Micro RNA
192 theses under this subject heading
Corylus avellena L ve corylus colurna L fındık türlerinde korunmuş bazı MikroRNA'ların gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu ile analizi
Fındık içerdiği besin değerleriyle, özellikle sağlık açısından faydaları bulunan ve gıda sektörü, boya sanayi, odunculuk ve hayvan yemleme gibi birçok alanda kullanılan önemli bir bitki türüdür. Ekonomik değere sahip Corylus avellena ve anaç olarak kullanılan Corylus colurna en yaygın yetiştirilen türler arasında yer almaktadır. Şimdiye kadar birçok bitkide mikroRNA(miRNA) çalışmaları yapılmasına rağmen fındıkta henüz bir çalışma mevcut değildir. Bu çalışmada, transkripsiyon sonrası düzenlemelerde rol oynayan korunmuş miRNA'ların fındıkta da tespit edilmesi amaçlanmıştır. miRNA'lar 18-25 nt uzunluğunda, kısa, tek zincirli non-coding RNA'lardır. Transkripsiyon sonrası gen düzenleyicileri olarak da adlandırılan miRNA'lar, mRNA ile etkileşim içerisine girerek, hedeflerinin baskılanmasına veya yıkımına neden olurlar. Bitkilerde özellikle hedef mRNA'nın yıkımını gerçekleştirerek, bitkinin gelişim süreçlerinde, biyotik ve tuz, kuraklık, soğukluk veya UV gibi abiyotik streslere cevap oluşturmada görev almaktadırlar. Korunmuş miRNA'lar farklı bitki türlerinde aynı fonksiyona sahip ve çok eski zamanlardan günümüze kadar var olan miRNA'lardır. Bu çalışmada Giresun Fındık Araştırma Enstitüsünden elde edilen Corylus avellena L. ve Corylus colurna L. fındık türlerinde korunmuş bazı miRNA'ların ( miR159, miR160, miR171, miR396, miR2919 ve miR8123 ) Real-Time PCR yöntemi ile tespitini amaçladık.
Sevoflurane anestezisi alan yaşlı ratlarda Berberine'nin hafıza ve öğrenme üzerine etkisinin araştırılması
Çalışmamızda yaşlı ratlarda Sevoflurane kaynaklı nörotoksisitede miR-138, miR-138, miR-138, miR-138, mi-138 ve BDNF (beyin kaynaklı nörotrofik faktör) işlevini belirlemeyi, berberine'in nöroprotektif etkilerini incelemeyi amaçladık. 20-24 haftalık 56 adet, Sprague-Dawley türü, erkek sıçanlar her grupta 14 adet olacak şekilde Kontrol, Berberine, Sevoflurane-Berberine ve Sevoflurane 4 gruba ayrıldı. Kontrol grubu %50 O2 ve %50 havaya 2lt/dk 6 saat maruz bırakıldı. Sevoflurane grubu %3 Sevoflurane ile %50 O2 ve %50 hava 2lt/dk gaz akışı ile 6 saat boyunca inhalasyon anestezisi uygulandı. Sevoflurane anestezisinden 1 hafta önce başlanarak her gün, günde 1 50mg/kg dozunda intraperitoneal olarak berberine uygulandı. Sonrasında Morris Su Tankı testi, yükseltilmiş artı labirent testi ve nesne tanıma testi yapıldı. Sıçanlar ketamin-ksilazin anestezisi altında servikal disloke edildi ve dekapite edildi. Dekapitayon öncesi tüm sıçanlardan kan alındı. Kraniotomi yapılıp her gruptan random seçilen 7 rattan hipokampüs ve frontal lob bölgelerinin diseksiyonu yapıldı. Kalan 7 rattan alınan beyin dokuları da TUNEL boyama yapılmak üzere ayrıldı. Frontal Lob, Hipokampüs ve Plazma örneklerinde Real-Time qPCR Uygulaması yapılarak miR-138, miR-138, miR-138, miR-138, miR-138 ve BDNF seviyeleri belirlendi. ELİSA analizi ile BDNF seviyeleri ölçüldü. Berberine grubunda Sevoflurane grubuna göre plazma, frontal ve hipokampüs miR 9, 124, 132 ve BDNF in anlamlı olarak yüksek olduğu, TUNEL boyamada istatistiksel olarak daha az apopitotik cisim görüldüğü tespit edildi, Gruplar arasında morris su tankı testinde, yükseltilmiş artı labirent testinde farklılık görülmedi. Yeni nesne tanıma testinde berberine grubu Sevoflurane grubuna kıyasla anlamlı olarak daha iyi yeni nesne seçme oranına sahipti.Bu bulgular geriatrik popülasyonda berberinin moleküler bazda hafıza ve öğrenmeyi olumlu etkilediği fakat bu durumun kliniğe yansımadığını gösterdi.
Crohn hastalarında budesonid ile tedavi öncesi ve sonrasında inflamasyonla ilişkili mikroRNA ekspresyon seviyelerinin araştırılması
Crohn hastalığı, sindirim kanalını tutan tekrarlayan, kronik inflamatuar bir hastalıktır. Hastalığın oluşumunda immun sistem, çevresel ve genetik faktörlerin rol oynadığı düşünülmekte ancak etiyolojisi halen tam olarak bilinmemektedir. MikroRNA (miRNA) molekülleri hücre çoğalması, hücre farklılaşması, organogenez, apoptozis gibi hücresel olayları düzenleyen, kodlanmayan RNA molekülleridir. Anormal miRNA ekspresyonlarının kanserden, nörodejeneratif hastalıklara kadar birçok hastalığın etiyolojisinde rol oynadığı gösterilmiştir. Yapılan çalışmalar, miRNA'ların inflamatuar süreçlerin düzenlenmesi ve inflamasyonla seyreden hastalıkların patogeneziyle yakından ilişkili olduğunu ortaya koymuştur. Bu çalışmada yeni tanı almış Crohn hastalarında budesonid ile tedavi öncesi ve sonrasında inflamasyonla ilişkili miR-744-3p, miR-320a ve miR-17-5p ekspresyon seviyeleri belirlenerek hastalığın patogenezi ve tedaviye verilen yanıttaki potansiyel etkileri incelendi. Çalışmamızda hafif aktiviteli ileoçekal Crohn hastalığı tanısı konmuş olan 20 hastadan budesonid tedavisi öncesi ve sonrasında alınan periferik kan örneklerinden ve 20 sağlıklı kontrol bireyin periferik kan örneklerinden elde edilen miRNA'ların ekspresyon seviyeleri kantitatif gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (qRT-PCR) yöntemi ile analiz edilerek gruplar arasında istatistiksel olarak karşılaştırıldı. Bulgular değerlendirildiğinde, Crohn hasta grubunun budesonid ile tedavi öncesi ve sonrasına ait miRNA-744-3p, miRNA-17-5p ve miRNA-320a ekspresyon seviyeleri kontrol grubuna göre istatistiksel olarak anlamlı düzeyde yüksek bulundu (tedavi öncesi sırasıyla p=0.000, p=0.000, p=0.004; tedavi sonrası sırasıyla p=0.000 p=0.000 p=0.002). Hasta grubunun tedavi öncesi ve tedavi sonrası miRNA ekspresyon seviyeleri arasında ise istatistiksel olarak anlamlı fark bulunmadı (p>0.05). Elde ettiğimiz sonuçlar, miRNA-744-3p, miRNA-320a ve miRNA-17-5p'nin Crohn hastalığı için tanısal spesifik biyobelirteçler olarak kullanılabileceğini, ancak tedavi öncesi ve sonrası ekspresyon seviyelerinde farklılık olmaması, bu miRNA'ların tedavi yanıtı ile ilişkili olmadığını göstermektedir. Bu çalışma sonuçlarının doğrulanması için daha büyük hasta gruplarında yapılacak çalışmalara ihtiyaç duyulmaktadır.
Kolorektal kanserli hastaların dokularında miR-564 ve miR-718 ekspresyon düzeylerinin araştırılması
Kolorektal kanser yaklaşık olarak her 10 kanser vakasından ve ölümünden birinin sorumlusudur. Kolorektal kansere çevresel etkilerin yanı sıra, çoklu genetik ve epigenetik değişiklikler sebep olmaktadır. MikroRNA'lar, protein kodlayan genleri posttranskripsiyonel olarak düzenleyen endojen RNA molekülleridir. Düzensiz miRNA ekspresyon profillerinin birçok kanser türü ile ilişkili olduğunu gösteren çok sayıda araştırma yapılmıştır. Bu çalışmanın amacı bu mikroRNA'lardan ikisi olan miR-564 ve miR-718'in ekspresyon düzeyleri ile kolorektal kanser arasındaki ilişkiyi belirlemektir. Çalışmamızda kolorektal kanserli 80 hastanın rıza onam formu imzalatılarak gönüllü şekilde alınmış olan tümörlü ve tümörün bitişiğindeki sağlıklı doku örnekleri analiz edilmiştir. Bu çalışma Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Etik Kurulu'nun 2021/83 sayılı kararı ile onaylanmıştır. Kolorektal kanser hastalarının tümörlü ve tümörün çevresindeki sağlıklı dokularından miRNA'lar izole edilerek bu miRNA'lardan cDNA sentezi yapılmıştır ve miR-564 ile miR-718'in ekspresyon düzeylerini saptamak için qRT-PCR metodu kullanılmıştır. Çalışma sonucunda tümörlü dokulardaki miR-564 ve miR-718 ekspresyonlarının normal dokulara göre anlamlı düzeyde azaldığı belirlenmiştir (p˂0.05). Sonuç olarak, hem miR-564 hem de miR-718'in kolorektal karsinogenez oluşumunda tümör baskılayıcı rol oynadığı sonucuna varılabilmektedir.
Ülseratif kolit hastalarında mesalazin ile tedaviden önce ve sonra inflamasyonla ilişkili mikroRNA düzeylerinin analizi
Ülseratif kolit (ÜK), kolonu rektumdan proksimale doğru sağlam kısım bırakmadan tutan, yüzeyel mukozal tutulum gösteren, remisyon ve alevlenmelerle seyreden, sindirim sistemi dışındaki sistemleri de tutan, etyolojisi tam olarak bilinmeyen kronik inflamatuar bir bağırsak hastalığıdır. MikroRNA (miRNA) molekülleri küçük kodlamayan RNA molekülleri olup; hücrelerin farklılaşması, proliferasyonu, metabolizması ve apoptozis gibi normal biyolojik işlevleri düzenlemektedir. MikroRNA ekspresyon düzeyindeki değişikliklerin kanser, viral hastalıklar, kardiyovasküler hastalıklar ve metabolik inflamasyonla ilişkili birçok hastalığın etyopatogenezinde önemli rol oynadıkları belirlenmiştir. Bu çalışmada, inflamasyonla ilişkili miR-744-3p, miR-320a ve miR-17-5p ekspresyon seviyelerinin ÜK hastalığında potansiyel biyobelirteç olarak kullanılıp kullanılamayacaklarını ve mesalazin tedavisine verilen yanıtla olan ilişkilerini değerlendirmek amaçlandı. Bu amaçla, çalışmaya yeni ÜK hastalığı tanısı almış 20 hasta ve yaş/cinsiyet uyumlu 20 sağlıklı gönüllü dahil edildi. Hasta grubunda mesalazin ile tedavi öncesi ve tedaviden 3 ay sonra, sağlıklı kontrol grubunda ise başvuru anında periferik kan örnekleri alındı. MikroRNA ekspresyon seviyeleri kantitatif gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (qRT-PCR) yöntemi ile analiz edildi ve sonuçlar gruplar arasında istatistiksel olarak değerlendirildi. Bulgulara göre, hasta grubunun mesalazin ile tedavi öncesi ve tedavi sonrasındaki miRNA744-3p, miRNA-320a ve miRNA17-5p gen ekspresyon seviyeleri kontrol grubuyla karşılaştırıldığında istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulunmadı (p>0.05). Ayrıca, hasta grubunun tedavi öncesi ile tedavi sonrası miRNA ekspresyon seviyeleri arasında da istatistiksel olarak anlamlı fark bulunmadı (p>0.05). Sonuç olarak çalışmamızın bulguları, inflamasyonla ilişkili miRNA744-3p, miRNA-320a ve miRNA17-5p' nın ÜK hastalığı için spesifik biyobelirteçler olmadığını, mesalazin ile tedavi öncesi ve sonrası bu miRNA seviyelerinde farklılık bulunmadığını, dolayısıyla bu miRNA'ların mesalazin tedavi yanıtı ile ilişkili olmadığını göstermektedir. Sonuçlarımızın doğrulanması için daha büyük hasta gruplarında çalışmalara gereksinim bulunmaktadır.
Tip 2 diabetes mellituslu hastalarda mikroalbuminüri düzeyi ile mikro RNA ilişkisinin incelenmesi
Diyabetik nefropati kronik böbrek hastalığının en önemli nedenidir. Diyabetik nefropati zemininde gelişen kronik böbrek hastalığı yaşam kalitesinde bozulma ve azalmış yaşam beklentisi ile ilişkilidir. Böbrek fonksiyon bozukluğu olan hastaları tespit etmeye yönelik basit laboratuvar testlerinin yaygın olarak kullanılabilmesine rağmen, hastalar hastalığın geç dönemlerinde tanı alabilmektedir. Yakın zamana kadar böbrek fonksiyonundaki düşüşü yavaşlattığı gösterilen tek ilaç sınıfı anjiyotensin dönüştürücü enzim inhibitörleri ve anjiyotensin reseptör blokerleriydi. Son yıllarda kullanımda olan sodyum glukoz kotransporter 2 inhibitörleri ile yapılan çalışmalar sonucunda renal olumlu etkiler gösterdikleri tespit edilmiştir. Çalışmamızda diyabetik nefropatisi olan hastalarda miRNA let 7a, miRNA 25 ve miRNA130b'nin dapagliflozin tedavisi öncesi ve sonrası alınan kan örneklerindeki düzeylerinin analizi yapılmıştır. Tedavi öncesi ve sonrasında araştırılan miRNA'ların düzeylerinde anlamlı fark görülmesi halinde, diyabetik nefropatinin tedavisinde ve takibinde kullanılabilecek invaziv olmayan bir biyobelirteç olarak kullanılabileceği ve tedavide bir terapötik hedef olarak değerlendirilebileceği düşünülmüştür. Çalışma sonunda elde edilen veriler ışığında dapagliflozin tedavisi öncesi ve sonrası 2.ay hasta serumlarında miRNA let 7a, miRNA 25 ve miRNA130b değerleri arasında anlamlı fark olduğu tespit edilmiştir. Dapagliflozin tedavisi öncesi ve sonrası bakılan idrarda mikrototal protein ve mikroalbuminüri düzeyleri arasında anlamlı fark tespit edilmesine rağmen miRNA düzeyleri ile anlamlı bir korelasyon tespit edilememiştir. Diyabetik nefropatili hastalarda dapagliflozin kullanımının mikroalbuminüri üzerindeki olumlu etkisinin diyabetik nefropatiyle alakalı miRNA değişiklikleri ile ilişkisinin daha net aydınlatılabilmesi için daha kapsamlı çalışmalar gerekmektedir.
Tip 2 diabetes mellitus'lu hastalarda nefropati ile ilişkili miRNA değişikliklerinin değerlendirilmesi
Diyabetik nefropati, prevalansı ve mortalitesi artan diabetesmellitusun en ciddi mikrovasküler komplikasyonlarından biridir. Günümüzde böbrek fonksiyonu, albümin atılım hızı ve glomerüler filtrasyon hızı hesaplanarak değerlendirilmektedir. Diyabetik nefropatinin erken teşhisi, böbrek fonksiyonlarını iyileştirmede ve ilaçlarla hastalığın ilermemesini geciktirmede önemli bir role sahiptir. Böbrekle ilişkili yapısal değişiklikleri karakterize edebilen biyobelirteçlere ihtiyaç duyulmaktadır. Son yıllarda birçok hastalığın patogenezinde ve tanısında kullanılan mikrornalar tanımlanmıştır. Çalışmamızda retrospektif olarak sodyum glukoz kotransporter 2 inhibitörü olan dapagliflozin kullanan hastaların diyabetik nefropati ile ilişkili mikrornalar üzerindeki etkisi araştırılmıştır. Diyabetik nefropati tanısı alan ve dapagliflozin kullanan 47 hastanın tedaviden sonraki 60.günde tedavi öncesine göre miRNA 21, miRNA 141 ve miRNA 377 düzeylerinde istatiksel anlamlılıkta azalma tespit edilmiştir (p<0.05).İncelenen mikRNA düzeyleri ile serum glukoz, hbA1C değeri, mikroalbüminri ve mikrototal protein düzeyleri arasında istatiksel bir anlamlı fark saptanmadı.
Metamfetamin kullanım bozukluğu hastalarında tedavi öncesinde ve arınma sonrasında, TRAF-6 genini hedefleyen miRNA-146a'nın ekspresyonunun incelenmesi
Metamfetamin, dünya çapında esrardan sonra en çok kullanılan yasa dışı uyuşturucu maddedir. Metamfetamin kullanım bozukluğu toplumda önemli düzeyde morbidite ve mortaliteye sebep olan, kişilerin mesleki işlevselliğini, ailevi yaşantısını, sosyal hayatını ve beden sağlığını ciddi düzeylerde etkileyen bir hastalıktır. Son yıllarda psikiyatrik hastalıkların etiyopatogenezine yönelik araştırmalarda nöroinflamasyona olan ilgi artmaktadır. Çalışmamızda nöroinflamasyonda rolü olduğu düşünülen mikro RNA-146a'nın metamfetamin kullanım bozukluğu etyopatogenezindeki rolünü araştırdık. Araştırmalarımız sonucundaliteratürde metamfetamin kullanım bozukluğunun mikro RNA-146a (miRNA-146a) ile ilişkisini araştıran çalışma bulunmamaktadır. Çalışmamız prospektif eşleştirilmiş vaka-kontrol çalışması olarak planlanmıştır. Mart 2022- Aralık 2022 tarihleri arasında Gaziantep Üniversitesi Ruh Sağlığı ve Hastalıkları Kliniği'nde yatarak tedaviye alınan, idrarda toksik tarama testinde sadece metamfetamin pozitifliği saptanan, DSM-5 tanı kriterlerine göre metamfetamin kullanım bozukluğu tanısı konulan, ek bir psikiyatrik veya bedensel hastalığı olmayan 30 hasta çalışmaya dahil edilmiştir. Kontrol grubu olarak cinsiyet, yaş, sigara kullanımına göre eşleştirilmiş, herhangi bir hastalığı olmayan 30 sağlıklı kişi randomize olarak çalışmayaalınmıştır. Çalışmadaki tüm katılımcılara depresyon komorbiditesini dışlamak için Hamilton Depresyon Derecelendirme Ölçeği (HAM-D) uygulanmıştır. Yapılandırılmış bir görüşme ile (SCID-5) bipolar bozukluk, dikkat eksikliği ve hiperaktivite bozukluğu gibi en sık görülen komorbiditeler dışlanarak sadece metamfetamin kullanım bozukluğu tanısı olanlar çalışmaya alınmıştır. Kişilik bozuklukları yüksek oranda komorbidite göstermesine rağmen nöroinflamasyonla belirgin bir ilişkisi gösterilememiş olduğundan dışlama kriterlerine dahil edilmemiştir.Hastalarla klinik görüşmeler yapılmış, Penn Madde Aşerme Ölçeği uygulanmış ve sonrasında nöroinflamasyonla ilişkili olduğunu düşündüğümüz miRNA- 146a düzeylerini ölçmek için hem metamfetamin arınma tedavisi öncesi, hem de sonrası kan alınmıştır. Çalışmamızda hasta grubunun arınma tedavisi öncesindeki miRNA-146a ekspresyon düzeyleri, sağlıklı kontrol grubuna göre istatiksel olarak anlamlı bir şekilde düşük saptanmış olup arınma tedavisi sonrasındaki miRNA-146a ekspresyon düzeyi sağlıklı kontrollere göre istatiksel olarak anlamlı bir düzeyde yüksek saptanmıştır. Hasta grubunun HAM-D skoru kontrollere kıyasla istatiksel olarak anlamlı bir şekilde yüksek saptanmıştır. Toplamda metamfetamine maruz kalınan süre ile arınma tedavisi sonrası ölçülen miRNA-146a ekspresyon düzeyi arasında pozitif yönde orta düzeyde ilişki saptadık. Çalışmamızda hasta grubunda, miRNA-146a ekspresyon düzeyinin arınma tedavisi öncesinde anlamlı bir şekilde düşük ölçülmesi ve tedavi sonrasında anlamlı düzeyde artmış olması bu parametrenin nöroinflamasyonun göstergesi olması nedeniyle metamfetaminin, nöroinflamasyonda önemli bir rolü olduğunu düşündürmektedir. MiRNA-146a ekspresyon düzeyi ile metamfetamin kullanım bozukluğu arasındaki ilişkinin daha net olarak aydınlatılması sonrasında miRNA-146a ile bağlantılı yeni tedavi stratejileri geliştirilebilir. Toplamda metamfetamine maruz kalınan süre ile arınma tedavisi sonrası ölçülen miRNA-146a ekspresyon düzeyi arasında pozitif yönde bir ilişkinin olması, miRNA-146a ekspresyon düzeyinin hastalığın prognozunu öngörmede önemli bir parametre olabileceğini düşündürmektedir. Çalışmamızın literatürde oldukça kısıtlı verinin olduğu bu alana katkı sağlayacağını düşünmekteyiz.
Düşük ejeksiyon fraksiyonlu kalp yetmezliği (lvef<%40) olan diyabetik hastalarda SGLT-2 inhibitörü ilaçların epigenetik etkisi
Kalp yetmezliği tüm dünyada mortalite ve morbiditenin en önemli sebeplerinden biri olmaya devam etmektedir. Son zamanlarda kalp yetmezliği tedavisinde mortalite üzerine direk etkisi nedeniyle kılavuzlarda kullanılması gereken ilaçlar listesine giren SGLT-2 inhibitörü ilaçların etki mekanizması hala tam olarak bilinmektedir. Bu çalışmada SGLT-2 kullanımı ile kalp yetmezliği hastalarında bazı mikro RNA'ların (miRNA) seviyelerinde değişim olup olmadığına bakılarak bu grup ilacın olası epigenetik etkisi araştırılmıştır. Üniversitemiz kardiyoloji kliniğinde ejeksiyon fraksiyonu %40'ın altında olduğu tespit edilen ve endokrinoloji tarafından SGLT-2 inhibitörü kullanımı uygun görülen 40 hasta ve 20 sağlıklı gönüllü hasta çalışmaya dahil edildi. Hastaların kan örneklerinden SGLT-2 inhibitörü ilaç kullanımı öncesi ve SGLT-2 inhibitörü ilaç kullanımını takiben üçüncü ayda Revers-Transkriptaz Polimeraz Zincir Reaksiyonu (RT-PCR) yöntemi ile miR-21, miR-132, miR-499 ve miR-210 gen ekpresyon düzeyleri analiz edildi. Yine sağlıklı gönüllülerden alınan kan örneklerinden aynı şekilde miR-21, miR-132, miR-499 ve miR- 210 gen ekpresyon düzeylerine bakıldı. İlaç kullanımı sonrası üçüncü ayda Mir-21 ve Mir-499 gen ekspresyon düzeylerinde istatistiksel olarak anlamlı biçimde artış olduğu saptandı (p=0,005) Mir-210 ekspresyon düzeyinde hastalarda istatistiksel olarak anlamlı bir artış olmakla beraber ilaç kullanımı sonrası değişiklik olmadığı bulundu. Mir-132 ekspresyon düzeyinde açısından ise gruplar arasında iistatistiksel olarak anlamlı bir farklılık olmadığı saptandı (p =0,421). Sonuç olarak SGLT-2 inhibitörü ilaçların etki mekanizmalarından biri de epigentik olarak miRNA seviyelerini değiştirerek (miR-21, miR-499) olabilir.
Psöriatik artrit hastalarında miRNA 146A ve miRNA 21 parametrelerinin apoptozis ile ilişkilerinin araştırılması
Giriş ve Amaç: Psöriatik artrit (PsA) psöriazise eşlik edebilen eklemde destrüksiyon ve kemik rezorpsiyonu ile karakterize, genellikle romatoid faktörün (RF) negatif olduğu kronik inflamatuar otoimmün bir hastalıktır. Amacımız bu hastalıkta apoptozun serumdaki bir göstergesi olan M30'un ve total hücre ölümünün bir göstergesi olan M65'in; hastalığın patogenezi ile ilişkili olduğunu düşündüğümüz mikroRNA 146a (miR146a), mikroRNA 21'in (miR21) ve interlökin 17A (IL-17A)'nın seviyelerini araştırmaktır. Yöntem: Çalışmaya PsA tanılı 51 hasta ve sağlıklı 36 kontrol dahil edildi. Hastaların sosyodemografik özellikleri ve öyküleri alındı. IL-17A, M30 ve M65 parametrelerinin serum değerleri ELISA yöntemi ile çalışıldı. Serumdaki mikroRNA 146a ve mikroRNA 21 değerlerini belirlemek için de önce serumdan RNA izolasyonu gerçekleştirildi. Daha sonra bu RNA'lardan komplementer DNA (cDNA) sentezi gerçekleştirilip Real-time PCR'da belirlenen primerler ile istenen mikroRNA'ların çoğaltılması sağlandı. Sonuçların değerlendirilmesinde parametrik testlerde iki grup arasındaki farkı incelemek için student-t testi, kategorik değişkenlerin analizinde de ki-kare testi kullanıldı. Bulgular: Çalışmamızda IL-17A seviyesi hasta grubunda kontrol grubuna göre anlamlı derecede yüksek saptandı (p=0.002). M30 açısından istatistiksel olarak anlamlı fark yoktu (p=0.424); fakat M65 seviyesi hasta grubunda anlamlı yüksekti (p=0.003). miR146a'nın hasta ve kontrollerde eksprese olduğu gözlendi, her iki grup arasında anlamlı fark yoktu (p=0.590). miR21'in ise hasta ve kontrol grubunda ekspresyonunun çok düşük olduğu gözlendi. Bu yüzden istatistiksel olarak bir değerlendirme yapılamadı. Sonuçlar: Çalışmanın sonunda IL-17A'nın PsA hastalarında yüksek bulunmasından dolayı etyopatogenezde otoimmünitenin etkili olduğu, miR146a ve miR21 ekspresyonunda gruplar arasında fark olmadığı için patogenezde rolü olmadığı düşünüldü. Ayrıca bu hastalarımızda her iki hücre ölümünün de gözlendiği, fakat nekrozun apoptoza göre daha fazla görüldüğü düşünülmektedir.
Koroner arter bypass cerrahisi sonrası görülen atriyal fibrilasyon gelişiminin kardiyak SİRT 1 proteini, mikro RNA 195-199A ile ilişkisi
Giriş: Koroner arter bypass cerrahisi sonrası gelişen atriyal fibrilasyon (AF) hayatı tehdit edici potansiyele sahip bir komplikasyondur. Postoperatif AF (POAF) olan hastaların kardiyak dokusunda antioksidan özelliği olan kardioprotektif SİRT 1 protein ekspresyonu artmıştır. Bugüne kadar yapılan çalışmalarda SİRT 1 protein düzeyini regüle eden mikro RNA lar, SIRT proteini ve POAF arasındaki ilişkiyi inceleyen veriler yetersizdir. Gereç ve Yöntem: Koroner arter bypass greft (CABG) yapılan ve aortic kross klemp öncesi sağ atriyal apendiksten biyopsi alınan 63 hasta çalışmaya dahil edilmiştir. Bütün postoperatif hastalar taburcu olana kadar 24 saatlik ritm holter ile monitörize edildi, POAF ve sinüs ritmi olarak 2 gruba ayrıldı. Gerçek zamanlı PCR ile miRNA 199a ve mirRNA 195 ekspresyonları ölçüldü. SİRT 1 protein düzeyi Western Blot analizi ile ölçüldü. Bulgular: POAF grubunda miRNA 199a ekspresyonu kontrol grubuna göre anlamlı olarak daha düşüktü, miRNA 199a ile POAF arasında ters korelasyon mevcuttu. MiRNA 195 ile POAF arasında korelasyon saptanmadı. POAF gelişen hastaların doku örneklerinde SİRT 1 protein ekspresyonu anlamlı olarak daha fazla saptandı. Sonuç: SİRT 1 proteinini regüle eden miRNA 199a'nin azalması POAF gelişimi ile ilişkili bulunmuştur. Bu sonuçla kardiyak cerrahi sonrası miRNA 199a, POAF'ı öngörmede kullanışlı bir biyobelirteç olabilir.
Mikro ribonükleik asitlerin meme kanserinde multisentrisiteyi öngörmedeki yeri
Klinik ve histopatolojik olarak heterojen özelliklere sahip meme kanserinin tanı ve tedavisinde genetik faktörlerin rolü son dönemlerde ön plana çıkmıştır. Özellikle miRNA'ların ekspresyon profillerinin farklı kanser tiplerinde farklılıklar gösterdiği; mRNA ekspresyonunu regüle ettikleri, ya da translasyonu inhibe edici rolleri ile meme kanseri hücrelerinin progresyon, invazyon ve metastaz yapmasında etkin olabilecekleri gösterilmektedir. Multisentrik olarak saptanan meme kanserli vakaların tedavi planında meme koruyucu cerrahinin lokal rekürrens ve survival üzerine etkisi halen tartışmalıdır. Çalışmamızda, meme kanserlerinde expresyon farklılığı bildirilmiş olan 84 miRNA geninin multisentrisiteyi öngörmedeki etkinliklerinin değerlendirilmesi amaçlandı. Bezmialem Vakıf Üniversitesi Tıp Fakültesi Genel Cerrahi ABD Meme Hastalıkları Polikliniği'ne başvuran, cerrahi tedavi öncesinde kemoterapi / kemoradyoterapi almamış ve daha önce kanser anamnezi olmayan 31 unifokal-26 multisentrik meme kanseri tanılı bayan hasta çalışmaya dahil edildi. Hastaların operasyonları sırasında tümörlü dokular ve cerrahi sınırlar dışındaki sağlam meme dokularından alınan parçalar " RNA later solüsyonu " içinde -80°C'de muhafaza edildi. İÜ İTF İç Hastalıkları AD, Tıbbi Genetik BD, Moleküler Genetik Laboratuvarı'nda tüm dokularda "Human Breast Cancer miRNA PCR Array" kit ile 84 miRNA çalışıldı. Çalışmanın etik ilkelere uygunluğu Bezmialem Vakıf Üniversitesi Tıp Fakültesi Etik Kurulu tarafından değerlendirilerek etik onam alındı. Çalışmamızda fold change cut off değeri 4 olarak kabul edildi. Unifokal grupta 13 adet upregüle, 5 adet downregüle, multisentrik grupta 3 adet upregüle 7 adet downregüle miRNA tespit edildi.
Timokinon tedavisinin sporadik alzheimer modeli oluşturulmuş sıçan beyin dokusundaki mikroRNA ve mRNA ekspresyonu üzerindeki etkisinin araştırılması
Alzheimer hastalığı en sık rastlanan nörodejeneratif hastalıklardan birisidir. Hafıza ve öğrenme kontrolünün gerçekleştiği hipokampüs bölgesinde sinaptik yetmezlik, nöron hasarı ve nöron kaybı Alzheimer hastalığının nöropatolojik bulguları arasında sayılabilir. Moleküler boyutta incelendiğinde ise nöronların ölümüne ve sinaptik bağlantılardaki bozulmalara bağlı olarak apoptoz, nörogenez, hücre bölünmesi ve döngüsü, sağ kalım vb. yolaklarda gen düzeyinde ve protein düzeyinde bir çok regülasyon meydana gelmektedir. Ayrıca hücre fonksiyonunun epigenetik seviyede kontrolünde büyük önemi olduğu bilinen mikroRNA'ların Alzheimer hastalığında da etkili olduğu, hastalık süreciyle birlikte tekrardan düzenlendiği hem insan hem de hayvan çalışmalarıyla gösterilmiştir. Timokinon (TQ), Nigella sativa (çörek otu) bitkisinde %18.4-24 oranında bulunan en önemli biyoaktif bileşendir. Daha önce yapılan birçok çalışmada TQ'nun anti-oksidatif, anti-inflamatuar, anti-kanserojenik gibi pek çok yararlı etkiye sahip olduğu gösterilmiştir. Benzer şekilde nörolojik bozuklukların patolojilerinde TQ'nun nöroprotektif etkili bir bileşik olduğu bildirilmektedir. Aynı zamanda in vitro yapılan çalışmalarda TQ'nun Alzheimer hastalığına karşı nöroprotektif etkiye sahip olduğu gösterilmiştir. Fakat literatürde TQ'nun moleküler etki mekanizmasına dair in vivo çalışma bulunmamaktadır. Bu nedenle çalışmamızda, Amiloid beta (Aβ) ve Streptozotosin (STZ) ile indüklenen sporadik Alzheimer modellerinde Timokinon tedavisinin etkinliğinin karşılaştırılmasını ve bu modellerden elde edilen hippocampus dokularında TQ'nun ilgili genlerin ve mikroRNA'ların ekspresyon düzeylerindeki etkisini araştırmayı amaçladık İnanıyoruz ki elde ettiğimiz veriler, TQ'nun henüz tedavi edici bir ilaca sahip olmayan Alzheimer hastalığında aday molekül olma potansiyeline ışık tutacaktır.
PRP'den elde edilen lipid fraksiyonunun yara iyileşme tedavisinde etkisi ve ilişkili genlerin MRNA ekspresyon profillerinin değerlendirilmesi
Günümüzde yara iyileşmesi tedavisi olarak uygulanan birçok yöntem olmasına karşın yara kapanma hızını arttırmak, en az yara izi oluşumunun sağlamak ve hissedilen acıyı en aza indirgemek amacıyla yara üzerine çalışmalar devam emektedir. Son zamanlarda, içerdiği bileşenlerin rejenerasyonu arttırıcı etkisi ortaya konulan PRP (plateletten zengin plazma) tedavisi, yara iyileşmesi çalışmalarının da popüler konusu haline gelmiştir. PRP'nin içeriğini oluşturan protein ve lipid yapılı biyoaktif biyomoleküller yara iyileşmesini moleküler düzeyde uyararak iyileşmeyi hızlandırırlar. PRP'nin bileşenlerinden protein yapılı olanların yara bölgesinde bulunan proteaz aktivitesi ile yıkılarak işlevsiz hale geldiği bu sebeple PRP'nin iyileştirici etkisinin protein yapılı bileşenlerinden ziyade lipid yapılı olanların aktivitesi ile gerçekleştiği üzerine yapılan in vitro çalışmalar literatürde yer almaktadır. Söz konusu hipotezin in vivo olarak test edilmesi, tez çalışmamızın konusu olup, PRP'den elde edilen lipid fraksiyonunun yara iyileşmesi üzerindeki etkisi makroskopik ve moleküler olarak değerlendirilmiştir. Makroskopik anlamda yara alanlarına bağlı yara kontraksiyon hesaplamaları yapılırken moleküler anlamda ise yara iyileşmesiyle ilişkili olduğunu bildiğimiz 84 tane farklı genin mRNA ekspresyon seviyeleri analiz edilmiştir. mRNA protein sentezinde genetik şifreyi taşıyan RNA molekülü olup ekspresyon profillerinin değerlendirilmesi yara iyileşmesi süresince moleküler seviyede meydana gelen protein sentezi hakkında bilgi vermektedir. Çalışmamızın hayvan deneyleri, 20 tane Sprague Dawley türü sıçanların sırt bölgelerinde yaklaşık 1.2 cm çapında dairesel tam kat yaralar oluşturularak 4 faklı grup üzerinden tamalanmıştır. PRP, lipid fraksiyonu, DMSO ve SHAM grublarına ait yaralardan yara iyileşmesinin inflamasyon, proliferasyon ve olgunlaşma (yeniden şekillenme) evrelerine denk gelen 3., 7., ve 14. günde biyopsi örneği alındı. Alınan biyopsi örneklerinden yararlanılarak PCR array tekniği ile gerçek zamanlı PCR yapıldı ve yara iyileşmesi genlerine ait ekspresyon seviyeleri analiz edildi. 2ˆΔΔCT yöntemi ile kat değişimleri hesaplandı ve artış veya azalış gösteren genler belirlendi. Günlere göre regülasyon gösteren gen sayısı bakımından en fazla sayıda gen regülasyonu proliferasyon evresinde gözlenmiştir. PRP ve lipid fraksiyonu tedavi grupları inflamasyon, proliferasyon ve olgunlaşmada benzer regülasyonları gösterse de kat değişimleri açısından PRP daha fazla fark göstermiştir. Makroskopik değerlendirmelerde lipid fraksiyonu tedavi grubuna ait yaraların PRP'ye göre kapanma hızının daha az olduğu tespit edilmştir. PRP grubuna ait yara kontraksiyon bulguları T-test ile analiz edildi ve istatistiksel olarak anlamalı bulundu. PRP tedavi grubu ve lipid fraksiyonu tedavi grubuna ait RT-PCR verileri, moleküler seviyede benzerlik göstermeleri açısından PRP'den elde edilen lipid fraksiyonu, PRP'nin sahip olduğu içeriğe ve iyileştirici etkiye sahip olduğu ancak PRP'nin daha etkili olduğu sonucuna varılmıştır. Anahtar Kelimeler : Yara, Yara İyileşmesi, PRP, Lipid Fraksiyonu, mRNA Profili, PCR Array
Deneysel spinal kord yaralanmasının patofizyolojisinde mikroRNA21'in rolü ve metilprednizolone tedavisinin patofizyolojiye ve mikroRNA21'e etkisi
Spinal kord yaralanması artan nüfus ile birlikte özellikle gençlerde ciddi sağlık sorunu haline gelmiştir. Çalışmamızda spinal kord yaralanmasını takiben miRNA21 ekspresyonunun 1. ve 7. Günlerdeki düzeyi ayrıca metilprednisolone tedavisinin miRNA21 düzeyine etkisini incelemek amacıyla altı deney grubu (n=6) oluşturulmuştur. İlk ve dördüncü grup hariç tüm hayvan gruplarına anevrizma klip yöntemi ile spinal travma modeli uygulandı. Tedavi gruplarına (üçüncü ve altıncı grup) SKY sonrası metilprednisolone tedavisi verildi. Tedavi sonrasında ilk üç grup 1.günde son üç grup 7.günde tekrar operasyona alınmış ve real-time PZR inceleme için laminektomi sahasındaki spinal kord dokusu çıkarılmıştır. Real-Time PCR ile miRNA21 düzeyi ve astrogliozis, apopitoz ve inflamasyon parametreleri olarak GFAP, VIM, STAT3, FASLG, PTEN, BAX, BCL2, COX-2, IL6 düzeylerine bakıldı. Sonuçta; miRNA21 düzeyinin travma sonrası giderek arttığı ve metilpredinisolone tedavisinin erken dönemde miRNA21 düzeyini azalttığı görüldü. Metilprednisolone tedavisinin astrogliozis, apopitoz ve inflamasyon parametlerinde anlamlı bir etkisinin olmadığı görüldü. miRNA21'in SKY'deki rolünün kesin açıklanması için ek çalışmalara ihtiyaç olduğu düşünülmektedir. Anahtar Kelimeler: Spinal kord hasarı, miRNA21, Metilprednizolon, real-time PCR
Bariatrik cerrahinin obezite ile ilişkilendirilmiş mikroRNA düzeylerine etkisi
Amaç: Obezite ile ilişkilendirilmiş olan miRNA ekspresyon düzeyleri ile kilo kaybı arasındaki ilişkinin değerlendirilerek, hastaların postoperatif ne kadar kilo verebileceğini öngörmek ve planlanan cerrahiden maksimum fayda edinilmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Mayıs 2017-Temmuz 2018 yılları arasında Bezmialem Vakıf Üniversitesi Tıp Fakültesi Genel Cerrahi AD Obezite ve Metabolik Cerrahi Polikliniği'nde bariatrik cerrahi için endikasyon konulan ve laparoskopik sleeve gastrektomi planlanan 17 hasta çalışmaya dahil edildi. Çalışmaya Bezmialem Vakıf Üniversitesi Tıp Fakültesi Etik Kurulu'ndan onay alındı. Hastalardan preoperatif ve postoperatif 6. ay kan örneği ile intraoperatif yağ doku örneği alınarak obezite ile ilişkilendirilmiş miRNA (miR27b-3p, miR122-5p, miR223-3p) ekspresyon düzeylerine bakıldı. MiRNA'lar kan ve yağ dokudan izole edilip gerçek zamanlı polimeraz zincirleme tepkimesi (RT-PCR) yöntemi kullanılarak kantite edilip incelendi. Hastaların postoperatif 6. ay vücut fazla kilo kaybı oranları (%EWL) %0-50 (grup-1), %50-70 (grup-2), %70-90 (grup-3) olarak üç gruba ayrılarak değerlendirildi. MiRNA ekspresyonlarının kan ile yağ dokuları arasındaki farklılıkları, cinsiyet, kilo kaybı oranları ve diyabetes mellitus ile ilişkisi incelendi. Bulgular: Hastaların 4'ü erkek (%23,5), 13'ü kadın (%76,4), erkek/kadın oranı: 0,3, ortalama yaş 41±11,6, ortalama vücut kitle indeksi 49,1±7,6 kg/m2 idi. Altı hastada (%35,2) diyabetes mellitus mevcut olup bu hastaların ortalama glukoz ve HbA1c değerleri sırasıyla 133 ± 59,4 mg/dl ve %6,4 ± 1,3 idi. Altıncı ay % EWL oranı ortalama %62,7±17 olup grup-1, 2 ve 3'te sırasıyla 4, 7 ve 6 hasta mevcut idi. Preoperatif gruplar arasında miR223-3p'nin ekspresyonu tüm gruplar için anlamlı şekilde yüksek bulundu (grup-1 için p=0,0046; grup-2 için p<0,0001; grup-3 için p=0.0017). Grup-2 ve grup-3'teki hastaların preoperatif ve postoperatif kan değerlerinde bakılan miR223-3p gen ekspresyon düzeylerinin miR27b-3p ve miR122-5p gen ekspresyon düzeylerinden istatistiksel olarak anlamlı olacak şekilde yüksek olduğu tespit edildi (grup 2 için p değerleri sırasıyla p=0,0335 ve p=0,0328; grup 3 için p değerleri sırasıyla p=0.0446 ve p=0.0441). Ayrıca yağlı dokuda bakılan miR122-5p gen ekspresyonunun diabetes mellitusu olan olgularda diğer miRNA'lardan daha az eksprese olduğu tespit edildi (p=0,0062). Sonuç: Morbid obez hastalarda miR223-3p ekspresyonunun özellikle %EWL değeri 50 ve üzerinde olan hastalar ile korele olduğu gösterilmiştir. Bu nedenle bariatrik cerrahi sonrası kilo kaybını ön görmede miR223-3p geni olası bir biyobelirteç olarak kullanılabilir. Böylece cerrahiden daha fazla fayda görecek hasta grubu önceden belirlenip cerrahinin etkinliği arttırılabilir. Aynı zamanda cerrahiden fayda görmeyecek olan gruplar belirlenip, bu hastalarda da restriktif bariatrik cerrahi prosedürleri yerine kombine (restriktif + malabsorbtif) veya malabsorbtif cerrahi prosedürler tercih edilebilir. Ancak vaka sayısının ve miRNA tiplerinin fazla olduğu ve farklı bariatrik cerrahi prosedürlerinin uygulandığı ileri çalışmalara ihtiyaç vardır.
Transkateter aort kapak implantasyonu sonrası kan basıncı yanıtı ile mikroRNAlar 1, 133a, 206, 202-3p arasındaki ilişki ve miyokardiyal strain parametreleri üzerine etkileri
Giriş ve Amaç: Başarılı Transkateter Aort Kapak İmplantasyonu (TAVI) sonrası, miyokardiyal global strainde iyileşme, ve bunun sonucu olarak kan basıncında yükselme beklenir. Her iki sonuç da hastaların sağkalımını ve yaşam kalitesini etkiler. TAVI sonrası sol ventriküler basınç yükünün ortadan kaldırılmasına rağmen, kimi hastalar işlemden sonra fonksiyonel iyileşme, morbidite ve mortalite açısından fayda görmezler. Dolaşımdaki mikroRNA'lar, hücrelerden eksozomal partiküllerin içinde salınabilen yeni bir biyobelirteç sınıfı olarak önem kazanmaktadır. Spesifik bazı miRNAların dolaşımdaki miktarının sol ventriküler yeniden şekillenme (remodelling) ve aortik kapak içinden geçen akım gerilimi (shear stress) ile ilişkili olduklarını gösteren yayınlar mevcuttur. Bu çalışmada, ileri aort darlığı olan hastalarda darlığın TAVİ ile giderilmesinden sonra eksozomal miR-1, 133a, 206, 202-3p'nin varyasyonları incelenerek, miyokardiyal strain ve kan basıncındaki değişiklikler ile ilintili kötü prognoz belirteçlerinin saptanması amaçlanmıştır. Yöntem: TAVİ işlemi yapılacak 45 hastadan; işlem öncesi, taburculuk günü ve 3. ay olarak belirlenmiş 3 farklı zamanda serum örnekleri alındı. Örneklerden eksozomlar izole edilerek seçilmiş miRNAların değişimlerini saptamak için kantitatif gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu uygulandı. Aynı zaman noktalarında Global Longitudinal Strain (GLS) analizini de içerecek şekilde ekokardiyografi yapıldı ve 24 saatlik ambulatuvar kan basıncı ölçümleri ile kan basıncı değişimi kaydedildi. Bulgular: Prosedür sonrası miR-206 düşüşü ile GLS'deki iyileşme arasında negatif korelasyon saptandı. Bununla paralel olarak, miR'deki azalma ne kadar azsa, TAVI-sonrası mutlak GLS o kadar yüksekti. Ayrıca, Ki-kare testi, taburculuktan 3.aya kadar geçen sürede miR-206 miktarı daha da azalan hastaların, 3.ayda GLS kazanımlarının daha az olduğunu ortaya koydu. Ek olarak, işlemden hemen sonraki miR-206 düşüşü, 3.aydaki hem MAB hem de DKB artışı ile negatif korelasyon gösterdi. Bununla birlikte, TAVİ sonrası miR-206 miktarı belirgin olarak düşen hasta grubunda MAB artışı daha azdı. Majör kardiyak ve serebrovasküler olay (MACCE) yaşayan hastalarda miR-206, MACCE görülmeyen hastalara göre belirgin olarak azalmıştı. Üstelik 3.ayda NYHA sınıfında iyileşme olmayan hastalarda, fonksiyonel sınıfı iyileşen/sabit kalan hastalara göre miR-206 daha düşüktü. Sonuç: TAVI sonrası miR-206 düşüşü, kardiyak fonksiyon ve kan basıncında artışla ilintilidir ve kısa dönem takipte klinik sonlanım açısından prediktif olabilir. Anahtar Kelimeler: miR-206, global longitudinal strain, TAVI, kan basıncı, kalp yetmezliği
Genetik jeneralize epilepsilerde biyobelirteç belirlenmesi
Giriş: Genetik Jeneralize Epilepsiler (GJE) tüm epilepsilerin yaklaşık dörtte birini kapsamakta olup, yapısal beyin bulgusu göstermeyen genetik epilepsi grubu olarak tanımlanmaktadır. GJE tanısında kullanılan spesifik bir genetik biyobelirteç bulunmamaktadır. Genetik biyobelirteçlerin en bilineni ve üzerinde en fazla araştırma yürütüleni mikroRNA'larıdır (miRNA). Daha önce birçok epilepsi hastasının incelendiği çalışmalarda miRNA alt tipleri olan miR-106b, miR-130a-3p ve miR-194-5p incelenmiş olup sağlıklı kontrol grubuna kıyasla istatistiksel olarak ekspresyon seviyelerinin farklılık gösterdiği bulunmuştur. Çalışmamızda GJE hastalarında miR-106b, miR-130a-3p ve miR-194-5p ekspresyon düzeyleri incelendi ve olası aday genetik biyobelirteç potansiyellerinin belirlenmesi amaçlandı. Yöntem: Çalışmaya GJE tanılı 21 hasta ve 18 sağlıklı kontrol dahil edildi ve bireylerin kan örneklerinden toplam RNA izole edildi. Elde dilen RNA'lardan cDNA sentezi yapıldı. MiR-106b, miR-130a-3p ve miR-194-5p ekspresyon seviyeleri qRT-PCR ile analiz edildi. U6 housekeeping gen olarak kullanıldı. Belirtilen miRNA'ların tanısal değerini değerlendirmek için alıcı işletim karakteristiği (ROC) analizi ile eğri altındaki alan (AUC) değerleri hesaplandı ve p değerinin 0,05'ten küçük olması istatistiksel olarak anlamlı kabul edildi. Sonuçlar: MiR-130a-3p'nin ekspresyon seviyesi, kontrol grubuna kıyasla hastalarda istatistiksel olarak anlamlı bir artış göstermiştir (p<0,05). ROC analizinde belirlenen AUC değeri 0,725'tir. Ancak miR-106b ve miR-194-5p'nin ekspresyon seviyeleri istatistiksel olarak anlamlı değildir. ROC analizindeki AUC değerleri sırasıyla 0,648 ve 0,571'dir. Tartışma: Çalışmamızda kullandığımız miRNA'ların değişen ekspresyon seviyeleri, GJE'nin etiyopatogenezi ile ilişkili olabilir. Bulgularımız, GJE tanısı ve prognozu için potansiyel bir biyobelirteç olarak miR-130a-3p'nin kullanılmasını önermektedir. Anahtar Kelimeler : Genetik biyobelirteç, Genetik jeneralize epilepsi, MikroRNA, ROC eğrisi
Meme biyopsilerinde histopatolojileri duktal karsinoma in situ olarak sonuçlanan lezyonların invazivliğini öngörmede mikro ribonükleik asitlerin rolü
Meme kanseri görülme sıklığı ve ölüm oranı yüksek olması nedeniyle önemli bir hastalıktır. Erken tanı aldığında yaşam süresi çok yüksektir. Duktal karsinoma in situ (DKİS) ise meme kanserinin öncül lezyonu kabul edilen, henüz metastaz yapma yeteneğinde olmayan neoplastik hücre çoğalmasıdır. Son dönemlerde meme kanseri üzerinde genetik çalışmalar yapılmış ve karsinogenez basamaklarındaki gen değişimleri ve mikroRNA'ların genler üzerindeki etkileri ortaya konmuştur. Ancak normal dokudan DKİS'e geçişte rolü olan mekanizmalar çalışılmış olsa da, bu noktada meme kanserini tespit edebilecek ve tedavi hedefi olarak da kullanılabilecek biyobelirteç tanımlanmamıştır. Çalışmamızda normal dokudan DKİS'a geçişte disregüle olan 11 miRNA'nın DKİS tanısı almış lezyonların invaziv meme kanserine dönüşümünü öngörmedeki etkinliğinin değerlendirilmesi amaçlandı. Çalışmamıza Bezmialem Vakıf Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi, Genel Cerrahi Anabilim Dalı, Meme Hastalıkları Polikliniği'ne başvuran meme biyopsisi yapılmış ve histopatolojik olarak DKİS tanısı almış, 40 kadın hasta ve kontrol grubu olarak fibroadenom tanısı alan 8 kadın hasta dahil edildi. Hasta grupları; cerrahi eksizyon sonrası patolojik tanılarına göre DKİS grubu (A grubu) ve invaziv karsinom grubu (B grubu) olarak planlandı. Patoloji Anabilim Dalı arşivinden taranarak hastaların FFPE (Formalin-Fixed Paraffin-Embedded) bloklarına ulaşıldı. Parafin bloklardan total RNA ve miRNA eldesi FFPE RNA Purification Kit ile yapıldı, sonrasında RT-PCR yöntemi kullanıldı. Tüm çalışma süresince referans gen olarak miR-let-7a kullanıldı. Elde edilecek Ct değerleri ile genlerin artış ve azalış oranları 2-ΔΔCt yöntemi kullanılarak hesaplandı ve istatistiksel olarak anlamlılık p<0,05 kabul edildi. Çalışmamızda miR-21-5p ve miR-210'un gruplar arasında istatistiksel olarak anlamlı farklı eksprese edildiği ve invazyon derecesinin artmasıyla ekspresyon değerlerinin arttığı görülmüş olup, klinikte erken tanıda ve biyopsisi DKİS olarak saptanan lezyonların invaziv komponentinin olup olmadığını öngörmek için kullanılabilirler. Anahtar kelimeler: DKİS, Duktal karsinoma in situ, miRNA, Meme kanseri
Yabani zeytinde (Olea europaea L. subsp. oleaster) yüksek verimli RNA dizilemesi ile yaprak ve pedisel dokularındaki korunmuş ve yeni miRNA ve hedef genlerinin karakterizasyonu
Zeytin bitkisi Akdeniz havzasına özgü ve iklimin tipik bitkilerinden birisi olup, sağlık, gıda, kozmetik gibi alanlarda yüksek ekonomik değeri olan ve ülkemizin de önemli miktarda yetiştiriciliğini üstlendiği bir ağaçtır. mikroRNAlar 18-22 nükleotid uzunluğunda, protein kodlamayan ancak gen ifadesi düzenlenmesinde post-transkripsiyonel olarak rol oynayan tek zincirli RNA dizileridir ve stres dayanıklılığı, gelişim gibi süreçlerde miRNAların işlevleri bilinmektedir. Bu çalışmada yabani zeytin bitkisinin yaprak ve pedisel dokularının Temmuz ve Kasım aylarında alınan örneklerinin RNAları izole edilerek yüksek verimli dizileme teknolojisiyle elde edilen okumalar üzerinden ve küçük RNA kütüphanesi kullanılarak yeni ve korunmuş miRNA tespiti biyoinformatik olarak yapılmış, katlanma yapıları RNAfold ile belirlenmiştir. Analizler sonucu toplamda 20 korunmuş, 23 yeni miRNA bulunmuştur. Hedef mRNAların gen ontolojisi Blast2GO ile yapılmış, miRNAlar ve hedefleri eş zamanlı PCR deneyi yapılmış ve 7 örnekten 5 miRNA/hedef arasındaki ilişki doğrulanmıştır.
Kolorektal karsinogeneziste MikroRNA'nın rolü
Giriş ve Amaç: Kolorektal kanserler her iki cinste en sık görülen 3. kanser olup, tüm kansere bağlı ölümlerde akciğer kanserinden sonra en fazla öldüren kanser türüdür. Kolorektal karsinogeneziste protein kodlamayan, ancak protein kodlayan genlerin protein ifadelerini düzenleyen miRNA molekülünün rolü tanımlanmıştır. Bu çalışmada; MiRNA-196a-2 gen polimorfizminin kolorektal karsinogenezisteki rolü araştırıldı.Gereç ve Yöntem: Çukurova Üniversitesi Tıp Fak'ne başvuran patolojik olarak kolorektal kanser teşhisi konmuş, kemoterapi veya radyoterapi naif 84 hasta çalışmaya alındı. Çalışmaya katılmayı kabul eden hastalardan bilgilendirici yazılı onam alındı. Hastaların; yaş, cinsiyet, sigara/ alkol içip içmedikleri, kanser evresi, lenf nodu tutulumu, vasküler invazyon, metastaz durumu, ailede Ca öyküsü, CEA, CA-19-9 düzeyleri kaydedildi. Alınan kan örneklerinden MiRNA-196a-2 gen polimorfizmleri çalışıldı. Kaydedilen parametreler ile gen polimorfizmlerinin karşılaştırılması için SPSS.20 istatistik programı kullanıldı.Bulgular: MiRNA-196a-2 gen polimorfizmleri ile hastalık evresi, lenf nodu tutulumu, vasküler invazyon, CEA, CA 19-9 düzeyi, BMI, tümör boyutu, metastaz durumu, cinsiyet karşılaştırıldığı zaman istatiksel olarak anlamlı bir fark saptanmadı. Hasta ve kontrol grubu olarak ayrıldığı zaman ise gen polimorfizmi ile istatiksel olarak anlamlı bir ilişki mevcut idi. (p: 0,001)Sonuç: MiRNA-196a-2 gen polimorfizminin CC genotip homozigot formunun kolorektal kanser risk artışı ile ilişkisi bulunmamaktadır. Çalışmaya alınan hasta sayısının az olması ve daha erken evrelerdeki hastalardan örnek alınmış olması çalışmamızın sonuçlarını olumsuz etkilemiş olabilir.Anahtar Sözcükler: Kolorektal kanser, mikro RNA, polimorfizm
Çocukluk ve yetişkin çağı akut lösemilerinde mikro-RNA paneli
Amaç: mikroRNA'lar, genom üzerinde protein kodlayan intron veya ekzon bölgeleri ve protein kodlamayan bölgelerdeki RNA genlerinden transkripsiyonu sağlanan, fakat proteine translasyonu gerçekleşmeyen, fonksiyonel RNA molekülleridir. Olgun mikroRNA'lar hedef genlerin ekspresyonunu azaltarak protein sentezinin düzenlenmesine bir nevi genin işlevlerinin engelenmesine sebep olurlar. MikroRNA'lar protein translasyonunun inhibisyonuna ve/veya mRNA'nın yıkımına neden olur. Yapılan çoğu çalışmada bu küçük moleküllerin hematopoezde farklılaşma, çoğalma ve apoptoz (programlı hücre ölümü) gibi çok önemli hücresel olaylarda kritik öneme sahip olduğunu göstermiştir. Normal ve malign hematopoesizdeki microRNA ekspresyonları ve bunlar arasındaki ilişkiyi saptamak giderek artan bir şekilde ilgi uyandırmaktadır. Akut lösemilerde mikroRNA'ların rolü giderek daha fazla araştırmanın konusu olmaktadır. Bizde bu çalışmada, hematolojik tümörlerden biri olan çocukluk ve yetişkin çağı akut lösemilerinde, mikroRNA profillerini belirlemeyi amaçladık.Gereç ve Yöntem: Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Anabilim Dalı, Pediatrik Hematoloji ve Pediatrik Onkoloji Bilim Dalları ile Dahiliye Hematoloji Bilim Dallarına Aralık 2010 ile Eylül 2011 tarihleri arasında başvuran akut lösemi tanısı alan 49 hasta çalışmaya alındı. Sitomorfolojik, immünohistokimyasal ve akım sitometrik çalışmalar ile ALL tanısı alan çocuk 31 hasta, yetişkin 4 hasta ile çocuk AML tanısı alan 6 hasta ile yetişkin 8 hasta için çocuk ve yetişkin kontrol grubu sağlıklı çocuk ve yetişkin olarak 70 (çocuk;47 , yetişkin 23) hasta ile çalışmaya dahil edildi. Hasta gruplarında tanı sırasında ve remisyon dönemlerinde olmak üzere 2 defa kan alınıp plazma örnekleri saklandı. Sağlıklı gruptan bir defa kan alınıp plazması ayrıldı. Alınan plazma örneklerinden PCR ile mikroRNA analizi araştırıldı.Bulgular: Çocuk hasta ve kontrol gruplarında (ölçümü yapılan 10 ve üzeri hasta) micro RNA değerlerinin karşılaştırması ile; miR20a, miR25, miR92a, miR30c, miR106b, miR203, miR150, miR192, miR302c, miR184, miR218, miR320, miR342-3p, miR223, miR328, miR483-5p, miR376a, miR381, miR451, miR576-3p, miR548a hasta grubunda kontrol grubuna göre istatistiksel olarak yüksek (p<0.05) iken, miR20b, miR342-3p ve miR548a ölçümlerinde kontrol grubunun ölçümleri hasta grubunun ölçümlerinden yüksek (p<0.05) bulundu.Hastaların remisyon anındaki ölçümleri ile kontrol grubunda (ölçümü yapılan 10 ve üzeri hasta) micro RNA değerlerinin karşılaştırması ile; miR769-3p, miR20a, miR92a, miR16, miR27b, miR192, miR320, miR223, miR484, miR451'in hasta grubunun remisyon anındaki ölçümlerinde kontrol grubundan yüksek (p<0.05) bulunmuşturÇocuk hastaların tedavi sırasındaki ve remisyon anındaki ölçümleri karşılaştırıldığında (ölçüm yapılan 5 ve üzeri hasta) miR30c, miR106b, miR25, miR184, miR218, miR302c, miR483-5p tedavi grubundaki hastalarda istatistiksel olarak daha yüksek (p<0.05) olduğu saptandı. Lösemi tipi ALL olan çocuk ile lösemi tipi AML olan çocukların karşılaştırılmalarında iki lösemi tipi arasında micro RNA değeri yönünden bir istatistiksel farklılık (p>0.05) saptanamamıştır.Çocuk hastalarda hücre tipleri arasında micro RNA değeri yönünden bir istatistiksel farklılık saptanamamıştır. micro RNA ölçümlerinin cinsiyete göre karşılaştırılması ile tedavi sırasında ölçülen miR30c ölçümünün erkek hastalarda kız hastalara göre daha yüksek (p<0.05) olduğu görülmüştür.Kız çocuklardan oluşan kontrol grubundan elde edilen ölçümler ile karşılaştırıldığında; miR30c, miR106b, miR25, miR92a, miR16, miR203, miR150, miR302c ve miR4835p micro RNA ölçümlerinin kız hastalarda kontrol grubundaki kız çocuklarının değerlerine göre daha yüksek (p<0.05) olduğu görülmüştür.Erkek çocuklardan oluşan kontrol grubundan elde edilen ölçümler ile karşılaştırıldığında; miR30c, miR106b, miR25, miR92a, miR150, miR302c, miR184, miR218, miR320, miR223 ve miR4835p micro RNA ölçümlerinin erkek hastalarda kontrol grubundaki erkek çocuklarının değerlerine göre daha yüksek (p<0.05) olduğu görülmüştür.Kız ve erkek çocuklarda ayrı ayrı olarak hasta grubunda tedavi ve remisyon anlarında elde edilen ölçümlerin karşılaştırılması sonucunda, kız hastalarda miR30c ölçümünün, erkek hastalarda ise miR30c, miR25, miR218 ve miR381 ölçümlerinin tedavi anındaki değerlerinin remisyon anındaki değerlerinden daha yüksek (p<0.05) olduğu görülmüştür.Yetişkin hasta ve kontrol gruplarında (ölçümü yapılan 5 ve üzeri) micro RNA değerlerinin karşılaştırması ile miR328 ölçümünde kontrol grubu hasta grubundan daha yüksek değer elde ederken, miR451 ölçümünde ise hasta grubunun ölçümleri kontrol grubunun ölçümlerinden daha yüksek (p<0.05) bulunmuştur.Hastaların remisyon anındaki ölçümleri ile kontrol grubunun değerleri karşılaştırıldığında, miR30c, miR106b, miR302c, miR184, miR218 ve miR483-5p ölçümlerinde kontrol grubunun, miR16, miR223 ve miR451 ölçümlerindeyse hasta grubunun micro RNA değerinin daha yüksek olduğu görülmüştür.Yetişkin hastaların tedavi sırasındaki ve remisyon anındaki ölçümleri karşılaştırılmak istendiğinde miR30c, miR302c, miR218 ve miR483-5p ölçümlerinde remisyon anında tedavi sırasındaki ölçüme göre istatistiksel olarak anlamlı (p<0.05) düşüş görülmüştür. Yetişkin hastalarda iki lösemi tipi arasında micro RNA değeri yönünden bir istatistiksel farklılık (p>0.05)saptanamamıştır.Lösemi tiplerine göre tedavi ve remisyon anında ölçülen micro RNA ölçümlerinde ALL hastalarında miR30c ve miR106b remisyon anında bir düşüş (p<0.05) gözlenirken, AML hastalarında sadece miR30c ölçümünde remisyon anında bir düşüş (p<0.05) gözlenmiştir.
Karaciğer spesifik mikro-RNA 122'nin hepatoselüler karsinomadaki yeri ve önemi
Giri? ve Amaç: Hepatoselüler karsinomanın erken evrede saptanması prognoz ve hasta yönetimi açısından çok önemlidir. Hepatoselüler karsinomayı erken aşamada tespit edecek ideal bir marker henüz yoktur. MicroRNA-122, Hepatoselüler karsinoma?da anlamlı olabilecek yeni bir biyomarker olabilir.Gereç ve Yöntem: Bu çalışmada, Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi, Balcalı Hastanesinde 2011-2012 yıllarında tedavi gören 43 hepatoselüler karsinoma hastasının ve 43 sağlıklı kontrol grubunun serumunda real time-PCR metodu kullanılarak microRNA-122 düzeyleri saptandı.Bulgular: Hepatoselüler karsinomalı hasta grubunun serum miR-122 değerikontrol grubuna göre anlamlı olarak daha yüksek bulundu.( hasta grubu ort.: 0,030173±0,053, kontrol grubu ort.: 0,00493±0,015, p<0.0001 ) ROC eğrisi altında kalan alana göre (0,724) hasta grubunda miR-122 için cut-off değer belirlendi. Ayrıca hastaların miR-122 değerleri, Hepatoselüler karsinoma?da anlamlı olan diğer diagnostik, klinik, prognostik verilerle karşılaştırıldı.Sonuç: Çalışmamızda farklı kliniklerde takip edilen farklı evrelerdeki hepatoselüler karsinoma hastalarının serumunda real-time PCR metodu ile miR-122?yi gösterdik ve bu değerleri hastaların diğer diagnostik, klinik, prognostik verileriyle karşılaştırdık. MicroRNA?ların yakın dönemde yeni ve iyi biyomarkerlar olarak rutin kullanıma geçeceği düşünülmektedir. Şu dönemde hastanın serum miR-122 değeri viral hepatit, hepatoselüler karsinom, karaciğer tümör rezeksiyonu ya da karaciğer transplantı gibi durumlarda tedavi öncesi ve sonrası, ameliyat öncesi ve sonrasında bakılankontrollerle karaciğerdeki nekroinflamasyonun giderildiğinin ciddi bir göstergesi olabilir. Ancak miR-122 tek başına hepatoselüler karsinomada tanı, prognoz ve surveyansı göstermede iyi bir biyomarker olmayabilir. Diğer tanısal, klinik, prognostik göstergelerle birlikte kullanılması daha anlamlı olabilir. Anahtar Sözcükler: Hepatoselüler, Karsinom, microRNA-122
Kolon kanserinde Mikro-RNA 141 düzeyinin klinik prognostik önemi
Kolon Kanserinde Mikro-RNA 141 Düzeyinin Klinik Prognostik Önemi Giriş ve Amaç: Kolorektal kanser Amerika Birleşik Devletleri (ABD)?nde dördüncü en sık görülen kanser türü olup kansere bağlı ölümlerde ikinci sırada yer almaktadır. MikroRNA (miRNA)?lar, yüksek seviyede korunan DNA bölgelerinden kodlanan fakat proteine translasyonu gerçekleşmeyen, yaklaşık 18-24 nükleotid uzunluğunda, küçük RNA molekülleridir. miRNA?lar hücre proliferasyonu, hücre farklılaşması ve hücre ölümü gibi homeostatik süreçlerde önemli roller oynamaktadır. Bu çalışmada kolon kanserinde miRNA-141 düzeyinin klinik prognostik önemini saptamak, kolon kanseri erken tanısında miRNA-141 düzeyini bir tümör belirteci olarak kullanmak amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Bu çalışmaya kemoterapi ve radyoterapi almamış, patolojik olarak kolorektal kanser teşhisi almış 40 hasta alındı. Çalışmanın başında hastaların bilgilendirilmiş yazılı onamı alındı. Hastaların yaş, cinsiyet, lenf nodu tutulumu, perinöral invazyon, lenfovasküler invazyon, metastaz durumu, hastalık evreleri, CEA düzeyleri kaydedildi. Hastalarla aynı yaş ve cinsiyette sağlıklı kontrol grubu alındı. Hasta ve kontrol grubun kanları alındı. Real time-PCR metodu kullanılarak miRNA-141 düzeyleri saptandı. Kaydedilen parametreler ile miRNA-141 `in karşılaştırılması için SPSS.19 istatistik programı kullanıldı Bulgular: miRNA-141 düzeyi ile hastalığın evresi, lenf nodu tutulumu, vasküler invazyon, perinöral invazyon, CEA düzeyi, lokal tümör invazyonu, metastaz varlığı karşılaştırıldı. Çalışmamızın sonucunda hasta ve kontrol grubu kaşılaştırıldığında miRNA-141 düzeyleri arasında istatistiksel olarak anlamlı fark bulunamadı. Evrelere göre miRNA-141 düzeyleri için anlamlı farklılık bulunamadı. miRNA-141 düzeyleri ile kolorektal kanser (lenfovasküler invazyon, metastaz, perinöral invazyon, lenf nodu metastazı) prognostik faktörleri ile karşılaştırıldığında; sadece lokal tümör invazyonu (T) ve miRNA-141 düzeyi arasında anlamlı bir ilişki bulundu. (P = 0.034) Sonuç: miRNA-141 tek başına kolorektal kanser tanısında ve prognozu göstermede iyi bir biyolojik belirteç olmayabilir. Çalışmamızda hasta sayısındaki kısıtlılık sonuçları olumsuz etkilemiş olabilir. Kolorektal kanseri erken evrede saptamada mikro RNA ile ilgili gelecek çalışmalara gerek duyulmaktadır.