3,187
Archived Theses
2
DOIs Assigned
0%
DOI Rate
Discipline
Alüminyum, bakır ve titanyum nanopartiküllerinin sıçan (Rattus norvegicus var. Albinos) antioksidan, ozmoregülasyon ve sinir sistemleri üzerine etkilerinin incelenmesi
Bu çalışmada, metal-oksit (Al2O3, CuO, TiO2) nanopartiküllerinin (NP) memelilerde yapmış olduğu etkiler araştırılmıştır. Bunun için yetişkin dişi sıçanlara (Rattus norvegicus var. albinos) Al2O3, CuO, TiO2 NP'leri 14 gün süresince oral olarak farklı dozlarda (0, 0.5, 5, 50 mg/kg/gün) verilmiştir. NP'lerin antioksidan sistemi (karaciğerde), sinir sistemi (beyinde) ve ozmoregülasyon sistemi (ince bağırsak ve böbrekte) üzerine olan etkileri organlara özgün biyobelirteçler kullanılarak incelenmiştir. Veriler NP'lerin sıçan antioksidan sistem parametreleri üzerinde oldukça etkili olduklarını göstermiştir. Sıçan karaciğerinde CAT, SOD, GPx, GR ve GST aktiviteleri en az bir NP tarafından değiştirilirken, benzer şekilde enzimatik olmayan glutatyon (toplam, redükte, okside GSH) düzeyleri de özellikle Ti NP tarafından artırılmıştır. Ancak oksidatif stres göstergesi olan GSH/GSSG oranı sadece Al ve Cu NP'ler tarafından artırılmıştır. Karaciğer TBARS düzeyi Cu NP tarafından artırılırken, Ti NP tarafından azaltılmıştır. ATPaz aktivitelerinde en fazla değişim toplam ve Na,K-ATPaz aktivitelerinde olup, bunu Mg-ATPaz izlemiştir. Beyin ATPaz'larının en hassas enzimler olduğu görülmüştür. Bütün NP'ler beyin AChE aktivitesinde azalmalara neden olmuştur. Geçirimli Elektron Mikroskobu (TEM) ile NP'lerin bütün dokularda biriktiği gösterilmiştir.
Silikon dioksit nanopartiküllerinin larval dönem Labidochromis caeruleus (Fryer, 1956) (Teleostei: Ciclidae) üzerine histopatolojik etkileri
Bu çalışmada, silikon dioksit nanopartiküllerinin (SiO2NP) Labidochromis caeruleus (L. caeruleus) türü balık larvalarına etkileri histolojik yönden araştırılmıştır. Bunun için anaç balıklar laboratuvarda çoğaltılmış, bir günlük larvalar kontrol ve deney grubu olarak ikiye ayrılmıştır. Kontrol grubuna herhangi bir işlem yapılmamış, deney gruplarına SiO2NP'leri üç farklı dozda (50 mg/L, 100 mg/L ve 200 mg/L) uygulanmıştır. Madde uygulaması 96 saat süreyle yapılmıştır. Akvaryum sularının %50'si 24 saatlik aralıklarla, test çözeltisi içerisindeki nanopartikül konsantrasyonu değişmeyecek şekilde yenilenmiştir. Tüm gruplara ait larvalar rutin histolojik prosedürden geçirilerek daimi preparat haline getirilmiş, mikroskopta incelenerek değerlendirilmiştir. SiO2NP'leri uygulanan tüm deney gruplarına ait balıkların değerlendirilen solungaç, karaciğer, göz ve beyin dokularında bazı yapısal değişimler tespit edilmiştir. Solungaç dokusunda lamel şekillerinde bozulma, primer lamellerde kopma ve ayrılma, sekonder lamellerde kısalma ve kopma, epitellerinde ayrılma gözlenmiştir. Karaciğerde kapsül altında ödem, hepatositlerde piknotik nükleus, parankimanın farklı bölgelerinde nekroz ve geniş vakuoller izlenmiştir. Göz dokusunda kornea tabakasında incelme, lens epitelinde ayrılma ve lens liflerinde parçalanmalar dikkati çekmiştir. Beyin dokusunda, sadece yüksek doz grubunda olfaktör bölgenin anterior kısmı, medulla oblongata ve spinal kordda astrositler yoğun izlenmiştir. Bu yapısal değişimler solungaç ve karaciğer dokularında ileri, gözde orta, beyinde hafif düzeydedir. Anahtar Kelimeler: Silikon dioksit, Nanopartikül, Labidochhromis caeruleus, Histopatoloji.
Farklı yüksekliklerde yaşayan Pelophylax bedriagae (Camerano, 1882) (Anura: Ranidae) populasyonlarının yaş, boy ve bazı büyüme parametreleri bakımından karşılaştırılması
Pelophylax bedriagae'nin iki farklı rakımdaki populasyonunun vücut büyüklükleri ölçülmüş ve iskelet kronolojisi yöntemi uygulanarak yaş tayinleri yapılmıştır. Bireylerin yaşları parmak kemiklerinden alınan enine kesitlerdeki yaş halkaları (LAG) sayılarak belirlenmiştir. Vücut büyüklüğü (SVL) erkek bireylerde 48,14-90,00 mm, dişi bireylerde 36,47-92,35 mm ve juvenil bireylerde 27,63-39,57 mm arasında değişmektedir. Vücut büyüklüğü bakımından Bozdağ populasyonu erkek bireyleri Karacasu populasyonu erkek bireylerinden daha büyük olup, bu sonuç istatistiksel olarak önemli bulunmuştur. Hem Bozdağ hem de Karacasu populasyonundaki erkek ve dişi bireylerin eşeysel olgunluğa 3-4 yaşlarında ulaştıkları tespit edilmiştir Her iki populasyon için de maksimum yaş erkek bireylerde 10 yıl, dişi bireylerde ise 9 yıl olarak belirlenmiştir. Bozdağ ve Karacasu populasyonlarında erkek ve dişi bireylerin ortalama yaşları birbirine benzer olup, istatistiksel olarak anlamlı bir fark tespit edilmemiştir. Her iki populasyon için de yaş ve SVL arasında pozitif ve kuvvetli bir ilişki tespit edilmiştir. Bozdağ populasyonu için erkek baskın, Karacasu populasyonu için ise dişi baskın eşeysel dimorfizm saptanmıştır.
Yedigöller milli parkı'nda yetişen vasküler bitkilerden izole edilen mikrofunguslar üzerine taksonomik bir çalışma
Bu araştırma, Yedigöller Milli Parkı'nda 2018-2022 yılları arasında yapılmıştır. Alanda yapılan çalışmalar sonucunda, 108 farklı konukçu bitki üzerinde gelişen 187 tür mikrofungus tespit edilmiştir. Bu araştırma sonucunda 1 familya, 6 cins ve 40 tür mikrofungus ülkemiz için yeni kayıt olarak tespit edilmiştir. Bunlar; Flammocladiellaceae familyası, Acrocordiella O.E. Erikss., Flammocladiella Crous, L. Lombard & R.K. Schumach., Jahnula Kirschst., Ruzenia O. Hilber, Scopinella Lév., Seifertia Partr. & Morgan-Jones cinsleri ve Acrocordiella occulta (Romell) O.E. Erikss., Ascochyta alkekengi C. Massal., Ascochyta daturae Sacc., Ascochyta evonymi Pass., Ascochyta infuscans Ellis & Everh., Ascochyta mercurialis Bres., Biscogniauxia marginata (Fr.) Pouzar, Biscogniauxia repanda (Fr.) Kuntze, Cercospora datiscicola Esfand., Cercospora mercurialis Pass., Coronophora angustata Fuckel, Discosia strobilina Lib., Epichloe typhina (Pers.) Brockm, Eutypella staphylina Rehm, Filiella pastinacae (P. Karst.) Videira & Crous, Flammocladiella decora (Wallr.) Lechat & J. Fourn., Hysterobrevium smilacis (Schwein.) E. Boehm & C.L., Jahnula aquatica (Kirschst.) Kirschst., Kalmusia ebuli Niessl, Lylea tetracoila (Corda) Hol.-Jech., Microdiplodia subtecta Allesch., Mycosphaerella laureolae (Desm.) Lindau, Ostropa barbara (Fr.) Nannf., Phyllosticta datiscae P. Syd., Plagiosphaera immersa (Trail) Petr., Plasmopara epilobii J. Schröt., Podosphaera helianthemi (L. Junell) U. Braun & S. Takam., Pseudocercospora sambucigena U. Braun, Crous & K. Schub., Pseudoperonospora urticae (Lib.) E.S. Salmon & Ware, Puccinia astrantiae Kalchbr., Puccinia saniculae Grev., Ramularia chamaedryos (Lindr.) Gunnerb., Ramularia sphaeroidea Sacc., Rhabdospora visci (Bres.) Kuntze, Rhizosphaera pini (Corda) Maubl., Ruzenia spermoides (Hoffm.) O. Hilber, Scopinella solani (Zukal) Malloch, Seifertia azaleae (Peck) Partr. & Morgan-Jones, Septoria saxifragae-stellaris Krusch, Tubeufia cerea (Berk. & M.A. Curtis) Höhn. türleridir. Ayrıca Sorbus aucuparia L. canlı yaprakları üzerinde bulunan Podosphaera arcuatispora G. Doğan, Erdoğdu, U. Braun sp. nov. türü ise ilk defa bilim dünyasına tanıtılmıştır.
Titanyum dioksit'in (TiO2) ergin Labidochromis caeruleus (fryer, 1956) türüne genotoksik etkileri: Mikronükleus testi
Amaç: Bu çalışmada; titanyum dioksit (TiO2) nanopartikülünün, laboratuvar araştırmalarında en çok kullanılan balık türlerinden biri olan Labidochromis caeruleus (Fryer, 1956) türü üzerine olası genotoksik etkilerinin mikronükleus testi ile araştırılması amaçlanmıştır. Materyal ve Yöntem: 28 erkek ve 27 dişiden oluşan L. caeruleus'un ergin bireyleri 24 saat, 48 saat ve 96 saatlik periyotlarla 25 mg/L, 50 mg/L ve 100 mg/L konsantrasyonda TiO2 ile muamele edilmiştir. Negatif kontrolde dinlendirilmiş su, pozitif kontrolde ise 5 mg/L EMS (Etil Metan Sülfonat) kullanılmıştır. Uygulama sürelerinin sonunda solungaç ve kuyruk kanından alınan örneklerle preparat hazırlanmıştır. Mikroskop incelemesinde solungaç ve kuyruk örneklerinin her biri için 3000'er adet olmak üzere balık başına toplam 6000 hücre sayılmıştır. Elde edilen veriler SPSS Statistics-22 istatistik programında analiz edilmiş ve karşılaştırma yapılmıştır. Bulgular: Mikronükleus (MN) frekansı analizi sonucunda; tüm deney gruplarında MN frekanslarının negatif kontrol grubuna kıyasla artış gösterdiği fakat bu artışın tüm gruplarda anlamlı düzeyde olmadığı tespit edilmiştir. Kuyruk örneklerinin MN frekanslarının, solungaç örneklerine göre daha yüksek olduğu belirlenmiştir. Morfolojik nükleus düzensizlikleri analizine göre; solungaç ve kuyruk örneklerinin tamamında binükleus, çentikli nükleus, tomurcuklu nükleus ve loblu nükleus frekansları negatif kontrol grubuna kıyasla artış göstermiştir. Toplam genotoksik hasar frekanslarının tüm gruplarda negatif kontrol grubuna göre anlamlı düzeyde artış gösterdiği belirlenmiştir. Sonuç: TiO2 ile muamele edilen deney gruplarında MN frekansları bakımından konsantrasyon-süre etkileşiminin istatistiksel olarak anlamlı olduğu, uygulama süresindeki artışın MN frekanslarında artışa yol açtığı saptanmıştır. Anahtar Kelimeler: Labidochromis caeruleus, Mikronükleus, Morfolojik Nükleus Düzensizlikleri, Nanopartikül, Titanyum dioksit.
Aydın ilinde satış tezgahlarında tüketime sunulan gıdalarda biyofilm oluşturan bakterilerin araştırılması
Beslenme tüm canlılarda olduğu gibi insanlar için de çok önemli bir unsurdur. Beslenmede kullanılan gıdalar metabolik aktiviteleri sağlar ve enerji oluşturur. Bazı durumlarda gıdalarda oluşan mikrobiyal gelişim, insanlar üzerinde olumsuz etkiler yaratabilmektedir. Gıdalar üzerinde özellikle biyofilm oluşturan bakterilerin gelişimi, sağlık açısından tehlike yaratabilmektedir. Bu nedenle gıdaların üretiminden tüketimine kadar her aşamada gıda hijyeni ve güvenliği önemlidir. Çalışmada toplam 80 adet bakteri izolatı elde edilmiştir. Bu izolatlardan 67 adet bakteri tanılaması yapılmıştır. Kalitatif analiz sonucunda 9 bakterinin biyofilm oluşturduğu saptanmıştır. Kantitatif analizde Enterococcus faecalis strain 2623,Bacillus cereus strain PJA1.5, Citrobacter freundii strain E2WCTM1, Staphylococcus epidermidis strain 3039, Bacillus cereus strain TBMAX51, Pantoea conspicua strain B6, Enterococcus faecium strain 4525 bakterileri kuvvetli adrehan iken Enterococcus gallinarum strain CCFM8325 ve Enterococcus faecium strain CAU1957 adrehan özellik göstermiştir.
Sıddıklı barajı'nda yaşayan sazan balığı (cyprinus carpio L., 1758)'nın bazı biyolojik özellikleri
Bu çalışmada, Sıddıklı Barajı'ndan Eylül 2015 ile Ağustos 2016 tarihleri arasında aylık olarak örneklenen 134 Cyprinus carpio bireyinin yaş yapısı, büyüme dinamikleri ve morfometrik özelliklerini incelenmiştir. Yaş tayininde kullanılan altı kemiksi yapıdan omur, %77.5 tam yaş uyumu, %3.86 ortalama yüzde hata ve %3.52 varyasyon katsayısı ile en güvenilir yapı olarak belirlenmiştir. Yaşlar 1–6 arasında değişmiş; 3 yaş grubu %27.6 ile baskındır. Cinsiyet oranı %39.6 dişi ve %60.4 erkek olup, bu dağılım istatistiksel olarak anlamlıdır (p < 0.05). Bireylerin total boyu 12.8-36.8 cm (ort. 26.94 cm), ağırlığı ise 26.4-931.73 g (ort. 351.71 g) arasında değişmiştir. Von Bertalanffy modeline göre asimptotik boy tüm bireylerde 60.57 cm, büyüme katsayısı 0.10; büyüme performans indeksi 2.565 olarak hesaplanmıştır. Asimptotik ağırlık 4587.90 g'dır. Boy–ağırlık ilişkileri (b > 3) pozitif allometrik büyümeyi göstermektedir (p < 0.001). Ortalama kondisyon faktörü 1.581 olup yazın zirve yapmıştır. Total boy, çatal boy ve standart boy arasında güçlü lineer ilişkiler (r² > 0.97) belirlenmiştir. Bu sonuçlar, C. carpio'nun popülasyon yapısı ve büyüme özelliklerine dair önemli bilgiler sunmakta; türün sürdürülebilir balıkçılık yönetimi açısından temel oluşturmaktadır.
Yamula baraj gölü'nde yaşayan gümüş balığı (atherina boyeri rısso,1810)'nın otolit biyometrisi
Bu çalışmada, Atherina boyeri'nin Yamula Baraj Gölü populasyonundan elde edilen bireylerinde sagittal otolit biyometrisi analiz edilmiştir. Bunun yanı sıra, örneklem grubuna ait cinsiyet oranı, boy ve ağırlık dağılımı ile boy-ağırlık ve boylar arası ilişkilere dair temel biyolojik parametreler de değerlendirilmiştir. Örnekler, Mart ve Mayıs 2024 ayları arasında, ticari balıkçılık faaliyetleri yoluyla elde edilmiştir. İncelenen balıklarda uzunluk ölçümleri (total, çatal ve standart) gerçekleştirilmiş ve her bireyin ağırlığı belirlenmiştir. Bireylerin cinsiyet ayrımı, gonadların makroskobik düzeyde değerlendirilmesiyle yapılmıştır. Her balık örneğinden sağ ve sol otolitler alınarak, temizlenmiş ve kurutularak depolanmıştır. Otolitlere ait uzunluk (OL), yükseklik (OH), çevre (OP) ve alan (OA) değerleri ölçülerek kaydedilmiştir. Altı şekil indeksi, otolit morfometrik verileri kullanılarak belirlenmiştir. Otolit parametreleri ile balık boyu arasındaki ilişkiler, üssel regresyon denklemi aracılığıyla analiz edilmiştir. Ortalama yüzde tahmin hataları, her bir ilişki bazında hesaplanmıştır. Araştırma için toplam 310 birey incelenmiştir. Örneklemin eşey oranı 1.0:0.72 olarak belirlenmiştir. Örneklerin total boyları (TB) 45.83-87.58 mm ve ağırlıkları 0.40-4.32 g arasında değişim göstermiştir. Cinsiyetler arasında boy ve ağırlık dağılımları farklı çıkmıştır. Boy-ağırlık ilişkisinin b parametresi tüm örnekler için 3.763 olarak hesaplanmıştır. Otolit parametreleri ile total boy arasındaki ilişkilerin istatistiksel olarak anlamlı olduğunu görülmüştür (P˂0.001). Çalışmada ortalama yüzde hata değerleri %5'den düşük çıkmıştır. Dişi ve erkek bireylerde TB-OA (r2>0.850), arasındaki ilişki diğer ilişkilerinden daha kuvvetli belirlenmiştir. Tüm şekil indeksleri için sağ-sol bölge arasında fark gözlenmez iken, eşeyler arasında 3 şekil (şekil faktörü, dairesellik ve ovallik) indeksinde fark tespit edilmiştir. Sonuç olarak, Atherina boyeri'de balık boyunun otolit ölçümleri kullanılarak güvenilir şekilde geri hesaplanabileceği saptanmıştır.
Doğal Aspergillus sp. izolatları kullanılarak glukonik asit üretimi ve optimizasyonu
Bu çalışmada, soğan kabuğu, sarımsak kabuğu ve ekmek gibi küflenmiş çeşitli gıda materyallerinden izole edilen Aspergillus sp. suşları ve substrat olarak dekstroz monohidrat kullanılarakglukonik asitinbatık kültür (submerged) fermantasyonu ve optimizasyonu yapılmıştır. Fermantasyon ürününün HPLC'de kalitatif ve kantitatif analizleri yapılarak glukonik asit fermantasyonu için optimum şartlar belirlenmiştir. Doğal izolat Aspergillus sp. kullanılarak yapılan glukonik asit üretimindeki optimum şartlar; % 10 dekstroz monohidrat içeren fermantasyon ortamında 600 rpm, pH 5.5, 30oC sıcaklık, 0.5 vvm%100 oksijen ilavesi ile fermantasyon süresi 8 gün olarak belirlenmiştir. Optimizasyon sonucu % 69'luk verimle glukonik asit üretimi elde edilmiştir. Ayrıca fermantasyon besiyeri ortamına3000 ünite glukoz oksidaz ve 500 ünite katalaz ilavesinin fermantasyon süresini3 güne indirdiği ve %95 verimle glukonik asit üretimielde edildiği gözlemlenmiştir. Bu sonuçlara göre çalışmada kullanılan doğal izolat Aspergillus sp., dekstroz monohidratın belirlenen optimum koşullar altında tamamına yakını glukonik aside dönüştürdüğü söylenebilir. Elde edilen glukonik asit inşaat, tarım, sağlık ve gıda gibi birçok sektörde güvenle kullanılabilecek, doğada kolaylıkla biyodegrede olabilir bir üründür.
Kırşehir yöresinden toplanan yabani baklagil bitkilerinden endofitik rhizobium sp. bakterilerinin izolasyonu ve karakterizasyonu
Bu çalışmada Kırşehir ili ve ilçelerinden (Akçakent, Akpınar, Boztepe, Çiçekdağı, Kaman, Mucur) toplanan yabani baklagil bitkilerinden (nohut (Cicer arietinum L.), fiğ (Vicia cracca L.), taş yoncası (Melilotus officinalis L.) Rhizobium sp. suşları izole edilmiştir. İzolatların tanılanması ve karakterizasyonu için; morfolojik ve fizyolojik (Gram boyama, hareket), biyokimyasal (katalaz testi, oksidaz testi), kültürel özellikleri ile ilgili testler (Brom Timol Mavili YMA (Yeast Mannitol Agar), Kongo Kırmızılı YMA, Pepton Glikoz Agar'da üreme, Litmus milk besiyerinde üreme) yapılmıştır. YMA, Brom Thymol Mavili ve Kongo Kırmızılı YMA besiyerlerinde üreme özellikleri bakımından yapılan değerlendirmede, izolatların 78'inin literatürde belirtilen karakteristik özelliklerle uyumlu, 31'inin ise uyumsuz olduğu belirlenmiştir. Kültürel özellikler açısından uyumlu bulunan 78 izolatın tamamının çubuk şeklinde olduğu ve bunlardan 32'sinin Gram negatif özellik gösterdiği saptanmıştır. Bu bulgular, Rhizobium cinsine ait bakterilerin sitolojik özellikleriyle de uyumluluk göstermektedir. Uyumlu olan 32 izolat üzerinde gerçekleştirilen katalaz, oksidaz ve hareketlilik testleri sonucunda tüm izolatların bu üç test bakımından pozitif reaksiyon verdiği belirlenmiştir. Son olarak, litmus milk besiyerinde gerçekleştirilen üreme testinde alkali reaksiyon gösterip serum zonu oluşturan 22 izolat tespit edilmiştir. Anahtar Kelimeler: Rhizobium sp., Azot fiksasyonu, Baklagiller, Cicer sp., Vicia sp., Melilotus sp.
Hirfanlı baraj gölü'nde yaşayan israil sazanı (carassius gibelio (bloch, 1782))'nın bakteriyel bağırsak florasının incelenmesi
Bu çalışma, Hirfanlı Baraj Gölü'nde yaşayan Carassius gibelio'nun bağırsak florasında yer alan kültüre edilebilen bakterilerin izolasyonu, antagonistik aktivitelerinin belirlenmesi ve moleküler tanımlanmasını amaçlamıştır. Mart 2023'te elde edilen 6 sağlıklı bireyin bağırsak içerikleri steril serum fizyoloji içerisinde homojenize edilip seri dilüsyonları sağlanmıştır. Nütrient agar (NA), Eozin Metilen Mavisi Agar (EMB), Eskülin Safra Agar (EBSA), De Man-Rogosa-Sharpe Agar (MRS) ve Bacillus Kromojenik Agar (BCA) besiyerlerine ekim yapılmıştır. NA'da 2.5×10⁷–3.5×10⁸ KOB/mL aralığında yüksek toplam bakteri yükü saptanmıştır. Koloni morfolojisine göre 44 izolat saflaştırılmış; bunların arasından antagonistik potansiyeli olan 6 izolat seçilmiştir (NK-7, NK-14, NK-36, NK-38, NK-40, NK-42). Agar kuyucuk (well diffusion) yönteminde bu izolatlar E. coli, K. pneumoniae, S. aureus, E. faecalis, B. subtilis, B. cereus ve Candida türlerine karşı antagonistik aktiviteleri test edilmiştir. Özellikle NK-36, NK-38, NK-40 ve NK-42 izolatlarının Gram-pozitif referans suşlara ve tüm izolatların C. albicans ve C. tropicalis'e karşı antagonistik aktivite gösterdikleri tespit edilmiştir. 16S rRNA dizilemesi ve oluşturulan filogenetik dendogram analizleriyle NK-7 izolatı Pseudomonas putida, NK-14 ve NK-36 izolatları Bacillus sp, NK-38 izolatı Enterobacter mori, NK-40 ve NK-42 izolatları Acinetobacter calcoaceticus olarak tanımlanmıştır. Bulgular, C. gibelio bağırsak florasının yüksek mikrobiyal yüke sahip olduğunu, Proteobacteria ve Firmicutes üyelerinin ağırlık kazandığını ve bazı izolatların patojenlere karşı antagonistik etki gösterebildiğini ortaya koymaktadır. Çalışma, kültüre bağımlı yaklaşımın sınırlılıklarını (yalnızca kültürlenebilir fraksiyon) kabul ederek, seçilen izolatların akuakültürde biyokontrol/probiyotik aday olarak değerlendirilebilmesi için safra tuzu ve düşük pH toleransı, epitele tutunma, güvenlik ve in vivo etkililik testleri ile metagenomik doğrulama gerekliliğini vurgulamaktadır.
Cu, Zn ve karışımlarının Galleria mellonella L. (lepidoptera: pyralidae) larvalarının hemosit tipleri ve sayıları üzerine etkileri
Yapılan çalışmada, Zn (30 mg/L) ve Cu (10 mg/L)' nun tek başına ve karışım halinde toksik etkilerinin Galleria mellonella larvalarının hemosit tipleri ile total ve diferansiyel hemosit sayıları üzerine olan etkileri incelenmiştir. G.mellonella larvalarında prohemosit, granülosit, plazmatosit, sferülosit ve önositoid olmak üzere beş tip hemosit gözlenmiştir. Total ve diferansiyel hemosit sayıları ağır metallerden önemli ölçüde etkilenmiştir. Metallerin uygulanması sonucunda (72 saat sonunda) total hemosit sayısı (THS) azalmıştır. Prohemosit, granülosit, sferülosit ve önositoidlerde azalma plazmatosit sayılarında ise artış gözlenmiştir. G.mellonella larvalarının hemosit sayılarında meydana gelen değişimler çevre kirliliği düzeylerini değerlendirmede iyi bir model organizma olarak kullanılabilirliğini ve başka türler üzerinde de yapılacak immünolojik çalışmalara yol gösterebileceğini ortaya koymuştur.
Determination of cyanobacteria diversity from hot springs around aydin province by culture independent methods
Objectives: The thesis's objectives were to determine the cyanobacterial diversity from hot springs around Aydın province and surrounding using culture independent methods. Material and Methods: Total genomic DNAs were isolated from water, mud or soil samples and 16S rDNA genes were amplified from extracted environmental DNAs. Amplicons were then cloned into E.coli cells, transformed cells were chosen and PCR reactions were done using M13 primers. Amplicons obtained by M13 PCR, were sequenced and according to BLAST analyses homologies were determined in GenBank database. Results: In this study we highlighted the Cyanobacterial diversity of hot springs in Aydın and its surroundings using culture independent methods as well as cloning of PCR amplified fragments of 16S rRNA genes. The total number of cloned colonies were 298 of which 201 belonged to Cyanobacteria phylum while 97 other phylum and the percentage identity found were in the range of 78% to 100%. Most abundant species detected were, Planktothricoides raciborskii, Trichocoleus desertorum, Spirulina subsalsa, Gleobacter violaceus, Leptolyngbya laminosa, Synechococcus sp. and Alkalinema pantanalense. Conclusion: Our study is important for being first culture- independent approach to determine thermophilic cyanobacteria from thermal environments in Aydın Province and surrounding area, Turkey and may provide new insights into the Cyanobacteria researches from extreme habitats. Keywords: Cyanobacteria, Culture Independent Method, Hot Springs and 16S rDNA
Kuş göç yolları üzerinde bulunan rüzgar enerji santrallerinin (RES) kuş populasyonu üzerine etkileri
Amaç: Bu araştırma kuş göç yolları üzerinde bulunan rüzgar enerji santrallerinin kuşlar üzerine olan etkilerini belirlemek amacıyla yapılmıştır. Materyal ve Yöntem: Türkiye'nin üç farklı noktasında bulunan Balıkesir Ayyıldız RES, Hatay Atik RES, Kırklareli Kıyıköy RES de 2017 – 2018 yılları arası özellikle süzülerek göç geçişi yapan türlerin ilkbahar ve sonbahar göç dönemlerini kapsayacak şekilde toplam 90 günlük izleme çalışması gerçekleştirilmiş, çalışmalar sırasında nokta sayım ve transekt sayım yöntemi kullanılmıştır. Bulgular: Çalışmaların yapıldığı üç ayrı rüzgar santralinde ilkbahar ve sonbahar göç dönemleri ayrı ayrı değerlendirilmiş, alanda gözlenen kuş türleri tespit edilmiş ve korunma statüleri belirtilmiştir. Kuşların göç geçişleri esnasında kullandıkları rotalar ve türbinlere olan tehlikeli yaklaşmaları kaydedilmiştir. Sonuç: Yenilenebilir enerji kaynaklarının önemi, iklim değişikliğinin etkilerini gösterdiği son dönemlerde oldukça arttı ve özellikle sürdürülebilir ve ekonomik olması yönünden rüzgar enerji ön plana çıkmıştır. Rüzgar türbinlerini kuşlar üzerine etkilerini tespit edebilmek üzere yaptığımız çalışmalarda elde edilen bulgular doğrultusunda kuşların genel olarak türbinlerden sakındıkları gözlenmiş ve herhangi bir kuş türbin çarpışmasına rastlanmamıştır.
Prolaktin hormonunun insan mezenkimal kök hücrelerinin proliferasyon ve differansiyasyon üzerine etkileri
Kök hücre uygulamalarında en önemli hususlardan birisi, hasarlı dokuya dokunun tamirine yetecek sayıda ve kalitede saf hücrelerin aktarılmasıdır. Bu nedenle, farklılaşmamış kök hücrelerin olgun hücrelere farklılaşması ve çoğalması için rekombinant veya sentetik sitokinler, büyüme faktörleri gibi biyolojik uyaranlar kilit rol oynamaktadır. Bu çalışmada, steril koşullarda temin edilmiş plasentadan, laminar kabin içinde Mezenkimal Kök Hücre elde edildi. Bu MKH'ler T75 flaska ekilip CO2 inkübatöründe 37 0C de 14 gün kültür takibi yapıldı. Bu süre sonunda tripsinizasyon işlemi gerçekleştirildi (Pasaj 0). Pasaj 0 (P0) sonrası örnekler tekrar ekildi ve 7. Günde tripsinize edildi (Pasaj 1). P1 de elde edilen hücreler ile çalışma gerçekleştirildi. Prolaktin hormonu doz belirlenmesi için 96'lık kuyuya 102 ng/L' den başlayayarak azalan dozlarda (50, 25 ,10 ,1 10-1 10-2 10-3 10-4 10-5 ng/L) her doz için kontrollü 8 kuyuya, standart sayıda hücre ile ekim yapıldı .Aynı zamanda bir de negatif kontrol için sadece besi yeri ile (medyum) 8 kuyuya ekim yapıldı. Hücre kültürü üzerine en etkili olan Prolaktin dozunu belirlemek için yaygın olarak kullanılan enzimatik bir test olan MTT (tetrazolium tuzu 3-[4,5- dimethythiazol-2-yl]-2,5-diphenyltetrazolium bromide) testi yapıldı. Sonuçlar değerlendirildiğinde, dozlar arasında belirgin bir istatistiksel fark görülmedi. Prolaktin hormonunun MKH osteojenik ve adipojenik dönüşüme etkisinin belirlenmesi için 20 ng/L prolaktin dozu ile kültür çalışması yapıldı. 20 ng/L prolaktin dozu kullanılarak sadece hormon ile , hormon ve adipojenik dönüşüm medyumu ile ve hormon ve osteojenik dönüşüm medyumu ile olmak üzere hücre kültürleri yapıldı. CO2 inkübatöründe kültür takibi yapıldı ve farklılaşma üzerine bu hormonun etkisi test edildi. Adipojenik dönüşümü test etmek amacıyla Oil Red-O, Osteojenik dönüşümü test etmek için ise Alizarin Red S boyama protokolleri uygulandı ve sonuç mikroskobik olarak değerlendirildi. Elde edilen sonuca gore, prolaktin hormonu kullanılan kültürlerde, kontrol hücre grubu ile benzer sayıda dönüşen hücre gözlenmiştir.
Çinko oksit nanopartikülleri ve çinko sülfatın Oreochromis niloticus'un kan dokusunda bazı biyokimyasal parametreler ve enzim aktiviteleri üzerine etkileri
Bu çalışmada, Oreochromis niloticus'un kan dokusunda çinko oksit nanopartikülleri ve çinko sülfatın biyokimyasal parametreler ve enzim aktivitesi üzerine etkileri incelenmiştir. Kan dokusunda biyokimyasal parametreler (Glikoz, Total Protein, Kolesterol, Trigliserit, Kortizol) ve enzim aktivitesini (AST, ALT, ALP ve LDH) belirlemek için balıklar 4 ve 28 gün boyunca 0.5 mg / L ve 1.5 mg / L ZnO NP ve 0.5 mg / L and 1.5 mg / L ZnS04'e maruz bırakılmıştır. O. niloticus'da ZnO NP ve Zn SO4 serum parametreleri ve enzim aktivitelerinde değişikliğe neden olmuştur. 28 günlük deney süresi sonunda hem ZnSO4 hemde ZnO NP'ye maruz kalan balıkların serum trigliserid ve kortizol düzeyleri artarken serum kolesterol düzeyleri kontrole oranla azalmıştır. Serum glikoz ve total protein düzeyleri, maruz kalma süresinin sonunda sadece ZnS04'ün etkisinde artmıştır. ZnO NP ve Zn SO4 etkisinde serum enzim aktivitelerinin (Alkalen fosfataz, Aspartat aminotrasferaz, Alanin aminotransferaz, ve laktat dehidrojeneaz) arttığı gözlenmiştir. Genel olarak, serum parametreleri ve serum enzim aktiviteleri üzerine etkisi açısından ZnS04'ın ZnO NP'den daha etkili olduğu belirlenmiştir.
Yeni sentezlenmiş iki farklı benzoik asit türevi (4-(3-asetil-2-metil-4-fenil-1H-pirol-1-il) benzoik asit ve 4-(3-sinamoil-2-metil-4-fenil-1H-pirol-1-il) benzoik asit) molekülün insan periferal lenfositlerinde ın vıtro sitogenetik analizi
Bu çalışma, benzerleri birçok endüstriyel alanda çeşitli amaçlarla kullanılan yeni sentezlenmiş ilki pirol türevi ikincisi pirol-kalkon hibrid türevi (4-(3-asetil-2-metil-4-fenil-1H-pirol-1-il) Benzoik Asit (D085) ve 4-(3-sinamoil-2-metil-4-fenil-1H-pirol-1-il) Benzoik Asit (D085-K)) moleküllerin sitotoksik ve genotoksik kimliğini ortaya çıkarmak amacıyla planlanmıştır. Çalışmalar in vitro koşullarda insan periferal lenfositlerinde kromozom aberasyonu (KA) ve mikronukleus (MN) testleriyle gerçekleştirilmiştir. Ayrıca Salmonella typhimurium'un mutant suşları olan TA98 ve TA100 suşları Ames testi için uygulanmıştır. İnsan periferal lenfositlerde KA ve MN için 24 ve 48 saat boyunca D085 ile 7.81, 15.62, 31.25 μg/mL, D085-K ile de 7.5, 15, 30 μg/mL konsantrasyonlarda muamele edilmiştir. Ames testinde ise D085 için 3.9, 7.81, 15.62, 31.25, 62.5 µg/petri, D085-K için 3.25, 7.5, 15, 30, 60 µg/petri konsantrasyonları kullanılmıştır. Çalışmada, D085 genotoksisiteyi D085-K'dan daha fazla uyarmaktadır. Her iki bileşik ile yapılan 24 saatlik muamelenin 48 saatlik muameleden genotoksisite ve sitotoksisite açısından daha etkili olduğu anlaşılmıştır. MN sayısının, KA bulgusuyla tutarlı çıkması test maddelerinin klastojenik potansiyeli hakkında da fikir vermektedir. Kısmende olsa D085 baz değişimi mutasyonunu, D085-K ise çerçeve kayması mutasyonunu uyarmıştır. Sitotoksisitenin göstergesi olarak MI ve NBI verilerine göre genel anlamda yüksek konsantrasyonlar sitotoksik etkili bulunmuştur.
Dilek yarımadası ve Büyük Menderes deltası Milli Parkı'nda bulunan Raphignathoidea (Acari:Prostigmata) üst familyasına ait taksonların sistematik yönden incelenmesi
Bu çalışmada, Aydın İli, Dilek Yarımadası ve Büyük Menderes Deltası Milli Parkı'nda bulunan Raphignathoidea (Acari: Prostigmata) üst familyasından 5 familyaya ait 26 tür tespit edilmiştir. Bu türler: Caligonella humulis, Molothrognathus kamili, Neognathus ozkani, Neophyllobius izmirensis, Neophyllbius karabagiensis, Neophyllobius lachishensis, Neophyllbius populus, Neophyllbius yunusi, Tycherobius izmirensis, Favognathus amygdalus, Favognathus cucurbita, Favognathus izmirensis, Favognathus kamili, Raphignathus giselae, Raphignathus hecmatanaensis, Raphignathus protaspus, Raphignathus ueckermanni, Raphignathus zhaoi, Eustigmaeus anauniensis, Eustigmaeus ioanniensis, Eustigmaeus sculptus, Eustigmaeus segnis, Ledermuelleriopsis plumosa, Stigmaeus dazkirensis, Storchia robustus, Zetzellia kamili'dir. Eustigmaeus ioanniensis türünün erkeği Türkiye faunası için yeni kayıt verilmiştir. Teşhis edilen bu türlerin örneklerimiz üzerinden şekilleri çizilmiş, çeşitli organlarının ölçümleri yapılmış, tanımları gözden geçirilmiş, dünyadaki yayılışları verilmiş ve tür teşhis anahtarları düzenlenmiştir.
Çeşitli substratlardan proteolitik Bacillus cinsi üyelerinin izolasyonu, karakterizasyonu ve alkali proteaz aktivitelerinin belirlenmesi
Bu çalışmada alkali proteaz üreten bakterilerin izolasyonu gerçekleştirilmiş ve bu enzimce en aktif (ekonomik açıdan değerli) suşlarının elde edilmesi amaçlanmıştır. İzmir, Manisa ve Aydın illerindeki (14 farklı istasyondan) toprak örnekleri alınmıştır. İzolasyonda dilüsyon ve petri plaka yöntemleri kullanılmıştır. Kazein hidroliz zonlarına göre seçilen izolatlara biyokimyasal testler ve bazılarına APİ testleri uygulanmıştır. Bacillus cinsine ait olduğu öngörülen 2 izolat (S9-UKM ve S11-UKM) seçilmiş ve enzim aktivitesinin belirlenmesinde spektrofotometrik yöntem uygulanmıştır. Bu uygulama esnasında inkübasyon süresi, ortam sıcaklığı ve ortam pH'ı değiştirilmiş, farklı karbon ve farklı azot kaynakları denenmiştir. S9-UKM İzolatı için en yüksek proteaz aktivitesi 3'ncü günün sonunda 300C'de, pH 8.0'de, karbon kaynağı fruktoz ve azot kaynağı olarak ise skim milk kullanıldığında elde edilmiştir. S11-UKM izolatı ise en yüksek proteaz aktivitesini 3'ncü günün sonunda, 330C'de pH 7.2'de, karbon kaynağı olarak maltoz, azot kaynağı olarak ise maya ekstresi kullanıldığında elde edilmiştir. Proteazların kullanım alanları geçmişten günümüze oldukça gelişme göstermiştir. Hemen hemen her alanda sıklıkla kullanılmakta olup ve gelecekte de önemleri daha da artacaktır. Elde edilen bulgular sonucunda aynı cinse ait bakterilerde üretilen alkali proteaz üretim parametrelerinde farklılıkların bulunabileceğini gösterilmiştir. Bu tip çalışmalarla en uygun üretici organizmanın tespit edilmesinin önemi ortaya konmuştur.
Skuamoz hücreli deri kanserinde vitamin D reseptörünün, kalsiyuma duyarlı reseptörün ve β-kateninin protein düzeyinde araştırılması
Skuamöz hücreli deri kanseri (SHK), melanom dışı deri kanserleri arasında görülme sıklığı artan, epidermisden köken alan malign, invaziv bir tümördür. Bu tümörler güneşten zarar görmüş ciltteki keratinositlerin prolifrerasyonu ve farklılaşmasının bozulması sonucu oluşmaktadır. Keratinosit proliferasyonu ve farklılaşması vitamin D, Wnt/β-katenin sinyal yolunun dahil olduğu birkaç faktör tarafından düzenlenmektedir. Bu çalışmada vitamin D reseptörü (VDR), kalsiyuma duyarlı reseptör (CaSR) ve β-katenin (CTNNB1) protein seviyelerinin skuamoz hücreli deri kanseri üzerinde etkisinin olup olmadığının belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla hasta ve kontrol grubu doku örneklerindeki VDR, CaSR ve β-katenin protein seviyeleri immünohistokimya (IHC), floresan-immunohistokimya (FIHC) ve western blot (WB) yöntemi ile analiz edilmiştir. Hasta ve kontrol grubunda VDR ve β-katenin protein ekspresyonları arasında Bağımsız Örnekleme T Testine göre istatistiksel olarak anlamlı fark (sırasıyla; p=0,006, p=0,012) olduğu, CaSR için ise anlamlı fark (p=0,326) olmadığı belirlenmiştir. İmmünohistokimya çalışmasından elde edilen bulguların Tek Yönlü ANOVA Testine göre analizleri şu şekildedir. Hasta dokuları kendi içinde değerlendirildiğinde VDR ve β-katenin ekspresyon oranları arasında anlamlı bir farklılık görülmemiştir (p=0,980). Hasta örneklerindeki VDR ekspresyon oranları ile kontrol VDR, kontrol CaSR, kontrol β-katenin ve hasta CaSR oranları karşılaştırıldığında aralarındaki farkın (sırasıyla; p=0,016, p=0,002, p=0,005, p=0,003) anlamlı olduğu bulunmuştur. β-kateninin hasta grubundaki ekspresyonu ile kontrol VDR, kontrol CaSR, kontrol β-katenin ve hasta CaSR oranları arasındaki farkın (sırasıyla; p=0,003, p=0,0001, p=0,001, p=0,001) anlamlı olduğu belirlenmiştir. IHC yöntemi ile elde edilen VDR ve β-katenin ekspresyon oranları WB sonuçları ile desteklenebilirken, CaSR için WB bantları gösterilememiştir. Elde edilen bulgular, SHK'de VDR ve β-kateninin ekspresyon oranlarının hastalık üzerinde etkilerinin olabileceğini düşündürmektedir.
Prıon proteın anlatımı baskılanmış ilaca dirençli H69 hücre hattında hücre ölüm tiplerinin araştırılması
Prion (PrP) çok çeşitli hücre tiplerinde eksprese olan ve hücre sinyallemesi, farklılaşma ve programlanmış hücre ölümü gibi çok sayıda hücresel olayda rol alan, oldukça korunmuş bir hücre yüzey glikoproteinidir. Birçok önemli çalışma PrP'nin tümör biyolojisindeki rolünü araştırmış olsa da kanserde bu proteinin biyolojik aktivitesi ile ilişkili mekanizmalar büyük ölçüde keşfedilmemiştir. Son bulgular PrP'nin metastazı ve çoklu ilaca direnci (MDR) ilerlettiğini öne sürmektedir. Bununla birlikte, kanserde PrP ile ilişkili MDR'nin altında yatan mekanizma tam olarak anlaşılamamıştır. Bu çalışmada iki hipotetik soru üzerine odaklandık: ilk olarak PrP'nin RNA interference ile baskılanmasının ilaca dirençli kanser hücrelerinin yaşamı ya da ölümü üzerine olası etkisi nedir? İkinci nokta, "siRNA transfeksiyonu sonrasında hangi tip hücre ölümü görülebilir" sorusudur. Bu sorulara açıklık getirmek için doksorubisine dirençli küçük hücreli akciğer kanseri hücre hattı H69AR'de siRNA ile PrP baskılanmasını içeren bir deneysel bir dizayn oluşturduk. PrP, CD44, Beclin-1 ve Bax moleküllerinin ekspresyon düzeylerini, uygulama yapılmamış grup [Dokso (-); Grup 1], doksorubisinin %50 azalmaya neden olan inhibitör konsantrasyonu (IC50) ile muamele edilen grup [Dokso (+); Grup 2], PrP'yi hedefleyen siRNA ile transfekte edilen grup [siRNA/Dokso (-); Grup 3] ve son olarak siRNA ile transfekte ve doksorubisin IC50 dozu ile muamele edilen grup [siRNA/Dokso (+); Grup 4] şeklinde oluşturulmuş deney gruplarında immunositokimya ile araştırdık. Ayrıca, otofojiyi monodansilkadaverin ile monitorize ettik. Immunositokimyasal analizler ile PrP ve Bax düzeylerinin doksorubisin uygulamasıyla artış gösterdiğini, bununla birlikte Grup 3 ve 4'de Bax düzeyinin dokrorubisin uygulanmış gruba göre hafifçe azaldığını ortaya koydu (p> 0.05). CD44 ekspresyon düzeylerinin gruplar arasında önemli bir değişiklik olmadığı görüldü. Bu sonuç, CD44 ekspresyonunun H69AR hücrelerde PrP- ve doksorubisin-bağımsız olarak gerçekleştiğini düşündürmüştür. Beclin-1 ekspresyonunun, doksorubisin uygulama grubunda (Grup 2) (p< 0.05), siRNA transfeksiyon grubunda (Grup 3) ve siRNA transfeksiyon + doksorubisin ugyulama grubunda (Grup 4) (p< 0.05) artış göstermesi ilginçtir. Bu gruplarda monodansilkadaverin boyaması ile görülen otofajik vakuol artışı bu bulguyu kısmen destekleyebilir. Bu sonuçlar göz önüne alındığında PrP'nin kemoterapiye dirençte önemli bir rolü olduğunu ve bu proteinin baskılanmasının H69AR hücrelerde bir hücre ölüm mekanizmasını, apoptozisten çok otofajiyi, indüklediği sonucuna vardık. Sonuç olarak, PrP'nin downregülasyonu kemoterapötiklerle kombine edildiğinde yeni bir anti-kanser stratejisi gibi durmaktadır.
Ticari yoğurt örneklerinden izole edilen laktik asit bakterilerinin antimikrobiyal etkilerinin belirlenmesi
Laktik asit bakterilerinin antimikrobiyal etkileri birçok bilim insanının ilgisini çekmektedir. Laktik asit bakterileri; bakteriyosin, hidrojen peroksit, organik asit, reuterin, karbondioksit, alkol vb. ürünler oluşturmaktadırlar. Bu ürünler bazı bakteri ve funguslara karşı etkili olmaktadır. Belirli oranlarda bu mikroorganizmaların yaşam standartlarını değiştirdiği ve hatta yaşamlarının son bulduğu bilinmektedir. Laktik asit bakterilerinden elde edilen ürünler aynı zamanda biyokoruyucu olarak da görev yapmaktadırlar. Bunlardan biri de bakteriyosindir ve adına yapılan birçok çalışma mevcuttur. Laktik asit bakterileri tarafından üretilen antimikrobiyal proteinler içerisinde en çok bilinen ve karakterize edilen bakteriyosin olan nisin (E234), Lactococcus lactis tarafından üretilir ve şimdiye kadar gıdalarda biyo-koruyucu olarak kullanılan tek lisanslı bakteriyosin olup, Clostridium sporogenes üzerine engelleyici etkiye sahiptir. Bu çalışmada, ticari olarak satışa sunulan bir yoğurt örneği, bir kefir örneği, bir probiyotik bakteri kaynağı ve Saccharomyces boulardii'nin gelişim sıvılarının antimikrobiyal özellik içerip içermediği analiz edilmiştir. Çalışma sonunda yoğurt ve kefir içinde yer alan laktik asit bakterileri ile probiyotik özellikteki bakterilerin S. aureus, P. aeruginosa ve C. kruseii üzerinde farklı düzeylerde antimikrobiyal etkiye sahip oldukları belirlenmiştir. S. aureus üzerinde 38.0 ve 37.0 mm değerinde zon çapları elde edilmiştir. C. kruseii üzerinde 20.0, 22,6 ve 31.5 mm zon değerleri belirlenmiştir. P. aeruginosa için ise elde edilen zon çapı 18.3 mm'dir. Çalışmamız ile laktik asit bakterisi içeren kaynakların sahip oldukları antimikrobiyal özellikleri sayesinde insan yaşamı için önemli gıdalar oldukları sonucuna ulaşılmıştır.
Farklı kaynaklardan izole edilen laktik asit bakterilerinin antimikrobiyal etkilerinin belirlenmesi
Laktik asit bakterilerinin antimikrobiyal etkileri birçok bilim insanının ilgisini çekmektedir. Laktik asit bakterileri; bakteriyosin, hidrojen peroksit, organik asit, reuterin, karbondioksit, alkol vb. ürünler oluşturmaktadırlar. Bu ürünler bazı bakteri ve funguslara karşı etkili olmaktadır. Belirli oranlarda bu mikroorganizmaların yaşam standartlarını değiştirdiği ve hatta yaşamlarının son bulduğu bilinmektedir. Laktik asit bakterilerinden elde edilen ürünler aynı zamanda biyokoruyucu olarak da görev yapmaktadırlar. Bunlardan biri de bakteriyosindir ve adına yapılan birçok çalışma mevcuttur. Laktik asit bakterileri tarafından üretilen antimikrobiyal proteinler içerisinde en çok bilinen ve karakterize edilen bakteriyosin olan nisin (E234), Lactococcus lactis tarafından üretilir ve şimdiye kadar gıdalarda biyo-koruyucu olarak kullanılan tek lisanslı bakteriyosin olup, Clostridium sporogenes üzerine engelleyici etkiye sahiptir. Bu çalışmada, ticari olarak satışa sunulan bir yoğurt örneği, bir kefir örneği, bir probiyotik bakteri kaynağı ve Saccharomyces boulardii'nin gelişim sıvılarının antimikrobiyal özellik içerip içermediği analiz edilmiştir. Çalışma sonunda yoğurt ve kefir içinde yer alan laktik asit bakterileri ile probiyotik özellikteki bakterilerin S. aureus, P. aeruginosa ve C. kruseii üzerinde farklı düzeylerde antimikrobiyal etkiye sahip oldukları belirlenmiştir. S. aureus üzerinde 38.0 ve 37.0 mm değerinde zon çapları elde edilmiştir. C. kruseii üzerinde 20.0, 22,6 ve 31.5 mm zon değerleri belirlenmiştir. P. aeruginosa için ise elde edilen zon çapı 18.3 mm'dir. Çalışmamız ile laktik asit bakterisi içeren kaynakların sahip oldukları antimikrobiyal özellikleri sayesinde insan yaşamı için önemli gıdalar oldukları sonucuna ulaşılmıştır.
Su ve toprak örneklerinden biyoteknolojik potansiyele sahip bdellovibrio ve benzeri organizmaların izolasyonu ve filogenetik olarak tanımlanması
BALO (Bdellovibrio ve benzeri organizmalar) genellikle gram negatif ve bazı durumlarda gram pozitif bakterileri avlayarak hayatta kalabilen zorunlu predatörlerdir. Bu predatör mikroorganizmalar, her konak bakteriyi başarılı şekilde avlayamadıkları için, habitatlarından alınan örneklerden yapılan izolasyonlarda tüm popülasyon üyeleri belirlenememektedir. Ancak farklı ortamlarda birçok patojen bakteriye karşı predasyon sergiledikleri bilinmektedir. Bu çalışma, BALO'ın su ve toprak numunelerinden izolasyonunu ve tanımlanmasını kapsamaktadır. Belli zaman aralıklarında topraktan ve Manisa Saruhanlı Atık Su Arıtım Tesisinin farklı kısımlarından (ön çökeltim çıkış suyu, atık su arıtma tesisi giriş suyu ve geri devir pompa suyu) atık su örneklemeleri yapılarak, bu örneklerden diferansiyel santrifüjleme ve filtrasyon işlemlerinin uygulanması ile çift katmanlı agar plaka yöntemiyle BALO izolasyonları gerçekleştirilmiştir. Toprak numunelerinden yapılan tüm izolasyonlarda predatör bakteri varlığı tespit edilememiştir. İzolasyonlar için kullanılan 8 farklı konak bakteriler; E.coli ML35, E.coli S17, E.coli ATCC 29998, E.coli DH5α, E.coli Stbl3, Pseudomonas aureginosa, Pseudomonas syringae pv. morsprunorum ve Erwinia amylovora olup, en verimli litik plak oluşumu E.coli ML35'e karşı gözlemlenmiştir (Pseudomonas aureginosa hariç). Seyreltme plaka yöntemiyle mevsimsel olarak litik plakların sayısının, sırasıyla en çok yazın (4.5x103 pfu/mL), en az ise kışın (1.4x102 pfu/mL) oluştuğu tespit edilmiştir. Ayrıca, E.coli ML35'e karşı litik plak oluşturan predatör bakterilerin diğer konak bakterilerle ilişkisi belirlenmiştir. Katı ve sıvı ortamda yapılan denemelerde predatör bakteri üyeleri (Bdellovibrio sp., Bacteriovorax sp., ve Peredibacter sp.)'nden sadece Bdellovibrio sp. ve Bdellovibrio bacteriovorus bazı konak bakterilere karşı litik plak oluşturabilmiştir. Aynı zamanda predatör bakteri-konak ilişkisi taramalı elektron mikroskobu (SEM) ile görüntülenerek doğrulanmıştır. Farklı litik plaklardan alınan örneklerden predatör bakterilerin DNA izolasyonu gerçekleştirilmiş, spesifik 4 farklı primer seti (BbsF216, BbsR707, Bac676F, Bac1442R, Per676F, Per1443R, Mic431F, Mic996R) kullanarak PCR ile 16S rRNA ürünleri elde edilmiştir. PCR ürünlerinin sekans analizleri yapıldıktan ve elde edilen verilerin düzenlenmesinden sonra gen bankasındaki verilerle karşılaştırılması gerçekleştirilmiştir. Toplamda 25 predatör bakterinin sekans verilerinin karşılaştırılmasıyla, %56'sının Peredibacter sp., %28'inin Bdellovibrio bacterivorus, %8'inin Bdellovibrio sp. ve %8'i ise Bacteriovorax sp. olarak tanımlanmış ve filogenetik dendogramları oluşturulmuştur. Sonuç olarak BALO izolasyonu ve tanımlanmasıyla ülkemizin predatör bakteri çeşitliliğine katkıda bulunulmuştur. Bu predatör bakterilerin ilerde yapılacak olan farklı biyoteknolojik araştırmalarda ve özellikle de patojen bakterilerin biyokontrolünde kullanılabileceği varsayılmaktadır.
Erdek ve çevresi denizel Cladophorales (Chlorophyta = Yeşil algler) türleri
Bu çalışmada, Erdek ve çevresinde (Marmara Denizi, Türkiye) yayılış gösteren denizel yeşil alg ordosu Cladophorales türlerinin taksonomik, morfolojik ve ekolojik özellikleri çalışılmıştır. Örneklemeler Mayıs 2015-Kasım 2016 tarihleri arasında mevsimsel olarak 3 istasyondan gerçekleştirilmiştir. Örnekleme üst infralittoral bölgeden doğrudan elle ya da maske ve şnorkel ile yapılmıştır. Toplanan örnekler %2-5 formaldehit ve deniz suyu içerisinde muhafaza edilmiştir. İstasyonların fiziko-kimyasal değişkenleri (pH, sıcaklık, tuzluluk, iletkenlik, çözünmüş oksijen, turbitide), fosfat ve amonyumu da ölçülmüştür. Erdek ve çevresinde Cladophorales ordosuna ait toplam 17 tür (2 Chaetomorpha, 13 Cladophora, 2 Lychaete) tespit edilmiştir. Cladophora liniformis ve Cladophora vadorum türleri Marmara Denizi'nden Türkiye için ilk kez rapor edilmiştir. Çalışma yapılan Narlı ve Edincik istasyonlarında karasal baskının etkisiyle Cladophora türlerinin yaz mevsiminde aşırı çoğalma gösterdiği gözlenmiştir.
Ayvalık tuzlası (Balıkesir)'ndan halofilik bakterilerin izolasyonu ve biyoteknolojik enzim potansiyellerinin araştırılması
Yüksek tuz konsantrasyonlarında (%10 ve üzeri) optimum büyüyebilen mikroorganizmalar, halofiller grubuna girmektedir. Halofiller, yaşamın ana domainleri Arkea ve Bakterileri de kapsayan, yüksek tuzlu koşullarda hayatta kalma kabiliyetine sahip çeşitli mikroorganizmaları içerir. Halofillerin bazı önemli biyoteknolojik ve ekolojik özellikleri, halofilik biyolojiyi daha derinden incelemek için bilim adamlarının dikkatini çekmektedir. Bu çalışma, bazı biyoteknolojik açıdan önemli enzimlere odaklanarak Ayvalık Tuzlasından halofilik bakterilerin izolasyonunu ve tanımlanmasını kapsamaktadır. Farklı zaman aralıklarında Ayvalık tuzlasından su ve sediment örneklemeleri yapılarak çeşitli ortamlarda kültüre edilebilir halofilik bakteri izolasyonları gerçekleştirilmiştir. Tuzlu su numunelerinin iyon kromatografisi ile bazı iyonları (Florür, klorür, nitrit, bromür, sülfat vb.) ve ICP-OES metal analizi ile bazı metalleri (Na, Ca, Mg, Cd, Cu, Fe, Mn vb.) belirlenerek halofilik bakterilerin sayısı ve tipleri arasında ilişki olup olmadığı tespit edilmeye çalışılmıştır. İzolasyonlar sonucunda tuzladan alınan su örneklerinde yaklaşık olarak 1.2 x 103 kob/mL kültüre edilebilir halofilik bakteri tespit edilmiştir. İzole edilen mikroorganizmaları temsilen 55 farklı Halofilik bakteri seçilerek hem katı hem de sıvı ortamda farklı enzimleri (Ksilanaz, amilaz, selülaz, pektinaz, proteaz ve lipaz) üretim kabiliyetleri belirlenmiştir. Katı ortamda yapılan testler 55 halofilik bakterinin 34 tanesinin araştırılan enzimlerden en az birini üretme kapasitesine sahip olduğunu 14 bakterinin ise yüksek miktarlarda enzim ürettiğini göstermiştir. Seçilen halofilik bakterilerin sıvı besiyerleriyle yapılan fermentasyonları sonucunda elde edilen enzim üretimleri ksilanaz için 2-21.9, selülaz için 2.2-22.2, amilaz için 2.4-18.2 ve pektinaz için 1.2-9.8 U/mL arasında farklılık göstermektedir. Üretilen enzimlerin ısıya karşı toleransları 40 oC civarında olmasına karşın yüksek (alkali) pH'larda aktiviteleri çok daha stabil ve yüksek bulunmuştur. Seçilen 14 farklı bakterinin 11'i morfolojik, kültürel karakteristikleri ve 16S rRNA sekans verileri aracılığıyla tanımlanmışlardır. Belirlenen türler sırasıyla, Halobacillus karajensis, Halobacillus alkaliphilus, Salegentibacter salarius, Halomonas alimentaria, Halomonas denitrificans, Actinopolyspora erythraea, Chromohalobacter beijerinckii, Marinobacter algicola'dır. Ayrıca enzim ürettiği belirlenen 3 halofilik bakteri ise cins bazında (2 adet Haloferax sp. ve 1 adet Saccharopolyspora sp.) tespit edilebilmiştir. Çalışmada tanımlanan Halofilik bakterilerin literatürde yer alan bazı halofilik bakterilerden çok daha yüksek miktarlarda farklı enzimleri üretebildikleri belirlenmiştir. Ancak daha sonraki çalışmalarda enzim üretimi optimizasyonu, saflaştırılması gibi bazı ileri testlerin tamamlanması ve bu enzimlerin biyoteknolojik olarak farklı alanlarda kullanılabilirliğinin belirlenmesi önem arz etmektedir.
İzmir körfezinde yaşayan midye (Mytilus galloprovincialis Lamark, 1819) türünde kirliliğin immün sistem hücrelerine etkileri
İzmir körfezi antropojenik kaynaklı pek çok toksik madde tarafından kirletilmektedir. Bunun sonucunda toksik eşik maruziyet seviyesi oluşmakta ve bölgede yaşayan türler bu toksik etkiden etkilenmektedir. Bu çalışmada İzmir Körfezi'nde kirleticilere maruz kalan midyelerde (Mytilus galloprovincialis) biyolojik zararı açıklamak amacıyla İzmir Körfezi'nde seçilen (Göztepe, Konak Alsancak, Pasaport, Bostanlı, Karşıyaka ve Foça) istasyonlarından alınan midye örneklerinin hemolenflerinde total hemosit sayısı, diferansiyel hemosit sayımları ve mikronukleus testi biyobelirteçlerini kullanarak gerçekleştirdik. Yapılan mikroskobik incelemeler sonucunda total hemosit saysı differansiyel hemosit sayısı, nüklear anomaliler ve mikronukleus frekasında istatististiksel açıdan önemli farklılıklar gözlenmiştir. En yüksek toplam hemosit sayısı Bostanlı istasyonunda,en düşük Pasaport istasyonunda olduğu gözlemlenmiştir. Differansiyel hemosit sayısı alt populasyonlarında da istasyonlara göre farklılıklar gözlenmiştir. Agranülosit hemosit sayısı en yüksek Foça istayonunda en düşük Bostanlı istasyonunda, bazofilik hemosit sayısı en yüksek Bostanlı istasyonunda en düşük Foça istasyonunda ve eozinofilik hemosit sayısı en yüksek Pasaport istasyonunda en düşük Foça istayonunda olduğu saptanmıştır. MN, BN ve NB frekansları, en yüksek Bostanlı istasyonunda en düşük Foça istasyonunda olduğu saptanmıştır. Bununla birlikte hücre nukleusları hücre merkezinde uzaklaşmış durumda ve hücrelerin sitoplazmik çıkıntılarının yok olduğu bunun sonucunda da hücrelerin yuvaklaştığı gözlemlenmiştir. Sonuç olarak total hemosit sayısı, differansiyel hemosit sayısı ve MN testi biyomarkerlarının biyolojik gözlem ve inceleme çalışmalarında kullanılabilirliği belirlenmiştir.
PrPC anlatımları susturulmuş H69 ve H69AR hücre hatlarında hücre ölüm belirteçlerinin qRT-PCR yöntemiyle araştırılması
Hücresel Prion proteini (PrPC), embriyogenezin erken safhalarında ifade edilmeye başlanan bir hücre yüzey proteindir. Merkezi sinir sistemi hücreleri ve lenfoid dokularda en çok ifade edilen bu protein birçok rolde görev almasına rağmen birçok işlevi henüz tam olarak aydınlatılamamıştır. Diğer yandan, yapılan çalışmalar PrPC'nin kanser hücrelerinde de yüksek seviyede ifade edildiğini göstermekte, sağ kalım ve çoklu ilaca dirençlilik (MDR) mekanizmalarında rol aldığı öne sürülmektedir. PrPC, kanser hücrelerinde gösterdiği işlevler nedeniyle ilgi odağı olmuş ve programlı hücre ölümü ve çoklu ilaca direnç mekanizmalarındaki rolü nedeniyle yeni tedavi yaklaşımları için potansiyel bir hedef haline gelmiştir. Bu çalışmanın amacı, küçük hücreli akciğer kanseri (KHAK) hücre hatlarında (H69) ve bunun ilaca dirençli formunda (H69AR) PrPC ifadelenmesi ile programlanmış hücre ölümü arasındaki ilişkileri belirlemektir. Bu çalışmada, PrPC'nin programlanmış hücre ölümü ve çoklu ilaca direnç mekanizmaları üzerindeki rollerini belirlemek amacıyla her iki hücre hattından kontrol grubu, PrPC siRNA uygulanmış grup, Doksorubisin uygulanmış grup ve PrPC siRNA+Doksorubisin uygulanmış grup olmak üzere dört grup oluşturulmuş ve Prnp, Bax, Becn1, CD44 genlerinin ekspresyon düzeyleri qRT-PCR (kantitatif Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu) yöntemi ile araştırılmıştır. H69 hücre hattında PrP'nin siRNA ile baskılanması sonucunda CD44 ifadelenme düzeylerinde artış olduğu gözlenmiştir (p<0,05). H69AR hücre hattında ise PrPC baskılanması sonucu Becn1 ve CD44 ifadelenme düzeylerinde gözlenen artışın yanı sıra Doksorubisin uygulanmış grupta Prnp ifadelenmesi de önemli derecede artmıştır (p<0,05). Ancak, PrPC siRNA ve PrPC siRNA+Doksorubisin gruplarının Prnp düzeylerinde anlamlı bir değişim belirlenmemiştir (p>0,05). Elde ettiğimiz bulgular ile, Prnp ifadelenmesinin H69 hücre hattında CD44 ile ilişki halinde olduğunu ve H69AR hücre hattında otofaji ve ilaç dirençliliği ile önemli ölçüde yakından ilişkili olduğu sonucuna vardık. Sonuç olarak, MDR fenotipli küçük hücreli akciğer kanserlerinin tedavisinde, PrPC'nin baskılanması ile eş zamanlı uygulanan kemoterapinin etkin bir tedavi yöntemi olacağı kanısındayız.
Kuzey Ege Denizi ve Akdeniz Bölgesi yüzey sedimentinde dinoflagellat kist topluluğu dağılımının araştırılması
Dinoflagellatlar denizel fitoplankton arasında yaygın olarak bilinen çok sayıda türle ifade edilen bir sınıftır. Bazı dinoflagellatlar yaşamlarının belli bir bölümünü zor çevre koşullarına uyum sağlayabilmek için kalıcı kist yani eşeyli üreme sonrasında oluşan hareketsiz zigot formunda geçirirler. Dinoflagellatlar okyanus ve denizlerdeki sıcaklık, tuzluluk, besleyici elementler gibi değişken çevresel faktörlere duyarlıdır. Kistlerin sediman tabakaları arasında bulunması, jeolojik devirler arasında meydana gelen iklim değişikliklerinin saptanmasında kullanılmaktadır. Aynı zamanda değişen ortam koşullarında biyoindikatör olarak kistler dikkat çekmektedir. Bu yüzden deniz kirliliği, su kalitesi ve ötrofikasyon için de belirleyicidirler. Yapmış olduğumuz bu çalışmada Kuzey Ege Denizi ve Akdeniz bölgesinde kist topluluğunun dağılımını ve bolluğunu belirlemek amacıyla seçilen 8 istasyondan 2015 yılı yaz mevsiminde örnekleme yapılmıştır. Yapılan analizler sonucunda 24 dinoflagellat kist tipi tanımlanmış (1 kist tipi literatürde daha önce tanımlanmamış), ve toplam kist konsantrasyonu 14-354 kist/g-1 kuru ağırlık sediment olarak kaydedilmiştir. Çalışma alanlarının tür konsantrasyonlarına bakıldığında Alexandrium affine tip, A. catanella/tamarense kompleksi, A. minutum, Lingulodinium machaerophorum ve Spiniferites bulloideus türlerinin kist konsantrasyonu bakımından diğer türlerden baskın olduğu görülmektedir. Kuzey Ege ve Akdeniz'de olası toksik dinoflagellat kist türleri Alexandrium affine tip, A. catanella/tamarense kompleksi, A. minutum, Cochlodinium sp., Lingulodinium machaerophorum, Operculodinium centrocarpum olarak belirlenmiştir. Ayrıca bu çalışmada dinoflagellat kisti olan Cochlodinium sp. Kuzey Ege ve Akdeniz kıyı suları için, Protoperidinium parthenopes dinoflagellat kisti de Türkiye kıyı suları için ilk kez tespit edilmiştir. Bu çalışma sonucunda Kuzey Ege ve Akdeniz Bölgesi'ndeki daha önce araştırma yapılmamış alanların dağılım haritalarının çıkarılmasıyla gelecek aşırı çoğalma olayları önceden tahmin edebilecek ve potansiyel toksik dinoflagellat kistlerinin artışına bağlı olarak su ürünleri yetiştiriciliği ve balıkçılık alanlarının sağlıklı kullanılabilmesine fayda sağlayacaktır.
ATP-biyolüminesans yöntemiyle pastörize sütlerin mikrobiyal kalitesinin belirlenmesi
Pastörize sütlerin tüketimden önce mikrobiyolojik kalitesinin belirlenmesi önemli bir adımdır. Günümüzde pastörize sütlerin mikrobiyal kalitesinin belirlenmesinde zahmetli ve uzun zaman alan kültür temelli, örneklemeden sonra 1-3 gün arasında sonuç alınabilen standart metotlar kullanılmaktadır. ATP biyolüminesans tekniği, pastörize süt kalitesinin belirlenmesinde yeni bir teknolojidir. Bu çalışma, pastörize sütlerin kalite kontrollerinin ATP biyolüminesans yöntemiyle yapılması, kültürel yöntemler ile korelasyonunun belirlenmesi ve nihayetinde seçilen mikroorganizmaların biyokimyasal ve moleküler olarak tanımlanmasını kapsamaktadır. Pastörize süt örnekleri, Manisa ili yerel marketlerinden belli zaman aralıklarında örnekleme planı yapılarak uygun miktarlarda temin edilmiş ve kültürel yöntemlerle mikrobiyolojik analize alınmıştır. Mikrobiyolojik sayımlar sonucunda toplam aerobik mikroorganizma 105 kob/mL'lik pastörize süt bozulma sınırının altında bulunmuştur. Enterobacteriaceae, test edilen numunelerin %34 (n=17)'ünde belirlenmiş olup 104 kob/mL'nin altında kalmıştır, bütün süt örnekleri koliform açısından negatif sonuç vermiştir. Aerobik bakteriyel spor varlığı 33 (%66) örnekte tespit edilmiş; en düşük ve en yüksek olarak sırasıyla 1.0 x 101 ve 7.6 x 102 kob/mL olarak hesaplanmıştır. Termodurik mikroorganizma sadece 2 (%4) örnekte belirlenmiş olup en yüksek 2.0 x 102 kob/mL'dir. Petrifilm hazır kültürel besiyerlerine yapılan ekimler sonucu toplam aerobik mikroorganizma sayısı, 1.0 x 101 ila 1.1 x 103 kob/mL arasında değişen ortalama değerler göstermiştir. Enterobacteriaceae 34 örneğin 2 (%6)'sinde en yüksek 1.2 x 102 kob/mL olarak sayım limitinin altında bulunmuştur. Bununla birlikte, analize alınan örneklerin 1 (%3)'inde tipik E. coli tespit edilmiştir. Örneklerin hiç birinde maya/küf belirlenmemiştir. ATP biyolüminesans tekniği ile analize alınan 50 farklı pastörize süt örneğinin ölçüm değerleri 46-9858 RLU arasında değişmektedir. Elde edilen standart değerlerimizle ATP biyolüminesans ölçüm değerlerini karşılaştırdığımızda pastörize süt örneğinin 4 (%8)'ünün kalitesinin kötü, 5 (%10)'nin şüpheli ve diğer geri kalanların kaliteli (%82) olduğu sonucuna varılmıştır. Ancak pastörize sütlerin farklı selektif besiyerleri ve petrifilm kültürleri ile elde edilen koloni sayımları ile ATP biyolüminesans ölçüm değerleri arasında korelasyon zayıf bulunmuştur. Kültürel yöntemlerle izolasyonlar sonucu seçilen 11 farklı bakteri morfolojik, kültürel karakteristikleri, biyokimyasal testler ve 16S rRNA sekans verileri aracılığıyla tanımlanmışlardır. Belirlenen türler sırasıyla, Acinetobacter lwoffii, Acinetobacter johnsonii (2 izolat), Acinetobacter junii (2 izolat), Escherichia coli, Aeromonas media (2 izolat) ve Aeromonas hydrophila,'dır. Ayrıca 2 bakteri ise cins bazında Escherichia sp. ve Acinetobacter sp. olarak tanımlanmıştır. Pastörize süt örneklerinden izole edilen ve tanımlanan bu bakteri türleri fırsatçı patojenlerdir. Kültürel çalışmalar ve ATP yöntemi bulgularının topluca değerlendirilmesi ve nihai olarak fırsatçı patojenlerin tanımlanması ile 8 (%16) adet pastörize sütün kalitesinin standartlara uygun olmadığı sonucuna varılmıştır. Araştırma bulgularına göre, ATP biyolüminesans yöntemi ile pastörize sütlerin mikrobiyal yükünün belirlenmesinin mümkün olabileceği ancak patojenlerin tespiti için kültürel ve ileri testlerin yapılmasının zaruri olduğu sonucuna ulaşılmıştır.
Ege denizi makrofit biyotik indeks ile su kalitesi
Ekolojik Değerlendirme İndeksi (EEI) kıyı ve geçiş sularının ekolojik durumlarının değerlendirilmesi için kullanılmaktadır. İndeks Akdeniz Coğrafik İnterkalibrasyon Grubu tarafından interkalibre olan makrofitlere (makroalg ve deniz çayırları) dayalı bir indekstir. Bu çalışmada Ekolojik Değerlendirme İndeksi kullanılarak Ege Denizi kıyılarının ekolojik durumu belirlenmiştir. Örneklemeler 2017 yılı Ağustos ayında 13 istasyonda [Saros Körfezi, Yeniköy, Ayvalık, Çandarlı, Bostanlı, Urla, Ildır Körfezi, Küçük Menderes, Didim, Güllük, Bodrum, Akyaka, Datça] gerçekleştirilmiştir. Makrofit örneklemesi üst infralittoral bölgeden 20x20cm'lik (400cm2) kuadrat ile yapılmıştır. Fizikokimyasal parametreler [pH, sıcaklık (°C), oksijen (mg/L), turbidite (mg/L), iletkenlik (μS), tuzluluk (‰), fosfat (mg/L), amonyum azotu (mg/L)] ölçülmüştür. Ekolojik Değerlendirme İndeksi'ne göre makrofit örnekleri iki ekolojik durum grubuna (ESG I ve ESG II) ayrılmıştır. ESG I ve ESG II mutlak bolluğu, makrofit örneklerinin ortalama yüzde örtü değeri ve EEI değerleri hesaplanmıştır. Ekolojik Değerlendirme İndeksi değerleri Avrupa Birliği Su Çerçeve Direktifi'nin belirttiği 0 ile 1 arasındaki ekolojik kalite oranına dönüştürülmüştür. Her bir çalışma alanı beş ekolojik durum içinde sınıflandırılmıştır. Çalışma sonucunda on istasyon [Saros Körfezi (1 EEIeko), Yeniköy (0.74 EEIeko), Ayvalık (0.98 EEIeko), Çandarlı (0.77 EEIeko), Urla (0.81 EEIeko), Ildır Körfezi (0.76 EEIeko), Didim (0.86 EEIeko), Bodrum (0.84 EEIeko), Datça (0.97 EEIeko), Güllük (0.72 EEIeko)] "Çok İyi", iki istasyon [Küçük Menderes (0.57 EEIeko), ve Akyaka (0.58 EEIeko)] "İyi" ve Bostanlı istasyonun [0 EEIeko] "Kötü" ekolojik durum sınıfında olduğu belirlenmiştir. Fırsatçı türlerin gelişimini etkileyen besleyici elementlerden olan fosfat ve amonyum azotu değerleri en yüksek Bostanlı istasyonunda bulunmuştur.
Bazı makrofungus türlerine ait misellerin kültürel ve ekolojik özelliklerinin belirlenmesi
Bu tez önerisi ile ülkemize ait biyolojik kaynaklar arasında yer alan bazı makrofungusların kültürel ve ekolojik özellikleri belirlenmeye çalışılmıştır. Çalışma materyali olarak Üniversitemiz Biyoloji Bölümü'nde muhafaza edilen makrofungus misel koleksiyonunda yer alan beş farklı türe ait [Agaricus bresadolanus Bohus; Armillaria mellea P. Kumm.; Fomes fomentarius (L.) Fr.; Inocybe catalaunica Singer; Postia stiptica (Pers.) Jülich] miseller kullanılmıştır. Çalışmamız süresince miseller farklı sıcaklık, pH, karbon kaynağı, tuzluluk ve besiyeri miktarı gibi değişkenler karşısında gelişim düzeyleri açısından incelenmiştir. Misellerin türe göre değişmekle birlikte; optimum sıcaklık olarak 20, 25 ve 300C'de, asidite olarak 5,0; 5,5 ve 6,0 pH'da, karbon kaynağı olarak glikoz, früktoz, galaktoz ve sükroz içeren ortamda, tuzluluk olarak % 1 tuz konsantrasyonunda ve 20 ml besiyeri içeren Petri kaplarında en iyi gelişimleri gösterdikleri belirlenmiştir. Çalışmamızın devamında adı geçen makrofungus miselleri bir mikrofungus olan Aspergillus flavus ile aynı Petri kabına aşılanmış ve organizmaların karşılıklı etkileşimleri anlaşılmaya çalışılmıştır. Denemeler sonucunda normalde hızlı gelişim göstererek Petri kaplarını tamamen dolduran makrofungus misellerinin A. flavus ile karşılaşınca gelişimlerini devam ettiremedikleri görülmüştür. Bu durum da doğada fungusların toprakta veya diğer yaşam ortamlarında bir arada nasıl davrandıklarının anlaşılması açısından oldukça faydalı bulunmuştur. Bu tez önerisi ile ülkemize ait biyolojik kaynaklar arasında yer alan bazı makrofungusların kültürel ve ekolojik özellikleri belirlenmeye çalışılmıştır. Çalışma materyali olarak Üniversitemiz Biyoloji Bölümü'nde muhafaza edilen makrofungus misel koleksiyonunda yer alan beş farklı türe ait [Agaricus bresadolanus Bohus; Armillaria mellea P. Kumm.; Fomes fomentarius (L.) Fr.; Inocybe catalaunica Singer; Postia stiptica (Pers.) Jülich] miseller kullanılmıştır. Çalışmamız süresince miseller farklı sıcaklık, pH, karbon kaynağı, tuzluluk ve besiyeri miktarı gibi değişkenler karşısında gelişim düzeyleri açısından incelenmiştir. Misellerin türe göre değişmekle birlikte; optimum sıcaklık olarak 20, 25 ve 300C'de, asidite olarak 5,0; 5,5 ve 6,0 pH'da, karbon kaynağı olarak glikoz, früktoz, galaktoz ve sükroz içeren ortamda, tuzluluk olarak % 1 tuz konsantrasyonunda ve 20 ml besiyeri içeren Petri kaplarında en iyi gelişimleri gösterdikleri belirlenmiştir. Çalışmamızın devamında adı geçen makrofungus miselleri bir mikrofungus olan Aspergillus flavus ile aynı Petri kabına aşılanmış ve organizmaların karşılıklı etkileşimleri anlaşılmaya çalışılmıştır. Denemeler sonucunda normalde hızlı gelişim göstererek Petri kaplarını tamamen dolduran makrofungus misellerinin A. flavus ile karşılaşınca gelişimlerini devam ettiremedikleri görülmüştür. Bu durum da doğada fungusların toprakta veya diğer yaşam ortamlarında bir arada nasıl davrandıklarının anlaşılması açısından oldukça faydalı bulunmuştur.
Adana ili Aladağ ilçesindeki krom maden yataklarında bulunan bitkilerin fitoremediasyon özelliklerinin belirlenmesi
Bu çalışmada, Adana ili Aladağ ilçesi sınırlarında bulunan krom maden sahaları floristik açıdan değerlendirilmiştir. Tespit edilen bitki türleri dominant, sık, seyrek ve nadir olarak gruplandırılmıştır. Göreceli bulunuşları dominant ve sık olan 9 tür (Aethionema spicatum, Alyssum alyssoides, Alssum oxycarpum, Alyssum floribundum, Thlaspi oxyceras, Convolvulus compactus, Fumana arabica, Onosma cappadocicum ve Salvia crypthantha) remediasyon özelliklerinin değerlendirilmesi için seçilmiştir. Bu bitkilerin fitoremediasyon potansiyellerini değerlendirmek amacıyla bitkilerin kök, gövde, yaprak ve kök bölgesi topraklarında metal analizleri (Cr, Ni, Co, Pb, Zn, Mn, Cu ve Fe) gerçekleştirilmiştir. Metal konsantrasyonları kullanılarak biyokonsantrasyon faktörü, zenginleştirme faktörü, transfer faktörü ve translokasyon faktörü değerleri hesaplanmış ve bitkiler fitostabilizasyon ve fitoekstraksiyon kabiliyetleri yönünden değerlendirilmiştir. Çalışma sonucunda Cr için Convolvulus compactus ve Onosma cappadocicum; Co için Aethionema spicatum; Zn için Thlaspi oxyceras; Mn için Aethionema spicatum fitoekstraksiyon potansiyeli olan türler olarak tanımlanmıştır. Nikel için Salvia cryptantha; Cu için Onosma cappadocicum fitostabilizasyon potansiyeli olan türler olarak nitelendirilmiştir. Aethionema spicatum, Alyssum oxycarpum, Alyssum floribundum ve Thlaspi oxyceras türlerinin ise Ni metali için hiperakümülatör oldukları saptanmıştır. Anahtar Kelimeler: Fitoremediasyon, hiperakümülatör, ağır metal
İzmir ili ve çevresindeki gıda firmalarında çalışan gıda elleyicilerinde nazal Staphylococcus aureus taşıyıcılığı ve antibiyotik duyarlılıklarının araştırılması
Staphylococcus aureus, toplum ve hastane kaynaklı enfeksiyonların en önemli etkenlerindendir. Tüm dünyada Staphylococcus aureus' un nazal taşıyıcılığı giderek artan oranda rapor edilmektedir. Gıda ile ilgili işlerde çalışan kişilerdeki nazal stafilokok taşıyıcılığı ile stafilokokal gıda zehirlenmeleri arasında belirgin bir korelasyon olduğu açıktır. Gıda çalışanlarındaki taşıyıcılığın belirlenmesi; suşların yayılımının önlenerek salgınların azaltılmasında etkili olmaktadır. Bu çalışmadaki amaç; İzmir ili ve çevresindeki gıda firmalarında çalışan gıda çalışanlarının Staphylococcus aureus yönünden burun kolonizasyonunun prevalansını saptamak ve fenotipik olarak tanımlamaktır. Çalışma kapsamında İzmir ili ve çevresinde farklı gıda firmalarında çalışan gıda elleyicilerinin, periyodik sağlık muayeneleri sırasında, burun mukozalarından sürüntü örnekleri alınarak Staphylococcus aureus taşıyıcılığı saptanmıştır. Şüpheli bulunan kolonilere konvansiyonel (fenotipik) tanılama tekniklerinden katalaz testi, koagülaz testi, lateks aglütinasyon testi ve mannitol fermentasyon testi uygulanmıştır. Yürütülen bu çalışma kapsamında toplam 391 kişiden burun kültürü örnekleri alınmış ve 54 kişide (%13,8) S.aureus izole edilmiştir. S. aureus olarak tanımlanan suşlar içerisinde en fazla direnç sırasıyla ampisilin, penisilin ve oksasilinde tespit edilmiştir. En duyarlı antibiyotik ise siprofloksasin olarak tespit edilmiştir. Sağlıklı taşıyıcılar toplumda S.aureus' un yayılımında önemli rol oynarlar. Gıda üretim-tüketim zincirindeki bulaşma riskinin azaltılması ve besin kaynaklı hastalıkların önlenmesinde, gıda çalışanlarının periyodik sağlık kontrollerinden geçirilerek taşıyıcılığın belirlenmesi en etkili yollardan biridir.
Lemna minor L. ve Lemna gibba L. (su mercimeği) kullanılarak farklı derişimlerdeki bazı ağır metallerin (kalay, kobalt, antimon, vanadyum) biyoremediasyonu ve ağır metallerin olası stres etkilerinin belirlenmesi
Bu çalışmada, Lemna minor L. ve Lemna gibba L. makrofit bitkilerine farklı konsantrasyonlarda uygulanan Sn, Co, Sb v e V gibi ağır metallerin remediasyonu, bu ağır metallerin bitkinin karbonhidrat, klorofil a-b, karotenoid ve lipid içeriği üzerine etkilerinin araştırılması ve ağır metallerin ilgili organizmada meydana gelen olası stres faktörlerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışmada su mercimeği bitkilerinin laboratuvar koşulları altında uygun besiyeriyle büyütülmesi sağlanmış ve yaklaşık olarak 0,1-1000 mg/L (ppm)'lik derişimlerde Kalay (II), Kobalt (II), Antimon (III), Vanadyum (IV) içeren besiyerleri hazırlanmıştır. 10-15 gün süreyle büyütülen L. minor ve L. gibba bitkileri' nin ağır metal stresine dayanabildikleri EC50 (canlı kalabildiği derişim aralığı) değerinin saptanmasıyla ağır metal konsantrasyonları5 ppm, 10 ppm,25 ppm, 50 ppm,100 ppm belirlenmiştir. Bununla birlikte ağır metallerin canlılar üzerinde meydana getirdiği olası stres etkileri ve yapılan laboratuvar çalışmaları sonucunda Adsorbsiyon Yüzdeleri Lemna minor için en fazla adsorbsiyonlanan ağır metal Kalay iken, Lemna gibba için en fazla adsorbsiyonlanan ağır metal Antimon olduğu ortaya konmuştur. İstatistiki verilerin ağır metal uygulamaları öncesi ve sonrası karbon, lipid, karotenoid ve klorofil a-b miktarlarımetal adsorblanma yüzdelerine oranlanarak uygulama değerleri karşılaştırılmıştır.
Türkiye'de yayılış gösteren bazı Crupina (Pers.) DC. (Asteraceae)türleri üzerinde anatomik bir çalışma
Bu çalışmada, Asteraceae familyasına ait iki Crupina (Pers.) DC türü anatomik açıdan karşılaştırmalı olarak incelenmiştir. Tez konusunu oluşturan Curipina vulgaris Pers ex. Cass 1500-1600 m arasında Bingöl ilinden, Crupina crupinastrum (Moris) Vis türü ise 1000-1100 m araında Malatya ilinden ve 1400-1450 m arasında Niğde ilinden toplanmıştır. Bu türler tek yıllık olup otsu formdadırlar. Türlerin otsu ve dik duruşlu olan gövdeleri yıldızsı ve çokgen şeklindedir. Türlerin yaprakları oldukça küçük olup üzerinde örtü tüyü taşımaktadır. Toplanan örneklerin bir kısmı anatomik çalışmalar için %70' lik etanolde fikse edilmiştir. Bir kısmı ise kurutularak herbaryum örneği haline getirilmiştir ve Manisa Celal Bayar Üniversitesi Biyoloji Bölümü (CBAH) Herbaryumu koleksiyonuna dahil edilmiştir. Her iki türünde kök, gövde ve yaprak kısımları anatomik özellikleri karşılaştırmalı olarak incelenmiş ve farklılıklar tespit edilmiştir. İki taksonun kök yapılarına bakıldığında tek sıralı epidermisin altında korteks dar bir alanı kaplamakta, iletim dokusu ise oldukça geniş bir alanı kaplamaktadır. Taksonların gövde yapılarında korteks dar bir alanda olup, tek sıralı iletim demetleri bulunmaktadır. İki taksonun yaprak kesitlerinde uç kısımlarda belirgin örtü tüyleri bulunmaktadır. Elde edilen sonuçlar fotoğraf ve tablolar ile gösterilmiştir.
Tatarlı höyük (Ceyhan/Adana) kazısı 2011-2012 yılları erken, orta ve geç tunç dönemlerine ait arkeobotaniksel kalıntıların değerlendirilmesi
Bu çalışmada, Adana İli Ceyhan ilçesinde bulunan Tatarlı Höyük'te 2011-2012 yılları kazı sezonlarında Erken Tunç Çağı, Orta Tunç Çağı ve Geç Tunç Çağı tabakalarından elde edilen arkeobotanik veriler değerlendirilmiştir. Bu dönemlere ait 8 açmadan mekân içi, ocak, fırın, çöp çukuru, seramik kap içi vb. yerlerden toplam 90 adet toprak örneğinden kuru ve ıslak eleme yöntemleri kullanılarak karbonlaşmış bitki kalıntıları elde edilmiştir. Taksonomik olarak familya, cins veya tür seviyesinde teşhisleri yapılan bitki kalıntılarından 54 takson bulunmuştur. En yoğun tespit edilen tarım bitkileri Triticum monococcum (Siyez buğdayı), Triticum dicoccum (Gernik buğdayı), Triticum aestivum (ekmeklik buğday), Hordeum vulgare (Arpa) ve Lens culinaris (Mercimek) türleridir. Tespit edilen Vitis sylvestris (Yabani asma), Vitis vinifera (Asma) ve Olea europea (Zeytin) türlerine ait tohumlar meyve yetiştiriciliğinin ve buna bağlı olarak da şarap ve zeytinyağı üretiminin de bu dönemlerde yapıldığını göstermektedir. Yabani bitkilerden toplam 45 taksona ait kalıntılarında bulunması geçmiş dönem florasına ait önemli bilgiler sağlamıştır.
Manisa ve çevresinde yayılışı olan bazı Alyssum L. (Brassicaceae) türleri üzerinde taksonomik araştırmalar
Bu araştırma 2017-2019 yılları arasında Manisa ve çevresinde yayılış gösteren ve tarafımızdan toplanan Brassicaceae (Turpgiller) familyası içinde yer alan Alyssum L. (Kuzuotu) cinse ait 3 tür üzerinde yapılan palinolojik ve morfolojik incelemelere dayanmaktadır. Bu türler Alyssum murale Waldst. & Kit., A. simplex Rudolph ve A. umbellatum Desv.'dir. Türkiye'de yayılış gösteren Alyssum cinsi "Türkiye ve Doğu Ege Adaları" adlı çalışmada Dudley tarafından yazılmıştır. Çalışmamız sırasında Dudley tarafından verilen Alyssum murale Waldst. & Kit var. murale taksonun isminin geçerli olmadığı bu ismin Alyssum murale Waldst. & Kit'nin sinonimi olduğu yine "Türkiye ve Doğu Ege Adaları" adlı çalışmada A. minus (L.) Rothm. var. minus taksonun isminin geçerli olmadığı bu ismin A. simplex Rudolph'un sinonimi olduğu tespit edilmiştir. Morfolojik olarak yapılan çalışmada araştırma alanında rastlanan ve toplanan Alyssum türlerinin deskripsiyonlarının genişletilmesinin yanında, genel görünüş, çiçek ve meyvelerinin arazide çekilmiş fotoğrafları çalışmaya eklenmiştir. Ayrıca morfolojk olarak elde edilen veriler, Dudley'in bulgularıyla karşılaştırılmış ve florada eksik tanımlanmış özellikleri de tespit edilmiştir. Bunlara ek olarak türlerin meyve morfolojileri hem stereo mikroskop (SM) hem de taramalı elektron mikroskobu (SEM) yardımı ile incelenmiş ve fotoğrafları çalışmaya eklenmiştir. Palinolojik olarak yapılan çalışmada Alyssum türlerinin polen morfolojileri ışık mikroskobu (IM) ve taramalı elektron mikroskobu (SEM) ile incelenmiş ve her türe ait polar ve ekvatoryal görünüşlerinin fotoğrafları çekilerek çalışmaya eklenmiştir. Palinolojik olarak yapılan çalışmada Alyssum türlerinin kolpus sayısına göre üç kolpuslu (trikolpat); polen şekilleri prolat-subprolat; strüktür yapıları tektat; skulptür yapılarının ise retikulat olduğu tespit edilmiştir. Yaptığımız çalışmalar sonunda A. murale., A. simplex ve A. umbellatum türlerinin taksonomik bakımdan birbirinden farklı türler olması genel morfolojik karakterler bakımından zor da olsa ayırt edilebildiği, ancak polen morfolojileri açısından ayrımının zor olduğu tespit edilmiştir.
Manisa ve çevresinin cyclamen türleri üzerine morfolojik, anatomik, palinolojik ve ekolojik bir çalışma
Bu çalışmada, Primulaceae (Çuha çiçeğigiller) familyası içinde yer alan Cyclamen (yersomunu) cinsinin Manisa ve çevresinde yayılış gösteren Cyclamen hederofolium Aiton ve C. persicum Mill. türleri morfolojik, anatomik, palinolojik ve ekolojik yönden incelenmiştir. Morfolojik olarak yapılan çalışma ile arazide yapılan gözlemler ve stereo mikroskoptaki detaylı incelemeler ile tür betimleri genişletilmiştir. Anatomik incelemede, türlere ait gövde ve yaprak enine kesitleri alınarak ışık mikroskobunda incelenmiştir. Türlere ait polenler ışık mikroskobu ve taramalı elekron mikroskobu ile incelenerek palinolojik özellikleri belirlenmiştir. Ekolojik inceleme kapsamında türlerin yetişme alanından alınan toprak örneklerinin analizleri yapılarak, element istekleri belirlenmiştir. Türlerin genel morfolojik karekterler bakımından kolaylıkla ayırt edildiği görülmüştür. Mikromorfolojik incelemeler ile, tohum şekillerinin C. hederifolium türünün dikdörtgensi-yamuk, C. persicum türünün ise, elips şeklinde olduğu tespit edilmiştir. Palinolojik incelemelerle, C. hederifolium ve C. persicum türlerinin polen şekillerinin her iki türde de, sferoidal şekilden oblat şekle kadar, izopolar olduğu, ornemantasyonlarının psilat, skabrat, apertür durumlarının ise trikolpat olduğu belirlenmiştir. Bu nedenle incelediğimiz türlerin ayrılmasında polen yapılarının kullanılamayacağı sonucuna varılmıştır. Anatomik incelemeler sonunda, C. hederifolium ve C. persicum türlerinin ölçüm değerleri dışında bir farklarının bulunmadığı tespit edilmiştir. Ekolojik bakımdan C. hederifolium ve C. persicum türlerinin ph değerleri hafif alkali, tuzsuz, killi tın, C. hederifolium türünün orta ve çok kireçli, organik madde açısından fakir, orta, yüksek C.persicum türünün ise az kireçli, organik madde bakımından yüksek toprakları tercih ettiği tespit edilmiştir. Çalışmanın sonunda, her iki türün birbirinden kolaylıkla ayırt edilebildiği ve yetişme alanlarının genellikle benzer olduğu belirlenmiştir. Anahtar Kelimeler: Cyclamen, persicum, hederifolium, Morfoloji, Anatomi, Palinoloji, Ekoloji 2019, 48 sayfa
Artuklu (Mardin) yöresinde yetişen bitkilerüzerine etnobotanik bir araştırma
Bu çalışmada Artuklu (Mardin) yöresinde doğal yayılış gösteren, halkın yararlandığı ve geleneksel yaşamında yeri olan bitkileri belirlemek üzere bir etnobotanik araştırma yapılmıştır. Bu amaçla, Şubat 2018–Temmuz 2019 tarihleri arasında Artuklu ilçe merkezine bağlı 23 mahalle ve çevresinde yer alan 68 mahalleye arazi çalışmaları yapılmış, ziyaretler gerçekleştirilmiştir. Araştırma süresince 365 kaynak kişi ile görüşülmüş ve toplamda 350 lise ve üniversite öğrencisine anket çalışması uygulanmıştır. Anketler aracılığıyla bitkiler hakkında etnobotanik veriler derlenmiştir. Alanda yürütülen arazi çalışmaları kapsamında yörede en çok yayılış gösteren 426 bitki örneği toplanmış ve bunlarla ilgili yaklaşık 4.000 adet fotoğraf çekilmiştir. Yörede yürütülen etnobotanik çalışmalar sonucunda; 51 familya ve 151 cinse ait 255 bitki taksonunun yöre halkı tarafından kullanıldığı tespit edilmiştir. Toplanan bitki örnekleri, bilimsel kurallara göre herbaryum materyali haline getirilmiştir. Sırasıyla en fazla takson içeren familya; Asteraceae 34 (% 14), Fabaceae 31 (% 12), Lamiaceae 24 (% 9), Brassicaceae 17 (% 7), Rosaceae 13 (% 5), Boraginaceae 11 (% 4) ve Caryophyllaceae 10 (% 4) olarak belirlenmiştir. Bunlardan tıbbi bitki (161 takson), gıda (153 takson), hayvan yemi (20 takson), zararlı olduğuna inanılan (12 takson), baharat (10 takson), böcekler ve arılar tarafından ziyaret edilen (9 takson), hayvan hastalıklarında (8 takson), oyun amaçlı (7 takson), nazarlık yapımı (3 takson), yakacak (3 takson), farklı amaçlarla (kürdan, kömür yapımı vb.) (3 takson), alet ve sepet yapımında (3 takson), süpürge (2 takson), inanç olarak (2 takson), süs eşyası (1 takson), mayalamada (1 takson), eşyaları muhafazada (1 takson), çay olarak (1 takson), böcek kovucu olarak (1 takson) ve boya elde etmede (1 takson) kullanıldıkları tespit edilmiştir. Yörede yapılan çalışmalarda 177 bitki taksonuna ait etnobotanik veriler Mardin için ilk kez kayıt altına alınmıştır. Bu çalışmada yörede 506 Kürtçe, 197 Arapça ve 86 Süryanice bitki ismi belirlenmiştir. Bu taksonlardan 63'ünün yöresel isimleri Mardin'de ilk kez kaydedilmiştir. Bu araştırma, Mardin ve Güneydoğu Anadolu'da etnobotanik üzerine yapılmış geniş kapsamlı bir çalışma olması açısından önem arz etmektedir.
Foça ilçesi (İzmir) Tydeidae familyası akarlarının sistematik yönden incelenmesi
Bu çalışmada, İzmir ili, Foça ilçesinde bulunan Tydeid akarlarını (Acari: Prostigmata) tespit etmek amaçlanmıştır. Bunun için Ağustos 2015-Eylül 2016 tarihleri arasında 12 ay süresince her ay ayda bir kez araştırma bölgesine gidilerek çeşitli habitatlardan toprak, döküntü ve yosun örnekleri alındı. Alınan örnekler etiketlendikten sonra naylon torbalar içerisinde laboratuvara getirilerek ve burada Berlese düzeneğinde içindeki akarlar ayıklandı. Daha sonra iğneler yardımıyla tideid akarlar ayıklandı ve Laktofenolde ağartıldıktan sonra Hoyer ortamında daimi preparatları yapıldı. Araştırma bölgesinden 7 familyaya ait Türkiye faunası için yeni 13 tür tespit edilmiştir. Pretydeus henriandrei, Brachytydeus brevicula, Brachytydeus nytebodensis, Idiolorryia marci, Melissotydeus macrosolemus, Melissotydeusincarum, Metalorryia magdalenae, Neolorryia pandana, Tydeus electus, Tydeus quadrisetosus, Tydeus spathulatus, Tydeus linarocatus, Tydeus lolitae. Tespit edilen türlerin örneklerimiz üzerinden çeşitli vücut kısımlarının şekilleri çizildi ve çeşitli organlarının ölçümleri yapılarak tür tanımları yapılmıştır.
Kadmiyum ve kadmiyum+vitamin E'nin Galleria mellonella L.'nın bazı biyokimyasal parametreleri üzerine etkileri
Sunulan çalışmada kadmiyumun farklı konsantrasyonlarının (0.05, 0.1, 0.5, 1.0 mg/ml) ve kadmiyum + vitamin E karışımlarının (125µL,250 µL,500 µL,1000 µL) Galleria mellonella' nın sentezlediği protein ve glikojen miktarlarına etkileri ile süperoksit dismutaz (SOD) ve katalaz (CAT) aktiviteleri araştırılmıştır. Galleria mellonella larvalarında Cd tek başına kullanıldığında, protein miktarında önemli bir fark gözlenmezken, Cd ile birlikte vitamin E uygulandığında protein miktarında azalma gözlenmiştir. Glikojen miktarı Cd ve Cd+vitamin E'nin artan konsantrasyonlarında azalma göstermiştir. CAT ve SOD aktiviteleri, Cd'un artan konsantrasyonlarında azalış gösterirken, Cd ile birlikte vitamin E uygulandığında, CAT aktivitesinde %0.1 ve %1.0 mg/ml konsantrasyonlarda azalma gözlenmiş, SOD aktivitesinde ise kontrole göre önemli bir fark gözlenmemiştir. Elde edilen sonuçlara göre kadmiyumun artan konsantrasyonlarının Galleria mellonella larvalarının biyolojik parametrelerini olumsuz etkilediği, vitamin E ilavesinin ise kadmiyumun toksik etkisini azaltıcı bir etki yapmadığı gözlenmiştir.
Gümüş nanopartikülleri ile tuzlarının deniz kestanesi embriyonik gelişimi üzerine etkilerinin araştırılması
Son yıllarda gündemde olan nanopartiküller sağlık, otomotiv, gıda, giyim, tekstil, elektronik ve kozmetik gibi çok farklı alanlarda kullanılmaktadır. Nanopartiküller dünyada birçok ülke büyük bütçelerle ve kalkınma planlarına alarak desteklediği konuların başında gelmektedir. Gümüş ve gümüş nanopartikülleri geçmişten günümüze farklı alanlarda özellikle sağlık ve askeri alanda çok fazla kullanılmaktadır. Üretilen nanopartiküllerin çevreye olan etkileri araştırılmamaktadır. Gümüş nanopartiküllerinin çevredeki etkileri yeni araştırılmaya başlanmıştır. Gümüş iyonlarının, gümüş nanopartiküllerden Arbacia lixula embriyolarına göre daha toksik olduğunu ifade edildi. A. lixula' da (18 ° C'de 72 saat inkübasyon) EC50 değerleri iyonik gümüş için 42.5 μg/L, <100 nm nanogümüş için 1958.8 g/L ve <150 nm nanogümüş için 0.3 M olarak saptandı. Sonuç olarak, A. lixula embriyoları, deniz suyuna dağılmış nanopartiküllerin potansiyel etkilerini test etmek için hassas ve güvenilir bir modeli temsil etmektedir
Bayındır (İzmir)'da süs bitkisi yetiştiriciliği
Sanayileşme ve hızlı kentleşme insanoğlu ile doğa arasına ciddi bir mesafe koymuştur. Böylece insanın doğaya ve doğal olana özlemi de artmıştır. Bu eksikliği gidermede süs bitkilerinin önem kazanması onların üretimi ve ticaretini dikkate değer iş kollarından biri haline getirmiştir. Son yıllarda, İzmir'in Bayındır ilçesi iç ve dış mekân, mevsimlik ya da ağaç ve çalı grubu süs bitkileri yetiştiriciliği açısından Türkiye'nin önde gelen üretim merkezlerinden biri konumuna gelmiştir. Bu çalışmada ilk olarak hortikültür, süs bitkileri tanımı ve sınıflandırılması, süs bitkilerinin üretim yöntemleri, çiçeğin tarihimizdeki yeri ve Yalova'nın önemi, Bayındır ilçesinin genel özellikleri ve Bayındır'da yapılan çiçekçilik hakkında genel bilgilere yer verilmiştir. İzmir ili Bayındır ilçesindeki süs bitkilerinin mevcut durumu, yetiştiricilik bakımından öne çıkan türler kooperatiften elde edilen bilgiler doğrultusunda ele alınmıştır. Bu türlerin bilimsel sınıflandırılması yapılıp genel özelliklerine; bilimsel makaleler, dergiler, kitaplar ve internet siteleri taranarak değinilmiştir. Sonra resmi verilere göre süs bitkisi yetiştiriciliğinin ilçe ekonomisine ve ülke ekonomisine katkısı ortaya konmaya çalışılmıştır. Burada öne çıkan diğer ülkeler ve ülkemizdeki diğer iller ile Bayındır karşılaştırılarak aradaki farklar ve nedenleri saptanmıştır. Türkiye'de uygulanan fidancılık ve süs bitkilerine dair mevzuatlar ve süs bitkileri standartları hakkında bilgiler verilmiştir. Daha sonra ülkemizde yapılan süs bitkileri ıslah çalışmalarına değinilmiştir. Sektörün sorunları ele alınarak verimin ve gelirin nasıl daha fazla olacağı, üreticilerin yaşadıkları sorunlar üretici firmalarla görüşerek, kooperatiflerden bilgi alarak ve bu konuyla ilgili makaleler, gazeteler ve dergiler taranarak tespit edilmeye çalışılmıştır. Söz konusu bilgiler doğrultusunda ilçedeki süs bitkisi yetiştiriciliği sektöründeki sorunlar ve çözüm önerileri sunulmuştur.
Manisa il merkezinin bina dışı havasından izole edilen mikrofungusların antifungal duyarlılıklarının belirlenmesi
Çalışmamız ile bina dışı havada bulunan mikrofungusların yoğunlukları, dağılımları ve klinik antifungaller ile bitki ekstraktlarına karşı duyarlılık/dirençlilik durumları belirlenmeye çalışıldı. Çalışmamızda gravimetrik yöntemle hava örneklemesi yapıldı. Manisa il merkezinde belirlenen 5 istasyondan mevsimlik olarak (Mayıs, Ağustos, Kasım ve Şubat aylarında) ait olduğu ayın ikinci haftasında örnek alımı gerçekleştirilmiştir. Antifungal duyarlılık testlerine başlanmadan önce mikrofungus izolatlarının genus düzeyinde tanılamaları yapıldı. Antifungal duyarlılık testleri katı besiyerlerinde yapılmıştır. Kullanılan antifungaller; amfoterisin B, flukonazol ve itrakonazoldür. Antifungali kullanım dozunda içeren ve antifungal içermeyen PDA besiyerlerine tek nokta ekimi yöntemi ile aktarılan mikrofungus izolatları 270C'de inkübasyona bırakıldı ve koloni gelişimleri günlük olarak izlenmiştir, koloni çapları ölçülerek kaydedilmiştir. Aspergillus genusuna ait izolatların antifungallere karşı duyarlılık/dirençlilik durumları ve gelişim düzeyleri değerlendirilmiştir. Antifungal özelliği olduğu belirtilen ceviz (Juglans regia L.) ve soğan (Allium cepa L.) ekstratları ile de duyarlılık testleri yapılmıştır. Bu sayede bitkisel preparatların antifungal özellikleri ve ticari antifungaller ile karşılaştırılmaları belirlenmeye çalışılmıştır. Çalışma kapsamında toplam 1777 mikrofungus kolonisi sayılmış ve 31 Aspergillus sp. izolatı elde edilmiştir.
Marmara Denizi Ceramiales (rhodophyta= kırımızı algler) türleri
Makroalgler denizel biyoçeşitliliğin önemli canlıları arasında yer almaktadır. Bu çalışmada Marmara Denizi'nin Ceramiales ordosu türleri araştırılmıştır. Örneklemeler Mayıs 2015, Kasım 2015, Mart 2016, Haziran 2016, Kasım 2016 ve Şubat 2017 tarihlerinde Marmara Denizi'nde 25 istasyonda (İntepe, Çanakkale, Eceabat, Gelibolu, Şarköy, Tekirdağ, Marmara Ereğlisi, Silivri, Büyükçekmece, Küçükçekmece, Haliç, Üsküdar, Adalar, Hereke, Kocaeli, Yalova, Armutlu, Gemlik, Mudanya, Susurluk-Boğaz, Bandırma, Erdek, Paşalimanı-Marmara Adası, Karabiga, Lapseki) gerçekleştirilmiştir. Örnekleme işlemleri 0-5 m derinliğinde yapılmıştır. Ayrıca Marmara Denizi'nde Büyük Ada ve Tavşan Adası (Neandros Adası) çevresinde aletli dalış (SCUBA) yapılmıştır. Örneklemeler sonucunda en fazla takson sayısına Mayıs 2015 tarihinde (55 takson), en az takson sayısına ise Şubat 2017 tarihinde (22 takson) rastlanılmıştır. Her istasyonda yüzey suyundan anlık olarak pH, sıcaklık, çözünmüş oksijen, turbidite, iletkenlik ve tuzluluk değerleri ölçülmüştür. Ayrıca polietilen şişelerle su örnekleri alınarak laboratuvarda fosfat ve amonyum azotu miktarları belirlenmiştir. Ölçümler sonucunda Marmara Denizi'nin yüzey sularının en yüksek pH değeri 8,91 (Silivri), en düşük 7,91 (Haliç); sıcaklığı en yüksek 27,5 °C (Kocaeli), en düşük 5,9 °C (Gelibolu); çözünmüş oksijen değerleri en yüksek 12,12 mg/L (Silivri), en düşük 3,71 mg/L (Şarköy); turbidite değeri en yüksek 53,1 mg/L (Kocaeli); iletkenlik değeri en yüksek 4,71 µS (İntepe), en düşük 2,12 µS (Gemlik); tuzluluk değeri en yüksek ‰ 29,4 (İntepe), en düşük ‰ 13,1 (K.Çekmece); fosfat değeri en yüksek 0,333 mg/L (Paşalimanı-Marmara Adası), en düşük 0,001 mg/L (Armutlu); amonyum değeri en yüksek 2,019 mg/L (Silivri), en düşük 0,002 mg/L (Mudanya) olarak ölçülmüştür. Yapılan incelemeler sonucunda Marmara Denizi'ndeki 25 istasyondan Ceramiales ordosuna ait tür ve tür altı seviyesinde toplam 80 takson tespit edilmiştir. İnceleme işlemi tamamlanan örnekler polietilen kaplarda %4-5'lik formaldehit ile fikse edilerek ve herbaryumları yapılarak saklanmıştır. Tespit edilen türlerden Antithamnion hubbsii E.Y.Dawson, Polysiphonia kampsaxii Børgesen ve Polysiphonia morrowii Harvey türleri yabancı makroalg kategorisinde yer almaktadır. Antithamnion hubbsii E.Y.Dawson türü Türkiye ve Doğu Akdeniz için yeni kayıt olarak belirlemiştir. Tayin edilen türlerden bazılarının filogenetik analizleri yapılmıştır. İstatistiksel analiz yöntemleri kullanılarak suyun fiziko-kimyasal özellikleri ile türlerin dağılımı arasındaki ilişkiler belirlenmiştir.
Farklı Colchicum spp türlerine ait toprakların karbon ve azot mineralizasyonları ile mikrobiyal parametrelere etkisi
Bu çalışmada, Türkiye'de doğal olarak yetişen biri endemik üç Colchicum spp (Acı çiğdem, Colchicaceae) türünün bazı toprak özellikleri ve mikrobiyotalarının kıyaslanması amaçlanmıştır. Toprakların karbon mineralizasyonu C. variegatum'da daha yüksek olup diğer iki örnekle aralarında anlamlı farklar vardır (P<0,05). Karbon mineralizasyon oranında C. balansae toprağı diğer iki topraktan anlamlı derecede farklıdır (P<0,05). Azot mineralizasyon oranı bakımından da her üç toprak arasında P<0,001 düzeyinde fark vardır. Metagenom analizinde her üç toprakta da üç domen'in temsilcilerine rastlanılmıştır. Bakteri domeni, C. variegatum, C. balansae ve C. triphyllum topraklarında, dominant filum olarak sırasıyla %47,084, %52,648 ve %55,847 oranında Actinobacteria, cins olarak da Solirubrobacter spp. %3.305, Micromonospora spp. %4,817 ve Rubrobacter spp. %7.648 oranında tespit edilmiştir. Arkea Domeni olarak C. variegatum toprağında %40 oranında Nitrosocosmicus ve %40 tuzcul Halobacter tespit edilmiş olup C. balansae'de dominant Arkea %14 ile Thermococcaceae ve C. triphyllum'da ise dominant Arkea %50 oranında Nitrosocosmicus ve diğer iki toprak örneğinde rastlanılmayan Nitrososphera'ya % 33 oranında rastlanılmıştır. Ökaryot domeninde ise, C. variegatum toprağında dominant mikroorganizma olarak %9 oranında Saccaromycetales, C. balansae'de %45 oranında Cryptococcus neoformans var. grubii H99 ve C. triphyllumʼda ise %41 oranında Saccaromycetales tespit edilmiştir. Bu çalışma, toprakların biyolojik ve kimyasal analiz sonuçlarındaki farklılığın, yapılan metagenom analizle mikroorganizma çeşitliliği ve yoğunluğundaki farklarla senkronize çalıştığını göstermektedir.
Some of the plant origin food samples after unpacking, variable microbial quality indicator the number of microorganisms, determination with specific period and rapid test method
Microorganisms found in foods may pose a risk to human health and cause spoilage in foods. Herbal foods starting from the production stage; They may be exposed to certain contaminations at every stage until they are presented to the consumer, such as harvest, storage, packaging and shelf condition until they are sold. The number of quality indicator microorganisms and presence of pathogenic microorganisms in the final product in foods is extremely important. The purpose of food preservation methods is to limit the adverse conditions in the chemical, physical, microbial structures and storage conditions of food. In order to increase the storage stability of foods, many physical, chemical methods are applied alone or both physical and chemical methods are applied together. However, despite these applied processes, microorganisms in the food sample do not disappear completely. In the present study, it was aimed to perform Enterobacteriaceae Count, Escherichia coli Count, Coagulase Positive Staphylococcus Count, Total Coliform Count, Aerobic Mesophilic Bacteria Count, Yeast-Mold Count after opening the packaging of 10 vegetable samples (black tea, Turkish coffee, tahini, grape molasses, white flour, ground red pepper, black pepper, cumin, dried mint, raisins) selected. The analyzes will be repeated at different periods (Day 0, Week 4, Week 8, Week 12) and it has been investigated how all of them will change independently in terms of microbiological quality indicator organism numbers. The data obtained as a result of the study enabled us to have information about how long these samples should be consumed after unpacking. Keywords: Microbiology, The Plant Origin Food, Food Safety, Quality İndicators.
Commiphora myrrha uçucu yağının in vitro sitogenotoksik ve mutajenik etkileri
Bu çalışma, Commiphora myrrha esansiyel yağın sitogenotoksik ve mutajenik etkileri ortaya koymak amacıyla planlanmıştır. Çalışmalar in vitro koşullarda insan periferal lenfositlerinde mikronukleus (MN) ve komet (kuyruklu yıldız) testleriyle gerçekleştirilmiştir. Ayrıca DNA koruyucu aktivite testi için ticari PBR322 plazmidi kullanılmıştır. Ames testi için Salmonella typhimurium'un mutant suşları olan TA98 ve TA100 suşları kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Yapılan testlerin tamamında test maddesi ile akut muamele yöntemi benimsenmiştir. İnsan periferal lenfositlerde MN için 24 ve 48 saat, komet için 1 saat ve DNA koruyucu aktivite 100 dk boyunca Commiphora myrrha uçucu yağın ile 0.03125, 0.0625 ve 0.125 μL/mL konsantrasyonlarda muamele edilmiştir. Ames testinde ise Commiphora myrrha uçucu yağın 0.0625, 0.125, 0.25, 0.50 ve 1 µL/petri konsantrasyonları kullanılmıştır. Çalışmada Commiphora myrrha esansiyel yağın 24 saat süresinde MN 0.0625 ve 0.125 µL/mL konsantrasyonlarda muamelesiz kontrole göre önemli düzeyde artmıştır. 48 saatlik muamele süresinde ise sadece en yüksek konsantrasyonda (0.125 µL/mL) anlamlı çıkmıştır. NBI ise sadece en yüksek konsantrasyonda (0.125 µL/mL) hem 24 hem de 48 saatlik muamele süresinde tüm kontrollere göre önemli bulunmuştur. Komet testinde sağlıklı lenfositlere yapılan mür yağı muamelesi sonucunda hasarlı hücre yüzdesi ve genetik hasar indeksi değerlerinde bir miktar artış gözlenmiştir ancak sadece en yüksek konsantrasyonda saptanan artışın muamelesiz kontrole göre önemli olduğu ortaya çıkmıştır. Test maddesinin tek başına Plazmid DNA'sına zarar vermediği, fakat pozitif kontrol olarak kullanılmış H2O2 ve UV'nın tek veya kombine etkisine karşı düşük şekilde DNA'ya koruduğu gözlenmiştir. Son olarak oksidatif stres parametrelerinde kontrollere göre önemli bir farklılık saptanmamıştır.
Kapıdağ yarımadası (Balıkesir)Raphignathoidea (Acari: Actinedıde) üst familyasının sistematik yönden incelenmesi
Bu çalışmada, Balıkesir ili, Kapıdağ yarımdası'nda bulunan Raphignathoidea akarlarını (Acari: Actinedida) tespit etmek amaçlanmıştır. Bunun için Nisan 2018-Mart 2019 tarihleri arasında 12 ay süresince her ay ayda bir kez araştırma bölgesine gidilerek çeşitli habitatlardan toprak, döküntü ve yosun örnekleri alındı. Alınan örnekler etiketlendikten sonra naylon torbalar içerisinde laboratuvara getirildi ve burada Berlese düzeneğinde içinde akarlar ayıklandı. Daha sonra iğneler yardımıyla Raphignathoidea akarlar ayıklandı ve Laktofenolde ağartıldıktan sonra Hoyer ortamında daimi preparatları yapıldı. İncelenen örneklerden toplam 11 tür teşhis edilmiştir. Bu türlerden 4 tanesi Raphignathidae familyasına (Raphignathus gracilis (Rack, 1962), Raphignathus protaspus Khanjani ve Ueckermann, 2003, Raphignathus zahoi Fan ve Yin, 2000, Raphignathus ueckermanni Koç ve Kara, 2005), 5 tanesi Stigmaeidae familyasına (Storchia robustus (Berlese, 1885), Eustigmaeus dogani, Eustigmaeus anauniensis (Canestrini, 1889), Eustigmaeus turcicus, Eustigmaeus kamili), bir tanesi Caligonellidae (Molothrognathus venusta) familyasına aittir. Tespit edilen türlerin örneklerimiz üzerinden çeşitli vücutkısımlarının şekilleri çizildi ve çeşitli organlarının ölçümleri yapılarak tür tanımları yapılmıştır. Anahtar Kelimeler: Raphignathoidea, Actinedida, Sistematik, Acari, Kapıdağ Yarımadası, Balıkesir, Türkiye