Mutation
295 theses under this subject heading
Gama ışınlaması ile oluşturulan ekmeklik buğday (L.) M4 populasyonlarının bazı morfolojik ve agronomik özelliklerindeki değişimlerin belirlenmesi
Tekirdağ Namık Kemal Üniversitesi, Ziraat Fakültesi, Tarla Bitkileri Bölümü'nde 2019-2020 yetiştirme döneminde tesadüf bloklarında bölünmüş parseller deneme desenine göre 4 tekrarlamalı olarak yürütülen bu çalışmada, 5 adet farklı ekmeklik buğday ticari çeşidi ve bu çeşitlerin 60Co kaynağından 4 farklı gama dozu (100, 200, 300 ve 400 Gy) uygulaması ile elde edilmiş olan 20 adet M4 populasyonu materyal olarak kullanılmıştır. Araştırmada incelenen tane verimi ve kalite özellikleri için genotip ve mutasyon dozu ortalamaları arasındaki farklılıklar ile başakta tane sayısı ve yaş gluten oranı hariç diğer tüm özellikler için genotip x doz interaksiyonu istatistiki olarak önemli bulunmuştur. Genel olarak kontrolle karşılaştırıldığında düzenli olmamakla birlikte; gama ışını dozlarının bitki boyu, başak uzunluğu, başakta tane ağırlığı, protein oranı, yaş gluten oranı, zeleny sedimantasyon değeri, enerji değeri ve tane sertliği için pozitif yönde değiştirici ve başakta başakçık sayısı, başakta tane sayısı, bin tane ağırlığı, hasat indeksi, hektolitre ağırlığı ve tane verimi için ise negatif yönde değiştirici etkiye sahip olduğu belirlenmiştir. Ekmeklik buğday mutasyon ıslahı çalışmalarında verim ve verim kompanentlerinin iyileştirilmesi için 100 ile 200 Gy arasında gama ışını dozlarının, tane kalite özelliklerinin iyileştirilmesi için de 300 ile 400 Gy arasında gama ışını dozlarının daha etkili sonuçlar oluşturabileceği anlaşılmıştır. Çalışmamızda fenotipik varyasyon katsayısı (PCV) değerleri (%1,47-14,90) ile genotipik varyasyon katsayısı (GCV) değerleri (%1,31-14,29) orta ve düşük olarak tahmin edilmiştir. Geniş anlamda kalıtım derecesi ve %10 seleksiyon şiddetinde beklenen genetik ilerleme değerleri sırasıyla %53,66-96,31 ve %0,53-67,85 arasında değişmiştir. Yüksek kalıtım derecesi ile birlikte yüksek genetik ilerlemenin tahmin edildiği alveograf enerji değeri için seleksiyonun M4 generasyonunda etkili olabileceği görülmektedir. Başakta tane sayısı ve tane sertliği değeri için yüksek kalıtım derecesi değeri ile orta genetik ilerlemenin tahmin edilmiş olması bu özellikler için seleksiyonun sonraki generasyolara bırakılmasının daha uygun olabileceğini göstermektedir.
Semi-otomatik doku analiz yöntemi ile grade- 4 glial tümörlerin postoperatif rezeksiyon kavite MRG bulgularının değerlendirilmesi
Grade-4 glial tümörlerin cerrahi sonrası rezeksiyon kavitesi takibinde, ileri görüntüleme yöntemlerinin klinik kullanımına rağmen kavite bulgularının ['progresyon', 'psödoprogresyon/radyasyon nekroz (KRT)'] ayrımında halen güçlük yaşanmaktadır. Bu güçlük nedenleri arasında deneyim ve yorum farkı öncelikli olmakla birlikte, takip görüntülemede ileri görüntüleme yöntemlerinin yüksek maliyet nedeniyle rutin kullanılamaması yer almaktadır. Çalışmada amacımız son yıllarda radyolojik görüntüleme teknikleri kullanılarak tekstür (texture) öznitelikleri ile elde edilen doku karakterlerinin farklılığından faydalanarak cerrahi kavite ve etrafında oluşan tedaviler ilişkili görüntüleme bulgularının ayırt edilebileceğini göstermektir. Bu ayrım perfüzyon MRG, MR-spektroskopi gibi ileri görüntüleme yöntemlerine gerek kalmaksızın konvansiyonel sekanslar, difüzyon ve manyetik duyarlılık görüntülemenin tekstür öznitelikleri kullanılarak yapılabilir. Çalışmaya grade-4 glial tümör tanısı (Glioblastom, IDH-wild tip ve astrositom, IDH-mutant) alan, kemoradyoterapi sonrası takip MRG'leri Temmuz 2018-2022 tarihleri arasında kliniğimizde yapılan ve 18 yaşından büyük erişkin hastalar dahil edildi. Beyin MRG'de karşılaşılan patolojik alanın segmentasyonu yarı otomatik yöntem ile 'OLEA SPHERE' programında iki farklı sekans (FLAIR ve postkontrast T1A (cT1) sekansları) referans alınarak 5 farklı sekans üzerine örtüştürerek yapıldı ve toplam 10 sekanstan öznitelikler çıkarıldı. Önemlilik düzeyi yüksek özniteliklerin belirlenmesi için Information Gain yöntemi kullanıldı. Cerrahi kavitede tedaviler ilişkili ortaya çıkan ve görüntülemeye yansıyan takipte 'stabil tümörsüz kavite', 'psödoprogresyon\radyasyon nekrozu (KRT)' ve 'progresyon' bulgularını birbirinden ayırmak için her sekanstan elde edilen önemlilik düzeyi yüksek öznitelikler ile hastaların klinik (yaş-cinsiyet) ve tümöre ait moleküler (IDH durumu) biyobelirteçler kombine edilerek ana veri modeli oluşturuldu. Hastaların cerrahi kavite bulgularının sınıflandırılmasında patolojisi olanların patoloji sonucundan faydalanıldı, olmayanların ise takip görüntülemeleri değerlendirilerek karar verildi. Ana veri modelini oluşturmak için 108 hasta, modelin validasyonu için ise 68 hastanın MRG tetkikleri analiz edildi. Her bir sekans [ADC, FLAIR, cT1A, MDG (SWAN/SWI), MAGIC T1A] için oluşturulan modellerin sınıflama performansını artırmak için hibrit yöntem kullanıldı. En yüksek doğru sınıflama oranı (DSO) %75 oranı ile tedavi ilişkili cerrahi kavite görüntüleme bulgularının birbirinden ayırt edilebileceği gösterildi. Cerrahi kavite bulgularını rKT1A sekansı referans alınarak oluşturan modeller daha yüksek performans gösterdi ve bu durum seçilen özniteliklerin kontrast tutan alanların doku karakterini daha iyi yansıtmış olabilmesine bağlandı. Anahtar Kelimeler: glioblastom, grade-4 astrositom, tekstür analiz, IDH-mutant, IDH-wild
APC mutant fare modelinde azaltılmış BDNF ekspresyonunun intestinal tümör gelişimi üzerine etkilerinin araştırılması
Wnt sinyalini negatif yönde düzenleyen adenomatöz polipozis koli (Apc) tümör baskılayıcı genindeki mutasyon, kolon kanserlerinde en çok rastlanan mutasyondur. Wnt sinyal yolağı nın düzenlediği genlerden biri olan beyin türevli nörotrofik faktör Bdnf ), kolorektal kanser ler gibi birçok tümör dokusunda yüksek seviyede ifade olur . Bu tez çalışmasında; Apc mutant farelerde Bdnf ekspresyonundaki azalmanın intestinal tümör gelişimine etkilerini araştırmak amaçlanmıştır. Bu kapsamda; 36 hafta boyunca Apc+/-, Bdnf+/-, Apc+/-Bdnf+/- ve yabanıl tip fare deney ve kontrol gruplarını takip ettik ve Bdnf mutasyonunun Apc mutant fareler üzerindeki etkilerini fenotipik ve moleküler düzeyde araştırdık. Deneyler sonucunda; Apc+/- ve yabanıl tip farelere kıyasla, Bdnf+/- dişi ve erkek fare gruplarında; grubun yarısı normal vücut ağırlığına sahipken diğer yarısında belirgin bir kilo artışı olduğu gözlemlendi. Benzer kilo alım ı eğilimi Apc Bdnf farelerde de gerçekleşti. Apc Bdnf fareler de , Apc farelere kıyasla, ilk 6 ay boyunca anemi, zayıflama, kürkte bozulma, postürde bozulma gibi hastalık fenotip leri gö rülmedi . Apc+/- Bdnf+/- farelerin sağkalım süreleri, Apc+/- farelere göre yaklaşık 2 ay kadar arttı. Apc farelerde Bdnf ifadesinin azaltılması ; ince bağırsaktaki poli p sayısını az miktarda azaltırken, kolondaki polip sayısını belirgin olarak artı rdı . Apc+/ Bdnf+/ farelerin tümörlerinde; Bdnf, Trk B , beta katenin ve Lgr5 gen ifadeleri ile matür ve immatür Bdnf ve beta katenin protein düzeyi, Apc farelere göre azaldı, böylelikle kök hücre dinamiklerinin de değişebileceği düşünüldü. Bu çalışma sonucunda; Apc mutasyonu ile başlayan intestinal tümörlerde tedavi için BDNF'in önemli bir aday molekül olabileceği ni düşünmekteyiz.
Kistik fibrozis hastalarında mitokondriyal DNA mutasyonları ile aminoglikozit ototoksisitesi arasındaki ilişkinin araştırılması
Kistik fibrozis beyaz ırkta görülen, CFTR genindeki mutasyonların sebep olduğu otozomal resesif kalıtılan genetik bir hastalıktır. Kistik fibrozis tedavisinde kullanılan aminoglikozitler, hastalarda yan etki olarak işitme kaybına neden olmaktadır. Mitokondriyal DNA'da MTRNR1 genindeki m.1555A>G, m.1494C>T ve m.1095T>C mutasyonlarının aminoglikozit ilişkili işitme kaybına neden olduğu bilinmektedir. Bu sebeple hastalara aminoglikozit tedavisi uygulanmadan önce hastaların mutasyonlar açısından taranması kistik fibrozis hastalarında büyük önem taşımaktadır. Bu tez çalışmasındaki amacımız, kistik fibrozis hastalarında MTRNR1 geninde aminoglikozit ototoksisitesi ile ilişkili mutasyonların sıklığını araştırmaktır. Çalışmamıza aminoglikozit kullanım öyküsü olan/olmayan retrospektif olarak seçilen 119 hasta dahil edildi. Hastalar otorinolaringolojik bulgular, odyolojik bulgular ve aminoglikozit kullanımı gibi klinik özelliklere göre sınıflandırıldı. Mutasyonlar PCR-RFLP yöntemi kullanılarak analiz edildi. 119 hastanın 97'si aminoglikozit kullanmış olup; 22 hasta için aminoglikozit kullanım öyküsü bulunmamaktadır. Aminoglikozit kullanan 13 hastada yüksek frekanslı sensörinöral işitme kaybı tespit edilmiştir. 119 hasta mutasyonlar açısından taranmış ve mutasyon saptanmamıştır. Aminoglikozit ototoksisitesine rağmen MTRNR1 gen mutasyon taramaları ülkemizde rutin olarak yapılmamaktadır, aminoglikozit tedavisinden önce kistik fibrozis hastalarında mutasyon taramalarının hasta tanı ve izleme rehberlerinde yer alması planlanmaktadır. Klinik parametrelerin birlikte değerlendirilmesi ile kistik fibrozis hastalarında kişiye özgü tedavi yaklaşımı geliştirilmiş olacaktır. Anahtar Kelimeler: Kistik Fibrozis, CFTR geni, Aminoglikozitler, Ototoksisite, MTRNR1
İzole konuşma gecikmesi saptanan 24-72 ay arasındaki çocuklarda genetik nedenlerin incelenmesi
Dil ve konuşma insanlar arası iletişimin temel yollarından biridir. Çocuğun belirli bir yaşa geldiği halde, konuşmaya başlamaması ya da yaşıtlarına göre geride kalması, işaretlerle veya tek sözcüklerle iletişim kurmaya çalışması, cümle kuramaması durumunda konuşma gecikmesi düşünü¬lür. Konuşma gecikmesi görülen çocuklarda ilk olarak otizm, zihinsel yetersizlik, işitme kaybı gibi durumlardan şüphelenilmektedir. Bunların yanı sıra çocuğun sosyal çevresi, ailenin sosyoekonomik durumu, kardeş sayısı, çocuğun kişiliği, çocuğa bakan kişinin tutumu gibi birçok neden konuşma ve dil gelişimi üzerine etkilidir. Konuşma gecikmesinin yukarıdaki tüm nedenleri hariç tutulsa bile, "erken dil gecikmesi" veya "özgül dil bozukluğu" olarak bilinen gelişimsel dil bozukluğu olan bir grup çocuk mevcuttur. Özgül dil bozukluğu, herhangi bir belirgin nörolojik hasar, bilişsel alanda gerilik, işitme kaybı, otizm gibi nörogelişimsel bozukluklar olmamasına rağmen dilin anlama ve üretiminde görülen bozukluklar olarak tanımlanmaktadır. Bu nedenle çok geniş risk faktörü yelpazesi olan konuşma gecikmesinde diğer nedenler dışlandıktan sonra genetik testlerin yapılması önemlidir. İzole konuşma gecikmesi ve dil bozukluğu olan çocuklar bu bozukluğun etiyolojisinde genetik faktörlerin rolünü destekleyen son kanıtlara rağmen genellikle genetik olarak değerlendirilmemektedir. Bu çalışmada izole konuşma gecikmesi ile başvuran çocuklarda konuşma gecikmesinin altta yatan genetik nedenlerini belirlemek amaçlandı. Hacettepe Üniversitesi İhsan Doğramacı Çocuk Hastanesi Gelişimsel Pediatri Polikliniğine Aralık 2021 - Mayıs 2022 tarihleri arasında konuşma gecikmesi şikayeti ile başvuran ve izole konuşma gecikmesi saptanan 24-72 ay arasındaki 41 hasta çalışmaya dâhil edildi. İzole konuşma gecikmesi olan hastaların 18'ine kromozom testi yapıldı. Karyotip analizi yapılan hastaların %99'unda (n=17) kromozom analizi normal olarak değerlendirildi. İzole konuşma gecikmesi olan bir kız hastanın kromozom analizinde inversiyon saptandı. Hastaya ileri genetik değerlendirme için mikrodizin analizi yapıldı, kopya sayısı değişikliği olmadığı görüldü. Anne ve babasına da karyotiplendirme yapılan hastanın annesinin de kromozom analizinde aynı inversiyon saptandı. Hastada saptanan inversiyon sağlıklı annede de tespit edildiği için klinik olarak anlamlı kabul edilmedi.
Kronik nötropeni hastalarının tanı ve izlemindeki klinik ve laboratuvar verilerinin incelenmesi
Kronik nötropeni (KrN), nötropeninin 3 aydan uzun sürmesi olarak tanımlanır. Çalışmamızda KrN ile takip edilen hastaları sınıflamak ve bir alt grubu olan konjenital nötropeni için risk faktörlerini belirlemek amaçlanmıştır. Çalışmamız, Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi, Çocuk Hematoloji Bilim Dalı'nda 2010-2022 yılları arasında KrN tanısı ile takip edilen 197 hastanın değerlendirildiği tek merkezli retrospektif bir çalışmadır. Geçici nötropeni, hipersplenizm, alloimmün ve sekonder otoimmün neötropeniler, miyelodisplastik sendrom ve hematolojik maligniteler, Fanconi anemisi gibi kalıtsal kemik iliği yetmezliği sendromları ve edinsel aplastik anemili hastalar dışlanmıştır. Kalan hastalar kronik nötropeniye neden olan kesin tanılarına göre 5 gruba ayrılmıştır. Birinci grup konjenital nötropeni (KN) grubudur (n=64, %32,5) ve KrN dahil tüm genetik durumlar bu başlık altında değerlendirilmiştir. Anti-granülosit antikor pozitifliği olan primer otoimmün nötropeni (pİN) grubu (n=10, %5,1) ikinci grubu oluşturmaktadır. Üçüncü grup, sınıflandırılmamış kronik idiyopatik nötropeni (SKİN) grubudur (n=73, %37,1). Bu grup, pİN'e klinik benzerlik gösteren fakat anti-granülosit antikor testi yapılamayan veya negatif sonuç alınan, nötropenisi 3 aydan uzun süren ancak kendiliğinden düzelen geniş bir hastalık grubu olarak tanımlanmıştır. Dördüncü grup, sınıflandırılmamış kronik benign nötropeni (SKBN) grubu (n=34, %17,3), hafif ve orta derecede nötropeni ile karakterize yaygın bir hastalık grubu olarak tanımlanmaktadır. Bu gruptaki hastalarda ciddi piyojenik enfeksiyon görülmez ve genetik mutasyon saptanmamıştır ve bu hasta grubunda nötropeni devam etmektedir. Sınıflanmamış konjenital nötropeni (SKN) grubu (n=16, %8,1), genetik testlerinde nötropeniye neden olacak bir mutasyon saptanmayan ancak klinik bulguları KN olduğu düşünülen hasta grubu olarak tanımlanmıştır. Hastalara yapılan genetik testler, Sanger dizi analizi ile tek gen değerlendirmesinden tüm ekzom dizilemeye (WES) kadar çeşitlilik göstermektedir. Dokuz hasta dışında her hasta için en az bir genetik test yapılmıştır. Çalışmaya alınan hastalarda nötropeni tespit edildiği yaş ortanca 12 (0-168) aydır. Hastaların %53,8'i erkektir (n=106). Hastaların %34,5'inin anne babası arasında akraba evliliği olduğu ve %18,8'inin ailesinde en az 1 kişinin nötropeni tanısı aldığı belirlenmiştir. HAX-1 mutasyonu 19 (%29,7) hastada tespit edilmiştir ve KN'ye en sık neden olan genetik defekt olarak bulunmuştur. Diğer yaygın genetik bozukluklar arasında ELANE (%18,8), Schwanman-Diamond Sendromu (%10,9), Hermansky Pudlak Sendromu (%7,8) ve glikojen depo tipi 1 b (%6,3) yer almaktadır. G6PC3 eksikliği, VPS45 eksikliği, Barth sendromu ve Kabuki Sendromu 2'şer (%3,1), ADA2 eksikliği, Cohen Sendromu, nötropenili poikiloderma, prolidaz eksikliği, CLPB eksikliği, Majeed Sendromu, GINS4 eksikliği, retiküler disgenezi, germline RUNX1 mutasyonu birer hastada tespit edilmiştir. 38 hasta düzenli olarak G-CSF kullanmaktadır ve ortalama G-CSF dozu 2,2±1,59 (0,35-6,16) μg/kg/gündür. Akut miyeloid lösemi 3 hasta gelişmiş olup bu hastaların tümü hematopoietik kök hücre nakli (HKHN) olamadan kaybedilmiştir. Bu hastalardan ikisi SDS olup, bir hasta ise ELANE mutasyonuna sahiptir. HAX-1 mutasyonu olan bir hastaya, non-Hodgkin lenfoma sonrası HLA uyumlu kardeş dönorden HKHN yapılmış olup, hasta hayattadadır. HKHN yapılan 7 hasta (%3,6) bulunmaktadır. ADA2 eksikliği olan bir hasta HKHN sonrası kaybedilmiştir. Toplam 9 hasta (%4,6) eksitus olmuştur. AML'den ölen 3 hasta ve HKHN'den ölen 1 hasta dışında; Barth sendromu olan 1 hasta dilate kardiyomiyopatinin sekonder nedenlerine bağlı, G6PC3 tanısı olan 1 hasta kardiyak cerrahi sonrası operasyona sekonder komplikasyonlar nedeniyle ve 3 hasta (2 VPS45, 1 CLPB) enfeksiyon nedeniyle kaybedilmiştir. KN'li ve pİN+SKİN'li hastalar karşılaştırılarak, "KN'yi öngören bir model oluşturabilir miyiz?" sorusuna yanıt aranmıştır. Birçok parametre karşılaştırılarak, istatistiksel olarak anlamlı risk faktörleri ile çoklu değişkenli bir model oluşturulmuştur. KN, anne baba arasında akrabalık olanlarda 6,3 kat, ailesinde nötropeni öyküsü olanlarda 8,9 kat, enfeksiyon nedeniyle 2'den fazla hastaneye yatış olanlarda 4,8 kat ve tekrarlayan oral tutulum olanlarda 4,1 kat daha fazla görülmüştir (p<0.05). KN tanısı alan hastalar, çok faktörlü lojistik regresyon modelinin sonuçlarına göre tahmin edilmiştir. Hastaların model tarafından doğru tespit edilme oranı %88,9'dur. Sonuç olarak, çalışmamız en büyük tek merkezli çalışmalardan birdir ve tüm hastaları kapsayacak şekilde özgün bir sınıflama önerisi sunmaktadır.
Streptococcus pneumonia, staphylococcus aureus ve pseudomonas aeruginosa ile invaziv bakteriyel enfeksiyon geçiren çocuklarda IRAK4 ve MYD88 genlerinde mutasyon varlığının aaraştırılması
İnvaziv bakteriyel enfeksiyonlar steril vücut sıvılarının bakteri ile enfekte olmasıdır. Menenjit, bakteriyemi, sepsis, septik artrit, osteomyelit, plevral ampiyem, derin doku ve organ abseleri invaziv bakteriyel enfeksiyonlar arasında yer almaktadır. IRAK4 ve MyD88 eksikliği olan hastalarda, Streptococcus pneumoniae ve Staphylococcus aureus ile invazif bakteriyel enfeksiyonlara karşı seçici yatkınlık oluşmaktadır. Bu çalışmada Streptococcus pneumonia, Staphylococcus aureus ile invaziv bakteriyel enfeksiyon geçiren hastalarda primer immün yetmezlik tarama testlerine ek olarak IRAK-4 ve MyD88 genlerinde mutasyon varlığınının araştırılması amaçlanmıştır. Karadeniz Teknik Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk Enfeksiyon Servisinde izlenen 15 hasta çalışmaya dahil edildi. Hastaların yedisi (% 46,7) kızdı. Hastaların ortanca yaş değeri 48 ay (min-maks:2,5-130 ay) idi. Hastaların altısı (% 40) komplike parapnömonik efüzyon, dördü (% 26,7) septik artrit, biri (% 6,7) akut bakteriyel menenjit, dördü (% 26,7) kan akımı enfeksiyonu idi. İzole edilen etkenlerin 10' u (%66,7) S. pneumonia, beşi (%33,3) S. aureus idi. Çalışmaya dahil edilen hastaların yedisinde IRAK-4 geninde heterozigot varyant tespit edildi (c.1282 G>A heterozigot, rs4251545 exon 11 Ala428Thr; biri c.1172 G>A heterozigot rs55944915 exon 10 Arg391His), MyD 88 geninde mutasyon saptanmadı. IRAK-4 ve MyD88 eksiklikleri OR geçişli olmasına rağmen; heterozigot bireylerin de hastalık bulguları ortaya çıkarabileceğini ortaya koymak için daha ileri fonksiyonel ve genetik çalışmalara ihtiyaç vardır. İnvaziv pnömokokal ve stafilokokkal hastalığı olan çocuklar, altta yatan bir PİY için değerlendirilmelidir ve bu çocukların ayırıcı tanısında IRAK-4 ve MyD88 eksiklikleri göz önünde bulundurulmalıdır.
Hedef gen yeni nesil dizileme yöntemi ile Subakut sklerozan panensefalit (SSPE) hastalığı ilişkili gen mutasyonlarının tespiti
Subakut sklerozan panensefalit (SSPE) çocuk ve genç erişkinlerde kızamık infeksiyonu sonrası görülen ilerleyici nörodejeneratif hastalıktır. İlk bulgular bilişsel fonksiyonlarda kayıp, miyokloni ve davranış değişiklikleri şeklinde başlar. Daha sonra denge bozukluğu eklenerek hastalar yatağa bağımlı hale gelerek kaybedilir. Primer immün yetmezlik hastalıklarının her geçen gün farklı tabloları tanımlanmaktadır. Bu çalışmada SSPE'nin gelişiminde immünolojik mekanizmaların ortaya konulabilmesi için primer immün yetmezliklere yönelik olarak yeni nesil dizileme yapılması amaçlandı. Hacettepe Çocuk Nöroloji Bölümü'nde takip edilen 53 SSPE hastası çalışmaya dahil edildi. Tanıları klinik bulgulara, BOS kızamık indeksine ve EEG bulgularına göre konuldu. Dizileme işleminde Illumina 5 sistemi kullanıldı. Hastaların 42'si erkek, 11'i kadın olup ortalama yaş 16±3.2 yıldır. Hastalarda ortalama kızamık geçirme yaşı 24±18 aydır. Yapılan değerlendirmede 15 hastada hastalık yapıcı olduğu düşünülen varyant tespit edildi. MCM4 varyantı 5 hastada, TNFRSF13B varyantı 3 hastada, , IRF3 varyantı 2 hastada görüldü. Sadece bir hastada görülen varyantlar; SERPING1, TTC7A, DOCK8, LRBA, C1q, TYK2, LRRC8A mutasyonlarıdır. Çalışma sonucu bulunan varyantlar kızamık virüsü ile ilişkili olabilecek immün mekanizmaların belirlenmesinde yeni çalışmalara ışık tutacaktır.
Antalya ili kesme çiçek seralarından toplanan tetranychus urticae koch (Acarina: Tetranychidae) popülasyonlarının abamectine direnç düzeyleri ve g314d mutasyonun belirlenmesi
İki noktalı kırmızıörümcek Tetranychus urticae Koch (Acari: Tetranychidae) ülkemizde ve dünyada birçok üründe zararlı olan akar türlerinden birisidir. T. urticae birçok endüstri bitkisinde, süs bitkilerinde, açık ve örtüaltı sebzelerinde önemli ekonomik kayıplara neden olmaktadır. Bu çalışmada Antalya ili kesme çiçek üretim seralarından toplanan T. urticae popülasyonlarının abamectin için LC değerleri, direnç oranları ve G314D nokta mutasyonunun varlığı araştırılmıştır. LC değerlerinin belirlenmesinde ilaçlama kulesi yaprak disk yöntemi kullanılmıştır. Tarla popülasyonlarının LC50 değerleri hassas popülasyonun LC50 değerlerine oranlanarak direnç düzeyleri belirlenmiştir. GSS, SV1, SV2, AO1, AO2, AO3, AO4, AO5 ve AO6 popülasyonlarının LC50 değerleri sırasıyla 1,63; 381,55; 350,25; 1385,71; 1207,79; 2,62; 321,95; 414,29 ve 377,73 μl/100 ml su olmuştur. LC50 değerlerine göre hassas popülasyonla karşılaştırılan tarla popülasyonlarının direnç oranları 1,61 ‐ 850 kat arasında değişmiştir. Bu çalışmada dirençli akarlarda yaygın görülen G314D nokta mutasyonu mutasyonlara özel problar kullanılarak real‐time PCR ile incelenmiştir. Realtime PCR ile mutasyon taraması yapılan 8 tarla ve bir hassas popülasyonda G314D nokta mutasyonu belirlenememiştir.
Neoseiulus californicus McGregor (Acarı: Phytoseiidae)'da pyridaben direnci, kalıtımı ve hedef bölge mutasyonlarının belirlenmesi
Predatör akar Neoseiulus californicus McGregor (Acari: Phytoseiidae) tarımsal üretim alanları içerisinde fitofag akar kontrolünde kullanılan önemli bir doğal düşmandır. Bu çalışmada, Neoseiulus californicus'da laboratuar koşullarında seleksiyon baskısı sonucunda pyridaben direnç gelişimi, predatör akarda pyridaben direnç kalıtımı ve direncin hedef bölge mutasyonlarıyla olan ilişkisinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla N. californicus' da pyridaben direnç düzeyleri yaprak disk-ilaçlama kulesi yöntemi ile belirlenmiştir. Bioassay denemeler 7 doz+1 kontrol olacak şekilde ve 3 tekerrürlü olarak kurulmuş ve bu işlem için N.californicus' un ergin dönemi kullanılmıştır. Ölü-canlı sayımları 24 saat sonunda yapılarak LC değerleri ve direnç oranları belirlenmiştir. N. californicus'da yedi kez seleksiyon sonucunda 270 kat pyridaben direnci belirlenmiştir. Direnç kalıtım çalışmaları sonucunda; F1 dişilerinde pyridaben direncinin eksik baskın ve eşeye bağlı olduğu bulunmuştur. N.californicus'un pyridaben dirençli ve başlangıç popülasyonda monoksigenaz enzim seviyelerinde önemli bir farklılık olmadığı ve istatistik olarak aynı grup içerisinde yer aldıkları belirlenmiştir. N.californicus' un pyridaben dirençli ve başlangıç popülasyonunda hedef yeri mutasyonların PCR ile belirlenmesi sonucunda herhangi bir aminoasit değişikliği belirlenmemiştir. Bu nedenle seleksiyon popülasyonunda artan pyridaben direncinin hedef yeri mutasyonları dışındaki mekanizmalardan kaynaklandığı düşünülmektedir. Ayrıca bu çalışma N. californicus'ta pyridaben direnç kalıtım ve hedef bölge mutasyonlarının pyridaben direnci ile olan ilişkilerinin belirlenmesi adına yapılan ilk çalışma özelliği taşımaktadır.
Melezleme ve mutasyonla elde edilen iki sıralı arpa (Hordeum vulgare L.) genotiplerinde bazı tarımsal özelliklerin belirlenmesi
Bu çalışmada, 20 adet ileri generasyon melez arpa genotipi, 5 çeşit (İnce-04, Burakbey, Ünver, Larende ve Tarm-92) ve 5 adet mutant genotip (Tarm-92 çeşidine Cobalt–60 Gamma radyasyonu uygulamasından şeçilmiş) Isparta koşullarında bazı tarımsal özellikler ve kalite yönünden incelenmiştir. Araştırma Ziraat Fakültesi Tarla Bitkileri deneme alanlarında 2019-2020 yılları arasında, tesadüf blokları deneme desenine göre 3 tekrarlamalı olarak yürütülmüş ve metrekareye 500 adet tohum atılmıştır. Ekimle birlikte dekara 6 kg fosfor (P2O5) ve 5 kg azot (N) uygulanmış, azotun geri kalan kısmı (5 kg/da) kardeşlenme döneminde verilmiştir. Farklı genotiplerde bitki boyu, başak boyu, başakta başakçık sayısı, başakta tane sayısı, başakta tane ağırlığı, 1000 tane ağırlığı, hektolitre ağırlığı, kavuz oranı ve tanede protein oranı incelenmiş, bu özellikler arasındaki ilişkiler korelasyon analizi ile belirlenmiştir. Araştırma sonucunda, tane verimini ve kaliteyi doğrudan veya dolaylı etkileyebilen özelliklerde (başak uzunluğunda M-4; başakçık sayısında M-14; başakta tane sayısında M-14 ve M-15; başakta tane ağırlığında M-4 ve M-10; bin tane ağırlığında M-20; hektolitre ağırlığında M-4, M-10, M-15 ve M-17; protein oranında G1, G2 ve M-5 genotipler) kontrol çeşitlerden daha üstün genotipler belirlenmiştir.
Isparta ili elma bahçelerinden toplanan Panonychus ulmi Koch (Acari: Tetranychidae) populasyonlarının abamectin+spiromesifen karışımına direnç düzeyleri, çapraz direnç ve direnç mekanizmalarının belirlenmesi
Isparta ili elma bahçelerinden toplanan ve S+A karışımı ile selekte edilen Panonychus ulmi popülasyonlarında S+A karışım formülasyonunda direnç olup olmadığı, dirençli popülasyonlarda spiromesifen, spirodiclofen, abamectin, milbemectin ve spirodiclofen+abamectin için çapraz direncin varlığı ve S+A direnç mekanizmaları biyokimyasal ve moleküler yöntemlerle belirlenmiştir. Bahçe popülasyonlarının S+A için direnç oranları 3.12, 4.44 ve 7.66 kat olmuştur. IR popülasyonunun LC50 değeri HS popülasyona göre 23.24 kat olmuştur. G-2, M-1 ve T-2'de spiromesifen ve spirodiclofene sırasıyla 3.92 ve 2.82; 1.03 ve 2.90; 1.40 ve 3.20 kat bulunmuştur. IR popülasyonunun spiromesifen, spirodiclofen, spirodiclofen+abamectin, abamectin ve milbemectin çapraz direnç oranları sırasıyla 19.16, 13.84, 10.58, 32.21 ve 61.06 kat kaydedilmiştir. M-1, IR ve HS'da LC10 değeri DEM+S+A, TPP+S+A ve PBO+S+A sinerjistlerinde % etki sırasıyla 96.93, 94.15 ve 92.40; 69.76, 76.74 ve 83.72; 37.93, 42.19 ve 53.45 olarak belirlenmiştir. Esteraz en yüksek G-2 popülasyonunda, GST IR popülasyonunda ve P450 enzimi M-1 popülasyonunda bulunmuştur. GIuCI 1'de G314D mutasyonu ve GluCl 3'de I321T ve G326E nokta mutasyonları HS ve bütün dirençli popülasyonlarda taranmıştır. GIuCI 1'de G314D nokta mutasyonu IR ve M-1; GIuCI 3'de I321T nokta mutasyonu tüm bahçe ve IR popülasyonunda belirlenmiştir. G326E mutasyonu klasik PCR ile yapılmış ve Genius programı ile analiz edilmiş ancak hiçbir popülasyonda belirlenememiştir. BC bölgesinde HS popülasyona göre IR'da N41Y ve R87M, T-2'de Y29D, R87M, A174S, M-1'de Y29D ve R87M, G-2'de R87M mutasyonları bulunmuştur. CT bölgesinde HS popülasyona göre G-2'de P1877S, T-2'de I1862M, E1864V, S1865P, S1889N ve T2030K, M-1'de T2030K mutasyonları belirlenmiştir. CT bölgesinde IR popülasyonunda hiçbir mutasyona rastlanmamıştır.
Mutasyon ıslahı ile elde edilen maş fasulyesi hatlarının (M3 ve M4) bazı agronomik ve kalite özelliklerinin belirlenmesi
Bu çalışma, gama ışını uygulamalarıyla oluşturulan mutant maş fasulyesi hatlarının M3 ve M4 generasyonlarında agronomik ve kalite özellikleri yönünden değerlendirilmesi amacıyla yürütülmüştür. Araştırmada, M3 generasyonuna ait 15 mutant hat ile kontrol genotipi ve tescilli Partow çeşidi ile karşılaştırılmış, M3 generasyonunda üstün performans sergileyen 8 hat seçilerek M4 generasyonunda yeniden değerlendirmeye alınmıştır. Denemeler, 2020 ve 2021 yıllarında tesadüf blokları deneme desenine göre üç tekerrürlü olarak yürütülmüş ve bazı agronomik ve kalite özellikleri incelenmiştir. Her iki generasyonda da tüm özellikler bakımından hatlar ve genotipler arasında istatistiki açıdan önemli farklılıklar belirlenmiştir. Bitki boyu ve ilk bakla yüksekliği açısından kontrol genotiplerine göre daha yüksek ortalamalara sahip 2 hat (T25-2-4, T25-2-15) belirlenmiştir. Verim öğelerine göre T25-1-1, T25-2-4, 25-2-1 ve 100-2-24 hatları öne çıkmıştır. Tane verimi bakımından ise 75-3-1 ve 100-2-24 hatları her iki generasyonda da yüksek performans göstermiştir. Bazı hatlarda (75-3-1, 100-2-24) M4 generasyonunda kontrol genotipine ve Partow çeşidine kıyasla %9-20'ye varan verim artışı elde edilmiştir. Bu kapsamda 75-3-1, 100-2-24, T25-2-4 ve T25-2-15 hatları, verim, verim bileşenleri ve kalite özellikleri açısından gösterdikleri üstün performans nedeniyle ümitvar olarak bir sonraki generasyona aktarılmıştır. Elde edilen sonuçlar, gama ışını mutageninin maş fasulyesinde genetik çeşitliliği artırmada etkili bir yöntem olduğu ve bu teknikle geliştirilen hatların ıslah programlarında kullanılabilecek yüksek potansiyele sahip olduğu belirlenmiştir.
Çocuk hematoloji polikliniğimizde takip edilen glanzman trombastenisi tanılı hastalarda, mutasyon analizi ve klinik değerlendirme
Giriş ve Amaç: Glanzman trombastenisi (GT), anormal platelet agregasyonu ile karakterize, nadir görülen kalıtsal trombosit fonksiyon bozukluğudur. GT, otozomal resesif geçişli olup esas sorun trombositlerin yüzeyinde bulunan GPIIb/IIIa reseptörünün yokluğu veya disfonksiyonudur. Bu çalışmasının amacı, Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk hematoloji bölümünde GT tanısıyla takipli olguların klinik ve laboratuar bulgularının değerlendirilmesi, genetik mutasyon tipinin araştırılması ve mutasyon tipi ile klinik bulgular arasındaki ilişkinin incelenmesidir. Gereç ve yöntem: Van Yüzüncüyıl Üniversitesi Tıp Fakültesi Dursun Odabaş Tıp Merkezi Çocuk Hematoloji Bilim Dalı'nda Ocak 2008-Nisan 2018 tarihleri arasında takip ve tedavi edilen 17 GT hastasının dosya kayıtları retrospektif olarak incelendi. Çalışmaya dahil edilen hastaların genetik mutasyonları, yaş, cinsiyet, tanı yaşı, başvuru semptomları, klinik bulguları, trombosit sayısı ve hacmi gibi özellikleri dosya kayıtlarından bakıldı. Hastaların kanama bulguları, güncel bir kanama skorlaması kullanılarak değerlendirildi. Bulgular: Hastalarımızda en sık görülen kanama şekilleri, epistaksis, kutanöz kanama ve minör yaradan kanama idi. Genetik mutasyon tespit edilen 12 hastanın altısında aynı mutasyon tespit edildi. Çalışmamızda daha önce literatürde tanımlanmamış olan, dört yeni mutasyon tespit edildi.. Bunların üçü ITGA2B bölgesinde iken, biri ITGB3 bölgesindeydi. Çalışmamızda genetik bulgular ile klinik bulgular arasında anlamlı ilişki saptanmadı. Sonuç: Hastalarımızın hastaneye en sık başvuru şekilleri mukokutanöz kanamalar idi. Olgularımızın dördünde yeni mutasyon saptandı. Hastaların genetik mutasyonları ile kanama skorları ve kanama fenotipleri arasında ilişki saptanmadı. Genotip ve klinik bulgular arasındaki ilişkiyi açıklayabilmek için daha geniş kapsamlı çalışmalara ihtiyaç vardır.
Nörometabolik hastalık nedeni olan mutasyonların drosophila melanogasterda modellenmesi ve sinaps fonksiyonu üzerine etkilerinin araştırılması
Sinaptopatiler nadir metabolik hastalıklar içerisinde önemli bir yer tutmasına rağmen, sinaptik disfonksiyona sebep olan mekanizmaların bilinmemesi teşhis ve tedaviyi zorlaştırmaktadır. Grubumuz tarafından son yıllarda sinaptopati ile ilişkilendirilebilecek UNC79 ve MBOAT7 gibi patojenik olduğu değerlendirilen yeni varyantlar saptanmıştır. UNC79 geni, NALCN ve UNC80 proteinleri ile birleşerek NALCN sızıntı kanalı olarak isimlendirilen bir kanalı oluşturmaktadır. Ekzom dizi analizi yaptığımız bir ailede UNC79 geninde patojenik olduğu değerlendirilen bir varyant saptanmıştır. UNC79 geninde varyasyon saptanan hastada gözlenen sinaptopatinin NALCN kanalının disfonksiyonuna bağlı olarak sinaptik iletimde meydana gelen disfonksiyon ile alakalı olabileceği düşünülmektedir. Fakat literatürde UNC79 geninin sinaps fonksiyonu üzerine etkilerini inceleyen veya UNC79 genini sinaptopati ile ilişkilendiren bir çalışma mevcut değildir. Yine aynı şekilde, NALCN kanalının diğer bileşenleri olan NALCN ve UNC80 genlerinde patojenik varyant saptanan hastalar literatürde mevcut olmasına ve benzer patofizyoloji göstermelerine rağmen bahsi geçen proteinlerin susturulması sonucu sinaptik proteinlerin miktarının değişip değişmediği ve sinaptik iletimin gerçekleştiği yerler olan aktif zonların sayısının nasıl değiştiği bilinmemektedir. MBOAT7 geni ise Lands lipid modelleme yolağında yer alan önemli enzimlerden biridir. Memelilerde fosfoinositidlerin sn-2 konumuna arakidonik asid takılmasından sorumlu oldugu bilinmektedir. Memeli beynindeki fosfolipidlerin sn-2 pozisyonunda çogunlukla arakidonik asit bulunduğu için, enzim beyinde daha önemli hale gelmektedir. Yukarıda verilen bilgiler ışığında UNC79 geni ve etkileşim içerisinde olduğu NALCN kanal bileşenlerinin (UNC80 ve NALCN) ve MBOAT7 geninin sinaps fonksiyonu ve sinaptik iletimde önemli rolleri olabileceği fikri güçlenmektedir. Fakat, proteinlerin yokluğunda sinaptik iletim, sinaps büyüklüğü ve şeklinin nasıl etkilendiği bilinmemektedir. Bu soruların cevaplanabilmesi için ilgili genler Drosophila melanogaster'de motor nöronlarında ve tüm beyinde doku bazlı susturulmuştur. Bahsi geçen genlerin moto-nöronal ve pan-nöronal olarak susturulması sonucunda Drosophila 3. instar larva nöromüsküler kavşağında bulunan brp ve glutamat reseptör miktarlarının kontrol grubuna göre arttığı/azaldığı yani sabit olmadığı gözlenmiştir. Sonucun sirkadiyen ritim ile ilişkili olup olmadığının anlaşılması için yabanıl tip sinek larvasının zamana baglı olarak disekte edilmesi sonucunda brp ve glutamat reseptörünün zamana baglı olarak osile ettiği ve bu osilasyon paterninin literatürde bahsi geçen sinek lokomotor aktivitesine benzediği gözlenmiştir. Son olarak NALCN Drosophila ortoloğu na motonöronal olarak susturulup zamana bağlı brp ve glutamat reseptör miktarı incelendiğinde proteinlerin zamana bağlı olarak osile ettiği, fakat osilasyonun kontrol grubuna göre kaydığı gözlenmiştir
B hücre santral tolerans kontrol noktası regülasyonunda aktivasyonla indüklenen sitidin deaminaz enziminin ve toll-benzeri reseptörlerin (TLR) fonksiyon
In this study, we aimed to investigate the mechanism regulating the central B cell tolerance checkpoint. Activation induced cytidine deaminase (AID) enzyme is expressed at high levels during germinal center reactions and plays role in somatic hypermutation and class switch recombination reactions. Dr. Meffre and colleagues defined a new mutation in exon 14 of the CTNNBL1 gene in a unique CVID patient and they found decreased frequencies of somatic hypermutation in the IgG+ B cells from patient's blood. Using Ramos WT and Ramos CTNNBL1 466v/v cell lines and CTNNBL1 WT and CTNNBL1 466V lentiviruses, we investigated the effect of the mutation and found that it leads to a 2-to-3-fold reduction in somatic hypermutation. Cantaert et al. [1] and Kuroaka et al. [2] showed that establishment of central B cell tolerance requires AID expression in human B cell precursors. Activation of both B cell receptor and Toll like receptors are necessary for AID induction in immature B cells. We showed that TLR9 but not the TLR7 is a key molecule for the elimination of autoreactive B cells. We also showed that the scleroderma patients who have dysfunctional defective central B cell tolerance checkpoints [3] have non-functional TLR9. We demonstrated that the CXCL4– which is involved in the pathogenesis of the scleroderma patients- sequesters TLR9 ligands away from the endosomal compartment and leads to an inhibition of TLR9 function and AID induction after B cell stimulation. Therefore, CXCL4 contributes to the broken central B cell tolerance in systemic sclerosis patients.
Otoinflamatuvar hastalıklarda rolü olan MRNA ve MİRNA moleküllerinin meta-analizi
Otoinflamatuvar hastalıklar, doğal bağışıklık sisteminin etkilenmesi sonucunda inflamasyon yanıtlarının arttığı bir hastalık grubudur. Bu hastalıklar genetik özellikleri açısından monogenik ve poligenik olarak gruplandırılabilmektedir. Bu hastalıklar içerisinde tez kapsamında incelenen; PFAPA poligenik olarak, AAA, CAPS, TRAPS, MKD hastalıkları ise farklı genlerde oluşan mutasyonlar sonucunda ortaya çıkmaktadır, ancak bu hastalıklarda görülen benzer fenotip, benzer yolakların ve moleküllerin etkilendiğini düşündürmektedir. Literatürde otoinflamatuvar hastalıklar ile ilişkili omik temelli çalışmalar mevcuttur. Tez kapsamında, bu verilerin birlikte değerlendirilmesi amaçlanmış, mRNA ve miRNA temelli omik çalışmaların mikrodizin veri setleri R (4.0.5), BRB-ArrayTools ve MeV gibi programlar kullanılarak analiz edilmiştir. İfadesi değişen genler, DAVID ve InnateDB programlarıyla analiz edilerek inflamasyonla ilişkili olanlar belirlenmiştir. Sonrasında, bu hastalıklarda ortak olarak ifadesi değişen mRNA'lar, ifadesi değişen miRNA'ların hedef genleri olabileceğinden, veri setlerinden elde edilen mRNA ve miRNA'ların bağlanma olasılıkları TargetScan veri tabanı kullanılarak gösterilmiştir. Son aşamada, anlamlı olarak ifadesi değişen mRNA ve miRNA'ların hedeflediği proteinler tanımlanmış, bu proteinlerin arasındaki protein-protein ilişkileri STRING analizleri ile belirlenmiştir. Analizler sonucunda, inflamasyon açısından önemli proteinler olan STAT1, NAIP, FAS, MAPK14 proteinleri öne çıkmış ve seçilen hastalıklara sebep olan genlerin kodladığı proteinler ile ilişkisi oldukları gösterilmiştir. Elde edilen bu ön bilgiler, seçilen hastalıklarda ortak moleküllerin patogenezi etkilediği hipotezini desteklemiş, bu bulguların laboratuvar ortamında incelenmesi önem kazanmıştır. Bu tez, otoinflamatuvar hastalıklarda inflamasyona sebep olan yolakların aydınlatılarak hastalıkların daha iyi sınıflandırılması ve uzun vadede tedavi hedefi olabilecek moleküllerin belirlenmesine yönelik önemli katkılar sağlayabilecektir.
APC mutant fare intestinal organoidlerinde WNT yolak modülasyonunun kök hücreler üzerine etkilerinin araştırılması
Kolorektal kanser (KRK) gelişiminin en önemli nedenlerinden bir tanesi WNT sinyal yolağında rol alan genlerin mutasyonlarıdır. Vakaların büyük çoğunluğunda WNT sinyal yolağı yıkım kompleksinde negatif düzenleyici olarak görev almakta olan APC tümör baskılayıcı gen mutasyonlarına rastlanmaktadır. Çok hızlı bir çoğalma ve yenilenme sürecine sahip olan intestinal epitel hücrelerde WNT sinyal yolağı yüksek aktivite göstererek intestinal kök hücrelerin ve doku homeostazının düzenlenmesinde aktif görev almaktadır. APC genine ait mutasyonların çoğunluğu yıkım kompleksinin bir diğer elemanı olan AXIN bağlanma bölgesinde gerçekleşmektedir. Yıkım kompleksi elemanlarında oluşan çeşitli mutasyonlar nedeniyle görevini tam olarak yerine getirememektedir. Β-catenin proteini yıkım kompleksi tarafından sitoplazmik bölgede proteozomal degradasyona uğrayamadığında çekirdeğe translokasyonu gerçekleşmekte ve böylece TCF/LEF transkripsiyon faktörünün düzenlenmesinde görev aldığı WNT hedef genlerinin transkripsiyonel aktivitesini arttırmaktadır. Bu tez çalışması kapsamında laboratuvarıma özgü mutant ApcΔ750 fare ince bağırsak dokularından üretilen olan intestinal organoidlerde WNT ilişkili genlerden Ctnnb1, Axin2 ve Lgr5 RNA düzeyinde incelenmiştir. Analizlerin sonucunda bu genlerin ifadelerinin ApcΔ750 intestinal organoidlerde yüksek olduğu ispatlanmıştır. Tez çalışmasının birincil amacı olarak, anti-kanser etkisi olduğu bilinen XAV939 ve Niklozamit ilaçlarının ApcΔ750 organoidlere uygulandığında Ctnnb1, Axin2 ve Lgr5 gen ifadelerinin RNA düzeyinde azaldığı gösterilmiştir. Ayrıca immünfloresan boyama tekniği uygulanarak kript ve villus domeynlerindeki Ctnnb1 protein seviyesi incelenmiştir. Böylece XAV939 ve Niklozamitin KRK oluşumu öncülü organoidlerdeki Wnt sinyal yolağını inhibe ettiği ve bununla ilişkili olarak İKH aktivasyonunu baskıladığı gözlenmiştir. Çalışmanın ikincil bir amacı ise laboratuvarımızda üretilen ApcΔ750 fare modelinin in vitro çalışmalarda da başarı sağladığını gösterebilmektir.
Biyotinidaz eksikliği tanılı 901 hastanın geriye dönük değerlendirilmesi: 30 yıllık deneyim
Biyotinidaz eksikliği sıklıkla hayatın ikinci ayında semptomatik olan, biyotin ile tedavi edilebilen kalıtsal metabolik hastalıktır. Yenidoğan taraması ile asemptomatik dönemde saptanarak uzun dönemde mortalite ve morbiditenin azaltılması amaçlanmaktadır. Bu çalışmada, ülkemizdeki en deneyimli metabolik hastalık merkezlerinden birinde, biyotinidaz eksikliği ile izlenen hastalar geriye dönük olarak incelenmiş ve hastaların fenotipik ve genotipik özellikleri belirlenmiştir. Çalışmaya 1990-2020 yılları arasında semptomatik olan, aile taraması ya da yenidoğan taraması ile tanı alan 901 hasta dahil edilmiştir. Yenidoğan taramasıyla 733, aile taramasıyla 135, semptomatik 33 hasta saptanmıştır. 641 hasta kısmi, 260 hasta ağır biyotinidaz eksikliği tanısı almıştır. Hastaların %34,9'unun anne babası arasında akrabalık görülmüştür. Semptomatik hastalarda en sık görülen bulgular nöbet, alopesi ve solunum sıkıntısı olmuştur. Yenidoğan taraması ile asemptomatik dönemde tanı alan hastalarda nöbet, işitme kaybı, görme bozukluğu ve konjenital malformasyonların sıklığında normal topluma göre artış görülmemiştir. Ulusal Yenidoğan Tarama Programı sonucuna göre ağır eksiklik için sınır değer ilk 48 saat içinde alınan kan örneğinde 21,5 MRU, ikinci örnek için 33,9 MRU saptanmıştır. Semptomatik hastalarda en sık görülen mutasyon c.98_104delGCGGCTGinsTCC, ağır eksiklik saptananlarda en sık görülen mutasyon c.470G>A (p.Arg157His) olmuştur. c.1330G>C (p.Asp444His) için homozigot olan hastaların ortalama enzim aktivitesi %28,7 bulunmuştur. Bu çalışma, ülkemizde görülen biyotinidaz eksikliği tanılı hastaların genel özelliklerini ve izlemlerini yansıtması sebebiyle hastaların tanı ve izlem süreçlerinin iyileştirilmesi için bir kaynak olacağı düşünülmüştür.
Retinoblastom hastalarında görülen germline mutasyonlar ve mutasyonların hasta kliniği ile ilişkilendirilmesi
Retinoblastom, çocukluk çağının en sık görülen kötü huylu göz içi tümörüdür. Knudson'ın "çift vuruş" hipotezine göre RB1 geninin her iki allelinde meydana gelen mutasyonlar sonucu hastalık tablosunun ortaya çıktığı bilinmektedir. Bu mutasyonlardan biri aileden kalıtılabileceği gibi, her iki alleldeki mutasyon somatik olarak retina hücrelerinde de gerçekleşebilir. Aileden kalıtılan yani "germline" mutasyonlara sahip hastaların daha erken yaşta ve bilateral tutulumla başvurma eğiliminde olduğu ortaya konmuştur. Çalışmanın amacı germline mutasyonlara sahip hastalarda mutasyon saptanmayan hastalara göre klinik seyirde farklılıklar olup olmadığını incelemektir. Çalışmada Sanger dizileme metodu ve multipleks ligasyona bağlı amplifikasyon yöntemi kullanılarak germline mutasyon varlığı açısından değerlendirilen toplam 51 retinoblastom olgusunun sonuçları ve klinik bulguları incelenmiştir. Toplam 30 hastada (%58,8) germline mutasyon saptanmıştır. Saptanan mutasyonlardan 8'i daha önce literatürde bildirilmemiş yeni mutasyonlardır. Mutasyon saptanan hastalarda mutasyon olmayan hastalara göre daha erken tanı yaşı (sırasıyla 13,1 ± 15,3 ve 30,4 ± 31,7 ay; p˂0,05), daha yüksek bilaterallik oranı (sırasıyla %56,7 ve %23,8; p˂0,05), daha yüksek multifokalite oranı (sırasıyla %70,7 ve %40,9; p˂0,05) görülmüştür. Unilateral hastaların %44,8'inde de germline mutasyonlar tespit edilmiştir. Mutasyonu olan ve olmayan hastalar arasında Uluslararası Retinoblastom Sınıflamasına göre belirlenen grup yüzde dağılımları da fark göstermiş ve bu farkın Grup A ve Grup D dağılımlarından kaynaklandığı görülmüştür (Grup A için sırasıyla %17,4 ve %0, Grup D için sırasıyla %40,0 ve %26,9; p˂0,05). Mutasyonu olan hastalarda, mutasyonu olmayan hastalara göre intravenöz kemoterapi (sırasıyla 5,6 ± 3,8 ve 2,9 ± 3,6 kür) ve lokal tedavi (sırasıyla 2,6 ± 3,8 ve 1,6 ± 3,8 seans) ihtiyacı da daha yüksek bulunmuştur (p˂0,05). Çalışmamızda ayrıca klinik seyrin farklı mutasyon türleri arasında değişkenlik gösterip göstermediği de incelenmiştir. Saptanan mutasyonlar içerisinde en sık anlamsız mutasyonlar (%33,3) görülmüştür. Bunu %23,3 ile yanlış anlamlı mutasyonlar, %20,0 ile çerçeve kayması mutasyonları, %16,7 ile kırpılma bölgesi mutasyonları takip etmiştir. Anlamsız ve çerçeve kayması mutasyonlarının (sırasıyla 6,7 ± 4,8 ve 7,5 ± 7,9 ay) yanlış anlamlı ve kırpılma bölgesi mutasyonlarına göre (sırasıyla 21,0 ± 22,5 ve 21,2 ± 21,5 ay) daha erken tanı yaşı ile ilişkili olduğu bulunmuştur (p˂0,05). Mutasyon türleri arasında lateralitenin de değişkenlik gösterdiği, yanlış anlamlı mutasyonlara sahip hastaların tamamında (%100) unilateral hastalık olduğu görülmüştür (p˂0,05). Enükleasyon oranları karşılaştırıldığında, çerçeve kayması ve kırpılma bölgesi mutasyonlarına sahip hastalara ait gözlerde (sırasıyla %54,5 ve %57,1) anlamsız ve yanlış anlamlı mutasyon görülen hastaların gözlerine kıyasla (sırasıyla %16,7 ve %14,3) daha yüksek enükleasyon oranı saptanmıştır (p˂0,05). Retinoblastom hastalarında saptanan germline mutasyon varlığı ve mutasyonların türlerinin klinik seyri ve tedavi ihtiyacını etkileyebileceği sonucuna varılmıştır. Mutasyonu olan hastalarda literatürde tanımlanan daha erken tanı yaşı, daha yüksek bilateralite ve multifokalite oranına ek olarak daha fazla intravenöz kemoterapi ve lokal tedavi ihtiyacı olduğu görülmüştür. Unilateral hastaların yarısına yakınında germline mutasyon saptanmış olması dikkat çekmiştir. Ek olarak mutasyon tiplerine göre tanı yaşı ve lateralitenin değişkenlik gösterebileceği tespit edilmiş, anlamsız ve çerçeve kayması mutasyonlarında daha erken tanı yaşı ve yanlış anlamlı mutasyonlarda daha fazla unilateralite oranı görülmüştür. Ayrıca çerçeve kayması ve kırpılma bölgesi mutasyonlarında enükleasyon oranları daha yüksek bulunmuştur. Her hasta için uygun bir takip algoritması oluşturmak ve hastaların aile planlaması ve ikincil kanserler açısından etkin bir şekilde değerlendirilmesini sağlamak için tüm retinoblastom hastalarına rutin olarak genetik inceleme yapılmalıdır.
BRCA gen mutasyonu nedeniyle profilaktik jinekolojik cerrahi uygulanan olguların değerlendirilmesi
BRCA gen mutasyonu ve farkındalığı yıllar içerisinde jinekoloji polikliniklerinde artan başvuru sebeplerinden biridir. BRCA gen mutasyonu diğer herediter kanser genlerinde olduğu gibi genel topluma göre erken yaşta başta meme ve over olmak üzere prostat, pankreas, melanom ve nadiren başka lokasyonlarda da kanser sebebi olabilmektedir. Bu retrospektif klinik çalışmada amaç, 2016-2021 yılları arasında BRCA gen mutasyonu nedeniyle jinekoloji polikliniğimize başvuran ve profilaktik jinekolojik cerrahi yapılan hastaların tanıdan tedaviye giden süreçte karar mekanizmasına etki edebilecek parametreleri belirlemek, bu parametrelerin post operatif patoloji sonuçlarını öngörebilme değerlerini karşılaştırmak ve demografik özelliklerini belirlemektir. Çalışma popülasyonu 12 BRCA1, 19 BRCA2 gen mutasyonu olan 31 hastadan oluştu. Hastaların çoğunluğunun (%80,6) meme kanseri öyküsü sonrası tarafımıza başvurduğu görüldü. Hastaların post operatif patoloji sonuçlarına bakıldığında malign öncülü lezyona rastlanmadı, 16 (%51,6) hastada benign patolojiler izlenirken 15 (%48,4) hastada herhangi bir lezyona rastlanmadı. Ortalama 35,3 ± 22,9 aylık takip süresi boyunca peritoneal kansere rastlanmadı. Meme kanseri öyküsü olan hasta grubunda östrojen reseptör durumu BRCA1 mutasyonlu olgularda BRCA2 mutasyonlulara göre ağırlıklı olarak negatif izlendi (p=0,02). Cerrahi sırasında postmenopozal hasta grubunun premenopozal hasta grubuna göre profilaktik jinekolojik cerrahiyi daha hızlı tercih ettiği izlendi (p=0,014). Soygeçmişinde, 1. veya 2. Derece yakınlarında meme ya da over kanser öyküsü bulunan hastaların daha erken yaşta meme kanserine yakalandığı (p=0,037), daha erken BRCA gen mutasyonu tanısı aldığı (p=0,021) ve de daha erken profilaktik cerrahi geçirdiği (p=0,020) izlendi. Sonuç olarak BRCA gen mutasyonlu hastalarda profilaktik jinekolojik cerrahi, kanser gelişme riskini azaltan etkin bir klinik yaklaşım olarak görülmektedir. Anahtar Kelimeler: BRCA, Herediter Meme ve Over Kanseri, Profilaktik Cerrahi
Spinal müsküler atrofi hastalarının fibroblast kültürlerinde mikrotübül stabilitesinin araştırılması
Spinal müsküler atrofi (SMA) motor nöron kaybı ve kas atrofisi ile karakterize olan, çoğunlukla yenidoğan ve çocukları etkileyen, otozomal resesif kalıtım gösteren nörodejeneratif bir hastalıktır. SMA 5q13.3 kromozom bölgesinde yer alan survival of motor neuron 1 (SMN1) genindeki mutasyonlardan kaynaklanmaktadır. SMN proteini tüm dokularda sentezlenmesine rağmen eksikliğinden spesifik olarak motor nöronlar etkilenmektedir. SMN eksikliğinde nöron morfolojisinde ve fonksiyonunda görülen hatalar hücre iskeleti elemanlarının yapısal ve fonskiyonel bozukluklarıyla ilişkilendirilmektedir. Hücre iskeletinin temel elemanlarından olan mikrotübüller, nöronlar gibi özelleşmiş hücrelerde akzon ve dendrit yapılarının kurulması ve hücre içi transportun sağlanması açısından önemlidir. SMN eksikliğinde in vitro ve in vivo modeller ile yapılan çalışmalarda mikrotübüllerin yerleşimleri, mimarisi ve polimerizasyonundaki değişiklikler gösterilmişse de altında yatan moleküler mekanizma detaylı olarak açıklanamamıştır. Mikrotübüller alfa (α) ve beta (β) tübülin proteinlerinin bir araya gelmesiyle oluşan dinamik, içi boş ve silindirik yapılardır. Tübülin proteinlerinin mikrotübül yapısına eklenmesiyle mikrotübüller polimerize olmakta, yapıdan ayrılması ile depolimerize olmaktadır. Mikrotübül dinamiği ve stabilitesi mikrotübül-asosiye proteinler (MAP) ve tübülin proteinlerinin post-translasyonel modifikasyonları tarafından düzenlenmektedir. α ve β tübülin proteinlerinin amino ve karboksil uçlarında çeşitli post-translasyonel modifikasyonlar (ör; asetilasyon, detirozinasyon, delta2-tubulin vb.) gerçekleşmektedir. Tübülin post-translasyonel modifikasyonları, mikrotübüle bağlanarak yapı ve fonksiyonu düzenleyen proteinleri ve diğer hücre iskelet elemanlarının mikrotübül ile etkileşimlerini düzenlemektedir. Anabilim Dalı'mızda SMA hastalığının moleküler mekanizmasının aydınlatılmasına yönelik temel araştırmalar yürütülmektedir. SMA hastalığının in vitro ve in vivo modelleriyle yaptığımız önceki çalışmalarda, SMN eksikliğinde mikrotübül stabilitesini düzenleyen bazı proteinlerin ifadesinde (MAP1B, MAP2 ve EB3) ve tübülin post-tranlasyonel modifikasyonlarında (asetilasyon ve detirozinasyon) anlamlı değişiklikler saptanarak mikrotübül stabilitesinin azaldığı gösterilmiştir. Literatürde ve önceki çalışmalarımızda SMN eksikliğinde saptanan bu hatalar, in vitro ve in vivo model sistemlerde gösterilmiş olup hastalara ait örneklerde mikrotübül yapı ve stabilitesinin araştırıldığı bir çalışma bulunmamaktadır. Bu nedenle önerdiğimiz tez çalışmasında, SMA hastalarının fibroblast kültürlerinde mikrotübül stabilitesinin araştırılması amaçlanmıştır. Hastalığı farklı ciddiyette seyreden iki hasta (Tip I ve Tip II) ve iki sağlıklı kontrol bireye ait ticari olarak temin edilmiş olan fibroblast hücrelerinde mikrotübül ağ yapısı ve stabilitesi analiz edilecektir. Bu tez çalışması ile, mikrotübül stabilitesi SMA hasta fibroblast kültürlerinde ilk kez çalışılacaktır. SMA hastalığının moleküler düzeyde daha iyi anlaşılmasına katkı sağlayacak bu tez çalışması sonucunda mikrotübül stabilitesinde fark saptanması durumunda mikrotübül fonksiyonlarının (hücre içi transport, organel pozisyonu vb) analizi ve stabiliteyi sağlayabilecek küçük moleküllerin etkilerinin araştırılması mümkün olabilecektir.
AEBP1/ACLP'nin protein etkileşim ağının proteomik ve biyoinformatik yöntemlerle araştırılması
Hücre dışı matriks (ECM) yapısı hücreleri mekanik kuvvetlere karşı bir arada tutarak dokulara yapısal destek kazandırır. Doku hasarı sonucunda ECM'de başta kolajenler olmak üzere geri dönüşüşüz yapısal protein birikimi gözlenen patoloji fibrozis olarak isimlendirilir. Fibrozisin iskelet kası veya çeşitli diğer organlarda gerçekleşmesi geri dönüşümsüz işlev kaybına yol açmaktadır. Fibrozis sürecinde görev alan düzenleyici proteinlerin aydınlatılması, bu patolojik sürecin yavaşlatılmasına yönelik önemli hedefler ortaya koyabileceği düşünülmektedir. Adipocyte Enhencer Binding Protein 1 / Aortic Carboxypeptidase Like Protein (AEBP1/ACLP) mutasyonları insanlarda daha esnek ve hasara açık bağ dokusu ile karakterize Ehlers-Danlos Sendromu ile ilişkisi bulunmuş ve bu proteininin kolajen organizasyonu ile ilişkili olabileceği düşünülmüştür. Hücre farklıaşması ve fibrozis sürecinde ifadesinin arttığı bilinen AEBP1/ACLP'nin ECM olgunlaşması sürecinin bir düzenleyicisi olabileceği düşünülmektedir. İşlevi tam olarak bilinmeyen AEBP1/ACLP proteinin işlevsel ortaklıkları hakkında bilgiler de sınırlıdır. Protein-protein etkileşimlerinin yüksek ölçekli genom bilim araçları ve biyoinformatik analizlerle aydınlatılması proteinlere işlev atfetmek için önemli bir yaklaşımdır. Bu tez çalışmasında protein-protein etkileşimlerinin keşfi için kullanılan "Proximity-Proteomics" teknolojisi için gerekli deneysel araçların üretilmesi ve biyoinformatik yöntemlerle iskelet kasına ait transkriptom ve proteom verilerinde AEBP1/ACLP proteinini ifadesine yönelik veri madenciliği çalışmalarının yapılması planlanmıştır. Yapılan çalışmalar sonucunda AEBP1/ACLP'nin çevresindeki proteinlere kimyasal etiket ekleyebileceği deneysel araçlar hazırlanmıştır. Biyoinformatik analizlerle in vitro ve in vivo deneylerde matrizom proteinlerinin ifadesi transkriptom ve proteom düzeylerinde incelenmiştir. Farklı hücre gruplarında ve doku hasarlarında üretilen matrizom, kolajenler başta olmak üzere karşılaştırmalı şekilde analiz edilmiş, ifadesi ortak ve ayrılan gen listeleri elde edilmiştir
Distal renal tübüler asidozda odyolojik bulgular
Distal renal tübüler asidoz (dRTA), H+ iyonlarının distal renal tübüllerden atılımının bozulması ile karakterize bir hastalıktır. dRTA'nın otozomal resesif formuna neden olan farklı gen mutasyonlarında farklı tip ve derecelerde işitme kaybı görülebilmektedir. Bu çalışmada, dRTA'lı bireylerde görülen işitme kaybının gen mutasyonları ile ilişkisini incelemek, bu hastalığa sahip bireylerin odyolojik açıdan karakteristik bulgularını tespit etmek ve bu bireylerde odyolojik takibin önemine vurgu yapmak amaçlanmıştır. Bu amaçlar doğrultusunda 21 dRTA'lı birey çalışmaya dahil edilmiş ve bireylere Kulak Burun Boğaz muayenesi, davranışsal testler, immitansmetrik değerlendirme, otoakustik emisyon ölçümleri ve işitsel uyarılmış beyin sapı cevaplarının ölçümünün dahil olduğu bir odyolojik test bataryası uygulanmıştır. Odyololojik değerledirmeler sonucunda, çalışmaya katılan 21 bireyden, ATP6V1B1 mutasyonu bulunan 7 bireyin tümünde, ATP6V0A4 mutasyonu bulunan 6 bireyin 1'inde, SLC4A2 mutasyonu bulunan 1 bireyde ve gen mutasyonu belli olmayan 6 bireyin 4'ünde işitme kaybı tespit edilmiştir. WDR72 mutasyonu bulunan bir bireyde ise işitme normal sınırlarda bulunmuştur. ATP6V1B1 mutasyonu bulunan bireylerde saf ses ortalamaları ATP6V0A4 mutasyonu bulunan bireylere göre anlamlı olarak daha yüksek elde edilmiştir. İşitme kaybı tipleri, bireylerin 9'unda sensörinöral tip, 3'ünde mikst tip ve 1'inde iletim tipi şeklinde bulunmuştur. Bireylerin işitme kaybı tanı yaşları, 5 bireyde 0-6 ay arasında, 6 bireyde 6 ay-4 yaş arasında, 2 bireyde ise 4 yaş sonrasındadır. Çalışmada radyolojik görüntüleme sonuçlarına ulaşılan 8 bireyin 6'sında Geniş Vestibüler Kanal Sendromu (GVKS) tespit edilmiştir. Sonuçlar, dRTA'da görülen işitme kaybının farklı gen mutasyonlarında başlangıç yaşı, tip ve derece açısından büyük bir değişkenliğe sahip olduğunu göstermekte ve bu bireylerde düzenli odyolojik takibin işitme kaybının zamanında tanısı ve etkin yönetimi açısından önemini ortaya koymaktadır. Sonuçlar ayrıca, dRTA'lı bireylerde takip sürecinde GVKS olasılığının göz önünde bulundurulması gerektiğini ve bireylerin GVKS yönünden de değerlendirilmesinin faydalı olacağını göstermektedir.