Klinik Pseudomonas aeruginosa'ya karşı bazı antibiyotiklerin in silico ve in vitro çalışması

Bu çalışmada çeşitli enfeksiyonlara yakalanmış 100 hastadan izole edilen örneklerin, VITEK BioMerieux dahil olmak üzere biyokimyasal ve kültürel testler sonrasında 89'unda Pseudomonas aeruginosa tanımlanmıştır. Buna ek olarak Pseudomonas aeruginosa'ya karşı antibakteriyel ajanlar olarak ticari antibiyotikler ele alınmıştır. Antibiyotiklerin tasarımı ve taslağı Silico'da hesaplama metodolojileri ile gerçekleştirilmiştir. Pseudomonas aeruginosa'nın DNA topoizomeraz enziminin 3 boyutlu (3D) yapı modeli, homoloji modelleme yöntemi ile hedef protein olarak oluşturulmuştur ve aktif bölge görselleştirilmiştir. Hedef proteinin aktif bölgesinin tüm 3D bilgilerinden beş antibiyotiği incelemek (siprofloksasin, seftazidim, gentamisin, amikasin ve penisilin) için yararlanılmıştır. Buna göre, siprofloksasin molekülünün hedef proteinin aktif bölgesi ile en yüksek bağlanma puanına (-53,1 kcal/mol) sahip olduğunu tespit edilmiştir. Bunun yanı sıra seftazidim bağlanma puanı -32,5 kcal/mol, gentamisinin bağlanma puanı -7,7 kcal/mol, Amikasin bağlanma puanı ise. -1,3 kcal/mol olarak bulunmuştur. Bu arada penisilin molekülü, hedef protein ile en düşük bağlanma skorunu 71,2 kcal/mol gösterilmiştir. Beş antibiyotikten sadece ikisi (siprofloksasin, seftazidim) 16 µg/mL konsantrasyonda en yüksek antibakteriyel aktivite seviyesini gösterirken, gentamisin ve amikasin 32 µg/mL konsantrasyonda orta derecede aktivite göstermiştir. Bileşik penisilin, klinik Pseudomonas aeruginosa'ya karşı hiçbir antibakteriyel aktivite göstermemiştir