234
Archived Theses
0
DOIs Assigned
0%
DOI Rate
Discipline
Fonksiyonel olmayan adrenal insidentalomalı hastalarda telomer uzunluğunun incelenmesi
Amaç: Telomerler, genetik materyalin bütünlüğünün ve stabilitesinin korunmasında, özellikle hücre replikasyonu sırasında, kromozomlar arasındaki füzyonları önleyerek önemli bir rol oynamaktadır. Genetik faktörlerle beraber telomer boyuna etki eden çevresel faktörler de mevcuttur. Bu faktörlerden en önemlisi oksidatif stres ve inflamasyondur. Çalışmamızda Nonfonksiyone Adrenal İnsidentalomalı hastalarda sağlıklı kontrol grubuna göre telomer uzunluğunun kısalıp kısalmadığının değerlendirmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Çalışmamız prospektif, tek merkezli olarak planlandı. Çalışmaya hastanemiz Endokrinoloji ve Metabolizma Hastalıkları polikliniklerine başvuran, 40-60 yaş aralığında, 44 nonfonksiyone adrenal kitlesi olan hasta ve 44 sağlıklı kontrol alındı. Periferik kanda genomik DNA telomer uzunluğu kantitatif PCR ile belirlendi. Bulgular: Çalışmaya dahil edilen 44 nonfonksiyone adrenal insidentaloma (NFAI) hastası ve 44 sağlıklı kontrol karşılaştırılmıştır. Yaş ve cinsiyet dağılımı açısından gruplar arasında fark saptanmamıştır. NFAI grubunda bel çevresi daha geniş (p=0.044), hipertansiyon sıklığı daha yüksek (p=0.020), LDL kolesterol (p=0.014) ve D vitamini seviyeleri daha düşük bulunmuştur (p=0.009). Telomer uzunluğu NFAI grubunda anlamlı olarak daha kısa ölçülmüştür (p=0.046). Alt grup analizlerinde telomer uzunlukları açısından anlamlı fark saptanmazken, bazal ACTH düzeyi <15 pg/ml olan hastalarda telomer uzunluğu daha kısa bulunmuştur (p=0.034). Telomer uzunluğu ile sadece bazal ACTH düzeyi arasında anlamlı pozitif korelasyon saptanmıştır (p=0.001). Sonuçlar: Sonuç olarak, bu çalışma NFAI hastalarında telomer uzunluğunun anlamlı ölçüde kısaldığını ortaya koymuştur. Bu bulgular, NFAI hastalarında artmış kardiyometabolik riskin muhtemel mekanizmalarından biri olarak telomer dinamiklerinin rol oynayabileceğini düşündürmektedir. Ancak, telomer uzunluğuna etki eden diğer potansiyel faktörleri daha iyi anlamak için genetik, epigenetik ve çevresel etkilerin ayrıntılı şekilde incelendiği daha geniş kapsamda çalışmalar yapılması gerekmektedir.
Dienogest'in endometriozis üzerine terapötik etkisinin deneysel hayvan modelinde moleküler düzeyde değerlendirilmesi
AMAÇ: Bir progestajenik ajan olan 'dienogest'in endometriozis üzerine olan terapötik etkisini hangi moleküler yolaklar üzerinden meydana getirdiğinin deneysel hayvan modelinde incelenmesidir. GEREÇ VE YÖNTEM: Manisa Celal Bayar Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü Tıbbi Biyoloji Anabilim Dalı bünyesinde gerçekleştirilmiş olup, MCBÜ Deneysel Hayvan Laboratuvarında sıçanda oluşturduğumuz endometriozis modeli dokularında dienogest'in potansiyel moleküler yolakları Western blot ve PCR yöntemleri ile değerlendirilmiştir. Toplanan veriler istatistiksel olarak GraphPad Prism (versiyon 9) student-t testi ile analiz edildi. İstatistiksel olarak anlamlı değerler p<0,05 olarak belirlendi. BULGULAR: Çalışmamızda PCR analizi ile dionegest grubunda, kaspaz 12, Bax, p38, AKT, c-MYC ve BCL2L1 genlerinin ekspresyonu kontrol grubuna göre artmış, kaspaz 3, kaspaz 6, Bad, BCL2A1, TRADD, TRAF1-2, Bid, p53 genlerinin ekspresyonları ise kontrol grubuna göre azalmıştır. Progesteron grubunda kontrol grubu ile karşılaştırıldığında kaspaz 3, kaspaz 12, Bad ve AKT genlerinin ekspresyonları anlamlı olarak artmıştır (p<0.005). Western-blot analizine göre ise progesteronun PERK protein ekspresyonu arttırdığı, phospho-ERK1/2 ve phospho- p38 protein ekspresyonlarını azalttığı, dienogestin ise ERK1/2, SAPK/JNK ve p38 yolaklarını aktive etmiştir. SONUÇ: Doğal progesterona göre dienogestin farklı hücresel yolakları kullanıyor olması, terapötik anlamdaki başarısını açıklıyor olabilir. Sonuç olarak dienogest, endometriotik hücre düzeyinde hem ER stres hem de pro-apopitotik yolaklar üzerinden etkili bir hormon olup, başarılı bir tedavi seçeneği olarak değerlendirilebilir.
Fetal dönemde düşük frekanslı (50 HZ) elektromanyetik alan maruziyetinin yetişkin dönemdeki anksiyete davranışı ve anksiyete ilişkili genler üzerine olan etkisinin incelenmesi
Çalışmada amacımız gebelik döneminde maruz kalınan pulslu elektromanyetik alanın, yavruların adolesan dönemlerindeki davranışlarına ve hipokampüs dokusunda anksiyete ilişkili genlere olan etkilerini moleküler açıdan değerlendirmektir. Deneyimiz gebe sıçanlardan ve gebe sıçanlardan doğan yavru gruplardan oluşturulmuştur. Gebe gruplar; birinci, ikinci ve üçüncü gebelik haftası boyunca pulslu elektromanyetik alana maruz kalan gruplar ve her üç grup için kontrol gebe gruplarından oluşturulmuştur. Gebe sıçanlardan doğan yavrulardan oluşturulan gruplar ise gebelik süresi boyunca pulslu elektromanyetik alana maruz kalan gebelerden doğan yavru dişi ve erkek gruplar ve aynı grupların hiçbir maruziyeti olmayan kontrol gruplarını içermektedir. Yavruların anksiyete benzeri davranılarının değerlendirilmesi için yükseltilmiş artı labirent testi uygulanmıştır. Sonrasında tüm grupların hipokampüs dokularından RNA izolasyonları gerçekleştirilip, gen ekspresyonları değerlendirilmiştir. Gen ifadesinde anlamlı bir artış saptanan BDNF geninin ise western blot yöntemi ile protein ifadesi de değerlendirilmiştir. BDNF gen ifadesi için her iki grupta da gen ekspresyonuna paralel şekilde protein ifadesinde de artış gözlenmiştir. Pulslu elektromanyetik alana maruz bırakılan gebelerden doğan erkek grupta, yükseltilmiş artı labirent testinde anksiyete benzeri davranışlar gözlemlenmiştir. Moleküler düzeyde ise aynı grupta; 5-HT1A, fos, Dopamin D1 reseptörü, Grin1, Grin2a, Grin2d, Adora1 ve Adora2a genlerinin ifadelerinde baskılanma, yalnızca BDNF gen ifadesinde artış gözlenmiştir. Çalışmamızın sonuçları; elektromanyetik alan maruziyetinin gebelikte dikkat edilmesi gereken bir unsur olduğunu, elektromanyetik alana maruz kalan annelerin çocuklarının anksiyeteye daha duyarlı olabileceğini düşündürmektedir. Anahtar Kelimeler: BDNF, pulslu elektromanyetik alan, western blot, yükseltilmiş artı labirent
Mpp+ (1-metil-4-fenilpridinyum) ile muamele sonucu fare nöroblastoma (n2A) hücresinde oluşacak eksitotoksisite durumunun ve GLT-1 seviyelerinin araştırılması
Parkinson hastalığı, lewy nöritleri ve lewy cisimleri olarak ifade edilen α-sinükleinin intranöronal agregatlarının birikimleri ile substansiya nigra'daki dopamin üreten hücrelerin kaybından ve böylece dopaminerjik nöronların dejenerasyonundan kaynaklanan bir fonksiyon bozukluğu olarak tanımlanır. Eksitotoksisite nörodejenerasyonun ortak moleküler mekanizmalarından biridir. Glutamat eksitotoksisitesi, presinaptik sinir terminallerinden ve astrositlerden intraselüler alana aşırı glutamat salınımının tetiklenmesiyle ve glutamat reseptörlerinin aşırı uyarılmasıyla oluşur. Glutamat taşıyıcıları biriken fazla glutamatı toplayarak glutamat reseptörlerinin aşırı aktivasyonunu önler. Özellikle GLT-1 (Glutamate Transporter-1) ya da EAAT2 (Excitatory Amino Acid Transporter2) beyindeki toplam glutamate emiliminin %95'inden sorumludur. MPTP (1-methyl-4-phenyl-1,2,3,6-tetrahydropyridine), Parkinson hastalığı için önemli bir kimyasal model ve sık kullanılan etkili bir toksindir. Elektron transport zincirindeki Komplex 1'i inhibe ederek mitokondriyal fonksiyona zarar verir. Bu çalışmada MPTP'nin aktif metaboliti MPP+(1-methyl-4-phenylpyridinium) kullanılarak, nöron ve glia hücrelerinde eksitotoksisite modeli oluşturuldu ve MPP+'nin GLT-1 ekspresyonu üzerine etkisi araştırıldı. N2A (fare nöroblastoma hücreleri) ve glia (IHA-immortalized human astrocytes-immortalize olmuş insan astrositleri) MPP+ ile muamele edildikten sonra, hücrelerin canlılık oranları, glutamat salınım oranları ve GLT-1'in mRNA ve protein düzeylerindeki değişiklikleri araştırıldı. MPP+ muamelesinden sonra IHA hücrelerinden total protein izole edildi, GLT-1 ekspresyonu western blot yöntemi ile incelendi ve MPP+ verilen hücrede kontrole oranla anlamlı artış görüldü. MPP+ muamelesi yapılan ve yapılmayan (kontrol) N2A hücre hattından total RNA izole edilerek cDNA üretildi ve Real Time PCR (Gerçek zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu) ile GLT-1 mRNA düzeyi ölçüldü. IHA hücrelerinde alınan sonuç ile uyumlu olarak, MPP+ muamelesi yapılan N2A hücrelerinde GLT-1 mRNA seviyesinin kontrol hücrelerine göre anlamlı artışı görüldü. Glutamat salınımı glutamat assay ile ölçüldü. Sonuç olarak, MPP+ ile oluşturulan eksitotoksik durum karşısında, GLT-1 ekspresyonunun bir kurtarıcı mekanizma olarak arttığı gözlendi. Bu nedenle, ilk 12 saatlik dönemde glutamat salınımının azaldığı ancak nörotoksisitenin etkisi devam ettikçe glutamat salınımının artmaya devam ettiği görüldü. Glutamat salınımının azalmasının nedeni aynı zamanda hücre ölümü gerçekleştiği için olabileceği düşünüldü. GLT-1 ekspresyonunun düzenli arttırılması hedef alınarak ilgili moleküler yolakların araştırılması, eksitotoksisiteyi azaltarak Parkinson hastalığına karşı tedavi geliştirilmesi yolunda önemli olacaktır. Anahtar Kelimeler: Eksitotoksisite, GLT-1, glutamat, lewy cisimciği, MPP+, Parkinson
Hücre modelinde sırt4 (sirtuin4)'ün eksitotoksisiteye karşı koruyucu etkisinin araştırılması
Glutamat, merkezi sinir sisteminde birçok nörolojik işleve sahiptir ve beyinde yüksek konsantrasyonlarda bulunur. Sinir terminallerinde glutamat, yoğun olarak bulunur ve hücre içindeki konsantrasyonu dışındaki konsantrasyona göre çok daha fazladır. Sinir hücre membranının depolarizasyonu ile kalsiyuma bağlı bir süreçte presinaptik sinir uçlarındaki veziküllerden hücreler arası boşluğa glutamat salınır ve postsinaptik nörondaki glutamat reseptörleri uyarılır. Glial hücrelerde yer alan glutamat taşıyıcılarının hücreler arası boşluktan glutamatı toplanmasıyla uyarım bitirilir. Glutamat seviyesinin nöronal boşlukta artışı toksiktir, nöron hasarı ve ölümüne neden olur. Bu durum, glutamata bağlı eksitotoksisite olarak adlandırılır. Eksitotoksisite, travma, serebral iskemi, epilepsi, Parkinson Hastalığı, Alzheimer Hastalığı gibi birçok nörolojik hastalığın altındaki sebeplerdendir. Kainik asit, glutamat analogudur, nörotoksisite oluşturulması için kullanılan kimyasal bir modeldir. Sessiz bilgi düzenleyicisi (Sir) protein ailesinin ilk üyesi olan Sir2'nin homologları sirtüinler olarak adlandırılır. Memelilerde yedi tane sirtüin (Sirt1-7) bulunur. Sirt4, deasetilaz ve ADP-ribosilaz etkinliği gösteren ve mitokondride bulunan memeli sirtüinidir. Sirt4, GDH'ı aracı olarak kullanarak glutamin metabolizmasını düzenler. Bundan dolayı, Sirt4'ün nöronal uyarılar ve eksitotoksisite sırasında artan glutamat seviyesine cevabı düzenleyeceği düşünülmektedir. Bu çalışmada, N2A hücreleri 10 µM, 50 µM, 200 µM ve 1000 µM'lık kainik asit konsantrasyonlarıyla muamele edildi. Ardından, hücrelerin canlılık seviyeleri MTT testi ile değerlendirildi. 200 µM ve 1000 µM'lık kainik asit konsantrasyonlarında hücre canlılık seviyesinde anlamlı düşüş olduğu belirlendi. Takip eden deneylerde 1000 µM'lık kainik asit konsantrasyonunun kullanılmasına karar verildi. N2A hücrelerinde transfeksiyon yöntemi ile Sirt4 ifadesi arttırıldı ve ifade artışı western blot yöntemi ile gösterildi. Sirt4 ifadesi arttırılmamış (kontrol) ve Sirt4 ifadesi arttırılmış (transfekte edilmiş) N2A hücre grupları 1000 µM konsantrasyonda kainik asit ile muamele edildi. Muamele sonrasında, kontrol N2A, kainik asit muamelesi yapılmış N2A, yalnızca Sirt4 ifadesi arttırılmış ve kainik asit muamelesi yapılmış ve Sirt4 ifadesi arttırılmış olmak üzere dört farklı N2A hücre grubu elde edildi. Bu hücre gruplarındaki canlılık seviyesi MTT testi ile ölçüldü. Kontrol N2A ile kainik asit muamelesi yapılmış N2A grupları arasında yapılan kıyaslamada, kainik asit muamelesi sonucu hücrelerin canlılık seviyelerinde anlamlı bir düşüş gözlendi. Sirt4 ifadesinin arttırılmasının ise hücre canlılığındaki düşüşü azalttığı gözlendi. Ayrıca, bu dört farklı deney grubunda glutamat salınımı 0, 12, 24, 48 saatlik süre için ölçüldü. Kainik asit muamelesi yapılmış ve Sirt4 ifadesi arttırılmış deney grubunda, yalnızca kainik asit ile muamele edilmiş deney grubuna kıyasla, hücre ölümünün daha az olduğu, bu nedenle daha fazla glutamat salınımı yapıldığı gösterildi. Dolayısıyla, Sirt4'ün eksitotoksisiteyi engelleyerek hücre ölümünü azaltabileceği gösterildi. Anahtar kelimeler: Eksitotoksisite, glutamat, kainik asit, sirtüin, Sirt4.
Kannabinol ve 5-fluorourasil'in MDA-MB-453 ve hela hücre hatları üzerindeki etkisinin araştırılması
Bu çalışma, MDA-MB-453 ve HeLa hücre hatlarında CBN (kannabinol) ve 5-FU(5-fluorourasil)'un sitotoksik, morfolojik ve moleküler etkisi incelenmesini hedeflemekte olup diğer çalışmalarda kanser ilaçlarının geliştirilmesine ön çalışma niteliği taşımaktadır. Kanser hem dünyada hem de ülkemizde kardiyovasküler hastalıklardan sonra ikinci ölüm sebebi olması açısından önemli bir toplum sağlığı problemidir ve beraberinde taşıdığı fiziksel rahatsızlıkların yanı sıra sosyal, maddi ve manevi yönleri ile mücadelesi zor bir hastalıktır. Kanser tedavisinde ameliyat, kemoterapi ve radyoterapi gibi çeşitli tedavi yöntemlerinden yararlanılmaktadır. Fakat bu tedaviler ileri seviye kanser hastalarında metastaz gerçekleştikten sonra tam bir çözümü olduğu söylenemez. İlaç tedavisi uygulamaları da tek başına çözüm değildir. İlaç tedavisi ile hastalarda ilaç direnci de ortaya çıkmaktadır. Kanserde ilaç direnci, tedavinin başarısız olmasına neden olabilir. Bu nedenle hastalığı anlamak ve buna yönelik tedavi yöntemleri geliştirmek önemlidir. Son zamanlarda bitkilerin, kanser hücrelerini nasıl etkilediğine yönelik araştırmalar yapılıp, farklı tedavi yöntemleri bulmak amaçlanmaktadır. Yapılan çalışmalar sonucunda bitkiler ve bileşikleri hakkında detaylı bilgi edinilebilmesi için daha çok araştırma yapılması ve bilinmeyen özelliklerinin ortaya çıkarılması gerekmektedir. Biz bu araştırmada, bitkilerin ve bu bitkinin ilaç ile kullanılmasıyla birlikte MDA-MB-453 meme kanseri hücre hattı ve HeLa rahim ağzı kanseri hücre hattı üzerinde etkilerini incelemeyi amaçladık. İlaçların hücre hatları üzerinde etkisini belirlenmek için optimizasyon çalışmaları yapılmıştır. Migrasyon ve invazyon deneyi sonuçlarına baktığımızda CBN ve 5-FU ilaçlarının hücre hatları üzerine tek başına metastazı değişen düzeylerde engellediği kombinasyon halinde ise hücrelerin ölüm ile sonuçlanmasına neden olmuştur. 3B olarak geliştirilmiş hücre hatlarına uygulanan ilaçların 48 saat içinde 3B yapılarının dağılmasına neden olmuştur. Moleküler kenetleme çalışmalarına göre belirlenen proteinlerin CBN ile olan moleküler kenetleme sonuçlarına göre bağlanma enerjilerinin -5.83 kcal/mol ile -98.4 kcal/mol arasında olduğu belirlenmiştir. Diğer ilacımız olan 5-FU ilacı ile proteinler arasında olan moleküler kenetleme sonuçlarına göre bağlanma enerjilerinin -3.4 kcal/mol ve -55.7 kcal/mol arasında olduğu belirlenmiştir. İlaçlar arasında kurulan H bağları ve bağlanma enerjisi dikkate alınarak yapılan değerlendirmede BCL2 proteini ile CBN ve 5-FU ilaçları ile birlikte en iyi kanser aktivite gösterdiği tespit edilmiştir.
Kemoterapi ajanı Doksorubisin'in Escherichia coli üzerindeki etkisi ve dirençle ilgili genlerin genom boyu kütüphane zenginleştirme ve tarama çalışmaları ile araştırılması
Kanser hastalıklarının tedavisinde kullanılan kemoterapik ilaçlara karşı, kanser hücreleri zaman zaman direnç gösterebilmektedir. Kanser hücresi, bazı genlerin yapısını ve ifadesini değiştirerek ilaçtan kaçabilmekte ve kanserin nüksetmesi ile ölümcül sonuçlar görülebilmektedir. Direncin moleküler mekanizmasında görevli olabilecek genler ve proteinlerin tespiti, hem temel bilimler açısından, hem de tedavi açılımları sunması bakımından önemlidir. Doksorubisin, kanser tedavisinde rutin olarak kullanılan, aynı zamanda da antibakteriyel etkiye sahip, yaygın bir kemoterapik ajandır. Bu ilaç bir hücreye verildiği zaman, DNA'ya hasar vermekte ve hücrenin ölümüne neden olmaktadır. Ancak, bu ilaca karşı da kanser hücresinin direnç geliştirebildiğine dair raporlar mevcuttur. İlacın hem moleküler hedeflerinin bulunması, hem de direnç gelişiminde doğrudan veya dolaylı olarak rolü olan genlerin tespit edilmesi farklı hücresel sistemlerde araştırılmalıdır. Bu tez çalışmasının amacı, bakteri hücresini model olarak kullanarak, artan doksorubisin konsantrasyonlarında, 4123 genin taranarak, hücreye direnç kazandıran gen adaylarının araştırılmasıdır. Burada, Escherichia coli genlerinin bir ekspresyon plazmidine klonlanması ile elde edilen ASKA klon seti kullanılmıştır. 57 adet mikroplakadan oluşan bu set, 4123 adet gen ile ilaç ilişkisini farklı açıdan irdelememizi sağlayan eşsiz bir genomik kaynaktır. Her bir genin ifadesi IPTG ile indüklenebildiği için, genler taranabilmekte ve yabanıl tipin öldüğü ilaç konsantrasyonunda yaşayan klonun içerdiği gen, direnç fenomeni ile doğrudan veya dolaylı olarak ilişkili olduğu yaklaşımı esas alınmaktadır. Bu çalışmada, ilk olarak, birkaç farklı E. coli yabanıl tip bakteri suşları ile yapılan ön deneylerde, doksorubisinin hangi E. coli suşunu, hangi konsantrasyonda öldürdüğü, minimum inhibe edici konsantrasyon (MIC) deneyleri, büyüme eğrisi deneyleri, spot testleri ve disk difüzyon yöntemleri ile belirlenmiştir. Daha sonra, 4123 adet klonun "genom boyu plazmid kütüphanesi" stokları kullanılarak, ısı şoku yöntemi ile E. coli D10Hb suşuna transforme edilmiştir. Optimizasyon deneylerinden elde edilen konsantrasyon verileri kullanılarak, göreceli olarak yüksek doksorubisin içeren ortamlarda yaşayabilen klonların tespit edilmesi amacıyla, gradient ekim, direkt ekim ve zenginleştirme ile seleksiyon deneyleri gerçekleştirilmiştir. Doksorubisin toleransına sahip, 129 adet koloni ile onaylama çalışmaları yapılmıştır. Daha sonra göreceli olarak en yüksek tolerans değerine sahip 34 koloni seçilmiştir. Seçilen rekombinant plazmidlerin içerdikleri gen dizileri, sanger sekanslama analizi ile belirlenmiştir. Elde edilen sekanslar kullanılarak, Blast analizleri ile gen bilgileri bulunmuştur. Çalışmalar sonucunda, göreceli olarak yüksek doksorubisin konsantrasyonlarında yaşayan E. coli klonlarının plazmidlerinde yer alan genlerin recA (n=23 klon) ve mdtK (n=11 klon) olduğu tespit edilmiştir. Bu genlerin DNA hasarı onarımında ve Na+ kanallarını kullanarak ilacı hücrenin dışına atabilmede görevli olabileceği tartışılmıştır. Ayrıca bu genlerin insan genomunda homologları araştırılmıştır. Bu çalışma, binlerce genin (n=4123) bir ilaçla ilişkisini tarayan ve bakteriyel model hücre yaklaşımı ile kanser konusuna farklı bir açıdan yaklaşan, moleküler biyoloji, mikrobiyoloji ve genomik disiplinlerini kullanan, kapsamlı, orijinal ve yol gösterici sonuçlar veren bir tez çalışmasıdır. Anahtar Kelimeler: Direnç, doksorubisin, Escherichia coli, gen, genomik, mdtK, recA
Hücre dışı DNA izolasyonlarında belirli parametrelerin optimizasyonu
Hücre dışı DNA (cfDNA), kan dolaşımında veya diğer vücut sıvılarında bulunan parçalanmış DNA moleküllerini ifade eden serbest DNA anlamına gelmektedir. Başta kanser olmak üzere, çeşitli durumlarda artmakla birlikte, anormal veya normal hücrelerden köken alabilmektedir. cfDNA'lar, hücrelerin programlanmış hücre ölümü (apoptoz) veya nekrozu sonucunda kan dolaşımına salınan kısa DNA parçalarından oluşmaktadır. Bu kısa DNA parçalarının vücut sıvılarında serbest halde dolaşması cfDNA analizi gerektiren yöntemler için kolayca erişilebilir olmalarını sağlamaktadır. cfDNA'lar çeşitli tıbbi uygulamalar için invaziv olmayan bir biyobelirteç olma potansiyeline sahiptir. Kabaca sıvı biyopsi olarak değerlendirilen cfDNA izolasyonları, zor ve riskli olan geleneksel doku biyopsilerine karşı güçlü bir alternatif olarak değerlendirilmektedir. cfDNA analizi, kanser de dahil olmak üzere çeşitli hastalıkları tespit etme ve izleme konusunda ve prenatal testlerdeki kromozomal anomali taramalarında umut vaat etmektedir. Bu sebeple, izolasyon verimlerinin arttırılması önem taşımaktadır. Bu tezde cfDNA izolasyonunun belirli basamakları optimize edilerek, izolasyon verimliliği spektrofotometrik ve florometrik teknikler ve otomatize elektroforez sistemi ile ölçülmüştür.
Astaksantinin meme ve serviks kanseri üzerine etkisinin araştırılması
Kanser, dünya genelinde en yaygın ölüm nedenlerinden biri olmaya devam etmektedir. Özellikle meme ve serviks kanserleri, kadınlar arasında en sık görülen kanser türleri arasında yer almaktadır. Doğal bir karotenoid türevi olan astaksantin, bitkilerde ve deniz ürünlerinde yaygın olarak bulunmakta olup, güçlü antioksidan özelliğiyle dikkat çekmektedir. Astaksantin aynı zamanda proapoptotik, antikanser ve antiinflamatuar gibi çeşitli biyolojik etkilere de sahiptir. Bu tez çalışmasında, astaksantinin MDA-MB-231 meme kanseri ve HeLa serviks kanseri hücre hatları üzerindeki etkilerinin incelenmesi amaçlanmıştır. Çalışma kapsamında, astaksantin uygulamasının hücre canlılığı ve proliferasyonu üzerindeki etkileri, yara iyileşmesi (wound healing), invazyon hareketlerindeki değişiklikler, sitotoksik etkileri ile MMP2, MMP9 ve NfkB genlerinin mRNA ve protein düzeylerindeki ekspresyon değişikliklerinin belirlenmesi hedeflenmiştir. Sitotoksisite testi ile MDA-MB-231 meme kanseri ve HeLa serviks kanseri hücrelerinin canlılığı ve çoğalma kapasitesi değerlendirildi. qRT-PCR ile, MMP2, MMP9 ve NFkB mRNA ifadelenme düzeyleri, western blot analizi ile de bu genlerin protein ifadelenme düzeyleri belirlendi. Ek olarak, astaksantinin hücreler üzerindeki mekanistik etkilerini değerlendirmek için invazyon ve migrasyon deneyleri gerçekleştirildi. Sitotoksisite analizinde kanser hücrelerine 10-250 μM aralığında astaksantin uygulanmış ve MDA-MB-231 hücre hattında 25μM IC50 değeri ve Hela hücre hatlarında 50μM IC50 değeri bulunmuştur. Migrasyon ve invazyon analizleri, IC50 dozlarının etkili olduğunu göstermiştir. Moleküler araştırmalar, astaksantin uygulanan MDA-MB-231 meme kanseri ve HeLa serviks kanseri hücrelerinde MMP2, MMP9 ve NFkB genlerinin mRNA ve protein ekspresyonlarında değişimlerin olduğunu gösterdi. Astaksantin, antikanser özellikleri nedeniyle kanser tedavisinde potansiyel bir terapötik ajan olarak değerlendirilebilir. Ancak, astaksantinin tümör hücreleri üzerindeki moleküler etkilerinin tam olarak anlaşılabilmesi için daha kapsamlı in vitro ve in vivo çalışmalara ihtiyaç duyulmaktadır.
Kistik ekinokokkozis'li hastalarda serolojik sonuçların genotip ilişkisinin dizi analizi sonuçları ile karşılaştırılarak araştırılması
Amaç: Kistik ekinokokoziste (KE) tedavi protokolünün planlanabilmesi için tanının erken dönemde, güvenilir şekilde konulması gerekmektedir. KE tanısında, günümüzde bilinen bütün serolojik tanı yöntemlerinden faydalanılmaktadır. Nüklear, mitokondriyel çalışmalar sonucunda E. granulosus'un başlangıçta 10 genotipi (G1-G10) tanımlanmıştır. Son moleküler çalışmalarla bazı türler aynı başlık altında toplanmıştır. Hastalığın gelişiminde suşun virulansı, parazitin genotipi önemlidir. Çalışmamızda ELISA yöntemiyle elde edilen spesifik antikor titreleriyle dizi analizi sonuçları arasındaki ilişkinin değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Manisa Celal Bayar Üniversitesi Hafsa Sultan Hastanesi ve Ege Üniversitesi Hastanesinde KE tanısıyla opere edilmiş veya Puncture Aspiration Injection Respiration (PAIR) işlemine tabi tutulmuş hastalardan alınan serum örnekleri, ayrıca kist sıvısındaki protoskoleksler, kist membranları toplanmıştır. DNA İzolasyonu, Elektroforez, PCR ve Sekans Analizi yapılmış, aynı hastaların serumları IgG yönünden seropozitiflik durumu Enzyme Linked Immunosorbent Assay (ELISA) yöntemiyle belirlenmiştir. Bulgular: Çalışmada serolojik ve moleküler bulgular benzer bulunmuştur. Sonuçlar: Serolojik ve moleküler sonuçlar karşılaştırılmış ve tüm hastalardaki etkenin Echinococcus granulosus sensu stricto G1/G3 olduğu anlaşılmıştır. Çalışmamız, genotipler ile klinik sonuçlar arasındaki ilişkiyi serolojik araştırması açısından özgün bir nitelik taşımaktadır. Anahtar sözcükler: Kistik ekinokokkozis, seroloji, sekans analizi, ELISA, PCR
Nöropsikiyatrik hastalarda CYP2D6 gen polimorfizmlerinin araştırılması
Amaç: Sitokrom p450 sistemi, farklı izoenzimlerden oluşan ilaç metabolizmasından sorumlu hepatik enzim sistemidir. Tüm sitokrom enzimlerinin yaklaşık %2-4'ünü oluşturan CYP2D6 enzimi klinikte kullanılan ilaçların %25'inin metabolizmasından sorumludur. Bu enzim geninin genetik polimorfizmleri kullanılan ilaçların etkinliğini ve ilaç toksisitesini değiştirebilmektedir. Bu çalışmada Nöropsikriyatrik hastalarda CYP2D6 gen polimorfizmlerinin retrospektif olarak değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Manisa Celal Bayar Üniversitesi Tıp Fakültesi Psikiyatri kliniğinden laboratuvarımıza yönlendirilen 192 hastadan multiplex Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) ve multiplex Allel Spesifik Primer Ekstensiyon (ASPE) yöntemiyle CYP2D6 enzim geni polimorfizmleri belirlenmiştir. Bulgular: Olguların %82,29'u normal metabolizör, %12,5'i orta metabolizör, %2,08'i yavaş metabolizör ve %3,13'ü hızlı metabolizör olarak saptanmıştır. Çalışmamızda en sık rastlanan alleler sırasıyla *1 (37,63%), *2 (24,75%), *41 (15,15%), *4 (9,85%) ve *10 (4,29%),olduğu tespit edilmiştir. Sonuç: İncelenen popülasyonda Normal metabolizör (EM) oranlarının Türk toplumunda yapılan çalışmalara göre daha yüksek olduğu, Yavaş-Düşük metabolizör (PM) ile Hızlı metabolizör (UM) sıklığının daha düşük oranda olduğu tespit edilmiştir. Enzim fonksiyonun da azalma ile seyreden *41 alleli bu çalışmada en sık mutant allel olarak belirlenmiştir. Çalışmamızda enzim aktivitesinde değişim tespit edilen olguların %17,71 oranında olması, tedavi öncesi olgularda CYP2D6 gen değişimlerinin belirlenmesi bakımından yararlı olacaktır. Anahtar Kelimeler: Farmakogenetik, CYP2D6, Polimorfizm, Sitokrom p450,
PC-3 prostat kanser hücre hattında mutant TP53 geninin crıspr-cas9 aracılıklı restorasyonu
daha sonra dolduAmaç:Prostat kanseri, dünya çapında erkekler arasında yaygın bir sağlık sorunudur ve bu prostat kanseri vakalarının çoğu, disfonksiyonel mutant TP53 geni ile ilişkilidir. Bununla birlikte, disfonksiyonel mutant TP53 geni CRISPR/Cas9 sistemi ve tek iplikli oligodeoksinükleotid tamir kalıbı yardımıyla hücrelerin sahip olduğu homoloji aracılıklı tamir mekanizması aracılığıyla tamir edilebilir. Bu çalışmada, insan kanser PC-3 hücre hattı TP53 gen bölgesi üzerinde bulunan TP53 414delC (p.K139fs*31) null mutasyonunun CRISPR/Cas9 sistemi ve donör tek iplikli oligodeoksinükleotid yardımıyla tamir verimliliğinin incelenmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Bu çalışmada iskelet yapısında CRISPR/Cas9 sistemini taşıyan px459V2.0 plazmidi ve tamir kalıbı olarakda iki farklı kullanılmıştır. CRISPR/Cas9 sistemiyle düzenlenen TP53 gen bölgesi yeni nesil sekans sistemi ile analiz edilmiştir. Düzenlemiş PC-3 hücrelerinde p53 ekspresyonunun varlığının tespiti için qPCR ve immünofloresan analizi yapılmıştır. Ayrıca, TP53 gen düzenlenmesine bağlı olarak apoptotik hücrelerin tespiti için flow sitometri analizi yapılmıştır. Bulgular: YNS sonuçlarına göre, sgRNA2 rehberliğindeki CRISPR/Cas9 sistemine eşlik eden iki ayrı tek iplikli oligodeoksinükleotid 1 ve tek iplikli oligodeoksinükleotid 2 varlığında TP53 414delC mutasyonu sırası ile %19,95 ve %26,0 oranında tamir edilmiştir. qPCR ve immünofloresan analizleri TP53 414delCmutasyonunun tamir olduğu PC-3 hücrelerinde p53 ekspresyonunu göstermiş ve ayrıca, yapılan flow sitometri analizi apoptotik hücre oranında belirgin bir artış olduğunu göstermiştir. Sonuçlar: Sonuç olarak, CRISPR/Cas9 sistemi aracılığıyla TP53 414delC mutasyonunun başarılı olarak tamir edildiği görülmüştür. rulacaktır
Boraks pentahidrat'ın glioblastoma multiforme hücre hattı aracılığıyla tedavi potansiyelinin araştırılması
Amaç: Çalışmadaki amacımız bu alanda yeni bir bor bileşiği olan Boraks pentahidrat (BPH)' ın 4. evre beyin kanseri olan glioblastoma multiforme (GBM) hücre hattı U-87MG üzerinde sitotoksik etkisinin ve bununla birlikte hangi hücre ölüm mekanizmasının tetiklendiğinin araştırılmasıdır. Gereç ve yöntem: BPH' ın U-87 MG hücre hattındaki sitotoksik etkisi MTT yöntemi ile ölçülmüştür. Ardından, belirlenen IC50 dozu ile apoptoz ve otofaji yönünden floresan tabanlı bir teknike çalışan Muse ® hücre analiz cihazı kullanılmıştır. Elde edilen veriler, GraphPad prism istatistik programı kullanılarak değerlendirilmiştir. Bulgular: Sitotoksisite deneyleri sonucunda U-87 MG üzerinde BPH' ın IC50 değeri 2.454 μM bulunmuştur. IC50 değerine bağlı olarak apoptotik yönden kontrol grubunda %3 deney grubunda %41 oranında hücre ölümü bulunmuştur(P< 0,01). Otofaji yönünden değerlendirmede ise kontrol grubunda 1.0 oranında yoğunluk değeri bulunurken deney grubunda 1.2 oranında değer bulunmuştur(p> 0,01). Bulguların istatistik açıdan değerlendirilmesi sonucunda apoptoz yönünden anlamlı bir sonuç gözlenirken; otofajik yönden anlamsız olduğu saptanmıştır. Sonuç: Bu veriler ışığı altında BPH' ın GBM' e model oluşturan U-87 MG hücre hattı üzerinde sitotoksik bir etkinin olduğu görülmüştür. Bu etkinin otofaji hücre ölüm mekanizması yerine apoptoz mekanizması üzerinden gerçekleştiği tespit edilmiştir. Bu sonuçlar, BPH' ın apoptozu uyaran kemoterapötiklere karşı dirençli olan GBM tedavisinde kullanılabilecek bir madde olabileceğini düşündürmüştür.
Tekrarlayan düşüklerde sitogenetik anomaliler
Amaç: Manisa Celal Bayar Üniversitesi Hafsa Sultan Hastanesi, Ocak 2016 ile Aralık 2017 tarihleri arasında Tıbbi Genetik Tanı Merkezine başvuran tekrarlayan gebelik kaybı yaşamış hastalarda bulunan sitogenetik anomalilerin saptanması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Çalışmamamıza iki veya daha fazla gebelik kaybı olan 303 kadın, 303 erkek olmak üzere toplam 606 hasta katılmıştır. Molar ve ektopik gebelikler dahil edilmemiştir. Örnekler rutin sitogenetik çalışma prensiplerine uygun olarak sıralı işlemlerden geçirilmiştir. GTG bantlama yöntemiyle metafazlar bilgisayarlı görüntüleme sistemine aktarılarak her hasta için 20 metafaz incelemesi yapılmış olup karyotipler oluşturulmuştur. Bu şekilde kromozomlar sayısal ve yapısal olarak değerlendirilmiştir. Bulgular: Çalışmamıza katılan 606 TGK'lı hastada GTG bantlama yöntemiyle karyotip analizi yapılmıştır. Bir Tizomi X, bir Klinefelter Sendromu, iki 46,XX resiprokal translokasyonu, üç 46,XY resiprokal translokasyonu, bir 45,XX resiprokal translokasyonu ve birinde üreme olmadığı gözlenmiştir. 597 hastanın karyotip analizinde herhangi sayısal veya yapısal anomali gözlenmemiştir. Sonuçlar: TGK gebe kalmaya çalışan çiftlerde yaygın olarak görülen bir durumdur. Etiyolojisinde multifaktöriyel nedenler rol almaktadır. Bununla birlikte kapsamlı bir araştırma yapılamasına rağmen vakaların % 50'sine yakınında kesin bir neden ortaya konamamıştır. TGK'nın olası faktörlerinden genetik nedenler, ebeveyn yapısal kromozomal bozukluklarını ve gebelik ürününe ait kromozom anomalilerini içine almaktadır. Tanıda sitogenetik değerlendirme oldukça önemlidir. Yayınlanmış verilerde resiprokal translokasyonun robertsonian translokasyondan daha fazla sıklıkta görüldüğünü ortaya koymuştur. Sonuç olarak, bizim çalışmamızdaki elde edilen verilerde literatürü desteklemektedir. Keywords: Chalder Fatigue Scale, Turkish version, fatigue, assessment, reliability, validity
Şizofren tanısı almış hasta ve kontrol gruplarında, comt genin eksozomlardaki ifadesinin kantitatif real time PCR ile araştırılması
Amaç: Bu çalışmanın amacı şizofren tanısı alan hasta bireyler ile sağlıklı bireyler arasında COMT geninin eksozomlardaki ifade farklılığının araştırılmasıdır. Gereç ve Yöntem: Çalışmamızda Manisa Celal Bayar Üniversitesi Hafsa Sultan Hastanesi Psikiyatri Kliniği' nde tedavi gören ve kronik şizofren tanısı konmuş 8 birey hasta grubunu oluşturmuştur. Ailesinde kronik şizofreni öyküsü bulunmayan, sağlıklı gönüllü 8 birey kontrol grubunu oluşturmuştur. COMT geninin eksozomlardaki ifadesinin RT-PCR tekniği ile araştırılması yapılmıştır. Analiz sonuçları 2-∆∆CT yöntemi kullanılarak değerlendirilmiştir. Bulgular: Araştırmamızın sonuçlarına göre 1, 2, 4, 6, 7 ve 8 numaralı hastalarımızda COMT geni ekspresyon seviyelerinin anlamlı up regülasyonu olduğu belirlenmiştir. Sonuçlar: Çalışmamızda şizofren tanısı almış hasta ve şizofren tanısı almamış kontrol gruplarında, COMT geninin eksozomlardaki ifadesini saptamak için Kantitatif Real Time PCR yöntemi kullanılmıştır. Sonuçlarımızın COMT geni ekspresyon seviyesinin yukarı regülasyonda önemli bir rol alabileceğini gösterebilir. Anahtar Kelimeler: Şizofreni, COMT, Eksozom, RNA
Şizofren tanılı olgularda comt gen ekspresyon seviyelerinin real time – PCR yöntemi ile araştırılması
Amaç: Bu çalışmanın amacı şizofren bireylerin kan materyallerinden, COMT geni ekspresyon seviyelerinin Real Time-PCR tekniği ile araştırılması ve ilgili genin transkripsiyonel düzeydeki ifadelerinin incelenmesi ile verilerin elde edilmesidir. Gereç ve Yöntem: Çalışmamızda Manisa Celal Bayar Üniversitesi Hafsa Sultan Hastanesi Psikiyatri Kliniği' nde tedavi gören ve kronik şizofren tanısı konmuş 8 birey hasta grubunu oluşturmuştur. Ailesinde kronik şizofreni öyküsü bulunmayan, sağlıklı gönüllü 8 birey kontrol grubunu oluşturmuştur. Örneklem grubundaki her birey için RNA izolasyonundan sonra, COMT genindeki ekspresyon seviyeleri Real Time-PCR tekniği kullanılarak belirlenmiştir. 2-∆∆CT metodu kullanılarak, relatif gen ekspresyon analizi yapılmıştır. Bulgular: Araştırmamızın sonuçlarına göre 4, 6 ve 8 numaralı hastalarımızda COMT geni ekspresyon seviyelerinin anlamlı down regülasyonu olduğu belirlenmiştir. Sonuçlar: Çalışmamızda şizofren tanılı olgularda COMT geni ekspresyon seviyelerini belirlemek için Real Time-PCR yöntemi kullanılmış ve COMT geni ekpresyon seviyesinin azaldığı tespit edilmiştir. Bu sonuçlar, şizofrenide COMT gen ekspresyonundaki aşağı regülasyonda önemli bir rol oynayabileceğini gösterebilir. Anahtar Kelimeler: Şizofreni, COMT, RNA, Gen Ekspresyonu, Real Time-PCR
Türk toplumunda SE33 lokusunun adli DNA kimliklendirme çalışmalarında güvenilirliğinin değerlendirilmesi
Amaç: Ülkemizde adli kimliklendirmede son yıllarda STR (Short Tandem Repeat) DNA lokuslarına gün geçtikçe daha fazla başvurulmaktadır. Türk popülasyonunda genotip benzerlik oranı batı toplumlarına oranla daha yüksektir dolaysısıyla kimliklendirme çalışmalarında daha farklı ve fazla sayıda güvenilir STR lokuslarına ihtiyaç duyulmaktadır. Bu bağlamda bir otozomal STR lokusu olan SE33 bölgesine ait polimorfizm oranları, frekansı ve eşleşme sıklığının saptanarak güvenilirliği konusunda yargıya varılması hedeflenmiştir. Gereç ve Yöntem: Bu çalışma retrospektif çalışma olup, 2018 yılı Ocak-Haziran ayları arasında Hakimlik ve Savcılıklar tarafından İzmir Adli Tıp Grup Başkanlığı Biyoloji İhtisas Dairesine örnek vermek üzere gönderilmiş ya da tam teşekküllü devlet hastanelerinden aldırılan kan, kıl, tükrük v.b örnekleri dikkate alınarak araştırma gerçekleştirildi. Birbirleriyle yakın akraba ilişkisi bulunmayan 500 bireye ait örnekler üzerinde değerlendirmeler yapıldı. İzmir Adli Tıp Kurumu yetkili personeli tarafından daha önce DNA izolasyon kitleri (EZ-1 investigator kit ve Power Plex Fusion 6C Direct kit) ile genomik DNA'ların izolasyonu gerçekleştirilmiştir., İzole edilen DNA'lar Power Plex Fusion 6C kit ile SE33 STR lokusu amplifikasyonu sağlanarak tespit edilmiştir. Bulgular: Çalışmada homozigot genotip oranı %5,2, heterozigot genotip oranı %94,8, ayrım gücü (PD) 0,992 ve eşleşme olasılığı (PM) 0,008 olarak hesaplandı. En düşük frekansa sahip alleller ise %0,1 ile 6, 7, 10, 16,3, 17,2, 23, 24, 29, 34,2 35,2, 37 allelleri olarak belirlendi. Sonuç: SE33 STR lokusunun ayrım gücü ve eşleşme olasılığı diğer çalışmalarla karşılaştırıldığında adli kimliklendirmede güçlü bir belirteç (marker) olabildiğini göstermektedir.
MikroRNA ve doğal öldürücü hücre (natural killer cell) temelli kombine immünoterapi yaklaşımının üçlü negatif meme kanseri üzerindeki etkisinin araştırılması
Amaç: Çalışmamızda üçlü negatif meme kanseri (TNBC) hücrelerinde miR-3977 ile eEF2K, PD-L1 ve FOXM1 üçlü baskılanmasının tümörigenez üzerindeki etkisinin yanısıra, bu hücrelerdeki doğal öldürücü hücre (NK) aracılıklı immün yanıt etkisinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Üçlü negatif meme kanseri hücreleri olarak MDA-MB-436, MDA-MB-231, BT-20 hücre hatları ve doğal öldürücü hücreler olarak kordon kanı doğal öldürücü hücreleri ve NK-92 hücre hattı grubu olarak kullanılacaktır. Tümörogenez çalışmaları için koloni oluşum analizleri, miRNA ve siRNA mimik transfeksiyonu, RNA ekstraksiyonu, miRNA ve mRNA ters transkripsiyonu, RT-qPCR analizi, protein ekstraksiyonu ve immünoblotlama analizi, hücre hareketliliği, migrasyon ve invazyon testleri, akım sitometri testi, miRNA nanoparçacıklarının hazırlanması, ortotopik ksenogreft tümör modeli ve istatistiksel analiz metotları kullanılacaktır. NK ayrıcalıklı immünoyanıtın belirlenmesi çalışmaları için ise Ko-kültür yöntemi uygulanarak Kromiyum (Cr51) analiz metotları kullanılacaktır. Bulgular: Çalışmamızda miR-3977'nin rolü araştırılmış ve miR-3977'nin TNBC'de anlamlı derecede daha uzun hasta sağkalımı ile ilişkili olduğu ve anlamlı derecede daha kısa genel hasta sağkalımı ile ilişkili olan proto-onkojenik eEF2K seviyeleri ile ters korelasyonlu olduğu bulunmuştur. Sonuçlarımız miR-3977'nin eEF2K, PD-L1 ve FOXM1 mRNA'ların 3'-tercüme edilmemiş bölgesine (3'-UTR) doğrudan bağlandığını ve bu genlerin ekspresyonlarını baskılayarak TNBC'de hücre proliferasyonunu, motilitesini ve invazyonunu inhibe ettiğini göstermiştir. Ayrıca, miR-3977 nanopartiküllerinin sistemik intraperitoneal uygulama ile in vivo terapötik olarak verilmesi, eEF2K, PD-L1 and FOXM1 sinyal yolaklarını, intratümöral proliferasyonu ve anjiyogenezi inhibe ederek ve apoptozu indükleyerek ortotopik TNBC tümör ksenograft modelinde tümör büyümesini geciktirmiştir. Önemli bir şekilde, çalışmamızda ilk kez, eEF2K, PD-L1 veya FOXM1 inhibisyonunun NK-92 ve CBNK hücrelerinin sitotoksisitesini indüklediği, miR-3977 veya siRNA tedavilerinin NK aracılıklı immün sistem yanını arttırmada etkili olabileceği gösterilmiştir. Sonuçlar: Çalışmamız, üçlü negatif meme kanseri hücrelerinde miR-3977 gen terapisi ile hem EF2K hem FOXM1 hem de programlanmış hücre ölüm (PD-L1) mekanizmalarının yeniden aktivasyonunu hem de bu hücrelere karşı aktive olmuş NK aracılıklı immün yanıt ile karsinogenez sürecinin durdurulmasını ve tümör hücrelerinin yıkımını birlikte yürüten ilk çalışma olması nedeniyle yüksek bir özgün değere sahiptir. Dahası, miR-3977'nin eEF2K ve FOXM1 sinyal yolaklarının çift hedeflenmesiyle TNBC'de tümör baskılayıcı rolü olduğu ve miR-3977 tabanlı gen terapisinin TNBC'de potansiyel bir terapötik strateji olabileceği düşünülmektedir.
Melanoma hücre hattında (B16F10) bazı kanser kök hücre tiplerinin kanserleşmedeki rolü ile antiparaziter özellikteki etken maddelerin hedgehog sinyal yolağı üzerinden kanserleşme üzerine etkilerinin araştırılması
Melanoma, nöral yarıklardan köken alan ve melanin pigmenti üreten melanositlerin transformasyonu sonucu meydana gelen malignant bir tümördür. Kanser ilişkili ölümlerin %90'ı, metastatik kanser durumlarında ortaya çıkmaktadır ve melanoma bilinen en ölümcül kanserlerden bir tanesidir. Genel olarak, melanom tüm malign tümörlerin % 1-3'ünü oluşturur ve insidansı her yıl % 6-7 oranında artmaktadır. Melanoma olgularında konvansiyonel tedavilere karşı direncin çok sık meydana gelmesi; Melanoma-spesifik KKH'lerini, KKH'lerini düzenleyici mekanizmaları, sinyal yolaklarını spesifik olarak hedef alan yeni etkili ve seçici terapötik kimyasalların geliştirilmesini zorunlu kılmaktadır. Çalışmamızda potansiyel olarak daha etkili tedavi yöntemlerinin belirlenmesi ve geliştirilmesi amacıyla melanoma kanser hücre hattından (B16F10) CD133+ ve CD133- yüzey belirteçlerine sahip hücreler sorting edilerek farelerde cilt kanseri oluşturulup, kanser ve kanser kök hücrelerini ortadan kaldırma yeteneği olan yeni bileşiklerin ortaya çıkarılması ve tespit edilmesini amaçladık. Çalışmalarımızın bir sonucu olarak Ornidazol ile tedavi edilen deney gruplarımızda Ornidazol'ün fare melanom B16 hücre proliferasyonunu ve göçünü in vitro zaman ve doza bağlı olarak kontrol gruplarına göre inhibe ettiğini ve ayrıca, Ornidazole tedavisinin DNA hasarlarını şiddetlendirdiğini gözlemledik. Dahası fare melanom modeli tümör analizi ile, Ornidazol'ün melanom hacmini düşürdüğünü gözlemledik. Bulgularımız birlikte ele alındığında, Ornidazole'ün melanom ilerlemesini hafiflettiğini ve eşzamanlı olarak Hedhegog sinyal yolağını ve otofaji ekspresyonunu bastırdığını ve apopitozisi indüklediğini gösterdi. Ek olarak Ornidozole'un ER stres aracılı apopitozisi ekpresyonunu indüklediği ve otofaji ekspresyonunu inhibe ettiği görüldü. Elde ettiğimiz bulgular Ornidazole'un tümör büyümesi inhibisyonunda rol oynayabileceğini göstermektedir. Anahtar Sözcükler: Melanoma, Kanser Kök Hücresi, Ornidazole, CD133, Hedgehog sinyal yolağı, ER stresi.
İdiyopatik epilepsi hastalarının yeni nesil dizileme yöntemiyle mutasyon frekanslarının saptanması
Epilepsi, kortikal nöronlarda meydana gelen elektriksel deşarj ve anormalliklerle, tetiklenmemiş nöbetlerin tekrarlanması ile ortaya çıkan kronik durum ve bozukluktur. Epileptik nöbet ise "Beyinde anormal aşırı nöronal aktiviteden kaynaklanan belirti ya da semptomların geçici olarak ortaya çıkması" durumudur. Dünya sağlık örgütünün son verilerine göre, 65 milyon kişiye epilepsi tanısı konulmuş ve literatüre yılda 70.000 ila 128.000 arasında yeni vaka eklenmektedir. Bu çalışmanın amacı, hastaların klinik bulgu ve mutasyonların, hasta kliniğine yansımasını değerlendirmek ve aynı mutasyona sahip fakat prognozu farklı olan hastalar arasında klinik heterojeniteyi göstermektir. Çalışmada Elektoensefalografi (EEG), nöbet tipi ve sıklığı ve antiepileptik sayısının yer aldığı klinik parametmerelerle, hastaların davranış özellikleri de göz önüne alınarak hastaların klinik bulguları yeni nesil dizileme (YND) yöntemi kullanılarak mutasyonlarla birlikte değerlendirildi. İdiyopatik epilepsi tanısıyla takipli toplamda 23 hastada saptanan mutasyonlar; 2 hastada, heterezigot SCN1A c.264+3G>A mutasyonu; 1 hastada heterezigot CHRNA2 c.402G>C (p.Arg134Ser) mutasyonu; 3 hastada sırasıyla heterezigot CACNA1 c.1438C>T (p.Arg480Cys), c.6974_6976dupAGG (p.Gln2325_Ala232insGlu), c.3410C>G (p. Pro1137Arg) mutasyonları; 1 hastada SCN3A heterezigot c.654C>G (p.Phe218Leu) mutasyonu; 1 hastada heterezigot SLC2A1 (p.Gln200His) mutasyonu; 1 hastada KCNMA1 heterezigot c.364G>A (p.Gly122Arg) mutasyonu; 1 hastada heterezigot KCNMB3 c.192C>G (p.Leu64=) mutasyonu; 1 hastada BRD2 heterezigot c.145_146delGCinsTG (p.Ala49Cys); 1 hastada EFHC1 heterezigot c.1504C>T (p.Arg483Trp); 1 hastada TBC1D24 heterezigot c.74A>G; 1 hastada homozigot GRIN2A c.1265T>C (p.Ile422Thr) ve son olarak 1 hastada TBC1D221 heterezigot c.1057G>A (p.Ala353Thr) şeklindedir. 11 hastada ise patojenik varyant saptanmamıştır. Bu çalışma sonucunda, aynı mutasyonel değişime sahip hastaların farklı klinik özellik ve tedaviyle takipli olması; genom üzerindeki bu çalışmada belirlenemeyen farklı mutasyonel değişimler, polimorfizmler, epigenetik faktörler, çevresel faktörler kliniğin ve tedavi sonrası durumun farklılığına sebep olabileceğini düşündürmektedir. Sonuç olarak bu çalışma hastalar arasındaki klinik ve mutasyonel heterojeneyi ortaya koymuş olup özellikle genlerin ifade edildiği protein ve moleküler yolakların araştırılması dahilinde pek çok epileptik nöbet ve sınıflandırılan epilepsi türünün patogenezi aydınlatabilecektir.
Nikotin maruziyetinin fare embriyonik kök hücrelerinde nöronal farklılaşma üzerine etkisi
Günlük hayatımızın her evresinde birçok biyolojik, fiziksel ve kimyasal ajanlara maruz kalmamız ciddi sağlık problemlerine yol açmaktadır. Hatta bu ajanlara maruziyetimiz, belki de yaşamımızın en önemli evresi diyebileceğimiz organizmanın temelinin atılıp oluşturulduğu fetal dönemden başlamaktadır. Nikotin de, bu kimyasal ajanlardan biridir. Fetal gelişim sırasında nikotine maruz kalmanın hem anne hem de fetüs için zararlı etkilerinin olduğu ileri sürülmüş ancak bu etkilerin hücresel düzeyde anlaşılabilmesi için bu konudaki çalışmaların artırılması gerekmektedir. Biz de bu tez çalışmasında gelişim sürecinde nikotine maruz kalmanın etkilerini incelemeyi amaçladık. Bu amaçla fare embriyonik kök hücrelerini in vitro ortamda nikotine maruz bırakarak farklılaştırdık. Farklılaşma sırasında ve sonunda kültürdeki hücreleri toplayarak Gfap, Nestin, O4, β-3 Tubulin ve Map2 proteinlerine immünohistokimyasal boyama (İHC) ile baktık. Real Time PCR analizi ile de NEUROG2, RBFOX3, TUBB3, GSK3B ve PAX6 genlerinin ekspresyonlarına baktık. Çalışmamızın sonunda; nikotine maruz kalan grubumuzda gen ekspresyonlarının değiştiği, kontrol grubuna nazaran gen ekspresyonlarında azalma olduğu görüldü. İHC sonuçlarında Map2, β-3 Tubulin ve O4 ekspresyonlarında nikotinli gruplarda nikotinsizlere nazaran azalma olduğuGfap ve Nestinde ise 21. gün hariç diğer günlerde azalma olduğu görülmüştür.
MEFV mutasyonları ve hastaların klinik korelasyonu
Ailesel Akdeniz Ateşi (FMF-AAA), MEFV genindeki mutasyonlardan kaynaklanan ve 1/8–1/16 taşıyıcı sıklığı ile Doğu Akdeniz popülasyonunda en sık görülen otozomal resesif geçişli hastalıklardan biridir. Türk ailesel Akdeniz ateşi (AAA) hastalarında Akdeniz ateşi (MEFV) gen mutasyonlarının dağılımı Türkiye'nin coğrafi bölgelerine göre değişkenlikler gösmektedir. Bu nedenle Türk FMF hastaları için farklı coğrafi bölgelerden olmak üzere fazla sayıda veriye ihtiyaç vardır. Bu çalışmanın bölgemizdeki Türk FMF hastalarında yaygın MEFV mutasyonlarının dağılımını ve klinikle ilişkisini ortaya koymaktır. Bu çalışmada Tıbbi Genetik Anabilim Dalı poliklinğine sevk edilen ve FMF klinik semptomları tespit edilen 300 hastanın moleküler test sonuçları ve kilnik bulgularla ilişkisi değerlendirildi.
Borik asit ve epıgallocatechın gallate (EGCG)'ın serviks kanseri hücre hatlarında telomeraz enzim aktivitesinin değerlendirilmesi
Serviks kanseri; dünya üzerinde her 2 dakikada bir kadının ölümüne neden olan ve meme kanserinden sonra en sık görülen ikinci kanserdir. 1980 yılından beri iz element olarak tanımlanan bor, 1996 yılında epidemiyolojik verilerin eksikliği de dikkate alınarak Dünya Sağlık Örgütünce (DSÖ) ?insan sağlığı için olası temel elementler? sınıfına alınmıştır. Bor bakımından zengin bölgelerde yapılan bir çalışmada serviks kanseri riskinin düşük olabileceği yönünde bulgular tespit edilmiştir. Yeşil çayın en önemli polifenol bileşeni olan EGCG (Epigallocatechin gallate) ile muamele sonucu serviks kanseri karsinojenezini engellediği,apoptozu indüklediği ve telomeraz aktivitesini inhibe ettiği bildirilmiştir. Telomeraz çok sayıda farklı insan kanserinde aktif durumdadır. Bu çalışmada serviks kanseri hücre hattında (HTB-32) EGCG ve Borik asitin telomeraz enzim aktivitesi belirlenecektir. Bu bağlamda HTB-32 hücre hattına EGCG nin 50 µM ve 100 µM dozlarının uygulanması sonucu 1. ve 3. günlerin sonunda alınan örneklerle Borik asitin 500 µM ve 1000 µM dozlarının uygulanması sonucu 3. ve 5. günlerin sonunda alınan örnekler çalışmanın birinci grubunu oluşturmuştur. İkinci grubta ise yine aynı hücrelere 50µM +500µM, 100µM +500µM sırasıyla EGCG ve Borik asit dozlarının kombinasyonları uygulanmış olup 3. gün sonunda değerlendirmeye alındı. Telomeraz aktivitesi HTB-32 hücrelerine doz uygulamaları ardından toplam izole edilen RNA dan h-TERT mRNA ekspresyonu düzeyinin eş zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu yöntemiyle tayin edildi. Elde edilen verilerin t-testi aracılığı ile istatistiki değerlendirilmesinde; HTB-32 hücrelerine uygulanan tüm doz ve sürelerinde telomeraz aktivesinde anlamlı bir fark saptanamamıştır (P>0,05). Bu sonuçlar Borik asit ve EGCG'nin gerek yalnız gerekse birlikte uygulanması sonucu farklı hücre tiplerinde aynı etkiyi göstermeyebileceğini düşündürmektedir.
Hematopoetik kök hücre yaşlanmasında cinsiyet farklılıklarının fare modelinde araştırılması
Biyolojik cinsiyet; insan sağlığını, hastalıkları, yaşlanma kalitesini ve ortalama yaşam süresini etkileyen en önemli değişkenlerden biri olarak kabul edilmektedir ve giderek artan kuvvetli kanıtlar, yaşa bağlı hastalıklarda ve yaşam süresinde güçlü bir cinsel dimorfizm olduğunu ortaya koymuştur. Vücutta pek çok doku ve organda bulunan erişkin kök hücreler; ait oldukları dokunun yenilenmesinden ve doku bütünlüğünün korunmasından sorumludur ve bu nedenle, yaşlanma sürecinde merkezi bir mekanizma olarak kök hücrelerde tükenme gündeme gelmiştir. Kan ve immün sistem hücrelerinin üretiminden yaşam boyu sorumlu olan hematopoetik kök hücreler (HKH), yaşlanma araştırmalarında en kapsamlı çalışılan erişkin kök hücre tipi olmasına ve yaşa bağlı hematolojik/onkolojik hastalıklarda cinsiyete özgü önemli farklılıklar rapor edilmiş olmasına rağmen, HKH yaşlanmasında cinsiyetin rolü araştırılmamıştır. Çalışmamızda, hematopoetik sistem yaşlanmasının cinsiyete özgü farklılıkları; C57BL/6J fare modelinde ve periferik kan, kemik iliği ve dalak kompartımanlarında araştırılmıştır. Cinsiyetin; periferik kandaki olgun kan ve immün sistem hücrelerinin sayı ve sıklığında, salgıladıkları sitokinlerin düzeyinde, ek olarak, kemik iliği ve dalaktaki hematopoetik kök ve progenitör hücrelerin (HKPH) frekansında, transplantasyonda sergiledikleri fonksiyonel kapasite ile kendini yenileme potansiyelinde, mitokondri miktarında ve transkripsiyonel profilinde, yaşa bağlı değişiklikleri nasıl etkilediği incelenmiştir. Verilerimiz; biyolojik cinsiyetin, tüm hematopoetik kompartımanlarda, HKPH'lerden olgun kan hücrelerine kadar, hematopoetik sistemin her aşamasında ve HKH'lerin global gen ekspresyonu profilinde yaşlanma paternini önemli şekilde etkilediğini göstermiştir. Ek olarak çalışmamız, yaşlı dişi ve erkek HKH'lerinin; farklılaşma potansiyeli, kendini yenileme kapasitesi, metabolik gereksinimler, immün yanıt ve kemik iliği mikroçevresi açısından önemli farklılıklar sergilediğini ortaya koymuştur (P< 0,05). Sonuçlarımız, hedefe yönelik tedaviler ve yaşlanma önleyici çalışmalar dahil, hematopoetik sistemle ilişkili preklinik ve klinik araştırmalara her iki cinsiyetin de dahil edilmesinin zorunluluğunu çarpıcı şekilde vurgulamaktadır.
Manisa'da kronik şizofren tanısı konmuş bireylerde catechol-o-methyltransferase (COMT) Val158Met polimorfizminin araştırılması
Amaç: Manisa'da Kronik ŞizofrenTanısı Konmuş Bireylerde Catechol-O-Methyltransferase (COMT) Val158Met Polimorfizminin Araştırılmasıdır. Gereç ve Yöntem: Araştırma kronik şizofreni teşhisi konmuş 100 birey ve ailesinde ve kendisinde psikiyatrik herhangi bir rahatsızlık bulunmayan 100 sağlıklı kontrol ile yürütülmüştür. Hasta grubu bireyler; Manisa Ruh Sağlığı Hastalıkları Hastanesinde tedavi gören ve kronik şizofren tanısı konmuş bireylerden oluşturulmuştur. Örneklem grubundaki her birey için DNA izolasyonunu takiben COMT genindeki Val158Met polimorfizmine bağlı yüksek veya düşük aktiviteli alleller PCR-RFLP metodu kullanılarak belirlenmiştir.Veriler Ki-Kare Testi ve Çapraz Tablo kullanılarak elde edilmiştir. Bulgular: Araştırmaya katılan hasta grubu bireylerin %64'ü erkek; %36'sı kadındı. Hasta grubu bireylerin genotipleri cinsiyet gözetmeksizin değerlendirildiğinde % 44'ünün LL genotipli bireylerden, %10'unun HH genotipli bireylerden ve %46'sının HL genotipli bireylerden oluştuğu görüldü. Allel frekansları hesaplandığında ise Hardy Weinberg Eşitliğinde çıktı. Hasta grubu için Val alleli (yüksek aktiviteli) frekansı % 33, Met alleli ( düşük aktiviteli) frekansı % 67; kontrol grubu Val alleli frekansı % 67, Met alleli frekansı % 33 olarak saptandı. Sonuçlar: Genotip bulgularına göre Çapraz Tablo ve Ki-Kare testi sonuçlarına göre HH ve LL allelleri için p =0,001 olarak bulunduğundan COMT geni Val158Met polimorfizminin şizofreni üzerine etkisi olduğu sonucuna varılmıştır. Anahtar Kelimeler: Catechol-O-Methyltransferase (COMT) , PZR-RFLP Val158Met Polimorfizmi
UII/UTR yolağının A549 hücre hattında hücre ölümü üzerine etkisinin araştırılması
UII, nörohormon benzeri aktiviteye sahiptir. UII/UTR yolağı başlıca RhoA/ROCK, MAPK'ler ve PI3K/AKT yolaklarını uyarmaktadır ve bu yolaklar aracılığıyla kardiyak fibrozisini, tümör büyümesini ve hücre proliferasyonunu uyarmaktadır. UII/UTR yolağı antagonisti olan SB657510`un tümör büyümesini bloke etmektedir. UII/UTR yolağının NFκB ve MAPK yolaklarını aktive etmesi ve antagonistinin tümör büyümesini bloke etmesi bu yolağın ayrıca apoptoz ile ilişkili olabileceğini düşündürmektedir. UII/UTR yolağının apoptoz ile ilişkisini doğrudan araştıran herhangi bir çalışma mevcut değildir. Bu nedenle çalışmamızda UII/UTR yolağının apoptozise etkisini A549 hücre hattı kullanılarak araştırdık. A549 hücre hattı UT/UTR yolağı agonisti UII ve antagonisti SB657510 ile uyarıldı. UII`nin A549 hücre canlılığını etkilemediği, ancak SB657510`nun hücre canlılığını azalttığı MTT yöntemi ile tespit edildi. UII uyarımı sonucu CASP3, CASP8, CASP9 mRNA ekspresyonu değişmemektedir. Anti-apoptotik gen olan BCL2 mRNA ekspresyonunu artmaktadır ancak ekspresyon artışı istatiksel olarak anlamlı değildir. SB657510 uyarımı ile CASP3, CASP8 ve CASP9 mRNA ekspresyonu artmaktadır. Flow sitometri yöntemi ile SB657510 apoptotik hücre sayısını UII' ye göre daha fazla arttırdığı tespit bulundu. Çalışmamız UII`nin hücre canlılığını ve kaspaz ekspresyonunu değiştirmediği, ancak UII antagonistinin hem hücre canlılığı azalttığı hem de apoptozda görev alan kaspazların gen ifadesini arttırdığını göstermektedir. Elde ettiğimiz veriler UII yolağının apoptoz ile ilişkili olduğunu göstermektedir. Bu nedenle UII/UTR yolağının apoptoz ile ilişkili olarak akciğer kanserinde kullanılabilecek yeni tedaviler için alternatif bir yolak olabileceğine işaret etmektedir. Anahtar sözcükler: UT/UTR yolağı, UII, SB657510, Apoptoz, A549
Otozomal resesif geçişli retinitis pigmentosa' nın patolojisinden sorumlu rpe65 geni' nin moleküler analizi
Kalıtsal retina distrofilerinden biri olan Retinitis pigmentosa (RP), gece körlüğüne, periferik görme alanının ilerleyen kaybına ve son aşamada merkezi görüşün tamamen ortadan kalkmasına neden olur. Kliniği ve genetiği oldukça heterojen olan bu hastalık grubu ile ilgili ülkemizde yapılan temel bilimsel çalışmalar yurt dışına kıyasla oldukça azdır. Türk hastalarda kalıtsal göz hastalıklarının moleküler açıdan değerlendirilmesi, toplumumuza ait genetik bilgilerin elde edilmesi ve veri tabanı oluşturulabilmesi için oldukça önemlidir. Retina pigment epitelinde ifade olan, 14 ekzonu bulunan RPE 65 geni mutasyonları otozomal resesif çocukluk çağı retina distrofilerine (%2) ve Leber congenital amaurosis (LCA)' e (%16) neden olur. Bu çalışmanın amacı, Ege Bölgesi'nde Manisa ve yöresinde, otozomal resesif kalıtıma sahip Retinitis pigmentosa' lı bireylerde, DNA dizi analizi ile, en sık mutasyon rastlanan 4,5,10,11 ve 13. ekzonlarının taranmasıdır. Çalışmamızda, 2010-2013 yılları arasında, klinik tanısı Manisa Devlet Hastanesi Göz Hastalıkları Kliniği'nde onaylanmış, otozomal resesif geçişli olduğu saptanan 50 RP'lı birey çalışma grubunu oluşturmuştur. RP öyküsü, RP tanısı raporu olmayan, sağlıklı gönüllü 50 birey kontrol grubunu oluşturmuştur. Kandan genomik DNA izolasyon kiti ile izole edilen DNA'lar PZR işlemine alınmış, daha sonra ABI Prism Genetik Analizör 310 cihazı ile dizi analizi yapılmıştır. Çalışmamızın sonucunda 1 hasta bireyde (% 2) RPE65 geninin Ekzon 4'ünde G>A R91Q heterozigot mutasyonu, 7 hasta bireyde (% 14) RPE65 geninin Ekzon 10'unda G>A E352E polimorfizmi saptanmıştır. Sonuçlarımız Ege Bölgesi Manisa ve yöresinde, bu konuda araştırılmış ilk kaynaktır.
Koroner arter hastalarında adm (adrenomedullin) gen dizi değişimlerinin belirlenmesi
Koroner arter hastalığı damar duvarında ateroskleroz oluşumu ile karakterizedir. Bu çalışmada aterogenezde temel mekanizmalardan biri olan vasküler düz kas hücrelerinin proliferasyonunu baskıladığı bilinen ADM' nin gen dizi değişimlerinin ateroskleroz gelişimi ile olan ilişkisinin tespit edilmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla aterom plak tespit edilen 62 olgu ile 46 kontrol olgusu çalışmaya dahil edilmiştir. ADM gen dizi değişimleri için olguların venöz kan örneklerinden DNA izolasyonu sonrasında Sanger sekanslama yöntemi ile ADM geni dizi değişimleri belirlenmiştir.Yapılan çalışmada ADM geninin promotor (rs3814700T>C) ve 5'UTR bölgesinde (rs545190978 T>G) iki polimorfizm, ekson bölgesinde 2 farklı polimorfizm (rs5005 C>G (ekson 3) ve rs767028428 C>T (ekson4) ) saptanmıştır. ADM gen polimorfizmleri allel frekansları rs3814700 (T>C) T: %93 ve C: %7; rs5005 (C>G) C: %99,2 ve G: 0,08; rs545190978 (T>G) T; %99,2 ve G; %0,08; rs767028428 (C>T) C; 99,2 ve T; 0,08 olarak saptandı.Olgularda polimorfizm bölgelerinin genotip ve allel sıklıkları açısından hasta ve kontrol grupları arasında anlamlı fark olmadığı görülmüştür. ADM serum düzeyini etkilediği bilinen promotor bölge (rs3814700-C) polimorfizmi hasta grubunda daha yüksek oranda saptanmıştır. Adrenomedullinin ateroskleroz patogenezindeki rollerini değerlendirmek için büyük vaka grubunda serum düzeyleri ile birlikte yapılacak çalışmalara ihtiyaç bulunmaktadır.
Bor türevlerinin benign prostat hiperplazisi (bph) üzerine etkilerinin araştırılması
Benign prostat hiperplazisi (BPH) erkeklerde en sık görülen benign adenom olup mesane çıkımında tıkanıklığa neden olmaktadır. BPH, prostat büyümesi ve kronik enflamasyon ile ilişkili önemli klinik semptomlara yol açan kompleks bir sendromdur. Erkeklerin yaklaşık % 40'ı hayatları boyunca bu hastalığa yakalanma riski taşımaktadırlar. BPH histolojik olarak prostat epitel ve stromal hücrelerin aşırı derecede çoğalması ile tanımlanmaktadır ve proliferasyonda, farklılaşmada, apoptoz ve senesensteki değişiklikleri içeren kompleks hücresel değişimler sonucu meydana gelmektedir. Bor ve türevlerinin anti-enflamatuvar ve immün yanıt düzenleyici özellikleri nedeniyle, kronik enflamasyon ve hücre proliferasyonu ile karakterize edilen BPH gibi hastalıkların tedavisinde potansiyel olarak kullanılabileceği öngörülebilir. Bununla birlikte gerek epidemiyolojik gerekse hayvan ve laboratuvar çalışmalarından borun anti-proliferatif etkilerine ek olarak anti-kanserojen bir özelliğe de sahip olduğu görülmektedir. Bu bağlamda çalışmanın en önemli çıkarımlarından birisi BPH–Bor maruziyeti ilişkisinin daha ileri boyutta irdelenmesi gerekliliğidir. Bor ve türevlerinin hücre sinyalizasyon sistemini etkilemesi ya da birçok biyokimyasal süreçte rol oynayan bir olayın oluşumunu ve/veya aktivitesini etkilemesi, BPH hücrelerinin büyümesini ve enflamasyonu engelleyecek bir hedef molekül olma olasılığını artırmaktadır. Dolayısıyla epidemiyolojik çalışmaların yanısıra, ilginin bor bileşiklerinin BPH hücrelerinin çoğalmasını engelleyecek, anti-proliferatif etkisini gösterecek hücresel ve moleküler çalışmalara çevrilmesi gerekmektedir. Bu kapsamda çalışmamızda BPH-1 hücre hattında bor türevlerinin apoptoz ve DNA hasarı üzerine etkilerinin moleküler açıdan değerlendirilmesi amaçlanmıştır. İlk olarak BPH-1 hücre hattının üreme kinetiğine bakıldı ve BO (Bor Oksit), BA (Borik Asit) ve DPB (Disodyum Pentaborat Dekahidrat) maddelerinin sitotoksisite denemeleri yapıldı. DPB etkin sonuç verdiği için bu kimyasalla diğer denemelere devam edildi. En iyi sonucu DPB verdiği için bu kimyasalla devam edildi. Daha sonra DPB'ın DNA hasarı üzerine etkisi, Western Blot yöntemi ile pH2AX, pATM ve ATM antikorları aracılığıyla değerlendirildi. Aynı zamanda immunofloresan yöntemiyle de pH2AX ve pATM odak sayıları ile DNA hasarı miktarları ölçüldü. Bor ve türevlerinin BPH-1 hücre hattinda apoptoz üzerine etkileri ise, yine Western Blotlama yöntemiyle, p53, p-P53, PARP, kaspaz-3, kaspaz-9 antikorlarının düzeylerine bakıldı. Bu tez çalışmamız çerçevesinde ilk kez DPB uygulamasıyla BPH-1 hücre hattında apoptotik hücrelerin ve DNA hasarına uğramış hücrelerin zamana ve doza bağımlı olarak arttığı belirlenmiştir.
Glı̇omasferlerde tı̇yorı̇dazı̇n aracılı hücre ölüm çeşı̇tlerı̇nı̇n araştırılması
Klasik in vitro çalışmalarında kullanılan monolayer (2B) hücre kültür yöntemi in vivo araştırmalara ön veri elde etmede yetersiz kaldığı öne sürülmektedir. Son yıllarda kullanılmaya başlanan sferoid (3B) hücre kültür yöntemi, hücrelerin in vivo koşullarındaki mikroçevre ve hücre-hücre etkileşimini oluşturmayı hedefleyen bir yöntemdir. Bu sayede in vitro koşullarda elde edilen veriler in vivo koşullara daha fazla benzerlik sağlayacağı düşünülmektedir. Yetişkinlerde gözlenen malign beyin tümörlerinden biri olan glioblastoma multiforme (GBM) IV Evre Astrositomdur. Cerrahi operasyon, kemoterapi ve radyoterapi tedavilerine rağmen sağ kalım oranı 12-15 aydır. Anti-psikotik bir ajan olan Tiyoridazin (THZ)' in yapılan çalışmalar doğrultusunda anti-kanser özelliği olduğu ortaya konmuştur. Buradan yola çıkarak monolayer ve sferoid hücre kültürlerinde karşılaştırmalı olarak THZ' nin GBM hücre hatları T98G ve U-87 MG üzerindeki sitotoksik etkileri ve tetiklediği ölüm mekanizmaları ortaya konulması amaçlanmıştır. Sferoid hücre kültürlerini oluşturmak amacıyla asılı damla yöntemi kullanılmıştır. THZ' nin monolayer ve sferoid kültürlerdeki sitotoksik etkisi MTT yöntemi ile ölçülmüştür. Ölüm mekanizmasının belirlenmesi amacıyla da Muse hücre analiz cihazıyla uyumlu testler ve ölüm yollarına spesifik inhibitörler kullanılmıştır. Monolayer ve sferoid hücre kültürlerine ayrı ayrı yapılan sitotoksisite deneyleri sonucunda IC50 değerleri sırasıyla 12,67 µM (monolayer T98G 24 saat), 29,30 µM (sferoid T98G 24 saat), 12,80 µM (monolayer U-87 MG 24 saat), 28,68 µM (sferoid U-87 MG 24 saat) olarak bulunmuştur. THZ' nin monolayer ve sferoid hücre kültürleri üzerindeki sitotoksik etkisinin otofaji mekanizması üzerinden tetiklendiği Muse hücre analiz yöntemi ve ölüm yoluna özgü inhibitörler aracılığıyla belirlenmiştir. Çalışmamızda THZ' nin hücresel etkisinin monolayer ve sferoid GBM kültürlerinde farklılık gösterdiği ilk kez ortaya konuldu. Bu çalışmanın bulguları ışığında ileride yapılacak in vitro sitotoksisite çalışmalarının sadece monolayer kültürlerde değil aynı zamanda in vivo' ya benzerliği açısından sferoid kültürlerde de yapılması önerilmektedir. Bununla birlikte, GBM hücre hatlarında THZ' nin sitotoksik etkisinin otofaji yolağı üzerinden etkili olduğunun tespit edilmiş olması bu ilacın, apoptozu uyaran kemoterapötiklere karşı dirençli olan GBM tedavisinde kullanılabilecek bir ajan olduğunun düşünülmesine neden olmaktadır. Anahtar kelimeler: Sferoid (3B) hücre kültürü, Monolayer (2B) hücre kültürü, Glioblastoma, Tiyoridazin, Sitotoksisite, Apoptozis, Otofaji.
TLR4 agonistinin M1, M2 makrofaj polarizasyonundaki rolünün belirlenerek hepatoselüler karsinomadaki immünoterapik etkilerinin araştırılması
Amaç: Hepatoselüler karsinoma (HSK) kansere bağlı ölümlerin en önemli nedenlerinden biridir. HSK hastalarına yönelik tedavi seçeneklerinin bulunabilirliği ve etkinliği sınırlıdır. Bu nedenle ileri evre HSK tedavisi için immünoterapi çalışmalarının sayısı her geçen gün artmaktadır. Bu çalışma ile TLR4 agonisti ile uyarılan HSK hücre kültüründen elde edilen solubl faktörlerin makrofaj polarizasyonuna etkilerinin araştırılarak HSK tedavisinde kullanılabilecek yeni immünoterapik hedeflerin ortaya çıkarılması amaçlanmıştır. Yöntem: TLR4 agonisti (Lipopolisakkarit, LPS) ile uyarılmış HuH7 hücrelerinden ve kontrol gruplarından elde edilen süpernatanlar THP1 hücre hatlarına verilerek makrofaj polarizasyonunun hangi yönde olacağı incelendi. M1 makrofaj için NOS2 ve M2 makrofaj için ARG1 genlerinin ekspresyonları RT-PCR yöntemi ile tespit edildi. Elde edilen sonuçlar istatistiksel analizler ile değerlendirildi. Bulgular: THP1 Kontrol ve THP1+HuH7 Süpernatan grupları karşılaştırıldığında HuH7 Süpernatanı ilave edilmiş THP1 hücrelerinde ARG1 ekspresyonun istatistiksel olarak anlamlı derecede artarken NOS2 ekspresyonunun istatistiksel olarak anlamlı derecede azaldığı tespit edildi. LPS ile indüklenmiş HuH7 Süpernatanı ilave edilmiş THP1 hücrelerinde (THP1 HuH7+LPS Süpernatan) ARG1 ve NOS2 ekspresyonun istatistiksel olarak anlamlı derecede arttığı tespit edildi. Sonuç: LPS'nin TLR4'ü uyararak tümör ortamının değişmesine ve bu değişikliğin de makofajların öldürücü şekli olan M1 makrofajlara dönüşmesine olanak sağladığını gördük. Makrofajlarda NOS2 ifadesinin artması tümöre karşı öldürücü özelliğin arttığını, tümör tarafından oluşturulan immün süpresif etkinin azalacağını gösterebilir. Hedefe yönelik tedaviler için TLR4'ün iyi bir aracı olduğunu düşünmekteyiz. Anahtar Kelimeler: Kanser, Karaciğer, Lipopolisakkarit, Makrofaj, Toll Like Reseptör.
Faktör II, faktör V Leiden ve MTHFR C677T mutasyonlarının tespitine yönelik multipleks real time PCR kit geliştirilmesi
Son yıllarda gelişen teknolojik ilerlemeler ile birlikte özellikle virus-bakteri tanısına yönelik testler başta olmak üzere, Real Time PCR metodu ile birçok mikroorganizma ve genetik hastalık tanıları kantitatif ve tam otomatize cihazlarla yapılabilir olmuştur.Mutasyona yönelik genetik ve mikrobiyolojik Real Time PCR test sistemleri ise genellikle Melting curve analiz temeline dayanan ve spesifik bilinen mutasyonu/mutasyonları hedeflemeyen random (rastlantısal) sistemlerdir. Ancak, bu mutasyon analiz sistemi, spesifik mutasyon/mutasyonlar bulunan gen bölgelerini tespit edemediği gibi, sanki mutasyon varmış gibi başka alanları analiz etmeleri nedeni ile, güvenilir testler sınıfında kabul edilmemektedir.Temeldeki bu dezavantajı sebebi ile melting curve? analizine dayanan mutasyon tespitine yönelik Real Time PCR test sistemi dünyada yaygın kullanım alanı bulamamaktadır. Ayrıca, mutasyon analizi için RFLP ve DNA dizi analizi yönteminden başka güvenilir yöntemler olmaması nedeni ile TaqMan ve Scorpion prob kullanan Real Time PCR sistemindeki yeni uygulamaya sokulacak olan bu yöntem çok önem kazanmaktadır.Test sistemi temel olarak, TaqMan ve/veya Scorpion primer-problarının kullanıldığı ve herhangi bir örnekte bulunan bildiğimiz-hedeflediğimiz spesifik DNA dizisinin/nükleotidinin tespit edilmesini hızlı ve güvenilir bir biçimde multipleks olarak sağlayacaktır.Proje; yukarıda çerçevesi çizilen ana hatlar ile ülkemizde yeni teknolojiler geliştirerek, biyoteknoloji alanında know how kazandıracaktır.
Sıçanlarda doğum zamanını belirlemek için serviks Matriks Metalloproteinaz-2 (MMP-2), Matriks Metalloproteinaz-8 (MMP-8) ve matriks metalloproteinaz doku inhibitörü-1 (TIMP-1) enzimlerinin gen ekspresyonlarının topografik olarak QF-PCR ile incelenmesi
Doğumun zamanında gerçekleşmesi, gebelik sürecinde üreme sistemindeki bütün organlarda meydana gelen fizyolojik değişimlerin normal sürecinde ve koordinasyonlu ilerlemesiyle olmaktadır. Bu fizyolojik değişimlerin anormal gelişmesi preterm veya postterm doğumların meydana gelmesi ile sonuçlanabilmektedir. Serviks, doğuma dek kapalı kalarak fetüsün anne rahminde tutulmasına destek olurken, aynı zamanda doğumun gerçekleşebilmesi için yeniden şekillenme süreci geçirmelidir. Serviks dokusu, hücrelerden ve daha çok bağ doku elemanlarından oluşan heterojen yapıdadır. Servikal ekstraselüler matrikste (ESM) en çok bulunan protein olan kolajenin gebelik süresince metabolik aktivitesinin anlaşılması doğum zamanının belirlenmesinde önemli olduğu düşünülmektedir. Bu çalışmada daha önce deneye girmemiş ve çiftleşmemiş, 90 günlük, ortalama ağırlıkları 200-250g olan Rattus norvecigus türü, wistar albino cinsi, 10 adet gebeliğin 15. gününde, 10 adet gebeliğin 20. gününde olmak üzere toplamda 20 adet sıçan kullanılmıştır. Elde edilen serviks örneklerinin bölgesel olarak araştırmak üzere her örnek Portio Vaginalis ve Portio Supravaginalis bölgelerine ayrılarak deney grupları oluşturuldu. Her örneğin, MMP-2, MMP-8, TIMP-1 ve ACTB genlerinin ekpresyon düzeyleri QF-PCR ile belirlenerek istatiksel analizi yapıldı. Sonuç olarak, MMP-2 gen ekspresyon seviyesi 15. gün Portio Vaginalis bölgesine kıyasla, 20. gün Portio Vaginalis bölgesinde 4,63 kat artarak istatiksel olarak anlamlı bulunmuştur (p=0,024). Bu çalışmadan elde edilen bulgular gebelik sürecinde MMP-2 geninin servikal yeniden şekillenme sürecinde önemli bir rol oynayabileceğini göstermektedir.
Fenretinide molekülünün anjiyogenez ile ilişkili mikroRNA'lar üzerindeki etkisinin araştırılması
Anjiyogenez çeşitli fizyolojik ve patolojik koşullarda rol oynayan yeni damar oluşum prosesidir. Bu süreç organizmadaki pro-anjiyogenik ve anti-anjiyogenik mediatörler arasındaki denge ile kontrol edilmektedir. Solid tümörün büyümesi ve metastazı için anjiyogeneze ihtiyaç duyulmaktadır. Bu nedenle, kanserlerde anti-anjiyogenik tedavi yaklaşımı ilgi çekici bir seçenek olarak görülmektedir. Fenretinide sentetik bir retinoik asit analoğu olup anjiyogeneze karşı etkileri birkaç çalışmada bildirilmesine rağmen moleküler mekanizmasının aydınlatılması yönünde eksikler bulunmaktadır. Bu nedenle, bu çalışmada fenretinide molekülünün anjiyogenez ile ilişkili bazı miRNA'lar ve CDH5, FOXM1 ve eNOS genleri üzerindeki etkilerini araştırmak amaçlanmıştır. Ayrıca bu molekülün HUVEC hücre proliferasyonuna, hücre migrasyonuna ve kapiller benzeri tüp oluşumuna etkileri gösterilmiştir. Çalışmamızda 24 ve 48 saatlik sürelerde hücrelere uygulanan fenretinide molekülünün doza bağlı olarak hücre proliferasyonunu, hücre migrasyonunu ve tüp oluşumunu baskıladığı görülmüştür. Fenretinide'nin miRNA'lar ve belirtilen genler üzerine etkilerini incelemek için, 1 µM ve 5 µM konsantrasyonlar ile muamele edilen hücrelerden total RNA izolasyonu yapıldı. Bu RNA'lar ile gerçekleştirilen eş zamanlı PCR analizi sonucunda, miR-10b'nin anlamlı olarak azaldığı, miR-126'nın ise arttığı tespit edilmiştir. Ayrıca, çalışmamızda fenretinide ile muamele edilen endotel hücrelerinde CDH5, FOXM1 ve eNOS genlerinin seviyelerinde anlamlı bir düşüş olduğu görülmüştür. Yaptığımız bu çalışma, fenretinide molekülünün anjiyogenez üzerine gösterdiği baskılacıyıcı rollerinin moleküler mekanizmasını aydınlatmak için literatüre destek olabilecektir.
Trachystemon orientalis (L.) G. don bitkisinin gastrointestinal sistem kanser hücreleri üzerine etkisinin araştırılması
Bu çalışmada, Düzce'de yetişen Trachystemon orientalis (L.) G. Don bitkisinin gastrointestinal sistem kanser hücreleri üzerine etkinliği araştırılmıştır. Bu kapsamda, antikanser etkinliği HCT-116 kolon kanseri, HepG2 hepatoselüler karsinom hücrelerinde ve AGS mide kanseri hücre hatlarında çalışılmıştır. Kanser hücrelerinin antiproliferasyon düzeyi WST-1 kiti ile incelenmiş olup anlamlı sonuçlar elde edilmiştir. Apoptozun önemli bir ölçütü olan Kaspaz aktivasyonu ise Kaspaz 3, Kaspaz 8, Kaspaz 9 Elisa kitleri ile belirlenmiştir. Antiproliferasyon düzeylerindeki değişimler ve Kaspaz aktivitelerindeki artışlar göze alındığında Trachystemon orientalis'in potansiyel olarak kanser araştırmalarında kullanılabilecek bir bitki olduğu gözlemlenmiştir. Hepatoselüler karsinom ve kolorektal kanser hücrelerine nazaran AGS mide kanseri hücrelerinde antiproliferasyon seviyeleri ve özellikle kaspaz 8 aktivasyon seviyeleri arasında farklar görünmüştür. Trachystemon orientalis'in mide kanseri üzerine etkileri detaylıca araştırılmalıdır. Bulunan sonuçların daha fazla gözlem ve deney ile desteklenmesi gerekmektedir.
Kolorektal kanser hücrelerinde LNCRNA MEG3'ün CDKN2A ve hedef genleri üzerindeki etkisi
Kolorektal kanser (KRK) uzun yıllardır tüm dünyada önemli bir sağlık sorunu olmaya devam etmektedir. Uzun kodlanmayan RNA'lar (lncRNAs), 200 nükleotidten daha uzun olan ve genellikle bir proteine çevrilmeyen RNA molekülleridir. Son yıllarda yapılan çalışmalar çeşitli lncRNA'ların KRK oluşumu ve metastazında önemli rollere sahip olduğunu göstermiştir. Bu çalışmanın amacı, KRK'de henüz tam olarak işlevleri aydınlatılamamış olan lncRNA MEG3 ve izoformu MEG3b'nin, hücre döngüsü kontrolünde kilit rol oynayan CDKN2A'nın ve hedeflerinin üzerindeki rolünü değerlendirmektir. Bu amaç doğrultusunda kolon dokusu ve HCT-116 ve HT-29 KRK hücre hatlarında lncRNA MEG3'ün ve olası hedef genlerinin ekspresyon seviyeleri qRT-PCR yöntemi ile belirlenmiştir. KRK hücrelerinde MEG3 ekspresyonunun düşük olduğu tespit edilmiştir. Bu hücre hatlarında MEG3 ekspresyonunu arttırmak için hücreler plazmid ile transfekte edilmiştir. KRK hücre hatlarında, MEG3 ve MEG3b tarafından hedeflenen CDKN2A ilişkili düzenlemeyi tespit edebilmek için, CDKN2A ve hedefi olan 17 genin ifade düzeyleri MEG3 ve MEG3b transfeksiyonundan önce ve sonrasında qRT-PCR yöntemiyle belirlenmiştir. Transfeksiyon sonrasında MEG3 overekspresyonu 17 hedef genden 14'ünde, MEG3b overekspresyonu ise 17 genden 15'inde anlamlı değişime yol açmıştır (p0.05). Bununla beraber MEG3 ve MEG3b transfeksiyonu HT-29 hücre hattında CDKN2A'nın ekspresyonunu anlamlı düzeyde arttırmıştır (p0.05). Ayrıca transfeksiyon sonrasında KRK hücrelerinde MTT ile hücre proliferasyonu; yara iyileştirme deneyi ile migrasyon; koloni oluşum deneyi ile koloni oluşturabilme yeteneği tayin edilmiştir. MEG3 ve MEG3b'nin KRK hücrelerindeki aşırı ekspresyonu, kontrol ve boş plazmide kıyasla migrasyon, hücre proliferasyonu ve koloni oluşturabilme yeteneğini anlamlı düzeyde baskılamıştır (p0.05). Elde ettiğimiz bu veriler literatürde lncRNA MEG3 ile CDKN2A hedef genleri arasındaki ilişkiyi ilk defa ortaya çıkarmaktadır. Bu nedenle yaptığımız çalışma lncRNA MEG3 ile CDKN2A arasındaki moleküler etkileşimin tanımlanmasına katkı sağlayabilecektir.
Prostat kanserinde LNCRNA MEG3'ün RB1 ile ilişkili genler üzerindeki rolü
Prostat kanseri, dünya çapında erkeklerde kansere bağlı ölümlerin ikinci önde gelen nedeni olarak sıralanan heterojen bir hastalıktır. Prostat kanserinin ilerlemesi diğer kanser türlerine göre nispeten daha yavaştır. Ancak yine de erkeklerde kansere bağlı ölümlerin %10'undan fazlasını oluşturmaktadır. Bu nedenle, prostat kanserinin gelişmesindeki temel moleküler mekanizmaların kapsamlı bir şekilde anlaşılması, etkili tedavi stratejilerinin geliştirilmesine yardımcı olabilir. Yapılan son çalışmalar uzun kodlamayan RNA'ların (lncRNA'lar) prostat kanseri patogenezinin anlaşılmasında yeni bakış açıları sağladığını göstermiştir. MEG3 (Maternally Expressed Gene 3) tümör baskılayıcı bir lncRNA'dır ve MEG3b dahil 12 farklı izoformu vardır. RB1 (Retinoblastoma Transcriptional Corepressor 1), kodladığı protein prostat kanseri dahil birçok kanserde fonksiyonsuz olan ve DNMT1 (DNA Metil Transferaz 1) ifadesini etkileyerek MEG3 ifadesini değiştirebilen başka bir tümör baskılayıcı gendir. Hem MEG3 hem de RB1, ana hücresel süreçlerde rol oynar ve p53, Mdm2 gibi bazı ortak hedefleri paylaşırlar. Çalışmamızda 30 farklı kanser ve normal hücre hattı ile 20 farklı tipte normal insan dokusu kullanılarak MEG3 gen ifade profillemesi yapılmıştır. MEG3 gen ifadesinin kanser hücrelerinde düşük olduğu görülmüştür. Gen ifadesinin en düşük olduğu PC-3 ve DU 145 prostat kanser hücrelerinde plazmid transfeksiyonuyla MEG3 ve MEG3b ifadesinin artırılması sağlanmıştır. Artan MEG3 ve MEG3b ifadesi, prostat kanser hücrelerinin çoğalmasını, koloni oluşumunu ve göçünü baskılarken RB1 ve hedeflerinin de ifadesini değiştirmiştir.
Yüksek yağlı diyetle beslenen farelerde tarhananın serum lipit profili üzerine etkisi
Fermente gıdalar ve içecekle tarih boyunca insan diyetinin önemli bir parçası olmuşlardır. İçeriklerinde bulunan çeşitli probiyotik mikroorganizmalar (laktik asit bakterileri, maya), anti-oksidan bileşikler anti-mikrobiyal bileşikler, diyetsel lif ve çeşitli biyoaktif bileşenlerle sağlık üzerine yararlı etkilere sahiplerdir. Tarhana geleneksel fermente bir Türk gıdasıdır. Bu çalışmada yüksek yağlı diyetle beslenen farelerde tarhananın vücut ağırlığı, epididimal yağ ağırlığı, lipit profili (total kolesterol,HDL kolesterol, LDL kolesterol, trigliserit) ve glukoz seviyesi üzerine etkisi incelenmiştir. BALB/c suşu erkek fareler; kontrol grubu (n=10), Yüksek yağlı diyet (YYD) (n=10) ve tarhana+YYD (n=10) olmak üzere 3 gruba ayrılmışlardır. Kontrol grubuna standart pelet yem, YYD grubuna %60 yağ içeriğine sahip yüksek yağlı yem, diğer gruba da yüksek yağlı yeme ilaveten oral gavajla 0.3ml tarhana verilerek 8 hafta süresince beslenmişlerdir. Deneyin sonucunda grupların vücut ağırlık kazanımları arasında anlamlı bir fark bulunamamıştır (p>0.05). Grupların epididimal yağ ağırlıkları arasında anlamlı bir fark bulunmuştur (p<0.05). Tarhana+ YYD grubunun YYD grubundan daha düşük epididimal yağ ağırlığına sahip olduğu görülmüştür. Grupların serum glukoz değerleri arasında anlamlı bir fark bulunmuştur (p<0.05). Tarhana +YYD grubunun glukoz değeri YYD grubundan anlamlı derecede düşük bulunmuştur. Grupların lipit profili arasında anlamlı bir fark bulunmuştur (p<0.05). Lipit profil sonuçlarında gruplar arasında en belirgin fark total kolesterol seviyesinde görülmüştür. Tarhana+YYD grubu YYD grubundan anlamlı derecede düşük total kolesterol seviyesine sahiptir. Sonuç olarak tarhananın epididimal yağ dokusu, serum lipit seviyeleri ve serum glukoz seviyeleri üzerine olan olumlu etkileri tarhananın diyete eklenmesi halinde başta koroner arter hastalığı ve diabetes mellitus olmak üzere birçok metabolik hastalıkta yararlı olabileceği kanaatine varıldı.
Çeşitli kanser hücre dizilerinde CCT3 genini hedef alan miRNA'ların terapötik etkilerinin araştırılması
Moleküler şaperon proteinleri ve hatalı protein katlanması kanser patogenezinde kritik bir rol oynamaktadır. Ökaryotik şaperonların sekiz alt ünitesinden biri olan CCT3, hücre bölünmesi, proliferasyon ve apoptozis yolağında görevli proteinlerin doğru katlanmasını katalizler. Ayrıca, CCT3 ifadesi karsinogenez ile uyumlu bir biçimde artmaktadır. Bununla birlikte, CCT3'ün kanserleşme sürecine nasıl etki ettiği henüz bilinmemektedir. Bu çalışmada, CCT3'ün apoptotik yolaklar ve hücre stresörleri ile arasındaki mekanistik ve fonksiyonel ilişki araştırılmıştır. İlk olarak, 16 farklı hücre hattının CCT3 gen ekspresyonu seviyeleri belirlenmiş ve CCT3 ifadesinin CRL-2329 ve PC-3 hücre hatlarında anlamlı olarak arttığı bulunmuştur. Daha sonra, miR-24-3p, miR-128-3p ve miR-149-5p mimikleri aracılığı ile CRL-2329 ve PC-3 hücre hatlarının CCT3 gen ekspresyonu baskılanmış ve acridin orange/ethidium bromide (AO/EB) ve AnnexinV/PI boyaması, hücre döngüsü ve mitokondri membran potansiyeli (MMP) analizi, hücre içi reaktif oksijen seviyesi (ROS) ölçümü ve apoptotik modülatör gen ekspresyon analizleri ile hücrelerin CCT3 baskılanmasına karşılık gelişen apoptotik yanıtlar ölçülmüştür. CCT3'ün baskılanmasından sonra, hücre döngüsünün G0/G1 fazında tutulduğu, MMP'nin bozulduğu ve hücre içi ROS seviyesinin arttığı görülmüştür. Bu apoptotik akış işaretleri morfolojik görüntülerle, apoptotik genlerin (FADD, CAS8, CAS3, P53, BAX, BCL-2, NOXA, CAS9, APAF1 ve CYCS) istatistiksel olarak artan ifadeleri ile ve hücre içi serbest amino asit profilindeki değişimlerle doğrulanmıştır. Çarpıcı bir şekilde, CCT3'ün baskılanması, enerji metabolizmasında rol alan glutamin, beta-alanin, glisin, serin, asparagin ve sarkozin aminoasit seviyelerinde değişikliğe yol açmıştır. Sonuç olarak, CCT3'ün miRNA mimik transfeksiyonu ile baskılanması, hücre içi ROS homeostazını ve enerji metabolizmasındaki serbest aminoasit profilini değiştirerek apoptozisi tetiklemiştir. Birlikte ele alındığında, CCT3'ün miRNA-aracılı baskılanmasının, ROS-aracılı geleneksel hücre toksisitesi yaklaşımının yanında enerji yoksunluğu etkisiyle "ikili terapötik strateji" sağlayabileceği ön görülmektedir.
Peynir ve insan örneklerinden elde edilen lactobacillus cinsi bakterilerin antibiyotik dirençliliklerinin araştırılması
PEYNİR ve HASTA ÖRNEKLERİNDEN ELDE EDİLEN LACTOBACILLUS CİNSİ BAKTERİLERİN ANTİBİYOTİK DİRENÇLİLİKLERİNİN ARAŞTIRILMASI Arş. Gör. Bülent GÖGEBAKAN Yüksek Lisans Tezi Gaziantep Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü Tıbbi Biyoloji Anabilim Dalı Tez Yöneticisi: Yrd. Doç Dr. Osman ÇATALOLUK Aralık 2003, 65 sayfa ÖZET Süt ürünlerinde ve insanda bulunan ve Laktik Asit Bakterileri (LAB) ailesinin bir üyesi olan Lactobacillus türü bakterilerde erm (ermA, ermB, ermC, erm, ermGT), tetM, cat-TC ve van (van A, H, R, S, X, Y, Z, van B, X, Y, Z) antibiyotik direnç genlerinin varlığı PZT yöntemi kullanılarak araştırıldı. Bu amaçla, 14 ağız, 32 dışkı, 36 vajina olmak üzere toplam 82 insan kökenli örnek ve 20 ticari, 50 yerel peynir, 10 yoğurt, 1 ağız sütü, 15 çökelek ve 15 tereyağı olmak üzere 111 süt kökenli örnek kullanıldı. MRS sıvı (broth) ve MRS katı (agar) besiyerlerinde üretilen örneklere Gram boyama ve mikroskopi uygulanarak morfolojik çeşitliliklerine göre ağarda seyreltme yöntemiyle ortalama her örnekten 4 tek koloni alınarak tekrar MRS ağara ekimi yapıldı. Sıvı besi yerinde, ağara ilk ekimde üreyen bakterilerin ve tek koloni bakterilerinin DNA' lan bütün olarak (total DNA isolation) elde edildi, erm (ermA, ermB, ermC, erm, ermGT), tetM, cat-TC ve van (van A, H, R, S, X, Y, Z, van B, X, Y, Z) genlerine özgün primerler kullanılarak yapılan çalışmalar sonucunda ağız kökenli örneklerin % 68'inde, dışkı örneklerinin % 75'inde ve vajinal örneklerin % 80'inde ermB ve/veya tetM genlerine rastlandı. Buna karşılık süt kökenli örneklerin % 18'inde ermB ve/veya tetM genlerine rastlanılmıştır. Hiç bir örnektevan ve cat-TC genlerine rastlanmamıştır. Ayrıca ham sütte, tereyağda, ve ağız sütünde hiçbir direnç genine rastlanılmamıştır. erniB ve/veya tetM genlerine yoğunlukla insan kökenli numunelerde rastlanılmış süt ve süt ürünlerinden sadece yerel peynirlerde, ticari peynirde ve yoğurtta rastlanılmıştır. Örneklerde yapılan tiplendirme çalışmalarında Lactobacillus (L.) acidophilus (48), L. casei (5), L. plantarum (44), L. rhamnosus (33), L. jonsonii (13), türleri bulunurken L. delbrueckii, L. zeae, L. reuteri, ve L. sharpeae türlerine hiç bir örnekte rastlanılmadı. Her bir tür üzerinde yapılan PZT çalışmaları ile direnç taşıyan tür profilleri elde edilmiştir. Sonuç olarak süt ürünlerinde antibiyotik dirençliliğin pek büyük bir çapta olmamakla birlikte önlem alınması gereken boyutlarda olduğu anlaşılmaktadır. Ağız, dışkı ve vajinal florada bulunan laktobasillerin baskın bir biçimde direnç genlerine sahip olması dirençliliğin sindirim sistemi içinde elde edildiğine veya edilebileceğine işaret etmektedir. Anahtar Kelimeler: Lactobacillus, ermB, van, tetM, ve cat-TC direnci, PZT, moleküler tiplendirme
Mesane kanserlerinde kromozom 13q33-34 bölgesinin mikrosatellit haritalaması, ING1 geninin mutasyon analizi ve gen ifade düzeyinin araştırılması
Ülkemizde mesane kanseri sık kar?ıla?ılan kanserler arasında üçüncüdür. Kanser çe?itli genetik ve epigenetik deği?ikliklerin hücrede birikmesiyle ortaya çıkmaktadır. Bu genetik deği?iklikler onkogenlerin etkinliğinde artı?a veya tümör baskılayıcı genlerin etkinliğinde azalmaya neden olabilir. Tümör baskılayıcı genlerin kaybı veya etkinliğinin bozulması tümör olu?umuna yol açabilmektedir. ING ailesi genlerinin çe?itli kanser tiplerinde önemli rol alan tümör baskılayıcı genler olduğu bilinmektedir. Bu çalı?mada mesane kanseri 30 hastadan alınan normal ve tümörlü dokular kullanılarak, kromozom 13q33-34 bölgesinde mikrokayıp analizi, ING1 geni ifade analizi ve ING1 geninde dizin analizi ile mutasyon taraması gerçekle?tirilmi?tir. Yanısıra ING1 geninin özendirici bölgesi hakkında bilgi bulunmadığı için TFSEARCH ve Genomatix-MatInspector gibi çevrimiçi programlarla buraya bağlanan transkripsiyon faktörleri ara?tırılmı?tır. 13q33-34 bölgesi için seçilen DS belirleyiciler D13S285, D13S1315, D13S796, D13S278, D13S158 ve D13S779?dur. Elde edilen heterozigotluk kaybı oranları ise sırası ile %23.3, %20, %6.7, %3.3, %6.7 ve %0 ?eklindedir. En fazla heterozigotluk kaybı ING1 genini çevreleyen D13S285 ve D13S1315?te gözlenmi?tir. Gen ifade analizleri neticesinde ise 30 hastadan 7?sinin ING1 gen ifadesinde deği?iklik gözlenmi?tir. Fakat dizin analizi yöntemiyle incelenen ING1 geninin ekzonlarında mutasyona rastlanmamı?tır. Deği?ik kanser tiplerinin baskılanmasında rol alan ING1 geninin mesane kanserinde önemli bir tümör baskılayıcı gen olmadığı görülmektedir. Heterozigotluk kaybı bulgularından yola çıkarak mesane kanserinde 13q33-34 bölgesinin farklı ?aday? tümör baskılayıcı gen veya genler barındırdığı dü?ünülebilir. ??levsel özellikleri dikkate alındığında bu genlerin COL4A1, COL4A2 veya SOX1 olabileceği söylenebilir. Transkripsiyon faktörü analizleri ise ING1 geni özendirici bölgesine bağlanan faktörlerden bazılarının, ING1 i?levi ile ili?kili olabilecek, c-Rel, c-Ets gibi çe?itli faktörler olduğunu göstermi?tir. ING1 özendirici bölgesinin moleküler açıdan incelenmesinin gerekliliği görülmektedir.
Esrar bağımlılarında nöropeptid Y (NPY) geni analizi
Madde bağımlılığı çevresel ve genetik faktörlere bağlı olarak gelişen kompleks vemultifaktöriyel bir hastalıktır. Bu maddelerden biri olan esrar en sık kullanılan yasadışımaddedir. Araştırmamıza konu olan nöropeptid Y molekülü (NPY) 36 amino asittenoluşan bir nörotransmitterdir ve birçok fizyolojik olayın kontrolünde görev almaktadır.Bu araştırmada NPY geninde amino asit değişikliğine neden olan T1128C nükleotitdeğişiminin esrar bağımlılığına yatkınlıktaki rolünün ve bu nükleotid değişimininTürkiye'de sağlıklı bireylerde genotip dağılımı ve allel sıklıklarının belirlenmesiamaçlanmıştır. Bu doğrultuda planlanmış olan çalışmada 139 esrar bağımlısı ve sağlıklı100 bireyde NPY geni T1128C nükleotit değişimi polimeraz zincir reaksiyonu verestriksiyon parça uzunluk polimorfizmi (PCR-RFLP) yöntemi kullanılarak analizedilmiştir. NPY geni T1128C nükleotid değişiminin genotip dağılımları ve allelsıklıkları esrar bağımlılarında % 95, % 5 ve % 0; T=0.975, C=0.025, kontrol grubunda% 95, % 5 ve % 0; T=0.975, C=0.025 olarak bulunmuştur. Elde edilen sonuçlarda esrarbağımlılarında sağlıklı kontrol grubundan istatistiksel olarak anlamlı bir farklılıkolmadığı saptanmıştır (p>0.05). Hardy-Weinberg dengesine (HWE) göre genotipdağılımı ve allel sıklığının beklenen değeri ile gözlenen değerler arasında farklılıkolmadığı belirlenmiştir (HWE esrar bağımlısı p=760, HWE kontrol p=0.797). Sağlıklıkontrol bireylerinin allel sıklıkları diğer toplumlarla karşılaştırıldığında ise; Çin,Almanya, Brezilya, İsveç, Finlandiya, Amerika'da yaşayan Avrupalı ve Afrikalıtoplumlar ile uyumlu olduğu (p>0.05), buna karşın Japonya ile benzerlik göstermediğisaptanmıştır (p=0.022). Sonuç olarak; bu çalışmada esrar bağımlılığına yatkınlıkta NPYgeni T1128C nükleotid değişiminin etkisinin olmadığı saptanmıştır. Bu durumda NPYgeni reseptörlerinin etkisinin araştırılması gerektiği ve ayrıca bağımlılık genetiğindediğer moleküllere yönelmek bakımından sonraki araştırmalara ışık tutabileceğidüşünülmektedir.Anahtar Kelimeler: Esrar bağımlılığı, Nöropeptid Y, T1128C nükleotit değişimi
Dizel Egzoz Parçacıklarının (DEP) solunum yolu epitel hücrelerinin çoğalımını ve ölümünü düzenleyen proteinlerin gen ifadesi ve bu hücrelerden inflamatuar sitokin salınımına etkisi
Kentsel alanlarda havada uçuşan partiküler maddenin çok önemli bir kısmını dizel yakıtlarının yanması ile dışarıya salınan dizel egzoz partikülleri (DEP) oluşturmaktadır. DEP'e maruziyetle, kronik obstrüktif akciğer hastalığı (KOAH), şiddetli astım, solunum enfeksiyonlarına hassasiyetin artması ve pulmoner inflamasyonlar gibi çok ciddi sağlık problemleri arasında yakından ilişki vardır. Bununla birlikte DEP'e bağlı oluşan akciğer hastalıklarının mekanizması tam olarak açıklanamamıştır. Bu çalışmada DEP'in insan primer bronş epitel hücreleri ve akciğer alveol hücre dizileri olan A549 hücrelerinin hücre döngüsü ve apoptozisini düzenleyen genlerin mRNA ekspresyon seviyelerine olan etkisi araştırılmıştır. KOAH'lı, sigara içen ve sigara içmeyen hastalardan elde edilen primer bronş epitel hücrelerine; Serumsuz kültür vasatı, 10 ? g/ml DEP ve 100 ? g/ml DEP olmak üzere üç farklı çalışma grubu maruz bırakılmıştır. Akciğer alveol hücre dizileri olan A549 hücreleri serumsuz kültür vasatı, serumlu kültür vasatı (%10FCS) ve 50 ? g/ml DEP'e maruz bırakılmıştır. Ayrıca 5O ? g/ml DEP varlığında JNK ve ERK inhibitörleri (10 ?M, 33 ?M,) ve n-asetil sistein ( NAC33 mM) içeren çalışma grupları eklenerek bu maddelerin DEP'in etkilerini nasıl etkileyeceği de araştırılmıştır. Bu hücrelerden elde edilen cDNA örnekleri ile bu hücrelerdeki hücre döngüsü ve apoptozisini düzenleyen siklinE, siklin bağımlı kinaz2, siklin-siklin bağımlı kinaz inhibitörü P21, transkripsiyon faktörü NF-?B, proto onkogen c-MYC, MAPK yolağı düzenleyicileri Jnk2 ve Erk2 genlerinin mRNA ekspresyon seviyeleri RT-PCR yöntemiyle çalışılmıştır. Ayrıca hücrelerin DEP maruziyeti sonrasında enzyme linked immunosorbent assay (ELISA) yöntemi ile interlökin (IL)-8 ve granulosit makrofaj koloni stimule edici faktör (GM-CSF) salınımı araştırılmıştır. Çalışma sonucunda DEP'in insan primer bronş epitel hücreleri ve akciğer alveol hücre dizileri olan A549 hücrelerinin hücre döngüsü ve apoptozisini düzenleyen genlerin mRNA ekspresyon seviyelerinde önemli değişiklikler meydana getirebileceğini destekleyen sonuçlar bulunmuştur.
Pankreas kanserli hastalarda kaspaz 10 geninin analizi ve cDNA seviyesinde gen ifade düzeyinin incelenmesi
Pankreas kanseri, ölüm oranı en yüksek olan kanser tiplerinden biridir. 5 yıllık sağ kalım oranı %5'den azdır. Pankreas kanserinde kazanılmış veya kalıtılmış gen mutasyonları vardır. K-ras onkojeninin tetiklenmesi ile beraber tümör baskılayıcı genlerin (p53, DPC4, p16 ve BRCA2) etkinliğinin kaldırılması pankreas kanseri gelişiminde önemlidir. Hücrenin işlevsel farklılaşmış halde kalması, yaşlanma sonunda ölüme gitmesi veya farklılaşmış hücrenin hücre döngüsüne girerek çoğalma seyri p53 tarafından kontrol edilir. Özellikle farklılaşmış hücrenin değişen ortamı sebebiyle (bazı gen ürünlerinin gereğinden fazla sentezlenmesi veya ortamda bulunması gibi) normal olmayan bir durum sözkonusu ise hücre döngüsü p53 gen ifadesi artar ve hücre döngüsü duraksatılmaya çalışılır. Pankreas kanserinde tümör baskılayıcı geni p53'ün %50'den fazla mutasyona uğradığı sıkça rapor edilmiştir. Pankreas kanserinde %10-20 oranında ailesel bir geçis olduğu tahmin edilmektedir. p53 hücre dışı uyarımlı apoptotik yolağı Fas, DR5 ve PERP gibi zarlararası proteinlerinin genlerini tetikleyerek işlevsel hale getirir, hücre içi apoptotik yolakta mitokondriya ile ilşkili olup, proapoptotik ve antiapoptotik genleri sırasıyla işlevsel hale getirir veya çalıştırır. Hücre dışı ve hücre içi programlı hücre ölümünde etkin rol alan kaspazlar büyük bir proteaz enzim ailesidir. Başlatıcı kaspazlardan olan Kaspaz 10 proapoptotik hücre dışı uyarı ile yolaktaki diğer kaspaz üyelerinin işlevsel hale gelmesini sağlar. Kaspaz 10 zarlararası almaçları veya sitotoksik etkiye sahip maddeler ile etkileşerek etkin hale geçerler. Pankreas kanserinde 2q33 kromozom bölgesinde bulunan caspase 10'un mRNA genomik yapısı ve gen ifade seviyesi belirlenmiş ve kanser gelişimi arasındaki olası ilişki ortaya konulmaya çalışılmıştır.
Böbrek taşı hastalıklarında bikunin gen çok yapılılığı ve mutasyon taraması
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
Toll benzeri alıcı proteinlerinden tlr-2 (arg677trp) ve tlr-4(asp299gly ve thr399ıle) geni üzerindeki mutasyonların behçet hastalığı ile ilişkisi ve sıklıkları
Behçet hastalığı nedeni tam olarak anlasılamamıs, ağız yaraları, genital bölge ülserleri, eritema nodozum, ve buna eslik eden üveitle karakterize edilen kronik iltihabı bir hastalıktır. Hastalığı bir bakterinin veya bir virüsün tetiklediği düsünülmektedir. Toll benzeri alıcı proteinlerin fonksiyonların anlasılmasıyla beraber doğustan gelen immun sistemin bakteri ve virüs antijenlerini toll benzeri alıcı proteinlerle algıladığı ortaya çıkmıstır. Toll benzeri alıcı proteinlerin bu bakteri ve virus antijenlerini tanımasıyla baslayan sinyal iletim mekanizması doğustan gelen immün cevabı uyaran genlerin ifade edilmesini sağlar. Öte taraftan bu uyarı iletim sitemindeki bir bozukluk asırı immün cevabın olusmasına ve immun cevabın olusmamasına neden olabilmekde ve buda Behçet hastalığının etyolojisinde rol oynayabilmektedir. Bu arastırmanın amacı Toll benzeri alıcı proteinlerde olan mutasyonların Behçet hastalığıdaki önemini arastırmaktır. Bu nedenle TLR 2 ve TLR 4 üzerinde bulunan TLR2 Arg677Trp, TLR4 (Asp299Gly , THR399Ile) mutasyonlarının Behçet Hastalığı ile iliskisi ve mutasyonların Behçet hastalarında sıklığını kontrol etmek için bu mutasyonları içeren gen bölgeleri Polimeraz zincir reaksiyonu ile çoğaltılmıs ve bu çağaltılan bölgeler Restriktion enzimi uzunluk polimorfizmleri yöntemi ile kontrol edilmistir. Herhangi bir mutasyona rastlanmamasına rağmen THR399Ile için çoğaltılan bölgede hasta ve kontrol grubunda hem uzun(124 bç) hem kısa allele rastlanmıstır. Bu kısa allelin aranılan mutasyonla iliskisi yoktur fakat daha önce böyle bir durum rapor edilmediği için bu kısa allelin sekans analizi yapılması gerekmektedir.
Matriks GLA protein (MGP) gen çok yapılılığının böbrek taşı hastalarında araştırılması
Taş oluşumu; kristal çekirdekleşmesi, büyüme, kümelenme ve böbrek epiteline tutunma aşamalarından oluşan bir işleyiştir. İdrar bu süreci değiştiren ve böbreği taş oluşumuna karşı koruyan çeşitli makromolekülleri ihtiva etmektedir. Bunlardan matriks Gla protein (MGP) doku kalsifikasyonunun önlenmesinde oldukça etkin olduğu ve taş oluşumunun da önleyicisi olabileceği düşünülmektedir. Matriks Gla Protein geninin yapısal ve özendirici gen bölgelerinde saptanan nükleotid değişimlerinin taş hastası ve normal bireyler arasındaki dağılımının taş oluşumu ile ilişkisinin belirlenmesi için bu çalışma planlanmıştır. Klinik olarak böbrek taşı oluşturduğu tespit edilen, ailesel hikâyeye sahip 88, kendiliğinden taş oluşumu gözlenen 111 böbrek taşı hastası ile 94 sağlıklı bireyden DNA analizi yapmak amacıyla kan örneği alındı. Elde edilen DNA'lar, MGP geninin kodlayıcı ve özendirici (promoter) bölgesindeki çeşitli nükleotid değişimlerini kapsayan, 3 çift primer seti kullanılarak Polimeraz Zincir Tepkimesi'ne (PZT) tabi tutuldu. Çoğaltılan gen bölgeleri RFLP yöntemi ile gen çokyapılılığı (polymorphism) yönünden analiz edildi. MGP geni özendirici bölgesinde yer alan T-138C ve G-7A değişimi ile genin 4. ekzonunda rastlanan Thr83Ala değişiminin incelendiği çalışmamızda her 3 gen çokyapılılığının da gruplar arasındaki dağılımları belirlenmiştir. Yapılan ki-kare analizlerinde her 3 bölge için gruplar arasındaki dağılımda anlamlı bir fark görülmemiştir. Hardy-Weinberg eşitliğine uygunluğu açısından değerlendirilen her 3 nükleotid değişiminde G-7A normal bir dağılım sergilerken diğer iki değişimin (T-138C, Thr83Ala) sapma gösterdiği belirlenmiştir. Bunlardan Thr83Ala için hasta grubunda farklı bir dağılım görülürken, T-138C için hem hasta hem kontrol grubunda sapma gözlenmiştir. Ayrıca yapılan haplotip analizleri T-A-Thr ve C-A-Ala gibi iki haplotip öbeğinin taş oluşum riski ile ilişkili olduğu göstermiştir. Bu çalışma böbrek taşı oluşum mekanizmasında etkin rol oynayan diğer proteinlerin de gen bölgelerinin çalışılması gereğini ortaya çıkarmıştır.
Kronik myelositer lösemide kromozom (1-9 nolu kromozomlar) düzensizliklerinin MLPA yöntemi ile araştırılması
Bu çalışmada; Kronik Myelositer Lösemi'deki (KML) kromozomal düzensizliklerin MLPA (Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification) yöntemi ile özellikle onkogen (MYB, MYC, NRAS vb.), transkripsiyon faktörü (RENT2, NFKBIA vb.), sinyal iletimi (PIK3CA, IMPDH1, PTPRD vb.), sitokin (IL1, TANK, IL13 vb.), immün sistem (TGFBR1, PTP4A3) ve apoptoz (MOAP1, BAX, PDCD8 vb.) ile ilgili yaklaşık 33 genin yeraldığı kromozom bölgelerindeki düzensizliklerin araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmada BCR-ABL pozitif (p210 kimerik proteini) 48 hasta ile 15 sağlıklı kontrol yer almış ve 33 genin bulunduğu 9 kromozoma ait farklı bölgelerdeki düzensizlikler araştırılmıştır. Elde edilen sonuçlar hem kendi içinde hem de klinik parametrelerle karşılaştırılarak analiz edilmiştir.MLPA analizleri sonucunda; 2 KML hastasının Fibroblast Büyüme Faktörü Reseptörü 1 (FGFR1) geninde, 4 KML hastasının İnozin 5' Monofosfat Dehidrogenaz 1 (IMPDH1) geninde ve 1 KML hastasının Postmayotik Artmış Segregasyon, S. Cerevisiae, 2 (PMS2) geninde duplikasyon saptanmıştır. Klinik parametrelerle (Sokol risk derecelendirmesi; periferik eosinofil; kemik iliği retiküler lif derecesi; hemoglobin, lökosit ve trombosit sayıları; 7 yıllık ilerlemesiz sağkalım ve imatinib tedavisine yanıt) yapılan karşılaştırma sonucunda duplikasyonların 7 yıllık ilerlemesiz sağ kalım olasılığını düşürdüğü anlaşılmış ve hasta grubumuzda duplikasyon ile imatinib tedavisine yanıt arasında anlamlı bir ilişki bulunmuştur. Bu tez çalışmasında; KML'de, 7 ve 8. kromozomda yer alan 3 gendeki duplikasyonlar ilk kez saptanmış olup 7 ve 8 nolu kromozomların daha ayrıntılı çalışmaların merkezi olması gerektiğini ortaya çıkarmıştır.
SOCS geni özendirici bölgesi gen çokyapılılığının metastatik kolorektal kanserli hastalardaki sıklığı
Bu çalışmada kolorektal kanserli hastalarda SOCS geninin özendirici (promoter) bölgesindeki gen çok yapılığı ortaya konulmaya çalışılmıştır. SOCS proteinleri hücre uyarı-ileti yolağının kontrolünde önemli belirleyici proteinlerdir. Metastatik korolektal kanserli 103 ve 76 sağlıklı bireyden elde edilen DNA'lardan SOCS3 geninin promoter bölgesine uygun primerler kullanılarak SSCP yöntemi ile analiz edildi. SOCS3 geni promoter bölgesine uygun tasarlanan 5 çift primer ile yapılan SSCP sonucunda korolektal kanserli hastalarda SOCS3 geni promoter bölgesi ile korolektal kanseri gelişimi arasında ilişkinin olmadığını destekleyen sonuçlar bulunmuştur.
Menenjitli hastalarda iltihabi cevabın şiddetini etkileyen moleküler mekanizmaların gen ifade seviyeleri ve genomik bakımından incelenmesi
Menenjit, çeşitli mikroorganizma ve virüslerin neden olduğu, beyin zarlarını ve beyin dokusunu zedeleyen, beyin omurilik sıvısında hücresel ve biyokimyasal değişikliklere sebep olan, klinikte çeşitli nörolojik bulgular gösteren iltihabi bir hastalıktır. Menenjit çok sık olmamasına rağmen, halen normal konakta gelişen en ciddi bulaşmadır. Hastalığın seyrinde ölüm ve tedavi sonrası kalıcı hasar olasılığı yüksektir. Her on hastadan biri kaybedilmekte ve yedi olgudan birinde sağırlık veya çeşitli beyin zedelenmeleri sonucu kalıcı hasarlara yol açmaktadır. Hayvan deneyleri ile geliştirilen menenjitlerde, bakterilerin sebep olduğu iltihap nedeni ile beyin omurilik sıvısına sızan lökositlerin, beyin dokusunda zedelenme gelişimine katkıda bulunduğu, beyin ödemini ve kafa içi basıncı arttırdığı gösterilmiştir. Bu çalışmada, menenjit geçiren kişilerde, iltihabın şiddetini etkileyen moleküler mekanizmaların, genomik ve gen ifadesi seviyeleri açısından önemi araştırıldı. İltihabi yanıt şiddetinin artmasında etkili iNOS, nNOS, eNOS, COX2 genlerinin ifade seviyeleri çalışmaya dahil edilmiştir. Ayrıca bu çalışmada SOCS3 ve IL-10 gibi bağışıklık yanıtı baskılamada etkili genlerin ifadeleri ve IL-10 geninin özendirici bölgesindeki gen çok yapılılığınının hastalıkla ilişkisi araştırıldı. Çalışmanın sonucunda hasta kan ve BOS örneklerinde özellikle IL-10 gen ifadesinin kontrol grubuna göre belirgin bir şekilde arttığı bulundu. Ancak IL-10 özendirici bölge gen çok yapılılığında, kontrol grubuna göre bir farklılık tespit edilmedi. Yaptığımız çalışma insan beyin omurilik sıvısına sızan lökositlerin gen ifadesi düzeyinde araştıran ilk çalışmadır. Bu ön çalışma sonuçlarına göre SOCS3, COX2, iNOS ve nNOS gen ifadeleri kontrol grubuna göre farklılık göstermedi. Menenjitli hastalarda, eNOS ve IL-10 gen ifadesinin anlamlı bir şekilde artması, iltihabi cevabın şiddetinin çok sıkı kontrol altında olduğu anlaşılmaktadır. Bu ön bulgular ile menenjit tedavi ve tanısında daha ileri moleküler çalışmaların devamının gerekliliği ve iltihabi gelişimin baskılanmasında görevli genlerin ifadelerinin yüksek oluşunun önemi anlaşılmıştır.