Fındıkta bakteriyel yanıklık etmeni Xanthomonas arboricola pv. corylina'nın bitki dokularından DNA'ya dayalı tespiti

Fındık (Corylus avellana L.), önemli ekonomik değere sahip bir ürün olup, Xanthomonas arboricola pv. corylina (Xac) etmeninin neden olduğu bakteriyel yanıklık hastalığı üretimi tehdit etmektedir. Bu hastalık, özellikle genç fidanlıklarda ciddi kayıplara yol açarak fındık tarımının sürdürülebilirliğini olumsuz etkilemektedir. Bu çalışmada, Türkiye fındık alanlarından Xac izolatlarının eldesi, klasik ve moleküler yöntemlerle tanımlanması, genetik ve patojenik özelliklerinin belirlenmesi, hızlı tespiti için güvenilir bir qPCR yöntemi geliştirilmesi ve yaygın fındık çeşitlerinin Xac'a reaksiyonlarının değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Fındık üretim bölgelerinden toplanan örneklerden elde edilen izolatlar, klasik ve moleküler yöntemlerle tanımlanmıştır. İzolatların genetik parmak izleri SCoT analizi ile belirlenmiş, patojenisiteleri hassas fındık çeşidinde doğrulanmıştır. Xac'ın hızlı ve kantitatif tespiti için, gyrB gen bölgesi hedeflenerek özgün primerler tasarlanmış, sentezlenmiş ve SYBR Green I tabanlı bir real-time PCR (qPCR) yöntemi geliştirilerek kapsamlı doğrulaması yapılmıştır. Son olarak, 10 farklı fındık çeşidinin Xac'a karşı reaksiyonları kontrollü koşullarda incelenmiştir. Çalışmalar sonucunda, 28 izolat Xac olarak tanımlanmış ve tamamının fındıkta patojenik olduğu saptanmıştır. SCoT analizi, izolatların gruplandırılmasında faydalı bir araç olarak değerlendirilmiştir. Geliştirilen ve doğrulanması tamamlanan qPCR yönteminin, Xac'ı femtogram düzeyinde özgül ve hassas bir şekilde tespit edebildiği ve kantitatif analizlere olanak tanıdığı kanıtlanmıştır. Fındık çeşit reaksiyonu denemelerinde, test edilen çeşitler arasında Xac'a karşı duyarlılık açısından anlamlı farklılıklar bulunmuş; 'Karafındık' çeşidi daha az hassas bir reaksiyon sergilerken, 'Kalınkara' gibi bazı çeşitlerin hastalık şiddeti yüksek bulunmuştur. Bu çalışma, Türkiye'deki Xac popülasyonlarının anlaşılmasına, hastalığın doğru ve hızlı teşhisine yönelik güvenilir moleküler araçların geliştirilmesine ve fındık bakteriyel yanıklığı ile mücadelede potansiyel tolerant genotiplerin belirlenmesine önemli katkılar sunmaktadır. Elde edilen bulgular ve geliştirilen metodolojiler, entegre hastalık yönetimi stratejilerinin oluşturulması, fındık ıslah programları ve gelecekteki araştırmalar için temel teşkil edecektir.