Mycobacterium tuberculosis Protein Kinaz K'nın sinyal iletimindeki rolünün moleküler modelleme yaklaşımlarıyla araştırılması

Mycobacterium tuberculosis (Mtb) bakterisinin sebep olduğu tüberküloz zorlu ve ölümcül olabilen bir hastalık olmakla beraber tedavisi mümkündür. Kullanımda olan ilaçların 40 yıl üzerinde bir geçmişi olması, gelişen ilaç direnci ile birlikte sinyal iletim süreçlerinin ve mekanizmanın aydınlatılması yeni ilaç keşfi noktasında önemlidir. Bu çalışmada Mtb'deki ökaryotik benzeri 11 Ser/Thr kinazdan biri olan Protein Kinaz K (PknK)'ın sinyal iletimindeki yeri ve bu iletişimde VirS ile olan ilişkisini moleküler modelleme (moleküler yerleştirme ve moleküle dinamik) yaklaşımları ile araştırılması hedeflendi. Fosforlamanın PknK'nın konformasyonundaki rolleri ve bunun VirS ile moleküler tanımasına etkisi araştırıldı. Öncelikle PknK'nın ve virS proteinlerinin üç boyutlu yapıları homoloji modelleme yaklaşımı ile tasarlandı. Moleküler dinamik hesaplsmalar PknK'daki Thr179, Thr181, Ser187 artıklarının fosforilasyonu sonucu proteinin anlamlı konformayonel değişikliğe uğradığını gösterdi. Bu değişikliklerin VirS'nın tanınmasında önemli olabileceğini düşündürdü. Benzer bir şekilde moleküler dinamik hesaplamalar VirS'nın Ser252, Ser311, Thr327, Thr248 artıklarındaki fosforilasyonunun bu proteinde anlamlı konformasyonel değişikliklere neden olduğunu gösterdi. Bu değişikliklerinde VirS'nin MymA operonundaki DNA fragmentine bağlanmada önemli rol oynayacağı düşünüldü.