Theses supervised by Prof. Dr. Fügen Yarkın
21 theses · Çukurova University
Aseptik menenjit/ensefalitli hastalarda herpes grubu virusların araştırılması
Viral menenjitler meningeal inflamasyon bulguları ile karakterize, bakteriyel ve fungal kültürlerin negatif olduğu merkezi sinir sistemi infeksiyonlarıdır. Viral ensefalitler bilinç bulanıklığı ve/veya nörolojik bozukluklar ile karakterize beyin parenkiminin inflamasyonudur. Bu çalışmaya, bölgemizde aseptik menenjit veya ensefalitli hastalarda Herpes Simpleks Virus infeksiyonlarının insidansını araştırmak amacıyla aseptik menenjitli 108 hasta ve ensefalitli 80 hasta olmak üzere toplam 188 hasta dahil edilmiştir. Hastalara ait beyin omurilik sıvısı (BOS) örneklerinde HSV-DNA tespiti için konsensus Herpes Simpleks Virus Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) testi kullanıldı. HSV tiplendirilmesi restriksiyon enzim analizi ile yapıldı. Ayrıca, intratekal sentezlenen HSV-1 ve HSV-2 spesifik İmmunglobulin G (IgG) antikorları ELISA (Enzyme Linked Immun Assay) testi ile araştırıldı. HSV-1 DNA toplam 188 hastanın 4'ünde (% 2,1) tespit edildi. HSV-1 IgG antikorları 3 hastadan alınan BOS örneğinde bulundu. HSV-1 IgG pozitif 3 hastanın 2'sinde HSV DNA da pozitif idi. HSV-2 DNA ve HSV-2 spesifik IgG hastalarımızın hiç birinde bulunmadı. Sonuç olarak, PCR ve ELISA testleri birlikte değerlendirildiğinde 188 hastanın 5'inde( % 2,6) HSV-1 infeksiyonu tespit edildi. Herpes simpleks virusa bağlı merkezi sinir sistemi infeksiyonlarında spesifik antiviral tedavi ile mortalite önemli ölçüde azaldığından, HSV infeksiyonunun erken tanısı son derece önemlidir. Merkezi sinir sistemi infeksiyonlarının erken tanısında PCR'ın hızlı ve güvenilir bir test olduğu ve intratekal sentezlenen HSV IgG testinin tek başına tanısal değerinin sınırlı olup PCR test sonuçları ile birlikte değerlendirilmesi gerektiği sonucuna varılmıştır.
Bölgemizde gebe kadınlarda parvovirus b19 infeksiyonu ve fetusa etkisi
ÖZET Bölgemizde Gebe Kadınlarda Parvovirus B19 İnfeksiyonu ve Fetusa Etkisi Bu çalışma bölgemizde gebe kadınlarda parvovirus B19 infeksiyonunu araştırmak ve nonimmun hidrops fetalis(NIHF), spontan abortus ve intrauterin fetal ölüm(İUFÖ) vakalarında B19 infeksiyon insidansını tespit etmek için yapılmıştır. B19 infeksiyonunun tanısında B19 DNA tespiti için B19 spesifik nested PCR ve B19 spesifik IgM ve IgG antikorları için ELISA testi kullanıldı. NIHF (n=33) vakalarına ve spontan abortus (n=19) vakalarına ait parafine gömülü fetal ve plasental doku örnekleri ile kontrol olarak gebeliği zamanında sonlanan 40 normal gebe kadının plasental doku örneklerinde B19 DNA nested PCR testi ile analiz edildi. NIHF vakalarının 14'de(%42.4) ve spontan abortus vakalarının 6'da(%31.5) B19 DNA varlığı tespit edildi, oysa kontrol plasental dokularının hiçbirinde tespit edilmedi. Çalışmanın diğer serisinde NIHF (n=9), spontan abortus (n=27), İUFÖ (n=5) ve kontrol grubu olarak 47 sağlıklı gebe kadının serum örnekleri PCR ve ELISA ile test edildi. NIHF vakalarının 4'de(%44), spontan abortus vakalarının 9'unda(%33) ve İUFÖ vakalarının 1'inde(%20) hem PCR hem de ELISA testi ile B19 infeksiyon tanısı kondu. Ayrıca, kontrol grubunda B19 IgG prevalansı %51 bulundu ve bu örneklerden 4'de IgM tek başına veya IgM ve IgG antikorlarının birlikte olması, %8.3'lük bir oranla geçirilmekte olan B19 infeksiyonunu gösterdi ki, bu bölgemizde çalışma sırasında epidemik bir periyodu yansıtabilir. Sonuç olarak, bulgularımız B19 ile ilişkili NIHF insidansının oldukça yüksek olduğunu gösterdiğinden hidrops fetalis görülen gebe kadınlarda B19 infeksiyonunun erken tanısında nested PCR ve ELISA testlerinin birlikte kullanılması gereklidir. Anahtar Sözcükler: Parvovirus B19, Gebelik, Hidrops fetalis, Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR), B19 IgM antikoru, B19 IgG antikoru
Bölgemizde akut gastroenteritli çocuklarda rotavirus infeksiyonlarının moleküler epidemiyolojisi
Rotavirus bütün dünyada yeni doğan ve küçük çocuklarda akut gastroenteritin major etkeni olup çocuk ölümlerinin en önemli sebebidir. Bölgemizde akut gastroenteritli çocuklarda rotavirus infeksiyonlarının moleküler epidemiyolojisini araştırmak amacıyla 2008 yılında 5 yaş altı akut gastroenteriti olan 188 çocuktan dışkı örnekleri toplandı. Dışkı örnekleri Grup A rotavirus antijen tespiti için ELISA (enzyme-linked immunosorbent assay) testi ile analiz edildi. RT-PCR (Reverse-transcription-polymerase chain reaction) ve multipleks semi-nested PCR testi ile rotavirus G ve P genotiplemesi yapıldı. Toplam 188 hastanın 41'inde (%21.8) rotavirus antijeni pozitif bulundu. En baskın rotavirus genotipi G1P[4] %26.8 oranında olup bunu G4P[4] %17, G9/P[4] %7.4 ve G1P[6] ve G1P[10] genotiplerinin herbiri %2.4 oranlarında izledi. Rotavirus diaresi olan çocuklarda miks infeksiyonların görülme oranı %36.6 olarak tespit edildi. G1 genotipi (%70.7) en çok görülen G genotipi olup ardından G4 (%19.5) ve G9 (%17) bulundu. En yaygın P genotipi %85.3 oranla P[4] olup P[10] %29.2, P[8] %12.2, P[11] %7.4 ve P[6] %4.9 oranlarında tespit edildi. Bölgemizde akut gastroenteritli çocuklarda rotavirus infeksiyonunun insidansı ve rotavirus G ve P genotiplerinin dağılımının belirlenmesi rotavirusa karşı aşı geliştirme stratejilerinin oluşturulmasına katkıda bulunacaktır.
Çukurova bölgesindeki kadınlarda genital human papillomavirus infeksiyon prevalansı
Human papillomavirus (HPV) servikal kanserin major etyolojik ajanıdır. Servikal kanser tüm dünyadaki kadınlar arasında en yaygın ikinci kanserdir. Bu çalışmada bölgemizdeki kadınlarda human papillomavirus infeksiyonunun prevalansının araştırılması amaçlanmıştır. Toplam 460 servikal sitoloji örneği 20-68 yaş arası kadınlardan toplanmıştır. HPV DNA tespiti için MY09/11 ve GP5+/6+ primerleri ile yapılan konsensus PCR (polimerase chain reaction) testi kullanılmıştır. HPV DNA pozitif örnekler HPVpU-1M/pU-2R ve HPVpU-31B/pU-2R primerleri ile sırasıyla yüksek riskli (HR; high risk) ve düşük riskli (LR; low risk) tipler olarak identifiye edilmiştir. Ayrıca servikal kanserde en yaygın görülen HR HPV tipleri olan HPV 16, 18, 31 ve 45 için HPV DNA pozitif bulunan örnekler tip spesifik PCR ile genotiplendirilmiştir. Toplam 460 örnekten 24 (% 5,2)'ü HPV DNA için pozitif bulunmuştur. HPV DNA pozitif 24 kadından 14'ünde (% 3) tek veya multiple infeksiyon şeklinde HR HPV tipi ve 10'unda (% 2,2) ise tek başına LR HPV pozitifliği tespit edilmiştir. HPV DNA pozitif 30 yaş ve üstü olan 24 kadında %33,3 oranı ile en sık görülen HR HPV tipi HPV tip 16 olup bunu sırasıyla HPV 45 (%20,8), HPV 18 ve HPV 31 (%4,2) izlemiştir. Sonuç olarak Çukurova bölgesindeki kadınlarda genital HPV infeksiyon prevalansı %5,2 bulunmuştur ve HPV infeksiyonunun epidemiyolojik araştırmalarının servikal kanser tarama stratejilerinin geliştirilmesi ve HPV aşılarının uygunluğunun gösterilmesi için gelecekte de sürdürülmesi önerilmektedir.
Bölgemizde servikal kanser ve prekanseröz lezyonları olan kadınlarda onkojenik human papillomavirus genotiplerinin prevalansının belirlenmesi
Servikal kanser bütün dünyada kadınlar arasında görülen en yaygın ikinci kanserdir. Human papillomavirus (HPV) servikal kanserin primer etyolojik ajanıdır. Bu çalışma Çukurova bölgesinde servikal kanser ve prekanseröz lezyonları olan kadınlarda HPV genotiplerinin prevalansını tespit için yapılmıştır. Bu amaçla skuamoz hücreli servikal kanser tanılı 27 kadın, 18 CIN1 (cervical intraepithelial neoplasia), 16 CIN2/3 ve kontrol grubu olarak normal servikal sitolojisi olan 122 kadına ait örneklerde HPV DNA tespiti için MY09/11 ve GP5+/6+ konsensus PCR (polymerase chain reaction) testi kullanılmıştır. HPV genotiplemesi multipleks floresan PCR testi olan f-HPV typing Kit (Molgentix, Barcelona, Spain) ile yapılmıştır. Floresan ile işaretli PCR ürünleri ABI 3130 genetic analyzer (Applied Biosystems) cihazında kapiller elektroforez ile analiz edilmiştir. HPV prevalansı servikal kanserde %92.5, CIN2/3'de %81.2, CIN1'de %66,6 ve kontrol grubunda ise %6.5 oranında bulunmuştur. Servikal kanser vakalarında en yaygın tip %66.6 oranla HPV16 olup ardından HPV18 (%11.1) ve HPV31, 58, 59 ve 68 (her biri %3.7) izlemiştir. CIN 2/3 lezyonlarında da HPV16 (%56.2) en baskın tip olup sonraki yaygın tipler HPV18 (%12.5), HPV11 (%12.5), HPV45, 51, 52, 58 ve 6 (her biri %6.2)'dır. CIN1'de en çok bulunan tip HPV59 (%22) olup diğer tipler HPV16 (%16.6), HPV11 (%11.1), HPV18, HPV31 ve HPV 35 (her biri %5.5)'dir. HPV16 ve/veya HPV18 enfeksiyonu servikal kanser vakalarının %74'ü (20/27) ve CIN2/3 vakalarının %62.5'inde (10/16) tanınmıştır. Sonuç olarak bölgemizde servikal kanser ve CIN2/3 tanılı kadınlarda bulunan en baskın iki tip HPV16 ve HPV18 olup günümüzde kullanılan profilaktik HPV aşılarının hedeflediği tiplerdir. Bölgemizde servikal kanser ve prekanseröz lezyonu olan kadınlarda HPV genotiplerinin dağılımının araştırılması HPV aşılarının etkinliğinin değerlendirilmesi için önemlidir.
Çocuk yaş grubunda görülen gastroenteritlerde viral ve bakteriyel etkenlerin klasik ve moleküler yöntemlerle araştırılması
Amaç: Akut gastroenterit bütün dünyada, özellikle gelişmekte olan ülkelerde yenidoğan ve küçük çocuklar için önemli bir sağlık sorunu ve önde gelen bir ölüm sebebidir. Bu çalışmanın amacı bölgemizde çocuklarda görülen akut gastroenteritlerde klasik ve moleküler tanı yöntemleri kullanılarak viral ve bakteriyel etkenlerin araştırılmasıdır.Gereç ve Yöntem: Çalışmaya Temmuz 2009 ile Ekim 2009 tarihleri arasında Adana Doğum ve Çocuk Bakımevi Hastanesi polikliniklerine ve acil servisine akut gastroenterit ile başvuran yaşları 0-12 yaş arasında değişen çocuklara ait 136 dışkı örneği dahil edildi. Dışkı örneklerinde bakteriyel enteropatojenlerin izolasyonu için klasik kültür yöntemi ve viral etkenlerden rotavirus, norovirus, astrovirus ve adenovirus antijenlerinin tanısı için Enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) testi kullanıldı. Ayrıca rotavirus grup A antijeni pozitif bulunan dışkı örneklerinde önce reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) testi ile VP4 ve VP7 rotavirus genomları ve ardından semi-nested multipleks PCR testi ile G ve P genotipleri tespit edildi.Bulgular: Toplam 136 vakanın % 20,6'sında (28 vaka) viruslar ve % 8,1'inde (11 vaka) bakteriler olmak üzere % 28,7'sinde (39 vaka) gastroenterit etkeni tespit edildi. Akut gastroenterit etkenlerinden sırasıyla; norovirus vakaların % 11'inde (15 vaka), rotavirus % 7,3'ünde (10 vaka), Shigella sonnei % 6,6'sında (9 vaka), adenovirus % 2,2'sinde (3 vaka), Salmonella newport % 0,7'sinde (1 vaka) ve Campylobacter jejuni %0,7'sinde (1 vaka) bulundu. Miks infeksiyon ise 2 vakada (% 1,5) gözlendi. Rotavirus antijeni pozitif bulunan 10 örnekte en baskın bulunan genotip % 30 oranla G9P[8] olup, bunu G9P[11] % 20 ve G4P[8] % 10 oranla izledi. G genotiplerinden G9 % 60 ve P genotiplerinden P[8] % 50 oranla en yaygın bulunan genotiplerdi.Sonuç: Çalışmanın yapıldığı 2009 yaz döneminde akut gastroenteritli çocuklarda en fazla bulunan etkenler norovirus (% 11), rotavirus (% 7,3) ve Shigella sonnei (% 6,6)'dir. Akut gastroenteritlerin etyolojik tanısı ile destekleyici tedavi gerektiren viral etkenler ve antibiyotik tedavisi gerektiren shigella ve campylobacter gibi bakterilerin tespiti sonucu uygun hasta yönetimi sağlanacakır.Anahtar Kelimeler: Akut gastroenterit, bakteriler, çocuklar, ELISA, PCR, viruslar
Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Jinekoloji Bölümü'ne başvuran kadınlarda human papillomavirus genotiplerinin dağılımının araştırılması
Bu çalışmanın amacı Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Jinekoloji Bölümüne başvuran kadınlarda human papillomavirus (HPV) genotiplerinin dağılımını ve prevalansını tespit etmektir. Servikal sürüntü örnekleri yaşları 30 ile 64 arasında değişen 1017 kadından toplanmıştır. HPV genotiplemesi multiplex floresan PCR testi olan f-HPV typing kit (Molgentix, Barcelona, Spain) ile yapılmıştır. HPV prevalansı çalışma popülasyonunda %13.2 (134) olarak bulunmuştur. Multiple HPV infeksiyonu HPV pozitif kadınların %25.4'ünde gözlenmiştir. HPV ile infekte kadınların %21.6'sında bulunan HPV39 en yaygın HPV genotipi olarak tanınmıştır, bunu HPV16 (%20.9), HPV51 (%18.6), HPV52 (%11.9), HPV58 (%9.7), HPV6 (%9), HPV18 (%7.4), HPV35 (%7.4), HPV11 (%6), HPV31 (%6), HPV56 (%4.5), HPV45 (%4.5), HPV68 (%3.7), HPV33 (%3), HPV59 (%1.5) izlemiştir. Normal sitolojili kadınların %12.4'ünde ve anormal sitolojili kadınların %75'inde HPV tespit edilmiştir. Prekanseröz lezyonlarda baskın HPV genotipleri HPV16 ve HPV31'dir. Kadınlarda HPV prevalansı ve HPV genotiplerinin dağılımı ile ilgili bilgi servikal kanser taramasında HPV testlerinin kullanımının değerlendirilmesine ve profilaktik HPV aşılarının etkinliğinin izlenmesine katkıda bulunacaktır.Anahtar Sözcükler: HPV, Genotip, Prekanseröz lezyonlar, Prevalans, Servikal kanser.
Çocuklarda viral solunum yolu enfeksiyonlarının multipleks real-time polymerase chain reaction (PCR) ve direkt immunfloresan test ile araştırılması
Viral solunum yolu enfeksiyonları, bütün dünyada çocuklarda morbidite ve mortalitenin önemli bir sebebidir. Bu çalışmanın amacı alt solunum yolu enfeksiyonu sebebiyle hastaneye yatırılan çocuklarda viral enfeksiyonların sıklığının multipleks real-time PCR ve direkt immunfloresan assay (DFA) ile araştırılmasıdır. Eylül 2012 ve Mart 2013 tarihleri arasında 17 yaş ve altındaki 158 çocuktan flocked eküvyon (Copan Diagnostics, Italy) ile nazofaringeal sürüntü örnekleri toplanmıştır. Örnekler 13 solunum yolu virusunun tespiti için multipleks real-time PCR (ARVI Screen Real-TM, Sacace, Italy) ve respiratory syncytial virus (RSV), human metapneumovirus (hMPV), adenovirus ve parainfluenza virus (PIV) antijeni tespiti için DFA testi (Argene SA, France) ile analiz edilmiştir. Multipleks real-time PCR test ile 158 hastadan 114?ünün (%72.2) en az bir virus için pozitif olduğu bulunmuştur. Koenfeksiyon bütün hastaların 49?unda (%31) gözlenmiştir. Rhinovirus en yaygın virus olup 44 (%27.8) hastada tespit edilmiştir, bunu RSV (%17.7), adenovirus (%17.7), hMPV (%10.1), PIV 4 (%9.4), PIV 1 (%7.5), human bocavirus (%6.3), human coronavirus (HCoV) OC43/HKU1 (%4.4), PIV 2 (%3.1), PIV 3 (%3.1) ve HCoV 229E/NL63 (%1.8) izlemiştir. Real time PCR testine göre DFA testinin sensitivitesi RSV, hMPV, adenovirus ve PIV için sırasıyla %85.7, %75, %46.4 ve %70.4 ve spesifitesi %96.2, %96.5, %89.4 ve %94.7 bulunmuştur. Sonuç olarak çalışma grubumuzda viral solunum yolu enfeksiyonları %72.2 gibi yüksek bir oranda tespit edilmiştir. Gereksiz antibiyotik tedavisinin azaltılması ve nozokomiyal virus yayılımının önlenmesi için viral solunum yolu enfeksiyonlarının erken tanısında multipleks real-time PCR testinin yapılması önerilir ve daha hızlı test olan DFA testi de özellikle RSV ve hMPV için kullanılabilir.
Hepatit B virus ilaç direnci mutasyonlarının pyrosequencing metodu ile tespiti
Kronik hepatit B virus (HBV) enfeksiyonun uzun süreli tedavisi sırasında nükleoz(t)id analoglarına karşı ilaç direnci mutasyonlarının gelişmesi tedavi başarısızlığına yol açan önemli bir sorundur. Bu çalışmanın amacı kronik hepatit B enfeksiyonu olan hastalarda HBV ilaç direnci gen mutasyonlarının pyrosequencing metodu ile araştırılmasıdır. Kasım 2013 ve Mayıs 2014 tarihleri arasında kronik hepatit B enfeksiyonu olan 89'u tedavi almayan (naif) ve 48'i tedavi alan toplam 137 hastaya ait serum örnekleri lamivudin (LAM), adefovir (ADV), telbivudin (TEL), entecavir (ETV) ve tenofovir (TDF) ile ilişkili ilaç direnç mutasyonlarının tespiti için real-time PCR testi sonrası pyrosequencing metodu (PyroStar HBV Drug Resistance Test, Altona Diagnostics, Germany) ile analiz edilmiştir. Tedavi almayan 89 hastada TDF'e duyarlılığı azaltan rtA194T mutasyonu 1(%1.1) vakada bulunmuştur. Tedavi edilen 48 hastada LAM ve TEL'e ilaç direnci ve ETV'e karşı da çapraz dirence sebep olan rtM204I mutasyonu 1 (%2.1) vakada tespit edilmiştir. Kompensatuvar mutasyon olan rtL180M 2 (%4.2) hastada gözlenmiştir. ETV direncini gösteren rtT184S mutasyonu ile birlikte rtM204V'in varlığı 1 (%2.1) hastada tespit edilmiştir. Sonuç olarak, ilaç direnci mutasyonlarının insidansı tedavi alan hasta grubunda %8.3 ve tedavi almayan grupta %1.1 olarak bulunmuştur. Kronik hepatit B enfeksiyonu olan hastalarda tedavi öncesi ve sırasında pyrosequencing metodu ile ilaç direnci mutasyonlarının erken tanısı uygun antiviral ilaç seçimine katkıda bulunacaktır. Anahtar Sözcükler: Hepatit B virus ilaç direnci, pyrosequencing metodu, lamivudin, adefovir, telbivudin, entecavir, tenofovir.
İnfluenza A virus enfeksiyonlarının moleküler epidemiyolojisi
İnfluenza, influenza viruslarının sebep olduğu akut solunum yolu hastalığıdır. İnfluenza virus enfeksiyonları yüksek morbidite ile ilişkilidir ve pnömoni gibi ciddi komplikasyonlara sebep olabilir. Bu çalışmanın amacı solunum yolu infeksiyonu olan ve hastaneye yatırılan hastalarda influenza tip A ve B virus enfeksiyonlarının insidansı ve influenza A virus alttiplerini real-time RT-PCR test, konvansiyonel RT-PCR test ve direk immunfloresan antikor (DFA) testi ile tespit etmektir. Toplam 476 hastadan 1 Nisan 2012 ve 31 Aralık 2013 tarihleri arasında flocked eküvyon (Copan Diagnostics, Italy) ile nazofaringeal sürüntü örnekleri toplanmıştır. Real-time RT-PCR test (Sacace, Italy) ile influenza A virus vakaların %20.5 (98/476) ve influenza B virus %3.3'ünde (16/476) tespit edilmiştir. Çalışma süresi boyunca 98 influenza virus izolatının %63.3'ünün A(H1N1)pdm09 ve %36.7'sinin A(H3N2) olduğu bulunmuştur. İnfluenza A(H1N1)pdm09 alttipinin Ocak 2013 (12 vaka) ve A(H3N2) alttipinin (11 vaka) Aralık 2013'de baskın olduğu gözlenmiştir. Real-time RT-PCR test referans alındığında influenza A ve B için DFA testinin (Argene SA, France) ve influenza A için WHO primerlerinin (M30F2/08 ve M264R3/08) kullanıldığı konvansiyonel RT-PCR testinin sensitivitesi sırasıyla %72.4, %75, %96 ve spesifitesi %99.2, %99.5 ve %100 bulunmuştur. Sonuç olarak, çalışma grubunda influenza A virus enfeksiyonu %20.5 oranla oldukça yüksek tespit edilmiştir. İnfluenza virus tipleri ve alttiplerinin izlenmesi, influenza aşı suşlarının dolaşımdaki influenza virusları ile uyumunun değerlendirilmesi ve pandemik potansiyeli olan alttiplerin tanısı için gereklidir. Etkili korunma ve kontrol önlemlerinin zamanında alınması, gereksiz antibiyotik kullanımının azaltılması ve antiviral tedaviye başlamak için influenza virus enfeksiyonlarının erken tanısında real-time RT-PCR testinin kullanımı önerilir.
Human papillomavirus genotiplerinin pyrosequencing metodu ile tespiti
Human papillomavirus (HPV) servikal kanserin başlıca sebebidir. Bu çalışmanın amacı Çukurova Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Jinekoloji bölümüne başvuran kadınlarda HPV genotiplerinin pyrosequencing metodu ile tespitidir. Servikal sitoloji örnekleri 20-65 yaş arasındaki 1145 kadından toplanmıştır. HPV genotiplemesi için pyrosequencing metoduna dayanan HPV Sign PQ genotipleme testi (Diatech Pharmacogenetics, Italy) kullanılmıştır. Pyrosequencing PyroMark Q24 cihazında (Qiagen) yapılmıştır. HPV enfeksiyonunun prevalansı toplam 1145 kadında %20 (229) idi. Tek HPV enfeksiyonu ve çoklu HPV enfeksiyonu sırasıyla, çalışma grubunun %11.8'inde (136) ve %8.2'sinde (93) bulunmuştur. En baskın HPV genotipi HPV 16 (%9.4) olup bunu HPV 18 (%4.8) HPV 56 (%4), HPV 51 (%2.5), HPV 33 (%2.2), HPV 39 (%1.9), HPV 31 (%1.7), HPV 35 (%1.7), HPV 58 (%1.1), HPV 59 (%0.9), HPV 68 (%0.5), HPV 45 (%0.4), HPV 66 (%0.4) ve HPV 52 (%0.2 ) izlemiştir. Bu çalışmada en yaygın HPV tipleri olarak bulunan HPV 16 ve HPV 18 profilaktik HPV aşılarının hedefidir. Yeni jenerasyon dizi analizi metodu olan pyrosequencing test ile HPV genotiplerinin tanısı servikal kanser için risk altındaki kadınların tespitine katkı sağlayacaktır.
Allojenik hematopoetik kök hücre transplant alıcılarında epstein-barr virus, cytomegalovirus ve adenovirus enfeksiyonlarının insidansı
Viral enfeksiyonlar hematopoetik kök hücre transplantasyonundan (HKHT) sonra yaygın görülür ve fatal komplikasyonlarla sonuçlanabilir. Cytomegalovirus (CMV), Epstein-Barr virus (EBV) ve adenovirus enfeksiyonlarının insidansının araştırılması amacıyla Mayıs 2014 ve Mayıs 2016 tarihleri arasında yapılan bu çalışmaya kök hücre nakli yapılan 35 çocuk hasta dahil edilmiştir. Hastalar transplantasyon sonrası ilk 100 gün haftada bir ve 1 yıla kadar ayda bir CMV, EBV ve adenovirus viral yükleri yönünden kantitatif real-time PCR (polymerase chain reaction) testiyle monitorize edilmiştir. Hastaların 30'una allojenik HKHT ve 5'ine otolog HKHT yapılmıştır. Allojenik HKHT hastalarının 24'ünde (%80) CMV enfeksiyonu, 11'inde (%36.7) ADV enfeksiyonu ve 8'inde (%26.7) EBV enfeksiyonu bulunmuştur. Bu gruptaki hastaların 8'inde (%26.7) CMV DNA, 1'inde (%3.3) EBV DNA ve 1'inde (%3.3) ADV DNA viral yükü preemptif tedavi için gereken 1000 kopya/mL'den yüksekti. Otolog HKHT yapılan 5 alıcının 2'sinde CMV DNA, 5'inde EBV DNA (iki vaka >1000 kopya/mL) ve 2'sinde ADV DNA (bir vaka >1000 kopya/mL) tespit edilmiştir. Toplam 35 hastanın 11'ine (CMV 6, EBV 2, ADV 1, CMV-EBV 1 ve CMV-ADV 1) preemptif tedavi verilmiştir ve sadece 2 (%5.7) hasta viral enfeksiyona bağlı kaybedilmiştir. Sonuç olarak HKHT hastalarında viral yüklerin prospektif monitorizasyonu ile viral enfeksiyonların erken tanısı preemptif tedaviye zamanında başlanmasını sağlayarak hastalığa progresyonu önlemede etkili olacaktır.
Pediatrik onkoloji hastalarında influenza virus enfeksiyonları
İnfluenza virus enfeksiyonu pediatrik onkoloji hastalarında morbidite ve mortalitenin önemli bir sebebidir. Bu çalışmanın amacı pediatrik onkoloji ve hematoloji hastalarında influenza virus enfeksiyonlarının insidansı ve influenza A virus alt tiplerinin tespit edilmesidir. Ocak 2014 ve Eylül 2017 tarihleri arasında solunum yolu enfeksiyonu olan 134 çocuktan flocked eküvyon (Copan Diagnostics, Italy) ile nazofaringeal sürüntü örnekleri alınmıştır. İnfluenza A ve B virus varlığını araştırmak için real-time PCR testi (RealStar Influenza S & T RT-PCR Kit 3.0, Altona Diagnostics, Germany) ve antijen tespiti için direkt floresan antikor testi (Argene SA, France) kullanılmıştır. İnfluenza A virus pozitif örnekler H1N1 ve H3N2 alt tiplerinin tanısı için influenza A H1N1 ve H3N2 Real-TM PCR testi (Sacace, Italy) ile analiz edilmiştir. Real-time RT-PCR ile 134 çocuğun %35'inde (47) influenza A virus ve %6'sında (8) influenza B virus olmak üzere influenza virus %41 (55/134) oranında tespit edilmiştir. İnfluenza A virus pozitif örneklerin 25'i (%18.7) influenza A/H1N1 ve 22'si (%16.4) influenza A/H3N2'dir. İnfluenza A ve B virus için real-time PCR testine göre DFA testinin sensitivitesi sırasıyla %83, %100 ve spesifitesi %97.7 ve %100 bulunmuştur. Sonuç olarak pediatrik onkoloji ve hematoloji hastalarında influenza virus enfeksiyonlarının real-time PCR test ile erken tanısı, antiviral tedaviye zamanında başlanmasıyla influenzaya bağlı ciddi komplikasyonları önleyecektir.
Kemik iliği transplantasyonu yapılan çocuk hastalarda bk virus enfeksiyonları
BK virus (BKV) ile ilişkili hemorajik sistit, hematopoetik kök hücre transplantasyonu (HKHT) yapılan hastalarda yaygın görülen bir komplikasyondur. Bu çalışmanın amacı HKHT yapılan çocuk hastalarda BKV enfeksiyonu insidansının araştırılmasıdır. Çalışmaya Kasım 2015 ile Kasım 2016 arasında izlenen yaşları 16 ay ile 16 yaş arasında değişen toplam 51 hasta dahil edilmiştir. Hastalar BKV DNA'nın idrar ve kanda tespiti için kantitatif real-time PCR (Anaolia Geneworks, Türkiye) testiyle moniterize edilmiştir. Hastaların 46'sına allojenik ve 5'ine otolog HKHT yapılmıştır. Allojenik nakil yapılan 46 hastanın 26'sında (% 56.5) ve otolog nakil yapılan 5 hastanın 1'inde (% 20) olmak üzere toplam 27 (% 52.9) hastanın idrar ve/veya kanında BKV DNA pozitifliği saptanmıştır. Allojenik HSCT yapılan hastaların % 26'sında (12/46) preemptif tedavi için gereken idrarda BKV viral yük düzeyi >107 kopya/ml'nin üstünde tespit edilmiştir. Preemptif tedavi uygulanan 12 hastanın 9'unda (% 75) hemorajik sistit gelişmesi önlenirken 3'ünde (% 25) hemorajik sistit gelişmiş ve tedaviyle iyileşmiştir. Hemorajik sistit gelişmesinden önceki iki hafta içinde BKV viruri >109 kopya/ml üstünde bulunmuş olup hemorajik sistitin prediktif tanısı için prognostik bir gösterge olarak kabul edilmiştir. BKV viremisi ise sadece 1 hastada sistit gelişmesinden önceki iki hafta içinde >104 kopya/ml üstünde tespit edilmiştir. Sonuç olarak HKHT hastalarının BKV enfeksiyonu, özellikle BKV viruri yönünden izlenmesi yüksek risk altındaki hastalarda hemarojik sistitin prediktif tanısı için önerilir.
Akut gastroenteritli çocuklarda rotavirus enfeksiyon insidansı ve genotiplerinin araştırılması
Rotavirus bütün dünyada yenidoğan ve küçük çocuklarda ciddi akut gastroenteritin en yaygın sebebidir. Bu çalışmanın amacı akut gastroenterit sebebi ile hastaneye başvuran 5 yaş ve altındaki çocuklarda rotavirus enfeksiyon insidansını ve genotiplerini tespit etmektir. Ocak-Aralık 2017 tarihleri arasında akut gastroenteriti olan 400 çocuğa ait dışkı örnekleri toplanmıştır. Rotavirus antijen varlığı Ridascreen Rotavirus ELISA (R-Biopharm AG, Germany) testi ile araştırılmıştır. Rotavirus pozitif örneklerden High Pure Viral RNA kiti (Roche Diagnostics, Germany) kullanılarak viral RNA ekstraksiyonu yapılmıştır. Rotavirus G ve P genotiplerinin tespiti için RT-PCR testi VP7 ve VP4 bölgesine spesifik konsensus primerler kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Daha sonra semi-nested multipleks PCR testi ile yedi rotavirus spesifik G genotipi ( G1-4, G8-10) ve altı rotavirus spesifik P genotipi (P[4], P[6], P[8]-[11]) araştırılmıştır. Rotavirus antijen pozitiflik oranı %22.7 (91) olarak tespit edilmiştir. Rotavirus antijen pozitifliği 0-24 ay yaş grubunda daha yüksek (%76.9) bulunmuştur. Rotavirus enfeksiyonu en fazla sonbahar mevsiminde, özellikle Kasım ayında (%38.5) görülmüştür. Rotavirus antijen pozitif 91 örneğin RT-PCR testi ile 89'u (%22.2) pozitif bulunmuştur. Toplam 89 dışkı örneğinde rotavirus G1 genotipi en fazla tespit edilen (%50.5) G genotipi olup bunu sırasıyla G2 (%21.3), G3 (%14.6) ve G9 (%3.4) takip etmiştir. En baskın P genotipi ise P[8] (%36) olup bunu sırasıyla P[6] (%22,5), P[4] (%19), P[9] (%4.5), P[10] (%3.4) ve P[11] (%1) izlemiştir. En yaygın görülen G/P kombinasyonu %21.3 ile G1P[8] olup diğerleri G2P[4] %12.4, G1P[6] %6.7, G2P[8] %4.5 ve G3P[8] %3.4 oranlarında gözlenmiştir. Rotavirus miks enfeksiyon insidansı %7.9 (7) olarak tespit edilmiştir. Sonuç olarak bu çalışmada tespit edilen rotavirus P ve G genotipleri mevcut rotavirus aşıların genotipleri ile uyumlu bulunmuştur. Bölgemizde rotavirus genotiplerinin belirlenmesi ve her yıl düzenli sürveyansı rotavirus aşı uygulamasını yaygınlaştırmak, aşı etkinliğini tespit etmek ve gelecekte alternatif rotavirus aşılarının geliştirilebilmesi için önemlidir. Anahtar sözcükler: Akut gastroenterit, rotavirus, RT-PCR, semi-nested multipleks PCR, genotipleme
Hepatit b virus ile ilişkili hepatosellüler karsinomada potansiyel biomarker olan mikrorna'ların serum ve dokuda araştırılması
Hepatosellüler karsinoma (Hepatocellular Carcinoma; HCC) primer karaciğer kanserin %90'ını oluşturur ve bütün dünyada en yaygın beşinci kanser ve kanserle ilişkili ölümün ikinci sebebidir. Hepatit B virus (HBV) enfeksiyonu HCC gelişimi için en önemli risk faktörlerinden biridir. mikroRNA'lar (miRNA'lar) tamamlayıcı mRNA'ların hem stabilitesini hem de translasyonunu etkileyerek transkripsiyon sonrası düzeyde gen ekspresyonunu düzenleyen 22 nükleotid uzunluğunda yüksek oranda korunmuş küçük kodlayıcı olmayan RNA'lardır. miRNA'lar düşük pH ve RNAaz'a direnç gibi koşullar altında önemli stabilite gösterdiğinden dolayı HCC'nin erken tespiti için yeni potansiyel biomarker olarak kullanılabileceğini göstermiştir. Bu çalışmanın amacı HBV ile ilişkili hepatosellüler karsinomada potansiyel biomarker olan miRNA'ların serum ve dokuda araştırılmasıdır. Mart 2016-Aralık 2019 tarihleri arasında HBV ile ilişkili 35 HCC hastası, 35 kronik HBV hastası (KHB) ve 30 sağlıklı bireylerden alınan serum ve doku örneklerinde miR-21-5p, miR-122a-5p, miR-182-5p, miR-221-5p ve miR-223-5p'nin ekspresyon seviyeleri kantitatif real-time PCR testi (miScript SYBR® Green PCR Kit, Qiagen, Germany) ile analiz edilmiştir. Serum miR-21-5p, miR-122a-5p, miR-182-5p ve miR-221-5p ekspresyon seviyesi HCC'li hastalarda KHB'li hastalar ve kontrol grubuna göre upregüle iken serum miR-223-5p ekspresyon seviyesi HCC'li hastalarda KHB'li hastalar ve kontrol grubuna göre downregüle bulunmuştur. Doku miR-21-5p, miR-182-5p ve miR-221-5p ekspresyon seviyesi HCC'li hastalarda KHB'li hastalar ve kontrol grubuna göre upregüle iken doku miR-122a-5p ve miR-223-5p ekspresyon seviyesi downregüle olarak tespit edilmiştir. İstatiksel olarak anlamlı bulunan serum ekspresyon seviyelerinin HCC'li hastalarda kontrol grubuna göre ROC (Reciever Operator Characteristic Curve; ROC) analizi ile tanısal değerlendirilmesinde miR-21-5p'nin AUC (Area Under Curve; AUC) değeri 0.763, miR-122a-5p AUC değeri 0.819, miR-221-5p'nin AUC değeri 0.721 ve miR-223-5p'nin AUC değeri 0.801 olarak tespit edilmiştir. İstatiksel olarak anlamlı bulunan doku ekspresyon seviyelerinin HCC'li hastalarında kontrol grubuna göre ROC analizi ile tanısal değerlendirilmesinde miR-21-5p'nin AUC değeri 0.801, miR-122a-5p AUC değeri 0.629, miR-221-5p'nin AUC değeri 0.706 ve miR-223-5p'nin AUC değeri 0.560 bulunmuştur. Sonuç olarak, HCC'yi KHB ve sağlıklı bireylerden doğrulukla ayıran miR-21-5p, miR-122a-5p, miR-221-5p ve miR-223-5p'nin HCC'li hastaların erken tanısı ve prognozunda potansiyel biomarker olarak kullanılabileceği gösterilmiştir. Bu miRNA'ların serum ve doku ekspresyon seviyeleri KHB'nin siroz ve HCC'ye ilerlemesinin bir göstergesi olarak kullanılabilir.
Çocuklarda toplum kökenli ve nozokomiyal respiratory syncytial virus ve diğer viral solunum yolu enfeksiyonlarının araştırılması
Solunum yolu virusları bütün dünyada toplum kökenli solunum yolu enfeksiyonlarının majör etkeni olarak bilinse de aynı zamanda ciddi nozokomiyal solunum yolu enfeksiyonlarına ve hastane salgınlarına sebep olabilir. Bu çalışmanın amacı Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk Yoğun Bakım ünitesinde yatan çocuklarda toplum kökenli ve nozokomiyal RSV ve diğer viral solunum yolu enfeksiyonlarının insidansını araştırmaktır. Nazofaringeal sürüntü örnekleri Eylül 2018-Haziran 2021 tarihleri arasında 0-16 yaş arasındaki toplum kökenli (60) ve nozokomiyal (40) solunum yolu enfeksiyon şüphesi olan 100 çocuktan alınmıştır. Respiratuvar virusların tanısı için multipleks real-time PCR testi olan ARVI Screen Real-TM PCR (Sacace Biotechnologies, Italy) ve influenza A ve B virus tespiti için Influenza A/B r-gene real-time PCR kiti (Argene, BioMérieux, France) kullanılmıştır. Toplum kökenli solunum yolu enfeksiyonu olan çocukların %65'inde (39/60) en az bir virus pozitif olup, bu grupta koenfeksiyon oranı %35.9 (14/39)'dur. Nozokomiyal solunum yolu enfeksiyonu olan çocuklarda ise pozitiflik %62.5 (25/40) ve koenfenfeksiyon oranı %40 (10/25) tespit edilmiştir. Toplum kökenli viral solunum yolu enfeksiyonlarında en baskın virus influenza A virus (%25) olup bunu ADV (%18.3) , hBoV (%15), RSV (%11.7) ve RhV (%10) izlemiştir. Nozokomiyal viral solunum yolu enfeksiyonlarında ise en yaygın virus RSV (%20) olup bunu influenza A virus (%12.5), RhV (%12.5), ADV (%12.5) , hMpV (%10) ve hBoV (%10) izlemiştir. Sonuç olarak, respiratuvar viral enfeksiyonların real-time PCR testi ile erken tanısı, morbidite ve mortalitenin azaltılması, nozokomiyal virusların yayılımını engellemek için kontrol yöntemlerinin uygulanması, hastanede yatış süresinin kısaltılması, gereksiz antibiyotiklerin kullanılmasının önlenmesi ve uygun antiviral tedavinin verilmesi yönünden önem taşır.
Allojenik hematopoetik kök hücre transplant alıcılarında BK virus enfeksiyonlarının insidansı
BK virus (BKV) zarfsız ve ikosahedral kapsidi olan genomu sirküler, çift sarmallı bir DNA virusudur. BK virus ile ilişkili hemorajik sistit, hematopoetik kök hücre transplantasyonu (HKHT) yapılan hastalarda yaygın görülen bir komplikasyondur. Bu çalışmanın amacı allojenik hematopoetik kök hücre nakli yapılan pediatrik hastalarda real-time polimeraz zincir reaksiyonu ile BKV enfeksiyonlarının insidansını araştırmaktır. Çalışmaya Kasım 2018 ile Kasım 2019 arasında yaşları 11 ay ile 17 yaş arasında değişen 51 hasta dahil edilmiştir. BKV DNA'sının idrar ve kan örneklerinde tespiti için Bosphore® BKV quantification kit v1 (Anatolia Geneworks, Türkiye) kullanılmıştır. Toplam 51 hastada BKV enfeksiyon insidansı % 86.3 (44/51) bulunmuştur. Hastaların 40'ına (%78) allojenik ve 11'ine (%22) otolog HKHT yapılmıştır. Allojenik HKHT yapılan 40 hastada BK virüri ve/veya viremi %85 (34) ve otolog grubunda %90 (10) oranında tespit edilmiştir. Hastaların 14'ü allojenik ve 4'ü otolog olmak üzere 18'inde (%35;18/51) idrar BK DNA viral yükü >107 kopya/ml üstünde olup preemptif tedavi başlanmıştır. Allojenik grupta BKV ile ilişkili hemorajik sistit insidansı %15 (6/40) bulunurken otolog grupta hemorajik sistit görülmemiştir. Nakil öncesi BKV pozitif olan 22 hastadan %41'inde (9), oysa BKV negatif olan 29 hastadan %27.5'inde (8) BK virüri yüksek düzeyde (>107 kopya/ml) bulunmuş olup nakil öncesi BKV pozitifliği yüksek virüri için risk olarak görülmektedir. Akut GVHD gelişen 6 hastanın %50'sinde (3) yüksek düzeyde BK virüri bulunurken, akut GVHD gelişmeyen 34 hastanın %32.3'ünde (11) daha düşük oranla BK virüri bulunmuş olup akut GVHD varlığı da yüksek virüri için risk faktörü olarak gözükmektedir. Preemptif tedavi uygulanan 18 hastanın 12'sinde (%66.6) hemorajik sistit gelişmesi önlenirken 6'sında (% 33.3) hemorajik sistit gelişmiştir. Hemorajik sistit gelişmeden önceki 2 hafta içinde idrarda viral yük 107-9 kopya/ml bulunmuş olup hemorajik sistit gelişmesi için prognostik bir gösterge olarak tespit edilmiştir. Sonuç olarak HKHT hastalarında BKV viral yükünün monitorizasyonu ile viral enfeksiyonların erken tanısı preemptif tedaviye zamanında başlanmasını sağlayarak hastalığın ilerlemesini önlemede etkili olacaktır.
Normal ve anormal servikal sitolojili kadınlarda human papillomavirus prevalansı ve genotip dağılımı
Servikal kanser bütün dünyada kadınlar arasında görülen en yaygın ikinci kanserdir. Human papillomavirus (HPV) servikal kanserin primer etyolojik ajanıdır. HPV infeksiyonu cinsel yolla bulaşan en yaygın viral infeksiyonlardan biri olup kadınların %50'den fazlası yaşamları boyunca HPV infeksiyonu ile karşılaşır. Dünyada her yıl 470.000'den fazla yeni servikal kanser vakası tanınmakta ve servikal kansere bağlı yaklaşık 270.000 ölüm bildirilmektedir. Servikal kanser vakalarının çoğu yaklaşık %80'i servikal kanser tarama programlarının etkili bir şekilde yapılmadığı veya uygulanamadığı gelişmekte olan ülkelerde görülür. Erken tanı etkilidir, çünkü prekanseröz lezyonlar invaziv kansere çok yavaş, genellikle 10 yıldan uzun bir sürede ilerler. Servikal kanser, prekanseröz lezyonların tespiti ve tedavisi ile büyük oranda (>%90) önlenebilir bir hastalıktır. Bu çalışma Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Jinekoloji ve Onkoloji bölümüne başvuran normal ve anormal servikal sitolojili kadınlarda human papillomavirus prevalansı ve genotip dağılımını tespiti için yapılacaktır. Kadınlara ait servikal sürüntü örneklerinin transportu fosfat tamponlu tuzlu su *phosphate buffered saline (PBS)] içerisinde yapılacaktır. Servikal sürüntü örneklerinden viral DNA ekstraksiyonu için Viral Nükleik Asit Ekstraksiyon kiti kullanılacaktır. HPV DNA tanısı MY09/11 ve GP5+/6+ konsensus primerlerinin kullanıldığı PCR (polymerase chain reaction) testi ile gerçekleştirilecektir. HPV DNA testi pozitif bulunan örneklerde yüksek risk HPV genotiplerinin tayini için HPV Genotypes 14 Real-TM Quant PCR kit (16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66 and 68) kullanılacaktır. Sonuç olarak bölgemizde normal servikal sitolojili ve servikal prekanseröz lezyonu olan anormal sitolojili kadınlarda baskın HPV genotipleri dağılımının belirlenmesi günümüzde HPV aşılarının etkinliğinin değerlendirilmesi için önemlidir. Ayrıca HPV DNA pozitifliği servikal kanser için riskte olan kadınların tanınmasına katkıda bulunacaktır ve böylece yüksek riskli hastaların zamanında tespitiyle tedavinin yönlendirmesinde yardımcı olur.
Hematopoetik kök hücre nakli sonrası çocuklarda preemptif tedavi için BL virus enfeksiyonunun izlenmesi
BK virusa (BKV) bağlı hemorajik sistit, hematopoietik kök hücre transplantasyonu (HKHT) sonrası erken dönemde oldukça sık görülen, ciddi bir komplikasyondur. Bu çalışmanın amacı, HKHT yapılan çocuklarda BKV enfeksiyonlarını tanımlamak, BKV ile ilişkili hemorajik sistit (BKV-HC) insidansını değerlendirmek ve ayrıca BKV-HC ile ilişkili olası risk faktörlerini belirlemektir. Ocak 2020 ile Ekim 2023 tarihleri arasında üniversite hastanemizde HKHT yapılan 80 çocuk hasta retrospektif (65) ve prospektif (15) olarak analiz edildi. BKV DNA, allojenik (68) ve otolog (12) HKHT'li çocukların (medyan yaş 7) idrar ve kan örneklerinde kantitatif gerçek zamanlı PCR ile seri olarak test edildi. 80 hastanın 55'ine (% 68,7) BKV enfeksiyonu tanısı konuldu. BKV virüri insidansı allojenik grupta % 67,6 (46) ve otolog grupta %75 (9) idi. Yüksek BKV virüri (>107 kopya/ml) hastaların 38'inde (% 47,5) gözlendi (allojenik grupta %47, otolog grupta %50). BK viremisi 80 hastanın 20'sinde (%25) ve yüksek viremi (>104 kopya/ml) yalnızca allojenik gruptaki 16 (%23,5) hastada tespit edildi. Semptomatik hastalığa ilerleme riskini azaltmak için yüksek BKV virürisi olan 38 asemptomatik hastaya preemptif tedavi başlandı. Böylece 22 hastada olası bir BKV-HC önlendi. BKV-HC, HKHT'den medyan 35 gün sonra (10-81 gün) 16 (% 20) hastada ortaya çıktı, bunların 15'i (% 22) allojenik grupta ve 1'i (% 8,3) otolog gruptaydı. HC'den önceki iki hafta içinde medyan viral yükü >5,6x108 kopya/ml olan BKV virürisi, BKV-HC gelişimi için prediktif olarak belirlendi. Ancak HC başlangıcından önce sadece 3 hastada BKV viremisi bulundu. Ayrıca istatistiksel analiz allojenik grupta ≥7 yaş ve HKHT öncesi BKV pozitifliğinin HC ile anlamlı düzeyde ilişkili olduğunu gösterirken, HC'li ve HC'siz hastalar arasında BKV-HC için potansiyel risk faktörleri olarak erkek cinsiyet, graft-versus-host hastalığı, myeloablatif hazırlama rejimi, cytomegalovirus reaktivasyonu, periferik kan nakli ve kemik iliği nakli açısından fark bulunmadığını gösterdi. Sonuç olarak bulgularımız, HKHT sonrası özellikle 3 ay için haftalık olarak idrar BKV DNA yükü açısından düzenli taramanın HC riski taşıyan hastaların tanınmasında yararlı olabileceğini ve aynı zamanda pediatrik HKHT sonrası gelişebilecek BKV-HC'yi önleme stratejisi olarak preemptif tedaviye erken başlamamıza da olanak sağlayacağını gösterdi. Anahtar Kelimeler: BK virus, hematopoetik kök hücre transplantasyonu, hemorajik sistit, real-time PCR
Trüf mantarı Terfezia claveryi'nin ekstraktı ile işlem görmüş gümüş nanopartiküllerin adenovirus tip 8 üzerine antiviral etkisinin araştırılması
Adenovirus (ADV), enfeksiyöz konjonktivitin en yaygın sebebidir. Adenoviral konjonktivitin şiddetli formu, genellikle adenovirus genotip 8'in neden olduğu epidemik keratokonjonktivittir. Adenoviral keratokonjonktivitin tedavisi için onaylanmış spesifik bir antiviral ilaç bulunmamaktadır (1). Bu bakımdan, doğal kaynaklar kullanılarak viruslara karşı antiviral tedavi geliştirilmesi önemlidir. Bu çalışmanın amacı, trüf mantarı Terfezia claveryi ekstraktı ile muamele edilen gümüş nanopartiküllerin adenovirus tip 8 üzerindeki antiviral aktivitesini araştırmaktır. Literatürde Terfezia claveryi ve gümüş nanopartiküllerin adenovirus tip 8 üzerine antiviral etkinliği ile ilgili bir çalışmaya rastlanmamış olup çalışmamız bu yönüyle özgündür. Trüf mantarları yeraltında yetişen yenilebilir mantarlar olup antioksidan, antiviral, anti-inflamatuvar, antimikrobiyal, hepatoprotektif ve antikanser olarak yüksek besin değerine sahiptir (2). Terfezia cinsindeki bazı trüf mantarlarının antiviral etkiye sahip olduğu tespit edilmiştir (3). Son zamanlarda, gümüş nanopartiküllerin antiviral etkileri bazı viruslara karşı gösterilmiştir. Gümüş nanopartiküller viral yüzey glikoproteinlerine bağlanarak konak hücrelere girebilir ve ardından viral genom ile etkileşime girerek virusidal aktivitelerini gösterebilirler (4). Bu çalışmada Terfezia claveryi mantarının farklı çözücülerle elde edilen ekstraktları ile muamele edilmiş gümüş nanopartiküllerin adenovirus tip 8'e karşı antiviral etkinliği araştırılacaktır. Mantarın etanol ve metanol ile ekstraksiyonu için soxhlet cihazı ve su ile ekstraksiyonu için manual yöntem kullanılacaktır. Daha sonra, elde edilen ürünler ile gümüş nanopartikülleri muamele edilecektir ve antiviral etkinlik MTT testi ile belirlenecektir. Adenovirus tip 8 özellikle mevsimsel konjonktival salgınlardan sorumludur. Adenovirus tedavisinde kullanılabilecek antiviraller için yüksek maliyet, yan etki ve antiviral direnç gelişimi söz konusu olabilir. Bu sebep ile çalışma sonucunda antiviral etkinlik tespit edilirse etken madde veya maddeler belirlenebilir ve topikal olarak uygulanabilecek ilaç üretiminde kullanılabilir.