122
Archived Theses
0
DOIs Assigned
0%
DOI Rate
Discipline
Diyabetik nefropati modelinde taurinin ekstrasellüler matriks proteinleri üzerine etkisi ve ilişkili sinyal ileti yolaklarının incelenmesi
Son dönem böbrek hastalığının en önemli nedenlerinden biri olan diyabetik nefropati (DN), hücre dışı matriksin (ESM) birikmesi nedeniyle böbrekte morfolojik ve yapısal değişiklikler ile karakterizedir. Bu birikimin en önemli nedenlerinden biri oksidatif strestir. Yarı esansiyel bir amino asit olan taurin, antioksidan ve antifibrotik özelliklere sahiptir. Bu çalışmada, sıçanlarda diyabetik nefropati modelinde taurinin oksidatif ve fibrozise karşı, NADPH oksidaz (NOX4), TGF-β/Smad2/3 ve p38 MAPK sinyal ileti yolakları ile bu yolaklarla ilişkili MMP, TIMP ve EMMPRIN proteinleri üzerine olası koruyucu etkinliğinin araştırılması amaçlanmıştır. Araştırmamızda 29 adet Wistar albino sıçan, kontrol (n=8), taurin (%1 içme suyu) (n=7), diyabet (45 mg/kg Streptozotosin) (n=7), diyabet+taurin (n=7) olmak üzere 4 gruba ayrıldı. 12 hafta sonra, biyokimyasal ve histolojik çalışmalar için böbrek, idrar ve serum toplandı. Histolojik analizler, diyabet grubunun böbreğinde tübül dilatasyonu ve tübül fırça kenar kaybında önemli değişiklikler olduğunu gösterdi. Bu değişiklikler taurin ile anlamlı olarak azaldı. Fakat diyabet grubunda artan serum kreatinin ve BUN düzeylerindeki azalış anlamlı değildi. Taurin ile total oksidatif seviyelerinde ve malondialdehit (MDA) düzeylerinde anlamlı bir azalma olurken, diyabetli grupta azalmış SOD aktivite düzeyi taurin ile anlamlı olarak arttı. Ayrıca taurin, böbrekteki oksidatif stres için ana enzimatik kaynak olarak bilinen NOX4'ün protein ifadesini anlamlı olarak azalttı. Öte yandan, taurin, fibrozis süreci ile ilgili önemli bir hücre dışı matriks proteini olan fibronektinin hem mRNA'sında hem de protein ifadesinde anlamlı azalışlara neden oldu, Bu bulgular Masson Trichrome boyamasına paraleldi. Matriks metalloproteinazlar (MMP)-2 ve MMP-9 mRNA ifade seviyeleri ve aktiviteleri diyabette kontrole göre anlamlı olarak arttı ve bu artışlar taurin ile katlanarak daha yüksek seviyelere ulaştı. Ayrıca, taurin ile ekstraselüler matriks metalloproteinaz indükleyicisinin (EMMPRIN) diyabette azalmış mRNA ifadesi anlamlı olarak arttarken, diyabette artan TIMP-1 ve TIMP-2 ifadelereinin azalması istatistiksel olarak anlamlı değildi. Bunlara ek olarak taurinin, diyabette indüklendiği bilinen p38 MAPK ve TGF-β/Smad2/3 sinyal yolaklarını anlamlı bir şekilde baskıladığı bulunmuştur. Tüm bu bulgular, taurinin renal diyabetik hasarı önlemek için geliştirilecek yeni tedavi stratejelerine aday olabileceğini göstermektedir.
Sistemik skleroz hastalarında vitamin d düzeyi ve moleküler yolağının oksidatif DNA hasarı ve klinik bulguları ile ilişkisi
Sistemik skleroz (skleroderma) deri ve iç organların progresif fibrozu ile karakterize nadir bir otoimmün hastalıktır. Sklerodermada, inflamasyon ve oksidatif stresin birbirini besleyen kısır döngüler olarak yer aldığı ve bunun sonucunda oksidatif makromolekül hasarının arttığı bildirilmiştir. Bu hasarlar arasında oksidatif DNA hasarı, mutajenik ve sitotoksik etkileri sebebiyle uzun vadede birçok probleme neden olabileceğinden önemli bir yere sahiptir. D vitamini eksikliği, sklerodermada yaygın bir problem olup, replasmanı tedaviye katkı sağlayan önemli uygulamalardan biridir. Son yıllarda, D vitamininin antioksidan potansiyelinin gösterilmesi ile birlikte, patogenezinde oksidatif hasarın önemli bir rol oynadığı sklerodermada, D vitamini ve oksidatif DNA hasarı arasındaki ilişkinin aydınlatılmasına ihtiyaç doğmuştur. Bu tez kapsamında, sklerodermada oksidatif DNA hasarı, idrarda üç stabil hasar ürününün (8-OH-dG, S-cdA ve R-cdA) sıvı kromatografi sıralı kütle spektrometri (LC-MS/MS) yöntemi kullanılarak ölçülmesiyle kapsamlı bir şekilde gösterilmiş; serum D vitamini düzeyleri ise ultra performanslı sıvı kromatografi yüksek çözünürlüklü kütle spektrometri (UPLC-HRMS) ile belirlenmiş ve vitamin D reseptör (VDR) gen ekspresyonu ile bu gende bulunan dört polimorfizm (rs2228570, rs1544410, rs7975232, rs731236) RT-PCR ile analiz edilerek sağlıklı bireyler ile karşılaştırılmıştır. Çalışmanın klinik prospektif bölümünde ise, D vitamini replasmanı alan hastaların, replasman sonrası DNA hasarı ve VDR gen ekspresyonu yeniden değerlendirilmiştir. Sklerodermada ölçülen üç DNA hasar ürünü de sağlıklı bireylere göre artmış olup; serum D vitamini düzeyi ve VDR gen ekspresyonu ise düşük tespit edilmiştir (p<0.05). D vitamini replasmanının ardından üç hasar ürünü de azalma yönünde eğilim göstermiştir. DNA hasarının altın belirteci olan 8-OH-dG'deki düşüş ve VDR ekspresyonundaki artış istatistiksel anlamlılığa ulaşmıştır (p<0.05). Akciğer, eklem ve gastrointestinal sistem tutulumu olan hastalarda replasman sonrası azalan 8-OH-dG düzeyi ile D vitamininin organ tutulumu olan skleroderma hastalarında oksidatif hasarı azaltma yönündeki etkinliği gösterilmiştir. Bu çalışma, sklerodermada DNA hasarının kapsamlıca incelendiği ve D vitamini replasmanın DNA hasarı üzerine etkilerinin klinik prospektif bir tasarım ile değerlendirildiği ilk araştırmadır.
Kolesterol taşıyıcı ABCG1'in insan makrofajlarındaki rolü
ABCG1, ters kolesterol transportu yolu ile hücredeki kolesterolün, HDL parçacıklarına akmasına aracılık eden bir taşıyıcı proteindir. Farelerde ABCG1 ekspresyonu baskılanmış tümörle ilişkili makrofajların, tümörü destekleyici M2 fenotipinden tümörle savaşan M1 fenotipine doğru içsel bir eğilim gösterdiği ve in-vivo'da mesane kanseri büyümesini baskıladığı gösterilmiştir. ABCG1 ekspresyonunun, makrofaj polarizasyonunun yönlendirilmesi üzerindeki etkisi, onu kanser tedavisinde cazip bir hedef molekül haline getirmektedir. Amacımız; ABCG1 ekspresyonunun baskılanmasının, insan makrofaj polarizasyonu üzerine etkilerini araştırmaktır. Tip 2 diyabet hastalarında, makrofajların ABCG1 ekspresyonunun düşük olduğu gösterilmiştir. Bu nedenle diyabet hastalarından elde edilen makrofajları, ABCG1 ekspresyonunun doğal olarak susturulduğu modeller olarak ele aldık. İn-vitro'da makrofaj polarizasyonunda kullanılan stimülanların uygulama süresi, polarizasyon belirteçlerinin ekspresyonlarını dramatik bir şekilde değiştirmektedir, ancak literatürde bu konuda bir fikir birliğinin olmaması, çalışmaların sonuçlarını ve doğruluğunu olumsuz etkilemektedir. Çalışmamızda kullanacağımız uyarım süresinin belirlenmesi ve makrofaj polarizasyonunun doğrulanması için makrofajlar; stimülanlarla altı farklı zamanda uyarıldı ve M1/M2 polarizasyon belirteçlerinin ekspresyonundaki değişim RT-qPCR, akış sitometrisi ve ELISA ile belirlendi. Ardından siRNA kullanılarak ABCG1 ekpresyonu baskılanmış primer insan makrofajları, tip 2 diyabet hastalarından elde edilmiş ABCG1 ekspresyonu doğal olarak düşük olan makrofajlar ve tüm kontrol grupları dört saat süre ile polarize edildi. Polarizasyon belirteçlerinin gen ekspresyonundaki değişim RT-qPCR ile belirlendi. Çalışmamız makrofaj polarizasyonunda kullanılan belirteçler için uygun uyarım süresinin belirlenmesinde ve belirteç seçiminde, araştırmacılara yol gösterici niteliktedir ve literatürdeki büyük bir boşluğu doldurmaktadır. ABCG1 ekspresyonu siRNA ile baskılanmış, M1 makrofajlarda CXCL9, CXCL10, TNF ve IDO1 ekspresyonu artarken, M2 makrofajlarda MRC1 ve CCL22 ekspresyonu azalmaktadır. Diyabet hastalarından elde edilmiş ve M1 makrofajlarda CXCL10 ve IDO1 ekspresyonu artarken, M2 makrofajlarda MRC1, TGM2, CCL17, CCL22, IL-10 ve CD163 ekspresyonları azalmaktadır. Ayrıca, insan makrofajlarında ABCG1 ekspresyonu ile M1 belirteçlerinin ekspresyonu arasında negatif korelasyon bulunmuştur. Sonuçlarımız, ABCG1 eksikliğinin, insan makrofajlarında da M1 polarizasyonuna eğilim yarattığını göstermektedir. Bulgularımız ABCG1'ın, makrofajların önemli rol aldığı çeşitli hastalıkların tedavisi için makrofaj polarizasyonunu modüle etmede yeni bir hedef olabileceğini göstermektedir.
Tirozin kinaz inhibitörlerine karşı direnç gelişiminde rol oynayan miRNA'ların araştırılması
Bu çalışma, kronik myeloid lösemi (KML) tedavisinde yaşanılan en büyük problemlerden tedavi direnci konusunda araştırma yapmak amacıyla gerçekleştirilmiş ve daha önceki çalışmalarımızda üretilen K562 dirençli alt kolon K562-Ir hücrelerinde elde ettiğimiz veriler ışığında sürdürülmüştür. Tezde de tartışılacağı gibi bu veriler göz önünde tutularak, kronik miyeloid lösemide gelişen tirozin kinaz inhibitör direncinde rol oynayabileceğini düşündüğümüz bazı miRNA'ların etkileri araştırılmıştır. mikroRNA'lar hücre proliferasyonundan ölümüne, farklılaşmadan, haberleşmeye kadar birçok süreçte yer almaktadır. Hücresel süreçlerde önemli yere sahip olan bu moleküller, organizmanın hayatını sağlıklı bir şekilde devam ettirmesi için son derece önemlidir. Bu sistemlerin başında bağışıklık sistemi gelmektedir. Buradan yola çıkarak çalışmamızda literatürden farklı olarak direnç konusunda mikroRNA (miRNA)'larla birlikte doğal öldürücü hücrelerin (NK) ilişkisi üzerinde durulmuştur. KML'de özellikle primer ilaç direncinin gelişiminde miRNA'nın etkisinin araştırılması ile literatüre katılabilecek her türlü bilgi ve gözlem, KML tedavisinde terapötik bir hedef olma potansiyelindedir. Araştırma projemiz, primer direnç gibi KML tedavisinin önemli bir sorununa ışık tutabilecek bulgulara ulaştığı gibi genel hücre biyolojisi alanına da katkıda bulunacaktır.
Romatoid artrit hastalarında oksidatif DNA hasarı ve lipit peroksidasyon düzeylerinin prospektif olarak incelenmesi
Romatoid artrit (RA), eklemlerde tutulum gösteren kronik ve inflamatuvar bir otoimmün hastalıktır. Patogenezi tam olarak bilinmeyen RA'da uygulanan tedaviler semptomları hafifletmeyi amaçlar. Endojen veya ekzojen yollar sonucu ortaya çıkan reaktif oksijen türleri; hücre yapısındaki makromolekülleri oksidatif hasara uğratarak birçok hastalık ile ilişkilendirilen hasarlı ürünlerin oluşumuna yol açmaktadır. Bu tez çalışmanın amacı; RA hastalarında ve sağlıklı kişilerde oksidatif DNA hasarı ve lipit peroksidasyonu düzeylerinin araştırılması, aynı zamanda RA hastalarının altı aylık rutin tedavileri sonucundaki değişimini oksidatif hasar parametreleri açısından prospektif olarak incelemektir. Ayrıca altı aylık tedavi süreci sonunda hastaların Hastalık Aktivite Skoru (DAS28 skoru), Sağlık Değerlendirme Anketi (HAQ) skoru, C-Reaktif protein (CRP) ve eritrosit sedimentasyon hızı (ESH) düzeyleri ile oksidatif makromolekül hasarı düzeyleri arasındaki ilişkinin incelenmesidir. 69 RA hastası ve 31 sağlıklı kontrolün dahil edildiği çalışmada oksidatif DNA hasarının başlıca göstergeleri olan 8-hidroksi-deoksiguanozin (8-OH-dG), 8,5'-siklo-2'-deoksiadenozin'in R ve S formu (R-cdA, S-cdA) olan nükleozitler ve lipit peroksidasyonunun son ürünlerinden 8-izoprostan (8-iso-PGF2α) düzeyleri incelendi. Hasta ve kontrol gruplarında nükleozit hasarını belirlemek için sıvı kromatografi tandem kütle spektrometri (LC-MS/MS) yöntemi; lipit peroksidasyonu düzeyini belirlemek için ise enzim immünoassay (ELISA) yöntemi kullanıldı. Çalışma sonucunda RA tanısı alan hastaların 8-OH-dG, R-cdA ve 8-izoprostan düzeyleri sağlıklı kontrollere göre anlamlı düzeyde yüksek bulundu (sırasıyla p=0,003; p=0,005; p<0,001). Hastaların altı aylık tedavi sonrası oksidatif hasar parametreleri incelendiğinde hastaların tedavi sonrası 8-OH-dG, R-cdA ve S-cdA seviyelerinde tanı aldıkları zamana göre anlamlı düzeyde azalma görülürken (sırasıyla p=0,001; p=0,040; p<0,001); 8-izoprostan seviyesinde ise anlamlı düzeyde yükselme gözlendi. (p=0,010). Tedavi sonrası hastaların DAS 28 skoru, HAQ skoru, CRP ve ESH düzeyleri tedavi öncesine göre anlamlı düzeyde düşük bulundu (sırasıyla p<0,001; p=0,002; p=0,017; p=0,001). Hastalar, altı aylık tedavi sonucunda hastalık şiddetindeki değişime göre (DAS 28 skoru) gruplandırıldığında, tanı aldığında alevli dönemde olup tedaviyle remisyona giren hastalarda DAS 28 skorundaki düşüşle beraber 8-OH-dG ve S-cdA seviyelerinde de tedavi öncesine göre tedavi sonrasında anlamlı düzeyde azalma görüldü (sırasıyla p<0,001; p=0,003; p=0,005). Hastaların tanı aldıkları dönemde ölçülen ESH ve S-cdA düzeyleri dışında gözlenen ilişki haricinde (r=0,307; p=0,011) klinik parametreler ve oksidatif hasar düzeyleri arasında korelasyon bulunmadı. Yapılan çalışma, RA hastalarında aynı anda üç farklı DNA hasarı parametresi ve lipit peroksidasyon ürünü düzeylerinin, hem sağlıklı kontrollerle karşılaştırıldığı hem de hastalara uygulanan tedavi sonrası ölçümün yapıldığı ilk çalışmadır. RA hastalarında tanıyı takiben sağlıklı kontrollere göre artmış oksidatif makromolekül hasarı düzeyleri, hastalığın patagonezinde oksidatif stresin belirleyici rolü olduğunu göstermektedir. Ayrıca uygulanan tedavi sürecinin oksidatif DNA hasarını baskılarken lipit hasarını ise indüklediği gösterilmiştir. Bu açıdan çalışmamız oksidatif DNA ve lipit hasar oluşumunun RA tedavisi sürecine farklı mekanizmalarla ve birbirlerine göre zıt şekilde cevap verdiğini ortaya koymaktadır. Çalışmamız kapsamında elde edilen bulguların RA'nın ayırıcı tanısına, klinik seyrine ve tedaviye yanıtın değerlendirilmesine ışık tutacağı görüşündeyiz.
Fibro-proliferatif skar dokularında mir-29 ailesi varlığının, mir-29'un kollajen maturasyonuna etkisinin ve ekstrasellüler matriks sentezi ile ilişkili sinyal yolaklarındaki rolünün incelenmesi
Anormal yara iyileşmesi fibroproliferatif skar oluşumuna neden olabilir. Bunlar hipertrofik skar ve keloidlerdir. Hipertrofik skar, yarada büyümeye devam eden fibrotik bir patolojidir. Keloidler ise yara sınırlarını aşarak büyümeye devam eden fibröz iyi huylu tümörlerdir. Her iki patolojik durumun mekanizmaları halen tam olarak aydınlatılmamıştır. Artan kollajen birikimi ile karakterizedirler. Bu nedenle, kollajen sentezinin hedeflenmesi tedavi için doğru yaklaşım olabilir. miR29 ailesinin fibrotik hastalıklarda etkinliğine ilişkin kanıtlar ortaya çıkmaktadır ve hedef moleküller arasında hücre dışı matriks proteinleri baskındır. Bu çalışmada, miR29 ailesinin fibroproliferatif skarlardaki rolünü, HSP47 ve LOX'in kollajen olgunlaşması ve TGF-/ Smad yolu ile kollajen sentezindeki rolünü inceledik. Fibroproliferatif skar ve sağlıklı kontrol cilt dokularında miR29 ekspresyonlarını belirledikten sonra, fibroproliferatif skar ve cilt fibroblastlarında miR29'u inhibe ettik ve keloid fibroblastlarda baskılanma sonrası COL1A, hipertrofik skarlarda ise COL3A ve HSP47 protein seviyelerinde anlamlı bir artış bulduk. TGF-/ Smad sinyal yolağı da miR29'un bastırılmasıyla aktive edildi. Hipertrofik skarda TIMP-1 geni ve protein düzeyleri artarken, keloidde TIMP-1 gen ekspresyonu artarken protein düzeyi azaldı. Bu bulgular, miR29'un fibroproliferatif skar oluşumunda etkili olduğunu ve bu aktivitenin miR29 ekspresyon seviyesi ile ilgili olduğunu göstermektedir.
Hiperkortizoleminin dışlanması gereken hastalarda immunoassay ve tandem kütle spektrometri yöntemleri ile ölçülen tükürük kortizolünün tanısal değeri ve diürnal ritmi ortaya koymadaki başarısının değerlendirilmesi
Adrenal lezyonların %75-80'ini fonksiyon göstermeyen adrenal adenomlar ve diğer az görülen kitleler, %20-25'ini feokromositoma, androjen üreten tümör, primer hiperaldosteronizm, Cushing Sendromu (CS) veya Subklinik Cushing Sendrom (SCS)'una neden olan fonksiyonel adrenal kitleler oluşturur. CS ve SCS tanısında 1 mg deksametazon supresyon tarama testi kullanılmaktadır. Aynı bireyde dahi, değişik zamanlarda 1 mg deksametazon sonrası kortizol düzeyleri değişkenlik gösterebilmektedir. CS ve SCS tanısında gece yarısı ve gün içi belirli saatlerde alınan örneklerde tükürük kortizolünün tanısal değeri üzerine yapılan az çalışma bulunmaktadır. Bu çalışmada LC-MS/MS ile tükürük kortizolü ölçümü için yöntem geliştirilmesi; ELISA ile sonuçların karşılaştırılması; bu testin tanısal değeri ve diürnal ritmi ortaya koymadaki başarısının değerlendirilmesi amaçlanmıştır. LC-MS/MS için kapsamlı metod validasyonu çalışmaları yapılıp, CS (n=20), SCS (n=52) ve fonksiyonel olmayan adenomu (NFA) (n=49) olan kişilerden 08.00, 16.00 ve 24.00 saatlerinde alınan tükürük örnekleri ile çalışıldı. 24.00'te alınan örneklerdeki kortizolün tanı koydurucu etkinliğinin CS ve SCS hastalarında yüksek sensitivite ve spesifiteye sahip olduğu belirlendi. LC-MS/MS ile 16.00'da ölçülen kortizolün tanısal performansı SCS hastalarında ELISA'ya göre anlamlı yüksek bulundu. 16.00 ve 24.00'da alınan örneklerde LC-MS/MS ve ELISA ile ölçülen tükürük kortizolü düzeyi CS grubunda SCS ve NFA gruplarına göre anlamlı yüksek bulundu. SCS gruplarında kortizol düzeyi NFA grubuna göre anlamlı yüksek bulundu. Diürinal ritim, CS hastalarında yüksek, SCS hastalarında öğlen ve akşam saatlerinde ılımlı yüksek, kontrol grubu NFA'da ise sabah en yüksek, gece yarısı en düşük bulundu. LC-MS/MS yönteminin tükürük kortizolü ölçümünde hassas ve güvenilir olduğu ve ELISA yöntemi ile uyumlu olduğu gözlendi. LC-MS/MS ile hastalarda ölçülen tükürük kortizolünün diürnal ritmi yansıttığı gösterildi.
Rektal kanser tedavi etkinliğinin takibinde kullanılabilecek aday tümör belirteçlerin gen ifadelenmesinin araştırılması
Amaç: Neoadjuvan tedaviye direnç veya hastalık nüksü; hipoksi, apoptoz veya otofajiye uyum nedeniyle gelişmektedir. Apoptoz inhibitörü olarak survivin, otofajik yolda pozitif bir regülatör olan Beclin 1 ve tümör doku hipoksisi ile ilişkili hipoksi ile indüklenebilir faktör-lα (HIF-lα) ve karbonik anhidraz 9 (CA9) gen ürünleri etki ettikleri apoptoz, otofaji ve hipoksik yolaklar ile tedaviye direnç gelişmesine neden olabilirler. Bu çalışmada, lokal ileri evre rektal kanserde (RK), neoadjuvan tedaviye yanıtı izlemeye yardımcı olabilecek bu potansiyel tümör belirteçlerinin gen ifadelenmesindeki değişmeler izlenerek tedaviye direnç üzerindeki etkilerinin aydınlatılması amaçlanmıştır. Yöntem: Çalışmaya neoadjuvan tedavi alan lokal ileri evre RK'li 25 hasta dahil edildi. Taze doku ve kan örneklerinde Beclin 1, survivin, HIF-lα ve CA9 gen ifadelenmesi ve protein seviyeleri analiz edildi. Hastaların tümör evrelemesi ve regresyon derecesi ile bu belirteçlerin ilişkisi değerlendirildi. Bulgular: Tümör regresyon derecesine göre neoadjuvan tedaviye yanıt veren grupta daha yüksek kan CA9 gen ifadelenme seviyeleri ve daha düşük kan HIF-lα protein seviyeleri bulundu. Hastalarda neoadjuvan tedavi sonrası, doku Beclin 1 ve kan survivin gen ifadeleri ve doku CA9, kan Beclin 1 ve kan HIF-lα protein seviyeleri önemli ölçüde azaldı. Sonuç: Beclin 1, survivin, hipoksi ile indüklenebilir faktör-1 alfa ve karbonik anhidraz 9'un uygulanan neoadjuvan tedavi yaklaşımının etkilerinin tahmininde fayda sağlayabilecek potansiyel belirteçler olarak belirlendi.
Deneysel akciğer kanseri modelinde standart tedaviye deguelin'in katkıları
Kanserin tedavisi yoğun çabalara rağmen zor olmakla birlikte önlenmesi de bir o kadar zor ve önemlidir. Mücadelenin bu kadar yoğun ve fazla olmasına bağlı olarak dünya genelinde kanser ölüm nedenlerinde ne yazık ki önde gelmektedir. Akciğer kanseri ise dünyada kansere bağlı ölümler arasında cinsiyet fark etmeksizin ilk sırada yer almaktadır. Kanserin tedavisinde kullanılan en etkili kemoterapötik ajanlar, normal dokular için toksik etki göstermektedir ve yan etki görülme sıklığı bu nedenle yüksektir. Bundan dolayı, toksisitesi olmayan yada en az olan tedavi edici veya prevantif etkisi olan yeni ilaçlara ve rejim metodlarına ihtiyaç vardır. Bu çalışma, Deguelin'in in vitro ve in vivo akciğer kanseri modelinde etkin konsantrasyonda kanser hücrelerinin proliferasyonuna inhibe edici etkiye sahip olması ve [DEG+DTX]/2 kombinasyonunun akciğer kanseri hücrelerini ve tümör volümünü azaltıcı etkisinin ilaçların ayrı ayrı kullanılmasına göre de başarılı olabileceği hipotezini test etmek amacıyla gerçekleştirildi. LAK hücre hatlarında Dosetaksel ve Deguelin'in tek başlarına sitotoksik etkileri araştırılarak IK50 dozları belirlendi. Belirlenen etkin konsantrasyonlar, Deguelin, Dosetaksel ve kombinasyonları LAK hücrelerine uygulandı. Hücre kültürüne bağlı akım sitometrik analizler (apoptoz, hücre döngüsü), migrasyon analizi ve 3B anjiyogenezis (tubular formasyon) metodları gerçekleştirildi. Bu çalışmanın önemli basamağı olan LAK hücre hattı ile C57BL/6 fareler üzerinde oluşturulan sinjeneik akciğer kanseri in vivo modelinde, DEG, DTX ve kombinasyonlarının anti-kanser, apoptotik ve anti-anjiyojenik etkileri incelendi. Araştırmamızda, DEG+DTX kombinasyonunun in vitro deney modelinde, ilaçların tekli kullanımlarına göre hücre proliferasyonunu baskılamada daha başarılı olduğu halde, in vivo deney modelinde ise tümör volümü, apoptozis belirteçleri ve anjiyogenezis gen ekspresyon düzeylerinde bu başarı tekli tedavi lehine dönmüştür. Bu durumda kombinasyon dozunun tekrar değerlendirilmesi yada tedavi rejiminde zaman diliminin kombinasyon dozu için farklı ayarlanması gerektiği sonucu çıkmaktadır. Deguelin'in antikanser etkisi, kanser hücrelerinin proliferasyonunu ve tümör yayılımını azaltıcı yönde olabileceğidir.
Çocukluk çağı medulloblastomlarında moleküler alt sınıflandırma
Medulloblastom özellikle çocuklarda olmakla beraber her yaşta görülebilen, santral sinir sisteminin en sık rastlanılan embriyonal tümörleri arasında yer alır. Dünya Sağlık Örgütü sınıflamasına göre Derece IV olarak kabul edilir ve genellikle prognozu oldukça kötüdür. Medulloblastomlar WNT-aktive, SHH-aktive, Grup 3 ve Grup 4 olmak üzere dört temel alt gruba ayrılmaktadır. Alt gruplar arasındaki epigenetik değişikliklerin önemi son yıllarda vurgulanmış olup özellikle anormal promotor hipermetilasyonlarının hastalığın kliniği ile ilişkisi önem kazanmıştır. Bu çalışmanın amacı, çocukluk çağı medulloblastom hastalarında moleküler alt sınıflandırmanın yapılması ve analiz edilen metilasyonel değişikliklerin yapılan sınıflandırma ile ilişkisinin ortaya koyulmasıdır. Bu amaçla, Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Patoloji arşivlerinden çıkarılan 47 pediatrik medulloblastom olgusuna ait formalin fikse parafine gömülü doku ve hastalara ait demografik ve klinik veriler kullanıldı. Tüm olgular için histolojik tanıların konfirmasyonu yapıldı. İmmünohistokimya yöntemi kullanılarak nükleer beta-katenin lokalizasyonu gösteren tümörler WNT-aktive; sitoplazmik beta-katenin lokalizasyonu, GAB1 ve YAP1 ekspresyonu gösteren tümörler ise SHH-aktive medulloblastomlar olarak sınıflandırıldı. SHH-aktive medulloblastomlarda, p53 ekspresyon seviyelerine göre TP53 mutant olmayan ve TP53 mutant alt grupları tanımlandı. Beta-katenin ekspresyonu görülmeyen tümörler WNT/SHH-aktive olmayan (Grup 3 ve 4) medulloblastomlar olarak adlandırıldı. Dokulardan izole edilen DNA'lar kullanılarak bisülfit çevrimi sonrası CDKN2A, RASSF1A, HIC1, ZIC2, SPINT2, SFRP1, KLF4, PTCH1 ve EZH2 genlerinin metilasyon durumları pirosekanslama yöntemi ile incelendi. DNA metilasyon analizleri sonucunda KLF4, PTCH1 ve ZIC2 genlerindeki hipermetilasyonların SHH-aktive medulloblastomlarla ilişkili olduğu bulundu. SPINT2 geninin hipermetilasyonu ve RASSF1A geninin yüksek dereceli hipermetilasyonlarının metastaz ile istatistiksel olarak anlamlı bir ilişkisi olduğu belirlendi. CDKN2A, HIC1 ve SFRP1 genlerindeki metilasyon çalışmaları güvenli sonuçlar vermediğinden hastalıkla ilişkilendirilemedi. Hiçbir örnekte EZH2 geninin hipermetilasyonuna rastlanılmadı. Araştırmamız, medulloblastomlardaki epigenetik değişikliklerin klinik seyrin öngörülmesinde önemli bir araç olabileceğini ve özellikle KLF4, PTCH1, ZIC2, SPINT2 ve RASSF1A genlerinin bu hastalıktaki potansiyel onkolojik önemini ortaya koymuştur.
Parkinson hastalığıyla ilişkili olabilecek aday genlerin araştırılması
Parkinson Hastalığı (PH), beynin substantia nigra bölgesindeki dopaminerjik nöronların kaybıyla diğer nörodejeneratif bozukluklardan ayrılan ve Alzheimer Hastalığı'yla birlikte en sık görülen nörodejeneratif bir hastalıktır. Patolojik açıdan değerlendirildiğinde Lewy cisimciğinin bulunmasıyla karakterizedir. Tüm PH vakaları arasında tek başına genetik mutasyonlar sonucu PH görülme sıklığının çok düşük olduğu, hastalık gelişiminde çevresel etkilerin de önemli ölçüde katkı sağladığını günümüze kadar yapılan çalışmalarda gösterilmiştir. Hastalıklara bağlı moleküler mekanizmaların sürdürülebilmesi için gen ve protein ifadelerinin gerçekleştirilmesi epigenetik düzenlemeler yoluyla gerçekleştirilmektedir. Nörodejeneratif hastalıklarda, hastalık gelişimi ve patogenezinde epigenetik düzenlemelerin rolü hala net olarak anlaşılamamıştır. Bu çalışmada, idiyopatik PH olgularında epigenetik süreçlerde rol alan genlerden H3C1, H3C12, HDAC4, HDAC5, ANKRD11, ANKRD12, ITM2B ve GABBR1'in ekspresyon düzeylerini inceledik. Çalışmaya idiyopatik PH tanısı alan 75 hasta ve 50 sağlıklı kontrol grubu dahil edilmiştir. Hasta ve kontrol gruplarından alınan tam kandan PBMC elde edilip ardından total RNA izolasyonu yapılmıştır. Hasta ve kontrol grupları karşılaştırıldığında H3C1, H3C12, ITM2B'nin yüksek ekspresyonu; ANKRD11, HDAC4, HDAC5 ve GABBR1'in düşük ekspresyonu gözlenmiştir (p<0,05). Sonuçlar değerlendirildiğinde, hastalık durumunda epigenetik mekanizmalardan birisi olan histon regülasyonuyla PH arasında bir ilişki olduğu görülmektedir.
Diyabetik obez ve diyabetik olmayan obez kişilerde TRAIL mekanizmasının genetik olarak incelenmesi
Obezite, enerji alımının enerji harcamasının önüne geçmesi sonucunda adipoz dokuda görülen anormal artışın sebep olduğu önemli bir sağlık sorunu olup, dünya çapında yüksek bir prevalansa sahiptir. Adipoz dokunun fizyolojik işlevinde görülen bozukluklar, diyabetin gelişimine aracılık etmektedir. Tip-I (insüline bağımlı olan) ve Tip-II (insüline bağımlı olmayan) olmak üzere iki ana sınıfa ayrılan diyabet, yüksek kan glukoz seviyesi ile karakterize olup; insülin düzeyinde azalma ve/veya insülin etki mekanizmasındaki değişikliklerden kaynaklanan metabolik bir hastalıktır. Bununla birlikte adipoz dokuda insüline karşı cevabın azalması insülin direncinin gelişimine neden olmaktadır. Adipoz doku biyolojisinde önemli role sahip Tümör nekroz faktör (TNF) ailesinin bir üyesi olan Tümör nekroz faktör ile ilişkili apoptozu indükleyici ligand (TRAIL)'in, kanser hücrelerinde apoptozu indükleme özelliği nedeniyle pek çok araştırmada yer almaktadır ancak diyabete ve obeziyete karşı koruyucu rolüyle ilgili gen düzeyinde yapılan insan çalışmalarının sayısı yetersizdir. Çalışmamızda RNA izolasyonu, cDNA sentezi, gerçek zamanlı real-time PZR (RT-qPZR) ve Sanger dizileme yöntemleri kullanılmıştır. İnsanda TRAIL gen ekspresyonun ve dizilemesinin birlikte yapıldığı ilk çalışma niteliğini taşımaktadır. TRAIL gen ekspresyon düzeyinin analiz sonucunda kontrollerde, diyabetik obez ve diyabetik obez olmayan gruba göre daha yüksek düzeyde olduğu belirlenmiştir. TRAIL gen ekspresyonundaki bu değişikliğin, diyabet hastalığına karşı TRAIL'in koruyucu bir etken olabileceğini düşündürmektedir. Dizileme yöntemiyle belirlenen rs781673405, rs143353036, rs1244378045, rs201137623, rs767450259, rs759369504, rs750556128, rs369143448 mutasyonlarının varlığı ilk kez bizim çalışmamızda gösterilmiştir. Bu verilerimizin literatüre önemli katkı sağlayacağını düşünmekteyiz.
Türk toplumunda 5-40 yaş arası ani aritmojenik kardiyak ölümlerin aritmi ile ilişikili genler açısından araştırılması
Genç yaş ani kardiyak ölümlerin en sık nedenleri arasında gözlenen kalıtsal aritmojenik hastalıklar, kardiyak elektriksel iletimi oluşturan iyon kanallarını kodlayan genlerdeki ya da iyon kanallarının fonksiyonlarını düzenleyen proteinleri kodlayan genlerdeki mutasyonlardan kaynaklanır. Kardiyak kanalopatiler olarak da adlandırılan bu hastalıkların klinik tanısı, yapısal olarak herhangi bir patoloji saptanmayan kalpte meydana gelen elektriksel aksaklıkların tespit edilmesi ile konur. Bu hastalıkların klinik semptomları aritmi, felç, senkop ve ani ölüm gibi farklı klinik fenotipik özellikler gösterebilir. Araştırmalar, kardiyak kanalopatiler grubu içerisinde öncelikli olarak dört grup hastalığa odaklanmıştır. Bu hastalıklar, Uzun QT sendromu (UQT), Kısa QT Sendromu (KQT), Brugada Sendromu (BrS), Katekolaminerjik Polimorfik Ventriküler Taşikardi (KPVT) olarak sınıflandırılmaktadır. Bu tez çalışmasında, özellikle genç popülasyonda ani kardiyak ölümlere neden olduğu bilinen genetik geçişli Uzun QT Sendromu, Kısa QT Sendromu, Brugada ve Katekolaminerjik Polimorfik Ventriküler Taşikardi klinik tanısını almış kişilerde Türk toplumunda gözlenebilecek farklı mutasyonlar ile özellikle ailesinde ani ölüm olguları olan ve/veya kardiyak arrest ile kliniğe getirilen hastalardaki mutasyonlar saptanarak kardiyak ani ölümler ile ilişkilendirilebilecek mutasyonların saptanması amaçlanmıştır. Bu amaçla Uzun QT Sendromu, Kısa QT Sendromu, Brugada Sendromu ve Katekolaminerjik Polimorfik Ventriküler Taşikardi tanısı almış 81 hastadan ve kontrol grubu amacıyla sağlıklı 15 kişiden kan örneği alınarak SeqCap EZ Solution-Based Enrichment strategy Sudden Cardiac Death (Roche NimbleGen Madison, Wisconsin, USA) paneli ile yeni nesil dizileme çalışması yapılmıştır. Hastaların 5'i göğüs ağrısı, 22'si senkop, 23'ü çarpıntı, 12'si kardiyak arrest ile kliniğe başvurmuştu. Bu hastaların 16 hastada ise aile öykülerinde ani ölüm hikayesi mevcuttu. Hasta grubunda elde edilen varyantlar arasında daha önce kardiyak kanalopatiler ile ilişkilendirilen ve Clinvar sayfasında patojenik ya da olası patojenik olarak tanımlanmış, 30 farklı hastada bulunan 22 farklı varyant saptandı. Bu varyantların yanı sıra geriye kalan 51 hastada daha önce literatürde bildirilmemiş çok sayıda varyant saptanmıştır. Anahtar Kelimeler : Kardiyak Kanalopatiler, Genomik, Yeni Nesil Dizileme. Bu çalışma, İstanbul Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından desteklenmiştir. Proje No: 30819.
Diyet ile indüklenmiş deneysel obezite modelide otofaji ile ilişkili genlerin ekspresyon düzeylerinin incelenmesi
Son yıllarda dünya genelinde özellikle gelişmiş toplumların en önemli sağlık sorunlarından biri haline gelen ve şimdiye kadar en büyük sorun olarak görünen yetersiz beslenme ve enfeksiyon hastalıklarından daha büyük bir problem şeklinde karşımıza çıkan ve metabolik bir hastalık olan obezite, sağlıksız beslenme, spordan uzak yaşam tarzı, stresli iş ve genel hayat tarzı da eklenince tip 2 diabetes mellitus, hipertansiyon, koroner kalp hastalıkları, belirli kanser türleri, uyku solunum bozukluğu ve osteoarthritis gibi ilişkili olduğu hastalıkların da ortaya çıkmasına sebep olmaktadır. Obezite Vücut Kitle İndeksi (VKİ) ile tanımlanmaktadır. Obezitenin özellikle modern toplumlarda küresel salgın halini almasının ana nedenleri olarak genetik duyarlılık, yüksek enerjili gıdalara kolay erişim, fiziksel aktivitede azalma olarak sıralanabilir. Obezitenin artık bireysel kozmetik yada görsel bir sıkıntı olmaktan öte küresel sağlığı tehtid eden bir salgın olarak nitelendirilmesi gerekmektedir. Otofaji, uzun ömürlü proteinlerin ve hasarlı veya fonksiyonel olarak gereksiz olan hücre içi yapıların düzeylerinden sorumludur. Hücresel homeostazın sürdürülmesi için gerekli olan işlemdir, açlık (ATP-üreten substratlar, örneğin amino asitler sağlamak için) ve diğer stres-indükleme koşulları ile aktive edilmektedir. Mekanizmadaki herhangi bir düzensizlik birçok bozukluğa yol açar ve yaşlanmada rol oynar. Hepatik otofajinin obezite ve diabette bozuk olduğu ve bunun düzenlenmesinin insülin duyarlılığını artırdığı bilinmektedir. Otofaji, sitoplazmik bileşenleri lizozoma ileten hücre içi bir degradasyon sistemidir. Sadeliğine rağmen, son gelişmeler, otofajinin bazen karmaşık olan çok çeşitli fizyolojik ve patofizyolojik roller oynadığını göstermiştir. Bu sebeplerden dolayı otofaji ile ilişkisi literatürler ve çalışmalar ile kanıtlanan ATG3, ATG5 ve ATG8 genleri çalışmamızda deney hayvan modeli örneklerinde çalışılmıştır. Çalışmamızda RNA izolasyonu, cDNA sentezi, gerçek zamanlı real-time PcR (RT-qPcR) yöntemleri kullanılmıştır. Oluşturulan 2 adet deney grubu ve kontrol grubunda (20'er hayvan) C57BL6J hayvan modelinin karaciğer ve yağ dokularından yapılan çalışma sonucu deney grupları ve kontrol grubu yağ ve karaciğer dokusu verileri arasında yapılan karşılaştırmalı istatistiksel analize göre deney grubu 1 (D1) yağ doku örneklerinde ATG5 (Kat Değişimi-1.13: p değeri-0.001: %95 güven aralığı-0,75-1,83) ve ATG8 (Kat Değişimi-0.23: p değeri-0.019: %95 güven aralığı-0,21-2,46) ekspresyon seviyelerinde artış ve anlamlılık olduğu görülmüştür. D1 grubu karaciğer doku örneklerinde ATG8 (Kat Değişimi-0.60: p değeri-0.001: %95 güven aralığı-1,47-3,73) ekspresyon seviyesinde artış görülmüştür. Kontrol grubu karaciğer doku örneklerinde ATG3 (Kat Değişimi-2.81: p değeri-0.031: %95 güven aralığı-0,19-3,83) ve ATG5 (Kat Değişimi-2.39: p değeri-0.016: %95 güven aralığı-0,36-3,25) ekspresyon seviyelerinde artış ve anlamlılık olduğu görülmüştür. Deney grubu 2 (D2) ve kontrol grubu yağ doku örnekleri verilerine göre yapılan analiz sonucu, D2 grubunda ATG5 (Kat Değişimi-1.65: p değeri-0.007: %95 güven aralığı-0,23-1,35) ve ATG8 (Kat Değişimi-0.19: p değeri-0.008: %95 güven aralığı-0,45-2,68) ekspresyon seviyelerinde artış ve anlamlılık olduğu görülmüştür. Deney grubu 2 (D2) ve kontrol grubu karaciğer doku örnekleri verilerine göre yapılan analiz sonucu karaciğer doku örneklerinde ATG8 (Kat Değişimi-0.61: p değeri-0.001: %95 güven aralığı-0,24-3,42) ve kontrol grubunda ATG5 (Kat Değişimi-2.01: p değeri-0.015: %95 güven aralığı-0,33-2,88) ekspresyon seviyelerinde artış ve anlamlılık olduğu görülmüştür. Çalışmamıza incelenen ATG3, ATG5 ve ATG8 otofaji gen bölgeleri ve uluslararası literatürlere göre yapılan çalışmalar bu araştırmanın devam etmesi gerektiğini göstermektedir. Bu konu ile ilgili örnek sayısını artırarak yapılacak araştırmalarla elde edilen verilerin metabolik bir hastalık olan obezitenin kanser ile ilişkisini daha sağlam temellere bağlayacağını ve bu genlerin tanıda (diagnostikte) birer potansiyel aday gen olabileceğini düşünmekteyiz.
Meme kanseri hücrelerinde karnosik asit ve oleuropeinden zengin bitki özütleri ve salisilik asitin sitotoksik ve apoptotik etkilerinin araştırılması
Meme kanseri kadınlarda en sık görülen kanser çeşididir. Üçlü negatif olarak adlandırılan agresif meme kanserinin standart tedavi seçenekleri reseptör kayıpları ve tümör homejenitesi sebebi ile çok etkin sonuçlar vermemekte veya kısa sürede direnç oluşmaktadır. Bitkilerin ikincil metabolitleri ve bitki özleri ile yapılan bazı çalışmalarda agresif kanser hücrelerinde hücre çoğalmasının azalması ve hücre ölümüne gidişin artması gözlemlenmiştir. Çalışmamızda üçlü negatif meme kanserini temsil eden MDA-MB-231 hücre hattı ve fibroblast benzeri MCF-10A kontrol hücre hatlarına Karnosik asit ve Oleuropeinden zengin bitki özütleri ve Salisilik asit bireysel ve kombin olarak uygulanmış ve sitotoksik etkileri değerlendirilmiştir. WST-1 analizi ile yapılan analizde sözkonusu maddelerin bireysel uygulamalarının sitotoksisite ile sonuçlandığı gözlenmiştir (p<0,0001). Tekli IC50 değerlerine göre oluşturulan 3'lü karışımın IC50 değeri ba zalınarak (%50) yapılan analizde kombin madde uygulanması da MDA-MB-231 hücrelerinde sitotoksisite ile sonuçlanmıştır. Annexin V deneyleri sitotoksik etkinin apoptoz kaynaklı olduğunu doğrulamıştır (p<0,005). Uygulanan 3'lü karışımın hücre apoptoz ve hücre döngüsü yolağında görev yapan APAF-1, BCL-2, BAX ve CDK2 ekspresyon değişimleri RT-PCR yöntemi ile belirlenmiştir. MDA-MB-231 hücrelerinde APAF-1de 17,5 kat olmak üzere BCL-2 12,2 kat, BAX 2,7 ve CDK2 2,1 kat olarak ekspresyonlarında artış gözlemlenmiştir. Karnosik asit, Oleuropeinden zengin bitki özütleri ve Salisilik asit'in bireysel ve kombin uygulamalarının agresif meme kanseri hücre hattında etkin sitotoksik potansiyelini gösteren bulgularımız sözkonusu doğal biyoaktif maddelerin kemoterapiye yardımcı ve preventif olarak kullanılabileceğini de vaat etmektedir. Anahtar Kelimeler: Agresif Meme Kanseri, Karnosik asit, Oleuropein, Salisilik asit, MDA-MB-231 Bu çalışma, İstanbul Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından desteklenmiştir. Proje No: 32461
Kolorektal kanserle ilişkili olabilecek FADS1, BDNF ve NPY gen polimorfizmlerinin incelenmesi
Kolorektal kanser, akciğer ve meme/prostat kanserlerinden sonra dünyada en yaygın görülen üçüncü kanser türüdür ayrıca kansere bağlı ölümlerde en çok görülenler arasında ikinci sıradadır. Hastalık süreci boyunca hem fizyolojik hem de morfolojik zorluklara maruz kalmalarından dolayı kolorektal kanserli hastaların % 50'sinin metastazdan öldüğü tahmin edilmektedir. Literatürde en çok karaciğer metastazı yaptığı bilinse de moleküler mekanizmaları hakkında hala tam olarak bir bilgi bulunmamaktadır. Kolorektal kansere yatkınlık ve bunun genetik ile ilişkisi araştırıldığında birçok genin sorumlu olduğu ortaya çıkmıştır. Çalışmamızda oluşturulan iki gruptan 84 örnek bulunduran kolorektal kanserli hasta grubu ve 81 örnek bulunduran sağlıklı kontrol grubu numunelerinde FADS1, BDNF ve NPY genlerinin polimorfizm açısından ilişkisinin incelenmesi hedeflenmiştir. Hasta ve kontrol gruplarındaki gen polimorfizmi, DNA izolasyonu ve PCR yöntemiyle yapılmış olup, sonuçlarımız SPSS ile değerlendirilmiştir. Araştırma sonucunda; BDNF geninin genotip dağılımı hasta grubunda %5,1 GG, %89,7 GA, %5,1 AA ve kontrol grubunda %3,9 GG, %93,5 GA, %2,6 AA bulunmuştur. Yapılan istatistik göre gruplar arasında istatistiksel olarak anlamlı bir farklılık görülememiştir. (p>0,05) NPY geninin genotip dağılımı hasta grubunda %3,8 AA, %93,8 AG, %2,5 GG ve kontrol grubunda %7,8 AA, %84,4 AG, %7,8 GG olarak saptanmıştır. Yapılan istatistiki analiz sonucuna göre gruplar arasında istatistiksel olarak bir anlam görülmemektedir. (p>0,05) FADS1 geninin genotip dağılımı ise hasta grubunda %7,8 TT, %90,6 GT, %1,6 GG ve kontrol grubunda %3,9 TT, %78,9 GT, %17,1 GG şeklinde belirlenmiştir. Hasta ve kontrol grubunun karşılaştırılması gerçekleştrildiğinde GG genotipi bakımından (p<0,003) anlamlı farklılık olduğu gözlenmiştir. Çalışmamızda incelenen FADS1, BDNF ve NPY genlerinin kolorektal kanser ile ilişkili literatürde polimorfizm çalışması bulunmadığından bu projenin verileri literatüre katkı sağlayan öncü veri olma özelliği göstermektedir. Çalışılan genlerden FADS1 geninin, varlığının koruyucu özellikte olabileceği ifade edilebilir. İstatistiksel olarak anlamlı olan bu genin ve ilgili genotipinin kolorektal kanser ile ilişkisi bulunmasına rağmen detaylı ve net sonuçlara ulaşabilmek için daha fazla sayıda örnekle detaylı çalışmaların yapılması önerilmektedir.
Pankreas adenokarsinom hücre hattında etken flavonoid bileşenlerin kemopreventif ve gemsitabin'e karşı gelişen direnç üzerindeki etkilerinin araştırılması
Pankreas kanserlerinin %85-95'ini oluşturan pankreatik duktal adenokarsinom (PDAC) hastalarının 5-yıllık sağkalım oranı %9'dur. Günümüzde genel sağlık durumu iyi olan hastalarda lokal yayılım gösteren veya metastatik PDAC tümörlerinin tedavisinde birden fazla kemoterapötiği içeren ajanlar kullanılmakla beraber genel performansı düşük olan hastalarda Gemsitabin monoterapisi altın standart olmaya devam etmektedir. Gemsitabin'e artımlı maruz bırakma ile direnç kazandırılan Panc-1/GEM ve Panc-1 hücre hatlarında, bitkilerin çeşitli kısımlarında bulunan flavonoidleri içeren fenolik karışımın tek başına ve Gemsitabin ile birlikte viyabilite üzerindeki etkileri CCK-8 testi ile, migrasyon üzerindeki etkileri yara-iyileştirme testi ile ölçüldü. Ayrıca, bir anti-metastatik gen olan NDRG1'in ve bir ilaç atım pompası geni olan MRP5'in ekspresyonları mRNA düzeyinde gerçek-zamanlı PZR ile ölçüldü. Yaklaşık 1 yıl süren direnç kazandırma işlemi teyit edildikten sonra, fenolik karışımın dirençli ve dirençsiz Panc-1 hücrelerinin viyabiliteleri üzerindeki etkilerinin istatistiksel olarak anlamlı bir şekilde farklı olmadığı, dirençşi hücrelerde Gemsitabin ile az da olsa sinerjistik bir etkisi olduğu bulundu. Fenolik karışım hem dirençli hem de dirençsiz hücrelerin migrasyonunu, Gemsitabin anlamlı bir etkide bulunmazken, düşük dozlarda yavaşlattığı ve yüksek dozlarda durdurduğu ölçüldü. Dirençli hücrelerde NDRG1 ve MRP5 genlerinin ekspresyonları anlamlı ölçüde düşüktür. Direnç kazandırılmamış hücrelerde hem Gemsitabin hem de fenolik karışım NDRG1 ve MRP5 genlerinin ekspresyonlarını değiştirmezken, fenolik karışım dirençli hücrelerde NDRG1 ve MRP5 genlerinin ekspresyonlarını, 2 kattan daha fazla arttırırken, Gemsitabin sadece NDRG1 genininkini arttırmıştır. Fenolik karışımın Gemsitabin'e karşı direnç kazanmış pankreas kanser hücrelerinde kazanmamışlarla aynı sitotoksisiteyi göstermesi, migrasyonu durdurabilmesi, NDRG1 geninin ekspresyonunu dirençli hücrelerde arttırması bu karışımın özellikle lokal yayılım gösteren Gemsitabin'e karşı dirençli PDAC tümörlerinde migrasyonu engelleme ve proliferasyonu durdurma konularında etkili olabilme potansiyelini göstermektedir.
Diyabetik obez ve diyabetik obez olmayan hastalarda bazı gen polimorfizmleri arasındaki ilişkinin incelenmesi
Diabetes mellitus, pankreasın Langerhans adacıklarındaki hücrelerde insülin hormonunun tamamen veya kısmi olarak salgı eksikliği ya da insülin etkisinin yetersizliği ile oluşan, en tipik semptomu hiperglisemi olan, karbonhidrat, lipid ve protein metabolizma bozukluğu ile de karakterize bir endokrin ve metabolizma hastalığıdır. Diabetes mellitus hastalarında en tipik klinik semptomlar polidipsi, polifaji ve poliüri iken, kapiler membran değişiklikleri ve hızlanmış arteriosklerozis oluşumu gözlenmektedir. Hastalar, genellikle obez veya kiloludur (Beden kütle indeksi (BKİ)>25 kg/m2). Diyabet ve obeziteye yatkınlığın sebebinin genetik ilişkisi incelendiğinde sorumlu olduğu tespit edilen birçok gen bulunmuştur. Çalışmamızın amacı; hem diyabete hem de obeziteye etkisinin olduğu düşünülen genlerden FTO, FABP2 ve TCF7L2'nin söz konusu vaka grupları açısından gen polimorfizimleri arasındaki ilişkisini incelemektir. Araştırmamızda; diyabetik obez olan 82, diyabetik obez olmayan 82 hasta kullanılırken, kontrol grubuna da 70 obez ve diyabet olmayan gönüllü kişi dahil edilmiştir. Gruplarımızdaki gen polimorfizmi, DNA izolasyonu ve Real-Time PCR yöntemi ile yapılmış, sonuçlar ise SPSS ile değerlendirilmiştir. Araştırmamızın sonucunda; FTO-FABP2 genleri ve allelleri grup kıyaslamalarımızda istatistiksel olarak yüksek düzeyde anlamlılık göstermiştir. Ayrıca bu genlerin ve allellerinin BKİ, yaş, glikoz ve HbA1C parametreleriyle kıyaslanmasında da istatistiksel olarak yüksek anlamlılıklar çıkmıştır. Bu genlerimizin, hem diyabet hem de obeziteyle ilişkisinin olduğu tespit edilmiştir. TCF7L2 genimiz için istatistiksel olarak yeterli netliğe ulaşılamamış, ancak diyabetle bağlantısının olduğu gösterilmiştir. İlgili gen açısından detaylı ve net sonuçlara ulaşmak adına daha çok sayıda örnekle farklı çalışmaların yapılması önerilmektedir. Anahtar Kelimeler: Diyabet ve Obezite, FTO, FABP2, TCF7L2, Gen Polimorfizmi Bu çalışma, İstanbul Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından desteklenmiştir. Proje No: 31646.
Meme kanseri hücre hattında taşıyıcı gümüş nanopartikül bağlı resveratrolün etkisinin incelenmesi
Doğal bir fitoaleksin olan resveratrolün toksik etkisi bulunmayan gümüş nanopartiküle bağlanması sonucu etkileri hücre hatları üzerinde XTT yöntemi ile IC50 değerleri hesaplanarak değerlendirildi. Kanser hücre hattı olarak Mda-Mb-231 ve Mcf-7 hatları kullanılır iken kontrol grubu olarak ise sağlıklı Mcf-10A hücre hattı kullanıldı. FTIR ve Uv-Vis analizi ile resveratrolün gümüş nanopartiküle bağlanması kontrol edildi. Zeta Sizer ölçümü ile yüzey potansiyelindeki farklılıklar ölçüldü. Resveratrol ve gümüş nanopartikülün bağlandığı ortaya kondu. IC50 değerleri sonucu Mda-Mb-231 hücre hattının duyarlı olduğu sonucuna varıldı ve bu hücre hatttı flow sitometri ile incelendi. Flow sitometri sonucu Mda-Mb-231 hücre hattında canlılık azalışı ve erken apoptotik, geç apoptotik ve nekroz değerlerinde artış gözlemlendi. Resveratrol tek başına hücre siklusunu G0/G1 evresinde durdurur iken gümüş nanopartikül ile birlikte kullanıldığında hücre siklusunu S evresinde durdurdu. Sonuç olarak, resveratrol ve gümüş nanopartikülün bağlanabildiği tespit edildi. Resveratrol ve gümüş nanopartikülün birlikte kullanımı sonucu kanser hücresi üzerinde sitotoksisite gösterdiği, hücre siklusunu durdurduğu ve apoptozu arttırması sebebiyle tedavide kullanılabileceği düşünüldü. Anahtar Kelimeler: Meme kanseri, resveratrol, gümüş nanopartikülü, Mda-Mb-231, Mcf-7
Mide kanserli olgularda TRAIL ve TRAIL-DR4 gen polimorfizmlerinin ve TRAIL serum düzeylerinin araştırılması
Mide kanseri yüksek mortalite ve morbidite ile seyreden bir kanser türüdür. Patologenezinde çevresel ve genetik faktörler önemli rol oynamaktadır. Bu amaçla yapılan analizlerden "kansere yatkınlık'' adayı genler tespit edilmekte, polimorfizm çalışmaları ile gen varyantlarının kansere patogenezindeki önemi araştırılmaktadır. Çalışmalarda hücre çoğalması, farklılaşması ve apoptotik süreçlere ait genler, metabolik enzimler, DNA onarımında yer alan proteinler ve inflamatuvar süreçlerde görev yapan mediatörlerdeki genetik varyasyonların hastalık yatkınlığında ve prognozunda önemli rol oynadığı tespit edilmiştir. Bu çalışmada, apoptotik süreçte rol oynayan TRAIL ve reseptörü TRAIL-DR4 gen varyantları ile hastalığın klinik karakteristikleri ve hastalık yatkınlığı arasındaki ilişki incelenmiştir. Çalışmamızda TRAIL 1595C/T ve TRAIL-DR4 C626G genotip frekansları incelenmiş olup, ''mide kanserli olgular'' ile kontrol grubu arasında anlamlı fark saptanmamıştır. Hasta grubunda CC genotip frekansı sıklığı (%60), en yüksek olarak bulunmuştur. TRAIL-DR4 C626G GG ve GC "genotip frekans sıklığı'' (%40) eşit olarak saptanmıştır. Genotip frekansları arasında klinik parametreler (tümör evresi, lenf nodu tutulumu, uzak metastaz, perinöral invazyon) açısından fark gözlenmemiştir. Hasta-kontrol grupları serum TRAIL düzeyleri arasında fark bulunmamıştır. Literatürde çalışma sonuçları arasında farklılıklar mevcuttur. Daha geniş hasta grubunda yapılacak çalışmalara ihtiyaç vardır.
Diabetik hastalarda GHRL (RS4684677), FTO (rs8044769) ve PGC-1α (RS8192678) polimorfizmleri arasındaki ilişkinin incelenmesi
Diyabet, pankreasın Langerhans adacıklarındaki beta hücrelerinde multifaktöryel sebep-lere bağlı olarak insülin sentez defektleri sonucu gelişen genel olarak hiperglisemi ile kendini gösteren, kronik bir grup metabolik bozukluktur. Diyabet gelişiminde çevresel etkenlerin rolü olduğu kadar genetik yatkınlık da çok önemlidir. Diyabetik hastalarda yapılan polimorfizm çalışmaları sonucu birçok gen diyabet gelişimi ile ilişkili bulun-muştur. Biz de çalışmamızda genel olarak diyabet ve obezite ile ilişkilendirilen GHRL, FTO ve PGC-1α genlerinin belirli varyantlarının diyabet ile ilişkisini hasta ve kontrol grupları üzerinden karşılaştırarak göstermeyi amaçladık. Çalışmamıza 100 Tip2 DM hasta ve 94 sağlıklı gönüllüler dahil edilmiştir. GHRL (rs4684677), FTO (rs8044769) Ve PGC-1α (rs8192678) gen polimorfizm çalışmaları DNA izolasyonu sonrası Real-Time PCR yöntemi ile gerçekleştirilmiştir. Gruplar arasındaki istatistiksel farklıkları gösterebilmek için One-Way ANOVA testi, Post-Hoc ve Kruskal-Wallis testleri, SPSS kullanarak uygulandı. GHRL (rs4684677) için hasta ve kontrol grupları arasında fark bulunmazken, FTO (rs8044769) varyantı için TT allelini ve PGC-1α (rs8192678) var-yantı için GG allelini taşıyanlar, hasta grubunda daha sık olarak bulunmuştur. FTO (rs8044769) için hasta grubunda TT genotipi taşıyanlarda CT genotipi taşıyanlara göre LDL düzeyleri anlamlı derecede yüksek bulunmuştur. PGC-1α (rs8192678) için. hasta grubunda, glukoz ve BMI düzeyleri GA genotipi taşıyanlarda GG genotipi taşıyanlara göre anlamlı olarak yüksek gözlemlenmiştir. GHRL (rs4684677) allellerinin biyokimyasal profillere göre dağılımında istatistiksel olarak bir farklılık saptanmamıştır. İlgili genlerin diyabet ile ilişkisi açıklama adına daha ileri çalışmalara ihtiyaç vardır
Larinks kanserinde ox40, ox40l gen varyantlarının ve sox40l düzeylerinin araştırılması
Tümör mikro çevresi, sürekli tümör oluşumunu, metastazı ve tümör yaşayabilitesini kolaylaştırmak için bazı moleküler süreçleri "yenileme, hızlandırma veya değiştirmeye yönelik evrimleşir". Bu süreci yöneten mekanizmaların başında immünmodülatörler gelmektedir. İmmünomodülatörler, "T hücre yanıtını arttıran aktivatör veya azaltan inhibitör moleküller" arasındaki iletişimle gerçekleşmektedir. Son yıllarda tümöre karşı immün yanıtın geliştirilmesi için inhibitör etkinin blokasyonu gibi aktivatör etkinin arttırılmasına yönelik çalışmalar da yapılmaktadır. Bu çalışmalar literatüre değerli bilgiler katmış ancak, immün sistemin aktivasyonuna bağlı olarak, tümörün gerilemesine dair elde edilen sonuçlarda tüm kanser hastalarında ne yazık ki aynı olumlu yanıt gözlenememiştir. İmmünoterapi duyarlılığının ve bu mekanizmayı etkileyen moleküllerin ekspresyonlarının kanser türleri arasındaki farklılaşmasının yanı sıra bireyler arasında da değiştiği bildirilmiştir. Bu değişikliğin altında yatan mekanizmaların anlaşılmasının ve aydınlatılmasının bu duruma bir çözüm olabileceği düşünülmektedir. Genlerin ekspresyon seviyelerini etkilediği bilinen mekanizmalardan biri olan tek nükleotit polmorfizmlerinin (SNPs) immün kontrol noktaları üzerindeki etkilerinin araştırılması, güvenilir immünoterapi biyobelirteçlerin tanımlanmasında kritik öneme sahiptir. Tüm bu bilgiler ışığında, çalışmamızda "larinks kanserli hastalarda T hücrelerinin aktifleşmesi, farklılaşması, çoğalmasında" rol oynayan ve bazı immün sistem regülasyonunda etkili olduğu bilinen sitokinlerin salınımını düzenleyen OX40 (rs17568) ve OX40L (rs3850641) genleri üzerindeki bazı polimorfizlerin araştırılmasını hedeflemekteyiz. Ayrıca ilgili SNP'lerin T hücrelerinin proliferatif tepkilerini arttırdığı bilinen çözünebilir OX40L düzeyine olan etkisi incelenecektir. Elde edilen tüm verilerin hastalığın risk ve progresyonunda önem taşıyan klinik bilgiler ile olası korelasyonlarının saptanması amaçlanmıştır. Anahtar Kelimeler: Larinks Kanseri, OX40, OX40L, T Hücrelerinin Aktivasyonu, SNP
Hazara Virüsün Kırım Kongo Kanamalı Ateşi Virüsü için model organizma olarak araştırılması
Hazara virüsü (HAZV), Bunyavirales sınıfının Nairoviridae ailesinin Orthonairovirüs cinsinden olup Kırım Kongo Kanamalı Ateşi Virüsü (KKKAV) ile aynı cinse mensuptur. KKKAV'nin neden olduğu Kırım Kongo Kanamalı Ateşi (KKKA) hastalığı için herhangi bir koruyucu veya terapötik tedavi olmaması virüsü yüksek risk grubuna sokup biyogüvenlik seviyesi (BSL) 4'te çalışılmasını gerektirmektedir. Öte yandan, aynı serogrubun bir üyesi olan HAZV, insanlar için bir patojen olarak rapor edilmemiştir. Bu sebeple HAZV, KKKAV için model teşkil etmekte ve BSL-2'de çalışılmaya izin vermektedir. KKKAV ve HAZV S segmentlerinin kodladıkları NP'ler birbirlerine aminoasit düzeyinde %59 oranında benzerlik göstermektedir. KKKAV gibi pek çok bunyavirüste NP, yüksek immun cevap oluşturmakta ve virüse karşı oluşan antikorların tespitinde kullanılmaktadır. HAZV ve KKKAV arasındaki benzerlikleri karakterize etmek ve HAZV'yi KKKAV infeksiyonuna model olarak kullanabilmek için tüm virüsün ve HAZV NP'sinin çalışılması önem arz etmektedir. Bu çalışmada, iki virüsün insan, fare ve tavşanda oluşturduğu humoral immun yanıt benzerlikleri araştırılmıştır. Bu amaçla, virüslere ve NP proteinlerine karşı oluşan antikorlar enzim immunoassay (EIA) ve western blot yöntemleriyle karşılaştırılmıştır. Negatif kontrol olarak ise immünize edilmemiş fare ve tavşan serumları ya da sağlıklı insan serumları kullanılmıştır. Enzim immunoassay ve western blot testleri HAZV ve KKKAV'ye karşı oluşan antikor yanıtınde yüksek oranda bir çapraz tepkimenin varlığını ortaya konmuştur. Bu sonuçlar, HAZV ve KKKAV NP'lerinin ve tüm virüsün humoral immün yanıtta önemli benzerlikler paylaştığını ve HAZV'nin KKKAV için bir model olarak kullanılma olasılığının altını çizmektedir.
Kilo alımı ile ilişkili olabilecek BDNF ve dopamin D2 reseptörü gen varyasyonlarının incelenmesi
Nörotrofinler, nöronal plastisite süreçlerinde yer alır ve belirli nöron popülasyonlarının hayatta kalma, farklılaşma ve işlevlerini sürdürme konusunda görev üstlenir. Bir nörotrofin olan BDNF geninde alternatif splicing, en az biri olgun proteini üretmek için proteolitik olarak işlenmiş bir preproprotein kodlayan çoklu transkript varyantlarına yol açar. Bu proteinin reseptörüne bağlanması yetişkin beyninde nöronal sağkalımı arttırır. Bu gen stres yanıtının düzenlenmesinde ve duygudurum bozukluklarının biyolojisinde rol oynayabilir. Dopamin reseptörleri D1 benzeri ve D2 benzeri olarak ikiye ayrılır. İşlevlerine göre dopamin reseptörü alt tipleri olarak belirlenen D3 ve D4, D2 benzeri reseptörler olarak adlandırlırken D5, D1 benzeri resöptör olarak sınıflandırılmıştır. D1 benzeri reseptörlerin bir önemli hücre içi etkisi G-proteinleri aracılığıyla adenilat siklazı aktive etmeleridir, bu da hücre içersinde cAMP'nin artması ile sonuçlanır. D2 reseptör uyarılmasının adenilat siklaz aktivitesini azalttığı gözlenmiştir. D2 reseptörleri bir grup G proteiniyle etkileşmekte ve bu da, Ca2+ ve K+ kanal işlevlerinde düzenleme ve fosfoinozitid üretiminde değişiklik gibi çeşitli ikincil haberci etkileriyle sonuçlanmaktadır. DRD2 geni, dopamin reseptörlerinden D2 alt tipini kodlamakadır. Tez çalışmamızda, BDNF ve DRD2 genlerinin kilo alımı ile ilişkili olabilecek varyasyonlarını (rs6265 ve rs1800497) beden kitle indeksi 30 kg/m2 üzerindeki bireylerin DNAsında inceledik. Sonuç olarak BDNF geninindeki rs6265 polimorfizminin obezite ile ilişkisi tespit edilirken, DRD2 genindeki rs1800497 polimorfizmi ile obezite arasında bir bağlantı bulunamamıştır.
Koroner arter ektazi hastalarında prolidaz gen (PEPD) mutasyonlarının risk etkilerinin araştırılması
Koroner arter ektazi (KAE), en az bir koroner arterde komşu normal koroner arter segmentine göre 1.5 kat veya daha fazla genişleme olarak tanımlanmaktadır. KAE etiyolojisinde bağ doku hastalıkları yer almaktadır. KAE'de, koroner arter duvarı bağ dokunun zayıflamasının, pozitif yeniden biçimlenmesine neden olduğu gösterilmiştir. Prolidaz ise kollajen metabolizmasında, yeni matriks oluşumunda ve hücre büyümesinde rol alan bir enzimdir. Bu çalışma prolidazın eksprese olduğu PEPD genindeki varyasyonlarının ve serum prolidaz düzeyinin KAE hastalarında risk faktörü olarak klinik fenotip ile biyokimyasal parametrelerle birlikte değerlendirildiği ilk kapsamlı çalışmadır. 76 KAE hastası ve 76 kontrole ait DNA örneklerinde PEPD geni yeni nesil dizileme yöntemi olan MiSeq ile dizilenmiştir. KAE grubunda hipertansiyon (p=0,006) ve hiperlipidemi prevalansı (p<0,001) yüksek bulunmuştur. Klinik parametrelerde ise, KAE grubunda, HbA1c% (p=0,026), trigliserid (p=0,048) ALT (p=0,036), AST (p=0,027), kreatinin (p=0,021) yüksektir. Serum prolidaz düzeyi (p<0,001) ve HDL-K (p=0,02) KAE grubunda anlamlı derecede düşük bulunmuştur. KAE grubunda PEPD rs17570 G>A varyasyonunda (GA+AA) genotipine (p=0,04) ve PEPD rs1698070 T>C varyasyonunda (TC+CC) genotipine sahip olanlarda (p=0,05) serum prolidaz düzeyi daha düşüktür. Kontrol grubunda PEPD rs17569 G>A varyasyonunda (GA+AA) genotipine sahip olanlarda serum prolidaz düzeyi (p=0,01) yüksektir. Haplotip analizlerinde KAE riski açısından özellikle rs1061338 nadir G alleli ve 17570 normal G allelini birlikte taşımanın KAE risk artışıyla yakın ilişkili olduğu gözlenmiştir. Sonuç olarak, PEPD genindeki değişimlerin KAE gelişimine katkıda bulunduğu söylenebilir.
Küçük hücreli dışı akciğer kanseri hasta örneklerinin ileri proteomik analiz yöntemleri kullanılarak incelenmesi
Kütle spektrometrelerindeki son teknolojik ilerlemeler ve buna paralel olarak geliştirilen yöntemler, kompleks biyolojik numunelerdeki proteinlerin derinlemesine incelendiği geniş ölçekli çalışmalara imkan sağlamaktadır. Proteomik stratejilerdeki bu etkileyici gelişim sayesinde kanser biyolojisindeki anlayışımız da artmaktadır. Kötü prognoz sergileyen ve düşük sağkalım oranına sahip akciğer kanseri için çalışmalar, genel olarak erken tanı ve kişiselleştirilmiş tedaviye odaklanmıştır. Bu nedenle kütle spektrometresi tabanlı proteomik yaklaşımlar, daha etkili ve uygun tedavi için doku veya vücut sıvılarındaki hedeflenebilecek proteinlerin tespitinde modern ve umut verici teknolojiler olarak görülmektedir. Bu amaçla çalışmamızda büyük hücreli karsinom (BHK) hastalarına ait klinik örneklerin geniş ölçekli proteomik analizleri gerçekleştirilmiştir. Öncelikle doku örnek setinin protein profili ortaya çıkarılmış ve ifade değişimi olan proteinler tespit edilmiştir. Daha sonra aynı hastalara ait serum örnekleri incelenmiş ve doku örnek setiyle ortak protein ifade farklılığı görülen proteinlerin PRM analiziyle doğrulaması yapılmıştır. Yapılan informatik analiz sonrasında doku örnek setinde 6000'in üzerinde ve serum örnek setinde 500'ün üzerinde protein tanımlanmıştır. Gruplar arası değerlendirme sonrasında anlamlı ifade farklılığı olan tümör doku grubunda 503 ve BHK serum grubunda 52 protein tespit edilmiştir. Ayrıca 7 proteinin hem serum hem de dokuda benzer ifade değişimine sahip oldukları tespit edilmiş, elde edilen sonuçlar serum örneklerindeki tekrarlı PRM analizleriyle doğrulanmıştır. Bu çalışma sayesinde diğer akciğer kanserlerinin yaygın görülen histolojik alt türlerinin aksine daha az çalışmaya rastlanılan büyük hücreli karsinom olgularında, MS tabanlı proteomik yaklaşımlar kullanılarak binlerce protein aynı anda hassas bir şekilde incelenmiş ve geniş kapsamlı veriler elde edilmiştir. Bu nedenle çalışmamızın, BHK için yapılacak sonraki çalışmalara katkı sağlayacak önemli bir veri kaynağı olacağını değerlendirmekteyiz.
Türk popülasyonunda mikroRNA'larin (MİR-92a, MİR-126, MİR-195, MİR-214, MİR-224 ve MİR-1247), kolorektal kanser (CRC) tanı ve / veya prognostik faktör olarak değerlendirilmesi
Colorectal Cancer (CRC) is one of deadly cancer; It is a multifactorial disease. There is a poor prognosis for patients who diagnosed late. Complete understanding of the pathogenesis at the molecular level could have significant implications concerning the detection and treatment of CRC. Moreover, establishing early non-invasive diagnostic biomarkers will aid the course of the disease treatment and overall survival. MicroRNAs are critical elements in the progression of cancer and are candidate biomarkers detectable in blood. We studied the expression level of circulating level of six miRNA, namely; miR-195, miR-92a, miR-126, miR-1247, miR-214, and miR-224, to correlate their level with CRC stages and compare the samples from patients and control group among the Turkish population. We performed qRT-PCR, to detect the expression level of miRNAs in 40 patients have colorectal cancer and 40 control individuals, for statical analysis, we used one-way ANOVA and Pearson correlation test. Our study revealed that miRNAs (miR-195, miR-224, miR-126-3p and miR-1247) are significantly downregulated in patient's serum compared with the control group with a fold change (-18, -6.4, -9 and -11, respectively), with a p-value less than 0.05. while miRNAs (miR-214 and miR-92a) are upregulated in cancer, having 6.6 and 35 fold-change orderly between the patients and control cases. Interestingly, there is a significant difference in expression level among different cancer stages. There is an insignificant difference in the expression level of miRNAs based on smoking, age and gender. However, mir-1247 was higher among the smoker group. The result indicates the possibility of using those miRNA as biomarkers in colorectal cancer.
"Serum MIR-101, MIR-339-3P ve Let-7G, MIR-638, MIR-375 ve MIR-124, Türk popülasyonunda mide kanseri için bir biyobelirteçtir
Gastric cancer is one of the most common cancer types in both genders, as well as the most significant cancer death reason globally. Despite the rise in diagnosis and treatment technology and methods that lead to decreasing its occurrence and mortality numbers, the overall numbers are still high with a continuous search for better solutions. Cancer treatment through micro-RNAs has been in research for a few decades, where several miRNAs were discovered and utilized to alleviate and treat cancer cases. Through their promotion and inhibition functions for proteins and receptors, miRNAs have the ability to alter the cell growth and function according to their expression. In this research, an investigation is conducted to study the relationship between the expression levels of six miRNAs; miR-101, miR-339-3p, let-7g, miR-638, miR-375 and miR-124 and gastric cancer. The study depends on serum samples from healthy (control) and gastric cancer patients (experimental) in order to establish a referenced investigation with reliable statistical significance. Using real-time qPCR analysis, the results of the research show that miR-101, miR-339-3p, let-7g and miR-375 were upregulated in gastric cancer patients, in comparison with healthy subjects. However, miR-638 and miR-124 were downregulated in gastric cancer patients. Possibilities for diagnosis and therapeutic strategies for gastric cancer are discussed through using these six miRNAs. Keywords: Gastric cancer, miR-101, miR-339-3p, let-7g, miR-638, miR-375, miR-124, RT-qPCR
Kurkumin ve analoglarının direnç mekanizmaları ile ilişkili aday genler ve miRNA üzerine etkilerinin over kanseri hücrelerinde incelenmesi
Over kanseri, jinekolojik maligniteler arasında beşinci sırada olmasına rağmen mortalite oranı en yüksek olan kanser türüdür. Son yıllarda, doğal ürünler aynı anda birçok hedefe ulaşabildiği, kemoterapötiklerin toksisitesini ortadan kaldırdığı ya da minimuma indirdiği için, bu ürünlerin kemoterapötikler ile kombine edilerek kullanılmasıyla ilaç direnç mekanizmalarına yönelik klinik çalışmalara başlanmıştır. Bu bilgiler ışığında, doğal ürünlerden kurkumin ve analoglarının (demetoksikurkumin ve bisdemetoksikurkumin) insan over kanseri ve sisplatine dirençli over kanseri hücre hattında tekli ve kombine uygulanması sonrası hücre proliferasyonu ve apoptoz üzerindeki etkilerinin incelenmesi amaçlanmıştır. Etken maddelerin hücre proliferasyonu üzerine etkisini incelemek amacıyla her iki hücre hattında geniş bir doz aralığında (1 µM, 5 µM, 10 µM, 15 µM, 20 µM, 30 µM, 40 µM) ve zaman diliminde (6 h, 12 h, 24 h, 36 h, 48 h) WST-1 analizi yapılmıştır. Yapılan WST-1 analizi sonucu her iki hücre hattında tekli ve kombinasyon uygulamalarının hücre proliferasyonunu inhibe ettiği tespit edilmiştir. Belirlenen en uygun doz (1 µM) ve zaman (12.saat) aralığında tüm grupların apoptoz deneyleri yapılmıştır. Her iki hücre hattında da uygulanan etken maddelerin erken apoptozu indüklediği gösterilmiştir. Ayrıca bu tez projesi ile sisplatin dirençli over kanseri hücre hattında olası direnç mekanizmalarından glutatyon metabolizması ile ilişkili aday bir genin (GSTP-1) ve mikroRNA'nın (miR-133b) ekspresyon çalışması yapılarak kurkumin ve analogları ile ilgili moleküler mekanizma çalışmalarına katkıda bulunulması hedeflenmiştir. Çalışmamızda, dirençli over kanseri hücre hattında etken maddelerin sisplatin ile kombine uygulanması GSTP-1 geninin ekspresyon seviyesinin azalmasını sağlamış ve bu durum direnç mekanizmasının aydınlatılmasına katkı sunmuştur. Sisplatin direnç mekanizmasında glutatyon metabolizmasının rolü ve miRNA arasındaki ilişkinin aydınlatılması ile yüksek mortalite oranına sahip over kanserinin tedavisinde alternatif yaklaşımların elde edilmesi amaçlanmıştır. Aynı zamanda sisplatinin sitotoksik etkilerinin doğal bileşikler ile azaltılması öngörülmüştür. Anahtar Kelimeler : Over, Kanser, Kurkuminoidler, Dirençlilik, Gen, Ekspresyon Bu çalışma, İstanbul Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından desteklenmiştir. Proje No: 35365
Meme kanserinde PIK3CA gen varyasyonunun ve PI3K serum düzeyinin incelenmesi
Meme kanseri, kadınlar arasında yaygın görülen bir kanser türü olup genetik, çevresel veya hormonal çeşitli etkilerin sonucu olarak gelişmektedir. Meme kanserinde önemli rol oynayan pek çok sinyal yolağı vardır. Bunlardan insan malignitelerinde yoğun bir şekilde araştırılan PI3K (Fosfatidilinozitol 3-kinaz) sinyal yolağı; hücre çoğalması ve anjiyogenezi tetikleyerek tümör oluşumu ve kanser gelişiminde önemli bir role sahiptir. PI3K ailesi alt sınıfından p110α'yı üreten PIK3CA, diğer izoformlara göre kanserde daha fazla mutasyona uğramaktadır. İnsan popülasyonlarında sıklıkla görülen tek nükleotid polimorfizmler (SNP'ler) ise, protein yapısını veya fonksiyonunu değiştirerek kansere ve birçok hastalığa karşı yatkınlığı etkileyebilmektedir. Çalışmamızda, PIK3CA; C>A gen varyasyonu ve PI3K serum düzeyleri ile meme kanseri riski ve klinik, prognostik parametrelerle olası ilişkilerin değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Araştırmamız sonucunda, meme kanserli hastalar ile sağlıklı bireyler arasında ilgili polimorfizmde genotip ve allel dağılımları açısından anlamlı bir fark gözlenmemiştir (p>0,005). PIK3CA; C>A gen varyasyonu genotip ve allel dağılımlarına göre; klinik ve prognostik ile birlikte değerlendirildiğinde istatistiksel olarak anlamlı bir veri saptanmamıştır. PI3K serum düzeyleri meme kanserli hastalarda kontrol grubuna göre daha yüksek oranda gözlenmiş olup aradaki fark istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur (p=0,033). Ancak PI3K serum düzeyleri ile PIK3CA; C>A genotip ve allel dağılımları, klinik ve prognostik parametreler açısından anlamlı bir bulguya rastlanmamıştır. Çalışmamız sonucunda serum PI3K seviyelerinin meme kanseri riskinde rol oynayabileceği ve PIK3CA; C>A gen polimorfizminin daha geniş örneklem grupları arasında incelenmesi gerekliliği kanısına varılmıştır.
Renal kanser hücre soylarında süksinik asitin antikanser etkinliğinin araştırılması
Renal kanserler, tüm kanser türleri arasında görülme sıklığı açısından 14. sırada yer alan, özellikle kemoterapi ve radyoterapi türevli tedavi yöntemlerine karşı dirençli bir kanser türüdür. Bu nedenle renal kansere yönelik etkin altenatif tedavi yöntemlerinin araştırılması önem teşkil etmektedir. Yakın zamanda yapılan çeşitli çalışmalarda farklı kanser türleri üzerinde süksinik asitin hücre ölümünü uyarmada etkin rol aldığı görülmüştür. Süksinik asit canlı organizmalarda ATP yapımında rol oynayan trikarboksilik asit siklusunda yer alan bir ara metabolittir. Metabolizmada yer alması dolayısıyla sağlıklı hücreler üzerinde bilinen bir yan etkisi yoktur. Tez çalışmamız kapsamında süksinik asit uygulamasının renal kanser üzerinde antikanser etkinliğini ölçmeyi amaçladık. Renal kanser hücre hatları (CAKI-2 ve ACHN) ve sağlıklı akciğer hücre hattı (MRC-5) artan konsantrasyon ve artan sürelerde süksinik asit ile inkübe edilmiştir. Süksinik asit uygulaması sonrasında hücrelerdeki canlılık yüzdesi WST-1 Sitotoksisite Testi ile ölçülmüş olup; tetiklenen hücre ölümünün apoptoz/nekroz analizleri Akış Sitometrik Annexin V ve Hücre Ölümü Tayin yöntemleri kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Süksinik asitin, beklediğimiz üzere, sağlıklı hücrelerde hücre ölümü uyarıcı etkisi tespit edilmemiştir. Bununla birlikte CAKI-2 hücreleri üzerindeki sitotoksik etkinliği 25μM ve 50μM konsantasyonları için sırasıyla %89 ve %91 iken ACHN hücreleri üzerinde aynı dozlardaki etkinliği sırasıyla %59 ve %61 olarak ölçülmüştür. Sonuç olarak, çalışmamızda süksinik asitin renal kanser hücre soyları üzerinde apoptotik etkinliği literatürde ilk kez çalışılmış olup potansiyel bir antikanser ajan olarak kullanılabileceğine dair izlenim elde edilmiştir. Anahtar Kelimeler: Renal hücreli karsinoma, süksinik asit, apoptoz, antikanser, hücre kültürü.
Kolorektal kanserli hastalarda tümor süpresor genlerinin, genetik varyasıyonlarının incelenmesi
Kolorektal kanser (KRK), morbidite ve mortalitenin en önemli nedenlerindendir, kadınlarda görülme sıklığı açısından ikinci, erkeklerde ise üçüncü kanser türüdür. Yaşam tarzı, (özellikle sporadik kolorektal kanserde), KRK için en önemli risk faktörlerinden biri olarak tanımlanmaktadır. Kolorektal kanseri de dahil olmak üzere çeşitli insan kanser türlerinde eksprese edilen ve oksidatif stres dahil olmak üzere çeşitli stres türleriyle indüklenen ve (kolorektal kanser de dahil olmak üzere çeşitli insan kanserlerinde aşağı regüle edilen) tioredoksin etkileşimli protein (TXNIP), redoks dengesinin önemli bir düzenleyicisi olan negatif bir tioredoksin düzenleyicidir. A-kinaz ankraj proteini 12 (AKAP12), hücre çoğalmasında, anjiyogenezde rol oynar. AKAP12'nin çoğu kez promotör hipermetilasyonu ile ilişkili birçok insan kanserinde aşağı doğru düzenlenmesi ya da 6q24-25.2'deki lokusunun kaybı, malignite ve metastaz ilerlemesi ile ilişkilidir. Çalışmada kolorektal kanser primer tümörlerin cerrahi örneklerinde TXNIP ve AKAP12 ekspresyonu, RT-PCR metoduyla incelendi. Tioredoksin bağlayıcı protein-2 ve A-kinaz ankraj proteini 12 ekspresyonu, tümör hücrelerinde azaldığı görülmektdir. Ancak TXNIP ve AKAP12 ekspresyonu sonucu hasta ve kontrol grupları arasında istatistiksel olarak anlamlı fark yoktu. Bu veriler, TXNIP ve AKAP12 'nin kolorektal karsinogenezisini negatif olarak düzenleyebileceğini göstermektedir. TXNIP ve AKAP12 , kolorektal kanseri için umut verici prognostik belirteçler olarak düşünülebilir ve ayrıca TXNIP ile AKAP12 ekspresyon seviyelerine dayalı kişiselleştirilmiş adjuvan tedavi uygulanması KRK tedavisinde etkili bir uygulama olacağını düşünmekteyiz. Anahtar Kelimeler : Kolorektal kanser, TXNIP, AKAP12, Ekspresyon, RT-PCR
Flavonoid kokteyli verilmiş MCF-7 hücrelerinde aurora kinazın protein düzeyinde etkisinin araştırılması
Tüm kadın kanserlerinin %18'ini oluşturan meme kanseri, kadınlarda kansere bağlı ölümlerin başlıca nedenidir. Yapılan çalışmalar tümörlerde hücre döngüsü düzenleyicilerinin sıklıkla ekspresyon seviyelerinin değiştiğini göstermiştir, bu durum hücre döngüsünün doğru işleyişinin kanserin önlenmesindeki önemini ortaya koymaktadır. Hücre siklusunda görevli Aurora kinazların(AK) kanserlerde aşırı eksprese olduğu gösterilmiştir. Bu yüzden AK'ın kanser tedavisinde moleküler hedef olabileceği düşünülmüş ve inhibitörler geliştirilmiştir. Preklinik çalışmalarda bu inhibitörlerin antitümör özelliklerinin olduğu belirtilse de ciddi yan etkilere sebep olmuştur. Bu sebeple doğal AK inhibitorlerinin araştırılmasına odaklanılmış ve flavonoidler önemli adaylardan olmuştur. Bu tez çalışmasında MCF7 Luminal A tip meme kanserini modelleyen hücre hattı belirli dozlarda ve saatlerde Flavonoid kokteyli (FK) ile muamele edilmiştir. FK muamelesi ardından WST-1 yöntemi ile sitotoksisite, Cell Cycle kiti ile hücre siklusu analizi ve Western blot yöntemi kullanılarak AURKA ve B proteinlerinin ekpresyon düzeyleri araştırılmıştır. WST-1 hücre proliferasyon analizi sonucunda en etkin dozun %10 olduğu belirlenmiştir. %35 oranında FK uygulanan hücrelerde 24.h'de neredeyse canlı hücre kalmamıştır. Hücre siklusu analizi ile FK uygulanmayan MCF7 hücre hattında hücrelerin %70'inin G2/M fazında olduğu görülürken %10doz FK uygulanması ile MCF7 hücrelerinin ilk 24.h'te S fazında, 48.h'te ise önemli bir çoğunluğunun G0/G1 fazında tutulduğu tespit edilmiştir. Western blotlama sonucunda %10 oranında FK uygulanmış MCF7 hücrelerinde 48.h'te AURKA'da anlamlı bir azalma görülmüştür(p<0.005). %35 dozu uygulanan hücrelerde AURKB'de anlamlı bir ekspresyon azalması tespit edilmiştir. Flavonoidlerin çoklu biyolojik mekanizmaları düzenleme kabiliyetleri nedeniyle kanser tedavisinde önemli kaynak olabileceği öngörülmektedir. Bu kapsamda gelecekteki araştırmalar yan etkisi minimum düzeydeki bu doğal bileşiklerin özellikle kombinasyonları ile kansere etkili ve uygun fiyatlı terapötik yaklaşımlar oluşturmaya yönelik olmalıdır.
Böbrek kanseri hücre hattında betülinik asidin apoptoz ilişkili genlerin ekspresyonları üzerindeki etkisinin incelenmesi
Böbrek kanseri, dünya genelinde en sık rastlanan on dördüncü kanser türüdür. Böbrek kanserinin en yaygın türü, son yıllarda insidansı giderek artmakta olan renal karsinomadır. Çevresel faktörlerin yanı sıra genlerin ekpresyonundaki ve/veya bağlı oldukları yolaklardaki aktivitelerinin artması hücrelerin kanserleşmesine neden olmaktadır. AKT-1 ve mTOR genleri hücre büyümesi, proliferasyonu, sağkalımını teşvik edip, hücresel homeostazide görevlidir ve çeşitli yollarla apoptozu baskılama özellikleri vardır. Kanser hücrelerinde apoptozu yeniden aktivite etmek veya proliferasyonu azaltmak için çeşitli bitkisel komponentler kullanılmaktadır. Bu komponentlerden biri olan betülinik asit, çeşitli bitkilerden elde edilen lupan tipi bir pentasiklik triterpenoiddir. Normal hücrelere karşı toksik etkisi olmamasına karşın kanser hücrelerine uygulandığında apoptozu teşvik ettiği bilinmektedir. Bu etkisi, betülinik asite potansiyel bir antikanser ilaç olma özelliği kazandırmıştır. Bu çalışmamızda, betülinik asitin gen ekspresyonu düzeyinde apoptotik etkisinin araştırılması için böbrek kanseri hücre hattı CAKİ-2 ve sağlıklı hücre hattı MRC-5 kullanılmıştır. Betülinik asitin toksik etkisini belirlemek için öncelikle WST-1 testi yapılmış ve apoptoz tayini için Annexin-V testi yapılmıştır. Gen düzeyinde etkinin ölçülmesi için, Real-Time PCR yöntemi ile AKT-1 ve mTOR genlerinin ekspresyon analizi yapılmıştır. Çalışma sonucunda, Annexin-V analizi ile betülinik asitin böbrek kanseri hücre hattı üzerinde apoptotik etkinliği olduğu saptanmıştır. Gen ekspresyon analizlerinde doz artışına bağlı olarak mTOR gen anlatımı düzeylerinde anlamlı bir artış gözlemlenirken, AKT-1 gen anlatımında az da olsa bir azalma olsa da istatistiksel olarak anlamlı bir değişim olmadığı görülmüştür. Ayrıca betülinik asitin böbrek kanseri hücre hattında apoptotik etkinliği göstermesi ve sağlıklı hücre hattında ise toksik etki göstermemiş olması, betülinik asitin potansiyel bir antikanser ilaç olma özelliğini koruduğunu ve gelecek çalışmalar için umut verici olduğunu düşünmekteyiz. Anahtar Kelimeler: Betülinik asit, böbrek kanseri, apoptoz, AKT-1, mTOR
Association between PD-l1 expression with driver mutations (ALK, ROSL, EFFR) and Histopathology in non-small cell lung cancer
Lung cancer is the first in the world of cancer deaths and new cancer diagnosis. NSCLC is the most common type of lung cancer. New biomarkers developed in the treatment of NSCLC and new generation cancer therapies started to be used to target driver genes, mutations and immune control points. In our study, the relationship between PD-L1 expression with driver mutations (ALK, ROS1, EGFR) and histopathological diagnosis, gender and smoking status parameters in NSCLC, have been statistically analyzed. For this purpose, 501 cases with at least one driver mutation (ALK, ROS1, EGFR) analyzed PD-L1 expression level diagnosed as NSCLC were analyzed retrospectively. Chi-square, Fisher's exact chi-square and Mann-Whitney U test were used for statistical relationship analysis. There was a significant relationship between PD-L1 expression and EGFR mutation (p=0.000). A significant relationship was found between smoking and driver mutations (Fisher exact Chi-square value respectively; p=0.002, p=0.043, p=0.000). There was a significant relationship between sex and EGFR (p=0.001). Histopathological diagnosis revealed a significant relationship between ALK and EGFR (p=0.007, p=0.001). The prevalence of PD-L1 positivity was higher in EGFR wild type patients. Considering this data, it can be interpreted that the chance of immunotherapy may be higher in EGFR wild type cases and the predictive importance of PD-L1 evaluation is increased for these cases. The incidence of driver mutations in non-smokers was found to be higher compared to the users. The incidence of ALK and EGFR positivity was higher in adenocarcinomas. The incidence of EGFR positive in female cases was higher than in male cases. The prevalence of driver mutations in NSCLC in the Turkish population was determined in parallel with the rates in the literatures. No significant relationship was found between PD-L1 and smoking, sex, histopathology, ALK and ROS1.
Tekrarlayan implantasyon başarısızlığında, doku ve dolaşımdaki MikroRNA'ların etkisi
Tekrarlayan implantasyon başarısızlığı (TİB), ardışık en az üç in-vitro fertilizasyon (IVF) uygulaması sonrası iyi kalitede embriyo transfer edilmesine rağmen gebelik elde edilememesi olarak tanımlanmıştır. TİB, IVF uygulamasında ortaya çıkabilen en önemli sorunlardan biridir. Hastalığın gelişiminde ve fonksiyonunda önemli etkenlerden biri gen anlatımının epigenetik düzenlenmesidir ve bu olaylarda görev yapan en önemli moleküllerden biri de mikroRNA (miRNA)'lardır. Endometriyuma özgü miRNA'ların menstruasyon döngüsü sürecinde endometriyum dokusunda ve maternal serumda anlatım seviyelerinin farklı olduğu tespit edilmiştir. miRNA'ların kantitatif olarak anlatım seviyesi değişimleri çeşitli yöntemlerle ölçülebilir; bu yöntemlerin en önemlisi qReal-Time PCR tekniğidir. Bu teknik kullanılarak biyolojik bir örnekte bulanan hedef miRNA'ların anlatım seviyesi kantitatif olarak yüksek hassasiyetle ölçülür. Bu çalışmanın en önemli özelliği TİB hastalarının hem dokularında hem de serumlarında bulunan miRNA'ların anlatım seviyelerini araştıran ilk çalışma olmasıdır. Bu araştırmada hedeflenen ilk amaç miRNA'ların anlatım seviyelerinin istatistiksel sonuçlarından elde edilen verilerle hastalığın biyolojik sürecine dahil olan faktörlerin açığa çıkarılmasıdır. İkincisi, ileride bu hastaların potansiyel tedavisi için strateji geliştirebilme açısından temel oluşturmaktır. Son hedefimiz ise maternal serumda anlamlı şekilde anlatım seviyesi değişen miRNA'ların tanı amaçlı bir girişimsel olmayan (non-invazif) moleküler biyobelirteç olarak kullanılmasıdır. Bu araştırmada TİB problemi olan hastalardan (n=12) ve gönüllü normal bireylerden (n=8) menstruasyon döngüsünün iki farklı fazında örnek toplanmıştır. Menstrual döngünün 7-10. günlerdeki proliferatif fazda (PF) ve 20-24. günlerdeki sekretuar fazda (SF) alınan endometriyum dokusu ve periferik kan örnekleri üzerinde çalışılmıştır. İmplantasyonla ilişkili olduğunu düşündüğümüz aday miRNA'ların (hsa-miR-31, hsa-miR-30b, hsa-miR-145 ve hsa-miR-23b) anlatım seviyeleri ve biyoinformatik analizi RT-qPCR ile gerçekleştirilmiştir. RT-qPCR analiz sonucunda endometriyum örneklerinde TİB ve sağlıklı grubu karşılaştırmasında 4 aday miRNA anlatımında anlamlı şekilde (P<0.05) PF'de artma ve SF'de azalma tespit edilmiştir. Serum örneklerinde miR-145 ve miR-23b'de her iki fazda (PF ve SF) anlamlı şekilde anlatım azalması saptanmıştır. Anlatımlarında anlamlı şekilde değişim olan miRNA'ların hedef gen analizi güncel biyoinformatik veri tabanlarında ("Target Scan", "Miranda" ve "Pictar") gerçekleştirilmiş ve hedef genlerin ilgili yolakları ("miRò2" veri tabanı) kullanılarak tesit edilmiştir. Elde edilen yolakların hücrelerde çoğalma, apoptoz, invazyon, adesyon ve farklılaşma gibi önemli biyolojik süreçler ile ilgili oldukları saptanmıştır ve bu süreçlerin embriyo implantasyonuyla ilişkili olabileceği düşünülmüştür. Anahtar Kelimeler: Tekrarlayan implantasyon başarısızlığı, mikroRNA, epigenetik, eksozom, serum, endometriyum.
Koroner anjioplasti sonrası restenoz gelişen hastalarda peroksizom proliferatör aktive reseptör gama fonksiyonel gen varyasyonlarının etkilerinin araştırılması
Perkütan transluminal koroner anjiyoplasti (PTKA) veya stent uygulaması sonrası artan restenoz riskinde klinik ve anjiografik karakteristiklerle birlikte genetik faktörler de etkilidir. Çalışmamızda PTKA uygulama sonrası restenoz gelişen hastalarda, PPARgama Pro12Ala(rs1801282) ve C161T(rs3856806) gen varyasyonlarının hastalığın gelişimine olası katkılarının ve klinik parametrelerle etkileşimlerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu çalışma 132 koroner arter hastası (KAH) (73 restenoz gelişen, 59 restenoz gelişmeyen) ve 124 kontrol örneğinde gerçekleştirildi. Polimorfizmler, Polimeraz Zincir Reaksiyonu-Restriksiyon Fragman Uzunluk Polimorfizmi (PZR-RFUP) ve jel elektroforezi yöntemleri kullanılarak belirlendi. Kontrol ve hasta grupları arasında Pro12Ala genotip ve allel dağılımları açısından istatistiksel anlamlı fark gözlenmezken (p>0,05), stent açık hasta grubunda kontrol ve restenoz gruplarına kıyasla C161T-T161 allel frekansı yüksek bulunmuştur (sırasıyla, p=0,002 ve p=0,001). PPARgama polimorfizmlerinin klinik ve biyokimyasal parametreler üzerinde etkisi incelendiğinde, Pro12Ala Ala12 allel taşıyan kontrollerde serum trigliserid düzeyi ProPro taşıyanlara göre yüksektir(p=0,01). PTKA uygulama sonrası stent açık KAH grubunda nadir Ala12 alleli normal ProPro genotipine göre düşük açlık plazma glukoz düzeyiyle ilişkili (p=0,015) iken, C161T nadir T161 alleli normal CC genotipi ile karşılaştırıldığında artmış serum trigliserid düzeyi (p=0,023) ile ilişkilidir. Çalışmamızda PTKA sonrası restenoz gelişen hastalarda stent açık hastalara göre Tip 2 diyabet (T2DM) (p=0,045) ve hiperlipidemi (p=0,001) sıklığı yüksektir. Restenoz hasta grubunda T2DM'li hastalarda diyabetik olmayan hastalarla karşılaştırıldığında C161T- T161 allel frekansı yüksektir (p=0,019). Lojistik regresyon analizinde restenoz için T161 allelinin koruyucu olduğu (p=0,001) ve hiperlipideminin risk oluşturduğu doğrulanmıştır (p=0,002). Sonuç olarak, bulgularımız PPARgama C161T polimorfizmi nadir T161 allelinin koroner arter hastalığı ve tip2 diyabet gelişiminde risk faktörü olduğuna işaret etmektedir. Bununla birlikte C161T polimorfizminin restenoz riskinde koruyucu etkisi gözlenmektedir. PPAR-gama Pro12Ala mutasyonunun ise restenoz riski üzerinde etkisi gözlenmemiştir, ancak kontrollerde aterojenik lipid profili lehine etkisi bulunmaktadır.
Baş boyun kanserli hastalarda RASSF4 geninin incelenmesi
Baş boyun kanserleri ağız boşluğu, burun, farenks, larenks, tükürük bezlerinde başlayan bir grup kanserdir. Ras, intristik GTP bağlanma ve GTPaz özelliklerine sahip bir proteindir. Hem büyüme arttırıcı hemde büyüme inhibe edici yolakları aktive etme yeteneğine sahiptir. RASSF ailesi RAS onkogeninin büyümesini engelleyici özellikler gösterir. 10 proteinden oluşan RASSF ailesi tümör baskılayıcı olarak görev alır ve tümör alt gruplarında promotör bölgesinin hipermetilasyonu ile inaktivite edilirler. Hücre döngüsü kontrolü, apoptoz, hücre göçü ve mitoz kontrolünde görev aldıkları tahmin edilmektedir. Apoptoz ve hücre siklusunun durmasında ve birçok kanserde azaldığı belirlenmiştir. Çalışmamızda baş boyun kanseri tanısı konmuş 69 hastanın tümör dokuları ve sağlıklı dokuları arasındaki RASSF4 gen ekspresyon seviyeleri karşılaştırılmıştır. İstatistiksel olarak bir anlamlılık saptanmamıştır (p>0,05). Çalışmamızda ayrıca 69 baş boyun kanserli hasta ve 70 sağlıklı bireyden alınan DNA örnekleri ile RS7896801 ve RS884879 gen varyantlarının saptanması için Real-time PZR tekniği kullanılmıştır. Deneysel çalışmalar sonucunda RS7896801 için hasta grupta G allel taşıma sıklığı 2,4 kat artmıştır (p=0,015, χ2=5,95, OR: 2,4, %95 güven aralığı=1,18-5,26). AA genotipi taşıma sıklığı ise kontrol grubunda istatistiksel olarak artmıştır (p=0,015, χ2=5,95, OR: 1,8, %95 güven aralığı=1,10-3,18). RS884879 genotip ve allel dağılımları incelendiğinde sağlıklı grupta CC genotipi taşıma sıklığı hasta grubuna göre 2,2 kat artmıştır (p=0,048, χ2=3,92, OR: 2,2, %95 güven aralığı=0,97-5,05). Hasta grubunda ise T allel taşıma sıklığının anlamlı olarak arttığı gözlemlenmiştir (p=0,048, χ2=3,92, OR: 2,5, %95 güven aralığı=0,98-6,74). RASSF4 serum düzeyi çalışma gruplarında ELISA tekniği ile tayin edilmiştir. Gruplar arasında istatistiksel olarak anlamlı bir farkılılık saptanmamıştır. (p>0,05). Çalışmamız Türkiyede baş boyun kanseri hastalarında RASSF4 geninin gen ekspresyon seviyeleri, serum düzeyleri, RS7896801 ve RS884879 gen varyantları arsındaki ilişkiyi araştıran ilk araştırma olma niteliğindedir. Elde edilen bu ilk verilerin RASSF4 proteini için yapılacak ileri çalışmalara öncülük edeceği inancını taşımaktayız.
Meme kanserine yatkınlıkta survıvın gen polimorfizmlerinin incelenmesi
Meme kanseri dünya genelinde kadınlarda görülen en yaygın malignitedir. Hormon ve çevresel etkenler, kimyasallar, dışarıdan östrojen alımı, geç menopoz, ilk doğumun geç yaşlarda gerçekleşmesi, aile hikayesi, artmış vücut-kitle indeksi, menopoz sonrası obezite, iyonize radyasyona maruz kalma ve sigara/alkol kullanımı gibi pek çok faktörün meme kanseri riskini arttırdığı belirtilmiştir. Ayrıca yapılan çalışmalar; kanser başlangıcında, birikmiş olan genetik hasarın proto-onkogenlerin aktivasyonuna yada tümör baskılayıcı genlerin inaktivasyonuna yol açtığını ve bunun sonucunda hücre proliferasyonu ve programlı hücre ölümü arasındaki dengenin bozulduğunu göstermektedir. Kanser riskini belirleyen parametrelerden biri olan gen polimorfizm çalışmaları, artmış hücre proliferasyonu ve bozulmuş apoptozla ilgili birçok çalışmada kullanılmaktadır. Apoptotik hücre ölümüne yol açan sinyal yolakları evolüsyonda yüksek derecede korunmuştur ve apoptotik proteinler tarafından kontrol edilmektedir. Apoptoz inhibitor proteinlerin (IAP) apoptozu, Bcl-2'yi de içeren diğer anti-apoptotik inhibitör ailesinden daha fazla baskıladığı bilinmektedir. Kanser oluşumunda bu proteinlerin yer aldığına dair en güçlü bulgu survivin proteininin varlığıdır. Survivinin kaspazların inhibisyonu üzerinden etki gösterdiği ve aynı zamanda da hücre kontrolüne dahil olduğu öne sürülmektedir. Survivin geni; akciğer, mide, kolon, beyin, prostat, non-Hodgkin lenfoma gibi pek çok yaygın kanser türünde ifade edilmektedir. Survivin genindeki, tek nükleotid polimorfizmlerinden biri CDE/CHR represör bağlama bölgesinde lokalize genin promotor bölgesi içinde yer almaktadır. Bu polimorfizmin (G/C) survivin geninin aşırı ekspresyonu ile ilişkili olduğu gösterilmiştir. Ayrıca kanser hücre hattında CDE/CHR represör motiflerinde bağlanmanın fonksiyonel olarak bozulması ile hücre döngü bağımlı transkripsiyonu değiştirmekte olduğu da gösterilmiştir. Survivin genindeki bir diğer tek nükleotid polimorfizmi olan -625G/C'nin birçok kanser türünde genin ekspresyon seviyesinde değişikliğe neden olabileceği gösterilmiştir. Çalışmamızda apoptoz yolağındaki Survivin proteinini kodlayan genlerde meydana gelen kritik gen polimorfizmlerinin Türk toplumuna ait meme kanserli vakalarda incelenmesi ve bu polimorfizmlerin populasyondaki genotip ve allel frekanslarının saptanması amaçlanmaktadır.
T hücre immünitesinde fonksiyon gösteren Ctla-4 Gen varyantlarının küçük hücreli dışı akciğer kanseriyle olası ilişkisinin araştırılması
Akciğer kanseri, akciğer dokularında kontrolsüz hücre büyümesi ile karakterize edilen bir hastalıktır. Tedavi edilmezse, bu büyüme metastaz ile yakındaki dokuya ve nihayetinde vücudun diğer kısımlarına yayılabilir. Akciğer kanseri her yıl tahmin edilen 2 milyondan fazla yeni vaka ile dünya çapında en yaygın kanserdir. Akciğer kanseri dağılımları, dünyada tütün kullanımındaki ve hava kalitesindeki coğrafi değişiklikleri yansıtan farklılıklar göstermektedir. Dünyada, akciğer kanseri insidansı artmaktadır. Küçük hücreli dışı akciğer kanseri (KHDAK), akciğer kanserinin en sık görünenidir. Akciğer kanserlerinin yaklaşık % 85-90'ı KHDAK'dan kaynaklanmaktadır. Kanseri tedavi etmenin yolu, tümörü doğrudan hedeflemektir. İmmünoterapi, onkolojide vücudun kanserle savaşmak için bağışıklık sistemini kullanan bir tedavi yöntemidir. Sitotoksik T-Lenfosit İlişkili Protein 4 (CTLA-4), ilaç hedefi olarak kullanılan ilk bağışıklık kontrol noktasıdır ve İmmün-onkoloji alanına yol gösterici olmuştur. CTLA-4, T hücrelerinin aktivasyon eşiğini artırarak, kendi ve tümör antijenleri gibi zayıf antijenlere karşı immün yanıtları azaltır. Çalışmamızda KHDAK tanısı koyulmuş 56 hasta ve akciğer grafisi yaptırmış ve akciğer kanseri ilişkisi olmayan 107 sağlıklı gönüllü kontrol grubu kullanılmıştır. Bu kapsamda her iki kolda CTLA-4 49 A/G gen polimorfizmine ve sCTLA-4 düzeylerine bakılmıştır. Çalışma grupları kendi içinde ve gruplar arası incelemede bireylerin taşıdıkları CTLA-4 49A/G genotipi ve allel frekansları bakımından hasta ve kontrol grupları arasında anlamlı bir fark saptanamamıştır. Bununla birlikte, CTLA-4, 49 A/G heterozigot AG varyant taşımanın hastalığın progresyonu ile ilişkili olabileceği düşünülmektedir. Çalışma verilerimiz, CTLA-4'ün KHDAK patogenezinin aydınlatılması veya terapötik değeri açısından değerlendirilmesi konusunda yapılacak çalışmalara rehber olma niteliğindedir. Araştırmanın sınırlı boyutu göz önüne alındığında, gözlemlerin daha büyük örneklem gruplarında analiz edilmesi KHDAK ile ilgili gelecekte yapılacak çalışmaların gelişiminde önemli olacağını düşünmekteyiz.
Küçük hücreli dışı akciğer kanserli hastalarda CD70/CD27 molekülleri ile ilişkili mekanizmaların incelenmesi
CD70 is known as tumor necrosis factor super family (TNFSF) molecule and ligand of another TNFSF costimulatory molecule of CD27. Immune cells are the cells that CD70 is expressed transiently, whereas CD70 expression has not been found on normal tissue cells. Although, several types of cancer showed CD70 positivity correlated with patient outcome, non-small cell lung cancer (NSCLC) requires further investigation. This study was designed to evaluate expression status of CD70, CD27, FOXP3 and CD3 in tumor microenvironment (TME) of NSCLC tissues, and the potential usage of soluble CD27 (sCD27) levels in serum as a diagnostic biomarker for cancer diagnosis. Protein expressions in TME was analyzed for 32 NSCLC tissues by Western Blot. sCD27 levels in serum of NSCLC patients was detected with ELISA. CD70 expression was found in 15.63% of overall samples. CD27 expression was detected in 75%, FOXP3 in 43.75%, CD3 in 87.5% in samples. sCD27 serum level was found significantly higher (p<0.0001) for the patient group with very high sensitivity (90%) suggesting that sCD27 has a potential usage as a diagnostic biomarker for NSCLC for detection of the disease. Only few NSCLC cases showed CD70 expression in TME. A high percentage of positivity in overall patient samples for CD27, FOXP3 and CD3 was not corelated with CD70 expression. Also, high level of sCD27 gave a significant result for CD70 positivity (p=0.007) suggesting CD70-CD27 interaction may cause CD27 cleavage and relase to serum in CD70+ tumors in NSCLC.
CD70/CD27 molekülleri ile ilişkli mekanizmaların kolorektal kanserli hastalarda incelenmesi
Colorectal Cancer is among the highest death-causing cancer types around the world. Immune checkpoint molecules, such as CD70, promise a better understanding of tumor microenvironment in colorectal cancer. CD70 is a costimulatory factor present on B and T-cells. Binding of CD27 to its ligand results in evasion of tumor cells from the immune system. We aim to explore the expression profile of CD70, CD27, CD3, and FOXP3 molecules in tumor microenvironment (TME) of CRC patients and to detect the recruitment of tumor-infiltrating lymphocytes (TILs) present in TME. Also, we aim to investigate the predictive diagnosing value of soluble-CD27 for monitoring cancer. The expression profile was analyzed by western blot wet transfer system. Soluble CD27 protein level in patients' serum was detected by ELISA. We detected the low expression of CD70 (15.15%) in TME of CRC samples however, high abundance of CD27 (84.85%) was detected. Our results revealed that there is high recruitment of CD3+ lymphocytes (78.79%) and FOXP3+ Tregs (48.49%) in TME. Additionally, sCD27 serum level was found to be significantly high (p<0.0001.) in patients' sera and there is a strong correlation between high serum level of sCD27 and CD70 positivity and CD27 negativity in TME. Although no correlation was found between patients' clinical outcome and sCD27 serum level when distant organ metastasis present sCD27 level was significantly high (p=0.045). Consequently, CRC is not one of the tumors that are strongly express CD70 in TME however, sCD27 could be considered as a good serum biomarker.
Küçük hücreli dışı akciğer kanserlerinde aday biyobelirteçlerin keşfi amacıyla post translasyonel modifikasyonların araştırılması
Günümüzde, kütle spektrometresi tabanlı proteomik yaklaşımlar hücrenin fizyolojik ve patolojik süreçlerinde meydana gelen farklılıkların tespit edilmesinde ve hastalıkların moleküler gelişiminin ve seyrinin aydınlatılmasında güçlü araçlar haline gelmiştir. Bu bakımdan, MS-tabanlı fosfoproteomik, kanser gelişimindeki düzensiz yolakların ve fonksiyonel proteinlerin daha ayrıntılı bir şekilde ortaya çıkarılmasında önemli bir rol üstlenmektedir. Çalışmamızda küçük hücreli dışı akciğer karsinomlarının (KHDAK) nadir görülen bir alt tipi olan büyük hücreli karsinom (BHK) hastalarının kontrol ve tümör dokularına ait fosfoproteomik profillerin ortaya çıkarılması amaçlanmıştır. Literatürde de çok az çalışmanın olduğu bu alt gruba ait hasta dokuları, ilk olarak etiketsiz görece kantifiksayona uygun olacak şekilde hazırlanmış ve sonrasında keşif modunda kütle spektrometresi analizleri yapılmıştır. Elde edilen fosfoproteomik profiller güçlü informatik programlar yardımıyla incelenerek anlamlı ifade farklılıkları ortaya çıkarılmıştır. Böylece toplamda 2314 fosfoprotein tanımlanmış ve bunların 2194'ü yüksek güvenirlikte kantifiye edilmiştir. En az iki kat ifade değişimi olan 324 fosfoproteinden 156'sı anlamlı olarak artmış ve 168'i azalmıştır. Bu fosfoproteinlerin bir kısmı doğrulaması yapılmak üzere seçilmiş ve hedefli proteomik yaklaşımla yeniden analiz edilmiştir. Bu sayede geleneksel yöntemlerden farklı olarak 70'in üzerinde protein hem çok kısa bir sürede hem de çok daha az bir maliyetle hassas bir şekilde incelenmiş ve gruplar arasındaki ifade farklılıkları doğrulanmıştır. Bu çalışmayla ülkemizde ilk defa KHDAK alt grubu olan BHK hakkında detaylı fosfoproteomik veriler elde edilmiştir. Bildiğimiz kadarıyla, bu çalışma, BHK tümör dokularının kendi sağlıklı dokularına karşı incelendiği, hastalık ile ilgili önemli farklılıkların ortaya çıkarıldığı ve ifade değişimlerinin yine MS tabanlı bir yöntemle doğrulandığı ilk büyük ölçekli fosfoproteomik çalışmadır.
İdiyopatik granülomatöz mastit ve meme kanserinin ayırıcı tanı ve prognozunda non-invaziv biyobelirteç olarak dolaşımdaki mikrorna-155, let-7C, mikrorna-21 düzeylerinin belirlenmesi
İdiyopatik granülomatöz mastit (İGM), klinik olarak meme kanserini taklit eden benign bir meme hastalığıdır. MikroRNA (miRNA)'lar kanser dâhil çeşitli hastalıkların gelişmesinde ve prognozunda önemli rol oynamaktadır. Son yıllardaki çalışmalarda miRNA'lar, hastalıkların tanısında biyobelirteç olarak önerilmektedir. Fosfataz ve tensin homoloğu (PTEN), hücre büyümesi, proliferasyon gibi birçok hücresel fonksiyonu düzenleyen tümör baskılayıcı bir gen olup miRNA'lar tarafından düzenlenmektedir. Bu tez çalışmasında İGM'li ve meme kanserli hastaların ayırıcı tanısında kullanılabilmek için dolaşımdaki miR-155, let-7c, miR-21 ve PTEN düzeylerinin belirlenerek değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Çalışmaya meme kanserli 45, İGM'li 50 hasta ve sağlıklı 48 gönüllü alındı. Serum miRNA düzeyleri RT-PCR, PTEN düzeyleri ELİSA ile ölçüldü. MiRNA'ların kat değişimleri 2-ΔΔCt metodu ile hesaplandı. Serum miR-21 ekspresyon düzeyi meme kanseri (kat değişimi=2,42) ve İGM grubunda (kat değişimi=1,33) kontrole göre anlamlı yüksek bulundu (p<0,001). Serum miR-155 ve let-7c ekspresyonu ise her iki grupta kontrole göre anlamlı düşük bulundu (p<0,001). Meme kanserinde miR-21 ekspresyonu İGM'e göre (kat değişimi=1,976) anlamlı olarak yüksek bulundu (p<0,001). PTEN düzeyleri meme kanserinde, İGM'e göre anlamlı yüksek (p<0,001); kontrol grubuna göre anlamlı düşük (p<0,001); İGM grubunda kontrol grubuna göre anlamlı düşük (p<0,001) bulundu. Meme kanserinde PTEN ve miR-21 ekspresyon düzeyi arasında orta derecede negatif korelasyon bulundu (r=-0,490; p<0,001). Meme kanseri ve İGM'in ayırıcı tanısında ROC eğrisinde serum miR-21 (AUC=0,806; p<0,001) ve PTEN düzeyleri (AUC=0,877; p<0,001) istatistiksel olarak anlamlı bulundu. Serum miR-21 ve PTEN düzeyleri, radyolojik verilere ilave olarak İGM'in meme kanserinden ayırt edilmesine yardımcı olabilecek non-invaziv biyobelirteçler olabilirler. Bu çalışmanın sonuçları İGM ve meme kanseri ayırıcı tanısında gelecekte bu konuda yapılacak çalışmalara öncülük edecektir.
Polifenolik bileşenlerin hormon pozitif ve negatif meme kanseri hücre hatlarında migrasyon ilişkili JAM-A, LFA-1 ve VLA-4 gen ekspresyonlarına etkilerinin araştırılması
Meme kanseri kadınlarda en sık görülen kanser tipi olup dünya çapında kanserden ölümlerin önde gelen nedenidir ve vakaların %90'nında ölüm nedeni metastazdır. Hücre migrasyonunu yöneten proteinler kanser metastazının ortaya çıkmasında rol oynamaktadır. İntegrinler ve hücreler arası bağlantılar kanser proliferasyonu ve metastazında çok önemlidir. Polifenolik bileşenlerin kanser hücreleri üzerine sitotoksik ve apoptotik etkileri önceki çalışmalardan bilinmektedir. Tez projemizde polifenolik bileşenlerden oluşan kokteylin hücre migrasyonuna ve tümör metastazında birlikte etkileşim gösteren VLA-4 (very late antigen-4, α4β1, ITGA4, CD49d/CD29) ve LFA-1 (Lymphocyte function-associated antigen-1, αL/β2, ITGAL, CD11a/CD18) integrinleri ve hücreler arası sıkı bağlantı proteinlerinden biri olan Jam-A (junctional adhesion molecule-A, F11R) genlerinin ekspresyonlarına etkisi ER+ MCF-7, triple-negatif MDA-MB-231 ve fibrokistik meme epiteli hücresi MCF-10A üzerinde araştırılmıştır. Polifenolik kokteylin %20'lik dozunun hücre kültürünün 48. saatinde MCF-7 ve MCF-10A hücrelerinde Jam-A ekspresyonunda azalmaya (p<0,001), MDA-MB-231 ve MCF-10A hücrelerinde LFA-1 ekspresyonunda artışa (p<0,001), MDA-MB-231 ve MCF-10 hücrelerinde VLA-4 ekspresyonunda azalmaya (p<0,0001) neden olduğu bulunmuştur. Aynı zamanda polifenolik kokteylin çalışmadaki hücre hatlarının herbirinde doz bağımlı şekilde hücre migrasyonunu azalttığı belirlenmiştir. Polifenolik kokteylin %35'lik doz verilen MDA-MB-231 hücrelerinde hücre migrasyonunun tamamen durduğu gözlenmiştir. Polifenolik kokteylin anti-migratif etkisi MCF-7 hücrelerinde ise daha düşük dozlarda (%10) gerçekleşmiştir. Sonuçlarımız polifenolik bileşenlerin meme kanseri tümör hücreleri üzerine sitotoksik ve apoptotik etkilerinin yanında anti-metastatik özelliklerinin de olduğunu ve polifenolik bileşenlerin kanser tedavisinin bir parçası olarak düşünülebileceğini belirtmektedir.
Küçük hücreli dışı akciğer kanserinde PD1PDl1 sinyal yolu ile ilişkili kritik gen varyantları ve ilgili gen anlatımlarının incelenmesi
KHDAK dünya çapında ölümcül kanser türü olarak önemini korumaktadır.Akciğer kanseri tanısı temel olarak her ne kadar histopatolojik analizlere dayanıyor olsa da, yeni tanı ve prognostic biyobelirteçlerin araştırılması her geçen gün önemini artırmaktadır.Bu çalışmada;inflamasyona yanıtta önemli immünobiyobelirteçlerden olduğunu düşündüğümüz PD-1/PDL-1 moleküllerine ait polimorfizm ve protein analizlerinin KHDAK hastalığına yatkınlık ve klinik parametrelerle olası iliskisi incelenmektedir. Elde edilen bulgularda hasta ve kontroller arasında PD-1 C/T ve PD-L1 A/C SNP'lerine ait genotip ve allel dağılımları arasında fark gözlenmemiştir.PD-L1 A/C polimorfizmi; AA genotipi tasıma durumu hastalarda kontrollere kıyasla daha yüksek olup, aradaki farklılık anlamlı bulunmustur (p=0.043).PD-1 C/T gen polimorfizmi; anjiyolenfatik invazyon varlığındaCC genotipi taşıma durumu anjiyolenfatik invazyon yokluğunda CC genotipi taşıma durumuna kıyasla yüksek olup, aradaki fark anlamlı bulunmuştur (p=0,028). Anjiyolenfatik invazyon varlığında CC veya TT genotipi taşıma durumu,anjiyolenfatik invazyon yokluğunda homozigot olma durumuna kıyasla yüksek olup, aradaki fark anlamlı bulunmuştur (p=0,047). Perinöral invazyon varlığında CC genotipi taşıma durumu, perinöral invazyon yokluğunda CC genotipi taşımaya kıyasla yüksek bulunmuş olup, aradaki fark anlamlı bulunmuştur (p=0,026). Serum PD-1 düzeylerinde; CC genotipi hastalarda kontrol grubuna kıyasla daha yüksek tespit edilmiş olup, aradaki fark ileri düzeyde anlamlı bulunmuştur (p=0,008).PD-1 ve PD-L1 genotipleri birlikte incelendiginde, kontrol grubu CTAC kombine genotip tasıma durumu hasta grubuna kıyasla daha yüksek bulunmuş olup aradaki farkanlamlı bulunmuştur (p=0,016). Ayrıca; tümörlü dokuda PD-L1 molekülü ekspresyon değeri normal dokuda bulunan ekspresyon değeri ile karşılaştırıldığında yüksek bulunmuş olup, "farklılık ileride derecede anlamlı bulunmuştur" (p<0,0001). Anahtar Kelimeler: Küçük Hücreli Dışı Akciğer Kanseri, KHDAK, PD-1,PD-L1,Polimorfizm. Bu çalışma, "İstanbul Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi" tarafından desteklenmiştir. Proje No: TDK-2018-30120
Mesane kanseri ve vitamin D ilişkisinin moleküler düzeyde incelenmesi
Mesane kanseri tümörlerinin tedavisinde, kemoterapötiklerin kullanımının etkinliğinin araştırılması ve yan etkilerini azaltmak amaçlı çeşitli ilaç kombinasyon çalışmaları bireyler için büyük önem taşımaktadır. Farklı kanser hücre hatlarında Vitamin D' nin anti-proliferatif, farklılaşmayı ve hücre içi metabolik olayları regüle edici etkiye sahip olduğu gösterilmiştir. Sisplatin ise mesane kanserinde kullanılan kemoterapötik ilaçlardan biridir. Araştırmamız in vitro düzeyde yapılmış olup T24, ECV-304 ve HUVEC hücre hatları üzerinde Vitamin D ve sisplatin dozlarının kombinasyonları sitotoksik, apoptotik ve ilaç direnci konularında değerlendirmeye tabi tutulmuştur. Mesane kanseri tedavisinde kullanılan sisplatinin, Vitamin D ile birlikte kullanımında olası yan etkilerini azaltmaya yönelik doz azaltıcı ve etkinlik arttırıcı fonksiyonunun olup olmayacağı değerlendirilmiştir. Çalışmamız da ulaştığımız veriler bizlere T24 mesane kanseri hücre hattında 24 saat MTT sonuçlarına göre 500nM kalsitriol dozunun 5µg/ml sisplatin ile kombine kullanımı ile, sadece sisplatin kullanımı ile karşılaştırıldığında anti-proliferatif etkinliğini arttırdığını (p<0.0108), HUVEC sağlıklı kontrol hücre hattında ise 500nM kalsitriol dozu ve 5µg/ml sisplatin ile kombine kullanımının sadece sisplatin kullanımına göre canlılık oranında ki düşüşe engel olduğunu (p<0.0001) göstermektedir. P-gp oranlarında, kombine sisplatin ve kalsitriol uygulaması ile HUVEC' de (% 92,16 p<0,0001) kontrolüne (% 87.08 p< 0,0001) oranla artış saptanırken, T24' de sisplatin ve kalsitriol kombine uygulamasıyla P-gp oranı (% 68.33 p< 0,0001) kontrolüne oranla ( % 74.47 p<0,0001 ) azalmıştır. ECV-304 hücre hattında ise herhangi bir değişiklik saptanmamıştır. Bu veriler bizlere kalsitriolün sisplatin ile kullanımında, sisplatinin normal doz kullanımını azalttığı ve T24 hücre hattında anti-proliferatif etkinliğini az da olsa arttırdığı ve HUVEC sağlıklı hücre hattının canlılığını az oranda da olsa korumasına yardımcı olabileceğini göstermektedir.
Agresif meme kanseri hücre hatlarında çeşitli polifenolik bileşenlerin bireysel ve kombine etkilerinin moleküler düzeyde araştırılması
Kadınlarda en sık görülen kanser tipi olan meme kanserinin en agresif alt tipleri özellikle 45 yaş altı kadınlarda görülmektedir. Bu tiplerde hedefe yönelik tedavi bulunmamakta veya kısa sürede tedaviye direnç gelişmektedir. Tedaviyi zorlaştıran bir diğer etmen ise tümör içi heterojenitesi veya tedaviye cevap olarak tümörün etkinlik gösterdiği yolakları değiştirebilmesidir. Bu nedenle hedefe yönelik tedavi bulunmayan veya tedaviye direnç gösteren farklı tip kanserlerde etkili olabilecek ve yan etki göstermeyecek tedavi yaklaşımlarına ihtiyaç vardır. Polifenolik bileşikler birçok farklı yolak üzerinden etkinlik gösterebildiğinden ve yan etki göstermediğinden farklı tip agresif tip kanserlerde etkili bir polifenolik madde kokteylinin hazırlanması amaçlanmıştır. Triple negatif meme kanserlerini temsil eden MDA-MB-231 ve ER/PR- HER2+ meme kanserlerini temsil eden SKBR-3 hücre hatlarında çeşitli polifenolik bileşiklerin sitotoksik etkileri farklı saat ve dozlarda uygulanarak WST-1 assay ile belirlenmiş ve bir karışım oluşturulmuştur. Bu karışımın sitotoksik ve apoptotik etkileri de bu hücre hatlarında WST-1 ve Annexin V- 7AAD assayleri ile gösterilmiştir. Polifenolik madde karışımının %20'lik dozunun hücrelerde 0. ve 48. saatlerde hangi apoptotik mekanizmalar ve hücre döngüsünde rol oynayan yolak ve anahtar gen üzerinden indüklediği ise RT-PCR yöntemi ile belirlenmiştir. Ekspresyonel değişimler B2M endojen kontrol kullanılarak belirlenmiş ve ardından 0. ve 48. saatlerdeki değişimleri karşılaştırılarak değerlendirilmiştir. Her iki hücre hattında da hem apoptotik hem de hücre döngüsünde etkili kilit genlerin ekspresyonlarında değişimler gözlemlenmiştir. Uygulanan polifenolik madde karışımının her iki hücre hattında da farklı yolaklar üzerinden etkili olduğu ve uygun polifenolik madde karışımlarının kanser tedavisinde etkin ve/veya tamamlayıcı bir yaklaşım olabileceği görülmüştür.
Obez adölesanlarda B12 vitamin eksikliğinin serum metilmalonik asit ve homosistein düzeyleri ile incelenmesi ve normal kilolu adölesanlarla karşılaştırılması
Giriş ve Amaç: Obezite Dünya Sağlık Örgütü tarafından vücutta sağlık için risk oluşturabilecek düzeyde anormal yağ birikmesi olarak tanımlanır. Erişkinler için son yüzyılda yüksek derecede öncelikli bir halk sağlığı problemi olarak kabul edilen obezitenin prevalansı çocuk ve ergenlerde de son 20 yılda üç kat artarak endişe verici boyutlara ulaşmıştır. Obez ergenlerdeki yüksek miktardaki besin alımı, ailelerini çocuklarında herhangi bir besin öğesi eksikliği bulunmadığı yanılgısına düşürebilir. Ancak özellikle ergenlik döneminde, çocukların aileden bağımsız bir şekilde beslenmeye başlaması ile karbohidrat ve yağ ağırlıklı bir diyet uygulamaları mikrobesin öğeleri açısından eksikliklere yol açabilir. Proteinden fakir beslenme yanı sıra, obezlerin çoğunda görülen non-alkolik karaciğer yağlanması (NAKY), depolanma ve biyoyararlanımı karaciğerde gerçekleşen B 12 vitamini eksikliğine yol açan bir diğer nedendir. Klinik laboratuvarda vücuttaki B 12 vitamini durumunun geleneksel belirteci, serum B 12 vitamin düzey ölçümüdür. Ancak, ölçüm yöntemi kısıtlılığı nedeniyle hücre içi B 12 vitamin durumunu tam olarak yansıtmamaktadır. Son yıllarda hücre içi B12 vitamin durumunu anlamak açısından B 12 vitaminin duyarlı ve özgül fonksiyonel biyobelirteçleri olan metilmalonik asit ve homosisteinden yararlanılmaktadır. Bu çalışmanın amacı; obez adölesanlarda vitamin B12 düzeylerinin sağlıklı kontrollerle karşılaştırılması ve fonksiyonel biyobelirteçlerinin B12 eksikliğindeki tanısal değerinin incelenmesidir. Gereç ve yöntem: Çalışmaya 12-18 yaş arasında 58 obez adölesan ve 30 normal kilolu adölesan katıldı. Serum B12 vitamini, ferritin ve folik asit düzeyleri otomatize fotometrik yöntem ile, homosistein düzeyi otomatize kemilüminesans yöntem ile plazma metilmalonik asit düzeyi ise sıvı kromatografi-tandem kütle spektrometrik yöntem ile ölçüldü. Metilmalonik asit yönteminin analitik performansını değerlendirmek için kantitasyon limiti, tespit limiti, gün içi ve günler arası kesinlik çalışmaları yapıldı. Verilerin istatistiksel analizleri için SPSS 21.0 programı kullanıldı. p≤0.05 değeri istatistiksel olarak anlamlı kabul edildi. Bulgular: 0,1-2,5 µmol/L aralığındaki kalibrasyon standartları ile değerlendirilen MMA yönteminin doğruluğu %100 ± 4 bulundu. Eğim doğrusal olarak saptandı. Gün içi ve günler arası %CV 4.0' dan küçük bulundu. Tespit ve kantitasyon limitleri sırasıyla 0,03 μmol/L ve 0,06 μmol/L bulundu. Obez ve normal kilolu gruplar karşılaştırıldığında iki grup arasında MMA düzeyleri açısından anlamlı fark bulundu, homosistein ve B12 vitamini düzeyleri açısından gruplar arasında anlamlı fark bulunmadı. Obez adölesanlarda serum B12 ölçümü esas alındığında %12 oranında, MMA düzeyleri ile %65 e yakın, Hcy düzeyi ile ise %22.5 oranında B12 vitamini eksikliği saptandı. Birleşik b12 için gruplar arasında anlamlı fark tespit edildi. ROC analizi sonucunda eğri altında kalan alan Hcy için 0,897, MMA için 0,857, serum B12 için 0,148 olarak belirlendi. Sonuç: Çalışmamız, obez ve normal kilolu adölesanlarda serum B12 vitamini düzeyleri normal sınırlar içinde olsa bile, B12 vitamininin fonksiyonel biyobelirteçleri olan MMA ve Hcy düzeylerinin normal sınırlar dışında olabileceğini, obez grupta fonksiyonel B12 vitamini eksikliğinin normal kilolu gruba göre daha yüksek oranda bulunabileceğini göstermiştir. Anahtar kelimeler: Obezite,adölesan,B12 vitamini, fonksiyonel B12 vitamini eksikliği, homosistein, metilmalonik asit, nonalkolik karaciğer yağlanması, LC MS/MS, kobalamin, eksiklik, Kombine B12, Birleşik B12, ROC eğrisi
Deguelin'in deneysel meme kanseri tedavisindeki etkinliğinin araştırılması
Meme kanseri, dünyada en çok çalışılan kanser türlerindendir. Meme kanserinde kullanılan standart tedaviye alternatif olarak daha potent ve toksisitesi daha az ajanlar gereklidir. Deguelin, bazı hücre hatlarında çalışılmış ve literatürde olumlu sonuçların yer aldığı ''Ümit vaad edici'' bir ajandır. Bu çalışma, anti-kanser ajan olabilecek Deguelinin, meme kanseri hücre hatlarında etkinliğini ve toksisitesini, standart tedavisinde kullanılan ilaçlar ile karşılaştırmak amacıyla gerçekleştirildi. Yapılan çalışmada kullanılan hücre hatları ile genel bir meme kanseri evreni elde edilmesi düşünüldü. Araştırmanın bu evreni temsil edecek meme kanseri hücre hatları üzerinde yapılması planlandı. Çalışmada, hücre hatlarında her bir ajan için etkin konsantrasyon elde edilip, bu konsantrasyon ile çalışmanın diğer aşamalarına geçildi. Standart tedavide kullanılan iki ajanın (Doksorubisin ve Paklitaksel) etkinliği Deguelin ile karşılaştırıldı. Hücre canlılık testi ile Deguelin, Paklitaksel ve Doksorubisin için IC50 dozları elde edildi. Bu dozlar etkin konsantrasyon olarak ele alındı ve tedavi dozları olarak kullanıldı. Tedavi edilmiş hücrelere; Oksidatif Stres İndeksi (OSİ), Flow sitometrik analizler (Apoptoz, Cell Cycle), SOD analizi yapıldı, Koloni Formasyonu, Migrasyon ve Angiogenez Assay gibi tümör hücresinin 3boyutlu büyümesi ile ilgili bulgular elde edilerek ajanların etkileri karşılaştırıldı. İstatistiksel analizler; Holm-Sidak ve ANOVA testleri kullanılarak SigmaStat 3.5 programında gerçekleştirildi. Araştırmada, Deguelinin meme kanseri hücrelerinin çoğalmasında, standart tedavide kullanılan ajanlara benzer özellikler gösterdiği, antikanser etkisinin kanser hücrelerinin yayılımını azaltarak olabileceği gözlendi. Anahtar Sözcükler: Meme Kanseri Hücre Hatları, Deguelin, IC50, Apoptoz, Hücre döngüsü, Koloni Formasyonu, Hücre Migrasyonu, Oksidatif Stress