Theses supervised by Prof. Dr. Yaşar Karakurt
13 theses · Isparta University of Applied Sciences
Kabarla çilek çeşidinden glutatyon s-transferaz ve glutatyon reduktaz genlerinin izole edilmesi ve karakterizasyonu
Abiyotik ve biyotik stresler sonucu bitkilerde reaktif oksijen türleri (ROS) artmaktadır. ROS'lar hücre içi maddeler ve hücre zarı ile etkileşime girerek bitkilere zarar vermektedir. ROS'lar ile mücadele etmek için bitkilerde enzimatik ve enzimatik olmayan antioksidan sistemleri vardır. Glutatyon reduktaz (GR) ve glutatyon s-transferaz (GST) antioksidan enzimlerindendir. Glutatyon reduktaz oksitlenmiş glutatyon (GSSG)'u indirgenmiş glutatyon (GSH)'a dönüştürür ve hücre içi GSH/GSSG dengesini sağlar. Glutatyon s-taransferaz ise hücre içi toksik maddelerin detoksifikasyonunu sağlamaktadır. Bitkilerde GR, GR1 ve GR2 olarak iki sınıf bulunurken GST'de tau, phi, lambda, teta, zeta, beta ve delta sınıfları bulunmaktadır. Streslerle başa çıkmak için son derece önemli olan bu enzimlerin sekans bilgileri çilek dahil omak üzere birçok bitkide araştırılmamıştır. Bu çalışmada Kabarla çilek çeşidinden GR ve GST antioksidan enzim genleri izole edilerek sekans bilgileri elde edilmiş ve karakterizasyonları yapılmıştır. Bunun için dejenere primerler dizayn edilerek PCR ile kısmi cDNA'lar çoğaltılmış ve tam uzunlukta nükleotidler elde edebilmek içinde 3' ve 5' RACE analizi yapılmıştır. Sekans sonuçlarına göre GR ve GST genleri sırası ile 2091 ve 1007 nükleotidden meydana geldiği, 557 ve 287 amino asitten oluşan açık okuma çerçevesine sahip oldukları saptanmıştır. Ayrıca izole edilen GR geni Pisum sativum, Medicago truncatula, Cicer arietinum ile GST geni Arabidopsis thaliana, Zea mays, Prosopis juliflora genleri ile yüksek oranda benzerlik göstermiştir. Moleküler düzeyde karakterize edilen bu genler gerek diğer türlerde benzer genlerin karakterizasyonu için gerekse de stres koşullarına karşı dayanıklı çilek çeşitlerinin geliştirilmesi için kullanılabilir.
Biber (Capsicum annuum l.) genotiplerinin SSR markörleri ile genetik karakterizasyonu
Yapılan tez çalışmasında moleküler markörlerden biri olan SSR tekniği kullanılarak Capsicum annum çeşitleri arasındaki farklılıkların ortaya konması amaçlanmıştır. Biber Solanaceae familyasına ait tropikal ve subtropikal iklim kuşağında yetiştirilen bir sebze olarak bilinmektedir. Çalışmada kullanılan biber çeşitleri Akdeniz Bölgesinde yer alan Antalya ilinin çeşitli fide şirketlerinden temin edilmiştir. Toplamda 10 çeşit biber fidesi ile moleküler analiz çalışmaları yürütülmüştür. Bu amaçla biber çeşitlerine ait örnekler uygun koşullarda alınarak Isparta Uygulamalı Bilimler Üniversitesi Tarım Bilimleri ve Teknolojileri Fakültesi Tarımsal Biyoteknoloji Laboratuvarında moleküler analizleri gerçekleştirilmiştir. SSR markörleri ile yapılan analizler sonucunda UPGMA metoduna göre biber çeşitleri 2 ana gruba ayrılmıştır. Birinci ana grup iki alt gruba ayrılmıştır. İlk alt grupta Vezir, Üçburun, Acıburun, Yükselince, Anadol, Serenad, Hayfa Şili yer almaktadır. İkinci alt grupta ise Jalomex yer almaktadır. İkinci ana grupta Ergenekon ve Kanyon yer almaktadır. Vezir- Üçburun ve Yükselince- Anadol çeşitleri benzer gruplar olup incelenen bölgeler bakımından aynı özellik göstererek birlikte gruplanmıştır. Ergenekon- Kanyon, Serenad- Hayfa Şili kendi aralarında benzerlik gösteren diğer daldır. En uzak benzerlik Jalomex ve Ergenekon arasında olup, ikinci uzak benzerlik Jalomex- Kanyon arasındadır. Toplam allel sayısının 162, spesifik allel sayısının 60 adet olduğu ve bant büyüklüğünün ise 164 ile 294 bç arasında değiştiği belirlenmiştir. Polimorfik bilgi içeriği (PBİ) 0,04 ile 0,89 arasında değişim göstermiştir. Türkiye'de biber türüne ait SSR bulguları, bölgede bundan sonraki ıslah çalışmalarına ebeveyn seçiminde bir basamak oluştururken, biber genotiplerinin yayılma alanlarının belirlenmesinde, genetik koleksiyonların karşılaştırılmasında, biber genotiplerinin karakterizasyonunda kullanılabilir.
Kayısı çeşitlerinin SSR belirteçleriyle moleküler karakterizasyonu
Kayısı, Rosaceae (Gülgiller) familyasında yer almakta olup, Prunus armeniaca L. olarak isimlendirilmektedir. Türkiye dahil birçok ülkede ve farklı iklim koşullarında yaygın olarak yetiştirilen bir meyvedir. Bu çalışmada, Mersin Mut Topluca köyü çiftçi bahçelerinden temin edilen 7 farklı kayısı çeşidinde SSR belirteç tekniği kullanılarak kayısı çeşitleri arasındaki farklılıklar araştırılmıştır. SSR belirteçleri ile yapılan analizler sonucunda kayısı çeşitleri NTSYS-pc programı kullanılarak UPGMA yöntemi ile gruplandırılmıştır. Analiz sonucunda kayısı çeşitleri arasında iki ana grup ortaya çıkmıştır ve bu iki grubun benzerlik katsayıları 0.677-0.938 arasında değişim göstermiştir. İlk ana grup kendi içinde alt gruplardan meydana gelmiştir. Birinci alt grupta Iğdır Şalağı, Septik ve Şekerpare, ikinci alt grupta ise İtalyan Tokalı ve Çağataybey yer almıştır. İkinci ana grup 2 alt gruba ayrılmıştır. İlk alt grupta Al, ikinci alt grupta, Bebeko yer almıştır. Iğdır şalağı ve Septik çeşitleri birbirinden ayırt edebilecek polimorfizmler üretilememiş ve bu nedenle iki çeşit bir arada gruplanmıştır. Iğdır şalağı, Septik ve Şekerpare; İtalyan tokalı ve Çağataybey; Al ve Bebeko arasında yakın korelasyon olduğu gözlemlenmiştir. En düşük benzerlik değeri Al ile İtalyan tokalı arasında 0.677 olarak tespit edilmiştir. En yüksek benzerlik katsayısı değeri (0,9389) Septik ve Iğdır Şalağı çeşitleri arasında belirlenmiştir. Bu veriler ışığında, Türkiye'de yetiştirilen kayısı çeşitlerine ait olan SSR bulguları, ülkede yapılan ıslah çalışmaları için ebeveyn seçiminde önemli bir basamak oluşturabilir. Ayrıca, kayısı çeşitlerinin yayılım alanlarının belirlenmesi, genetik koleksiyonların karşılaştırılması, kayısı genotiplerinin karakterizasyonu için kullanılabilir.
Karpuzda lipoksigenaz genlerinin izole edilmesi ve karakterizasyonu
Lipoksigenazlar (LOX) cis, cis 1,4-pentadien grubu doymamış yağ asitlerinin oksitlenmesini katalizleyen oksidoredüktaz grubunda yer alan enzimlerdir. Lipoksigenazlar normal substratları olan doymamış yağ asitlerini peroksidasyona uğratırken aynı anda ksantofil ve lütein başta olmak üzere karotenoidlerin de dolaylı oksidasyonuna (ko-oksidasyon) neden olarak rengin açılmasına yol açmaktadır. Lipit peroksidasyonu, genel olarak membran parçalanması veya fonksiyon kaybının bir göstergesi olarak kabul edilmektedir. Çalışmalar membran yağlarındaki değişimlerin meyve ve sebzelerin çabuk yumuşaması ve bozulmasında önemli role sahip olduklarını göstermektedir. Bu çalışmada karpuz meyvesi açısından çok önemli olan kötü tat, aroma ve renk bozulmalarının ve lipit peroksidasyonunun önlenmesinde etkili olan lipoksigenaz genlerinin izole edilmesi ve karakterizasyonu yapılmıştır. Çalışmada Ziraat Fakültesi Bahçe Bitkileri Bölümü'nden sağlanan karpuzdan, lipoksigenaz genleri belirlenip klonlanmış ve karakterize edilmiştir. Bu amaçla öncelikle gen bankasında bulunan daha önce karakterize edilmiş lipoksigenaz gen sekansları alınarak bu sekanslardan türler arasında değişim göstermeyen kısımlar belirlenmiştir. Bu kısımlar baz alınarak primerler hazırlanmıştır ve karpuz cDNA'sı ile birlikte PCR reaksiyonuna tabii tutulmuştur. Elde edilen cDNA parçası klonlanıp sekanslanmıştır. Lipoksigenaz genleri ile benzerlik gösterdiği belirlendikten sonra 3' ve 5' uçları RACE analizleri ile tamamlanmıştır. Elde edilen gen parçaları klonlanıp sekanslanmış ve lipoksigenazlara ait olduğu kanıtlanmıştır.
Sütçüler kekiği (Origanum minutiflorum)'nde 1-deoksi-d-ksilüloz 5 fosfat redüktoizomeraz (DXR) ve terpen sentaz genlerinin izolasyonu ve karakterizasyonu
'Sütçüler kekiği' olarak bilinen Origanum minutiflorum, Türkiye'de Isparta ilinin Sütçüler ilçesinde yetişen endemik bir türdür. Bu çalışmada Origanum minutiflorum bitkisinden uçucu yağ sentezinde görev alan 1-deoksi-D-ksilüloz fosfat redüktoizomeraz (OmDXR) ve terpen sentaz 1 (OmTPS1) genlerinin izolasyonu ve karakterizasyonu amaçlanmıştır. Bu amaç doğrultusunda kekik yapraklarında toplam RNA izole edilmiş ve hedef genlere özgü primerler ile genlerin moleküler karakterizasyonu gerçekleştirilmiştir. Çalışma sonucunda OmDXR genine ait tam uzunluktaki cDNA nükleotid uzunluğunun 1 700 bç ve genin 1446 bç'lik kısmının açık okuma çerçeve bölgesini içerdiği tespit edilmiştir. Genin, 138 bç'lik kısmının 5'-UTR, 116 bç'lik kısımnın ise 3'-UTR bölgesini içerdiği ve genin 481 amino asit uzunluğunda bir proteini kodladığı saptanmıştır. Ayrıca çalışma kapsamında elde edilen nükleotid dizisinin önceki çalışmalardan elde edilen nükleotid dizileri ile %74.22-81.07, protein dizisinin ise %70.92-72.95 arasında benzerlik gösterdiği belirlenmiştir. OmTPS1 genine ait tam uzunluktaki cDNA nükleotid uzunluğunun 1 836 bç olduğu ve genin 1 806 bç'lik kısmının açık okuma çerçeve bölgesini içerdiği saptanmıştır. OmTPS1 genin kodladığı proteinin ise 601 amino asit uzunluğunda olduğu saptanmıştır. Ayrıca çalışma kapsamında elde edilen nükleotid dizisinin önceki çalışmalardan elde edilen nükleotid dizileri ile %75.99-89.58, protein dizisinin ise %51.66-69.88 arasında benzerlik olduğu tespit edilmiştir. Ayrıca tez kapsamında OmDXR ve OmTPS1 genlerinin Origanum minutiflorum genomunda kaç kopya ile temsil edildiğini belirlemek amacıyla 'Southern Blot' analizi yürütülmüştür. Çalışmada karakterize edilen genlerin 'Southern' Blot analizleri sonucunda her iki genin de (OmDXR ve OmTPS1) üç farklı enzimle (EcoRI, BamHI ve HindIII) kesimi sonucunda tek DNA bandı ürettiği ve genomda tek kopyalarının olduğu saptanmıştır.
Bazı hıyar (Cucumis sativus L.) genotiplerinin morfolojik ve moleküler karakterizasyonu
Bu çalışmada Mısır orjinli 11 adet hıyar genotipinin morfolojik, pomolojik ve biyokimyasal içeriklerinin belirlenmesi ve moleküler karakterizasyonunun ortaya konulması amaçlanmıştır. Bu amaç doğrultusunda genotiplere ait tohumlar, Isparta Uygulamalı Bilimler Üniversitesi, Ziraat Fakültesi'ne ait uygulama çiftliğindeki seralarda yetiştirilmiş ve genotiplere ait 23 farklı özellik analiz edilmiştir. Yapılan çalışmalar sonucunda en yüksek meyve ağırlığının Rahaf genotipinde (337.39 g) olduğu, en yüksek meyve boyu Rahaf genotipinde (23.257cm), ve en yüksek meyve eni Rahaf genotipinde (53.97 mm) olduğu belirlenmiştir. Ayrıca genotiplerde yapılan biyokimyasal analizler sonucunda en yüksek toplam fenolik madde miktarının Madayın (1938 mg gallik asit eşdeğerliği/100g) genotipinde, en yüksek toplam antioksidan madde miktarının C.5 genotipinde (59.253), en yüksek toplam flavonoid miktarının Gazir genotipinde (752.78 mg kateşin eşdeğerliği (CE)/100g) olduğu tespit edilmiştir. En yükse klorofil (a) madde miktarının Madayın genotipinde (4.33728 mg g-1), en yükse klorofil (b) madde miktarının Iskay (6.59514 mg g-1) genotipinde, ve en yükse klorofil (a+b) madde miktarının Madayın genotipinde ( 20.9215 mg g-1) olduğu tespit edilmiştir. Ayrıca en yüksek suda çözünebilir kuru madde miktarı (SÇKM) Hayıl genotipinde (2.700), en yüksek pH tayini AB.47 genotipinde (7.5933), ve en yüksek titreedilebilir asit miktarı (TEA) Iskay genotipinde (0.1929 ) olduğu tespit edilmiştir. Ayrıca genotiplerde yapılan morfolojik analizler sonucunda en yükse bitki boyunun Iskay genotipinde olduğu (136.11 cm), en yüksek bitki eni Ofister genotipinde (3.857mm), en yüksek bitki yaprağı sayısı Iskay genotipinde (44.33), ve en yüksek bitki dallar sayısı Sakır genotipinde (21.557 ) olduğu belirlenmiştir. Sonuç olarak, farklı genotipler arasındaki genetik farklılıklar, ıslah programlarında genetik çeşitliliğin korunması ve artırılması için çok önemlidir. Bu genetik çeşitlilik, hastalıklara, zararlılara ve çevresel streslere karşı dayanıklı, verimli ve yüksek kaliteli salatalık çeşitlerinin geliştirilmesini sağlar. Ayrıca, genotipler arasındaki önemli farklılıklar, ıslah programları için istenen özelliklere sahip bitkilerin seçilmesini mümkün kılar. Dolayısıyla, bu çalışmada incelenen genotipler üzerine şimdiye kadar herhangi bir bilimsel araştırma yapılmamıştır. Bu nedenle elde edilen veriler, bu genotipleri içeren gelecekteki ıslah programları için değerli bir kaynak olacaktır.
Suriye ve türkiye'de yetiştirilen bazı buğday çeşit ve genotiplerinin ıssr markör tekniği ile moleküler karakterizasyonu
Bu tez çalışmasında, Suriye ve Türkiye'de yetiştirilen 14 farklı ekmeklik buğday (Triticum aestivum L.) genotipinin genetik çeşitliliği, ISSR (Inter Simple Sequence Repeat) markör tekniği kullanılarak analiz edilmiştir. Buğday genotiplerinden genç çimlenmiş yapraklar toplanarak DNA izolasyonu gerçekleştirilmiştir. Genetik karakterizasyon için 11 farklı ISSR markörü kullanılmıştır. Yapılan PCR analizleri sonucunda toplam 65 DNA bandı elde edilmiş; bu bantların 57'si polimorfik, 8'i ise monomorfik olarak belirlenmiştir. Buna bağlı olarak polimorfizm oranı %87.69 olarak hesaplanmıştır. Elde edilen veriler, genotipler arasında yüksek düzeyde genetik çeşitlilik olduğunu göstermiştir. Dice benzerlik katsayısı ile oluşturulan dendrogram analizine göre genotipler 4 ana gruba ayrılmıştır. Sonuçlar, ISSR markörlerinin buğdayda genetik farklılıkların belirlenmesinde etkili olduğunu ve bu yöntemin, verimlilik, stres toleransı ve ıslah programları açısından uygun genetik kaynakların seçimi için kullanılabileceğini ortaya koymaktadır.
Ekonomik öneme sahip zeytin (Olea europaea L.) genotiplerinin SSR (simple sequence repeats)'a dayalı genetik karakterizasyonu
Bu tez çalışmasında moleküler markörlerden SSR tekniği kullanılarak zeytin genotipleri arasındaki farklılıkların ortaya konulması amaçlanmıştır. Zeytin Oleaceae familyasına ait Europaea cinsi içerisinde yer almaktadır. Çalışma kapsamında yerel fidan yetiştirme firmalarından temin edilen zeytin fidanları moleküler analizler için kullanılmıştır. Bu amaçla zeytin türünde yer alan genotiplere ait numuneler uygun koşullarda alındıktan sonra Isparta Uygulamalı Bilimler Üniversitesi Tarım Bilimleri ve Teknolojileri Fakültesi Tarımsal Biyoteknoloji Laboratuvarında moleküler analizleri gerçekleştirilmiştir. SSR markörleri ile yapılan analizler sonucunda UPGMA metoduna göre zeytin çeşitleri arasında yapılan analizde iki ana grup ve %70 benzerlik ortaya çıkmıştır. İlk ana grup kendi içinde 3 alt gruptan meydana gelmiştir. İlk grupta Gemlik, Domat ile Kalamata, ikinci grupta Ayvalık, Bodur arbequıne ile Çekişte ve üçüncü grupta Sarı ulak yer almıştır. İkinci ana grup 2 alt gruba ayrılmıştır. İlk alt grubu Yamalak sarısı ve Manzila oluştururken, ikinci alt grupta Memecik yer almıştır. Toplam allel sayısının 113, spesifik allel sayısının 44 adet olduğu ve bant büyüklüğünün ise 180 ile 297 bç arasında değiştiği belirlenmiştir. Polimorfik bilgi içeriği (PBİ) 0,515 ile 0,83 arasında değişim göstermiştir. Türkiye'de zeytin türüne ait SSR bulguları, bölgede bundan sonraki ıslah çalışmalarına ebeveyn seçiminde bir basamak oluşturmada, zeytin genotiplerinin yayılma alanlarının belirlenmesinde, genetik koleksiyonların karşılaştırılmasında ve zeytin genotiplerinin karakterizasyonunda kullanılabilir.
Ekonomik öneme sahip zeytin (Olea europaea L.) genotiplerinin SSR (simple sequence repeats)'a dayalı genetik karakterizasyonu
Bu tez çalışmasında moleküler markörlerden SSR tekniği kullanılarak zeytin genotipleri arasındaki farklılıkların ortaya konulması amaçlanmıştır. Zeytin Oleaceae familyasına ait Europaea cinsi içerisinde yer almaktadır. Çalışma kapsamında yerel fidan yetiştirme firmalarından temin edilen zeytin fidanları moleküler analizler için kullanılmıştır. Bu amaçla zeytin türünde yer alan genotiplere ait numuneler uygun koşullarda alındıktan sonra Isparta Uygulamalı Bilimler Üniversitesi Tarım Bilimleri ve Teknolojileri Fakültesi Tarımsal Biyoteknoloji Laboratuvarında moleküler analizleri gerçekleştirilmiştir. SSR markörleri ile yapılan analizler sonucunda UPGMA metoduna göre zeytin çeşitleri arasında yapılan analizde iki ana grup ve %70 benzerlik ortaya çıkmıştır. İlk ana grup kendi içinde 3 alt gruptan meydana gelmiştir. İlk grupta Gemlik, Domat ile Kalamata, ikinci grupta Ayvalık, Bodur arbequıne ile Çekişte ve üçüncü grupta Sarı ulak yer almıştır. İkinci ana grup 2 alt gruba ayrılmıştır. İlk alt grubu Yamalak sarısı ve Manzila oluştururken, ikinci alt grupta Memecik yer almıştır. Toplam allel sayısının 113, spesifik allel sayısının 44 adet olduğu ve bant büyüklüğünün ise 180 ile 297 bç arasında değiştiği belirlenmiştir. Polimorfik bilgi içeriği (PBİ) 0,515 ile 0,83 arasında değişim göstermiştir. Türkiye'de zeytin türüne ait SSR bulguları, bölgede bundan sonraki ıslah çalışmalarına ebeveyn seçiminde bir basamak oluşturmada, zeytin genotiplerinin yayılma alanlarının belirlenmesinde, genetik koleksiyonların karşılaştırılmasında ve zeytin genotiplerinin karakterizasyonunda kullanılabilir.
Nar (punica granatum l.) çeşitlerinin ssrbelirteçleriyle moleküler karakterizasyonu
ÖZET Yüksek Lisans Tezi NAR (Punica granatum L.) GENOTİPLERİNİN SSR MARKÖRLERİ İLE MOLEKÜLER KARAKTERİZASYONU Halime Keriman ÇETİNKAYA Isparta Uygulamalı Bilimler Üniversitesi Lisansüstü Eğitim Enstitüsü Tarımsal Biyoteknoloji Anabilim Dalı Danışman: Prof. Dr. Yaşar KARAKURT Bu tez çalışmasında moleküler markörlerden SSR tekniği kullanılarak nar genotipleri arasındaki farklılıkları ortaya koymak amaçlanmıştır. Nar Lythraceae familyasına ait tropik ve subtropik iklim kuşağında yetiştirilen bir meyve olduğu bilinmektedir. Çalışma kapsamında Akdeniz Bölgesi Antalya ilinde yer alan Batı Akdeniz Tarımsal Araştırma Enstitüsü'nden 10 çeşit nar ve küçük özel mülk bahçesinden 1 çeşit nar alınarak moleküler analizler için kullanılmıştır. Bu amaçla nar türünde yer alan genotiplere ait numuneler uygun koşullarda alındıktan sonra Isparta Uygulamalı Bilimler Üniversitesi Tarım Bilimleri ve Teknolojileri Fakültesi Tarımsal Biyoteknoloji Laboratuvarında moleküler analizleri gerçekleştirilmiştir. SSR markörleri ile yapılan analizler sonucunda UPGMA metoduna göre nar çeşitleri arasında iki ana grup ortaya çıkmış ve %65 oranında benzerlik gösterdiği belirlenmiştir. İlk ana grup kendi içinde 4 alt gruptan meydana gelmiştir. İlk alt grupta Hicaz, ikinci alt grupta Aşı, Batem Onur, Ernar, Batem Hicaz, üçüncü alt grupta Beynarı ve dördüncü alt grupta Batem Esin, Batem Yılmaz ve Ekşilik yer almıştır. İkinci ana grup 2 alt gruba ayrılmıştır. İlk alt grupta Katırbaşı, ikinci alt grupta Fellahyemez yer almıştır. Batem Onur ve Ernar çeşitlerini birbirlerinden ayırt edecek polimorfizmler üretilememiş ve bu iki çeşit bir arada gruplanmıştır. Hicaz, Beynar, Ekşilik, Katırbaşı ve Fellahyemez çeşitleri tek başına bir alt grup oluşturmuştur. Çalışmada Aşınar ve Batem Onur-Ernar, Batem Esin ve Batem Yılmaz arasında yakın korelasyon olduğu gözlemlenmiştir. Nar türüne ait SSR bulguları, bölgede bundan sonraki ıslah çalışmalarına ebeveyn seçiminde bir basamak oluştururken, nar genotiplerinin yayılma alanlarının belirlenmesinde, genetik koleksiyonların karşılaştırılmasında, nar genotiplerinin karakterizasyonunda kullanılabilir. Anahtar Kelimeler: Markör, Moleküler Karakterizasyon, SSRs, Nar 2019, 24 sayfa
Nar (punica granatum l.) çeşitlerinin ssrbelirteçleriyle moleküler karakterizasyonu
ÖZET Yüksek Lisans Tezi NAR (Punica granatum L.) GENOTİPLERİNİN SSR MARKÖRLERİ İLE MOLEKÜLER KARAKTERİZASYONU Halime Keriman ÇETİNKAYA Isparta Uygulamalı Bilimler Üniversitesi Lisansüstü Eğitim Enstitüsü Tarımsal Biyoteknoloji Anabilim Dalı Danışman: Prof. Dr. Yaşar KARAKURT Bu tez çalışmasında moleküler markörlerden SSR tekniği kullanılarak nar genotipleri arasındaki farklılıkları ortaya koymak amaçlanmıştır. Nar Lythraceae familyasına ait tropik ve subtropik iklim kuşağında yetiştirilen bir meyve olduğu bilinmektedir. Çalışma kapsamında Akdeniz Bölgesi Antalya ilinde yer alan Batı Akdeniz Tarımsal Araştırma Enstitüsü'nden 10 çeşit nar ve küçük özel mülk bahçesinden 1 çeşit nar alınarak moleküler analizler için kullanılmıştır. Bu amaçla nar türünde yer alan genotiplere ait numuneler uygun koşullarda alındıktan sonra Isparta Uygulamalı Bilimler Üniversitesi Tarım Bilimleri ve Teknolojileri Fakültesi Tarımsal Biyoteknoloji Laboratuvarında moleküler analizleri gerçekleştirilmiştir. SSR markörleri ile yapılan analizler sonucunda UPGMA metoduna göre nar çeşitleri arasında iki ana grup ortaya çıkmış ve %65 oranında benzerlik gösterdiği belirlenmiştir. İlk ana grup kendi içinde 4 alt gruptan meydana gelmiştir. İlk alt grupta Hicaz, ikinci alt grupta Aşı, Batem Onur, Ernar, Batem Hicaz, üçüncü alt grupta Beynarı ve dördüncü alt grupta Batem Esin, Batem Yılmaz ve Ekşilik yer almıştır. İkinci ana grup 2 alt gruba ayrılmıştır. İlk alt grupta Katırbaşı, ikinci alt grupta Fellahyemez yer almıştır. Batem Onur ve Ernar çeşitlerini birbirlerinden ayırt edecek polimorfizmler üretilememiş ve bu iki çeşit bir arada gruplanmıştır. Hicaz, Beynar, Ekşilik, Katırbaşı ve Fellahyemez çeşitleri tek başına bir alt grup oluşturmuştur. Çalışmada Aşınar ve Batem Onur-Ernar, Batem Esin ve Batem Yılmaz arasında yakın korelasyon olduğu gözlemlenmiştir. Nar türüne ait SSR bulguları, bölgede bundan sonraki ıslah çalışmalarına ebeveyn seçiminde bir basamak oluştururken, nar genotiplerinin yayılma alanlarının belirlenmesinde, genetik koleksiyonların karşılaştırılmasında, nar genotiplerinin karakterizasyonunda kullanılabilir. Anahtar Kelimeler: Markör, Moleküler Karakterizasyon, SSRs, Nar 2019, 24 sayfa
Kabarla çilek çeşidinden katalaz ve süperoksit dismutaz genlerinin izole edilmesi ve karakterizasyonu
ÖZET Yüksek Lisans Tezi KABARLA ÇİLEK ÇEŞİDİNDEN KATALAZ VE SÜPEROKSİT DİSMUTAZ GENLERİNİN İZOLE EDİLMESİ VE KARAKTERİZASYONU Songül CARUS Isparta Uygulamalı Bilimler Üniversitesi Lisansüstü Eğitim Enstitüsü Tarımsal Biyoteknoloji Anabilim Dalı Danışman: Prof. Dr. Yaşar KARAKURT Bitkiler olumsuz çevre şartlarına maruz kaldıklarında gelişmeleri olumsuz etkilenir ve bu duruma stres denir. Bitkilerde iki tür stres ortamı vardır; Abiyotik ve biyotik stresler. Bitkiler olumsuz etkileri azaltmak veya engellemek amacıyla moleküler savunma mekanizmalarına sahiptirler. Reaktif Oksijen Türleri (ROS) hücre içi maddeler ve hücre zarı ile etkileşime girerek bitkilere zarar vermektedir. ROS'lar ile mücadele etmek ve ROS'ları uzaklaştırmak için en etkili enzimler CAT ve SOD enzimleridir. Katalaz enzimi redoks reaksiyonunu teşvik eden en etkili protein katalistlerinden birisidir. Katalaz mitokondri ve peroksizomda lokalize olan, kloroplastta bulunmayan, H2O2'yi suya ve oksijene dönüştürerek ortamı temizleyen antioksidan bir enzimdir. Süperoksit Dismutaz reaktif oksijen türlerine karşı ilk savun-ma hattını oluşturan olağanüstü katalitik etkinlikte çalışan metalloproteindir. İnsanlarda SOD'un üç formu bulunur. Bunlardan bakır (Cu) ve çinko (Zn) içeren süperoksit dismutaz (Cu/Zn SOD) sitozolde, manganez (Mn) içeren süperoksit dismutaz (Mn SOD) mitokondride ve ekstrasellüler süperoksit dismutaz (EC SOD) hücre dışı sıvılarda bulunur. Bitkilerde stresle başa çıkmak için son derece önemli olan bu enzimlerin sekans bilgileri çilek dahil olmak üzere birçok bitkide araştırılmamıştır. Bu çalışmada Kabarla çilek çeşidinden CAT ve SOD antioksidan enzim genleri izole edilerek sekans bilgileri elde edilmiş ve karakterizasyonları yapılmıştır. Bunun için dejenere primerler dizayn edilerek PCR ile kısmi cDNA'lar çoğaltılmış ve tam uzunlukta nükleotidler elde edebilmek için de 3' ve 5' RACE analizi yapılmıştır. Sekans sonuçlarına göre CAT ve SOD genleri sırası ile 496 ve 317 amino asitten oluşan açık okuma çerçevesine sahip oldukları saptanmıştır. Ayrıca izole edilen CAT geni Solanum Lycopersicum, Prunus persica ile SOD geni Prunus persica geni ile yüksek oranda benzerlik göstermiştir. Moleküler düzeyde karakterize edilen bu genler gerek diğer türlerde benzer genlerin karakterizasyonu için gerekse de stres koşullarına karşı dayanıklı çilek çeşitlerinin geliştirilmesi için kullanılabilir Anahtar Kelimeler: Kabarla, antioksidan, katalaz, Süperoksit Dismutaz 2019, 50 sayfa
Kabarla çilek çeşidinden katalaz ve süperoksit dismutaz genlerinin izole edilmesi ve karakterizasyonu
ÖZET Yüksek Lisans Tezi KABARLA ÇİLEK ÇEŞİDİNDEN KATALAZ VE SÜPEROKSİT DİSMUTAZ GENLERİNİN İZOLE EDİLMESİ VE KARAKTERİZASYONU Songül CARUS Isparta Uygulamalı Bilimler Üniversitesi Lisansüstü Eğitim Enstitüsü Tarımsal Biyoteknoloji Anabilim Dalı Danışman: Prof. Dr. Yaşar KARAKURT Bitkiler olumsuz çevre şartlarına maruz kaldıklarında gelişmeleri olumsuz etkilenir ve bu duruma stres denir. Bitkilerde iki tür stres ortamı vardır; Abiyotik ve biyotik stresler. Bitkiler olumsuz etkileri azaltmak veya engellemek amacıyla moleküler savunma mekanizmalarına sahiptirler. Reaktif Oksijen Türleri (ROS) hücre içi maddeler ve hücre zarı ile etkileşime girerek bitkilere zarar vermektedir. ROS'lar ile mücadele etmek ve ROS'ları uzaklaştırmak için en etkili enzimler CAT ve SOD enzimleridir. Katalaz enzimi redoks reaksiyonunu teşvik eden en etkili protein katalistlerinden birisidir. Katalaz mitokondri ve peroksizomda lokalize olan, kloroplastta bulunmayan, H2O2'yi suya ve oksijene dönüştürerek ortamı temizleyen antioksidan bir enzimdir. Süperoksit Dismutaz reaktif oksijen türlerine karşı ilk savun-ma hattını oluşturan olağanüstü katalitik etkinlikte çalışan metalloproteindir. İnsanlarda SOD'un üç formu bulunur. Bunlardan bakır (Cu) ve çinko (Zn) içeren süperoksit dismutaz (Cu/Zn SOD) sitozolde, manganez (Mn) içeren süperoksit dismutaz (Mn SOD) mitokondride ve ekstrasellüler süperoksit dismutaz (EC SOD) hücre dışı sıvılarda bulunur. Bitkilerde stresle başa çıkmak için son derece önemli olan bu enzimlerin sekans bilgileri çilek dahil olmak üzere birçok bitkide araştırılmamıştır. Bu çalışmada Kabarla çilek çeşidinden CAT ve SOD antioksidan enzim genleri izole edilerek sekans bilgileri elde edilmiş ve karakterizasyonları yapılmıştır. Bunun için dejenere primerler dizayn edilerek PCR ile kısmi cDNA'lar çoğaltılmış ve tam uzunlukta nükleotidler elde edebilmek için de 3' ve 5' RACE analizi yapılmıştır. Sekans sonuçlarına göre CAT ve SOD genleri sırası ile 496 ve 317 amino asitten oluşan açık okuma çerçevesine sahip oldukları saptanmıştır. Ayrıca izole edilen CAT geni Solanum Lycopersicum, Prunus persica ile SOD geni Prunus persica geni ile yüksek oranda benzerlik göstermiştir. Moleküler düzeyde karakterize edilen bu genler gerek diğer türlerde benzer genlerin karakterizasyonu için gerekse de stres koşullarına karşı dayanıklı çilek çeşitlerinin geliştirilmesi için kullanılabilir Anahtar Kelimeler: Kabarla, antioksidan, katalaz, Süperoksit Dismutaz 2019, 50 sayfa