Chandler x kaplan-86 F1 ceviz populasyonunda QTL-seqharitalama yöntemi kullanılarak hasat tarihi ile bağlantılıDNA markörlerinin geliştirilmesi

Ceviz (Juglans regia L.) ülkemizin en önemli sert kabuklu meyve türlerinden biridir. Cevizin gençlik kısırlığı süresinin çok uzun olması nedeniyle erken seleksiyonun yapılabilmesi oldukça önemlidir. İşte bu çalışmada QTL-seq haritalama yöntemini kullanarak cevizde hasat tarihi ile bağlantılı DNA markörü geliştirilmesi hedeflenmiştir. Bu çalışma kapsamında 175 adet ceviz F1 genotipi 4 yıl süresince hasat tarihi özelliği bakımından fenotipik gözlemleri kullanılmıştır. QTL-seq analizlerinde ebeveynlerden biri ve iki adet bulk DNA 20x sekanslama yoğunluğunda (yaklaşık 10Gb) Illumina HiSeq 2500 yeni nesil sekanslama yöntemi ile PE150 (çift yönlü) dizileri elde edilmiştir. QTL-seq yazılımı kullanılarak hasat tarihi ile bağlantılı markörler ve QTL bölgeleri tespit edilmiştir. QTL-seq analizleri ile ceviz genomuna haritalanması sonucunda toplam 229,307 SNP ve 45,223 InDel belirlenmiştir. QTL-seq analizleri sonucunda 'Chandler x Kaplan-86' populasyonunda belirlenen ilişkili markörler genom anotasyonu Annovar programı ile yapılmıştır ve yapılan genom anotasyonu sonucunda kromozom 2 ve kromozom 11'de yüksek ilişkili lokuslar tespit edilmiştir. Ayrıca yüksek bağlantılı markörlerin sağındaki ve solundaki baz dizileri kullanılarak fonsiyonel anotasyonları ile GO ve KEGG yolakları tespit edilmiştir. Yüksek ilişkili lokusların sağından ve solundan alınan sekanslar kullanılarak HRM (High Resolution Melting) ve SCAR primerleri tasarlanmıştır. Tüm primerlerin doğrulaması hem 'Chandler x Kaplan-86' F1 populasyonunda hem de genetik kaynaklara ait çeşit ve genotiplerde yapılmıştır. Bu tezden elde edilen sonuçlar ileride yapılacak ceviz ıslah programlarında markör destekli seleksiyonda kullanılabileceği düşünülmektedir.