Çeşitli insan dokuları ve hücre hatlarında LINC00663 RNA'nın gen ifade profili

İnsan genomu yaklaşık olarak 25.000 protein kodlayan gen içermektedir ve bu da toplam genomun yaklaşık olarak % 2 sine denk gelmektedir. Genomun geriye kalan %98'inin önemli bir kısmının proteine çevrilmeyen RNA(ncRNA)'ları kodladığı düşünülmektedir. ncRNA'ların kanser, merkezi sinir sistemi hastalıkları gibi birçok hastalık ile ilişkisinin olduğu bildirilmiştir. Birçok kanser dokusunda ncRNA'ların düzensiz gen ifadesi gösterdiği bilinmektedir. ncRNA'lar boyutlarına bağlı olarak uzun ncRNA (>200nt) ve kısa ncRNA (<200nt)'lar olmak üzere iki kısımda incelenmektedir. ncRNA'ların bir alttipi olan lincRNA'lar, 5' başlık ve 3' poli A kuyruğu gibi mRNA benzeri özellikler muhteva etmektedir. LincRNA'ların kesilim sinyallleri, yazılım düzenlenmesi ve kromatin değişiklikleri protein kodlayan genlere benzerlik göstermektedir. LINC00663 RNA geni üç ekzon ve 2 intron bölgesi içermektedir ve 19p13.11 kromozomal bölgesinde yer almaktadır. Bu çalışmada, LINC00663'ün gen ifade seviyesi çeşitli insan dokularında ve çeşitli hücre hatlarında belirlenmiştir. LINC00663, omurilik, tiroit bezi ve timüs gibi çeşitli insan dokularında yüksek seviyede ifade edilmektedir. Ayrıca, LINC00663, insan glioblastom ve HUVEC hücre hatlarında da aşırı yüksek seviyede edilmektedir. LINC00663 ifade seviyesi, kanserli hücrelerde normal hücrelere kıyasla yüksek bulunmuştur. LINC00663 RNA'nın birçok faklı kesilim varyantı vardır. Bu da, beklenenden farklı ürün büyüklerine ve çoklu bantlara sebep olmaktadır. Çoklu banlar için, dizileme ve BLAST analizleri yapılmıştır. Nükleotid dizilerinin BLAST analizleri ile karşılaştırma ile daha önce tanımlanmamış ekzon 2 ve 3 arasına yerleşik yeni bir ekzon bölgesi tanımlanmıştır.