Kaz dağı (Çanakkale, Türkiye) endemik bitkilerinden bazılarının dna barkodlaması

Bu çalışmada Kazdağı endemik bitkilerinden Sideritis trojana Bornm. (Lamiaceeae) ve Digitalis trojana Ivan. (Scrophulariaceae) türlerinin DNA barkodlaması yapılmıştır. DNA barkodlaması çalışması için matK (Maturase) geni ve trnH- psbA genler arası bölge seçilmiştir. Genç yaprak dokularından DNA ayrıştırılması yapılmış, matK geni ve trnH- psbA genler arası bölgeye özgü primerlerle PCR çoğaltımı sağlanmıştır. İlgili bant Agaroz jel elektroforeziyle UV altında görüntülenmiştir. Bantı veren PCR ürünü için hizmet alımı yapılmıştır. Türlere ait dizilerin eldesinden sonra gerekli programlar kullanılarak hem diziler yoluyla elde edilen sınıflandırma klasik taksonomi ile karşılaştırılmış, hem diziler baz alınarak Kazdağı endemik bitkilerinin diğer bitkiler ile ilişkisi araştırılmış hem de ilgili gen bölgelerinin öz barkod olabilme olasılıkları tartışılmıştır. Türlerin kendi familyalarına ait türlerle sıralamaları CLUSTALW2 ve T-COFFEE ?Multiple Sequence Alignment? programları kullanılarak yapılmış, S. trojana ve D. trojana türleri ile sıralanacak türlerin dizileriyse BLAST programından seçilmiştir. Türlere ait DNA barkod temelli ağacın eldesi için MEGA 4.1 programı kapsamında Neighbor Joining metodu ve Kimura-2-Parametresi kullanılmıştır.Elde edilen sonuçlar doğrultusunda türlere ait diziler kullanılarak elde edilen DNA barkod temelli ağaç sınıflandırılmaları ile türlerin klasik taksonomik sınıflandırılmasının uyumlu olduğu gözlemlenmiştir. Örnekler doğrultusunda matK lokusu, sıralama ve DNA barkod temelli ağaç elde etmedeki kolaylığı, genel olarak yeterli değişkenlik içermesi sebebiyle öz barkod bölgesi olarak kullanılabilir. Ancak tür tanımlamasının temel olduğu çalışmalarda matK geninin yeterli değişkenlik içeren başka genlerle kombinasyon halinde kullanılmasının daha iyi sonuç vereceği önerilebilir.Anahtar sözcükler: Sideritis trojana, Digitalis trojana, matK, trnH- psbA, DNA barkodlaması