Karbapenemaz üreten enterobacteriaceae türlerinin hızlı tespitinde akım sitometri ile polimeraz zincir reaksiyonunun (PCR) etkinliğinin değerlendirilmesi

Son yıllarda dünya çapında artan karbapeneme dirençli Enterobacterales'e bağlı gelişen enfeksiyonlar endişe yaratmaktadır. Özellikle karbapenemaz üretimi, Enterobacterales ailesinde görülen karbapenem direncinin en önemli mekanizmasını oluşturmaktadır. Birçok fenotipik ve genotipik yöntem karbapenemazların tespitinde laboratuvarlarda kullanılmaktadır. Bu çalışmada Enterobacterales ailesi izolatlarında, akım sitometri kullanılarak karbapenemaz gen bölgesi varlığının hızlı tespiti ve polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile karşılaştırılarak etkinliğinin ve duyarlılığının değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Çalışmaya Temmuz 2019-Temmuz 2020 tarihleri arasında Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi hastanesi yoğun bakım ünitelerinde yatmakta olan hastaların kan kültürlerinden elde edilen ve otomatize sistemde en az bir karbapeneme karşı az duyarlı veya dirençli olarak saptanan 45 Enterobacterales ailesine ait izolat ve karbapenem duyarlı 14 Enterobacterales ailesine ait izolat alındı. Negatif kontrol olarak Escherichia coli ATCC 25922 ve pozitif kontrol grubu olarak 18 izolat (KPC, NDM, IMP, VIM, OXA-48 gen bölgeleri içeren suşlar) kullanıldı. Disk diffüzyon yöntemi ile de duyarlılıkları saptandıktan sonra PCR ile karbapenemaz gen bölgeleri araştırıldı. Daha sonra akım sitometri yönteminde; hasta grubundan PCR ile OXA-48 saptanmış ve rastgele seçilmiş olan 8 izolat, kontrol grubundan 18 izolat (8'i KPC, 7'si NDM, birer izolat da VIM, IMP ve OXA-48 gen bölgelerini içeren) ve karbapenem duyarlı 14 izolat çalışıldı. Bakteri süspasiyonları meropenem+spesifik karbapenemaz inhibitörleri (EDTA yada APBA) ve temosilin ile muamele edilerek ölü/canlı hücre ayrımını göstermek için thiazole orange (TO) ve propidium iodide (PI) ile boyandı ve ölen hücre yüzdeleri hesaplandı. Akım sitometri yönteminin ROC analizinde; meropenem için PI ile boyanma oranları (%) cut-off değeri %14,37 olarak, spesifitesi %100 olarak ve sensitivitesi %65 olarak bulundu. Akım sitometri yönteminin karbapenemaz gen bölgesini tespitinde PCR ile iyi düzeyde uyumlu olduğu saptandı. Birçok hücreyi çok yönlü hızlı analiz etmesi, PCR sonuçlarıyla uyumunun yüksek olması nedeniyle akım sitometri antimikrobiyal duyarlıkları ve dirençlerinin tespitinde geliştirilmeye açık bir yöntem olmaya devam edecektir.