Identification of variations in some Crocus L. taxa from Bolu by analyses of rDNA its and cpDNA trnL-f regions sequences

Bu ön çalışmada Bolu ilinden örneklenen Crocus abantensis T. Baytop & B. Mathew, C. ancyrensis (Herb.) Maw, C. biflorus Mill. subsp. pulchricolor (Herb.) B. Mathew, C. olivieri J. Gay subsp. olivieri, C. speciosus M. Bieb. subsp. speciosus ve C. x paulineae Pasche & Kerndorff taksonlarının rDNA'nın ITS ve cpDNA'nın trnL-F bölgelerinin baz sekansları kullanılarak taksonomik sınırları belirlenmiştir. C. x paulineae melez taksonunun genetik durumu incelenerek moleküler veriler göre ebeveynleri belirlenmiştir. Çalışma bölgesinde C. abantensis ve C. olivieri subsp. olivieri arasındaki bazı olası melezlerin varlığı da moleküler verilere dayanarak araştırılmıştır. Ek olarak bu çalışma Türkiye'deki Crocus taksonlarının üzerinde yapılacak bir filocoğrafi çalışmada kullanılacak deneysel protokolün belirlenmesi için yapılmıştır. Moleküler analizlerde gDNA materyallerden izole edilerek ITS-4, ITS-5A, trnL-e, and trnL-f primerlerinin kullanılmasıyla ITS ve trnL-F bölgeleri bir PCR cihazında çoğaltılmıştır. CodenCode Aligner programı kullanılarak baz sekanslarının düzenlenmesinden sonra sekansların çoklu hizalanması CLUSTAL W programı ile yapılmıştır. Sonuçta PAUP* 4.0b10 programı kullanılarak sekanslara dayanan filogenetik ağaçlar oluşturulmuştur. Aşağı yukarı benzer kladları içeren ITS ve trnL-F filogenetik ağaçları çok az farklı olan sonuçlar ortaya koymuştur. Bu sonucun ITS sekanslarına (680-700 bp) nazaran 230-300 bp'lik trnL-F baz sekanslarının kısa olmasından ortaya çıktığı yorumlanmıştır. Bu nedenle taksonların filojenilerinin yorumlanması sırasında çoğu kez ITS sekanslarına dayanmış ağaçlar dikkate alınmıştır. Parsimoni, bootstrap, UPGMA ve NJ analizleri gibi filogenetik ağaçlar arasında uzaklık ve karakter temelli metot sonuçları oldukça olumlu uyumluluklar göstermiştir. Diğer bazı araştırıcılar tarafından elde edilmiş fenetik analizlerdeki takson grupları ile bu çalışmadan elde edilmiş takson grupları arasında farklılıkların olmadığı bulunmuştur. Son olarak ITS ve trnL-F analizlerine göre C. x paulineae taksonunun genetik durumu C. abantensis x C. ancyrensis'in bir melezi olduğunu desteklemiştir. Araştırma alanında C. abantensis ve C. olivieri subsp. olivieri arasında diğer melez taksonların varlığı filogenetik olarak bulunamamıştır.