3,915
Archived Theses
2
DOIs Assigned
0%
DOI Rate
Discipline
Acarlar Gölü Longoz Ormanı (Sakarya) ciğerotu (Marchantiophyta) florası
Bu tezin amacı şu ana kadar detaylı olarak çalışılmamış olan Türkiye'nin önemli subasar ormanları ve sulak alanlarından biri olan Acarlar Gölü Longoz Ormanı'nın ciğerotu çeşitliliğinin ortaya çıkartılması ve ciğerotları florasının araştırılmasıdır. Çalışma alanı; Marmara Bölgesi'nde yer alan Sakarya ili, Karasu ile Kaynarca ilçeleri sınırları içerisinde Sakarya Nehri havzasında yer alan Acarlar Gölü Longoz Ormanı'dır. Araştırma sahasına farklı vejetasyon dönemlerinde (2016 Temmuz-2017 Mart) yapılmış arazi çalışması sonucunda toplanmış olan 70 ciğerotu örneğinin teşhisleri yapılarak 12 familyaya ait 13 cins ve bu cinslere ait 20 tür tespit edilmiştir. Bu türlerden 5 tanesi (Riccia sorocarpa Bisch., Riccia fluitans L., Riccia nigrella DC., Cephalozia ambigua C. Massal., Fossombronia husnotii Corb.) Henderson (1961) kareleme sistemine göre A2 karesi için yeni kayıttır. Tür sayısı bakımından en zengin olan familyalar; Ricciaceae (3 tür), Lophocoleaceae (3 tür) ve Fossombroniaceae (3 tür)' dir. İçerdiği tür sayısı en fazla olan cinsler ise 3 adet türü bulunan Riccia ve Fossombronia ile ikişer tür bulunduran Lophocolea, Cephalozia ve Scapania' dır.
Bitki tür zenginliği ve çeşitliliği ile toprak özelliklerinin uzaysal değişkenliğinin analizi: Çankırı-Yapraklı örneği
Çayır ve meralar, hayvanların ihtiyaç duyduğu kaba yemin sağlandığı en önemli doğal yem kaynakları olmanın yanı sıra, biyolojik çeşitlilik yaratması, kültür bitkileri için gen kaynağı durumunda olması, yaban hayvanlarına barınma olanağı sağlaması ve toprağı erozyona karşı koruması açısından önemlidir. Bu çalışmada, Çankırı ili Yapraklı ilçesinde bulunan yarı kurak meralarda bitki çeşitlilik ve zenginlik indeskleri ile toprak özellikleri arasındaki karşılıklı etkileşimlerinin incelenmesi amacıyla hazırlanmıştır. Çalışma alanında 2016 yılı vejetasyon süresi içerisinde toplam 180 örnekleme noktasında 1m2 lik (1x1) kuadratlarda toprak ve bitki örneklemesi yapılmıştır. Alanın bitki tür zenginliği ve çeşitliliğini belirlemek için Shannon-Wiener ve Simpson çeşitlilik indeksleri kullanılmıştır. Alınan toprak örneklerinde tekstür, tarla hacim ağırlığı (HA), toprak reaksiyonu (pH), elektriksel iletkenlik (EC), kireç içeriği (CaCO3) , toprak organik madde (TOM) içeriği ve toplam azot (TN) analizleri yapılmıştır. Çalışma alanının toprakları genellikle kumlu killi balçık, killi balçık ve kil özelliğe sahip toprakların organik maddece zengin topraklardır. Shannon-Wiener ve Simpson çeşitlilik indeksleri ve alanın genel toprak özellikleri arasında yapılan korelasyon analizi sonucunda; Simpson çeşitlilik indeksi ile Kum (r=-0.322, P<0.01) orta derece de kuvvetli negatif ilişki bulunurken, Kil (r=0.288, P<0.01, pH içeriği (r=.768, P<0.01) ve Toz (r=0.169, P<0.05) arasında orte derece de kuvvetli pozitif ilişki tespit edilmiştir. Simpson çeşitlilik indeksi ile Kum (r=-0.279, P<0.01) orta derece de kuvvetli negatif ilişki bulunurken, Kil (r=0.241, P<0.01) ve Toz (r=0.165, P<0.05) arasında orta derece de kuvvetli pozitif ilişki tespit edilmiştir. Bu ilişki doğrultusunda da yüzey haritaları oluşturulmuştur. 2018, 88 sayfa Anahtar Kelimeler: Çankırı-Yapraklı, Bitki Tür Zenginliği-Çeşitliliği, Toprak Özellikleri, Uzaysal Değişkenlik
Kestane kanseri (Cryphonectria parasitica)'nin biyolojik mücadelesinde kullanılan hipovirülent izolatların uygulanmasında değişik yöntemlerin etkinliğinin araştırılması
Cryphonectria parasitica adlı fungus tarafından oluşturulan kestane kanseri ile biyolojik mücadelede en yaygın yol hipovirülent izolatların aktif kanserlere uygulanması yöntemidir. Hipovirülent izolatların klasik uygulama yöntemi, kültür disklerinin veya kültürden hazırlanan macunların aktif kanser etrafında 2-3 cm aralıklarla açılan çukurlara yerleştirilmesi şeklindedir. Bu uygulama yönteminde, arazi koşullarının çalışma için uygun olmaması, kanserlerin büyük olması, fazla iş gücü ihtiyacı gibi bazı zorluklarla karşılaşılmaktadır. Bu nedenle, çalışmada hipovirülent uygulamalarını pratikleştirmek amacıyla değişik yöntemler denenmiş ve etkinlikleri değerlendirilmiştir. Uygulama sahaları kestane meyve üretiminin fazla olduğu İzmir ve Aydın ilinden seçilmiştir. Hipovirülent izolatlar macun ve seyreltilmiş macun şeklinde hazırlanmıştır. İzmir'de Bayındır Orman İşletme Müdürlüğü, Beydağ Orman İşletme Şefliği sınırlarında 24 kansere deliklere macun, Aydın'da Sultahisar ilçesi Malgaçmustafa köyünde seçilen kestane bahçesinde ise 6 şar kansere; deliklere macun, çivili düzenekle yaralanmış kanserlere seyreltilmiş macunun fırça ile uygulanması ve çivili düzenekle yaralanmamış kanserlere seyreltilmiş macunun fırça ile uygulanması, olmak üzere 3 yöntem ile toplam 18 kansere uygulama yapılmıştır. Uygulamadan bir yıl sonra her üç yöntemle yapılan uygulamalarda kanserlerde iyileşmeler görülmüştür. Uygulamadan iki yıl sonra ise tamamen iyileşmiş kanser sayıları artmıştır. Sonuçlar uygulamaların başarılı olduğunu göstermektedir. Ayrıca çalışmada; özellikle bu yörede temmuz-ağustos aylarında yoğun çıkış yapan Cossus cossus L. (Lepidoptera: Cossidea) uygulama yerlerinde şiddetli kabuk zararı oluşturmuştur. Bu nedenle kızıl kurt zararı olan yerlerde hipovirülent uygulamalarının en geç haziran ayı ortalarına kadar yapılmasının uygun olacağı gözlemlenmiştir.
Moleküler marker tekniklerden yararlanarak cin mısırı hatlarında genetik uzaklıkların belirlenmesi
Dünyada teknolojinin gelişmesiyle üretim ve tüketim şekillerinin farklılaşıp değiştiği, her geçen gün mevcut yaşam koşullarını daha iyiye götürmek için çeşitli çalışmalar gerçekleştirilmektedir. Hızla artan dünya nüfusunun gıda üretimi yeterli görülse de birçok insan açlık tehlikesiyle karşı karşıya kalmaktadır. Bu nedenle artan nüfusun beslenme ihtiyacı ancak birim alandaki alınacak verimin yükseltilmesiyle sağlanacaktır. İstatistik verilere göre insan beslenmesinde tüketilen günlük kalorinin % 22'si mısır bitkisinden karşılanmaktadır. Mısır dünyada 157.1 milyon ha.ekim alanı ve 578.2 milyon ton üretim ile toplam ekim alanlarının %18.6'sını, üretimin ise %27'sini oluşturmaktadır. Türkiye'de ise 700 bin hektar ekim alanı ile toplam tahıl ekilişinde %4.6 pay alırken, 2.7 milyon ton üretimi ile toplam %8.0 pay almaktadır. Bu çalışmada 64 adet cin mısırı hattı kullanılarak, patlama özelliği, adaptasyon yeteneği, kalite ve verim değeri yüksek ürün elde etmek amacıyla akrabalık derecesi birbirine yakın olan hatların belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu işlemlerin gerçekleşmesi için 35 adet SSR primeri kullanılarak dendrogram oluşturulmuştur. Dendrogramın sonucunda incelenen mısır hatları arasında geniş bir genetik varyasyon tespit edilmiş ve 6 adet küme meydana gelmiştir. CM19 ve CM44 hatları tek başlarına ayrı grup oluşturmuşlardır. CM19 hattı BATEM tarafından Aydın popülasyonundan geliştirilmiş bir hat olurken, CM44 hattı KTAE tarafından Cin mısır popülasyon ıslahı kapsamında geliştirilmiş bir hattır. Araştırmada kullanılan saf mısır hatları içinde CM39 ve CM40 hatları ile, CM49 ve CM50 hatları birbirlerine en yakın hatlar olarak tespit edilmişlerdir.
Bazı tıbbi adaçayı (Salvia officinalis L.) hatlarının kuraklık stresine dayanıklılığının belirlenmesi
Bitki gelişimini etkileyen en önemli stres etmenlerinden birisi de kuraklık stresidir. Su diğer bitkilerde olduğu gibi tıbbi ve aromatik bitkilerin verim ve gelişimi üzerinde de önemli bir etkendir. Fakat geleneksel olarak yetiştiriciliği yapılan kültür bitkilerinin aksine Salvia officinalis L. bitkisinin de aralarında bulunduğu birçok tıbbi ve aromatik bitkide, bitki ve su ilişkileri tam olarak anlaşılamamıştır. Tıbbi kullanımı Avrupa'da resmi olarak kabul edilmiş olan adaçayı, ülkemizde tıbbi adaçayı olarak isimlendirilen Salvia officinalis L. bitkisidir. Bu tür, Türkiye'de doğal olarak yayılış göstermemektedir. Tıbbi adaçayı, ilk çağlardan beri yararlanılan bir tıbbi bitki olup; gıda, eczacılık, parfümeri ve kozmetikte kullanılmaktadır. Bu çalışmada 2016 yılı yetiştirme döneminde saksılarda çelikten yetiştirilen Salvia officinalis L. türüne ait 4 hattın kuraklık stresine dayanıklılıkları araştırılmıştır. Ankara Üniversitesi Ziraat Fakültesinden temin edilen bitkilerden çelik alınmış, çeliklerin köklenmesinden itibaren %25, %50 ve %100 (Tarla Kapasitesi) su uygulaması yapılmıştır. Hasat edilen bitkilerde sulama stresi arttıkça bitkinin büyüme özelliklerinde istatistiksel olarak olumsuz etkiler gözlenmiş, uçucu yağ miktarında ise önemli değişiklikler görülmezken en iyi uçucu yağ verimi %50 sulama rejiminde alınmıştır.
Farklı coğrafik bölgelere ait çok ilaca dirençli Mycobacterium tuberculosis izolatlarının karşılaştırmalı genom analizi
Bu çalışmada, verem hastalığının etmeni olan Mycobacterium tuberculosis (MTB) bakterisinin çok ilaca dirençli suşlarının farklı coğrafik bölgelerden elde edilen izolatlarına ait genomlarının referans suş olan MTB H37rv genomu (Genbankası erişim numarası AL123456.3) ile karşılaştırıldı. Böylece, ilaç direncinde rol oynayan genomik değişimleri ve coğrafik bölgelere ait izolatlar arasındaki olası farklılıkları ortaya çıkarıldı. Arjantin izolatı olan MTB 410 (Genbankası erişim numarası CM007646) suşu ile Malezya izolatı olan PR10 suşunun (Genbankası erişim numarası CP010968) genomları üzerinde yapılan analizlerde, çoğunluğu lipit, karbonhidrat, protein ve nükleik asit ile enerji metabolizmalarına, oksidasyon-redüksiyon prosesine, transport (taşıma) işlevine ve membran yapılara ait olmakla birlikte fonksiyonu bilinmeyen proteinlerin de bulunduğu sırasıyla 435 ve 430 adet proteinde mutasyon tespit edildi. Her iki ÇİD suşta ortak olan mutasyona uğramış, lipit metabolizmasına ait 11, karbonhidrat metabolizmasına ait 6, protein metabolizmasına ait 8, nükleik asit metabolizmasına ait 16, oksidasyon-redüksiyon prosesine ait 6, enerji metabolizmasına ait 3, demir ve sülfür metabolizmasına ait 3, transport işlevi gören 10, ilaç ve ksenobiyotik metabolizmasına ait 1, virülansta görev alan 8, kofaktör metabolizmasına ait 2, sinyal iletiminde görev alan 4, membran yapılarda yer alan 3, hücre duvarıyla ilgili 1, sekonder metabolizmaya ait 4, metilasyon görevi olan 1 protein ve farklı yolaklarda görev alan 3 protein olmak üzere toplam 90 protein olduğu belirlendi. Sonuç olarak, muhtemel değişikliğe uğramış proteinlerin daha çok biyofilm oluşumu, DNA onarımı, replikasyon, transkripsiyon, translasyon mekanizmaları, oksijenli solunum, tip 7 sekresyon sistemi, iki bileşenli sinyal iletimi, poliketit sentezi, B vitamini biyosentezi, hücre duvarı, membran ve transport işlemleri ile ilgili olduğu belirlenmiştir.
Mycobacterium tuberculosis LppX proteinin rekombinant tüberküloz aşısı geliştirmede kullanımı
Tüberküloz (TB), Mycobacterium tuberculosis (MTB) bakterisinin neden olduğu bulaşıcı bir hastalıktır. Bu hastalık için kullanılan tek aşı BCG'nin erişkinlerde koruyuculuğu yetersiz kalmaktadır. Bu çalışmanın amacı, rekombinant tüberküloz aşısı geliştirmek için MTB izolatından lppX genini moleküler tekniklerle klonlayıp, LppX proteinini rekombinant olarak saflaştırarak, bu proteinin Montanide ISA 720 adjuvanıyla formülasyonunun hümoral ve hücresel bağışıklığı tetikleme kapasitelerini araştırmaktır. Bu çalışma için ilk olarak ülkemizdeki bir verem hastasından izole edilmiş olan M. tuberculosis suşundan lppX geni pGEM-T, sonrasında pET28a vektörüne klonlanlanarak E. coli BL21 suşuna aktarılmıştır. E. coli'de ifade edilen his-tag'lı rekombinant LppX proteini nikel kolonkullanılarak saflaştırılmış ve Montanide ISA 720 VG adjuvanı ile 7:3 oranında aşı formülasyonu hazırlanmıştır. Aşı formülasyonu, adjuvan ve BCG aşısı, Balb/c farelere enjekte edilmiş ve farelerden belirli aralıklarda serum toplanmıştır. Western blot tekniği rekombinant proteini kalitatif olarak görüntülemek için yapılmıştır. Rekombinant proteine ve BCG aşısına özgün serum kullanıldığında beklenen büyüklükte bantlar gözlenirken, sadece adjuvana özgün serum kullanıldığında bant gözlenmemiştir. Hümoral ve hücresel bağışıklığı tetikleme kapasiteleri değerlendirilmiştir. Bağışıklama öncesinde ve sonrasında IgG değerleri karşılaştırıldığında, hazırlanan aşı formülasyonunun hümoral bağışıklık yanıtını anlamlı düzeyde artırdığı belirlenmiştir. Hücresel bağışıklığı tetikleme kapasitesi serum interferon-gama (IFN-γ) ve interlökin-12 (IL-12) düzeyleri ile ölçülmüştür. LppX formülasyonunun IFN-γ düzeyini artırmada BCG aşısı kadar etkin olduğu, ancak IL-12 tetiklemede yetersiz kaldığı gözlemlenmiştir. Daha sonra yapılacak çalışmalarda, farklı immünojenik proteinlerle oluşturulacak ikili veya üçlü füzyonların daha etkili olabileceği düşünülmektedir.
Androctonus crassicauda akrep venomunun protein içerik miktarının belirlenmesinde nanodrop ve bradford yöntemlerinin karşılaştırılması
Akrepler besin temin etmek ve kendilerini savunmak için venom üretebilirler. Akrep sokmaları insanlarda ciddi bir zehirlenmeye neden olabilir. Bu nedenle, zehirlenmeler Dünya'nın tropik ve subtropikal bölgelerinde önemli bir halk sağlığı problemidir. Venom küçük peptitler, nörotoksinler, hemotoksinler ve sitotoksinler gibi biyolojik açıdan aktif moleküller için zengin bir kaynaktır. Böylece, araştırmacılar özellikle ilaç endüstrisinde farklı hastalıkları iyileştirmek için yeni etken maddeler bulmaya çalışmaktadır. Bu çalışmada, Androctonus crassicauda akrep venomunun protein içerik miktarının belirlenmesinde NanoDrop ve Bradford yöntemlerinin analiz sonuçlarının karşılaştırılması amaçlanmıştır.
Çankırı ilinde trafik ve karayollarının memeli hayvanlar üzerine etkisi
Çankırı ili kuzeyi Karadeniz güneyi ise İç Anadolu özelliği gösteren ve yaban hayatı türleri bakımından zengin bir çeşitliliğe sahiptir. Türkiye genelinde karayolları ve trafiğin yaban hayatına olan etkisi giderek artan popüler bir konu haline gelmektedir. Ancak henüz bu konu ile ilgili kapsamlı bir çalışma bulunmamaktadır. Çankırı ilinde 2015-2019 yılları arasında önemli iki karayolu üzerinde (D-100 Çerkeş-Tosya ve D-765 Ankara il sınırı-Kastamonu İl sınırı) memeli hayvanları ile ilgili çarpışma vakalarını ve bu vakaların sık olduğu sıcak noktaları belirlemek amacıyla bu çalışma yürütülmüştür.
Çankırı ilinin avifaunası
Bu çalışmada; Anadolu Bölgesi ile Karadeniz Bölgesi'nin sınırında bulunan Çankırı ilinin kuş türlerinin tespitini sağlamak, yayılışlarını belirlemek amaçlanmıştır. Çankırı ili sınırları dâhilinde 4 farklı mevsimde 2013-2018 yılları arasında 73 paftaya ait (toplam 73 adet pafta içeren; 32 adet bağımsız, 41 adet komşu illerle ortak pafta) 148 farklı gözlem noktasında gerçekleştirilen arazi çalışmaları ile 50 farklı familyaya ait 182 farklı tür kaydedilmiştir. Gerçekleştirilen arazi çalışmalarında tespit edilen 182 farklı türün koruma durumları göz önünde bulundurulduğunda; IUCN kriterlerine göre 1 tür VU statüsünde, 1 tür EN statüsünde, 4 tür NT statüsünde, geriye kalan 176 tür LC statüsünde; BERN kriterlerine göre 126 tür EK-II listesinde, 42 tür EK-III listesinde, 14 tür liste dışı statüsünde; CITES kriterlerine göre 25 tür EK-II listesinde, 157 tür liste dışı statüsünde; her sene yenilenen merkez av kurulu kararlarına (MAK) göre 27 tür EK-I listesinde, 19 tür EK-II listesinde ve 136 tür liste dışı statüsünde yer almaktadır.
Tavşanlarda Encephalitozoon cuniculi seropozitifliğinin araştırılması
Bu çalışmanın amacı, farklı bakım ve yetiştirme sistemine sahip tesislerdeki Yeni Zelanda ırkı laboratuvar tavşanlarında Encephalitazoon cuniculi seroprevalansını araştırmak; varsa toplanan verilerden seroprevalansı etkileyen faktörleri ortaya koymaktır. Çalışmada, açık, yarı açık ve kontrollü alanlarda barındırma yapılan; sağlanan çevresel imkanları, hijyen durumları, bakım ve besleme koşulları farklı 3 ayrı işletmeden temin edilen serum örnekleri (30 adet) ELISA kitleri kullanılarak değerlendirilmiştir. Sonuç olarak, tüm örneklerde % 63.3 oranında seropozitiflik belirlenmiştir. Hiçbir hijyen kuralı olmayan, geleneksel kümes tipi yetiştrme yapılan hayvanlar ile tamamen kontrollü sistemde yetiştirilenlerin serolojik sonuçları birbirine yakın bulunurken; geriye kalan tesisteki seropozitiflik daha düşük bulunmuştur. Elde edilen veriler ışığında, tesise alınan hayvanların orjin olarak enfekte olabileceği, tesiste enfekte bir hayvanın sürü için enfeksiyon kaynağı olabileceği, tesislerde olası yürütülen septik/aseptik kuralların etkenle mücadele için yeterli olmadığı, zoonoz karakterdeki enfeksiyonun hayvan bakıcısı, araştırmacılar için de potansiyel risk taşıdığı, sürüye entegre edilecek hayvanların serolojik taramaların yapılması ve karantina süresi sonunda uygun olan hayvanların sürü sağlığı için oldukça önemli olduğu kanısına varılmıştır.
Bazı bitki ekstraktlarının ve uçucu yağlarının Sitophilus granarius L. (Col: Curculionidae) ve Tribolium castaneum (Herbst) (Col: Tenebrionidae) üzerindeki insektisidal ve davranışsal etkileri
Depolanmış ürünlerdeki böceklerle mücadele oldukça önemlidir. Sitophilus granarius ve Tribolium castaneum depolanmış ürünlerde zarar meydana getiren önemli iki zararlı böcek türüdür. Depolanmış ürünlerdeki zararlılarla mücadelede kullanılabilecek alternatif ilaçlara ise her geçen gün ihtiyaç artmaktadır. Bu çalışmada, Achillea phrygia, Prangos ferulacea ve Salvia wiedemannii bitkilerinden elde edilen bitki ekstraktları ve uçucu yağlarının, S. granarius ve T. castaneum ile mücadelede kullanılabilirlikleri araştırılmıştır. 72 saat sonunda, S. garanarius üzerinde test edilen bitkiler arasında en yüksek kontak aktiviteyi sırasıyla % 74 ile P. ferulaceae hekzan, % 71 ile A. phrygia methanol ekstraktı göstermiştir. T. castaneum üzerinde en yüksek aktiviteyi ise 72 saat sonunda % 42 ile A. phrygia etil asetat ekstraktı göstermiştir. A. phrygia uçucu yağları 200µl/ml dozunda 72 saat sonunda S. granarius erginlerinin % 84'ünü öldürmüştür. Uçucu yağlar T. castaneum üzerinde kayda değer bir kontak toksisite göstermemiştir. Çalışmada kullanılan uçucu yağların fumigant aktiviteleri de incelenmiş fakat herhangi bir fumigant etki gözlemlenmemiştir. Bitki ekstraktları ile yapılan davranışsal etki çalışmalarında ise S. granarius üzerindeki en yüksek repellent aktivite 3. saat sonunda A. phrygia etil asetat ekstraktından elde edilmiştir. Bitki ekstraktlarının tamamı T. castaneum üzerinde yüksek oranda repellent etki göstermiştir. P. ferulacea ve A. phrygia uçucu yağları S. granarius üzerinde 1 saat sonunda en yüksek aktivitesini (% 94 ile % 98) göstermiştir. Uçucu yağlar T. castaneum üzerinde S. granarius'a göre daha yüksek aktivite göstermiştir.
Köyceğiz-Dalyan Özel Çevre Koruma Bölgesi'ndeki Anadolu Sığla Ormanlarında yarasa (chiroptera) aktivitesinin belirlenmesi
Anadolu Sığla Ormanları, yalnızca Güneybatı Anadolu ve Rodos Adası'nda doğal yayılış gösteren ve günümüzde insan kaynaklı yoğun habitat parçalanması sonucu yok oluşun eşiğine gelmiş relikt – endemik bir orman ekosistemidir. Bu ormanların subasar orman karakterinde olması, sürekli zemininde su barındırması, kışları ılık yazları nemli bir mikroklima sunmasından dolayı yarasaların habitat tercihi açısından incelemeye değer bir yapı olarak ön plana çıkmaktadır. Bu çalışma ile yarasaların bir orman ekosistemlerindeki varlığı ve çeşitliliği, orman ve yarasa ilişkisi, orman ekosistemindeki yarasaların ekolojik zincirdeki yeri ele alınmıştır. Bu kapsamda Muğla İli'nde Köyceğiz-Dalyan Özel Çevre Koruma Bölgesi sınırları dahilinde yer alan Anadolu Sığla Ormanları içerisindeki yarasa tür çeşitliliği, tür zenginliği ve aktivite yoğunluğu analiz edilmiştir. Böylece örnek bir sığla ormanında yarasa varlığının ve çeşitliliğinin belirlenmesi, aktivitelerinin ve ormanı kullanma durumlarının tespit edilmesi amaçlanmıştır. Temmuz 2017 – Temmuz 2019 dönemleri arasını kapsayan bu çalışma süresince 30 hektar ile 250 hektar genişlikleri arasında değişen 10 farklı Anadolu Sığla Ormanı parçasında ampirik gözlemlerin yanı sıra ağ kurulumu, atrap kullanımı, 18 adet yarasa kutusu (evi) yerleştirimi, 1 adet manuel ve 2 adet full-spektrum yarasa detektörü (toplamda 67gün – 1978 adet ses kaydı) kullanımı metot olarak tercih edilmiştir. Tüm bu çalışmaların sonucunda toplamda 11 yarasa türünün varlığı Anadolu Sığla Ormanları'ndan ve yakın çevresindeki bağlantılı habitatlardan kaydedilmiş olup, bu türlerden Myotis daubentonii, Myotis emarginatus, Pipistrellus nathusii, Pipistrellus pygmaeus, Plecotus macrobullaris bölge için ilk kez kaydedilmiştir.
Helianthemum germanicopolitanum Bornm.'un in vitro çoğaltımı
Bu çalışmada, yarı kurak ve kurak alanlara sahip Çankırı ilinde, lokal endemik olarak yetişen, tıbbi aromatik bitkiler arasında yer alan ve ayrıca yok olma tehlikesi altında bulunan (EN) Helianthemum germanicopolitanum Bornm. bitkisinin, in vitro teknikler yardımı ile çoğaltımı ve aklimitizasyonu amaçlanmıştır. Bu doğrultuda H. germanicopolitanum' un in vitro yöntemle çoğaltımı için 3 farklı temel besin ortamı [a) Murashige ve Skoog (MS) b) Gamborg's B5 c) Nitsch & Nitsch (N&N)], 2 farklı katılaştırıcı (agar 7g/L-gelrite 2.1 g/L), 8 sitokinin ve 8 oksin [a) 6-benziladenin (BA)-(0 mg/L, 0,5 mg/L, 1 mg/L, 2 mg/L), b) Kinetin (KIN)-(0 mg/L, 0,5 mg/L, 1 mg/L, 2 mg/L), c) Indol-3-bütürik asit (IBA)-(0 mg/L, 0.25 mg/L, 0.5 mg/L, 1 mg/L), d) α-naftalenasetikasit (NAA)-(0 mg/L, 0.25 mg/L, 0.5 mg/L, 1 mg/L)] dozunun yer aldığı 64 farklı kombinasyonda hazırlanan bitki büyüme düzenleyicilerle birlikte besin ortamlarına 30 g/L sakaroz ilave edilmiş ve ortamın pH'sı 5.7'ye ayarlanmıştır. Bitkinin çoğaltımı aşamasında, sık sık yüzeysel ve içsel enfeksiyona rastlanmış ve bu durum geliştirilen protokolle çözüme ulaştırılmıştır. In vitro çoğaltım aşamasında en iyi sürgün gelişimi (1.141) ve sürgün uzunluğu (0.572) Gamborg's B5 besin ortamında KIN (0.5 mg/L)+IBA (0.5 mg/L) BDM kombinasyonu bulunan ve gelrite ile katılaştırılan ortamda elde edilmiştir. Maksimum sürgün sayısı (19.5) ise MS besin ortamında BA (1 mg/L)+IBA(0.5 mg/L) BDM kombinasyonu bulunan ve agar ile katılaştırılan ortamda elde edilmiştir. Köklendirme aşamasında ise maksimum kök sayısına (30) MS besin ortamında katılaştırıcı olarak gelrite kullanılan ortamda ulaşılmıştır. Sürgün ve kök gelişimi bakımından H. germanicopolitanum bitkisini en iyi temsil eden 100 adet bitki aklimitizasyon aşamasına alınmıştır. Bu bitkilerden 32 tanesi dış koşullara uyum göstermiştir.
Epigenetik düzenlemelerin haşhaş (papaver somniferum L.)bitkisinde morfin yolağı üzerine etkilerinin belirlenmesi
DNA metilasyonu, ökaryotlar canlılarda gen transkripsiyon aktivitesinin kontrol edil-mesini kolaylaştıran önemli bir epigenetik süreçtir. Belirlenen genin metilasyon durumu hakkındaki bilgiler, ilgili genin regülasyonu hakkında bilgi vermektedir. Bu çalışmada önemli alkaloit kaynağı (BIA) olan haşhaş, (Papaver somniferum L.) bitkisinde morfinin biyosentez yolağında rol olan gen ve gen bölgeleri üzerinde epigenetik düzenlemelerden en önemlisi olan metilasyonun etkileri ilk kez araştırılmıştır. Araştırmada materyal olarak TMO'dan elde edilen morfin içeriği yüksek P. somniferum Ofis 1 ve Ofis 2 çeşitleri ile morfin içeriği düşük olan Ofis 95 ve Ofis 96 afyon haşhaş çeşitleri, 21 MSAP markör kullanılarak çeşitler arasındaki metilasyon seviyeleri karşılaştırılmıştır. DNA metilasyon seviyeleri "Metilasyona Duyarlı Amplifikasyon Polimorfizmi" (Methylation Sensitive Amplification Polymorphism - MSAP) yöntemi kullanılarak belirlenmiştir. Çalışmada aynı zamanda morfin içerikleri farklı haşhaş çeşitlerinin yaprak, kapsül ve gövde dokuları kullanılmış ve metilasyonun morfin biyosentezindeki rolünün yanısıra farklı organlar üzerindeki etkileri de aydınlatılmıştır. Sonuçlar bize farklı BIA içeriğine sahip afyon haşhaş çeşitlerinin metilasyon profilininin farklı olduğunu göstermektedir. Ayrıca Çeşitlerin kapsül ve yaprak doku örnekleri bakımından da farklı metilasyon profili göstermektedir. Gen ifadesini düzenleyiciler gen ekspresyonunu dokuya özgü etkileyerek bizim çalışmamızda farklı metilasyon profilini görmemize sebep olmuştur. Farklı DNA metilasyon durumu, özellikle afyon haşhaşındaki alkaloit içeriği söz konusu olduğunda önemli biyolojik anlamlara sahip olabilir. Farklı organlarda ortaya çıkan farklı epigenetik profiller bize DNA metilasyonun BIA biyosentezi üzerinde etkili olabileceğini ve bunun da organ seviyesinde daha da belirgin ve önemli olduğunu göstermiştir.
Epigenetik düzenlemelerin afyon haşhaşı (Papaver somniferum L.) bitkisinde tebain yolağı üzerine etkilerinin belirlenmesi
DNA metilasyonu, gen ekspresyonunun düzenlenmesini etkileyen başlıca epigenetik modifikasyonlardan biridir. Papaver somniferum L. önemli bir tıbbi bitkidir. Lateksi, zengin bir farmasötik benzilizokinolin alkaloid (BIA) kaynağı olan afyon içermektedir. Burada, MSAP moleküler markörleri kullanılarak afyon haşhaşı çeşitleri arasındaki DNA metilasyon seviyelerini karşılaştırmak için tebain biyosentezi yolağında görev alan gen ve gen bölgeleri üzerinde epigenetik düzenlemelerin metilasyona duyarlı amplifikasyon polimorfizm (MSAP) profilleme tekniği uygulanmıştır. Bu kapsamda tebain yolağında epigenetik düzenlemelerde metilasyonun etkileri ilk kez araştırılmıştır. MSAP profili, farklı BIA içeriğine sahip Papaver somniferum L. çeşitleri arasındaki farklı metilasyon durumunu yansıtmıştır.
Farklı BIA içeriklerine sahip haşhaş çeşitlerinde üç farklı gen düzenleyici elementin (transkripsiyon faktörü, miRNA, transpozon) ifade analizleri
Haşhaş (Papaver somniferum L.), benzilizokinolin alkaloitler (BIA), adını verdiğimiz kodein, morfin, narsein, sanguinarin, papaverin ve noskapin gibi farmasötik özelliklere sahip ekonomik ve tıbbı öneme sahip bir bitkidir. Bu tez çalışmasında TMO'dan elde edilen P. Somniferum L. morfin içeriği düşük Ofis 95, morfin içeriği düşük Ofis 96 çeşidi, morfin içeriği yüksek Ofis1 çeşiti, morfin içeriği yüksek olan Ofis 2 çeşidi, tebain içeriği yüksek olan Ofis-T çeşidi ve noskapin içeriği yüksek olan Ofis-NP çeşitleri kullanılmıştır. Haşhaş bitkisinde gen ifadesi düzenleyicilerin (Transkripsiyon Faktörü, miRNA, Transpozon) alkaloitler ile olan ilişkileri birlikte araştırılmıştır.
Mycobacterium tuberculosise ait hspR geninin tütün bitkisine aktarılması
Bu çalışmada, M. tuberculosis bakterisinde virülans faktörlerinden birisi olan HspR proteinini kodlayan genin pGFPGUS+ vektörüne klonlanarak tütün bitkilerine aktarılması, daha sonra transgenik tütün bitkilerinin doğrulanması amaçlanmıştır.
Mycobacterium tuberculosis MMAA4 proteininin tütün bitkisinde üretilmesi
Mycobacterium tuberculosis'in neden olduğu tüberküloz (TB), günümüzde de çok sayıda insanın ölümüne yol açan aşı ile önlenebilir bir hastalıktır. BCG, TB'a karşı kullanılan tek onaylı aşıdır, ancak bu aşının yetişkinlerde ve yaşlılarda korunması yetersizdir. Yeni etkili anti-TB aşıları geliştirmek için çalışmalar devam etmektedir. Bu çalışmanın amacı, M. tuberculosis'in virülans faktörlerden biri olan ve immün yanıtı tetikleme kapasitesi gösterilen MmaA4 proteinini kodlayan geni tütün bitkilerine aktarmak ve rekombinant TB aşısının geliştirilmesi için MmaA4 antijenik proteininin tütün bitkisinde potansiyel üretimini sağlamaktır. Bu amaçla, M. tuberculosis mmaA4 geni pGFPGUS+ vektörüne klonlandı. Daha sonra pGFPGUS+mmaA4 ve kontrol grubu olarak sadece pGFPGUS+ plazmitleri Agrobacterium tumefaciens'e aktarıldı. Rekombinant A. tumefaciens hücreleri aracılığıyla tütün bitkileri transforme edildi. pGFPGUS+mmaA4 ile oluşturulan transgenik tütün bitkilerinde mmaA4 geninin varlığı PZR yöntemiyle doğrulandı. Rekombinant MmaA4 proteininin transgenik tütünlerde üretimini göstermek için SDS-PAGE ve Western blot analizleri gerçekleştirildi ancak mmaA4 genini taşıyan ve taşımayan transgenik bitkiler arasında bir fark gözlenmedi. Transgenik tütünlerde MmaA4 proteininin üretiminin görülmemesi, bakteri geninin bitkide ifade edilmesi için kodon optimizasyonu yapılmamasına bağlanmıştır.
Iraklı kadın meme karsinomu hastalarında fare meme tümörü benzeri (MMTV-benzeri) virüsün moleküler tespiti
ÖZET Yüksek Lisans Tezi IRAKLI KADIN MEME KARSİNOMU HASTALARINDA FARE MEME TÜMÖRÜ BENZERİ (MMTV-BENZERİ) VİRÜSÜN MOLEKÜLER TESPİTİ Hasan Ali Mohammed AL-CHAABAWI Çankırı Karatekin Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyoloji Anabilim Dalı Danışman : Dr. Öğr. Üyesi Müge FIRAT / Türkiye Eş Danışman : Prof. Dr. Mohammed E. MANSUR / Irak Fare meme tümörü virüsünün (MMTV) 74 yıldan uzun bir süre önce anne sütü yoluyla bulaşarak, tarla ve deney farelerinin %95'inde meme tümörlerine neden olduğu keşfedilmiştir. MMTV'nin keşfinden bu yana, insanlarda da meme kanserine sebep olan benzer virüslerin nedenler bulmak için pek çok araştırma başlamıştır ve insan meme tümörü virüsü (HMTV) keşfedilmiştir. HMTV, MMTV-benzeri virüs olarak da anılmaktadır. İnsan meme kanseri çalışması için bir hayvan modeli olarak kabul edilen MMTV-benzeri virüs, anneden kızına süt emme yoluyla bulaşabilmektedir. Bu tez çalışmasında; Iraklı kadın meme kanseri hastalarından alınmış olan doku biyopsilerinde, moleküler yöntemler kullanılarak fare meme tümörü-benzeri virüsü env geni varlığı ve meme kanseri ile ilişkisi araştırılmıştır. Elde edilen pozitif sonuçlar, benzer çalışmaların yapıldığı ve raporlandığı diğer bazı ülkelerin sonuçları ile karşılaştırılmıştır. 2021, 44 sayfa ANAHTAR KELİMELER: Meme kanseri, MMTV-benzeri virüs, PZR, Irak.
Propolis ektresinin Candida albicans üzerine antifungal etkisi
Propolisin eski yıllardan beri geleneksel tıpta çeşitli hastalıkların tedavisinde kullanılan biyolojik antifungal aktivitelere sahip olduğu çok bilimsel çalışmalar ile gösterilmiş üründür. Çalışmamızda %20 lik etanol içeren Propolisten hazırlanan 7 farklı dozun idrar yolu enfeksiyonuna neden olan 21 Candida albicans izolatına karşı antifungal etkisi disk difüzyon yöntemi ile denenmiştir. Antifungal kontrole göre daha düşük etki gösterdiği görülmüştür. 21 C.albicans izolatının 6'sında inhibasyon zonu görülmüştür. Oysa kullanılan antifungal kontrol ise tüm izolatlarda inhibasyon zonu oluşturmuştur. Bu antifungal kontrole göre düşük etki oranının izolatların virülensliğine ve propolisin toplandığı yörenin bitki örtüsüne göre konsantrasyon oranının farklı olabileceği için daha detaylı çalışma yapılması kanısına varılmıştır
Yanık ve solunum sıstemı enfeksıyonlarından ızole edilen staphylococcus aureus'takı iki vırülans faktör geninin moleküler çalışması
Bu çalışma, aşağıdakileri izole etmeyi ve tanımlamayı amaçlamaktadır: S.aureus'un yanık ve bademcik iltihabı örneklerinden toplanan klinik izolatları, S. aureus genlerinin polimeraz zincir reaksiyon tekniği (PCR) ile araştırılması, S. aureus'un kümelenme faktörü A (clfA) ve fibronektin bağlayıcı protein A (fnbA) genlerinin genetik polimorfizmlerinin belirlenmesi. Gözlemlenen varyantlar, ilgili genomik DNA dizileri içindeki konumlarına göre lokalize edilmiştir. Bu çalışma, Irak'ın Thi-Qar eyaletindeki Al-Hussein Eğitim Hastanesinde Şubat-Temmuz 2020 döneminde yanık hastalarından ve bademcik iltihabı olan hastalardan alınan sürüntülerden toplanan 80 sürüntüyü içermektedir. Staphylococci'nin tam izolatları mikroskobik, morfolojik ve biyokimyasal testlerle tanımlanır. Mannitol tuzlu agarda sadece 65 izolat (% 81,25) pozitif üreme gösterdi ve S. aureus tanısı aldı. Sonuçlar, S. aureus oranının yüksek olduğunu ve en yüksek sonuçların (≤ 10 yaş) yaş grubunda kayıt altına alındığını açıklarken, yanık ve bademcik iltihabı örneklerinde en düşük sıklığın 2 (% 2,5) ile (51-60 yaş) yaş grubundaki hastalarda görüldüğü tespit edilmiştir. Moleküler tanı sonuçları, S. aureus'un % 81.54'ünün A genine sahip olduğunu, fnb geninin prevalansının ise % 18.46 olduğunu göstermiştir. Clf A ve fnb genlerinin yüzdesi, izolasyon bölgesi ile ilişkili olarak farklılık gösterir; bu, izolatların % 82.86'sına bölünmüştür ve izolatların % 80'i yanık ve bademcik iltihabı örneklerinin clf A geni için pozitif sonuçlar verirken, fnb geni % 20 ve 16.67'ye bölünmüştür. Yanıktan 7/35, yanık ve bademcik iltihabı örneklerinden 5 / 30'a bölünmüştür. Mevcut sonuçlar, clfA geninin büyütülmüş 288 bp fragmanında saptanabilir herhangi bir nükleik asit varyasyonunun olmadığını göstermektedir. Bununla birlikte, fnbA geninde birkaç mutasyon tanımlanmaktadır. Hem üretilen clfR tabanlı hem de fnbA tabanlı filogenetik ağaçlar, incelenen her iki numuneye göre doğru konumlandırmayı göstermektedir. Bu kapsamlı ağaçlar, belirlenen mutasyonları ilgili organizmalarla paylaştırmak için yapılmıştır. Halihazırda inşa edilen filogenetik, S. aureus örneklerinin doğru konumlandırılması ve ilgili dizileri açısından bilgilendirici kapsamlı veriler sağlar. Bu nedenle, hem üretilen clfA tabanlı hem de fnbA tabanlı filogenetik ağaçlar, incelenen örnekler arasındaki filogenetik ilişkiler açısından doğrulanmış bir kimlik sağlar.
Kedilerde Toxoplasma gondii seropozitifliğinin araştırılması
Bu çalışmanın amacı, farklı bölgelerde yaşayan kedilerdeki Toxoplasma gondii seroprevalansını araştırmaktır. Çalışmaya dahil olan kedilerin ırk, yaş, cinsiyet, yaşam alanı, beslenme şekli gibi bilgiler toplanmıştır. Alınmış olan serum örnekleri (50 adet) Sabin-Feldman Dye testi ile serolojik olarak incelenmiştir. Sonuç olarak, tüm örneklerde %24 oranında seropozitiflik belirlenmiştir. Irk ve yaşa bağlı seropozitiflik yönünde bir ilişki bulunamamıştır. Ancak pozitif çıkan 12 kediden %75'inin sokak geçmişi olduğu görülmüştür. Daha önce yapılan çalışmalarda ise ev veya sokakta yaşayan kediler arasında seropozitiflik yönünden bir fark olmadığı görülmüştür. Toxoplasma gondii'nin bulaşmasındaki temel faktörlerden biri çiğ et tüketimi olmasına rağmen bu çalışmada pozitif çıkanların çoğu çiğ gıda yerine kuru ve yaş mamayla beslendiği görülmüştür.
Irak'ta tümör marker ve gen karakterizasyonu tarafından kullanılan mesane kanserinin erken yaşta tanımlanması
Kanser daha ziyade genetik temelli bir hastalık olarak değerlendirilmektedir. Öyle ki hücre proliferasyonunun kontrolsüz bir hale geldiği ve tümör oluşumu ile karakterize edilen çok basamaklı bir neoplaziyi tanımlayan bu hastalık bireyin genetik yatkınlığına bağlıdır mesane kanseri, tütün gibi farklı kanserojen ajanlara çevresel maruziyetten sonra ve mesleki maruziyetin yanı sıra çoklu genetik ve epigenetik değişikliklerin ardışık birikimi nedeniyle ortaya çıkar. Bu moleküler değişiklikler, kontrolsüz hücre çoğalması, hücre döngüsünün deregülasyonu ve farklılaşması, hücre ölümü veya apoptozda azalma, istila bloğu ve metastaz ile sonuçlanır. Belirli genetik değişiklikler, epigenetik ve protein ekspresyonu, bu sinyal yollarının etkileşimi gibi bir çift olarak ortaya çıkar ve büyüme, çare, ilerleme ve metastaz yapma yeteneği dâhil olmak üzere tümörün biyolojik davranışını belirler. Tümör kaslarında en sık görülen değişiklikler Papiller invazif düşük dereceli FGFR3 mutasyonel aktivasyonu, kromozom 9'un heterozigotluk kaybı (LOH), PIK3CA ve RAS genlerinin mutasyonel aktivasyonu ve TSC1'in mutasyonel inaktivasyonunu içerir. Kas invaziv tümörlerde yaygın değişiklikler arasında TP53 ve RB1 inaktivasyonu, PTEN ekspresyonunun azalması (mutasyon, LOH, homozigot delesyon veya diğer mekanizmalar yoluyla), ERBB2 amplifikasyonu, 6p22 amplifikasyonu, kromozom delesyonları 8 ve hedefleri olan diğer Genomik değişiklikler yer alır. CpG adalarının hipermetilasyonu, sıklıkla tümör baskılayıcılar da dahil olmak üzere kanserdeki kritik genlerin transkripsiyonel susturulmasıyla ilişkilidir.
Helicobacter pylori ve mide kanseri vakalari arasindaki ilişki
Kanser terimi, farklı dokularda meydana gelen 200'den fazla hastalığı kapsayan genel bir terimdir. Kanser terimi ile ifade edilen hastalıkların her birinin görülme sıklığı, yayılma ve hayatta kalma oranları ile ilgili özellikler hastalığa özgüdür. Bununla birlikte, tek bir ilk bölgeden kontrolsüz hücre bölünmesi, tüm kanser türleri için ortak bir özellik gibi görünmektedir. İkna edici kanıtlar, bazı türleri karsinogenez ile ilişkilendirirken, diğerleri kanserlerin teşhisi, önlenmesi veya tedavisinde umut verici görünmektedir. Bu nedenle bakteri türleri ve rolleri, özellikle kanserler, farklı bireyler arasında farklılık gösterir. Bununla birlikte birçok tür, önemli bir özelliği paylaşır: yüksek düzeyde alana özgü kolonizasyon. Bu kritik faktör, invazif olmayan teşhis testlerinin, yenilikçi tedavilerin ve kanser aşılarının geliştirilmesine yol açabilir. Klasik örnekler, Helicobacter pylori tarafından indüklenen mide adenokarsinomu, bovis grubunun streptokokal bakteremi ile kolon kanseri ve Helicobacter türleri (gastrik MALT) ve Chlamydophila spp ile bağlantılı olarak mukoza zarlarıyla (MALT) ilişkili lenfoid doku lenfomalarıdır. (MALT eyepieces). Bu patojenlerden herhangi birinin izolasyonu, kötü huylu bir hastalığın araştırılmasına neden olmak için bir uyandırma çağrısı olmalıdır.
Hastaların solunum sistemlerinden izole edilen klinik örneklerde Klebsiella pneumoniae teşhisinin moleküler ve biyokimyasal olarak incelenmesi
Klebsiella pneumoniae, hastane enfeksiyonlarına neden olan ve geni¸sletilmi¸s spektrumlu beta-laktamaz üretebilen bir patojendir. K. pneumoniae'nın moleküler teknikler kullanılarak tanısı ne kadar hızlı yapılabilirse, daha hızlı sonuç elde edilerek, bu bakterinin neden oldugu hasar önlenebilecektir. Bu çalı¸smada Irakta Al–anbar Kadın ˘ ve Çocuk Uygulama ve Ara¸stırma Hastanesindeki hastalardan alınan solunum yoluna ait klinik örneklerinden K. pneumoniae izolatların ile biyokimyasal ve moleküler tanısının ortaya konulması amaçlanmı¸stır. Bu çalı¸sma da hastaların solunum yollarından alınan numuneler K. pneumoniae'nın moleküler tanısı hedeflendi. Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) yöntemi uygulandı. Patojen tespiti içim 16S rDNA ve rmpA genlerini hedefleyen spesifik primerler tasarlandı. Özel olarak tasarlanmı¸s primerler ve bir probu kullanıldı., PCR-ELISA yöntemi ile 2pg/µl K. pnemouniae genomunu saptayacak kadar duyarlı bir analiz yapıldı. PCR-ELISA, K. pneumoniae geleneksel biyokimyasal tanımlamasına kıyasla önemli ölçüde zaman tasarrufu saglamı¸stır. ˘ ANAHTAR KEL˙IMELER: Klebsiella pneumoniae, Moleküler analiz, PCR-ELISA
Irak'taki pulmoner ve ekstrapulmoner tüberkulozlu hastalari için genexpert MTB / RİF ve TB-LAMP teknikleri˙ile mycobacterium tuberculosis bakterisinin izolasyonu ve moleküler tanisi
ÖZET Yüksek Lisans Tezi IRAK'TAK˙I PULMONER VE EKSTRAPULMONER TÜBERKULOZLU HASTALARI ˙IÇ˙IN GENEXPERT MTB / RIF VE TB-LAMP TEKN˙IKLER˙I ˙ILE MYCOBACTER˙IUM TUBERCULOS˙IS BAKTER˙IS˙IN˙IN ˙IZOLASYONU VE MOLEKÜLER TANISI Yehıa Kadhım JABBER BENELLAM Çankırı Karatekin Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü B˙IYOLOJ˙I ANAB˙IL˙IM DALI Danı¸sman: Prof. Dr. Özcan ÖZKAN E¸s Danı¸sman: Dr. Ögr. Üyesi Zahid Saadoun AZ ˘ ˙IZ Tüberküloz (Verem) tüm dünyada hayatı tehdit eden bir enfeksiyon hastalıgı olarak önemli bir ˘ saglık sorunudur. Dünya nüfusunun yakla¸sık %30'u ˘ Mycobacterium tuberculosis ile enfektedir. Dünya Saglık Örgütü (DSÖ) 2020 raporuna göre 2019 yılında yakla¸sık 500.000 ki¸side rifampisine dirençli ˘ tüberküloz geli¸stigini ve bunların %78'inin çoklu ilaca dirençli tüberküloz oldu ˘ gunu bildirilmi¸stir. 2019'da ˘ 10 milyon ki¸si verem hastalıgına yakalandı. Bu nedenle enfeksiyonun erken tanı konulması tedavinin setri ˘ bakımından oldukça önemlidir. Günümüzde Mycobacterium tuberculosis kompleksinin tespiti için DNA bazlı analizlerin geli¸stirilmesi, geleneksel mikroskopi ve kültüre kıyasla duyarlılıgı önemli ölçüde ˘ artırmı¸stır. Bu çalı¸smada da Irak'taki akciger ve akci ˘ ger dı¸sı tübelkülozlu hastalarda Genexpert MTB/RIF ˘ ve TB-LAMP teknikleri ile Mycobacterium tuberculosis izolasyonu ve moleküler tanısının ortaya konulması amaçlanmı¸stır. Irak'ın orta, güney ve batı kesimlerinden Ulusal Solunum Hastalıkları Merkezi'ne ba¸svuran hastalardan 141 adet numune balgam, vücut sıvısı gibi numuler alındı. Numulere rutin aside dirençli basil testi yapıldı. Test sonucunda 58 (54 pulmoner + 4 ekstrapulmoner) numune pozitif olarak belirlendi. Moleküler tanı amaçlı olarak örnekler için Genexpert MTB/RIF ve TB-LAMP teknigi uygulandı. Bu çalı¸smaya dahil edilen ya¸s grupları 6 ile 65 ya¸s arasındadır. Erkekler, 20 (22,22%) ˘ kadınlardan 70 (% 78.77) daha fazla etkilenmi¸stir. Toplam 107 akciger örne ˘ ginden 76 örnek pozitif tanı ˘ konuldu. Ekstrapulmoner 14 örnek pozitif tanı aldı. ˙Iki vakanın rifampin direnci te¸shis edildi. Ayrıca, aynı numunelerin moleküler tanısı TB-LAMP teknigi ile pulmoner tüberküloz için 70 numune pozitif ve ekstra ˘ pulmoner örneklerden de 8 numune pozitif tanı aldı. Çalımanın sonucunda, Genexpert MTB/RIF teknigi˘ tanıda daha özgüllük ve duyarlılıga sahip oldu ˘ gunu göstermi¸stir. ˘ ANAHTAR KEL˙IMELER: Irak, Mycobacterium tuberculosis, Tanı, Moleküler teknik.
T2DM bireylerde iflamatuar belirteçlerin değerlendirilmesi
Diabetes mellitus, insülin salgılanmasındaki mutlak veya göreceli yetersizlikler ve / veya bunun kronik hiperglisemi ile bağlantılı etkisi ve çeşitli metabolizmanın bozulması ve enflamasyona yol açmasıyla tanımlanmaktadır. Bu çalışmanın amacı, tip 2 diyabetli bireylerde (n = 20) gen modülasyonunu ve serum enflamatuar belirteçlerindeki değişiklikleri; yaş-cinsiyet uyumlu sağlıklı kontrol (n = 20) ile karşılaştırarak değerlendirmektir. Mevcut kesitsel bu çalışmada; açlık kanı, glikoz seviyeleri ve enflamatuar belirteçler, yani tümör nekroz faktörü-alfa (TNF-α) ve interlökin-6 (IL-6) gibi çeşitli biyokimyasal parametrelerin araştırılması için düz ve EDTA içeren tüplerde toplanmıştır. Bu enflamatuar belirteçlerin, transkripsiyon faktörleri yani nükleer faktör-κβ (NFkβ) ile birlikte ekspresyon profilleri de incelenmiştir. Diyabet grubunda, vücut kitle indeksi ve bel-kalça oranının sağlıklı kontrole göre anlamlı olmayan düzeyde arttığı tespit edilmiştir. T2DM hastalarında, sağlıklı kontrol grubuna göre sırasıyla serum glikoz, TNF-α (P≤0.001) ve IL-6 (P≤0.001) düzeylerinde artış, TNF-α ve IL-6 genlerinin (P≤0.01), NFκB düzenleyici genleri (P≤0.05) ile birlikte ekspresyon profilinde sağlıklı kontrollere kıyasla diyabet durumunda yukarı regüle edildiği belirlenmiştir. Diyabet hastalarında allopatik medikasyon kullanılsa bile, biyokimyasal parametrelerin ve gen modülasyonunun sağlıklı kontrollere kıyasla değiştiği belirlenmiştir. Uzun süreli kullanıldıklarında, hedef etkileri ve bazı yan etkileri bilinen bu ilaçların yerine, vücutta çok az yan etkisi olacak veya hiç olmayacak daha iyi ilaç yönetimine acil ihtiyaç vardır. Anahtar Kelimeler: Tip 2 diabetes mellitus (T2DM), İnflamatuar belirteçler, Hiperglisemi
Irak'in al-anbar şehri'nde ıdrar örneklerinden izole edilen geniş spektrumlu β-laktamaz (ESBL) üreten E. coli suşlarının antibiyotiğe direnç özelliklerinin fenotiplendirilmesi ve genotiplenmesi
Bu çalışma, geniş spektrumlu beta-laktamaz (ESBL) üreten üropatojenik Escherichia coli'de (blaCTX-M, blaTEM ve blaOXA) genlerinin görülme sıklığını ve Al-Anbar/Irak Hastaneleri arasında antibiyotik direnç modellerini belirlemek için tasarlanmıştır. Analiz edilen 65 üropatojenik E. coli izolatından 52 izolatın, kombinasyon disk testi ve VITEK sistemi kullanılarak ESBL üreticisi olduğu belirlendi. E. coli içerisinde beta-laktamaz (bla) genlerinin (TEM, CTX-M ve OXA) frekansı, Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) Tekniği ile genetik olarak belirlendi. Bunlardan 29 (%55,76) ESBL üreten üropatojenik E. coli'den tamamı blaTEM ve, blaCTX-M yönünden pozitif, blaOXA geni yönünden negatif çıkmıştır. Aynı örneklerin hem blaTEM hem de blaCTX-M genlerini barındırdığı görülmüştür. TEM ve CTX-M genlerinin en yaygın genler olduğu tespit edilmiştir. Bu çalışmada izolatlar, Ticarcillin'e (%91), Piperacillin'e (%91), Seftazidime (%91), Cefepime'ye ve (%12.13) Imipenem'e direnç göstermiştir. İzole edilen E. coli, Piperacillin / tazobactam'a duyarlılık gösterirken (%69.69). Bu çalışma, Al-Anbar eyaleti / Irak'ta üropatojenik E. coli suşlarında CTX-M ve TEM genlerinin görülme sıklığını gösterirken, Irak'ta ilk kez blaOXA geni (%0) negatif sonuç ile karşılaşıldı.
Biyosentezlenen gümüş nano partiküllerin antibiyotik ile klinik izolatlara karşı kombinasyon etkisi
Temmuz 2020'den Eylül 2020'ye kadar, iki çevresel numuneye (toprak) ek olarak, yüz adet numune Bağdat Eğitim Laboratuvarlarındaki hastalarından klinik ve marketlerden gıda numunesi olarak toplandı. Klinik ve çevresel örneklerden elde edilen bakteri izolatı Vitek 2 Sistemi tarafından tanımlanmış ve 100 gıda ve klinik örnekten 50'sinde (%68,8) Klebsiella pnieumonae izolatı olduğu görülmüştür ve en yüksek oranda izolat, yanık örneklerinden 26 (%52) elde edilmiştir. P. aeruginosa izolatları (n=206) kullanılan 11 antimikrobiyal ajana karşı farklı duyarlılık göstermiştir. Amoksklavulanat'a yaklaşık (%45), Piperasilin'e (%73,12), Aminoglikozidler'e (%75,63), Florokinolonlar'a (%68,87), Seftriakson'a (%80,06), Cefoperazone'e (%53,33), imipenem'e (%13,70), Nitrofurantion'a (%56,13), Co.trimoksazoleye (%100), Tetrasiklin'e (%98,37), levofloksasin'e (%94) ve Seftazidimeye karşı (%76,09) direnç göstermiştir. Çevresel Klebsiella pnieumonae izolatı AgNP'lerin üretimi için kullanılmıştır. Gümüş nanopartiküller; UV-Vis Spektroskopisi, Atomik kuvvet mikroskobu (AFM), Taramalı elektron mikroskobu (SEM) ve Fourier-dönüşüm kızılötesi spektroskopisi (FTIR) analizi kullanılarak karakterize edilmiştir. Klinik ve gıda kaynaklı Klebsiella izolatları cam yüzey, tüp yöntemi veya Christensen's üzerinde biyofilm oluşturmak üzere test edilmiştir ve sonuçlar 6 klinik izolatın (%66,66) biyofilm üreticisi olduğunu, on sekiz gıda kökenli izolattan 10 izolatın (%52,38) cam yüzeye yapışık biyofilm ürettiğini göstermiştir. Gıda kaynaklı bir Klebsiella izolatı, PH 6 ve 37ºC'de hücre dışı (hücresiz süpernatan) bakteri kültürleri kullanılarak AgNP üretimi için taranmıştır. AgNP oluşumu için birincil görüş, reaksiyon karışımının renginin (soluk sarıdan koyu kaşa) değişmesiydi. Renkteki bu değişiklik, çentikli gözle fark edilebilir. Renk yoğunluğu arttıkça, AgNP'lerin birikimi artmıştır.
TLR4 VE IL28B genleri polimorfizmlerinin tüberküloz enfeksiyonlarının insidansı ve gelişimine etkisi
Mycobacterium tuberculosis bakterisinin neden olduğu tüberküloz, bulaşıcı ve yaygın bir hastalık olup dünyadaki başlıca ölüm nedenlerinden biridir. Bu çalışmada, 100 tüberküloz hastasından balgam örnekleri alınmış olup Ziehl-Neelsen doğrudan muayene yöntemi kullanılarak 88'i TB pozitif, geri kalanı TB negatif bulunmuştur. Tüm örnekler L-J besiyerinde kültüre alınmış ve bakteri kültürü sonuçları %100 TB pozitif bulunmuştur. Balgam numuneleri ayrıca moleküler GeneXpert sistemi kullanılarak da incelenmiştir. Sonuçlar, MTB'nin varlığı veya yokluğu sinyaline ve rifampisin direncinin varlığı veya yokluğuna göre 6 seviyeye ayrılmıştır. Bu çalışmada hastalar 8 yaş grubuna ayrılmıştır. Hastaların yaşları 4 ile 85 yaş arasında değişmektedir. Sonuçlar, en yüksek hasta yüzdesinin %28 ile 25-34 yaş grubunda kaydedildiğini, bunu %21 ile 15-24 yaş grubunun, ardından %19 ile 45-54 yaş grubunun takip ettiğini ve %10 ile 35-44 ve 54-64 yaş gruplarında eşit, %3 ile 5-14 ve %1 ile 0-4 yaş gruplarında en düşük oranlara sahip olduğunu ortaya koymuştur. Bu çalışmada erkeklerde enfeksiyon oranı %51 iken kadınlarda %49 olarak bulunmuştur. Kültürü pozitif olan 43 hasta ve 30 sağlıklı kontrol TLR4 ve IL28B genlerinin tek nükleotid polimorfizmleri açısından araştırılmıştır. Hepsinin periferik kanından genomik DNA ekstrakte edilmiş ve bu çalışma için özel olarak tasarlanmış spesifik primerler kullanılarak PCR ile hedef DNA amplifiye edilmiştir. TLR4 geninin tek nükleotid polimorfizmleri (rs1927911 ve rs10759930), MTB hastalarında ve sağlıklı kontrollerde üç genotip (rs1927911 için CC, CT ve TT ve rs10759930 için TT, TC ve CC) bulunurken, IL28B geninin tek nükleotid polimorfizmleri (rs12979860 ve rs8099917), MTB hastalarında ve sağlıklı kontrollerde üç genotip (rs12979860 için TT, TC ve CC ve rs8099917 için TT, TG ve GG) ile sunulmaktadır. Bu çalışmada, sonuç, allel T için homozigot olan hastaların pulmoner TB gelişme riskinin anlamlı olarak daha yüksek olduğunu, 12,923 olasılık oranıyla (%95 güven aralığı, 2,1621 ila 32,9812) ve p değeri=0,0221 olan hastaların allel T için heterozigot, 4,4423'lük bir olasılık oranı (%95 güven aralığı, 1,4449 ila 115,5796) p değeri=0,0060 ile pulmoner TB gelişimi için önemli ölçüde daha yüksek bir riske sahip olduğunu ortaya koymuştur. Dolayısıyla TLR4 geninin sonucu CAnahtar Kelime: Biyoloji = Biology
Talasemi a (ALFA)'nın bazı moleküler ve genetik yapısının incelenmesi
Genellikle Akdeniz ülkelerine ait ırklarda görülen ve kalıtsal bir hastalık olan Talesemi, hemoglobin yapımındaki bozukluk sonucunda ortaya çıkmaktadır. Hemoglobinde, globin parçasının iki alt birimi olan alfa ve beta zincirlerinde kalıtsal bozukluklar talesemiye yol açmaktadır. Çalışmamızda, Irak'ın Tikar Vilayetinde Yer Alan Kalıtsal Kan Hastalıkları Merkezi'ne başvuran hastalar arasından 120 tanesine erişilmiş ve deney grubu oluşturulmuştur. Hastalardan alınan numuneler kullanılarak gerçekleştirilen deneysel çalışma sonucunda, Taleseminin moleküler teşhisine yönelik anlamlı sonuçlara ulaşılmıştır. Bu çalışmada, talaseminin genetik moleküler incelemesi gerçekleştirilmiştir. Delesyon allelleri için hızlı ve güvenilir bir yöntem olarak SYBR-PCR yöntemi tercih edilmiş sonuçlar klasik PCR yöntemi ile karşılaştırılmıştır. Agaroz jel elektrofezinden elde edilen PCR ürünlerinden bant görünümü elde edilememiştir ancak SYBR-PCR yönteminde yaklaşık 20 kat daha verimli sonuç elde edilmiştir. Son olarak 120 adet DNA numunesi, 4 farklı SYBR-PCR/DC analiz teknikleri ile test edilmiştir. Sonuçların mPCR/jel elekrofez yöntemi ile tutarlı ve üstelik daha duyarlı olduğu tespit edilmiştir. ANAHTAR KELİMELER: Talesemi, Moleküler Teşhis, Genetik Özellikler, PCR,
Göğüs kanseri ve hiperlipidemili kadınlarda P53 gen polimorfizminin moleküler ve biyokimyasal çalışması
Göğüs kanseri, kalıtımsal, biyokimyasal değişiklikler ve fizyolojik bozuklukların yanı sıra çevresel ve yeme alışkanlıklarının etkileri gibi çeşitli nedenlere bağlı olduğu için Asyalı kadınlar, özellikle Iraklı kadınlar arasında yaygın bir hastalıktır. Bu çalışmanın odağı, en önemlileri tiroit bozuklukları ve kan plazmasındaki lipit seviyeleri olan bu değişikliklerden bazılarının araştırılmasına ve ayrıca p53 geninin polimorfizmi başta olmak üzere moleküler düzeydeki değişikliklerin incelenmesi üzerinedir. 100 kişiden oluşan örneklem için göğüs kanseri olan kadınlar içinden 50 örnek ve kontrol grubu olarak sağlıklı kadınlar içinden 50 örnek alınmıştır. Toplam Kolesterol, Trigliseritler ve lipoproteinlerin konsantrasyonunu ölçmek amacıyla biyokimyasal yöntemler benimsenmiş ve tiroit hormonlarının (T3, T4, ve TSH) konsantrasyonunun ölçülmesi amacıyla ELISA tekniği benimsenmiştir. Etkilenen kadınlarda hem bazı önemli biyokimyasal değişiklikler hem de moleküler düzeyde değişiklikler olmuştur. 2021, 73 sayfa ANAHTAR KELİMELER: Göğüs Kanseri, Lipidler, Tiroid bozuklukları, p53 geni
Molecular methods identification of dermatophytes using (PCR) techniques for patients in Al-Anbar governoret- Iraq
This study aims to isolate and diagnosis the Dermatophytes by mycological examinations methods in the laboratory, and identify the species that have appeared using the internal transcribed spacer (ITS) region and comparing the current local isolates with those provided by the National Center for Biotechnology Information (NCBI). Dermatophytes are predominantly caused by a group of closely related genera of Trichophyton, Microsporum, and Epidermophyton. These groups of fungi invade the stratum corneum of the skin, hair, and nails. Samples were collected from 100 patients with Dermatophytes in Ramadi Training Hospital, Anbar-Iraq. A portion of each sample was examined microscopically and the remaining portion of each sample was cultured onto plates of Saboraud Dextrose Agar added Chloramphenic and Gentamicin (SDACG). The results showed that out of the 100 cases of dermatophytes, only 60 (60 %) cases were positive by both direct KOH examination and culture, whereas false negative results was recorded in 20 (20 %) of specimens. Culture results of specimens showed nine types of dermatophytes were identified, n amely Trichophytonrubrum (26.0%), Microsporum canis (21.7%), T.mentagrophytes and their percentage (19.5), T. interdigitale (13.0%), T. ferrugineum (8.6%), T.soudanese (4.3%), and the rest of the three remaining species were Epidermophyton floccosum, T. tonsurans, T. verrcosum (2.2%). The most common clinical type of infection was tinea corporis (60.9%), and the others were as follows: Tinea cruris (19.6%), T. pedies (6.5%), T.faciei (6.5%), T. capitis (4.3%), and T. manus (2.18%). Females (52%) were more affected than men (40%). The countryside (65.2%) was more affected than the city (34.8%). The most affected age group was (31-40) years. Dermatophyte isolates were identified by studying the macroscopic and microscopic characteristics of their colonies. To ensure the correctness of their diagnosis, the primer (region ITS gene rRNA 18S) were used for the diagnosis of dermatophytes. The Polymerase Chain Reaction (PCR) products of Dermatophytes isolates were submitting to Macrogen Company for sequencing. Sequencing analysis showed nine new local strains recording in NCBI with accession numbers MW811374.1, MW811375.1, MW811376.1, MW811377.1, MW811378.1, MW811379.1, MW811380.1, MW811381.1, and MW811382.1. The genetic compatibility between the reference strain and the local strain was 99%. Keywords: Dermatophytes, Epidemiology, PCR
İdrar yolu enfeksiyonu olan hastalardan izole edilen klebsiella pneumoniae ve escherichia coli bakterilerinin antibiyotik direncinin moleküler açıdan değerlendirilmesi
İdrar yolları enfeksiyonu, sıklıkla mesanenin ve dolayısıyla üriner sistemin etkilendiği bakteriyel bir enfeksiyondur. İdrar yolları enfeksiyonuna neden olan üropatojenik bakterilerin başında E. coli gelmektedir. Üropatojenik E. coli, biyofilm oluşumu ve ürotelyal hücre invazyonu mekanizmaları ile idrar yolları enfeksiyonuna yol açmada oldukça etkin ve başarılıdır. İdrar yolları enfeksiyonlarına neden olan diğer organizamalar arasında Enterobacteriaceae ailesinin üyeleri, streptococci ve staphylococci türleri ve levürler bulunmaktadır. Ayrıca, K .penumoniae de idrar yolları enfeksiyonuna neden olan bir diğer önemli bakteridir. İdrar yolları enfeksiyonlarına yol açan bakterileri türlerinin tespitinde PCR yönteminden yararlanılmaktadır. PCR yöntemi ile standart klinik mikrobiyoloji yöntemleri kullanılarak görülemeyen bakteri türleri tespit edilebilmektedir. Bu çalışmada, İdrar yolu enfeksiyonuna neden olan K. penumoniae ve E. coli bakterilerinin antibiyotik direnci PCR yöntemi ile analiz edilmiştir. Çalışmamız kapsamında yürütülen deneyler sonucunda E.coli suşlarının virulans faktörlerinden fimA ile GSBL oluşturan genlerden CTX-M'in ilişkili olduğu, GSBL pozitif ve negatif suşlarda aynı anda birden fazla virulans faktörünün bulunabileceği, GSBL pozitif suşlarda CTX-M geni ile istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki bulunduğu bu genin GSBL negatif suşların hiç birinde saptanmadığı görülmektedir. CTX-M geninin betalaktam grubu antibiyotiklere direnç gelişiminde daha baskın olduğu görülmektedir. Çalışmamız kapsamında yürütülen deneyler sonucunda K.pneumoniae suşlarının B-laktamaz genleri (blaTEM, blaSHV, ve blaCTX-M) direnç genlerinin yüksek prevalansı ile K. pneumoniae suşlarının--laktam ve kinolon antimikrobiyallerine artan direnci arasında pozitif ilişki olduğu görülmektedir. Öte yandan, K. pneumoniae suşlarında dirençle ilişkili farklı gen üretiminin varlığını saptamak için fenotipik ve genotipik yöntemlere ihtiyaç vardır.
Ninova eyaletindeki Iraklı kadınlarda BRCA1 ve BRCA2 genleri için genetik varvasyonun tespiti ile meme kanserinin erken teşhisi
Meme Kanseri, Dünya genelinde ve Irak'ta kadınlar arasında görülen kanser türleri arasında ilk sırada gelmektedir. Meme kanserinin sıklıkla ailesel kanser öyküsüne bağlı olarak hastaneye başvuran hastalarda yapılan muayeneler ve tetkikler sonucunda tespit edildiği görülmektedir. Kalıtsal Meme kanseri, tüm meme kanseri vakalarının yaklaşık %10'unu oluşturmakta ve kalıtsal meme kanseri tanılarının büyük çoğunluğunda sorumlu genlerin BRCA1/2 olduğu bilinmektedir. BRCA1/2 germ hatlarında görülen mutasyonlar kalıtsal meme kanseri riskini yirmi kat daha fazla artırmaktadır. Bu nedenle, BRCA1/2 gen mutasyonlarının tespiti risk grubunda değerlendirilen hastaların ve mutasyon taşıyıcı aile bireylerinin teşhisi, tedavisi ve klinik yöntemlerin uygulanması için önemlidir. Yeni Nesil Dizileme Yaklaşımı, zaman, efor ve maliyet gibi unsurlar açısından klasik yöntemlerden daha yararlıdır. Yeni Nesil Dizileme yaklaşımı ile her bir hastaya özgü klinik tedavi akışı oluşturulabilir ve tedavi özelleştirilebilir. Böylelikle tedavi ve erken teşhiste oldukça iyi sonuçlar alınabilir. Bununla birlikte, Yeni Nesil Dizileme yaklaşımı, başta meme ve ovaryum kanseri olmak üzere diğer kanser çalışmalarında da kullanılarak, mevcut mutasyonların tanımlanmasının yanında, yeni keşiflerin de yapılmasını kolaylaştırmaktadır. Çalışmamızda Irak'ın Ninova kentinde yaşayan ve hayatının tamamını ya da büyük kısmını Ninova kentinde geçiren, demografik açıdan özdeş niteliklere sahip 18 – 49 yaş arası kadın hastalar üzerine çalışılmıştır. Bu çalışma kapsamında Yeni Nesil Dizileme Analizi ile katılımcıların rızaları dahilinde alınan klinik numuneleri incelenmiş ve varyantlar üzerinde anlamlı ve anlamsız mutasyonlar tespit edilmiştir. Patojenik olarak değerlendirilen varyantların biyoinformatik çalışmaları yapılmıştır. Ayrıca, klinik önemi bilinmeyen varyantlar saptanmış ve listelenmiştir. Çalışmada elde edilen sonuçlar doğrultusunda, BRCA1/2 mutasyonlarının tespiti için Yeni Nesil Dizileme yaklaşımı temelinde bir anlayışın geliştirilmesi ve mutasyonların fonksiyonel rolünün değerlendirilmesi için doğrudan laboratuvar ortamında testlerin uygulanması gerektiği sonucuna varılmaktadır. Ayrıca, çalışmamız, Yeni Nesil Dizileme tekniğinin erken teşhis ve kişiselleştirilmiş, hastaya özgü tedavi yaklaşımının geliştirilmesi yönünde bir sonuca varmaktadır. 2020, 44 sayfa ANAHTAR KELİMELER: BRCA1, BRCA2, Yeni nesil dizileme, Genetik varyasyon, Kalıtsal meme kanseri
Tip 2 diyabet hastalarında ADIPOQ ve FTO gen polimorfizimlerinin araştırılması
Bu çalışma, biri tip 2 diyabetli (T2D) ve diğeri diyabetsiz olmak üzere iki grup arasındaki, tip 2 diyabetin potansiyel belirleyicileri olarak ilişkili FTO gen polimorfizimleri (rs9939609) ve ADIPOQ gen polimorfizimlerinin (rs1501299) ilişkisini Türk popülasyonunda araştırmaktır. Çalışma, eşleşen 350 obez diyabetik olmayan kohort ile obezite ve T2D olan 350 katılımcıyı içeriyordu. DNA ekstraksiyonu için venöz kan örnekleri alındı. Spesifik primerler ve restrüksiyon enzimleri kullanılarak, her bir gen için çeşitli alelleri tanımlamak için genotiplendirme yapıldı. Tüm çalışma grupları arasında FTO tek nükleotid polimorfizmleri (rs9939609) ve ADIPOQ gen polimorfizmleri (rs1501299) için çok terimli lojistik regresyon analizi ile belirlenen genotip ve alel frekansları hesaplandı. Türk popülasyonu üzerinde yaptığımız araştırmamızın sonuçları, FTO geninin rs9939609'unun T2D oluşumu ile doğrudan bir ilişkisi olmadığını göstermektedir. Ayrıca, bu araştırmadaki bulgulara göre, her bir genotipin oranlarının (A/A, T/A, T/T) (0.12, 0.44, 0.44) ve kontrol grubu için (0.11, 0, 52, 0, 37), sırasıyla, FTOrs rs9939609A>T'nin alel frekansları da T2D vakası ve kontroller arasında önemli ölçüde farklı değildi (p-değeri =0.54). FTOrs rs9939609A>T, çalışmamızda T2D ile ilişkili değildir. Bu araştırmadaki bulgularımıza göre, hasta grubu (G/G, G/T, T/T) için her bir genotipin oranlarının (0.54, 0.38, 0.08) ve kontrol grubu için (0.42, 0.43, 0.14), sırasıyla. ADIPOQ SNP rs1501299G >T'nin alel frekansları da T2D vakası ve kontroller arasında önemli ölçüde farklı değildi (p-değeri =0.45). ADIPOQ SNP rs1501299 G>T, çalışmamızda T2D ile ilişkili değildir. Sonuç olarak, FTOrs 9939609 ve 150 ADIPOQrs1501299 ile 200 örnek arasında yaptığımız araştırma sonuçları, Türk popülasyonunda tip 2 diyabetik ve bu iki SNP arasında anlamlı bir farklılık ve korelasyon göstermedi.
Çankırı ili ve Çankırı ili Ilgaz ilçesinde ökse otu (Viscum album L.) yaygınlıkları ve yoğunluğunun belirlenmesi
Çalışma; 2018, 2019 ve 2020 yıllarında Çankırı ili ve Ilgaz ilçesi merkez ve taşra alanlarında yürütülmüştür. Bu çalışmada ökse otunun bu yörede dağılımının ve yoğunluğunun belirlenmesi amaçlanmıştır. Yol güzergâhlarında bulunan ağaçlardan örnekleme tekniği kullanılarak, çalışma gerçekleştirilmiştir. Çalışma alanının koordinatları GPS (Küresel Konumlama Sistemi) aleti kullanılarak belirlenmiş ve GPSCF (GPS Koordinat Bulucu) programı ile kayıt işlemleri yapılmıştır. Yüksek yapılı bitkilerde bulunan ökse otu kümeleri sayılarak, her ağaca ait bilgiler kaydedilmiştir. Yapılan incelemeler sonucunda Çankırı ili ve Ilgaz ilçesi sınırları içerisinde ahlat, armut, yabani alıç, badem, söğüt, kavak, akasya, karaçam, ve yabani erik ağaçlarında ökse otu saptanmış; kiraz, ayva, vişne, elma ve fındıkta ökse otuna rastlanmamıştır. Yapılan istatistiki çalışmalar sonucu rastlanma sonuçları ahlat, yabani alıç, badem, kavak, söğüt, karaçam, yabani erik, armut ve akasya için sırasıyla %94, %63, %57, %44, %25, %34, %25, %9 ve %9 olarak ortaya çıkmıştır.
Klinik örneklerden epstein-barr virüsünün moleküler çalışması
Bu çalışmada, klinik örneklerden epstein-barr virüsünün tanımlanması için 60 tam kan ve serum örneği test edilmiştir. Alınana örneklerden 18 ile 80 yaşları arasındaki hastalarda, şiddetli mononükleoz enfeksiyonu ile ilgili semptomlar ve bulgular gelişmiştir. Alınan plazma örneklerinde, Epstein - Barr virüsü, VCA-IgM, Immunoglobulin ve EBNA-IgG için pozitif olarak test edilirken, VCA-IgG pozitif, EBNA-IgG ve negatif VCA-IgM için serolojik parametreler yaklaşık dokuz ay sonraki denemelerde ortaya çıkmıştır. Bu denemelerde, EBV-DNA bulmak için polimeraz zincir reaksiyonunu (PZR) kullanmaya karar verilmişitr. EBV reaktivasyonu sırasında EBV gp220 DNA'sının (100 viral kopya) bir PZR amplifiye (saptama limiti) spesifik fraksiyonu ile serotip devam etmiştir. Tüm tam kan örneklerinde PZR pozitif sonuçlar vermiştir. Elde edilen sonuçlar istatistiksel analiz yapılarak değerlendirilmiş ve iki Kappa parametresi arasında bir bağlantı olduğu bulunmuştur (p <0,001). Tüm örneklerde EBV DNA teşhisi hastalık semptomlarına dayanmaktadır. Gelecekteki araştırmalar, gerçek zamanlı PZR'de virüs genlerinin mutasyon tipini belirlemek için EBV DNA'nın kullanımına işaret edebilir.
Orta kulak efüzyonun izole edilen Heamophilus influenzae, Streptococcus pneumonia ve Moraxella catarrhalis bakterilerinin moleküler tanımlanması
Otitis media efüzyonu (OME), sıklıkla çocuklarda görülen bir orta kulak hastalıklarından biri olup tedavi edilmediği takdirde işitme kaybına neden olabilir. OME'ye yaygın olarak bakteriler etki ettiği gibi virüsler de hastalık etkeni olabilirler. Bu nedenle, OME oluşturan mikrobiyota türlerinin bilinmesi önemlidir. Bu tez çalışmasında, beyin omurilik sıvısı ve orta kulak efüzyon örnekleri alınan bireylerde OME etkeni olduğu bilinen Haemophilus influanze, Streptococcus pneumonia ve Moraxella catarrhalis bakterilerinin kültür ortamı ve moleküler yöntemler ile teşhislerinin yapılması sonucu karşılaştırılmaları amaçlanmıştır. Kültür ortamında beyin omurilik sıvısından elde edilen örneklerde S.pneumoniae (%1,9), orta kulak efüzyon örneklerinde M.catarrhalis, ve H.influenzae non b (%13,6) kültür pozitifliği saptanmıştır. Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) sonrasında elde edilen sonuçlarda ise beyin omurilik sıvısında %9,4 (S.pneumoniae) ve orta kulak efüzyon örneklerinde %36,3 (H.influenzae, M.catarrhalis ve S.pneumoniae + M.catarrhalis) oranında pozitiflik saptanmıştır. Çalışma sonucunda, PCR tekniğinin menenjit ve OME vakalarından alınan örneklerden en sık görülen üç patojeni daha etkili bir şekilde tespit edebileceğini göstermiştir. PCR tekniğinin bu alanda rutin kullanıma sokulması ve mikrobiyolog, moleküler biyolog ve klinisyen arasında iyi bir diyalog sağlanması durumunda bu hastalıklarda etiyolojik ve dolayısıyla tedavi sorunlarına doğru yaklaşımın azaltılabileceği sonucuna varılmıştır.
Klinik Pseudomonas aeruginosa'nın virülans faktörlerinin ve antibiyotik direnç örneklerinin tespiti
Pseudomanas aeruginosa, çok çeşitli koşullarda yaşayabilen ve Pseudomonadaceae familyasına ait, dünya çapında bir gram negatif bakteridir. 10.8.2020 - 20.11.2020 döneminden itibaren farklı tipteki hastanelere (Yanık merkezi, Al-Kadhimiya Hastanesi, Alkarama hastanesi, Bağdat Eğitim Hastanesi, al Saader hastanesi, Medical City - Uzman Cerrahi için Gazi Hariri Hastanesi, Eğitim laboratuvarı, Al Yarmouk eğitim hastanesi ve Yarmouk hastanesinde yanık merkezi) başvuran hastalardan (iki cinsiyet ve çocuk) farklı klinik kaynaklardan yaklaşık 120 farklı numune elde edilmiştir. 120 örnekten sadece 70'i Pseudomonas spp için pozitif sonuç vermiş, 70 izolattan 50'si biyokimyasal testler ile teşhis sonuçlarına göre P. aeruginosa izolatı olarak tanımlanmıştır. Kalan 50 izolatın ise diğer patojen bakterilere ait olduğu tespit edilmiştir. Sonuçlar, Pseudomonas aeruginosa izolatları arasında Seftazidime (%90,0), Aztreonam'a (%76,0) karşı yüksek bir direnç kaydedimiştir. Ayrıca tüm izolatlar Amikasin'e %38,0 oranında direnç gösterirken, Norofloksasin'in direnç yüzdesi de 38,0'dır. Çalışma, Levofloksasin ve Imipenem'in oldukça duyarlı yüzdesinin sırasıyla %82,0 ve %80,0 olduğunu göstermiştir. Gentamisin, Tobramisin ve Siprofloksasinin hassas yüzdesi sırasıyla %72,0, %66,0 ve %56,0 olarak tespit edilmiştir. 50 izolatın tümünün ExoA ve ExoS'nin PCR tespiti, eski genin 9'unda (%18,0) ExoA ve 41'inde (%82,0) exoS bulunduğunu göstermiş. Ayrıca, bu çalışmanın sonuçları, yara izolatlarında 4 (%44,44) en yüksek ExoA geni sıklığını, ardından yanık izolatlarını 3 (%33,33) takip edilmiştir. Test edilen on antibiyotik için, Fisher kesin testi, ilaç direnci ile ExoA ve ExoS geni arasında anlamlı bir ilişki olmadığını ortaya çıkarmıştır (P > 0,05). Bu çalışmaya toplam 50 P. aeruginosa izolatından 28 (%56) ÇİD izolatı dâhil edilmektedir. MDR, P. aeruginosa klinik izolatları arasında iki virülans geninin prevalansı ve sırasıyla ExoS ve ExoA genlerinin sıklığı (%78,6 ve %21,4) araştırılmaktadır. Ayrı klinik bölgelerin baskın bakteri tipinin Pseudomonas aeruginosa izolatlarına ait olduğu düşünülmektedir.
Orta Irak'ta a grubu rotavirüs suşlarının moleküler karakterizasyonu
Rotavirüs bebeklerde ve küçük çocuklarda, dünya çapında en yaygın ishal nedenidir. Gelişmekte olan ülkelerde her yıl yüksek sıklık ile beş yaşın altındaki çocuklar arasında yaklaşık olarak 453.000 ölüme ve 2,4 milyon hastaneye yatışa neden olmaktadır. Epidemiyolojik çalışmalar sonucu, gelişmekte olan ülkelerdeki bebeklerde ve küçük çocuklarda Rotavirüs genotiplerinin paterni ve dağılımı belirlenebilir ve böylelikle gelecekteki Rotavirüs aşısı geliştirme stratejileri geliştirilebilir. Bu çalışmanın amacı, beş yaş altı ve şiddetli gastroenterit gösteren çocuklarda Rotavirüs suşlarının ne kadar yaygın olduğunu tespit etmekti. Eylül 2020'den Ocak 2021'e kadar beş yaşın altındaki çocuklardan elde edilen toplam 100 dışkı örneği üzerinde çalışıldı. Çocukların yaşları bir ile altmış ay arasında değişmekteydi. Örnekleri değerlendirmek için Enzime Bağlı İmmünosorbent Deneyi (ELISA) ve Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) kullanıldı. ELISA ve PCR bulgularımız örneklerin %41 oranında pozitif olduğunu gösterdi. Genotiplemeyi analiz etmek için Yarı-Yuvalanmış Multipleks PCR kullanıldı. Genotip kombinasyonu en yüksek oranda G1P8 %34,14 ve bunu takiben G2P8 %14,63, G1P6 %12,19, G4P8 %7,31, G4P6 %2,43 olarak tespit edildi. Rotavirüs genotipleri, Rotavirüs yüzdesi yüksek olduğu için küçük çocuklarda ve bebeklerde viral gastroenterit için ana risk faktörüdür. Bu çalışmanın bulguları, Irak'da ki mevcut Rotavirüs havuzunun çeşitliliğine katkıda bulunan Rotavirüs tür çeşitliliğinin önemli yönlerine işaret etmiştir ve bu, Rotavirüs dinamiklerine dayanan belirgin ekstra Rotavirüs tür çeşitliliğini hesaba katan bir aşı geliştirmek için gelecekteki deneylere yardımcı olacaktır. Gelecekte, daha ileri çalışmalara ihtiyaç duyulacaktır. ANAHTAR KELİMELER: Irak, Rotavirüs, Moleküler tipleme, PCR
Molecular detection of adherence and biofilm formation of Staphylococcus aureus isolated from burn wound patients
In this study, fifty samples of burn wound infections were included. Specimens were collected from patients who were staying in hospitals with severe burn wounds during the period from October 2020 to February 2021, and specimens were taken from Al-Shaheed Ghazi Al-Hariri Hospital and the Specialized Burns Hospital in Iraq/Baghdad. Specific culture media, microscopic examination, and biochemical tests were used to identify the bacterial agents. The data was statistically analyzed by using the SPSS, version 23. The results showed 64 bacterial isolates, which were S. aureus 18 (28.0%), S. epidermidis 5 (8.0%), Pseudomonas aeruginosa 14 (22.0%), Klebsiella pneumoniae 15 (23.4%), Escherichia coli 6 (9.4%), Acinetobacter baumannii 3 (4.7%), S. pseudintermedius 1 (1.5%), S. chromogenes 1 (1.5%), and S. haemolyticus 1 (1.5%). From S. aureus isolates, while 2 (11.1%) strains showed moderate to producing biofilm and 7 (38.9%) strains showed weak biofilm formation, 9 (50.0%) showed nostrains, non-biofilm formation. PCR technology was used to detect icaA, icaB, icaC, and icaD genes, and the results of molecular examination of the prevalence of these genes were icaA 11 (61.1%), icaB 13 (72.2%), icaC 9 (50.0%) and icaD 9 (50.0%).
Irak'ta kronik HCV ile enfekte hastalarda HCV genotiplerinin ve viral yüklerinin moleküler tayini
Bu çalışma kapsamında, 10.09.2020 – 10.01.2021 tarihleri arasında Kerkük şehrinde hastane bazlı kesitsel bir araştırma gerçekleştirildi. Bu amaçla, yaşları 20-75 arasında olan 50 kronik hepatit C hastası Kerkük Hepatoloji ve Gastroenteroloji merkezlerine başvurmuş olan bireylerden seçildi. Kontrol grubu ise kan bağışı için kan bankasına başvuran ve herhangi bir hastalığı olmayan 35 kişiden oluşuyor. HCV yükünün ve genotipinin gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PCR) ile moleküler tespiti, hepatit C antikorlarının enzim bağlantılı immünosorbent tahlili (ELISA) tekniği ile saptanması ve alanin aminotransferaz (ALT), aspartat aminotransferaz (AST), alkalin fosfataz (ALP), toplam serum bilirubin (TSB) ve alfa fetoprotein (AFP) seviyelerinin belirlenmesi için bireylerden beş mL kan numunesi alındı. Çalışmada, ELISA ile anti-HCV'ye sahip oldukları saptanan kronik hepatit C' li hastaların %86' sının PCR ile pozitif sonuç verdiği ve bu sonucun anlamlı (P<0,01) olduğu tespit edildi. Çalışma, kronik hepatit C hastalarının %72,09'unun (43 kişiden 31'inin) HCV genotip 4 ile, %27,91'inin ise HCV genotip 1a ile enfekte olduğunu göstermiştir. Çalışma, kronik hepatit C hastalarında genotip 4 ile enfekte olanlar ile genotip 1a ile enfekte olanlar arasında viral yüklerde (1901,3 ± 105,6'ya karşı 1693,4 ± 108,4 IU/mL) oldukça önemli ve anlamlı bir fark (P<0,01) olduğunu göstermiştir. Mevcut çalışmada, kronik hepatit C' li erkeklerin %41,94' ünün ve kronik hepatit C'li kadınların %58,06' sının genotip 4 ile, kronik hepatit C' li erkeklerin %33,33' ü ve kadınların %66,67' sinin genotip 1a ile enfekte olduğu belirlenmiştir. Bu çalışma, kontrol grubuna kıyasla en yüksek ALT, AST, ALP ve TSB ortalamasının kronik hepatit C' li hastalarda (64,69 IU/mL, 54,8 IU/mL, 285,5 IU/mL ve 4,33 mg/dL) bulunduğunu göstermiştir. Bu çalışma kronik hepatit C'li hastalarda HCV'nin viral yükünün ALT, AST, ALP ve TSB düzeyleri ile pozitif ilişki gösterdiğini göstermiştir. Bu çalışma viral yükün fibroz gelişimi ile artmakta olduğunu ortaya çıkarmıştır. En düşük viral yük ortalaması fibrozisi olmayan hastalarda (1235,5 IU/mL) bulunmuş olup ardından birinci evre fibrozisi olan hastalarda, en yüksek viral yük ortalaması sirozlu hastalarda (evre 4) (2088,1 IU/mL) kaydedilmiştir. Çalışma, kontrol grubu (4,18 µg/L) ile karşılaştırıldığında, en yüksek ortalama AFP seviyesinin kronik hepatit C'li hastalarda (25,5 µg/L) bulunduğunu göstermiştir. ANAHTAR KELİMELER: HCV, ELISA, Real Time PCR, HCV genotiplemesi, Irak
Akar alerjisi olan astımlı hastalarda serum interleukinlerinin (IL 13, IL 9, TNF) çalışması
Astım, klinik hastalık progresyonunun çevresel faktörlerden etkilendiği, solunum yoluhava yollarının genetik bir inflamatuar hastalığı sorunudur. Genellikle eozinofil infiltrasyonu ile birlikte kronik hava yolu inflamasyonu, astımın ayırt edici özelliklerinden biridir. Çoğu astımlı, şiddetine göre geleneksel tıpla başarılı bir şekilde tedavi edilebilir, ancak bazı aşırı durumlarda, uzun süreli tedavi ile bile astım kontrolsüz kalır ve buna 'dirençli astım' denir. Artmış Th2-tipi yanıtlar, eozinofil aktivasyonu ve alerjik reaksiyonlar tarafından üretilen astımdaki hava yolu inflamasyonunun moleküler yolakları bilgisine dayalı olarak, şiddetli dirençli astım için biyolojik temelli yeni bir terapi stratejisi oluşturulmuştur. Astımı tedavi etmek için onaylanan ilk biyolojik preparasyon, insanlaştırılmış anti-insan IgE antikoruydu (anti-IgE; omalizumab). AntiIgE ile tedavi (anti-IgE tedavisi), klinik kanıtlara dayalı olarak 2009'dan beri yetişkinlerde ve 2012'den beri çocuklarda şiddetli alerjik astım için yeni bir tedavi seçeneği olarak kabul edilmiş ve %60 etkililik oranına sahip olduğu gösterilmiştir. TH2 sitokin ailesinin interlökin (IL)-9 ve IL-13'ünün yakın zamanda mukozal bağışıklığın ve atopik astıma duyarlılığın belirlenmesinde anahtar bir bileşen olduğu öne sürülmüştür.
Klinik ve gıda kökenli Klebsiella sp. izolatlarında biyofilm kodlayan genin genetik olarak belirlenmesi
Bu çalışmada, Biofilm oluşturan K. pneumoniae, 100 klinik ve gıda örneğinden izole edilmiştir. İzolatların çoğu antibiyotiğe dirençli ve biyofilm üreticisidir. Biyofilm oluşturma yeteneğini belirlemek için üç fenotipik test (Congo Red Agar, Tube metodu veya Christensen'in ve Microtiter plak testi) kullanılmıştır. Sonuçlar 15 (%83,33) klinik ve 16 (%76,19) gıda kaynaklı K. pneumoniae izolatının biyofilm ürettiğini ortaya koymuştur. Biyofilm kodlama geni mrk A, bu çalışmada tasarlanmış spesifik primerler kullanılarak K. pneumoniae'nin hem klinik hem de gıda kaynaklı izolatları için PCR testinde amplifikasyonla tespit edilmiştir. Sonuçlar, tüm klinik izolatların (%100) ve gıda kaynaklı sekiz K. pneumoniae izolatının (%53,33), 457 baz çifti amplikon boyutlu PCR amplifikasyonunun sonuçlarına göre biyofilm kodlama genini mrk A geni barındırdığını göstermiştir.
Alerjik rinitli toplam ıge ile sitokinler (IL-4, IL-5,IL-13) arasındaki ilişki
Alerjik rinit, genetik ve çevresel sorunların birlikte patogeneze katkıda bulunduğu karmaşık durumlardır. İmmünolojideki kredilere rağmen, alerjik rinit yetişkinlerin yaklaşık %30'unu ve çocukların %40'ını hareket ettirerek hala önemli bir sağlık sorunu olarak kalmaktadır. İnterlökin IL-4, IL-5 ve IL-13'ü sayan T yardımcı 2 (Th2) hücre kaynaklı sitokinlerin, alerjik rinit (AR) iltihabına neden olmada önemli roller oynadığı bilinmektedir. Th2 hücre aracılı alerjik inflamasyona ek olarak, mast hücrelerinin İmmünoglobulin E'ye (IgE) bağımlı aktivasyonunun alerjik rinit patogenezinde rol oynadığı ileri sürülmektedir. Bu çalışmanın amacı alerjik rinitli hastalarda total IgE ile sitokinler (IL-4, IL-5 ve IL-13) arasında bir ilişki olup olmadığını belirlemektir. Bu çalışmada, aynı yaş aralığındaki deney grubundaki 100 alerjik rinitli hastada ve kontrol grubundaki 50 sağlıklı gönüllüde total IgE ve Th2 sitokinleri arasındaki ilişki araştırıldı. Alerjik rinit sırasında Total IgE değerinin arttığı, spesifik IgE testinde sağlıklı katılımcıların tamamının olumsuz sonuç verdiği, deney grubundaki 100 hastanın 51'inin olumlu, 49'unun ise olumsuz sonuç verdiği belirlendi. Hastalıkların erken evrelerinde pozitif sonuç olarak görülen seroloji testinde, IgE ile ilişkili aktivasyonun alerjik rinit için iyi bir belirteç olduğu ileri sürülebilir.
Sıvı solucan gübresinin macar fiğ bitkisinin (Vicia pannonica) çimlenme ve fide döneminde tuz stresine etkisi
Bu çalışmada; tuz stresi altında Türkiye ve dünyada önemli bir yem bitkisi olan Macar fiğinin çimlenme ve fide gelişimi üzerine sıvı solucan gübresinin iyileştirici özelliği ile gelişimin ilk devresi değerlendirilmiştir. Bu amaçla, laboratuvar ve sera koşullarında olmak üzere iki deneme tesadüf parselleri deneme desenine göre 3 tekerrürlü olarak kurulmuştur. Denemelerde kontrol (%0)-%1-%2,5-%5 ve %10 düzeylerinde hazırlanan sıvı solucan gübreleri ile saf su (kontrol), 30 mM, 60 mM ve 90 mM NaCl dozlarında hazırlanan tuz çözeltileri kullanılmıştır. Laboratuvar denemesinin sonunda Macar fiğ tohumlarında çimlenme oranı, çimlenme indeksi, plumula boyu, yaş ve kuru ağırlığı ile radikula uzunluğu, yaş ve kuru ağırlığı belirlenmiştir. Sera denemesinde ise Macar fiğinin çıkış oranı, fide boyu, fide yaş ve kuru ağırlığı, kök uzunluğu, kök yaş ve kuru ağırlığı değerleri tespit edilmiştir. Çalışmanın sonucunda, Macar fiğinin çimlenme ve fide döneminde ölçülen parametrelerinin tuz stresinden olumsuz etkilendiği fakat uygulanan sıvı solucan gübresi miktarındaki artışa bağlı olarak tuz stresinin olumsuz etkilerinin azaldığı gözlemlenmiştir.
Çeşitli kanser hastalarında glutatyon s transferaz gen polimerfizmi
Glutatyon S-transferazların (GST'ler) ailesi, fonksiyonel polimorfik varyasyonun önemli kanıtlarına sahip çoklu izozimlerden oluşur. Son otuz yılda, kanser çalışmalarından elde edilen veriler, GST izozimlerinin anormal ekspresyonunu, kanser ilaçları da dahil olmak üzere çeşitli kimyasallara karşı direnç gelişimi ve ekspresyonu ile ilişkilendirmiştir. Bu çalışma, insan GST izozim ekspresyon modellerindeki farklılıkların kanser duyarlılığını, prognozunu ve tedavisini nasıl etkilediğini ele almaya çalışılmıştır. Bu çalışmada, meme kanseri duyarlılığında üç GST geninin, GSTM1, GSTP1 ve GSTT1'in her birinden bir polimorfizmi incelemek için PZR tabanlı bir genotipleme modeli kullanılmıştır. GSTM1'in null genotipi, hem kontrol hem de vaka popülasyonlarındaki bireylerin yaklaşık yarısında (%56 ve %57) görülmüştür. Mevcut sonuçlar, tek başına GSTM1, GSTT1 ve GSTP1 genotiplerinin meme kanseri gelişiminde yer almadığını göstermiştir. Ancak bu genler ve olası genotip kombinasyonları arasındaki etkileşimleri dışlamaz. Bununla birlikte, genotipik analiz bu çalışmada test edilen genlerin kombinasyonları, meme kanseri ile predispozan genotipik kombinasyon korelasyonlarını belirleyememiştir. Sonuçlar çalışma popülasyonunda sporadik meme kanseri duyarlılığında bu üç glutatyon S-transferaz geni için bağımsız veya etkileşimli bir rolü desteklememektedir.
Tiroid lezyonlarında TPO'nun moleküler ve immünohistokimya çalışması
Tiroid bezi karsinomu tüm dünyada çok yaygın bir neoplazidir. Hem malign hem de iyi huylu tiroid lezyonlarının çoğu sitolojik olarak teşhis edilebilir. Bununla birlikte, malign ve iyi huylu lezyonları ayırt etmek için kesin tanı ve sıklıkla histolojik gösterim gereklidir. Hastanın malignite korkusuyla hastaneye sevkinin başlıca nedeni olan çıkarılan tiroid bezlerinin histopatolojik sonuçları hastanın tiroid kanseri olduğunu doğruladı. Çalışma, tiroid bozuklukları Dhi Qar Hastanesi Shatra Genel Hastanesi ve Al Hussein Eğitim Hastanesi'nden muzdarip hastalardan toplanan 75 örneği içermiştir ve kalite kontrol olarak 25 numune hastalardan ve sağlıklı bireylerden (30-60) yaş aralığı, hormonlu ve moleküler analizler için tüm hastalardan ve kontrollerden kan örnekleri alındı. Bulgulara göre hastalarda en sık görülen tiroid hastalıkları tiroid toksik guatr (%30) ve tiroid karsinomu (%20) idi. Bulgular ayrıca, bu hastalıkların kadınlarda daha sık olmak üzere 30 ila 50 yaş arasındaki kişilerde oldukça yaygın olduğunu ortaya koydu. Irak'taki alakasız tüm vakalarda tiroid hormon seviyelerini tespit etmek için enzime bağlı floresan testi kullanıldı ve tiroid hastalığı grupları çeşitli derecelerde hormon seviyeleri sergiledi. Guatrın TSH seviyesi yüzde 1,61 ± 0,43 arttı. Tiroid kanseri grubunda TSH ve TR3R düzeyleri düşüktü (sırasıyla 1,46 ± 0,74 IU/mL ve 1,46 ± 0,74 IU/mL), T4 düzeyleri ise çok daha yüksekti (105,71 ± 9,85). Ekson 10'un 1708 (c 1708C>T) ve 1978 ekson 11'in (1978C>G) pozisyonlarında timin veya guanin ve transversiyon sitozini içeren TPO gen mutasyonları da vardı. Tiroid toksik guatr ve tiroid kanseri arasında, ciddi DNA kararsızlığını ve bileşik mutasyonlarını gösteren üç TG homozigot mutasyonu keşfedildi. Bu çalışmada bulunan mutasyonların çoğunluğu tiroid toksik guatr ve tiroid malignitesi gruplarındaydı. Toksik guatr ve tiroid kanseri gruplarında da DNA instabilitesi keşfedildi. ANAHTAR KELİMELER: Tiroid peroksidaz, Tiroid, Hidrojen peroksit, TSH