Klemantin mandarininde eşeysel uyuşmazlık mekanizmasının cDNA AFLP yöntemiyle araştırılması

Klemantin mandarinlerinde kendine uyuşmazlık mekanizmasında rol oynayan genleri tespit etmek amacıyla yapılan bu çalışmada cDNA AFLP yöntemi kullanılmıştır. Çalışmada kendine uyuşmaz olduğu bilinen `Algerian Tangerine Ranch Selection' Klemantin mandarinine ait pistillerin stigma ve stil kısımları bitkisel materyal olarak kullanılmıştır. İlk olarak Klemantin mandarinine ait balon aşamasındaki çiçekler toplanmış ve çiçeklere ait erkek organlar 1 gün oda sıcaklığında ışık altında bekletilmiştir. Tozlanma için kullanılmaya hazır hale gelen polenler ile kendilemeler yapılmış ve ilgili pistiller yabancı tozlanma ve zararlanmalara karşı keseler ile kapatılmıştır. Kendilemelerden sonra 1, 2, 3, 4, 5, 6, ve 7. günlere ait pistil örnekleri ve kendileme yapılmamış pistil örnekleri olmak üzere toplamda 8 farklı güne ait pistil örneklerinin stigma ve stil kısımlarından toplam RNA izolasyonları gerçekleştirilmiştir. Daha sonra bu RNA'lardan mRNA sentezi gerçekleştirilerek çift zincir cDNA sentezi yapılmıştır. Sentezlenen cDNA'lar, AFLP analizlerinde kullanılmıştır. cDNA-AFLP analizlerinde toplam 55 primer kombinasyonu denenmiş ve PCR ürünleri poliakrilamid jel içerisinde koşulmuştur. Jel üzerinde kendine uyuşmayan farklı seviyelerde ifadesi gerçekleşen DNA bant profilleri poliakrilamid jelden kesilmiş ve bu profillerin DNA dizi analizleri yapılmıştır. DNA dizileri elde edilen profillerin BLAST analizleri NCBI web sitesinde gerçekleştirilmiş ve kendine uyuşmazlık mekanizmasında rol oynayan olası aday genlerin varlığı tespit edilmiştir. Elde edilen aday genlere karşılık gelen proteinler ve bu proteinlerin fonksiyonları tartışılmıştır.