434
Archived Theses
0
DOIs Assigned
0%
DOI Rate
Discipline
HIV pozitif bireylerde Sanger dizileme ile ilaç direnci mutasyonlarının araştırılması
Amaç: Şanlıurfa'da tanı almış 132 naif HIV ile yaşayan bireyin demografik özellikleri, viral genetik çeşitliliği, ilaç direnci analizi ve immun belirteçlerin incelenmesini amaçlamaktadır. Gereç ve Yöntem: 2020-2024 yılları arasında Şanlıurfada HIV enfeksiyonu tanısı alan tedavi başlanmamış 132 hasta örneğinde ABI 3500xl Genetic Analyzer (Applied Biosystems, ABD) cihazında Sanger sekanslama gerçekleştirildi. CD4+ T lenfosit sayısının belirlenmesinde BD FACSLyric akım sitometri sistemi, HIV RNA düzeyinin belirlenmesinde ise ELITe BeGenius cihazı kullanılarak analizler gerçekleştirilmiştir. Hastaların demografik bilgileri hastane bilgi sisteminden geriye dönük olarak alınmıştır. Bulgular: Olası HIV bulaş yolu açısından, en yaygın yol %41,7 ile heteroseksüel bulaş olarak bildirirken, bunu %34,1 oranında diğer/bilinmeyen ve %24,2 oranında homoseksüel (MSM) bulaş takip etmiştir. Hastaların HIV RNA düzeyinin ortancası 62.059 kopya/mL (1-17.400.000), CD4 hücre sayısının ortancası 354 hücre/mm³ (9-1137) ve CD4/CD8 oranının ortancası 0,30 (0,01-0,91) olarak kaydedilmiştir. HIV alt tiplerinin dağılımında, %70,5'inde B alt tipi, %29,5'inde Non-B alt tipleri tespit edilmiştir. Non-B alt tipleri arasında en sık görülenler sırasıyla %35,8 oranında CRF56_cpx, %15,3 oranında A alt tipi, %10,3 oranında CRF29_BF alt tipi ve %7,6 oranında C alt tipidir. Hastaların %40,9'unda (n: 54) ilaç direnci mevcutken, %59,1'inde (n: 78) ilaç direnci bulunmamaktadır. ARV gruplarına göre direnç dağılımı incelendiğinde, %33,3'ü (n: 44) NNRTI, %5,3'ü (n: 7) NRTI ve %2,3'ü (n: 3) PI'a karşı dirençli bulunmuştur. Hastaların %64,4'ünde (n: 85) en az bir mutasyon mevcut olduğu görülmüştür. En sık saptanan mutasyonlar arasında %65,9'unda S68G (NRTI), %51,8'inde E138A (NNRTI), %8,2'inde M41L (NRTI), %8,2'sinde T215S (NRTI) ve %4,7'sinde V106I (NNRTI) olmuştur. HIV RNA düzeyi ile CD4+ T lenfosit sayısı arasında negatif yönlü, zayıf düzeyde, istatistiksel olarak anlamlı bir korelasyon bulunmuştur. HIV RNA düzeyi ortancası, bulaş yolu diğer/bilinmeyen grupta heteroseksüel ve homoseksüel bulaş yoluna göre anlamlı olarak daha yüksek bulunmuştur (p=0,03). Olası bulaş yolu ile cinsiyet arasında anlamlı bir ilişki bulunmuştur (p<0,001). Farklılık heteroseksüel bulaşa sahip olan gruptan kaynaklanmaktadır. B alt tipine sahip bireylerde anlamlı olarak daha fazla mutasyon saptanmıştır (p=0,01). Mutasyon varlığı/yokluğu ve ilaç direnci varlığı/yokluğu açısından HIV RNA düzeyleri, CD4 hücre sayıları ve CD4/CD8 ortancaları arasında anlamlı bir fark bulunmamıştır (p>0,05). Sonuç: Elde edilen bulgular, HIV enfeksiyonunun yerel epidemiyolojik durumu hakkında önemli bilgiler sağlamakta ve HIV enfeksiyonu tanısı konulan her hastada genotipik direnç testlerinin yapılmasının önemini vurgulamaktadır. HIV'in genetik çeşitliliği nedeniyle epidemiyolojik çalışmalarda primer ilaç direncinin daha dikkatli bir biçimde izlenmesi gerektiğini ve dirençli suşların yayılmasını önlemek için toplumda alınacak önlemlerin artırılması gerektiğini ortaya koymaktadır.
Aile sağlığı merkezine başvuran hastalarda helicobacter pylori sıklığı
Helicobacter pylori (H. pylori) infeksiyonu dünyada oldukça sık görülmektedir. H. pylori'nin görülme sıklığı, özellikle düşük sosyo-ekonomik durum, sağlık önlemlerinin yetersizliği, toplu yaşam koşulları ve su kaynaklarındaki sorunlarla ilişkili olarak artış göstermektedir. H. pylori ile infekte ve aşırı asit salgılanması olan kişiler mide ülseri, mide kanseri ve duodenum ülseri açısından büyük risk taşırlar. Özellikle mide kanseri açısından H. pylori tanısı konup antimikrobiyal tedavi ile eradike edilen hastalarda kanser riski büyük oranda azalmaktadır. Çalışmada H. pylori tespit edilen kişilerin Gastroenteroloji Kliniğine yönlendirilmesi ve ileri tetkikler uygulanması neticesinde, teşhisin kesinleştirilmesi ve erken teşhis konulması suretiyle, tedavi planına katkı sağlanması amaçlanmıştır. Van il merkezinde bulunan Aile Sağlığı Merkezimize başvuran hastalardan rastgele seçilen 189'u kadın, 129'u erkek, 17-83 yaş aralığındaki (yaş ortalaması 45.24) 318 kişi üzerinde yapılan bu çalışmamızda; girişimsel olmayan (non-invaziv) testlerden özgüllüğü %100, duyarlılığı %98.8, doğruluğu %98.9 olan gaita hızlı antijen kaset testi kullanıldı. Çalışma sonunda hastaların gastrik şikâyetlerinin olup/olmadığı, H. pylori mikrobuna etki eden ilaç kullanımının olup-olmadığı cinsiyet, yaş ve test sonucu bilgilerinin SPSS programı yardımı ile istatistik çalışması yapılarak sonuçlar değerlendirildi. Çalışmamızda 75'i(%58.1) kadın ve 54'ü (%41.9) erkek olmak üzere 129 (%40.6) kişinin dışkısında H. pylori pozitif olarak tespit edildi. Cinsiyetlerin kendi içindeki test sonucu pozitifliği oranı açısından; kadınların %39.7'sinde ve erkeklerin %41.9'unda H. pylori pozitif olarak tespit edildi. H. pylori pozitif olanların yaş aralığının 17-74 ve yaş ortalamasının 45.90 olduğu ve yaşın ilerlemesine paralel olarak H. pylori pozitifliğinin de artış gösterdiği, 17-25 yaş grubunda % 36.6, 26-45 yaş grubunda % 38.4, 46-65 yaş grubunda %43.3 ve 65-83 yaş grubunda ise %41.4 olduğu; bu durumda en yüksek oranın 46-65 yaş grubunda (%43.3) olduğu sonraki yaş gruplarında ise biraz azaldığı tespit edildi. Test sonucu pozitif olanların 91'inde (%70.5) gastrik şikâyetlerin olduğu gözlendi. H. pylori antijen pozitifliği oranının erkek ve kadınlarda birbirine yakın olması nedeniyle herhangi bir cins lehine H. pylori'ye yatkınlık durumundan söz edilemez. H. pylori her yaşta görülebilir ve yaş ilerlemesine paralel olarak artış gösterir. Ülkemizde yapılmış diğer çalışmalar ile kıyas edildiğinde bu çalışmamızda H. pylori pozitifliğinin düşük olması önemlidir. Gastrik şikâyeti olan kişilerde test pozitiflik oranı daha yüksektir. PPI kullanımının H. pylori eradikasyonu üzerinde etkisi açıktır. Toplumumuzda genel olarak ilaç kullanımı özelde de antimikrobiyal ve PPI (Proton Pompa İnhibitörü) grubu ilaç kullanımı çok yaygındır ve bu sebeple H. pylori'nin farkında olmadan istem dışı olarak tedavi edilmiş olması muhtemeldir.
Boğaz kültürlerinde üreyen A grubu beta hemolitik streptokokların yıllara göre sıklığının irdelenmesi
Streptokoklar tabiatta oldukça fazla görülen bakterilerdir. Bunlar canlılarda farklı irinli hastalıklara yol açarlar. Ülkemizde de streptokoklar ile ilgili yapılan çalışmalar ara ara görülen salgınlar nedeniyle sürekli gündemde olmuştur. AGBHS enfeksiyonlarının çocuklarda daha fazla görülmesi bu hastalıklarda etkin bir tedavi gereksinimini göstermiştir Bu çalışmada Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi Dursun Odabaşı Tıp Merkezi'ne 2012-2016 döneminde boğaz ağrısı ile başvuran hastaların, boğaz kültürlerinde üretilen AGBHS'ın yıllara göre sıklığının tespiti amaçlanmıştır. Hastalardan bakteriyolojik kültür ve tanımlama amacıyla orofarengeal sürüntü örnekleri alındı. Alınan bu örnekler %5 koyun kanlı ağar besiyerine ekildi. Aerobik koşullarda 18-24 saat 37°C de inkübasyondan sonra beta-hemoliz yapan kolonilerden yapılan Gram boyamada Gram pozitif, katalaz testi negatif koloniler beta-hemolitik streptokok olarak değerlendirildi. Çalışmaya dahil edilen 1820 hastanın boğaz kültürlerinde 211 AGBHS saptanmıştır. 1820 hastanın 1012'si erkek 808'i kadındır. Çalışmada 2012 yılında 44, 2013 yılında 60, 2014 yılında 37, 2015 yılında 50, 2016 yılında 20 hastanın boğaz kültüründe AGBHS saptanmıştır. AGBHS'lar çocuklarda önemli bir halk sağlığı sorunu olmakla birlikte tedavi edilmedikleri sürece ileride kendini çeşitli komplikasyonlarla gösterebilmektedir. Bu çalışmanın sonucuna göre AGBHS'ların oranı yıllara göre düşüş göstermektedir. Buda bize toplum sağlığı konusunda halkın bilinçlendiği ve ileri ve hızlı tanı testleri ile bu mikroorganizmanın kontrol altına etkili bir şekilde alınabildiğini göstermektedir. Anahtar Kelimeler: AGBHS, Boğaz Kültürü, Yıllara göre oran
Erişkin hastalarda Streptococcus pneumoniae taşıyıcılığının saptanması ve serogrupların belirlenmesi
Streptococcus pneumoniae (pnömokok) dünya çapında morbidite ve mortalitenin önemli bir nedenidir. Pnömokokal hastalıklardan korunmada KPA13 (13 bileşenli konjuge pnömokok aşısı)'ün kullanımının yaygınlaşması ile serotiplerin dağılımında kaymalar ve aşı dışı suşlarda artış gözlenmiştir. Bu sebeple İPH (invaziv pnömokok hastalığı) ve pnömokok taşıyıcılığının sürveyansının ve serotip izleminin sürdürülmesi ile mevcut aşıların kapsayıcılığının belirlenmesi, aşı etkinliğinin değerlendirilmesinde oldukça önemlidir. Bu çalışma ile hastanemiz polikliniklerine başvuran erişkin hastalarda Streptococcus pneumoniae taşıyıcılık oranı ile taşıyıcılığı etkileyen risk faktörlerinin belirlenmesi, saptanan suşların serogrup/serotip dağılımı, antibiyotik dirençleri ile pnömokokal aşıların bu serotipleri kapsama oranlarının ortaya konulması amaçlanmıştır. Şubat 2022-Ağustos 2022 tarihleri arasında Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi Dursun Odabaş Tıp Merkezi polikliniklerine başvuran 17-91 yaş arası 1004 erişkin hastadan orofarengeal sürüntü alındı. Alınan örneklerden konvansiyonel yöntemlerle pnömokok tanımlandı. Pnömokok taşıyıcılık oranı ile taşıyıcılık için risk faktörleri belirlendi. Latex aglütinasyon yöntemi kullanılarak izole edilen pnömokokların serogrupları/serotipleri belirlendi. Kirby-Bauer disk difüzyon metodu ve E-test metodu kullanılarak izole edilen pnömokok suşlarının antibiyotik dirençleri belirlendi. Çalışmaya katılan 1004 kişiden 27'sinde pnömokok izole edildi ve pnömokok taşıyıcılık oranı %2.68 olarak hesaplandı. Belirlenen risk faktörleriyle pnömokokal taşıyıcılık arasında anlamlı bir ilişki kurulamadı. Büyük bir oranla aşı dışı serogrup/serotipler (%56) saptandı. Serotip 3, 20, 14 ile serogrup 17, 11, 23, 15, 18 ve 9 saptanan serogrup/serotiplerdi. Serotip 3 en sık saptanan serotip olarak tespit edildi. Aşıların saptanan serogrup/serotipleri kapsama oranları hakkında net bilgi verilememekle birlikte;KPA13 ve KPA15 (15 bileşenli konjuge pnömokok aşısı)'in serotip kapsama oranları aynı olup %14,8-25,9 aralığında; KPA20 (20 bileşenli konjuge pnömokok aşısı) ve PPA23 (23 bileşenli polisakkarit pnömokok aşısı)'ün kapsama oranları ise sırasıyla %14,8-37 ve %18,5-44,4 aralığında saptanmıştır.Penisiline (menenjit) %80.9, trimetoprim-sulfametoksazole %38, tetrasikline %38, eritromisine %28.5, klindamisine %28.5, rifampine %4.7 oranında direnç saptandı. En yüksek direnç oranları penisilin (menenjit), trimetoprim-sulfametoksazol ve tetrasiklinde görüldü. MDR ( Multi Drug Rezistance) oranı %38 olarak bulundu. Makrolid direnci bulunan 5 (% 23.8) suşta cMLSB (yapısal Makrolid-Linkozamid Streptogramin B) fenotipi, 1 suşta (% 4.8) M (Makrolid) fenotipi direnç saptanmış olup iMLSB (indüklenebilir MLSB) fenotipi direnç saptanmadı. Bu çalışma, sınırlı bir bölgede, sınırlı bir grupta yapılmış olup nüfusun tamamını temsil etmeyebilir. Pnömokok taşıyıcılığı oranı yetişkinlerde yapılmış benzer çalışmalarda saptanan oranlarla uyumludur (%1 - %10). Taşıyıcılıkta belirlenen risk faktörleriyle anlamlı bir ilişki kurulmasa da aşı dışı serogrupların/serotiplerin ağırlıkta olması önemli bir bulgudur. KPA13 aşı kapsamımız düşük bulunmuş, aşı dışı suşlardaki bu artış ve yüksek antibiyotik direnç oranları daha geniş suş kapsamına sahip yeni aşılara olan ihtiyacı ortaya çıkarmaktadır. Ayrıca sonuçlarımız ülkemizde kullanımda olmayan yeni aşılardan KPA20'nin KPA13 ile karşılaştırıldığında daha geniş kapsama alanı sağlayabileceğini göstermiştir. Anahtar Kelimeler: Erişkin, Pnömokok Aşısı, Serotip, Streptococcus pneumoniae, Taşıyıcılık
Klebsiella pneumoniae izolatlarında kolistin direncinin farklı yöntemlerle belirlenerek MCR direnç genlerinin araştırılması
Tutan KN.Klebsiella pneumoniae izolatlarında kolistin direncinin farklı yöntemlerle belirlenerek mcr direnç genlerinin araştırılması. Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Tıpta Uzmanlık Tezi, Van, 2024. K.pneumoniae enfeksiyonlarında çoklu antibiyotik direncinin gelişmesi karbapenemlerin ilk seçenek olarak kullanılmasını yaygınlaştırmıştır. Kolistinin karbapenem dirençli K.pneumoniae'da tek seçenek tedavi olması ile birlikte kullanımı yaygınlaşmış ve kolistin direnci dünya çapında artmaya başlamıştır. Kolistin direnci, kromozomal mekanizmalar veya plazmid kaynaklı hareketli kolistin direnç genlerinden (mcr) kaynaklanabilmektedir. Çalışmamızda K.pneumoniae suşlarında; broth mikrodilüsyon, otomatize sistem, disk difüzyon, gradient test, disk elüsyon yöntemiyle kolistin direncinin belirlenmesi, PCR yöntemiyle mcr(1-10) direnç genlerininin tespit edilmesi ve suşlar arasındaki klonal ilişkinin ortaya konması amaçlanmıştır. Van YYÜ Dursun Odabaş Tıp Merkezi'ne başvuran hastalardan alınan çeşitli klinik örneklerden izole edilen kolistine duyarlı 45 ve dirençli 36 olmak üzere toplam 81 K.pneumoniae suşu çalışmaya dâhil edilmiştir. Suşların identifikasyonu ve diğer antibiyotiklere direnç durumları Phoenix M50 (Becton Dickinson, ABD) otomatize sistemi ile belirlenmiştir. Kolistin direnci için Otomatize sistem, Disk Elüsyon, Gradiyent test ve Disk Difüzyon yöntemleri referans yöntem olarak önerilen Broth Mikrodilüsyon Yöntemi ile karşılaştırılmıştır. K. pneumoniae suşları PCR yöntemi ile doğrulandıktan sonra tüm suşlarda plazmidle aktarılan mcr (1-10) genlerinin varlığı PCR yöntemiyle araştırılmıştır. Suşlar arası klonal ilişkinin belirlenmesi için ERIC primerleri kullanılmıştır. Antibiyotik duyarlılık testlerine göre; kolistine duyarlı suşların en duyarlı oldukları antibiyotikler; amikasin, gentamisin, levofloksasin ve siprofloksasin bulunurken kolistine dirençli saptanan suşların en duyarlı oldukları antibiyotikler; amikasin, gentamisin, trimetoprim-sülfometoksazol, levofloksasin ve imipenem olarak tespit edilmiştir. Kolistin direncini belirleme açısından otomatize sistemin duyarlılığı %72,2, özgüllüğü %100, doğruluk oranı %87 şeklinde bulunmuştur. Disk elüsyon 24-28. saatlik okumalarında duyarlılığı %66,7, özgüllüğü %100, doğruluk oranı % 85 şeklindedir. Disk elüsyon için önerilen 16-20. saatlerdeki oranlar daha düşük olarak tespit edilmiştir. Gradiyent test yönteminin duyarlılığı %5,6, özgüllüğü %100, doğruluk oranı % 58 olarak; Disk difüzyon yönteminin ise dirençlilik sınırı zon çapı 14 mm olarak alındığında; duyarlılığı %55, özgüllüğü %91, doğruluk oranı %75 şeklinde bulunmuştur. Kolistin direncinin plazmid aracılığıyla aktarıldığı mcr(1-10) direnç genlerine suşların hiçbirisinde saptanmamıştır. K. pneumoniae izolatları arasında 25 farklı genotip tespit edilmiş olup kümeleşme gösteren izolatlar 13 farklı küme içerisinde toplanmıştır. İzolatların 69'u herhangi bir küme içerisinde yer almakta olup, kümeleşme oranı %85.2 bulunmuştur. BMD referans yöntemi ile kolistin direncinin belirlendiği diğer yöntemlerin karşılaştırıldığında; duyarlılığı ve doğruluk oranı en yüksek yöntemin otomatize sistem olduğu bunu 24-28. Saatlerde okuması gerçekleştirilen disk elüsyon yönteminin takip ettiği görülmüştür. Kolistin direncinin plazmid aracılığıyla aktarıldığı mcr (1-10) direnç genleri 81 suşun hiçbirinde saptanmamıştır. Anahtar Kelimeler: K.pneumoniae, kolistin direnci, PCR, mcr genleri
Acinetobacter türlerinde kolistin direncinin belirlenmesi ve mcr direnç genlerinin araştırılması
Doğada oldukça yaygın bulunan Acinetobacter türleri birçok ortamda ve besinde yaşayabilen, sağlık sistemi ile ilişkilendirilen ve salgınlara yol açan ciddi bir patojendir. Acinetobacter spp. hastane enfeksiyonlarının en önemli etkenlerinden olup, hem hastane ortamında uzun süre kalabilmesi hem de antibiyotiklere hızlı direnç kazanabilmesi sebebiyle endişelere yol açmaktadır. Çoklu ilaca dirençli Acinetobacter spp. enfeksiyonlarının hızla yaygınlaşması kolistin kullanımını gündeme getirmiştir. Güncel çalışmalarda, Acinetobacter spp. izolatlarında, kolistine karşı artan direnç oranları dikkat çekmektedir. Kolistin direnci plazmid kaynaklı kolistin direnç (mcr) genleri ile ya da kromozomal olarak aktarılabilmektedir. Çalışmamızda Acinetobacter spp. İzolatlarında sıvı disk elüsyon ve broth mikrodilüsyon yöntemleri kullanılarak kolistin direncinin belirlenmesi ve PCR yöntemiyle mcr (1-5) direnç genlerininin saptanması amaçlanmıştır. Van YYÜ Dursun Odabaş Tıp Merkezi'ne başvuran hastalardan alınan çeşitli klinik örneklerden izole edilen 49 Acinetobacter spp. suşu çalışmaya dâhil edilmiştir. Suşların identifikasyonu ve diğer antibiyotiklere direnç durumları Phoenix M50 (Becton Dickinson, ABD) otomatize sistemi ile belirlenmiştir. Kolistin direnci için, Disk Elüsyon ve Broth Mikrodilüsyon Yöntemi ile çalışılarak sonuçlar karşılaştırılmıştır. 49 Acinetobacter spp. suşunda plazmidle aktarılan mcr (1-5) genlerinin varlığı PCR yöntemiyle araştırılmıştır. Sonuç olarak Acinetobacter spp. suşlarında, amikasin, gentamisin, levofloksasin, siprofloksasin, trimetoprim-sülfometoksazol, imipenem ve meropeneme direnç oranlarının yüksek olduğu tespit edilmiştir. Kolistin direnci referans yöntem olan broth mikrodilüsyon ile %12,2 olarak bulunmuştur. Sıvı disk elüsyon yöntemi ile suşların tamamı duyarlı buulunmuştur. Sıvı disk elüsyon yöntemi BMD ile kıyaslandığında kolistin direncini belirlemede başarısız olmuştur. Kolistin direncinin plazmid aracılığıyla aktarıldığı mcr (1-5) direnç genlerine 49 suşun hiçbirinde rastlanmamıştır.
Kan kültürlerinden izole edilen enterokoklarda virülans genleri ve biyofilm varlığının araştırılması
Enterokoklar, hem hastane hem de toplum kökenli enfeksiyonlarda önemli rol oynamaktadır. Virülans genleri ve biyofilm varlığı, hem antibiyotiklere karşı direnç kazanmalarını hem de konak dokulara yapışmalarını sağlayarak hastalıkların tedavisini zorlaştırmaktadır. Çalışmada, Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi Dursun Odabaş Tıp Merkezinde takip edilen hastaların kan kültürü örneklerinden izole edilen Enterokok suşlarında virulans genleri ve biyofilm varlığı araştırılmıştır. Bu doğrultuda, Vankomisine dirençli 15 enterokok, vankomisine duyarlı 15 E. faecium ve vankomisine duyarlı 15 E. faecalis olmak üzere toplam 45 suş çalışmaya dâhil edilmiştir. Suşların identifikasyonu ve antibiyotik dirençlerinin belirlenmesi için Phoenix M50 (Becton Dickinson, ABD) otomatize sistemi kullanılmıştır. VanA ve VanB direnç genleri ile birlikte asa1, gelE, cylA, hyl, esp virulans genleri polimeraz zincir reaksiyonuyla araştırılmıştır. biyofilm üretim düzeylerinin araştırılması için mikroplak yöntemi kullanılmıştır. Vankomisine dirençli 15 enterokok suşunda VanA geni %86,7 oranında saptanırken VanB geni saptanmamıştır. Tüm izolatlarda, Hyl, esp, efaA, gelE, asa1 ve cylA genleri sırasıyla; 34 (%76), 25 (%56), 14 (%31), 10 (%22), 10 (%22), 3 (%7) suşta tespit edilmiştir. 15 VRE suşunda esp (11, %73) ve hyl (9, %60) genleri tespit edilmiştir. Vankomisine duyarlı E. faecium suşlarında en sık esp (11, %73) ve hyl (10, %67) genleri; vankomisine duyarlı E. faecalis suşlarında ise en sık hyl (15,%100), efaA (13,%87), gelE (10,%67) ve asa1 (10,%67) genleri tespit edilmiştir. Virulans genlerin bulundurma oranı E. faecium suşlarında 1,4 (42/30) olarak; E. faecalis suşlarında ise 3,7 (55/15) olarak tespit edilmiştir. Biyofilm varlığı için yapılan absorbans ölçümlerine göre toplam 45 suşun 16'sında (%35,5) zayıf derece (I) biyofilm, 25'inde (%55,5) orta derece (II) biyofilm ve 4'ünde (%8,8) güçlü derece (III) biyofilm üretimi saptandı. Tür düzeyinde; E. faecalis suşlarında güçlü derece (III) biyofilm varlığı tespit edildi. Güçlü derece (III) biyofilm üreten dört suşunda E.faecalis olduğu ve vankomisine duyarlı E. faecium suşlarının çoğunluğunun da (13, %87) zayıf derece (I) biyofilm oluşturduğu belirlenmiştir. Sonuç olarak; biyofilm üretimi ve virülans faktörlerinin E. faecalis izolatlarında daha yüksek bulunduğu ancak E. faecium türlerinin antibiyotiklere daha dirençli olduğu saptanmıştır. E. faecalis, antibiyotiklere direnci nisbeten az olsa da virülans genleri ve biyofilm oluşturma özellikleriyle kan dolaşımı enfeksiyonlarında E. faecium ile birlikte dikkat edilmesi gerekmektedir.
Klinik örneklerden izole edilen Pseudomonas aeruginosa suşlarında virülans genlerinin araştırılması
Pseudomonas aeruginosa‟nın sahip olduğu geniĢ yelpazeli virülans faktörleri, metabolik esnekliği ve çoklu antibiyotiklere karĢı direnci, özellikle hastane kaynaklı enfeksiyonların tedavisini zorlaĢtırmaktadır. ÇalıĢmada, Van YYÜ Dursun OdabaĢ Tıp Merkezi Mikrobiyoloji Laboratuvarı‟na çeĢitli kliniklerden gönderilen hasta örneklerinden izole edilen P. aeruginosa suĢlarında virulans genleri araĢtırılmıĢtır. Bu çalıĢmada klinik örneklerden izole edilen 100 P. aeruginosa suĢunda 11 virülans geni araĢtırılmıĢtır. Klinik örneklerin koyun kanlı agar ve eosin metilen blue agar besiyerlerine ekimi yapılarak 24-48 saat aralığın da 37 ℃‟de inkübasyona bırakıldı. Bu süre sonunda üreme saptanan ve uygun koloni morfolojisine sahip gram negatif, oksidaz ve katalaz testi pozitif ekĢimsi üzüm kokulu örnekler Pseudomonas olarak değerlendirilmiĢtir. Daha sonra bu izolatlar BD Phoenix™ (Becton Dickinson, ABD) otomatize sistemi ile tanımlama ve antibiyotik duyarlılık testleri yapılmıĢtır. ÇalıĢmaya alınan suĢlar virülans genlerinin tespiti için steril boncuklu tüplerde -80 ℃‟ de saklanmıĢtır. Bakteri Genomik DNA Ġzolasyonu için HY-BAGDNA-100 (Türkiye) Bakteri Genomik DNA Ġzolasyon Kiti kullanıldı. P. aeruginosa suĢlarında Las R, Las I, LasA, LasB, Rhl I, Rhl R, Alg D, Exo S, Exo U, Exo T ve Exo Y genleri uygun primerler kullanılarak Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) yöntemiyle araĢtırılmıĢtır. Numunelerin %22'si solunum sekresyonu %14'ü idrar, %20‟si balgam, %11‟i yara, %8‟i kan ve %25‟i diğer steril vücut sıvılarından oluĢmuĢtur. ÇalıĢmaya alınan suĢların 65‟i (%65) erkek, 35‟i (%35) kadın hastalardan izole edilmiĢtir. SuĢların 92‟si (%92) yetiĢkin ve 8‟i (%8) çocuk hastalardan elde edilmiĢtir. Örneklerin 41‟i (%41) yoğun bakımlardan, 59‟u (%59) ise servislerden gelen hastalara aitti. Antibiyotik duyarlılık testlerinde; ceftazidime/avibactama %87,8, ciprofloxacine %60,6,‟si levofloxacine %58,7 ve ceftazidime %54,4 oranında direnç saptanmıĢtır. Kolistin ve tobramisin, sırasıyla %17,3 ve %12,5 ile en düĢük direnç oranlarına sahip antibiyotikler olmuĢtur. Virülans genlerinin tespit oranları sıklık sırasına göre; LasB %100, Las I %98, Alg D %98, Las R %97, Exo T %97, Rhl R %92, Exo Y %90, LasA %54, Exo U %53, Rhl I %41 ve Exo S %37 oranında tespit edilmiĢtir. Genlerin bu kadar yaygın görülmesi, bu suĢların yüksek patojenite potansiyeli taĢıdığını göstermektedir. Elde edilen sonuçlar, bölgemizdeki P. aeruginosa suĢlarının hem yüksek düzeyde virülans faktörleri taĢıdığını hem de çoklu antibiyotik direnci geliĢtirdiğini göstermektedir. Bu bulgular, enfeksiyon kontrol önlemlerinin güçlendirilmesi ve tedavi protokollerinin lokal direnç paternlerine göre güncellenmesi gerektiğini ortaya koymaktadır.
Kan kültürlerinden izole edilen Candida'ların tür düzeyinde tanımlanması ve antifungal duyarlılıklarının belirlenmesi
Candida'ların yol açtığı kan dolaşımı enfeksiyonları yüksek morbidite ve mortaliteyle seyretmektedir. Candida'ların tür düzeyinde doğru ve hızlı tanımlanarak antifungal duyarlılıklarının belirlenmesi, tedavinin doğru ve erken yapılmasına olanak sağlamaktadır. Çalışmamızda Van YYÜ Dursun Odabaş Tıp Merkezine başvuran hastalardan alınan kan kültür örneklerinden izole edilen Candida izolatlarının geleneksel yöntemler, otomatize sistemler ve PCR yöntemiyle tür düzeyinde tanımlanması ve standart yöntem olan broth mikrodilüsyon, gradient test ve disk difüzyon yöntemleriyle antifungal direnç profillerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Van YYÜ Dursun Odabaş Tıp Merkezi'ne başvuran hastalardan alınan kan kültür örneklerinden izole edilen 63 Candidaizolatı çalışmaya dahil edilmiştir. İzolatların identifikasyonu geleneksel yöntemlerden germ tüp ve CHROMagar Candida(RTA, Türkiye) ile; otomatize sistemlerden BD Phoenix M50 (Becton Dickonson, ABD)ve MALDI-TOF MS (Biomeriux, Fransa) ile ve moleküler yöntemlerden multipleks PCR ile yapılmıştır. Antifungal duyarlılık için Gradiyent Test ve Disk Difüzyon yöntemleri referans yöntem olarak önerilen Broth Mikrodilüsyon Yöntemi ile karşılaştırılmıştır. Toplam 32 suş, germ tüp testinde pozitiflik vermiş ve C. albicansolarak tanımlanmıştır. Sekiz izolatta yalancı germ tüp pozitifliği bulunmuş ve diğer izolatlar germ tüp negatif olarak tespit edilmiş ve non-albicans Candida olarak belirlenmiştir. CHROMagar Candida besiyerinde yaygın olarak görülen 59 suş tür düzeyinde belirlenirken dört suş tür düzeyinde tanımlanamamış, Candida spp. olarakrapor edilmiştir.Multipleks PCR ile C. albicans olarak saptanan bir suş CHROMagar Candida besiyeri ile C. tropicalis olarak adlandırılmıştır. Türe spesifik primerlerin kullanıldığı multipleks PCR yönteminde 32 suş C. albicans, 11 suş C. parapsilosis, sekiz suş C. tropicalis, yedi suş C. glabrata, üç suş C. kefyr, bir suş C. lusitaniae ve bir suş C. krusei olarak tanımlanmıştır. Phoenix M50 otomatize sistemi 63 suşun 61'ini multipleks PCR'la uyumlu bir şekilde tanımlamış; multipleks PCR yöntemiyle C. tropicalis olarak saptanan bir suş BD Phoenix M50 ile S.cereviseae ve C. albicans olarak tanımlanan bir suş da C. parapsilosis olarak tanımlanmıştır. MALDI-TOF MS otomatize sistemi 63 suşun 60'ını multipleks PCR'la uyumlu bir şekilde tanımlamış; multipleks PCR yöntemiyle C.albicans olarak tespit edilen üç ayrı suşuC.kefyr,C.tropicalis veC. lusitaniaeolarak tanımlamıştır. Antifungal duyarlılık testlerine göre; broth mikrodilüsyon yöntemine göre EUCAST'e göre sınır değerleri belli olan tüm izolatlar amfoterisin B'ye duyarlı bulunmuştur. Bir C.albicans, iki C.parapsilosis ve tüm C. glabrata izolatları flukonazole orta duyarlı; kalan izolatlar duyarlı bulunmuştur. Dirençli bir C. albicans suşu hariç tüm izolatlar vorikonazole duyarlı bulunmuştur. C. albicans izolatlarının 15'inde ve C. parapsilosis izolatlarının altısında mikafungin dirençli, tüm C. glabrata suşları duyarlı bulunmuştur. Disk difüzyon yönteminde Amfoterisin B için bulunan zon çapları 10-20 mm arasında değişmekteydi. Vorikonazol için disk difüzyon ve broth mikrodilüsyon yöntemleri arasındaki uyum C. parapsilosis için %90,9 iken C. albicans ve C. tropicalis için %100 olarak bulunmuştur. Flukonazol için iki yöntem arasındaki uyum C. parapsilosis için %81,8 iken C. albicans için %96,8, C. tropicalis için %100,C. glabrata için %42,8 olarak bulunmuştur. Gradient test amfoterisin B içinbroth mikrodilüsyon yöntemiyle %100 uyumlu bulunmuştur. Flukonazol için iki yöntem arasındaki uyum C. albicans için %56, C. parapsilosis için %36, C. tropicalis için %75 ve C. glabrata için %100 olarak bulunmuştur. Vorikonazol için iki yöntem arasındaki uyum C. albicans için %25, C. parapsilosis için %73, C. tropicalis için %62 olarak bulunmuştur.Gradient test mikafungin için, değerlendirilebilen tüm izolatlarda duyarlı bulunmuştur. Mikafungin için iki yöntem arasındaki uyum C. albicans için %50, C. parapsilosis için %45 ve C. glabrata için %100 olarak bulunmuştur. Geleneksel yöntemler ve otomatize sistemlerle Candida türleri yüksek oranda doğru tanımlanmış; multipleks PCR yöntemiyle karşılaştırıldığında,en yüksek uyumluluk oranı BD Phoenix otomatize sistemiyle elde edilmiştir. Bunu MALDI-TOF MS otomatize sistemi takip etmiştir. Antifungal direncini tespit etmede disk difüzyon yöntemi, broth mikrodilüsyona alternatif bir yöntem olarak belirlenmiştir. Gradient test yöntemi amfoterisin B için güvenli bulunmuştur.
Bakteriyemi tanısında hızlı identifikasyon ve duyarlılık test yöntemlerinin değerlendirilmesi
Kan dolaşımı enfeksiyonları, özellikle hastane ortamında ciddi morbidite ve mortaliteye yol açan kritik bir sorundur. Sepsisli hastalarda hayatta kalma şansını artırmak için tedaviye ideal olarak ilk saat içinde başlanması gerekirken, geleneksel kültür yöntemleri hedefe yönelik tedaviyi 48-72 saat geciktirmektedir. Bu çalışmanın amacı, bu hayati tanısal gecikmeyi aşmak için geliştirilen multipleks PCR (hızlı etken tanısı) ve Hızlı Antimikrobiyal Duyarlılık Testi (HADT) yöntemlerinin laboratuvar performansını, mevcut rutin uygulamalarla karşılaştırarak değerlendirmektir. Bu çalışma, Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı'nda 01.09.2024–31.05.2025 tarihleri arasında pozitif üreme sinyali saptanan 50 farklı hastanın kan kültüründen elde edilen 50 izolat ile yürütülmüştür. Pozitif kan kültür şişeleri gram boyama ile ön sonuç raporlaması için incelenmiş, eş zamanlı olarak katı besiyerlerine ekim yapılmıştır. İzolatların tür tanımlaması otomatize sistem (Phoenix M50) kullanılarak ve antibiyotik duyarlılık testleri ise disk difüzyon yöntemi kullanılarak yapılmıştır. Etkenlerin ve direnç genlerinin tespiti için multipleks PCR (Bio-Speedy Sepsis qPCR MX-30L Panel) yöntemi de kullanılmıştır. HADT yöntemi, pozitif kan kültürü şişesinden doğrudan 125±25 µl seyreltilmemiş kan alınarak Mueller Hinton agar plağına inokülasyon yapılması ve 4, 6, 8 ve 16-20 saatlerde EUCAST HADT sınır değerleri dikkate alınarak sonuçların okunması ilkesine dayanmıştır. Referans yöntem olarak disk difüzyon yöntemi kullanılmıştır. İncelenen 50 izolatın dağılımında en sık rastlanan türler Staphylococcus aureus n: 15 (%30), Klebsiella pneumoniae n: 11 (%22) ve Pseudomonas aeruginosa n:11 (%22) olmuştur. Otomatize sistem (cins ve tür tanımlaması için) ve disk difüzyon yöntemi (direnç profili için) referans yöntem kabul edilerek PCR sonuçları ile karşılaştırıldığında; çalışılan 50 izolatın 49'unda (%98) cins, 46'sında (%92) tür ve 43'ünde (%86) direnç geni düzeyinde tutarlılık saptanmıştır. Toplamda 40 izolat (%80) tüm parametrelerde tam uyum gösterirken, 10 izolatta (%20) kısmi uyum gözlenmiştir. HADT sonuçlarında, disklerin okunabilirlik oranları inkübasyon süresi ile artmış; 4. saatte %86,90, 6. ve 8. saatlerde %96,89 ve 16-20. saatte %100 olarak saptanmıştır. Yöntemin kategorik uyum oranları tüm saatlerde yüksek bulunmuştur: 4. saatte %96,86, 6. saatte %96,24, 8. saatte %96,97 ve 16-20. saatte %98,43 olarak bulunmuştur. Çalışmada 4., 6., 8. ve 16-20. saatlerde saptanan çok büyük hata oranları sırasıyla %0,63, %0,39, %0,72, %0,71 olarak, büyük hata oranları sırasıyla %5,79, %7,48, %3,33, %1,42 olarak, küçük hata oranları ise sırasıyla %0,00, %0,23, %0,46, %0,22 olarak bulunmuştur. Multipleks PCR (hızlı tanı) ve HADT'nin birlikte kullanımı, antibiyogram süresini 32-48 saat kısaltarak hedefe yönelik tedaviye geçişi hızlandırmaktadır. EUCAST HADT sınır değerlerinin nihai sonuçlarla yüksek uyum göstermesi, bu erken değerlendirmenin güvenilir olduğunu kanıtlamıştır. Bu yaklaşım, hasta morbidite/mortalitesini azaltma ve antimikrobiyal direnci kontrol altına almada kritik bir potansiyele sahiptir. Anahtar kelimeler: Hızlı Antimikrobiyal Duyarlılık Testi (HADT), bakteriyemi, Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR)
Klinik candida ve aspergillus suşlarının antifungal duyarlılık profillerinin matriks ile desteklenmiş lazer desorpsiyon/iyonizasyon uçuş zamanı kütle spektrometresi ("MALDİ-TOF MS") yöntemi ile değerlendirilmesi
Dirençli Candida ve Aspergillus türlerinin neden olduğu invaziv mantar enfeksiyonları küresel bir halk sağlığı sorunudur. Antifungallere direncin giderek arttığı göz önüne alındığında antifungal duyarlılık testi (AFDT) giderek daha önemli hale gelmekte ve hızlı sonuç veren yöntemlere ihtiyaç duyulmaktadır. Bu çalışmada, Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikoloji Laboratuvarı'nda hasta örneklerinden izole edilen Candida ve Aspergillus suşlarının tedavide sıklıkla kullanılan azol ve ekinokandin grubu antifungal ilaçlara duyarlılıklarının MALDI-TOF MS yöntemi ile saptanarak elde edilen sonuçların EUCAST referans sıvı mikrodilüsyon yöntemi sonuçları ile karşılaştırılması ve böylece, MALDI-TOF MS yönteminin in vitro antifungal duyarlılık profillerinin saptanmasındaki doğruluğunun ve tekrarlanabilirliğinin tespit edilmesi amaçlanmıştır. 40 Candida glabrata izolatının anidulafungin ve flukonazol, 40 Candida albicans ve 40 Candida parapsilosis izolatının flukonazol, 4 Aspergillus fumigatus izolatının vorikonazol duyarlılıkları test edilmiştir. Candida izolatları "yüksek" ve "sınır değer" olarak iki farklı antifungal konsantrasyonunda ve ilaçsız kontrolde 3 saat inkübe edilmiştir (Anidulafungin: 16, 0.06, 0 mg/L; Flukonazol: 256, 16, 0 mg/L). A. fumigatus izolatları seri vorikonazol konsantrasyonlarında (32-0.03 mg/L) ve ilaçsız kontrolde 15 saat inkübe edilmiştir. Bu konsantrasyonlardan elde edilen MALDI-TOF MS spektrumları ile her izolat için ayrı bileşik korelasyon indeksi (CCI) matrisi oluşturulmuştur. Candida türleri için sınır değerdeki ve en yüksek ilaç konsantrasyonundaki spektrumların korelasyonundan elde edilen CCI değeri ortalaması, sınır değer ve ilaçsız kontrolden elde edilen CCI değeri ortalamasından yüksek olduğunda, suş ilaca duyarlı olarak sınıflandırılmıştır. A. fumigatus için maksimum vorikonazol konsantrasyonu spektrumuyla olan benzerliği, ilaçsız kontrol spektrumuyla benzerliğinden fazla olan ilk spektrumun ilaç konsantrasyonu minimum profili değiştiren konsantrasyon (MPCC) olarak belirlenmiştir. Sınıflandırmalar EUCAST sıvı mikrodilüsyon yöntemine göre elde edilen minimum inhibitör konsantrasyonların duyarlı veya dirençli sınıflandırmalarıyla karşılaştırılmıştır. Genel olarak MS-AFDT ve EUCAST AFDT arasındaki uyum %60 ila %85 arasında değişmiştir ve en yüksek oranda C. glabrata için anidulafungine karşı olmuştur. MS-AFDT testinin tekrarlanabilirliği %45 ila %75 arasında değişmiştir ve C. parapsilosis flukonazol duyarlılık testi en tutarlıdır. 4 A. fumigatus suşu için uyum ve tekrarlanabilirlik tam olarak bulunmuştur. Sonuçlar, daha ileri çalışmalarla metodolojinin iyileştirilmesi ve testin tekrarlanabilirliğinin geliştirilmesiyle birlikte MALDI-TOF MS'nin Candida ve Aspergillus türlerinde tanımlama ve antifungal duyarlılık sınıflaması için aynı anda kullanılabileceğini göstermektedir.
Covıd-19 aşıları otoimmüniteyi tetikliyor mu? farklı aşılanma paternlerinde ANA, ANNA ve anti-CCP düzeyleri
Amaç: COVID-19 enfeksiyonu sonrası birçok otoimmün olay bildirilmiştir. COVID-19 aşıları sonrası da otoimmünitenin tetiklenme olasılığı tartışılmaya başlanmıştır. Çalışmamızda COVID-19 aşıları ile otoimmünite gelişimi arasındaki ilişkiyi araştırmayı amaçladık. Gereç ve Yöntem: Farklı paternlerde COVID-19 aşısı olmuş veya enfeksiyon geçirmiş 376 hastanın 14-28 gün içinde serum örnekleri toplandı. Bu serumlarda ANA/AMA IIFA yöntemi ile semikantitatif olarak, AMA-M2/Anti CCP ELISA yöntemi ile kantitatif olarak araştırılmıştır. Bulgular: COVID-19 geçmişi pozitif/negatif gruplar arasında ANA pozitifliği bakımından anlamlı farklılık saptanmamıştır. COVID-19 geçirmemiş olgularda >3 doz aşı olanlarda ≤3 olanlara göre ANA pozitifliği anlamlı yüksek saptanmıştır(p=0,021). Tüm aşı grupları arasında ANA pozitifliği, 2CV+4BNT grubunda diğer gruplara göre hem univaryant hem de multivaryant analizde ileri derece anlamlı yüksek saptanmıştır(p=0,001, OR:5,49). 2CV+3BNT grubu ise multivaryant analizde diğer gruplara göre anlamlı yükseklik göstermiştir(p=0,027, OR:2,66). ANA pozitifliği toplamda cinsiyete göre anlamlı farklılık göstermezken, 50 yaş ve üstü grupta anlamlı olarak yüksek saptanmıştır(p=0,008). COVID-19 geçirmeyen kadın grupta, >3 aşı olanlarda ≤3 olanlara göre anlamlı ANA yüksekliği saptanmıştır(p=0,029). Yine COVID-19 geçiren 50 yaş ve üstü grupta, >3 aşı olanlarda ≤3 olanlara göre anlamlı ANA yüksekliği saptanmıştır(p=0,01). Ayrıca COVID-19 geçiren ve >3 aşı olanlarda, 50 yaş ve üstünde 50 yaş altındakilere göre anlamlı pozitiflik saptanmıştır(p=0,005). Diğer parametrelerimizde düşük pozitiflikler sebebiyle istatistiki hesaplamalar yapılamamıştır. Sonuç: COVID-19 öyküsü ANA pozitifliğini etkilemezken artan aşı dozlarında ANA pozitifliğinde yükseklik saptanmaktadır. Verilerimiz artan dozlarda COVID-19 aşıları ile olası otoimmünite ilişkisinin var olabileceğini düşündürmektedir.
KPF-6 olarak isimlendirdiğimiz klebsiella pneumoniae'ye etkili bakteriyofajımızın kan kültürlerinde üreyen klebsiella türleri üzerine etkinliğinin araştırılması
Enterobacteriaceae ailesinin üyesi olan Klebsiella türleri, toplum ve hastane kaynaklı enfeksiyonlara neden olan bir patojendir. Kullanımdaki çoğu antibakteriyel ajana karşı hızlı direnç geliştirme yetenekleri ile antibiyotiklerle elde edilen sağlık yararlarını tehdit etmektedir. Bu nedenle alternatif tedavi yöntemlerine ihtiyaç duyulmaktadır. Bakteriyofaj tedavisi, antibiyotiklere alternatif olarak dirençli-bakterilerle oluşan enfeksiyonları hafifletme potansiyeline sahiptir. Fajlar hedef aldığı bakteriyi enfekte ederek öldüren virüslerdir. Çalışmamızda, önceki bir araştırmada atık sudan çok-ilaca-dirençli K.pneumoniae'ye özgü izole edilmiş ve KPF-6 olarak isimlendirilmiş bakteriyofajın, kan kültürü örneklerinde üremiş ve koleksiyona kaldırılmış olan 48 K. pneumoniae ve 52 Klebsiella spp. olmak üzere toplam 100 Klebsiella izolatlarına etkinliğinin araştırılması amaçlanmıştır. Bu amaç için Spot test yöntemi kullanılmıştır. Klebsiella izolatlarımızda karbapenemler için direnç oranı ortalama %67 ve sefalosporinler için ise ortalama %84'idi. Bu oranlar karbapenemlere direnç-K.pneumoniae izolatlarımızda ortalama %89,58 ve Klebsiella spp. izolatlarımızda ise, ortalama %46,15'idi. Sefalosporinlere dirençli-K.pneumoniae için ortalama %93.75, Klebsiella spp.'de ortalama %75'idi. İzolatlarımız diğer test edilen aminoglikozitler, trimetoprim-sulfametoksazol ve siprofloksasin için de yüksek direnç oranlarına sahipti. KPF-6 fajı, Klebsiella izolatlarına %74 oranında etkili bulundu. Etkinlik oranları K. pneumoniae ve Klebsiella spp. izolatları için ise sırasıyla %79,16 ve %69,23 olarak tespit edildi. Bu oran Karbapenem dirençliler için %71,6 olarak bulundu. Faj etkinliği karbapenem dirençli K. pneumoniae izolatlarında %68,75 ve Klebsiella spp. izolatlarında %31,25'idi. Sefalosporinlere dirençli Klebsiella izolatlarının %69,4'ne KPF-6 fajı etkili bulundu. Bu oran, sefalosporin dirençli K. pneumoniae izolatlarında %60,34 ve Klebsiella spp. izolatlarında %39,65 olarak tespit edildi. KPF-6 fajı, Klebsiella izolatlarının %26'sına etkisiz kaldı. Faj etkisiz karbapenem dirençli izolatların 9'u (%47,36) K. pneumoniae, 10'u (%%52,63) Klebsiella spp.'idi. K. pneumoniae suşunun çoklu-ilaca-dirençli klinik izolatlarını hedef alan yeni bir faj olan KPF-6'nın yüksek litik aktiviteye sahip olduğunu ve tedavi potansiyeli olabileceğini belirledik. Diğer çoklu-ilaca-dirençli K. pneumoniae gibi zorlu patojenlerin neden olduğu enfeksiyonlarla mücadelede bir alternatif tedavi stratejisi olarak umut verici bir yol sunmaktadır.
Hirudo verbana salgısının antimikrobiyal etkisinin araştırılması
Giriş: Antibiyotik direncinin küresel bir sağlık sorunu haline gelmesi, yeni antimikrobiyal ajanlara olan ihtiyacı artırmıştır. Doğal kaynaklardan elde edilen antimikrobiyal bileşikler, bu konuda umut verici bir alternatif olarak öne çıkmaktadır. Sülük salgıları, çeşitli biyoaktif bileşikler içeren ve potansiyel antimikrobiyal aktiviteye sahip doğal bir kaynak olarak bilinmektedir. Ancak, farklı sülük türlerinin salgılarının antimikrobiyal spektrumu ve etki mekanizmaları tam olarak aydınlatılmamıştır. Bu çalışmada, Türkiye'de yaygın olarak bulunan Hirudo verbana türünün salgılarının, hastane kökenli bakteri ve mantar suşlarına karşı antimikrobiyal aktivitesini belirlemek amaçlanmıştır. Yöntemler: Hirudo verbana sülüklerinden L-Arginin solüsyonu emdirme yöntemi kullanılarak elde edilen salgılar, toplanmıştır. Disk difüzyon yöntemi ile Escherichia coli, Staphylococcus aureus gibi yaygın patojenlerin yanı sıra, yerel izolatlar olan Morganella morganii ve Enterobacter cloacae gibi bakteriler ile Candida albicans mantarına karşı antimikrobiyal aktiviteleri test edilmiştir. İnkübasyon sonrası oluşan inhibisyon zonları ölçülerek değerlendirilmiştir. Bulgular: Sülük salgısının, test edilen bazı bakteri suşlarında belirgin bir inhibisyon zonu oluşturarak antimikrobiyal aktivite gösterdiği gözlemlenmiştir. Özellikle, E. coli ve S. aureus'a karşı en yüksek inhibisyon zonları elde edilmiştir. Ancak, C. albicans mantarına karşı belirgin bir antimikrobiyal etki gözlemlenmemiştir. Tartışma: Elde edilen bulgular, Hirudo verbana sülüklerinin salgılarının, bazı bakteri suşlarına karşı potansiyel bir antimikrobiyal etkiye sahip olduğunu göstermektedir. Bu sonuçlar, sülük salgılarının, yeni nesil antimikrobiyal ajanların geliştirilmesinde kullanılabilecek doğal bir kaynak olabileceği ihtimalini güçlendirmektedir. Ancak, sülük salgılarının antimikrobiyal aktivitesinden sorumlu bileşiklerin belirlenmesi ve etki mekanizmalarının aydınlatılması için daha fazla çalışmaya ihtiyaç vardır. Sonuç: Bu çalışma, Hirudo verbana sülüklerinin salgılarının antimikrobiyal potansiyelini ortaya koyan ön bulgular sunmaktadır. Gelecekte yapılacak çalışmalarla, sülük salgılarının farklı bakteri ve mantar türlerine karşı spektrumu genişletilebilir, etki mekanizmaları aydınlatılabilir ve klinik potansiyeli değerlendirilebilir. Ayrıca, sülük salgılarının diğer biyolojik aktiviteleri de araştırılarak, bu doğal kaynağın farklı alanlarda kullanımı için yeni perspektifler elde edilebilir.
Kistik fibrozlu hastaların solunum yolu etkenlerinin araştırılması
Kistik fibrozis (KF) beyaz ırkta en çok görülen, otozomal resesif kalıtım gösteren genetik bir hastalıktır. KF hastalarında mortalitenin en önemli nedeni, sık görülen akciğer enfeksiyonlarıdır. Mukozadaki genetik bir bozukluk, farklı mikroorganizmaların öncelikle üst solunum yolunda, ardından alt solunum yolunda kolonize olmasına yol açar. Bu çalışma da 100 hasta örneği ile çalışılmış, bunlardan 19 hastanın örneğinden ya hiç bakteri üremedi ya da sadece flora bakterileri üredi. Bu KF'li hastaların 54'ü (%54) kadın, 46'sı (%46) erkekti. Kadın/Erkek oranları 1,17'dır. Çalışmamızda bakteriyel solunum yolu patojenleri saptandı. Bu patojenlerin antibiyotik duyarlılık testleri yapıldı. Çalışmaya aldığımız örneklerden 68'i balgam örneği, 32'i ise transtrakeal aspirasyon örneği olarak kabul edildi. Pozitif bakteri kültürlerinden %49,38 S.aureus, %32,09 P.aeruginosa, %16,04 Moraxella, %6,17 S.pneumoniae, %1,23 B.cepacia, %1,23 E.coli, %7,40 H.influenzae, %4,93 Corynebacterium ve %1,23 Klebsiella pneumoniae üredi. Çalışmamızda en çok S.aureus ve P.aeruginosa izole edildi. S. aureus izolatlarından 13'ü MRSA olarak saptanmıştır. Burada en yüksek direnç oranı eritromisine (%50) karşı bulunmuştur. P. aeruginosa izolatlarında ise en etkili antibiyotik meropenem olduğu görüldü. İzole edilmiş P. aeruginosa suşlarından 10 izolatın mukoid yapıda olduğu saptandı. S. aureus ve P.aeruginosa'da ele alınan 2 yaş grubunda antibiyotikler arasında anlamlı bir ilişki olup olmadığını belirlemek için Pearson Ki-kare testi kullanıldı. Bu testte p-değeri 0.05'in altında olduğu zaman sonuç anlamlı kabul edilir. P.aeruginosa'da tüm veri gruplarında p-değerleri 0.05'in üzerinde bulunduğu için anlamsız bir ilişki olduğu görüldü. S.aureus için ise Pearson Ki-kare testi sonuçlarına baktığımızda P.aeruginosa'dan farklı olarak eritromisin ve ciprofloksasin antibiyotiklerinde anlamlı sonuçlar elde edilmiştir. Bu hastalar, genellikle çoklu ilaç dirençli ya da tüm ilaçlara dirençli P. aeruginosa suşlarıyla enfektedirler. Bu problemler nedeniyle, bakteriyofaj tedavisi gibi alternatif tedavi yöntemlerine yönelme eğilimi artmıştır. Bu çalışmadaki KF'li hastalardan izole edilen P.aeruginosa suşlarından 2 adet faj izolasyonu gerçekleştirildi. İzole edilen fajların genom analizi yapıldı. Fajlara ait filogenetik ağaçlar ve genom haritaları çıkarıldı.
Klinik örneklerden üretilen anaerop bakterilerde antibiyotiklere direnç genlerinin araştırılması
Anaerop bakterilen klinik örneklerden izolasyonu, tanımlanması ve antibiyotik direnç profillerinin belirlenmesi zor ve zahmetlidir. Bu nedenle klinikte ampirik tedavi uygulanmaktadır. Bu durum, anaerop bakteriler arasında artan antimikrobial direncin en önemli nedenlerinden biridir. Çalışmamızda klinik örneklerden izole edilen anaerop bakterilerin Sanger sekans ile tanımlanması ve beta-laktamaz (cepA) oluşumundan metronidazol (nim), karbapenem (cfxA) ve klindamisin (ermF) direncinden sorumlu direnç genlerinin araştırılması amaçlanmıştır. Haziran-Kasım 2024 tarihleri arasında, Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Hastanesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarına gönderilen, doku parçası, dren sıvıları, vücut sıvıları ve abse cerahatlerinden anaerop kültürler yapıldı. Kültür sonucunda anaerop olduğu saptanan 50 izolat 16S rRNA gen bölgesine göre Sanger sekans yöntemi ile dizileme yapılarak tanımlandı. Beta-laktamaz oluşumu, metronidazol, karbapenem ve klindamisin direnci , sırasıyla cepA, nim, cfxA ve ermF genleri araştırılarak Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu (RT-PCR) yöntemi ile saptandı. Üretrilen anaerop bakterilerin %64'ü gram pozitif, % 36'sı gram nagatiftir. Gram pozitif bakterilerden %40'ı kok (5 Peptoniphilus spp., 8 P.anaerobius, 7 F.magna), %24'ü ise çomaktır.(3 Actinomyces spp., 2 Schaalia odontolytica , 3 Schaalia turicensis, 4 Bifidobacterium spp.) . Gram negatif bakterilerden % 28'i çomak (2 F.nucleatum, 10 B. fragilis, 2 P. melaninogenica), %8'i ise kok şeklindedir (1 Veillonella spp, 3 V. parvula). nim,cfiA ve cfxA genleri hiç bir izolatta saptanmamıştır. cepA geni 6 B.fragilis, ermf geni ise 1 Veillonella spp, 2 F.nucleatum ,1 P. meloninogenica, 3 Peptoniphilus spp, 1Actinomyces spp. ve 1 Schaalia turicensis izolatında saptanmıştır. Sonuç olarak, hem gram negatif hem de gram pozitif anaeroplarda klindamisin direncinin (ermF) yüksek olduğunu, beta laktamaz oluşumunun (cepA) yalnızca B.fragilis ile sınırlı kaldığını saptadık. Klinik örneklerde enfeksiyon etkeni olabilecek üretimi güç ve maliyetli bakteri cins ve türlerinin dizileme yöntemleri ile daha kapsamlı ve doğru tanımlanabileceği, bunun da enfeksiyonların epidemiyolojisine ışık tutacağı kanaatindeyiz.
Klinik anlamlı örneklerden elde edilen Klebsıella pneumonıae izolatlarında fosfomisin direncinin incelenmesi ve fosfomisinin amikasin, meropenem, colistin ile kombinasyonlarının antibakteriyel sinerjistik etkinliğinin araştırılması
Amaç: Küresel ölçekte hızla artan antibiyotik direncinin merkezinde yer alan Gram-negatif bakterilerden Klebsiella pneumoniae, özellikle yoğun bakım üniteleri ve hastane kaynaklı enfeksiyonlarda yüksek mortalite oranları ile çoklu ilaç direnci ya da pan-rezistan profil sergileyerek tedavi seçeneklerini büyük ölçüde sınırlamaktadır. Bu tez çalışması, karbapeneme dirençli Klebsiella pneumoniae izolatlarında fosfomisin ile amikasin, meropenem ve kolistin kombinasyonlarının olası sinerjik etkilerini değerlendirmeyi amaçlamaktadır. Elde edilecek veriler, dirençli patojenlere karşı etkili yeni tedavi stratejilerinin geliştirilmesine katkı sağlayacaktır. Bu yaklaşımla, çoklu ilaç direncine sahip bakteriyel enfeksiyonların yönetimine yönelik güncel ve klinik açıdan uygulanabilir çözüm önerileri sunulması hedeflenmektedir. Gereç ve Yöntem: İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa, Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji ve Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Laboratuvarına gönderilen kan kültürü örneklerinden elde edilen ve çalışma kriterlerini karşılayan 150 karbapenem dirençli Klebsiella pneumoniae suşu çalışmaya dahil edilmiştir. Meropenem, amikasin ve kolistinin fosfomisin ile potansiyel sinerjik etkilerini değerlendirebilmek amacıyla agar dilüsyon temelli dama tahtası (checkerboard) sinerji testi uygulanmıştır. Bulgular: Suşlar üzerinde yapılan kombine tedavi incelemelerinde, fosfomisin-amikasin kombinasyonunun %48,8'inde, fosfomisin-meropenem kombinasyonunun %84,2'sinde ve fosfomisin-kolistin kombinasyonunun %15,6'sınde sinerjistik etki gözlenmiştir. Tüm kombinasyonlar arasında antagonist etki fosfomisin-kolistin kombinasyonunda (%17,0) gözlenmiştir. Sonuç: Sonuç olarak, karbapeneme dirençli Klebsiella pneumoniae kaynaklı invaziv enfeksiyonların tedavisinde, fosfomisin disodyumun amikasin, meropenem ve kolistinle kombine kullanılmasının, etkili bir tedavi alternatifi olabileceği düşünülmektedir. Bu kapsamda, in vitro koşullarda gözlenen sinerjik etkinin klinik uygulamalara yansıtılabilmesi için, fosfomisin-meropenem, fosfomisin-kolistin ve fosfomisin-amikasin kombinasyonlarının in vivo etkililik ve güvenilirlik çalışmalarının yapılması, artan direnç profiliyle mücadelede büyük önem taşımaktadır. Anahtar kelimeler: Fosfomisin disodyum, Klebsiella pneumaniae, Sinerji testleri, Agar dilüsyon
Esbl pozitif ve karbapenemaz üreten klebsiella pneumoniae suşlarındakarbapenem direncinin fenotipik ve moleküler yöntemlerle saptanması
Antimikrobiyal direnç, dünyada ve ülkemizde ciddi bir sağlık sorunudur. Dünya Sağlık Örgütü'nün 2024 yılı listesinde ilk sırada karbapenem dirençli Klebsiella pneumoniae yer almaktadır. K.pneumoniae, YBÜ hastalarında önemli bir mortalite ve mobidite nedeni olan enfeksiyon etkenidir. Bu tez çalışmasına, YBÜ'lerinde yatan hastaların solunum yolu ve kan örneklerinde üreyen Karbapenemlere dirençli ve GSBL pozitif olan K.pneumoniae suşları alındı. PCR yöntemiyle direnç oluşturan KPC, NDM, OXA-48 ve VIM enzimlerinin araştırılması amaçlandı. Çalışmaya, 2023 yılı içinde Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Hastanesi Yoğun Bakım Ünitelerinde yatan 75 hastanın solunum yolu (endotrakeal aspirat, bronko-alveolar lavaj, balgam) ve hemokültür örnekleri dahil edildi. Bu örneklerden izole edilen K.pneumoniae suşlarının tanımlaması için konvansiyonel kültür yöntemlerinin (Kanlı agar, choromoagar, MİO besiyeri) yanı sıra Vitek2 Compact (Biomerieux) ve Maldi-Tof (Bruker) otomatize sistemleri de kullanıldı. Üreyen bakteriler çalışmanın yapılacağı güne kadar -80 °C derin dondurucuda triptik soy broth agar besiyeri içinde saklandı. Daha sonra, saklanan bu örnekler pasajlandı ve üreyen K.pneumoniae izolatları önce ekstraksiyona tabi tutuldu, ardından direnç oluşturan KPC, NDM, OXA-48 ve VIM enzimleri her biri ayrı bir deneyde Real Time PCR yöntemiyle araştırıldı. 75 hastanın 47'si (%62,7) erkek ve 28'i (%37,3) kadındı. Hastaların yaş aralığı 20 yaş ile 93 (62,56 ± 18,29) yaş arasında değişmekteydi. Numunelerin 42'si (%56) solunum yolu örneği (BAL, ETA, balgam, vb.) ve 33'ü (%44) ise hemokültür örneğinden oluşmaktaydı. Karbapenem grubundan imipeneme %52,0 dirençli, %48,0 duyarlı; meropeneme %90,7 dirençli, %9,3 duyarlı olarak belirlendi. Karbapenemaz enzimlerinin bulunma oranları; NDM %92, OXA-48 %84, KPC %81,3 ve VIM %78,7 olarak belirlendi. Karbapenemaz 16 enzimlerinin birlikte olarak bulunma durumları; KPC+OXA-48+NDM+VIM varlığı %70,7, OXA-48 + NDM varlığı %8,0, KPC+OXA-48+NDM varlığı %5,3, KPC+NDM+VIM varlığı %5,3 olarak bulunmuştur. VIM %2,7 ve NDM tek başına %2,7 olarak bulunmuştur. Dört örnekte araştırılan enzimlerin hiçbirisi saptanmadı (%5,3). Cinsiyet, 60 yaş altı ve üstünde olmak ve hastanın yattığı YBÜ'ne göre incelendiğinde; karbapenemaz enzim varlığı açısından istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulunamadı (p>0.05). Karbapenemaz üreten bakterilerin neden olduğu YBÜ enfeksiyonları konusunda dikkatli olmak gereklidir. Hastanelerin aralıklı olarak karbapenemaz üreten bakteriler yönünden kesitsel sürveyans yapmasının önemli olduğunu düşünmekteyiz.
Yatan hastaların idrar kültürlerinden izole edilen klebsiella SPP., escherichia coli, acinetobacter baumannii, pseudomonas aeruginosa izolatlarının antibiyotik duyarlılıklarının in vitro yöntemlerle saptanması ve fosfomisine direnç mekanizmalarının araştırılması
İdrar yolu enfeksiyonlarında en sık izole edilen etkenler, Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter baumannii'dir. Çoğunlukla ampirik tedavi gerektiren idrar yolu enfeksiyonlarında etkene yönelik uygun tedavinin seçimi için yerel antibiyotik direnç verileri göz önüne alınmaktadır. Bu nedenle her hastanede süreli olarak antibiyotik sürveyans araştırmalarının yapılması gereklidir. Kullanılmakta olan antibiyotiklere karşı direnç mekanizmaların bilinmesi, direncin yayılımını engelleyecek önlemler alınmasını sağlamaktadır. İdrar yolu enfeksiyonlarında yaygın kullanılan bir antibiyotik olan fosfomisin, 1969'da üretilmiş olan, geniş spektrumlu, bakterisidal bir antibiyotiktir, çoklu ilaca dirençli (MDR) Enterobacterales gibi birçok sorunlu patojene karşı etkili olduğu için yeniden gündeme gelmiştir. Bununla birlikte fosfomisine dirençli izolatlar tüm dünyada bildirilmeye başlanmıştır. Fosfomisin direnci, üç mekanizma ile oluşmaktadır; fosfomisine azalmış geçirgenlik, antibiyotiğin hedef bölgesi olan MurA'daki modifikasyon ve enzimatik inaktivasyon. Bunlardan ilk ikisi kromozom, üçüncü mekanizma ise plazmid kontrolündedir. Ülkemizde fosfomisin direnci bildirilmekle birlikte hangi direnç mekanizmasının yaygın olduğu bilinmemektedir. Çalışmamız kapsamında; Şubat 2018-Şubat 2019 tarihlerinde Hacettepe Üniversitesi Hastaneleri Bakteriyoloji Laboratuvarına yatan hastalardan gelen idrar örneklerinden ardışık olarak izole edilen E. coli (n=235), K. pneumoniae (n=56), A. baumannii (n=7) ve P. aeruginosa (n=2) 'da antibiyotik duyarlılık profilleri belirlenmiştir. Fosfomisine dirençli izolatlarda (MİK >32mg/L) enzimatik inaktivasyona yol açan plazmid kaynaklı fosA, fosA3 ve fosC2 direnç genlerinin varlığı araştırılmıştır. Çalışmamızda fosfomisin duyarlılığı için altın standart olan agar dilüsyon yöntemi, diğer antibiyotikler (amikasin, gentamisin, seftazidim, seftriakson, meropenem, siprofloksasin, tigesiklin, trimetoprim/sülfametoksazol, kolistin ve piperasilin/tazobaktam) için sıvı mikrodilüsyon yöntemi kullanılmıştır. Plazmid kaynaklı fosfomisin direnç genlerinin ve blaCTX-M'in belirlenmesi için PZR yöntemi kullanılmıştır. Amikasin, gentamisin, seftazidim, seftriakson, meropenem, piperasilin/tazobaktam, siprofiloksasin, tigesiklin, trimetoprim/sülfametoksazol ve kolistin için direnç oranları sırasıyla %3,3, %18,7, %26,0, %34,0, %4,3, %24,0, %45,3, %4,0, %44,7 ve %7,0 olarak bulunmuş, fosfomisine ise 20 izolatta (% 6,6) direnç saptanmıştır. Fosfomisine en yüksek oranda direnç K. pneumoniae (n=9)'da saptanmıştır. İki K. pneumoniae izolatında fosA direnç geni saptanmış, bunlardan bir izolatta fosA ve fosA3 genleri birlikte bulunmuş, bu izolatın ayrıca blaCTX-M geni taşıdığı da belirlenmiştir. İzolatların hiçbirinde fosC2 geni bulunmamıştır. Çalışmamızda fosfomisine dirence yol açabilecek sadece üç gen araştırılmıştır buna karşın fosfomisin direncinden sorumlu olabilecek diğer genlerin de araştırılması gereklidir. Fosfomisin direnç genlerinin plazmid kaynaklı olması, fosfomisinin yaygın kullanımıyla birlikte direncin artacağını düşündürmektedir. Bu nedenle fosfomisinin akılcı antibiyotik ilkeleri doğrultusunda kullanılmasına özen gösterilmeli ve direnç gelişimi yakından izlenmelidir.
Mycobacterium tuberculosis klinik izolatlarında yeni antitüberküloz ilaçlar olan bedaquiline ve Delamanid'in MİK değerlerinin ve dirence neden olan mutasyonların saptanması
Bu çalışmanın amacı, dirençli tüberküloz hastalarından izole edilen 101 M. tuberculosis klinik izolatının bedaquiline ve delamanid minimal inhibitör konsantrasyon (MİK) değerlerinin fenotipik olarak MGIT-960 otomatize sıvı kültür sisteminde bir araştırma yazılımı olan TB/eXİST ile saptanması ve dirence neden olan mutasyonların Sanger dizileme ve tüm genom analizi (WGS) yöntemleriyle genotipik olarak araştırılmasıdır. Suşların 31'i İsviçre Zürih Üniversitesi'nde, 70'i ise Türkiye'deki hastalardan izole edilmiştir. İsviçre suşlarında bedaquiline ve klofazimin arasında çapraz direnç varlığı da araştırılmıştır. Fenotipik duyarlılık sonuçlarına göre İsviçre ve Türkiye suşlarının bedaquiline, delamanid ve yalnızca İsviçre suşlarının klofazimin MİK dağılımları ve ortalama MİK değerleri sırasıyla <0,2 µg/ml ile ≥4,0 µg/ml arasında (ortalama MİK=0,92 µg/ml), ≤0,01 µg/ml ile ≥3,2 µg/ml arasında (ortalama MİK=0,18 µg/ml) ve ≤0,5 µg/ml ile ≥2,0 µg/ml arasında (ortalama MİK=1,11 µg/ml) saptanmıştır. İsviçre suşlarının bedaquiline MİK değerleri, Türkiye suşlarına göre daha yüksek bulunurken, Türkiye suşlarının delamanid MİK değerleri İsviçre suşlarına göre daha yüksek bulunmuştur. Dünya Sağlık Örgütü'nün Kritik İlaç Kosantrasyonları Raporu'na göre çalışmamızdaki tüm suşlar ortalama MİK değerlerine göre bedaquiline duyarlı bulunurken, delamanid ve klofazimine dirençli bulunmuştur. Bedaquiline ve klofazimin MİK değerleri yüksek suşlarda çapraz dirençten sorumlu olan mutasyon, Sanger dizileme ile saptanamamıştır, dirence neden olan yeni mutasyonun saptanması için ileri çalışmalar yapılması gerekmektedir. Bakteri genomunda bulunan ve tüm ilaçlara karşı gelişen direnç profillerini saptamak amacıyla bir WGS protokolü optimizasyon çalışması yapılmıştır. 25 suşun genomunda bulunan dirençle ilişkili varyantlar saptanabilmiştir. Sonuç olarak, bu çalışmada ÇİD-TB tedavisinde yakın zamanda ülkemizde de kullanıma girmesi beklenen yeni ilaçlar için Türkiye M. tuberculosis suşlarının ön duyarlılık verisi elde edilmiştir. MGIT-960 sistemiyle entegre edilen araştırma yazılımı ve optimize edilmiş WGS protokolünün ÇİD-TB hastalarının kişiselleştirilmiş tedavilerinin belirlenebilmesinde kullanılabileceği düşünülmektedir.
Haemophilus influenzae'larda tiplendirme yöntemleri ve önemi
Haemophilus influenzae sistemik ve invaziv enfeksiyonlara neden olabilen gram negatif, kokobasil veya basil yapısında bir bakteridir. H.influenzae'nın serotiplendirmesi konvansiyonel olarak kapsüle özgü antiserumlarla veya kapsül proteinlerini kodlayan genlerin polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) iletaranmasıyla yapılabilmektedir. Yapılan çalışmalar konvansiyonel serotiplendirmenin moleküler yöntemlere göre duyarlılığının daha az olduğunu ve tiplendirilemeyen H.influenzae'ları (NTHi) doğru tanımlayamadığını ortaya koymuştur. Ülkemizde 2007 yılında aşı takvimi kapsamına alınan Hib aşısından sonra H.influenzae enfeksiyonlarında etken yaygın serotip ve biyotiplerin insidansı değişmiş, daha çok NTHi'ın neden olduğu invaziv enfeksiyonlar tanımlanmaya başlamıştır. İzole edilen H.influenzae'ların hızlı ve doğru biçimde tiplendirilmesi gerekmektedir. Ayrıca serotip ve biyotipe bağlı olarak, bu bakterinin β–laktamaz aktivitesi ve ampisilin direnci de çeşitlilik göstermektedir. Çalışmamız kapsamında; Hacettepe Üniversitesi Hastaneleri Merkez Laboratuvarına gelen klinik örneklerden izole edilen H.influenzae suşlarının serotip ve biyotip dağılımları, antibiyotik duyarlıklıkları ve β–laktamaz aktiviteleri araştırıldı. Elde edilen verilerin ışığında hastanemizdeki serotiplendirilen ve NTHi'nin oranı, biyotiplendirmesi ve antibiyotik duyarlılıkları belirlendi. Yaptığımız çalışmada konvansiyonel yöntemle NTHi (%78,9)nin en yaygın serotip olduğu, bunu Hif (%7,9) ve Hie (%5,6)'nin takip ettiği, moleküler serotiplendirmede ise %66,9 NTHi, %15,1 Hie ve %6,8 oranında Hib bulundu. Konvansiyonel ve moleküler testler arasındaki uyumun ise %74,5 olduğu gösterildi. Biyotip III görülme sıklığı en yüksek biyotip (%29,8) olarak belirlendi. Ampisilin direnci %25 olarak saptanırken, bu izolatların %44'ünün ß-laktamaz negatif ampisilin dirençli (BLNAR) olduğu ortaya kondu. Sonuç olarak erişkin hastalarda H. influenzae'ya bağlı enfeksiyonlarda NTHi'ların arttığı, serotiplendirmede testler arasındaki uyumun orta düzeyde olduğu gösterildi.
Klinik stenotrophomonas maltophilia izolatlarında kolistin heterodirencinin araştırılması
Stenotrophomonas maltophilia, özellikle hastanede yatan hastalarda görülen, fırsatçı ,çok ilaca dirençli, gram-negatif bir basildir. Aynı zamanda, özellikle bağışıklık sistemi baskılanmış ya da zayıflamış ve yoğun bakım ünitelerinde ventilatör desteği gerektiren hastalarda, önemli morbidite ve mortalite ile ilişkili nozokomiyal bir patojendir. İnsanlarda hastalık yapma insidansı son yıllarda artmıştır. 2010-2016 yılları arasında Taiwan'da yapılan bir çalışmada S. maltophilia'nın sağlık hizmetleri ile ilişkili enfeksiyon etkeni olarak izole edilen mikroorganizmalar arasında Acinetobacter spp. ve Enterobacter spp.'den sonra üçüncü sırada yer aldığı bildirilmiştir. S. maltophilia'nın etken olduğu bakteremi, pnömoni, idrar yolu enfeksiyonu, oküler enfeksiyon, endokardit, menenjit, yumuşak doku ve yara enfeksiyonu, mastoidit, epididimit, kolanjit, osteokondrit bursit ve peritonit dahil olmak üzere çeşitli klinik sendromlar tanımlanmıştır. Bu nedenle tüm dünyada görülme sıklığı artan bu mikroorganizmanın epidemiyolojisi, risk faktörleri ve tedavisi hakkında yeni çalışmalara ihtiyaç vardır S. maltophilia, diğer gram negatif baterilerin ampirik tedavisinde kullanılan ilaçlara karşı intrinsik olarak dirençlidir. S. maltophilia'nın tedavisinde ilk sırada tercih edilen ilaç trimetoprim-sülfametoksaldur. Minosiklin, tikarsilin-klavulanat, kolistin ve aztreonam gibi diğer bazı ilaçlar in vitro aktivite gösterebilse de bu ilaçlarla ilgili yeterli deneyim bulunmadığından ve S. maltophilia hızla direnç geliştirebildiği için bu ajanların potansiyel etkinliği de şüphelidir. Fakat TMP/SMX direnci görüldüğünde özellikle invaziv enfeksiyonlarda kombinasyon tedavileri zorunlu olmaktadır. S. maltophilia'daki yüksek intrinsik ve tedavi sırasında kazanılmış direnç bu durumu gerekli kılmaktadır. Önerilen kombinasyonlar, her iki ajanın da in vitro testlerde etkili olmaları koşuluyla seftazidim, tikarsililin-klavulanat, aztreonam, kolistin veya bir kinolon dahil olmak üzere herhangi bir ikinci grup ajan ile trimetoprim-sülfametoksazolü içermektedir. Kolistin, çoklu ilaca dirençli gram negatif bakterilere karşı etkinliğini koruyan az sayıdaki antibiyotikten biridir. Çok ilaca dirençli gram negatif non-fermenter bakterilerde kolistinin kombinasyon tedavilerinde kullanılmasının hem toksisiteyi önlemede hem de tedavinin etkinliğini arttırmadaki başarısı çeşitli çalışmalarda gösterilmişitr Tüm bunların yanında S. maltophilia'daki kolistin için önerilen duyarlılık test yöntemlerinin, özellikle adaptif direnç ve heterodirenç dahil olmak üzere farklı direnç mekanizmaları arasındaki karmaşık etkileşim nedeniyle güvenilmez sonuçlara yol açabileceği çeşitli çalışmalarda gösterilmektedir. Bu sebeple çalışmamızda S. maltophilia enfeksiyonlarının tedavisinde alternatif olabileceğini düşündüğümüz bir ilaç olan kolistin için antibiyotik duyarlılığına farklı yöntemlerle bakılmıştır. Ayrıca tedavi başarısızlıklarına yol açan heterojen direnç varlığı da kolistin için araştırılmıştır Çalışmamıza Aralık 2015 ve Nisan 2018 tarihleri arasında Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Klinik Patoloji Laboratuvarı Bakteriyoloji Ünitesine gönderilen örneklerden izole edilen 212 S. maltophilia suşu dahil edilmiştir. Kolistin için antibiyotik duyarlılık gradient test ve sıvı mikrodilüsyon yöntemleri ile bakılmıştır. Her suş için iki kez bu yöntemler tekrarlanmıştır. Bu tekrarlar ile birlikte kolistin duyarlılığında kullanılan yöntemlerin tekrarlanabilirliğinde sorun olduğu gözlemlenmiştir. Gradiyent test ve sıvı mikrodilüsyon yöntemleri arasında uyumsuzluk olan ayrıca gradiyent testte zon içi üremeleri olan 55 izolat heterojen direnç açısından değerlendirilmiştir. Heterojen direncin tespiti için altın standart yöntem olan PAP testi kullanılmıştır. Kolistin heterodirenci toplamda 54 izolatta tespit edilmiştir. Kolistin heterodirenç sıklığı 54/212 (%25,5) olarak saptanmıştır. Bir izolatta ise tekrarlayan PAP testi sonucu heterojen direnç saptanamamıştır.
Klinik örneklerden soyutlanan dermatofitlerin (Trichophyton rubrum kompleks, Trichophyton mentagrophytes kompleks ve Microsporum canis) fenotipik heterojenliği
AMAÇ: Dermatofitlerin tanısında konvansiyonel ve moleküler yöntemler kullanılır. Çalışmamızda, klinik örneklerden soyutlanan dermatofitlerin heterojenitesinin konvansiyonel yöntemlerle araştırılması amaçlandı. GEREÇ VE YÖNTEM: Çalışma; Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi, Tıbbi Mikrobiyoloji-Mikoloji Laboratuvarında Ağustos 2015 - Mart 2017 döneminde yapıldı. İncelenen dermatofitler: Toplam 100 dermatofit kökeni incelendi. Bunlardan 70'i T.rubrum kompleks, 20'si M.canis ve 10'u T.mentagrophytes kompleks idi. Konvansiyonel tanı yöntemleri: %10'luk KOH ve laktofenol pamuk mavisi ile direkt mikroskobik inceleme, Sabouraud dekstroz agar (SDA) ve patates dekstroz agar (PDA) besiyerleri kullanılarak mikolojik kültürleri yapıldı. Yardımcı testler: Kıl delme deneyi, üreaz deneyi yapıldı. Ayrıca dermatofitlerde radyal büyüme hızı ölçüldü. BULGULAR: Çalışmada incelenen ve kültürde üremesi olan klinik örneklerin %27'sinin direkt mikroskobik incelemesinde mantar elamanı saptanmadı ; %73'ünde ise mantar elemanı saptandı. Soyutlanan T.rubrum kompleks kökenlerinde iki farklı mikromorfoloji saptandı. Mikromorfolojik olarak; mikrokonidyum görülen kökenlerin sayısı 28 (%40), mikrokonidyum ve makrokonidyumun birlikteliği görülenlerin sayısı 42 (%60) idi. Koloni yüzeyi görünümüne göre değerlendirmede; düz 33 (%47), kabarık 37 (%53) olarak belirlendi. Koloni örgüsü: tüylü 41 (%59) , pamuğumsu 29 (%41) idi. Koloni rengi: üstten beyaz 31 (%44) , sarı 39 (%56); koloni tabanı rengi: kırmızı 33 (%47), sarı/turuncu 37 (%53) idi. Soyutlanan 20 M.canis kökeninin tümünde kalın duvarlı, uçları pürtüklü makrokonidyum mevcuttu. Koloni yüzeyi değerlendirmesi: düz 13 (%65), kabarık 7 (%35) idi. Koloni örgüsü tüylü 4 (%20), 16 (%80) kadifemsiydi. Koloni rengi 2 (%10) üstten beyaz, taban sarı iken; 18 (%80) üstten sarı, tabanı da sarı renkteydi Soyutlanan 10 T.mentagrophyes kompleks kökeninin mikroskobik incelemesinde tümünde makro/mikrokonidyumun yanında spiral hifleri de mevcuttu. Koloni yüzeyleri tümünde düz, pudramsıydı. Pigmentasyon açısından incelendiğinde ise 2 (%20)'si üstten beyazdan kreme değişen renkte, 8 (%80) 'i sarımsı görünümdeydi. Taban renklerinin ise 3 (%30) sarı/krem, 7 (%70) kahverengi renkteydi. Kıl delme deneyinde M.canis kökenleri ektotriks, T.mentagrophytes kompleks kökeninin sekizi endotriks tutulum gösterdi. T.mentagrophytes kökenlerinin ikisinde ve T.rubrum kompleks kökenlerinde kıl delme deneyi negatifti. Üreaz deneyinde; T.rubrum kompleks kökenleri üreaz negatif olarak değerlendirildi. M.canis ve T.mentagrophytes kökenlerinin tümü ise üreaz pozitifti. Koloni radyal büyüme hızı incelendiğinde T.mentagrophytes kompleks ve M.canis kökenlerinin, T.rubrum komplekse göre göreceli olarak daha hızlı radyal büyüme özelliği gösterdiği saptandı. SONUÇ: Çalışmada üç ayrı tür dermatofit konvansiyonel yöntemlerle ve ek biyokimyasal ve fizyolojik testlerle incelenmiş ve fenotipik çeşitlilik araştırılmıştır.
HCV genotipinin belirlenmesinde 5'ncr Ve Ns5b bölgelerinin yeni Nesil Dizileme (YND-NGS) İle Araştırılması
ÖZET Giriş ve Amaç: Hepatit C virüsü (HCV) çok yüksek derecede genetik çeşitliliğe sahiptir. HCV suşları, viral genomların filogenetik ve sekans analizleri temelinde yedi tanınmış genotipe ayrılır. HCV'de genotip belirlenmesi hastaya uygun tedavinin seçilmesinde önemlidir. Özellikle doğrudan etkili antivirallerin tedavide kullanıma girmesiyle genotiplerin ve alt tiplerin doğru belirlenmesi daha da önemli hale gelmiştir. HCV genotiplemesi için altın standart tam genomun nükleik asit dizi analizidir. Pratikte 5'NCR, kor ve NS5B gen bölgeleri genotiplemede analiz edilmektedir. Nükleik asit dizi analizi için günümüzde en sık kullanılan yöntem olan Sanger Dizi Analiz Yöntemi zincir sonlandırma reaksiyonu olarak bilinir. Yeni nesil dizileme (YND) sistemleri ile ise bir çalışmada tüm genom, transkriptom veya daha küçük hedef bölgelerdeki milyonlarca DNA parçası dizilenebilmektedir. YND teknolojisinin Sanger dizileme yöntemine göre daha hızlı ve yüksek verimli sonuçlar verdiği görülmektedir. Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Moleküler Viroloji Laboratuvarı'nda 2000 yılından beri HCV genotip testi farklı yöntemlerle rutin olarak yapılmaktadır. Laboratuvarımızda rutinde son olarak genotipe özgü gerçek zamanlı PCR ve/veya NS5B ve/veya 5'NCR bölgelerinin Sanger zincir sonlandırma reaksiyonu dizilemesi ile HCV genotipi belirlenmektedir. Bu çalışmada daha hızlı ve yüksek verimli olan YND ile HCV 5'NCR ve NS5B bölgeleri kullanılarak genotipleme yapılması ve laboratuvarımıza uygun HCV genotipleme yönteminin belirlenmesi amaçlanmaktadır. Gereç ve yöntem: Laboratuvarımıza HCV genotip testi için gönderilmiş ve -80˚C'de arşivlenmiş olan 60 HCV pozitif hastanın plazma örneği çalışmamıza dahil edilmiştir. RNA ekstraksiyonu, tersine (revers) transkripsiyon basamaklarından sonra, 5'NCR bölgesi ve NS5B bölgesi için ayrı ayrı dış PCR, nested (ikinci tur) PCR ve analiz basamakları uygulanmıştır. HCV genomunun 5'NCR ve NS5B bölgelerinin PCR ürünlerinin ABI 3500 Genetic Analyzer (Applied Biosystems Foster City, CA, ABD) cihazı ve MiSeq (Illumina, San Diego, CA, ABD) (YND) ile analizi yapılmış, nükleik asit dizileri NCBI gen bankasındaki genotipleme bölümü (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/genotyping/formpage.cgi) kullanılarak genotipleme yapılmıştır. Bulgular: Ellibeş örnekte NS5B bölgesinin hem YND ve Sanger ile, hem de 5'NCR bölgesinin YND ve Sanger ile genotip sonuçları benzer bulundu. (%91,67). YND ile elde edilen verilerin analizine göre; NS5B bölgesi dizi analizi ile 60 örneğin 43'ü (%71,67) genotip 1b, yedisi (%11,67) genotip 4, dördü (%6,67) genotip 3, üçü (%5) genotip 1a, ikisi (%3,33) genotip 5, biri (%1,67) genotip 2 olarak saptandı. 5'NCR bölgesi dizi analizi ile ise, 60 örneğin 36'sı (%60) genotip 1b, yedisi (%11,67) genotip 4, dördü (%6,67) genotip 3, beşi (%8,33) genotip 1a, ikisi (%3,33) genotip 5, ikisi (%3,33) genotip 6, biri (%1,67) genotip 2 olarak saptandı. 5'NCR bölgesi dizi analizi ile üç örnek (%5) alt tip ayrımı yapılamadan genotip 1 olarak belirlendi. Her iki bölgenin analizine göre en çok saptanan genotip, genotip 1b oldu. Çalışmada genotip 7 olarak tanımlanan örnek olmadı. Sanger dizi analizi ve YND ile elde edilen diziler örnek bazında hizalandığında; YND ile 38-40 baz daha uzun temiz dizi elde edildiği görüldü. 5'NCR bölgesine ait dizilerde 60 örnekten 53'ünün (%88,3) %100 uyumlu, beşinin (%8,3) %99 uyumlu, birinin (%1,6) %98 uyumlu, birinin (%1,6) %97 uyumlu olduğu görüldü. NS5B bölgesine ait dizilerde ise 60 örnekten; 45'i (%73,3) %100 uyumlu, beşi (%8,3) %99 uyumlu, biri (%1,6) %98 uyumlu, dördü (%6,6) %95-97 uyumlu, dördü (%6,6) %92-94 uyumlu, biri (%1,6) %83 uyumlu idi. Sanger zincir sonlandırma reaksiyonu ve YND ile elde edilen verilerden her iki grupta da genotip 1 olarak tanımlanan üç örnekte 5'NCR bölgesi dizi analizi ile alt tip ayrımı yapılamazken, bu örnekler NS5B bölgesi dizi analizi ile genotip 1b olarak saptandı. İki örnek, iki yöntemle de 5'NCR bölgesi dizi analizinde genotip 1a, NS5B bölgesi dizi analizinde genotip 1b; iki örnek 5'NCR bölgesi dizi analizi ile genotip 6, NS5B bölgesi dizi analizi ile genotip 1b olarak saptandı. Bu durum; bilindiği gibi genotip 1 alt tiplerinin belirlenmesinde ve 1 ile 6 ayrımında NS5B bölgesinin daha güvenilir olmasına bağlandı. Sanger YND dizilerinin hizalamasında NS5B dizisi %83 uyumlu olan örnek Sanger ile yapılan NS5B bölgesi dizi analizinde genotip 1b, Sanger zincir sonlandırma reaksiyonu 5'NCR, YND NS5B ve YND 5'NCR bölgeleri dizi analizlerinde genotip 1a olarak saptandı. Bu durum Sanger ile elde edilen NS5B dizisinin temiz okunan kısmının kısa olmasına bağlandı. Sonuç: Altmış örneğin 59'unda hem NS5B, hem de 5'NCR dizileri YND ve Sanger analizleriyle aynı sonuçları vermiştir (%98,33 uyum). YND ile örneklerin havuzlanması ve çoklu çalışılması ("multipleks") ile maliyet düşmektedir. Klinik açıdan önemli olan genotip belirlenmesi, NS5B bölgesinin YND gibi güvenilir bir yöntemle analiziyle etkin olarak yapılabilmektedir. Değerlendirmelerin sonucuna göre; 60 örneğin 43'ü genotip 1b (%71,67), üçü 1a (%5), yedisi 4 (%11,67), dördü 3 (%6,67), ikisi 5 (%3,33), biri 2 (%1,67) bulunmuştur. Anahtar Kelimeler: HCV genotipleme, Yeni Nesil Dizileme, NS5B, 5'NCR
HIV pozitif kişilerde cinsel yolla bulaşan etkenlerin sıklığı
AMAÇ: Cinsel yolla bulaşan enfeksiyonlar (CYBE), toplum sağlığı açısından önemli, dünyanın her bölgesinde sık görülen enfeksiyonlardır. Ülkemizde de CYBE'ler öncelikli sağlık sorunları arasındadır. Türkiye de HIV pozitif kişilerdeki cinsel yolla bulaşan etkenlerin sıklığını saptamaya yönelik daha önce herhangi bir çalışma yapılmamıştır. Bu çalışmada, HIV pozitif kişilerdeki cinsel yolla bulaşan hastalık etkenlerinden Neisseria gonorrhoeae (N. gonorrhoeae) , Chlamydia trachomatis (C. trachomatis) , Trichomonas vaginalis (T. vaginalis), Mycoplasma genitalium (M. genitalium) , Mycoplasma hominis (M. hominis), Ureaplasma urealyticum (U. urealyticum), Ureaplasma parvum (U. parvum), Herpes simpleks virüs tip 1 ve 2 (HSV 1 ve 2), Human Papilloma virüs'ün (HPV) 19 yüksek riskli genotipi (16, 18, 26, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 53, 56, 58, 59, 66, 68, 69, 73, 82) ve 9 düşük riskli genotipini (6, 11, 40, 42, 43, 44, 54, 61, 70) taramak ve etkenlerin HIV pozitif kişilerdeki sıklığını araştırmak amaçlanmıştır. GEREÇ ve YÖNTEM: Eylül 2015 ile Nisan 2016 tarihleri arasında, 90 [14'ü kadın (%15.6), 76'sı erkek (%84.4)] HIV pozitif hastadan vajinal ve üretral sürüntü örnekleri toplandı. Klinik örneklerden nükleik asitlerin ekstraksiyonu üretici firma protokolüne göre yapıldı (Ribospin vRD viral RNA / DNA Ekstraksiyon Kiti, GeneAll, Seegene, Güney Kore). Chlamydia trachomatis, N. gonorrhoeae, M. genitalium, M. hominis, U. urealyticum, U. parvum, T. vaginalis etkenleri çoklu olarak amplifiye edildi (AnyplexTM II STI-7 Detection (V1.1), Seegene, Güney Kore) ve BioRad cihazı kullanılarak etkenler saptandı. HPV'nin yüksek ve düşük riskli genotiplerini belirlemede üretici firma (Anyplex II HPV28 Detection kit, Seegene, Güney Kore) protokolü uygulandı. Klinik örneklerden HSV tip 1 ve tip 2 saptanmasında HSV 1/2 Qual Kit (Roche Diagnostics GmbH, Mannheim, Almanya ) kullanıldı ve etken Light-Cycler cihazında saptandı. BULGULAR: HIV pozitif hastaların 49'unda (%54,4) en az bir cinsel yolla bulaşan etken pozitif bulundu. Kadın hastaların 12'sinde (%85,7), erkek hastaların 37'sinde (%48,7) etken pozitifliği saptandı. Hastaların 17'sinde (%18,8) tek etken saptanırken, 32'sinde (%35,5) birden fazla etken saptandı. Trichomonas vaginalis, HSV-1 ve HSV-2, klinik örneklerin hiç birinde saptanmadı. Örneklerin 31'inde (%34,4) HPV, 20'sinde (%22,2) U. urealyticum, 15'inde (%16,6) U. parvum, 8'indee(%8,8) M. genitalium, 8'inde (%8,8) M. hominis, 5'inde (%5,5) N. gonorrhoeae, 2'sinde (%2,2) C. trachomatis, saptandı. HPV DNA pozitif bulunan 31 örneğin 13'ünde (%41,9) olası yüksek riskli ve yüksek riskli tip, 6'sında (%6,6) düşük riskli tip ve 12' sinde (%13,3) hem yüksek hem de düşük riskli tip birlikte bulundu. SONUÇ: Cinsel yolla bulaşan herhangi bir hastalık belirtisi olmayan HIV (+) kişilerin yaklaşık %55'inde bir veya birden fazla HIV dışı cinsel yolla bulaşan etken pozitif bulunmuştur. Bu hastaların %35'inde çoklu etken saptanmıştır. HIV(+) kişilerde en sık rastlanan ilk üç etken sırasıyla HPV (%35), U.urealyticum (%22) ve U.parvum (%17) olmuştur. Diğer bakteriyel etkenlerin sıklığı %2-8 arasında bulunmuştur. T. vaginalis ve HSV1-2 hiçbir hastada saptanmamıştır. HPV pozitif bulunan hastaların yaklaşık yarısında yüksek riskli tipler saptanmıştır ve en sık saptanan tip HPV 16 olmuştur. HPV enfeksiyonunun hastanemize başvuran HIV pozitif hastalarda önemli bir cinsel yolla bulaşan etken olduğu görülmüştür ve herhangi bir belirti göstermeyen hastalarda bile etkene yönelik tarama yapılması sonucuna varılmıştır.
COVİD-19 pandemi sürecinde bağışıklığı baskılanmış farklı hasta gruplarında latent tüberküloz enfeksiyonu prevalansının araştırılması
Latent Tüberküloz Enfeksiyonu (LTBE), aktif Tüberküloz (TB) hastalığına ait semptomları olmayan ve radyolojik olarak herhangi bir bulgu vermeyen, konakçı sisteminde uyku durumunda bulunan basillerin oluşturduğu TB enfeksiyonunun bir formudur. Bireylerde, altta yatan hastalıklara ve immünsüpresif tedavilere bağlı olarak immünsüpresyon oluşması durumunda, LTBE açısından reaktivasyon riski oluşmaktadır. Bu sebeple, LTBE'nin doğru bir şekilde tespit edilmesi önem taşımaktadır. LTBE'nin tanısında kullanılan testlerden biri olan QuantiFERON- TB Gold Plus (QFT- Gold Plus) testlerinin tanısal performası ise, herhangi bir immünsüpresif durumundan etkilenebilmektedir. Çalışmamızın amacı, altta yatan ek hastalıkları olan (COVID-19, HIV, diyabet, otoimmün hastalıklar vb.) ve steroid gibi immünosüpresanlarla tedavi almış bireylerde, bağışıklığı baskılayan bu koşullar altında LTBE varlığının araştırılması ve olası risk faktörlerinin değerlendirilmesidir. Mersin Üniversitesi Tıp Fakültesi Araştırma ve Uygulama Hastanesi'nde, Nisan 2021 – Nisan 2023 tarihleri arasında başvuran 280 hastanın örneği dahil edilerek yapılan bu çalışmada; birçok komorbiditesi bulunan ya da immünsüpresyon oluşturan ajanlarla tedavi alan hastalarda QFT TB Gold Plus test sonuçlarına göre LTBE prevalansının araştırılması amaçlanmıştır. Bu sonuçlara göre, COVID-19 geçirmiş olan hasta popülasyonunda LTBE prevalansının daha yüksek olduğunu tespit ettik (p=0,022). Buna ek olarak inflamatuvar otoimmün hastalıkları bulunan çalışma grubunda ise zayıflamış immünite sonucu IFN-Y üretimindeki düşüşe bağlı olarak negatifleşen LTBE sonuçları olduğunu gözlemlesek de anlamlı bir sonuç bulunmamaktaydı. Diğer altta yatan ek hastalıklar ve QFT sonuçları arasında da istatistiksel olarak bir anlamlılık bulunamamıştır. Ayrıca immünsüpresif özellikleri bulunan steroid gibi ajanlarla tedavi alan bireylerde LTBE prevalansına dair anlamlı bir sonuç tespit edilememiştir. Beklenilenin aksine elde ettiğimiz bu sonuçların, çalışmanın yetersiz hasta popülasyonu, hasta verilerinin sınırlı kalması gibi kısıtlılıklara bağlı olduğunu düşünmekteyiz (=0,950). Bunun yanı sıra biyobelirteçlerin tanısal rolünü saptamaya yönelik yaptığımız analizlerde, dahil edilen biyokimyasal testlerin tüm hasta popülasyonunda çalışılmamış olması gibi nedenlerle sonuçlarımız anlamlı bulunamamıştır. Ülkemizde, daha önce farklı birçok parametrenin dahil edilerek, LTBE araştırılmasına dair yapılan benzer bir çalışma bulunmadığı için bu bulgular bizlere farklı sonuçlar sunmaktadır. Fakat bu çalışma sonuçları, geniş ölçekli hasta ve kontrol grubunun dahil edildiği çalışmalara gereksinim olduğunu göstermektedir.
Ağır Covid-19 hastalarında Sitomegalovirüs (CMV) IGM araştırılması
Tek konakçısı insan olan Sitomagelovirüsler büyük oranda latent enfeksiyon oluşturmaktadır. Çok yaygın bir patojen olup toplumun %80'ninde seropozitiflik gösterebilir. Bütün vücut sıvılarında bulunabildiği için bulaşı çok yaygındır. Şiddetli akut solunum sendromu koronavirüs-2 (SARS-CoV-2)'nin neden olduğu COVID-19 pandemisi, hızlı bulaş yeteneği nedeniyle toplumlar arasında hızla yayılarak yüksek mortaliteye yol açmıştır. COVID-19 enfeksiyonunda, virüs bulaştıktan sonra hafif semptomlar ortaya çıkabilir. Hastalığın şiddeti arttıkça, inflamatuar tepkilerin artması görülebilir ve bunun etkisiyle doku ve organ hasarına yol açabilir. COVID-19'un spesifik tedavinin olmaması ve oluşan inflamatuar yanıtın baskılanması için kortikosteroidler yaygın olarak kullanılmıştır. Ancak kortikosteroidlerin immün sistemi baskılaması nedeniyle fırsatçı patojenlere ortam sağlamaktadır. Çalışmamızda; ağır COVID-19 hastalarına verilen kortikosteroidlere bağlı latent CMV reaktivasyonun araştırılması amaçlanmıştır. Mersin Üniversitesi Tıp Fakültesi ve Uygulama Hastanesine Ocak 2022-Ocak 2023 tarihleri arasında, dahil edilme kriterlerine uyan 202 hasta çalışmaya dahil edilmiştir. Dahil edilen hastalara ait serumlarda, ELISA yöntemi ile CMV IgM araştırılmıştır. Hastaların CMV IgG seropozitifliği, demografik özellikleri ve belirli kan parametrelerine (Lenfosit Sayısı, Sedimantasyon, Prokalsitonin, C-reaktif protein, Laktat-dehidrogenaz) bakılmıştır. Elde edilen sonuçların istatistiksel analizi sonucunda steroid/immünosüpresif ilaç öyküsü olan 80/202 (%39,6) hastanın 11/80 (%13,7)'i CMV IgM pozitif bulunmuştur. Pozitif hasta grubunun CMV IgG avidite sonuçlarına bakıldığında, <55 olan sadece 1 (%9,09) hasta tespit edilmiştir. Bu sonuç bizlere, hastanın CMV enfeksiyonunu ≤ 3 aylık bir zaman dilimi içerisinde geçirmiş olduğunu düşündürmektedir. Elimizdeki verilere bakıldığında, steroid kullanımının, CMV IgM pozitifiği üzerinde anlamlı bir etkisinin olabileceği düşünülmektedir (p<0,041). Steroid kullanan hasta grubunda bakılan kan parametlerinde ise; C-reaktif protein seviyesinin yüksekliği (p<0,001), lenfosit sayısının düşüklüğü (p<0,001), sedimentasyon hızı (p<0,001) ve laktat-dehidrogenaz enziminin yükseklği immünsüpresif tedavi geçmişi bulunmayan hastalarla karşılaştırıldığında anlamlı bulunmuştur (p<0,001). Çalışmaya dahil edilen hasta grubunun prokalsitonin seviyelerinde artış gözlemlenmiş ancak bu artış diğer gruplar ile karşılaştırıldığında anlamlı bulunamamıştır (p<0,152). COVID-19 enfeksiyonu ve steroid kullanımının CMV reaktivasyonunda etkili olabileceği düşünülmektedir. Kortikosteroid ve immunsupresiflerin kullanımınında latent enfeksiyonların reaktivasyonunu hatırda tutulması tanı ve tedavi açısından önem taşımaktadır
İmmünsupresif hastalarda cryptosporidium SPP. sıklığının çeşitli tanı yöntemleri ile araştırılması
Amaç: Bu çalışmada ishal şikayeti ile başvuran immünsupresif hastalarda Cryptosporidium spp. sıklığının mikroskobik, serolojik ve moleküler yöntemlerle araştırılması ve kullanılan yöntemlerin karşılaştırmalı olarak değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: İmmünsupresif ishalli hastalardan Necmettin Erbakan Üniversitesi Meram Tıp Fakültesi Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarına gönderilen 90 dışkı örneği çalışmaya alınmıştır. Cryptosporidium spp. tespiti amacıyla dışkı örneklerine modifiye asit fast boyama, PZR, ELISA testi uygulanmıştır. Pozitif örneklerin de dahil olduğu 51 örnekte DFA yöntemiyle Cryptosporidium spp. araştırılmıştır. Bu yöntemlerden herhangi biriyle pozitif saptanan örneklerde ayrıca immünokromatografik kart test çalışılmıştır. Bulgular: Çalışmaya alınan 90 örneğin 44 (%48,8)'ü erkek, 46 (%51,2)'sı kadın hastalara aittir. Hastaların yaşları 0 ile 81 yaş aralığında olup, yaş ortalaması 37,8 (standart sapma: ±27,5) olarak bulunmuştur. Çalışmada çocuk hastalara ait 31 (%34,4) numune bulunmaktadır ve bu hastaların yaş ortalamaları 5,3 (standart sapma: ±4,34) olarak tespit edilmiştir. Kullanılan yöntemlerin hiçbirinde hastaların pozitiflik durumu ile yaş arasında ve pozitiflik durumu ile cinsiyet arasında istatistiksel olarak anlamlı bir farklılık bulunmamıştır. Çalışılan dışkı örneklerinde modifiye asit fast yöntemiyle 5 (%5,6), PZR ile 2 (%2,2), ELISA yöntemiyle 1 (%1,1) örnekte pozitiflik tespit edilmiştir. DFA yöntemi ile çalışılan örneklerin 6'sı pozitif bulunmuştur. Bu yöntemlerden herhangi biri ile pozitif bulunan 7 örnek immünokromatografik kart test ile araştırılmış ve 4 örnekte Cryptosporidium spp. pozitif saptanmıştır. Sonuç: Çalışma immünsupresif ishalli hastalarda Cryptosporidium spp.'nin önemli bir etken olduğunu ortaya koymaktadır. DFA yöntemi altın standart yöntem olarak baz alındığında modifiye asit fast yöntemi yüksek duyarlılık ve özgüllükle, rutin tanıda kullanılabilecek bir yöntem olarak öne çıkmaktadır. Ayrıca yoğun iş akışı olan laboratuvarlarda immünokromatografik tanı testlerinin, pratik kullanımı ve hızlı sonuç alınması nedeniyle faydalı olacağı düşünülmüştür.
COVID-19 ve IL28B gen polimorfizmi
Çin'in Wuhan eyaletinde Aralık 2019'da başlayan ilk salgından bu yana, yeni koronavirüs hastalığı (COVID-19) hızla diğer bir çok bölgeye yayıldı ve küresel bir sağlık tehdidi haline geldi. Bazı ülkelerde COVID-19 prevalansı ve mortalitesinde önemli bölgesel farklılıklar bildirilmesi nedeniyle COVID-19 şiddetinin ve mortalite oranlarının bireysel farklılık göstermesinin nedenlerini araştırma ihtiyacı doğmuştur. Konuyla ilgili ACE reseptörü ve ABO polimorfizmleri ile COVID-19 prevelansı ve mortalitesi arasındaki ilişkiyi araştırmayı amaçlayan pek çok çalışma bulunmaktadır. İnterferonların (IFN) antiviral, antitümör ve immünmodilatör etkileri bulunmaktadır. IFN-α/β benzeri antiviral aktiviteye sahip yeni bir IFN sınıfı interferon-lambda (IFN-λ) ailesi veya tip III IFN'ler yakın zamanda keşfedilmiştir. Bu yeni tip IFN'ler tip 1IFN'lera benzer ancak, nispeten daha az etkilidirler.IFN-λ ağırlıklı olarak solunum yolu epitel hücreleri tarafından salgılanır ve solunum yollarında antiviral etkinliğin artmasına yardımcı olur. Interlökin 28B (IL28B) geni interferon lamda 3 (IFN-λ3) olarak bilinen bir proteini kodlamaktadır. Son yıllarda yapılan çalışmalar hepatit C ve hepatit B enfeksiyonları başta olmak üzere birçok viral enfeksiyonda viral klirens, tedaviye yanıt ve komplikasyon oranları ile IL28B gen polimorfizmi arasındaki ilişkiyi ortaya çıkarmıştır. Son bilgiler ışığında IL28B doğal bağışık yanıt ve antiviral etkinlik dinamikleri açısından feedback mekanizmalarının kilit oyuncusu olma adayıdır. Çalışmamıza 19-88 yaş aralığında 200 COVID-19 tanısı alan hasta ve kontrol grubu olarak 21-84 yaş aralığında 99 COVID-19 negatif hasta dahil edilmiştir. COVID-19 tanılı hastaların klinik semptom ve bulguları oluşturulan standart kriterler baz alınarak hafif, orta, şiddetli ve kritik olarak sınıflandırıldıve IL28B gen polimorfizmleri tanımlanarak birbirleri ve kontrol grubu ile kıyaslandı.Hasta ve kontrol grubundan alınan numuneler Real-time PCR yöntemi ile çalışılarak elde edilen sonuçlar istatistiksel olarak karşılaştırıldı. Çalışmamızın sonuçlarında şiddetli/kritik hasta grubunda yaş ortalaması, erkek cinsiyet oranları, ek hastalık görülme sıklığı istatistiksel olarak anlamlı düzeyde yüksek bulundu. Hasta ve kontrol grubunda cinsiyet ve yaş dağılımları arasında anlamlı farklılık bulunmadı.IL28B rs12979860 CC genotipi şiddetli/kritik hasta grubunda hafif/orta gruba göre daha yüksek oranda tespit edildi (p<0, 05). IL28B rs8099917 GT genotipi hafif/orta grupta daha yüksek görülürken, TT genotipi şiddetli/kritik hasta grubunda daha yüksek oranlarda tespit edildi (p<0, 05). IL28B rs8099917 GG genotipi kontrol grubunda tespit edilmezken hasta grubunda %8 oranında saptandı (p<0, 05). Kritik grupta; hayatta kalan ve hayatını kaybeden hastaların genotip dağılımları benzer bulundu. Şiddetli/kritik grupta daha yüksek oranlarda tespit edilen IL28B rs12979860 CC ve rs8099917 TT genotiplerinin klinik seyir açısından olumsuz genotipler olduğu ve rs8099917 GG genotipinin hastalık bulaşında kolaylaştırıcı bir rol oynadığı sonucuna varılmıştır.
Multipl skleroz hastalığı etiyopatogenezinde, insan endojen retrovirüs-W (HERV-W)' nın rolü
Multipl skleroz (MS), merkezi sinir sisteminin nörodejeneratif bir hastalığıdır. Erken yaşta gelişir ve sıklıkla sekel oluşturur. Hastalığın etiyolojik nedeni tam olarak aydınlatılamamıştır ve henüz etkili bir tedavi mevcut değildir. Araştırmamız, İnsan endojen retrovirüslerinin ekspresyonu ile multipl sklerozun patogenezi arasındaki ilişkiyi ortaya koymayı amaçladık. Araştırmamızda Human Endogenous Retrovirus-W (HERV-W) env gen ekspresyon düzeyini belirlemeyi ve yine aynı gruplarda, HERV-W env gen ekspresyonunu sınırlama/düzenleme potansiyeli olan TRIM5 ve BST2 konak genlerinin ekspresyon düzeyini belirlemeyi hedefledik Bu çalışma Necmettin Erbakan Üniversitesi (Konya, Türkiye) Tıp Fakültesi Hastanesi Nöroloji Anabilim Dalı'nda McDonald (2017) tanı kriterlerine göre Relapsing-Remitting (RRMS) tanısı alan 50 takipli hasta ile nörodejeneratif hastalık dışlanmış yaş ve cinsiyet yönünden benzer 50 kişilik gönüllü kontrol olmak üzere 100 kişiyi dahil ettik. 50 RRMS tanısı almış hastaların yaşları 33.1 ortalamasındadır. Bu çalışma grubun hastalıklarının başlangıç yaşı 25,64 ortalaması, hastaların tanı alma yaş ortalaması 27,1 dir. Nöroloji kliniğinde rutin tanı, takip ve tedavi işlemleri devam eden hastalardan ve sağlıklı kan donörlerinden tam kan örnekleri kullanıldı. Gen ekspresyon düzeyleri, Real Time PCR yöntemi ile, CT değerleri ve referans gen CT değerleri kullanılarak fold-change analizi ile belirlendi. HERW-W ekspresyon düzeyleri için çalışma grupları arasında önemli bir farklılık saptanmadı. HERV-W gen ekspresyon düzeylerinin oldukça dinamik ve sofistike etkileşimlerden etkilenebileceği gerçeği, araştırmamızda gerçekleştirdiğimiz ölçümlerin birden fazla zamanlı ölçüm ve bir süreç analizi ile yapılmasının daha sağlıklı olacağı kanaati uyandırdı. BTS-2 gen ekspresyonu kontrol grubuna göre yaklaşık 3,5 kat artış göstermiştir. Sağlıklı kişiler ile hasta grubu arasında TRIM5α proteinin ekspresyonu açısından anlamlı bir fark tespit edilememiştir TRIM5 gen ekspresyon düzeyleri ile hastalık ve hastalığın seyrine yönelik anlamlı bir ilişki kurulamamıştır. BTS-2 gen ekspresyon düzeylerinin kontrol grubuna göre yüksek çıkması doğal bağışıklık yanıtın MS hastalığı üzerindeki etkisinin bir sonucu olabileceği yönünde değerlendirilmiştir. Anahtar Kelimeler: BTS2, HERW-W, Multipl skleroz (MS), TRİM5,
Pandemik SARS-COV-2 enfeksiyonu geçiren hastalarda miRNA araştırılması
Amaç: SARS-CoV-2'nin konak bağışık yanıtını tetiklediği ve buna bağlı olarak semptomlara neden olduğu bilinmektedir. Özellikle gen ekspresyonunu ve protein fonksiyonunu düzenlemede etkili miRNA'lar, viral hastalıklarda rol almaktadır. MiRNA (miR) ekpresyonundaki değişiklikler hedef proteinlerin yapısında ve işlevlerinde değişikliklere neden olarak hastalıkların patogenezine katkıda bulunabilmektedir. Çalışmamızın amacı, SARS-COV-2 ile enfekte hastaları sağlıklı kontrol grubuyla karşılaştırarak miR-19a-3p, miR19b-3p, miR-21, miR-26a-5p, miR-146a, miR-let-7b-3p, miR-155, miR-16, miR-590, miR-1307-3p serum düzeylerini ölçerek klinik tabloyla ilişkisini belirlemektir. Yöntem: Çalışmaya PZR yöntemi ile COVID-19 tanısı konan 70 hasta ve herhangi bir hastalığı olmayan 30 kontrol grubunun kan örnekleri dahil edildi. Hastalar hafif, orta, ağır olmak üzere üç gruba ayrıldı. MiRNA izolasyonu amacıyla SanPrep Column MicroRNA Mini-Prep kiti (Bio Basic Inc., Toronto, Kanada) kullanıldı. Daha sonra miRNA'dan cDNA elde edilmesi miRNA All-In-One cDNA Synthesis kit (Applied Biological Materials (ABM) Inc., Richmond, Kanada) ticari kiti ile gerçekleştirildi. MiRNA seviye ölçümleri ise real time PZR kiti (ABM Inc., Richmond, Kanada) ile yapıldı. Relatif ekspresyonların hesaplanmasında Livak'ın ΔΔCT metodu kullanılarak 2(–ΔΔCT) değerleri hesaplandı. Bulgular: MiR-1307-3p, miR-146, miR-26a-5p, miR-21, miR-19a-3p, miR19b-3p, miR-let-7b-3p'nin serum ekspresyon düzeyleri COVID-19 hastalarında daha yüksek tespit edildi. COVID-19 hastalarında miR-1307-3p, miR-146, miR-26a-5p, miR-21, miR19b-3p, miR-let-7b-3p istatistiksel olarak anlamlıydı (p<0.05). MiR-16'da aşağı regülasyon gözlendi. Hasta grupları arasında miR ekspresyon düzeyleri farklılık gösterdi. Sonuç: Konak-virüs etkileşimleri göz önüne alındığında, miRNA'ların COVID-19'da hem terapötik hedef olabileceğini hem de hastalığın patogenezini anlamaya yardımcı olacağını düşünüyoruz. Hastalığın patogenezinin anlaşılmasında in vivo ve in vitro deneyler ile birlikte klinik çalışmalarının yapılması önem arz etmektedir.
Konya bölgesinde yaşayan insanlarda hantavirüs antikor sıklığı; kentsel ve kırsal popülasyon bazlı değerlendirme
Giriş ve Amaç: Bu tez çalışmasında Konya ilinde yaşayan kişilerde hantavirüs IgG antikor sıklığının Enzim Bağlı İmmünolojik Yöntem ile serolojik olarak saptanması ve antikor pozitifliğinin kent ve kırsal bölgelerdeki farklılığının gösterilmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Necmettin Erbakan Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji Laboratuvarına rutin test istemleriyle gönderilen kan örneklerinin çalışmalar sonucunda artan serumlarından adresi Konya ili olan 273 örnek çalışmamıza dahil edilmiştir. Serum örnekleri çalışma yapılana kadar -80°C'de muhafaza edilmiştir. Hastaların bilgilerine hastane bilgi işlem sistemi tarafından ulaşılmıştır. Örneklerde Dobrava, Puumala, Hantaan hantavirüslere karşı gelişen IgG antikor varlığı araştırılmıştır. Hantavirüs IgG antikorları tespiti Enzim Bağlı İmmünolojik Yöntem (Enzyme-Linked Immuno Sorbent Assay; ELISA) yöntemi ile gerçekleştirilmiştir. Elde edilen sonuçlara ait verilerin istatistiksel analizi SPSS for Windows version 18.0 (SPSS Inc. Chicago, IL, USA) paket programı kullanılarak yapılmıştır. Bulgular: Tez çalışmamıza toplam 273 hastaya ait serum örneği dahil edilmiştir. Örneklerin 136'sı (%49,8) kadın hastalardan, 137'si (%50,2) erkek hastalardan elde edilmiştir. Yaşları 2 yaş ile 92 yaş arasında değişen hastaların yaşlarının ortanca değeri 57,00 olarak hesaplanmıştır. Serum örneklerinin 136'sı (%50,2) Konya ilinde kentsel bölgelerde ikamet eden, 137'si (%49,8) ise Konya ilinde kırsal bölgelerde ikamet eden bireylerden belirlenmiştir. Kırsal bölgelerden elde edilen örnekler 25 farklı ilçeden, kentsel bölgelerden elde edilen örnekler ise 7 ilçeden elde edilmiştir. En çok hasta numunesi kentsel bölgelerden %41,2 ile Selçuklu ilçesinden, kırsal bölgelerden ise %9,5'erlik yüzdeler ile Çumra, Ilgın ve Meram ilçelerindendir. Yapılan serolojik çalışma sonucunda 273 numunenin 13'ünde (%4,8) Hantavirüs IgG antikorları pozitif saptanmıştır. Hastaların pozitiflik durumu ile yaş, cinsiyet, kırsal/kentsel bölgede olma arasında istatistiksel olarak anlamlı bir farklılık bulunmamıştır. Sonuç: Hantavirüsler dünya çapında görülebilen ve mortal seyredebilen enfeksiyon etkenidirler. Ülkemizde de 2009 yılında bir salgına yol açmışlardır ve ülkemizden bugüne kadar birçok hantavirüsle enfekte vaka bildirimleri yapılmıştır. Konya ilinden bugüne kadar hantavirüs ile enfekte vaka bildirimi olmamıştır ve hastalığın sıklığına yönelik herhangi bir bildirim yapılmamıştır. Bu tez çalışmasında Konya ilindeki kırsal ve kentsel alanlarda yaşayan bireylerde hantavirüs IgG antikor sıklığını tespit etmeyi amaçladık. %4,8 oranında hantavirüs IgG antikor varlığını tespit ettiğimiz sonuçlarımız Konya bölgesi için hastalığın yaygınlığı açısından elde edilmiş ilk veriler olarak, halk sağlığı ve enfeksiyon hastalıkları epidemiyolojisi açısından yol gösterici nitelikte olacaktır.
Kutanöz layşmanyazda mevcut antilayşmanyal ajanlar ile yeni aday bileşikler arasındaki sinerjinin incelenmesi
Bu çalışma, Leishmania tropica promastigotlarına karşı mevcut antilayşmanyal ajanlar ile yeni aday bileşiklerin antilayşmanyal etkinliklerinin belirlenmesi ve konvansiyonel antilayşmanyal ajanlar ile uçucu yağ bileşenleri veya antibiyotikler arasındaki sinerjik etkileşimin incelenmesi amacıyla yapıldı. Bu çalışmada, Manisa Celal Bayar Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Parazitoloji Anabilim Dalı'nda bulunan Parazit Bankası'ndan temin edilen L. tropica (MHOM/AZ/1974/SAF-K27) promastigotları kullanıldı. Antilayşmanyal ajanlar, meglumin antimonat (Glucantime®), sodyum stiboglukonat (Pentostam®), paromomisin, miltefosin ve amfoterisin B, antibiyotikler (tetrasiklin, tigesiklin, klindamisin) ve uçucu yağ bileşenleri (karvakrol, timol) seçilerek çalışmaya alındı. Uçucu yağ bileşenleri, antibiyotikler ve antilayşmanyal ajanların L. tropica promastigotlarına karşı aktiviteleri, sıvı mikrodilüsyon yöntemi ile belirlenirken, sinerji çalışmalarında dama tahtası yöntemi kullanıldı. Antilayşmanyal ajanlar olan pentostam, miltefosin ve amfoterisin B ile denenen tüm antibiyotiklerin, L. tropica promastigotlarına karşı güçlü antilayşmanyal aktiviteye sahip olduğu gösterildi. Antibiyotikler ile pentostam, miltefosin ve amfoterisin B kombinasyonlarında sinerjik etki görülürken, uçucu yağ bileşenleri ile antilayşmanyal ajanlar arasında sinerjik etki saptanmadı. Sonuç olarak, klinik kullanımda olan antilayşmanyal ajanlarla antibiyotikler arasında sinerjik etkileşimin gösterilmesi, bu ajanların (özellikle amfoterisin B) tedavi dozunu, süresini ve yan etkilerini azaltabilmesi açısından umut vericidir.
Klinik örneklerden soyutlanan bakterilerde dışa atım pompa inhibitörlerinin çeşitli antibiyotiklerin etkinliği üzerine etkisinin incelenmesi
İnsanlığın karşı karşıya kaldığı en önemli halk sağlığı sorunlarından birisi olan antibiyotik direnci, yeni antimikrobiyal ajan geliştirmede yeni stratejileri ve yaklaşımları zorunlu kılmaktadır. Dışa atım pompa inhibitörleri (DAPİ) ve diğer aday ajanlar ile ilgili gelişmeler umut verici olmakla birlikte, mevcut antibiyotiklerin kullanım sürelerini ve etkinliklerini artırabilme arayışları da devam etmektedir. Bu çalışmada, verapamil (VER), rezerpin (REZ) ve karbonil siyanid 3-klorofenilhidrazon (CCCP) olmak üzere üç adet DAPİ'nin, 5 standart suş ve 15 klinik izolata karşı, antibakteriyel etkisi disk difüzyon ve sıvı mikrodilüsyon yöntemi ile, çeşitli antibiyotiklerle sinerjistik etkileşimi ise checkerboard yöntemi ile incelenmiştir. Çalışma kapsamında, çoklu dirençli 3'er adet Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa, Escherichia coli ve Enterococcus faecalis ve 11 adet Staphylococcus aureus klinik izolatı ile, K. pneumoniae ATCC 700603, P. aeruginosa ATCC 27853, E. coli ATCC 25922, S. aureus ATCC 29213 ve E. faecalis ATCC 29212 olmak üzere 5 adet ATCC suşu kullanılmıştır. Dışa atım pompa inhibitörlerinin antibakteriyel etkilerinin güçlü olmamasına karşın, denenen antibiyotiklerle etkileşiminin çoğunlukla sinerjistik veya aditif olduğu saptandı. Bu çalışmada dışa atım pompa inhibitörlerinin, kullanılan izolatlardaki dışa atım pompaları ile olası etkileşimi sonucu denenen antibiyotiklerin minimum inhibitör konsantrasyon değerlerini düşürebildiğinin gösterilmesi, dışa atım pompa inhibitörlerinin antibiyotiklerle kombine kullanımının, antibiyotiklerin etki spektrumunu artırabileceğine, bakterilerde antibiyotiklere karşı direnç düzeyini ve direncin ortaya çıkma sıklığını azaltabileceğine yönelik düşünceleri desteklemektedir.
Stenotrophomonas maltophılıa klinik izolatlarının antibiyotik direnç profillerinin ve direnç genleri sıklığının retrospektif analizi
Stenotrophomonas maltophilia, özellikle hastane ortamında ve bağışıklık sistemi zayıflamış bireylerde enfeksiyonlara neden olabilen fırsatçı bir patojendir. Geniş spektrumlu birçok antibiyotiğe karşı direnç göstermesi sebebiyle, klinik uygulamalarda kullanılabilecek tedavi seçenekleri sınırlıdır. Tedavide ilk seçenek olarak önerilen trimetoprim-sülfametoksazole karşı direnç artışının bildirilmesi, S. maltophilia kaynaklı enfeksiyonların tedavisini zorlaştırmaktadır. Antibiyotik direnç genlerinin aktarımında rol oynayan genetik elemanlar olan integronların ve sülfonamid direncinden sorumlu tutulan sul genlerinin antibiyotik direnci ile ilişkisi diğer gram negatif bakterilerde incelenmiş olmasına rağmen özellikle S. maltophilia için ülkemizdeki veriler oldukça kısıtlıdır. Bu çalışma, S. maltophilia izolatlarının tedavide sıkça başvurulan antimikrobiyal ajanlara karşı duyarlılık profillerini değerlendirmeyi ve dirençten sorumlu tutulan farklı sınıftaki integronlar ile sul genlerinin varlığını araştırmayı amaçlamaktadır. Çalışmaya, 2017-2023 yılları arasında Balıkesir Üniversitesi Sağlık Uygulama ve Araştırma Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı'na gönderilen çeşitli klinik örneklerden izole edilen 100 S. maltophilia izolatı dahil edildi. Bakteri identifikasyonu ve antibiyotik duyarlılığı için BD Phoenix™ M50 Otomatize Sistemi (Becton Dickinson, ABD) kullanıldı. İzolatların trimetoprim-sülfametoksazol için duyarlılığı ayrıca disk difüzyon yöntemi ile de çalışıldı. Tüm izolatlar sul1, sul2 genleri ve integron ilişkili integraz genleri (intI1, intI2) açısından polimeraz zincir reaksiyonu ile araştırıldı. İzolatların trimetoprim-sülfametoksazol, levofloksasin ve seftazidime duyarlılık oranları sırasıyla %96, %66 ve %38 olarak saptandı. Polimeraz zincir reaksiyonu sonucu, trimetoprim-sülfametoksazole dirençli iki izolatta intI1 ve sul1 gen bölgeleri birlikte pozitif bulunurken, trimetoprim-sülfametoksazole duyarlı iki ayrı izolatta sul1 ve sul2 gen bölgelerine rastlandı. Hiçbir izolatta intI2 genine rastlanmadı. Sonuç olarak, hastanemizdeki S. maltophilia izolatlarının, antimikrobiyal duyarlılık durumlarının ve direnç genleri varlığının belirlenmesi hem ülke verilerine katkı sağlayacak hem de dirençli suşların yayılımının kontrolünde ve akılcı antibiyotik kullanım politikalarının oluşturulmasında yol gösterici olacaktır.
Klinik örneklerden soyutlanan Enterococcus faecalis ve Enterococcus faecium kökenlerine karşı antiseptikler ile antibiyotikler arasındaki sinerjik etkileşimlerin incelenmesi
Günümüzün önemli sorunlardan biri antimikrobiyal dirençtir ve Dünya Sağlık Örgütü'nün "yüksek öncelikli" olarak adlandırdığı patojenlerden biri enterokoklardır. Antibiyotik direncine alternatif yaklaşımlardan biri kombinasyon stratejileridir. Enterokok kökenleri klinik örneklerden oldukça fazla soyutlanmakta olup, başarısız dental endodontik tedaviler sonucunda gelişen sekonder apikal periodontitiste de en çok Enterococcus faecalis öne çıkmaktadır. Yara ve endodontik enfeksiyonlarda kullanılabilecek ideal antiseptik bulunmamaktadır. Günümüzde yara ve endodontik enfeksiyonlarda kullanılabilecek alternatif antiseptikler halen araştırılmaktadır. Bu çalışmada, 40 adet yara, 6 adet apse ve 4 adet rektal sürüntü örneğinden soyutlanmış, 30 Enterococcus faecalis ve 20 Enterococcus faecium olmak üzere toplam 50 enterokok kökeni seçilmiştir. Çalışma boyunca kontrol kökeni olarak Enterococcus faecalis ATCC 29212 ve Enterococcus faecium ATCC 6057 kullanılmıştır. Antibiyotik ve antiseptiklerin minimum inhibitör konsantrasyon değerleri European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing kriterlerine göre sıvı mikrodilüsyon yöntemiyle, kombinasyon testleri ise dama tahtası yöntemiyle belirlenmiştir. Antibiyotik-antiseptik kombinasyonlarının, enterokok kökenlerine karşı çoğunlukla sinerjik veya kısmi sinerjik etki gösterdiği saptanmıştır. Bu çalışmada, antiseptiklerin, olası etkileşimi sonucu denenen antibiyotiklerin minimum inhibitör konsantrasyon değerlerini düşürebildiğinin gösterilmesiyle antibiyotik-antiseptik kombine kullanımının, bakterilerde antibiyotiklere karşı direnç düzeyini ve direncin ortaya çıkma sıklığını azaltabileceğine yönelik düşünceleri desteklemektedir. Anahtar kelimeler: Antibiyotik, antiseptik, dama tahtası, enterokok, kombinasyon
Retrospektif olarak Acinetobacter baumannii klinik izolatlarının antibiyotik direnç profillerinin belirlenmesi ve direnç genleri varlığının gösterilmesi
Acinetobacter cinsi bakteriler, ilk olarak 1911 yılında Beijerinck tarafından toprak örneklerinden izole edilmiş ve başlangıçta Micrococcus calcoaceticus olarak tanımlanmıştır. Daha sonra bu cins, 1954 yılında Brisou ve Prévot tarafından morfolojik ve biyokimyasal özelliklerine dayanarak Gram negatif, hareketsiz, pigment üretmeyen, spor oluşturmayan, zorunlu aerobik ve non-fermentatif kokobasiller olarak sınıflandırılmıştır. "Acinetobacter" adı, Yunanca "hareketsiz" anlamına gelen "akinetos" kelimesinden türetilmiştir. Acinetobacter spp., doğada yaygın olarak bulunmakta olup, toprak, su ve diğer çevresel ortamlarda yaşamlarını sürdürebilirler. Özellikle Acinetobacter baumannii, hastane ortamlarında cansız yüzeylerde uzun süre canlı kalabilme özelliği nedeniyle nozokomiyal enfeksiyonların önemli etkenlerinden biri haline gelmiştir. Bu bakteriler, bağışıklık sistemi baskılanmış bireylerde; uzun süreli yoğun bakım yatışları, mekanik ventilatör desteği, invaziv işlemler (kateter, trakeostomi vb.) ve geniş spektrumlu antibiyotik kullanımı gibi risk faktörlerinin varlığında fırsatçı enfeksiyonlara neden olabilmektedir. Klinik açıdan, A. baumannii sıklıkla pnömoni, sepsis, yara enfeksiyonları, menenjit ve kateter ilişkili üriner sistem enfeksiyonlarına yol açar. Giderek artan antibiyotik direnç profili ve çevresel dayanıklılığı nedeniyle, bu patojen günümüzde küresel ölçekte sağlık hizmetleri ile ilişkili enfeksiyonlarda öncelikli tehditlerden biri olarak değerlendirilmektedir. Özellikle geniş spektrumlu antibiyotiklerin yaygın ve kontrolsüz kullanımı, dirençli suşların ortaya çıkmasına neden olmuş, bu da tedavi yaklaşımlarını zorlaştırmıştır.
Human papilloma virus pozitif bulunan hastalarda genotip dağılımı ve diğer cinsel yolla bulaşan mikroorganizmalar ile birlikteliğinin araştırılması
Tüm dünyada kadınlarda servikal kanser sık görülmekte ve kanserler arasında ikinci sırada yer almaktadır. Human papilloma virusun servikal kanser ile ilişkisi gösterilmiştir. Bugüne kadar HPV'nin 200'den fazla türü belirlenmiş ve bunlardan 40 tanesinin genital sistemde enfeksiyon yaptığı bilinmektedir. Bu çalışmanın amacı; daha önce laboratuvara gönderilen HPV saptanan servikal örneklerde genotiplerin belirlenmesi ve aynı örneklerde diğer cinsel yolla bulaşan etkenlerin olup olmadığının araştırılmasıdır. Bu çalışmada 2021-2024 yılları arasında Balıkesir Üniversitesi Tıp Fakültesi ve Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Kadın Hastalıkları ve Doğum Polikliniklerine başvuran, HPV pozitif saptanan hastaların arşivlenmiş servikal sürüntü örneklerinde yüksek riskli HPV genotipleri (16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66, 67, 68), hedef bölgesi E7 olan real time PCR testi ile belirlenecektir. Ayrıca aynı servikal örneklerde CYBH etkenleri olan on iki mikroorganizmanın (Candida albicans, Chlamydia trachomatis, Gardnerella vaginalis, Mycoplasma genitalium, Mycoplasma hominis, Neisseria gonorrhoeae, Ureaplasma parvum, Ureaplasma urealyticum, Treponema pallidum, Trichomonas vaginalis, Herpes simplex virüs tip 1 ve 2) varlığı araştırılacaktır. Bu kapsamda, HPV ve CYBH patojenlerinin eşzamanlı varlığının klinik sonuçlara nasıl yansıdığı incelenecek; böylelikle, tanı ve tedavi süreçlerinde daha rafine ve etkili stratejiler geliştirilmesine katkı sağlanacaktır. Bu çalışmanın, cinsel sağlık alanında mevcut bilgi birikimine yenilikçi bir boyut kazandırarak, bireylerin sağlığını koruma ve iyileştirme yolunda önemli bir adım olması amaçlanmaktadır.
Pseudomonas aeruginosa klinik izolatlarının antibiyotik dirençprofillerinin ve direnç genleri sıklığının retrospektif analizi
Pseudomonas aeruginosa Klinik İzolatlarının Antibiyotik Direnç Profillerinin ve Direnç Genleri Sıklığının Retrospektif Analizi Amaçlar: Bu çalışma, sağlık hizmetleriyle ilişkili enfeksiyonların önemli bir etkeni olan P. aeruginosa klinik izolatlarının antibiyotik direnç profillerini ve karbapenemlere karşı dirençte rol oynayan karbapenemaz direnç genlerinin sıklığını retrospektif olarak belirlemeyi amaçlamaktadır. Gereç ve Yöntem: Çalışma, 2021-2023 yılları arasında Balıkesir Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı'nda çeşitli kliniklerden gelen 108 izolat üzerinde gerçekleştirilmiştir. Rutin laboratuvar prosedürleri ile izole edilmiş ve tanımlanmış izolatların antibiyotik duyarlılık testleri BD Phoenix™ M50 (Becton Dickinson, ABD) otomatize sistemi kullanılarak yapılmış, sonuçlar EUCAST kriterlerine göre değerlendirilmiştir. İzolatlarda çeşitli karbapenemaz genlerinin (VIM, IMP, NDM, OXA-23, OXA-24, OXA-48) varlığı polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ile araştırılmıştır. Elde edilen veriler retrospektif olarak analiz edilmiştir. Bulgular: Çalışmaya dahil edilen P. aeruginosa izolatlarının geniş bir antibiyotik yelpazesine karşı direnç gösterdiği görülmüştür. En yüksek direnç oranları sırasıyla levofloksasin (%35,5), siprofloksasin (%34,9), sefepim (32,6) ve imipenem (%32,4) antibiyotiklerinde saptanmıştır. Özellikle karbapenemlere karşı yüksek direnç oranları dikkat çekmiştir. PZR yöntemiyle yapılan gen taramalarında, 5 izolatın VIM ve 1 izolatın NDM ürettiği tespit edilmiştir; diğer karbapenemaz genleri izolatlarda saptanmamıştır. Sonuç: Çalışma, P. aeruginosa izolatlarının ciddi bir direnç tehdidi oluşturduğunu ve tedavi seçeneklerini kısıtladığını göstermektedir. Antibiyotik direnç mekanizmalarının belirlenmesi, enfeksiyon kontrol önlemlerinin geliştirilmesine ve etkin tedavi stratejilerinin oluşturulmasına katkı sağlayacaktır. Ayrıca, karbapenemaz genlerinin yaygınlığı, bu patojenin neden olduğu enfeksiyonların bölgesel takibinin önemini vurgulamaktadır. Anahtar Kelimeler: Karbapenem Direnci, Metallo-Beta-Laktamazlar, OXA- Tipi Karbapenemazlar, Polimeraz Zincir Reaksiyonu, Pseudomonas aeruginosa
Litik bakteriyofajların izolasyonu karakterizasyonu ve çoklu ilaç dirençli Pseudomonas aeruginosa'ya karşı çeşitli antimikrobiyal ajanlarla sinerjik etkileşiminin İn Vitro araştırılması
Çoklu ilaç dirençli Pseudomonas aeruginosa, artan tedavi zorlukları nedeniyle kritik bir halk sağlığı sorunudur. Bu çalışmada, Balıkesir bölgesindeki atık sulardan izole edilen iki litik bakteriyofaj (BAUNPA1 ve BAUNPA3), farklı antibiyotikler [kolistin (COL), siprofloksasin (CIP), meropenem (MEM), tobramisin (TOB)] ve antimikrobiyal peptitler [murepavadin (MUR), peksiganan (PEX)] ile kombinasyon halinde in vitro olarak değerlendirilmiştir. Fajlar morfolojik (TEM) ve genetik (RFLP) analizlerle karakterize edilmiştir. Her iki fajın biyolojik özellikleri değerlendirilmiş 30 dk lık latent dönem, optimum MOI değeri 10, pH 6–8 aralığında ve 50 °C'ye kadar stabilite ile birlikte, BAUNPA1 için yaklaşık 189 ve BAUNPA3 için yaklaşık 43 gibi patlama boyutu değerleri saptanmıştır. Konak aralığı analizinde BAUNPA1 %34, BAUNPA3 %60 oranında lizis göstermiştir. Klinik örneklerden soyutlanan elli P. aeruginosa izolatına karşı, kolistin ve murepavadin, en düşük MİK50/MİK90 (0.5/1 µg/mL) değerleriyle en etkili ajanlar olmuştur. Faj-antimikrobiyal madde kombinasyonları, seçilmiş beş klinik izolat üzerinde modifiye çift tabakalı agar (disk difüzyon, alt agar ve yumuşak agara sub-MİK antibiyotik/peptid eklenmesi) ve dama tahtası yöntemleriyle, eşzamanlı ve ardışık uygulama modelleriyle test edilmiştir. Disk difüzyon yöntemi, plak boyutunda sınırlı bir artış sağlarken; alt veya yumuşak agara sub-MİK antibiyotik/peptid eklenmesiyle plak sayısı ve boyutunda anlamlı artışlar gözlemlenmiştir. Alt agara sub-MİK antibiyotik/peptid eklenmesi plak boyutunu artırmada daha etkili olurken; yumuşak agara sub-MİK antibiyotik/peptid eklenmesi ise plak sayısında daha fazla artışa neden olmuştur. Plak boyutunda en belirgin artış MEM ile sağlanırken, plak sayısında artışa neden olan antibiyotikler MEM, COL ve CIP olmuştur. Dama tahtası yönteminde eşzamanlı uygulamalarda CIP, COL ve MEM ile genellikle sinerjik etkileşim gözlenirken, ardışık modelde (faj-önce) antibiyotiklerin yanı sıra MUR ve PEX ile de sinerjik etkileşim gözlenmiştir (FİKİ ≤ 0.5). Bu tez, litik fajların klinik kullanımdaki antibiyotikler ve antimikrobiyal peptitlerle kombinasyonlarının farklı in vitro modellerde karşılaştırmalı analizini sunarak, dirençli P. aeruginosa enfeksiyonlarında yeni tedavi stratejileri geliştirilmesine katkı sağlamaktadır.
Acinetobacter baumannii'ye karşı eravasiklin ve omadasiklinin diğer antimikrobiyal ajanlarla kombine etkisi
Acinetobacter baumannii'ye Karşı Eravasiklin ve Omadasiklinin Diğer Antimikrobiyal Ajanlarla Kombine Etkisi Amaç: Bu çalışma, üçüncü kuşak tetrasiklinler arasında yer alan eravasiklin ve omadasiklinin, tek başına ve diğer antibiyotiklerle (seftazidim, meropenem, amikasin, tobramisin, siprofloksasin ve kolistin) kombinasyonlarının Acinetobacter baumannii'nin klinik izolatlarına karşı in vitro etkinliğini incelemeyi amaçlamaktadır. Gereç ve Yöntem: Balıkesir Üniversitesi Hastanesinde klinik örneklerden izole edilen 50 A. baumannii suşu için eravasiklin ve omadasiklinin minimum inhibitör konsantrasyon (MİK) değerleri sıvı mikrodilüsyon yöntemiyle belirlendi. Sonuçlar EUCAST ve CLSI yönergelerine göre yorumlandı. Ayrıca, meropeneme dirençli 10 suş seçilerek her iki antibiyotiğin diğer altı antibiyotikle kombinasyonları dama tahtası yöntemiyle analiz edildi. Bulgular: Test edilen suşların %88'i meropeneme, %6'sı ise kolistine dirençli bulundu. Eravasiklin ve omadasiklinin MİK aralıkları sırasıyla 0,12–4 µg/mL ve 0,5–8 µg/mL aralığında bulundu. Eravasiklin ve omadasiklin için MİK50 değerleri sırasıyla 0,5 µg/mL ve 1 µg/mL iken MİK90 değerleri 2 µg/mL idi. Eravasiklinin seftazidim, meropenem, kolistin, amikasin ve siprofloksasin ile kombinasyonlarında sırasıyla %80, %80, %70, %60 ve %50, omadasiklinin aynı antibiyotiklerle kombinasyonlarında %80, %70, %60, %50 ve %30 oranında sinerji gözlendi. Her iki antibiyotik de tobramisin ile sinerjistik etki göstermedi. Sonuç: Eravasiklin ve omadasiklin, düşük MİK değerleri ve çeşitli antibiyotiklerle yüksek sinerji oranları sergileyerek A. baumannii'ye karşı potansiyel kullanım imkânı olduğunu göstermektedir. Bu in vitro bulgular, dirençli A. baumannii enfeksiyonlarının tedavisinde bu ajanların klinik etkinliklerini değerlendirmek için ileri çalışmaların gerekliliğini ortaya koymuştur. Anahtar Kelimeler: Antibiyotik Direnci, Dama tahtası, Sinerji.
Çocuklarda üriner sistem enfeksiyonu etkeni olan escherichia coli izolatlarında virülans faktörleri, filogenetik grup özellikleri ve ST131 klonu varlığının araştırılması
AMAÇ: Bu çalışmada; Ocak 2021 – Eylül 2021 tarihleri arasında Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi Cebeci Hastanesi Merkez Mikrobiyoloji Laboratuvarında 3-18 yaş arası çocuk hastaların üriner sistem enfeksiyonu (ÜSE) ön tanısıyla gönderilen idrar örneklerinden elde edilen 100 ilk, 100 tekrarlayan ÜSE etkeni toplam 200 adet Esherichia coli izolatının antimikrobiyal direnç oranları, filogenetik grup dağılımları, virülans faktörleri sıklığı ve O25b/ST131 klonuna ait olup olmadıkları değerlendirilmiştir. Elde edilen verilerin ilk ve tekrarlayan ÜSE etkenleri arasındaki ve O25b/ST131 klonuna ait olan ve olmayan izolatlar arasındaki dağılımları araştırılarak, ülkemizdeki sürveyans verilerine katkıda bulunmanın yanı sıra daha etkin bir ÜSE yönetimi için geliştirilebilecek tanı, tedavi ve profilaksi seçenekleri için yapılacak yeni çalışmalara ışık tutması amaçlanmıştır. GEREÇ VE YÖNTEM: Konvansiyonel yöntemler ile tanımlanan izolatların antimikrobiyal duyarlılıkları Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemiyle, genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz (GSBL) üretimleri çift disk sinerji testi ile değerlendirilmiş, biyofilm oluşumları mikroplak yöntemi, hemolizin üretimleri kanlı agara ekim tekniği ile araştırılmıştır. Filogenetik gruplandırma, O25b/ST131 klonu, virülans genlerinin araştırılması, izolatların moleküler düzeyde üropatojenik E. coli (UPEC) olarak sınıflandırılması ve virotiplendirilmelerinde polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) kullanılmıştır. Aynı hastadan farklı zamanlarda toplanan izolatların arasındaki ilişkiyi ortaya koymak için değişken alanlı jel elektroforezi (PFGE) yapılmıştır. BULGULAR: En yüksek antimikrobiyal direnç oranı ampisilin (n=100, %50), amoksisilin-klavulanik asit (n=43, %21,5), sefazolin (n=99, %49,5), sefotaksim (n=43, %21,5) ve trimetoprim-sülfametoksazol'e (n=55, %27,5) karşı gözlenmiştir. Tekrarlayan ÜSE etkenlerinde (n=100) ilk ÜSE etkenlerine göre sefotaksim (n=29, %29), sefepim (n=25, %25) ve trimetoprim-sülfametoksazol (n=35, %35); O25b/ST131 izolatlarında (n=67) ise bu klonda olmayanlara (n=133) göre siprofloksasin (n=17, %25,4), amikasin (n=3, %4,5) ve gentamisin (n=10, %14,9) direnç oranları daha yüksek saptanmıştır (p<0,05). İzolatların 58'inin (%29) çoklu ilaca dirençli (ÇİD) olduğu, 38'inin (%19) GSBL ürettiği bulunmuştur. Tekrarlayan ÜSE etkenlerinde ÇİD ve/veya GSBL üreten izolatların oranı ilk ÜSE etkenlerine göre daha fazla bulunmuştur (sırasıyla n=36 (%36) / n=22 (%22); n=27 (%27) / n=11 (%11); p<0,05). İzolatların 3'ünde (%1,5) biyofilm oluşumu gözlenmiş, bu izolatların tamamı filogenetik grup A'ya ait bulunmuştur. Hemolizin üretimi izolatların 29'unda (%14,5) görülmüş olup, hemolizin üreten izolatlar içinde O25b/ST131 klonunun oranı bu klona ait olmayan izolatlara göre daha yüksek saptanmıştır (sırasıyla n=23 (%79) / n=6 (%21); p<0,0001). İzolatların 91'inin (%45,5) D, 75'inin (%37,5) B2, 25'inin (%12,5) A ve 9'unun (%4,5) B1 filogenetik grubunda yer aldığı bulunmuştur. B2 ve D grubunda yer alan izolatların antimikrobiyal dirençlerinin daha yüksek olduğu ve daha fazla sayıda virülans geni taşıdıkları saptanmıştır (p<0,05). İzolatların 67'si (%33,5) O25b/ST131 klonuna ait bulunmuştur. İlk ve tekrarlayan ÜSE etkenleri içindeki O25b/ST131 klonu oranları benzer bulunmuştur (p>0,05). İzolatların en sık adezyon [fimH n=194 (%97), papA n=114 (%57), yfcV n=99 (%49,5)] ve demir edinim sistemlerine [fyuA n=171 (%85,5), chuA n=156 (%78), iutA n=146 (%73)] ait virülans genleri taşıdıkları görülürken, en az oranda toksin grubu [vat n=64 (%32), hlyA n=31 (%15,5), cnf I n=13 (%6,5)] virülans genleri bulunmuştur. O25b/ST131 klonuna ait izolatlarda tüm virülans faktörleri bu klona ait olmayan izolatlara göre daha sık saptanmıştır (p<0,05). Antimikrobiyal direnç ile en sık birlikte görülen virülans geni papA olmuştur (ampisilin, amoksisilin-klavulanik asit, piperasilin-tazobaktam, sefazolin, sefotaksim, sefepim, siprofloksasin ve trimetoprim-sülfametoksazol direnci, p<0,05). İzolatların 101'i (%50,5)'i moleküler analizle UPEC olarak tanımlanmıştır. O25b/ST131 klonuna ait izolatların 65'i (%97), bu klona ait olmayan izolatların ise 36'sı (%27,1) moleküler analizle UPEC olarak tanımlanmıştır (p<0,0001). Çalışmamızda O25b/ST131 klonundaki izolatların 40'ı (%59,7) virotip B, 18'i (%26,9) virotip C, 3'ü (%4,5) virotip A ve 3'ü (%4,5) virotip D olarak saptanmıştır. PFGE ile 15 hastaya ait 33 izolat değerlendirilmiş, dokuz hastanın (%60), sonradan toplanan izolatı ile ilk izolatının aynı profilde olduğu görülmüştür. SONUÇ: E. coli'ye bağlı gelişen ÜSE çocuklarda önemli bir sağlık sorunudur. Özellikle E. coli O25b/ST131 klonu virülans faktörü ve antimikrobiyal direnç oranlarının yüksek olması sebebiyle ciddi bir halk sağlığı sorunu haline gelmektedir. Bu klona ilişkin sürveyansa, tanı testlerine, tedavi algoritmalarına ve önleyici tedbirlere odaklanılması zorlu E. coli enfeksiyonlarına karşı koymada yardımcı olacak, yeni profilaksi, tedavi veya aşı stratejilerinin geliştirilmesine, taşıyıcılık ve kolonizasyonun önlenmesine yönelik çalışmalara ışık tutacaktır.
Haemophilus influenzae izolatlarının antibiyotik duyarlılıklarının incelenmesi
Amaç: Bu çalışmada Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi İbn-i Sina Eğitim ve Araştırma Hastanesi Merkez Mikrobiyoloji Laboratuvarı'na 01.01.2020-01.06.2021 tarihleri arasında gönderilen alt solunum yolu örneklerinin kültürlerinde üreyen 84 adet H.influenzae izolatının antibiyotik duyarlılıkları disk difüzyon yöntemiyle incelenmiştir. İmipenem ve meropenem duyarlılık sonuçları disk difüzyon ve gradiyent şerit test yöntemiyle de değerlendirilerek referans yöntem olan sıvı mikrodilüsyon yöntemi ile uyumunun incelenmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Alt solunum yolu örnekleri mikroskopik olarak değerlendirilmiştir. Mikroskopik açıdan uygun olan örneklerin kültürü %5 koyun kanlı agar (KKA), MacConkey agar ve çikolata agar besiyerlerine ekilmiştir. KKA ve MacConkey agar plakları normal atmosferde, çikolata agar plakları CO2'li ortamda, 37 0C'de 24-48 saat inkübe edilmiştir. Bakterinin tanımlaması Gram boyama ve MALDI-TOF MS ile yapılmıştır. İzolatların antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesinde disk difüzyon yöntemi kullanılmıştır. İzolatların beta-laktamaz enzim üretimi kromojenik nitrosefin diski kullanılarak gerçekleştirilmiştir. İzolatların beta-laktam ilaçlara karşı direnç mekanizmasının varlığı 1 ünite benzilpenisilin içeren penisilin diskiyle taranmıştır. Karbapenem grubu antibiyotiklerin minimum inhibitör konsantrasyonlarının (MİK) belirlenmesinde gradiyent şerit test ve sıvı mikrodilüsyon test yöntemleri kullanılmıştır. Bulgular: Çalışmamızda izolatların yarısından fazlası 50 yaş ve üzeri hastalardan izole edilmiştir. Çalışmadaki erkek hastalar, tüm hastaların % 70,23'ünü oluşturmuştur. Beta-laktamaz negatif ampisilin duyarlı (BLNAS) izolatlar % 45,23 ile en bulunan fenotip olmuştur. Bunu %39,28 ile Beta-laktamaz negatif ampisilin dirençli (BLNAR), % 10,71 ile Beta-laktamaz pozitif ampisilin dirençli (BLPAR), % 4,76 ile Beta-laktamaz pozitif amoksisilin klavulanik asit dirençli (BLPACR) izolatlar izlemiştir. Çalışmamızda disk difüzyon yöntemi ile imipenem, meropenem ve sefotaksim direnci saptanmamıştır. En yüksek direnç % 54,76 ile ampisilinde görülmüştür. En düşük direnç %13,09 ile kinolon grubu antibiyotiklerde görülmüştür. Direnç oranları; sefuroksim %39,28, amoksisilin/klavulanik asit % 28,57 siprofloksasin, levofloksasin ve moksifloksasin %13,09, tetrasiklin %16,66, trimetoprim/sülfametoksazol % 29.76 olarak saptanmıştır. İmipenem ve meropenem için disk difüzyon ve sıvı mikrodilüsyon duyarlılık sonuçları birbiriyle uyumlu bulunmuştur. Gradiyent şerit test yöntemiyle sıvı mikrodilüsyon yönteminin meropenem için kategorik uyumu % 100 (n=84), temel uyumu % 70,23 (n=59) iken imipenem için kategorik uyum % 70,23 (n=59), temel uyum % 41,66 (n=35) olarak saptanmıştır. İmipenem için büyük hata oranı % 29,76 (n=25) olarak bulunmuştur. Çalışmada imipenem için test edilen izolatların 17sinde (%20,23) disk difüzyon testinde zon içi üremeler görülmüştür. Gradient şerit testinde bu izolatların 12'sinde (%70,58) heterodirenç göstesi olan çift zon görülmüştür. Onyedi izolatın fenotip dağılımlarına bakıldığında onüç BLNAR, iki BLPAR, bir BLPACR, bir BLNAS izolat bulunmuştur. BLNAR izolatlarda MİK değerleri altı izolatta >32 µg/ml, bir izolatta 12 µg/ml, bir izolatta 8 µg/ml, iki izolatta 2 µg/ml, bir izolatta 0,5 µg/ml, bir izolatta 0,75 µg/ml, bir izolatta 0,094 µg/ml olarak bulunmuştur. İki BLPAR izolatta MİK değeri >32 µg/ml, bir BLPACR izolatta MİK değeri >32 µg/ml ve bir BLNAS izolatta MİK değeri 4 µg/ml olarak bulunmuştur. Sonuç: Çalışmamızda direncin en yüksek görüldüğü antibiyotik ampisilin olarak belirlenmiş ve rutinde test edilen antibiyotiklere belirli oranlarda direnç tespit edilmiştir. Disk difüzyon testi ile imipenem, meropenem ve sefotaksim direnci saptanmamıştır. BLNAR izolatlar dünya genelinde yaygınlaşmaya başlamıştır ve beta laktam grubu antibiyotiklere direnç gelişimi endişesini arttırmaktadır. Çalışmamızda sıvı mikrodilüsyon yöntemi ile iki karbapeneme de direnç tespit edilmemekle birlikte, gradiyent şerit testi ile 25 izolat imipeneme dirençli bulunmuştur. Önceki çalışmalarla uyumlu şekilde çalışmamızda sıvı mikrodilüsyon yönteminin H.influenzae izolatlarının karbapenem duyarlılığının belirlenmesinde özellikle de imipenem duyarlılığı açısından öneme sahip olduğu tespit edilmiştir. İmipenem ve meropenem için disk difüzyon yönteminin sıvı mikrodilüsyon yöntemiyle uyumu göz önüne alındığında disk difüzyon yöntemi rutin laboratuvar uygulamaları açısından önemini korumaktadır. Heterodirençli izolatların görülmesi, dirençli izolatların ortaya çıkışı açısından uyarıcı olabilir. H.influenzae izolatlarında direnç oranlarının ve mekanizmalarının ortaya konulabilmesi açısından sürveyans çalışmalarının yapılması önem taşımaktadır. Anahtar Kelimeler: H. influenzae, imipenem, meropenem, sıvı mikrodilüsyon, gradiyent şerit test
Yenidoğan yoğun bakım ünitesinde tedavi gören yenidoğanların cilt florasında üreyen malassezia türleri ve etki eden faktörler
Malassezia mayaları hem yetişkinlerin hem de yenidoğanların normal cilt florasında bulunan, üremesi lipide bağımlı olan lipofilik kommensal maya mantarlarıdır. Hem yetişkinlerde hem de yenidoğanlarda fırsatçı enfeksiyonlara neden olmaktadır. Yenidoğan döneminde birçok farklı nedenle yüksek Malassezia kolonizasyonu görülmektedir. Çalışmamızda yenidoğan yoğun bakım ünitesindeki yenidoğanlarda Malassezia kolonizasyonu araştırılmıştır. Çalışmamız; 1 Ocak 2021- 1 Ocak 2022 tarihleri arasında Pamukkale Üniversitesi Hastanesi Yenidoğan Yoğun Bakım Ünitesin'de takip edilen 150 yenidoğan üzerinde yapılmıştır. Yenidoğanlardan Yenidoğan Yoğun Bakım Ünitesine yatışlarından sonraki 24-48 saat içinde örnekler alınmıştır. 150 yenidoğanın alın, yanak ve göğüslerinden steril pamuklu eküvyonla cilt sürüntü örnekleri alınmıştır. Alınan örnekler mDixon agar besiyesine ekilerek iki hafta 32C'de, nemli etüvde inkübasyona bırakılmıştır. Üreme görülen koloniler nativ mikrokopik inceleme ile maya olarak doğrulandıktan sonra Sabouraud'un dektrozlu agar (SDA) besiyerine ekilmiştir. Bir hafta süre ile aynı şartlarda inkübe edilen örnekler, SDA besiyerinde üremenin olmamasını takiben, tween asimilasyonları (%10 Tween 20, %0.5 Tween 40, %0.5 Tween 60, %0.1 Tween 80) ile tiplendirilmiştir. Örnek alınan 150 yenidoğanın 50'sinde (%33,3) hem alın hem yanak hem de göğsünde üreme olmuştur. Malassezia üremesi olan yenidoğanların her 3 vücut bölgesinden aynı tür Malassezia izole edilmiştir. Malassezia üremesi saptanan 50 yenidoğanda 16 (%32) Malassezia furfur, 13 (%26) Malassezia sympodialis, 9 (%18) Malassezia restricta, 6 (%12) Malassezia obtusa, 6 (%12) Malassezia globosa izole edildi. 150 yenidoğanın 50'sinde (%33,3) kolonizasyon bulundu. Örnek alınan 150 yenidoğandan 30'u (%20) flukonazol profilaksisi almaktaydı. Flukonazol profilaksisi alan 30 yenidoğanın 3'ünde (%10) Malassezia üremesi oldu. Flukonazol profilaksisi almayan 120 yenidoğanın 47'sinde (%39,1) Malassezia üremesi oldu. Çalışmamız sonucunda flukonazol profilaksisi ve örnek alım yaşı yenidoğan kolonizasyonunda istatistiksel olarak anlamlı bulundu (p<0,05). Flukonazol profilaksisi alan yenidoğanlarda kolonizasyon oranı düşük bulundu. Örnek alımındaki yaşı büyük olan yenidoğanlarda kolonizasyon oranı yüksek bulundu. Yenidoğanın cinsiyeti, örnek alındığı zamanki ağırlığı, örnek alındığı zaman total parenteral nütrisyon alıp almadığı, doğum şekli kolonizasyon açısından istatistiksel olarak anlamlı bulunmamıştır (p>0,05). Yenidoğanlarda flukonazol profilaksisi alımının Malassezia kolonizasyonu açısından koruyucu olduğu bulundu. Ayrıca yenidoğanların yaşla beraber cilt kolonizasyonlarının arttığı bulundu.
Klinik örneklerden izole edilen difteri dışı korineform bakterilerin identifikasyonu, antibiyotik direnç paterninin ve biyofilm oluşumunun araştırılması
Corynebacterium cinsine ait bakteriler; Corynebacterium diphtheriae ve non-difterik korineform bakteriler (NDC) olmak üzere ikiye ayrılmaktadır. Önceki yıllarda laboratuvar kontaminantları olarak değerlendirilen non-difterik korineform bakterilerin (NDC) yapılan son çalışmalarda önemli hastane enfeksiyon etkeni olabilecekleri ve bu bakterilerin birçok antimikrobiyal ajana dirençli oldukları gösterilmiştir. Ciddi enfeksiyonlarda artan oranda NDC'lerin görülmesi bunların potansiyel patojenler olarak tanınmasını gerekli kılmaktadır.Bu çalışmada Pamukkale Üniversitesi Tıp Fakültesi Araştırma ve Uygulama Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarına Aralık 2020-Ocak 2023 tarihleri arasında, klinik birimlerden gönderilen çeşitli klinik örneklerden izole edilen NDC'lerin tür düzeyinde identifikasyonları ve antibiyotik duyarlılık testlerinin yapılması, antibiyotik direnç paternlerinin incelenmesi, suşların moleküler epidemiyolojisinin ve biyofilm oluşumlarının araştırılması amaçlanmıştır.Tüm izolatlar MALDI-TOF MS (Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Time Of Flight Mass Spectrometry) ile tür düzeyinde tanımlanmıştır. İzolatların %94,3'ü C. striatum ve %5,7'si C. afermentans olarak tanımlanmıştır. İzolatların %15'i kan, %5'i kateter içi kan, %34,3'ü yara, %32,9'u trakeal aspirat (TA), %7,9'u balgam, %2,9'u abse materyali ve %2,1'i plevral sıvı örneklerinden izole edilmiştir. En sık izole edilen klinik örnek yara (%34,3), ikinci en sık klinik örnek trakeal aspirat (%32,9) iken; en az izole edilen klinik örnek ise %2,1 ile plevral sıvı örneği olmuştur. EUCAST (The European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing) rehberi doğrultusunda Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemi ile yapılan antimikrobiyal duyarlılık testi sonuçlarına göre izolatların tamamı linezolid ve vankomisine duyarlı iken tamamı siprofloksasine dirençli bulunmuştur. İzolatların %98,6'sı penisiline, %96,4'ü klindamisine, %99,3'ü rifampisin ve tetrasikline, %88,6'sı gentamisine ve %75,7'si eritromisine dirençli bulunmuştur. İzolatlarda direnç genlerinin varlığı PCR (Polymerase Chain Reaction) ile araştırılmıştır. İzolatların %94,3'ünde bla geni, %95'inde ampC geni, %95,7'sinde ermX geni, %90'nında aac(3)-XI geni, %92,1'inde aphA1 geni, %97,9'unda gyrA geni ve %32,9'unda tetA geni tespit edilmiştir. ermB ve tetB genleri izolatların hiçbirinde tespit edilmemiştir. aac(3)-XI ve aphA1 geni pozitif olan izolatlarda anlamlı bir şekilde gentamisin direnç oranı yüksek bulunmuştur (p<0,05). ermX geni pozitif olan izolatlarda anlamlı bir şekilde eritromisin ve klindamisin direnç oranı yüksek bulunmuştur (p<0,05). İzolatlarda tetA geni pozitifliği ile tetrasiklin direnç oranı arasında anlamlı bir fark bulunmamıştır (p>0,05). bla/ampC geni pozitifliği ile penisilin direnç oranı arasında anlamlı bir fark bulunmamıştır (p>0,05). İzolatların biyofilm oluşturmaları mikrotitrasyon plak yöntemi ile semikantitatif olarak değerlendirilmiştir. İzolatların %26,4'ünde biyofilm oluşumu tespit edilmiştir. Corynebacterium türleri ile biyofilm oluşumu arasında istatistiksel olarak anlamlı fark bulunmamıştır (p>0,05). Çalışmadaki 140 suşun klonal ilişkisi PFGE (Pulsed Field Gel Electrophoresis) yöntemi ile araştırılmıştır. 140 suş 46 farklı PFGE paterni göstermiştir. Bu paternlerden 13 tanesi yalnızca birer suş içermektedir. Kalan 33 patern ise küme oluşturan suşları içermekte olup küme genişliği 2-12 arasında değişmektedir. Kümeleşme oranı %90,7 olarak saptanmıştır. En büyük küme; 12 izolatın yer aldığı A ile kodlanan kümedir. Çalışmamızdaki izolatların çoklu ilaç direncine sahip olmaları ve antimikrobiyal direnç oranlarının yüksek olması nedeniyle bu mikroorganizmalara bağlı gelişen hastane enfeksiyonlarının tedavi stratejisinin zor olacağı düşünülmektedir. Bu nedenle bu mikroorganizmaların hastane enfeksiyon etkeni olabileceği göz önünde bulundurularak aktif sürveyans çalışmalarının yapılması önem arz etmektedir.
Steroid kullanan hastalarda maya mantarı kolonizasyonu
Kandidalar fırsatçı patojenler olup, uzun süreli steroid kullanımı, geniş spektrumlu antibiyotik kullanımı, uzun süren kanser tedavileri, immünsupresif tedavilerin yaygınlaşması, ağız içi cihaz kullanımı ve Covid-19 gibi viral enfeksiyonların artışı sebebiyle hastaların oral kavitesinde 'oral kandidiyazis' hastalığına sebep olmaktadır. İnhalasyon cihazı uygulaması sırasında yapılan hatalar ve hastanın inhalasyon sonrası ağız bakımını yapmaması ilacın oral kavitede birikerek oral florayı bozmasına, özellikle Candida türleri gibi fırsatçı patojenlerin oral kavitede çoğalıp hastalık oluşturmasına sebep olabilmektedir. Bu çalışmanın amacı inhale steroid tedavisi alan ve almayan hastaların oral maya mantarı kolonizasyonunu tanımlamak ve karşılaştırmaktır. Çalışmaya inhale steroid ile tedavi edilen 82 tane hasta, inhale steroid ile tedavi edilmeyen 32 tane hasta dahil edildi. Hastaların oral kavitesinden alınan mukozal sürüntü örneği ve hastalardan toplanan tükürük örneği ile SDA, Corn Meal Agar ve CHROMagar ile mantar kültürü yapıldı. Mikroskobik inceleme, germ tüp oluşumu, klamidyospor oluşumu ve koloni rengi değerlendirilerek tür tanımlaması yapıldı. İnhale steroid kullanan ve kullanmayan hasta grupları arasında maya üremesi ve maya çeşitliliği bakımından istatistiksel anlamda fark saptanmamıştır. İnhale steroid kullanan hastalarda Candida albicans %47,5 luk bir prevalans ile baskındı. Candida albicans'ı sırası ile Candida tropicalis %12,5, Candida krusei %8,5, Candida parapsilosis %1,0 takip etti. İnhale steroid kullanmayan hastalarda da Candida albicans %28,12 lik bir prevelans ile birinci sıradaydı. Daha sonra Candida parapsilosis %12,5, Candida krusei %6,25, Candida tropicalis %6,25, Candida guilliermondii %3,12 sıralama ile dağılım gösterdiler. Ağız bakımı oral kandidiyazisden koruyacak en önemli eylemdir.
Klinik örneklerden izole edilen Stenotrophomonas maltophilia suşlarının antibiyotik direnç genlerinin, biyofilm oluşumunun ve klonal ilişkinin araştırılması
Stenotrophomonas maltophilia gram negatif bakteriler arasında önemli patojenlerden biri olan zorunlu aerob, fermente olmayan bir bakteridir. Özellikle hastanede yatan, bağışıklık sistemi baskılanmış, kanser hastalarında ve kistik fibrozlu hastalarda giderek daha fazla bildirilen bir fırsatçı patojen olarak önümüze çıkmaktadır. Biyotik (epitelyal mukoza dokuları) ve abiyotik (tıbbi cihazlar) yüzeylere yapışma ve biyofilm geliştirme yeteneği, S. maltophilia'nın virülansında rol oynayan önemli bir özelliğidir. S. maltophilia'nın, antibiyotiklere ve kemoterapik ajanlara karşı geniş doğal direnci nedeniyle tedavisi zordur ve tedavide kullanılan trimetoprim/sülfametoksazol (TMP-SMX)'e de giderek artan direnç oranları bildirilmiştir. S. maltophilia'da yeni antimikrobiyal direnç mekanizmalarının ortaya çıkması, bu organizmanın izolatlarının antimikrobiyal duyarlılık testlerinin izlenmesini ve raporlanmasını gerektirir. Bu çalışmada Pamukkale Üniversitesi Tıp Fakültesi Araştırma ve Uygulama Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji laboratuvarına klinik birimlerden gönderilen çeşitli klinik örneklerden izole edilen S. maltophilia izolatlarının antibiyotik duyarlılıklarının yapılması, biyofilm oluşumu, biyofilm oluşumunda görev alan rmlA, rpfF ve TMP/SMX direncinde rol oynayan sul1, sul2 genlerinin araştırılması ve izolatların moleküler epidemiyolojisinin incelenmesi amaçlanmıştır. İzolatlar Phoenix ID/MIC (Becton Dickinson, ABD) otomatize identifikasyon sistemi veya MALDİTOF-MS Biotyper sistemiyle tanımlanmıştır. Çalışmaya dahil edilen suşların 39'u (%39) balgam, 26'sı (%26) solunum yolu, 16'sı (%16) kan dolaşımı, 14'ü (%14) yara, 4'ü (%4) idrar, 1 tanesi (%1) ise BOS örneğinden izole edilmiştir. İzolatların 53'ü (%53) çeşitli yoğun bakım ünitelerinden, 40'ı (%40) dahili birimlerden, 7'si (%7) cerrahi birimlerden gönderilmiştir. İzolatların antibiyotiklere duyarlılığı Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemiyle yapılmış olup zon çapı değerlendirmeleri CLSI (The Clinical & Laboratory Standards Institute) sınır değerlerine göre yorumlanmıştır. Antibiyotik duyarlılık test sonuçlarına göre 100 S. maltophilia izolatının %90'ı TMP/SMX'e duyarlı, %92'si levofloksasine duyarlı, %53'ü minosikline duyarlıdır. Tüm izolatlar içinde 95'i (%95) sul1 negatif olarak saptanırken 5'i (%5) sul1 pozitif olarak bulunmuştur. Ayrıca izolatların tamamı sul2 geni için negatifti. Biyofilm oluşumu mikrotitrasyon plak yöntemi kullanılarak değerlendirilmiştir. İzolatların tamamında biyofilm oluşumu gözlenmiştir. Test edilen 100 izolatın 40'ı (%40) güçlü düzeyde, 32'si (%32) orta düzeyde, 28'i (%28) zayıf düzeyde biyofilm yapmıştır. Biyofilm yapımında etkisi olan rmlA ve rpfF genleri araştırılmıştır. Tüm izolatların içinde 91'i (%91) rmla açısından pozitifken 9'u (%9) negatif olarak bulundu. rpfF genine bakıldığında ise 44 (%44) izolat pozitif iken 56 (%56) izolat negatif olarak saptanmıştır. PFGE sonuçlarına göre 23 farklı küme 95 farklı PFGE tipi saptanmıştır. En büyük küme 17 izolatın olduğu Q kümesi olarak saptanmıştır. Diğer kümeler ise sırasıyla S (14 izolat), G (9 izolat), T (7 izolat) H (6 izolat), A (5 izolat), D, I, P, V (4 izolat), K, N, R (3 izolat), B, C, E, F, J, L, M (2 izolat) içermektedir. Yalnızca 3 kümede (O, U, W) birer üye bulunmaktadır. Q kümesindeki 17 izolatın 10'u YBÜ, 6'sı dahili, 1 tanesi ise cerrahi birimlerden gelmiştir. Q kümesindeki izolatların 7 tanesini balgam, 7 tanesini TA (trakeal aspirat), 2'sini yara, 1'ni kan örnekleri oluşturmuştur. Sul1 pozitif olan izolatların hepsi farklı kümelere dağılmıştır. PFGE tiplerine göre kümeleşme oranı %8 saptanmıştır. Anahtar kelimeler: Stenotrophomonas maltophilia, TMP-SMX direnci, biyofilm, klonal ilişki
Cryptococcus neoformans'ta lipid damlacıklarının ekinokandin direncine etkisinin araştırılması
Kriptokoklar özellikle immünsüpresif bireylerde enfeksiyon etkeni olabilen çevresel fırsatçı mantar etkenidir. Son yıllarda immünsüpresif bireylerin artması ile birlikte bu enfeksiyonların görülme sıklığı da artmaktadır. Tedavisinde kullanılan ilaçların tam olarak enfeksiyonun ortadan kalkması için yeterli olmaması ve ilaç dirençlerinin artması yeni tedavi seçeneklerinin aranmasına yol açmıştır. En son geliştirilen antifungaller olan ekinokandinler mantar enfeksiyonlarında güvenli ve etkili ilaçlardır. Fakat bu ilaçlar kriptokoklara karşı etkisizdirler. Kriptokokların ekinokandinlere neden dirençli oldukları ile ilgili birçok çalışma yapılsa da tam olarak direnç mekanizmaları aydınlatılamamıştır. Kalsinörin mikroorganizmaların virülansı, büyümesi ve ilaçlara direnç geliştirmesinde önemli bir moleküldür. Kalsinörin inhibitörleri (KNİ) uzun yıllar antifungal etkinlikleri nedeniyle çeşitli mantar patojenlerinde araştırılmıştır. Literatürde kriptokoklar üzerinde KNİ'lerinin hücre içi lipit metabolizması ile birlikteliğini inceleyen az sayıda veri bulunmaktadır. Bu çalışmanın amacı; KNİ'lerin ve lipid damlacıklarının (LD) Cryptococcus neoformans kökenlerinde ekinokandin direncine etkisini araştırmaktır. Pamukkale üniversitesi mikrobiyoloji laboratuvarında daha önce genetik tanımlaması yapılmış ve stoklanmış 30 C. neoformans kökeni çalışmaya dahil edildi. Hem KNİ bulunan hem de KNİ bulunmayan ortamlarda çalkalamalı su banyosunda üretilen suşların MİK değerleri karşılaştırmalı olarak mikrodilüsyon yöntemi ile ölçülmüştür. ΔMİK değerleri kaydedildi. Eş zamanlı çalkalamalı su banyosunda üretilen suşlar akan hücre ölçer ile değerlendirildi. KNİ'lerinin hücre boyutu, hücre granüleritesi ve lipid damlacıkları üzerine etkileri akan hücre ölçer verileri ile değerlendirildi. 30 Cryptococcus neoformans suşunun Kaspofungin (KPF), Mikafungin (MKF), Anidulafungin (ANF) için MİK50 değerleri sırasıyla 4, 32, 16 MİK90 değerleri sırasıyla 8, 32, 32 bulundu. Takrolimus (TAK) varlığında 2 suşta KPF'e, 1 suşta ANF'e duyarlılık artışı saptandı. Siklosporin (SSP) varlığında 3 suşta KPF'e, 8 suşta ANF'e duyarlılık artışı saptandı. Voklosporin (VOK) varlığında 2 suşta KPF'e, 5 suşta MKF'e, 6 suşta ANF'e duyarlılık artışı saptandı. Askomisin (ASK) varlığında 6 suşta KPF'e, 4 suşta MKF'e, 11 suşta ANF'e duyarlılık artışı saptandı. Hücre boyutlarına KNİ'lerinin etkisi ASK, SSP ve TAK ile hücre boyutları anlamlı artış gösterdi (p<0.05). Hücre boyutlarına VOK'un anlamlı bir etki oluşturmadığı saptandı. ASK etkisi altında suşların %71.4'ünde, SSP etkisi altında %5.9'unda, TAK etkisi altında %66.6'sında, VOK etkisi altında %12.5'inde hücre büyüklüğüne ait matrikslerde homojenite kaybı bulundu. ASK etkisi altında hücre granüleritesi anlamlı bir şekilde artış göstermiştir (p<0.05). SSP, TAK ve VOK hücre granüleritesinde anlamlı bir farklılık bulunmadı. KNİ'lerinin tümü oleik asitli ortamda anlamlı bir şekilde hücre granüleritesini azalttığı saptandı ( ASK, SSP, VOK için p<0.001; TAK için p<0.05). ASK etkisi altında suşların %76.2'sinde, SSP etkisi altında %5.9'unda, TAK etkisi altında %50'sinde, VOK etkisi altında %12.5'inde hücre granüleritesine ait matrikslerde homojenite kaybı bulundu. ASK varlığında KPF MİK değişimi olan suşlarda (n=6) lipid damlacıkların anlamlı şekilde arttığı bulundu (p<0.05). ASK varlığında ANF MİK değişimi olan suşlarda intrasellüler lipid damlacıklarının anlamlı şekilde azaldığı bulunmuştur (p<0.05). Bu durum ANF ve KPF'nin moleküler farklılıklarından kaynaklanabileceğini düşündürdü. Yapılan korelasyon analizinde LD değişiminin hücre büyüklüğü ve hücre granüleritesi ile korelasyon göstermediği saptandı. Çalışmamızda KNİ'nin C. neoformans kökenlerinde ekinokandin duyarlılıklarını değiştirdiği saptandı. Bu sonuca neden olan mekanizmalar ile ilgili hipotezler bulunsa da, ekinokandinlerin ve KNİ'lerinin moleküler farklılıklarının olduğu ve verilerimizin dağılımı gözönüne alınarak tek bir mekanizmanın açıklamaya yeterli olmadığını düşündürdü. Gelecekteki daha fazla suşla hem in-vitro hem in-vivo ortamlarda planlanacak çalışmalarla bu mekanizmalar aydınlatabilir. Verilerimizin tedavisinde zorluklar olan kriptokokkoz için eldeki tedavi seçenekleriyle yeni tedavi stratejileri oluşturulmasında yardımcı olabileceğini düşünüyoruz. Anahtar kelimeler: Kriptokokkoz, kalsinörin inhibitörleri, ekinokandin direnci, lipid damlacıkları
Klinik örneklerden izole edilen Streptococcus pyogenes suşlarında biyofilm yapımı ve antibiyotik direncinin araştırılması
Streptococcus pyogenes (GAS), özellikle pediatrik yaş grubunda farenjit, tonsillit ve deri-yumuşak doku enfeksiyonları gibi çeşitli klinik tablolara yol açabilen önemli bir bakteriyel patojendir. GAS'ın hastalık oluşturma kapasitesi; yüzey proteinleri, DNazlar, süperantijenler ve adezyonla ilişkili faktörler gibi çok sayıda virülans bileşeninin birlikte etkisine bağlıdır. Bu virülans faktörlerinin dağılımı suşlar arasında önemli ölçüde değişebildiğinden, bölgesel moleküler epidemiyolojik verilerin ortaya konması klinik yönetim ve direnç takibi açısından önem taşımaktadır. Bu çalışmada, klinik örneklerden izole edilen GAS suşlarının antimikrobiyal direnç profilleri, biyofilm oluşturma kapasiteleri ile prtF1, prtF2, speA, speB, speC ve DNaz gibi çeşitli virülans faktör genlerinin varlığının araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmaya toplam 100 GAS suşu dahil edilmiştir. Fenotipik olarak biyofilm yapımı mikroplak yöntemi ile virülans faktör ve antibiyotik direnç genlerinin varlığı inhouse PCR yöntemi ile araştırıldı. Çalışmaya dahil edilen suşların 64'ü üst solunum yolu (ÜSY), 36'sı ise ÜSY dışı (ÜSYD) örneklerden izole edildi. Suşların izole edildiği hastaların %87,5'inin 5-15 yaş grubunda yer aldığı belirlendi. Fenotipik olarak suşların tamamı penisiline duyarlı bulundu. Fenotipik eritromisin direnci %6, klindamisin direnci %1 ve tetrasiklin direnci %9 oranında saptandı. Fenotipik olarak iki suşta indüklenebilir klindamisin direnci (iMLSB) fenotipi, bir suşta konstitütif MLSB (cMLSB) fenotipi ve üç suşta M fenotipi pozitif bulundu. ÜSY örneklerinden izole edilen 64 suşun sekizinde (%12,5) ve ÜSYD örneklerden izole edilen 36 suşun birinde (%2,8) araştırılmış olan ermB, ermTR veya mefA genlerinden en az biri genotipik olarak pozitif bulundu. Fenotipik olarak eritromisin dirençli altı izolatın tamamında makrolid direnç geni saptanırken, buna karşın fenotipik olarak eritromisine duyarlı saptanmış üç suşta makrolid direnç geni pozitif olarak bulundu. Fenotipik olarak klindamisine karşı direnç saptanan tek suşta genotipik olarak ermB geni pozitif olarak saptandı. ÜSY örneklerinden izole edilen suşların 10'unda (%15,6), ÜSYD örneklerden izole edilen ikisinde (%5,6) en az bir tane tetrasiklin direnç geni pozitif saptandı ve tetM geninin en sık tespit edilen gen olduğu belirlendi. ÜSY örneklerinden ve ÜSYD örneklerden izole edilen suşların direnç oranları karşılaştırıldığında iki grup arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark saptanmadı. Tüm suşların %71'inin biyofilm oluşturduğu bulundu. ÜSY örneklerinden izole edilen suşların 49'unda (%76,5), ÜSY dışı örneklerden izole edilen suşların 22'sinde (%61,1) biyofim yapımı saptandı. ÜSY örneklerinden izole edilen suşların 24'ünün (%37,5), ÜSYD örneklerden izole edilen suşların 11'inin (%30,6) olmak üzere toplamda 35 suşun güçlü düzeyde biyofilm oluşturduğu saptandı. ÜSY ve ÜSYD suşlar arasında biyofilm pozitifliği veya biyofilm şiddeti açısından anlamlı fark bulunmadı. ÜSY örneklerinden izole edilen suşların 37'sinde (%57,8), ÜSYD örneklerden izole edilen suşların 21'inde (%58,3) olmak üzere toplam 58 suşta prtF1 geni, ÜSY örneklerinden izole edilen suşların 25'inde (%39,1) ve ÜSYD örneklerden izole edilen suşların 25'inde (%69,4) olmak üzere toplam 50 izolatta prtF2 geni pozitif saptandı. prtF2 gen pozitifliğinin ÜSYD örneklerden izole edilen suşlarda, ÜSY örneklerinden izole edilen suşlara göre anlamlı düzeyde daha yüksek olduğu saptandı (p=0,007). prtF1 ve prtF2 pozitifliği ile biyofilm pozitifliği veya biyofilm düzeyleri arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulunmadı. prtF1 gen pozitifliği, fenotipik ve genotipik eritromisin direnci ile genotipik tetrasiklin direnci gösteren suşlarda duyarlı suşlara göre daha yüksek bulundu; gözlenen farklar istatistiksel olarak anlamlı saptandı (p=0,038; p=0,007; p=0,012). prtF2 pozitiflik oranının fenotipik tetrasiklin dirençli suşlarda duyarlı suşlara kıyasla daha yüksek olduğu saptandı (p=0,036). DNaz genlerinden sdaB geni tüm suşlarda pozitif bulundu. sdc, sdaD ve spd3 genlerinin pozitiflik oranları ÜSY örneklerinden izole edilen suşlarda sırasıyla %29,7, %7,8, % 85,9 ve ÜSYD örneklerden izole edilen suşlarda sırasıyla %30,6, %16,7 ve % 66,7 olarak saptandı. spd3 geni ÜSY kaynaklı suşlarda ÜSYD kaynaklı suşlara göre daha yüksek oranda pozitif olarak saptandı (p=0,023). DNaz gen pozitiflikleri ile antibiyotik direnç varlığı ve biyofilm pozitifliği açısından istatistiksel olarak anlamlı bir fark saptanmadı. speB, speC ve speA genlerinin pozitiflik oranları sırasıyla ÜSY suşlarında %82,8, %60,9, %14 ve ÜSYD suşlarda %86,1, %66,7 ve %13,9 olarak saptandı. Bu üç gen birlikte değerlendirildiğinde suşların %91'inde en az birinin pozitif olduğu belirlendi. spe genlerinin ÜSY ve ÜSYD örnekler arasında pozitiflik oranları açısından anlamlı bir fark saptanmadı. spe pozitifliği ile biyofilm pozitifliği ve biyofilm düzeyleri arasında da anlamlı bir fark saptanmadı. Sonuç olarak bu çalışmada farklı klinik örneklerden elde edilen GAS izolatlarının antibiyotik direnç profilleri, biyofilm oluşturma yetenekleri ve çeşitli virülans genlerinin dağılımına dair kapsamlı veriler sunulmuştur. Çalışmamızda biyofilm üretiminin yüksek oranlarda saptanması, bakterinin konak dokularda kalıcılığını arttıran önemli bir virülans faktörü olarak değerlendirilmiştir. Çalışmamızda düşük oranlarda antibiyotik direnci saptanmış olmakla birlikte fenotipik olarak direnç saptanmayan ancak az sayıda da olsa genotipik olarak direnç geni saptanan suşların varlığı, sessiz gen bölgeleri ya da ekspresyon farklılıkları açısından dikkatli olunması gerektiğini göstermektedir. Gelecekte yapılacak çalışmalarda daha geniş örneklemli, çok merkezli, klinik verilerle desteklenen ve ekspresyon düzeylerini de içeren analizler, S. pyogenes'in patogenezinin ve direnç dinamiklerinin daha iyi anlaşılmasına katkı sağlayacaktır. Anahtar Kelimeler: Streptococcus pyogenes, antibiyotik direnci, biofilm, virülans faktörü
Klinik örneklerden izole edilen Fusarium suşlarının antifungal duyarlılıklarının ve virülans faktörlerinin araştırılması
Fusarium türleri doğada yaygın olarak bulunan küf mantarları olup insanlarda keratit ve onikomikoz başta olmak üzere invaziv veya invaziv olmayan çeşitli enfeksiyonlara yol açmaktadır. Fusarium cinsi, tür komplekslerine, tür kompleksleri de türlere ayrılmıştır. Bu identifikasyonun morfolojik özelliklere göre yapılmasının zorluğu nedeniyle tür tanısında moleküler yöntemlerin kullanımı önerilmektedir. Fusarium suşlarınının antifungal duyarlılık testi sonuçlarının ve virülans faktörlerinin türden türe değişme olasılığı bulunması nedeni ile identifikasyonları önem taşımaktadır. Bu çalışmada Fusarium suşlarının moleküler yöntemlerle identifikasyonu, sıklıkla kullanılan antifungaller için duyarlılık testlerinin yapılması ve bazı virülans faktörlerinin araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmamızda, Aydın Adnan Menderes Üniversitesi Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarında 2017-2022 yılları arasında çeşitli klinik örneklerden izole edilen Fusarium suşları ITS bölgesinin dizi analizi ile tür kompleksi düzeyinde tanımlanmıştır. Suşların amfoterisin B, vorikonazol ve posakonazol duyarlılık testleri sıvı mikrodilüsyon metodu ile yapılmıştır. Fusarium suşlarının proteaz, fosfolipaz, esteraz aktiviteleri ve biyofilm oluşturma yetenekleri fenotipik testlerle araştırılmıştır. Tür kompleksleri ile virülans faktörleri ve antifungaller için saptanan mininum inhibitör konsantrasyonu (MİK) değerleri arasında istatistiksel bir ilişki olup olmadığı araştırılmıştır. Laboratuvarımızda çeşitli klinik örneklerden izole edilmiş 22 Fusarium suşunun 10'u F. solani tür kompleksi, altısı F. fujikuroi tür kompleksi, beşi F. oxysporum tür kompleksi, biri F. incarnatum-equiseti tür kompleksi olarak tanımlanmıştır. Antifungal duyarlılık testi sonucunda suşların MİK90 değerlerinin amfoterisin B için 16 µg/ml, vorikonazol ve posakonazol için >32 µg/ml olduğu görülmüştür. Fusarium oxysporum tür kompleksi suşlarında posakonazol MİK değerleri, diğer tür kompleksi suşlarına göre istatistiksel olarak anlamlı oranda düşük saptanmıştır. Fusarium suşlarının yedisinin (%32) proteaz testi pozitif, 21'inin (%95) esteraz testi pozitif, 13'ünün (%59) fosfolipaz testi pozitif, 12'sinin (%55) biyofilm testi pozitif olarak saptanmıştır. Fusarium solani tür kompleksi suşlarının F. oxysporum tür kompleksi ve F. fujikuroi tür kompleksi suşlarına göre daha yüksek oranda biyofilm oluşturması istatistiksel olarak anlamlı bulunmuş, diğer virülans faktörleri için türler arasında anlamlı fark bulunamamıştır. Çalışmamızda Fusarium suşlarının amfoterisin B, vorikonazol ve posakonazol için saptanan MİK değerleri ile proteaz, fosfolipaz ve esteraz enzimleri arasında istatistiksel olarak anlamlı ilişki saptanmamıştır. Sonuç olarak, Fusarium türlerinin tanımlanmasında moleküler yöntemlerin kullanımının gerekli olduğu, Fusarium türlerinin virülans faktörleri ve antifungal duyarlılığı ile ilgili daha kapsamlı çalışmalara ihtiyaç olduğu görüşüne varılmıştır. Anahtar sözcükler: Fusarium, dizi analizi, proteaz, esteraz, fosfolipaz, biyofilm, antifungal duyarlılık.