzeyi (bakteri ekimi yapılmış ve %70'lik etil alkol ile muamele edilmiş yüzey) kullanılarak bu yüzeylerden de işlem sonrası ekim yapıldı. Kalitatif süspansiyon yönteminde borik asitin %1 konsantrasyonda ve test edilen sürelerde etkinliği saptanmadı. %2 konsantrasyonda 5 dakikalık temasla bakterilerin çoğuna ve 10. dakikada tümüne, %4 konsantrasyonda 5. dakikadan itibaren tümüne ve %6 konsantrasyonda 1. dakikadan itibaren tümüne karşı etkin olduğu bulundu. Candida türlerinde %1 konsantrasyonda etkinlik saptanmazken, %2'lik konsatrasyonda 1. dakikadan itibaren tümüne etkin bulundu. Yüzey kontaminasyonunda; borik asitin %2 konsantrasyonda test edilen Candida türlerinin tümüne ve %6 konsantrasyonda test edilen tüm bakterilere karşı dezenfektan etkinliğinin olduğu saptandı. Borik asit düşük konsantrasyonda dahi bakteri ve Candida türlerine karşı etkili antimikrobiyal bir kimyasal madde olup, dezenfektksiyon amacı ile kullanımına yönelik ileri çalışmalarının yapılması uygun olduğu sonucuna varılmıştır.
Anne sütünde bulunan lactobacillus türlerinin PCR yöntemi ile araştırılması
Bu çalışmada anne sütünde bulunan Lactobacillus türlerinin PCR yöntemiyle araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmaya yaşları 18-45 arasında olan, tekil, sağlıklı, tam süreli bir bebek doğurmuş olan, laktasyon periyodu 0-240 gün arasında olan toplam 72 kadın dahil edilmiştir. Normal doğum (n:36) ve sezaryen doğum (n:36) yapmış annelerden alınan süt örnekleri kolostrum (n:12), geçiş (n:12) ve olgun süt (n:12) şeklinde üç gruba ayrılmıştır. Süt örneklerinden real time PCR ile Lactobacillus türleri araştırılmıştır. DNA izolasyonu Qiagen Stool Fast Kit (Qiagen,Hilden) kullanılarak ve amplifikasyon Primer Design Genesig (UK) marka tür tanımla kitleri ile Rotor gene (Qiagen, Germany) cihazında yapılmıştır. Çalışmada örneklerin 70'inde (%97.2), Lactobacillus saptanırken, sezeryan doğum olan kadınlardan alınan örneklerin 2'sinde (%2.8) saptanmamıştır. Normal doğum yapan kadınların geçiş süt örleklerinin tümünde L. acidophilus ve L. rhamnosus aynı anda saptanmış olup 84 Lactobacillus türü tespit edilmiştir. Saptanan türler sırası ile 33 (%39.3), 25 (%29.8) Lactobacillus spp. ve 24 (%28.6) L. acidophilus olarak bulunmuştur. Normal doğum yapan kadınlardan alınan süt örneklerindeki L. acidophilus tespit edilme oranının sezaryen doğum yapan kadınlardan alınan süt örneklerinde saptanan göre anlamlı şekilde yüksek olduğu görülmüştür (p<0.05). Anne sütü bebeğin immune sisteminin gelişimi ve barsak florasının oluşumunda önemli bir fonksiyona sahiptir. Probiyotik bakterilerden biri olan Lactobacillus türlerinin anne sütünde yoğun olarak bulunduğu saptanmıştır.