Theses supervised by Prof. Dr. Seçil Akıllı Şimşek
25 theses · Çankırı Karatekin Üniversitesi
Çankırı ilinde kullanılan hayvan yemlerinde fungal flora tespiti üzerine araştırmalar
Çankırı ilinde çiftçilerin kullanmış oldukları büyükbaş hayvan yemleri üzerinde fungal floralarının tespiti amaçlanmıştır. Bu amaç ile bölgemiz çiftçilerinden otuz sekiz adet yem örneği alınmıştır. Toplanan yem örnekleri üzerinde standart nemli hücre (blootter) yöntemi ve agar yöntemiyle fungal flora tespiti yapılmıştır. Yem örnekleri üzerinde yapılan standart nemli hücre yöntemi ile fungal flora tespiti sonucunda tüm yem örneklerinde Rhizopus stolonifer, 16 yem örneğinde Penicillium spp., 3 yem örneğinde Aspergillus spp. ve 1 yem örneğinde ise Fusarium sp. tespit edilmiştir. Agar yöntemiyle yüzey sterilizasyonu gerçekleştirilen ve PDA ortamına alınan otuz sekiz yem örneğinin fungal flora tespitleri sonucunda 20 yem örneğinde bakteriyel gelişmeler, 16 yem örneğinde Rhizopus stolonifer, 3 yem örneğinde Penicillium spp., 2 yem örneğinde Aspergillus spp.,1 yem örneğinde Aspergillus niger ve 1 yem örneğinde ise Alternaria sp. tespit edilmiştir. Çankırı ilinde kullanılan büyükbaş hayvan yemleri üzerinde fungal floralarının tespiti yapılmıştır. Hayvan yemlerinde gelişim gösteren fungusların, yemlerde oluşacak toksin maddeleri ve bu yemleri tüketen hayvanların sağlıkları üzerinde meydana gelebilecek olan olumsuzlukların dikkate alınması gerekmektedir. Bu yemleri tüketen hayvanlarda meydana gelebilecek toksik etkilerin, hayvansal ürünlerle beslenen diğer canlılar ve insan sağlığı üzerinde olumsuz etkilerinin olacağı düşünülmektedir.
Azospermide Iraklı hastalarda y-kromozom genlerinin ve immünolojik belirteçlerin polimorfizmi
Bu çalışmada, Bağdat Valiliği'ndeki Yarmouk Hastanesi, Babel Valiliği'ndeki Babel Hastanesi, AL-Anbar Valiliği'ndeki AL-Safwa Hastanesi ve özel laboratuvarlardaki infertilite laboratuvarlarından yaşları 21-40 arasında değişen 100 erkekten sperm örneği toplanarak yapılmıştır. Toplanan örneklerin, Y kromozomu mikrodelesyonlarının yoğunluğuna bakılmıştır. Kontrol grubu, Azospermi olmayan 50 erkekten oluşmakla beraber diğer 50 erkek, hibridizasyon polimeraz zincir reaksiyonu ile Azospermi ile enfekte edilmiştir. Bu çalışmada immünolojik belirteçler (IL-6 ve IL-1beta) kullanılmış ve Y kromozomu azospermi faktörleri (AZF) mikrodelesyonları ile bir korelasyon olup olmadığına bakılmıştır. Y kromozomunda, AZFc delesyonlarının Y kromozomundaki AZFa ve AZFb mikrodelesyonlarından daha yaygın olduğunu bulunmuştur. Mevcut çalışmada, Interlökin-6 (IL-6) ile Y Kromozomu mikrodelesyonu arasında bir korelasyon söz konusu değilken, Interlökin-1 beta (IL-1Beta) ile Y Kromozomu mikrodelesyonu arasında bir korelasyon vardır.
Ev yapımı ve ticari peynirlerin mikrobiyolojik açıdan incelenmesi
Bu çalışmada Çankırı ilinde geleneksel olarak evde yapılan ve ticari olarak satılan toplamda 34 adet peynirin fungal florası, peynirlerin ezilip dilüsyon yöntemi ile PDA besi ortamına ekimi yapılarak incelenmiştir. Kullanılan peynirlerin 14 adedi ev yapımı, 20 adedi ise ticari olarak satılan peynirlerdir. Ev yapımı peynirlerde en çok gelişim gösteren 2 fungus türü tespit edilmiştir. Bu türler Geotrichum candidum ve Penicillium commune'dir. Bu iki tür dışında az sayıda peynirde Trichoderma sp. ve Rhizopus stolonifer gelişim göstermiştir. Ticari olarak satılan peynirlerin çoğunda fungal gelişim gözlenmemiş olup, bazı peynirlerde ise Cladosporium cladosporiodes, Cladosporium herbarum, Penicillium commune ve Coprinellus aff. radians türleri tespit edilmiştir. Sık tespit edilen bazı fungusların teşhisinde ribosomal DNA'nın ITS (The internal transcribed spacer) bölgesine dayalı tür teşhisi yapılmış, elde edilen DNA dizileri NCBI'a blast edilerek fungus türleri ile karşılaştırılmıştır. Geleneksel ev peynirlerinde daha çok fungal gelişim tespit edilirken, ticari peynirlerde bu oran daha az bulunmuştur. Hem ev yapımı hem de ticari olarak satılan peynirlerde en çok bulunan fungus Penicillium commune olmuştur. Geotrichum candidum, yalnızca ev yapımı peynirlerde tespit edilirken, Cladosporium spp. ve Coprinellus aff. radians ise yalnızca ticari olarak satılan peynirlerde tespit edilmiştir. Ayrıca peynirlerde bakteriyel gelişimler tespit edilmiş ve 2 tür bakteriyel 16S rDNA'ya dayandırılarak tür teşhisi yapılmıştır. Ev yapımı peynirlerde Staphylococcus aureus tespit edilirken, ticari olarak satılan peynirlerde ise Serratia sp. türü bulunmuştur. Bu çalışma ile Çankırı ilinde hem ev yapımı hem de ticari peynirlerde farklı yollarla meydana gelmiş olabileceği düşünülen kontaminasyon nedeni funguslar ve bakteri gelişimi tespit edilmiştir.
Hepatı̇t C vı̇rüsü ı̇le enfekte hastalarda ı̇nterferon gen polı̇morfı̇zmlerı̇nı̇n araştırılması
Bazı sitokin genlerindeki genetik varyantlar, bir kişinin hepatit C virüsü (HCV) ile enfekte olduğu süreyi, klinik sonucu, HCV replikasyon oranını ve karaciğer hasarının şiddetini etkileme potansiyeline sahiptir. Vaka-kontrol çalışmasına Al-Muthanna Valiliği'ndeki Al-Hussein Eğitim Hastanesi'nden hepatit C virüsü ile enfekte olan 50 hasta dahil edilmiştir. Çalışmada hastalık grubu ile aynı yaş ve cinsiyette 50 gönüllüden oluşan bir kontrol grubu da bulunmsktsdır. IFN- γ gen polimorfizminin (+874) genotipini belirlemek için özel bir dizi primer polimeraz zincir reaksiyonu (SSP-PCR) kullanılmıştır. Her katılımcının plazmasındaki IFN-γ seviyesini belirlemek ve katılımcıların karaciğer fonksiyonlarını değerlendirmek için üreticinin talimatlarına uygun olarak ELISA ve tam otomatik biyokimyasal ekipman kullanılmıştır. Hepatit C virüsü taşıyan hastaların serum karaciğer enzimleri ve bilirubin düzeylerinin yanı sıra IFN- γ düzeylerinde sağlıklı kontrollere kıyasla istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulunurken, yaş ve cinsiyet dağılımı açısından iki grup arasında anlamlı bir fark bulunmamıştır. Bu çalışmada ayrıca, IFN- γ+874 polimorfizmlerinin A aleline ek olarak TA/AT genotipinin hastalardaki diğer genotiplere kıyasla sağlıklı kişilerde olduğundan daha yüksek prevalansa sahip olduğu bulunmuştur. Öte yandan, en yüksek interferon-gamma konsantrasyonu TT genotipi ve T aleli taşıyan hastalarda görülmüştür. Sonuçlarımız, IFN- γ+874 polimorfizmlerinin TA/AT genotipi ve T alelinin hepatit C enfeksiyonu ve patogenezi ile açık bir ilişkisi olduğunu düşündürmektedir. Ayrıca, TT genotipi ve T aleline sahip hastaların IFN- serum seviyelerinin diğer genotipe sahip olanlardan daha yüksek olduğu tespit edilmiştir.
Covıd-19 hastalarında IL-6 geninin ekspresinde vitamin D'nin rolü
COVID-19 milyonlarca insanın ölümüne neden bir salgınıdır. İlk olarak Aralık 2019'da Çin'in Hubei eyaletine bağlı Wuhan şehrinde bildirilen SARS-CoV-2/COVID-19 pandemisi önemli bir küresel sağlık sorunu haline gelmiştir. Bu çalışma, COVID-19 hastalarında IL-6 geninin ekspresyonunda D vitamininin rolünü belirlemek için yapılmıştır. Bu doğrultuda COVID-19 hastalarında D vitaminin, IL-6 mRNA seviyesinin tahmini ve D vitamini ve IL-6 arasındaki ilişkinin belirlenmesi amaçlanmıştır. 12 Mart - 15 Nisan 2021 tarihleri arasında Muthanna Valiliği'ndeki karantina hastanelerinden 100 örnek COVID-19 hastalarından ve 100 klinik örneği sağlıklı, enfekte olmayan kişilerden olmak üzere toplamda 200 örneği alınmıştır. Örneklerde IL-6 geninin transkript seviyesini saptamak için gerçek zamanlı PCR kullanılmıştır. PCR karışımındaki IL-6 geni için diziye özgü primerler ile SYBR Green I real-time PCR saptama yöntemi ile belirlenmiştir. 25 (OH)'nin kantitatif tayini için ELISA kiti kullanılmış ve test edilmiştir. İnsan plazma ve serum örnekleri. 25 (OH) vitamin D3'ün IL-6 gen ekspresyonu üzerindeki etkisi incelenmiştir. D3 vitamini ölçümünün sonuçlarında, ciddi semptomları olan hastalarda D3 vitamini eksikliği tespit edilmiştir. Ayrıca, kontrol grubundaki hastalar ile kritik, şiddetli ve akut COVID-19 hastalarının her biri arasında IL-6 geninin ekspresyonunda oldukça önemli farklılıklar bulunmuştur. Bunlara ek olarak, IL-6 ile D vitamini düzeyleri arasında yakın bir ilişki tespit edilmiştir.
İdrar yolu enfeksiyonu (İYE) olan hastalardan ve ortamdan izole edilen çoklu ilaçlara dirençli E. coli arasında bazı virülans ve ilaca dirençli genlerin moleküler tespiti
Bu çalışma, çoklu ilaca dirençli (ÇİD) Escherichia coli'nin üriner sistem enfeksiyonu olan hastalarda yayılımını ve çevre örneklerinde etmeni belirlemek amacıyla yapılmıştır. ÇİD E. coli'nin genetik çeşitliliği, bazı antibiyotik direnç genlerinin ve virülans faktörlerinin izolatlar arasındaki dağılımında araştırılmıştır. Toplanan 653 idrar örneğinden 52'sında çoklu ilaca dirençli E. coli saptanmıştır. 26 antibiyotik diski kullanılarak yapılan antibiyotik duyarlılık testine göre su örnekleri arasında 9 MDR-E coli tespit edilmiştir. Tüm izolatlar, seçilen virülans genlerinin ve bazı antibiyotik direnç genlerinin saptanması için bir polimeraz zincir reaksiyonuna (PCR) tabi tutulmuştur. Mutasyonları tespit etmek için seçilen izolatlaraın DNA dizilimi yapılmıştır. Adezyon (FimH ve PapG), kapsül (KpsmII) ve toksinler (HlyA ve Cnf1) gibi virülans faktörlerini kodlayan genleri ve antibiyotik direncinden sorumlu genişletilmiş spektrumlu beta-laktamazları (ESPL'ler) (blaOXA, blaTEM, blaCTX-M, blaSHV) saptamak için PCR uygulanmıştır. Beş fimH ve blaOXA PCR ürünü, Sanger dideoksi dizileme yöntemleriyle dizilenmiştir. Bununla birlikte, sonuçlarımız, izole E. coli arasındaki yaygın ilaç direnci (XDR) ve pan ilaç direnci (PDR) ile karşılaştırıldığında, E coli izolatlarının büyük çoğunluğunun çoklu ilaca dirençli E. coli olarak kabul edildiğini göstermektedir. FimH geni (%100) diğer virülans genleri arasında en yüksek prevalansa sahipken, Cnf1 (%26.9) en düşük prevalansa sahip olmuştur. BlaTEM kodlayan gen (%67,3), blaSHV kodlayan gen (%21,1) ile karşılaştırıldığında en yaygın olanı olmuştur. DNA sıralamasının sonuçları, NCBI GenBank'ta kayıt edilmiştir.
Kadınlarda candida türleri enfeksiyonlarına duyarlılığın belirlenmesi için moleküler ve biyokimyasal çalışmalar
Son yirmi yılda, Candida türlerinin prevalansı artmış ve hastanelerdeki üçüncü veya dördüncü en sık görülen enfeksiyon kaynağı haline gelmiştir. Günümüzde Candida albicans'tan sonra enfeksiyon nedeni en yaygın Candida glabrata'dır. Bu tür Candida enfeksiyonlarının yaklaşık %26,7'sinden sorumludur. Bu çalışmada, Kasım 2020 ile Eylül 2021 tarihleri arasında Kerkük Kadın Hastalıkları Hastanesi jinekoloji kliniğinde Vulvovajinit tanısı konan farklı yaş gruplarından 170 kadından alınan yüksek vajinal sürüntü örnekleri toplanmıştır. Mikroskobik incelemede örneklerin %70 (119/170)'i Candida türü olarak ayrılmıştır. Elde edilen Candida tür lerinin Sabouraud agar ve CHROM Candida agarda sadece % 45,3 (77/170)'i gelişmiştir. En yaygın Candida albicans 49 (%28,8) tespit edilirken, Candida glabrata ve Candida tropicalis 6 (%3,5) tespit edilmiştir. Yaş gruplarına göre, 21-30 yaş arası kadınlarda vajinal kandidiyaz görülme oranı %22,35 ile en yüksektir. Hamile kadınlarla hamile olmayanlar kıyaslandığında hamile kadınların enfeksiyon oranı %75 daha yüksektir. Kontrol grubu ile karşılaştırıldığında, kandaki D vitamini ve çinko düzeyleri vajinal kandidiyaz olanlarda düşüktür. İzolatlarda Biyofilm oluşumu C. albicans'ın %24,4'ünde, C.glabrata'nın %66,7'sindedir. NAC gruplarının %35'inde görülmüştür. Candida türleri arasında test edilen antifungallere karşı yüksek oranda direnç olduğunu ortaya koymuş olup izolatların 34'ü (%48,5) Flukonazole, 30'u (%42,8) Ketokonazole, 29'u (%41,4) Klotrimazole, 22'si (%31) İtrakonazole ve 16'sı (%22,9) Nistatine dirençli bulunmuştur. Bu çalışmada, Candida glabrata izolatlarının %100' ünün EPa7 genlerinin varlığını ortaya koyduğu tespit edilmiştir. EPa1 geni, izolatların %80' inde bulunurken, EPa3, EPa6 ve EPa22 genleri izolatların %40' ında bulunmuştur.
İnfertil hastalarda vitamin D reseptör geninin moleküler korelasyonu
Son in vivo bulgular, D vitamininin erkek üreme kapasitesi üzerinde avantajlı etkiler sağlayabileceği fikrini doğrulamıştır. Bu araştırmanın temel amacı, kısırlık yaşayan bir erkekte cinsel hormonların (özellikle testosteron, folikül uyarıcı hormon ve luteinize edici hormon) konsantrasyonlarının yanı sıra D vitamini seviyelerinin belirlenmesidir. Ayrıca, aynı kısır erkek denekte BsmI gen polimorfizminin varlığının incelenmesi ve teşhis edilmesi amaçlanmıştır. Çalışmaya, Nisan-Mayıs 2022 arasındaki dönemde Babylon Doğum Hastanesine kabul edilen 125 kişi dahil edilmiştir. Bu araştırmaya katılan bireyler; Kontrol grubu (50 kişi) ve Hasta grubu (75 kişi) olarak iki gruba bölünmüştür. Sonuçlar, kontrol grubuyla karşılaştırıldığında hasta grupta testosteron düzeylerinde önemli bir düşüş (P<0.05) tespit edilmiştir. İnfertil grubun FSH ve LH konsantrasyonu, kontrol grubuna kıyasla anlamlı derecede yüksektir (P<0.05). Kontrol grubu ile karşılaştırıldığında infertil hastalarda serum D3 vitamini konsantrasyonu istatistiksel olarak anlamlı bir düşüş göstermektedir (P<0.05). BsmI kısıtlama enzimi genotipinin popülasyon içindeki dağılımına baktığımızda, çalışmaya katılan toplam 75 hasta kişiden, 45 kişide (%62,9) AA homozigotluğu, 24 kişide (%31,4) AG heterozigotluğu, 6 kişide (%5,7) GG yabani tip genotiplemesi tespit edilmiştir. 50 kişiden oluşan kontrol grubunda 5 kişinin (%10) AA genotipine, 35 kişinin (%70) GG genotipine ve 10 kişinin (%20) AG genotipine sahip olduğu belirlenmiştir. Sunulan veriler sigara içme ile kısırlık arasında önemli bir ilişki olduğunu destekleyen kanıtlar sunmaktadır.
Pulmoner enfeksiyondan izole edilen pseudomonas aerugınosa'nın çoklu ilaç direncinde virülans genlerinin varyasyonu
Pseudomonas aeruginosa, antibiyotiklere karşı çok dirençli olması nedeniyle tedavisinde genellikle birden fazla antibiyotik kullanılmaktadır. Doğada çok yaygın olan bu tür, nemli ortamlarda bol miktarda bulunur. Hasarlı deride enfeksiyon (yanıklar), idrar yolu enfeksiyonları (kateterler), damar içi enfeksiyonlar (enjeksiyonlar), menenjit (lomber ponksiyon), solunum yolu enfeksiyonları (kistik fibrozis patojenleri), ektima gangrenozum (deri nekrozu), yüzücülerde otitis eksterna gibi çeşitli durumlarda patojen olabilirler. Bu çalışma kapsamında, solunum yolu enfeksiyonu olan 150 (%40 erkek ve %60 kadın) hastadan örnek alınmıştır. Bu örnekler MacConkey agar ve Cetrimide agar gibi farklı kültür ortamlarında geliştirilerek biyokimyasal testlere tabi tutulmuşturr. Tanımlamadan sonra, P. aeruginosa izolatları daha sonra kullanılmak üzere -20°C'de %20 gliserol ile desteklenmiş LB broth içinde saklanmıştır. Elde edilen sonuçlar, hastalardan izole edilen tüm örneklerin agar besiyeri ve manitol tuzlu agar gibi optimal kültür ortamlarında bakteri üremesi açısından pozitif olduğunu göstermiştir. Ayrıca, örneklerin 35'inde (%23,3) pozitif bakteri üremesi tespit edilmiştir. Ayrıca, PCR ürünleri jel elektroforezinde beklenen boyuttaki bakteriyel CTXM (676bp), GES (692bp), OXA (928bp), TEM (766bp) ve SHV (827bp) geninin spesifik amplifikasyonuyla doğrulanmıştır. Bunlara ek olarak, Pseudomonas aeruginosa'nın farklı antibiyotiklere karşı direnç gösterdiği belirlenmiştir. En yüksek direnci Seftazidim'e, en düşük direnci ise Siprofloksasin'e karşı tespit edilmiştir. Elde edilen sonuçlar, Pseudomonas aeruginosa ‗ nin birçok antibiyotiğe dirençli olduğu sonucunu ortaya koymuştur.
Klinik örneklerden izole edilen Acınetobacter Baumannıı'de bıyofilm oluşumunun genotip ve fenotip korelasyonu
Acinetobacter baumannii, çeşitli insan hastalıklarından sorumlu olan önemli bir nozokomiyal patojendir. Son zamanlarda, A.baumannii'deki antibiyotik direncinin katlanarak artması, halk sağlığı alanında önemli bir endişe kaynağı olarak ortaya çıkmıştır. Biyofilm oluşturma kapasitesi, Acinetobacter'in hastane ortamında hayatta kalmasını ve bulaşmasını kolaylaştırmada önemli bir rol oynamaktadır. Bu çalışma, Acinetobacter baumani'yi izole etmek ve teşhis etmek amacıyla Kasım 2021 ile Mayıs 2022 tarihleri arasında Babil / Irak'taki çeşitli hastanelere başvuran, farklı cinsiyet ve yaştaki hastalardan farklı klinik bölgelerden (idrar, kulak iltihabı, boğaz sürüntüsü, kan, cilt lezyonu) 200 örnek alınarak gerçekleştirilmiştir. Bakteriyel izolatların izolasyonu ve tanımlanması MacConkey agar kullanılarak yapılmış ve antibiyotik direnç paterni ve konformasyonel tanımlamaya ek olarak biyokimyasal testler otomatik VITEK-2 sistemi cihazları kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Bakteri izolatlarının biyofilm oluşturma kapasitesi mikrotitre plak yöntemi kullanılarak belirlenmiş; ayrıca biyofilmle ilişkili genler geleneksel polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) kullanılarak tespit edilmiştir. 200 klinik örnekten sadece 59'unda A. baumannii için pozitif üreme kültürü elde edilmiştir. Yaşa göre, hastaların minimum yaşı 9 iken maksimum yaşı 78'dir ve yaş ortalaması 35,69±18,05'tir. Kadınların sıklığı 31 (%52,54) olup, erkeklerin sıklığından 28 (%47,46) daha yüksektir. A.baumannii izolatları için pozitif 59 örnek arasında, kulak irini örnekleri 19 (%32,20) ile en yüksek sayıya sahipken, bunu sırasıyla 14 kan örneği(%23,78), 10 idrar örneği(%16,95) ve 9 deri lezyonu örneği(%15,25) izlemiş, boğaz sürüntü örnekleri ise 7 numuneyle(%11,86) en düşük sayıya sahip olmuştur. Tüm A.baumannii izolat kolonileri orta büyüklükte, mukoid olmayan, pigmentsiz ve MacConkey agarda geç laktoz fermantasyonuna sahiptir. Toplam 59 izolattan; 26'sı (%44,1)güçlü, 17'si orta (%28,8) ve 10'u (%16,9) zayıfolmak üzere 53'ü biyofilm üretme yeteneğine sahiptir. Sadece 6 (%10,2) izolat biyofilm üretimi ile ilişkili değildir. Bakteri izolatları arasında cruF geninin sıklığı %76,3 ile en yüksek seviyeye sahipken bunu sırasıyla (%69,5) bap bla PER-1 geni ve (%62,7) bap geni takip etmiştir, OmpA geninin sıklığı ise %44,1 olmuştur. En yüksek antibiyotik direnci trimetoprim-sülfametoksazole (%57,6) karşı iken, bunu gentamisin ve imipenem (%55,9), seftazidim (%52,5), amikasin (%50,8), streptomisin (%47.5), tigesiklin (%44,1), sefepim (%39), karbenisilin (%37,3) ve piperasilin (%25,4) takip etmiştir.
İdrar yolu enfeksiyonu hastalarında bazı immünolojik değişkenler ile üropatojenik escherıchıa colı virülans genleri, biyofilm oluşumu ve antibiyotik direnci arasındaki ilişki
İdrar yolu enfeksiyonu, genellikle üriner sistemin çeşitli bölgelerini etkileyen bakteriyel bir hastalıktır. İdrar yolu enfeksiyonlarından çok çeşitli türler sorumlu olup, Escherichiacoli komplike olmayan idrar yolu enfeksiyonu vakalarının başlıca nedenidir. Bu çalışmada,Irak-Salah Al-Din Genel Hastanesi Üroloji Ünitesindeki ürologlar tarafından idrar yolu enfeksiyonu tanısı konulan 200 hastadan (79 erkek ve 121 kadın)alınan sabah orta akım idrar ve venöz kan örnekleri incelenmiştir. Ayrıca, kontrol olarak kullanmak amacıyla 84 sağlıklı bireyden(29 erkek ve 55 kadın) sabah orta akım idrarı ve venöz kan örnekleri alınmıştır. Hastaların ve kontrol grubunun yaş ortalaması sırasıyla 42,82±6,22 ve 40,65±8,5 yıldır. Kontrol ve hasta gruplarına göre kadınların sayısı sırasıyla 55 (%65,5) ve 121 (%60,5) olup, bu sayı erkeklerin sayısından sırasıyla 29 (%34,50) ve 79 (%39,5) daha yüksektir. 200 idrar örneği arasında en yüksek yüzde 157 (%78,5) E. coli izolatlarında tespit edilmiştir. 157 E. coli izolatından yalnızca 122'si biyofilm oluşturmuştur; İzolatların 42'si (%26,75) kuvvetli, 48'i (%30,57) orta, 32'si (%20,38) zayıf, 35'i (%22,29) biyofilm oluşturmadı. İzolatların 92'sinde papC geni pozitif, 90 izolatta fimH pozitif, 57 izolatta sfa geni pozitif ve 70 izolatta cnf1 geni pozitifti.. Sonuç olarak, UPEC biyofilm oluşumu ve antibiyotik direnci gibi yüksek virülans sıklıkları nedeniyle İYE'lere neden olan en yaygın patojenlerdir. papC, fimH, sfa ve cnf1 genleri UPEC'in patojenitesinde önemli bir rol oynamakta ve IL-8 ve IL-17A gibi pro-enflamatuar sitokinlerin yüksek seviyelerde uyarılmasına neden olmaktadır.
Irak'ın güney bölgelerindeki hastalarda çoklu ilaca dirençli bakterilerin neden olduğu idrar yolu enfeksiyonları ile TLR4 gen polimorfizmi arasındaki ilişki
ÇalıĢmamızda, fonksiyonel gen polimorfizmleri (TLR4 rs7873784 ve TLR4- rs11536889) ile idrar yolu enfeksiyonlarında (ĠYE) çoklu ilaca dirençli (ÇĠD) bakteri geliĢtirme duyarlılığı arasındaki iliĢkinin değerlendirilmesi amaçlanmıĢtır. Bu amaç doğrultusunda, Temmuz 2022 ile Ocak 2023 tarihleri arasında Irak'ın güneyindeki Thi Qar vilayetinde bulunan Al-Rifai Genel Hastanesi'nden yaĢları 10 ile 75 arasında değiĢen kadın ve erkeklerden toplam 350 idrar örneği toplanmıĢtır. Toplanan 150 (%42,9) örnek bakteri üreme kültürü için pozitif sonuç gösterirken, 200 (%57,1) örnek bakteri üreme kültürü için negatif sonuç göstermiĢtir. Ġdrar yolu enfeksiyonlarında çoklu ilaca dirençli bakterilerden muzdarip hastaların cinsiyetinin frekans dağılımında kadınlar (%67) erkeklerden (%33) daha yüksek değerlere sahip olmuĢtur. ĠYE'ye neden olan ÇĠD bakteriyel patojenleri; 44(%44) Escherichia coli, 33(%33) Staphylococcus aureus, 10(%10) Klebsiella pneumoniae ve 13(%13) Proteus mirabilis olarak sıralanmıĢtır. Ayrıca, BlaCTX-M geni E. coli'de 36 (%81,8), K. pneumonia'da 10 (%100,0) ve P. mirabilis'te 4 (%30,8), BlaSHV geni E. coli'de 13 (%29,5), K. pneumonia'da 10 (%100,0) ve P. mirabilis'te 13 (%100,0), BlaAMPC geni E. coli'de 40 (%90,9), K. pneumonia'da 10 (%100,0) ve P. mirabilis'te 4 (%30,8), BlaTEM geni tüm gram-negatif bakteri izolatlarında ve son olarak mecA, ermA ve ermC genleri S.aureus izolatlarının tamamında 33 (%100,0) görülmüĢtür. Ġdrar yolu enfeksiyonu olan hastalar ve sağlıklı kontroller arasında TLR4-rs7873784 SNP ve TLR4-rs11536889 SNP genotipleri ve alellerinin karĢılaĢtırılmasında, homozigot CC ve heterozigot GC genotiplerinin önemli risk faktörleri olduğu tespit edilmiĢtir. Bu veriler, homozigot CC ve GC genotiplerine sahip hastalarda diğer genotiplere kıyasla hastalık geliĢme olasılığının daha yüksek oluğunu göstermiĢtir.
Irak'ın Thi-Qar eyaletindeki hastalardan izole edilen escherichia coli'de shigatoxin geninin moleküler tespiti
Escherichia coli, hem avantajlı hem de dezavantajlı olabilen bir üne sahip bir bakteridir. Bazı türleri bağırsak sağlığını korumak için çok önemliyken, diğerleri ciddi hastalıklara neden olma potansiyeline sahiptir. Patojenik Escherichia coli'nin endişe verici bir özelliği, antibiyotiklere karşı artan dirençleri ve biyofilm oluşturma konusundaki güçlü eğilimleridir. Escherichia coli bakterileri sık kullanılan antibiyotiklere karşı giderek artan bir direnç göstermektedir. Bu sorunun ana nedeni esasen hem insanlarda hem de hayvanlarda aşırı ve yanlış antibiyotik kullanımıdır. Escherichia coli, toplanma ve biyofilm olarak bilinen yapışkan, mukoza benzeri kaplamalar oluşturma yeteneğine sahiptir. Biyofilmler, mikropları yok etmek için antibiyotiklerin ve bağışıklık sisteminin erişimini engelleyen kaleler olarak hizmet eder. Biyofilmler antibiyotik direnci sorununu daha da kötüleştirir. Bir biyofilmin kompakt yapısı, antibiyotiklere dirençli bakterilerin hayatta kalması için elverişli bir ortam sağlayarak onları bu ilaçların etkisinden korur. Escherichia coli bakterisinin bazı türleri tarafından sentezlenen Shiga toksini, gıda kaynaklı hastalıklar alanında çok güçlü bir antagonisttir. Shiga toksin ailesi iki ana varyanttan oluşmaktadır: Stx1 ve Stx2, her ikisi de insan vücuduna önemli ölçüde zarar verme potansiyeline sahiptir. Shiga toksini üreten Escherichia coli olarak bilinen spesifik varyantlar, O157 gibi bu zararlı toksinleri üretebilir. H7, hastalığa neden olma eğilimi ile iyi bilinmektedir. Bazı Escherichia coli suşları, hastalığa neden olmaya yardımcı olan zararlı virülans faktörleri, proteinler ve yapılar koleksiyonuna sahiptir. Bunlar arasında hareket için kullanılan kıl benzeri yapılar olan flagella üreten, bağışıklık sisteminden kaçan ve biyofilm oluşumuna katkıda bulunan flic genleri yer almaktadır. Biyofilmler tedaviye karşı direnci artırabilir. HlyA geni, kırmızı kan hücrelerini parçalama yeteneğine sahip olan hemolizin A olarak bilinen bir toksinin üretilmesinden sorumludur. Bu süreç, bir enfeksiyon oluştuğunda doku hasarına ve iltihaplanmaya yol açar. Ek olarak, konağın immünolojik tepkisini bozma potansiyeline sahiptir. Dahası, rfb-o157 genleri, dış zarın bir bileşenini oluşturan ve konakçı bağışıklık sistemiyle etkileşim de dahil olmak üzere birçok role hizmet eden farklı bir lipopolisakkarit formunun sentezlenmesinden sorumludur. Bu çalışmada, Nasiriye Eğitim Hastanesi'nde ishal ve idrar yolu enfeksiyonu olan hastalardan 250 klinik örnek, tek kullanımlık steril idrar ve dışkı kapları kullanılarak toplanmıştır. Tüm örnekler zengin besiyerinde (Kanlı ii agar) üretilmiş, daha sonra sadece Gram-negatif bakterileri üretmek için diferansiyel ve seçici besiyerinde (MacConkey agar) kültürlenmiş ve ardından tüm Gram-negatif pozitif kültürler, sadece E. coli izolatlarını izole etmek için bir dizi biyokimyasal test kullanılarak değerlendirilmiştir. Tanımlamanın doğrulanması ve antibiyotik direnç profilinin incelenmesinin ardından otomatik VITEK Kompakt-2 sistemi kullanılmıştır. E. coli O157:H7 izolatını diğer E. coli izolatlarından ayırmak için tüm izolatlar diferansiyel besiyerinde (Sorbitol agar) kültüre alınmıştır. Saccharomyces bulradii sabouraud dekstroz üzerinde büyütülmüş ve daha sonra E. coli genlerinin ekspresyonu üzerindeki etkilerini değerlendirmek amacıyla bakteriyel besiyerine eklenmiştir. Bakterilerin biyofilm oluşturma kapasitesi mikrotiter plaka yöntemleri kullanılarak belirlenmiştir. Tüm virülans genleri geleneksel bir polimeraz zincir reaksiyonu kullanılarak tespit edilmiş ve daha sonra jel elektroforezi ile tespit edilmiştir. Shiga toksinleri genlerinin ekspresyonu, niceliksel bir gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu kullanılarak tahmin edilmiştir. E. coli filogenisi, 16S rRNA çıkarıldıktan sonra analiz edilmiştir. En yüksek E. coli O157:H7 ile enfekte hasta sayısı 6 (%46,20) 21-30 yaş grubuyla ilişkilendirilirken, (11-20 ve 41-50 yaş gruplarında daha düşük enfeksiyonlu hastalar tespit edilmiştir. O157:H7 olmayan hastaların aksine, en yüksek sayı 11-20 yaş grubunda 11 (%91,7) iken, <=10 ve 31-40 yaş grupları daha düşüktür. E. coli H7 ile enfekte ve enfekte olmayan hastalarda kadın sayısı sırasıyla 15 (%40,5) ve 22 (%59,5), erkeklerde ise 5 (%25) ve 15 (%75) olaeak tespit edilmiştir. 250 idrar ve dışkı örneğinden yalnızca 29'unda (%50,88) idrar ve 28'inde (%49,12) E. coli pozitifliği saptanmış ve 37'sinde (%64,90) sorbitol fermente edilmiş, 20'sinde (%35,10) ise sorbitol fermente edilmemiştir. Hemoliz yeteneğine göre, 19 (%33,30) ve 11 (%19,30) örnek hemoliz yeteneğinin alfa ve beta modellerine sahipken, 27 örnek (%47,40) hemoliz yeteneğinin gama modeline sahiptir. STX1, STX2, rfo157 ve hylA gen frekansları 19'unda (%33,30) pozitif, 38'inde (%66,70) negatiftir. fliC geni 37'sinde (%64,90) pozitif ve 20'sinde (%35,10) negatif iken, izolatların çoğunluğu, 48'i (%54,21), biyofilm oluşturma yeteneğine sahiptir ve 11'i (%19,30) zayıf, 16'sı (%28,07) güçlü ve 21'i (%36,84) orta derecede olarak sınıflandırılmıştır. En yüksek direnç seviyesi amikasine karşı iken, en düşük direnç seviyeleri piprasilin, tazobaktam ve tobramisine karşıdır. STX1 gen ifadesinin kat değişimi Saccharomyces bulradii eklendikten sonra daha düşüktür (3.96) ve STX2 gen ifadesinde Saccharomyces bulradii eklendikten sonra iki kat daha düşük bir değişim (0.11) belirlenmiştir. Filogeniye göre, tüm E. coli 16S rRNA dizilerimiz tamamen aynıdır (%100). NCBI referanslarıyla karşılaştırıldığında ise %99,63 ile %100 arasında değişen yüksek bir özdeş dizi oranı tespit edilmiştir. Sonuç olarak, E. coli yüksek düzeyde virülans ve antibiyotik direnci göstermiştir; ancak Saccharomyces bulradii, Shiga-toksin gen ekspresyonunu etkilemede önemli bir role sahiptir ve bu maya farklı kronik ve akut E. coli enfeksiyon hastalıklarına dahil edilebilir.
Periodontitis vakalarından izole edilen karanfil zerdeçal özleri ve bunların kombinasyonunun streptococcus mutans ve candida albicans'a karşı antimikrobiyal aktivitesinin değerlendirilmesi
Bu çalıĢma Osol Al-Deen Üniversitesi Eğitim DiĢ Hastanesin'de yürütülmüĢtür. ÇalıĢmaya periodontitis Ģikâyeti ile baĢvuru yapan 100 hasta katılmıĢtır. ÇalıĢmaya katılmadan önce hastalara çalıĢma hakkında bilgi verilmiĢ ve sözlü onayları alınmıĢtır. Hastalardan örnekler hastane ortamında alınmıĢ ve zenginleĢtirilmiĢ besiyeri olarak kanlı agara ekilmiĢtir. Laboratuvarda Candida albicans için seçici olan HiChrom besiyerine ve Streptococcus mutans için seçici olan mitis salivarius agar besiyerine alt kültürleme yapılmıĢtır. C. albicans ve S. mutans'ın tanımlaması için PCR tekniği uygulanmıĢtır. Bu iĢlemler sonucunda alınan 100 örnekten 52'si C. albicans izolatı ve 39'u ise S. mutans izolatı olarak tanımlanmıĢtır. Ayrıca, tanımlama iĢlemlerinde yeni bir suĢ keĢfedilmiĢ ve NCBI Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi'ne kaydedilmiĢtir. Karanfil ve zerdeçal için ham sulu bitki ekstraktı izolatlar üzerinde antimikrobiyal etkisinin tespit edilebilmesi için test edilmiĢtir. Ekstraktlar 5 konsantrasyonda (%20, %40, %60, %80, %100) seyreltilmiĢtir. S. mutans için kloroheksidin ve C. albicans için nistatin olan pozitif kontrole yakın olan en iyi konsantrasyonu bulmak için tekrar test edilmiĢtir. Elde edilen sonuçlar bazı izolatların ham bitki ekstraktına karĢı direnç bazılarının ise hassasiyet gösterdiğini ortaya çıkarmıĢtır
Propolis ektresinin Candida albicans üzerine antifungal etkisi
Propolisin eski yıllardan beri geleneksel tıpta çeşitli hastalıkların tedavisinde kullanılan biyolojik antifungal aktivitelere sahip olduğu çok bilimsel çalışmalar ile gösterilmiş üründür. Çalışmamızda %20 lik etanol içeren Propolisten hazırlanan 7 farklı dozun idrar yolu enfeksiyonuna neden olan 21 Candida albicans izolatına karşı antifungal etkisi disk difüzyon yöntemi ile denenmiştir. Antifungal kontrole göre daha düşük etki gösterdiği görülmüştür. 21 C.albicans izolatının 6'sında inhibasyon zonu görülmüştür. Oysa kullanılan antifungal kontrol ise tüm izolatlarda inhibasyon zonu oluşturmuştur. Bu antifungal kontrole göre düşük etki oranının izolatların virülensliğine ve propolisin toplandığı yörenin bitki örtüsüne göre konsantrasyon oranının farklı olabileceği için daha detaylı çalışma yapılması kanısına varılmıştır
T2DM bireylerde iflamatuar belirteçlerin değerlendirilmesi
Diabetes mellitus, insülin salgılanmasındaki mutlak veya göreceli yetersizlikler ve / veya bunun kronik hiperglisemi ile bağlantılı etkisi ve çeşitli metabolizmanın bozulması ve enflamasyona yol açmasıyla tanımlanmaktadır. Bu çalışmanın amacı, tip 2 diyabetli bireylerde (n = 20) gen modülasyonunu ve serum enflamatuar belirteçlerindeki değişiklikleri; yaş-cinsiyet uyumlu sağlıklı kontrol (n = 20) ile karşılaştırarak değerlendirmektir. Mevcut kesitsel bu çalışmada; açlık kanı, glikoz seviyeleri ve enflamatuar belirteçler, yani tümör nekroz faktörü-alfa (TNF-α) ve interlökin-6 (IL-6) gibi çeşitli biyokimyasal parametrelerin araştırılması için düz ve EDTA içeren tüplerde toplanmıştır. Bu enflamatuar belirteçlerin, transkripsiyon faktörleri yani nükleer faktör-κβ (NFkβ) ile birlikte ekspresyon profilleri de incelenmiştir. Diyabet grubunda, vücut kitle indeksi ve bel-kalça oranının sağlıklı kontrole göre anlamlı olmayan düzeyde arttığı tespit edilmiştir. T2DM hastalarında, sağlıklı kontrol grubuna göre sırasıyla serum glikoz, TNF-α (P≤0.001) ve IL-6 (P≤0.001) düzeylerinde artış, TNF-α ve IL-6 genlerinin (P≤0.01), NFκB düzenleyici genleri (P≤0.05) ile birlikte ekspresyon profilinde sağlıklı kontrollere kıyasla diyabet durumunda yukarı regüle edildiği belirlenmiştir. Diyabet hastalarında allopatik medikasyon kullanılsa bile, biyokimyasal parametrelerin ve gen modülasyonunun sağlıklı kontrollere kıyasla değiştiği belirlenmiştir. Uzun süreli kullanıldıklarında, hedef etkileri ve bazı yan etkileri bilinen bu ilaçların yerine, vücutta çok az yan etkisi olacak veya hiç olmayacak daha iyi ilaç yönetimine acil ihtiyaç vardır. Anahtar Kelimeler: Tip 2 diabetes mellitus (T2DM), İnflamatuar belirteçler, Hiperglisemi
Talasemi a (ALFA)'nın bazı moleküler ve genetik yapısının incelenmesi
Genellikle Akdeniz ülkelerine ait ırklarda görülen ve kalıtsal bir hastalık olan Talesemi, hemoglobin yapımındaki bozukluk sonucunda ortaya çıkmaktadır. Hemoglobinde, globin parçasının iki alt birimi olan alfa ve beta zincirlerinde kalıtsal bozukluklar talesemiye yol açmaktadır. Çalışmamızda, Irak'ın Tikar Vilayetinde Yer Alan Kalıtsal Kan Hastalıkları Merkezi'ne başvuran hastalar arasından 120 tanesine erişilmiş ve deney grubu oluşturulmuştur. Hastalardan alınan numuneler kullanılarak gerçekleştirilen deneysel çalışma sonucunda, Taleseminin moleküler teşhisine yönelik anlamlı sonuçlara ulaşılmıştır. Bu çalışmada, talaseminin genetik moleküler incelemesi gerçekleştirilmiştir. Delesyon allelleri için hızlı ve güvenilir bir yöntem olarak SYBR-PCR yöntemi tercih edilmiş sonuçlar klasik PCR yöntemi ile karşılaştırılmıştır. Agaroz jel elektrofezinden elde edilen PCR ürünlerinden bant görünümü elde edilememiştir ancak SYBR-PCR yönteminde yaklaşık 20 kat daha verimli sonuç elde edilmiştir. Son olarak 120 adet DNA numunesi, 4 farklı SYBR-PCR/DC analiz teknikleri ile test edilmiştir. Sonuçların mPCR/jel elekrofez yöntemi ile tutarlı ve üstelik daha duyarlı olduğu tespit edilmiştir. ANAHTAR KELİMELER: Talesemi, Moleküler Teşhis, Genetik Özellikler, PCR,
Göğüs kanseri ve hiperlipidemili kadınlarda P53 gen polimorfizminin moleküler ve biyokimyasal çalışması
Göğüs kanseri, kalıtımsal, biyokimyasal değişiklikler ve fizyolojik bozuklukların yanı sıra çevresel ve yeme alışkanlıklarının etkileri gibi çeşitli nedenlere bağlı olduğu için Asyalı kadınlar, özellikle Iraklı kadınlar arasında yaygın bir hastalıktır. Bu çalışmanın odağı, en önemlileri tiroit bozuklukları ve kan plazmasındaki lipit seviyeleri olan bu değişikliklerden bazılarının araştırılmasına ve ayrıca p53 geninin polimorfizmi başta olmak üzere moleküler düzeydeki değişikliklerin incelenmesi üzerinedir. 100 kişiden oluşan örneklem için göğüs kanseri olan kadınlar içinden 50 örnek ve kontrol grubu olarak sağlıklı kadınlar içinden 50 örnek alınmıştır. Toplam Kolesterol, Trigliseritler ve lipoproteinlerin konsantrasyonunu ölçmek amacıyla biyokimyasal yöntemler benimsenmiş ve tiroit hormonlarının (T3, T4, ve TSH) konsantrasyonunun ölçülmesi amacıyla ELISA tekniği benimsenmiştir. Etkilenen kadınlarda hem bazı önemli biyokimyasal değişiklikler hem de moleküler düzeyde değişiklikler olmuştur. 2021, 73 sayfa ANAHTAR KELİMELER: Göğüs Kanseri, Lipidler, Tiroid bozuklukları, p53 geni
Solunum yolu enfeksiyonlarına neden olan Mycoplasma pneumoniae türlerinin moleküler olarak belirlemesi
Mycoplasma pneumoniae toplum kökenli pnömoni vakalarının %10 ila %20'sinden sorumlu olup akut astım alevlenmeleri ile ilişkilendirilmiştir. Mycoplasma pneumoniae enfeksiyonunu tespit etmek amacıyla 16S rDNA bazlı polimeraz zincir reaksiyonunun (PCR) kullanımı araştırılmıştır. Çalışmamızda, yaşları 20 ile 70 arasında değişen, solunum yolu hastalığı ve pnömoni kanıtı olan 57 erkek ve 43 kadın olmak üzere 100 hastadan alınan balgam örnekleri PCR ile analiz edilmiştir. Aynı şekilde, kontrol grubunun %40'ini oluşturan 16 kadın ve toplam kontrol grubunun %60'sini oluşturan 24 erkek olmak üzere toplam 40 sağlıklı bireyden alınan balgam örnekleri de 20 ila 70 yaş aralığında olmuştur. Bu araştırmanın sonucunda klinik olarak solunum yolu enfeksiyonu teşhisi konan 100 hastadan 26'sı (%100) yani 26 hastadan 16'sı (%61,54) erkek ve 26 (%100) hastadan 10'u (%38,46) kadın olmak üzere Mycoplasma pneumoniae enfeksiyonu için pozitif sonuç göstermiştir. Başarılı bir singleplex PCR reaksiyonunda, jel elektroforezi üzerine 277 bp moleküler ağırlıklı 16S rDNA ürünü gözlenmiş olup, bandının 100 bp DNA merdiveninin 200-300 bp bantları arasında yer alması bu genin varlığını göstermektedir. Oysa ki, İnsan beta-globin geni, numune kalitesinin ve nükleik asit ekstraksiyonunun yanı sıra amplifikasyon işlemlerinin değerlendirilmesini sağlamak amacıyla iç kontrol olarak dahil edilmiştir. Elde ettiğimiz sonuçlar, farklı pnömoni vakaları ile ilişkili Mycoplasma pneumoniae tespiti için singleplex PCR tekniği ile 16S rDNA kullanımının uygun ve hızlı bir yöntem olduğunu göstermektedir.
Bazı ıraklı böbrek yetmezliği hastalarında microrna135a'nın moleküler tespiti ve hcv'nin bazı immünolojikbelirteçlerinin tahmini
Hepatit C virüsü (HCV), karaciğer hücrelerinde ciddi hasara neden olan bulaşıcı bir enfeksiyondur. Bu virüsler kan nakli, küçük ve büyük ameliyatlar, cinsel temas yoluyla ve diyaliz hastaları tarafından bulaşır. Hemodiyaliz hastalarının sık kan transfüzyonu yapmaları nedeniyle, sürekli hemodiyalizin yanı sıra HCV'ye maruz kalabilmekte ve bu da acılarını artırmaktadır. Son yıllarda Ramadi Hastanesi/Irak'ta diyaliz hastalarında HCV enfeksiyon sayısında artış gözlenmiştir. Çalışmamızda belirlenen gruplara moleküler ve immünolojik testler uygulanmıştır. Çalışma dört gruba ve her grupda cins ve yaşa göre ayrılmıştır. Bu çalışmaya dahil edilen HCV hasta sayısı 198 olarak belirlenmiştir. Enfekte bireylerde HCV'nin varlığını ve etkinliğini tespit etmek için RT.qPCR teknolojisi kullanılmıştır. Tüm çalışma gruplarında IL-17F genini izole etmek ve ölçmek için RT.qPCR teknolojisi kullanılmıştır. Buna göre, HCV ile enfekte olmuş diyaliz hastaları grubu (grup 1), HCV ile enfekte grup (grup 2) için gen ekspresyonu olduşurken, hepatit olmayan hemodiyaliz hastaları (grup 4), sağlıklı deneklerde (grup 3) IL-17F gen ekspresyonu tespit edilmemiştir. MikroRNA 135a'nın gerçek zamanlı qPCR'si böbrek yetmezliği olan (diyaliz) ve HCV ile enfekte olan (grup 1) hastalara uygulanmıştır. Bu hastaların 30%'unda gen ekspresyonu oluşumu gözlemlenmiştir. Viral enfeksiyonda bazı immün belirteçlerin önemli rolü bulunmaktadır. IL-17F ve TRL3 tüm çalışma grupları için ELISA ile test edilmiştir. Grup 1'de, grup 4 ve 2'ye göre yüksek konsantrasyonlar bulunurken, grup-3 konsantrasyonları çok düşük bulunmuştur. TRL3 konsantrasyonlarında ise sırasıyla grup 4, grup 1 ve grup 2'de artış görülürken, grup-3'te bulunan (sağlıklı insanlar) konsantrasyon diğer gruplara göre daha düşük olarak tespit edilmiştir.
Irak'ta santralde çalışan işçilerin biyokimyasal ve moleküler belirteçleri
Bu çalışmanın amacı, ağır metal etkilerinin biyokimyasal, hematolojik belirteçler ve moleküler belirteçler ile mesleki kurşun maruziyeti arasındaki ilişkiyi araştırmak, ve aynı zamanda bu çalışmanın hedefi, Elektrik üretim istasyonunda kirliliğe maruz kalan işçilerde ağır metal (Pb, Cd, Cu, Fe) düzeylerinin yanı sıra Biyokimyasal üreticilerin (Cat, SOD, GSH, MDA, CRE, Bun, T.P., AlP., GOT, GPT) düzeylerini ve enzimatik aktivite ile ilişkili CYP3A53 gen polimorfizmlerini saptamaktır. Araştırma popülasyonu iki alt gruba ayrılmaktadır: 20 kişi (maruz kalan işçiler) ve 10 kişi (kontrol). Sonuçlar, ölçülen metallerin konsantrasyonlarının çoğunun çalışma sırasında dalgalandığını, en yüksek Cu konsantrasyonunun (41.4 ppm) maruz kalan işçilerde bulunduğunu, biyokimyasal belirteçler için sırasıyla Bun ve GPT (30.13 mg/dl, 26.10 IU/l) başta olmak üzere tüm biyokimyasal belirteçlerde artış görülmektedir. Moleküler belirteçlerle ilgili olarak, maruz kalan işçiler için tüm antioksidanlar konsantrasyonda yükselme gösterilmektedir, sonuçlar (1, 4, 6, 7, 18, 23) hariç çoğu örnekte polimorfizmi göstermektedir. Ağır metal metabolizması için enzimatik aktivite ile ilişkili CYP3A53'ün tek nükleotid polimorfizmi (SNP), çalışma istasyonunda ağır metallerin kirliliğinden etkilenen işçilerin maruz kaldığı sonucuna varılmaktadır.
Çankırı ili merkez ve Kızılırmak ilçesinde kullanılan hayvan yemlerinde bulunan mikotoksinlerin tespiti
Araştırmada bulunduğumuz bölgede (Merkez ve Kızılırmak ilçeleri) büyük baş hayvancılık yapan çiftçilerimizin kullanmış oldukları yemlerin mikotoksinlerle kontamine olma durumlarını tespit etmek ve yemlerin toksin yönünden durumlarını değerlendirme amaçlanmıştır. Bu nedenle değerlendirme yapabilmek amacıyla bölgemiz çiftçilerinin kullandığı yemlerden aynı tarihlerde ve yem torbalarına dikkat etmeden random şekilde 32 adet yem örneği toplanmıştır. Topladığımız yem örneklerini LC/MS-MS (Simadzu LCMS-8040) cihazı yardımıyla 11 farklı mikotoksinle (AFB1, AFB2, AFG1, AFG2, FB1, FB2, OTA, ZEA, DON, T-2, HT-2) bulaş durumlarının analizi yapılmıştır. Yapmış olduğumuz analiz sonucunda yem örneklerimizin birden fazla mikotoksin çeşidi ile bulaş olduğu tespit edilmiştir. Hayvan yemlerimizin büyük bir kısmında mikotoksin bulaş oranlarının yüksek seviyelerde olduğunu gözlemledik. Yem örneklerimizi geliştirme, büyütme, besi, tamamlayıcı ve karma yem grupları içerisinde detaylıca analiz ettik. Elde ettiğimiz veriler bölgemizde kullanılan yemlerin funguslar tarafından kontamine olduğunu ortaya koymuştur. Tespit edilen mikotoksin miktarları Yemlerde istenmeyen maddeler tebliğinde belirtilen toksin üst sınırlarıyla karşılaştırdığımız 2 yem örneğinin Aspergillius tarafından AFB1 ve 1 yem örneğinin ise Fusarium türleri tarafından üretilen ZEA üst limitinin üzerine çıktığı görülmüştür. Ayrıca HT-2 ve T-2 mikotoksinleri ile yem örneklerimiz yüksek oranlarda kontamine olmalarına rağmen bu mikotoksinler için tebliğde üst limit belirlenmediğinden bu yemlerin ilerde hayvanlarda ve hayvan ürünlerinden faydalanan canlıların sağlıklarında çıkartacağı sorunlar tam olarak öngörülememektedir.
Staphylococcus aureus'un teşhisi ve bazı antibiyotiklere (linkomisin ve klindamisin) ve doğal ürünlere (zelanikum ve nane) duyarlılığı
Başta Staphylococcus aureus olmak üzere zararlı bakterilerin neden olduğu idrar yolu enfeksiyonları yaygın bir hastalık haline gelmiştir. Bu nedenle, birçok antibiyotiğe karşı direncin ortaya çıkması, ayrıca bitki ekstraktlarının etkinliklerinin karşılaştırılması ve hangisinin Staphylococcus aureus bakterilerine karşı en güçlü etkinliği verdiğini tespit etmek amacıyla bu hastalığın bitki ekstraktları ile tedavi edilmesi, yayılımının azaltılması ve antibiyotik kullanımının düşürülmesi gerekmektedir. Özellikle kadınlar arasında artan yaygınlığı nedeniyle bu konu seçilmiş olup, çalışma Tikrit Üniversitesi Eğitim Fakültesi'nde yapılmıştır. Çalışmanın öncelikli ve temel amacı, beş tip antibiyotiği Staphylococcus aureus üzerinde test etmek ve bakterinin bu antibiyotiklerin her birine nasıl duyarlılık göstereceğini tespit etmektir. Stafilokok bakterilerinin neden olduğu idrar yolu enfeksiyonu insidansı kadınlarda daha yüksek olup, enfeksiyon oranı kadınlarda %65,5 iken erkeklerde %34,5 olarak tespit edilmiştir. Ayrıca antibiyotik tedavisi görmemiş kişilerden idrar örnekleri alınmıştır. Klindamisin ve linkomisin antibiyotikleri, S. aureus'a karşı (Oxacillin, Cefoxin ve Penisilin) diğer antibiyotiklerden daha yüksek yüzdelerde duyarlılık göstermiştir, buna ek olarak tarçın ve nane gibi bitkisel ekstraktlarda S. aerus bakterilerine karşı yüksek yüzdelerde duyarlılık vermiştir. Ayrıca, hem nane hem de tarçın ekstraktlarının sulu ve alkollü ekstraktları arasında karşılaştırma yapıldığında, sulu ekstraktın S. aerus bakterilerine karşı alkollü ekstrakttan daha etkili olduğu tespit edilmiştir. Çünkü hem nane hem de tarçın ekstraktı zararlı bakterileri yok etmede birçok etken madde içermektedir ve bu etken maddelerin oranları HPLC cihazında hesaplanmıştır. İnhibisyon serisi bazı antibiyotikler için bitki özlerinin inhibisyon çaplarından daha büyük olduğunu göstermiştir, bu da bitki özlerinin daha güçlü ve daha iyi etkinlik verdiği anlamını taşır. En yüksek inhibisyon sonucu, inhibisyon çapları 24-29 mm arasında değişen sulu tarçın ekstraktından elde edilmiştir. Staphylococcus aureus, tarçın ve nanenin sulu ve alkollü ekstraktlarına karşı oldukça güçlü bir hassasiyet geliştirmiştir.
Türkiye'nin farklı bölgelerinden elde edilen kestane kanseri etmeni Cryphonectria parasitica ve Cryphonectria hypovirus izolatlarının karakterizasyonu
Ülkemizde kestane üretiminin yaygın olduğu 13 farklı ilden kestane kanseri etmeni Cryphonectria parasitica ile enfekteli olması muhtemel 215 ağaçtan örnekler alınmış ve bu örneklerden 183 adet C. parasitica izolatı elde edilmiştir. Kültürel özelliklerine göre değerlendirildiğinde, bu izolatların 40'nın hipovirülent, 143'ünün ise virülent olduğu tespit edilmiştir. Klasik yöntemler kullanılarak yapılan vejetatif uyumluluk testleri sonucunda; 135 izolatın EU-1 (%82,32), 29 izolatın EU-12 (%17,68) Avrupa uyum tipi olduğu belirlenmiş fakat 19 izolatın uyum tipi belirlenememiştir. Moleküler markörler yöntemiyle yapılan çalışmalarda ise 149 izolatın EU-1 (%81,42), 34 izolatın ise EU-12 (%18,58) Avrupa uyum tipi olduğu bulunmuştur. Mating type (eşey tipi) testlerinde 134 izolatın (%73,2) MAT-1 ve 44 izolatın (%24) MAT-2 eşleşme tipi olduğu, 5 izolatta ise (%2,8) her iki eşleşme tipi ile benzerlik gösterdiği tespit edilmiştir. Hipovirülent izolatların içerdiği hipovirüslerin sekans analizleri sonucunda 19 virüs izolatının hepsinin Avrupa Cryphonectria hypovirus 1 (CHV1) olduğu, virüslerin Italyan alt tipi (Subtype I) olduğu belirlenmiştir. Hipovirülent izolatların hepsi tek bir uyum tipi (EU-1) içerisinde yer almıştır. EU-1 uyum tipinde yer alan 10 hipovirülent izolattan sadece bir allel farklılığı bulunan 6 diğer Avrupa uyum tiplerine (EU-2, EU-3, EU-5, EU-7, EU-26 ve EU-44) hipovirüs aktarımı gerçekleştirilmiştir. Ayrıca bu çalışma ile EU-12 Avrupa uyum tipine ülkemizden elde edilen hipovirülent izolattan hipovirüs aktarımı ilk defa gerçekleştirilmiştir. Hipovirüs aktarımını, vejetatif uyumsuzluğu belirleyen vic lokuslarındaki farklılığın etkilediği tespit edilmiştir. Uyum tipleri arasındaki farklı allelin hangi vic lokusunda olduğu aktarım çalışmaları için önemli bulunmuştur. Ayrıca C. parasitica izolatlarında tür içi polimorfizmi belirlemek amacıyla iki farklı markör (iPBS ve SCoT) sistemiyle çalışılmış ve izolatların klonal bir yapıda olduğu, tür içinde polimorfizm bulunmadığı belirlenmiştir.