Baş-boyun kanserlerinin anatomik alt gruplarında set- domain containing 2(SETD2) geninin ekspresyon düzeylerinin incelenmesi ve klinikopatolojik parametreler ile ilişkisinin değerlendirilmesi

Amaç: Baş-boyun kanserleri (BBK), malin hastalıkların yüksek derecede heterojen bir grubu olup çeşitli anatomik bölgeleri ve farklı etiyolojileri kapsayan karmaşık bir kanser grubudur. Hastalığın gelişiminde çevresel ve genetik faktörler birlikte görev alır, fakat altında yatan mekanizmalar hala net değildir. BBK için hastalığın tanısını, klinik yanıtını, nüksünü ya da hasta sağkalımını öngören biyobelirteçler bulunmamaktadır. BBK'nin erken tespiti için yeni özgül biyobelirteçlerin tanımlanması sağkalım oranlarını büyük ölçüde arttırabilir ve prognostik belirteç olarak da yardımcı olabilir. SET Domain Containing 2 (SETD2), 3. kromozomun p kolunda yer alır, histon lizin metiltransferaz aktivitesine sahip bir gen olup p53 ile etkileşime girer ve histon H3K36Me3'ü etkiler. Literatürde SETD2 geninin ekspresyon seviyesini birçok kanser tipinde inceleyen çalışmalar bulunmaktadır. Ancak, BBK hastalarının alt gruplarında SETD2 geninin ekspresyon durumlarındaki farklılıkları inceleyen çalışma bulunmamaktadır. Çalışmamız kapsamında (İ.Ü.BAP-TTU-2022-38915), BBK tanılı hasta ve sağlıklı gönüllülerin doku ve vücut sıvısı örneklerinde SETD2 geninin ifadesi tespit edilip klinik parametreler ile arasındaki ilişki araştırıldı. Ayrıca, SETD2 geninin invaziv ve/veya noninvaziv yöntemlerle baş-boyun kanserlerinin tanı ve erken teşhiste biyobelirteç olarak kullanılabilirliğinin belirlenmesi hedeflendi. Gereç ve Yöntem: BBK tanısı almış ve cerrahi olarak tedavisine karar verilmiş 95 hastanın tümör, eşlenik normal doku, serum ve tükürük örnekleri ile 33 sağlıklı bireyin normal mukoza, serum ve tükürük örneklerinden sırasıyla RNA izolasyonu ve cDNA sentezleri gerçekleştirilerek SETD2 geninin ekspresyon değişimleri incelendi. Ekspresyon düzeyinin belirlenmesinde kantitatif gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (QRT-PCR) yöntemi uygulandı. Sonuçlar klinik parametreler ile karşılaştırıldı. Bulgular: Hastaların tümör dokusunda eşlenik normal dokuya göre %47'sinde ekspresyon seviyesinde azalma, %27'sinde ise artma gözlendi. BBK tanılı hastaların tümör örneklerinde eşlenik normal dokuya göre SETD2 geninin ekspresyon seviyesinde 2,3 kat azalma gözlenirken ekspresyon artışında anlamlı bir kat değişimi tespit edilmedi. Hastalara ait kat-değişim (foldchange) değerleri ile klinik parametreler karşılaştırıldı ve erken evre ile ekspresyon 2 seviyelerindeki azalma arasında istatistiksel anlamlılık tespit edildi (p<0,001). Hastaların tümör dokusu ile eşlenik normal dokusundaki ΔCt değerleri arasında (p=0,038) ve hastalara ait tümör dokusu ve sağlıklı bireylere ait normal mukoza örneklerindeki ΔCt değerleri arasında Wilcoxon Rank testine göre istatistiksel anlamlılık tespit edildi (p=0,001). Hastaların doku ve vücut sıvılarına ait ΔCt değerlerinin birbirleri ile korelasyon durumları incelendi, tümör örnekleri ile eşlenik normal doku örnekleri arasında orta dereceli (p<0,001) ve serum örnekleri ile tükürük örnekleri arasında zayıf ilişki (p=0,003) gözlendi. Sonuç: BBK hastalarında yapılacak daha geniş hasta içeren çalışmalar ile desteklendiği takdirde SETD2 geninin, hastaların erken tanı ve taramasında invaziv veya non-invaziv biyobelirteç olarak kullanılabileceği düşünülmektedir. Ayrıca SETD2 geninin ekspresyon profili BBK'inde hastalığın evresini öngörmede değerlendirilebilir. Anahtar Kelimeler: baş-boyun kanserleri, ekspresyon, biyobelirteç, SETD2