Theses supervised by Doç. Dr. Işık Didem Karagöz
10 theses · Gaziantep University
Evaluation of the effect of RhoB inhibition on cancer stem cell properties in NSCLC A549 cells
The cancer stem cells model suggests that a small subgroup of cancer cells can self-renew and substantially leads to the recurrence of tumors. Such cells are thought to be a reservoir for the regeneration of tumor-initiating mutant cells, which are insensitive to the chemotherapy currently being used. RhoB GTPase is implicated in regulating cell survival, tumorigenesis, angiogenesis, migration, and metastasis. Higher degrees of tumor progression and invasiveness are associated with RhoB expression. The contribution of Rho GTPases, in particular RhoB, in cancer stem cell properties, has not yet been fully explored. This study aims to explore the possible relationship between RhoB expression and the in vitro cancer stem cell-like characteristics of non-small cell lung cancer cells such as spheroid formation and self-renewal. To determine whether the inhibition of RhoB could promote CSCs-like characteristics, RhoB siRNA or AllStars siRNA negative control were transfected into A549 cells. The spheroid formation assay was used to evaluate the ability of cells to grow in serum-free culture conditions. The results demonstrated that inhibition of RhoB did not have a statistically significant effect in promoting cancer stem-like properties in A549 cells. This study may lead to further understanding of the contribution of RhoB to in vitro cancer stem cell features, such as the formation of tumorspheroids.
Tilia cordata'nın alerjen proteinlerinin tanımlanması
Polen, mantar sporları, ev tozu akarları, evcil hayvan tüyleri, bazı yiyecek ve içecekler bir çok kişi için zararsız olmasına rağmen bazı kişiler için aşırı duyarlılık meydana getirebilir. Bu duyarlılık alerji olarak adlandırılmıştır. Alerjenler genellikle protein yapıda olup 1873 yılında Charles Blackey' in polenlerin alerjik hastalıklara neden olduğu keşfinden sonra, alerjik hastalıklarda polenlerin önemli rolü olduğu belirlenmiştir. Polenlerin alerjen özellikleri ekzin ve intin tabakalarında bulunan glikoprotein, lipoprotein, polisakkarit ve proteinlerden kaynaklanmaktadır. Bu çalışmada, Gaziantep bölgesinden toplanan Tilia cordata (küçük yapraklı ıhlamur) polenlerinin alerjenik etkisinden sorumlu olan proteinler araştırılmıştır. T.cordata'nın polenleri disseminasyon döneminde Gaziantep Üniversitesi yerleşkesinden toplanarak kurutulmuştur. T. cordata'nın polen morfolojisini belirlemek için Wodehouse yöntemi ile hazırlanan preparatlar, mikroskop altında incelenerek polenler fotoğraflanmıştır. T. cordata'nın polen ekstresi hazırlandıktan sonra alerjen proteinlerinin total konsantrasyonunu saptamak amacı ile BCA yöntemi kullanılmıştır. Ayrıca T. cordata'nın moleküler ağırlıklarına ayırmak amacı ile SDS-page yöntemi kullanılmış ve proteinler gümüş boyama ile görünür hale getirilmiştir. Yapılan çalışmalarda T. cordata'nın farklı ağırlıklarda 5 adet alerjen proteine sahip olduğu görülmüştür. Bu sonuçlar ışığında T. cordata'nın alerjik reaksiyonlara neden olabileceğini ve daha kapsamlı araştırmalara ihtiyaç duyulduğunu desteklemektedir. Alerjen proteinlerin tayini, alerjik hastalıklarda tanı ve tedavinin ilk basamağını oluşturması doğru tehşis yapılması açısındanda oldukça önem arz etmektedir. Anahtar Kelimeler: Alerji, Alerjen, Polen, T. cordata, Polen Alerjisi
Alzheımer hastalığına karşı moleküler modelleme yöntemi kullanılarak yeni inhibitörlerin dizayn edilmesı ve farklı in silico yöntemler kullanılarak bu inhibitörlerin ilaç benzerlik ve admet profillerinin değerlendirilmesi
Alzheimer hastalığı amiloid beta birikimi, tau hiperfosforilasyonu ve kolinerjik iletimin azalmasıyla karakterize multifaktöriyel bir hastalıktır. Buradan hareketle bu tez çalışmasında sinnnamaldehit ve vanilinin Schiff bazları ve amin türevlerinin asetilkolinesteraz (AChE), bütirilkolinesteraz (BChE), beta sekteraz (BACE1), glikojensentazkinaz 3 beta (GSK3ß), histondeasetilaz 2 ve 6 enzimleri üzerindeki inhibitör etkisi değerlendirilmiştir. Öncelikle "Swiss Target Prediction ve Similarity Ensembl Approach" araçlarıyla etken maddelerin belirlenen enzimlerin hangilerini hedefledikleri belirlenerek "Autodock 4.2.2" yazılımı ile moleküler docking ve ilaç benzerlik-toksiloji analizleri yapılmıştır. Analizler sonucunda tüm bileşiklerin en az iki hedef enzim üzerinde inhibitör etki yaptığı görülmüştür. Ayrıca tüm bileşiklerin Lipinski'nin 5 kuralına uyduğu ve toksikolojik sınırlarda olduğu saptanmıştır. Sonuç olarak bileşiklerin çoklu ilaç stratejisinde değerlendirilebileceği ve nöroprotektif olarak anti-Alzheimer ajanı olarak kullabilecek düzeyde olduğu düşünülmektedir.
Pistacia vera L. meyvesinin sap kısımlarından saflaştırılan metabolitlerin antitümöral aktivitelerinin belirlenmesi
Günümüzde mevcut kanser tedavi metodolojileri hastalar üzerinde etkili olsa da antikanser ajanlara gelişen direnç mekanizması ciddi tedavi problemleri doğurmaktadır. Bu ajanların yan etkilerini minimalize edilmek için doğada hazır olarak bulunan ve bitkiler tarafından ürettilen sekonder metabolitlerin antitümoral aktivitelerinden yararlanılarak yeni bir antikanser ajan geliştirilebilmektedir. Buradan hareketle, öncelikle Pistacia vera L. meyvesinin atık sap kısımlarından mastikadienonik asit, tirukallol ve pistasionik asit metaboliteleri saflaştırılmış ve kimyasal yapılarını FT-IR, 1H-NMR, 13C-NMR, 1D- ve 2D-NMR yöntemleriyle aydınlatılmıştır. Ardından, bileşiklerin sitotoksik aktivitesi MTT analiz metoduyla, hücrelerdeki apoptotik aktivite ise DNA fragmentasyon ve kaspaz-3 enzim ekspresyonu immünositokimyasal analizlerle değerlendirilmiştir. Sonuç olarak, mastikadienonik asit ve tirukallol bileşiklerinin MCF7 hücrelerine karşı doza bağlı olarak sitotoksik aktivitesi olduğu, DNA üzerinde kırıklara neden olduğu ve kaspaz 3 enzim ekspresyonunu arttırarak apoptotik sürecin indükleyicisi olduğu belirlenmiştir. Çalışmamız mastikadienonik asit ve tirukallol bileşiklerinin potansiyeli güçlü antikanser ajanlar olabileceğini göstermiştir. Diğer taraftan, bu moleküllerin farklı hücre hatları üzerindeki etkileri incelenmeli ve sonuçlar in vivo koşullar altında desteklenmelidir.
Dosetakselin kanser hücrelerine nanobiyoteknolojik güdümlenmesi
Kanser tedavilerinde seçilen polimerin kullanılan ilaçla uyumluluğu, tedavide nanopartikülün kaderini belirlemektedir. Rezomer farklılıklarının nanopartikülün fiziksel ve kimyasal özellikleri ve ayrıca biyolojik aktiviteleri üzerine etkisi ile ilgili sınırlı sayıda kaynak bulunmaktadır. Bu nedenle, bu çalışmada farklı moleküler ağırlıklara (Rezomer 502 ve 504) ve terminal gruplara (Rezomer 502H ve 504H) sahip dosetaksel yüklü polilaktik-ko-glikolik asit nanopartiküllerini formüle ederek bu rezomerlerin nanopartikül karakterizasyonunun yapılması ve ardından prostat kanseri ve sağlıklı hücreler üzerindeki etkilerin belirlenmesi amaçlanmıştır. Dosetaksel yüklü PLGA nanoparçacıkları, tek emülsiyon çözücü buharlaştırma yöntemiyle hazırlanmıştır. Yüzey karakterizasyonları zeta sizer ve taramalı elektron mikroskobu ile gerçekleştirilmiştir. Kapsülleme etkinliği, in vitro ilaç salım profilleri ve sitotoksik aktiviteleri belirlenmiştir. Çalışma sonucunda, nanopartiküllerin yüzey morfolojisi üzerindeki ana etkinin, polimerin moleküler ağırlığı farklılaşmasıyla olduğu tespit edilmiştir. Bunun yanı sıra asit terminal grubuna sahip gruplar daha yüksek kapsülleme ve reaksiyon verimliliğine sahip olarak bulunmuştur. Tüm formülasyonlarda, pH 7.4'te 334 saat ve pH 5.6'da 240 saat sonra in vitro salınım gözlenmiştir. Ayrıca moleküler ağırlığı yüksek olan grupların seçici sitotoksisite göstermesi de oldukça ilgi çekici bulunmuştur. Sonuç olarak, çalışılan rezomerlerin, özellikle de RG 504H grubunun, prostat kanseri tedavisinde düşük doz ve yüksek verimli uzun salımlı ilaç dağıtım sistemi olarak kullanılma potansiyeline sahip olduğu tespit edilmiştir.
DNA analizi için yüzeyde zenginleştirilmiş raman saçılmasına dayalı (YZRS) optik biyosensör geliştirilmesi
DNA analizi biyomedikal çalışmalarda son derece önemlidir. DNA üzerindeki gen dizilimi sentezlenen proteinin yapısını etkileyebilmekte ve dolayısıyla birçok hastalığın ve genetik sorunun kaynağı olabilmektedir. Genetik hastalıkların tanısında hızlı, doğru ve hassas DNA analizi son derece önemlidir. DNA analiz yöntemlerine bakıldığı zaman bunlardan en çok kullanılan floresansa dayalı mikroarray tekniğidir. Fakat yöntemin bir takım dezavantajları vardır. Bunlardan en önemlisi elde edilen floresans spektrumunun bant büyüklüklerine bağlı olarak üst üste çakışmasıdır. Ayrıca floresansa dayalı tekniklerde fotoparçalanma ve floresansın sönmesi gibi dezavantajlar da vardır. Raman spektroskopi tekniğinin floresans tekniklere göre pek çok avantajı vardır. Tek bir dalga boyuna sahip ışın kaynağı ile farklı moleküllerden Raman spektrumu kolaylıkla alınabilmektedir. Moleküllerden Raman spektrumu elde edebilmek için kullanılacak molekülün floresans özelliği olmasına gerek olmadığı gibi en küçük kimyasal modifikasyonla bile farklı Raman elde edilebilir. Bu avantajlarından dolayı son yıllarda Yüzeyde Zenginleştirilmiş Raman Saçılmasına (YZRS) dayalı DNA analizleri üzerine yapılan çalışmalar gittikçe artmaktadır. Bu çalışmada literatürde ilk defa herhangi bir Raman aktif boya kullanmadan ve YZRS substrat özelliğinden bağımsız DNA analizi için YZRS'ye dayalı yöntem geliştirildi. Bu yöntemde hedef DNA varlığında Raman aktif molekülün spektrumunun elde edilmesi yerine YZRS substratı yüzeyine bağlı küçük molekülün pik kayması ile hedef DNA molekülünün varlığı gösterildi. Anahtar kelimeler: YZRS, DNA Analizi, Biyosensör, Pik kayması.
Zeytin meyvesi metabolitleri maslinik asit ve oleanolik asitin antitümöral etkilerinin ve etki mekanizmalarının araştırılması
Mevcut antikanser ajanlara karşı direnç gelişimi, yeni antikanser ajanlar için bir araştırma alanı yaratmaktadır. Bununla birlikte, normal hücreler üzerinde etki göstermeden ya da en az etkiyle kanser hücrelerin çoğalmasını seçici olarak inhibe edebilecek yeni bir ajanın geliştirilmesi oldukça güçtür. Bu nedenle, kanser kemoterapisi medikal kimyacılar için çok önemlidir ve çeşitli kanser tipleri üzerinde antikanser aktivite gösterme olasılığı bulunan yeni kemoterapötik ajanların geliştirilmesi üzerinde çalışmalar halen devam etmektedir. Bu nedenle, mevcut çalışmada, zeytin (Olea europaea L.) meyvelerinden izole edilen maslinik ve oleanolik asitlerin sitotoksik, apoptotik, genotoksik ve oksidan potansiyellerinin araştırılması amaçlanmıştır. Mevcut sonuçlar zeytin meyvesi karakteristik bileşiklerinin hem sitotoksik hem de genotoksik aktiviteye sahipken, oksidatif stresi arttırarak apoptotik etkiye sahip olmadığını göstermektedir. Yapılan bu çalışma ile maslinik ve oleanolik asitlerin biyolojik açıdan aktif bileşikler olduğu ve bu maddelerin etki potansiyeli yüksek saf maddeler olarak araştırılmaya değer olduğu kanısına varılmıştır. Anahtar Kelimeler: Olea europaea L., maslinik asit, oleanolik asit, sitotoksisite, genotoksisite.
Gaziantep'teki Tüylü Huş (Betula alba), Anadolu Palamut Meşesi (Quercus ithaburensis) ve Ihlamur (Tilia cordata) polenlerinin morfolojisi ve potansiyel alerjik proteinlerinin tespiti
Allerjik hastalıklar modern toplumların çoğunda büyük bir sağlık problemidir. Rüzgar aracılığıyla yayılış gösteren polenler önemli aeroalerjenlerdendir. Atmosferde yeterli miktarlarda bulunduklarında duyarlı kişilerde astım bronşiyale, alerjik rinit, rinokonjunktivit gibi hastalıkların gelişimine yol açabilirler. Polenlerin yayılışı, havadaki miktarları ve yapıları bulundukları coğrafi bölge ve iklimden etkilenmektedir. Bu nedenle farklı bölgelerde yaşayan duyarlı kişilerin maruz kaldığı polen miktarı değişebilmekte ve etkilenen bireylerde farklı alerjik reaksiyonlar gelişebilmektedir. Üretilen polen miktarının fazla olması polen duyarlılığını artırmaktadır. Dolayısıyla türlerin bölgelere özgü alerjenik etkilerinin araştırılması önemli hale gelmektedir. Gaziantep bölgesindeki Tüylü Huş (Betula alba), Anadolu Palamut Meşesi (Quercus ithaburensis), Ihlamur (Tilia cordata) polenleri de önemli alerjen kaynaklarındandır. Polen alerjenleri moleküler ağırlıkları 5-80 kDa arasında değişen suda çözülebilir protein ya da glukoprotein yapısındaki maddelerdir. Tek bir polen tanesi onlarca farkı tipte alerjen içerebilmektedir. Tüylü Huş (B.alba), Anadolu Palamut Meşesi (Q.ithaburensis), Ihlamur (T.cordata) ağaçlarının tozlaşma dönemlerinde polenleri toplanarak polen ekstreleri hazırlandı. Polenlerin morfolojisinin tespiti için Wodehouse yöntemi ile preparatları hazırlanarak ışık mikroskobunda fotoğraflandı. Hazırlanan polen ekstrelerinden BCA yöntemi ile potansiyel alerjen proteinlerin total konsantrasyonları tespit edildi. Bu çalışmada Gaziantep Üniversitesi kampüsü içindeki ağaçlandırılmış alanlarda yaygın olarak bulunan Tüylü Huş (B.alba), Anadolu Palamut Meşesi (Q.ithaburensis) ve Ihlamur (T.cordata) ağaçlarından toplanan polen örneklerinden alerji çalışmalarında ve alerjik hastalıkların tanısında kullanılmak üzere polen ekstreleri hazırlanması amaçlanmıştır. Anahtar Kelimeler: Ağaç polen alerjisi, Tilia cordata, Quercus ithaburensis, Betula alba, polen ekstraktları.
Gaziantep'teki antep fıstığı (Pistacia vera) polenlerinin morfolojisi ve potansiyel alerjik proteinlerinin tespiti
Antepfıstığı alerjik kişilerde orta ila şiddetli Ig E aracılı reaksiyonları tetiklemekten sorumludur. Antepfıstığı alerjisi esas olarak kaju fıstığı alerjisi ile içsel ilişkisi nedeniyle, özel bir ilgi kazanmıştır. Diğer fındıklarda olduğu gibi, fıstık ceviz alerjisinin yaygınlığı da küresel ölçekte artmaktadır. Pistacia vera bölgemizde çok yetişen ve tüketilen bir türdür. Bu türün alerji potansiyeli belirlenmesi önem arz etmektedir. Bu çalışmada, Güney Doğu Anadolu Bölgesinde yetiştirilen, Anacardiaceae familyasına ait P.vera'nın polenlerinin morfolojileri ışık mikroskobuyla incelenmiş ve polen ekstresi hazırlanmıştır. Elde edilen ham polen ekstresi bu bölge florasında yetişmiş olan P.vera'ya aittir. Hazırlanan polen ekstrelerinden, total protein konsantrasyonlarının belirlenmesi için BCA tekniği kullanılmıştır. Çalışmamızda elde ettiğimiz P.vera polen ekstrelerinin protein konsantrasyonu oldukça yüksektir. Elde edilen bulgular hem sistematik çalışmalara katkı sağlama hem de polenlerden kaynaklanan alerjik hastalıkların tanısına yardımcı olacak niteliktedir.
Gaziantep'teki kızılçam (Pinus brutia Ten.), doğu çınarı (Platanus orientalis L.) ve sinirli ot (Plantago major L.) polenlerinin morfolojisi ve potansiyel alerjenik proteinlerinin tespiti
Alerji aynı orandaki yabancı maddelere (antijenlere) maruz kalan bireylerden bazılarının vucüdunda etki gösteren aşırı duyarlılık reaksiyonu olarak ifade edilmektedir. Rüzgar ile atmosferde yayılan polenler önemli aeroalerjenleri oluşturmaktadır. Polenlerin yayılışı ve miktarları bulundukları coğrafi bölge ve iklimden etkilenmektedir. Bu sebeple farklı coğrafik bölgelerde yaşayan duyarlı kişilerin maruz kaldığı polen miktarı ve sayısı etkilenen bireylerde farklı alerjik reaksiyonlar geliştirmektedir. Bu nedenle türlerin bölgelere özgü alerjenik etkilerinin araştırılması önemlidir. Kızılçam (Pinus brutia L.), Sinir Otu (Plantago major L.) ve Doğu çınarı (Platanus orientalis L.) ağaçlarının tozlaşma dönemlerinde polenleri toplanarak polen ekstreleri hazırlanmıştır. Polenlerin morfolojisinin tespiti için Wodehouse yöntemi ile preparatlar hazırlanarak ışık mikroskobunda fotoğraflanmıştır. Hazırlanan polen ekstrelerinden BCA yöntemi ile potansiyel alerjen proteinlerin total konsantrasyonları tespit edilmiştir. Bu çalışmada, Gaziantep ilinde yaygın olarak bulunan bu bitki türleri polenlerinin alerjen protein konsantrasyonlarının belirlenmesi amaçlanmıştır.