Theses supervised by Prof. Dr. Saadet Büyükalaca
10 theses · Çukurova University
Farklı biber genotiplerinin karakterizasyonu ve düşük sıcaklığa tolerans
Bu çalışmada biber ıslahında kullanılmak üzere toplanmış ve 6 kez kendilenmiş olan 562 biber genotipinin morfolojik olarak karakterizasyonu yapılmıştır. Morfolojik karakterizasyon verilerinin istatistik analizleri SAS ve NTSYSpc bilgisayar programları kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Analizler sonucunda oluşturulan dendogramlar değerlendirilerek 96 adet genotip içeren bir koleksiyon oluşturulmuştur. Biber genotiplerinin ortalama benzerlik katsayısı sivri biberde r =0.44; çarliston biberinde r =0.42; yağlık biberde r=0.41, Kahramanmaraş-Şanlıurfa biberinde r =0.37; süs biberinde r=0.45 ve dolma biberde r=0.42 olmuştur. Temel Bileşenler Analizinde (TBA) 53 morfolojik özellik değerlendirildiğinde ilk 3 Eigen değeri sonucu toplam varyans % 30 olarak bulunmuştur. Genetik çeşitliliği % 100 açıklayan 25 morfolojik özellik ise kendi içinde değerlendirildiğinde ilk 3 Eigen değerinin toplam varyansı % 50'ye ulaşmıştır. Dolma ve yağlık biber grupları ayrı bir grup oluştururken sivri ve çarliston biber gupları iç içe girmiştir. Süs biber grubu ayrı bir grup oluşturmakla birlikte Kahramanmaraş ve sivri biber grupları içine giren bireyleri de bulunmaktadır. Yağlık biber grubu sivri-çarliston grubu ile dolma biber grubu arasında konumlanmıştır. Tüm varyasyonu açıklayan 25 morfolojik özellik ile korelasyon matriksi yapıldığında toplam kombinasyonun % 95.39'u tamamen birbirinden bağımsız olarak bulunmuştur. Bu da tüm varyasyonu açıklayan 25 morfolojik özelliğin biberin haploid 12 farklı kromozomunda ve farklı kollarda olma ihtimalini yükseltmiştir. Çiçeklenme zamanı (51) ve meyve tutum zamanı (53) morfolojik özellikleri 0.9966 korelasyon ile birbirlerine çok yakın bağlantı göstermiştir. Oluşturulan koleksiyon 16 sivri, 11 çarliston, 11 yağlık, 9 Kahramanmaraş-Şanlıurfa, 9 dolma ve 10 süs biberi genotipi ile düşük sıcaklık testlemesi sonuçlarına göre belirlenen 10 duyarlı, 10 orta tolerant ve 10 tolerant genotipten oluşmuştur. Koleksiyondaki genotipler düşük sıcaklık uygulamasına alındıktan sonra yapılan çiçek tozu çimlenme testleri ise genotipleri duyarlı, orta düzeyde tolerant ve tolerant olarak ayırmış ve R2 değeri 0.7422 gibi çok yüksek bir değer almıştır. Düşük sıcaklık uygulaması sonucu en duyarlı hat Alata-195 iken Alata-111 en tolerant hat olarak tespit edilmiştir. Anahtar Kelimeler: Biber, karakterizasyon, düşük sıcaklık, tolerans
Değişik tarımsal artıkların kayın mantarı (Pleurotus ostreatus, Pleurotus sajor-caju) yetiştiriciliğinde kullanım olanakları
Çalışmanın amac, Tarım ve Köyişleri Bakanlığı TAGEMı değişik tarımsal artıkların Pleurotus yetiştiriciliğinde kullanım olanaklarının araştırılması ve Pleurotus türlerinin, selüloz, hemiselüloz ve lignin degredasyonu yapabilme yeteneklerinin belirlenmesi ve bunun verimlilik mekanizması ile ilişkisinin açıklanmasıdır. P. ostreatus ve P. sajor-caju'nun tohumluk miselleri, asma budama artığı, buğday sapı, çeltik sapı, susam sapı, 2 talaş + kepek, 2 ABA + K, 2 BS + K, 2 ÇS + K ve 2 SS + K ortamlarına aşılanmıştır. Ortamlar üzerine aşılı Pleurotus türlerinin, misel gelişme süresi, toplam verim, biyolojik etkinlik oranı (BE) ve mantar kalite özellikleri belirlenmiştir. Ortamların özelliklerinin belirlenmesi amacı ile karbon, azot, kül, makro ve mikro besin element içerikleri ile selüloz, hemiselüloz ve lignin miktarları belirlenmiştir. Türlerin, farklı gelişme dönemlerindeki selülaz ve lakkaz enzim aktiviteleri ölçülmüştür.En hızlı misel gelişimi, P. ostreatus aşılı ortamların içerisinde buğday sapı, asma budama artığı ve susam sapından, P. sajor-caju'da ise buğday sapından elde edilmiştir. Her iki türde de en yüksek toplam verim ve BE oranı, 2 buğday + kepek ortamından, en düşük verim ise buğday sapından elde edilmiştir. Türlerin verim değerleri ile ortamların azot miktarları arasında istatistiksel olarak pozitif, C:N oranları arasında ise negatif bir ilişki bulunmuştur. Ortamlar üzerinde mantar türlerinin gelişimi sonucu organik materyalin parçalanmasıyla birlikte misel gelişme dönemi sonunda ve hasat sonundaki kül ve azot miktarı ile inorganik elementlerin miktarında artış olduğu belirlenmiştir. P. ostreatus ve P. sajor-caju mantarları, ortamların hemiselülozunu, selüloz ve lignine göre daha öncelikli bir şekilde parçalamışlar ve hemiselülozdan daha çok yararlanmışlardır. Genel olarak, selülaz enzim aktiviteleri yüksek olan ortamlardan daha yüksek verim elde edilmiştir.Anahtar Kelimeler: Pleurotus, verim, biyolojik dönüşüm, selülaz, hemiselüloz
Farklı Ganoderma lucidum suşlarının sıvı ve katı besin ortamlarında misel ve karpofor gelişimi ile verim ve bazı kalite özelliklerinin karşılaştırılması
Bu çalışma 2006-2007 yılları arasında Çukurova Üniversitesi Ziraat Fakültesi Bahçe Bitkileri Bölümünde yürütülmüştür. Araştırmada Ganoderma lucidum'un iki yerli (Balcalı, Alata) ve bir ticari (Buffalo) olmak üzere 3 farklı suşu kullanılmıştır. Çalışmada ilk olarak bu suşların farklı besinyerlerindeki (PDA,CYM) misel gelişimlerinin belirlenmesi hedeflenmiştir. Ayrıca elde edilen misellerin farklı talaş kültürü ortamlarında (A,B,C) yetiştirilerek, oluşan mantarların içerisindeki Fruktoz, Glikoz ve Sakkaroz miktarları ile mantar verimlerinin karşılaştırılması amaçlanmıştır..Deneme verileri incelendiğinde en iyi besiyerinin katı CYM (Glikoz, Maya ekstraktı, Pepton, MgSO4, 7H2OKH2PO4, K2HPO4, Agar) olduğu ve en iyi talaş ortamının Talaş, Su, CaSO4, Melas ve Buğday Kepeğinden oluşan C ortamının olduğu gözlemlenmiştir. Misel gelişimi , mantar ağırlığı, kompost poşeti başına düşen verim açısından en iyi suşun Buffalo olduğu ve bunu yerel bir suş olan Alatanın takip ettiği görülmüştür. Şeker miktarı açısından en yüksek değerleri Alata suşu vermiştir.
Kavunda (Cucumis melo Var. inodorus) ışınlanmış polenle uyartılmış haploid embriyoların ayrılmasında kullanılabilecek farklı yöntemler
Bu çalışma 2007-2009 yılları arasında Çukurova Üniversitesi Ziraat Fakültesi Bahçe Bitkileri Bölümünde yürütülmüştür. Materyal olarak Bahçe Bitkileri Bölümü bünyesinde toplanan kavun genetik kaynağındaki Yuva tipi geriye melez 3 (GM3) populasyonundan Y2 ve Y3 nolu genotipler kullanılmıştır. Bu çalışmada embriyoların daha kolay, hızlı, ekonomik ve etkili şekilde çıkartılabilmesi için farklı yöntemler denenmiştir. Çalışmada kontrol uygulaması olarak ?tohumların tek tek açılması? yöntemi kullanılmış; bunun yanında, ?tohumların doğrudan besin ortamına ekimi?, ?tohumlara ışıkta bakma? , ?tohumların sıvı besin ortamına ekimi? ve ?tohumlara yüzey sterilizasyonu yapılarak ekimi? yöntemi olmak üzere olmak üzere beş farklı yöntem denenmiştir. Deneme sonucunda, meyve başına elde edilen ortalama embriyo sayıları tanık olarak kullanılan tek tek açma yönteminde 3.3 ile en yüksek çıkmış, bunu sırayla 3.1 adet ile tohumlara ışıkta bakarak ve 2.4 adet ile tohumların hepsinin CP besin ortamına ekimi yöntemleri izlemiş fakat bu üç uygulama arasındaki farklılıklar istatistiksel olarak önemli çıkmamıştır. Tüm tohumların sıvı ortama ekimi uygulamasında ise hiç embriyo gelişimi sağlanamamış ve yüksek oranda enfeksiyon sorunu meydana gelmiştir. Gerekli süre ile birlikte işçilik maliyeti dikkate alındığında ise en iyi uygulamanın tohumların ışıkta bakılarak ayrılması yöntemi olmuş, bunu tohumların doğrudan CP besin ortamına ekimi izlemiştir.
Sarımsakların meristem kültürü ile çoğaltılması ve virüsten arınmadaki etkinliğinin real-time PCR ile belirlenmesi
Bu çalışma 2009-2010 yılları arasında Çukurova Üniversitesi Ziraat Fakültesi Bahçe Bitkileri Bölümü ve Adana Veteriner Kontrol Araştırma Enstitüsünde yürütülmüştür. Çalışmanın amacı, ülkemiz florasında bulunan farklı 2 sarımsak tipi Tunceli ve Kastamonu sarımsağının virüsten ari üretimi için kullanılan meristem kültürü ve sürgün ucu yönteminin etkinliğini karşılaştırmak ve üretilen sarımsak bitkilerine Real time PCR yöntemi uygulayarak sürgün ucu ve meristem kültürü yönteminin Soğan Sarı Cücelik Virüsü (Onion Yellow dwarf virüs, OYDV) ve Pırasa Sarı Çizgi Virüsü (Leek Yellow Stripe Virüs, LYSV) virüslerinden ari bitkiler elde etmekte daha başarılı bir yöntem olup olmadığını göstermektir. Buna göre Tunceli sarımsağında meristem kültürü sonucu herhangi bir virüse rastlanılmamıştır. Sürgün ucu ile çoğaltımda ise 12 adet bitkicikte OYDV ve 10 adet bitkicikte ise LYSV virüsleri ile karşılaşılmıştır. Kastamonu sarımsağında ise Tunceli sarımsağında olduğu gibi meristem kültürü ile virüs görülmemiştir. Buna karşın sürgün ucu ile çoğaltımda 11 adet bitkicikte OYDV ve 13 adet bitkicikte ise LYSV virüslerine rastlanılmıştır. Bu veriler ışığında sarımsaklarda yaygın olarak görülen virüsler meristem kültürü sonucu hiç rastlanılmamış olup sürgün ucu ile çoğaltımda ise belirgin bir şekilde virüse rastlanılmıştır. Sonuç olarak sarımsaklarda meristem kültürü yapılarak daha başarılı sonuçlar elde edilebilinecektir.Anahtar Kelimeler: Sarımsak, OYDV, LYSV, Real-Time PCR, Meristem kültürü
Biberlerde (Capsicum annuum L.) anter kültüründe mevsim etkisi ve mikrospor gelişimi
Bu çalışma, 2009-2010 yılları arasında Alata Bahçe Kültürleri Araştırma Enstitüsü seraları ve Doku Kültürü Laboratuarı ile Çukurova Üniversitesi Ziraat Fakültesi Bahçe Bitkileri Bölümü Sitoloji Labatuarında yürütülmüştür. Denemede Alata Bahçe Kültürleri Araştırma Enstitüsü'nde yürütülen çalışmalar sonucu düşük sıcaklığa hassas 195 nolu genotip, düşük sıcaklığa tolerant olarak bilinen 421 nolu genotip, yüksek sıcaklığa hassas olan 277A nolu genotip ve yüksek sıcaklığa tolerant olarak standart çeşit tescili yapılan İnan 3363 çeşidi kullanılmıştır Araştırmada iki farklı BAP konsantrasyonu kullanılmıştır. Denenen 4 farklı genotip için en yüksek embriyo uyartımı ve bitkiye dönüşüm oranının belirlenmesi amacıyla anterler farklı zamanlarda kültüre alınmıştır. Kültüre alınan anterlerden elde edilen embriyolar bitki büyüme düzenleyici içermeyen MS ortamlarına alınmıştır. Ayrıca ortamlara dikilen anterler Ekim, Şubat, Mayıs ve Ağustos ayında her iki ortamdan da 0.,1., 2., 3., 4., 8 ve 14. günlerde alınarak carnoy fiksasyon çözeltisi ile sabitlenmiş ve DAPİ ve Asetokarmen boyama yöntemleriyle boyanarak floresan ve ışık mikroskopları ile mikrospor gelişimleri incelenmiştir.Denemenin sonucunda gerek embriyo oluşumu gerekse oluşan embriyoların bitkiye dönüşümü genotiplere, anter alma dönemlerine ve besin ortamlarına göre değişmiştir. Genotipler arasında en yüksek embriyo verimi yüksek sıcaklıklara tolerant olarak belirlenmiş olan İnan 3363 isimli kültür çeşidinden elde edilmiştir. Anter alma dönemlerinden ise en başarılı sonuçlar Nisan ve Ağustos aylarından elde edilmiştir. Besin ortamları arasında ise Kasım, Aralık, Ocak, Nisan ve Eylül aylarında I nolu ortam (MS + 30 g/l sakkaroz + % 0.25 aktif kömür+ 15 mg/l AgNO3 + 4 mg/l NAA + 0.1mg/l BAP) ve Ekim, Mart Mayıs, Temmuz ve Ağustos aylarında II nolu ortam (MS + 30 g/l sakkaroz + % 0.25 aktif kömür+ 15 mg/l AgNO3 + 4 mg/l NAA + 0.5 mg/l BAP) daha başarılı bulunmuştur. Bitkiye dönüşüm, Nisan ayında daha başarılı bulunmuştur. Mikrospor gelişiminde ise tüm genotip ve ortamlarda kültüre alınan anterlerde mikrosporların çekirdekleri yüksek oranda erime ve düşük oranda bölünmeye başlamışlar, çekirdek erimesi ve bölünmesi genotip ve dönemlere göre farklılık göstermiştir.
Türkiye florasında yetişen kuzu göbeği mantarlarının moleküler karakterizasyonu
Türkiye florasında yetişen kuzu göbeği mantarı (Morchella spp.) türlerinin belirlenmesi ve bunların Dünya'nın farklı ülkelerinde yetişen türler ile karşılaştırılması amacıyla yapılan bu çalışmada, 2007-2010 yılları arasında Türkiye'nin farklı bölgelerinden toplanan 490 adet örnekten oluşan bir koleksiyon oluşturulmuştur. Bu koleksiyonun moleküler analizleri, Amerika Birleşik Devletleri Tarım Bakanlığı (USDA, Peoria-Illinois) Bakteriyel Kaynaklı Patojenler ve Mikoloji Bölümü laboratuarlarında yapılmıştır. Koleksiyon, protein kodlayan genler olan RNA polimeraz I (RPB1), RNA polimeraz II (RPB2), translasyon uzama faktörü (EF1-?) gen bölgeleri ve 28S (LSU) rDNA gen bölgesi ile bireysel ve kombine olarak tür çeşitliliğini belirlemek amacıyla analiz edilmiştir. Aynı zamanda Elata grubu (M. elata) içerisinde tür zenginliğinin fazla olduğu ve Elata alt grubu olarak dizayn edilen grupta transkripsiyonu yapılamayan bölge-ITS rDNA bölgesinin DNA dizi analizleri de sağlanmıştır. İsveç Müzesi'nden temin edilen 18 adet kuzu göbeği mantarının moleküler analizleri de bu çalışma kapsamında yapılmıştır. Türkiye türlerinin diğer ülke türleri ile karşılaştırılması için, Türkiye türlerinin DNA dizileri; İsveç türleri ve global bir sörvey çalışması ile belirlenen filogenetik olarak farklı türlerle (O'Donnell ve ark. 2011) birlikte değerlendirilmiştir. Gen bölgelerinin bireysel ve kombine datasetlerinin filogenetik analizleri, Türkiye'de 15 adet Elata (siyah) ve 5 adet de Esculenta (sarı) kuzu göbeği mantarı türü olduğunu göstermiştir. Esculenta grubu içerisindeki 5 adet türün 2 adedi, Elata grubu içerisinde de 15 adet türün 7 adedi sadece Türkiye'de belirlenmiş ve Türkiye için endemik olarak değerlendirilmiştir.
Türkiye'nin bazı bölgelerinde yayılış gösteren boletus cinsi makromantarların morfolojik ve moleküler karakterizasyonu
Bu çalışmada, Türkiye'nin bazı bölgelerinde (Akdeniz, Ege ve Marmara bölgeleri) yayılış gösteren Boletus cinsi makromantarların morfolojik ve moleküler karakterizasyonu yapılmıştır. Aynı zamanda, Türkiye'nin farklı üniviersitelerindeki fungaryumlardan temin edilen Boletus cinsi makromantar örnekleri de çalışmaya dahil edilmiştir. Toplanan ve temin edilen örneklerin, tür çeşitliliğini belirlemek amacıyla ITS rDNA gen bölgeleri ITS1F-ITS4 primerleri kullanılarak PCR'da çoğaltılmıştır ve elde edilen sekanslar farklı analizlerle (Neighbor-Joining, Maximum Likelihood ve Minimum Evulotion Method) karşılaştırılmıştır. Morfolojik ve moleküler karakterizasyon sonucu, Boletus cinsine ait toplamda 21 takson tespit edilmiştir. Bu taksonlardan 5 tanesi (Boletus pulcherrimus Thiers & Halling, B. pulchrotinctus Alessio, B. rubripes Thiers, B. rubrosanguineus Cheype ve B. xanthopus Klofac & A. Urb.) ülkemiz için yeni kayıt olarak belirlenmiştir. Bu çalışmada tespit edilen taksonlar için geniş bir şekilde deskripsiyonları yapılmış ve kullanışlı bir teşhis anahtarı oluşturulmuştur.
Anter kültürü yoluyla nematoda dayanıklı sivri, çarliston, dolma ve kapya biber saf hatlarının geliştirilmesi
Bu çalışma 2015-2016 yılları arasında, Çukurova Üniversitesi Ziraat Fakültesi Bahçe Bitkileri Bölümü, Alata Bahçe Kültürleri Araştırma Enstitüsü, Troya Tohum Üretim Araştırma ve Pazarlama Ticaret A.Ş. seraları ve doku kültürü labaratuvarlarında yürütülmüştür. Denemede, Alata Bahçe Kültürleri Araştırma Enstitüsü'nde yürütülen çalışmalar sonucunda elde edilen üç adet nematoda dayanıklı N-8, N-6 ve N-269 nolu genitörler ile Troya Tohum Üretim Araştırma ve Pazarlama Ticaret A.Ş.'nin ıslah programında yer alan, meyve kalitesi yüksek ve agronomik özellikler iyi olan farklı tiplere (dolma, sivri, çarliston ve kaypa) ait ıslah hatlarının melezlenmesiyle elde edilen F1'lerde anter kültürü yoluyla saf hatlar elde edilmiştir. Besin ortamı olarak, MS+ 30 g/l sakaroz +%0,25 aktif kömür+15 mg/l AgNO3+4 mg/l NAA+ 0,5 mg/l BAP kullanılmıştır. Kültüre alınan anterler 35 gün sonra bitki büyüme düzenleyicisi içermeyen MS ortamlarına alınmıştır. Denemede embriyo oluşturan anter oranı, embriyo oranı, bitkiye dönüşen embriyo oranı, gelişen bitki oranı ve haploid bitki oranı değerleri kaydedilmiştir. Denemenin sonucunda; farklı parametrelerin genotiplere göre değiştiği gözlemlenmiştir. Genotipler arasında en yüksek embriyo verimi Nematoda dayanıklı x dolma melezi Z-tad 87 nolu genotipten elde edilmiştir. Nematoda dayanıklı x dolma, sivri, çarliston ve kapya tipi melezlemelerden ise en yüksek embriyo verimi dolma melezinden elde edilmiş, bunu kapya, çarliston ve sivri tipler takip etmiştir. Bitkiye dönüşen embriyo oranı, en fazla sivri biber tipi melezinde elde edilmiştir. En yüksek haploid bitki oranı ise kapya tipi melezinden elde edilmiş, bunu çarliston tipi izlemiştir. Sonuç olarak, denenen tüm genotipler anter kültürüne tepki vermiş ve değişen oranlarda embriyo ve haploid bitkiler elde edilmiştir. Yapılan çalışmada Me1, Me3, N ve Me7 dayanıklılık genlerine sahip olan üç adet homozigot saf hat elde edilmiştir. Ayrıca bir adet Me1 genine sahip saf hat elde edilmiştir. Elde edilen nematoda dayanıklı bu genotipler de ıslah çalışmalarında kullanılabilecektir.
Dihaploidizasyon yoluyla geliştirilmiş kavun saf hatlarının aroma ve bazı kalite kriterleri bakımından incelenmesi
Bu çalışmada farklı biyokimyasal özellikleri ve morfolojik çeşitliliğiyle dünya genelinde yaygın olarak yetiştirilen kavun (Cucumis melo L.) bitkilerinde dihaploidizasyon yöntemiyle elde edilen saf hatlarda aroma maddeleri belirlenmiştir. Bu amaçla yeni çeşit geliştirilmesinde ebeveyn olmaya aday 7 ayrı kavun tipine ait 431 bitkiden 533 embriyo kurtarılmıştır. Bitkiye dönüşme oranları %61 olan embriyolarda in vitro kolhisin uygulamaları başarısız olmuş ve bunun üzerine dış koşullara alıştırılan 184 haploid bitkide in vivo kolhisin uygulamaları gerçekleştirilmiştir. Flow sitometri yöntemiyle belirlenen 109 dihaploid bitkide fertil hatlar elde edilmek üzere kendilemeler yapılmıştır. Sonuç olarak saf hat elde edilebilen 16 adet Galia, 13 adet Ananas, 3 adet Piel de Sapo, 5 adet Charanthi, 4 adet Hıdır, 3 adet Hıdır xKantalop melezi olmak üzere 44 hatta ait meyveler elde edilmiştir. Fizikokimyasal ve duyusal analizler sonucu belirlenen 8 genotipte aroma maddelerinin ekstraksiyonu sıvı-sıvı ekstraksiyon yöntemi ile, tanımlanması, miktarları GC-MS-FID teknikleri ile gerçekleştirilmiştir. Aroma analizleri sonucunda 16 adet ester bileşiği, 7 adet kükürtlü bileşik, 19 adet yüksek alkol, 4 adet terpen bileşiği, 2 adet aldehit ve keton olmak üzere toplam 48 aroma bileşiği belirlenmiştir. Genotiplerde bulunan aroma bileşiklerinin toplam miktarları 2452 µg/kg ile 10419.5 µg/kg arasında tespit edilmiştir. Toplam aroma bileşiği miktarları Kantalop grubu kavunlarda daha yüksek bulunmuştur. Hıdır kavun tipine ait genotipte alfa kardinol terpen bileşiği ilk defa belirlenmiştir.