Echinococcus granulosus'un sığır ve koyun izolatlarının moleküler karakterizasyonu, haplotip analizi ve miRNA ekspresyon düzeylerinin belirlenmesi

Kistik Ekinokokkozis (KE), Echinococcus granulosus'un larval formu tarafından oluşturulan, insanlarda ve ara konak hayvanlarda dünya çapında yaygın olarak görülen zoonotik bir helmint hastalığıdır. E. granulosus'taki genetik farklılıkların tespit edilmesi, hastalığın patojenitesi, bulaş yolu ve mücadele yöntemlerinin belirlenmesi bakımından önemlidir. E. granulosus'un konak ve parazit ilişkisindeki mekanizmaları açıklamaya çalışan yaklaşımlardan biri mikroRNA'lardır. Bu çalışmada sığır ve koyun orjinli hidatik kist izolatlarında E. granulosus s.l. genotip ve haplotip grupları belirlenerek, farklı kist yapılarında ve gruplar arasında, egr-miR-7, egr-miR-71 ve egr-miR-96 miRNA'larının ekspresyon seviyeleri karşılaştırılmıştır. Hedef miRNA'ların hastalığın tanısında biyobelirteç olarak kullanılabilme potansiyeli araştırılmıştır. Toplam 82 hidatik kist izolatından (41 sığır, 41 koyun) 81'inin genotipi, mt-CO1 gen bölgesine yönelik PCR ve sekans analizleriyle E. granulosus s.s. (G1 ve G3) olarak belirlenirken, sığır orjinli bir izolatın genotipi Echinococcus canadensis (G6/7) olarak tespit edilmiştir. Örneklerde toplam 26 nükleotid polimorfizmi ve 29 haplotip grubu belirlenmiştir. Steril kistlerde germinal membranlarda, fertil kistlerin germinal membran ve protoskolekslerinde miRNA ekspresyonları qRT-PCR ve Real Time PCR analizleri ile araştırılmıştır. E. canadensis (G6/7) örneği kontrol olarak seçilerek tüm haplotip gruplarındaki miRNA ekspresyon düzeyleri karşılaştırılmıştır. miRNA'ların 29 haplotip grubunun %79.31'inde yüksek, %10.345'inde düşük düzeyde eksprese olduğu belirlenmiştir. Koyun orjinli fertil 10 örnekte, protoskoleks yapısına kıyasla germinal membranda ortalamada egr-miR-7, egr-miR-71 ve egr-miR-96 miRNA'larının sırasıyla 44, 168 ve 351 kat yüksek düzeyde ekspresyon gösterdiği belirlenmiştir. Genotip ve haplotip grupları arasında yüksek oranda istatistiki olarak anlamlı olan ekspresyon düzeyi farklılıkları tespit edilmiştir. Sonuç olarak, egr-miR-7, egr-miR-71 ve egr-miR-96 miRNA'larının ve özellikle egr-miR-96'nın aktif KE teşhisinde biyobelirteç olarak kullanılabilme potansiyelinin olabileceği gösterilmiştir.