Akut gastroenteritli çocuklarda rotavirus enfeksiyon insidansı ve genotiplerinin araştırılması

Rotavirus bütün dünyada yenidoğan ve küçük çocuklarda ciddi akut gastroenteritin en yaygın sebebidir. Bu çalışmanın amacı akut gastroenterit sebebi ile hastaneye başvuran 5 yaş ve altındaki çocuklarda rotavirus enfeksiyon insidansını ve genotiplerini tespit etmektir. Ocak-Aralık 2017 tarihleri arasında akut gastroenteriti olan 400 çocuğa ait dışkı örnekleri toplanmıştır. Rotavirus antijen varlığı Ridascreen Rotavirus ELISA (R-Biopharm AG, Germany) testi ile araştırılmıştır. Rotavirus pozitif örneklerden High Pure Viral RNA kiti (Roche Diagnostics, Germany) kullanılarak viral RNA ekstraksiyonu yapılmıştır. Rotavirus G ve P genotiplerinin tespiti için RT-PCR testi VP7 ve VP4 bölgesine spesifik konsensus primerler kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Daha sonra semi-nested multipleks PCR testi ile yedi rotavirus spesifik G genotipi ( G1-4, G8-10) ve altı rotavirus spesifik P genotipi (P[4], P[6], P[8]-[11]) araştırılmıştır. Rotavirus antijen pozitiflik oranı %22.7 (91) olarak tespit edilmiştir. Rotavirus antijen pozitifliği 0-24 ay yaş grubunda daha yüksek (%76.9) bulunmuştur. Rotavirus enfeksiyonu en fazla sonbahar mevsiminde, özellikle Kasım ayında (%38.5) görülmüştür. Rotavirus antijen pozitif 91 örneğin RT-PCR testi ile 89'u (%22.2) pozitif bulunmuştur. Toplam 89 dışkı örneğinde rotavirus G1 genotipi en fazla tespit edilen (%50.5) G genotipi olup bunu sırasıyla G2 (%21.3), G3 (%14.6) ve G9 (%3.4) takip etmiştir. En baskın P genotipi ise P[8] (%36) olup bunu sırasıyla P[6] (%22,5), P[4] (%19), P[9] (%4.5), P[10] (%3.4) ve P[11] (%1) izlemiştir. En yaygın görülen G/P kombinasyonu %21.3 ile G1P[8] olup diğerleri G2P[4] %12.4, G1P[6] %6.7, G2P[8] %4.5 ve G3P[8] %3.4 oranlarında gözlenmiştir. Rotavirus miks enfeksiyon insidansı %7.9 (7) olarak tespit edilmiştir. Sonuç olarak bu çalışmada tespit edilen rotavirus P ve G genotipleri mevcut rotavirus aşıların genotipleri ile uyumlu bulunmuştur. Bölgemizde rotavirus genotiplerinin belirlenmesi ve her yıl düzenli sürveyansı rotavirus aşı uygulamasını yaygınlaştırmak, aşı etkinliğini tespit etmek ve gelecekte alternatif rotavirus aşılarının geliştirilebilmesi için önemlidir. Anahtar sözcükler: Akut gastroenterit, rotavirus, RT-PCR, semi-nested multipleks PCR, genotipleme