Klinik kaynaklı acinetobacter baumannii izolatlarında patotip- rezistotip-genotip kümelenmesi varlığının araştırılması

Deniz, İ. (2018). Klinik Kaynaklı Acinetobacter baumannii İzolatlarında Patotip- Rezistotip-Genotip Kümelenmesi Varlığının Araştırılması. Yeditepe Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Moleküler Tıp Anabilim Dalı, Yüksek Lisans Tezi, İstanbul. Acinetobacter baumannii, pnömoni, idrar yolu infeksiyonları, septisemi ve menenjit gibi ciddi hastalık tablolarından sorumlu, çoklu ilaç direnci gösteren, nonfermentatif, Gram-negatif bakteridir. Bu çalışmanın amacı, A. baumannii'nin, infeksiyözite (patotip), antimikrobiyal direnç fenotipi (rezistotip) ve genotip bakımından kümeleşme özelliklerini araştırmaktır. İstanbul biyocoğrafyasını temsil eden, sekiz ayrı hastaneden, A. baumannii'nin, Temmuz – Kasım 2015 tarihleri arasında toplanan izolatları çalışmaya katıldı. Yatan hastalardan izole edilen toplamda 36 A. baumannii bakteri izolatından oluşan örneklem kullanıldı. Örneklemin, tür düzeyinde bakteri tanımlaması ve antibiyotik duyarlılık testleri, sırasıyla MALDI-TOF-MS cihazı ve VITEK2 otomatize sistemlerinde, moleküler epidemiyolojik tiplendirme testleri ise otomatize DiversiLab rep-PCR sisteminde yapıldı. Sonuçların kategorik değişkenler arasındaki dağılım farkının analizi için, tek örneklem ki-kare testi ve yerine göre Fisher kesin olasılık testi kullanıldı. Patotip bakımından, 10'u (10/36, %27.7) enfeksiyonu etkeni ve 26'sı (26/36, %72.2) kolonizasyon olarak saptandı. Toplam 25 rezistotip saptandı. Karbapenemlere direnç, %88.8 (32/36) olarak bulundu. Toplamda sekiz genotip kümesi (GK01-GK08) saptandı. GK01 içinde, 30 izolat (%83.3'ü, 30/36) bulundu. GK01 içinde, dört genotip (G01-G04) saptandı. Enfeksiyon izolatlarının tamamı (10/10, %100) GK01 içinde bulundu. Toplam 11 genotip (G01-G11) saptandı. Genotipler arasında, G01'in (14/36, %38.8) baskın olduğu bulundu. Sonuç olarak, İstanbul ilinden elde edilen A. baumannii örneklemindeki GK01 genotip kümesi izolatlarının, enfeksiyon patotipi ile istatistik olarak anlamlı düzeyde ilişkili (p=0.021) olduğu bulundu. Örneklemde, "Patotip-Genotip Kümelenmesi" saptandı. "Rezistotip" çeşitliliğinin ise yüksek olduğu, kümelenme sergilemediği gösterildi. "Patotip-Rezistotip-Genotip" incelemeleri sonucunda, GZT hastanesinin çeşitliliği artırıcı ve yayıcı "kaynak", FSM ve HNH hastanelerinin "gider-karşılıklı", diğer hastanelerin ise "gider-kara delik" niteliklerinde olduğu değerlendirildi. Anahtar Kelimeler: Acinetobacter baumannii, rep-PCR tiplendirme, moleküler epidemiyolojik tiplendirme, kaynak-gider dinamiği