Glioblastoma multiformeli hastalarda transkriptom analizi

Ortalama sağ kalım süresi yaklaşık 12 ay olan glioblastoma, beyin tümörleri arasında en agresif ve en yaygın olandır. İnsan sitomegalovirüs enfeksiyonu, iyonize ışınlar, petrokimyasal maddeler, lastik maddesine maruz kalmak glioblastomada risk artışına neden olur. Temel kanser yolakları glioblastomada da değişim gösterse de, özel bir biyobelirteç bulunmamaktadır. Bu çalışmanın amacı, glioblastomada ifadesi farklılaşan genleri tespit etmektir. Tümör ve tümöre komşu olan normal beyin dokusu ameliyat sırasında İstanbul Üniversitesi Tıp Fakültesi Nöroşirurji AD'da gerçekleşen cerrahi operasyonlarda alınmış, tümör ve normal doku değerlendirmesi patoloji uzmanı tarafından yapılmıştır. RNA izolasyonu ve cDNA çevriminin ardından yeni nesil dizileme yapılacak 12 çift örneğin kütüphaneleri hazırlanmış, çoğaltma ve dizileme gerçekleştirilmiştir. 26 çift örnekte RT PZR yöntemi ile doğrulama yapılmıştır. RNA dizilemesi gerçekleşen 12 çift örneğin 3 çifti tümör- normal dokunun birbirine yakınlık göstermesi nedeniyle dışlanmıştır. 3062 anlamlı farklılaşmış ifade gösteren gen saptanarak ileri analizlere alınmıştır. IPA ile üst düzenleyiciler ve en çok değişiklik gösteren hedef genler, yolaklar tespit edilmiştir. Beyin dokusunda veya tümörde görevli olabilecek üst düzenleyici/hedef genler ve teknik doğrulama için seçilen 54 gen, RT PZR ile çalışılmıştır. Glioblastomada en çok değişim gösteren yolaklar arasında, Aksonal Rehberli Sinyal İletim Yolağı, GABA ve Glutamat reseptör sinyal iletim yolakları bulunmaktadır. Bu yolakların yanı sıra, tümör oluşumunda önemli etkiye sahip TGFB1, NUPR1, ANXA2 gibi temel düzenleyicilerin ifadesi değişmiştir. Glioblastoma yayılımında etkili, literatürde daha önceden belirtilmemiş olan hedef genlerden FAM180A ve DMBX1 genlerinin ifadesi artmıştır, KCNV1 geninin ise azalmıştır. İfadesi değişen ve çalışmamızda tespit edilen genlerin bir biyobelirteç adayı olabileceğini ve fonksiyonel çalışmalarla bu genlerin doğrulanması gerekmektedir. Anahtar Kelimeler: Glioblastoma, RNA dizileme, üst düzenleyiciler, TGFB1, FAM180A.