Theses supervised by Doç. Dr. Tuğba Sarı
11 theses · Pamukkale University, Bolu Abant İzzet Baysal University, Akdeniz University
COVID-19 tanılı hastalarda SARS-COV-2 tam genom analizi ve klinik bulgular ile ilişkisi
Şiddetli akut solunum sendromu koronavirüs 2'nin (SARS-CoV-2) neden olduğu koronavirüs hastalığı (COVID-19), Aralık 2019'un sonlarında Wuhan'da ortaya çıkarak kısa sürede tüm dünyada etkisini göstermiştir. Pandemiden kısa süre sonra ortaya çıkan SARS-CoV-2 varyantları, epidemiyolojik ve klinik bulgularda, aşı ve tedavi seçeneklerinde değişikliklere neden olarak pandeminin seyrini değiştirmiştir. SARS-CoV-2 virüsünün genomik dizilimini belirlemek için kullanılan bir teknik olan sekanslama, yeni varyantların ve mutasyonların tespiti ve karakterizasyonu için önemli bir araçtır. RNA dizisindeki değişikliklerin belirlenmesi, virüsün evrimi, yayılımı, bulaşıcılığı, hastalığın klinik bulguları ve aşıların etkililiği gibi faktörlerin anlaşılmasına katkı sağlar ve salgının kontrolünde önemli bir rol oynar. Bu çalışmada farklı dönemlerde takip edilen belirli özelliklere sahip COVID-19 hastalarından elde edilen SARS-CoV-2 örneklerinde tam genomik sekanslama yapılarak virüsün yapısal değişikliklerinin görülme sıklıkları ve hastalığın klinik bulgularına etkisi analiz edilmiştir. 2022 Ocak ve Kasım ayları arasında Pamukkale Üniversitesi Hastanesi Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Kliniği'nde takipli 21 hasta çalışmaya dahil edilmiştir. COVID-19 hastalarının nazofaringeal ve orofaringeal sürüntü örnekleri alınarak viral RNA'ları ekstrakte edilmiş ve tam genomik sekanslama analizi gerçekleştirilmiştir. Hastalar klinik durumlarına göre hafif, orta ve ciddi klinik seyirli olmak üzere gruplandırılmış, klinik durumları, laboratuvar sonuçları, radyolojik bulguları ve PCR pozitiflik süresi ile gen analizi sonuçları arasındaki ilişki araştırılmıştır. Çalışmaya dahil edilen 21 hastanın 13'ü (%61,9) erkek ve yaş ortalamaları 65,3±20,7 (26-97) idi. Toplamda 18 (%85,7) hastanın hastanede (servis veya yoğun bakım) takip ve tedavisi yapılırken, üç (%14,3) hasta ayaktan takip edildi. Çalışmada 12 hastada Omicron BA.2, dört hastada Omicron BA.1, dört hastada Omicron BA.5 alt varyantları ve bir hastada Delta varyantı saptandı. İncelenen tüm izolatlarda c.1841A>G (D614G), c.425G>A (G142D), c.9764C>T, NSP4 (T492I), c.14144C>T (NSP12 P323L) mutasyonları saptandı. Hastalardan izole edilen örneklerde tespit edilen mutasyonlar ile bu mutasyonların tüm dünyada aynı sekansta görülme sıklıkları Pearson korelasyon testi ile karşılaştırıldığında, bu değişkenler arasında yüksek derecede pozitif bir korelasyon bulundu. (r(163)=0.81, p<0.001). Ek olarak Türkiye'den alınan örneklerde ilk kez bulunan bazı missense mutasyonlar gözlemlendi. Ağır klinik seyirli hastalarda obezite, hafif ve orta klinik seyirli hastalara göre istatistiksel açıdan anlamlı olarak daha yüksek oranda görüldü (p=0,042). Laboratuvar bulgularına göre incelendiğinde ağır klinik seyirli hastalarda; başvuru anındaki C-reaktif protein (p=0,014), aspartat aminotransferaz (AST) (p=0,001), BUN ve (p=0,018) kreatinin yüksekliği (p=0,003) ve hemoglobin (Hgb) değerlerinde düşüklük (p=0,037) diğer klinik formalara göre istatistiksel olarak anlamlı olarak daha fazla tespit edildi. Uzamış PCR pozitifliği (dört haftanın üzerinde) immunsuprese hastalarda (malignite (p=0,016), lenfoma (p=0,006)) daha sık saptandı. Aynı zamanda bu hastaların çoğunun orta ve ağır klinik seyir gösterdiği saptandı (p=0,019). İmmun yetmezlik kliniği olan hastalarda istatistiksel açıdan anlamlı şekilde daha fazla hastaneye yatış (p=0,026) ve daha ağır hastalık tablosu gözlemlendi (p=0,018). Çalışmaya alınan hastalarda saptanan mutasyonlar değerlendirildiğinde ise aşılardan herhangi biriyle dört doz ve üzeri aşılanan hastalarda Spike Q493R mutasyonu daha yüksek oranlarda saptandı (p=0,043). Çalışmada nadir olarak görülen mutasyonlara bakıldığında literatürle uyumlu bir şekilde Omicron BA.1 subvaryantı saptanan olgularda Spike A67V, del211 ve ins214EPE mutasyonları viral infektivitede artış ve bağışıklık yanıtına direnç ile ilişkilendirilmiştir. Spike R346K ve Türkiye'den ilk kez bildirilen Spike A263T mutasyonunun klinik etkisinin infektivite ve bulaştırıcılıktan ziyade sonuncusu son üç ay içinde olan dört doz aşılamaya rağmen hastamızda tespit edilmesi sebebiyle bu varyantın antikor yanıtından kaçış ile ilişkili olabileceğini düşündürmüştür. Omicron BA.2 subvaryantı hastamızda saptanan Spike R21T'nin, literatürle uyumlu olarak, virüsün insan ve bağırsak hücrelerine geçişini artırarak ağır klinik seyir ve gastrointestinal (GİS) bulgulardan sorumlu olabileceği (hastamızda GİS semptomları olması nedeniyle) ve antikor nötralizasyonunda azalmaya (hastamızın dört doz aşılanma öyküsü olması nedeniyle) neden olabileceği sonucuna varılmıştır. Omicron BA.2 subvaryantı için Spike L452M değişikliğinin ORF3a'da tespit edilen D155Y ile sinerjik etki göstererek aşırı immün yanıt ve hiperinflamasyonu tetikleyebileceği (hastamızın inflamatuar parametlerinde belirgin artış olması nedeniyle) düşünülmüştür. NSP1 H110Y mutasyonun konakçı gen ifadesini inhibe ederek bu yolla bağışıklık sisteminden kaçma etkisinin hastamızda da görüldüğü gözlemlenmiştir. Spike A222V, T323I ve NS7a A106T değişiklikleri azalmış infektivite, artmış bağışıklık yanıtından kaçış ve konakçı-virüs bağlanması (hastamızda hafif klinik seyir, uzamış PCR pozitifliği saptanması nedeniyle) ile ilişkilendirilmiştir. NSP4 T114I'in literatürle uyumlu olarak hastamızda da viral replikasyonda artış/viral klerenste azalış ile uzamış PCR pozitifliğine neden olduğu görülmüştür. Spike A27S, K417N, N440K, Q493R, T19I, G142D mutasyonlarının saptandığı hastalarımızda da yine literatürle uyumlu olarak, ortak etki oluşturarak aşı ile oluşan antikor yanıtına dirence neden olduğu gözlemlenmiştir. Spike G339D, S373P, S375F, K417N, N440K, S477N, T478K, E484A, Q493R, Q498R, N501Y mutasyonlarının da dört doz aşılı ve yüksek antikor titresine sahip hastamızda olması nedeniyle bağışıklık yanıtından kaçış etkisinin olabileceği düşünülmüştür. Çalışmamızda Delta (B.1.617.2) varyantı saptanan bir olguda Spike protein NTD spesifik E156G/del157-158 ve L452R kombinasyonunun artan enfektivite, aşı ile ortaya çıkan poliklonal antikorlara direnç ve artmış hücreden hücreye füzyon etkisinin olgumuzda da gözlemlendiği düşünülmüştür. Spike P681R saptanan hastamızda olduğu gibi ağır klinik seyir ve uzamış PCR pozitifliği ile ilişkili olabileceği sonucuna varılmıştır. Omicron BA.5 varyantı için NSP13 A389V, NSP14 M315I, NSP16 T140I mutasyonlarının hastamızda hiperinflamasyon kliniği olması nedeniyle literatüre benzer şekilde abartılı inflamatuar yanıta ve akciğer immünopatolojisine neden olabileceğini düşündürmüştür. N E136D mutasyonu, hastamızda olduğu gibi daha ağır ve uzun seyreden üst solunum yolu bulgularına neden olabileceğini ve yurt dışı seyahat öyküsü olan kişiyle temas öyküsü olması nedeniyle seyahat öyküsünün epidemiyolojik ve varyantların dağılımındaki önemini olgumuzda göstermiştir. Türkiye'de ilk kez sekanslama sonuçlarının kliniğe yansıması bu çalışmada değerlendirilmiştir. Ancak sınırlı sayıda hasta grubunda ve tek merkezde yapılan bu çalışma tüm ülke verilerini temsil etmemektedir. Daha büyük bir popülasyonda, daha fazla sayıda merkezde, daha fazla sekanslama çalışmaları ile bu sonuçların klinik yansımasının araştırılmasına gereksinim vardır. Virüsün yayılımının ulusal ve global seviyelerde takibi, viral genomların karşılaştırılması ve moleküler filogenetik ağaçların oluşturulmasıyla izlenebilir. Genetik değişikliklerin tespiti, varyantların ortaya çıkması ve mutasyon oranlarının anlaşılması etkin tedavi ve aşı geliştirilmesinde olumlu bir etki yaratacaktır.
Okul psikolojik danışmanlarında öz duyarlılık ile tükenmişlik arasındaki ilişkide umudun aracı rolünün incelenmesi
Bu araştırmanın amacı iki yönlüdür. Birincisi; okul psikolojik danışmanlarının tükenmişlik düzeylerinin çeşitli değişkenler açısından incelenmesi, ikincisi ise öz duyarlılık ve tükenmişlik arasındaki ilişkide umudun aracı rolünün sorgulanmasıdır. Araştırma betimsel bir çalışma olup araştırmanın örneklemini Gaziantep ili, Şehitkamil ve Şahinbey ilçelerinde Milli Eğitim Bakanlığı'na bağlı ilkokul, ortaokul ve liselerde görev yapan toplam 297 okul psikolojik danışmanı oluşturmaktadır. Araştırmada veri toplama aracı olarak Psikolojik Danışman Tükenmişlik Ölçeği, Öz duyarlılık Ölçeği, Sürekli Umut Ölçeği ve araştırmacı tarafından hazırlanan Kişisel Bilgi Formu kullanılmıştır. Araştırma kapsamında elde edilen veriler, SPSS 20.0 programı aracılığıyla bilgisayar ortamında analiz edilmiştir. Verilerin analizi aşamasında ilk olarak ön analizler gerçekleştirilmiştir. Ön analizler kapsamında betimsel istatistik ve araştırma değişkenleri arasındaki ilişkileri incelemek amacıyla Pearson Korelasyon Analizi teknikleri uygulanmıştır. Ön analizlerin ardından, araştırmanın birinci aşaması kapsamında, araştırmanın bağımlı değişkenini oluşturan tükenmişliğin çeşitli değişkenler açısından incelemesi amacı doğrultusunda bağımsız örneklemler t testi ve ANOVA (tek yönlü varyans analizi) kullanılmıştır. Araştırmanın ikinci aşaması kapsamında, öz duyarlılık ve tükenmişlik arasındaki ilişkide umudun aracı rolünün incelenmesi amacı doğrultusunda ise Hayes tarafından geliştirilen bir makrodan (PROCESS) yararlanılmıştır. Aracı etkinin anlamlılığının ve etki derecesinin belirlenmesinde Sobel testi ve bootstrap güven aralıkları sonuçları dikkate alınmıştır. Araştırma sonucunda, okul psikolojik danışmanlarının tükenmişlik düzeylerinin medeni durum, eğitim durumu ve meslek seçiminde isteklilik durumu açısından anlamlı bir şekilde farklılaştığı cinsiyet ve görev süresi açısından ise anlamlı bir şekilde farklılaşmadığı belirlenmiştir. Araştırma değişkenleri arasındaki ilişkiler incelendiğinde öz duyarlılık ile umut arasında pozitif; öz duyarlılık ile tükenmişlik arasında negatif ve umut ile tükenmişlik arasında negatif yönde anlamlı ilişkilerin olduğu sonucuna ulaşılmıştır. Araştırma kapsamında, öz duyarlılığın tükenmişliği doğrudan ve negatif; umudu ise doğrudan ve pozitif yönde anlamlı bir şekilde yordadığı sonucu elde edilmiştir. Bunun yanında, umudun da tükenmişliği doğrudan ve negatif yönde anlamlı bir şekilde yordadığı belirlenmiştir. Gerçekleştirilen analizler neticesinde öz duyarlık ve tükenmişlik arasındaki ilişkide umudun kısmi bir aracı rol üstlendiği sonucuna ulaşılmıştır. Elde edilen bulgular alanyazında yer alan bilgiler doğrultusunda tartışılmış ve araştırma bulgularından hareketle araştırmacılara ve uygulamacılara yönelik önerilerde bulunulmuştur. Anahtar Kelimeler: Tükenmişlik, Öz duyarlılık, Umut, Okul Psikolojik Danışmanları
Ergenlerde karakter güçleri ile zorbalık arasındaki ilişkinin incelenmesi
Bu araştırmada, lise 9,10,11 ve 12. sınıflarda okuyan ergenlerin karakter güçleri ile zorba ve kurban olma durumu arasındaki ilişkiye bakılmış, karakter güçlerinin zorbalık için anlamlı bir yordayıcı olup olmadığı araştırılmıştır. Ayrıca karakter güçleri ve zorbalığın cinsiyet değişkenine göre farklılaşıp farklılaşmadığı incelenmiştir. Araştırma grubunu, 2018-2019 eğitim-öğretim yılında Kocaeli ili Gebze, Darıca, Çayırova ilçelerinde bulunan tüm liselerde öğrenim gören öğrenciler arasından uygun örnekleme yöntemi ile seçilmiş 664 öğrenci oluşturmuştur. Araştırmada, Karakter Gelişim İndeksi, Akran Zorbalığı Belirleme Ölçeği Ergen Formu ve Kişisel Bilgi Formu kullanılmıştır. Verilerin istatistiksel analizlerinde SPSS 24.0 for Windows paket programı kullanılmıştır. Araştırmanın sonucunda, karakter güçlerinin birbiriyle ilişkileri ile karakter güçlerinin kurban ve zorba ölçekleri arasındaki ilişkiye bakıldığında genel olarak düşük düzeyde ilişkilere sahip olduğu görülmüştür. Toplam kurban puanı ile kararlılık, alçakgönüllülük, iyimserlik, nezaket, yakınlık, sakinlik, cesaret, bilgelik, maneviyat ve dürüstlük güçleri ilişkili bulunurken affedicilik gücü ilişkili bulunmamıştır. Toplam zorba puanı ise kararlılık, alçakgönüllülük, iyimserlik, nezaket, yakınlık, sakinlik, bilgelik, maneviyat ve dürüstlük güçleri ile ilişkili bulunurken cesaret ve affedicilik güçleri ile ilişki bulunmamıştır. Yapılan regresyon analizi sonucu karakter gelişim indeksin de yer alan kararlılık ve dürüstlük gücü, kurban olmadaki toplam varyansın % 10 'unu açıklarken karakter gelişim indeksin de yer alan kararlılık, alçakgönüllülük, maneviyat ve dürüstlük gücü, zorba olmadaki toplam varyansın % 16 'sını açıklamıştır. Cinsiyet değişkenine göre yapılan incelemede karakter gelişim indeksi ölçeğinin İyimserlik, Nezaket, Sakinlik, Cesaret, Bilgelik ve Dürüstlük alt boyutlarında cinsiyete göre istatistiksel olarak anlamlı farklılık olduğu bulunmuştur. Yine cinsiyet değişkenine göre öğrencilerin toplam kurban ve toplam zorba puanlarının erkek öğrencilerde kız öğrencilere göre daha yüksek olduğu bulgusuna ulaşılmıştır. Anahtar Kelimeler: Ergenlik dönemi, karakter güçleri, zorbalık.
İlkokul öğrencilerinin annelerine yönelik hazırlanan cinsel gelişim eğitimi programının etkililiğinin sınanması
Bu araştırma ilkokul öğrenci annelerine yönelik hazırlanan cinsel gelişim eğitimi programının etkililiğini sınamak ve ilkokul öğrenci annelerinin cinsel gelişim eğitimine ilişkin görüş ve bilgi düzeylerini ortaya koymak amacıyla gerçekleştirilmiş ilişkisel ve deneysel iki çalışmadan oluşmaktadır. Veri toplama aracı olarak Kişisel Bilgi Formu, Cinsel Eğitime İlişkin Görüş Anketi ve Cinsel Eğitim Programı Bilgi Testi (CEPBT) kullanılmıştır. Araştırmanın ilk bölümünde 115 ilkokul öğrenci annesinin cinsel eğitime ilişkin görüşleri ve Cinsel Eğitim Programı Bilgi Testinin (CEPBT) demografik değişkenlere göre farklılık gösterip göstermediği ya da ilişkili olup olmadığı incelenmiştir. Araştırmanın ikinci kısmı ise; araştırmacı tarafından geliştirilen Cinsel Eğitim Programının etkililiğini sınamak amacıyla 2X2'lik desene göre düzenlenmiştir. Bağımsız değişken olarak cinsel eğitim programı, bağımlı değişken olarak ise CEPBT ele alınmıştır. Ayrıca deney ve kontrol grubuna ait cinsel eğitime ilişkin görüş anketi yanıtlarının (ön test/son test) frekans değerleri verilmiştir. Çalışma, 2018-2019 eğitim öğretim yılında bir devlet okulunda öğrenim gören ilkokul öğrencilerinin annelerinden oluşan 30 katılımcıyla gerçekleştirilmiştir. Araştırmanın örneklemi cinsel eğitime ilişkin görüş anketi ve CEPBT' nin uygulandığı (n=115) katılımcılardan grup ortalamasının altında kalanların deney (n = 15) ve kontrol (n=15) grubuna seçkisiz olarak kura yöntemiyle atanması yoluyla oluşturulmuştur. Ardından deney grubuna 8 oturumluk cinsel eğitim programı uygulanmış ve son test uygulaması yapılmıştır. İlişkisel çalışma verileri analiz edildiğinde; ön test (n=115) verilerine göre araştırmaya katılan annelerin büyük bir kısmının (%69) çocuklarına cinsel eğitim veremediklerini belirttikleri ve %80'inin nasıl cinsel eğitim vereceklerine dair bilgilerinin olmadığını belirttikleri görülmüştür. Ayrıca çocuklarının cinsellikle ilgili sordukları soruları cevaplamada %69'unun güçlük yaşadığı görülmüştür. Araştırmanın ilk kısmından elde edilen diğer bir bulgu ise CEPBT puanları ile anne ve babanın yaşı arasında negatif yönde orta düzeyde olan ilişkidir. Aynı zamanda anne ve babanın eğitim seviyesi ile CEPBT puanları arasında istatistiki düzeyde anlamlı farklılıklar görülmüştür. Cinsel gelişim eğitimi programının etkililiğinin sınandığı araştırmanın ikinci kısmında ise; cinsel eğitime ilişkin görüşlerin deney grubundaki katılımcılarda son testte pozitif yönde bir artış gösterdiği görülmüştür. CEPBT puanlarının ön test ve son test verilerinde deney ve kontrol grubu için anlamlı bir farklılık gözlenmezken, son testte deney grubunun lehine anlamlı farklılık görülmüştür. Bu farklılaşma uygulanan cinsel gelişim eğitimi programının etkili olduğunu göstermektedir. CEPBT puanlarının grup içi karşılaştırılmasında, deney grubunun ön test ve son test verilerinde son test lehine anlamlı farklılık bulunmuştur. Bulgular alan yazın ışında ayrıntılı bir şekilde tartışılmıştır.
Risk grubu altındaki ergenlere yönelik psikolojik sağlamlık psikoeğitim programının etkililiğinin incelenmesi
Bu araştırma, risk grubunda yer alan ergenlere yönelik hazırlanan Psikolojik Sağlamlık Psikoeğitim Programı'nın etkililiğini incelemek amacıyla gerçekleştirilmiş deneysel nitelikte bir çalışmadır. Araştırmada veri toplama aracı olarak Kişisel Bigi Formu, Risk Faktörleri Belirleme Listesi ve Psikolojik Sağlamlık ve Ergen Gelişim Ölçeği kullanılmıştır. Araştırma da 2x3' lük ön test- son test ve kontrol gruplu karışık desen (split plot) kullanılmıştır. Araştırma, 2017-2018 öğretim yılı içerisinde psikolojik sağlamlık düzeyi düşük 9 ve 10. sınıfta öğrenim görmekte olan öğrenciler arasından rastgele seçilen toplam 24 öğrenciyle yürütülmüştür. Deney (n=12) ve kontrol (n=12) grubu 24 öğrencinin yansız bir şekilde atanmasıyla oluşmuştur. Araştırmacı tarafından geliştirilen "Psikolojik Sağlamlık Psikoeğitim Programı" deney grubuna her hafta bir oturum olmak üzere 7 oturum şeklinde uygulanmıştır. Deney ve kontrol gruplarına deneysel işlemin bitmesinin hemen ardından son test, 6 hafta sonra da izleme testi uygulanmıştır. Araştırmadan elde edilen veriler SPSS 20.0 paket programıyla analiz edilmiştir. Verilerin analizinde grup içi karşılaştırmalar yapılırken Friedman Testi ve Wilcoxon İşaretli Sıralar Testi kullanılmış, gruplar arası karşılaştırma yapılırken ise Mann Whitney U Testi kullanılmıştır. Araştırmadan elde edilen sonuçlara göre, deney grubunun toplam içsel faktörler ön-test, son-test ve izleme testi puanları arasında istatistiksel olarak anlamlı bir farklılık bulunmuştur. Bu bulguya göre ergenlerin toplam içsel faktörler puanları giderek yükselmiş ve marjinal bir alanda (p=.05) gelişme göstermiştir. Kontrol grubunda ise grup içi ve gruplar arasında toplam içsel faktörler puanlarında anlamlı bir farklılık görülmemiştir. Araştırmanın deney ve kontrol grubu karşılaştırıldığında ise toplam içsel faktörler ön test, son test ve izleme testi puanları arasında istatistiksel olarak anlamlı bir farklılık bulunmamıştır. Bu durumda uygulanan Psikolojik Sağlamlık Psikoeğitim Programı deney ve kontrol grupları arasında farklılık oluşturamamıştır. Araştırmanın sonuçları ilgili alan yazın çerçevesinde tartışılmış ve önerilerde bulunulmuştur.
Üniversite öğrencilerinin siber flört şiddetine maruz kalma ve uygulama durumlarının duygu düzenleme güçlüğü ve bilgece farkındalık ile ilişkisinin incelenmesi
Mevcut araştırmanın temel amacı üniversite öğrencilerinde duygu düzenleme ve bilgece farkındalık ile siber flört şiddetine maruz kalma ve uygulama arasındaki ilişkinin incelenmesidir. Araştırma 207 kadın, 64 erkek olmak üzere hayatı boyunca en az bir flört ilişkisi yaşamış toplam 271 üniversite öğrencisi ile gerçekleştirilmiştir. Veri toplama araçları olarak Siber Flört İstismarı Ölçeği, Duygu Düzenleme Güçlüğü Ölçeği, Beş Faktörlü Bilgece Farkındalık Ölçeği ve araştırmacı tarafından hazırlanan katılımcılara ait demografik bilgilere ait soruların bulunduğu Katılımcı Bilgi Formu kullanılmıştır. Demografik bilgilerden cinsiyete, görüşme şekline, partner ile sanal ortamda geçirilen süreye ve ilişki süresine göre siber flört şiddetine maruz kalma ve uygulama durumuna göre anlamlı seviyede farklılaşıp farklılaşmadığı incelenmiştir. Veriler çevrimiçi ortamda elde edilmiştir. Elde edilen verilerin normallik değerlerine bakılmış ve normal dağılım göstermediği için parametrik olmayan testler kullanılmıştır. Kullanılan bu testler; Spearman Korelasyon Analizi, Mann Whitney U testi ve Kruskal Wallis H Testi kullanılmıştır. Araştırmanın sonuçları incelendiğinde bilgece farkındalığın duygularını isimlendirme alt boyutu ve bilgece farkındalık ölçek toplam puanı ile doğrudan saldırganlık alt boyutu arasında düşük, negatif yönde anlamlı bir ilişki bulunmuştur. Duygu düzenleme güçlüğü açıklık alt boyutu ve duygu düzenleme güçlüğü ölçek toplam puanı ile siber flört şiddeti doğrudan saldırganlık alt boyutu arasında; duygu düzenleme güçlüğü amaçlar alt boyutu ile siber flört şiddeti maruz kalma durumu izleme/kontrol alt boyutu ve siber flört şiddeti maruz kalma ölçek toplam puanı arasında düşük, pozitif yönde anlamlı ilişki bulunmuştur. Demografik verilere ilişkin olarak siber flört şiddeti alt boyutları ile cinsiyet ve görüşme şekli arasında anlamlı bir ilişki bulunamamıştır. Siber flört şiddeti izleme/kontrole maruz kalma ve uygulama ile sanal ortamda geçirilen süre; siber flört izleme/kontrol uygulama ile görüşme sıklığı; siber flört şiddeti doğrudan saldırganlığa maruz kalma ile ilişki süresi arasında düşük düzeyde anlamlı ilişki bulunmuştur.
Üniversite öğrencilerinin romantik ilişkilerinde psikolojik saldırganlığa uğrama ve başvurmalarının öz şefkat, suçluluk ve utanç ile ilişkisinin incelenmesi
Bu çalışmanın temel amacı romantik ilişki yaşayan üniversite öğrencilerinde psikolojik saldırganlığa uğrama ve başvurma durumlarının öz şefkat, suçluluk ve utanç ile arasındaki ilişkinin incelenmesidir. Araştırma 247'si kadın 71'i erkek olmak üzere romantik ilişki içerisinde olan toplam 318 üniversite öğrencisi ile yürütülmüştür. Veri toplama araçları olarak Çok Boyutlu Duygusal İstismar Ölçeği, Öz Duyarlık (Öz Şefkat) Ölçeği, Sürekli Utanç ve Suçluluk Ölçeği, araştırmacı tarafından hazırlanan Katılımcı Bilgi Formu kullanılmıştır. Psikolojik saldırganlığa uğramanın ve başvurmanın demografik verilerden cinsiyete göre, partnerlerin birbiriyle görüşme şekline göre ve geçmiş ilişki deneyimine göre anlamlı düzeyde farklılaşıp farklılaşmadığına bakılmıştır. Veriler ilgili çevrimiçi kaynaklar tarafından toplanmıştır. Toplanan verilerin normallikleri test edilmiş, normal dağılım gösteren dağılımlar için parametrik testler, normal dağılım göstermeyen dağılımlar için parametrik testlerin parametrik olmayan karşılıkları kullanılmıştır. Yapılan hesaplamalarda Pearson Momentler Çarpımı Korelasyon Analizi, Spearman Korelasyon Analizi, Tek Yönlü Varyans Analizi (ANOVA), Kruskal Wallis H Testi, Bağımsız Örneklemler için T-Testi, Mann Whitney U test kullanılmıştır. Araştırma sonuçlarına göre psikolojik saldırganlığa uğrama ve başvurma ile öz şefkat arasında düşük düzeyde negatif yönlü bir ilişki bulunurken suçluluk ve utanç ile bir ilişki bulunmamıştır. Ayrıca psikolojik saldırganlığın demografik verilerden cinsiyete göre kadınlar erkeklere göre psikolojik saldırganlığa anlamlı olarak daha yüksek düzeyde başvurmaktadırlar. Bir başka sonuç partnerlerin birbiriyle görüşme şekline göre psikolojik saldırganlığa başvurma ve uğrama anlamlı düzeyde farklılaşmaktadır. Psikolojik saldırganlığın geçmiş ilişki deneyimine göre anlamlı düzeyde farklılaşmadığı sonucuna ulaşılmıştır. Sonuçlar ilgili alanyazın göz önüne alınarak tartışılmış, uygulamacılara ve araştırmacılara yönelik önerilerde bulunulmuştur.
COVID-19 salgın döneminde okul psikolojik danışmanlarında travma sonrası büyüme: Bilinçli farkındalık ve acının dönüştürücü gücünün rolü
Bu araştırmanın amacı COVID-19 salgın döneminde okul psikolojik danışmanlarının travma sonrası büyüme düzeylerini incelemek ve bilinçli farkındalık ile acının dönüştürücü gücü puanlarının travma sonrası büyümenin anlamlı yordayıcıları olup olmadığını ortaya koymaktır. Ayrıca okul psikolojik danışmanlarının travma sonrası büyüme puanları cinsiyet, hizmet yılı, çocukluk döneminde travma yaşama durumu, daha önce psikolojik destek veya psikiyatrik tedavi almış olma salgın döneminde psikolojik destek almaya ihtiyaç duyma değişkenlerine göre incelenmiştir. Yapılan araştırma betimsel bir araştırma olma özelliği taşımasının yanı sıra araştırmanın örneklemini araştırmacının hazırladığı online ölçek formlarını dolduran Türkiye'nin yedi coğrafi bölgesinde görev yapan 415 okul psikolojik danışmanı oluşturmaktadır. Araştırmanın verileri; araştırmacı tarafından hazırlanan katılımcı bilgi formu ile birlikte Travma Sonrası Büyüme Ölçeği, Bilinçli Farkındalık Ölçeği ve Acının Dönüştürücü Gücü Ölçeği aracılığıyla toplanmıştır. Veri toplama sürecinin tamamlanmasıyla birlikte bilgisayar ortamında yapılan ön analizlerde dağılımlarının her bir bağımsız değişkenin kategorisine göre normal dağılım özelliği gösterip göstermediği değerlendirilmiştir. Merkezi eğilim ölçüleri, basıklık ve çarpıklık katsayıları, kolmogrov smirnov ve shapiro wilk testleri ile dağılımlara ait histogramlar incelenmiş ve çoklu bir bakış açısıyla normallik değerlendirmeleri yapılmıştır. Normal dağılım özelliği gösteren dağılımlar için parametrik testler, normal dağılım özelliği göstermeyen dağılımlar için ise parametrik testlerin parametrik olmayan alternatifleri kullanılmıştır. Son olarak yapılan hesaplamalarda çoklu regresyon analizi, pearson momentler çarpımı korelasyon analizi bağımsız örneklem t testi ve kruskal wallis h testi kullanılmıştır. Araştırmanın bulguları incelendiğinde okul psikolojik danışmanlarının bilinçli farkındalık puanlarının travma sonrası büyümeyi anlamlı düzeyde yordamadığı ancak acının dönüştürücü gücü puanlarının travma sonrası büyümenin üçte ikisini yordadığı sonucuna ulaşılmıştır. Buna ek olarak acının dönüştürücü gücü ve bilinçli farkındalık puanlarının ile travma sonrası büyümenin alt boyutları ile anlamlı düzeyde ilişkili olduğu, okul psikolojik danışmanlarının travma sonrası büyümelerinin çocukluk travmasına sahip olma durumuna göre, pandemi döneminde psikiyatrik tedavi ve psikolojik desteğe ihtiyaç duyma durumuna göre, hizmet yılına göre farklılaşırken; cinsiyet, hizmet verdikleri kademeye göre anlamlı düzeyde farklılaşmadığı görülmüştür. Ortaya çıkan sonuçlar bulgular ve literatür bağlamında tartışılmış ve ortaya çıkan sonuçlarla ilintili olarak önerilerde bulunulmuştur.
COVID-19 tanılı hastalarda SARS-COV-2 tam genom analizi ve klinik bulgular ile ilişkisi
Şiddetli akut solunum sendromu koronavirüs 2'nin (SARS-CoV-2) neden olduğu koronavirüs hastalığı (COVID-19), Aralık 2019'un sonlarında Wuhan'da ortaya çıkarak kısa sürede tüm dünyada etkisini göstermiştir. Pandemiden kısa süre sonra ortaya çıkan SARS-CoV-2 varyantları, epidemiyolojik ve klinik bulgularda, aşı ve tedavi seçeneklerinde değişikliklere neden olarak pandeminin seyrini değiştirmiştir. SARS-CoV-2 virüsünün genomik dizilimini belirlemek için kullanılan bir teknik olan sekanslama, yeni varyantların ve mutasyonların tespiti ve karakterizasyonu için önemli bir araçtır. RNA dizisindeki değişikliklerin belirlenmesi, virüsün evrimi, yayılımı, bulaşıcılığı, hastalığın klinik bulguları ve aşıların etkililiği gibi faktörlerin anlaşılmasına katkı sağlar ve salgının kontrolünde önemli bir rol oynar. Bu çalışmada farklı dönemlerde takip edilen belirli özelliklere sahip COVID-19 hastalarından elde edilen SARS-CoV-2 örneklerinde tam genomik sekanslama yapılarak virüsün yapısal değişikliklerinin görülme sıklıkları ve hastalığın klinik bulgularına etkisi analiz edilmiştir. 2022 Ocak ve Kasım ayları arasında Pamukkale Üniversitesi Hastanesi Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Kliniği'nde takipli 21 hasta çalışmaya dahil edilmiştir. COVID-19 hastalarının nazofaringeal ve orofaringeal sürüntü örnekleri alınarak viral RNA'ları ekstrakte edilmiş ve tam genomik sekanslama analizi gerçekleştirilmiştir. Hastalar klinik durumlarına göre hafif, orta ve ciddi klinik seyirli olmak üzere gruplandırılmış, klinik durumları, laboratuvar sonuçları, radyolojik bulguları ve PCR pozitiflik süresi ile gen analizi sonuçları arasındaki ilişki araştırılmıştır. Çalışmaya dahil edilen 21 hastanın 13'ü (%61,9) erkek ve yaş ortalamaları 65,3±20,7 (26-97) idi. Toplamda 18 (%85,7) hastanın hastanede (servis veya yoğun bakım) takip ve tedavisi yapılırken, üç (%14,3) hasta ayaktan takip edildi. Çalışmada 12 hastada Omicron BA.2, dört hastada Omicron BA.1, dört hastada Omicron BA.5 alt varyantları ve bir hastada Delta varyantı saptandı. İncelenen tüm izolatlarda c.1841A>G (D614G), c.425G>A (G142D), c.9764C>T, NSP4 (T492I), c.14144C>T (NSP12 P323L) mutasyonları saptandı. Hastalardan izole edilen örneklerde tespit edilen mutasyonlar ile bu mutasyonların tüm dünyada aynı sekansta görülme sıklıkları Pearson korelasyon testi ile karşılaştırıldığında, bu değişkenler arasında yüksek derecede pozitif bir korelasyon bulundu. (r(163)=0.81, p<0.001). Ek olarak Türkiye'den alınan örneklerde ilk kez bulunan bazı missense mutasyonlar gözlemlendi. Ağır klinik seyirli hastalarda obezite, hafif ve orta klinik seyirli hastalara göre istatistiksel açıdan anlamlı olarak daha yüksek oranda görüldü (p=0,042). Laboratuvar bulgularına göre incelendiğinde ağır klinik seyirli hastalarda; başvuru anındaki C-reaktif protein (p=0,014), aspartat aminotransferaz (AST) (p=0,001), BUN ve (p=0,018) kreatinin yüksekliği (p=0,003) ve hemoglobin (Hgb) değerlerinde düşüklük (p=0,037) diğer klinik formalara göre istatistiksel olarak anlamlı olarak daha fazla tespit edildi. Uzamış PCR pozitifliği (dört haftanın üzerinde) immunsuprese hastalarda (malignite (p=0,016), lenfoma (p=0,006)) daha sık saptandı. Aynı zamanda bu hastaların çoğunun orta ve ağır klinik seyir gösterdiği saptandı (p=0,019). İmmun yetmezlik kliniği olan hastalarda istatistiksel açıdan anlamlı şekilde daha fazla hastaneye yatış (p=0,026) ve daha ağır hastalık tablosu gözlemlendi (p=0,018). Çalışmaya alınan hastalarda saptanan mutasyonlar değerlendirildiğinde ise aşılardan herhangi biriyle dört doz ve üzeri aşılanan hastalarda Spike Q493R mutasyonu daha yüksek oranlarda saptandı (p=0,043). Çalışmada nadir olarak görülen mutasyonlara bakıldığında literatürle uyumlu bir şekilde Omicron BA.1 subvaryantı saptanan olgularda Spike A67V, del211 ve ins214EPE mutasyonları viral infektivitede artış ve bağışıklık yanıtına direnç ile ilişkilendirilmiştir. Spike R346K ve Türkiye'den ilk kez bildirilen Spike A263T mutasyonunun klinik etkisinin infektivite ve bulaştırıcılıktan ziyade sonuncusu son üç ay içinde olan dört doz aşılamaya rağmen hastamızda tespit edilmesi sebebiyle bu varyantın antikor yanıtından kaçış ile ilişkili olabileceğini düşündürmüştür. Omicron BA.2 subvaryantı hastamızda saptanan Spike R21T'nin, literatürle uyumlu olarak, virüsün insan ve bağırsak hücrelerine geçişini artırarak ağır klinik seyir ve gastrointestinal (GİS) bulgulardan sorumlu olabileceği (hastamızda GİS semptomları olması nedeniyle) ve antikor nötralizasyonunda azalmaya (hastamızın dört doz aşılanma öyküsü olması nedeniyle) neden olabileceği sonucuna varılmıştır. Omicron BA.2 subvaryantı için Spike L452M değişikliğinin ORF3a'da tespit edilen D155Y ile sinerjik etki göstererek aşırı immün yanıt ve hiperinflamasyonu tetikleyebileceği (hastamızın inflamatuar parametlerinde belirgin artış olması nedeniyle) düşünülmüştür. NSP1 H110Y mutasyonun konakçı gen ifadesini inhibe ederek bu yolla bağışıklık sisteminden kaçma etkisinin hastamızda da görüldüğü gözlemlenmiştir. Spike A222V, T323I ve NS7a A106T değişiklikleri azalmış infektivite, artmış bağışıklık yanıtından kaçış ve konakçı-virüs bağlanması (hastamızda hafif klinik seyir, uzamış PCR pozitifliği saptanması nedeniyle) ile ilişkilendirilmiştir. NSP4 T114I'in literatürle uyumlu olarak hastamızda da viral replikasyonda artış/viral klerenste azalış ile uzamış PCR pozitifliğine neden olduğu görülmüştür. Spike A27S, K417N, N440K, Q493R, T19I, G142D mutasyonlarının saptandığı hastalarımızda da yine literatürle uyumlu olarak, ortak etki oluşturarak aşı ile oluşan antikor yanıtına dirence neden olduğu gözlemlenmiştir. Spike G339D, S373P, S375F, K417N, N440K, S477N, T478K, E484A, Q493R, Q498R, N501Y mutasyonlarının da dört doz aşılı ve yüksek antikor titresine sahip hastamızda olması nedeniyle bağışıklık yanıtından kaçış etkisinin olabileceği düşünülmüştür. Çalışmamızda Delta (B.1.617.2) varyantı saptanan bir olguda Spike protein NTD spesifik E156G/del157-158 ve L452R kombinasyonunun artan enfektivite, aşı ile ortaya çıkan poliklonal antikorlara direnç ve artmış hücreden hücreye füzyon etkisinin olgumuzda da gözlemlendiği düşünülmüştür. Spike P681R saptanan hastamızda olduğu gibi ağır klinik seyir ve uzamış PCR pozitifliği ile ilişkili olabileceği sonucuna varılmıştır. Omicron BA.5 varyantı için NSP13 A389V, NSP14 M315I, NSP16 T140I mutasyonlarının hastamızda hiperinflamasyon kliniği olması nedeniyle literatüre benzer şekilde abartılı inflamatuar yanıta ve akciğer immünopatolojisine neden olabileceğini düşündürmüştür. N E136D mutasyonu, hastamızda olduğu gibi daha ağır ve uzun seyreden üst solunum yolu bulgularına neden olabileceğini ve yurt dışı seyahat öyküsü olan kişiyle temas öyküsü olması nedeniyle seyahat öyküsünün epidemiyolojik ve varyantların dağılımındaki önemini olgumuzda göstermiştir. Türkiye'de ilk kez sekanslama sonuçlarının kliniğe yansıması bu çalışmada değerlendirilmiştir. Ancak sınırlı sayıda hasta grubunda ve tek merkezde yapılan bu çalışma tüm ülke verilerini temsil etmemektedir. Daha büyük bir popülasyonda, daha fazla sayıda merkezde, daha fazla sekanslama çalışmaları ile bu sonuçların klinik yansımasının araştırılmasına gereksinim vardır. Virüsün yayılımının ulusal ve global seviyelerde takibi, viral genomların karşılaştırılması ve moleküler filogenetik ağaçların oluşturulmasıyla izlenebilir. Genetik değişikliklerin tespiti, varyantların ortaya çıkması ve mutasyon oranlarının anlaşılması etkin tedavi ve aşı geliştirilmesinde olumlu bir etki yaratacaktır.
COVID-19 tanılı hastalarda SARS-COV-2 tam genom analizi ve klinik bulgular ile ilişkisi
Şiddetli akut solunum sendromu koronavirüs 2'nin (SARS-CoV-2) neden olduğu koronavirüs hastalığı (COVID-19), Aralık 2019'un sonlarında Wuhan'da ortaya çıkarak kısa sürede tüm dünyada etkisini göstermiştir. Pandemiden kısa süre sonra ortaya çıkan SARS-CoV-2 varyantları, epidemiyolojik ve klinik bulgularda, aşı ve tedavi seçeneklerinde değişikliklere neden olarak pandeminin seyrini değiştirmiştir. SARS-CoV-2 virüsünün genomik dizilimini belirlemek için kullanılan bir teknik olan sekanslama, yeni varyantların ve mutasyonların tespiti ve karakterizasyonu için önemli bir araçtır. RNA dizisindeki değişikliklerin belirlenmesi, virüsün evrimi, yayılımı, bulaşıcılığı, hastalığın klinik bulguları ve aşıların etkililiği gibi faktörlerin anlaşılmasına katkı sağlar ve salgının kontrolünde önemli bir rol oynar. Bu çalışmada farklı dönemlerde takip edilen belirli özelliklere sahip COVID-19 hastalarından elde edilen SARS-CoV-2 örneklerinde tam genomik sekanslama yapılarak virüsün yapısal değişikliklerinin görülme sıklıkları ve hastalığın klinik bulgularına etkisi analiz edilmiştir. 2022 Ocak ve Kasım ayları arasında Pamukkale Üniversitesi Hastanesi Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Kliniği'nde takipli 21 hasta çalışmaya dahil edilmiştir. COVID-19 hastalarının nazofaringeal ve orofaringeal sürüntü örnekleri alınarak viral RNA'ları ekstrakte edilmiş ve tam genomik sekanslama analizi gerçekleştirilmiştir. Hastalar klinik durumlarına göre hafif, orta ve ciddi klinik seyirli olmak üzere gruplandırılmış, klinik durumları, laboratuvar sonuçları, radyolojik bulguları ve PCR pozitiflik süresi ile gen analizi sonuçları arasındaki ilişki araştırılmıştır. Çalışmaya dahil edilen 21 hastanın 13'ü (%61,9) erkek ve yaş ortalamaları 65,3±20,7 (26-97) idi. Toplamda 18 (%85,7) hastanın hastanede (servis veya yoğun bakım) takip ve tedavisi yapılırken, üç (%14,3) hasta ayaktan takip edildi. Çalışmada 12 hastada Omicron BA.2, dört hastada Omicron BA.1, dört hastada Omicron BA.5 alt varyantları ve bir hastada Delta varyantı saptandı. İncelenen tüm izolatlarda c.1841A>G (D614G), c.425G>A (G142D), c.9764C>T, NSP4 (T492I), c.14144C>T (NSP12 P323L) mutasyonları saptandı. Hastalardan izole edilen örneklerde tespit edilen mutasyonlar ile bu mutasyonların tüm dünyada aynı sekansta görülme sıklıkları Pearson korelasyon testi ile karşılaştırıldığında, bu değişkenler arasında yüksek derecede pozitif bir korelasyon bulundu. (r(163)=0.81, p<0.001). Ek olarak Türkiye'den alınan örneklerde ilk kez bulunan bazı missense mutasyonlar gözlemlendi. Ağır klinik seyirli hastalarda obezite, hafif ve orta klinik seyirli hastalara göre istatistiksel açıdan anlamlı olarak daha yüksek oranda görüldü (p=0,042). Laboratuvar bulgularına göre incelendiğinde ağır klinik seyirli hastalarda; başvuru anındaki C-reaktif protein (p=0,014), aspartat aminotransferaz (AST) (p=0,001), BUN ve (p=0,018) kreatinin yüksekliği (p=0,003) ve hemoglobin (Hgb) değerlerinde düşüklük (p=0,037) diğer klinik formalara göre istatistiksel olarak anlamlı olarak daha fazla tespit edildi. Uzamış PCR pozitifliği (dört haftanın üzerinde) immunsuprese hastalarda (malignite (p=0,016), lenfoma (p=0,006)) daha sık saptandı. Aynı zamanda bu hastaların çoğunun orta ve ağır klinik seyir gösterdiği saptandı (p=0,019). İmmun yetmezlik kliniği olan hastalarda istatistiksel açıdan anlamlı şekilde daha fazla hastaneye yatış (p=0,026) ve daha ağır hastalık tablosu gözlemlendi (p=0,018). Çalışmaya alınan hastalarda saptanan mutasyonlar değerlendirildiğinde ise aşılardan herhangi biriyle dört doz ve üzeri aşılanan hastalarda Spike Q493R mutasyonu daha yüksek oranlarda saptandı (p=0,043). Çalışmada nadir olarak görülen mutasyonlara bakıldığında literatürle uyumlu bir şekilde Omicron BA.1 subvaryantı saptanan olgularda Spike A67V, del211 ve ins214EPE mutasyonları viral infektivitede artış ve bağışıklık yanıtına direnç ile ilişkilendirilmiştir. Spike R346K ve Türkiye'den ilk kez bildirilen Spike A263T mutasyonunun klinik etkisinin infektivite ve bulaştırıcılıktan ziyade sonuncusu son üç ay içinde olan dört doz aşılamaya rağmen hastamızda tespit edilmesi sebebiyle bu varyantın antikor yanıtından kaçış ile ilişkili olabileceğini düşündürmüştür. Omicron BA.2 subvaryantı hastamızda saptanan Spike R21T'nin, literatürle uyumlu olarak, virüsün insan ve bağırsak hücrelerine geçişini artırarak ağır klinik seyir ve gastrointestinal (GİS) bulgulardan sorumlu olabileceği (hastamızda GİS semptomları olması nedeniyle) ve antikor nötralizasyonunda azalmaya (hastamızın dört doz aşılanma öyküsü olması nedeniyle) neden olabileceği sonucuna varılmıştır. Omicron BA.2 subvaryantı için Spike L452M değişikliğinin ORF3a'da tespit edilen D155Y ile sinerjik etki göstererek aşırı immün yanıt ve hiperinflamasyonu tetikleyebileceği (hastamızın inflamatuar parametlerinde belirgin artış olması nedeniyle) düşünülmüştür. NSP1 H110Y mutasyonun konakçı gen ifadesini inhibe ederek bu yolla bağışıklık sisteminden kaçma etkisinin hastamızda da görüldüğü gözlemlenmiştir. Spike A222V, T323I ve NS7a A106T değişiklikleri azalmış infektivite, artmış bağışıklık yanıtından kaçış ve konakçı-virüs bağlanması (hastamızda hafif klinik seyir, uzamış PCR pozitifliği saptanması nedeniyle) ile ilişkilendirilmiştir. NSP4 T114I'in literatürle uyumlu olarak hastamızda da viral replikasyonda artış/viral klerenste azalış ile uzamış PCR pozitifliğine neden olduğu görülmüştür. Spike A27S, K417N, N440K, Q493R, T19I, G142D mutasyonlarının saptandığı hastalarımızda da yine literatürle uyumlu olarak, ortak etki oluşturarak aşı ile oluşan antikor yanıtına dirence neden olduğu gözlemlenmiştir. Spike G339D, S373P, S375F, K417N, N440K, S477N, T478K, E484A, Q493R, Q498R, N501Y mutasyonlarının da dört doz aşılı ve yüksek antikor titresine sahip hastamızda olması nedeniyle bağışıklık yanıtından kaçış etkisinin olabileceği düşünülmüştür. Çalışmamızda Delta (B.1.617.2) varyantı saptanan bir olguda Spike protein NTD spesifik E156G/del157-158 ve L452R kombinasyonunun artan enfektivite, aşı ile ortaya çıkan poliklonal antikorlara direnç ve artmış hücreden hücreye füzyon etkisinin olgumuzda da gözlemlendiği düşünülmüştür. Spike P681R saptanan hastamızda olduğu gibi ağır klinik seyir ve uzamış PCR pozitifliği ile ilişkili olabileceği sonucuna varılmıştır. Omicron BA.5 varyantı için NSP13 A389V, NSP14 M315I, NSP16 T140I mutasyonlarının hastamızda hiperinflamasyon kliniği olması nedeniyle literatüre benzer şekilde abartılı inflamatuar yanıta ve akciğer immünopatolojisine neden olabileceğini düşündürmüştür. N E136D mutasyonu, hastamızda olduğu gibi daha ağır ve uzun seyreden üst solunum yolu bulgularına neden olabileceğini ve yurt dışı seyahat öyküsü olan kişiyle temas öyküsü olması nedeniyle seyahat öyküsünün epidemiyolojik ve varyantların dağılımındaki önemini olgumuzda göstermiştir. Türkiye'de ilk kez sekanslama sonuçlarının kliniğe yansıması bu çalışmada değerlendirilmiştir. Ancak sınırlı sayıda hasta grubunda ve tek merkezde yapılan bu çalışma tüm ülke verilerini temsil etmemektedir. Daha büyük bir popülasyonda, daha fazla sayıda merkezde, daha fazla sekanslama çalışmaları ile bu sonuçların klinik yansımasının araştırılmasına gereksinim vardır. Virüsün yayılımının ulusal ve global seviyelerde takibi, viral genomların karşılaştırılması ve moleküler filogenetik ağaçların oluşturulmasıyla izlenebilir. Genetik değişikliklerin tespiti, varyantların ortaya çıkması ve mutasyon oranlarının anlaşılması etkin tedavi ve aşı geliştirilmesinde olumlu bir etki yaratacaktır.
COVID-19 tanılı hastalarda SARS-COV-2 tam genom analizi ve klinik bulgular ile ilişkisi
Şiddetli akut solunum sendromu koronavirüs 2'nin (SARS-CoV-2) neden olduğu koronavirüs hastalığı (COVID-19), Aralık 2019'un sonlarında Wuhan'da ortaya çıkarak kısa sürede tüm dünyada etkisini göstermiştir. Pandemiden kısa süre sonra ortaya çıkan SARS-CoV-2 varyantları, epidemiyolojik ve klinik bulgularda, aşı ve tedavi seçeneklerinde değişikliklere neden olarak pandeminin seyrini değiştirmiştir. SARS-CoV-2 virüsünün genomik dizilimini belirlemek için kullanılan bir teknik olan sekanslama, yeni varyantların ve mutasyonların tespiti ve karakterizasyonu için önemli bir araçtır. RNA dizisindeki değişikliklerin belirlenmesi, virüsün evrimi, yayılımı, bulaşıcılığı, hastalığın klinik bulguları ve aşıların etkililiği gibi faktörlerin anlaşılmasına katkı sağlar ve salgının kontrolünde önemli bir rol oynar. Bu çalışmada farklı dönemlerde takip edilen belirli özelliklere sahip COVID-19 hastalarından elde edilen SARS-CoV-2 örneklerinde tam genomik sekanslama yapılarak virüsün yapısal değişikliklerinin görülme sıklıkları ve hastalığın klinik bulgularına etkisi analiz edilmiştir. 2022 Ocak ve Kasım ayları arasında Pamukkale Üniversitesi Hastanesi Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Kliniği'nde takipli 21 hasta çalışmaya dahil edilmiştir. COVID-19 hastalarının nazofaringeal ve orofaringeal sürüntü örnekleri alınarak viral RNA'ları ekstrakte edilmiş ve tam genomik sekanslama analizi gerçekleştirilmiştir. Hastalar klinik durumlarına göre hafif, orta ve ciddi klinik seyirli olmak üzere gruplandırılmış, klinik durumları, laboratuvar sonuçları, radyolojik bulguları ve PCR pozitiflik süresi ile gen analizi sonuçları arasındaki ilişki araştırılmıştır. Çalışmaya dahil edilen 21 hastanın 13'ü (%61,9) erkek ve yaş ortalamaları 65,3±20,7 (26-97) idi. Toplamda 18 (%85,7) hastanın hastanede (servis veya yoğun bakım) takip ve tedavisi yapılırken, üç (%14,3) hasta ayaktan takip edildi. Çalışmada 12 hastada Omicron BA.2, dört hastada Omicron BA.1, dört hastada Omicron BA.5 alt varyantları ve bir hastada Delta varyantı saptandı. İncelenen tüm izolatlarda c.1841A>G (D614G), c.425G>A (G142D), c.9764C>T, NSP4 (T492I), c.14144C>T (NSP12 P323L) mutasyonları saptandı. Hastalardan izole edilen örneklerde tespit edilen mutasyonlar ile bu mutasyonların tüm dünyada aynı sekansta görülme sıklıkları Pearson korelasyon testi ile karşılaştırıldığında, bu değişkenler arasında yüksek derecede pozitif bir korelasyon bulundu. (r(163)=0.81, p<0.001). Ek olarak Türkiye'den alınan örneklerde ilk kez bulunan bazı missense mutasyonlar gözlemlendi. Ağır klinik seyirli hastalarda obezite, hafif ve orta klinik seyirli hastalara göre istatistiksel açıdan anlamlı olarak daha yüksek oranda görüldü (p=0,042). Laboratuvar bulgularına göre incelendiğinde ağır klinik seyirli hastalarda; başvuru anındaki C-reaktif protein (p=0,014), aspartat aminotransferaz (AST) (p=0,001), BUN ve (p=0,018) kreatinin yüksekliği (p=0,003) ve hemoglobin (Hgb) değerlerinde düşüklük (p=0,037) diğer klinik formalara göre istatistiksel olarak anlamlı olarak daha fazla tespit edildi. Uzamış PCR pozitifliği (dört haftanın üzerinde) immunsuprese hastalarda (malignite (p=0,016), lenfoma (p=0,006)) daha sık saptandı. Aynı zamanda bu hastaların çoğunun orta ve ağır klinik seyir gösterdiği saptandı (p=0,019). İmmun yetmezlik kliniği olan hastalarda istatistiksel açıdan anlamlı şekilde daha fazla hastaneye yatış (p=0,026) ve daha ağır hastalık tablosu gözlemlendi (p=0,018). Çalışmaya alınan hastalarda saptanan mutasyonlar değerlendirildiğinde ise aşılardan herhangi biriyle dört doz ve üzeri aşılanan hastalarda Spike Q493R mutasyonu daha yüksek oranlarda saptandı (p=0,043). Çalışmada nadir olarak görülen mutasyonlara bakıldığında literatürle uyumlu bir şekilde Omicron BA.1 subvaryantı saptanan olgularda Spike A67V, del211 ve ins214EPE mutasyonları viral infektivitede artış ve bağışıklık yanıtına direnç ile ilişkilendirilmiştir. Spike R346K ve Türkiye'den ilk kez bildirilen Spike A263T mutasyonunun klinik etkisinin infektivite ve bulaştırıcılıktan ziyade sonuncusu son üç ay içinde olan dört doz aşılamaya rağmen hastamızda tespit edilmesi sebebiyle bu varyantın antikor yanıtından kaçış ile ilişkili olabileceğini düşündürmüştür. Omicron BA.2 subvaryantı hastamızda saptanan Spike R21T'nin, literatürle uyumlu olarak, virüsün insan ve bağırsak hücrelerine geçişini artırarak ağır klinik seyir ve gastrointestinal (GİS) bulgulardan sorumlu olabileceği (hastamızda GİS semptomları olması nedeniyle) ve antikor nötralizasyonunda azalmaya (hastamızın dört doz aşılanma öyküsü olması nedeniyle) neden olabileceği sonucuna varılmıştır. Omicron BA.2 subvaryantı için Spike L452M değişikliğinin ORF3a'da tespit edilen D155Y ile sinerjik etki göstererek aşırı immün yanıt ve hiperinflamasyonu tetikleyebileceği (hastamızın inflamatuar parametlerinde belirgin artış olması nedeniyle) düşünülmüştür. NSP1 H110Y mutasyonun konakçı gen ifadesini inhibe ederek bu yolla bağışıklık sisteminden kaçma etkisinin hastamızda da görüldüğü gözlemlenmiştir. Spike A222V, T323I ve NS7a A106T değişiklikleri azalmış infektivite, artmış bağışıklık yanıtından kaçış ve konakçı-virüs bağlanması (hastamızda hafif klinik seyir, uzamış PCR pozitifliği saptanması nedeniyle) ile ilişkilendirilmiştir. NSP4 T114I'in literatürle uyumlu olarak hastamızda da viral replikasyonda artış/viral klerenste azalış ile uzamış PCR pozitifliğine neden olduğu görülmüştür. Spike A27S, K417N, N440K, Q493R, T19I, G142D mutasyonlarının saptandığı hastalarımızda da yine literatürle uyumlu olarak, ortak etki oluşturarak aşı ile oluşan antikor yanıtına dirence neden olduğu gözlemlenmiştir. Spike G339D, S373P, S375F, K417N, N440K, S477N, T478K, E484A, Q493R, Q498R, N501Y mutasyonlarının da dört doz aşılı ve yüksek antikor titresine sahip hastamızda olması nedeniyle bağışıklık yanıtından kaçış etkisinin olabileceği düşünülmüştür. Çalışmamızda Delta (B.1.617.2) varyantı saptanan bir olguda Spike protein NTD spesifik E156G/del157-158 ve L452R kombinasyonunun artan enfektivite, aşı ile ortaya çıkan poliklonal antikorlara direnç ve artmış hücreden hücreye füzyon etkisinin olgumuzda da gözlemlendiği düşünülmüştür. Spike P681R saptanan hastamızda olduğu gibi ağır klinik seyir ve uzamış PCR pozitifliği ile ilişkili olabileceği sonucuna varılmıştır. Omicron BA.5 varyantı için NSP13 A389V, NSP14 M315I, NSP16 T140I mutasyonlarının hastamızda hiperinflamasyon kliniği olması nedeniyle literatüre benzer şekilde abartılı inflamatuar yanıta ve akciğer immünopatolojisine neden olabileceğini düşündürmüştür. N E136D mutasyonu, hastamızda olduğu gibi daha ağır ve uzun seyreden üst solunum yolu bulgularına neden olabileceğini ve yurt dışı seyahat öyküsü olan kişiyle temas öyküsü olması nedeniyle seyahat öyküsünün epidemiyolojik ve varyantların dağılımındaki önemini olgumuzda göstermiştir. Türkiye'de ilk kez sekanslama sonuçlarının kliniğe yansıması bu çalışmada değerlendirilmiştir. Ancak sınırlı sayıda hasta grubunda ve tek merkezde yapılan bu çalışma tüm ülke verilerini temsil etmemektedir. Daha büyük bir popülasyonda, daha fazla sayıda merkezde, daha fazla sekanslama çalışmaları ile bu sonuçların klinik yansımasının araştırılmasına gereksinim vardır. Virüsün yayılımının ulusal ve global seviyelerde takibi, viral genomların karşılaştırılması ve moleküler filogenetik ağaçların oluşturulmasıyla izlenebilir. Genetik değişikliklerin tespiti, varyantların ortaya çıkması ve mutasyon oranlarının anlaşılması etkin tedavi ve aşı geliştirilmesinde olumlu bir etki yaratacaktır.