Theses supervised by Doç. Dr. Cüneyt Akı
11 theses · Çanakkale Onsekiz Mart University
Vicia faba L., Allium cepa L. ve Nicotiana tabacum L. bitkilerinde cypermethrin ve mancozeb pestisitlerinin genotoksik etkilerinin belirlenmesi
Bu çalışmada ilimizde tarımsal faaliyetlerde fazla miktarda kullanılan Cypermethrin adlı insektisit ve Mancozeb WP 80 adlı fungusitin Allium cepa L., Vicia faba L., Nicotiana tabacum L. bitkilerinde farklı dozlardaki in vitro genotoksik etkileri araştırılmıştır. Genotoksik etkilerin belirlenmesinde kök ucu mitozu yöntemi ve mikronukleus testi (MN testi) kullanılmıştır.Cypermethrin Vicia faba bitkisinin sulama suyuna 0,4 ml/L- 0,8 ml/L- 1,2 ml /L- 1,6 ml/L olarak 24, 48, 72, 96 saat süre ile, Mancozeb Allium cepa bitkisinin sulama suyuna 2 g/L, 4 g/L, 6 g/L olarak 24, 48, 72 saat süre ile; Nicotiana tabacum bitkisinin sulama suyuna ise 0,9 g/L - 1,8 g/L -2,7 g/L -3,6 g/L olarak 24, 48, 72, 96 saat süre ile uygulanmıştır.Mancozeb ve Cypermethrin uygulanan bitki grupları, kontrol bitkileri ile karşılaştırıldığında konsantrasyon dozuna ve süresine ve bağlı olarak çeşitli kromozomal anormallikler gözlenmiştir. Bu kromozom anormallikleri; anafaz ve telofazda kutup kayması, metafazda tabla kayması, düzensiz kromozom dağılımları, kalgın kromozom, yapışkanlık, c- mitoz, fragment ve az sıklıkta mikronukleus oluşumu olarak saptanmıştır. Pestisit uygulamaları sonucunda doz artışına paralel olarak mitotik indekste de önemli ölçüde azalma meydana gelmiştir. Araştırma bulgularımızda kontrol grubuna göre kromozom anormalliklerinde Cypermethrin uygulanan V. faba bitkilerinde %50, Mancozeb uygulanan A. cepa ve N. tabaccum bitkilerinde yaklaşık %70 değişim saptanmıştır. Araştırma sonuçlarımız Mancozeb'in bitkiler üzerinde genotoksik potansiyelinin daha fazla olduğunu, cypermethrin'in dikkatli kullanılmadığı takdirde ekosisteme zararlı etkileri olabileceğini düşündürmektedir.
Catharanthus roseus (L.) G. Don türünün in vitro biyokütle gelişimi üzerine farklı stres faktörlerinin etkilerinin belirlenmesi
Bu tezde, Catharanthus roseus (L.) G. Don bitkisinin in vitro kallus biyokütle eldesi ve bu biyokütle üzerinde ortam ozmotik stresinin etkileri farklı kimyasal maddeler kullanılarak araştırılmıştır. In vivo ve in vitro yetiştirilen fidelerden alınan bitki parçaları MS ortamında kallus eldesinde kullanılmıştır. Daha sonra bu kalluslardan alt kültürlemeler yolu ile elde edilen biyokütlelerin ozmotik stres koşulları altındaki ağırlıkları ve morfolojik yapıları karşılaştırılmıştır. Biyokütle eldesinde MS ortamı ile birlikte kullanılan bitki büyüme hormonlarının en uygun kombinasyonu 5mg/mL NAA ve 2 mg/mL BAP olarak belirlenmiştir. Elde edilen 18 haftalık kallus biyokütlelerine, Polietilenglikol (PEG) 4000, D-Mannitol ve hidrojen peroksit gibi bitki üzerinde ozmotik stres oluşturduğu bilinen kimyasal maddeler ile uygulamalar yapılmıştır. Biyokütlelerin altkültürlemeleri birer haftalık aralar ile yapılmıştır. Stres faktörü uygulamaları ile oluşan biyokütle değişimleri ile ilgili ölçümler ve hesaplamalar yapılarak, biyokütlede oluşan morfolojik değişimler de incelenmiştir. Biyokütle değişimleri ikinci altkültürden itibaren hidrojen peroksit'in 100 mM ve 200 mM konsantrasyonlarında sırası ile kontrole göre %33 ve 37 azalma gösterirken, üçüncü altkültürden itibaren PEG-4000'in %5'lik konsantrasyonunda %19, %10'luk konsantrasyonunda %20, D-Mannitol'ün %5'lik konsantrasyonunda %10, %10'luk konsantrasyonunda ilk haftadan itibaren toplamda %18'lik azalma göstermiştir.
Kaz dağı (Çanakkale, Türkiye) endemik bitkilerinden bazılarının dna barkodlaması
Bu çalışmada Kazdağı endemik bitkilerinden Sideritis trojana Bornm. (Lamiaceeae) ve Digitalis trojana Ivan. (Scrophulariaceae) türlerinin DNA barkodlaması yapılmıştır. DNA barkodlaması çalışması için matK (Maturase) geni ve trnH- psbA genler arası bölge seçilmiştir. Genç yaprak dokularından DNA ayrıştırılması yapılmış, matK geni ve trnH- psbA genler arası bölgeye özgü primerlerle PCR çoğaltımı sağlanmıştır. İlgili bant Agaroz jel elektroforeziyle UV altında görüntülenmiştir. Bantı veren PCR ürünü için hizmet alımı yapılmıştır. Türlere ait dizilerin eldesinden sonra gerekli programlar kullanılarak hem diziler yoluyla elde edilen sınıflandırma klasik taksonomi ile karşılaştırılmış, hem diziler baz alınarak Kazdağı endemik bitkilerinin diğer bitkiler ile ilişkisi araştırılmış hem de ilgili gen bölgelerinin öz barkod olabilme olasılıkları tartışılmıştır. Türlerin kendi familyalarına ait türlerle sıralamaları CLUSTALW2 ve T-COFFEE ?Multiple Sequence Alignment? programları kullanılarak yapılmış, S. trojana ve D. trojana türleri ile sıralanacak türlerin dizileriyse BLAST programından seçilmiştir. Türlere ait DNA barkod temelli ağacın eldesi için MEGA 4.1 programı kapsamında Neighbor Joining metodu ve Kimura-2-Parametresi kullanılmıştır.Elde edilen sonuçlar doğrultusunda türlere ait diziler kullanılarak elde edilen DNA barkod temelli ağaç sınıflandırılmaları ile türlerin klasik taksonomik sınıflandırılmasının uyumlu olduğu gözlemlenmiştir. Örnekler doğrultusunda matK lokusu, sıralama ve DNA barkod temelli ağaç elde etmedeki kolaylığı, genel olarak yeterli değişkenlik içermesi sebebiyle öz barkod bölgesi olarak kullanılabilir. Ancak tür tanımlamasının temel olduğu çalışmalarda matK geninin yeterli değişkenlik içeren başka genlerle kombinasyon halinde kullanılmasının daha iyi sonuç vereceği önerilebilir.Anahtar sözcükler: Sideritis trojana, Digitalis trojana, matK, trnH- psbA, DNA barkodlaması
Bazı bitki ekstraktlarının antimikrobiyal aktivitesi üzerine araştırmalar
Bu çalışmada Mersin ili ve çevresinden toplanan, halk arasında yaygın olarak bazı hastalıkların tedavisinde kullanılan Ballota nigara subsp. anatolica, Hypericum monbrettii, Melisa oficinalis subsp. altisimma, Mentha spicata subsp. spicata, Mentha spicata subsp. tomentosa, Micromeria cilicica, Nepeta caesarea, Origanum vulgare subsp. hirtum, Salvia virgata, Salvia viridis, Stachys pseudopinardii bitkilerinin Soxhlet cihazında etanol ile ekstraksiyonu yapıldı. Ekstratlar çözücüsünden evaporatör ile ayrıldı. Ayrılan her ekstrenin DMSO' da 100 ppm' lik çözeltileri hazırlandı. Bu çözeltilerden 20?L, 40?L ve 50 ?L alınarak disk difüzyon yöntemi ile Bacillus cereus ATCC 7064, Bacillus subtilis ATCC 6633, Enterobacter aerogenes ATCC 13048, Escherichia coli ATCC 10538, Escherichia coli ATCC 11230, Micrococcus luteus ATCC 9341, Proteus vulgaris ATCC 6899, Pseudomonas aeroginosa ATCC 27853, Salmonella thyphimurium CCM 5445, Staphylococcus aureus ATCC 6538, Candida albicans ATCC10239, Debaryomces hansenii DSM 70238, Kluyveromyces fragilis ATCC 8608, Rhodotorula rubra DSM 70403 test mikroorganizmalarına karşı antimikrobiyal aktiviteleri araştırıldı.Bulgulara göre, çalışmada kullanılan tüm bitkilerin kullanılan tüm test mikroorganizmalarına karşı antimikrobiyal aktivitelerinin özellikle de mayalara karşı oldukça etkili olduğu sonucuna varıldı.
Tradescantia pallida H., Allium cepa L., Vicia faba L. bitkilerinde bazı genotoksik bileşiklerin genetiksel etkilerinin belirlenmesi
Bu çalışmada, genotoksik aktiviteye sahip olduğu düşünülen ve gıda sanayinde renklendirici olarak yaygın şekilde kullanılan Sunset Yellow (E110) ve Brilliant Black (E151) adlı maddelerin Tradescantia pallida H., Allium cepa L. ve Vicia faba L. bitkileri üzerinde oluşturduğu genetiksel değişikliklerin kök ucu hücreleri testi, Tradescantia Stamen Tüyü analizi (Trad-SHM) ve Mikronükleus Testi (MCN) ile değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Kontrollü koşullar altında laboratuvarda yetiştirilen bitkilere her iki boya maddesinin 4 farklı konsantrasyonu (10-200-1000-2000 ppm) spreyleme ve sulama suyuna ekleme yolu ile uygulanmıştır.Uygulama sonrası kontrol grubu ile yapılan karşılaştırmalarda, tüm bitkiler için yapılan mutasyon testlerinde doz miktarı artışına bağlı olarak mutasyon seviyelerinin arttığı gözlenmiştir. Ayrıca Tradescantia stamen tüyü analizi (Trad-SHM) ve mikronükleus testlerinin (MCN) kullanılan boya maddeleri için farklı duyarlılıklara sahip oldukları ortaya çıkarılmıştır. Her iki boya maddesinin de genotoksik potansiyelinin olduğu ve yapılan analizlerde Sunset Yellow'un stamen tüyü analizi ile Brilliant Black'in ise mikronükleus testi ile teşhisinin daha uygun olarak tespit edildiği saptanmıştır.
Bazı fungusit ve insektisitlerin Vicia faba L. ve Capsicum annuum L. türlerinin kök ucu mitozu üzerine etkileri
Bu arastırmada Çanakkale ili sınırları içinde de fazla miktarda kullanılan Confidor SC 350 adlı insektisit iki farklı dozda (0,1 g/L ve 0,05 g/L) ve Antracol WP adlı fungusit iki farklı dozda (1,25 g/L ve 0,625 g/L) olmak üzere Vicia faba L. (bakla) ve Capsicum annuum L. (biber) fidelerinin yapraklarına püskürtme yolu ile uygulanarak bu bitki türleri üzerindeki genetiksel etkileri kök ucu mitozu yöntemi uygulanarak ortaya konmustur. Bitki türleri üzerinde atık suların etkileri arasında bitki gelisimini stimüle etme ya da inhibe etme, genetiksel konfigürasyonları degistirme ve savunma enzimlerinde meydana gelen enzimatik degisimler söz konusudur. Bahsedilen bu degisimlerin ortaya çıkarılmasında kök ucu hücreleri testi gerçeklestirilmistir. Arastırmamızda Vicia faba L. ve Capsicum annuum L. kullanarak yaptıgımız denemeler sonucunda iki farklı konsantrasyonda uygulanan fungusit (Antracol) ve insektisit (Confidor) seyreltilmis çözeltilerinin kontrol grubu bitkileri ile karsılastırıldıgında bitkilerin kök ucu meristem hücrelerinde, konsantrasyona baglı olarak çesitli kromozom anomalileri gözlenmistir. Bu kromozom anomalileri; anafazda kutup kayması, kalgın kromozom, fragment olusumu, düzensiz kromozom dagılımları olarak saptanmıstır. Doz artısına baglı olarak kromozomal anomalilerin de artıs gösterdigi saptanmıstır. Çalısmamız neticesinde fungusit ve insektisit türü zirai mücadele maddelerinin de içinde bulundugu pestisitlerin bitkiler üzerinde yarattıgı etkilerin azaltılması ve çevresel kirliligin önlenmesi için daha ekolojik korunma yöntemlerine basvurulmasının gerekliligi ortaya konmustur. Arastırmamızın sonuçları bir çok bilimsel arastırma ile paralellik göstermektedir. Anahtar Kelimeler: Vicia faba L., Capsicum annuum L., Pestisit, Mitoz.
Termik santral bölgesindeki (Çan-Çanakkale) topraklardan ağır metale karşı dirençli bakterilerin izolasyonu, tanılanması ve plazmid profillerinin belirlenmesi
Bu çalışmada Çan Termik Santral Bölgesindeki topraklardan Enterobacter, Pseudomonas, Bacillus genusuna ait bakterilerin izolasyonu gerçekleştirilmiş, ağır metal dirençlilik düzeyleri tespit edilerek plazmid profilleri belirlenmiştir. Ağır metale yüksek düzeyde direnç gösteren iki suşun biyosorpsiyon çalışması gerçekleştirilmiştir.Termik santral bölgesinde dört faklı istasyondan alınan toprak örneklerinden toplam 345 bakteri izolasyonu gerçekleştirilmiştir. Ağır metal dirençlilik tespiti için MIC yöntemi kullanılarak 8µg/ml- 8192 µg/ml aralığında değişen konsantrasyonlarda ZnCl2, FeCl3.6.H2O, Pb(NO3)2 ve CuSO4 metal çözeltileri besi ortamlarına ilave edilmiştir. MIC değeri yüksek olan 37 adet bakterinin Vitek II identifikasyon cihazı ile tanımlamaları yapılmış ve plazmid profilleri çıkartılmıştır. 18 bakteride plazmid olduğu belirlenmiştir.Bacillus mycoides (izolat 26) ve Enterobacter cloacea complex (izolat 10)suşları ağır metal biyosorpsiyonu için seçilmiştir. Bakterilerin ağır metal biyosorpsiyonu ICP cihazı ile belirlenmiştir. Bacillus mycoides (izolat 26) için çalışmada kullanılan Fe, Zn, Pb ve Cu metalleri arasında biyosorpsiyon hızının en yüksek olduğu metal Zn iken bunu sırası ile Pb, Fe, Cu takip etmiştir. Enterobacter cloacea complex (izolat 10) için biyosorpsiyon hızının en yüksek olduğu metal Pb iken bunu sırası ile Zn, Fe ve Cu' nun takip ettiği tespit edilmiştir.
In vitro çoğaltılan ve doğal ortamda yayılış gösteren Digitalis trojana Ivan. türünde progesteron 5ß-reduktaz gen ifadesinin ve kardenolid üretiminin karşılaştırılması
Bu tez çalışmasında, Kazdağı endemik bitkisi ve tıbbi öneme sahip olan Digitalis trojana Ivan. türününün Mayıs ve Temmuz aylarında Kazdağından farklı yüksekliklerinden toplanan bitki örneklerinde ve in vitro üretilen bitki örneklerinde ß-kardenolitlerin biyosentezinde kilit role sahip progesteron 5ß-reduktaz geninin ifadesi belirlenmiş ve karşılaştırılmıştır.Çalışmada ayrıca Digitalis trojana türünün in vitro çoğaltımı gerçekleştirilmiştir. Bitkinin yaprak eksplantlarından sürgün rejenerasyonunun 0,1 mg/l NAA ve 3 mg/l BAP içeren MS ortamında meydana geldiği ve bu ortamın türün kısa sürede etkili bir şekilde in vitro çoğaltımı için kullanılabilir olduğu belirlenmiştir.Ayrıca bitki örneklerinin taban yapraklarındaki kardenolitlerin katı faz ekstraksiyonu yapılmış ve örneklerdeki lanatosit C, digoksin, digitoksin ve gitoksigenin miktarları HPLC ile belirlenmiştir. HPLC analizi sonucunda Temmuz ayında toplanan bitki örneklerindeki kardenolit içeriklerinin (?g/g KA) Mayıs ayında toplanan bitki örneklerinin içeriklerinden daha yüksek olduğu belirlenmiştir. Ayrıca bitkilerdeki kardenolid içeriklerinin yüksekliğe göre değiştiği belirlenmiştir. Yapılan analiz sonucunda in vitro üretilen bitkilerden sadece 1 mg/l NAA ve 5 mg/l BAP içeren MS besin ortamında üretilen 12 haftalık bitkilerde lanatosit C (10,288 ?g/g KA) ve digoksin (2,068 ?g/g KA) tespit edilebilmiştir.
Çanakkale yöresinde kullanılan Külsil fungusitinin insan periferal lenfositleri üzerinde genotoksik ve sitotoksik etkilerinin değerlendirilmesi
Bu araştırmada triazol sınıfı fungusitlerden myclobutanil etken maddesi içeren Külsil pestisitinin insan periferal lenfosit kültürleri üzerindeki genotoksik etkisi, in vitro kromozomal anormallikleri (KA) ve mikronükleus testi (MN) ile saptanmıştır. Bu testlerin yanı sıra sitotoksik etkinin belirlenmesi için mitotik indeks (Mİ) ve nükleer bölünme indeksi (NBİ) yöntemleri de kullanılmıştır. Kültüre edilen lenfositler myclobutanilin 3,125; 6,25; 12,5; 25 ve 50 ppm'lik beş farklı dozuna 24 ve 48 saat boyunca maruz bırakılmıştır. Külsil fungusiti 24 saatlik 3,125 ppm'lik dozu hariç tüm uygulamalarda kontrole göre kromozomal anormallik frekansını doza bağlı olarak anlamlı derecede arttırmıştır. Aynı şekilde Külsil'in 48 saatlik 3,125 ppm'lik dozu hariç tüm uygulamalar kontrolle karşılaştırıldığında mikronükleus frekansını doza bağlı olarak anlamlı derecede arttırmıştır. Külsil fungusitinin 50 ppm'lik dozu ise her iki uygulama süresinde de lenfositler üzerine toksik etki göstermiştir. Külsil fungusitinin nükleer bölünme indeksinde istatistiksel açıdan anlamlı olmayan düşüşe neden olduğu bulunmuştur. Kontrolle karşılaştırıldığında Külsil fungusiti 24 saatlik 3,125 ppm'lik dozu hariç tüm uygulamalarda mitotik indeksi doza bağlı olarak anlamlı derecede düşürmüştür. 24 saatlik 25 ppm ve 48 saatlik 25 ppm'lik dozlarda mitotik indeks sırası ile %43,75 ve %78,47'lik düşüş göstermiştir. Araştırma sonuçlarına göre myclobutanil etken maddeli Külsil fungusitinin uygulanan doza bağlı olarak insan lenfosit kültürleri üzerinde klastojenik ve anöjenik etki gösterebileceği belirlenmiştir.
Catharanthus roseus (L.) G. Don. türünde bitki büyüme düzenleyicilerinin in vitro somaklonal varyasyon üzerine etkilerinin belirlenmesi
Bu araştırmada, in vivo olarak yetiştirilen Catharanthus roseus (L.) G. Don bitkisinden yaprak eksplantları alınarak 5:2; 8:2; 10:2 mg/L NAA:BAP içeren MS ortamında in vitro kültüre alınmıştır. Eksplantlar dört haftada bir alt kültüre alınmış ve uygulamaların beş alt kültür boyunca kallus üzerindeki biyokütle değişimleri ve somaklonal varyasyon üzerine etkileri takip edilmiştir. Tüm denemeler üç tekrarlı olarak gerçekleştirilmiştir. Biyokütle değişimlerinde alt kültürler boyunca ilk üç alt kültür boyunca tüm serilerde genel bir artış gözlenmiştir. Kallus biyokütlesi ekimin başlangıcından 1. alt kültür sonuna kadar 5:2; 8:2; 10:2 mg/L NAA:BAP içeren MS ortamında sırası ile %168, %139 ve %142 arttığı belirlenmiştir. Kallustan ezme preparat yöntemi ile mikroskopta yapılan incelemelerde, somaklonal varyasyon ile ilgili poliploidi, metafaz kromozom dağınıklılığı gibi anormalliklere rastlanmıştır. Sonuç olarak, biyokütle eldesinde MS ortamına eklenen bitki büyüme düzenleyicilerinin en uygun kombinasyonun 5:2 mg/L NAA:BAP olduğu ve bitki büyüme düzenleyicilerinin farklı kombinasyon ve konsantrasyonlarının kallus biyokütlesinin de farklı şekilde artış gösterdiği saptanmış ve ölçümler istatistiksel olarak verilmiştir.
Kolşisin alkaloidinin Vicia faba L. ve Allium cepa L. bitki türlerinin c-mitozu üzerine etkileri
Bu çalışmada kolşisin adlı alkaloidin farklı konsantrasyonlarda ve sürelerde Allium cepa L. ve Vicia faba L. bitki türleri üzerinde in vitro genotoksik etkileri araştırılmıştır. Genotoksik etkilerin belirlenmesinde kök ucu hücreleri testi kullanılmıştır. Deneme bitkilerinden Allium cepa soğanları suda köklendirilmiştir, Vicia faba bitkilerinin yetiştirilmesi ise bitki büyüme odasında kontrollü koşullar altında saksıda gerçekleştirilmiştir. Araştırma sırasında tüm denemeler iki tekrarlı yapılmıştır.