254
Archived Theses
0
DOIs Assigned
0%
DOI Rate
Discipline
Osmaniye bölgesinde artritli ve asemptomatik populasyonda B.burgdorferi prevalansının ELİSA ve IHA teknikleri ile araştırılması
Bölgemizdeki Borrelia burgdorferi infeksiyonlarının prevalansını tespit etmek amaca ile planlanan bu çalışmada, Osmaniye ilçe ve köylerinde, mono ve poliartrit yakınması olan semptomatik 253 şahıs ile artrit yakınması olmayan asemptomatik 91 şahıs ' a ait serum örnekleri ELİSA ve IHA testleriyle değerlendirilmiştir. Her iki test ile semptomatiklerde vak' aların 2' sinde (%0.80), en az bir test ile de 5' inde (%1.98), buna karşılık aseptomatik popülasyondan da her iki testle 3 (*3.30), en az bir testle de 4 (%4.40)'ünde spesifik IgG türü antikor seviyeleri tespit edilmiştir. Uygulama kolaylığı olan basit, hızlı ve tek vak ' a çalışılabilen IHA'nın ELİSA sonuçları ile karşılaştırıldığında %83.3 sensitiviteye ve %62. 5 da spesifiteye sahip olduğu görülmüştür.
Yeni doğanların maternal kanal kaynaklı enfeksiyonlarında etken mikroorganizmaların tür ve insidanslarının tespiti
49 ÖZET Gebelerden maternal kanal yolu île bebeğe bulaşması muhtemel mikroorganizmaların tür ve insidansı ile maternal kanal kaynaklı geçişe delil teşkil etmek üzere çalışmaya 60 gebe kadın ile onlardan doğan 59 'u miadında matur, l"i immatür 60 babek dahil edilmiştir. Serolojik metodlarla antikor taşıyıcılığı yönünden değerlendirilen anne ve kord serum örneklerinde HSV ve C. trachomatis 'e karşı %18.3-8.3 ve M20-18.4 oranında antikor taşıyıcılığı tespit edilmiştir. Maternal kanaldan selektif tekniklerle yapılan izolasyon ve mevcut antijenlerin gösterilmesine yönelik çalışma ile de genital kanal örneklerinin 26 (%43) 'smda U. urealyticum 'un en sık rastlanan mikroorganizma olduğu,, bunu sırası ile 19 (M31.6) isolman ile difteroidlerin, 17 (Z28.3) isolman ile Staphylococcuslar, 11 (M18.3) izolmanla da Chlamydia' lar m izlediği, B.G.S. 'ların ise 8 (Z13.3) vak'ada kolonize oldukları görülmüştür. Bu mikroorganizmalardan başta 6 (%50) vak'a ile E.coli olmak üzere 4 (Z36.3) vak'a ile C. trachomatis 'in 4 'er vak'a ile de N.hominis ve Difteroidlerin muhtemelen maternal kanalla fetüs arasında bebeğe bulaşarak bebeğin konjuktiva ve yüzünde kolonize oldukları tespit edilmiştir. Gebelikleri 59 (198.3) 'u normal miadında matur doğumla sonlanmış annelerin bebeklerinden 2 'si doğum sonrası solunum stresi ile kaybedilmiştir. Prematüre olarak doğan 1 bebekle annenin maternal kanalında bulunan ve bebeğe geçmesi muhtemel mikroorganizmalar arasında açık ilişki kurulmuşken, matür doğan ve solunum stresi ile kaybedilen iki bebekten birisinin annesinin kanında anti-chlamydial IgM antikorunun tespiti chlamydial enfeksiyonların bebeklerin kaybedilmesinde etkili olabileceğini akla getirmektedir.
Genitoüriner sistemden izole edilen mycoplasma hominis suşlarının prevalansı ile antijenik yapıları ve humoral immun cevabın immunoblot metodu ile gösterilmesi
ÖZET Mycoplasma hominis'in kadınlarda genitoüriner sistem enfeksiyonlarındaki insidans ile izole edilen mikroorganizmaların antijenik yapı ve sebep oldukları humoral immuncevabın tesbiti amacı ile planlanan bu çalışmaya 18.2.1992-30.7.1992 tarihleri arasında Ç.Ü.Tıp Fakültesi Balcalı hastanesi Kadın Hastalıkları polikliniğine müracaat eden vajinit tanılı 55 hastadan alınan vajen sürüntüleri ve idrar örnekleri ile venöz kan örnekleri izolasyon, elektroforetik ve immünoşimik metodlarla incelenmiştir. Bu çalışmada kadınların 4 (%7. 27) 'ünden M.hominis, 1 (%1.81)inden M. fermentans izole edilmiştir, izole edilen 4 M. hominis'in membran protein komponentleri ve antijenik Özellik gösteren polipeptidleri SDS-PAGE ve immunblot metodları ile analİ2 edilmiş, analiz sonunda mikroorganizmaya ait 25 belirgin ~polipeptid bant tespit edilmiştir. Hasta serumu ve immun serum kullanılarak yapılan immunoblot deneyinde antijenik oldukları belirlenen 110, 97 ve 47 kD.'luk 3 antijenik polipeptid ' in varlığı belirlenmiştir. Kontrol amacı ile mikroorganizmanın proteinleri ile immunize edilmiş tavşan serumunun kullanıldığı immunoblot deneyi sonucunda ise yukarıda bildirilen molekül ağırlığındaki bantlar yanında 38 kD.'luk bir antijenik bant ile molekül ağırlığı 38 kD.'dan daha küçük olan ve kısmi reaksiyonlar gösteren değişik molekül ağırlıklarında polipeptid bantları da tespit edilmiştir. 43
Cinsel yönden aktif kadınlar ve genel kadınlarda 2. jenerasyon cinsel temasla bulaşan hastalık etkenlerinin insidansı
CİNSEL YÖNDEN AKTİF KADINLAR VE GENEL KADINLARDA 2.JENERASY0N CİNSEL TEMASLA BULAŞAN HASTALIK ETKENLERİNİN İNSİDANSI 7. ÖZET Kontrollü ve kontrolsüz genel kadınlar ile semptomatik ve asemptomatik ev kadınlarında özellikle 2.jenerasyon CTBH etkenlerinin genital kolonizasyonu ile bu hastalıkların prevalansını tespit etmek amacı ile yapılan çalışmada 480 endoservikal sürüntü örneği ile 440 serum örneği değerlendirilmiştir. Kontrolsüz genel kadınların % 1 8'inde Chlamydial kolonizasyon tespit edilirken, asemptomatik ev kadınlarında bu oranın %1 olduğu görülmüştür. Buna karşılık kontrolsüz genel kadınların %65'inin serum örneklerinde anti Chlamydial antikor gösterilirken, asemptomatik kadınlarda antichlamydial rezidüel antikor %7.1 olarak tespit edilmiştir. HSV tip 2'ye karşı da en yüksek antikor cevabı yine kontrolsüz kadınlarda (%76.1) görülmüş olup bunu kontrollü kadınlar (%41.3), semptomatik ev kadınları (%12.5) ve asemptomatik ev kadınları (%8.9) izlemiştir. 51
Orak hücre anemililerde H. İnfluenzae tip B ve S. Pneumoniae kapsül polisakkarit antijenlerine karşı aşı ile uyarılan immün cevabın araştırılması
ÖZET Orak hücre anemili hastalarla sağlıklı fonksiyonel dalağa sahip kişilerdeki S. pneumoniae ve Hib kapsül polisakkaritlerine karşı gelişen doğal immün cevap ile bu bakterilerin kapsül polisakkaritlerinden hazırlanmış aşılarla yapılan immünizasyon sonucu ortaya çıkan ve ELISA metodu ile ölçülen spesifik antikor cevabının kinetiğini tesbit etmek amacı ile planlanan çalışmaya 67'si hasta (1.5-24 yaş arası, ort. 11.38 yaş) 18'i kontrol (1.5-29 yaş arası ort. 12.8 yaş) toplam 85 kişi dahil edildi. Hasta grubunda yer alan kişilerin 14'üne Hib-protein konjugat aşı (Act-Hib), 27'sine pnomokok polisakkarit aşısı (Pneumo-23) ve 26'sına da farklı zamanlarda her iki aşı uygulandı. Kontrol grubundaki 9 kişiye Hib-protein konjuge aşı, 9 kişiye de pnomokok polisakkarit aşısı yapıldı. H. influenzae tip b protein konjugat aşısı (Act-Hib) ile aşılanan hastaların 8/40'ı (%20) aşılama öncesi 0.15 //g/ml.nin altında, 17/40 (%42.50)'ı da splenektomize hastalar için koruyucu olduğu düşünülen 0.5 //g/ml.nin altında serum spesifik antikor düzeyine sahipken, bu hastalar aşılamadan 1-2 ve 6 ay sonraki serum örneklerinin tümünde koruyucu olarak kabul edilen düzeyin (1 //g/ml.) çok üzerinde antikor cevabına sahipti. Kontrollerden hiçbirisi aşılama öncesi 0.15 //g/ml.nin altında antikor düzeyine sahip değildi ve tamamı aşılama sonrası 1-2. ve 6. aylarda 1 //g/ml. üzerinde antikor cevabı gösterdi. S. pneumoniae kapsül polisakkarit aşısı (Pneumo-23) ile aşılanan 53 orak hücre anemili hastanın kontrol grubuna oranla önemli miktarda düşük olan aşılama öncesi serum anti-pnömokokal kapsül polisakkarit (anti-PCP) antikorları, aşılama sonrası 1,2 ve 6. aylarda alınan serum örneklerinde 2.15-4.37 kat artış göstererek sağlıklı kontrollerle karşılaştırılabilen düzeylere ulaştı. S. pneumoniae kapsül polisakkarit aşısının hasta ve kontrol gruplarındaki aşılanan kişilerde lgG2 sentezini benzer oranlarda aktive ettiği gösterildi. Biz hem Act-Hib, hem de Pneumo-23 aşılarının sağlıklı kontrollerde olduğu gibi orak hücre anemili hastalarda da immünojenik olduğunu tespit ettik. İnvaziv Hib hastalığı ve sistemik S. pneumoniae enfeksiyonlarına karşı da koruyucu olabileceği sonucuna vardık.
Puberte öncesi ve sonrası dönemdeki çocuklarda ve gençlerde kabakulak virüsünün seroepidemiyolojisi
ÖZET Bağışıklanmamış ilkokul dönemi ve genç yetişkin yaş grubunda yer alan kişilerin kabakulak virusu enfeksiyonuna karşı duyarlılıklarını tespit ve doğal immuniteye yaşın etkisini göstermek amacıyla planlanan bu çalışmada 94'ü 5-15, 99'u 16-21 yaş gruplarında yer alan toplam 193 kişiye ait serum örneği kabakulak virusuna karşı oluşan IgG, IgM ve IgM+G antikor cevabı yönünden ELISA yöntemiyle teste tabi tutulmuştur. Çalışmaya dahil edilen 5-15 yaş grubundaki çocuklara ait serum örneklerinin %58.5'i ile genç yetişkinlere ait serum örneklerinin %88.8'inde kabakulak virusuna karşı en az bir tür immunglobülin cevabı tespit edilmiştir. Bu çalışma ile kabakulağa karşı doğal immunitenin yaşa paralel olarak arttığı, ancak genç yetişkinlerin %11.2'sinin halâ seronegatif olduğu, böylece doğal immunitenin yeterli olmadığı görülmüştür.
Primer tavşan böbrek hücre kültürünün krioprezervasyonu
Bu çalışma primer tavşan böbrek hücre kültürünün gelişmesiyle ilgili faktörlerin araştırılması ve hücrelerin krioprezervasyonunun optimizasyonu için yapılmıştır. Hücrelerin üremeleri ile ilgili faktörler (Na+, K+, O,, C02, H+, pH, hücrelerin canlılık oranı ve hücre sayısı) değerlendirildiğinde primer tavşan böbrek hücre kültürünün devam ettirilmesi için %10 dana serumlu Hanks besiyerinin uygun olduğu görülmüştür. Hücrelerin krioprezervasyonu için en iyi metodun hücrelerin Hanks besiyeri ve fetal dana serumundan (1:1) oluşan %10 DMSO'lu dondurma solüsyonunda +4°C'de 30 dakika, sonra styrofoam kutu içinde 20°C'de 1 saat ve -70°C'de 1 gece tutulduğu ve sıvı azotta 40 gün bekletilen metod olduğu tespit edilmiştir. Bu metodla hücrelerin %84 oranında canlılığını koruduğu tespit edilmiştir. Anahtar Kelimeler: Primer tavşan böbrek hücre kültürü, Krioprezervasyon, Hanks besiyeri, Na+, K+, 02, C02, H+
Kronik hepatit b'li çocuklarda interlökin-1 beta, tümör nekrozis faktör-alfa, interferon-gama ve lenfosit subgruplarının tayini
Hepatit B virüsünün neden olduğu viral hepatitler tüm dünyada önemli birsağlık sorunudur çünkü siroz ve HCC'nın en önemli nedenlerinden biridir.Kronik hepatit B gelişiminde enfekte kişinin immün sisteminin virüse karşıverdiği yetersiz yanıt etkilidir. Bu yanıtta lenfositler ve sitokinlerin önemli bir rolüvardır. Sitokinlerin akut hepatit B enfeksiyonunun iyileşmesinde rol aldıkları gibi,kronikleşmesinde de etkili oldukları düşünülmektedir. Th1 lenfositlerden salınanIL-1β, TNF-α ve IFN-γ gibi sitokinlerin akut hepatitte iyileşmede majör olarak rolaldıkları, Th2 lenfositlerden salınan sitokinlerin (IL-5, IL-10, IL-13) isekronileşmeden sorumlu oldukları kabul edilir.Bu çalışmada kronik hepatit B'li çocuklarda IL-1β, TNF-α, IFN-γ ve lenfositsubgruplarına bakmaktaki amacımız kronik hepatit gelişimi ile Th1 sitokin düzeyiarasındaki ilişkiyi değerledirebilmekti.Bu çalışmada; kronik hepatit B'li, tedaviyeyanıtsız kronik hepatit B'li, hepatit B taşıyıcısı, tedavi ile serokonversiyon gelişenve sağlıklı kontrol grubu olarak 5 gruba ayrılan 99 çocuk yer aldı. Elde edilensonuçlar kontrol grubu ile kıyaslandı.Grup I'de IL-1β, TNF-α ve IFN-γ düzeyleri artmıştı, CD4+ ve CD8+lenfositler azalmıştı. Bu da Th1 yanıtının viral çoğalmayı inhibe etmek için aktiveolduğunu ancak fonksiyon bozukluğu sonucu HBV çoğalmasını engelleyemediğinigösteriyordu.Tedaviye yanıt vermeyen grup II'deki hastalarda ise kontrol grubunakıyasla IL-1β, TNF-α ve IFN-γ seviyeleriyle CD4+ lenfositler artmışken CD8+lenfositlerde değişiklik yoktu. Buda Th1 yolunun aktif fakat yanıt oluşturmada birdefekt olduğunu düşündürdü.Grup III'teki hepatit B taşıyıcılarında IL-1β ve IFN-γ seviyelerinin yüksek,TNF-α seviyesi ile CD4+ ve CD8+ lenfositlerin azalmış olması, HBV'ye karşıhücresel immünitede bozukluk olduğunu, Th1 aktivitesinin devam ettiğini ancakvirüsün temizlenmesinde yetersiz kaldığını düşündürdü.Tedavi ile anti-HBe serokonversiyonu gelişen hastalarda (grup IV'te) IL-1βve TNF-α seviyeleri yüksek, IFN-γ seviyesi ile CD4+ ve CD8+ lenfositler azalmıştı.Buda Th1 tipi sitokin yanıtının devam etmesiyle bu hastaların anti-HBeserokonversiyonu geliştirebildiğini düşündürdü.Sonuçta akut HBV enfeksiyonunda iyileşmeden sorumlu tutulan Th1 tipisitokin yanıtının kronik hepatit gelişiminde ve sonucunda etkili olabileceğidüşüncesine vardık.
Mycobacterium tuberculosis suşlarında direncin moleküler yöntemlerle tespiti
ÖZET MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS SUŞLARINDA DİRENCİN MOLEKÜLER YÖNTEMLERLE TESPİTİ Rifampin (RIF) yüksek bakterisit etkisi ile tüberküloz tedavisinde kullanılan "primer antitüberküloz" ilaçlann en önemlisidir. Mycobacterium tuberculosis'e yüksek bakterisit etkisi rifampini tüberküloz tedavisinin anahtar bileşeni haline getirmiştir. Rifampin (RIF) direnci tüberküloz tedavi ve kontrolü için ciddi ve önemli bir tehdit oluşturmaktadır. Rifampin dirençli vakaların doğru tedavisi ve hızlı tanısı ile ilaca dirençli tüberkülozun kontrolü sağlanabilir. Yeni moleküler tanı yöntemlerinin kullanımı ile Minik örneklerden izole edilen RIF dirençli Mycobacterium tuberculosis suşlarının genetik karakterizasyonu, çoklu ilaç dirençli (ÇİD) Mycobacterium tuberculosis epidemiyolojisi ile tedaviye cevap alınamayan tüberküloz olgularının kontrolü için faydalı bilgiler sağlayabilir. Bu çalışmada, Çukurova bölgesinde fenotipik yöntemlerle RIF direnci tespit edilen 25 klinik izolatta dirence sebep olan rrrutasyonların sıklığı araştırıldı. Mutasyonlarm tayini için dizi analiz yöntemi kullanıldı. Bu amaçla RIF direnci göstergesi olarak bilinen 81 bp'lik bölgeyi de içeren RNA polimerazın (3-alt ünitesini kodlayan gen olan rpoB geninin 250 bp'lik merkezi bölgesinin dizi analizi yapıldı. Bulgularımız şimdiye kadar yapılan çalışmaların bulgularını destekler niteliktedir. Anahtar kelimeler: DNA dizi analizi, ilaç direnci, Rifampin, Moleküler yöntemler, Mycobacterium tuberculosis. x
Klinik örneklerden Mycobacterium tuberculosis izolasyonunda polimeraz zincir reaksiyonu ve kültür yönteminin (MGIT) karşılaştırılması
ÖZET KLİNİK ÖRNEKLERDEN MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS İZOLASYONUNDA POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU ve KÜLTÜR YÖNTEMİNİN (MGIT) KARŞILAŞTIRILMASI Tüberküloz tanısında kullanılmaya başlanan Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR); materyalde bulunan M. tuberculosis DNA'sının çoğaltılmasına dayalı hızlı, duyarlı ve özgül bir testtir. Aynı gün içinde tüberküloz tanısının konması ve aynı zamanda tedaviye geçilmesini sağlar. Bundan dolayı çalışmamızda tüberküloz tanısı için MGIT kültür ile Ehrlich Ziehl-Neelsen yöntemi ve PCR yönteminin rutin tanıdaki yerinin değerlendirilmesi amaçlandı. Bu amaçla Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Balcalı Hastanesi Merkez Laboratuvarına tüberküloz şüphesiyle gelen yaşları bir ile seksensekiz arasında değişen elli hastaya ait balgam, otuz hastaya ait BOS, on hastaya ait plevra ve on hastaya ait asit örneklen olmak üzere toplam yüz örnek değerlendirildi. Çalışmaya alınan elli balgam örneğinin otuzdördü Ehrlich Ziehl-Neelsen boyama yönteminde pozitif, otuz'u hem kültür hem PCR'da pozitif bulundu. Çalışılan BOS örneklerinin hepsi Ehrlich Ziehl-Neelsen boyama yönteminde negatif bulunurken beşi kültürde pozitif, onu PCR'da pozitif bulundu. On hastaya ait plevra örneğinde örneklerinin hepsi Ehrlich Ziehl-Neelsen boyama yönteminde negatif bulundu bunların ikisi kültürde pozitif, üçü PCR'da pozitif bulundu. Asit örneklerinde BOS ve plevrada olduğu gibi örneklerinin hepsi Ehrlich Ziehl-Neelsen boyama yönteminde negatif bulunurken, kültürde bir örnekte pozitif, PCR'da iki örnek pozitif bulundu. Tüberküloz tanısında kesin tanı metodu olan kültür sonuçları PCR ile karşılaştırıldığında, PCR'nın sensivitesi %100, spesifitesi %86.9, pozitif prediktif değeri %88.2 negatif prediktif değeri %100 olarak bulundu. Kültür sonuçları ile direkt mikroskopinin karşılaştırılmasında ise sensitivite %78.9 spesifitivite %93.4, pozitif prediktif %88.2, negatif prediktif %87.7 olarak bulundu. VIISteril vücut sıvılarında (BOS, plevra, asit mayi) çok az sayıda tüberküloz basilinin bulunması nedeniyle, boyama yöntemleri yetersiz kalmakta. Bu nedenle daha ileri tanı metotlarına gereksinim vardır. Kültürün uzun süre sonuç verdiği düşünülecek olursa PCR'nın kültür metodları ile birlikte kullanılmasının erken tanı ve tedavi açısından faydalı olacağı tespit edilmiştir. Anahtar sözcük: PCR, kültür, M.tuberculosis, Ehrlich Ziehl-Neelsen MGIT VIII
Trichophyton rubrum'un trichophyton mentagrophytes'ten ayırt edilmesinde kullanılan tanı testlerinin karşılaştırılması
Günümüzde, dermatofitlerin taksonomisinde hızlı ve çarpıcı bir değişim yaşanmaktadır. Dermatofitler ya yeniden gruplandırılmakta ya da yeniden isimlendirilmekte, ayrıca çeşitli türlere ilişkin varyete isimleri terk edilip yeni bir tür şeklinde sınıflandırılmaktadır. Laboratuvar tanıda altın standart yöntem dizi analizidir. Ancak, moleküler temelli araştırmaların gerek alt yapı gereksinimi ve gerekse yüksek maliyeti nedeni ile dermatofit türleri; koloni özellikleri, mikroskop morfolojileri, büyüme gereksinimleri, fizyolojik ve biyokimyasal özelliklerine göre tür düzeyinde tanılanmaktadır. Aynı dermatofit türünün gerek morfoloji (koloni örgüsü, pigment ve üreme hızı) ve fizyolojisinde (kıl delme) ve gerekse genotiplerinde (rRNA ve mating şekilleri) değişimler görülmekte ve anılan yöntemlerin güvenilirliği sorgulanmaktadır. Trichophyton rubrum kompleks içerisinde yer alan bir çok mikroorganizma da yeniden isimlendirilmiş; T. fischeri, T. kanei, T. raubitschekii ve diğer türler tanınmıştır. Trichophyton mentagrophytes sensu lato içerisinde yer alan T. interdigitale ve diğer mikro-organizmalar da dizi analizi ile yeniden sınıflandırılmıştır. Ancak, mikoloji laboratuvarlarında yaşanan önemli sorunlardan birisi de klasik tanı yöntemleri ile T. rubrum'un T. mentagrophytes'den ayırt edilmesidir. Bu çalışmada, çağdaş sınıflandırmadan önce her iki kompleks içerisinde yer alan mikro-organizmaların laboratuvar tanısında kullanılan morfolojik, fizyolojik ve biyokimyasal tanı testlerinin etkinliğinin tartışılması amaçlanmış, ayrıca rutin laboratuvar uygulamalarındaki güvenilirliği sorgulanmıştır. Çalışmada, Centraalbureau voor Schimmelcultures (CBS), Utrecht, Hollanda'dan sağlanan T. fischeri CBS 100081, T. fluvimunionse CBS 592.68, T. kanei CBS 289.86, T. kuryangei CBS 422.67, T. kuryangei CBS 517.63, T. kuryangei CBS 518.63, T. pervesii CBS 303.38, T. raubitschekii CBS 202.88, T. raubitschekii CBS 287.86, T. raubitschekii CBS 100084, T. raubitschekii CBS 102856, T. rodhainii CBS 376.49, T. rubrum CBS 302.60, T. rubrum CBS 363.53, T. rubrum CBS 363.62, T. rubrum CBS 392.58, T. rubrum var. nigricans CBS 100237, T. megninii CBS 389.58, T. asteroides CBS 424.63, T. langeronii CBS 764.84, T. mentagrophytes CBS 318.56, T. mentagrophytes var. mentagrophytes CBS 110.65, T. mentagrophytes var. mentagrophytes CBS 160.66, T. papillosum CBS 347.55, T. quinckeanum CBS 572.75, Arthroderma benhamiae (MT-) CBS 807.72, A. benhamiae (MT+) CBS xii 808.72, A. simii (MT-) CBS 417.65, A. simii (MT+) CBS 448.65, A. vanbreuseghemii CBS 428.63 ve A. vanbreuseghemii CBS 558.66 kullanıldı. Üreaz tepkimesi (sıvı, tüpte agar ve petride agar), kıl delme deneyi (sarışın çocuk saçı, koyun kılı ve keçi kılı), corn-meal agar, bromkrezol purple milk solid glikoz agar (BCPMSG), Tween opasite deneyi, sorbitol asimilasyonu, tuz toleransı, Trichophyton agar'ın 1-7 setinde üreme özelliği değerlendirildi. Ayrıca, makrokonidiyum/mikrokonidiyum varlığının araştırılmasında; Beyin-kalp infüzyon agar (BKİA), malt extract agar (MEA), Löwenstein-Jensen agar (LJ), patates dekstroz agar (PDA), Oat meal agar (OA), cornmeal agar (CMDA), Oxoid kromojenik Candida agar (OCCA), Christensen üre agar ve Trichophyton agar 1- 7 besiyerlerine ekim yapıldı ve 5, 10 ve 15 gün ara ile incelendi ve performansları karşılaştırıldı. Çalışmada, tür düzeyinde tanıda; üreaz tepkimesinin petride hazırlanmış üre besiyeri ile daha çabuk ve güçlü olduğu, kıl delme deneyinin her iki kompleksin ayırt edilmesinde, ancak ilk 10 günde yararlı olabileceği, makrokonidiyum oluşumunun BKİA ve LJ besiyerinde daha çok olduğu saptandı (P < 0.05). Tween opasite, sorbitol asimilasyonu ve tuz toleransı testinde bir ipucu elde edilemedi. Ayrıca, CMDA ve BCPMSG'de T. rubrum kompleks kırmızı pigment oluşturdu, T. mentagrophytes kompleks ise oluşturmadı. Örneğin; T. raubitschekii üreaz olumlu olması, üçüncü günde BCPMSG'de koloni çevresinde kırmızı pigment yapması ve daha sonra pH'yı alkali yönde değiştirmesi, kıl delme deneyinin olumsuz olması, Tween opasite testinde koloni çevresinde üç günde opak zon oluşturması ve kültürlerinde bol makro- ve mikro-konidiyum bulunması ile T. rubrum kompleksinden, ayrıca CMDA'da kırmızı pigment oluşturması ile de T. mentagrophytes kompleksinden ayırt edildi. Sonuç olarak, yukarıda anılan tanı testlerinin bir algoritma çerçevesinde uygulanması ile hem T. rubrum kompleksin T. mentagrophytes kompleksten ayırt edilebileceği, hem de her iki kompleks içerisinde yer alan mikro-organizmaların tür düzeyinde tanılanabileceği belirlendi.
Psoriasisli olgularda ayak dermatofitozlarının prevalansı ve etkenleri
Psöriasisli olgularda görülen tırnak değişikliklerine neden olarak psöriasis, onikomikoz, bunların her ikisi veya başka bir hastalık gerekçe gösterilebilinir. Ancak psöriasis ve psöriasisi olmayan olgularda onikomikoz prevalansına ilişkin araştırma sonuçları çelişkilidir. Bu çalışmada, psöriasis tanılı olgularda ve kontrol grubunda ayak dermatomikozlarının varlığı mikolojik yöntemlerle araştırıldı. Psöriasis tanılı 60 olgunun altısında (%10) ve psöriasis dışı nedenlerle izlenen 60 olgunun ise sekizinde (%13.3) ayak dermatomikozu belirlendi. Psöriasis tanılı olguların beşinde onikomoz saptandı; klinik şekil ikisinde TDO, ikisinde DLSO iken birisinde tırnak tamamen sağlıklı görünümde idi. Onikomikoz etkeni olarak üç olguda Trichophyton interdigitale bir olguda ise Trichophyton rubrum izole edildi, bir olguda ise etken saptanamadı. Ayrıca bir olguda interdigital tinea pedis saptandı, ancak etken izole edilemedi. Kontrol grubunda, interdigital tinea pedis üç olguda saptandı ve hepsinde etken T. rubrum idi. Onikomikoz beş olguda görüldü ve hepsinde klinik şekil DLSO idi. Dört olguda etken saptanamadı, bir olguda ise etken T. rubrum idi. Sonuç olarak, psöriasisli olgular ve kontrol grup arasında ayak onikomikozunun prevalansı, klinik şekilleri ve etkenleri yönünden anlamlı fark bulunamadı (P > 0.05). Bu çalışmanın sonuçlarına göre tırnağın mantar infeksiyonlarında psöriasisin kolaylaştırıcı etmen olmadığı ortaya konuldu. Bununla birlikte, psöriatik tırnaklarda onikomikoz önemli bir sorun olduğu ve gerek dermatologlar ve gerekse mikologlar tarafından üzerinde önemle durulması gerektiği ve ayırıcı tanıda mikolojik yöntemlerin yararlı olcağı belirlendi.
Gastroduodenal Patolojisi Olan Hastalardan Alınan Mide Biyopsisi Örneklerinde Helicobacter Pylori Prevalansının ve Genotiplerinin Belirlenmesi
H.pylori dünya nüfusunun % 50'den fazlasını infekte eden önemli bir infeksiyon ajanıdır. Mide infeksiyonunun prognozunu bakteriye bağlı CagA ve VacA toksinleri üretiminin ve bu toksinleri kodlayan genlerdeki allelik farklılıkların etkilediği gösterilmiştir. Tip-I suşlar olarak kabul edilen cagA+vacA+ suşlar kronik aktif gastrit, peptik ülser ve gastrik kanserler gibi daha ciddi tablolardan sorumlu iken, cagA-vacA- suşlar asemptomatik taşıyıcılık veya nonülser dispepsi (NÜD) ile ilişkilendirilmektedir. Tip-I suşlar kadar vacA allelik kombinasyonlarının prognoza etkisi Batı ve Doğu toplumlarında bölgesel farklılıklar göstermektedir. Prognozla ilgili doğru tahminler yapılabilmesi için, farklı coğrafi bölgelerdeki etken suşların moleküler yöntemlerle belirlenen genotipleri ve allelik kombinasyonları ile klinik tablo arasındaki ilişki bilinmelidir. Bu çalışmada, bölgemizdeki gastrit ve/veya mide ülserli (G/MÜ) hastalar ile duodenal ülserli (DÜ) hastalarda antrum ve korpus mukozasında H.pylori prevalansının ve genotiplerinin belirlenmesi amaçlandı. Bu çalışmaya, Ç.Ü. Tıp Fakültesi Gastroenteroloji Anabilim Dalı ile Sağlık Bakanlığı Adana Çukorova Devlet Hastanesi Gastroenteroloji polikliniklerine başvuran, gastroduodenal yakınması olan ve endoskopi endikasyonu alan 231 hasta dahil edildi. Biyopsi örneklerinden DNA ekstraksiyonu QIAGEN doku ekstraksiyon kiti ile yapıldı. Önce H.pylori kolonizasyonunu göstermek üzere PCR (Polymerase Chain Reaction) ile ureC genine spesifik diziler çoğaltıldı. Daha sonra ureC-PCR pozitif olan DNA örnekleri cagA ve vacA genlerinin tespiti için, spesifik dizileri hedef alan primerler kullanılarak çoğaltıldı. vacA pozitif olan DNA örneklerinin tamamında, vacA geninin ?s? ve ?m? allelleri allel spesifik primerler kullanılarak PCR ile arştırıldı. Böylece, H.pylori suşlarının Tip-I ve Tip-II genotiplerine ek olarak, vacA geninin allelik kombinasyonları da belirlendi. Çalışma sonunda 72'si (% 75.0) kadın ve 129'u (% 95.6) erkek hastalara ait olmak üzere 201 (% 87) hastanın biyopsi örneklerinden en az birisinde H.pylori ureC geni bulundu. H.pylori prevalansının G/MÜ'li hastalarda % 82.9, DÜ'li hastalarda da % 95.9 olduğu görüldü. Kolonize suşların % 84.1'inin cagA+vacA+ Tip-I suşlar olduğu, bu suşların G/MÜ'li ve DÜ'li kolonize hastalardaki prevalanslarının ise sırası ile % 78.6 ve % 94.3 olduğu tespit edildi. Tip-I suşlarda en sık karşılaşılan vacA allelik kombinasyonun 47 (% 27.8) suş ile s1a/m1b, Tip-II suşlarda ise 11 (% 36.7) suş ile s1/m2 olduğu görüldü. Özellikle, G/MÜ'li hastalara ait 59 (% 57.3) suşta s1c allelinin varlığı dikkat çekici bulundu. Sonuç olarak, H.pylori Tip-I suşları DÜ'li hastalarda G/MÜ'li hastalara göre istatistiki yönden anlamlı şekilde yüksek bulundu. Ayrıca, DÜ'li hastalarda kolonize olan suşlarda s1a alleline, G/MÜ'li hastalarda ise s1c alleline sahip Tip-I suşların prevalansı diğer allelik tiplerden istatistiksel olarak anlamlı şekilde daha yüksek bulundu.
Hastane kaynaklı Pseudomonas aeruginosa Suşlarının SDS- PAGE ve PFGE Yöntemleri ile karakterizasyonu
P.aeruginosa, gelişmiş ve gelişmekte olan ülkelerde özelikle hastane kökenli infeksiyonlarda en önemli ajanlardan biridir. Hastanede yatış süresinin uzaması ve tedavi maliyetindeki artış hastane infeksiyonlarını hem gelişmekte olan hem de gelişmiş ülkelerde önemli hale getirmiştir. P.aeruginosa enfeksiyonlarının mikrobiyolojik tanısı, hastane enfeksiyonlarının en aza indirilmesi ve etkili bir tedavi planının oluşturulması açısından önemlidir. Ancak, P. aeruginosa enfeksiyonlarının yüksek prevelansı nedeni ile kökenleri birbirinden ayırabilen yöntemlerle suşlarının tiplendirilmesi, en az izolasyon ve identifikasyon kadar değerlidir. Fenotipik tiplendirme yöntemlerinin tekrarlanabilirlik düzeyinin düşük olması, suşları ayrım gücünün zayıf olması ve fenotipik olarak aynı ama genotipik olarak farklı suşları ayırt edememektedir. Bu sebeple son yıllarda tekrarlanabilirlik düzeyi ve suşları ayrım gücü yüksek, ayrıca fenotitpk profildeki değişimleri genom düzeyinde inceleyen genotipik yöntemler kullanılmaktadır. Bu çalışmada hastane kaynaklı P.aeruginosa suşlarının tiplendirilmesinde, fenotipik yöntemler ile genotipik yöntemlerin yeri ve değeri araştırılması amaçlanmıştır. Bu çalışmaya, Kasım-2006 ile Eylül-2007 tarihleri arasında kalan toplam 10 aylık süre içerisinde P.aeruginosa?nın neden olduğu hastane enfeksiyonu örneklerinden izole edilen toplam 24 örnek dahil edilmiştir. İzolatlara Kirby-Bauer yöntemi ile antibiyotik duyarlılık testi yapıldı ve oluşan profillere göre antibiyotipleme uygulandı. İzole edilen suşlar PFGE ve SDS-PAGE yöntemleri ile incelendi. Jel elektroforezinde gösterdikleri DNA ve protein profiline göre tiplendirme yapıldı. Çalışma sonunda antibiyotipleme ile 24 izolattan 20 tip, SDS-PAGE yöntemi ile 13 tip ve PFGE yöntemi ile de 20 tip belirlendi. Sonuç olarak hastane kaynaklı P.aeruginosa suşlarının tiplendirilmesinde genotipik tiplendirme yöntemlerinin tekrarlanabilirliği, ayrım gücü ve genom düzeyinde tiplendirme yapabilmesi nedeni ile daha duyarlı olduğu sonucuna varıldı. Anahtar Sözcük: P.aeruginosa tiplendirme, fenotipik tiplendirme, genotipik tiplendirme, SDS-PAGE, PFGE.
Bölgemizde gebe kadınlarda parvovirus b19 infeksiyonu ve fetusa etkisi
ÖZET Bölgemizde Gebe Kadınlarda Parvovirus B19 İnfeksiyonu ve Fetusa Etkisi Bu çalışma bölgemizde gebe kadınlarda parvovirus B19 infeksiyonunu araştırmak ve nonimmun hidrops fetalis(NIHF), spontan abortus ve intrauterin fetal ölüm(İUFÖ) vakalarında B19 infeksiyon insidansını tespit etmek için yapılmıştır. B19 infeksiyonunun tanısında B19 DNA tespiti için B19 spesifik nested PCR ve B19 spesifik IgM ve IgG antikorları için ELISA testi kullanıldı. NIHF (n=33) vakalarına ve spontan abortus (n=19) vakalarına ait parafine gömülü fetal ve plasental doku örnekleri ile kontrol olarak gebeliği zamanında sonlanan 40 normal gebe kadının plasental doku örneklerinde B19 DNA nested PCR testi ile analiz edildi. NIHF vakalarının 14'de(%42.4) ve spontan abortus vakalarının 6'da(%31.5) B19 DNA varlığı tespit edildi, oysa kontrol plasental dokularının hiçbirinde tespit edilmedi. Çalışmanın diğer serisinde NIHF (n=9), spontan abortus (n=27), İUFÖ (n=5) ve kontrol grubu olarak 47 sağlıklı gebe kadının serum örnekleri PCR ve ELISA ile test edildi. NIHF vakalarının 4'de(%44), spontan abortus vakalarının 9'unda(%33) ve İUFÖ vakalarının 1'inde(%20) hem PCR hem de ELISA testi ile B19 infeksiyon tanısı kondu. Ayrıca, kontrol grubunda B19 IgG prevalansı %51 bulundu ve bu örneklerden 4'de IgM tek başına veya IgM ve IgG antikorlarının birlikte olması, %8.3'lük bir oranla geçirilmekte olan B19 infeksiyonunu gösterdi ki, bu bölgemizde çalışma sırasında epidemik bir periyodu yansıtabilir. Sonuç olarak, bulgularımız B19 ile ilişkili NIHF insidansının oldukça yüksek olduğunu gösterdiğinden hidrops fetalis görülen gebe kadınlarda B19 infeksiyonunun erken tanısında nested PCR ve ELISA testlerinin birlikte kullanılması gereklidir. Anahtar Sözcükler: Parvovirus B19, Gebelik, Hidrops fetalis, Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR), B19 IgM antikoru, B19 IgG antikoru
Study of the synergistic effect of Saussurea costus and Cinnamomum cassia extracts with resistant antibiotics on the tonsillitis children's pathogens
The study included the collection of 60 samples of children between 1-10 years with tonsillitis from both genders, for the period between 15/11/2021 to 15/2/2022, from Samarra General Hospital and private clinics in Iraq. The statistical analysis showed significant differences of infection between male and female, at 63.33% and 36.66%, respectively. As for age groups, the highest infection rate was in the 5-6-year-old group with a rate of 36.66%. 53 samples gave a bacterial growth rate of 88.33%, and bacterial isolates were diagnosed by a set of microscopic and biochemical tests. The results of this diagnosis showed that Staphylococcus aureus was one of the most common bacterial isolates in tonsillitis, with a rate of 60.37%, Streptococcus viridanse 13.20%, Bacillus 9.43%, Streptococcus pyogenes 7.54%, Pseudomonas aerginosa 5.66%, and Klebsiella pneumoniae 3.77%. Isolates, were tested for sensitivity to ten antibiotics. The inhibitory effect of two types of hot and alcoholic aqueous plant extracts of cinnamon and coctus on isolated bacteria at concentrations (12.5, 25, 50, 100, 200, 400) mg / mL were studied. The results of the current study showed the superiority of alcoholic extracts over hot aqueous extracts in inhibiting the growth of bacterial isolates. This is a new finding for Iraq regarding the synergistic blend of these plants with bacteria resistant. 2022, 57 pages Keywords: Tonsillitis, Saussurea costus, Cinnamomum cassia, Antibiotics
Bölgemizde akut gastroenteritli çocuklarda rotavirus infeksiyonlarının moleküler epidemiyolojisi
Rotavirus bütün dünyada yeni doğan ve küçük çocuklarda akut gastroenteritin major etkeni olup çocuk ölümlerinin en önemli sebebidir. Bölgemizde akut gastroenteritli çocuklarda rotavirus infeksiyonlarının moleküler epidemiyolojisini araştırmak amacıyla 2008 yılında 5 yaş altı akut gastroenteriti olan 188 çocuktan dışkı örnekleri toplandı. Dışkı örnekleri Grup A rotavirus antijen tespiti için ELISA (enzyme-linked immunosorbent assay) testi ile analiz edildi. RT-PCR (Reverse-transcription-polymerase chain reaction) ve multipleks semi-nested PCR testi ile rotavirus G ve P genotiplemesi yapıldı. Toplam 188 hastanın 41'inde (%21.8) rotavirus antijeni pozitif bulundu. En baskın rotavirus genotipi G1P[4] %26.8 oranında olup bunu G4P[4] %17, G9/P[4] %7.4 ve G1P[6] ve G1P[10] genotiplerinin herbiri %2.4 oranlarında izledi. Rotavirus diaresi olan çocuklarda miks infeksiyonların görülme oranı %36.6 olarak tespit edildi. G1 genotipi (%70.7) en çok görülen G genotipi olup ardından G4 (%19.5) ve G9 (%17) bulundu. En yaygın P genotipi %85.3 oranla P[4] olup P[10] %29.2, P[8] %12.2, P[11] %7.4 ve P[6] %4.9 oranlarında tespit edildi. Bölgemizde akut gastroenteritli çocuklarda rotavirus infeksiyonunun insidansı ve rotavirus G ve P genotiplerinin dağılımının belirlenmesi rotavirusa karşı aşı geliştirme stratejilerinin oluşturulmasına katkıda bulunacaktır.
Hastane izolatı Staphylococcus aureus ve Koagülaz Negatif Staphylococcus suşlarında Metisilin direncinin farklı yöntemlerle araştırılması
Amaç: Hastane izolatı Staphylococcus aureus ve koagülaz negatif stafilokoklarda metisilin direnci, oksasilin ve sefoksitin disk difüzyon testi, oksasilin E-testi, tuz agar tarama testi ve dirençten sorumlu mecA genin polimeraz zincir reaksiyonu ile gösterilmesi planlandı.Gereç ve Yöntem: Çalışmada 2006 ile 2007 yılları arasında hastanemizde yatan hastalardan izole edilen 90 Staphylococcus aureus ve 90 koagülaz negatif stafilokok suşunda bu testler yapıldı. İzolatlar Vitek 2 otomatize sistemiyle tür düzeyinde tanındı. Altın standart olarak kabul edilen mecA geni ise polimeraz zincir reaksiyonu ile araştırıldı.Bulgular: Oksasilin disk difüzyon testine göre Staphylococcus aureus izolatlarının 45 (% 50)'i, koagülaz negatif stafilokok izolatlarının 47 (% 52.2)'si dirençli, sefoksitin disk difüzyon testine göre Staphylococcus aureus izolatlarının 45(% 50)'i, koagülaz negatif stafilokok izolatlarının 46 (% 51.1) 'sı dirençli, oksasilin E-teste göre Staphylococcus aureus izolatlarının 45 (% 50)'i, koagülaz negatif stafilokok izolatlarının 47 (% 52.2)'si dirençli, tuz agar tarama yöntemine göre Staphylococcus aureus izolatlarının 44 (% 48.9)'ü, koagülaz negatif stafilokok izolatlarının 41 (% 45.5)'i ve Vitek 2 otomatize sisteme göre Staphylococcus aureus izolatlarının 44 (% 48.9)'ü, koagülaz negatif stafilokok izolatlarının 47 (% 52.2)'si dirençli bulundu. Staphylococcus aureus izolatlarının mecA- polimeraz zincir reaksiyonu yöntemi ile 44 (% 48.9)'ünde mecA geni pozitif iken koagülaz negatif stafilokok izolatlarının 45 (% 50)'inde mecA geni pozitif bulundu.Sonuç: Stafilokoklarda heterojen dirençli suşlar nedeniyle metisilin direncinin fenotipik yöntemlerle gösterilmesi sıklıkla yanlışlıklara neden olmaktadır. Bu sorunun özellikle koagülaz negatif stafilokok suşlarında, Staphylococcus aureus'a göre daha da belirgin olduğu gözlenmektedir. Çalışmamızda Staphylococcus aureus'lar da fenotipik yöntemlerden, oksasilin ve sefoksitin disk difüzyon, oksasilin E-test ve tuz agar tarama testi sonuçları aynı bulundu (duyarlılık % 97.72, özgüllük % 95.65 ). Koagülaz negatif stafilokok suşlarında fenotipik yöntemlerden sefoksitin disk difüzyon testi diğer yöntemlere göre altın standart teste en yakın test olarak bulundu (duyarlılık % 97.77, özgüllük % 97.77 ). Ancak, hem Staphylococcus aureus, hem de koagülaz negatif stafilokok suşlarında metisilin direncinin gösterilmesinde en uygun yöntem polimeraz zincir reaksiyonu ile mecA geninin belirlenmesidir.
Bölgemizde servikal kanser ve prekanseröz lezyonları olan kadınlarda onkojenik human papillomavirus genotiplerinin prevalansının belirlenmesi
Servikal kanser bütün dünyada kadınlar arasında görülen en yaygın ikinci kanserdir. Human papillomavirus (HPV) servikal kanserin primer etyolojik ajanıdır. Bu çalışma Çukurova bölgesinde servikal kanser ve prekanseröz lezyonları olan kadınlarda HPV genotiplerinin prevalansını tespit için yapılmıştır. Bu amaçla skuamoz hücreli servikal kanser tanılı 27 kadın, 18 CIN1 (cervical intraepithelial neoplasia), 16 CIN2/3 ve kontrol grubu olarak normal servikal sitolojisi olan 122 kadına ait örneklerde HPV DNA tespiti için MY09/11 ve GP5+/6+ konsensus PCR (polymerase chain reaction) testi kullanılmıştır. HPV genotiplemesi multipleks floresan PCR testi olan f-HPV typing Kit (Molgentix, Barcelona, Spain) ile yapılmıştır. Floresan ile işaretli PCR ürünleri ABI 3130 genetic analyzer (Applied Biosystems) cihazında kapiller elektroforez ile analiz edilmiştir. HPV prevalansı servikal kanserde %92.5, CIN2/3'de %81.2, CIN1'de %66,6 ve kontrol grubunda ise %6.5 oranında bulunmuştur. Servikal kanser vakalarında en yaygın tip %66.6 oranla HPV16 olup ardından HPV18 (%11.1) ve HPV31, 58, 59 ve 68 (her biri %3.7) izlemiştir. CIN 2/3 lezyonlarında da HPV16 (%56.2) en baskın tip olup sonraki yaygın tipler HPV18 (%12.5), HPV11 (%12.5), HPV45, 51, 52, 58 ve 6 (her biri %6.2)'dır. CIN1'de en çok bulunan tip HPV59 (%22) olup diğer tipler HPV16 (%16.6), HPV11 (%11.1), HPV18, HPV31 ve HPV 35 (her biri %5.5)'dir. HPV16 ve/veya HPV18 enfeksiyonu servikal kanser vakalarının %74'ü (20/27) ve CIN2/3 vakalarının %62.5'inde (10/16) tanınmıştır. Sonuç olarak bölgemizde servikal kanser ve CIN2/3 tanılı kadınlarda bulunan en baskın iki tip HPV16 ve HPV18 olup günümüzde kullanılan profilaktik HPV aşılarının hedeflediği tiplerdir. Bölgemizde servikal kanser ve prekanseröz lezyonu olan kadınlarda HPV genotiplerinin dağılımının araştırılması HPV aşılarının etkinliğinin değerlendirilmesi için önemlidir.
Çukurova bölgesinde elde edilen Mycobacterium tuberculosis izolatlarının tür tayininde IS6110-RFLP yönteminin kullanılması
Tüberküloz günümüzde hala tüm dünyada görülen ve giderek önem kazanan halk sağlığı problemlerinden biridir. HIV epidemisi ile birlikte gelişmiş ülkelerde de yeniden artış trendine giren Mycobacterium tuberculosis enfeksiyonlarının kontrolünde; yeni, daha hızlı, ucuz, sensitif ve spesifik tanı yöntemleri ile daha etkili anti-tüberküloz ilaçların yaratılması ve mikroorganizmanın toplum içerisindeki hareketleri ile bulaş yollarının tespitine imkan sağlayacak genom düzeyinde tanımlama yapabilen epidemiyolojik yöntemlerin geliştirilmesine ihtiyaç duyulmaktadır. Bu çalışma ile Çukurova bölgesindeki 2007-2010 yılları arasında izole edilen M. tuberculosis izolatlarının IS6110-RFLP yöntemi ile tiplendirilmesi amaçlanmıştır.Çalışmaya 2007- 2010 yılları arasında Çukurova bölgesinde bulunan farklı hastane ve verem savaş dispanserlerinden akciğer tüberkülozu veya temas kuşkusu ile laboratuarımıza gönderilen hastalara ait klinik materyalden izole edilen 230 Mycobacterium tuberculosis kompleks suşu dahil edilmiştir. Suşlar klonal düzeyde tanı amacı ile IS6110-RFLP yöntemi ile değerlendirilmiştir.IS6110 RFLP analizi ile çalışılan 230 izolattan 146 farklı patern belirlenmistir. Yüz yirmi örneğin bulunduğu 35 küme (%29.1), 62 özgül profil (%26,9), 36 benzer suş(%15,6) bulunmuş olup 12(%5,2) örnek tanımlanamamıştır. Bu çalışma sonunda, ülkemizde yapılan diğer IS6110-RFLP çalışmalarına ait sonuçlar kıyaslandığında kümeleşme oranın daha düşük olduğu görülmüştür.
Karbapenem dirençli Acinetobacter baumannii izolatlarında direnç genlerinin Polimeraz Zincir Reaksiyonu ile araştırılması ve Pulsed Field Gel Electrophoresis yöntemi ile genotip tayini
Acinetobacter baumannii özellikle yoğun bakım ünitelerinde nozokomiyal infeksiyonlara ve salgınlara yol açan önemli bir patojendir. Karbapenem grubu antibiyotikler de dahil, çoklu ilaç direnci göstermesi bu patojenle olan infeksiyonların tedavisinde ciddi problemlere sebep olmaktadır. Karbapenem direnci sıklıkla OXA tipi karbapenemazlar ile oluşmaktadır. OXA tipi enzimler 4 subgrupta (OXA-51, OXA-58, OXA-23, OXA-24) toplanır. Acinetobacter izolatlarında OXA-51 subgrubundaki enzimler intrinsik olarak bulunurken, mobil elementler ile horizontal olarak kazanılan genlerle kodlanan OXA-58, OXA-23 ve OXA-24 subgrup enzimlerde beraberinde bulunabilmektedir. Ayrıca blaOXA-51 geninin upstream bölgesinde yerleşen ISAba 1 segmenti de transkripsiyonel bir promotor olarak ß-laktamaz gen ekspresyonunu indüklemektedir.Bu çalışmada hastanemizde hastane enfeksiyonlarndan izole edilen karbapenem dirençli A. baumannii izolatlarında karbapenemaz enzimini kodlayan blaOXA genlerinin subgruplarının Multipleks PCR, ISAba1 segmentinin tek tüp PCR yöntemi ile araştırılması ve klonal ilişkilerinin PFGE yöntemi ile belirlenmesi amaçlanmıştır.İncelenen 55 izolatın tamamında(%100) OXA 51 ve ISAba1 geni tespit edilmiştir. İzolatların 4(%7.27)ünde OXA 58, OXA 51 ve ISAba1, 3(%5.45)ünde OXA24, OXA51 ve ISAba1 geni belirlenmişken OXA 23 geni hiç bir izolatta bulunamamıştır. PFGE ile klonal ilişkilerinin incelenmesi sonucu, 55 izolatın 29(%52.72)'unun yakın ilişkili olduğu ve aynı klondan köken aldığı görülmüştür.Anahtar sözcük: Anahtar Sözcük: Acinetobacter baumannii, blaOXA21, blaOXA23, blaOXA51, blaOXA58, PFGE
Dermatofitlerin çabuk tanısında (Gaca)4, Its1 ve Its2 bölgelerini hedef alan primerlerin etkinliğinin karşılaştırılması
Dermatofitozların patogenezinin ve klinik öneminin tam olarak anlaşılabilmesi için dermatofit grubu mantarların doğru identifikasyonu gereklidir. Rutin çalışmalarda, dermatofit grubu mantarların doğru sınıflandırılması ve tanısı kolay değildir. Uygun in vitro koşullar altında bol miktarda üretilebilen makrokonidiyum morfolojisi dermatofitlerin sınıflandırılmasında önemli bir kriterdir. Ancak, bazı dermatofit türleri, M. audouinii, M. ferrugineum, T. concentricum, T. schoenleinii, T. soudanense, T. verrucosum, T. violaceum, ve T. yaoundei, nadiren makrokonidiyum oluşturur ve identifikasyonları güçtür. Bu çalışmada, real-time PCR yönteminin dizaynı, optimizasyonu ve değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Testin performansı, nadiren makrokonidiya üreten ve yukarıda bahsedilen 8 türü temsil eden 26 standart köken ile laboratuvarımızda izole ve identifiye edilen, M. canis (n = 4), T. mentagrophytes (n = 2), T. rubrum (n = 20), T. rubrum morfotip "raubitschekii" (n = 2) ve T. tonsurans (n = 1 )'ın dahil olduğu 29 klinik izolat olmak üzere toplam 55 dermatofit suşu ile değerlendirilmiştir. Çalışmada real-time PCR 12 dermatofit türünü de doğru tanıdı. Sonuç olarak, real-time PCR yüksek özgüllük ve duyarlılığı ile dermatofit türlerinin, özellikle nadiren makrokonidiya oluşturan türlerin tanısını kolaylaştırdı ve çabuklaştırdığı görüldü. Bu yöntemin en önemli avantajı dermatofit grubu mantarların doğru ve güvenilir tanısına olanak sağlamasıdır.
Solunum yolu enfeksiyonlarında haemophilus influenzae türlerinin ve antibiyotik duyarlılıklarının araştırılması
Amaç: Çukurova üniversitesi Balcalı Hastanesi Merkez labaratuvarı'na çeşitli kliniklerden gönderilen üst solunum yolu örneklerinden izole edilen 146Haemophilus influenzae izolatlarında direnç durumunun belirlenmesi amaçlanmıştır.Gereç ve Yöntem: Suşların ampisilin (Amp), ampisilin/sulbaktam (SAM), sefprozil (CPR), sefotaksim (CTX), meropenem (MEM), klaritromisin (CLR), trimetoprim/sulfametoksazol (T/S), siprofloksasin (CiP), tetrasiklin (TET)',imipene (IPM), sefaklor`a duyarlılıkları ?Haemophilus Test besiyerinde disk difuzyon yontemiyle CLSI kriterlerine uygun olarak çalışılmıştır. Suşların serotiplendirilmesine bakılmıştır.Bulgular: H.influenzae izolatlarının, 133'si balgam, 13' ü bronkoalveolar lavaj sıvısı, H.influenzae izolatlarında ampisilen'e direnç%20,ampisilin/sulbaktama direnç %11, seprozil'le direnç %12, sefotaksim'e direnç %8, meropenem'e direnç %7, klaritromisin'e direnç %10, trimetoprim/sülfametoksazol'a direnç %29, siprofloksasin'e direnç %8, tetrasiklin'e direnç %10, imipenem'e direnç %7 , sefaklor'a direnç %15 olarak görülmüş. 146 hastanın 92'si bütün antibiyotiklere duyarlı bulunmuş. 130 hasta serotiplendirilmesi sonucunda tip b olarak tayin edilmiş. 6'sı a grubu ,6'sı c grubu, 4'i f grubu olarak tiplendirilmiştir.Sonuç: Yıllara göre direnç dağılımı ampirik tedavi planlanırken göz önüne alınması gereken önemli bir bulgudur. Çalışmamız da en yüksek oranda direnç T/S'a karşı belirlenmiştir. Direnç oranların da diğer çalışmalarla kıyaslandığında yıllara göre farklılık gözlenmiştir. Buna karşın sabit bir artış veya azalma saptanmamıştır.Anahtar kelimeler: Haemophilus influenzae, direnç, antibiyotik
Klinik örneklerden izole edilen Streptococcus pneumoniae suşlarının direnç paterni
Hastanemizde izole edilen pnömokok suşlarının çeşitli antibiyotiklere direnç durumlarının belirlenmesi planlandı. Bu çalışmaya 2006 Mart -2007 Aralık tarihleri arasında Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Balcalı Hastanesi polikliniklerine başvuran veya çeşitli servislerde yatan hastalardan Merkez Laboratuvarına gönderilmiş olan klinik materyallerden izole edilen 92 adet Streptococcus pneumoniae suşu dahil edilmiştir. Bu suşların penisilin, seftriakson, meropenem, eritromisin, levofloksasin, klindamisin, tetrasiklin, trimetoprim, rifampin, kloramfenikol, telitromisin, vankomisine direnç durumları disk difüzyon ve E-test (AB Biodisk, Sweden) ile belirlendi. Sonuçların değerlendirilmesi NCCLS kriterlerine göre yapıldı.Çalışma sonucunda 29 çocuk ve 63 yetişkin örneğinde direnç oranları sırasıyla penisiline % 17,2 ve % 12,7 seftriaksona çocuklarda direnç rastlanmazken yetişkinlerde seftriakson direnci %3,2`di. Meropenem, eritromisin, levofloksasin, klindamisin, tetrasiklin trimetoprim/ sülfametoksa-zole çocuk ve yetişkinlerde % 3.4 ve % 6.3, % 51,7 ve % 30,2, %10,3 ve %3,2, %31,0 ve % 15,9 % 34,5 ve % 27,0 % 62,1 ve % 36,5 direnç oranları vardı. Çocuklarda rifampine direnç görülmezken, yetişkinlerde bu oran %3.2'di. Çocuk ve yetişkinlerde kloramfenikole direnç sırasıyla %3,4 ve %6,3 bulundu. Vankomisin ve telitromisine çocuklarda ve yetişkinlerde direnç görülmedi.Penisiline orta derecede ve yüksek derecede dirençli pnömokoklar tarafından oluşturulan ciddi pnömokok infeksiyonları için verilecek optimal tedavi tartışmalıdır. Hetorojen hasta popülasyonun varlığı, mortaliteyi etkileyen eş zamanlı risk faktörlerinin varlığı ve Penisilin direnci olan Streptecoccus pneumoniae suşları arasında orta derecede direncin ağırlıkta olması verileri yorumlamakta zorluklara neden olmaktadır. Klinik deneyimlerin yetersizliğine rağmen çalışmacıların çoğu penisilinlerin duyarlı suşlarla oluşan pnömokok infeksiyonları için halen temel tedavi olduğuna inanırlar. Pnömokok suşlarındaki artan penisilin direnci, ciddi boyutlarda bir problemle karşı karşıya olduğumuzu göstermektedir. Direnç gelişiminden dolayı tedavinin giderek zorlaşması, pnömokok enfeksiyonlarında aşı uygulamalarının biran önce hayata geçirilmesi gerekliliğini ortaya çıkartmaktadır.Anahtar Sözcükler: Antibiyotik direnci, Streptecoccus pneumoniae
Mycobacterium tuberculosis izolatlarının 24 lokus mycobacterial interspersed repetitive units variable number of tandem repeats (MIRU-VNTR)yöntemi ile genotiplendirilmesi
Mycobacteriumtuberculosisizolatlarının 24 LOKUS MYCOBACTERIAL INTERSPERSED REPETITIVE UNITS VARIABLE NUMBER OF TANDEM REPEATS(MİRU ? VNTR)YÖNTEMİ İLE GENOTİPLENDİRİLMESİTüberkülozun az gelişmiş ve gelişmekte olan ülkelerdeki yüksek prevalansının yanı sıra HIV ile birlikte gelişmiş ülkelerde de yeniden artma trendine giren insidansı, en az 2 major ilaca dirençli (MDR) ve florokinolonlarla birlikte en az enjektable minor ilaca dirençli (XDR) suşlarının ortaya çıkışları ve global yayılım gösterme eğilimleri M tuberculosis kontrol çalışmalarında moleküler düzeyde sürveyansın önemini artırmıştır. Bu çalışmada Ç.Ü Tropikal Hastalıklar Araştırma ve Uygulama Merkezi (THAUM) ve Bölge Tüberküloz laboratuarına gönderilen akciğer tüberkülozu şüphesi olan hastalardan gönderilen balgam örneklerinden sıvı [BACTEC 960 TB (hızlı)] ve katı [Löwenstein Jensen Besiyeri (yavaş)] kültür ortamlarında üretilen ve ticari kart testler ile M.tuberculosis kompleksi ön tanısı alan M.tuberculosis izolatları MIRU-VNTR yöntemi ile genotiplendirilmiştir.Anahtar Kelimeler :M.tuberculosis, MIRU-VNTR, PCR
Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Jinekoloji Bölümü'ne başvuran kadınlarda human papillomavirus genotiplerinin dağılımının araştırılması
Bu çalışmanın amacı Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Jinekoloji Bölümüne başvuran kadınlarda human papillomavirus (HPV) genotiplerinin dağılımını ve prevalansını tespit etmektir. Servikal sürüntü örnekleri yaşları 30 ile 64 arasında değişen 1017 kadından toplanmıştır. HPV genotiplemesi multiplex floresan PCR testi olan f-HPV typing kit (Molgentix, Barcelona, Spain) ile yapılmıştır. HPV prevalansı çalışma popülasyonunda %13.2 (134) olarak bulunmuştur. Multiple HPV infeksiyonu HPV pozitif kadınların %25.4'ünde gözlenmiştir. HPV ile infekte kadınların %21.6'sında bulunan HPV39 en yaygın HPV genotipi olarak tanınmıştır, bunu HPV16 (%20.9), HPV51 (%18.6), HPV52 (%11.9), HPV58 (%9.7), HPV6 (%9), HPV18 (%7.4), HPV35 (%7.4), HPV11 (%6), HPV31 (%6), HPV56 (%4.5), HPV45 (%4.5), HPV68 (%3.7), HPV33 (%3), HPV59 (%1.5) izlemiştir. Normal sitolojili kadınların %12.4'ünde ve anormal sitolojili kadınların %75'inde HPV tespit edilmiştir. Prekanseröz lezyonlarda baskın HPV genotipleri HPV16 ve HPV31'dir. Kadınlarda HPV prevalansı ve HPV genotiplerinin dağılımı ile ilgili bilgi servikal kanser taramasında HPV testlerinin kullanımının değerlendirilmesine ve profilaktik HPV aşılarının etkinliğinin izlenmesine katkıda bulunacaktır.Anahtar Sözcükler: HPV, Genotip, Prekanseröz lezyonlar, Prevalans, Servikal kanser.
Mycobacterium bovis izolatlarının MIRU - VNTR ve spoligotyping ile surveyansı
İnsan ve hayvan tüberküloz olgularından izole edilen M. bovis suşlarının epidemiyolojik özelliklerinin belirlenmesi, kaynağı hayvan ve hayvan ürünleri olan bir grup tüberküloz olgusunun kontrolü ve etkin kontrol tedbirleri ile en aza indirilmesini sağlayacaktır. Bu çalışmada Çukurova bölgesinde pulmoner tüberküloz ön tanılı hastaların balgam örnekleri ile Adana mezbahasında et üretimi amacı ile kesilen hayvanların akciğer ve lenf nodlarının makroskopik incelemelerinde tüberküloz şüphesi yaratacak lezyona sahip olan dokulardan izole edilen M. bovis suşlarının muhtemel bir bulaşa delil teşkil etmek üzere klonal düzeyde irdelenmeleri ve bu amaçla kullanılan yöntemlerin tek başlarına veya birlikte kullanılmaları halindeki ayırım güçlerinin tespiti amaçlandı. Çalışmaya Mart 2011-Haziran 2012 tarihleri arasında izole ve identifiye edilen hayvan kökenli 32 ile insan kökenli 10 M. bovis izolatı dahil edildi. Klonal ilişkinin belirlenmesinde 12 lokus MIRU-VNTR yöntemi ile spoligotyping yöntemi kullanıldı. Test izolatlarının tamamının spoligotipleme ile 6, MIRU-VNTR ile 10 farklı patern gösterdikleri, her iki yöntemin birlikte kullanılması halinde ise patern sayısının 28'e çıktığı, MIRU lokusları içerisinde MRU4, MIRU26, MIRU31 ve MIRU40'ın ayırım gücü en yüksek lokuslar olduğu, spoligotiplemede de izolatların % 42.85 oranı ile SB0120 paterninde yoğunlaştıkları, aynı yöntemle 7 izolatın M. bovis ssp caprae paterni, 2 insan izolatının da M. bovis BCG paterni sergiledikleri, 5 insan izolatının spoligotyping ve MIRU-VNTR kalıplarının sığır kökenli izolatlar ile % 100 uyumlu olduğu yani ortak kökenden enfekte edildikleri görüldü. Bu çalışmada M. bovis izolatlarının epidemiyolojik analizinde spoligotyping ve MIRU-VNTR yöntemlerinin birlikte kullanılması halinde ayırım güçlerinin her iki yöntemin tek başına kullanılmasına oranla daha yüksek olduğu, bölgemizde bir kaynaktan köken alan suşların hem insanları hem de hayvanları enfekte ettiği bu sebeple de M. bovis moleküler epidemiyolojisine yönelik çalışmaların sürdürülerek elde edilen sonuçların Gıda Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı ile paylaşılmasının uygun olacağı kanaatine varılmıştır.Anahtar Kelimeler: M. bovis, MIRU-VNTR, Spoligotyping
Bakteriyel vaginosis'li ve sağlıklı kadınların genital ve rektal sürüntü örneklerinden izole edilen laktobasillerin (duderlein basilleri) tanımlanması ve genotipik özelliklerinin araştırılması
ÖZET Bakteriyel vaginosis'li ve sağlıklı kadınların genital ve rektal sürüntü örneklerinden izole edilen laktobasillerin (duderlein basilleri) tanımlanması ve genotipik özelliklerinin araştırılması Bakteriyel vajinosis (BV) tüm dünyada puberte dönemindeki kadınlarda en sık görülen alt genital sistem yakınmasıdır. Vajendeki ekosistemin bozulması sonucu koruyucu laktobasillerin azalması ve anaerob bakteri sayısının aşırı derecede artması sonucu ortaya çıkar. Yaş, hormonal yapı, sık cinsel ilişki, artmış partner sayısı, vajinal duş ve pH artışı gibi sebepler sonucu ortaya çıkar. Etyolojisi tam olarak bilinmemektedir. Ancak BV?in karekteristik özelliği laktobasillerin azalmasıdır. Bu sebeple BV tedavisinde antibiyotiklere alternatif veya katkı olarak laktobasillerin oral veya vajen içi yolla kullanımı önerilmektedir. Dayanak olarak da kadınlarda vajende florayı oluşturan laktobasillerin komşuluk ilişkisi ile kolondan gelen laktobasiller oldukları ileri sürülmektedir. Bu çalışmada sağlıklı asemptomatik 40 kadından alınan vajinal ve rektal sürüntü örnekleri laktobasil insidansı ve türlerinin dağılımını tespit için sellektif kültür yöntemleri kullanılarak değerlendirilmiştir. Ayrıca laktobasillerin tanı ve tiplendirilmesinde fenotipik yöntemlerin yanı sıra ilk defa RAPD-PCR yöntemi denenmiştir. Çalışmaya dahil edilen kadınların vajen sürüntü örneklerinin pH ölçümü, KOH testi, gram yayma preparatlarının Ison&Hay kriterlerine göre değerlendirilmesi sonucu 5 (%15)?inin asemptomatik BV bulgularına sahip oldukları görülmüştür. Kadınların vajen ve rektum sürüntü örneklerinden 132 farklı bakteri kolonisi laktobasil şüpheli bulunmuş, kristal yöntemi ile bunlardan 111?inin 11 farklı türe ait laktobasil olduğu, RAPD-PCR ile yapılan tiplendirmede ise sadece 101?inin 9 farklı tür laktobasil olduğu tespit edilmiştir. RAPD-PCR sonucları baz alındığında 28 (%70) kadında vajen, 31 (%77.5) kadında da rektal sürüntü örneklerinde en az bir laktobasil türünün kolonize olduğu, vajen de en sık kolonize olan türün 9 izolat ile L. gasseri olduğu, bu türün rektumdan 2. sıklıkta izole edilen tür olup kadınların 6? sında hem vajen hem de rektum örneklerinde kolonize olduğu görülmüştür. Ayrıca vajen florasında laktobasil bulunan 28 kadının 21 (%75)?inde izole edilen laktobasil türlerinden en az birisinin rektumda kolonize olduğu görülmüştür. Sonuç olarak bölgemiz kadınlarında vajen ve rektumunda kolonize olan laktobasil türleri arasında yüksek oranda benzerlik olduğu görülmüş, olup vajene kolonize olan laktobasillerin rektum kökenli oldukları tezi desteklenmiştir. Anahtar Sözcükler: Bakterial vajinozis, Laktobasil, RAPD-PCR
Endoservisitli ve normal kadınlarda servikal sürüntü ve ilk akım idrar örneklerinde Polimeraz zincir reaksiyonu ile Chlamydia trachomatis ve Neisseria gonorrhoeae sıklığının araştırılması
ÖZET Endoservisitli ve normal kadınlarda servikal sürüntü ve ilk akım idrar örneklerinde Polimeraz zincir reaksiyonu ile Chlamydia trachomatis ve Neisseria gonorrhoeae sıklığının araştırılması Kadın genitoüriner sistem infeksiyonlarında endoservikal sürüntü ve ilk idrar örnekleri kullanılarak C trachomatis ve N gonorrhoea?nın PCR yöntemi ile tanısında örneklerin duyarlılık, özgüllük ve kabul edilebilirliklerini tespit amacı ile planlanan çalışmada 267 kadına ait örnekler değerlendirilmiştir. Örnek alınan kadınların %56.5 oranı ile 30-39 yaş grubunda yoğunlaştıkları görüldü. AKDHP?de takip edilen kadınlara ait idrar örneklerinde In-house PCR`ın, PCR ile tanı için referans materyal olan endoservikal sürüntü örnekleri sonuçları baz alındığında, duyarlık, özgüllük ve kabul edilebilirliği, sırası ile; %81.25 , %81.8 ve %86.77 olarak tespit edilmiştir. N gonorrhoea için bu oranlar %100 olduğu, DZHP?de takip edilen kadınlara ait duyarlık, özgüllük ve kabul edilebilirliği, sırası ile; %64.3,%92.3 ve %86.77 olarak tespit edilmiştir.. N gonorrhoea için bu oranlar idrar örneklerinde de %100 bulundu. Bu sonuçlara göre CYBH?ların en önemli iki patojeni ve konvansyonel kültür yöntemleri ile tanısında zorluk çekilen C trachomatis ve N gonorrhoea?nın PCR bazlı yöntemlerin hızlı,kolay,ucuz ve yüksek duyarlılıkta olduğu ve ilk idrarın servikal sürüntü örneklerine benzer duyarlılıkta ancak hasta için daha rahat olması sebebiyle tercih edilebileceği görülmüştür. Anahtar Sözcükler: C trachomatis ,N gonorrhoea,ilk idrar ,endoservikal sürüntü örnekleri ve PCR.
İnfluenza A virus enfeksiyonlarının moleküler epidemiyolojisi
İnfluenza, influenza viruslarının sebep olduğu akut solunum yolu hastalığıdır. İnfluenza virus enfeksiyonları yüksek morbidite ile ilişkilidir ve pnömoni gibi ciddi komplikasyonlara sebep olabilir. Bu çalışmanın amacı solunum yolu infeksiyonu olan ve hastaneye yatırılan hastalarda influenza tip A ve B virus enfeksiyonlarının insidansı ve influenza A virus alttiplerini real-time RT-PCR test, konvansiyonel RT-PCR test ve direk immunfloresan antikor (DFA) testi ile tespit etmektir. Toplam 476 hastadan 1 Nisan 2012 ve 31 Aralık 2013 tarihleri arasında flocked eküvyon (Copan Diagnostics, Italy) ile nazofaringeal sürüntü örnekleri toplanmıştır. Real-time RT-PCR test (Sacace, Italy) ile influenza A virus vakaların %20.5 (98/476) ve influenza B virus %3.3'ünde (16/476) tespit edilmiştir. Çalışma süresi boyunca 98 influenza virus izolatının %63.3'ünün A(H1N1)pdm09 ve %36.7'sinin A(H3N2) olduğu bulunmuştur. İnfluenza A(H1N1)pdm09 alttipinin Ocak 2013 (12 vaka) ve A(H3N2) alttipinin (11 vaka) Aralık 2013'de baskın olduğu gözlenmiştir. Real-time RT-PCR test referans alındığında influenza A ve B için DFA testinin (Argene SA, France) ve influenza A için WHO primerlerinin (M30F2/08 ve M264R3/08) kullanıldığı konvansiyonel RT-PCR testinin sensitivitesi sırasıyla %72.4, %75, %96 ve spesifitesi %99.2, %99.5 ve %100 bulunmuştur. Sonuç olarak, çalışma grubunda influenza A virus enfeksiyonu %20.5 oranla oldukça yüksek tespit edilmiştir. İnfluenza virus tipleri ve alttiplerinin izlenmesi, influenza aşı suşlarının dolaşımdaki influenza virusları ile uyumunun değerlendirilmesi ve pandemik potansiyeli olan alttiplerin tanısı için gereklidir. Etkili korunma ve kontrol önlemlerinin zamanında alınması, gereksiz antibiyotik kullanımının azaltılması ve antiviral tedaviye başlamak için influenza virus enfeksiyonlarının erken tanısında real-time RT-PCR testinin kullanımı önerilir.
İntraabdominal enfeksiyonlarda sekonder ve tersiyer peritonit etkeni olan gram negatif bakterilerin moleküler sürveyansı
Risk faktörü bulunmayan toplum kökenli intraabdominal enfeksiyonlarda antimikrobiyal direnç önemli bir sorun değil iken, hastane kökenli enfeksiyonlarda yüksek mortalite oranlarına yol açmaktadır. Özellikle de, Escherichia coli, Klebsiella pneumonia, Acinetobacter baumannii ve Pseudomonas aeruginosa gibi tersiyer peritonit etkeni olarak sıklıkla izole edilen gram negatif bakterilerle yapılan güncel çalışmalar New Delhi Metallobetalaktamaz (NDM-1) gibi neredeyse bütün antibiyotiklere karşı direnç gelişmesine sebep olabilen yeni mekanizmalar açığa çıkarmaktadır. Hastanemizde de altta yatan hastalıkları daha fazla olan hasta grubunda cerrahi uygulanması yanı sıra daha komplike ameliyatların gerçekleştirilmesi nedeniyle, bölgemizdeki diğer üçüncü basamak hastanelere göre daha ağır abdominal sepsis olguları görülmektedir. Bu hastalarda kaynak kontrolü ile birlikte erken ve etkili antimikrobiyal tedavi hayat kurtarıcıdır. Bu sebeple, etken mikroorganizmaların fenotipik ve genotipik özelliklerinin birlikte değerlendirilmesi daha da önemli hal almaktadır. Çalışmamızın amacı hastanemizde intraabdominal enfeksiyonlu hastalardan sekonder ve tersiyer peritonit etkeni olarak izole edilen gram negatif bakterilerin direnç paternlerinin tespiti ve aralarındaki filogenetik ilişkinin belirlenmesidir. Çalışmamızda, Çukurova Üniversitesi Balcalı Hastanesinin Genel Cerrahi Servisinde ve Cerrahi Yoğun Bakım Ünitesinde sekonder ve tersiyer peritonit klinik tanısı ile yatarak takip edilen ardışık hastalar iki grup halinde incelendi. Birinci grubu başka bir hastanede opere edilen hastalar; ikinci grubu ise çalışma yapığımız hastanede opere edilen hastalar oluşturdu. Her iki grup hastadan da kan kültürü ve/veya pürülan akıntısı varsa sürüntü örneği alındı. İzolatların tür düzeyinde identifikasyonu ve antibiyotik direnç paternlerinin tespiti VITEK-II otomatize sistemle yapıldı. Moleküler olarak dirençli olan suşlar arasındaki akrabalık ilişkisini bulmak için Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE) yöntemi kullanıldı. Çalışma sonunda; peritonit tanısı konan hastalardan izole edilen 32 Gram(-) suşun 20'si E.coli. 6'sı K. pneunmoniae. 3'ü P.aeruginosa. 1'i Proteus spp, 1'i A. baumannii ve 1'i Achromobacter xylosoxidans olarak belirlendi. Kullandığımız PFGE yöntemi izolatlarımız arasında önemli bir klonal ilişkinin bulunmadığını gösterdi.
Campylobacter jejuni'ye karşı koruyucu immüniteye yol açan antijenlerin tespiti ve potansiyel kullanım alanlarının araştırılması
Campylobacter jejuni özellikle kanatlılarda gastrointestinal sistemde kolonize olan Gram negatif spiral şekilli ve hareketli bir mikroorganizmadır. Kanatlılardaki enfeksiyonları et tutulumunu azaltarak ciddi ekonomik kayıplara yol açabilmektedir. İnsanlara sıklıkla enfekte kanatlı ürünlerinin tüketilmesi ile bulaşırlar ve non-spesifik basit semptomlardan dizanteriye kadar değişen intestinal semptomlara yol açarlar. Kanatlılarda kolonizasyonun yaş ile ilişkili olarak arttığı, ilk 2-5 hafta kolonizasyonun gerçekleşmediği gösterilmiş ve koruyucu immunitede yumurtadaki maternal IgY 'nin rolü olabileceği düşünülmüştür. Bu bulgu koruyucu immun cevabı indükleyen C. jejuni antijenlerinin kanatlılarda ve insanlarda aşı çalışmaları ile serolojik tanı kitlerinde kullanılabileceğini akla getirmiştir. Çalışmamızda; bölgesel suşlardan elde edilen membran antijenleri ile tavuk yumurtalarındaki anti-C. jejuni-IgY reaktivitelerinin tespiti amaçlanmıştır. Endüstriyel tip et tavukçuluğu yapan işletmelerdeki I. III, V haftalık piliçler ile kesimhanede işlem gören tavukların doku örneklerinden izole edilen C. jejuni suşlarının membran proteinleri ekstrakte edilmiş ve SDS-PAGE ile separe edildikten sonra nitroselüloz membranlarda immobilize edilmiştir. Daha sonra endüstriyel tip ve ev tipi yumurta tavukçuluğu yapan işletmelerden alınan 100 yumurtadan IgY ekstrakte edilmiş ve bunlarla reaktif membran proteinleri immunblot yöntemi ile araştırılmıştır. Çalışmada doku örneklerinin %17.5'inde C. jejuni kolonizasyonu görülmüş, bu suşların membranlarında 8-120 kDA arasında değişen çok sayıda protein bulunduğu ve 36 ve 60 kDa büyüklüğündekilerin suşların tamamında major protein bantları olduğu tespit edilmiştir. Yumurta ekstraktlarının %68'inde SDS-PAGE ve ELISA yöntemleri ile ölçülebilir ve kullanılabilir düzeyde IgY tespit edilmiştir. İmmunblotting yöntemi ile 30 (%44.1) yumurta ekstraktında 36 ve 60 kDa'luk proteinlerle (%93.3-100) reaktif olan IgY varlığı tespit edilmiştir. Bölgemizde endüstriyel tip et tavukçuluğunun yapıldığı işletmelerde C. jejuni enfeksiyonlarının insidansı. %17.5 ile beklenenden yüksek oranda görülmüştür. Endüstriyel ve ev tipi yumurta tavukçuluğu yapılan kümeslerdeki yumurtalarda sırasıyla %14 ve %46 oranında anti-C.jejuni IgY olduğu ve bunların 36 ve 60 kDa'luk proteinlerle immün-reaktif olduğu tespit edilmiştir. Bu antijenlerin aşı çalışmaları ve serolojik tanı kiti geliştirilmesinde hedef antijenler olarak kullanılabileceği belirlenmiştir.
Kemik iliği transplantasyonu yapılan çocuk hastalarda bk virus enfeksiyonları
BK virus (BKV) ile ilişkili hemorajik sistit, hematopoetik kök hücre transplantasyonu (HKHT) yapılan hastalarda yaygın görülen bir komplikasyondur. Bu çalışmanın amacı HKHT yapılan çocuk hastalarda BKV enfeksiyonu insidansının araştırılmasıdır. Çalışmaya Kasım 2015 ile Kasım 2016 arasında izlenen yaşları 16 ay ile 16 yaş arasında değişen toplam 51 hasta dahil edilmiştir. Hastalar BKV DNA'nın idrar ve kanda tespiti için kantitatif real-time PCR (Anaolia Geneworks, Türkiye) testiyle moniterize edilmiştir. Hastaların 46'sına allojenik ve 5'ine otolog HKHT yapılmıştır. Allojenik nakil yapılan 46 hastanın 26'sında (% 56.5) ve otolog nakil yapılan 5 hastanın 1'inde (% 20) olmak üzere toplam 27 (% 52.9) hastanın idrar ve/veya kanında BKV DNA pozitifliği saptanmıştır. Allojenik HSCT yapılan hastaların % 26'sında (12/46) preemptif tedavi için gereken idrarda BKV viral yük düzeyi >107 kopya/ml'nin üstünde tespit edilmiştir. Preemptif tedavi uygulanan 12 hastanın 9'unda (% 75) hemorajik sistit gelişmesi önlenirken 3'ünde (% 25) hemorajik sistit gelişmiş ve tedaviyle iyileşmiştir. Hemorajik sistit gelişmesinden önceki iki hafta içinde BKV viruri >109 kopya/ml üstünde bulunmuş olup hemorajik sistitin prediktif tanısı için prognostik bir gösterge olarak kabul edilmiştir. BKV viremisi ise sadece 1 hastada sistit gelişmesinden önceki iki hafta içinde >104 kopya/ml üstünde tespit edilmiştir. Sonuç olarak HKHT hastalarının BKV enfeksiyonu, özellikle BKV viruri yönünden izlenmesi yüksek risk altındaki hastalarda hemarojik sistitin prediktif tanısı için önerilir.
Broylerden izole edilen escherichia coli'lerin önemli virulans genlerinin ve antibiyotik direncinin incelenmesi
Kanatlı patojenik Escherichia coli (APEC)'nin neden olduğu kolibasilozis, E. coli'nin konakçıda yapışmasını ve çoğalmasını teşvik eden spesifik genler tarafından kodlanan virülens faktörleri bulunduğunda meydana gelir. Bu çalışmada, broyler iç organlarından elde edilen APEC izolatlarında sideroforları (iucD, iroN, iutA), toksinleri (astA, vatA, hlyF), adezinleri (papC, tsh), serum direncini (iss, ompT) ve kolisini (colV) kodlayan virülens gen (VG) varlığı polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ile ve izolatların antibiyotik dirençlerinin disk difüzyon yöntemi ile incelenmesi amaçlandı. En az beş VG taşıyan izolatlar klinik APEC (cAPEC) daha az VG taşıyanlar potansiyel APEC (pAPEC) ve en az üç veya daha fazla antimikrobiyal madde sınıfına dirençli olanlar çoklu antibiyotiğe dirençli (MDR) olarak değerlendirildi. cAPEC ve pAPEC arasındaki VG sıklığını karşılaştırmak için Ki-Kare (χ2) testi kullanıldı ve χ2 testinde P≤0.05 anlamlı olarak kabul edildi. Yüz yetmiş üç broylerden 140 (%80,1) APEC izole edildi. Çalışmanın sonunda 140 izolattan 86'sının (%61,4) cAPEC, 54'ünün (% 38,6) pAPEC olduğu ve bu izolatların 47 virülans genotipi taşıyordığı saptandı. iss (%78.6), iutA (%75.7), iroN (%68.6), hylF (%61.4), ompT (%60.0) genleri en yüksek oranda tespit edilen genlerdi. Araştırılan diğer genler ise; iucD (%40.0), tsh (%27.1), colV (%25.7), papC (%21.4), vatA (%8.6), astA (%4.3) daha düşük sıklıklarda saptandı. χ2 testi, tüm virülans genlerinin cAPEC ve pAPEC suşları arasındaki dağılımının önemli olduğunu gösterdi. Tüm izolatların, amoksisilin, trimetoprim sülfametoksazol, amoksisilin klavulanik asit ve siprofloksasine karşı yüksek düzeyde direnç gösterdiği bulundu. Birden fazla demir taşıma sistemine sahip olmanın APEC sağkalımı üzerinde önemli bir rol oynadığı, virülans genlerinin PZR yöntemiyle incelenmesinin patojenite testi yapmaktan daha pratik olduğu ve virülans genotiplerinin karakterize edildiği VG bazlı teşhis yöntemlerinin geliştirilmesinin gelecekteki aşı çalışmaları için faydalı olabileceği sonucuna varıldı.
Marmara bölgesinde ruminant abortlarında chlamydia abortus'un real time PCR ile teşhisi ve multilokus VNTR analizi ile genotiplendirilmesi
Chlamydia abortus insanlarda ve birçok hayvan türünde hastalığa sebep olan Gram negatif, zorunlu hücre içi, zoonoz bir bakteridir. C. abortus'un ruminantlarda sebep olduğu enzootik abort hastalığı hemen hemen tüm dünyada yaygın olarak görülmektedir. Ülkemizde C. abortus'un, abortif etkenler içerisindeki yerini gösterecek geniş çapta bir çalışma yapılmamış olmakla birlikte; etkenin genotipleriyle ilgili yayınlanmış herhangi bir veri de bulunmamaktadır. Bu çalışmanın amacı, Marmara Bölgesi'ndeki ruminant abortlarında C. abortus'un teşhisini yapmak ve etkenin genotiplerini belirleyerek bu anlamda ulusal ilk epidemiyolojik veriyi elde etmektir. Bu amaçla 12 ilden 267'si sığır, 380'i koyun, 70'i keçi, 13'ü mandaya ait toplam 730 abort materyali (fötal iç organlar, cenin mide sıvısı, plasenta, kotiledon, vaginal sıvap) C. abortus yönünden incelendi. Çalışmada, abort materyalinden, düşük tespit limitine sahip, tür spesifik Real Time Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) metodu ile etken DNA'sı araştırıldı. Pozitif sonuçlara ait DNA'lar Multilocus Variable Number Tandem Repeat (VNTR) Analysis (MLVA) yöntemi ile genotiplendirildi. 730 materyalden 87 (%11.9) tanesi C. abortus yönünden pozitif bulundu. Pozitiflik oranları keçilerde %21.4, koyunlarda %16.6, mandalarda %7.7 ve sığırlarda %3 olarak tespit edildi. Genotiplendirme sonucunda hâkim genotip MLVA genotip 2 (%93.1) olarak bulundu ve genotip 3, 4, ve 5 ile birlikte toplam 4 farklı genotipin enfeksiyonlarda rol aldığı görüldü. Bu çalışma ile ülkemizde ilk kez C. abortus'un genotiplendirilmesi yapılırken; bir manda fetusunda C. abortus tespit edildi. Ayrıca Marmara Bölgesi'nde C. abortus'un özellikle küçük ruminant abortlarının önemli bir kısmından sorumlu olduğu belirlendi. Etkenin zoonotik olması ve yaygın görülmesi sebebi ile ulusal strateji planı hazırlanmasının gerekliliği ve yurdumuzda diğer bölgelerde yapılacak benzer çalışmaların da etkenin yaygınlığının ve genotiplerinin ulusal çapta belirlenmesine katkı sağlayacağı sonucuna varıldı.
Laktik asit bakterileri ve hücresiz süpernatantlarının yara enfeksiyonlarına yol açan önemli patojenlere karşı potansiyel probiyotik etkilerinin araştırılması
Probiyotik laktik asit bakterileri, savunma hücre üretimini stimüle ederek yara iyileşmesine yardımcı olabilir ve pek çok patojen bakteriye karşı antimikrobiyal ve antibiyofilm etkinlik gösterebilirler. Bu çalışmada çeşitli fermente süt ürünlerinden izole edilen 12 laktik asit bakteri aktif kültür ve hücresiz süpertantların, Pseudomonas aeruginosa ve Staphylococcus aureus' a karşı antimikrobiyal etkilerinin, ayrıca hücresiz süpernatantların patojenlerin biyofilm oluşturmalarını inhibe edici ve oluşturulan biyofilmleri yıkıcı etkilerinin değerlendirilmesi amaçlandı. Aktif kültürler agar spot, hücresiz süpernatantlar ise agar kuyu difüzyon yöntemiyle değerlendirildi. Biyofilm deneyleri için ise, kantitatif mikrodilüsyon plak yöntemi kullanıldı. İzolatların 16S rRNA PZR analizleriyle: Pediococcus parvulus (%8.3, 1/12), Lactobacillus paracasei (%16.7, 2/12), Leuconostoc mesenteroides (%16.7, 2/12), Lactobacillus coryniformis (%8.3, 1/12), Lactobacillus reuteri (%16.7, 2/12), Lactobacillus rhamnosus (%8.3, 1/12), Lactobacillus alimentarius (%8.3, 1/12), Lactobacillus delbrueckii (%8.3, 1/12) ve Lactococcus lactis (%8.3, 1/12) türleri olduğu belirlendi. İzolatların antibiyotik duyarlılık profilleri E-test yöntemi ile değerlendirildi ve seçili antibiyotiklere karşı duyarlı olduğu tespit edildi. Antimikrobiyal aktivite bulgularına göre; L. delbrueckii subsp. bulgaricus suş ND04 ve L. mesenteroides subsp. mesenteroides suş CAU4374 aktif kültür ve hücresiz süpernatantlarının (HS-72) patojen bakteriler içerisinden yalnızca P. aeruginosa suşlarına gösterdikleri inhibisyon etkilerin benzer oldukları değerlendirildi. Hücresiz süpernatantlar ile ayrı ayrı yapılan üç uygulama içerisinden, her bir patojen için en yüksek biyofilm inhibisyon oranı belirlendi. Buna göre HS-72'nin patojen ile beraber inkübasyonu sonucunda: P. aeruginosa ATCC 15692 ve P. aeruginosa ATCC 27853 için sırasıyla %96.0 ve %95.7 (L. lactis suş IL6288), S. aureus ATCC 35556 için %94.2 (L. reuteri suş SKB1241) ve S. aureus ATCC 6538 için %96.2 (L. paracasei suş RV-M192) kaydedilen en yüksek inhibisyon oranlarıdır. İnhibisyon etkilerin antimikrobiyal aktivite deneylerinde organik asitlerden, biyofilm deneylerinde ise, süpernatantlardaki diğer inhibitör maddelerden kaynaklanabileceği düşünülmektedir. P. aeruginosa ve S. aureus'un oluşturdukları biyofilmlerin, kronik yaraların tedavisinde karşılaşılan önemli bir problem olduğu göz önüne alındığında, bu çalışmada laktik asit izolatlarına ait hücresiz süpernatantların, patojenlerin biyofilm oluşturmalarını inhibe edici ve oluşturulan biyofilmleri yıkıcı etkilerinin belirlendiği yeni bulguların bilimsel literatüre katkı sağlayacağı düşünülmektedir. Anahtar kelimeler: Biyofilm, hücresiz süpernatant, laktik asit bakterileri, yara enfeksiyonları.
Subklinik mastitisli keçilerden izole edilen stafilokok türlerinin farklı virulens özelliklerinin araştırılması
Araştırmamızda subklinik mastitisli keçilerden izole edilen Stafilokok suşlarının virulens faktörleri, enterotoksinleri, antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi amaçlanmıştır. Subklinik mastitisli keçilerden toplanan 110 süt örneğinden izole edilen Stafilokok suşları araştırmanın temelini oluşturmaktadır. Stafilokok suşları biyokimyasal testlere tabii tutulmuş ve koagulaz pozitif ve negatif olarak ayrılmıştır. Bu izolatlar genotipik olarak PCR ile tiplendirilmiş ardından sekans analizleri yapılarak tam identifikasyonları gerçekleştirilmiştir. İdentifiye edilen Stafilokok suşlarının Panton Valentine Leukocidin (PVL), Clumping factor (CLFA), Coagulase (coa), Alpha hemolysin (Hla), Beta Hemolysin (Hlb), Ý-hemolysin (Ý-hlg) ve Enterotoksin tiplendirilmeleri moleküler yöntemlerle yapılmıştır. Stafilokok izolatlarının sahada sıklıkla kullanılan antibiyotikler ile antibiyogramları gerçekleştirilmiştir. Sonuç olarak numunelerden %23.6 oranında Stafilokok izolasyonu yapılmıştır. Yapılan identifikasyon çalışmaları sonucunda, 5 S. equorum (%19), 5 S. pettenkoferi (%19), 5 S. epidermidis (%19), 3 S. warneri (%12), 3 S. caprae (%12), 2 S. capitis (%7), 1 S. simulans (%4), 1 S. hominis (%4) ve 1 S. aureus (%4), 15 (%13.8) Streptococcus sp., 13 (%12) Bacillus sp., 10 (%9) Lactobacillus sp., 7 (%6.3) Shigella sp., 7 (%6.3) E. coli, 7 (%6.3) Corynebacterium sp., 5 (%4.5) Klebsiella sp. ve 3 (%2.7) Flavobacterium sp. izole ve identifiye edilmiştir. Toplam 17 (%15.5) örnekte ise bakteriyel üreme görülmemiştir. Araştırmamızda elde edilen Stafilokok izolatlarının da söz konusu antibiyotik gruplarından olan Amoksisilin-Klavulanik asit, Ampisilin ve Penisilin G antibiyotiklerine karşı dirençli bulunduğu saptanmıştır. Bu araştırma ile subklinik mastitis etiyolojisinde yaklaşık olarak %70 oranında önemli bir rol oynayan Stafilokokların keçilerde görülen subklinik mastitis hakkındaki bölgesel profili çıkarılmıştır.
Bazı antiseptik dezenfektanların antimikrobiyal aktivitelerinin ın vıtro olarak araştırılması
Amaç: Araştırmamızda, hastanelerde sık kullanılan sekiz adet dezenfektanın dört adet standart bakteri suşu üzerine etkisi ve etki süresinin kalitatif dilusyon yöntemi ile incelenmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Bu tez çalışmasında etil alkol, povidon iyot, hidrojen peroksit, gluteraldehit, benzalkolyum klorür, lizol, klorhekzidin ve hipoklorit gibi dezenfektanların, Staphylococcus aureus ATCC 6539, Escherichia coli ATCC 25922, Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853, ve Klebsiella pneumoniae 13883 standart suşlarına karşı antimikrobiyal etkinlikleri ve etki süresi kalitatif süspansiyon metodu ile araştırılmıştır. Etil alkol için %95 (sulandırmadan), %70 ve %50, diğer dezenfektanlar için 1/10, 1/100 ve 1/1000'lik dilüsyonlar hazırlanmıştır. Üreme zaman aralıkları ise 1-2-5-10-30 dk olarak belirlenmiş, değerlendirme; süreler sonunda üremenin olmaması dezenfektanın bakterisidal etkisi olduğu şeklinde yorumlanmıştır. Bulgular: Bu çalışmada tüm sulandırmalarda 1 dakikalık maruziyet sonrası tüm bakterilerin üremesini inhibe eden dezenfektan olarak sadece %95'lik etil alkol saptanmıştır. 1/10 sulandırmada yine 1 dakikada tüm bakterilerin üremesini inhibe eden glutaraldehit (%2) en etkili dezenfektan olarak gözlenmiştir. Etil alkolün %70'lik konsantrasyonunun bakterilerle en az 2 dakika temasının uygun olduğu tespit edilmiştir. Sodyum hipoklorit (%5) 1/10 sulandırmada kullanıldığında 1 dakikalık temas ile tüm bakterilerin üremesini inhibe ederken, 1/100 sulandırmada tüm bakterileri öldürmek için en az 5 dakika süre ile uygulanması uygun bulunmuştur. Sonuç: Sonuç olarak hem hastaların hem de sağlık çalışanlarının hastane enfeksiyonlarından korunabilmesi için tüm hastanelerde dezenfeksiyon politikası oluşturulmalıdır. Her hastanenin kendi mikroorganizmalarına karşı etkili antiseptik ve dezenfektanları tespit etmesi hem maliyet hem de güvenli sağlık ortamı için faydalı olacaktır.
Helicobacter pylorı üst gastrointestinal patolojisi olan hastalardaki IL-6, IL-8, IL-10, IL-17A VE IL-19 gen ekspresyonları ve mutasyonlarının klinik korelasyonunun araştırılması
Helicobacter pylori (H. pylori), dünya nüfusunun yarısından fazlasını enfekte eden ve midede neoplastik ve inflamatuar gastroduodenal hastalıkların major sebebi olan bir gastrik patojendir. Günümüzde H. pylori'nin kronik gastrit, peptik ülser hastalığı, mide kanseri, mukoza ilişkili lenfoid doku lenfoması gibi çeşitli üst gastrointestinal sisitem (GİS) hastalıkları ile ilişkisi gösterilmiştir. H. pylori enfeksiyonundaki anahtar patofizyolojik olaylar, H pylori antijenlerine karşı epitel hücreleri tarafından üretilen inflamatuar sitokinlerin aracılık ettiği ve düzenlediği mide mukozasındaki inflamatuar cevabın sonucudur. H. pylori ile indüklenen gastrik mukozal inflamasyona proinflamatuar ve anti-inflamatuar sitokinler aracılık etmektedir. Sitokinleri kodlayan genlerdeki polimorfizmlerin, sitokin salgılama seviyelerini etkilediği ve gastroduodenal patolojinin prognozu için belirleyici olduğu düşünülmektedir. Mide patolojileri, konağın genetik yapısı ile H. pylori virülans genleri arasındaki karmaşık bir etkileşim içinde gelişmektedir. Hastalardaki IL-6, IL-8, IL-10, IL-17A ve IL-19 gibi sitokinleri kodlayan genlerdeki polimorfizmlerin, sitokinlerin salgı seviyelerini etkilediği ve GİS patolojisinin gelişmesine sebep olduğu düşünülmektedir. Bu sebeple çalışmamızda hastalardaki bu genlerindeki polimorfizmleri ve bunların H. pylori enfeksiyonu ve mide patolojileri ile ilişkisininin belirlenmesini amaçladık. Gereç ve Yöntem: Bu amaçla bölgemizdeki yataklı tedavi kurumlarına üst GİS yakınması ile başvuran ve tanı amaçlı olarak endoskopi eşliğinde mide biyopsi örnekleri alınan 200 hastaya ait örnek ve bu örneklerden izole edilen H. pylori suşları çalışmaya dahil edildi. Kontrol grubu olarak her hangi bir üst GİS yakınması olmayan 50 gönüllü katilmcidan alınan tam kan örnekleri kullandı. Hasta biyopsi örnekleri moleküler yöntemler ile hem H. pylori ureC geni varlığı yönünden hem de H. pylori'ye bağlı çeşitli GİS patolojilere eşlik eden IL-6-174, IL-8-251, IL-10-819, IL-17A ve IL-19 genlerinin polimorfizmi, PCR-RFLP ile genotiplendirildi. Aynı şekilde kontrol gurubundada belirtilen gen bölgelerilerinin polimorfizmleri PCR RFLP ile genotiplendirildi. Bulgular: glmM-PCR analizi sonucunda, 200 semptomatik hastanın 69 (% 34,5)'unda H. pylori DNA'sı tespit edildi. IL-8 -251 polimorfizminde T/A genotipi hasta grubunda %73,91'iken kontrol gurubunda %48 oranında ve IL-17A polimorfizmi G/A genotipi hasta gurubunda %56,52'iken kontrol guruba %42 olarak tespit edildi. IL-6-174 ve IL-10-819 polimorfizimleri ve gastroduodenal patoloji arasında ilişkili bulunmadı. Sonuç: H. pylori enfeksiyonunda sitokinlerde meydana gelen gen polimorfizmleri, gastrik inflamasyonu etkilemektedir. Bu genlerindeki polimorfizmler ve H. pylori enfeksiyonu arasındaki muhtemel ana yol olarak kabul edilen bu etkileşim, farklı gastrik hastalıklara sebep olur. Yüksek risk taşıyan GİS hastalarında, H. pylori enfeksiyonu tedavisinde konak genotiplerinin belirlenmesi hedef olarak kullanılabilir. Anahtar Kelimeler: Helicobacter pylori, gastrik patoloji, sitokin, İnterlökin
Çoklu ilaç dirençli acınetobacter baumannıı suşlarında çeşitli antibiyotik kombinasyonlarının ın-vıtro etkinliği
Acinetobacter cinsi bakteriler son yıllarda özellikle yoğun bakım üniteleri başta olmak üzere hastane infeksiyonlarında en sık izole edilen etkenlerin başında gelmektedir. Günümüzde Acinetobacter baumannii suşlarına bağlı olarak oluşan infeksiyonların tedavisinde kullanılan antimikrobiyal ajanlara karşı giderek artan direnç tüm dünyada olduğu gibi ülkemizde de önemli bir sağlık sorunu haline gelmiştir. Acinetobacter baumannii'nin gittikçe daha sık infeksiyon etkeni olması ve antimikrobiyal direnç oranlarının artması tedavide yeni seçenek ilaçların araştırılmasını gerektirmiştirBu çalışma Celal Bayar Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Bakteriyoloji Laboratuvarı'nda 2005-2009 yılları arasında çeşitli klinik örneklerinden izole edilen 50 Acinetobacter baumannii (A. baumannii ) kökeni çalışmaya alındı. Bakterilerin tanımlanması BBL Crystal Enterik/ Nonfermenter ID Kit (Becton Dickinson, ABD) veya Phoneix 100 BD sistemi (Becton Dickinson Microbiology Systems) kullanılarak tür düzeyinde yapıldı. A. baumannii kökenlerinin antibiyotik duyarlılıkları disk difüzyon yöntemi ile belirlendi. Antibiyotik duyarlılık sınırları CLSI kriterlerine göre okundu. Çoğul ilaç dirençli 10 A. baumannii suşunda kolistin/ rifampisin , kolistin/ imipenem , tigesiklin/rifampisin, tigesiklin/imipenem kombinasyonlarının etkinliği chekerboard ve E-test yöntemleriyle araştırıldı ve iki yöntemin birbiriyle tutarlılığı karşılarştırıldı. Değerlendirmeler chekerboard yöntemini referans alarak yapıldı.Araştırılan dört kombinasyon için checkerboard ile elde edilen FİK indeks değerlerine göre en iyi kombinasyonun kolistin/rifampisin (% 80 sinerji) ve kolistin/imipenem'de (% 80 sinerji) olduğu bulundu. Bunu tigesiklin/rifampisin (%60 sinerji) ve tigesiklin/imipenem ( %10 sinerji) kombinasyonu izlemekteydi. Ülkemizde kolistin henüz kullanıma girmediği için MDR A.baumanii suşlarının neden olduğu infeksiyonlarının tedavisinde tigesiklin/rifampisin kombinasyonunun iyi bir seçenek olabileceği düşünüldü.Kombinasyonların E-test yöntemiyle saptanan etkinliklerinin Chekerboard yöntemiyle tutarlılıkları karşılaştırıldığında; tutarlılık %52.5 (%10-70) olarak bulundu. E-test yönteminin antibiyotik kombinasyonların etkinliğini saptamada kullanılabilmesi için checkerboard ve time-kill yöntemleriyle daha çok karşılaştırılmalı çalışma sonuçlarına ihtiyaç olduğu düşünüldü.
Investigation of the burden of blood and urine culture contaminations to the microbiology laboratory and sample rejection rates
Errors in the preanalytical process cause the rejection of the samples from the beginning of the test request to the acceptance of the samples in the laboratory. Due to the difficulty of standardization and the fact that a large part of the test errors occur in the pre-analysis process, it is of great importance to eliminate errors in the preanalytic stage. The undesirable effect of the prenatal process in the Microbiology Laboratory is contamination. Contamination leads to cost and time loss in health services, delays the creation of treatment options for patients, and causes time loss for health workers. In our study, the effects of contamination rates in blood and urine cultures on the laboratory were evaluated in terms of cost and time; our sample rejection rates were calculated. In addition, it is aimed to guide the corrective and preventive actions that can be taken to reduce contamination rates. From the data system of our hospital, the total number of samples sent to the Medical Microbiology Laboratory, the number of rejected samples without being evaluated, the number of samples evaluated as blood culture and urine culture contamination were obtained. Differences in results by years, clinics to which samples were sent, and gender were analyzed. January January Dec 1, 2019 – January 1, 2022, a total of 821236 samples were sent to the Medical Microbiology Laboratory of the Faculty of Medicine of the University of Duzce, and 11905 of them (%1,45) were rejected without being evaluated. The most common reason for rejection was determined as an inappropriate sample. A total of 43606 urine culture samples were sent, and 11223 (%25,7) samples resulted in contamination. It was found that the contamination rate in urine culture was higher in women than in men, while in the pediatric emergency department (%38,1) it was higher than in other departments. A total of 13397 blood samples were sent in a menstrual blood culture bottle. Of these patient samples, 916 (%6,8) samples resulted in contamination. It was found that the contamination rate was higher in emergency departments (%9,1) than in other departments. The cost of blood and urine culture samples resulting in contamination has been calculated as a total of 51700 TL. Laboratory employees had to spend 506 hours for contaminated samples. In order to prevent contaminations and sample rejection, it is thought that the "correct sample collection and transfer" trainings, which are carried out with appropriate frequency in our hospital, should be increased in sections with high contamination and rejection rates.
Yoğun bakım ünitelerinden izole edilen metisiline dirençli s. aureus (mrsa) ile koagülaz negatif stafilokokların moleküler analizi
Son yıllarda metisiline dirençli stafilokok suşlarının aminoglikozitlere ve kinolonlara önemli ölçüde direnç gelişimi bildirilmektedir.Bu koşullarda metisilin dirençli S.aureus (MRSA) ve koagülaz negatif stafilokokların (KNS) klinik laboratuarda epidemiyolojik olarak ilişkili olan suşlarının saptanması ve ilişkisiz suşlardan ayırt edilmesi büyük önem kazanmaktadır.Bu yöndeki çalışmaların tüm merkezlerde yapılması hastane infeksiyonlarının kontrolü için önemli faydalar sağlamaktadır.Hastanemiz yoğun bakım ünitelerinde (YBÜ) yatan hastalarda alınan kan örneklerinden izole edilen metisilin dirençli S. aureus ve koagülaz negatif stafilokoklar olmak üzere toplam 57 suş Ekim ?Aralık 2004 tarihleri arasında toplanarak çalışmaya dahil edilmiştir. Tüm izolatlarda oksasilin ve sefoksitin disk difüzyon testi , mec A geni varlığı PCR ile ve epidemiyolojik olarak ilişkili olup olmadıkları PFGE ile araştırılmıştır. Hastanemiz YBÜ'lerinde PFGE sonuçlarına göre 2 ana klon olduğu saptanmıştır. Tip A klonu tüm suşların % 68'ini oluştururken, Tip B klonu % 32'sini oluşturmuştur. Mec A gen pozitifliği MRSA'larda %76 olarak saptanırken KNS'lerde %59.3 olarak saptanmıştır. Metisiline direncin saptanmasında disk difüzyon testlerinin hatalı sonuçlar verebildiği, ancak PCR ile mec A gen varlığının da araştırılması gerektiği sonucuna varılmıştır. Hastanemiz YBÜ'lerinde hem S.aureus hem de KNS'lerin en fazla Dahili Yoğun Bakım Ünitesinden izole edilmiş olması ve aynı klon'ların saptanması bu ünitelerde cansız ortamda kolonize olmuş olabileceği ve aynı zamanda çalışan sağlık personelinin taşıyıcı olabileceği sonucunu ortaya koymuştur.
Bakteriyel menenjit etkenlerinin araştırılması
Santral sinir sistemi enfeksiyonları kranyum ve spinal kord gibi hayatsal açıdan önemli bölgelerde geliştiğinden önemli morbidite ve mortalite nedenlerindendir. Menenjit, beyni çevreleyen meningeal zarların ve spinal kordun enflamasyonudur. Bakteri, virus ve mantarlar gibi pek çok mikroorganizma menenjite yol açabilir. En sık görülenleri viral ve bakteriyel menenjitlerdir. Hem mortalite hem de nörolojik sekel oranının azaltılmasında erken tanı ve uygun antimikrobiyal kullanımı önemlidir. Bu çalışmada Gaziantep Üniversitesi Şahinbey Araştırma ve Uygulama Hastanesi'nde Eylül 2009 ? Haziran 2010 tarihleri arasında menenjit ön tanısı alan 100 menenjit olgusu değerlendirildi. Olgular; yaş, cinsiyet, BOS görünümü, BOS hücre sayısı, BOS hücre tipi, BOS glukozu ve eş zamanlı kan glukozu oranı, BOS mikrototal proteini, Gram boyama, ARB boyama, Giemsa boyama, BOS kültürü ve BOS PCR sonuçları açısından değerlendirildi. Bakteriyel menenjitlerde BOS hücre sayısı; 30 örnekte (% 30) mililitrede 100'den fazla bulundu. Kültürü yapılan BOS örneklerinden 25 (% 25)'inde etken izole edildi. BOS PCR sonucunda 10 örnekte S. pneumoniae, 5 örnekte H. influenzae izole edildi. BOS kültürü ve/veya BOS PCR sonucu bir etken izole edilen örnek sayısı 37'dir. BOS PCR ile bir etken izole edilen 15 örnekten 12'sinde kültürü negatif idi. BOS kültürü ve PCR ile örneklerimizin hiçbirinde N. meningitidis izole edilmedi.
Vucut sıvılarından izole edilen corynebacterium'ların identifikasyonu ve antibiyotik duyarlılıklarının değerlendirilmesi
ÖZET Doktora Tezi VÜCUT SIVILARINDAN İZOLE EDİLEN CORYNEBACTERIUAfLARJN İDENTİFİKASYONU VE ANTİBİYOTİK DUYARLILIKLARININ DEĞERLENDİRİLMESİ Dr. Fahriye EKŞİ Gaziantep Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Danışman: Profesör Dr. İclal BALCI Ocak 2003 Çalışmamızda Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Laboratuvarına farklı kliniklerden rutin olarak gönderilen vücut sıvıları örneklerindeki C. diphtheriae dışındaki Corynebacterium,\dxm tür düzeyinde identifikasyonunu yaparak, bunların antibiyotik duyarlılıklarım değerlendirmek amaçlanmıştır. Şubat 2000- Haziran 2001 tarihleri arasında incelenen 9079 klinik örneğin, 254 (% 2.8)'ünde korineform bakteri üremesi saptanmıştır. Materyallerin 202'si (% 79.5) idrar, 21 'i (% 8.2) kan kültürü, 20'si (% 7.9) trakeal aspirat, 7'si (% 2.8) semen - üretral akıntı, 4'ü (% 1.6) beyin omurilik sıvısı örneklerinden oluşmuştur. Bu örnekler klasik identifikasyon yöntemleri yanında API Coryne sistemi 2.0 (Bio Merieux, Fransa) ticari kiri kullanılarak ve bazı biyokimyasal ek testler yapılarak tür düzeyinde isimlendirilmiştir. Klinik örneklerden 56 (% 22.0) C. amycolatum, 46 (% 18.1) C. minutissimum, 46 (% 18.1) C. striatum, 26 (% 10.2) C.jeikeium, 19 (% 7.4) C. grup G, 9 (% 3.5) C. afermentans/coyleae, 8 (% 3.1) C. glucuronolyticum-seminale, 7 (% 2.8) C. urealyticum, 4 (% 1.5,1 Brevibacterium spp., 3 (% 1.1) C. argentoratense, 3 vi(% 1.1) C. propinquum, 3 (% 1.1) C. accolens, 2 (% 0.8) Cellulomonas spp./Microbacterium spp., 2 (% 0.8) Artrobacter spp., 1 (% 0.3) C.grup Fl, 1 (% 0.3) C. auris/Turicella otitidis, 1 (% 0.3,) C. macginleyi suşları izole edilmiştir. On yedi korinefomı bakteri (% 6.7) susu ise tiplendirilememiştir. İdrar örneklerinden C. amycolatum (% 25.7), C. minutissimum (% 21.8) ve C. striatum (% 11.9) suşlan, kan kültürlerinden C. jeikeium (% 52.3) ve trakeal aspirat örneklerinden C striatum (% 95), suşlan en sıklıkla identifiye edilmiştir. İdentifikasyonu yapılan bu suşlann antibiyotik duyarlılığı, API sisteminin ATB STAPH 5 (Stafilokok'lar için duyarlılık testi) (Bio Merieux, Fransa) ticari kitlen kullanılarak yapılmıştır. Antibiyotik duyarlılığını belirlemek için penisilin, oksasilin, sefalotin, ampisilin-sulbaktam, gentamisin, netilmisin, eritromisin, klindamisin, pefloksasin, siprofloksasin, tetrasiklin, kotrimaksazol, nitrofurantoin, rifampisin, vankomisin, teikoplanin türü antibiyotikler kullanılmıştır. C. jeikeium, C. urealyticum, C. amycolatum ve C. striatum suşları çoklu dirençli suşlar olarak değerlendirilmiş, bunun yanında vankomisin ve teikoplanine bütün suşlar duyarlı olarak bulunmuştur. Korineform bakteriler insanların normal florasında yer almalarının yarımda, ciddi fırsatçı infeksiyonlara da sebep olabilmektedirler. Bu nedenle izole edildikleri zaman konak faktörleri de göz önüne alınarak tür düzeyinde identifikasyonları yapılmalı ve antibiyotik duyarlılıklarına bakılmalıdır. Anahtar kelimeler: Korineform bakteriler, identifîkasyon, antibiyotik duyarlılığı, Corynebacterium türleri. vıı
Toplum kökenli pnömonilerden soyutlanan Streptococcus pneumoniae suşlarının moleküler yöntemler ile tanısı
Streptococcus pneumoniae toplum kökenli pnömoni etyolojisinde ilk sırada yer almakta olup, aşı ve antimikrobiyal tedaviye rağmen mortalite ve morbiditenin önemli bir sebebi olmaya devam etmektedir. Toplum kökenli pnömoni halen sık rastlanan, tedavi maliyeti yüksek ve ölümcül bir infeksiyon hastalığıdır. Günümüzde ileri tam olanaklarına karşın, toplum kökenli pnömonilerin yarısından çoğunda etken mikroorganizma saptanamamaktadır. Pnömokokların tanısında geleneksel olarak kültür, optokine duyarlılık testi, safrada erime deneyi ve serolojik testler kullanılmaktadır. Son yıllarda etkenin tanımlanmasında nükleik asitlerin in vitro şartlarda replikasyonu temeline dayanan moleküler tam yöntemlerinden de yararlanılmaktadır. Konvansiyonel polimeraz zincir reaksiyonunun (PCR) yanında, örnekte bulunan DNA/RNA miktarım kantitatif olarak gösteren bir yöntem olan real-time PCR da S. pneumoniae 'mn. identifikasyonunda kullanılmaya başlanmıştır. Bu çalışmada, toplum kökenli pnömoni hastalarına ait alt solunum yolu örneklerinden soyutlanıp, klasik tam yöntemleri ile S. pneumoniae olduğu düşünülen klinik izolatların konvansiyonel PCR ve real-time PCR yöntemleri ile tanımlanması ve bu yöntemlerin duyarlılık ve seçicilik yönünden karşılaştırılması amaçlanmıştır. Çalışmamızda, Ocak 2004-Ocak 2005 tarihleri arasında alt solunum yollan infeksiyonu öntanısı alan erişkin hastalara ait balgam, trakeal aspirasyon sıvısı, bronş aspirasyon sıvısı ve plevral sıvı örnekleri değerlendirildi. Gram boyamada S. pneumoniae' 'nin tipik görünümüne sahip olan örnekler, %5 koyun kanlı ağara ekilerek kültürleri yapıldı. Kanlı besiyerinde alfa hemoliz oluşturan kolonilere optokin duyarlılık deneyi ve safrada erime deneyi yapıldı. Klasik tam yöntemleriyle pnömokok olduğu düşünülen suşlar konvansiyonel PCR ve real-time PCR yöntemleri ile çalışıldı ve sonuçlar karşılaştırıldı. Çalışmamızda 180 adet alt solunum yolu örneği incelendi; örneklerin 139'u (% 77.2) balgam, 16'sı (% 8.9) bronşiyal aspirasyon sıvısı, 16'sı (% 8.9) trakeal aspirasyon sıvısı ve 9'u (% 5) plevra sıvısı idi. Örnek alman hastaların % 46.6'sı erkek, % 53.3'ü kadın idi. Balgam örneklerinin 91'i (% 65.5), bronşiyal aspirasyon sıvısı örneklerinin 3'ü (% 18.7), trakeal aspirasyon sıvısı örneklerinin 6'sı (% 37.5), plevra sıvısı örneklerinin 4'ü (% 44.5) alfa hemolitik olup, pnömokokların tipik koloni morfolojisini gösterir nitelikteydi. Bu örnekler kültür pozitif olarak kabul edilerek, bunlara optokine duyarlılık ve safrada erime testleri yapıldı. Optokin testi yapılan toplam 104 kültür pozitif izolatın 65'i (% 62.5) optokine duyarlı, 12'si (% 11.5) optokine düşük derecede duyarlı, 27' si (% 26) optokine dirençli olarak bulundu. Safrada erime deneyinde 104 susun 73 'ünde (% 70.2) test sonucu pozitif bulunurken, 31 (% 29.8) susta negatif bulundu. Optokine duyarlı bulunan 65 susun tamamında safrada erime deneyi pozitifti. Optokine düşük derecede duyarlı olan 12 izolatın 8'inde (% 66.7) safrada erime deneyi pozitif bulunurken, 4'ünde (% 33.3) negatif olarak bulundu. Optokine dirençli olan 27 izolatın tamamında safrada erime deneyi negatifti. Kültür pozitif suşların moleküler yöntemlerle tanısında konvansiyonel PCR'da kültür pozitif balgam örneklerinin 55'i (% 60.4) pozitif, 36'sı (% 39.6) negatif, plevra sıvısı örneklerinin 3'ü (% 75) pozitif, li (% 25) negatif bulundu. Bronşiyal aspirasyon sıvısı ve trakeal aspirasyon sıvısı ömelderinin tamamı konvansiyonel PCR'la pozitif bulundu. Real-time PCR'da balgam örneklerinin 61 'i (% 67) pozitif, 30'u (% 33) negatif, plevra sıvısı örneklerinin 3'ü (% 75) pozitif, li (% 25) negatif bulundu. Bronşiyal aspirasyon sıvısı ve trakeal aspirasyon sıvısı örneklerinin tamamı real-time PCR'la pozitif bulundu. Kültür pozitif 104 susun 67'si (% 64.4 ) hem konvansiyonel PCR'da hem de real-time PCR'da pozitif bulunurken, 31 (% 29.8 ) suş her iki yöntemle de negatif bulundu. Altı ( % 5.8) suş konvansiyonel PCR ile negatif, real-time PCR ile pozitif bulundu. Sonuç olarak; S. pneumoniae' ına tanımlanmasında konvansiyonel PCR ve real-time PCR yöntemlerinin en az diğer klasik tam yöntemleri (mikroskopi, kültür, optokine duyarlılık testi, safrada erime deneyi) kadar duyarlı olduklarına karar verildi. Real-time PCR yönteminin pnömokoklaınn tanısında konvansiyonel PCR yönteminden daha duyarlı ve seçici olduğu ve laboratuarda güvenle kullanılabileceği kanısına varıldı.
Risk grubunda bulunan insanlarda brucella ve coxiella burnetii antikorlarının serolojik yöntemlerle araştırılması
Ekim 2010- Temmuz 2011 tarihleri arasında Gaziantep'te risk grubunda ve kontrol grubunda bulunan kişilerde Brucella ve Coxiella burnetii antikorları araştırıldı. Çalışma kapsamına alınan kişilere yaş, cinsiyet, semptomlar ve risk faktörlerine ilişkin anket formları uygulandı. Toplanan serum örneklerinde brusella antikorunun varlığı mikroaglütinasyon testi ve Brucellacapt testi ile araştırıldı, ?1/40 titreler Brucella etkenleri ile temasın göstergesi açısından, ?1/160 titreler brusellozun serolojik tanısı açısından pozitif kabul edildi. C.burnetii Faz II IgM ve IgG antikorları ELİSA testi ile araştırıldı. ELİSA ile pozitif ve kuşkulu saptanan örnekler IFA testi ile doğrulandı. Risk grubunun 83'ü (%27.7) çiftçi, 82'si (%27.3) kasap, 66'sı (%22) laboratuvar personeli, 60'ı (%20) mezbaha işçisi, 9'u (%3) veteriner, kontrol grubunun 110'u (%36.7) ev hanımı, 105'i (%35) esnaf, 85'i (%28.3) memurdu. Brucellacapt sonuçlarına göre Brucella antikor pozitifliği temas göstergesi açısından; risk grubunda %22, kontrol grubunda %14.7, brusellozun serolojik tanısı açısından; risk grubunda %6.7, kontrol grubunda %2.7 oranında saptandı. Risk ve kontrol grubu arasında brusella antikor pozitifliği temas göstergesi ve brusellozun serolojik tanısı açısından istatistiksel olarak anlamlı bulundu (p=0.020, p=0.020). C. burnetii Faz II IgM pozitifliği risk grubunda %2, kontrol grubunda %0.7, IgG pozitifliği risk grubunda %40, kontrol grubunda %37.3 oranında saptandı. Risk ve kontrol grubu arasında C.burnetii Faz II IgM ve IgG pozitifliği açısından anlamlı bulunmadı (p=0.285, p=0.502). Gaziantep'te Bruselloz ve Q ateşi açısından risk taşıyan meslek gruplarında ve kontrol gruplarında, her iki hastalığın seroprevalansını araştırmaya yönelik yaptığımız çalışmanın bu alandaki verilere katkı sağlayacağını düşünmekteyiz.
Akut alt solunum yolu infeksiyonu veya hışıltısı olan çocuklarda solunum yolu viruslarının moleküler yöntemle araştırılması
Ekim 2010-Mayıs 2011 tarihleri arasında Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Pediyatri servisinde yatan ya da Pediyatrik Allerji polikliniğinde ayaktan izlenen, tekrarlayan akciğer infeksiyonu ve astım tanısı ile takip edilen ve o anda akut alt solunum yolu infeksiyonu bulguları ya da hışıltısı olan 0-14 yaş aralığında bulunan hasta çocuklardan ve belirlenen kontrol grubundan solunum yolu örnekleri toplandı. Multiplex-PCR yöntemi kullanılarak solunum yolu viruslarının varlığı araştırıldı. Çalışma kapsamına alınan kişilerin demografik verileri, semptomları, klinik bulguları ve rutin laboratuvar sonuçlarına ilişkin bilgiler elde edildi. Çalışmada 90'ı hasta, 60'ı kontrol grubundan olmak üzere 150 çocuktan örnek alındı. Alınan örneklerde DNA/RNA izolasyonunu takiben solunum yolu virusları araştırıldı. Hasta grubundakilerin 34'ünde (%37.8) virus saptanmazken, 38'inde (%42.2) 1 virus, 15'inde (%16.7) 2 virus, 3'ünde (%3.3) 3 virus saptandı, kontrol grubundakilerin 35'inde (%58.3) virus saptanmazken, 23'ünde (%38.3) 1 virus, 2'sinde (%3.3) 2 virus saptandı. Virus sayısı açısından hasta ve kontrol grupları arasında istatistiksel olarak anlamlı farklılık görüldü (p=0.004). Hasta ve kontrol grubunda saptanan viruslar; %25.6 ve %36.7 rhinovirus A/B/C, %21.1 ve %0.0 influenza A virus, %7.8 ve %1.7 parainfluenzavirus tip1, %5.6 ve %0.0 parainfluenzavirus tip4, %4.4 ve %1.7 adenovirus A/B/C/D/E , %4.4 ve %1.7 parainfluenzavirus tip3, %4.4 ve %1.7 coronavirus 229E/NL63, %3.3 ve %0.0 coronavirus OC43, %3.3 ve %0.0 respiratory syncytial virus A, %2.2 ve %0.0 parainfluenzavirus tip2, %2.2 ve %0.0 influenza B virus, %1.1 ve %1.7 respiratory syncytial virus B olarak belirlendi. Bocavirus, metapneumovirus ve enterovirus hiçbir örnekte saptanmadı. Sonuç olarak, solunum yolu örneklerinde moleküler yöntemlerle viral etkenlerin araştırılması, hızlı tanı açısından yararlı görülmüştür.
Yoğun bakım hastalarından ve yoğun bakım ünitesi ortamından izole edilen acinetobacter suşlarının genotipik olarak karşılaştırılması
Hastane infeksiyonların genel özelliği, yaygın olarak çoklu ilaç direnci olan mikroorganizmalarla meydana gelmesi, yüksek mortalite ve morbidite oranı ve artmış tedavi maliyetidir. A. baumannii'de hastane infeksiyonlarında sık rastlanan çoklu dirençli bir mikroorganizmadır. Çevre şartlarına oldukça dayanıklı olan Acinetobacter'lerin hastalara bulaşında çevrede bulunan suşların bir kaynak oluşturabileceği düşünülür. Bu çalışma Yoğun Bakım Ünitesinde (YBÜ) çeşitli cansız ortamlardan izole edilen Acinetobacter suşları ile hastalardan izole edilen suşların karşılaştırılması ve bakterinin bulaşında çevresel alanların kaynak olup olmayacağının araştırılması amacıyla yapıldı. Ocak 2010-Haziran 2011 tarihleri arasında hastanemiz YBÜ'den laboratuarımıza gönderilen çeşitli örneklerden izole edilen A. baumannii suşları ile çalışıldı. Bir hastadan A. baumannii izole edilmesi durumunda, YBÜ'nin çeşitli alanlarından sürüntü örnekleri alındı. A. baumannii suşlarının tanımlanması ve antibiyotik duyarlılık testlerinin yapılmasında Vitek 2 (bioMerieux, Fransa) tanımlama sistemi kullanıldı. Genotiplendirme rep-PCR yöntemiyle DiversiLab (bioMerieux, Fransa) kullanılarak yapıldı. Örnek toplama süresi içerisinde 61 hastadan 92 örnek ve 8 çevreden izole edilen örnek olmak üzere 100 A. baumannii suşu bulundu. Hasta örneklerinden en sık trakeal aspiratlarda A. baumannii suşu izole edildi (%52). Klinik örneklerden saptanan suşların tamamı çoklu dirençli bulunurken, en etkili antibiyotikler kolistin (% 99) ve tobramisin (%94) idi. Suşların genotipik analizinde, aynı hastaya ait farklı örneklerde farklı genotiplerin olduğu, çevreden izole edilen suşların biri dışında hastalardan izole edilen birçok suşla aynı olduğu saptandı. Hastane infeksiyonlarının önlenmesinde en önemli kavram kontrol önlemlerinin doğru uygulanmasıdır. A. baumannii suşları için çevresel yüzeyler bir kaynak olabileceğinden dezenfeksiyon ve dekontaminasyon prosedürleri doğru yapılmalı ve salgın diye tanımlanabilecek yaygın bir infeksiyonla karşılaşıldığında kökenlerin genotipik analizi ile kaynak araştırılması yapılmalıdır.
Toxoplazma enfeksiyonunun tanısında toxoplazma ıgg avidite testinin yeri.
Bu çalışmada Gaziantep Üniversitesi Şahinbey Hastanesi Kadın Hastalıklarıve Doğum Polikliniği'ne başvuran ve buradaki klinisyenler tarafından MerkezELISA Laboratuarına yönlendirilen akut tokzoplazmoz şüpheli 114 gebe kadındanserum örnekleri toplandı. Örneklerde önce ELFA yöntemi ile Toxoplasma'ya özgülIgM ve IgG antikorları arandı, daha sonra ELFA IgG Avidite testi yapılaraktoxsoplazmozun akut ya da kronik dönemde olup olmadığı araştırıldı.Gebe hastalardan toplanan serumların %55,26'sında Toxoplasma IgM pozitifsaptanırken, %16,6'sında IgM'in sınır değerde pozitif olduğu tespit edildi.Örneklerin %96,49'unda Toxoplasma IgG pozitifliği saptanırken, %2,63 olgudaIgG'nin sınır değerde pozitif olduğu görüldü. Örneklerin %53,50'sinde hem IgMhem de IgG antikorları saptandı. Her iki antikorun da negatif olduğu hasta serumutespit edilmedi. Olguların %0,87'sinde IgM antikorları saptanırken IgG antikorusaptanmadı, %25,43'unda ise IgM antikoruna rastlanmazken IgG antikorları pozitifolarak bulundu.Toxoplasma IgG Avidite testi kullanılarak, IgM ve IgG antikorlarının herikiside pozitif olan 61 gebe kadının %27,86'sında düşük, %29,50'sinde sınırdeğerde, %42,62'sinde yüksek avidite bulundu. IgM antikorları saptanmayıp, IgGiantikorları pozitif olan 29 gebenin %3,4'ünde düşük, %10,34'ünde sınır değerde,%79,31'inde yüksek avidite bulundu. IgM antikorları sınır değerde olup, IgGantikorları saptanan 23 hastada da %4,34 düşük, %21,73 sınır değer, %73,91oranında yüksek avidite tespit edildi.Sonuç olarak ELFA IgG avidite testinin gebelik döneminde akut ve kroniktokzoplazmozun ayrımının yapılmasında güvenli bir yöntem olarak kullanılabileceğikanısına varıldı.ii
Akut, kronik ve fokal komplikasyonlarla seyreden brusellozis hastalarının tanısında tüp aglütinasyonu, kan kültürü ve real time PCR testlerinin tanısal değerlerinin irdelenmesi
Brucella cinsi bakterilerin neden olduğu bruselloz dünya genelinde en yaygın görülen zoonotik hastalıktır. Bruselloz Türkiye dahil bir çok ülkede endemiktir ve buralarda önemli bir halk sağlığı sorunu oluşturmaktadır. Bruselloz birçok organ ve sistemi etkileyebildiğinden farklı klinik tablolara neden olabilmekte, kendine özgü klinik bulgu ve belirtileri olmaması nedeniyle birçok hastalıkla karışabilmektedir. Bundan dolayı hastalığın tanısı bakterinin izolasyonu veya özgün antikorların varlığının gösterilmesiyle mikrobiyolojik olarak doğrulanmalıdır. Ancak konvansiyonel mikrobiyolojik yöntemlerin bazı kısıtlamalarının olmasından dolayı brusellozun zamanında ve doğru olarak teşhis edilmesi sorun olmaya devam etmektedir. Son yıllarda PCR'a dayalı yöntemlerin bruselloz tanısında yararlı bir araç olduğu belirtilmektedir. Bu çalışmanın amacı farklı klinik formdaki bruselloz hastalarında standart tüp aglütinasyonu (STA), kan kültürü ve real time PCR yönteminin tanısal değerlerini araştırmaktır. Çalışmaya 56 bruselloz hastası, 35 kontrol grubu alındı. Hastalığın tanısı uyumlu klinik tablonun varlığı ile birlikte STA veya brucellacapt testi ile anlamlı titrelerde spesifik antikorların gösterilmesi ile konuldu. Anlamlı titreler STA testi için ?1/160 ve brucellacapt testi için ?1/320 olarak kabul edildi. Çalışmadaki tüm hastalarda kan kültürü ve real time PCR çalışıldı. Bu üç yöntemin duyarlılığı, özgüllüğü, pozitif ve negatif prediktif değerleri (PPD ve NPD) hesaplandı. STA, kan kültürü ve real time PCR'ın duyarlılıkları sırasıyla %91.1, %32 ve %48.2 olarak bulundu. STA testinin duyarlılığı akut, kronik ve lokalize brusellozda benzer olarak bulunurken kan kültürü ve real time PCR yönteminin duyarlılığının akut brusellozda daha yüksek olduğu saptandı. Bu üç yöntemin özgüllük ve PPD'i %100 olarak bulundu. STA, kan kültürü ve real time PCR'ın NPD'i sırasıyla %80, %34.4 ve %40.8 olarak bulundu. STA tiresi <1/160 olan şüpheli bruselloz hastalarının hepsinde kan kültürü ve real time PCR negatifti. Sonuç olarak, STA testinin kan kültürü ve real time PCR yönteminden çok daha duyarlı olmasından dolayı akut, kronik ve lokalize bruselloz tanısında STA testinin halen faydalı bir yöntem olduğu kanısına varılmıştır.