Helicobacter pylori enfeksiyonu tanısı almış hastalarda helicobacter pylori varlığının ve klaritromisin direncinin PCR ve multipleks real time PCR ile araştırılması

Helicobacter pylori (H.pylori), en yaygın kronik bakteriyel enfeksiyon etkeni olup dünya nüfusunun yaklaşık yarısı bu bakteri ile enfektedir. Midede yerleşerek gastrit, peptik ülser ve gastrik kanser gibi önemli sağlık sorunlarına yol açan bu patojenin, enfeksiyonun erken döneminde örneklerden doğru ve hızlı bir şekilde tespit edilmesi, söz konusu hastalıklarla mücadelede en önemli ilk basamaktır. H.pylori enfeksiyonunun tanısında farklı üstünlüklere sahip invaziv ve non-invaziv çeşitli testler kullanılmaktadır. Son zamanlarda konvansiyonel testlere alternatif, hızlı ve güvenli sonuç veren moleküler mikrobiyolojik testler yaygın kullanım alanı bulmaya başlamıştır. H.pylori ile mücadelede ikinci önemli basamak etkin tedavidir. Ne yazık ki te-davide kilit antibiyotik kabul edilen klaritromisine karşı giderek artan direnç ve buna bağlı düşük eradikasyon başarısı oranları daha sık gözlenir olmuştur. Bu bağlamda standart tedavi kılavuzları, tedavi rejimi belirlenirken bölgedeki klaritromisin direnç prevelansının göz önünde bulundurulmasını şart koşmaktadır. Direnç araştırmasında kullanılan, kültüre dayalı agar dilüsyon ve gradiyent testi gibi fenotipik yöntemlerin zorluğu zaman alıcı olmaları gibi kısıtlılıklar bunlara da alternatif, farklı duyarlılık ve özgüllükte moleküler yöntemlerin geliştirilmesine yol açmıştır. Çalışmamızda öncelikle; 49 taze, 132 parafinize gastrik biyopsi örneğinde polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ve multipleks gerçek zamanlı PCR (M.Rt-PCR) yöntemlerinin H.pylori saptama etkinlikleri, histopatolojik inceleme (HPİ) sonuçlarıyla karşılaştırılmıştır. Buna ek olarak aynı örnek setinde M.Rt-PCR ve Sanger dizileme yöntemleri ile klaritromisin direnç varlığı ve bundan sorumlu peptidiltransferaz mutasyonları araştırılmıştır. Sonuçların değerlendirilmesinde Cochran Q testi, Bonferroni düzeltmeli McNemar testi ve Cohen'in Kappa uyum katsayısı kullanılmıştır. HPİ (+) taze örneklerin PCR ile % 86'sı, M.Rt-PCR ile % 89'u pozitif bulunurken; HPİ (+) parafinize örneklerin PCR ile % 63'ü, M.Rt-PCR ile % 74'ü pozitif bulunmuştur. HPİ (-) taze örneklerde PCR ve M.Rt-PCR pozitifliği, sırasıyla % 33 ve % 41 iken HPİ (-) parafinize örneklerde bu oranlar % 0.0 ve % 6 olarak belirlenmiştir. 181 örneğin toplam sonuçlarında HPİ ile PCR ve Rt-PCR uyumu sırasıyla % 75.14 ve %80.11 olarak belirlenmiştir. Gerçek uyuma ek olarak, tahmin olasılığının dahil edildiği kappa uyum katsayısı ise PCR için 0.485 (0.067), Rt-PCR için ise 0.551 (0.064) olarak hesaplanmış; her iki yöntemde de HPİ sonucu ile orta düzeyde uyum gözlenmiştir. Taze dokularda, karşılaştırılan üç yöntem arasında duyarlılık açısından istatistiki olarak anlamlı fark bulunmazken, parafinize dokularda HPİ, moleküler yöntemlere göre anlamlı derecede daha duyarlı bulunmuştur (p<0.05). Parafinize örneklerde Rt-PCR'nin de PCR'den daha duyarlı olduğu gözlenmiştir (p< 0.05). Moleküler inceleme sonucu pozitif bulunan toplam 102 örneğin 12'sinde (%11.76) klaritromisin direnci saptanmıştır. M.Rt-PCR kiti ile elde edilen klaritromisin direnç sonuçları Sanger dizileme ile bire bir uyumlu bulunmuştur. Dirençten sorumlu mutasyonlar 11 örnekte A2143G (% 92), bir örnekte A2142G (% 8) olarak belirlenmiştir. Sonuç olarak, taze gastrik biyopsi örneklerinde H.pylori araştırılmasında, uygun şekilde optimize ve valide edilmiş PCR ve Rt-PCR'nin HPİ kadar etkin ve doğru sonuçlar ürettiği, dolayısıyla rutin tanıda hızlı, güvenilir bir yöntem olarak kullanılabilecekleri; parafinize örneklerde ise bu iki yöntemin - Rt-PCR diğerinden nispeten üstün olsa da- HPİ'ye göre daha düşük duyarlılığa sahip oldukları ve sonuçlarının ihtiyatla değerlendirilmesi gerektiği söylenebilir. Rt-PCR ile elde edilen direnç sonuçlarının Sanger dizileme ile bire bir uyum göstermesi de söz konusu yöntemin direnç tayininde -en azından pozitif sonuçları açısından- güvenle kullanılabileceğini düşündürmektedir. Çalışmamızda saptanan klaritromisin direnç oranı, hem kılavuzların antibiyogram şartı için belirlediği sınır olan %15'ten hem de ülkemizden bildirilen oranlardan (>%20) düşüktür. Bu sonucun gerçek durumu yansıtıp yansıtmadığı, kullanılan yön-temlerin saptayamadığı olası heterorezistans profillerine bağlı olup olmadığı daha geniş ölçekli araştırmalarla doğrulanmalıdır.