Mycobacterıum tuberculosİs protein kinaz g'nin sinyal iletimindeki rolünün moleküler modelleme yaklaşımlarıyla araştırılması

Mycobacterium Tuberculosis (Mtb)'nin neden olduğu tüberküloz hastalığı günümüzün en öldürücü hastalıklarından biridir. Dolayısıyla, bu bacteriye karşı ilaç tasarlamak stratejik bir hedeftir. Bu bacteri büyüme ve çoğalma gibi işlemlerinde sinyal iletim mekanizmasına başvurmakta olup bunun için başlıca 11 adet (A-K) okaryotik benzeri serin/treonin kinazlar kullanırlar. Bu kinazlarının rollerinin bilinmesi ve bunların hedef alınması önemli ilaç tasarım hedefleridir. Biz de bu çalışmada Mtb'sin sinyal iletiminde yer aldığı bilinen Protein Kinaz G (PknG)'nin bu sinyal iletimindeki rollünü bilgisayar destekli yaklaşımlarla araştırılmasını hedefledik. Bu kinazın mevuct x-ray yapısında eksik olan kısımlar model çalışmalarla tamamlandı ve ilgili treoninler fosforlanarak bunların proteinin konformasyonunda gösterdiği değişiklşikler gözlemlendi. Bu değişimlerin PknG'nin sübstratı olarak düşünülen glycogen accumulation regulator (GarA) ile yaptığı komplekslere etkisi araştırıldı. Sonuçlar PknG'nin fosforlandığı zaman anlamlı olarak konformasyonal değişikliğe uğradığını ve bunun GarA ile etkileşiminde önemli bir rol aldığını gösterdi. Bütün hesaplamalar AMBER (Assisted Model Building with Energy Refinement) paket programları kullanılarak yapılırken protein-protein etkileşimleri Z-DOCK vasıtasıyla yapıldı.