IQD gen ailesinin fasulye bitkisinde (Phaseolus vulgaris L.) biyoinformatik olarak detaylı karakterizasyonu ve abiyotik stresle ilişkisinin mRNA düzeyinde araştırılması

Kalmodulin-bağlayıcı proteinlerin bir sınıfı olan IQD proteinleri (1Q-67 alanı), bitki büyüme ve gelişim süreçlerinin yanı sıra bitkinin çevresel uyaranlara tepkisinde yer alır. Günümüze kadar çeşitli bitkilerde yapılan çalışmalar olmasına rağmen fasulyede IQD gen ailesinin fonksiyonları hakkında bilgi kısıtlıdır. Yapılan tez çalışmasında, fasulyede IQD gen ailesinin genom düzeyinde tanımlanması ve karakterizasyonu gerçekleştirilmiştir. Toplam 36 PvIQD geni tanımlanarak PvIQD1 ila PvIQD36 olarak isimlendirilmiştir. Filogenetik analiz, PvIQD genlerinin dört gruba ayrıldığını ve aynı grupta yer alan genlerin ekzon-intron ve korunmuş motif içeriğinin benzer olduğunu ortaya çıkarmıştır. Sinteni analizi, PvIQD genlerinde segmental duplikasyonun rol oynadığını belirtirken Ka/Ks analizi güçlü arındırıcı seçilimin baskın olduğunu göstermiştir. PvIQD genlerinin promotör bölgeleri, yüksek oranda hormon ve stres ilgili cis-elementler içermiştir. Stres ile ilişkili miRNA'ların, PvIQD genlerini hedefleyerek gen ekspresyonu düzenlemesinde yer alabileceği tespit edilmiştir. PvIQD genleri, farklı dokularda farklı ifade profilleri sergilemiştir. RNA-seq verilerinden elde edilen 10 PvIQD geninin tuz stresi altında ekspresyon profilleri qPCR kullanılarak incelenmiştir. PvIQD genlerinin tuz stresine karşı güçlü bir tepki oluşturduğu görülmüştür. Sonuç olarak, PvIQD genlerinin çeşitli stres tepkilerini düzenleyebileceği düşünülmektedir.