Theses supervised by Prof. Dr. Akgün Yaman
16 theses · Çukurova University
Hastane enfeksiyonuna neden olan gram-negatif bakterilerde direnç paterni ve genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz tayini
Hastane Enfeksiyonuna Neden Olan Gram-Negatif Bakterilerde Direnç Paterni ve Genişlemiş Spektrumlu Beta-Laktamaz (ESBL) Tayini Bu çalışma, Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi, Balcalı Hastanesi'nde hastane enfeksiyonu (HE) olan hastalardan alınan örneklerden izole edilen Gram-negatif bakterilerde direnç paterni ile genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz (extended spectrum of beta- lactamases: ESBL) varlığım araştırmak ve ESBL tespitinde kombine disk testi (KDT), E- test ve çift disk sinerji test (ÇDST)'lerini karşılaştırarak en uygun yöntemi bulmak için amaçlanmıştır. Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi, Balcalı Hastanesi Merkez Laboratuvarı, Mikrobiyoloji Birimi'ne 29. 05. 2003-30. 09. 2004 tarihleri arasında gönderilen 93 hastaya ait 1 15 örnekte HE kökenli 68 Escherichia coli ve 47 Klebsiella spp. susu izole edilmiştir. Suşların çoğunluğu (% 53) üriner sistem enfeksiyonu (ÜSE) olan hastalardan elde edilmiştir. HE kökenli bu suşların duyarlılıkları disk diffüzyon testi (DDT) ile araştırılmıştır. Genel olarak trimetoprim/sülfometaksazol, üçüncü kuşak sefalosporinler ve aztreonam'a direnç saptanırken, en az direnç görülen antibiyotik imipenem olmuştur. Çalışmamızda DDT ile seftazidim, seftriakson, sefotaksim ve aztreonam yönünden ESBL şüpheli bulunan izolatlar ÇDST, KDT ve E-test ESBL testleri ile pozitiflikleri doğrulanarak testler arasında karşılaştırma yapılmışta. Klebsiella spp. suşlarında E-test ile 47 susun 30 (% 63.80)'unda, ÇDST ile 27 (% 57.44)'inde ve KDT ile 21 (% 44.68)'inde ESBL pozitifliği belirlenmiştir. E. coli suşlarında ise E-test ile 68 susun 42 (% 61.76)'sinde, ÇDST ile 36 (% 52.54) ve KDT ile 34 (% 50)'ünde ESBL pozitif bulunmuştur. KDT, ESBL tespiti için referans test olarak kabul edildiğinde KDT ile ESBL negatif bulunan 60 sustan 18'i DDT, 17'i E-test, ve 8 suş ise ÇDST ile pozitif bulunmuştur. Sonuç olarak DDT ve E-testin ÇDST'ye göre daha yüksek sayıda yalancı pozitiflik vermesi ve ayrıca E-testinde bazen klavulanik asitin beta-laktam antibiyotik tarafına diffüzyonu sonucu değerlendirme zorluğu yaratması ve pahalı olması sebebiyle ESBL tesbitinde uygulaması daha kolay ve ucuz yöntemler olan KDT ve ÇDST yöntemleri tercih edilebilir. Anahtar sözcükler: ESBL, E. coli, Klebsiella spp., kombine disk testi, hastane enfeksiyonu vııı
Hastane izolatı Staphylococcus aureus ve Koagülaz Negatif Staphylococcus suşlarında Metisilin direncinin farklı yöntemlerle araştırılması
Amaç: Hastane izolatı Staphylococcus aureus ve koagülaz negatif stafilokoklarda metisilin direnci, oksasilin ve sefoksitin disk difüzyon testi, oksasilin E-testi, tuz agar tarama testi ve dirençten sorumlu mecA genin polimeraz zincir reaksiyonu ile gösterilmesi planlandı.Gereç ve Yöntem: Çalışmada 2006 ile 2007 yılları arasında hastanemizde yatan hastalardan izole edilen 90 Staphylococcus aureus ve 90 koagülaz negatif stafilokok suşunda bu testler yapıldı. İzolatlar Vitek 2 otomatize sistemiyle tür düzeyinde tanındı. Altın standart olarak kabul edilen mecA geni ise polimeraz zincir reaksiyonu ile araştırıldı.Bulgular: Oksasilin disk difüzyon testine göre Staphylococcus aureus izolatlarının 45 (% 50)'i, koagülaz negatif stafilokok izolatlarının 47 (% 52.2)'si dirençli, sefoksitin disk difüzyon testine göre Staphylococcus aureus izolatlarının 45(% 50)'i, koagülaz negatif stafilokok izolatlarının 46 (% 51.1) 'sı dirençli, oksasilin E-teste göre Staphylococcus aureus izolatlarının 45 (% 50)'i, koagülaz negatif stafilokok izolatlarının 47 (% 52.2)'si dirençli, tuz agar tarama yöntemine göre Staphylococcus aureus izolatlarının 44 (% 48.9)'ü, koagülaz negatif stafilokok izolatlarının 41 (% 45.5)'i ve Vitek 2 otomatize sisteme göre Staphylococcus aureus izolatlarının 44 (% 48.9)'ü, koagülaz negatif stafilokok izolatlarının 47 (% 52.2)'si dirençli bulundu. Staphylococcus aureus izolatlarının mecA- polimeraz zincir reaksiyonu yöntemi ile 44 (% 48.9)'ünde mecA geni pozitif iken koagülaz negatif stafilokok izolatlarının 45 (% 50)'inde mecA geni pozitif bulundu.Sonuç: Stafilokoklarda heterojen dirençli suşlar nedeniyle metisilin direncinin fenotipik yöntemlerle gösterilmesi sıklıkla yanlışlıklara neden olmaktadır. Bu sorunun özellikle koagülaz negatif stafilokok suşlarında, Staphylococcus aureus'a göre daha da belirgin olduğu gözlenmektedir. Çalışmamızda Staphylococcus aureus'lar da fenotipik yöntemlerden, oksasilin ve sefoksitin disk difüzyon, oksasilin E-test ve tuz agar tarama testi sonuçları aynı bulundu (duyarlılık % 97.72, özgüllük % 95.65 ). Koagülaz negatif stafilokok suşlarında fenotipik yöntemlerden sefoksitin disk difüzyon testi diğer yöntemlere göre altın standart teste en yakın test olarak bulundu (duyarlılık % 97.77, özgüllük % 97.77 ). Ancak, hem Staphylococcus aureus, hem de koagülaz negatif stafilokok suşlarında metisilin direncinin gösterilmesinde en uygun yöntem polimeraz zincir reaksiyonu ile mecA geninin belirlenmesidir.
Yöremizde izole edilen mycobacterium tuberculosis suşlarında direnç profili
Dünya'da olduğu gibi ülkemizde de tüberküloz büyük bir sağlık sorunu olarak önemini korumaktadır. Akdeniz bölgesinde verem savaş dispanserinin 2006-2007 yıllarındaki tüberküloz insidansı sırasıyla 18.3/100.000 ve 17.8/100.000 olarak belirlenmiştir. Bu çalışmada Adana ve çevre illerden Ocak 2008-Temmuz 2010 yılları arasında Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Balcalı Hastanesinin çeşitli kliniklerine başvuran hastaların, Mikrobiyoloji laboratuvarına tüberküloz ön tanısıyla gönderilen materyallerinden izole edilen 179 M. tuberculosis suşunun antitüberküloz ilaçlara duyarlılıklarının BACTEC MGIT 960 sistemiyle belirlenmesi amaçlanmıştır. Toplam 179 suşun 148(%82.6)'i solunum yolu materyallerinden, 31(%18.4)'i diğer materyallerden(Eklem Mayisi, Abse, Doku, Biopsi Materyali, Lenf Sıvısı, Bos, İdrar) izole edilmiştir. Suşların 131 (%73.18)'i antitüberküloz ilaçların tümüne duyarlı iken, 48(%26.82)'i en az bir ilaca dirençli ve 18(%10.05)'i en az 2 ilaca dirençli bulunmuştur. Bu çalışmanın duyarlılık testlerinde kalite kontrol olarak, ilaçlara duyarlı olduğu bilinen Mycobacterium tuberculosis ATCC 27294 (H37Rv) suşu kullanılmıştır. Bu suşların streptomisin, izoniyazid, rifampisin, etambutol'e direnci sırasıyla 22(%19.89), 30(%27.63), 9(%9.87), 7(%6.85) olarak bulunmuştur. Çoklu ilaç direnci gösteren suşların 16(%9.49)'sı iki ilaca dirençli, 2(%1.12)'si üç ilaca dirençli ve tüm ilaçlara dirençli suş bulunmamıştır. Sadece tek bir ilaca dirençli suşların sayısı ise streptomisin, izoniyazid, rifampisin ve etambutol direnci sırasıyla; 15 (%8.38), 13 (%7.26), 1 (%0.56) ve 1 (%0.56) olarak bulunmuştur. M.tuberculosis'in ilaçlara olan yüksek direnci izoniyazid (%27.63) olarak tespit edilmiştir.
Bölgemizdeki sağlıklı çocuklarda lenfosit subgruplarının referans aralıkları
Önceki yıllarda konu ile ilgili olarak bölgemizdeki yetişkin bireylerde lenfositsubgruplarının referans aralıkları belirlenmiş ve faydalı bilgiler elde edilmiştir. Buçalışma ile bölgemizdeki sağlıklı çocuklarda lenfosit subgruplarının referansaralıklarının belirlenmesi amaçlanmıştır.Çalışma Eylül 2010 ? Aralık 2010 tarihleri arasında yapılmıştır. Çalışmaya 0-18aralığında 48'i kız, 52'si erkek toplam 100 sağlıklı çocuk dahil edilmiştir. Çocuklar 0-4yaş, 5-9 yaş, 10-14 yaş ile 15-18 yaş olmak üzere 4 gruba ayrılmıştır. Tam kansayımları ve CD3, CD4, CD8, CD19, CD56 referans aralıkları ve CD4/CD8 oranlarınınbelirlemek için Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Balcalı Hastanesi MerkezLaboratuarında akım sitometrisi cihazı kullanılmıştır. Tüm verilerin istatistikselanalizleri Statistical Package for the Social Sciences (SPSS, version 18.0) programıyardımıyla yapılmıştır.İstatistiksel analizler ile 100 sağlıklı çocuğun total lökosit sayısı ve lenfosityüzdeleri sırasıyla; 7,943±2,232 ve 37,5±11,7 olarak bulunmuştur. Lenfosit subgrupyüzdeleri ise CD3, CD4, CD8, CD19, CD56 ve CD4/CD8 için sırasıyla; 69,4±4,9,40,5±4,9, 27,8±4,7, 14,6±4,3, 10,3±3,2 ve 1,51±0,36 olarak bulunmuştur.Çalışma sonunda bölgemizdeki sağlıklı çocukların CD3, CD4, CD8, CD19,CD16+56 (doğal öldürücü hücreler) lenfosit subgruplarının ve CD4/CD8 oranınınreferans aralıkları belirlenmiştir. Bu bilgiler doğrultusunda normal referans aralıklarının,bağışıklık sistemi ile ilgili dallarda konuyla ilgili hastaların takip ve tedavileriniyönlendirmede özellikle çocuk hematoloji kliniği hastalarına ciddi faydalar sağlamasıve böylece patolojik değerlere ışık tutarak çocukların sağlıklı olup olmaması ileilişkilendirilebilmesi beklenmektedir.Anahtar Sözcükler: Akım Sitometri, CD4, CD8, Lenfosit Subgrupları, SağlıklıÇocuklar.
Solunum yolu enfeksiyonlarında haemophilus influenzae türlerinin ve antibiyotik duyarlılıklarının araştırılması
Amaç: Çukurova üniversitesi Balcalı Hastanesi Merkez labaratuvarı'na çeşitli kliniklerden gönderilen üst solunum yolu örneklerinden izole edilen 146Haemophilus influenzae izolatlarında direnç durumunun belirlenmesi amaçlanmıştır.Gereç ve Yöntem: Suşların ampisilin (Amp), ampisilin/sulbaktam (SAM), sefprozil (CPR), sefotaksim (CTX), meropenem (MEM), klaritromisin (CLR), trimetoprim/sulfametoksazol (T/S), siprofloksasin (CiP), tetrasiklin (TET)',imipene (IPM), sefaklor`a duyarlılıkları ?Haemophilus Test besiyerinde disk difuzyon yontemiyle CLSI kriterlerine uygun olarak çalışılmıştır. Suşların serotiplendirilmesine bakılmıştır.Bulgular: H.influenzae izolatlarının, 133'si balgam, 13' ü bronkoalveolar lavaj sıvısı, H.influenzae izolatlarında ampisilen'e direnç%20,ampisilin/sulbaktama direnç %11, seprozil'le direnç %12, sefotaksim'e direnç %8, meropenem'e direnç %7, klaritromisin'e direnç %10, trimetoprim/sülfametoksazol'a direnç %29, siprofloksasin'e direnç %8, tetrasiklin'e direnç %10, imipenem'e direnç %7 , sefaklor'a direnç %15 olarak görülmüş. 146 hastanın 92'si bütün antibiyotiklere duyarlı bulunmuş. 130 hasta serotiplendirilmesi sonucunda tip b olarak tayin edilmiş. 6'sı a grubu ,6'sı c grubu, 4'i f grubu olarak tiplendirilmiştir.Sonuç: Yıllara göre direnç dağılımı ampirik tedavi planlanırken göz önüne alınması gereken önemli bir bulgudur. Çalışmamız da en yüksek oranda direnç T/S'a karşı belirlenmiştir. Direnç oranların da diğer çalışmalarla kıyaslandığında yıllara göre farklılık gözlenmiştir. Buna karşın sabit bir artış veya azalma saptanmamıştır.Anahtar kelimeler: Haemophilus influenzae, direnç, antibiyotik
Klinik örneklerden izole edilen Streptococcus pneumoniae suşlarının direnç paterni
Hastanemizde izole edilen pnömokok suşlarının çeşitli antibiyotiklere direnç durumlarının belirlenmesi planlandı. Bu çalışmaya 2006 Mart -2007 Aralık tarihleri arasında Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Balcalı Hastanesi polikliniklerine başvuran veya çeşitli servislerde yatan hastalardan Merkez Laboratuvarına gönderilmiş olan klinik materyallerden izole edilen 92 adet Streptococcus pneumoniae suşu dahil edilmiştir. Bu suşların penisilin, seftriakson, meropenem, eritromisin, levofloksasin, klindamisin, tetrasiklin, trimetoprim, rifampin, kloramfenikol, telitromisin, vankomisine direnç durumları disk difüzyon ve E-test (AB Biodisk, Sweden) ile belirlendi. Sonuçların değerlendirilmesi NCCLS kriterlerine göre yapıldı.Çalışma sonucunda 29 çocuk ve 63 yetişkin örneğinde direnç oranları sırasıyla penisiline % 17,2 ve % 12,7 seftriaksona çocuklarda direnç rastlanmazken yetişkinlerde seftriakson direnci %3,2`di. Meropenem, eritromisin, levofloksasin, klindamisin, tetrasiklin trimetoprim/ sülfametoksa-zole çocuk ve yetişkinlerde % 3.4 ve % 6.3, % 51,7 ve % 30,2, %10,3 ve %3,2, %31,0 ve % 15,9 % 34,5 ve % 27,0 % 62,1 ve % 36,5 direnç oranları vardı. Çocuklarda rifampine direnç görülmezken, yetişkinlerde bu oran %3.2'di. Çocuk ve yetişkinlerde kloramfenikole direnç sırasıyla %3,4 ve %6,3 bulundu. Vankomisin ve telitromisine çocuklarda ve yetişkinlerde direnç görülmedi.Penisiline orta derecede ve yüksek derecede dirençli pnömokoklar tarafından oluşturulan ciddi pnömokok infeksiyonları için verilecek optimal tedavi tartışmalıdır. Hetorojen hasta popülasyonun varlığı, mortaliteyi etkileyen eş zamanlı risk faktörlerinin varlığı ve Penisilin direnci olan Streptecoccus pneumoniae suşları arasında orta derecede direncin ağırlıkta olması verileri yorumlamakta zorluklara neden olmaktadır. Klinik deneyimlerin yetersizliğine rağmen çalışmacıların çoğu penisilinlerin duyarlı suşlarla oluşan pnömokok infeksiyonları için halen temel tedavi olduğuna inanırlar. Pnömokok suşlarındaki artan penisilin direnci, ciddi boyutlarda bir problemle karşı karşıya olduğumuzu göstermektedir. Direnç gelişiminden dolayı tedavinin giderek zorlaşması, pnömokok enfeksiyonlarında aşı uygulamalarının biran önce hayata geçirilmesi gerekliliğini ortaya çıkartmaktadır.Anahtar Sözcükler: Antibiyotik direnci, Streptecoccus pneumoniae
Yöremizde izole edilen Brusella Spp suşlarının antibiyotik duyarlılıklarının E-Test yöntemi ile değerlendirilmesi
Bruselloz tüm dünyada yaygın olarak görülen ve ülkemizde kırsal alanlar başta olmak üzere önemli bir sağlık sorunu oluşturan zoonotik bir hastalıktır. Ülkemiz brusellozun endemik görüldüğü coğrafyada bulunmaktadır. Bu çalışmada, klinik örneklerden izole edilen Brusella cinsi bakterilerde tür tayini yapılması ve bu suşların klasik tedavi rejimlerinde kullanılan antibiyotiklere karşı in vitro duyarlılıklarının araştırılması amaçlanmıştır.Çalışmaya 2010 ile 2012 yılları arasında Çukurova Üniversitesi Balcalı Hastanesinde, klinik örneklerden izole edilen 50 Brusella suşu dahil edilmiştir. İzolatlar Vitek 2 otomatize sistemiyle tür düzeyinde tanımlanmıştır Brusella cinsi 50 izolata karşı doksisiklin, streptomisin, rifampisin, siprofloksasin, tigesiklin, gentamisin, trimetoprim-sulfametoksazole, eritromisin, ampisilin ve amoksisilin/klavulanik asit'in in vitro aktivitesi E-Test yöntemi ile belirlenmiştir.Tüm izolatlar Brusella melitensis olarak belirlenmiştir. Tüm izolatlar doksisiklin, streptomisin, siprofloksasin, tigesiklin, gentamisin, trimetoprim-sulfametoksazole, eritromisin, ampisilin ve amoksisilin/klavulanik asit'e duyarlı (%100) olarak bulunmuştur. Rifampisin'e 11 suş (%22) orta duyarlı, bir suşta (%2) dirençli olarak tespit edilmiştir. Tüm Brusella melitensis izolatlarına karşı minimal inhibitör konsantrasyon (MIK50; 0,023 ug/ml ve MIK90; 0,064 ug/ml) değerleri en düşük Trimetoprim-sulfametoksazole'de belirlenmiştir.Brusella türlerinin antibiyotik duyarlılıklarının belirli aralıklarla tespit edilmesinin ve buna göre tedavinin yönlendirilmesinin uygun olacağını düşünmekteyiz.Anahtar Kelimeler: Antibiyotik duyarlılık, Brusella spp, Bruselloz tedavisi, E-Test
Klinik örneklerden izole edilen Klebsiella pneumoniae suşlarında plazmid aracılı kinolon direnç geni QNR'nin araştırılması
K. pneumoniae bakterilere toplum ve hastane kökenli birçok enfeksiyonun etkeni olarak bilinmektedir. Özellikle son yıllarda ESBL üreten suşların artmasıyla K. pneumoniae?ya bağlı enfeksiyonların tedavisini güçleştirmiştir. 1962 yılından beri kullanımda olan kinolonlar hem Gram pozitif hem de Gram negatif bakterilere etkili ajanlardır. Kinolonlar, DNA giraz ve topoizomeraz IV enziminin inhibisyonu sonucu bakterisidal etki gösterir. Bakterilerdeki kinolon direnci, genellikle kromozomal genlerde meydana gelen mutasyonlar sonucunda ortaya çıkmaktadır. Ancak son yıllarda bu direnç mekanizmalarına ek olarak ortaya çıkan bir mekanizma da plazmid aracılı kinolon direncidir. Bu direnç genleri qnr olarak adlandırılmıştır. Son yıllarda artan plazmid aracılı kinolon direnç genleri enfeksiyonların tedavisinde güçlükler oluşturmaktadır. Qnr genleri tek başlarına kinolon direncine neden olmasa da kinolon duyarlılığında azalmaya ve minimum inhibitör konsantrasyonu değerlerinde artmaya neden olmaktadır. Çalışmamızda çeşitli klinik örneklerden izole edilen 90 ESBL pozitif ve levofloksasin dirençli K. pneumoniae suşunda qnrA, qnrB ve qnrS genlerinin varlığının araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmaya dahil edilen suşlarda qnr genleri Real-time PCR yöntemiyle araştırılmıştır. Çalışma sonunda 30 (%33,3) izolatta qnrB geni, 5 (%5,6) izolatta ise qnrS geni pozitif olarak bulunmuştur. Hiçbir suşta qnrA genine saptanmamıştır. Plazmid aracılığıyla aktarılabilen qnr genlerinin prevalansının yıllar geçtikçe artması klinik açısından önemli sonuçlar doğurabilecektir. Bu nedenle aktarılabilen kinolon direncinin izlenmesi ve yayılım oranlarının saptanması, alınacak önlemlerin belirlenmesi için önemlidir.
Karbapenemlere direnç gösteren gram negatif bakterilerde metallo-beta- laktamaz enziminin fenotipik yöntemlerle araştırılması
Karbapenemler, çoklu ilaç dirençli Gram negatif bakteri enfeksiyonlarında en sık kullanılan antibiyotiklerdir. Karbapenem direncinin en önemli mekanizmalarından biri Metallo-Beta-Laktamazların üretimidir. Metallo-Beta-Laktamaz genleri kromozomda ya da plazmidde bulunur ve bakteri kökenleri arasında kolayca yayılabilir. Çalışmamızda, Balcalı Hastanesi kliniklerinden Merkez Laboratuvarı Mikrobiyoloji birimine gönderilen çeşitli örneklerden izole edilen ve karbapenemlere direnç gösteren Gram negatif bakterilerde, Metallo-Beta-Laktamaz enzimi üreten suşların fenotipik yöntemlerle oranını belirlemek, Metallo-Beta-Laktamaz tayininde bu fenotipik yöntemleri karşılaştırmak ve Metallo-Beta-Laktamaz üretiminde fenotipik yöntemleri kullanarak hangisinin rutin uygulamalarda daha yararlı olabileceği amaçlanmıştır. Bu amaçla Haziran-Ekim 2012 ve Şubat-Mart 2014 tarihleri arasında çeşitli kliniklerden Merkez Laboratuvarına gönderilen materyallerden karbapenem dirençli 261 Gram negatif bakteride fenotipik yöntemlerle Metallo-Beta-Laktamaz üretimi araştırıldı. Bakterilerin tanımlanması ve antibiyotik dirençleri Clinical and Laboratory Standards Institute önerileri doğrultusunda Vitek 2 otomatize sistem ile belirlendi. Metallo-beta-laktamaz üretimi Modifiye Hodge Testi, Kombine Disk Difüzyon ve Çift Disk Sinerji Testi ile araştırıldı. Karbapenem dirençli suşlar arasında, imipenem %90.4, meropenem %74.3, ertapenem %46.6 dirençli olarak bulunmuştur. Karbapenem dirençli Gram negatif bakteri suşlarında Metallo-Beta-Laktamaz üretimi modifiye Hodge testi ile %76.2, Kombine disk difüzyon ile %27.2, Çift disk sinerji yöntemi ile %14.2 olarak bulunmuştur. Kombine disk difüzyon ve modifiye Hodge testi ile en çok A. baumannii, Çift disk sinerji testi ile en çok P. aeruginosa suşlarında Metallo-beta-laktamaz üretimi saptandı. Metallo-beta-laktamaz araştırılmasında hızlı, basit, duyarlılık ve özgüllüğü yüksek olan iyi bir fenotipik tarama yöntemine gerek vardır. Bu bulguların ışığı altında, fenotipik yöntemlerden hangisinin rutinde kullanılabileceği konusunda, bu suşlardaki Metallo-beta-laktamaz üretiminin moleküler yöntemlerle saptanması gerçeğini ortaya çıkarmıştır.
Metisilin dirençli staphylococcus aureus suşlarının spa typıng ve pulsed fıeld gel electrophoresıs yöntemleriyle klonal ilişkilerinin tespiti
Amaç: İlk olarak İngiltere'de ortaya çıkan Metisilin Dirençli Staphylococcus aureus enfeksiyonu başta diğer Avrupa ülkeleri olmak üzere bütün dünyada hızla yayılmıştır. Hem toplumda hem de hastanelerde görülen Metisilin Dirençli Staphylococcus aureus nedenli enfeksiyonların risk yönetiminde, etkenin kaynağının ve bulaş yollarının moleküler yöntemlerle hızlı tespiti enfeksiyon kontrolünde anahtar veriler sağlamaktadır. Çalışmamızda hastanemizde izole edilen Metisilin Dirençli Staphylococcus aureus suşlarının klonal ilişkileri Pulsed Field Gel Electrophoresis ve spa tiplendirme yöntemi ile tespit edilerek, hastanemizde ve bölgemizde baskın olan klonların isimlendirilmesi ve yöntemlerin kıyaslanması amaçlanmaktadır. Gereç ve yöntem: Hastanemizde rutin olarak kullanılmakta olan Vitek 2 sistemi ile tanımlanan 75 Metisilin Dirençli Staphylococcus aureus izolatı SmaI enzimi kullanılarak Pulsed Field Gel Electrophoresis ile tiplendirildi. spa gen bölgeleri amplifiye edilerek sekans analizi yapıldı. Elde edilen veriler StaphType (Ridom) yazılım programıyla değerlendirildi ve spa tipleri tespit edildi. Bulgular: İncelenen 75 örneğin Pulsed Field Gel Electrophoresis ile 11 küme içerisinde toplandıkları ve birbirlerine % 84,1 oranında benzeyen A (n:19) ve B (n:27) kümelerinin tüm suşların % 61,3'ünü oluşturduğu tespit edildi. Tüm izolatlar spa tiplendirme ile de değerlendirildiğinde suşların 18 spa tipine dağıldığı tespit edildi. En büyük spa kümesi 31 izolat (% 41,3) ile t030 iken, bunu 9 izolat ile t223 (% 12) tipinin izlediği görüldü. Sonuçlar: İzolatların genotipik incelemeleri, antibiyotik direnç profilleri ve hastane enfeksiyonu olarak tanımlanan olgulardan izole edilme oranları değerlendirilerek t030'un % 41,3'lük insidans ile dominant genotip olduğu ve bu gen kümesinin hastane klonu olduğu düşünülmüştür. Toplum kökenli olduğu düşünülen spa tiplerinin ise t223 ve t127 oldukları ve sırasıyla % 12 ve % 9,3 oranlarında görüldükleri tespit edildi. Kısa dönemli salgın incelemelerinde ve uzun dönemli soy ilişkisi araştırmalarında spa tiplendirme yönteminin Pulsed Field Gel Electrophoresis ile birlikte kullanılmasının ve bu çalışmanın daha uzun süre ve daha fazla örnek kullanılarak toplum ve hastane klonlarının takibinde kullanılmasının faydalı olacağı düşünülmüştür.
Solunum sistemi enfeksiyonlarına neden olan bakteriyel etkenler ve antibiyotik hassasiyetlerinin belirlenmesi
Çukurova Üniversitesi Balcalı Hastanesi Merkez Laboratuvarına çeşitli kliniklerden gönderilen 1076 solunum yolu örneğinden izole edilen 388'in de anlamlı (≥10.000 cfu/ml) üreme gerçekleşen suşların identifikasyon ve direnç durumlarının belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu suşların 331'i Trakeal aspirasyon (TA) ve 57'si Bronkoalveolar lavaj'dan (BAL) izole edilmiştir. Örnekler COS (Kanlı agar), MacConkey agar, PVX (çikolata agar) ve HAE2 (Haemophilus Chocolate agar 2) ekimi yapıldı ve bakterilerin identifikasyonu ve antibiyogramı Vitek 2 Otomatize Sistem de değerlendirildi. H.influenza suşlarının antibiyotik duyarlılıkları EUCAST kriterlerine uygun olarak disk difüzyon yönteminde değerlendirildi. Solunum sistemi enfeksiyonlarından en çok izole edilen bakteriler A.baumannii, P.aeruginosa, K.pneumoniae, H.influenzae şeklindeydi. TA'da en sık üreyen bakteriler A.baumannii (%34,47), P.aeruginosa (%16,62) ve K.pneumoniae (%9,97) şeklindedir. BAL da en sık üreyen bakteriler ise H.influenzae (%35,09), A.baumannii (%17,54) ve K.pneumoniae (%10,53) şeklindedir. H.influenzae'nın serotiplendirme sonucunda %70,58'i Tip b, %29,42'si ise tib b dışındaki diğer serotipler (a,c,d,e ve f) olarak saptanmıştır. H.influenzae izolatlarında en yüksek direnç Ampisilin de (%87,10) görülmüştür. H.influenzae suşlarının tamamı (%100) Siprofloksasin, Levofloksasin'e hassas olarak tespit edilmiştir. K.pneumonıae izolatlarının tamamı (%100) Ampisilin'e dirençli olarak tespit edilmiştir. Kolistin (%82,05) en etkili antibiyotik olarak saptanmıştır. P.aerugınosa izolatlarının tamamı (%100) Tetrasiklin, Tigesiklin ve Trimetoprim/Sulfametoksazol'e dirençli olarak tespit edilmiştir. Suşların tamamı (%100) Kolistine hassas olarak bulunmuştur. A.baumanii suşların tamamı (%100) Piperasilin, Piperasillin/Tazobaktam, Seftazidim, Sefepim, İmipenem ve Meropenem dirençli bulunmuştur. En yüksek hassasiyet Kolistinde (%100) görülmüştür. S.aureus izolatlarında tamamı (%100) Rifampisin'e dirençli olarak bulunmuştur. Suşların tamamı (%100) Linezolid, Trimetoprim/Sulfametoksazol, Fusidik Asit, Teikoplanin, Tigesiklin, Vankomisin'e hassas olarak saptanmıştır. S. pneumoniae da penisilin direnci ise %42,86 olarak tespit edilmiştir.
Kateter örneklerinden izole edilen staphylococcus suşlarında biyofilm oluşumunun, antibiyotiklerin biyofilmler üzerine etkisinin ve meca geninin araştırılması
Hastanelerde sıklıkla kullanılan kateterlerin en önemli komplikasyonu, enfeksiyonların gelişme riskidir. Kateter kaynaklı enfeksiyonlarının en sık nedenlerinden olan stafilokoklar biyofilm oluşturabilme potansiyelleri ile kateter üzerindeki kolonizasyonlarını sağlarken, aynı zamanda konak savunmasından ve antibiyotiklerden de korunmaktadırlar. Çalışmamızda Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Balcalı hastane merkez laboratuvarına gönderilen kateter örneklerinden izole edilen 62 Staphylococcus suşunun biyofilm oluşturma özellikleri, antibiyotiklerin biyofilmler üzerine etkisi ve metisilin direncinden sorumlu mecA geninin araştırılması amaçlanmıştır. İzolatların antibiyotik duyarlılık testleri Vitek2 compact sistemle çalışılmış, oksasilin, vankomisin ve daptomisin MİK değerleri sıvı mikrodilüsyon testiyle belirlenmiştir. Suşların biyofilm özellikleri ve Minimum Biyofilm Eradike edici Konsatrasyon (MBEK) değerleri mikroplak yöntemi ile belirlenmiştir. Çalışmamız sonucunda suşların oksasilin, vankomisin ve daptomisinin MİK50 ve MİK90 değerleri sırasıyla 32/>128, 1/2 ve 0,25/1 μg/ml olarak belirlenmiştir. 62 stafilokok suşunun 34 (%54,8) biyofilm pozitif (BP) olarak saptanmıştır. BP suşların %23,5'i zayıf (+), %32,4'ü orta (++) ve %44,1'i güçlü (+++) biyofilm özelliği göstermiştir. Oksasilin, vankomisin ve daptomisinin MBEK50 ve MBEK90 değerleri sırasıyla 64 />128, 128 />128 ve 4/>32 μg/ml olarak belirlenmiştir. Suşlardaki mecA geni varlığı Real-time PCR yöntemiyle araştırılmıştır. Suşların %90,3'nün mecA geni taşıdığı saptanmıştır. Çalışmamızdaki bulguların biyofilm enfeksiyonlarını anlamada ve tedavisinin daha akılcı yönlendirilmesinde yol gösterici olacağı düşünmekteyiz.
Böbrek nakli yapılan hastalarda ameliyat öncesi ve sonrası görülebilecek enfeksiyon etkenlerinin araştırılması
Böbrek transplantasyonu böbrek yetmezliğinin en önemli ve başarılı tedavi yöntemidir. Transplantasyon sonrasında özellikle ilk 6 ayda enfeksiyonlar sıkça görülmektedir. Bu çalışmada Çukurova Üniversitesi Balcalı Hastanesi Organ Nakli Merkezinde kadavra ve canlı donörden böbrek nakli yapılan 45 hasta incelenmiştir. Yapılan incelemede ameliyattan 1 hafta önce ve 1, 3, 6 ay sonra alınan; idrar, kan, solunum yolu ve yara örneklerinin kültürlerinde üreyen etkenler, kanda real time PCR yöntemiyle çalışılan CMV ve BKV DNA'sı; ayrıca idrar sitolojisinde tespit edilen bakteri, virus ve mantar etkenlerinin araştırılması amaçlanmıştır. Nakil öncesi idrar kültürü yapılan 19 hastanın tamamında üreme olmadığı görülmüştür. Nakilden sonra ise en sık E. coli 7(%31.81), K. pneumoniae ve C. nonalbicans 5(%22.72) ve E. faecalis 4(%18.18) üremiştir. Ameliyat öncesinde hastaların 42'sinden kan kültürü yapılmıştır. Bunlardan 40(%95.2)'ında üreme görülmemiş, sadece 2(%4,8)'sinde (Oligella ureolytica ve KNS )üreme olmuştur. Nakil sonrasında kan kültüründe en sık S. hominis 4(%36.36), S. epidermidis 3(%27.27), P. aeruginosa ve A. baumannii 2(%18.18) üremiştir. Nakilden 3 ve 6 ay sonra gereklilik durumunda 9 hastanın solunum yolu örneklerinin kültüründe ise en sık A. baumannii 4(%44.44), K. pneumoniae 3(%33.33) , A. fumigatus ve C. albicans 1(%11.11) üremiştir. Hastaların 10(%22.22)'unda M. tuberculosis kültürü yapılmış ve pozitiflik elde edilmemiştir. Nakil sonrasında yara kültürü yapılan 10 hastada en sık A. baumannii 3(%30), K. pneumoniae ve S. epidermidis 2(%20), C. krusei 1(%10) ürediği görülmüştür. Nakilden sonra real time PCR yöntemiyle çalışılan 38 hastanın 11(%28.94)'inde BK virus pozitifliği, 41 hastanın 25(%60.98)'inde CMV virus pozitifliği tespit edilmiştir. İdrar sitolojisi bakılan 31 hastanın 11(%35.49)'inde decoy hücresi pozitifliği saptanmıştır. Decoy hücresi pozitifliği ve negatifliği ile CMV ve BKV DNA pozitiflikleri ve negatiflikleri karşılaştırıldığında, özellikle BK virusun erken sitopatik etkisinin araştırılması açısından idrar sitolojisinin önemli bir yöntem olduğu görülmüştür. İmmunsupresif tedavinin yoğun olarak uygulandığı 1-6. aylar arasında görülen viral enfeksiyonların (BKV ve CMV) ve bunlara eşlik eden fırsatçı enfeksiyonların böbrek transplantasyonu yapılan alıcılar için gerek böbrek kaybı gerekse hastanın hayatını kaybetmesi açısından risk oluşturduğu görülmüştür. Anahtar Kelimeler: Böbrek transplantasyonu, Bakteri, Virus, Mantar.
Escherichia coli 'nin O25B -ST131 klonunun ve CTX-M-15 benzeri genişlemiş spektrumlu beta laktamazın PCR ile belirlenmesi
Genişlemiş spektrumlu beta laktamazlar (GSBL) Enterobacteriaceae'de sık görülmektedir. Özellikle E.coli serotip O25b: H4, filogenetik grup B2 ve sekans tipi 131 (ST131) GSBL tipi CTX-M-15 ile karakterize edilen küresel olarak yayılan uluslararası bir klon grubu çoklu ilaç direnciyle (MDR) gelişen enfeksiyonların tedavisini de güçleştirmektedir. Çalışmamızda 17.4.2019-21.7.2019 tarihleri arasında çeşitli servis ve poliklinik hastalarından alınan idrar örneklerinin GSBL pozitif 85 E. coli izolatının ST131 klonu ve blaCTX-M-15 β-laktamaz geninin prevalansı ayrıca antibiyotik duyarlılık durumunun belirlemesi amaçlandı. Bakterinin tanımlanması, GSBL varlığı ve antibiyotik duyarlılıkları VITEK2 otomatize sistemiyle (bioMérieux, Fransa) tanımlandı. Duyarlılık sonuçları EUCAST kriterleri esas alınarak belirlendi. GSBL üretimi çift disk sinerji testiyle doğrulandı. Ardından GSBL kodlayan blaCTX-M-15 ve blaCTX-M-3 genler Real time PCR ile analiz edildi. Toplam 85 GSBL pozitif E coli izolatının 59'u (%69.4) bla CTX-M genleri için pozitifti, bunun 25(%29.4)'inde CTX-M-15, 34(% 40)'ünde CTX-M-3 pozitif olup, 26(%30.5)'sında CTX-M-3 ve CTX-M-15 β-laktamaza sahip değildi. CTX-M-3 ve CTX-M-15 pozitif 59(%69.4) suşlar için en hassas (%100) karbapenem (ertapenem ve imipenem) ve en dirençli (%100) ampisilin ile sefalosporin grubu antibiyotiklerdi. GSBL pozitif 85 E. coli suşunun 23(%27.1)'ünde Real time PCR ile ST131 klonunu tespit ettik, 62(%72.9)'si ise negatifti. Bu grupta da en hassas antibiyotikler %100 karbapenem (imipenem ve ertapenem) olup en dirençliler ise (%100) sefalosporinler (sefiksim, seftazidim, seftriakson, sefuroksim), ampisilin ve AMC idi. Anahtar Kelimeler: CTX-M enzim türleri, Escherichia coli, ExPEC, Polimeraz zincir reaksiyonu, ST131,
Sepsis tanılı hastalarda nötrofil CD-64, CRP ve prokalsitonin düzeylerinin tanı değerlerinin kıyaslanması
Sepsis erken tanı ve tedavi gerektiren, yüksek mortalite ve morbidite oranına sahip bir halk sağlığı problemidir. Kesin tanısı kan kültüründe bakteri üremesinin gösterilmesi ile konulur. Fakat kan kültürlerinin sonuçlanmasının zaman alması ve yanlış negatif sonuçlanabilmesi gibi problemler tanıyı güçleştirmekte ve tedavide gecikmeye neden olmaktadır. Erken tanı amacıyla yaygın kullanılan biyobelirteçler C-reaktif protein (CRP) ve prokalsitonindir (PCT). Bu çalışmada yaygın olarak kullanılan bu biyobelirteçlere ek olarak yeni bir biyobelirteç olan nötrofil CD64 düzeyinin sepsis tanısındaki yeri ve önemini değerlendirmeyi amaçladık. Çalışmaya, 2020-2022 yılları arasında, Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Balcalı Hastanesi Pediatri Bölümü'ne başvurmuş, sepsis şüphesi gösteren, yenidoğan dönemi hariç pediatrik yaş grubunda olan 77 hasta dahil edilmiştir. Hastalardan gönderilen periferik kan örnekleri prospektif olarak değerlendirilmiştir. Kontrol grubu olarak polikliniklere başvuran sağlıklı 25 çocuktan alınan kan örnekleri kullanılmıştır. Alınan örneklerden, BACTEC FX (Becton Dickinson) hemokültür cihazı kullanılarak kan kültürü çalışılmıştır. Üreme olan örneklerin katı besiyerlerine ekimi yapılarak mikroorganizmaların Biomeriux VİTEK 2 otomatize tanı sistemi ile identifikasyonu yapılmıştır. Biyokimyasal tetkiklerden CRP düzeyi immunnefelometrik yöntemle kantitatif olarak belirlenmiş, PCT düzeyi ise elektrokemiluminesans yöntemiyle çalışılmıştır. CD64 düzeyinin belirlenmesi flowsitometrik yöntemle NAVİOS, Beckman Coulter/France cihazı ile CD45 KO, CD64 APC A750 monoklonal antikorları kullanılarak yapılmıştır. Nötrofil CD64 indeksinin sepsis tanısında duyarlılığı %94,4 ve seçiciliği %100, eğri altında kalan alan 0,981, youden indeksi 0,986 p değeri 0,001 olarak bulunmuştur. CRP için duyarlılık %93,5 seçicilik %100, eğri altında kalan alan 0,978, youden indeksi 0,935 p değeri 0,001'dir. PCT için ise duyarlılık %90,9, seçicilik %92, eğri altında kalan alan 0,952, youden indeksi 0,829 p değeri 0,001'dir. Çalışmamızda, pediatrik sepsis tanısında, nötrofil CD64 düzeyi, CRP ve PCT düzeylerine göre daha yüksek tanısal doğruluk oranı göstermiştir. Sepsis tanısında, nötrofil CD64 düzeyinin tek başına veya diğer biyobeliteçlerle birlikte kullanılması erken tanı olanağı sağlayan değerli bir parametre olarak görülmektedir. Ancak pediatrik yaş grubunda yapılan çalışmaların sayısı sınırlıdır ve daha çok sayıda hasta içeren çalışmalarla desteklenmesi gerekmektedir.
Çeşitli klinik örneklerden izole edilen salmonella SPP. suşlarında biyofilm varlığının tespit edilmesi ve antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi
Dünya çapında genellikle en yaygın olan Salmonella serovarları, S. enterica subsp. enterica ve S. enterica serovar typhimurium ve S. enterica serovar enteritidis'tir. Sanayileşmiş ülkelerde Salmonella spp. enfeksiyonları, tifo dışı salmonellozun daha sık görüldüğü dört farklı klinik tabloya neden olur. Bunlar, gastorenterit olguları, tifo-paratifo, sepsis ve lokal organ enfeksiyonlarıdır. Salmonella'rın diğer mikroorganizmalar gibi antibiyotiğe dirençli olgusu halk sağlığı için ciddi bir tehdittir. Aynı zamanda bu bakterilerin biyofilm oluşturma yeteneği konusu da göz önüne alındığında, antibiyotik direnci sorununu daha ciddi hale getirmektedir. Çalışmamıza, çeşitli hastanelerin merkez laboratuvarlarına gönderilen Ocak 2020- Aralık 2022 arasında çeşitlik klinik örneklerden izole edilen 101 Salmonella spp. suşunun, biyofilm varlığının tespit edilmesi ve antibiyotik duyarlılıkları incelenmiştir. İzolatların antibiyotik duyarlılık testleri Vitek-2 compact sistemle çalışılmış, Eucast 2022 MİK değerlerine göre belirlenmiştir. Suşların biyofilm özellikleri mikroplak yöntemi ile belirlenmiştir. Salmonella spp. izolatlarının % 39.60'ında biyofilm gelişimi gözlenmiş % 60.40'ında biyofilm gözlenmemiştir. En hassas antibiyotikler Trimetoprim / Sülfametaksezol (% 99.00), Amikasin (%99.00), Ertapenem (% 99.00), Meropenem (% 99.00), Piperasilin / Tazobaktam (%98.01), Seftazidim (% 97.02), Sefepim (% 97.02), Gentamisin (% 97.02), Kolistin (%96.03), Seftriakson (% 95.04), Sefoksitin (% 94.05), Amoksisilin / Klavulanik Asit (% 90.09), Ampisilin (% 87.12) ve Siprofloksasin (% 83.16) iken en direçli olan antibiyotikler Siprofloksasin (% 16.83), Ampisilin (% 12.87), Amoksisilin / Klavulanik Asit (% 9.90), Sefazolin (% 5.94), Seftriakson (% 4.95), Kolistin (% 3.96), Sefoksitin (% 2.97), Seftazidim (% 2.97), Gentamisin (% 2.97), diğerleri (% 0.99) şekilde sıralanmıştır Çalışmamızdaki bulguların Salmonella'nın virülansla ilişkili bazı özellikleri kimyasal dezenfektanlara ve antibiyotiklere direnç gibi, bakterinin adezyonu, abiyotik yüzeylerde biyofilm oluşumunu, antibiyotik direnci ile bakterilerin biyofilm oluşturma yeteneği arasında yol gösterici olacağı düşünülmektedir. Anahtar Sözcükler: Antibiyotik duyarlılığı, biyofilm, salmonella, salmonelloz, Vitek-2