Proteins
143 theses under this subject heading
Trakya bölgesi florasından toplanan üçgül (Trifolium L-Fabaceae) türlerinin; verim ve verim unsurlarının belirlenmesi
Bu araştırmada Tekirdağ koşullarında Tekirdağ Namık Kemal Üniversitesi Ziraat Fakültesi Tarla Bitkileri Bölümü deneme ve uygulama arazisinde, 2021-2022 yetiştirme döneminde, 2020 yılında 119O950 Trakya Bölgesi Doğal Florasındaki Üçgül (Trifolium L.-Fabaceae) Türlerinin Taksonomisi, Dağılımı, Fenolojik, Morfolojik ve Bazı Kimyasal Özellikleri isimli proje çerçevesinde yürütülen çalışmadan seçilen 7 farklı türe ait (T. repens, T. nigrescens Viv., T. constantinopolitanum, T. pratense, T. striatum ve T. lappaceum ve teşhis edilemeyen Trifolium L.) 37 farklı genotip materyal olarak kullanılmıştır. Arazinin farklı bölümüne şaşırtılan genotipler, Tesadüf Blokları deneme deseninde; faktöriyel düzende hazırlanan 3m uzunluğundaki parsellere 75x75cm olarak her türden en az 5 bitki olacak şekilde, köklü olarak dikilmeleri 04.08.2021 tarihinde yapılmıştır. Damla sulama sistemi ile dikim sonrası sulama yapılmıştır. Bitkilerin ihtiyaç duyduğu Nisan-Eylül ayları arasında 6 aylık periyotla sulamaya devam edilmiştir. Araştırma sonuçlarına göre, üçgül türlerinde; bitki boyu, sap çapı, yaprakçık eni, yaprakçık boyu, kömeç sayısı, yeşil ot verimi, kuru ot verimi verileri içerisinde; bitki boyu ile yeşil ve kuru ot verimleri değerlendirildiğinde en yüksek bitki boyunun 36,70 cm ile Trifolium L. olarak kaydedilen ancak türü teşhis edilemeyen 44047 genotipinde, en kısa boy ise T. nigrescens türüne ait 97/59 no.lu genotipte saptanmıştır. En yüksek yeşil ot verimi 501,63 g ile T. repens türüne ait 148/T-1 no.lu genotipte, en düşük ise 4,00 g ile T. nigrescens'e ait 97/59 no.lu genotipte saptanmıştır. En yüksek kuru ot verimi ise 138,89 g ile T. repens türüne ait 148/T-1 no.lu genotipte, en düşük kuru ot verimi ise 8,66 g ile T. pratense türüne ait 20H05 no.lu genotipte bulunmuştur. %50 çiçeklenme döneminde biçilen üçgül türlerine ait genotiplerde kimyasal analiz sonuçlarına göre; ham protein oranı %10,47-23,69, ham selüloz oranı %20,60-31,48, ham kül oranı %5,89-11,74, ADF %26,22-45,23, NDF %36,75-60,96 arasında değişmiştir.
Tavşan beslemede kültür mantarı saplarının alternatif protein kaynağı olarak değerlendirilmesi
Bu çalışmada yemlerde kullanılan protein kaynaklarına alternatif olarak kültür mantarı saplarının protein kaynağı olarak tavşan yemlerinde kullanılabilirliğinin araştırılması amaçlanmıştır. Kültür mantarı yetiştiriciliği yapan işletmelerden mantar sapları toplanmış daha sonra bir dizi işlemlerden geçirilerek kuru veya yaş haldeki mantar saplarından protein ekstraksiyonu yapılmıştır. Mantar sapları iki uygulama ile farklı aşamalardan geçirilerek protein ekstraksiyonunda kullanılmıştır. Birinci uygulamada mantar sapları kurutulduktan sonra; Eleme, yıkama, kurutma, öğütme, on kat suyla sulandırma, homojenizasyon, süzme, süzülen suyun pH'sını ayarlama, kaynatma, tekrar süzme ve elde edilen ürünün kurutulması gibi işlemlerden geçirilmiştir. İkinci uygulamada ise mantar sapları yaş olarak protein ekstraksiyon işlemi için kullanılmak üzere eleme, yıkama, öğütme, üç kat sulandırma, homojenizasyon, süzme, süzülen suyun pH'sını ayarlama ve kaynatma, tekrar süzme ve elde edilen ürünün kurutulması gibi benzer işlemlerden geçirilmiştir. Mantarın saplarının işlendikten sonra proteini ekstrakte edildiğinde tavşan beslenmesinde kullanılabilecek bir kalitede ürün olduğu gözlemlenmiştir. Bu şekilde atık olarak tanımlana ve değerlendirilemeyen ürünlerden elde edilecek yüksek saflığa sahip protein içeren katkı maddelerinin ekonomiye katkı sağlanacağı gerek insan beslenmesinde gerekse hayvanların beslenmesinde protein ihtiyacının karşılanmasında alternatif bir ürün olarak değerlendirilebileceği kanısına varılmıştır. Ayrıca mantar üretimi sonunda çevreye atık olarak bırakılan mantar saplarının işlenerek atık materyalin yeniden geri kazanımı sağlandığından çevreye zarar vermesi de önlenmiş olacaktır.
Keçiboynuzu unu ilaveli kırmızı mercimek cipsi üretimive bazı özelliklerinin belirlenmesi
Bu çalışmada mercimek unu kullanılarak baharatlı/baharatsız, keçiboynuzlu/keçiboynuzsuz pişirme yöntemi air fryer/kızartma olan farklı parametreler ile üretilen kırmızı mercimek cipsi üretilmiştir. Üretilen kırmızı mercimek cipsleri, polietilen ambalajlarda oda koşullarında karanlık ortamda 90 gün boyunca depolanmış ve birer ay aralıklarla kimyasal, fiziksel ve duyusal analizlere tabi tutulmuştur. Depolama süreci, pişirme yöntemi, baharat kullanıp/kullanılmaması ve keçiboynuzu ununun ilave edilip/edilmemesi gibi faktörlerin mercimek cipsi üzerindeki etkileri incelenmiştir. Depolama süreci boyunca nem değerlerinde bir artış gözlenmiş ve bu artışın istatistiksel anlamda önemli (p≤0.05) olduğu tespit edilmiştir. Kızartma yöntemi kullanılarak üretilen cipslerin yağ miktarı airfryer yöntemi kullanılarak üretilen cipslerin yağ miktarına oranla daha yüksek çıkmıştır. Baharatın kullanıldığı cipslerde toplam fenolik madde miktarı 272.84 (mg gallik asit/g), baharatın kullanılmadığı cipslerde toplam fenolik madde miktarı 266.06(mg gallik asit/g) bulunmuştur (p≤0.05). Keçiboynuzu ununun ilave edildiği cipslerde 268.91 (mg gallik asit/g) bulunan toplam fenolik madde miktarı keçiboynuzu ununun ilave edilmediği cipslerde 270.00 (mg gallik asit/g) bulunmuştur (p>0.05). Duyusal değerlendirmeler sonunda depolama süresinin, pişirme yönteminin, baharat kullanılıp/kullanılmamasının keçiboynuzu unu ilave edilip/edilmemesinin sertlik kriteri üzerinde istatistiksel anlamda önemli bir etkisinin olmadığı bulunmuştur (p>0.05).
Fertigasyon yöntemiyle farklı miktarlarda uygulanan azotun mısır bitkisinin (Zea mays L. indentata) verim ve verim parametreleri üzerine etkilerinin belirlenmesi
Bu araştırmada fertigasyon yöntemi ile farklı düzeylerde uygulanan azotun mısır bitkisinin verim ve verim parametrelerine etkisini belirlemek amaçlanmıştır. Araştırma tesadüf blokları deneme desenine göre 4 tekerrürlü olarak 2018 ve 2019 yıllarında Şanlıurfa ikinci ürün koşullarında yürütülmüştür. Çalışmada 10 azot dozu (0, 4, 8, 12, 16, 20, 24, 28, 32 ve 36 kg N da-1) denenmiştir. Denemede bitki materyali olarak DKC 6664 mısır çeşidi kullanılmıştır. Bitkinin gelişme dönemlerindeki günlük buharlaşma değerlerine ve bitki su ihtiyacına bağlı olarak 4-6 gün aralıklarla damla sulama yapılmıştır. Sulama suyu Class A Pan evaporasyonun 1.25 katı olarak verilmiştir. Azot dozları damla sulama ile birlikte vejetasyon süresi boyunca bölünerek uygulanmıştır. İncelenen özellikler bakımından azot dozları arasındaki farklılık istatistiki olarak önemli bulunmuştur (P≤0.01). İki yılın ortalama sonuçlara göre; artan azot dozlarına paralel olarak tepe püskülü çiçeklenme süresi, bitki boyu, bitkide yaprak sayısı, sap kalınlığı, koçan uzunluğu, koçan kalınlığı, koçanda tane sayısı, koçanda tane ağırlığı, bin tane ağırlığı, hasat indeksi, bitkide yaprak alanı, kuru madde verimi, tane verimi ve biyokütle verimi gibi özelliklerin değerlerinde artış gözlenmiştir. En yüksek tane verimi (1594 kg N da-1) ve biyokütle verimi değeri (6266 kg da-1) 28 kg N da-1 azot dozundan elde edilmiştir. Düşük azot dozlarında azot kullanım etkinliği daha yüksek iken, azot dozları arttıkça azot kullanım etkinliği azalmıştır. Bitki analizleri sonuçlarına göre; artan azot dozlarına paralel olarak Mg, Na, Mn, protein ve nişasta değerleri artmış, Cu ve B değerleri azalmıştır. Tane analizlerinde azot dozu arttıkça protein ve yağ oranlarında artış görülmüştür. Silaj analizlerinde ise Ca, Cu ve protein oranı azot dozlarının artmasıyla birlikte artmış, NDF ve ham selüloz oranları ise azalmıştır. Regresyon ve ekonomik analiz sonuçları göz önüne alındığında mısır bitkisinde en yüksek tane verimi ve biyokütle veriminin damla sulamayla birlikte bölünerek uygulanan 28 kg N da-1 azot dozundan alındığı belirlenmiştir.
Bariatrik cerrahi sonrası 6. ayını dolduran bireylerin protein tüketimi ve biyokimyasal değerler ile ilişkilendirilmesi
Obezite, vücut yağ kitlesinin normalin üstüne çıkması şeklinde tanımlanan beraberinde metabolik bozukluklar ile yüksek morbidite ve mortaliteye neden olan bir sağlık sorunudur. Bariatrik cerrahi obezitenin tedavi edilmesi ve obeziteyle ilişkili birçok metabolik problemin iyileştirilmesinde son basamak etkili bir tedavi yöntemidir. Bu çalışma, bariatrik cerrahi ameliyatı geçirmiş hastaların ameliyattan sonra 6. Ayda protein tüketimleri ve protein alım durumlarının kan bulgularını nasıl etkilediği konusunda bilgi sahibi olmak amacıyla yapılmıştır. Çalışma İstanbul ilinde özel bir obezite danışmanlık merkezine başvurmuş ve Laparoskopik sleeve gastrektomi (LSG) işlemi uygulanan 60 hastada (42 kadın, 18 erkek) yürütülmüştür. Araştırmaya katılan bireylerin demografik özelliklerini, protein kaynakları bilgi düzeylerini, protein kaynakları tüketme sıklıklarını kapsayan yüz yüze bir anket formu, 3 günlük besin tüketim kaydı ve kişiye ait laboratuvar sonuçları belirlenmiştir. Bireylerin %25'i 26-35 ve %51,7'si 36 yaş ve üzeri grubundadır. Bireylerin BKİ değerleri LSG öncesi ve sonrası erkeklerde 42,76±2,94 kg/m² ve 26,86±2,67 kg/m² (p<0,05), kadınlarda 42,33±4,91 ve 26,48±4,31 kg/m² (p<0,05) bulunmuştur. Bireylerin büyük çoğunluğu proteinden zengin besin kaynaklarını doğru olarak bildirmiştir. Biyokimyasal ölçümlerde ise; operasyon sonrası 6. ayda glukoz, kreatinin, HbA1c değerlerinin düştüğü; HDL, Ca, B12, D vitamini ve demir değerlerinin arttığı gözlemlenmiştir (p<0,05). Sonuç olarak LSG uzun dönemde yeterli ve dengeli beslenme ile vücut ağırlığında önemli kayba, komorbiditelerde iyileşmeye ve laboratuar sonuçlarında anlamlı olarak düzelmeyi sağlar. Anahtar Kelimeler: Ağırlık Kaybı, Bariatrik Cerrahi, Biyokimyasal Parametreler, Laparoskopik Sleeve Gastrektomi, Protein Kaynakları
Sağlıklı bireylerde makro besin öğeleri kombinasyonunun kan glukoz düzeyine etkisinin değerlendirilmesi
Makro besin öğelerinin özellikle diyet proteinlerinin karbonhidratlarla beraber tüketiminin sağlıklı bireylerde plazma insülin konsantrasyonlarını ve postprandial kan glukozunu olumlu etkilediği klinik çalışmalarla gösterilmiştir. Bu gerekçeden hareketle planlanan çalışmada reçel ve reçel ile birlikte tüketilen yumurtanın kan glukoz düzeyine etkisinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Araştırmaya Haliç Üniversitesi'nde, Beden Kütle İndeksi 20-25 kg/m2 aralığında olan, eşlik eden kronik hastalığı bulunmayan, sigara kullanmayan, yaşı 18-65 aralığında ki 10 kadın,10 erkek birey dahil edilmiştir. Katılımcıların bazal metabolizma hızları hesaplanarak, fiziksel aktivite düzeyleri göz önünde bulundurularak, % 55-60 karbonhidrat, %12-15 protein ve %25-30 yağ içeren sağlıklı beslenme programları oluşturulmuştur. Bireylere minimum 8 saatlik açlık üzerine reçel(40 g) ve reçel(40 g)+ yumurta(50 g) yedirilerek besinlerin açlık kan glukoz düzeylerine etkilerine bakılmıştır. Test yiyecekleri verilmeden önce ve verildikten sonra 30 dk, 60 dk ve 120 dk' lık periyodlarla parmak ucundan 3 gün boyunca kan glukoz düzeyi ölçümü yapılmış ve 3 günün ortalaması analizde kullanılmıştır. Test yiyeceklerinin verildiği dönemde bireylerin beslenme programlarına uyumları takip edilmiştir. Araştırma sonucunda; reçel verildikten 60 dakika sonraki kan glukoz değeri anlamlı olarak reçel + yumurta verildikten 60 dakika sonraki kan glukoz değerinden yüksek bulunmuştur (p:0,006<.05). Bununla birlikte reçel verildikten sonraki 30.dakika ve 120. dakika kan glukoz değerleri ile reçel + yumurta verildikten sonraki 30. dakika ve 120. dakika kan glukoz değerleri arasında anlamlı farklılık görülmemiştir (p>.0,05). Sağlıklı bireylerde protein içerikli diyetin glisemi yanıtını olumlu etkilediği saptandığı için önerilebileceği, kan glikoz düzeyindeki artış riskini azaltacak faktörler kapsamında yeni araştırmaların planlanmasının önemli olduğu sonucuna varılmıştır. Anahtar Kelimeler: Kan glukozu, makro besinler, sağlıklı bireyler
Protein tozu kullanan aktif spor yapan bireylerin beslenme durumlarının saptanması
Bu çalışma Mayıs 2017- Ocak 2018 tarihleri arasında, İstanbul ilinde protein desteği kullanan 100 birey ile anket tekniği uygulanarak bireylerin protein tozu tüketim durumlarının değerlendirilmesi amacıyla gerçekleştirilmiştir. Önerilen günlük protein miktarlarını aşan protein alımı hem dayanıklılık hem de güç sporcuları için yaygın olarak uygulanmaktadır. Fakat mevcut olan proteinlerin çeşitliliği göz önüne alındığında, bir proteini diğerine karşı tüketmenin yararları hakkında bilgi sahibi olan bireyler daha az sayıdadır. Bu çalışma ile hem günlük hayatlarında sporla ilgilenen bireyler için hem de profesyonel olarak spor yapan bireylere karşı bir sorumluluk bilinciyle önerilerde bulunmak, temel faktörleri tanımlamak ve analiz etmek amaçlanmıştır. Proteinlerin değerlendirilmesi, sporcu bireyin diyetindeki uygunluğu ve miktarın belirlenmesinde temel unsurdur. Çalışmamızda proteinlerin, protein kaynaklarının detaylı incelenmesinin yanı sıra teknolojinin ilerlemesiyle hayatımıza giren protein toz ve içecekleri tartışılmıştır. Çalışmamızın istatistiksel araştırma bölümünde ise; protein tozu tüketen bireylerin genel bilgileri, sağlık durumları, beslenme alışkanlıkları, protein tozu tüketme durumlarını belirlemek amacıyla daha önce yapılmış bilimsel çalışmalardan yararlanılarak oluşturulmuş bir anket formu kullanılmıştır. Katılımcıların besin tüketim durumlarını belirlemek için besin tüketim formu kullanılmıştır. Günlük alınan enerji ve besin öğeleri, Türkiye için geliştirilen "Bilgisayar Destekli Beslenme Programı, Beslenme Bilgi Sistemleri Paket Programı (BEBİS 6.1)" kullanılarak analiz edilmiştir. Araştırma sonucu elde edilen bulguların istatistiksel analizlerleri SPSS 23 (Statistical Package for Social Sciences) istatistik paket programı kullanılmıştır. Hipotezlerde belirtilen farklı gruplardaki bireylerin gözlenen frekansların dağılımları arasındaki fark ki kare (χ2) testi ile, normal dağılım gösteren verilerin ortalamaları arasındaki farkın anlamlılıkları iki grup için bağımsız gruplarda t testi ile ikiden çok grup için tek yönlü varyans analizi ile incelenmiştir. Anahtar Kelimeler: protein, sporcu beslenmesi, kas gelişimi
Anaplasmosisli keçilerde eritrosit membranı lipit ve protein oksidasyonu ile Na+/K+ATPaz aktivitesinin araştırılması
Bu çalışma, keçilerde anaplasmosisin eritrosit membranı malondialdehit (MDA), ileri oksidasyon protein ürünleri (AOPP), Na+/K+ATPaz, hematolojik ve biyokimyasal parametreler üzerindeki etkisini değerlendirmek için yapıldı. Antikoagülantlı kan örneklerinde hematolojik parametreler kansayım cihazında ve serum örneklerinde biyokimyasal parametreler modüler oto analizör cihazında ticari kit kullanılarak ölçüldü. Eritrosit membranında MDA ve AOPP düzeyleri spektrofotometrik metotlar ile spektrofotometre cihazında, Na+ /K+ATPaz aktivitesi ise ticari kiti kullanılarak ELISA cihazında ölçüldü. Hematolojik analiz sonuçları, anaplasmosis ile enfekte keçilerde RBC, Hb, Hct, MCV, MCH ve MCHC değerlerinde belirgin bir azalma, WBC degerinde ise artış olduğu ortaya koydu. Biyokimyasal analiz sonuçları, anaplasmosis ile enfekte keçilerde, AST, ALT, GGT aktivitelerinin ve globulin, totalbilirubin, direkt bilirubin, trigliserit ve demir seviyelerinde belirgin bir artış olduğunu, total protein, albumin, total kolesterol ve TDBK seviyelerinde ise önemli bir azalma olduğunu ortaya koydu. Anaplasmosisli keçilerde eritrosit membranı MDA ve AOPP seviyelerinin önem gösterecek şekilde artarken, Na+/K+ATPaz aktivesinin azaldığı belirlendi. Elde edilen sonuçlar, hematolojik ve biyokimyasal parametrelerde önemli değişiklikler olduğunu, aneminin ve oksidatif stresin ruminantlarda anaplasmosisin ortak bir komplikasyonu olduğunu, ayrıca MDA, AOPP düzeylerinin ve Na+/K+ATPaz aktivitesinin belirlenmesinin hastalığın prognozunun takip edilmesinde faydalı olabileceğini göstermektedir. Anahtar Kelimeler: Anaplasmosis, AOPP, keçi, MDA, Na+
Toksoplazmozise karşı rekombinant protein antijenleri içeren yeni bir adjuvant sistemi ile aşı geliştirilmesi
Toksoplazmozis, insan ve hayvan popülasyonlarını etkileyen küresel bir sağlık sorunudur. Halihazırda, enfeksiyona karşı etkili bir tedavi bulunmamaktadır. Toksoplazmozise karşı güçlü bir koruyuculuk için parazitin yaşam döngüsünün farklı aşamalarını etkileyen bir aşıya ihtiyaç duyulmaktadır. Bu amaçla rekombinant protein aşıları araştırılmaktadır. Tez kapsamında, enfeksiyonun farklı aşamalarına etkili olan rekombinant BAG1ve GRA1 proteinleri, yeni geliştirilmiş kitosan ve Salmonella Typhi porinlerinin kombinasyonundan oluşan mikro- ve nanopartiküler adjuvant sistemleri ile kombine edilerek etkililiği ve koruyuculuğu yüksek bir aşı formülasyonunun geliştirilmesi hedeflenmiştir. Geliştirilen aşı sistemi karakterize edildikten sonra, BALB/c farelerde immünizasyon ve koruyuculuk çalışmaları gerçekleştirilmiştir. 21 gün arayla iki kez aşılama yapıldıktan sonra, hücresel (IFN-g ve IL-4) ve humoral yanıtlar (IgG, IgG1, IgG2a) incelenmiştir. İkinci aşılamadan üç hafta sonra fareler, oral gavaj yoluyla virülan T. gondii PRU suşunun 7-8 canlı doku kisti ile enfekte edilmiştir. Adjuvant varlığında, makrofajlar tarafından artmış hücresel alım, hücresel (IFN-g ve IL-4) ve humoral (IgG, IgG1, IgG2a) yanıtlar ve yüksek koruyuculuk elde edilmiştir. Nanopartiküler adjuvant sistemle karşılaştırıldığında, mikropartiküler adjuvant sistem ile elde edilen etkililik ve koruyuculuk daha yüksek bulunmuştur. Rekombinant proteinlerin kombinasyonu tek başına uygulandığında Th2-baskın immün yanıtı uyardığı, adjuvant sistem ile ise Th1-baskın immün yanıtı uyardığı bulunmuştur. Tez çalışmalarının sonucunda, T. gondii'ye karşı yeni adjuvant sistemlerin varlığında immün yanıtı artıran ve koruyuculuğu yüksek bir aşı sistemine başarıyla ulaşıldığı gösterilmiştir.Rekombinant BAG1 (bradizoitler tarafından eksprese edilir) ve rekombinant GRA1 (takizoitler ve enkiste bradizoitler tarafından eksprese edilir) toksoplazmozisin teşhis ve tedavisi için kullanılmaktadır. Tez danışmanı Şenel ve ekibi, porin içeren kitosan mikro ve nanopartiküllerden oluşan adjuvant sistemler geliştirilmiş ve geliştirilen sistemlerin adjuvant özellikleri in vitro ve in vivo olarak gösterilmiştir (TÜBİTAK-CONACYT İkili İşbirliği Projesi- 215S995). Bu tezde amacımız, toksoplazma enfeksiyonunda potansiyel altbirim aşı antijenleri olan rBAG1 ve rGRA1 kombinasyonunu kullanarak, geliştirmiş olduğumuz yeni adjuvant sistemlerinin aktivitesini in vitro ve in vivo olarak incelemektir.
Frontonazal nadir bir yüz malformasyonu ile ilişkili aday genlerde protein düzeyinde ın silico analiz
Frontonazal malformasyonlar orta yüz bölgesinde gelişen ve değişken fenotipik özellikler gösteren hastalıklardır. Nadir bir frontonazal malformasyon fenotipi açısından mikrodizin ve tüm ekzom dizileme yöntemleri ile, tez çalışması öncesinde, 5 etkilenmiş ve 2 etkilenmemiş birey bulunan bir aile incelenmiştir. Bu ailede linkaj analizi ile belirlenen hastalıktan sorumlu olabilecek aday gen bölgelerinde tüm ekzom verisi ile 3 aday yanlış anlamlı mutasyon (UBXN4; p.E260D, ANK; p.R1604K, TRAM2; p.E282K) tespit edilmiştir. Bu tez çalışmasında, elde edilen 3 aday varyantın protein üzerindeki olası yapısal ve fonksiyonel etkilerinin in silico yöntemlerle araştırılması amaçlanmıştır. Bu amaçla öncelikle dizi tabanlı PredictSNP, MetaSNP, I-Mutant 3.0, MUpro ve HOPE araçları kullanılmıştır. Daha sonra proteinlerin deneysel olarak oluşturulmuş bütüncül 3 boyutlu yapıları UniProt veri tabanında bulunmadığından, 3 aday genin kodladığı proteinlerin 3 boyutlu yapıları farklı yöntemler kullanılarak modellenmeye çalışılmıştır. ANK2 proteinine ait tahmini 3 boyutlu yapı oluşturulamamışken, UBXN4 ve TRAM2 proteinlerinin 3 boyutlu yapıları ise AlphaFold veri tabanından elde edilmiştir. UBXN4 ve TRAM2 proteinlerinde gözlemlenen mutasyonların protein yapısı üzerindeki etkilerini araştırmak için yapı tabanlı Missense3D, COACH, COFACTOR ve PremPS araçları kullanılmıştır. Sonuç olarak, bu araçlara göre, 3 aday varyantın protein üzerinde olası bir yapısal ve fonksiyonel etkiye sahip olmadığı tahmin edilmiştir.
Klinik ve radyolojik olarak diz osteoartriti tanısı almış olan hastalarda serum COMP ve MMP-3 düzeylerinin hastalık evresi ve günlük yaşam aktiviteleri ile ilişkisi
Giriş: Osteoartrit en sık görülen eklem hastalığı olup, en fazla diz eklemini tutmaktadır. İnsidansı giderek artmakta ve özellikle yaşamın ikinci yarısında önemli ölçüde morbiditeye yol açarak yaşam kalitesini olumsuz olarak etkilemektedir. Günümüzde osteoartritte düşük dereceli kronik inflamasyonla seyreden multifaktöriyel bir sürecin rol oynadığı kabul edilmektedir. Çalışmanın amacı; klinik ve radyolojik olarak diz osteoartriti tanısı almış hastalarda serum COMP (Kıkırdak Oligomerik Matriks Proteini) ve MMP-3 (Matriks Metalloproteinaz-3) düzeyleri ile, hastalık evresi ve günlük yaşam aktiviteleri arasındaki ilişkiyi incelemektir. Gereç ve Yöntem: Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi, Fiziksel Tıp ve Rehabilitasyon Anabilim Dalı polikliniğine başvuran, ACR (Amerikan Romatoloji Derneği) kriterlerine göre primer diz osteoartriti tanısı alan 85 hasta çalışmaya dahil edildi. Hastaların yaş, cinsiyet, kilo, boy, eğitim durumları, meslekleri, ek hastalıkları ve kullandıkları ilaçlar kaydedildi. Ayrıntılı fizik muayene yapılarak diz osteoartriti değerlendirildi. Ayrıca serum COMP ve MMP-3 ölçümleri için hastalardan kan örneği alındı. Ağrının şiddeti ve günlük yaşam aktivitelerindeki fonksiyonel durumları VAS (Görsel Analog Skala), WOMAC (Western Ontario ve McMaster Üniversiteleri Osteoartrit İndeksi), Lequesne ve KOOS-PS (Diz yaralanması ve osteoartrit sonuç skoru-fiziksel fonksiyon kısa form) ölçekleri ile değerlendirildi. Bulgular: Hastaların 75'i (%88.2) kadın, 10'u (%11.8) erkekti. 85 hasta, Kellgren-Lewrence radyolojik evreleme sistemi (K-L) ne göre 3 gruba ayrıldı. K-L evre-I hastalar grup 1' e, K-L evre-II ve III olan hastalar grup 2' ye, K-L evre-IV olan hastalar ise; grup 3' e alındı. Yaş ortalaması grup 1' de 57.17±9.37, grup 2' de 64.73±9.48 ve grup 3' te 68.17±10.27 yıl olarak bulundu. Çalışmamızda hastaların serumda ölçülen COMP ve MMP-3 düzeyleri her üç grupta benzer saptandı. Kanda bakılan bu biyobelirteçler ile fonksiyonel test skorları karşılaştırıldığında, serum COMP düzeyi ile VAS skoru arasında orta derecede korelasyon, WOMAC ile orta derece negatif korelasyon, KOOS-PS ile düşük-orta derecede negatif korelasyon görüldü. Serum MMP-3 düzeyi ile VAS, WOMAC, KOOS-PS skorları arasında korelasyon görülmezken, Lequesne skoru ile düşük düzeyde korelasyon saptandı. Sonuç: Serum COMP ve MMP-3 ölçümlerinde farklı evrelerdeki diz OA' sı grupları arasında anlamlı fark görülmemiş olup, serumda ölçülen bu biyobelirteçler ile ilgili OA tanısı ve bu belirteçlerin prognostik değeri adına daha büyük örneklem gruplarında ileri çalışmalara ihtiyaç bulunmaktadır.
LAP1B proteinin kas hücrelerinin transkripsiyon regülasyonundaki rolünün araştırılması
Çekirdek iç membran proteini LAP1B'nin (lamina-ilişkili polipeptit 1, izoform B) işlev kaybı insanda kas distrofisi ve kardiyomiyopatiye neden olmaktadır. LAP1B'nin kas dokusundaki işlevi henüz bilinmemektedir. Tezin amacı, LAP1B'yi ifade etmeyen kas hücrelerinin farklılaşma sürecinde transkriptom düzeyindeki değişikliklerin belirlenmesi ile, insanda neden olduğu kas distrofisinin moleküler patogenezinin anlaşılmasına katkı sağlamaktır. Bu amaçla in vitro model olarak kullanılmak üzere kontrol ve bir LAP1B-ilişkili kas distrofisi hastasına ait primer fibroblastlar ölümsüzleştirilmiş ve uyarılabilir MyoD gen transferi gerçekleştirilmiştir. Kontrol hücrelerin sekiz günde olgun miyotüpler oluşturduğu gözlenirken, mutant hücrelerin füzyon kapasitelerinin çok düşük olduğu ve farklılaşmayı tamamlayamadıkları bulunmuştur. Ayrıca C2C12 fare miyoblastlarında LAP1A/B ifadesinin baskılanmasına neden olan mutasyonlar oluşturulmuş ve aynı bulgular gözlenmiştir. RNA dizileme yöntemi ile kontrol ve mutant hücrelerde tüm transkriptom içerisinde ifadesi değişen genler ve görev aldıkları yolaklar belirlenmiştir. Bu yolaklar arasından kas kasılması, hücre döngüsü, mitozda kromatit segregasyonu ve hücre dışı matriks organizasyonu öne çıkmıştır. Mutant hücrelerin p21 ifadesinin baskılanmış olmasına rağmen hücre döngüsünden çıktıkları hücre döngüsü analizi ile belirlenmiştir. Son olarak mutant hücrelerde p53 ifadesinde ve mikroçekirdek sayısında gözlenen artışın, hücresel stres ve DNA hasarı ile ilişkili olduğu görülmektedir. Bu çalışmadan elde edilen bulgular, LAP1B'nin kas farklılaşmasının erken evresinde hücre döngüsü çıkışında rolünün olmadığı ancak miyogenin ifadesinin uyarılması için DNA hasarının tamirinde görevli olabileceğine işaret etmektedir. LAP1'in yeni yolaklardaki olası rolünün tanımlanması, tedavide hedeflenebilir yolakların keşfedilmesine de olanak sağlayacaktır.
Mezenkimal kök hücre yaşlanmasında NF-KB/P65 ve PKNOX2 protein-protein etkileşimlerinin incelenmesi
Mezenkimal kök hücreler in vitro kültürde pasajlamalar sonucu replikatif yaşlanmaya uğrayarak kök hücre özelliklerini kaybeder. Grubumuzun daha önceki çalışmalarında sağlıklı Kİ-MKH'de PKNOX2 proteini ile yapılan ko-immünopresipitasyon (ko-İP) sonrası proteomiks analizlerinde PKNOX2 ile etkileşime giren proteinler arasında yaşlanma ilişkili sekretomların ana düzenleyicisi olarak kabul edilen Nüklear Faktör-κB'nin p65 alt ünitesi (NF-κB/p65) bulunmuştur. Bu tez çalışmasında; 1) kültür ortamında yaşlandırılan Kİ-MKH'lerde PKNOX2 ve p65/RelA protein düzeylerinde değişim olup olmadığının araştırılması, 2) PKNOX2 ve NF-κB/p65 (RelA) etkileşiminin kanıtlanması ve 3) yaşlanma sürecindeki etkileşim değişimlerinin olup olmadığının incelenmesi amaçlanmıştır. Replikatif yaşlanma SA-β-Gal boyaması ve p16, p21 protein seviyeleri ile değerlendirildi. Genomik stres, γH2AX seviyeleri immünofloresans görüntüleme ile tespit edildi. Western blotlama sonuçları, PKNOX2 protein düzeylerinin replikatif yaşlanma ile azalma eğiliminde olduğunu gösterdi. 200 μM H2O2 ile indüklenen oksidatif stresin Kİ-MKH'de genel olarak NF-κB/p65 protein düzeylerini arttırdığını gösterdi. Ko-İP sonrası western blotlama ve in situ proximity ligation assay (PLA) teknikleri ile NF-κB/p65 ve PKNOX2 etkileşimde olduğu in vitro ve in situ tespit edildi. PLA analizleri, NF-κB ve PKNOX2'nin etkileşimlerinin Kİ-MKH'lerinin hem sitoplazma hem de çekirdeğinde mevcut olduğunu gösterdi ve etkileşim düzeylerinin 9. pasajda arttığını ve pasaj 12'de düştüğünü gösterdi.
Tip 1 diyabetli adölesanlarda protein ve yağların postprandiyal glisemik yanıta etkisi ve bu yanıtın insülin rejimiyle yönetiminin incelenmesi
Tek merkezli, randomize, insülin açısından tek kör planlanan bu çalışmada 12-18 yaş arası sürekli subkutan insülin infüzyonu (CSII) uygulayan 11 Tip 1 diyabetli adölesanda diyetle alınan protein ve yağın öğün sonrası kan glukoz düzeyleri üzerine etkisinin belirlenmesi ve bu etkinin insülin rejimiyle yönetiminin ve diyet yağı ile proteinlerin glukagon, glukagon benzeri peptit-1 (GLP-1) ve serbest yağ asidi (SYA) düzeylerine etkisinin değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Tüm olgular 4 farklı gün hastaneye davet edilerek, 1 kez standart öğün (SÖ), 3 kez yüksek yağ yüksek proteinli (YYYP) öğün olmak üzere toplam 4 kahvaltı öğünü verilmiştir. Standart öğünde karbonhidrat sayımına göre, yüksek yağ yüksek proteinli (YYYP) öğünlerde ise karbonhidrat sayımı, karbonhidrat sayımına ek yağ sayımı ve yağ-protein sayımına göre insülin dozu ve veriliş şekli belirlenmiştir. Yağ sayımı ve yağ-protein sayımı için hesaplanan ek doz insülin CSII ile 4 saat yayma olacak şekilde uygulanmıştır. SÖ ve YYYP öğünlerinden önce ve 30., 60., 90., 120., 240., 360. dakikalarda bireylerden venöz kan örnekleri alınarak plazma glukagon, GLP-1 ve SYA düzeyleri değerlendirilmiştir. Öğünlerin glukoz profiline etkileri değerlendirilirken öğün sonrası artımsal eğri altında kalan alanlar (iAUC) ve glukoz değerleri karşılaştırılmıştır. Bireylerin yaşlarının ortanca değeri 17,50 yıldır. Çalışmada kapiller ölçümle 240. dakikadan, interstisyel ölçümde ise 60. dakikadan itibaren öğünler arasında glukoz düzeylerinde farklılık olduğu bulunmuştur (p<0.05). Kapiller ölçümle YYYP öğünü sonrası kan glukoz düzeyinin 240., 300., ve 360. dakikalarda SÖ'ne göre anlamlı şekilde yüksek (sırasıyla p=0,003, p=0.002, p<0.001), SÖ ile YYYP-b öğünlerinin kan glukoz değerlerinin benzer olduğu saptanmıştır. Öğün sonrası glisemik yanıt YYYP-b öğününde YYYP öğününe göre hem erken (0-120 dk iAUC) hem de geç dönemde (120-360 dk iAUC) anlamlı olarak düşük bulunmuştur (sırasıyla p=0,001 ve p<0,001). SÖ ve YYYP öğünleri sonrası plazma glukagon, GLP-1 ve SYA düzeyleri arasında fark bulunmamıştır (p<0,05). Tip 1 diyabetli bireylerde yüksek proteinli yüksek yağlı öğünler özellikle geç postprandiyal dönemde glisemik yanıtta artışa neden olmaktadır. Sonuç olarak karışık öğünlerde insülin dozunun hesaplanmasında yalnızca karbonhidrat sayımı yerine karbonhidrat sayımına ek olarak yağ-protein sayımı yapılması ile öğün sonrası glisemik seyir iyileştirilmektedir. Ancak bireylerin yağ ve proteine olan duyarlılığı değerlendirilerek öneriler bireyselleştirilmelidir.
Solunum yolu hastalıklarında rol oynayan seçilmiş protein ve nükleik asitlerin dizi ve yapılarının moleküler modelleme yoluyla incelenmesi
Solunum yolu hastalıklarında rol oynayan seçilmiş protein ve nükleik asitlerin dizi ve yapılarının moleküler modelleme yoluyla incelenmesi Bu tezde, solunum hastalıklarında rol oynayan seçilmiş 7 mikroorganizmanın biyofilm oluşumunda önemli bir mekanizma olan Çevreyi Algılama Sistemi (Quorum Sensing) 'de görevli protein ve nükleik asitleri, moleküler modelleme ve dizi karşılaştırma yolu ile incelenmiştir. Proteinlerin amino asit ve nükleik asit dizileri https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ ve https://www.uniprot.org/ veri tabanlarından alınmıştır. MEGA 7. 0. 26 programında ortak nükleik ve amino asit dizilerinin bulunması için dizi hizalama (alignment) yapılmıştır. PyCharm Community Edition 2018.3.4 programında oluşturulan algoritma ile bu dizilerin benzerlik yüzdeleri hesaplanmıştır. https://swissmodel.expasy.org/ veri tabanında bu proteinlerin 3 boyutlu yapıları oluşturulmuş ve UCSF Chimera 1. 13. 1 (University of California, 2000) programında bu modeller karşılaştırılmış ve ortak yapılar bulunmuştur. Fiziksel ve kimyasal özelliklerin incelenmesi amacıyla https://web.expasy.org/protparam/ veri tabanı kullanılmıştır. Sonuçta ise ortak diziler ve yapılar elde edilmiştir. Bu sonuçların biyofilm oluşumunu önleyici çözümler üretilmesine önemli katkılar sağlayabileceği düşünülmektedir. Anahtar Kelimeler; Moleküler modelleme; Quorum Sensing; Solunum yolu hastalıkları; Biyofilm
Gıda endüstrisi için alternatif bitkisel protein tozu üretimi
Bu tez çalışmasında, şeker pancarı yapraklarından maksimum verimde alternatif bitkisel protein tozu üretimi amaçlanmıştır. Maksimum verimde protein eldesi amacıyla, izoelektrik, amonyum sülfat ve bu iki yöntemin kombinasyonu olan izoelektrik-amonyum sülfat çöktürme yöntemleri uygulanmıştır. Bunun yanı sıra, protein verimini arttırmak amacıyla özütleme işlemindeki etken parametreler optimize edilmiş ve enzimatik ön işlem uygulanmıştır. Bu kapsamda, şeker pancarı yaprağının kuru madde bazında %24,02±0,18 protein içerdiği belirlenmiştir. Protein tozu eldesinde en yüksek verimin izoelektrik-amonyum sülfat çöktürmesi uygulanarak elde edildiği tespit edilmiştir. Ekstraksiyon işleminde etken parametreler olan ekstraksiyon sıcaklığı (25-75 ˚C), ekstraksiyon süresi (40-120 dk.) ve çözelti:katı oranı (15-45 mL/g) yanıt yüzey yöntemi ile optimize edilmiş ve optimizasyon işlemi sonuçlarına göre 54,25 ˚C sıcaklık, 81,35 dakika ekstraksiyon süresi ve 27,65 mL/g çözelti:katı oranı ekstraksiyon koşullarında protein verimi %55,15±2,82 olarak bulunmuştur. Enzim destekli ekstraksiyon ile ise protein verimi %43,27 oranında arttırılarak %79,01±0,27 olarak saptanmıştır. Elde edilen protein tozlarının kuru madde bazında protein içeriği %69,08 (ağ/ağ) olarak saptanmıştır. Protein tozlarının amino asit kompozisyonuna bakıldığında, esansiyel amino asitlerden treonin (%4,20), valin (%3,99) ve fenilalaninin (%3,62) ve esansiyel olmayan amino asitlerden ise serin (%55,22) ve aspartik asidin (%7,41) yüksek oranda bulunduğu belirlenmiştir. Protein tozlarının protein çözünürlüğü pH 7,5 değerinde %98,71 olarak saptanmıştır. Bunun yanı sıra, protein tozlarının kalite özelliklerini belirlemek amacıyla, renk, yığın yoğunluğu, sıkıştırılmış yığın yoğunluğu, Carr endeksi, partikül yoğunluğu, ıslanabilirlik, dağılabilirlik ve su aktivitesi tayinleri yapılmıştır.
Identification of ptp1b dynamics using frequency response analysis
Protein tyrosine phosphatase 1B (PTP1B) plays a key role as negative regulator of insulin and leptin signaling. In human PTP1B, a significant conformation change is seen in the WPD loop from open (inactive) to closed (active) conformation, when a ligand is bound to the enzyme. The aim of this study is to see how functionally important distant portions, such as S-loop, are perturbed by disturbances in the active site, and suggest a method which could be utilized to find communication pathways between distant regions in a protein, using frequency response techniques. Therefore, five different periods of TMD simulation cycles (one closing-opening motion of WPD loop) were applied between WPD loop in open (WPDopen) and in closed (WPDclosed) conformations of PTP1B. TMD potential force is applied on the WPD loop and the R-loop Using Discrete Fourier Transform to filter out the perturbed frequency components from random fluctuations, it was observed that the effects of this continuous periodic excitation of the active site spread throughout the whole protein, manifesting itself with increase in mobility of distant regions. Increase in fluctuations are seen not only in the vicinity of WPD loop and R- loop, but also at some distant parts of PTP1B, not directly in contact with the active site or WPD loop, i.e. ?1', ?2', pTyr recognition loop, R-loop, L11, WPD loop, ?3, P-loop, Q-loop and ?6. Moreover, most of the displacements of the residues are practically in the same direction with those of the crystal structures. A surprising result is also obtained in the functionally important region, S-loop. Although there is no mobility increase in S-loop with respect to equilibrium MD simulations, opening/closing of WPD loop makes the first eigenvector of S-loop displacements at the base frequency of oscillations more aligned with that between the crystal structures. This result shows that allostericity is not always manifested as increase in residue mobility, but also in adjustment of the directionality of residue fluctuations. TMD simulations at higher frequencies of WPD loop motions show that amplitude of oscillations of many of the distant regions, and even the active site, decreases, as that would be expected from a linear system.
Identification of C17orf45 protein and the effects of its snorNAs on cell cycle
The Wnt / ß-catenin signaling has many important roles in cellular responses and dysregulation of this pathway are linked to tumor formation. Priorly, SAGE and microarray analyses were performed in our laboratory in order to detect differentially expressed genes in Wnt / ß-catenin pathway and c17orf45 gene was found to be upregulated in the presence of constitutively active ß-catenin. It was characterized as a novel Wnt / ß-catenin target. A bioinformatics tool designed by our former lab member was used to detect differentially expressed genes in different tumor samples from online data. This indicated that the expression level of c17orf45 gene was altered in distinct tumors. Besides, the upregulation of c17orf45 was experimentally observed in meningi-oma samples. Moreover, c17orf45 gene is accepted as the host gene for 3 snoRNAs in its introns. SnoRNAs are mainly involved in post-transcriptional modification of ribo-somal RNAs; however the roles of snoRNAs in cancer are currently identified. In this study, the putative protein product of c17orf45 gene and the effects of 2 snoRNAs residing in introns of c17orf45 on different cancer cells were analyzed. Bioinformatics and PAML analyses for c17orf45 ORF revealed that there might be a positive selection for putative protein of the gene. Western Blot analysis done to identify the putative protein resulted in that the antibody did not target the protein of c17orf45. Besides, to examine the possible effects of snoRNAs, snoRNAs were cloned into intronic region of HBB gene encompassed by exonic parts in order to splice intron out. This would lead to obtain functional, processed snoRNAs. Splicing were verified with RT-PCR, Real Time PCR and YFP fused HBB construct which depended on joining of exons and splicing out of intron. Then, snoRNA constructs were introduced to different cancer cell lines to determine the effects of snoRNAs on cell cycle. However, none of the cells with 2 dif-ferent time points indicated an alteration on cell cycle.
60 yaş ve üstü erkeklerde kemik mineral yoğunluğu azalmasını etkileyen faktörler ve alfa klotho protein ilişkisi
Amaç: Osteoporoz, kemik kütlesinde azalma ve kemik dokusunun mikro-mimarisinin bozulması sonucunda kırık riskinde artmayla sonuçlanan ilerleyici bir metabolik kemik hastalığı olup kırık oluşana kadar sessiz seyirlidir. Kemik Mineral Yoğunluğu (KMY)'nu etkileyen faktörlerle ilgili çeşitli çalışmalar olup Klotho protein ile KMY arasındaki ilişki belirsizdir. Araştırmanın birinci amacı, erkeklerde Klotho ile KMY arasında bağımsız bir ilişki olup olmadığını tespit etmek, ikinci amacı ise KMY üzerine etkili olan diğer faktörleri saptamaktır. Gereç ve Yöntem: Vaka kontrol çalışması olarak planlanan araştırmaya toplam 140 erkek hasta dahil edildi. Osteoporoz ve osteopeni grupları Dünya Sağlık Örgütü (DSÖ)'nün tanımlamasına göre tanımlandı. Sarkopeni, Avrupa Yaşlılarda Sarkopeni Çalışma Grubu 2 (EWGSOP2) kriterlerine göre tanımlandı. Araştırma kapsamında hastalara kemik dansitometri ölçümü, antropometrik ölçümler, laboratuvar testleri ve kapsamlı geriatrik değerlendirme testleri uygulandı. 4 metre yürüme testi ile fiziksel performans, el dinamometresi ile kas gücü ve biyoimpedans ile kas kütlesi ölçümü yapıldı. Rutin laboratuvar tetkiklerine ek olarak serum alfa Klotho proteini düzeyi ölçülerek gruplar arasında karşılaştırıldı. Bulgular: Çalışmaya 60 yaş ve üstü toplam 140 erkek hasta dahil edildi. Kontrol grubunda 60 hasta, vaka grubunda ise KMY'si azalmış 80 hasta vardı. Alfa Klotho düzeyleri kontrol grubunda ortalama 0.42±0.47 ng/ml, vaka grubunda ortalama 0.34±0.26 ng/ml olarak saptanmış olup her iki grup arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark saptanmadı (p =0,817). Kontrol grubunda aterosklerotik kalp hastalığı (ASKH), Diabetes Mellitus ve kronik obstrüktif akciğer hastalığı (KOAH) tanılı hasta sayısı daha fazla olup istatistiksel olarak anlamlı bulundu. Katılımcıların geriatrik testlerinden sarkopeni tarama testleri ile KMY arasında anlamlı ilişki saptandı. Ürik asit ve monosit düzeyleri vaka grubunda düşük iken; total testosteron, osteokalsin, LDL, total kolesterol ve potasyum düzeyleri anlamlı olarak yüksek saptandı. Vaka grubunda kas kütlesi (p=0,002), bel çevresi, üst kol ve baldır çevresi anlamlı olarak daha düşük saptandı. Çalışmamızda Diyabetes Mellitus, hipertansiyon, kronik böbrek hastalığı tanıları olanlarda Klotho düzeyi ortalaması daha düşük çıkmış olup anlamlı bir farklılık tespit edilmemiştir. Sonuç: Bu çalışmada KMY azalması ile alfa Klotho proteini düzeyi arasında istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki saptanmamıştır. KMY azalmış grupta kas kütlesi de anlamlı olarak düşük bulunmuş olup osteosarkopeniyi desteklemektedir. Hasta sayısının fazla olduğu prospektif gözlemsel çalışmalara ihtiyaç vardır. Anahtar Kelimeler: erkek osteoporozu, sarkopeni, kemik mineral yoğunluğu, osteosarkopeni, Klotho
Acil servise başvuran geriatrik yaş grubundaki hastalarda malnütrisyon ve kırılganlık ölçeklerinin laboratuvar parametreleri ile karşılaştırılması
Amaç: Yaşlı hayat kalitesini etkileyen, yaşlılığın getirdiği problemlerin de temelini oluşturan tanım geriatrik sendromlardır. Geriatrik sendromlar içinde, kırılganlık ve malnütrisyonun, morbidite ve mortalite artışında, uzamış hastane kalış sürelerinde, sağlık harcamalarında ve yaşlı bakım ihtiyacının artmasında en önemli faktörler olduğu düşünülmektedir. Bu çalışma ile malnütrisyonu ve kırılganlığı değerlendirmede kullanılan ölçeklerin yanında, objektif, ulaşılabilir ve tekrarlanabilir laboratuvar tetkiklerinin kullanımının, klinik sonlanımları erken öngörmesini değerlendirmeyi amaçladık. Gereç ve Yöntem: Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi Erişkin Acil Servisi'ne 01.09.2022 – 01.11.2022 tarihleri arasında başvuran, 65 yaş ve üzeri 106 hasta ile prospektif tek merkezli bir çalışma yaptık. İleri düzeyde alzheimer/demansı olan, aktif tedavi (KT, RT) alması gereken malignitesi olan, immobil olan ve multiple travma hastaları çalışmaya dahil edilmemiştir. Hastaların demografik bilgileri, kullandıkları ilaçları, alkol/sigara alışkanlıkları ve komorbid hastalıkları sorgulandı ve Charlson Comorbidity Index (CCI) hesaplandı. Hastaların kırılganlık durumları için Modifiye Kırılganlık İndexi (mFI), FRAILTY Index (FI) ve Klinik Kırılganlık Skoru (CFS) ölçekleri hesaplandı ve malnütrisyon durumlarını belirlemek için Mini Nütrisyonel Değerlendirme Kısa Form (MNA-SF) kullanıldı. Tüm hastalarda prealbümin, demir, açlık insülin, HgA1c, B12 vitamini ve parathormon (PTH) parametrelerinin de olduğu kan parametreleri çalışıldı. Hastaların klinik sonlanımları acil servisten taburculuk, servis ve yoğun bakıma yatış ile 30 günlük mortalite olarak değerlendirildi. Gruplar arası karşılaştırmalarda kategorik değişkenler için ki-kare veya Fisher'in kesin ki-kare testi, sürekli değişkenler için Student's t testi ya da tek-yönlü varyans analizi ile post-hoc Tukey testi, normal dağılmayan ve sıralı değişkenler için Mann Whitney U veya Kruskal Wallis varyans analizi kullanıldı. Bulgular: Çalışmaya dahil edilen 106 hastanın MFI, FI ve CFS skorlarına göre farklı kırılganlık oranları tespit edildi (sırası ile %10.4, %67.9 ve %87.7). MNA-SF'ye göre hastaların %18.9'u malnütre ve %47.2'si malnütrisyon riskli saptandı. CCI skoru arttıkça hastane yatış süresinin uzadığı (p<0.001) ve servise yatış olasılığının arttığı (p=0.011) saptandı. Kırılganlık ve malnütrisyon arttıkça yatış sürelerinin uzadığı ve kötü prognozun arttığı, hemoglobin, prealbümin, albümin ve total protein değerlerinin azaldığı saptandı (p<0.05). Malnütre hastalarda açlık insülinin (p=0.001) azaldığı, kırılganlarda ise vitamin B12'nin yüksek olduğu saptandı. Taburculuk, hastane yatışı veya mortalite öngörmede prealbüminin, albüminin, total proteinin ve hemoglobinin azalmış olmasının yol gösterici olduğu görüldü. Bunlara ek olarak, vitamin B12 (p=0.026), d-dimer (p=0.024), PTH (p=0.033), nötrofil lenfosit oranı (NLR) (p=0.017) ve kreatininin (p=0.001) değerlerinin artışları ile kalsiyum (Ca) değerinin azalmasının (p=0.018) hastaların klinik sonlanımlarını olumsuz etkilediği saptandı. Sonuç: Acil servise başvuran geriatrik hastalarda kırılganlık ve malnütrisyon skorları ile kolayca ulaşılabilir olan albümin, prealbümin ve total protein gibi kan parametrelerinin kombine kullanımı, hastaların klinik sonlanımlarını öngörmede yardımcı olabilmektedir. Prognoz değerlendirmesi açısından, kullanılan skorlamalar arasındaki farktan dolayı, tek başına skor kullanmak yerine, kan parametreleri ile kombinasyon modelleri planlanabilir. Böylece, sağlıklı yaşlı popülasyonunun artmasına, yaşlı morbidite ve mortalitesinin azalmasına, sağlık hizmeti kaynaklarının daha verimli kullanılmasına katkı sağlanılmış olur. Çalışmamızın bu nedenle kırılgan ve malnütre yaşlı popülasyonla yapılacak gelecek çalışmalara yardımcı olabileceğini düşünmekteyiz. Anahtar Kelimeler: Yaşlılık, Kırılganlık, Malnütrisyon, Kırılganlık Ölçekleri, Geriatrik Sendromlar, Total protein
İpek böceklerinin farklı protein düzeylerine sahip karma yemler ile beslenmesinin performans, koza kalitesi, ipek verimi ve ipek kalitesine etkisi
Bu araştırma farklı protein düzeylerinde oluşturulan karma yemlerin ipek böceklerinin (Bombyx mori L.) bazı performans parametreleriyle koza ve iplik kalitelerini belirlemek için yapılmıştır. Araştırmada 4000 tohum (MxN hibritleri) alınmış ve tohumlardan çıkan larvalarla besleme çalışması başlamıştır. Her bir grupta 120 larva içerecek şekilde beş grup düzenlenmiştir. Bir grup 5 tekerrürlü düzenlenmiştir. Birinci grup yemi %20 hamproteinli ve %92,30 dut yaprak unu içerip herhangi bir besin maddesi bakımından zenginleştirilmemiştir. 2. grupta dut yaprak unu %77,37'e düşürülerek hamprotein düzeyi %20'de tutulmuş fakat besin maddelerince zenginleştirilmiştir. 3., 4. ve 5. grup yemlerine dut yaprak unu sırasıyla %72,53, 67,54 ve 62,74 düzeyinde katılarak hamprotein düzeyleri sırasıyla %21, 22 ve 23'e ayarlanmış ve yemler besin maddeleri bakımından da zenginleştirilmiştir. Besin maddesi bakımından zenginleştirilmeyen %92,30 dut yaprak unu kapsayan %20 hamproteinli yem tüketen grupta tüm larvalar 3. instar döneminde ölmüştür. Yemde dut yaprak ununun azaltılarak yem protein düzeyinin artırlması, larvalarda performans (canlı ağırlık, ağırlık artışı, uzunluğu, genişliği ve hayatta kalma yüzdesi, tüketilen mama miktarı, sindirilen mama miktarı), koza ağırlığı ve koza kalitesi (koza kabuk ağırlığı, kozalarda parlaklık, koza etkin yetiştirme oranı) ile ipek verimi ve ipek kalitesinde (filament uzunluğu ve denyesi) lineer artış sağlamıştır. Teorik kuru madde sindirilme derecesi, referans oranı ve sindirilme etkinlik yemdeki protein düzeyinden etkilenmemiştir. Yemde protein düzeyinde artış, yem etkinlik oranında düşüşe yol açmıştır. Araştırmada %62,74 dut yaprak unu ve %23 hamproteinli yemlerle beslemede larvaların performansının arttığı, koza miktarı ve kalitesi ile ipek verimi ve ipek kalitesinin olumlu yönde etkilendiği kanaatine varılmıştır.
Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi İç Hastalıkları Yoğun Bakım Ünitesi'nde yatan hastalara verilen protein desteğinin hastaların mekanik ventilatörden ayrılma süresi ve sağkalımına etkisinin incelenmesi
YBÜ'de izlenen MV uygulanan hastalarda artan katabolik süreçlerden dolayı protein yıkımı artmıştır. Yapılan çalışmalar bu durumun kötü prognozu işaret ettiğini göstermektedir. Bu çalışmanın amacı YBÜ'de MV uygulanan ve enteral beslenen hastalara verilen protein desteğinin, mekanik ventilatörden ayrılma süresine etkisini ve 28 günlük mortaliteye etkisini incelemektir. Hastaların; yaş (yıl), cinsiyet, kilo (kg), boy (cm), vücut kitle indeksi (VKİ) (kg/m2), mekanik ventilatöre bağlı kaldıkları süre (gün), APACHE II, SOFA, mNUTRIC skorları ile yedi gün süreyle kilogram vücut ağırlığı başına gram protein ve enerji değerleri, laboratuvar sonuçları, YBÜ ve hastanede yatış süreleri ve sonlanım durumları (yaşayan/ölen) ortak bir veri tabanında toplanmıştır. Retrospektif olarak yapılan bu çalışmada veriler hastane bilgi sisteminden ve hasta dosyalarından elde edilmiştir Demografik veriler, APACHE II, SOFA ve mNUTRIC skorları için iki grupta benzer sonuçlar bulunmuştur. MV'ye bağlı gün süresi açısından 1,2 g/kg/gün ve üzeri protein alan grupta daha uzun MV gün sayısı tespit edilmişitir (p=0,001). YBÜ'de yatış süresi açısından 1,2 g/kg/gün ve üzeri protein alan grubun daha uzun yatış gün sayısı tespit edilmiştir (p:0,037). İki grup arasında 28 günlük mortalite açısından anlamlı fark bulunmamıştır. YBÜ'de yüksek protein desteği alan hastaların daha uzun MV gün sayısı tespit edilmiştir. Yirmisekiz günlük mortalite açısında iki grup arasında anlamlı fark bulunmamıştır.
Biyolojik ve kimyasal yöntemlerle kolajen üretiminin incelenmesi
Stresli ve sağlıksız bir ortamda yaşama, gıda tüketim alışkanlıklarındaki değişiklikler ve gıda içeriklerinin değişmesi gibi nedenlerden dolayı insanların vücutlarındaki kolajen üretiminin azalması daha genç yaşlara inmiştir. Bunun yanı sıra dünya nüfusunun zamanla yaşlanması kolajenin takviye olarak alınması ihtiyacını doğurmuştur. Kolajen, farklı kaynaklardan farklı yöntemlerle elde edilmektedir. Bu yüksek lisans tezi kapsamında, biyolojik materyalden kimyasal ve enzimatik yöntemler kullanarak kolajen elde edilmesi ve kolajen veriminin deneysel istatistiksel yöntem kullanılarak arttırılması hedeflenmiştir. Bu amaçla, tüketiminin çok olması, atık olması ve atık temininin kolay olması gibi nedenlerden dolayı kolajen kaynağı olarak atık yumurta kabuğu zarı seçilmiştir. Yumurta kabuğu zarlarından iki farklı ekstraksiyon yöntemi (ultrasonik destekli enzimatik ekstraksiyon ve asidik ekstraksiyon) kullanılmıştır. Yumurta kabuğu zarından ultrasonik destekli enzimatik ekstraksiyon yöntemi kullanılarak kolajen elde edilmesi aşamasında ekstraksiyon sıcaklığı, sonikasyon süresi ve enzim miktarı koşulları merkezi kompozit tasarım yöntemiyle optimize edilmiştir. En yüksek verimi ve saflığı veren koşullar 0.5 g enzim miktarı, 10°C ekstraksiyon sıcaklığı ve 45 dk sonikasyon süresi koşullarında 0.95 ve 19.1 µg/µL olarak bulunmuştur. Elde edilen kolajenlere FTIR analizleri yaptırılmıştır. FTIR sonuçları örneklerin biribine benzerdir ve sarmal yapılarının bozulmadığı anlaşılmıştır.
Predicting intracellular functions of proteins from amino acid sequences using language processing methods
Rapidly increasing computational power and sequencing technologies, which are at the peak of their development, enable the use of advanced algorithms with high processing volume to predict the intracellular functions of proteins, which is one of the most important problems in computational biology. The functionalities of proteins emerge primarily through their three-dimensional folded structures. When these structures are interpreted as graphs, the application of graph neural networks leads to promising results. However, these approaches are limited as the three-dimensional folded structures are not yet known for most proteins. The fact that the amino acid sequences of proteins have properties similar to natural languages and the large amounts of sequence data suggest that these sequences can be processed using natural language processing (NLP) methods. In this thesis, two different NLP methods are adapted to the problem of protein function prediction, assuming that the protein sequence data contain necessary and sufficient information to predict both three-dimensional folded structure and intracellular function: (i) Bidirectional Transoformer BERT model (ii) Heterogeneous Graph Convolutional Network (GCN) model. The results show that it is more advantageous to treat the proteins as graphs. The GCN model performs better than the BERT model and achieves performance close to the state-of-the-art model that uses three-dimensional folding information. In addition, we find that tokenizing the sequences instead of using the individual amino acids as tokens increases the performance.