Theses supervised by Prof. Dr. Hülya Yazıcı
14 theses · Burdur Mehmet Akif Ersoy University, İstanbul University
Yabancılara Türkçe öğretiminde ders günlüğü kullanımının öğrenenlerin yazma becerisine etkisi
Yabancılara Türkçe alanına ilişkin yapılan alanyazın incelemesinde yazma becerisini geliştirmeye yönelik yapılan araştırmaların sınırlı sayıda yapıldığı görülmektedir. Farklı sebeplerle Türkiye'ye gelen, üniversiteler bünyesindeki Türkçe Öğretim Merkez'lerinde öğrenim gören, yabancı uyruklu öğrenenlerin yabancılar için Türkçe yazma becerilerinin geliştirilmesi oldukça önemlidir. Yapılan bu çalışma ile yabancılara Türkçe öğretiminde ders günlüğü kullanımının öğrenenlerin yazma becerisi üzerindeki etkisinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Araştırmanın çalışma grubunu 2022-2023 eğitim öğretim yılı bahar döneminde Burdur Mehmet Akif Üniversitesi Türkçe Öğretim Merkezi'nde Türkçe öğrenen B2 düzeyindeki YTB sınıflarında yer alan 20 yabancı öğrenen oluşturmaktadır. Araştırmada nicel araştırma yöntemlerinden tek gruplu ön test son test yarı deneysel desen kullanılmıştır. Araştırmada veri toplama aracı olarak Büyükikiz (2011)'in geliştirmiş olduğu "Yazılı Anlatım Dereceli Puanlama Anahtarı" ve "Kişisel Bilgi Formu" kullanılmıştır. Ayrıca bu araştırmada, yazılı anlatım puanlama anahtarının güvenirliğinin incelenmesi amacıyla cronbach's alpha güvenirlik analizi yapılmış ve rubliğe ait ölçümlerin 0.70 üzerinde olduğu görülmüştür. Araştırmada kullanılan "Yazılı anlatım dereceği puanlama anahtarı" ve "Kişisel bilgi formundan" elde edilen bulgular bu araştırmada SPSS (statistical package for social sciences) for Windows 22ile analiz edilmiştir. Araştırmada veri dağılımının normalliğine karar vermek için Shapiro-Wilk, normal dağılımın diğer varsayımları olan basıklık ve çarpıklık değerlerinden yararlanılmıştır. Bağımsız iki grup karşılaştırmasında Man Whıtney-U test bağımlı gruplar karşılaştırılmasında Wilcoxon test kullanılmıştır. Araştırmada elde edilen sonuçlara göre Türkçeyi yabancı dil olarak öğrenen öğrenicilerin ön test son test puanları arasında son test lehine olumlu bir artış olduğu, öğrenenlerin içerik özellikleri, biçimsel özellikleri ve yazım ve noktalama boyutları ön test son test puanları arasında son testin lehine bir artış olduğu tespit edilmiştir. Ayrıca araştırmada öğrenenlerin yazma becerisi ön test son test puanlarının cinsiyet göre farklılık göstermediği sonucuna ulaşılmıştır.
Muzaffer İzgü'nün çocuk romanlarına yansıyan sözvarlığı üzerine bir inceleme
Bu çalışma Muzaffer İzgü'nün çocuk romanlarında yer alan sözvarlığı öğelerini ve kullanım sıklıklarını incelemek için yapılmıştır. Bu amaçla yazarın çocuk edebiyatı alanında yazmış olduğu bütün romanları okunmuş ve kullanılan sözvarlığı öğeleri (atasözleri, deyimler, terimler, ilişki sözleri…), bu ögeleri ne sıklıkta kullandığı belirlenmiştir. Yazarın çocuk edebiyatı eserlerinden roman türünde olan 38 kitabı incelenmiştir. Kitaplar içerik analizi yöntemiyle çözümlenmiştir. Verilerin çözümlenmesinde sıklık ve yüzde hesaplamaları yapılmıştır. Çalışmada "Türkçenin Sözvarlığı" ana kategori; "atasözleri", "deyimler", "ikilemeler", "terimler", "ilişki sözleri", "kalıplaşmış sözler", "çeviri sözcükler", "yabancı sözcükler", "bilmeceler", "tekerlemeler", "argo sözcükler" ve "Anadolu ağızları" ise alt kategoriler olarak belirlenmiştir. Yazarın tüm çocuk edebiyatı romanları sözvarlığı açısından taranarak, her bir kitaptaki sözvarlığı öğeleri girdikleri alt kategoriye göre abecesel olarak sıralanarak belirtilmiştir. Her kitap için sözvarlığını oluşturan dilsel öğelerin sıklık ve yüzdelerinin belirtildiği tablolar oluşturulmuştur. Bu bağlamda yazarın sık kullandığı sözvarlığı ögeleri göz önüne alınarak yorumlanmıştır. Bu çalışmada, yazarın romanlarında sözvarlığının çeşitli öğelerine yer verdiği sonucuna ulaşılmıştır. Bu öğeler arasında en çok ikilemelerin yer tuttuğu ardından deyimlerin, ilişki sözlerinin, Anadolu ağızlarının, terimlerin, yabancı sözcüklerin ve tekerlemelerin geldiği belirlenmiştir. Yazarın tüm çocuk romanlarında sadece bir tane bilmeceye rastlanmış; argo sözcükler, kalıplaşmış sözler ve atasözlerini ise diğer sözvarlığı öğelerine göre daha az kullandığı belirlenmiştir.
Çocuk kitaplarına yansıyan akran zorbalığı üzerine bir inceleme
Bu çalışmada çocuk kitaplarına yansıyan akran zorbalığı farklı yönleriyle incelenmiştir. Akran zorbalığına dair temel bilgiler edinildikten sonra araştırmanın amacı bağlamında yayınevlerinin internet adresleri taranmış ve akran zorbalığı konulu 20 kitap belirlenmiştir. Bu kitapların on tanesi çeviri kitap, on tanesi de Türk Edebiyatı'na ait yerli kitaplardan oluşmaktadır. Araştırmanın temel veri kaynağını çocuk kitapları oluşturmaktadır, bu sebeple araştırmamızda nitel araştırma yöntemlerinden içerik analizi kullanılmıştır. Araştırma bulguları alanyazın taramasıyla oluşturulan kontrol listesi aracılığıyla elde edilmiştir. Araştırmada kontrol listesinde bulunan maddelerin kitaplarda tekrarlanma frekanslarına bakılmıştır. Bu doğrultuda tüm kitaplarda zorbalıkla ilgili bulgulara rastlanmıştır. Zorbalığın en çok geçtiği kitap Benim Adım Jack kitabıdır (f=12). İncelelenen kitaplarda en sık rastlanan zorbalık türü sözel zorbalık (f=62) olurken, en az rastlanan zorbalık türü siber zorbalıktır(f=3). Zorbalığı gerçekleştirenlerin cinsiyete göre dağılımlarına bakıldığında 15 kitapta erkekler, 3 kitapta kızlar zorbalık yapmıştır. Bu durum zorbalık yapılanların cinsiyeti açısından ele alındığında 13 kitapta erkeklere, 6 kitapta kızlara zorbalık yapıldığı görülmektedir. Zorbalığın en çok okulda yapıldığı görülmüştür. Zorbalık yapan çocukların yaş grupları incelendiğinde zorbalık yapanların en çok 7-12 yaş grubunda(f=15) olduğu görülmüştür. Zorbalık yapılan çocukların yaş grupları incelendiğinde en çok 7-12 yaş grubunda(f=15) yer aldığı görülmüştür. Zorbalık yapan çocukların en belirgin özelliği empati yapamamalarıdır (f=17). Zorbalık yapılan çocukların en belirgin özelliği fiziksel olarak zayıf yapıda olduklarıdır (f=6). Zorbalık yapan çocukların üst sosyo-ekonomik düzeydeki ailelerin çocukları olduğu(f=4) görülmüştür. Zorbalık yapılan çocukların alt sosyo-ekonomik düzeydeki (f=5) ailelerin çocukları oldukları görülmüştür. Zorbalık yapılan çocukların en çok yardım isteme stratejisine başvurdukları belirlenmiştir. Zorbalık yapan çocukların ailelerinin ilgisiz ve baskıcı aile tutumu ortaya koyduğu (f=2) belirtilmiştir. Zorbalık yapılan çocukların ailelerin güven verici ve destekleyici aileler (f=7) oldukları belirtilmiştir. İncelenen tüm kitaplarda yer alan akran zorbalığı bulguları çocukların yaş ve gelişim seviyesine uygundur. Kitaplar sayesinde akran zorbalığı olgusu tüm çocuklara sezdirilebilir. Çocukların böyle bir durum karşısında ne yapması gerektiğinin kitaplarda yer alması zorbalıkla mücadele açısından önemlidir. Akran zorbalığıyla ilgili farkındalık oluşturmak için özel amaçla yazılmış çocuk kitaplarının sayısı arttırılmalıdır. Bu alanda yazılmış kitapların çocuklarla buluşması akran zorbalığıyla mücadele için önemlidir.
Çocuklar İçin Felsefe Eğitimi Programı'nın (P4C) ortaokul öğrencilerinin sözlü iletişim becerilerine etkisi
Bu araştırmanın amacı, Çocuklar İçin Felsefe Eğitimi Programı'nın ortaokul öğrencilerinin sözlü iletişim becerilerine etkisini incelemektir. Araştırmanın çalışma grubunu 2021-2022 eğitim öğretim yılında Bilecik ili Osmaneli ilçesinde bir devlet okulunda öğrenim gören 7. sınıf düzeyindeki 57 öğrenci oluşturmaktadır. Deney grubunda 28, kontrol grubunda 29 öğrenci yer almaktadır. Araştırmada İletişim Becerileri Envanteri ve Kişisel Bilgi Formu veri toplama aracı olarak kullanılmıştır. Öğrencilerin ve ebeveynlerinin demografik bilgilerine Kişisel Bilgi Formu ile ulaşılmıştır. Yarı deneysel desenlerden ön test-son test eşleştirilmiş kontrol gruplu desenin kullanıldığı araştırmada bir deney ve bir kontrol grubu olmak üzere iki grup vardır. Toplam 10 hafta süren çalışmada ilk hafta deney ve kontrol grubundaki öğrencilere ön test olarak İletişim Becerileri Envanteri uygulanmıştır. Sonraki 8 hafta boyunca haftada iki ders saati olmak üzere deney grubundaki öğrencilere, araştırmacı tarafından Çocuklar İçin Felsefe Eğitimi Programı uygulanmıştır. Kontrol grubundaki öğrencilere ise herhangi bir müdahalede bulunulmamış, öğrenciler olağan ders işlemelerine devam etmişlerdir. Çalışmanın son haftasında, deney ve kontrol grubundaki öğrencilere İletişim Becerileri Envanteri son test olarak uygulanmıştır. Çalışmanın verileri parametrik test yöntemlerinden, bağımsız gruplar t-Testi, bağımlı gruplar t-Testi, tek yönlü ANOVA ve Post-Hoc testlerinden Tukey kullanılarak analiz edilmiştir. Araştırmada deney ve kontrol gruplarının ön test ve son test puanlarının karşılaştırılması amacıyla yapılan bağımsız gruplar t-Testi sonucuna göre; deney ve kontrol gruplarının ön test puanları arasında anlamlı bir fark olmadığı, son test puanları arasında ise anlamlı bir fark olduğu bulunmuştur. Araştırmanın bulgularına göre, Çocuklar İçin Felsefe Eğitimi Programı ortaokul öğrencilerinin sözlü iletişim becerilerine olumlu etki yapmaktadır. Anahtar Kelimeler: Çocuklar İçin Felsefe, Sözlü İletişim, Türkçe Öğretimi.
Over kanserli hastalar ile sağlıklı kişilerin periferik dolaşımında MİR-3653-3P'nin ekspresyon düzeyinin karşılaştırılarak incelenmesi.
Over kanseri geç evrede tanı alan, erken ve sık nüks eden bir kanser türüdür ve hala etkin bir tedavisi bulunmamaktadır. Bu nedenle hastalıksız geçen zaman (PFS) ve sağkalım bu hastalık grubunda son derece kısadır. Hastalığın erken tanısı ve tedavisinin takibinde etkin olarak kullanılacak hassas ve spesifik biyobelirteçler bulunmamaktadır. Klinikte halihazırda kullanılanlar ise hastalığın erken tanı ve tedavi takibinde, minimal rezidüel hastalığın hassas bir şekilde belirlenmesi açısından son derece yetersizdir. Over kanserinin erken tanı ve tedavisinin geliştirilmesine ilişkin moleküler düzeyde çok sayıda çalışma yapılmaktadır. miRNA ekspresyon çalışmaları bu açıdan kanser hastalığında geniş yer tutmaktadır. Kodlanmayan küçük RNA sınıfında yer alan miRNA'ların deregülasyonunun veya disfonksiyonunun kanser gelişimine katkısı olduğu birçok çalışmayla gösterilmiştir. Bununla birlikte over kanserinde bir dizi miRNA'nın ekspresyonlarının farklılık gösterdiği bilinmektedir. Kanser araştırmalarında bilinen miRNA'ların ekspresyon paternlerinin hasta ve sağlıklı kişiler arasında karşılaştırılarak incelenmesi hastalıklara özgü biyolojik belirteçlerin bulunması açısından son derece önemli olup, over kanserinin patogenezinde bu moleküllerinin rollerinin de belirlenmesi anlamlıdır. Sunulan tez çalışmasında 150 yüksek riskli over kanserli hasta ile 100 sağlıklı kişiden oluşan control grubunda miR-3653-3p'nin ekspresyon profili araştırılmış ve her iki grup birbiri ile karşılaştırılmıştır. Over kanser hastalarının periferik kanında, miR-3653-3p ekspresyon düzeyinin kontrol gruplarından 9,49 kat fazla olduğu saptanmış ve sonuçların istatistiksel açıdan anlamlı (p=0,00) olduğu gösterilmiştir. Bu sonuçlara ilave olarak, miR-3653-3p'nin over kanseri için periferik kanda non-invaziv olmayan bir biyobelirteç olarak kullanılıp kullanılamayacağı, ROC analizi ile değerlendirilmiş ve söz konusu molekülün istatitiksel olarak anlamlı (p=0,000) bir biyobelirteç olduğu belirlenmiştir.
Over kanseri açısından diskordant olan monozigotik ikizlerde tüm genom düzeyinde transkriptomik farklılıkların araştırılması
Over kanseri, jinekolojik kanser türleri arasında malignite ve mortalite oranı yüksek olan ve en sık görülen ikinci kanserdir. Over kanserinin alt tipleri arasında en yaygın ve agresif nitelik taşıyan epitelyal over kanserinde (EOK) geç tanı ve erken aşamada kemoterapiye direncin gelişmesi bu hastalığın tedavisinin önündeki en büyük engeli oluşturmaktadır. Rutin tedavi protokollerinin ileri evre vakalarda etkili olmaması EOK'da, kişiselleştirilmiş tedavilerin önemini vurgulamaktadır. Over kanserinin %15-25'i kalıtsal nitelik taşımaktadır. Son yıllarda özellikle germline ve somatik BRCA1/2 gen mutasyonuna sahip olan over kanserli hastalarda PARP inhibitörlerinin kullanımı gündeme gelmiştir. BRCA1/2 gen mutasyonları sağlıklı bireylerde kanser riskini arttırmakla beraber tek başına kanserin gelişiminde yeterli olmadığı da bilinmektedir. Doğada neredeyse birbiri ile aynı genotipe sahip iki canlı olan monozigotik (MZ) ikizler dahi yaşam boyu farklı fenotipik özellikler geliştirilebilmektedir. MZ ikizlerdeki fenotipik farklılıklara neden olan bu değişiklikler, kanserin gelişiminde ilave mekanizmaların rol oynadığını ve farklı değişikliklere odaklanmamız gerektiğini düşündürmektedir. Bu bağlamda söz konusu tez çalışmasında yeni nesil dizileme teknolojisi kullanarak genom düzeyinde transkripte olan tüm RNA molekülleri over kanseri açısından diskordant olan monozigotik ikizler ile BRCA1 mutasyon taşıyıcısı olan diğer sağlıklı kardeşin periferik kan ve over dokuları karşılaştırılarak incelenmiştir. BRCA1 mutasyonu taşıyan ancak sadece birinin over kanserine yakalandığı tespit edilen yüksek riskli ailede over kanseri gelişiminin altında yatan genetik farklılıklar tüm genomda transkripte olan moleküller incelenerek araştırılmıştır. Over kanserine sahip MZ ikiz, sağlıklı ikizi ve sağlıklı kardeşin over dokuları ve periferik kan örneklerinden elde edilen 6 örneğe ait total RNA'nın, BGI-Seq500 NGS platformunda RNA-Seq dizileme işlemi ile yapılan transkriptomik analizi sonucunda, dokuda ve kanda sağlıklılara göre ekspresyon değişimi gösteren protein kodlayan genler, lncRNA'lar, öncül miRNA'lar ve füzyon transkriptler tespit edilmiştir. Yapılan analizde filtreleme işlemleri ve ekspresyon değişim katsayıları (log2Fc) over kanseri için bilinen tümör markerları olan CA125 ve CA15-3 ekspresyon verilerine göre belirlenmiştir. Bu analize göre, 3 farklı grupta ekspresyon değişimi gösteren 66 protein kodlayan gen, 25 novel lncRNA, 9 miRNA ve 2 füzyon transkriptin ekspresyon seviyelerinde farklılık gözlenmiş olup bu moleküllerin, epitelyal over kanseri ile ilişkili aday moleküller olduğu düşünülmektedir.
Uveal malign melanomlu hastaların periferik dolaşımında miRNA'ların araştırılması
Uveal malign melanom yetişkinlerde göz içerisinde, görme yeteneğini, yaşam kalitesini ciddi anlamda etkileyen bir malignitedir. Kötü prognozlu olan bu tümör erken aşamalarda metastaz yapma eğilimi olması nedeniyle sağkalım süresini kısaltmaktadır. Bu nedenle bu hastalıkta özellikle periferik kanda gerek tedavi protokollerinin geliştirilmesi ve tedavi takibinin yapılmasında gerekse erken tanıda kullanılabilecek belirteçlere gereksinim olduğu görülmektedir. Ayrıca Uveal malign melanoma ile ilişkili literatürde genetik ve epigenetik araştırmalar son derece kısıtlıdır. MikroRNA'lar yaklaşık 22 nükleotid içeren, protein kodlamayan RNA'ların bir üyesidir. miRNA'lar gen anlatımının baskılanması ve hedef mRNA'ların post-transkripsiyonel aktivitelerinin düzenlenmesinde rol oynamaktadırlar. Bu nedenle kanser gelişiminde önemlidirler. miRNA'lar proliferasyon, farklılaşma ve apoptoz yolakları üzerinden hücrelerin malign transformasyonuna katkıda bulunmaktadırlar. Sunulan çalışmada miR-181b, miR-155, miR-454 olmak üzere 3 farklı miRNA'nın ifade düzeyi 72 uveal malign melanom hastası ve 72 sağlıklı kişiye ait serum örneklerinde Real-Time PCR yöntemleri kullanılarak araştırıldı. Çalışmanın sonucunda miRNA gen ifade düzeylerinin hasta gruplarında sağlıklı kontrollere göre 2 kattan fazla arttığı, istatistiksel açıdan anlamlı (p< 0,05) olduğu görüldü. Her bir miRNA için elde edilen p değerlerinin sırasıyla; miR-181b, p< 0,001; miR-155, p< 0,001 miR-454, p=0,005 olduğu belirlendi. Ayrıca miRNA ifade seviyeleri ile hastaların klinik verileri karşılaştırmalı olarak incelendiğinde; hastaların miR-155 düzeyi ile radyasyon tedavisi arasında bir ilişki olduğu ve bu ilişkinin anlamlı olduğu (p=0,040(p<0,05)), miR-454'ün artan ifade düzeyi ile sırasıyla sigara ve alkol kullanımı arasında bir ilişki olduğu (p=0,009 ve p=0,026 (p<0,05)) saptandı. Elde edilen bulgular, incelenen miRNA'ların kanserli hastalarda onkogenik özellik gösterdiğini ve uveal malign melanoma hastalığının oluşumunu primer ve metastatik evrelerde tetiklediğini düşündürmektedir. miR-181b, miR-155 ve miR-454 uveal melanoma hastalığının diyagnozunda ve prognozunda kullanılmasında potansiyel biyobelirteçler niteliği taşıdığı görülmüştür. Anahtar Kelimeler: Uveal malign melanoma, miR-181b, miR-155, miR-454, Biyobelirteç Bu çalışma, İstanbul Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından desteklenmiştir. Proje No: TDK-2019-35336
miR142-3p'nin ekspresyon düzeyinin over kanserli hastaların periferik dolaşımında araştırılması
Kadınlarda en sık görülen kanserler meme, tiroid, kolorektal, uterus korpus, akciğer ve over kanseri şeklinde sıralanmaktadır. Over kanseri, dünya genelinde yılda 150.000'den fazla ölüme sebep olmaktadır. Bu kanserin, geç evrede kendini göstermesi ve kötü prognoz ile karakterize olan bir hastalık olması vakaların büyük çoğunluğunun ölümle sonuçlanmasına neden olmaktadır. Over kanserinin tanı ve tedavisinde hedef, ölüm sayısının azaltılması ve yaşam kalitesinin artırılmasıdır. mikroRNA'lar hedef genler üzerinde süpresör etki gösteren, 19-24 nükleotit uzunluğunda kodlanmayan RNA'lardır. miRNA'lar, kanser dahil birçok hastalığın patolojisinde rol almaktadır. miRNA'ların tanıda biyobelirteç adayı olması ve tedavide miRNA'yı taklit eden moleküllerin inhibitörler olarak kullanılması onların yeni terapötik hedef ve ajan olarak kullanılabilecek moleküller olduğunu göstermektedir. Grubumuzda daha önceden miRNA ile ilgili yapılan öncül araştırmada over kanserinin tanısı ve takibinde kullanılacak 99 aday miRNA varlığı saptanmıştır. Sunulan tez çalışmasında bu miRNA'lar arasından miR-142-3p'nin ekspresyon düzeyi daha büyük bir over kanser hasta grubu ile kontrol grubunda karşılaştırmalı olarak incelendi. 147 hasta ve 100 sağlıklı kontrol grubunu kapsayan çalışmada miR-142-3p ekspresyon düzeyi Real-Time PCR yöntemi kullanılarak belirlendi. Over kanserli hasta ve sağlıklı kontroller grubunun periferik kan lenfositlerinde saptanan miR-142-3p'nin ekspresyon düzeyleri arasındaki farklılıklar istatistiksel olarak değerlendirildi. Over kanser hastalarında miR-142-3p ekspresyon düzeyinin sağlıklı kontrollere göre 2 kattan fazla arttığı saptandı ve bu farkın istatistiksel olarak anlamlı olduğu görüldü (p=0,00). Bu sonuçlar, over kanser hastalarının periferik kanında sağlıklı kontrollere göre anlamlı derecede yüksek bulunan miR-142-3p'nin over kanserinin erken tanısında hassas, non-invaziv bir biyobelirteç olabileceği düşündürmekle beraber overin benign hastalıklarında da ilgili molekülün araştırılması ve değerlendirilmesi için ileri araştırmalara gereksinim duyulmaktadır.
Kodlanan DNA üzerinde kritik noktada var olan SNP'lerin MRNA kırpılması üzerindeki etkisinin araştırılması
Kanser hastalarında yapılan genetik araştırmalar sonucunda DNA üzerinde gözlemlenen bazı mutasyonların, hücredeki tüm mekanizmalarda anahtar rol oynayan proteinler üzerine nasıl etki ettiği bilinmemektedir. Mutasyonların hücresel fonksiyonları nasıl etkilediğini araştıran çalışmalar sonucunda elde edilen bilgileri toplayan online erişimli bilgi bankaları sayesinde hakkında çalışma yapılmış mutasyonları tanıma ve etkilerini tahmin etme şansımız bulunmaktadır. Etkileri henüz araştırılmamış olan varyantların yol açtığı sonuçları tahmin edebilmek için biyoinformatik analiz programları ile in-siliko değerlendirmeler yapılmaktadır ve bu araçlardan elde edilen sonuçlar, mutasyonların klinik önemlerini belirlemede önem taşımaktadır. Biyoinformatik bilimcilerinin ürettiği bilgisayar programları kullanılarak gerçekleştirilen in siliko analizlere ait çıktılar ancak RNA kırpılma analizleri ile doğrulandıktan sonra kesinleştirilebileceğinden, etkileri henüz tanımlanmamış mutasyonlar ile ilgili araştırmalara ihtiyaç duyulmaktadır. Çalışmamızda, kanser üzerinde etkili genlerde tespit edilmiş ve RNA üzerindeki etkileri bilinmeyen varyantların mRNA'yı nasıl değiştirdiğini ortaya koymak amacı ile 14 varyant incelenmiş ve bunlardan 8 tanesinin RNA üzerine etkisinin olmadığı, 2 tanesinin şüpheli olduğu ve 4 tanesinin (BRCA1 c.5152+5G>A, BRCA1 c.4358-3A>G, APC c.532-1G>A, CHEK2 c.921+2T>A) patojenik olduğu tespit edilmiştir.
Yüksek riskli over kanser hastalarında MİR-27A-3P düzeyinin araştırılması
Kadınların çoğunda yumurtalık kanseri tanısı, erken evrede asemptomatik olması ve yeterli erken teşhis tarama yöntemlerinin bulunmaması sebebiyle ileri evrede koyulmaktadır. Yumurtalık kanserinin erken tanısı, tedavisi ve takibi için hastalığın moleküler patogenezinin açıklanması gerekmektedir. Bu sayede yeni biyolojik belirteçlere gereksinim duyulmaktadır. MikroRNA'lar, posttranskripsiyonel seviyede gen ekspresyonunu düzenleyen küçük kodlayıcı olmayan 18-25 nükleotid uzunluğunda bir RNA molekülü sınıfıdır. Onkogenezde hücre çoğalmasını, hücre farklılaşmasını ve onkogen veya tümör baskılayıcı olarak apoptozu düzenleyerek çok önemli bir işlevi olduğu gösterilmiştir. Yumurtalık tümörü oluşumunda çok sayıda miRNA'nın ilişkili olduğu gösterilmiş ve bu miRNA genlerinin bazılarının tanı, prognoz ve tedavi için ideal hedefler olabileceği gösterilmiştir. Sunulan tez çalışmasında grubumuz tarafından daha önce yumurtalık kanseri açısından önemli olduğu saptanan miRNA'lar arasından seçilen miR-27a-3p'nin ekspresyon düzeyi, yumurtalık kanserli hastalar ile sağlıklı kişilerin periferik kanında araştırıldı. RT-PCR tekniği kullanılarak yapılan ekpresyon analizleri SPSS v21.0 programı kullanılarak istatiksel olarak değerlendirildi. Mann-WhitneyU testi ve ROC analizi sonucunda sağlıklı kontroller ile yumurtalık kanserli hasta grupları arasında çalışılmış olan miRNA'nın belirgin bir farka sebep olduğu saptandı. Yumurtalık kanserli hastalarda kontrol grubuna göre miR-27a-3p ekspresyonunun 1,95 kat arttığı gösterildi ve bu artışın istatistiksel açıdan anlamlı (p<0,05) olduğu hesaplandı. Literatürde, miR-27a-3p'nin yumurtalık kanseri dahil birçok kansere ait tümör dokusunda aşırı eksprese edildiği bildirilmiş olmakla beraber miR-27a-3p seviyesinin yumurtalık kanserli vakaların periferik dolaşımdaki düzeyine ilişkin bir bilgi bulunmamaktadır. Sunulan tez çalışmamız ile ilk kez yumurtalık kanserli vakaların periferik dolaşımda sağlıklı kotrollere göre miR-27a-3p ekspresyon seviyesinin artmış olduğu, söz konusu molekülün biyolojik belirteç olma potansiyeli olduğu belirlenmiştir. Gelecekte yapılacak çalışmalarla miR-27a-3p ekspresyon düzeyinin hastalığın tanısı ve tedavisinin izlenmesinde kullanması ile prognostik öneminin de gösterilebileceği düşünülmektedir.
BRCA1 mutant olan ve olmayan meme kanser hücre hatlarında wısp-1 geninin ekspresyonunun araştırılması
Meme kanseri, kadınlarda en sık görülen malign hastalıktır.Meme kanserinde çeşitli genomik farklılıkların özellikle gen ekspresyon düzeylerinin kötü prognoz ile ilişkili olduğu bilinmektedir. Meme tümörigenezinde önemli rol alan BRCA1 geninin mutasyonu ve buna bağlı WISP-1 geninin aktivasyonu, TP53 geni aracılı apoptozu engellemektedir. Ayrıca WISP-1 genini negatif düzenleyen TGFβ1'in, meme kanserinde terapötik bir hedef olabileceğini düşündürmektedir. CCN protein ailesinden olan WISP-1 (CCN4) geni, genellikle farklı kanserlerde yüksek oranda eksprese edilen bir molekül olup kanserde progresyon, uzak metastaz ve kötü prognoz ile ilişkilidir. Bu etki söz konusu genin onkogen gibi davrandığını göstermektedir, ancak bu genin aynı zamanda bazı doku tiplerinde tümör baskılayıcı gibi davrandığı da bildirilmektedir. Tez çalışmasında çeşitli gen mutasyonları taşıyan farklı meme kanser hücre soylarında MDA-MB-231, MDA-MB-453, MCF-7 ve MDA-MB-436, WISP-1 gen ekspresyon düzeyi değişimi TGFβ1 uygulamasına bağlı olarak gerçek zamanlı kantitatif PZR ile değerlendirildi. MDA-MB-231, MDA-MB-453, ve MCF-7 hücre hatlarında, WISP-1 geninde görülen ekspresyon artışına bağlı olarak kanser oluşumunda onkogen gibi davrandığı gösterildi. MDA-MB-436 hücre soyunda ise WISP-1 ekspresyonu yok denecek kadar azdır yani onkogenik özellik taşımamaktadır. TGFβ1 uygulaması ile ER-pozitif MCF-7 hücre hattında, WISP-1 ekspresyonu 6 kat artmıştır. MCF-7 hücre hattında TGFβ1'in, hücre proliferasyonunu arttırdığı görülmüştür. MDA-MB-453, CDH1 mutant hücre hattında TP53 yolağının düzenli çalışmasına bağlı olarak TGFβ1 uygulaması sonrası WISP-1 geninde meydana gelen azalış TGFβ1'in terapötik bir hedef olabileceğini göstermektedir. WISP-1 geni, meme kanseri hücre hatlarında gen mutasyonlarına bağlı olarak biyolojik belirteç niteliği taşıyabilirken, TGFβ1'de terapötik bir hedef olabileceği gösterilmiştir, ancak daha detaylı ve klinik düzeyde çalışmalara ihtiyaç vardır.
Over kanserlerinde MİR-1260 mikrorna ailesinin araştırılması
Kadınlarda en sık görülen kanserler arasında meme, tiroid ve kolorektal kanser sayılabilir. Jinekolojik kanserler açısından bakıldığında ülkemizde de en sık görülen jinekolojik kanserler, rahim kanseri, over kanseri ve rahim ağzı kanseridir. Bu verilere göre Türkiye'de her yıl ortalama 3800 kişi rahim kanseri, 2790 kişi over kanseri, 1950 kişi rahim ağzı kanseri ve 400 kişinin de diğer genital kanserlerine yakalandığı bildirilmektedir. Amerika Birleşik Devletleri'nde ise yılda ortalama 14.270 kişinin jinekolojik kanserlere yakalandığı bildirilmektedir. Over kanseri tedavisi genellikle kemoterapi ve cerrahiden oluşmaktadır. Genellikle önce cerrahi tedaviyi takiben kemoterapi uygulanmaktadır. Klinikte etkili bir over kanseri tedavisi için öncelikle over kanserinin moleküler patogenezinin açıklanması ve tedavinin takibini kolaylaştıran yeni moleküler biyomarkerler gereklidir. miRNA'ların birçok kanser türü için biyolojik marker olabileceği bildirilmektedir. Over kanserinde miRNA'ların etkinliğine ilişkin grubumuzun yaptığı öncül bir araştırmada over kanserinin etiyolojisinde 99 aday miRNA'nın önemli olduğu belirlenmiştir. Bu tez çalışması kapsamında, bu miRNA'lar arasından miR-1260 mikroRNA ailesine ait 2 miRNA'nın ailesel ve sporadik over kanser hastalarından oluşan daha geniş bir hasta grubunda validasyonlarının yapılması planlanmıştır. Çalışmada 150 ailesel ve sporadik over kanser hastası ile hasta grubu ile yaş, cinsiyet ve etnik olarak eşleştirilmiş 100 sağlıklı kontrol grubunda miR-1260 mikroRNA ailesine ait 2 miRNA'nın ekspresyon düzeyleri incelendi ve over kanseri için biyomarker özelliği taşıyıp taşımadığı araştırıldı. Çalışmada over kanserli hastalara ait ekspresyon sonuçları sağlıklı kontroller ile karşılaştırılarak değerlendirildi. Over kanserli hastalarda miR-1260a ve miR-1260b ekspresyon düzeylerinin kontrol grubuna göre yüksek oranlarda artmış olduğu saptandı. Over kanseri hastalarında miR-1260a ekspresyon düzeyinin sağlıklı kontrol grubuna göre yaklaşık 17 kat arttığı, miR-1260b ekspresyon düzeyinin ise sağlıklı kontrol grubuna göre yaklaşık 33 kat arttığı saptanmıştır. Hem over hem de diğer tip kanserler için de tanı alan hastalarda da kontrol grubuna göre miR-1260a ve miR-1260b ekspresyon düzeylerinin yüksek oranlarda arttığı görülmüştür. Sonuç olarak öncül çalışmasında da over kanseri ile ilişkili ekspresyon artışı saptanan miR-1260a ve miR-1260b mikroRNA'larının bu çalışma sonucunda ekspresyonlarının yüksek olduğu gözlenmiş ve validasyonları sağlanmıştır. 150 hastadan oluşan over kanser grubunda ve 100 hastadan oluşan sağlıklı kontrollerde valide edilen miR-1260a ve miR-1260b miRNA'larının, epitelyal over kanserinin (EOK) tanısında kullanılabilecek girişimsel olmayan yeni biyolojik markerlar olabileceği düşünülmektedir. Ayrıca bu moleküllerin etkileştiği gen ve yolaklar üzerindeki moleküllerin ise gelecekte terapötik birer hedef olarak çalışılması gerektiği düşünülmektedir. Anahtar Kelimeler: Ailesel ve Sporadik Over kanseri, miRNA ifadesi, biyomarker, Bu çalışma, İstanbul Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından desteklenmiştir. Proje No:31188
Ailesel ve sporadik over kanserli hastalarda miR423-5p ve miR664b-5p'nin araştırılması
MikroRNA'lar(miRNA'lar),yaklaşık 22 nükleotid uzunluğunda,endojen, kodlamayan,tek sarmallı RNA molekülleridir.Over kanseri,klinik ve moleküler düzeyde farklı biyolojik davranışları içeren heterojen bir hastalıktır.miRNA'lar overde ekspresyona uğrayarak üremenin düzenlenmesinde,over kanserinin erken teşhisi,prognozu ve kemoterapi duyarlılığında rol oynamaktadır.Çalışmada,önceki çalışmalarımızda over kanseri etiyoloji açısından önemli olduğu saptanan miRNA'lar arasından seçilen,miR-423-5p ile miR-664b-5p adlı 2 miRNA'nın ekspresyon düzeyi ailesel ve sporadik over kanserli hastalar ve sağlıklı kişilerin periferik kanında araştırıldı.RT-PCR tekniği kullanılarak yapılan ekpresyon analizleri SPSS v21.0 programı kullanılarak istatiksel olarak değerlendirildi.Sonuçlara göre;sağlıklı kontroller ile over kanserli hasta grupları arasında her 2 miRNA için de istatistiksel açıdan anlamlı bir fark olduğu saptandı(p=0,000).Over kanserli hastalarda kontrol grubuna göre miR-423-5p ekspresyonunun 2,35 kat,miR-664b-5p'nin ise 2,47 kat arttığı görüldü.Literatürde,over kanseri hariç birçok kanser türünde ve farklı hastalık aşamalarında aşırı eksprese edildiği bildirilmiş miR-423-5p'nin tez çalışmamız ile ilk kez over kanser vakalarına ait periferik dolaşımdaki lenfositlerde artmış olduğu gösterilmiştir.Genelde,over kanserli hasta grubunda miR-664b-5p'nin ifade düzeyinin yükseldiği ancak over kanserli vakalar arasında BRCA mutasyon taşıyıcılarının %60'ında azalmış olduğu saptanmıştır.Her 2 miRNA molekülünün ekspresyonunun over kanser alt grupları arasında over kanseri ile beraber endometriyum kanserini 2.primer olarak taşıyan hastalarda azalması,buna karşılık over kanserine ek olarak meme ve endometriyum hariç,farklı bir ikincil kanser tanısı almış hastalarda da en yüksek düzeyde görülmesi bu 2 molekülün üzerinde ileri araştırılmalar yapılması gerektiğini düşündürmektedir.Her 2 miRNA molekülün ekspresyon artışının over kanseri ile ilişkili olduğu,azalışının da endometriyum kanseri için bir özellik olabileceği düşünülmektedir.Özetle,bu çalışmadaki miRNA moleküllerinin over kanseri için non-invaziv biyolojik belirteç olma potansiyeli olduğu anlaşılmış olup,bu moleküllerin gelecekteki çalışmalarda tümör dokusu üzerinde ve tedavi süresince değişimlerinin gösterilmesi yararlı olacaktır.
Over kanserli hastalarda miR-16-5p, miR-17-5p, miR-638 'in ifade düzeylerinin araştırılması
Over kanseri, kadınlar arasında ölümcül jinekolojik malignitelerden biridir. Over kanserli kadınların % 70'inden fazlası ileri evrelerde tanı alır ve bu vakaların çoğu tedavi edilemez. Hastaların çoğu primer kemoterapiye iyi yanıt vermesine rağmen, tümörler tedaviye dirençli hale gelmektedir. MikroRNA'lar (miRNA'lar) hedef mRNA'larının translasyonal inhibisyonu ve degradasyonu yoluyla posttranskripsiyonel seviyede gen ekspresyonunu düzenleyen 19-25 nükleotid uzunluğunda, protein kodlamayan küçük RNA'lardır. Birçok miRNA'nın onkogenler, tümör baskılayıcılar ve hatta kanser kök hücreleri ve metastaz modülatörleri olarak görev yaptığı belirlenmiştir. Çalışmamızda daha önce ekibimiz tarafından yapılan mikroarray araştırmasından elde edilen bulgulara göre miR-16-5p, miR-17-5p ve miR-638 genlerinin over kanseri ile ilişkili olduğu belirlenmiştir. Söz konusu miRNA'ların validasyonlarının yapılması ve yüksek riskli over kanserli hastaların erken tanısında ve hastalığın prognozunda kullanılabilecek birer biyobelirteç olup olmadıklarının belirlenmesi için 142 over kanserli hasta ile 97 sağlıklı kontrole ait periferik kan örneklerinde miR-16-5p, miR-17-5p ve miR-638 genlerinin ekspresyon düzeylerinin araştırılması amaçlandı. miRNA ekspresyon analizi periferik kan lenfositlerden RNA izolasyonunu takiben incelenen miRNA'lara özgü cDNA sentezi ve Real-Time PCR yöntemleri kullanılarak gerçekleştirildi. Çalışmanın sonucunda miRNA gen ifade düzeylerinin hasta gruplarında sağlıklı kontrollere göre 2 kattan fazla arttığı ve istatistiksel açıdan anlamlı (p< 0,05) olduğu görüldü. Her bir miRNA için elde edilen p değerleri; miR-16-5p, p< 0,001; miR-17-5p, p< 0,001 miR-638, p=0,005 şeklindedir. Ayrıca miRNA ekspresyon seviyelerini hastaların klinik verileri ile karşılaştırdığımızda; hastaların sigara içme durumu ile miR-17-5p'nin artan ifade düzeyi arasında anlamlı bir fark saptandı (p=0,007). Ayrıca miR-638'in artan ekspresyon düzeyi ile lokal ileri hastalığı olan abdominal metastazlı hastalar arasında anlamlı bir fark bulundu (p=0.03). Elde edilen bulgular, incelenen miRNA'ların kanserli hastalarda onkogenik özellik gösterdiğini ve bu yolla lokal ileri evre hastalığı tetiklediğini düşündürmektedir. miR-16-5p, miR-17-5p ve miR-638 moleküllerinin over kanserini saptamak ve prognozunu göstermek açısından potansiyel biyobelirteçler olma olasılıklarının yüksek olduğu düşünülmektedir.