Çevreden toplanan su örneklerinden saptanan bakterilerde tetrasiklin, makrolid, sülfametoksazol ve trimetoprim direncinden sorumlu genlerinin araştırılması

Su, dünyadaki en önemli bakteri habitatlarından biridir.Ayrıca bakterilerin farklı çevrelerde yayılmasının ana yollarındandır.Bakterilerin su gibi çevre şartlarına olan dayanıklılığı ve bu ortamda çoğalabilmeleri, bakteriler arasında çeşitli gen transferlerine de kaynak oluşturmaktadır. Bu çalışma Varşova'da bulunan 7 çevresel su örneğinden (nehir ve nehir çevresindeki kar suyu) izole edilen bakterilerin plasmid aracılı antibiyotik direnç genlerine sahip olup olmadığı, eğer bu genleri taşıyorsa bu genlerin transferinin mümkün olup olamacağının araştırılması amacıyla yapıldı. Su örneklerinde tetrasiklin,makrolid, sülfametoksazol ve trimethoprim direncinden sorumlu gen (tet A, tet W, tet O, tet Q ve tet C,erm A, erm B, ermC, sul1 geni, DHFR I gen) bölgelerine özgü primer dizileri kullanıldı. Ayrıca lateral gen transferinden (konjugasyon) sorumlu gen bölgesi int I geni olmak üzere hedef bölge araştırıldı. Gen bölmeleri real-time PCR yöntemi ile Varşova Medikal üniversitesinde araştırıldı.Tür ve cins düzeyinde tanımlanması konvasyonel yöntemler ve Vitek2 cihazı (bioMeriux,Fransa) kullanılarakGaziantep Üniversitesi'nde yapıldı.Direnç geni bulunan suşların doğrulanması amacıyla DNA sekans analizi (Sanger) yapıldı. Plazmid veya gen transfer elementleri içeren örneklerden elektroporasyon yöntemiyle dirençsiz E.coli suşlarına direnç aktarımı yapıldı. Susic nehrinde test edilen direnç genlerinden hiçbirine rastlanmazken, Vistula nehrinde test edilen tüm direnç gen bölgeleri saptandı. Kar örneğinde (snow) erm C dışındaki tüm gen bölgeleri saptandı. Nehirlerde en fazla oranda bulunan gen ise tet C olup, 5 farklı nehirde saptandı.Vistula nehri ve kar suyu örneğine yapılan sekans analizinden sonra Vistula Nehrinde konjugasyon kolaylaştırıcı 'mob' proteinleri,kar suyu örneğinde ise 2 adet plazmid bulundu. Transfer proteini taşıyan bu iki örnekten elektroporasyon sonucunda dirençsiz E.coli suşlarında direnç geni aktarımı ile direnç gelişimi gözlendi.Araştırmamız çevrede bulunan dirençli bakterilerin diğer bakteriler içinde gen rezervuarı oluşturabileceği saptandı. Anahtar kelimeler: Antibiyotik direnci, plazmid,PCR, çevre