Biyoinformatik teknikleri kullanarak yeni mikro RNA'ların bulunması ve varyant analizlerinin yapılması: Citrus modeli

Amaç: Bu çalışmanın hedefi mevcut YND verilerini kullanarak, biyoinformatik araçlar yardımı ile yeni miRNA'ların doğru olarak tanımlanması, tanımlanan miRNA'ların farklı türler arasındaki korunmuşluğunun incelenmesi, korunmuş miRNA'ların hedef genleri üzerindeki etkilerinin ve metabolik yolaklardaki rollerinin belirlenmesidir. Yöntem: Gerek duyulan tüm genom ve küçük RNA dizileme verileri mevcut olduğu için, Citrus (Narenciye) çalışmamızda model organizma olarak kullanıldı. Ön işlem ve filtreleme basamaklarından geçen veriler, The UEA sRNA Workbench yazılımı kullanılarak miRNA değerlendirmesine tabi tutuldu. tRNAscan-SE ve NOVOMIR yazılımları ile yanlış pozitif olarak değerlendirilen miRNA'lar çalışmadan çıkarıldı. 34 farklı Citrus türüne ait genom dizileme verileri ve TNV verileri kullanılarak, bu türler arasında ortak olan ve dizisi korunmuş miRNA'lar tespit edildi. Yeni Citrus miRNA'larının tespiti için dizisi korunmuş olan miRNA'lar, veri tabanlarından ve literatür taraması sonucunda elde edilen miRNA'lar kullanılarak filtrelendi. Korunmuş miRNA'ların hangi genlerin ifadelenme seviyesini düzenlediği ve bu hedef genler üzerindeki etkileri psRNAtarget yazılımı kullanılarak belirlendi. Korunmuş miRNA'ların metabolik yolaklardaki rollerinin incelenmesinde, hedef genler ve CitrusCyc veri tabanından elde edilen iki farklı Citrus türüne ait metabolik yolaklar kullanıldı. Bulgular: Çalışmamızda toplamda 1504 miRNA tespit edildi. 270 miRNA'nın 34 farklı Citrus türleri arasında ortak ve 111 miRNA dizisinin bu türler arasında korunmuş olduğu tespit edildi. 111 miRNA'nın 36 tanesi ilk kez bu çalışma ile literatüre kazandırıldı. Başka bir araştırma grubu tarafından literatüre kazandırılan Citrus isomir'lerinin, çalışmamızın filtreleme basamaklarında elimine edildiği saptandı. Citrus türleri arasında korunmuş miRNA'ların, farklı türlerde farklı hedef genlere ve dolayısıyla da farklı metabolik mekanizmalara etki ettiği tespit edildi. Sonuç: Bir biyoinformatik uygulaması olan bu çalışmada, miRNA dizi analizine genomik veriler dahil edilerek miRNA alanındaki çalışmalara ve tanımlara farklı bir bakış açısı getirilmiştir. Anahtar Sözcükler: mikro RNA, yeni nesil dizileme, biyoinformatik.